NA ----> NA
Intron 1 GTACATGACT ... TGATTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.34 | 2 | 3.6 | 4 |
| A2 | 40.62 | 5.8 | 4.8 | 3 |
| A3 | 25.93 | 10 | 4 | 3 |
| A4 | 36.36 | 14 | 6 | 10 |
| A5 | 64.57 | 1.6 | 3.6 | 2 |
| A6 | 9.68 | 10.8 | 3 | 0 |
| A7 | 29.9 | 19 | 4.2 | 12 |
| A8 | 6.04 | 7.8 | 0 | 1 |
| A9 | 18.37 | 29.6 | 5.4 | 8 |
| A10 | 27.66 | 17 | 1 | 12 |
>TRINITY_DN107215_c0_g2_i17 from sample A3 / Example spliced isoformCATAACTAAAATGGCAGGAAGAATCCTAGTGCAGGATGGTATTCTAAAAAATGTTGATGCGCCACCTGCCGCTCTGTTCCTCGCATCAACTCATCCAGGGGCATACACGACAACTCGCACTGGTGGGGAAGGATCTTGTATTCTACTGTGGGAGAGGCATCTGCTCCGTCTCGCCCAGTCACTGAGGCTTCTCGCACAAG
CTAAACCCCACTTGTATCCTGTAAAACCTCGTCCTGGTTCTACTTGGGATGATGTCATAAGGCCACTAGTGCAGTCCTCATTGGAGGCCGGGCTTCCCAAGGCTTTGGAGGGCCGAAAAGATGGGGAAGAGTTATCCATCACAGCCCTTGTGTGTGGTGGTTCAGCATCTCCTAAGCTACAGAAGCCCTACGATGTATAT
GTCCACATTTCAAGCTACATTCCTTCTTCGATTTCGAGTGGAGCCCAGTTGGCCATCGTCGGGCCTGGAAGGGAGATTGCCTCATCAAAATTCTCTGAGTGGGTCAGGATTTTGGAAGGATCGATAACAAATTTCTTTGTTGTATGCTATCAGGATTTGTGCTGATGAGGGGATTCCACTGCGAGAAGTTGCACCATCTT
GGTCAACTTGCAAGTTATGGAAAGAGGCTTTTATTTCAAATAGTTTACGATTGGTCCAGCATGTCAATTCGATTCAAGCACCATCTTCGTGGGACCAAACATTTTATACTGAAAATTGGGAAGAAATATCGTGGAAGAATTTGCAGTTAGAGGGGCTGGGAGTTGTTACTAAAAAAATACAGAAGCTGGTCTTGGAACGA
GCAATGTCAGAAGTATATCGGTTTATCGATTTTAAGGTAGACTTGTATGATCAATTGAACTGAAAAACAAATGCAATTTTATCTGCATCTTGGAAGGGCAGCTTGGCAGTTATGAGGTATTATTGCTATAGGTAGCAAAGAAGACAGAGCCTTGCATATGCCTTGCATTCTCTAGGCTGGTTCCAAGAATTGTTCACTTG
TTAACCAGATGCTATATAGATAAACTTAGATTAGGAAGGATGTCTACAATGTGTAATTCTCAGAAGAGATATTATGATGGTGCAAAAAAATACATGTGAGGAGCAAAAGAACAATTTGTAGGGATTGTTCCGTACATTCTCAACTTGGAAATGTGCACATGTGAAATTTTCAAGTTCCAGTACATTGTTGTCTAGACTCT
AGACTCTACACCAATTAGGATAACATATCCTGTTGATGTTATGGGACAG
>TRINITY_DN107215_c0_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:CATAACTAAAATGGCAGGAAGAATCCTAGTGCAGGATGGTATTCTAAAAAATGTTGATGCGCCACCTGCCGCTCTGTTCCTCGCATCAACTCATCCAGgtacatgacttgtcaatcaatgctttggggattgggtattgcagatactcactgtgcaatttgaaaatcaaatgaattgggtgtgccgatgatttacagGGG
CATACACGACAACTCGCACTGGTGGGGAAGGATCTTGTATTCTACTGTGGGAGAGGCATCTGCTCCGTCTCGCCCAGTCACTGAGGCTTCTCGCACAAGCTAAACCCCACTTGTATCCTGTAAAACCTCGTCCTGGTTCTACTTGGGATGATGTCATAAGGCCACTAGTGCAGTCCTCATTGGAGGCCGGGCTTCCCAAG
