sp|Q8RY81|OFT13_ARATH ----> O-fucosyltransferase 13

Intron 1 GTACGTCAAG ... TGGTTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.67	21	15	7
A2	50	9	9	2
A3	44.44	15	12	1
A4	52.38	10	11	1
A5	70.59	5	12	4
A6	40.91	13	9	3
A7	37.5	20	12	1
A8	30	7	3	2
A9	35.71	9	5	0
A10	23.08	10	3	1

>TRINITY_DN111645_c2_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTGTACACACATTTGACTGTGTATTTAGTCTATTGAACCTTTGAACCTTCACCCGGGGTTTGGGACCCGAATGTTTGAAGCTGAATATCACATCCCACAGAAATTCAACGCTACGGTGTTTTGACTTTCAGATTTTTGCATCTGAAGAATTCTATAATAGAATGTGCAGCAATCGTTATTTGGGTTGGGTTGAAGTGTA
ATATCATAAGCAGTATTTATGTTTTCTGAATGGGAGATTCATGCTTATAGGTCACCTTGATCTGGAGGAATGGGTATGGTAATGGGAACGGGAACGGCACGCGCGCGCTCCAACTCACTCGCTGCTAGATTCAGTTCTCAGAGTTATCTTATGCCTATGCCCATGACTGCCTTGAAGCAAGCAGCGGCAGGTGTATTTTT
GGCAGCCCTTGTTATTTCCATCCTTGCTGTGAATCTCTTGTCAACAATGCTATCTTCTGGACGGCATGTCAGCCCATTTAAACCCATGAGCAAAGATGTAGATATTTGGAATGTGCAGCAGCGTGTTGTGGACTGGAAGCCCTGCGAATGGTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACTTGAACTTTTGAAGAGCAGATCTGACA
GAGAAGATCAATGGCTACATCAAAGTGGATTGCTATGGCGGTCTCAATCAGATGCGAAGAGATGTATGTATTAAGGATGAGCTCCAATTGTTAAATGAAATGAAATGAATAGTAATAGGATAGGACTGGCACAAGGAAGGAAGGTCTATTTTGTTCACTGGATTAGTCTGGCTATTAACAATGATCATTTGGAAGACTCA
CAGGCTTTGTAATTGGCATTGCTTATTTTGTGTGTGTTGGGGGGGCGGTGCATTTACATCATATTGTTGCTTGCAGTTATGTGATGGTGTTGGCATTGCTCGTTTACTGAATGCAACATTAGTTATCCCAAACTTTGAAGTAGCTGCATACTGGAATGATACCAGTGGTTTTGCAGATATATTTGATGTGGACTATTTTA
TTCAACGAATGGAAGGATTTGTACATGTATTAAAAGAGCTACCAGAGGACTTGGCAGGAAGGAAACCAGTGAGAGTTGATTGCCATAAACGAAAAGGGCATTTTGACTATGTTGAATCTGTTCTTCCTGCTTTGCTTGACCATAGATTCATTGTTATCACCCCAGCAATGAGCCAACGATCAGATCGGTA

>TRINITY_DN111645_c2_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTGTACACACATTTGACTGTGTATTTAGTCTATTGAACCTTTGAACCTTCACCCGGGGTTTGGGACCCGAATGTTTGAAGCTGAATATCACATCCCACAGAAATTCAACGCTACGGTGTTTTGACTTTCAGATTTTTGCATCTGAAGAATTCTATAATAGAATGTGCAGCAATCGTTATTTGGGTTGGGTTGAAGTGTA
ATATCATAAGCAGTATTTATGTTTTCTGAATGGGAGATTCATGCTTATAGGTCACCTTGATCTGGAGGAATGGGTATGGTAATGGGAACGGGAACGGCACGCGCGCGCTCCAACTCACTCGCTGCTAGATTCAGTTCTCAGAGTTATCTTATGCCTATGCCCATGACTGCCTTGAAGCAAGCAGCGGCAGGTGTATTTTT
GGCAGCCCTTGTTATTTCCATCCTTGCTGTGAATCTCTTGTCAACAATGCTATCTTCTGGACGGCATGTCAGCCCATTTAAACCCATGAGCAAAGATGTAGATATTTGGAATGTGCAGCAGCGTGTTGTGGACTGGAAGCCCTGCGAATGGTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACgtacgtcaaggatacacactatgaacc
tagtttttatgtaagaccatgttactgaataaagtgctactgtgcatttgcttccacctgaattagtgtgcattatatattttgccttggagaacttaatatggcttcatgcattggtttgaagTTGAACTTTTGAAGAGCAGATCTGACAGAGAAGATCAATGGCTACATCAAAGTGGATTGCTATGGCGGTCTCAATC
AGATGCGAAGAGATTTATGTGATGGTGTTGGCATTGCTCGTTTACTGAATGCAACATTAGTTATCCCAAACTTTGAAGTAGCTGCATACTGGAATGATACCAGTGGTTTTGCAGATATATTTGATGTGGACTATTTTATTCAACGAATGGAAGGATTTGTACATGTATTAAAAGAGCTACCAGAGGACTTGGCAGGAAGG
AAACCAGTGAGAGTTGATTGCCATAAACGAAAAGGGCATTTTGACTATGTTGAATCTGTTCTTCCTGCTTTGCTTGACCATAGATTCATTGTTATCACCCCAGCAATGAGCCAACGATCAGATCGGTACCCAATTTATGCCAAGGCAGCTCGTTGTCATGCATGCTTCGAAGCTTTACGCCTTGTGAAGCACCTTGAGCA
AAAGGGTTCTCAACTTCTTAAAAAGATTCCTCAACCGTTTTTATCATTACATCTGAGGTTTGAACCTGACATGATAGCATACAGCCAATGTCAGTATACAAATCTTTCTCAAATCTCCATGGATTCAATAGAGGCAGCTCGAGATGGCAGGATACCCTGGGCAGGGGATGCTGCATTGTCATGGAGGAAACGAGGC

