sp|Q9FWS3|C3H16_ARATH ----> Zinc finger CCCH domain-containing protein 16
Intron 1 GTAAATTACC ... TTTTAATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.95 | 16 | 9 | 0 |
| A2 | 16.13 | 13 | 3 | 2 |
| A3 | 17.46 | 26 | 7 | 4 |
| A4 | 27.87 | 22 | 15 | 2 |
| A5 | 23.81 | 8 | 3 | 2 |
| A6 | 18.67 | 61 | 15 | 13 |
| A7 | 12.68 | 62 | 14 | 4 |
| A8 | 18.46 | 106 | 24 | 24 |
| A9 | 14.29 | 81 | 18 | 9 |
| A10 | 13.04 | 60 | 12 | 6 |
>TRINITY_DN43607_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoformCTACACCAAACCCAAATTCAATTTACAAATCAAGCTTTTCCGTCCAATCCGAGATCAAACTTAAAGAAAGCGCCCACAGGGAAAGAAAAAAACACAGACTCTAAAGGAATTTATGTAGAGTGTTTTCCTGGTGCAAATTATTTATACAGGTCTGAAGCATTTAAATAGCTGCAAGCAGAGCAAAACGAGCTATACGGTAT
TCTATTCACGTCGAATACATCGAAAGCTTCGTGTGCCAGTGCTGTCGATTTTGAACAGGTTGGTTATGCTTTCCAATTCTTCTAGGGTGGACGAATCGACTTTTCAATGAACCGACGCCAAGAGCTTTGCCGGAACTTTCAACGGGGCAGTTGCCAATATGGTGCACGATGCAAGTTTCTTCACCAAACCCAACAGCAGC
AACAACCAAACCCTTATGGCTTTGGCGTGCAAAATCCATCTCAGGGAAGGAGTGGATTCAATTTTGGTGCAAATAATCAGAATCAACAGAAGGAACGAGGGAATCGTTTTCTACCATTATCTGGGGCTGGTTCGTTGGGATCTCAACAGAATGATTCTCAACCCAAGGTGGCAAATCACGTGTGTGACGATCCAAATCTA
TGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATACCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCCCCTTCAACAAATTGTTCAGAGGGAGATGAGTTTATTTAATAC
CAAAATGGCAGAATTTGACAGTCTTCTCCGTAATCCATACAAACCTCCTTCAAGTTCAAGTTTTGGTGGGCTTAGTTCCTCTCCATCTCCATTCTCAGTTTCACCTCATGGTGGGTTTCAAAGCAATGCTCATGCATTAGTTCCAAGTGTTGGTCAGTTTGGAGGTGGAGTTAGTGGTGGATTTCAAACCAATGCTGGAT
TTGGGGCTGGTGCAGGCCCAATTGCTTCCAGTTTTAAAAGCACATCATCTGGTTTTGCAAATCAAGCCCAAAGTTCCTTTCCTGCTTTTGGCAAGGCTTCAGGTTCTCCAAACAATTTCCCTACACAACAAAATCTCAGCTCTCCTGTAACTGGTTTTGGTGCCAACAATTCACCATTTGGAGCATCAGGACCTTTTGAA
TCTCAAGGTGCCAATCAAAGTCCATTTGGAAACATATCAAGCATGAACACTTTCAACTCTCAAAGTAGTGGCAGTTCTTTCAGCAACAACCCCTTTTCCAGTGCTGCAGCAAATTCAATGCCCATCTCAAATTTTGGGAATCGTACAGTCATTGCCCCAAAGGATGTCAATGTTTCTGGAAATTTATTTGGGACCAGTGC
ACAACCTTTTATAAATATGCCGTCAGTGGCACCTGCAGGTTTTGTATCTCCAGTTAATTTGCCAAACTCCAGTCAGTCTCAACAGAATGACATATGGTTGAAAGAGACATGGACTCTTGGAGAGATTCCAGAAGATGAACCCCCGCCATATGCACTGAGATGAGCTTTATGAAGTCGTTAGCTTGTTTATAAAGGCAACA
ATACCACTGGTTCCAGCAGGACACTTATACTTTGAAGTACTTTGAAGTGAAGATCTGGTATTCTTCTTGTGCCCTATCTATTTGTGGTAAAAGGGAGGAACAAAACAGATCTCTCGATGAATATGGTTAATTTATTGGAGAATACAGATAATCAACATTTATTTGAGAAGCATTAGCTGGAAATCAGAGAGGTCGTGATT
TACTATAGAGCAGAGAAGATGAGGAGTTTTTTTCCTCTAGCTGTTATATGCAAAGCTTGAATATTTCAATGGAGAGTAATTGGAAGCATAACCAGAGAAAGAAAAAAAGCAAATCCAGTTTTCTATCCAATGGCCATGCTTATAGATCCTCCAGGATAGTCCTCGGACCTCTAAAATATTGTGCATGTGAAGGAATTTTC
AAGCAATCATCACTTGAGGGCTGCCTTATTCTGCTTATATTCTATTGGGGACATGTTTACATATGAAAGTTTTGAAGGGGTCTTTGGCCATGTTTTTAGGTATTGAATTTAAAAATAATGCAATAAAATTTAATTTGTTATTGGGGTTTGAAAATTCATTCAATTCAAGAAGTACAAAGTTACAAACACATTTTGCAAAA
GGTTTTATACATTTTTCTCTCATTCCTGCGGCCACC
>TRINITY_DN43607_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTACACCAAACCCAAATTCAATTTACAAATCAAGCTTTTCCGTCCAATCCGAGATCAAACTTAAAGAAAGCGCCCACAGGGAAAGAAAAAAACACAGACTCTAAAGGAATTTATGTAGAGTGTTTTCCTGGTGCAAATTATTTATACAGGTCTGAAGCATTTAAATAGCTGCAAGCAGAGCAAAACGAGCTATACGGTAT
TCTATTCACGTCGAATACATCGAAAGCTTCGTGTGCCAGTGCTGTCGATTTTGAACAGGTTGGTTATGCTTTCCAATTCTTCTAGGGTGGACGAATCGACTTTTCAATGAACCGACGCCAAGAGCTTTGCCGGAACTTTCAACGGGGCAGTTGCCAATATGGTGCACGATGCAAGTTTCTTCACCAAACCCAACAGCAGC
AACAACCAAACCCTTATGGCTTTGGCGTGCAAAATCCATCTCAGGGAAGGAGTGGATTCAATTTTGGTGCAAATAATCAGAATCAACAGAAGGAACGAGGGAATCGTTTTCTACCATTATCTGGGGCTGGTTCGTTGGGATCTCAACAGAATGATTCTCAACCCAAGGTGGCAAATCACGTGTGTGACGATCCAAATCTA
TGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATACCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCCCCTTCAACAAATTGTTCAGAGGGAGATGAGTTTATTTAATAC
CAAAATGGCAGAATTTGACAGTCTTCTCCGTAATCCATACAAACCTCCTTCAAGTTCAAGTTTTGGTGGGCTTAGTTCCTCTCCATCTCCATTCTCAGTTTCACCTCATGGTGGGTTTCAAAGCAATGCTCATGCATTAGTTCCAAGTGTTGGTCAGTTTGGAGGTGGAGTTAGTGGTGGATTTCAAACCAATGCTGGAT
TTGGGGCTGGTGCAGGCCCAATTGCTTCCAGTTTTAAAAGCACATCATCTGGTTTTGCAAATCAAGCCCAAAGTTCCTTTCCTGCTTTTGGCAAGGCTTCAGGTTCTCCAAACAATTTCCCTACACAACAAAATCTCAGCTCTCCTGTAACTGGTTTTGGTGCCAACAATTCACCATTTGGAGCATCAGGACCTTTTGAA
TCTCAAGGTGCCAATCAAAGTCCATTTGGAAACATATCAAGCATGAACACTTTCAACTCTCAAAGTAGTGGCAGTTCTTTCAGCAACAACCCCTTTTCCAGTGCTGCAGCAAATTCAATGCCCATCTCAAATTTTGGGAATCGTACAGTCATTGCCCCAAAGGATGTCAATGTTTCTGGAAATTTATTTGGGACCAGTGC
ACAACCTTTTATAAATATGCCGTCAGTGGCACCTGCAGGTTTTGTATCTCCAGTTAATTTGCCAAACTCCAGTCAGTCTCAACAGAATGACATATGGTTGAAAGAGACATGGACTCTTGGAGAGATTCCAGAAGATGAACCCCCGCCATATGCACTGAGATGAGCTTTATGAAGTCGTTAGCTTGTTTATAAAGGCAACA
ATACCACTGGTTCCAGCAGGACACTTATACTTTGAAGTACTTTGAAGTGAAGATCTGGTATTCTTCTTGTGCCCTATCTATTTGTGGTAAAAGGGAGGAACAAAACAGATCTCTCGATGAATATGgtaaattaccagttatccctgtttgtcatatattttgaggaaattattttgaaatgtttagtctgcttgtatttg
aagcatgtgaaattattcatgattgtttgtgattttgcaatttttaattagGTTAATTTATTGGAGAATACAGATAATCAACATTTATTTGAGAAGCATTAGCTGGAAATCAGAGAGGTCGTGATTTACTATAGAGCAGAGAAGATGAGGAGTTTTTTTCCTCTAGCTGTTATATGCAAAGCTTGAATATTTCAATGGAG
AGTAATTGGAAGCATAACCAGAGAAAGAAAAAAAGCAAATCCAGTTTTCTATCCAATGGCCATGCTTATAGATCCTCCAGGATAGTCCTCGGACCTCTAAAATATTGTGCATGTGAAGGAATTTTCAAGCAATCATCACTTGAGGGCTGCCTTATTCTGCTTATATTCTATTGGGGACATGTTTACATATGAAAGTTTTG
AAGGGGTCTTTGGCCATGTTTTTAGGTATTGAATTTAAAAATAATGCAATAAAATTTAATTTGTTATTGGGGTTTGAAAATTCATTCAATTCAAGAAGTACAAAGTTACAAACACATTTTGCAAAAGGTTTTATACATTTTTCTCTCATTCCTGCGGCCACC
Intron 2 GTAAGGCTTA ... GCTTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.21 | 39.2 | 13.3 | 14.5 |
| A2 | 16.47 | 36 | 8.7 | 5.5 |
| A3 | 14.49 | 38.7 | 7.3 | 5.8 |
| A4 | 14.62 | 39 | 9.3 | 4 |
| A5 | 13.04 | 20.3 | 4.3 | 1.8 |
| A6 | 6.67 | 32 | 3.3 | 1.3 |
| A7 | 3.96 | 49 | 0 | 4.5 |
| A8 | 1.63 | 33.3 | 0.3 | 0.8 |
| A9 | 4.2 | 55.2 | 3 | 2 |
| A10 | 2.95 | 40.2 | 1 | 1.5 |
>TRINITY_DN119599_c3_g1_i21 from sample A1 / Example spliced isoformGAAAAAAGTAAACCTACACCAAACCCAAATTCAATTTACAAATCAAGCTTTTCCGTCCAATCCGAGATCAAACTTAAAGAAAGCGCCCACAGGGAAAGAAAAAAACACAGACTCTAAAGGAATTTATGTAGAGTGTTTTCCTGGTGCAAATTATTTATACAGGTCTGAAGCATTTAAATAGCTGCAAGCAGAGCAAAACG
AGCTATACGGTATTCTATTCACGTCGAATACATCGAAAGCTTCGTGTGCCAGTGCTGTCGATTTTGAACAGGTTGGTTATGCTTTCCAATTCTTCTAGGGTGGACGAATCGACTTTTCAATGAACCGACGCCAAGAGCTTTGCCGGAACTTTCAACGGGGCAGTTGCCAATATGGTGCACGATGCAAGTTTCTTCACCAA
ACCCAACAGCAGCAACAACCAAACCCTTATGGCTTTGGCGTGCAAAATCCATCTCAGGGAAGGAGTGGATTCAATTTTGGTGCAAATAATCAGAATCAACAGAAGGAACGAGGGAATCGTTTTCTACCATTATCTGGGGCTGGTTCGTTGGGATCTCAACAGAATGATTCTCAACCCAAGGTGGCAAATCACGTGTGTGA
CGATCCAAATCTATGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATACCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCCCCTTCAACAAATTGTTCAGAGGGAGATGA
GTTTATTTAATACCAAAATGGCAGAATTTGACAGTCTTCTCCGTAATCCATACAAACCTCCTTCAAGTTCAAGTTTTGGTGGGCTTAGTTCCTCTCCATCTCCATTCTCAGTTTCACCTCATGGTGGGTTTCAAAGCAATGCTCATGCATTAGTTCCAAGTGTTGGTCAGTTTGGAGGTGGAGTTAGTGGTGGATTTCAA
ACCAATGCTGGATTTGGGGCTGGTGCAGGCCCAATTGCTTCCAGTTTTAAAAGCACATCATCTGGTTTTGCAAATCAAGCCCAAAGTTCCTTTCCTGCTTTTGGCAAGGCTTCAGGTTCTCCAAACAATTTCCCTACACAACAAAATCTCAGCTCTCCTGTAACTGGTTTTGGTGCCAACAATTCACCATTTGGAGCATC
AGGTTCTTTCAATGCATACTCATCACATTTGAATTTAGGAGTGTCTTTCAATCTGTTATTTTGCTTATCATCTATTCTCTGCATGATATTTTGC