GCTTTGGAGGGCCGAAAAGATGGGGAAGAGTTATCCATCACAGCCCTTGTGTGTGGTGGTTCAGCATCTCCTAAGCTACAGAAGCCCTACGATGTATATGTCCACATTTCAAGCTACATTCCTTCTTCGATTTCGAGTGGAGCCCAGTTGGCCATCGTCGGGCCTGGAAGGGAGATTGCCTCATCAAAATTCTCTGAGTG
GGTCAGGACCAGGCAGTCTTTGGAAAAATTTCGCCCTCCATTAGTCACGGAGCTCTTGTTGTCTAATGACGGGGACAGGATTTTGGAAGGATCGATAACAAATTTCTTTGTTGTATGCTATCAGGGTTCCTCATCCTCATGGTCTATTGCATTGGTCATTTGATAATGATGATTGCTGAAGAGCTTTTCTAGTGAATTGT
GAGAACACGAGCAGATGACTGATGAAAGGGATTTGTGCTGATGAGGGGATTCCACTGCGAGAAGTTGCACCATCTTGGTCAACTTGCAAGTTATGGAAAGAGGCTTTTATTTCAAATAGTTTACGATTGGTCCAGCATGTCAATTCGATTCAAGCACCATCTTCGTGGGACCAAACATTTTATACTGAAAATTGGGAAGA
AATATCGTGGAAGAATTTGCAGTTAGAGGGGCTGGGAGTTGTTACTAAAAAAATACAGAAGCTGGTCTTGGAACGAGCAATGTCAGAAGTATATCGGTTTATCGATTTTAAGGTAGACTTGTATGATCAATTGAACTGAAAAACAAATGCAATTTTATCTGCATCTTGGAAGGGCAGCTTGGCAGTTATGAGGTATTATT
GCTATAGGTAGCAAAGAAGACAGAGCCTTGCATATGCCTTGCATTCTCTAGGCTGGTTCCAAGAATTGTTCACTTGTTAACCAGATGCTATATAGATAAACTTAGATTAGGAAGGATGTCTACAATGTGTAATTCTCAGAAGAGATATTATGATGGTGCAAAAAAATACATGTGAGGAGCAAAAGAACAATTTGTAGGGA
TTGTTCCGTACATTCTCAACTTGGAAATGTGCACATGTGAAATTTTCAAGTTCCAGTACATTGTTGTCTAGACTCTAGACTCTACACCAATTAGGATAACATATCCTGTTGATGTTATGGGACAG
Intron 2 GTATGCGATT ... TTGCCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.89 | 11 | 6 | 7 |
| A2 | 32.43 | 25 | 4.5 | 12 |
| A3 | 35.29 | 11 | 1 | 6 |
| A4 | 40 | 12 | 2 | 8 |
| A5 | 50 | 7 | 3 | 7 |
| A6 | 32.76 | 39 | 2.5 | 19 |
| A7 | 37.96 | 67 | 4 | 41 |
| A8 | 35.64 | 65 | 6.5 | 36 |
| A9 | 37.21 | 54 | 2.5 | 32 |
| A10 | 35.48 | 60 | 6 | 33 |
>TRINITY_DN43675_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoformGGCAATCTTCCATTGCTGAATTTCGTGAGTTCCAAAGGTGGAATGTTTGCTACACAATTAGACCATCACACTAAGGTTTGGATCCTATAATATGTGTAAAGTTTGTGTCATTCCAACGCCACTTAAATGGTGAAAGTAACCACGAGCCCATCTGCAGTTTTATCATAACTAAAATGGCAGGAAGAATCCTAGTGCAGGAT
GGTATTCTAAAAAATGTTGATGCGCCACCTGCCGCTCTGTTCCTCGCATCAACTCATCCAGGGGCATACACGACAACTCGCACTGGTGGGGAAGGATCTTGTATTCTACTGTGGGAGAGGCATCTGCTCCGTCTCGCCCAGTCACTGAGGCTTCTCGCACAAGCTAAACCCCACTTGTATCCTGTAAAACCTCGTCCTGG
TTCTACTTGGGATGATGTCATAAGGCCACTAGTGCAGTCCTCATTGGAGGCCGGGCTTCCCAAGGCTTTGGAGGGCCGAAAAGATGGGGAAGAGTTATCCATCACAGCCCTTGTGTGTGGTGGTTCAGCATCTCCTAAGCTACAGAAGCCCTACGATGTATATGTCCACATTTCAAGCTACATTCCTTCTTCGATTTCGA