Intron 2 GTATGTATTA ... TTGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.8	18.2	3.7	5.3
A2	33.33	4	2	0.7
A3	28.83	12.9	5.2	2
A4	19.29	14.3	3.4	5
A5	35.02	10.2	5.4	1.1
A6	13.81	17.7	2.9	2
A7	10.36	17.8	2.1	3.6
A8	39.72	5.6	3.4	0.7
A9	5.14	23.6	1.3	4
A10	11.77	20.3	2.8	3.3

>TRINITY_DN111645_c2_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTGTACACACATTTGACTGTGTATTTAGTCTATTGAACCTTTGAACCTTCACCCGGGGTTTGGGACCCGAATGTTTGAAGCTGAATATCACATCCCACAGAAATTCAACGCTACGGTGTTTTGACTTTCAGATTTTTGCATCTGAAGAATTCTATAATAGAATGTGCAGCAATCGTTATTTGGGTTGGGTTGAAGTGTA
ATATCATAAGCAGTATTTATGTTTTCTGAATGGGAGATTCATGCTTATAGGTCACCTTGATCTGGAGGAATGGGTATGGTAATGGGAACGGGAACGGCACGCGCGCGCTCCAACTCACTCGCTGCTAGATTCAGTTCTCAGAGTTATCTTATGCCTATGCCCATGACTGCCTTGAAGCAAGCAGCGGCAGGTGTATTTTT
GGCAGCCCTTGTTATTTCCATCCTTGCTGTGAATCTCTTGTCAACAATGCTATCTTCTGGACGGCATGTCAGCCCATTTAAACCCATGAGCAAAGATGTAGATATTTGGAATGTGCAGCAGCGTGTTGTGGACTGGAAGCCCTGCGAATGGTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACATCTGACAGAGAAGATCAATGGCTACA
TCAAAGTGGATTGCTATGGCGGTCTCAATCAGATGCGAAGAGATTTATGTGATGGTGTTGGCATTGCTCGTTTACTGAATGCAACATTAGTTATCCCAAACTTTGAAGTAGCTGCATACTGGAATGATACCAGTGGTTTTGCAGATATATTTGATGTGGACTATTTTATTCAACGAATGGAAGGATTTGTACATGTATTA
AAAGAGCTACCAGAGGACTTGGCAGGAAGGAAACCAGTGAGAGTTGATTGCCATAAACGAAAAGGGCATTTTGACTATGTTGAATCTGTTCTTCCTGCTTTGCTTGACCATAGATTCATTGTTATCACCCCAGCAATGAGCCAACGATCAGATCGGTACCCAATTTATGCCAAGGCAGCTCGTTGTCATGCATGCTTCGA
AGCTTTACGCCTTGTGAAGCACCTTGAGCAAAAGGGTTCTCAACTTCTTAAAAAGATTCCTCAACCGTTTTTATCATTACATCTGAGGTTTGAACCTGACATGATAGCATACAGCCAATGTCAGTATACAAATCTTTCTCAAATCTCCATGGATTCAATAGAGGCAGCTCGAGATGGCAGGATACCCTGGGCAGGGGATG
CTGCATTGTCATGGAGGAAACGAGGC