>TRINITY_DN119599_c3_g1_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTTAAAGGTTTCCCCGTGAAAAATTCTTGTGTTCAGTGTGTGTGATGTTTTGATGTATCTACTGCACTTGTCTATTGTTATCTTACAGTCTGCAATTTTTTTAAGGAATTCATGCTAATGCTAAAATTCAACATAAATGACATGCATAATAAGTCTCTTCTAGGAGGGCACTCCTCAACAATAATAATAAATGCAAGAT
CAAGAGTATGACCAAATGCTTGATGCCATTTGTCTCACTCTCATGCAAAATGCTTCCTTGGATTATGCTTATTTGACCATGCAAGATGCCTCTTGTGCCATTTGTCATCTCTTGATACTATGAATGCTTGCTGTGTTCGCTAGCCCCTTTGATTTATTTTGGTCTTTCAAGGACACAAAATAAATTTCATTTCAGTTCTG
TCATCATATATATCAAATTGAATGATATATAGATTAAATTAATCGGGCCTTATCATGAACGTGAAAGATCCTTAAAATTATATGATTTATTCTGCACTTATAGGATATTTTGTTTGGATGTAGGCTAATCATTTGCATCTGACAGCCTCCCTCTGACTTTTAGAAGTTTGTTTCTCCAAGACAACCTTCTGTGTAATTGT
GAAGTCAGAATGAAAGATAACAAATAGCTCCACAATAAAACATTTCTATCTTTCTATATTTAGTTGTGCAGGTATAATACAATGCCTAGATTAGTTGACGACCTTTTTCTACATCATTAGTCTCTGATATGTGCTATTGAGATTCATGCATCTGATATAAAGGAACGAGGGAATCGTTTTCTACCATTATCTGGGGCTGG
TTCGTTGGGATCTCAACAGAATGATTCTCAACCCAAGGTGGCAAATCACGTAATTTGGCTGGATCTGGAATAGGTGTGACGATCCAAATCTATGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATAgtaaggcttataaaattgttgcaattgcttc
tcagttttacagaggctaaaatagtgtttagctggattaatagttcttagaatagagtttatatttttggaagttggataatatatgatcacttaggaatttatatataacttgaatcttttctctgttggctttgttctgatgttagtctgttggttattaatggtaatgaaccaaattaatacaataatttggtatca
tgcttttccagCCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCCCCTTCAACAAATTGTGAGTATTACAAATGTCCATGTTACTTATAATTTTCAACCATCATTTGATGTTTGAACTTTGAACTGATTAGAAATAAAGGTTTGGCCTTCATG
ATGATTTAATTGAATCGTTTTAT
Intron 3 GTATGTACAT ... AATTAACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 34.61 | 26.5 | 3 | 14 |
| A2 | 20.2 | 24 | 7 | 6 |
| A3 | 27.46 | 18.5 | 2.5 | 7 |
| A4 | 32.47 | 17 | 3 | 8 |
| A5 | 32.18 | 19 | 3 | 9 |
| A6 | 5.84 | 17 | 0 | 1 |
| A7 | 0 | 16.5 | 0.5 | 0 |
| A8 | 0 | 15 | 0.5 | 0 |
| A9 | 0 | 34 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 21 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN119599_c3_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoformCTTTAAAGGTTTCCCCGTGAAAAATTCTTGTGTTCAGTGTGTGTGATGTTTTGATGTATCTACTGCACTTGTCTATTGTTATCTTACAGTCTGCAATTTTTTTAAGGAATTCATGCTAATGCTAAAATTCAACATAAATGACATGCATAATAAGTCTCTTCTAGGAGGGCACTCCTCAACAATAATAATAAATGCAAGAT
CAAGAGTATGACCAAATGCTTGATGCCATTTGTCTCACTCTCATGCAAAATGCTTCCTTGGATTATGCTTATTTGACCATGCAAGATGCCTCTTGTGCCATTTGTCATCTCTTGATACTATGAATGCTTGCTGTGTTCGCTAGCCCCTTTGATTTATTTTGGTCTTTCAAGGACACAAAATAAATTTCATTTCAGTTCTG
TCATCATATATATCAAATTGAATGATATATAGATTAAATTAATCGGGCCTTATCATGAACGTGAAAGATCCTTAAAATTATATGATTTATTCTGCACTTATAGGATATTTTGTTTGGATGTAGGCTAATCATTTGCATCTGACAGCCTCCCTCTGACTTTTAGAAGTTTGTTTCTCCAAGACAACCTTCTGTGTAATTGT
GAAGTCAGAATGAAAGATAACAAATAGCTCCACAATAAAACATTTCTATCTTTCTATATTTAGTTGTGCAGGTATAATACAATGCCTAGATTAGTTGACGACCTTTTTCTACATCATTAGTCTCTGATATGTGCTATTGAGATTCATGCATCTGATATAAAGGAACGAGGGAATCGTTTTCTACCATTATCTGGGGCTGG
TTCGTTGGGATCTCAACAGAATGATTCTCAACCCAAGGTGGCAAATCACGTAATTTGGCTGGATCTGGAATAGGTGTGACGATCCAAATCTATGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATAGTAAGGCTTATAAAATTGTTGCAATTGCTTC
TCAGTTTTACAGAGGCTAAAATAGTGTTTAGCTGGATTAATAGTTCTTAGAATAGAGTTTATATTTTTGGAAGTTGGATAATATATGATCACTTAGGAATTTATATATAACTTGAATCTTTTCTCTGTTGGCTTTGTTCTGATGTTAGTCTGTTGGTTATTAATGGTAATGAACCAAATTAATACAATAATTTGGTATCA
TGCTTTTCCAGCCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCCCCTTCAACAAATTGTGAGTATTACAAATGTCCATGTTACTTATAATTTTCAACCATCATTTGATGTTTGAACTTTGAACTGATTAGAAATAAAGGTTTGGCCTTCATG
ATGATTTAATTGAATCGTTTTAT
>TRINITY_DN119599_c3_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCTCAACAGAATGATTCTCAACCAAAGGTGGCAAATCACGTgtatgtacattttccagttttaagaagggcagtcatttacgttgttctctaggttgtgtttaatttatatcactgcttacattttgtattgtatgttgactaaattgtaattaaccagAATTTGGCTGGATCTGGAATAGGTGTGACGATCCAAATCTA
TGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATAGTAAGGCTTATAAAATTGTTGCAATTGCTTCTCAGTTTTACAGAGGCTAAAATAGTGTTTAGCTGGATTAATAGTTCTTAGAATAGAGTTTATATTTTTGGAAGTTGGATAATATATGATCAC
TTAGGAATTTATATATAACTTGAATCTTTTCTCTGTTGGCTTTGTTCTGATGTTAGTCTGTTGGTTATTAATGGTAATGAACCAAATTAATACAATAATTTGGTATCATGCTTTTCCAGCCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCC
CCTTCAACAAATTGTGAGTATTACAAATGTCCATGTTACTTATAATTTTCAACCATCATTTGATGTTTGAACTTTGAACTGATTAGAAATAAAGGTTTGGCCTTCATGATGATTTAATTGAATCGTTTTAT
Intron 4 GTAAATTACC ... GAGAATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.81 | 23 | 9 | 7 |
| A2 | 27.27 | 20 | 3 | 12 |
| A3 | 22.58 | 36 | 7 | 14 |
| A4 | 30.3 | 23 | 15 | 5 |
| A5 | 34.78 | 15 | 3 | 13 |
| A6 | 26.01 | 101 | 15 | 56 |
| A7 | 25.08 | 118 | 14 | 65 |
| A8 | 25.58 | 160 | 24 | 86 |
| A9 | 22.29 | 122 | 18 | 52 |
| A10 | 21.66 | 85 | 12 | 35 |
>TRINITY_DN43607_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformCTACACCAAACCCAAATTCAATTTACAAATCAAGCTTTTCCGTCCAATCCGAGATCAAACTTAAAGAAAGCGCCCACAGGGAAAGAAAAAAACACAGACTCTAAAGGAATTTATGTAGAGTGTTTTCCTGGTGCAAATTATTTATACAGGTCTGAAGCATTTAAATAGCTGCAAGCAGAGCAAAACGAGCTATACGGTAT
TCTATTCACGTCGAATACATCGAAAGCTTCGTGTGCCAGTGCTGTCGATTTTGAACAGGTTGGTTATGCTTTCCAATTCTTCTAGGGTGGACGAATCGACTTTTCAATGAACCGACGCCAAGAGCTTTGCCGGAACTTTCAACGGGGCAGTTGCCAATATGGTGCACGATGCAAGTTTCTTCACCAAACCCAACAGCAGC
AACAACCAAACCCTTATGGCTTTGGCGTGCAAAATCCATCTCAGGGAAGGAGTGGATTCAATTTTGGTGCAAATAATCAGAATCAACAGAAGGAACGAGGGAATCGTTTTCTACCATTATCTGGGGCTGGTTCGTTGGGATCTCAACAGAATGATTCTCAACCCAAGGTGGCAAATCACGTGTGTGACGATCCAAATCTA
TGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATACCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCCCCTTCAACAAATTGTTCAGAGGGAGATGAGTTTATTTAATAC
CAAAATGGCAGAATTTGACAGTCTTCTCCGTAATCCATACAAACCTCCTTCAAGTTCAAGTTTTGGTGGGCTTAGTTCCTCTCCATCTCCATTCTCAGTTTCACCTCATGGTGGGTTTCAAAGCAATGCTCATGCATTAGTTCCAAGTGTTGGTCAGTTTGGAGGTGGAGTTAGTGGTGGATTTCAAACCAATGCTGGAT
TTGGGGCTGGTGCAGGCCCAATTGCTTCCAGTTTTAAAAGCACATCATCTGGTTTTGCAAATCAAGCCCAAAGTTCCTTTCCTGCTTTTGGCAAGGCTTCAGGTTCTCCAAACAATTTCCCTACACAACAAAATCTCAGCTCTCCTGTAACTGGTTTTGGTGCCAACAATTCACCATTTGGAGCATCAGGACCTTTTGAA
TCTCAAGGTGCCAATCAAAGTCCATTTGGAAACATATCAAGCATGAACACTTTCAACTCTCAAAGTAGTGGCAGTTCTTTCAGCAACAACCCCTTTTCCAGTGCTGCAGCAAATTCAATGCCCATCTCAAATTTTGGGAATCGTACAGTCATTGCCCCAAAGGATGTCAATGTTTCTGGAAATTTATTTGGGACCAGTGC
ACAACCTTTTATAAATATGCCGTCAGTGGCACCTGCAGGTTTTGTATCTCCAGTTAATTTGCCAAACTCCAGTCAGTCTCAACAGAATGACATATGGTTGAAAGAGACATGGACTCTTGGAGAGATTCCAGAAGATGAACCCCCGCCATATGCACTGAGATGAGCTTTATGAAGTCGTTAGCTTGTTTATAAAGGCAACA
ATACCACTGGTTCCAGCAGGACACTTATACTTTGAAGTACTTTGAAGTGAAGATCTGGTATTCTTCTTGTGCCCTATCTATTTGTGGTAAAAGGGAGGAACAAAACAGATCTCTCGATGAATATGATAATCAACATTTATTTGAGAAGCATTAGCTGGAAATCAGAGAGGTCGTGATTTACTATAGAGCAGAGAAGATGA
GGAGTTTTTTTCCTCTAGCTGTTATATGCAAAGCTTGAATATTTCAATGGAGAGTAATTGGAAGCATAACCAGAGAAAGAAAAAAAGCAAATCCAGTTTTCTATCCAATGGCCATGCTTATAGATCCTCCAGGATAGTCCTCGGACCTCTAAAATATTGTGCATGTGAAGGAATTTTCAAGCAATCATCACTTGAGGGCT
GCCTTATTCTGCTTATATTCTATTGGGGACATGTTTACATATGAAAGTTTTGAAGGGGTCTTTGGCCATGTTTTTAGGTATTGAATTTAAAAATAATGCAATAAAATTTAATTTGTTATTGGGGTTTGAAAATTCATTCAATTCAAGAAGTACAAAGTTACAAACACATTTTGCAAAAGGTTTTATACATTTTTCTCTCA
TTCCTGCGGCCACC
>TRINITY_DN43607_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTACACCAAACCCAAATTCAATTTACAAATCAAGCTTTTCCGTCCAATCCGAGATCAAACTTAAAGAAAGCGCCCACAGGGAAAGAAAAAAACACAGACTCTAAAGGAATTTATGTAGAGTGTTTTCCTGGTGCAAATTATTTATACAGGTCTGAAGCATTTAAATAGCTGCAAGCAGAGCAAAACGAGCTATACGGTAT