GTGGAGCCCAGTTGGCCATCGTCGGGCCTGGAAGGGAGATTGCCTCATCAAAATTCTCTGAGTGGGTCAGGACCAGGCAGTCTTTGGAAAAATTTCGCCCTCCATTAGTCACGGAGCTCTTGTTGTCTAATGACGGGGACAGGATTTTGGAAGGATCGATAACAAATTTCTTTGTTGTATGCTATCAGTGGTGTGATGCT
AGGAAATAAAGCTACATCAGGGTGAGGATGACTTCCATTTGAGTACTAGTAGCAAGTGGTTTGGCTATGAAGTACAAACAGCTCCAATCGCTGATGGTGTACTTCCAGGAGTAATTAGACAATTGGTGATTGAGATTTGTGCTGATGAGGGGATTCCACTGCGAGAAGTTGCACCATCTTGGTCAACTTGCAAGTTATGG
AAAGAGGCTTTTATTTCAAATAGTTTACGATTGGTCCAGCATGTCAATTCGATTCAAGCACCATCTTCGTGGGACCAAACATTTTATACTGAAAATTGGGAAGAAATATCGTGGAAGAATTTGCAGTTAGAGGGGCTGGGAGTTGTTACTAAAAAAATACAGAAGCTGGTCTTGGAACGAGCAATGTCAGAAGTATATCG
GTTTATCGATTTTAAGGTAGACTTGTATGATCAATTGAACTGAAAAACAAATGCAATTTTATCTGCATCTTGGAAGGGCAGCTTGGCAGTTATGAGGTATTATTGCTATAGGTAGCAAAGAAGACAGAGCCTTGCATATGCCTTGCATTCTCTAGGCTGGTTCCAAGAATTGTTCACTTGTTAACCAGATGCTATATAGA
TAAACTTAGATTAGGAAGGATGTCTACAATGTGTAATTCTCAGAAGAGATATTATGATGGTGCAAAAAAATACATGTGAGGAGCAAAAGAACAATTTGTAGGGATTGTTCCGTACATTCTCAACTTGGAAATGTGCACATGTGAAATTTTCAAGTTCCAGTACATTGTTGTCTAGACTCTAGACTCTACACCACTTAGGA
TAACATATCCTGTTGAGGTTATGGGACAGTCATTCAATGTTATTTGGCTTGACAATATCAAAGCAGCAACGCGAAATCTACCCCATATGGTTTCCCCAAATCATAGGTCATGGACTAATGTTCATTTGTCATGGGTCACAATTCTCCTTGTTTGCACTCAGGATGTCAAACTAGTTGTGTGTTATAGTGTCAAGTTATCC
AGAGTTGGCAATTGATTGTCGCCGACTGAACACTCTTATAACAATTTGAGGCCAAGCAAAGATGCTTCACATTATACAGTTTATGGTCATGCACAATTATTTTTAGAGCTTGTTAGAGTTTAACAGTGTTAACAGACTCCTCAAAGTCCGAGTTGACTCTGGAGCCTGACTCTTTGCCATGAGAAAATTGTGTTAACTCA
TCTCCATTTTGATTCTGAATTGGCTTAGAGGAAATAGAGTCGAGTCATCTCCATTCTGACTCTGACTTGGCCTGGAATCATACACTTGACCTGGAATCATACTTGCAAGTTTGGCCTACAAGTATGATTCAGGTTCTCATGCTAGTCAAATTGACTCAACGCAACTTTGATTCATTGATTTTCCCAGTCAGAGTCGACTA
CTCATCTATAAGAGACGAACAAAGCACTCATTTTGCTTGTTTTCTTAACTTTGTTTAAAGTTTAAACAACAGACAGCTAGTAGACTTGTCAGCCATCTTGATCCATGGTGTTTTGTAGTATGTACTATAATCTATGTAATTTGAAATGAGTTATTATTAAG
>TRINITY_DN43675_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:AGATTTAATGCACAGCATTCTATATCTGACTAGAACCTATGTAATGGCCTGCTACGCTAGCAAGAATATACACCCATCATATATGCACAGATCACACAAAATACCAGACAGTTCTGACAGTTCCTTTGATACCATTGCAGAGCACAGACAAAACAAATGGGAATAGGTTGTGATTACTAAAAGGTTTGGACTGTGGAAAG
TGTGAAGTTTAAACTAACACTAAATTTTTTGACCAGGGTGGCATTTGTAAAATTGGATATGCCACAATTAGTGTTGACACGTACCATAATATTAATGAAACCAATTCAAAGAAACAAAGATTGTGTTGATCACTTACACTGAAACATCTATAGAGAAGGCACTCTTATACAGTAATTATAATCATTATGCTTTAGAAACT
