sp|Q8L4X4|GAT2_ARATH ----> Probable GABA transporter 2

Intron 1 GTAGGTAATA ... TTCTATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.5	5	2	4
A2	50	2	1	3
A3	27.27	8	4	2
A4	40	3	2	2
A5	11.11	4	1	0
A6	28.57	15	4	8
A7	26.83	15	7	4
A8	30.77	18	12	4
A9	37.14	11	8	5
A10	37.5	5	5	1

>TRINITY_DN44514_c1_g2_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

TGAGGAGGACTGGTTGTCTGAGTCTTTGAATGCCGATCTTTTAATTGACAACCGTGATGAGATGGAGATATAATGTAGCGTTAAAGATTTTTATCATTCTGAGATGAAATCGATGCTAGAGATGATTGAACAAAGATCAAAGCAAAGTTCTTCAAAGTGGAACTAACATCAAGTTTAACAAAGATCAAAGCGAAGTTCTT
TCAAAGTGTGGAGCTATTGTCCAAAGAGCCCCACGCTGTCATTCGAAGGGTTTCACTTGACAACTGCAATAGCAGGGCCGACGATTCTTGCGCTCCCCTACGCCTTGGGTGGAATGGGGTGGACGGTTGGGATTTTCTTCATTTCCTTGGTAGCTGCAGTCACCTTCTACTCCTATTTACTTATGGCCAAAGTGCTCGAT
AATTGCGATAAGCAAGGTAGTCACCAAATTTCCGTGAGCTCGCAAGCGATATCAAGCGATATCCTTGACAACGATCAATATGGGGATGGGCGTTGCATGCATCCTACTGGGCGTTGAGTGTATACACATGTAGGTATTGTTCGTTTTGTAGTGCAGGGGTTGGGATGTATGTATGTATTATGCAATTATGTGAATAGTTT
AGGTTCAAAACTGTGTTGTTGTAGATCTTCATTTGTGAAGTAAAGTGTTGATCTTTCTGATCAGTTAGTATATTTATAGTATTTCTGTGTTATCAGAGATTAGTTTAATACATGTATGAGGTCTGGAATAAGATCAAAAATTACTTTCGACATCTATATGTTCCTCTCGTCATCTGGTGCCACCCGCCCTGGTTCAATCG
CTATGCTCGTAAGTAACCGACATGTCTCAATGTCTTTCGTCTGGTGAAAACATGGATGGTAACATAAGACTCATTCGGCGTATCAATGGGTGAACTCTTCTCTCCGGTATGATGGGGTCCTTCTCTTTCGCGTCTGGCACAAACTTGGTCACAAATGGGGTATGCTATATGCTATGTATGGCTTGTGAGGATATGTGGGG
CGTGGTCCAACTGACGGATCCATAATGAATCGAAACAGAGATAGCAGTGCTGGTCATTCCAGTATAACCACCGACTCCCCTGGTTGTTCCTATTGACAAACTAGCAAAACAAGAGATGGAAAAGGAAGAGCAGAAGGATAAATGGGAACACGGGATTTGGGAACAAATATTTTCTTAATACTCTCTGTGTAAGGAATTGA
AATGAGAAAGAGTAAATGGA

>TRINITY_DN44514_c1_g2_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGAGGAGGACTGGTTGTCTGAGTCTTTGAATGCCGATCTTTTAATTGACAACCGTGATGAGATGGAGATATAATGTAGCGTTAAAGATTTTTATCATTCTGAGATGAAATCGATGCTAGAGATGATTGAACAAAGATCAAAGCAAAGTTCTTCAAAGTGGAACTAACATCAAGTTTAACAAAGATCAAAGCGAAGTTCTT
TCAAAGTGTGGAGCTATTGTCCAAAGAGCCCCACGCTGTCATTCGAAGGGTTTCACTTGACAACTGCAATAGCAGGGCCGACGATTCTTGCGCTCCCCTACGCCTTGGGTGGAATGGGGTGGACGGTTGGGATTTTCTTCATTTCCTTGGTAGCTGCAGTCACCTTCTACTCCTATTTACTTATGGCCAAAGTGCTCGAT
AATTGCGATAAGCAAGGTAGTCACCAAATTTCCGTGAGCTCGCAAGCGATATCAAGCGATATCCTTGgtaggtaataagctcgcacaaatatattaatatgggcctgattttcacacttttctacgatttatatgcccaaaacacaaattaatgaaatggtttgtgcacggtctcgatggatgttttactttatcgtttc
tattcagACAACGATCAATATGGGGATGGGCGTTGCATGCATCCTACTGGGCGTTGAGTGTATACACATGTAGGTATTGTTCGTTTTGTAGTGCAGGGGTTGGGATGTATGTATGTATTATGCAATTATGTGAATAGTTTAGGTTCAAAACTGTGTTGTTGTAGATCTTCATTTGTGAAGTAAAGTGTTGATCTTTCTGA
TCAGTTAGTATATTTATAGTATTTCTGTGTTATCAGAGATTAGTTTAATACATGTATGAGGTCTGGAATAAGATCAAAAATTACTTTCGACATCTATATGTTCCTCTCGTCATCTGGTGCCACCCGCCCTGGTTCAATCGCTATGCTCGTAAGTAACCGACATGTCTCAATGTCTTTCGTCTGGTGAAAACATGGATGGT
AACATAAGACTCATTCGGCGTATCAATGGGTGAACTCTTCTCTCCGGTATGATGGGGTCCTTCTCTTTCGCGTCTGGCACAAACTTGGTCACAAATGGGGTATGCTATATGCTATGTATGGCTTGTGAGGATATGTGGGGCGTGGTCCAACTGACGGATCCATAATGAATCGAAACAGAGATAGCAGTGCTGGTCATTCC
AGTATAACCACCGACTCCCCTGGTTGTTCCTATTGACAAACTAGCAAAACAAGAGATGGAAAAGGAAGAGCAGAAGGATAAATGGGAACACGGGATTTGGGAACAAATATTTTCTTAATACTCTCTGTGTAAGGAATTGAAATGAGAAAGAGTAAATGGA