>TRINITY_DN111645_c2_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTGTACACACATTTGACTGTGTATTTAGTCTATTGAACCTTTGAACCTTCACCCGGGGTTTGGGACCCGAATGTTTGAAGCTGAATATCACATCCCACAGAAATTCAACGCTACGGTGTTTTGACTTTCAGATTTTTGCATCTGAAGAATTCTATAATAGAATGTGCAGCAATCGTTATTTGGGTTGGGTTGAAGTGTA
ATATCATAAGCAGTATTTATGTTTTCTGAATGGGAGATTCATGCTTATAGGTCACCTTGATCTGGAGGAATGGGTATGGTAATGGGAACGGGAACGGCACGCGCGCGCTCCAACTCACTCGCTGCTAGATTCAGTTCTCAGAGTTATCTTATGCCTATGCCCATGACTGCCTTGAAGCAAGCAGCGGCAGGTGTATTTTT
GGCAGCCCTTGTTATTTCCATCCTTGCTGTGAATCTCTTGTCAACAATGCTATCTTCTGGACGGCATGTCAGCCCATTTAAACCCATGAGCAAAGATGTAGATATTTGGAATGTGCAGCAGCGTGTTGTGGACTGGAAGCCCTGCGAATGGTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACTTGAACTTTTGAAGAGCAGATCTGACA
GAGAAGATCAATGGCTACATCAAAGTGGATTGCTATGGCGGTCTCAATCAGATGCGAAGAGATgtatgtattaaggatgagctccaattgttaaatgaaatgaaatgaatagtaataggataggactggcacaaggaaggaaggtctattttgttcactggattagtctggctattaacaatgatcatttggaagactca
caggctttgtaattggcattgcttattttgtgtgtgttgggggggcggtgcatttacatcatattgttgcttgcagTTATGTGATGGTGTTGGCATTGCTCGTTTACTGAATGCAACATTAGTTATCCCAAACTTTGAAGTAGCTGCATACTGGAATGATACCAGTGGTTTTGCAGATATATTTGATGTGGACTATTTTA
TTCAACGAATGGAAGGATTTGTACATGTATTAAAAGAGCTACCAGAGGACTTGGCAGGAAGGAAACCAGTGAGAGTTGATTGCCATAAACGAAAAGGGCATTTTGACTATGTTGAATCTGTTCTTCCTGCTTTGCTTGACCATAGATTCATTGTTATCACCCCAGCAATGAGCCAACGATCAGATCGGTA

Intron 3 GTACGTCAAG ... TGAAGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.45	26.1	12.9	9.9
A2	21.67	11.9	7.7	3.3
A3	23.86	16.9	10.3	5.3
A4	12.42	18.1	9.4	2.7
A5	15.64	13	10.3	2.4
A6	10.53	22.7	7.7	3.1
A7	7.18	23.6	10.3	1.9
A8	19.89	10.9	2.7	2.7
A9	7.57	17	4.3	1.4
A10	9.72	17.3	2.6	1.9

>TRINITY_DN111645_c2_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTGTACACACATTTGACTGTGTATTTAGTCTATTGAACCTTTGAACCTTCACCCGGGGTTTGGGACCCGAATGTTTGAAGCTGAATATCACATCCCACAGAAATTCAACGCTACGGTGTTTTGACTTTCAGATTTTTGCATCTGAAGAATTCTATAATAGAATGTGCAGCAATCGTTATTTGGGTTGGGTTGAAGTGTA
ATATCATAAGCAGTATTTATGTTTTCTGAATGGGAGATTCATGCTTATAGGTCACCTTGATCTGGAGGAATGGGTATGGTAATGGGAACGGGAACGGCACGCGCGCGCTCCAACTCACTCGCTGCTAGATTCAGTTCTCAGAGTTATCTTATGCCTATGCCCATGACTGCCTTGAAGCAAGCAGCGGCAGGTGTATTTTT
GGCAGCCCTTGTTATTTCCATCCTTGCTGTGAATCTCTTGTCAACAATGCTATCTTCTGGACGGCATGTCAGCCCATTTAAACCCATGAGCAAAGATGTAGATATTTGGAATGTGCAGCAGCGTGTTGTGGACTGGAAGCCCTGCGAATGGTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACATCTGACAGAGAAGATCAATGGCTACA
TCAAAGTGGATTGCTATGGCGGTCTCAATCAGATGCGAAGAGATTTATGTGATGGTGTTGGCATTGCTCGTTTACTGAATGCAACATTAGTTATCCCAAACTTTGAAGTAGCTGCATACTGGAATGATACCAGTGGTTTTGCAGATATATTTGATGTGGACTATTTTATTCAACGAATGGAAGGATTTGTACATGTATTA
AAAGAGCTACCAGAGGACTTGGCAGGAAGGAAACCAGTGAGAGTTGATTGCCATAAACGAAAAGGGCATTTTGACTATGTTGAATCTGTTCTTCCTGCTTTGCTTGACCATAGATTCATTGTTATCACCCCAGCAATGAGCCAACGATCAGATCGGTACCCAATTTATGCCAAGGCAGCTCGTTGTCATGCATGCTTCGA
AGCTTTACGCCTTGTGAAGCACCTTGAGCAAAAGGGTTCTCAACTTCTTAAAAAGATTCCTCAACCGTTTTTATCATTACATCTGAGGTTTGAACCTGACATGATAGCATACAGCCAATGTCAGTATACAAATCTTTCTCAAATCTCCATGGATTCAATAGAGGCAGCTCGAGATGGCAGGATACCCTGGGCAGGGGATG
CTGCATTGTCATGGAGGAAACGAGGC