GTTAGAGTCAGGTTCTTACTATTTTGGTAGGTGCTGATAATTGTCTCCTAGAGACAGAAGATCTTTTGCCCCATGATTGTTCAAAGAATTCTAATTTCTGCTGGTTGGATTGAAGTAGCACGGTACAGCAAGTGGAAAAAAAATGCAATCCAAAAGTCTGATAGCTTTAACCTGGGAACATGATATTGTTACCAACGTTG
AAAAGGATTTAACTGGGAACATCAGGGTAGTACTATGCTCGTCTCTTTTGTTTAGTTGTCTCCTGCATTGCTTTTATTTCAAATAACTTTTCCCAAGTTCTCACCAGATAGAGCATTGCTTAACTATTTTTCTTCATATATACTTTTCGGCATCTCTGGCATATTTTCCTTCATGTCCACAGTAAATCCTTTTTTTAAAG
TCAAAGAAAGTGGCATCAGTTATTTAGATTCATAAAATTTTAATTATTCCTTTTTCCTATATGCCTTCAACTTACTGGCTTGGTTTTTGTAGTATCTTGTGAATTTCAATGAATAATTCTGGATTGGCAGATAGTTTACGATTGGTCCAGCATGTCAATTCGATTCAAGCACCATCTTCGTGGGACCAAACATTTTATAC
TGAAAATTGGGAAGAAATATCGTGGAAGAATTTGCAGTTAGAGGTATGCTGAAACTGTTTTCTGATGTATAGGTGTTTATGTCAGTGGTTTGTAGGCTTCAAATTTTACATGTAGAGTCAAATTCTTTGTTTATTGCCTACAAAATTCAATTCTAAAACGTTGCATTGTGATTGAAATATAGGAAAAAAACACATTTATA
CTTTTCTCAGTTTATTTGAGTCTTGTGCAAAGGATTGCCTGAAGCCATGAGCTATTGACTGATTTCCTGGGGTTTTGAAACAGGGGCTGGGAGTTGTTACTAAAAAAATACAGgtatgcgattgatggttaattttatcacgagggattactatttttgcattttttatgtgaagttcagtaacaagtttgcacttaaaa
ggtcaatttttatatcttgcctacagAAGCTGGTCTTGGAACGAGCAATGTCAGAAGTATATCGGTTTATCGATTTTAAGGTAGACTTGTATGATCAATTGAACTGAAAAACAAATGCAATTTTATCTGCATCTTGGAAGGGCAGCTTGGCAGTTATGAGGTATTATTGCTATAGGTAGCAAAGAAGACAGAGCCTTGCA
TATGCCTTGCATTCTCTAGGCTGGTTCCAAGAATTGTTCACTTGTTAACCAGATGCTATATAGATAAACTTAGATTAGGAAGGATGTCTACAATGTGTAATTCTCAGAAGAGATATTATGATGGTGCAAAAAAATACATGTGAGGAGCAAAAGAACAATTTGTAGGGATTGTTCCGTACATTCTCAACTTGGAAATGTGC
ACATGTGAAATTTTCAAGTTCCAGTACATTGTTGTCTAGACTCTAGACTCTACACCACTTAGGATAACATATCCTGTTGAGGTTATGGGACAGTCATTCAATGTTATTTGGCTTGACAATATCAAAGCAGCAACGCGAAATCTACCCCATATGGTTTCCCCAAATCATAGGTCATGGACTAATGTTCATTTGTCATGGGT
CACAATTCTCCTTGTTTGCACTCAGGATGTCAAACTAGTTGTGTGTTATAGTGTCAAGTTATCCAGAGTTGGCAATTGATTGTCGCCGACTGAACACTCTTATAACAATTTGAGGCCAAGCAAAGATGCTTCACATTATACAGTTTATGGTCATGCACAATTATTTTTAGAGCTTGTTAGAGTTTAACAGTGTTAACAGA
CTCCTCAAAGTCCGAGTTGACTCTGGAGCCTGACTCTTTGCCATGAGAAAATTGTGTTAACTCATCTCCATTTTGATTCTGAATTGGCTTAGAGGAAATAGAGTCGAGTCATCTCCATTCTGACTCTGACTTGGCCTGGAATCATACACTTGACCTGGAATCATACTTGCAAGTTTGGCCTACAAGTATGATTCAGGTTC
TCATGCTAGTCAAATTGACTCAACGCAACTTTGATTCATTGATTTTCCCAGTCAGAGTCGACTACTCATCTATAAGAGACGAACAAAGCACTCATTTTGCTTGTTTTCTTAACTTTGTTTAAAGTTTAAACAACAGACAGCTAGTAGACTTGTCAGCCATCTTGATCCATGGTGTTTTGTAGTATGTACTATAATCTATG
TAATTTGAAATGAGTTATTATTAAG
Intron 3 GTAAGTTTTG ... GGATTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 8 | 23 | 0 | 4 |