TCTATTCACGTCGAATACATCGAAAGCTTCGTGTGCCAGTGCTGTCGATTTTGAACAGGTTGGTTATGCTTTCCAATTCTTCTAGGGTGGACGAATCGACTTTTCAATGAACCGACGCCAAGAGCTTTGCCGGAACTTTCAACGGGGCAGTTGCCAATATGGTGCACGATGCAAGTTTCTTCACCAAACCCAACAGCAGC
AACAACCAAACCCTTATGGCTTTGGCGTGCAAAATCCATCTCAGGGAAGGAGTGGATTCAATTTTGGTGCAAATAATCAGAATCAACAGAAGGAACGAGGGAATCGTTTTCTACCATTATCTGGGGCTGGTTCGTTGGGATCTCAACAGAATGATTCTCAACCCAAGGTGGCAAATCACGTGTGTGACGATCCAAATCTA
TGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATACCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCCCCTTCAACAAATTGTTCAGAGGGAGATGAGTTTATTTAATAC
CAAAATGGCAGAATTTGACAGTCTTCTCCGTAATCCATACAAACCTCCTTCAAGTTCAAGTTTTGGTGGGCTTAGTTCCTCTCCATCTCCATTCTCAGTTTCACCTCATGGTGGGTTTCAAAGCAATGCTCATGCATTAGTTCCAAGTGTTGGTCAGTTTGGAGGTGGAGTTAGTGGTGGATTTCAAACCAATGCTGGAT
TTGGGGCTGGTGCAGGCCCAATTGCTTCCAGTTTTAAAAGCACATCATCTGGTTTTGCAAATCAAGCCCAAAGTTCCTTTCCTGCTTTTGGCAAGGCTTCAGGTTCTCCAAACAATTTCCCTACACAACAAAATCTCAGCTCTCCTGTAACTGGTTTTGGTGCCAACAATTCACCATTTGGAGCATCAGGACCTTTTGAA
TCTCAAGGTGCCAATCAAAGTCCATTTGGAAACATATCAAGCATGAACACTTTCAACTCTCAAAGTAGTGGCAGTTCTTTCAGCAACAACCCCTTTTCCAGTGCTGCAGCAAATTCAATGCCCATCTCAAATTTTGGGAATCGTACAGTCATTGCCCCAAAGGATGTCAATGTTTCTGGAAATTTATTTGGGACCAGTGC
ACAACCTTTTATAAATATGCCGTCAGTGGCACCTGCAGGTTTTGTATCTCCAGTTAATTTGCCAAACTCCAGTCAGTCTCAACAGAATGACATATGGTTGAAAGAGACATGGACTCTTGGAGAGATTCCAGAAGATGAACCCCCGCCATATGCACTGAGATGAGCTTTATGAAGTCGTTAGCTTGTTTATAAAGGCAACA
ATACCACTGGTTCCAGCAGGACACTTATACTTTGAAGTACTTTGAAGTGAAGATCTGGTATTCTTCTTGTGCCCTATCTATTTGTGGTAAAAGGGAGGAACAAAACAGATCTCTCGATGAATATGgtaaattaccagttatccctgtttgtcatatattttgaggaaattattttgaaatgtttagtctgcttgtatttg
aagcatgtgaaattattcatgattgtttgtgattttgcaatttttaattaggttaatttattggagaatacagATAATCAACATTTATTTGAGAAGCATTAGCTGGAAATCAGAGAGGTCGTGATTTACTATAGAGCAGAGAAGATGAGGAGTTTTTTTCCTCTAGCTGTTATATGCAAAGCTTGAATATTTCAATGGAG
AGTAATTGGAAGCATAACCAGAGAAAGAAAAAAAGCAAATCCAGTTTTCTATCCAATGGCCATGCTTATAGATCCTCCAGGATAGTCCTCGGACCTCTAAAATATTGTGCATGTGAAGGAATTTTCAAGCAATCATCACTTGAGGGCTGCCTTATTCTGCTTATATTCTATTGGGGACATGTTTACATATGAAAGTTTTG
AAGGGGTCTTTGGCCATGTTTTTAGGTATTGAATTTAAAAATAATGCAATAAAATTTAATTTGTTATTGGGGTTTGAAAATTCATTCAATTCAAGAAGTACAAAGTTACAAACACATTTTGCAAAAGGTTTTATACATTTTTCTCTCATTCCTGCGGCCACC
Intron 5 GTAAGTGTAT ... TTTTATCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.43 | 14 | 8 | 11 |
| A2 | 27.06 | 31 | 11 | 12 |
| A3 | 28.3 | 19 | 4 | 11 |
| A4 | 26.67 | 22 | 7 | 9 |
| A5 | 52.94 | 4 | 2 | 7 |
| A6 | 23.29 | 56 | 12 | 22 |
| A7 | 24.32 | 70 | 18 | 27 |
| A8 | 20.51 | 93 | 21 | 27 |
| A9 | 20.62 | 77 | 23 | 17 |
| A10 | 22.94 | 84 | 12 | 38 |
>TRINITY_DN44538_c5_g5_i7 from sample A8 / Example spliced isoformCGTGCTTTTCCATCGAATCTATGAAAAAAGTAAACCTACACCAAACCCAAATTCAATTTACAAATCAAGCTTTTCCGTCCAATCCGAGATCAAACTTAAAGAAAGCGCCCACAGGGAAAGAAAAAAACACAGACTCTAAAGGAATTTATGTAGAGTGTTTTCCTGGTGCAAATTATTTATACAGGTCTGAAGCATTTAAA
TAGCTGCAAGCAGAGCAAAACGAGCTATACGGTATTCTATTCACGTCGAATACATCGAAAGCTTCGTGTGCCAGTGCTGTCGATTTTGAACAGGTTGGTTATGCTTTCCAATTCTTCTAGGGTGGACGAATCGACTTTTCAATGAACCGACGCCAAGAGCTTTGCCGGAACTTTCAACGGGGCAGTTGCCAATATGGTGC
ACGATGCAAGTTTCTTCACCAAACCCAACAGCAGCAACAACCAAACCCTTATGGCTTTGGCGTGCAAAATCCATCTCAGGGAAGGAGTGGATTCAATTTTGGTGCAAATAATCAGAATCAACAGAAGGAACGAGGGAATCGTTTTCTACCATTATCTGGGGCTGGTTCGTTGGGATCTCAACAGAATGATTCTCAACCCA
AGGTGGCAAATCACGTGTGTGACGATCCAAATCTATGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATACCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCCCCTTCAA
CAAATTGTTCAGAGGGAGATGAGTTTATTTAATACCAAAATGGCAGAATTTGACAGTCTTCTCCGTAATCCATACAAACCTCCTTCAAGTTCAAGTTTTGGTGGGCTTAGTTCCTCTCCATCTCCATTCTCAGTTTCACCTCATGGTGGGTTTCAAAGCAATGCTCATGCATTAGTTCCAAGTGTTGGTCAGTTTGGAGG