>TRINITY_DN111645_c2_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTGTACACACATTTGACTGTGTATTTAGTCTATTGAACCTTTGAACCTTCACCCGGGGTTTGGGACCCGAATGTTTGAAGCTGAATATCACATCCCACAGAAATTCAACGCTACGGTGTTTTGACTTTCAGATTTTTGCATCTGAAGAATTCTATAATAGAATGTGCAGCAATCGTTATTTGGGTTGGGTTGAAGTGTA
ATATCATAAGCAGTATTTATGTTTTCTGAATGGGAGATTCATGCTTATAGGTCACCTTGATCTGGAGGAATGGGTATGGTAATGGGAACGGGAACGGCACGCGCGCGCTCCAACTCACTCGCTGCTAGATTCAGTTCTCAGAGTTATCTTATGCCTATGCCCATGACTGCCTTGAAGCAAGCAGCGGCAGGTGTATTTTT
GGCAGCCCTTGTTATTTCCATCCTTGCTGTGAATCTCTTGTCAACAATGCTATCTTCTGGACGGCATGTCAGCCCATTTAAACCCATGAGCAAAGATGTAGATATTTGGAATGTGCAGCAGCGTGTTGTGGACTGGAAGCCCTGCGAATGGTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACgtacgtcaaggatacacactatgaacc
tagtttttatgtaagaccatgttactgaataaagtgctactgtgcatttgcttccacctgaattagtgtgcattatatattttgccttggagaacttaatatggcttcatgcattggtttgaagttgaacttttgaagagcagATCTGACAGAGAAGATCAATGGCTACATCAAAGTGGATTGCTATGGCGGTCTCAATC
AGATGCGAAGAGATTTATGTGATGGTGTTGGCATTGCTCGTTTACTGAATGCAACATTAGTTATCCCAAACTTTGAAGTAGCTGCATACTGGAATGATACCAGTGGTTTTGCAGATATATTTGATGTGGACTATTTTATTCAACGAATGGAAGGATTTGTACATGTATTAAAAGAGCTACCAGAGGACTTGGCAGGAAGG
AAACCAGTGAGAGTTGATTGCCATAAACGAAAAGGGCATTTTGACTATGTTGAATCTGTTCTTCCTGCTTTGCTTGACCATAGATTCATTGTTATCACCCCAGCAATGAGCCAACGATCAGATCGGTACCCAATTTATGCCAAGGCAGCTCGTTGTCATGCATGCTTCGAAGCTTTACGCCTTGTGAAGCACCTTGAGCA
AAAGGGTTCTCAACTTCTTAAAAAGATTCCTCAACCGTTTTTATCATTACATCTGAGGTTTGAACCTGACATGATAGCATACAGCCAATGTCAGTATACAAATCTTTCTCAAATCTCCATGGATTCAATAGAGGCAGCTCGAGATGGCAGGATACCCTGGGCAGGGGATGCTGCATTGTCATGGAGGAAACGAGGC

Intron 4 GTAAGACCAT ... TCTCAAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	5	2	5
A2	50	3	1	3
A3	58.33	5	1	7
A4	58.82	7	0	10
A5	66.67	2	0	4
A6	52.94	8	2	9
A7	50	3	0	3
A8	50	5	1	5
A9	58.82	7	0	10
A10	88.89	1	0	8

>TRINITY_DN38784_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACGTACGTCAAGGATACACACTATGAACCTAGTTTTTATTGGTTTTGCAGATATATTTGATGTGGACTATTTTATTCAACGAATGGAAGGATTTGTACATGTATTAAAAGAGCTACCAGAGGACTTGGCAGGAAGGAAACCAGTGAGAGTTGATTGCCATAAACGAAAAGGGCATTTTG
ACTATGTTGAATCTGTTCTTCCTGCTTTGCTTGACCATAGATTCATTGTTATCACCCCAGCAATGAGCCAACGATCAGATCGGTACCCAATTTATGCCAAGGCAGCTCGTTGTCATGCATGCTTCGAAGCTTTACGCCTTGTGAAGCACCTTGAGCAAAAGGGTTCTCAACTTCTTAAAAAGATTCCTCAACCGTTTTTA
TCATTACATCTGAGGTTTGAACCTGACATGATAGCATACAGCCAATGTCAGTATACAAATCTTTCTCAAATCTCCATGGATTCAATAGAGGCAGCTCGAGATGGCAGGATACCCTGGGCAGGGGATGCTGCATTGTCATGGAGGAAACGAGGCAAGTGTCCTCTTACTCCAAAAGAGACAGCCTTTATGTTGCAGGCCCT
TCAGATACCTGTTGAAACAAATATATATTTGGCTTCTGGTGATGGGCTGCTCGAAAGAGAAGGATTCACTGATGTCTACACTAACAGCTACACCAAATCTTTTCTTCTGGATGAAGCGAGCCTGATGGGAATGCGTGGCAATAGCAGAGCTGCATTGGATTATTATGTTTCAATCAATAGTGATGCATACATTGCTACAT
ATTTTGGAAACATGGACAAAATGGTTGCTGCAATGAGAGCTCTGAGAGGACTACGGAAAACATTGTTTCTAAATAGACGAGCATTTTCAGAAGCTGTTTATCATGGTCTTCATGGACAGAAGCTAACAGAGGTTATGTGGAAAACACACAAGGATGATTTTGAAACAGGAAGAGGATCTGCTCTGCCTGATTGCTTCTGC
CAGTCGATCCTTGCTAATCCATTCTGATAGTTAACAGGCCCATTTTGTAGCCACCTTCCATTTATTTTCTTCCCTAAAACTGATTCTTTATCTAGTGCCTTCTTAAGTCTCCAAGCTTTGATAATGCTTCCATCTGAGATGAGATGGCTTTTCATCATTATATAACTTTTGGAAAATGTAAATTGATGTTGCTAATTGCT
ATTCAAGAATCTAATTTCTGCACAGCTGGAGAGAAATATTGTGTATTTCTATTTCATAGTAAGAAATTTGCCTCCAAAACTAGGAAAGGGTAATTGATACTGTGTGATCACTATTTTACATTGTGCAGTCAGAGAGCAGTCTGTTTCTTTATTTTAATAAAATTTGATGCATAAAAAATTTAACTAATTCATAGCAATAT
GCAACACACTGAACCCGCAAATGTGGAATTATTGTGACATGACAAAACTGAGGAAAAACTCAAATGTCTTTGTGAAGAGGATAGGTGAAACTAATGGAGCGGTGATGCAACATATCGATTTATATGCAGATGCACCTGACCATAAAGACTGCATTCAAAGGGTCTGATGTTCTGCTGAATAATGAACAATGGTTTTTGAA
ATGATTTTGCTGTGAATTTCAGGGCATGCAGATTGAAGATAGTTTCTAACAAATTTGATCAAAGAAAGTTTGTTGTTATGTTGTCTACAGTGCATTTAAGAACTATATTGCATGAGTTTCTGG