| A2 | 17.24 | 12 | 2 | 3 |
| A3 | 14.42 | 23.8 | 6 | 2 |
| A4 | 23.27 | 8.3 | 3 | 2 |
| A5 | 50 | 1 | 1 | 1 |
| A6 | 7.46 | 31 | 1 | 4 |
| A7 | 10.53 | 59.5 | 5 | 9 |
| A8 | 12.12 | 47.2 | 7 | 6 |
| A9 | 7.67 | 54.2 | 1 | 8 |
| A10 | 12.5 | 38.5 | 4 | 7 |
>TRINITY_DN41689_c1_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoformGGTGAAAGTAACCACGAGCCCATCTGCAGTTTTATCATAACTAAAATGGCAGGAAGAATCCTAGTGCAGGATGGTATTCTAAAAAATGTTGATGCGCCACCTGCCGCTCTGTTCCTCGCATCAACTCATCCAGGGGCATACACGACAACTCGCACTGGTGGGGAAGGATCTTGTATTCTACTGTGGGAGAGGCATCTGCT
CCGTCTCGCCCAGTCACTGAGGCTTCTCGCACAAGCTAAACCCCACTTGTATCCTGTAAAACCTCGTCCTGGTTCTACTTGGGATGATGTCATAAGGCCACTAGTGCAGTCCTCATTGGAGGCCGGGCTTCCCAAGGCTTTGGAGGGCCGAAAAGATGGGGAAGAGTTATCCATCACAGCCCTTGTGTGTGGTGGTTCAG
CATCTCCTAAGCTACAGAAGCCCTACGATGTATATGTCCACATTTCAAGCTACATTCCTTCTTCGATTTCGAGTGGAGCCCAGTTGGCCATCGTCGGGCCTGGAAGGGAGATTGCCTCATCAAAATTCTCTGAGTGGGTCAGGATTTGTGCTGATGAGGGGATTCCACTGCGAGAAGTTGCACCATCTTGGTCAACTTGC
AAGTTATGGAAAGAGGCTTTTATTTCAAATAGTTTACGATTGGTCCAGCATGTCAATTCGATTCAAGCACCATCTTCGTGGGACCAAACATTTTATACTGAAAATTGGGAAGAAATATCGTGGAAGAATTTGCAGTTAGAGGGGCTGGGAGTTGTTACTAAAAAAATACAGAAGCTGGTCTTGGAACGAGCAATGTCAGA
AGTATATCGGTTTATCGATTTTAAGGTAGACTTGTATGATCAATTGAACTGAAAAACAAATGCAATTTTATCTGCATCTTGGAAGGGCAGCTTGGCAGTTATGAGGTATTATTGCTATAGGTAGCAAAGAAGACAGAGCCTTGCATATGCCTTGCATTCTCTAGGCTGGTTCCAAGAATTGTTCACTTGTTAACCAGATG
CTATATAGATAAACTTAGATTAGGAAGGATGTCTACAATGTGTAATTCTCAGAAGAGATATTATGATGGTGCAAAAAAATACATGTGAGGAGCAAAAGAACAATTTGTAGGGATTGTTCCGTACATTCTCAACTTGGAAATGTGCACATGTGAAATTTTCAAGTTCCAGTACATTGTTGTCTAGACTCTAGACTCTACAC
CACTTAGGATAACATATCCTGTTGAGGTTATGGGACAGTCATTCAATGTTATTTGGCTTGACAATATCAAAGCAGCAACGCGAAATCTACCCCATATGGTTTCCCCAAATCATAGGTCATGGACTAATGTTCATTTGTCATGGGTCACAATTCTCCTTGTTTGCACTCAGGATGTCAAACTAGTTGTGTGTTATAGTGTC
AAGTTATCCAGAGTTGGCAATTGATTGTCGCCGACTGAACACTCTTATAACAATTTGAGGCCAAGCAAAGATGCTTCACATTATACAGTTTATGGTCATGCACAATTATTTTTAGAGCTTGTTAGAGTTTAACAGTGTTAACAGACTCCTCAAAGTCCGAGTTGACTCTGGAGCCTGACTCTTTGCCATGAGAAAATTGT
GTTAACTCATCTCCATTTTGATTCTGAATTGGCTTAGAGGAAATAGAGTCGAGTCATCTCCATTCTGACTCTGACTTGGCCTGGAATCATACACTTGACCTGGAATCATACTTGCAAGTTTGGCCTACAAGTATGATTCAGGTTCTCATGCTAGTCAAATTGACTCAACGCAACTTTGATTCATTGATTTTCCCAGTCAG