TGGAGTTAGTGGTGGATTTCAAACCAATGCTGGATTTGGGGCTGGTGCAGGCCCAATTGCTTCCAGTTTTAAAAGCACATCATCTGGTTTTGCAAATCAAGCCCAAAGTTCCTTTCCTGCTTTTGGCAAGGCTTCAGGTTCTCCAAACAATTTCCCTACACAACAAAATCTCAGCTCTCCTGTAACTGGTTTTGGTGCCA
ACAATTCACCATTTGGAGCATCAGGACCTTTTGAATCTCAAGGTGCCAATCAAAGTCCATTTGGAAACATATCAAGCATGAACACTTTCAACTCTCAAAGTAGTGGCAGTTCTTTCAGCAACAACCCCTTTTCCAGTGCTGCAGCAAATTCAATGCCCATCTCAAATTTTGGGAATCGTACAGTCATTGCCCCAAAGGAT
GTCAATGTTTCTGGAAATTTATTTGGGACCAGTGCACAACCTTTTATAAATATGCCGTCAGTGGCACCTGCAGGTTTTGTATCTCCAGTTAATTTGCCAAACTCCAGTCAGTCTCAACAGAATGACATATGGTTGAAAGAGACATGGACTCTTGGAGAGATTCCAGAAGATGAACCCCCGCCATATGCACTGAGATGAGC
TTTATGAAGTCGTTAGCTTGTTTATAAAGGCAACAATACCACTGGTTCCAGCAGGACACTTATACTTTGAAGTACTTTGAAGTGAAGATCTGGTATTCTTCTTGTGCCCTATCTATTTGTGGTAAAAGGGAGGAACAAAACAGATCTCTCGATGAATATGATAATCAACATTTATTTGAGAAGCATTAGCTGGAAATCAG
AGAGGTCGTGATTTACTATAGAGCAGAGAAGATGAGGAGTTTTTTTCCTCTAGCTGTTATATGCAAAGCTTGAATATTTCAATGGAGAGTAATTGGAAGCATAACCAGAGAAAGAAAAAAAGCAAATCCAGTTTTCTATCCAATGGCCATGCTTATAGATCCTCCAGGATAGTCCTCGGACCTCTAAAATATTGTGCATG
TGAAGGAATTTTCAAGCAATCATCACTTGAGGGCTGCCTTATTCTGCTTATATTCTATTGGGGACATGTTTACATATGAAAGTTTTGAAGGGGTCTTTGGCCATGTTTTTAGGTATTGAATTTAAAAATAATGCAATAAAATTTAATTTGTTATTGGGGTTTGAAAATTCATTCAATTCAAGAAGTACAAAGTTACAAAC
ACATTTTGCAAAAGGTTTTATACATTTTTCTCTCATTCCTGCGGCCACAACACATTTTCATATGGGAGACATTTAGGTTAACTTGATATACACATCATTCTCTCATTCCCGCA
>TRINITY_DN44538_c5_g5_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:CGTGCTTTTCCATCGAATCTATGAAAAAAGTAAACCTACACCAAACCCAAATTCAATTTACAAATCAAGCTTTTCCGTCCAATCCGAGATCAAACTTAAAGAAAGCGCCCACAGGGAAAGAAAAAAACACAGACTCTAAAGGAATTTATGTAGAGTGTTTTCCTGGTGCAAATTATTTATACAGGTCTGAAGCATTTAAA
TAGCTGCAAGCAGAGCAAAACGAGCTATACGGTATTCTATTCACGTCGAATACATCGAAAGCTTCGTGTGCCAGTGCTGTCGATTTTGAACAGGTTGGTTATGCTTTCCAATTCTTCTAGGGTGGACGAATCGACTTTTCAATGAACCGACGCCAAGAGCTTTGCCGGAACTTTCAACGGGGCAGTTGCCAATATGGTGC
ACGATGCAAGTTTCTTCACCAAACCCAACAGCAGCAACAACCAAACCCTTATGGCTTTGGCGTGCAAAATCCATCTCAGGGAAGGAGTGGATTCAATTTTGGTGCAAATAATCAGAATCAACAGAAGGAACGAGGGAATCGTTTTCTACCATTATCTGGGGCTGGTTCGTTGGGATCTCAACAGAATGATTCTCAACCCA
AGGTGGCAAATCACGTGTGTGACGATCCAAATCTATGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATACCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCCCCTTCAA
CAAATTGTTCAGAGGGAGATGAGTTTATTTAATACCAAAATGGCAGAATTTGACAGTCTTCTCCGTAATCCATACAAACCTCCTTCAAGTTCAAGTTTTGGTGGGCTTAGTTCCTCTCCATCTCCATTCTCAGTTTCACCTCATGGTGGGTTTCAAAGCAATGCTCATGCATTAGTTCCAAGTGTTGGTCAGTTTGGAGG
TGGAGTTAGTGGTGGATTTCAAACCAATGCTGGATTTGGGGCTGGTGCAGGCCCAATTGCTTCCAGTTTTAAAAGCACATCATCTGGTTTTGCAAATCAAGCCCAAAGTTCCTTTCCTGCTTTTGGCAAGGCTTCAGGTTCTCCAAACAATTTCCCTACACAACAAAATCTCAGCTCTCCTGTAACTGGTTTTGGTGCCA
ACAATTCACCATTTGGAGCATCAGGACCTTTTGAATCTCAAGGTGCCAATCAAAGTCCATTTGGAAACATATCAAGCATGAACACTTTCAACTCTCAAAGTAGTGGCAGTTCTTTCAGCAACAACCCCTTTTCCAGTGCTGCAGCAAATTCAATGCCCATCTCAAATTTTGGGAATCGTACAGTCATTGCCCCAAAGGAT
GTCAATGTTTCTGGAAATTTATTTGGGACCAGTGCACAACCTTTTATAAATATGCCGTCAGTgtaagtgtatgatttgaataagtcttttcaaattttaatgagctattttgagagaaacagagtagaagaaagagatattaaatacaaataaattatgtacatagaaacatgattttgaagagtttctcacttattacc
ttgttctgtagaacagatgttcaactataagctgaccagcaaaatacagaataactgatgaaattgtgataagattaactgtaaagttcaaacaatgaaaatgatctttctgaaacccagccttatgcttgatgattgtttaatgagtatgcatttatggaagaaggtaactgatcaatggagttcatgtttgtttgctt
accagtttgtgcaaatacattcttatttattcaatttatgaaagtggtttttaaaatgagcataaaaaattgacatagcactggttgatgttgcatagaacttgtatttttagttctgcactttttttctttctttttcagattcacttttgcggtaaatagaaaggatttatttaattgtcagttgtcttttggttggt