>TRINITY_DN38784_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACGTACGTCAAGGATACACACTATGAACCTAGTTTTTATgtaagaccatgttactgaataaagtgctactgtgcatttgcttccacctgaattagtgtgcattatatattttgccttggagaacttaatatggcttcatgcattggtttgaagttgaacttttgaagagcagatctgac
agagaagatcaatggctacatcaaagtggattgctatggcggtctcaatcagatgcgaagagatgtatgtattaaggatgagctccaattgttaaatgaaatgaaatgaatagtaataggataggactggcacaaggaaggaaggtctattttgttcactggattagtctggctattaacaatgatcatttggaagactc
acaggctttgtaattggcattgcttattttgtgtgtgttgggggggcggtgcatttacatcatattgttgcttgcagttatgtgatggtgttggcattgctcgtttactgaatgcaacattagttatcccaaactttgaagtagctgcatactggaatgataccagactggttctgcaccaatttttatgtggacttggc
ttatctctattgttgcttgtggctcaagtaactgcaatctccttttacgtctcaagaagTGGTTTTGCAGATATATTTGATGTGGACTATTTTATTCAACGAATGGAAGGATTTGTACATGTATTAAAAGAGCTACCAGAGGACTTGGCAGGAAGGAAACCAGTGAGAGTTGATTGCCATAAACGAAAAGGGCATTTTGA
CTATGTTGAATCTGTTCTTCCTGCTTTGCTTGACCATAGATTCATTGTTATCACCCCAGCAATGAGCCAACGATCAGATCGGTACCCAATTTATGCCAAGGCAGCTCGTTGTCATGCATGCTTCGAAGCTTTACGCCTTGTGAAGCACCTTGAGCAAAAGGGTTCTCAACTTCTTAAAAAGATTCCTCAACCGTTTTTAT
CATTACATCTGAGGTTTGAACCTGACATGATAGCATACAGCCAATGTCAGTATACAAATCTTTCTCAAATCTCCATGGATTCAATAGAGGCAGCTCGAGATGGCAGGATACCCTGGGCAGGGGATGCTGCATTGTCATGGAGGAAACGAGGCAAGTGTCCTCTTACTCCAAAAGAGACAGCCTTTATGTTGCAGGCCCTT
CAGATACCTGTTGAAACAAATATATATTTGGCTTCTGGTGATGGGCTGCTCGAAAGAGAAGGATTCACTGATGTCTACACTAACAGCTACACCAAATCTTTTCTTCTGGATGAAGCGAGCCTGATGGGAATGCGTGGCAATAGCAGAGCTGCATTGGATTATTATGTTTCAATCAATAGTGATGCATACATTGCTACATA
TTTTGGAAACATGGACAAAATGGTTGCTGCAATGAGAGCTCTGAGAGGACTACGGAAAACATTGTTTCTAAATAGACGAGCATTTTCAGAAGCTGTTTATCATGGTCTTCATGGACAGAAGCTAACAGAGGTTATGTGGAAAACACACAAGGATGATTTTGAAACAGGAAGAGGATCTGCTCTGCCTGATTGCTTCTGCC
AGTCGATCCTTGCTAATCCATTCTGATAGTTAACAGGCCCATTTTGTAGCCACCTTCCATTTATTTTCTTCCCTAAAACTGATTCTTTATCTAGTGCCTTCTTAAGTCTCCAAGCTTTGATAATGCTTCCATCTGAGATGAGATGGCTTTTCATCATTATATAACTTTTGGAAAATGTAAATTGATGTTGCTAATTGCTA
TTCAAGAATCTAATTTCTGCACAGCTGGAGAGAAATATTGTGTATTTCTATTTCATAGTAAGAAATTTGCCTCCAAAACTAGGAAAGGGTAATTGATACTGTGTGATCACTATTTTACATTGTGCAGTCAGAGAGCAGTCTGTTTCTTTATTTTAATAAAATTTGATGCATAAAAAATTTAACTAATTCATAGCAATATG
CAACACACTGAACCCGCAAATGTGGAATTATTGTGACATGACAAAACTGAGGAAAAACTCAAATGTCTTTGTGAAGAGGATAGGTGAAACTAATGGAGCGGTGATGCAACATATCGATTTATATGCAGATGCACCTGACCATAAAGACTGCATTCAAAGGGTCTGATGTTCTGCTGAATAATGAACAATGGTTTTTGAAA
TGATTTTGCTGTGAATTTCAGGGCATGCAGATTGAAGATAGTTTCTAACAAATTTGATCAAAGAAAGTTTGTTGTTATGTTGTCTACAGTGCATTTAAGAACTATATTGCATGAGTTTCTGG