AGTCGACTACTCATCTATAAGAGACGAACAAAGCACTCATTTTGCTTGTTTTCTTAACTTTGTTTAAAGTTTAAACAACAGACAGCTAGTAGACTTGTCAGCCATCTTGATCCATGGTGTTTTGTAGTATGTACTATAATCTATGTAATTTGAAATGAGTTATTATTAAGGTTTATTCTTCACTGTAATAGTATCTCTGT
TTGGTATTTTCACTTTTCAAGTCAGACCTATGACTCATGTTTAAAAACTTACCGAAAATTTGTATTATAGACATTGTAAGCTTTCATGTTAATCACTTGACA
>TRINITY_DN41689_c1_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:GGTGAAAGTAACCACGAGCCCATCTGCAGTTTTATCATAACTAAAATGGCAGGAAGAATCCTAGTGCAGGATGGTATTCTAAAAAATGTTGATGCGCCACCTGCCGCTCTGTTCCTCGCATCAACTCATCCAGGGGCATACACGACAACTCGCACTGGTGGGGAAGGATCTTGTATTCTACTGTGGGAGAGGCATCTGCT
CCGTCTCGCCCAGTCACTGAGGCTTCTCGCACAAGCTAAACCCCACTTGTATCCTGTAAAACCTCGTCCTGGTTCTACTTGGGATGATGTCATAAGGCCACTAGTGCAGTCCTCATTGGAGGCCGGGCTTCCCAAGGCTTTGGAGGGCCGAAAAGATGGGGAAGAGTTATCCATCACAGCCCTTGTGTGTGGTGGTTCAG
CATCTCCTAAGCTACAGAAGCCCTACGATGTATATGTCCACATTTCAAGCTACATTCCTTCTTCGATTTCGAGTGGAGCCCAGTTGGCCATCGTCGGGCCTGGAAGGGAGATTGCCTCATCAAAATTCTCTGAGTGGGTCAGGGTTCCTCATCCTCATGGTCTATTGCATTGGTCATTTGATAATGATGATTGCTGAAGA
GCTTTTCTAGTGAATTGTGAGAACACGAGCAGATGACTGATGAAAGGGATTTGTGCTGATGAGGGGATTCCACTGCGAGAAGTTGCACCATCTTGGTCAACTTGCAAGTTATGGAAAGAGGCTTTTATTTCAAgtaagttttgtggttgctatttgatactttcaaggctcagaaccagtgcattagactcctgcttttg
gtcaataaataagtatcttgtgaatttcaatgaataattctggattggcagATAGTTTACGATTGGTCCAGCATGTCAATTCGATTCAAGCACCATCTTCGTGGGACCAAACATTTTATACTGAAAATTGGGAAGAAATATCGTGGAAGAATTTGCAGTTAGAGGGGCTGGGAGTTGTTACTAAAAAAATACAGAAGCTG
GTCTTGGAACGAGCAATGTCAGAAGTATATCGGTTTATCGATTTTAAGGTAGACTTGTATGATCAATTGAACTGAAAAACAAATGCAATTTTATCTGCATCTTGGAAGGGCAGCTTGGCAGTTATGAGGTATTATTGCTATAGGTAGCAAAGAAGACAGAGCCTTGCATATGCCTTGCATTCTCTAGGCTGGTTCCAAGA
ATTGTTCACTTGTTAACCAGATGCTATATAGATAAACTTAGATTAGGAAGGATGTCTACAATGTGTAATTCTCAGAAGAGATATTATGATGGTGCAAAAAAATACATGTGAGGAGCAAAAGAACAATTTGTAGGGATTGTTCCGTACATTCTCAACTTGGAAATGTGCACATGTGAAATTTTCAAGTTCCAGTACATTGT
TGTCTAGACTCTAGACTCTACACCACTTAGGATAACATATCCTGTTGAGGTTATGGGACAGTCATTCAATGTTATTTGGCTTGACAATATCAAAGCAGCAACGCGAAATCTACCCCATATGGTTTCCCCAAATCATAGGTCATGGACTAATGTTCATTTGTCATGGGTCACAATTCTCCTTGTTTGCACTCAGGATGTCA
AACTAGTTGTGTGTTATAGTGTCAAGTTATCCAGAGTTGGCAATTGATTGTCGCCGACTGAACACTCTTATAACAATTTGAGGCCAAGCAAAGATGCTTCACATTATACAGTTTATGGTCATGCACAATTATTTTTAGAGCTTGTTAGAGTTTAACAGTGTTAACAGACTCCTCAAAGTCCGAGTTGACTCTGGAGCCTG