Intron 2 GTAGGTAATA ... TTCTATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.75	4	1	4
A2	46.43	2	0.5	3
A3	28.63	7.5	4	2
A4	45	2.5	2	2
A5	5.55	3.5	0.5	0
A6	27.92	13.5	2.5	8
A7	24.95	12.5	4.5	4
A8	28.8	16.5	9.5	4
A9	36.75	9	5.5	5
A10	40.18	3.5	3.5	1

>TRINITY_DN43381_c1_g2_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

AGTCACCTTCTACTCCTATTTACTTATGGCCAAAGTGCTCGATAATTGCGATAAGCAAGGTAGTCACCAAATTTCCGTGAGCTCGCAAGCGATATCAAGCGATATCCTTGACAACGATCAATATGGGGATGGGCGTTGCATGCATCCTACTGGGCGTTGAGTGTATACACATGTAGGTATTGTTCGTTTTGTAGTGCAGG
GGTTGGGATGTATGTATGTATTATGCAATTATGTGAATAGTTTAGGTTCAAAACTGTGTTGTTGTAGATCTTCATTTGTGAAGTAAAGTGTTGATCTTTCTGATCAGTTAGTATATTTATAGTATTTCTGTGTTATCAGAGATAAGTTTAATACATGTATGAGGTCTGGCATAAGATCAAAAATTACTTTCGACATCTAT
ATGTTCCTCTCGTCATCTGGTGCCACCCGCCCTGGTTCAATCGCTATGCTCGTAAGTAACCGACATGTCTCAATGTCTTTCGTCTGGTGAAAACATGGATGGTAACATAAGACTCATTCGGCGTATCAATGGGTGAACTCTTCTCTCCGGTATGATGGGGTCCTTCTCTTTCGCGTCTGGCACAAACTTGGTCACAAATG
GGGTATGCTATATGCTATGTATGGCTTGTGAGGATATGTGGGGCGTGGTCCAACTGACGGATCCATAATGAATCGAAACAGAGATAGCAGTGCTGGTCATTCCAGTATAACCACCGACTCCCCTGGTTGTTCCTATTGACAAACTAGCAAAACAAGAGATGGAAAAGGAAGAGCAGAAGGATAAATGGGAACACGGGATT
TGGGAACATATGTATTAAAACAATATTTGTGTAAATTGTCT