Intron 5 GTACGTCAAG ... TGAAGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.75	27	14	4.8
A2	37.25	12	9	5.3
A3	36.71	17	11.3	8.5
A4	26.04	19	11	2.5
A5	39.61	14	12	6.5
A6	27.75	24	12	6.8
A7	20.95	24	12	0.8
A8	23.46	11	4	2.8
A9	25.24	18	8	4.3
A10	19.48	18	5	3.8

>TRINITY_DN89040_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

ACACATTTGACTGTGTATTTAGTCTATTGAACCTTTGAACCTTCACCCGGGGTTTGGGACCCGAATGTTTGAAGCTGAATATCACATCCCACAGAAATTCAACGCTACGGTGTTTTGACTTTCAGATTTTTGCATCTGAAGAATTCTATAATAGAATGTGCAGCAATCGTTATTTGGGTTGGGTTGAAGTGTAATATCAT
AAGCAGTATTTATGTTTTCTGAATGGGAGATTCATGCTTATAGGTCACCTTGATCTGGAGGAATGGGTATGGTAATGGGAACGGGAACGGCACGCGCGCGCTCCAACTCACTCGCTGCTAGATTCAGTTCTCAGAGTTATCTTATGCCTATGCCCATGACTGCCTTGAAGCAAGCAGCGGCAGGTGTATTTTTGGCAGCC
CTTGTTATTTCCATCCTTGCTGTGAATCTCTTGTCAACAATGCTATCTTCTGGACGGCATGTCAGCCCATTTAAACCCATGAGCAAAGATGTAGATATTTGGAATGTGCAGCAGCGTGTTGTGGACTGGAAGCCCTGCGAATGGTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACATCTGACAGAGAAGATCAATGGCTACATCAAAGT
GGATTGCTATGGCGGTCTCAATCAGATGCGAAGAGATTTATGTGATGGTGTTGGCATTGCTCGTTTACTGAATGCAACATTAGTTATCCCAAACTTTGAAGTAGCTGCATACTGGAATGATACCAGTGGTTTTGCAGATATATTTGATGTGGACTATTTTATTCAACGAATGGAAGGATTTGTACATGTATTAAAAGAGC
TACCAGAGGACTTGGCAGGAAGGAAACCAGTGAGAGTTGATTGCCATAAACGAAAAGGGCATTTTGACTATGTTGAATCTGTTCTTCCTGCTTTGCTTGACCATAGATTCATTGTTATCACCCCAGCAATGAGCCAACGATCAGATCGGTACCCAATTTATGCCAAGGCAGCTCGTTGTCATGCATGCTTCGAAGCTTTA
CGCCTTGTGAAGCACCTTGAGCAAAAGGGTTCTCAACTTCTTAAAAAGATTCCTCAACCGTTTTTATCATTACATCTGAGGTTTGAACCTGACATGATAGCATACAGCCAATGTCAGTATACAAATCTTTCTCAAATCTCCATGGATTCAATAGAGGCAGCTCGAGATGGCAGGATACCCTGGGCAGGGGATGCTGCATT
GTCATGGAGGAAACGAGGCAAGTGTCCTCTTACTCCAAAAGAGACAGCCTTTATGTTGCAGGCCCTTCAGATACCTGTTGAAACAAATATATATTTGGCTTCTGGTGATGGGCTGCTCGAAAGAGAAGGATTCACTGATGTCTACACTAACAGCTACACCAAATCTTTTCTTCTGGATGAAGCGAGCCTGATGGGAATGC
GTGGCAATAGCAGAGCTGCATTGGATTATTATGTTTCAATCAATAGTGATGCATACATTGCTACATATTTTGGAAACATGGACAAAATGGTTGCTGCAATGAGAGCTCTGAGAGGACTACGGAAAACATTGTTTCTAAATAGACGAGCATTTTCAGAAGCTGTTTATCATGGTCTTCATGGACAGAAGCTAACAGAGGTT
ATGTGGAAAACACACAAGGATGATTTTGAAACAGGAAGAGGATCTGCTCTGCCTGATTGCTTCTGCCAGTCGATCCTTGCTAATCCATTCTGATAGTTAACAGGCCCATTTTGTAGCCACCTTCCATTTATTTTCTTCCCTAAAACTGATTCTTTATCTAGTGCCTTCTTAAGTCTCCAAGCTTTGATAATGCTTCCATC
TGAGATGAGATGGCTTTTCATCATTATATAACTTTTGGAAAATGTAAATTGATGTTGCTAATTGCTATTCAAGAATCTAATTTCTGCACAGCTGGAGAG