ACTCTTTGCCATGAGAAAATTGTGTTAACTCATCTCCATTTTGATTCTGAATTGGCTTAGAGGAAATAGAGTCGAGTCATCTCCATTCTGACTCTGACTTGGCCTGGAATCATACACTTGACCTGGAATCATACTTGCAAGTTTGGCCTACAAGTATGATTCAGGTTCTCATGCTAGTCAAATTGACTCAACGCAACTTT
GATTCATTGATTTTCCCAGTCAGAGTCGACTACTCATCTATAAGAGACGAACAAAGCACTCATTTTGCTTGTTTTCTTAACTTTGTTTAAAGTTTAAACAACAGACAGCTAGTAGACTTGTCAGCCATCTTGATCCATGGTGTTTTGTAGTATGTACTATAATCTATGTAATTTGAAATGAGTTATTATTAAGGTTTATT
CTTCACTGTAATAGTATCTCTGTTTGGTATTTTCACTTTTCAAGTCAGACCTATGACTCATGTTTAAAAACTTACCGAAAATTTGTATTATAGACATTGTAAGCTTTCATGTTAATCACTTGACA
Intron 4 GTATGCTGAA ... TTTGAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.36 | 12.4 | 3 | 4 |
| A2 | 27.58 | 15.4 | 8 | 2 |
| A3 | 7.82 | 12.5 | 0 | 2 |
| A4 | 19.87 | 9.8 | 1 | 3 |
| A5 | 41.67 | 2.1 | 1 | 2 |
| A6 | 6.77 | 22.9 | 2 | 1 |
| A7 | 3.15 | 33.9 | 1 | 1 |
| A8 | 1.51 | 36.6 | 1 | 0 |
| A9 | 1.86 | 29.3 | 0 | 1 |
| A10 | 2.59 | 40.5 | 1 | 1 |
>TRINITY_DN43675_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoformGGCAATCTTCCATTGCTGAATTTCGTGAGTTCCAAAGGTGGAATGTTTGCTACACAATTAGACCATCACACTAAGGTTTGGATCCTATAATATGTGTAAAGTTTGTGTCATTCCAACGCCACTTAAATGGTGAAAGTAACCACGAGCCCATCTGCAGTTTTATCATAACTAAAATGGCAGGAAGAATCCTAGTGCAGGAT
GGTATTCTAAAAAATGTTGATGCGCCACCTGCCGCTCTGTTCCTCGCATCAACTCATCCAGGGGCATACACGACAACTCGCACTGGTGGGGAAGGATCTTGTATTCTACTGTGGGAGAGGCATCTGCTCCGTCTCGCCCAGTCACTGAGGCTTCTCGCACAAGCTAAACCCCACTTGTATCCTGTAAAACCTCGTCCTGG
TTCTACTTGGGATGATGTCATAAGGCCACTAGTGCAGTCCTCATTGGAGGCCGGGCTTCCCAAGGCTTTGGAGGGCCGAAAAGATGGGGAAGAGTTATCCATCACAGCCCTTGTGTGTGGTGGTTCAGCATCTCCTAAGCTACAGAAGCCCTACGATGTATATGTCCACATTTCAAGCTACATTCCTTCTTCGATTTCGA
GTGGAGCCCAGTTGGCCATCGTCGGGCCTGGAAGGGAGATTGCCTCATCAAAATTCTCTGAGTGGGTCAGGACCAGGCAGTCTTTGGAAAAATTTCGCCCTCCATTAGTCACGGAGCTCTTGTTGTCTAATGACGGGGACAGGATTTTGGAAGGATCGATAACAAATTTCTTTGTTGTATGCTATCAGTGGTGTGATGCT
AGGAAATAAAGCTACATCAGGGTGAGGATGACTTCCATTTGAGTACTAGTAGCAAGTGGTTTGGCTATGAAGTACAAACAGCTCCAATCGCTGATGGTGTACTTCCAGGAGTAATTAGACAATTGGTGATTGAGATTTGTGCTGATGAGGGGATTCCACTGCGAGAAGTTGCACCATCTTGGTCAACTTGCAAGTTATGG
AAAGAGGCTTTTATTTCAAATAGTTTACGATTGGTCCAGCATGTCAATTCGATTCAAGCACCATCTTCGTGGGACCAAACATTTTATACTGAAAATTGGGAAGAAATATCGTGGAAGAATTTGCAGTTAGAGGGGCTGGGAGTTGTTACTAAAAAAATACAGAAGCTGGTCTTGGAACGAGCAATGTCAGAAGTATATCG
GTTTATCGATTTTAAGGTAGACTTGTATGATCAATTGAACTGAAAAACAAATGCAATTTTATCTGCATCTTGGAAGGGCAGCTTGGCAGTTATGAGGTATTATTGCTATAGGTAGCAAAGAAGACAGAGCCTTGCATATGCCTTGCATTCTCTAGGCTGGTTCCAAGAATTGTTCACTTGTTAACCAGATGCTATATAGA