tctatctgaacatttggtttcccaattctcgaatttatttgcctttagctgtttgtttgattggtcaggtgttatagtgtaggggtcttgttattttggacagtgattggatatgcattaattgaaaggcaaattaaaatatctgaattacttttgacttttactaagctttaaatgaaaattacttgttttcttttatc
tttttatccagGGCACCTGCAGGTTTTGTATCTCCAGTTAATTTGCCAAACTCCAGTCAGTCTCAACAGAATGACATATGGTTGAAAGAGACATGGACTCTTGGAGAGATTCCAGAAGATGAACCCCCGCCATATGCACTGAGATGAGCTTTATGAAGTCGTTAGCTTGTTTATAAAGGCAACAATACCACTGGTTCCAG
CAGGACACTTATACTTTGAAGTACTTTGAAGTGAAGATCTGGTATTCTTCTTGTGCCCTATCTATTTGTGGTAAAAGGGAGGAACAAAACAGATCTCTCGATGAATATGGTAAATTACCAGTTATCCCTGTTTGTCATATATTTTGAGGAAATTATTTTGAAATGTTTAGTCTGCTTGTATTTGAAGCATGTGAAATTAT
TCATGATTGTTTGTGATTTTGCAATTTTTAATTAGGTTAATTTATTGGAGAATACAGATAATCAACATTTATTTGAGAAGCATTAGCTGGAAATCAGAGAGGTCGTGATTTACTATAGAGCAGAGAAGATGAGGAGTTTTTTTCCTCTAGCTGTTATATGCAAAGCTTGAATATTTCAATGGAGAGTAATTGGAAGCATA
ACCAGAGAAAGAAAAAAAGCAAATCCAGTTTTCTATCCAATGGCCATGCTTATAGATCCTCCAGGATAGTCCTCGGACCTCTAAAATATTGTGCATGTGAAGGAATTTTCAAGCAATCATCACTTGAGGGCTGCCTTATTCTGCTTATATTCTATTGGGGACATGTTTACATATGAAAGTTTTGAAGGGGTCTTTGGCCA
TGTTTTTAGGTATTGAATTTAAAAATAATGCAATAAAATTTAATTTGTTATTGGGGTTTGAAAATTCATTCAATTCAAGAAGTACAAAGTTACAAACACATTTTGCAAAAGGTTTTATACATTTTTCTCTCATTCCTGCGGCCACAACACATTTTCATATGGGAGACATTTAGGTTAACTTGATATACACATCATTCTCT
CATTCCCGCA
Intron 6 GTATGTACAT ... TCTGGAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.49 | 42.5 | 3.2 | 20.7 |
| A2 | 18.63 | 38.7 | 7.8 | 8.9 |
| A3 | 25.76 | 38.4 | 3 | 13.3 |
| A4 | 26.78 | 38.1 | 3.8 | 14.1 |
| A5 | 22.59 | 30.9 | 3.5 | 9 |
| A6 | 11.51 | 39.3 | 0.4 | 5.4 |
| A7 | 5.4 | 40.1 | 1.1 | 2.7 |
| A8 | 1.5 | 37.5 | 1.3 | 0.6 |
| A9 | 6.26 | 69.8 | 0.7 | 5.7 |
| A10 | 4.91 | 45.1 | 0.5 | 2.7 |
>TRINITY_DN119599_c3_g1_i21 from sample A1 / Example spliced isoformGAAAAAAGTAAACCTACACCAAACCCAAATTCAATTTACAAATCAAGCTTTTCCGTCCAATCCGAGATCAAACTTAAAGAAAGCGCCCACAGGGAAAGAAAAAAACACAGACTCTAAAGGAATTTATGTAGAGTGTTTTCCTGGTGCAAATTATTTATACAGGTCTGAAGCATTTAAATAGCTGCAAGCAGAGCAAAACG
AGCTATACGGTATTCTATTCACGTCGAATACATCGAAAGCTTCGTGTGCCAGTGCTGTCGATTTTGAACAGGTTGGTTATGCTTTCCAATTCTTCTAGGGTGGACGAATCGACTTTTCAATGAACCGACGCCAAGAGCTTTGCCGGAACTTTCAACGGGGCAGTTGCCAATATGGTGCACGATGCAAGTTTCTTCACCAA
ACCCAACAGCAGCAACAACCAAACCCTTATGGCTTTGGCGTGCAAAATCCATCTCAGGGAAGGAGTGGATTCAATTTTGGTGCAAATAATCAGAATCAACAGAAGGAACGAGGGAATCGTTTTCTACCATTATCTGGGGCTGGTTCGTTGGGATCTCAACAGAATGATTCTCAACCCAAGGTGGCAAATCACGTGTGTGA
CGATCCAAATCTATGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATACCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCCCCTTCAACAAATTGTTCAGAGGGAGATGA
GTTTATTTAATACCAAAATGGCAGAATTTGACAGTCTTCTCCGTAATCCATACAAACCTCCTTCAAGTTCAAGTTTTGGTGGGCTTAGTTCCTCTCCATCTCCATTCTCAGTTTCACCTCATGGTGGGTTTCAAAGCAATGCTCATGCATTAGTTCCAAGTGTTGGTCAGTTTGGAGGTGGAGTTAGTGGTGGATTTCAA
ACCAATGCTGGATTTGGGGCTGGTGCAGGCCCAATTGCTTCCAGTTTTAAAAGCACATCATCTGGTTTTGCAAATCAAGCCCAAAGTTCCTTTCCTGCTTTTGGCAAGGCTTCAGGTTCTCCAAACAATTTCCCTACACAACAAAATCTCAGCTCTCCTGTAACTGGTTTTGGTGCCAACAATTCACCATTTGGAGCATC
AGGTTCTTTCAATGCATACTCATCACATTTGAATTTAGGAGTGTCTTTCAATCTGTTATTTTGCTTATCATCTATTCTCTGCATGATATTTTGC
>TRINITY_DN119599_c3_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCTCAACAGAATGATTCTCAACCAAAGGTGGCAAATCACGTgtatgtacattttccagttttaagaagggcagtcatttacgttgttctctaggttgtgtttaatttatatcactgcttacattttgtattgtatgttgactaaattgtaattaaccagaatttggctggatctggaatagGTGTGACGATCCAAATCTA
TGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATAGTAAGGCTTATAAAATTGTTGCAATTGCTTCTCAGTTTTACAGAGGCTAAAATAGTGTTTAGCTGGATTAATAGTTCTTAGAATAGAGTTTATATTTTTGGAAGTTGGATAATATATGATCAC