>TRINITY_DN89040_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ACACATTTGACTGTGTATTTAGTCTATTGAACCTTTGAACCTTCACCCGGGGTTTGGGACCCGAATGTTTGAAGCTGAATATCACATCCCACAGAAATTCAACGCTACGGTGTTTTGACTTTCAGATTTTTGCATCTGAAGAATTCTATAATAGAATGTGCAGCAATCGTTATTTGGGTTGGGTTGAAGTGTAATATCAT
AAGCAGTATTTATGTTTTCTGAATGGGAGATTCATGCTTATAGGTCACCTTGATCTGGAGGAATGGGTATGGTAATGGGAACGGGAACGGCACGCGCGCGCTCCAACTCACTCGCTGCTAGATTCAGTTCTCAGAGTTATCTTATGCCTATGCCCATGACTGCCTTGAAGCAAGCAGCGGCAGGTGTATTTTTGGCAGCC
CTTGTTATTTCCATCCTTGCTGTGAATCTCTTGTCAACAATGCTATCTTCTGGACGGCATGTCAGCCCATTTAAACCCATGAGCAAAGATGTAGATATTTGGAATGTGCAGCAGCGTGTTGTGGACTGGAAGCCCTGCGAATGGTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACgtacgtcaaggatacacactatgaacctagtttt
tatttgaacttttgaagagcagATCTGACAGAGAAGATCAATGGCTACATCAAAGTGGATTGCTATGGCGGTCTCAATCAGATGCGAAGAGATGTATGTATTAAGGATGAGCTCCAATTGTTAAATGAAATGAAATGAATAGTAATAGGATAGGACTGGCACAAGGAAG

Intron 6 GTACGTCAAG ... TCTCAAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.37	4	14	5
A2	85.71	1	9	3
A3	65.52	5	12	7
A4	60	7	11	10
A5	66.67	4	12	4
A6	53.85	9	12	9
A7	71.43	3	12	3
A8	60	3	4	5
A9	60	6	8	10
A10	76.47	2	5	8

>TRINITY_DN46571_c5_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoform

GTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACTGGTTTTGCAGATATATTTGATGTGGACTATTTTATTCAACGAATGGAAGGATTTGTACATGTATTAAAAGAGCTACCAGAGGACTTGGCAGGAAGGAAACCAGTGAGAGTTGATTGCCATAAACGAAAAGGGCATTTTGACTATGTTGAATCTGTTCTTCCTGCTTTGCTTGACCA
TAGATTCATTGTTATCACCCCAGCAATGAGCCAACGATCAGATCGGTACCCAATTTATGCCAAGGCAGCTCGTTGTCATGCATGCTTCGAAGCTTTACGCCTTGTGAAGCACCTTGAGCAAAAGGGTTCTCAACTTCTTAAAAAGATTCCTCAACCGTTTTTATCATTACATCTGAGGTTTGAACCTGACATGATAGCAT
ACAGCCAATGTCAGTATACAAATCTTTCTCAAATCTCCATGGATTCAATAGAGGCAGCTCGAGATGGCAGGATACCCTGGGCAGGGGATGCTGCATTGTCATGGAGGAAACGAGGCAAGTGTCCTCTTACTCCAAAAGAGACAGCCTTTATGTTGCAGGCCCTTCAGATACCTGTTGAAACAAATATATATTTGGCTTCT
GGTGATGGGCTGCTCGAAAGAGAAGGATTCACTGATGTCTACACTAACAGCTACACCAAATCTTTTCTTCTGGATGAAGCGAGCCTGATGGGAATGCGTGGCAATAGCAGAGCTGCATTGGATTATTATGTTTCAATCAATAGTGATGCATACATTGCTACATATTTTGGAAACATGGACAAAATGGTTGCTGCAATGAG
AGCTCTGAGAGGACTACGGAAAACATTGTTTCTAAATAGACGAGCATTTTCAGAAGCTGTTTATCATGGTCTTCATGGACAGAAGCTAACAGAGGTTATGTGGAAAACACACAAGGATGATTTTGAAACAGGAAGAGGATCTGCTCTGCCTGATTGCTTCTGCCAGTCGATCCTTGCTAATCCATTCTGATAGTTAACAG
GCCCATTTTGTAGCCACCTTCCATTTATTTTCTTCCCTAAAACTGATTCTTTATCTAGTGCCTTCTTAAGTCTCCAAGCTTTGATAATGCTTCCATCTGAGATGAGATGGCTTTTCATCATTATATAACTTTTGGAAAATGTAAATTGATGTTGCTAATTGCTATTCAAGAATCTAATTTCTGCACAGCTGGAGAGAAAT
ATTGTGTATTTCTATTTCATAGTAAGAAATTTGCCTCCAAAACTAGGAAAGGGTAATTGATACTGTGTGATCACTATTTTACATTGTGCAGTCAGAGAGCAGTCTGTTTCTTTATTTTAATAAAATT