>TRINITY_DN43381_c1_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGTCACCTTCTACTCCTATTTACTTATGGCCAAAGTGCTCGATAATTGCGATAAGCAAGGTAGTCACCAAATTTCCGTGAGCTCGCAAGCGATATCAAGCGATATCCTTGgtaggtaataagctcgcacaaatatattaatatgggcctgattttcacacttttctacgatttatatgcccaaaacacaaattaatgaaa
tggtggatgttttactttgtcgtttctattcagACAACGATCAATATGGGGATGGGCGTTGCATGCATCCTACTGGGCGTTGAGTGTATACACATGTAGGTATTGTTCGTTTTGTAGTGCAGGGGTTGGGATGTATGTATGTATTATGCAATTATGTGAATAGTTTAGGTTCAAAACTGTGTTGTTGTAGATCTTCATTT
GTGAAGTAAAGTGTTGATCTTTCTGATCAGTTAGTATATTTATAGTATTTCTGTGTTATCAGAGATAAGTTTAATACATGTATGAGGTCTGGCATAAGATCAAAAATTACTTTCGACATCTATATGTTCCTCTCGTCATCTGGTGCCACCCGCCCTGGTTCAATCGCTATGCTCGTAAGTAACCGACATGTCTCAATGTC
TTTCGTCTGGTGAAAACATGGATGGTAACATAAGACTCATTCGGCGTATCAATGGGTGAACTCTTCTCTCCGGTATGATGGGGTCCTTCTCTTTCGCGTCTGGCACAAACTTGGTCACAAATGGGGTATGCTATATGCTATGTATGGCTTGTGAGGATATGTGGGGCGTGGTCCAACTGACGGATCCATAATGAATCGAA
ACAGAGATAGCAGTGCTGGTCATTCCAGTATAACCACCGACTCCCCTGGTTGTTCCTATTGACAAACTAGCAAAACAAGAGATGGAAAAGGAAGAGCAGAAGGATAAATGGGAACACGGGATTTGGGAACATATGTATTAAAACAATATTTGTGTAAATTGTCT

Intron 3 GTAGGTATTG ... GTGTTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.91	1	5.5	3
A2	71.43	1	2	3
A3	100	0	4	0
A4	60.91	2	3.3	3
A5	21.43	2	1.5	0
A6	82.22	2	13.5	5
A7	73	3	7.5	9
A8	79.16	1	7	1
A9	62.61	5	8.5	8
A10	66.67	1	1	3

>TRINITY_DN43381_c1_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

ACAACGATCAATATGGGGATGGGCGTTGCATGCATCCTACTGGGCGTTGAGTGTATACACATAGATAAGTTTAATACATGTATGAGGTCTGGCATAAGATCAAAAATTACTTTCGACATCTATATGTTCCTCTCGTCATCTGGTGCCACCCGCCCTGGTTCAATCGCTATGCTCGTAAGTAACCGACATGTCTCAATGTC
TTTCGTCTGGTGAAAACATGGATGGTAACATAAGACTCATTCGGCGTATCAATGGGTGAACTCTTCTCTCCGGTATGATGGGGTCCTTCTCTTTCGCGTCTGGCACAAACTTGGTCACAAATGGGGTATGCTATATGCTATGTATGGCTTGTGAGGATATGTGGGGCGTGGTCCAACTGACGGATCCATAATGAATCGAA
ACAGAGATAGCAGTGCTGGTCATTCCAGTATAACCACCGACTCCCCTGGTTGTTCCTATTGACAAACTAGCAAAACAAGAGATGGAAAAGGAAGAGCAGAAGGATAAATGGGAACACGGGATTTGGGAACATATGTATTAAAACAATATTTGTGTAAATTGTCT

>TRINITY_DN43381_c1_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGTCACCTTCTACTCCTATTTACTTATGGCCAAAGTGCTCGATAATTGCGATAAGCAAGGTAGTCACCAAATTTCCGTGAGCTCGCAAGCGATATCAAGCGATATCCTTGGTAGGTAATAAGCTCGCACAAATATATTAATATGGGCCTGATTTTCACACTTTTCTACGATTTATATGCCCAAAACACAAATTAATGAAA
TGGTGGATGTTTTACTTTGTCGTTTCTATTCAGACAACGATCAATATGGGGATGGGCGTTGCATGCATCCTACTGGGCGTTGAGTGTATACACATgtaggtattgttcgttttgtagtgcaggggttgggatgtatgtatgtattatgcaattatgtgaatagtttaggttcaaaactgtgttgttgtagatcttcattt
gtgaagtaaagtgttgatctttctgatcagttagtatatttatagtatttctgtgttatcagAGATAAGTTTAATACATGTATGAGGTCTGGCATAAGATCAAAAATTACTTTCGACATCTATATGTTCCTCTCGTCATCTGGTGCCACCCGCCCTGGTTCAATCGCTATGCTCGTAAGTAACCGACATGTCTCAATGTC
TTTCGTCTGGTGAAAACATGGATGGTAACATAAGACTCATTCGGCGTATCAATGGGTGAACTCTTCTCTCCGGTATGATGGGGTCCTTCTCTTTCGCGTCTGGCACAAACTTGGTCACAAATGGGGTATGCTATATGCTATGTATGGCTTGTGAGGATATGTGGGGCGTGGTCCAACTGACGGATCCATAATGAATCGAA
ACAGAGATAGCAGTGCTGGTCATTCCAGTATAACCACCGACTCCCCTGGTTGTTCCTATTGACAAACTAGCAAAACAAGAGATGGAAAAGGAAGAGCAGAAGGATAAATGGGAACACGGGATTTGGGAACATATGTATTAAAACAATATTTGTGTAAATTGTCT