TAAACTTAGATTAGGAAGGATGTCTACAATGTGTAATTCTCAGAAGAGATATTATGATGGTGCAAAAAAATACATGTGAGGAGCAAAAGAACAATTTGTAGGGATTGTTCCGTACATTCTCAACTTGGAAATGTGCACATGTGAAATTTTCAAGTTCCAGTACATTGTTGTCTAGACTCTAGACTCTACACCACTTAGGA
TAACATATCCTGTTGAGGTTATGGGACAGTCATTCAATGTTATTTGGCTTGACAATATCAAAGCAGCAACGCGAAATCTACCCCATATGGTTTCCCCAAATCATAGGTCATGGACTAATGTTCATTTGTCATGGGTCACAATTCTCCTTGTTTGCACTCAGGATGTCAAACTAGTTGTGTGTTATAGTGTCAAGTTATCC
AGAGTTGGCAATTGATTGTCGCCGACTGAACACTCTTATAACAATTTGAGGCCAAGCAAAGATGCTTCACATTATACAGTTTATGGTCATGCACAATTATTTTTAGAGCTTGTTAGAGTTTAACAGTGTTAACAGACTCCTCAAAGTCCGAGTTGACTCTGGAGCCTGACTCTTTGCCATGAGAAAATTGTGTTAACTCA
TCTCCATTTTGATTCTGAATTGGCTTAGAGGAAATAGAGTCGAGTCATCTCCATTCTGACTCTGACTTGGCCTGGAATCATACACTTGACCTGGAATCATACTTGCAAGTTTGGCCTACAAGTATGATTCAGGTTCTCATGCTAGTCAAATTGACTCAACGCAACTTTGATTCATTGATTTTCCCAGTCAGAGTCGACTA
CTCATCTATAAGAGACGAACAAAGCACTCATTTTGCTTGTTTTCTTAACTTTGTTTAAAGTTTAAACAACAGACAGCTAGTAGACTTGTCAGCCATCTTGATCCATGGTGTTTTGTAGTATGTACTATAATCTATGTAATTTGAAATGAGTTATTATTAAG
>TRINITY_DN43675_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:AGATTTAATGCACAGCATTCTATATCTGACTAGAACCTATGTAATGGCCTGCTACGCTAGCAAGAATATACACCCATCATATATGCACAGATCACACAAAATACCAGACAGTTCTGACAGTTCCTTTGATACCATTGCAGAGCACAGACAAAACAAATGGGAATAGGTTGTGATTACTAAAAGGTTTGGACTGTGGAAAG
TGTGAAGTTTAAACTAACACTAAATTTTTTGACCAGGGTGGCATTTGTAAAATTGGATATGCCACAATTAGTGTTGACACGTACCATAATATTAATGAAACCAATTCAAAGAAACAAAGATTGTGTTGATCACTTACACTGAAACATCTATAGAGAAGGCACTCTTATACAGTAATTATAATCATTATGCTTTAGAAACT
GTTAGAGTCAGGTTCTTACTATTTTGGTAGGTGCTGATAATTGTCTCCTAGAGACAGAAGATCTTTTGCCCCATGATTGTTCAAAGAATTCTAATTTCTGCTGGTTGGATTGAAGTAGCACGGTACAGCAAGTGGAAAAAAAATGCAATCCAAAAGTCTGATAGCTTTAACCTGGGAACATGATATTGTTACCAACGTTG
AAAAGGATTTAACTGGGAACATCAGGGTAGTACTATGCTCGTCTCTTTTGTTTAGTTGTCTCCTGCATTGCTTTTATTTCAAATAACTTTTCCCAAGTTCTCACCAGATAGAGCATTGCTTAACTATTTTTCTTCATATATACTTTTCGGCATCTCTGGCATATTTTCCTTCATGTCCACAGTAAATCCTTTTTTTAAAG
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TGAAAATTGGGAAGAAATATCGTGGAAGAATTTGCAGTTAGAGgtatgctgaaactgttttctgatgtataggtgtttatgtcagtggtttgtaggcttcaaattttacatgtagagtcaaattctttgtttattgcctacaaaattcaattctaaaacgttgcattgtgattgaaatataggaaaaaaacacatttata
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