>TRINITY_DN46571_c5_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CTCTGAGAACTGAATCTAGCAGCGAGTGAGTTGGAGCGCGCGCGTGCCGTTCCCGTTCCCATGACTGCCTTGAAGCAAGCAGCGGCAGGTGTATTTTTGGCAGCCCTTGTTATTTCCATCCTTGCTGTGAATCTCTTGTCAACAATGCTATCTTCTGGACGGCATGTCAGCCCATTTAAACCCATGAGCAAAGATGTAGA
TATTTGGAATGTGCAGCAGCGTGTTGTGGACTGGAAGCCCTGCGAATGGTGGAAGGCCAAGCCTTTAACACgtacgtcaaggatacacactatgaacctagtttttatatctgacagagaagatcaatggctacatcaaagtggattgctatggcggtctcaatcagatgcgaagagatttatgtgatggtgttggcatt
gctcgtttactgaatgcaacattagttatcccaaactttgaagtagctgcatactggaatgataccagactggttctgcaccaatttttatgtggacttggcttatctctattgttgcttgtggctcaagtaactgcaatctccttttacgtctcaagaagTGGTTTTGCAGATATATTTGATGTGGACTATTTTATTCA
ACGAATGGAAGGATTTGTACATGTATTAAAAGAGCTACCAGAGGACTTGGCAGGAAGGAAACCAGTGAGAGTTGATTGCCATAAACGAAAAGGGCATTTTGACTATGTTGAATCTGTTCTTCCTGCTTTGCTTGACCATAGATTCATTGTTATCACCCCAGCAATGAGCCAACGATCAGATCGGTACCCAATTTATGCCA
AGGCAGCTCGTTGTCATGCATGCTTCGAAGCTTTACGCCTTGTGAAGCACCTTGAGCAAAAGGGTTCTCAACTTCTTAAAAAGATTCCTCAACCGTTTTTATCATTACATCTGAGGTTTGAACCTGACATGATAGCATACAGCCAATGTCAGTATACAAATCTTTCTCAAATCTCCATGGATTCAATAGAGGCAGCTCGA
GATGGCAGGATACCCTGGGCAGGGGATGCTGCATTGTCATGGAGGAAACGAGGCAAGTGTCCTCTTACTCCAAAAGAGACAGCCTTTATGTTGCAGGCCCTTCAGATACCTGTTGAAACAAATATATATTTGGCTTCTGGTGATGGGCTGCTCGAAAGAGAAGGATTCACTGATGTCTACACTAACAGCTACACCAAATC
TTTTCTTCTGGATGAAGCGAGCCTGATGGGAATGCGTGGCAATAGCAGAGCTGCATTGGATTATTATGTTTCAATCAATAGTGATGCATACATTGCTACATATTTTGGAAACATGGACAAAATGGTTGCTGCAATGAGAGCTCTGAGAGGACTACGGAAAACATTGTTTCTAAATAGACGAGCATTTTCAGAAGCTGTTT
ATCATGGTCTTCATGGACAGAAGCTAACAGAGGTTATGTGGAAAACACACAAGGATGATTTTGAAACAGGAAGAGGATCTGCTCTGCCTGATTGCTTCTGCCAGTCGATCCTTGCTAATCCATTCTGATAGTTAACAGGCCCATTTTGTAGCCACCTTCCATTTATTTTCTTCCCTAAAACTGATTCTTTATCTAGTGCC
TTCTTAAGTCTCCAAGCTTTGATAATGCTTCCATCTGAGATGAGATGGCTTTTCATCATTATATAACTTTTGGAAAATGTAAATTGATGTTGCTAATTGCTATTCAAGAATCTAATTTCTGCACAGCTGGAGAGAAATATTGTGTATTTCTATTTCATAGTAAGAAATTTGCCTCCAAAACTAGGAAAGGGTAATTGATA
CTGTGTGATCACTATTTTACATTGTGCAGTCAGAGAGCAGTCTGTTTCTTTATTTTAATAAAATT