TTAGGAATTTATATATAACTTGAATCTTTTCTCTGTTGGCTTTGTTCTGATGTTAGTCTGTTGGTTATTAATGGTAATGAACCAAATTAATACAATAATTTGGTATCATGCTTTTCCAGCCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCC
CCTTCAACAAATTGTGAGTATTACAAATGTCCATGTTACTTATAATTTTCAACCATCATTTGATGTTTGAACTTTGAACTGATTAGAAATAAAGGTTTGGCCTTCATGATGATTTAATTGAATCGTTTTAT
Intron 7 GTTAATTTAT ... GAGAATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 39.47 | 23 | 16 | 14 |
| A2 | 44.44 | 20 | 13 | 19 |
| A3 | 45.45 | 36 | 26 | 34 |
| A4 | 43.21 | 23 | 22 | 13 |
| A5 | 42.31 | 15 | 8 | 14 |
| A6 | 42.94 | 101 | 61 | 91 |
| A7 | 41.44 | 118 | 62 | 105 |
| A8 | 44.44 | 160 | 106 | 150 |
| A9 | 43.78 | 122 | 81 | 109 |
| A10 | 44.44 | 85 | 60 | 76 |
>TRINITY_DN119599_c3_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformGAAAAAAGTAAACCTACACCAAACCCAAATTCAATTTACAAATCAAGCTTTTCCGTCCAATCCGAGATCAAACTTAAAGAAAGCGCCCACAGGGAAAGAAAAAAACACAGACTCTAAAGGAATTTATGTAGAGTGTTTTCCTGGTGCAAATTATTTATACAGGTCTGAAGCATTTAAATAGCTGCAAGCAGAGCAAAACG
AGCTATACGGTATTCTATTCACGTCGAATACATCGAAAGCTTCGTGTGCCAGTGCTGTCGATTTTGAACAGGTTGGTTATGCTTTCCAATTCTTCTAGGGTGGACGAATCGACTTTTCAATGAACCGACGCCAAGAGCTTTGCCGGAACTTTCAACGGGGCAGTTGCCAATATGGTGCACGATGCAAGTTTCTTCACCAA
ACCCAACAGCAGCAACAACCAAACCCTTATGGCTTTGGCGTGCAAAATCCATCTCAGGGAAGGAGTGGATTCAATTTTGGTGCAAATAATCAGAATCAACAGAAGGAACGAGGGAATCGTTTTCTACCATTATCTGGGGCTGGTTCGTTGGGATCTCAACAGAATGATTCTCAACCCAAGGTGGCAAATCACGTGTGTGA
CGATCCAAATCTATGCAAACAACAAATGATTGAAGATTTTAAAAATGAGCGACCTCTTTGGAAACTTACATGCTATGGTCATTGGAAATACCTCCCTTGTGATATTAGTGGGGACATAAGCCATGAAGAGTTGCGATTTGCTGCCTATGATGATGCTAAACGAGGAATGCCCCTTCAACAAATTGTTCAGAGGGAGATGA
GTTTATTTAATACCAAAATGGCAGAATTTGACAGTCTTCTCCGTAATCCATACAAACCTCCTTCAAGTTCAAGTTTTGGTGGGCTTAGTTCCTCTCCATCTCCATTCTCAGTTTCACCTCATGGTGGGTTTCAAAGCAATGCTCATGCATTAGTTCCAAGTGTTGGTCAGTTTGGAGGTGGAGTTAGTGGTGGATTTCAA
ACCAATGCTGGATTTGGGGCTGGTGCAGGCCCAATTGCTTCCAGTTTTAAAAGCACATCATCTGGTTTTGCAAATCAAGCCCAAAGTTCCTTTCCTGCTTTTGGCAAGGCTTCAGGTTCTCCAAACAATTTCCCTACACAACAAAATCTCAGCTCTCCTGTAACTGGTTTTGGTGCCAACAATTCACCATTTGGAGCATC
AGGACCTTTTGAATCTCAAGGTGCCAATCAAAGTCCATTTGGAAACATATCAAGCATGAACACTTTCAACTCTCAAAGTAGTGGCAGTTCTTTCAGCAACAACCCCTTTTCCAGTGCTGCAGCAAATTCAATGCCCATCTCAAATTTTGGGAATCGTACAGTCATTGCCCCAAAGGATGTCAATGTTTCTGGAAATTTAT
TTGGGACCAGTGCACAACCTTTTATAAATATGCCGTCAGTGGCACCTGCAGGTTTTGTATCTCCAGTTAATTTGCCAAACTCCAGTCAGTCTCAACAGAATGACATATGGTTGAAAGAGACATGGACTCTTGGAGAGATTCCAGAAGATGAACCCCCGCCATATGCACTGAGATGAGCTTTATGAAGTCGTTAGCTTGTT
TATAAAGGCAACAATACCACTGGTTCCAGCAGGACACTTATACTTTGAAGTACTTTGAAGTGAAGATCTGGTATTCTTCTTGTGCCCTATCTATTTGTGGTAAAAGGGAGGAACAAAACAGATCTCTCGATGAATATGATAATCAACATTTATTTGAGAAGCATTAGCTGGAAATCAGAGAGGTCGTGATTTACTATAGA
GCAGAGAAGATGAGGAGTTTTTTTCCTCTAGCTGTTATATGCAAAGCTTGAATATTTCAATGGAGAGTAATTGGAAGCATAACCAGAGAAAGAAAAAAAGCAAATCCAGTTTTCTATCCAATGGCCATGCTTATAGATCCTCCAGGATAGTCCTCGGACCTCTAAAATATTGTGCATGTGAAGGAATTTTCAAGCAATCA
TCACTTGAGGGCTGCCTTATTCTGCTTATATTCTATTGGGGACATGTTTACATATGAAAGTTTTGAAGGGGTCTTTGGCCATGTTTTTAGGTATTGAATTTAAAAATAATGCAATAAAATTTAATTTGTTATTGGGGTTTGAAAATTCATTCAATTCAAGAAGTACAAAGTTACAAACACATTTTGCAAAAGGTTTTATA
CATTTTTCTCTCATTCCTGCGGCCACAACACATTTTCATATGGGAGACATTTAGGTTAACTTGATATACACATCATTCTCTC
>TRINITY_DN119599_c3_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGATGACTAATTTGATTTCTGTGATTGGAAGCAATCAAATCTGTGATAAGGAAAGTGTAAATCTCTGGGATTTGCAAGTTTTGTGATTTTTCAGAAAATGAGCTTTGCAAGTAACTGTCATAATGTTCCACTGCTAATATATATGCATATATATTTATTTTTTGCCAGATTCCAGAAGATGAACCCCCGCCATATGCACT
GAGATGAGCTTTATGAAGTCGTTAGCTTGTTTATAAAGGCAACAATACCACTGGTTCCAGCAGGACACTTATACTTTGAAGTACTTTGAAGTGAAGATCTGGTATTCTTCTTGTGCCCTATCTATTTGTGGTAAAAGGGAGGAACAAAACAGATCTCTCGATGAATATGgttaatttattggagaatacagATAATCAAC
ATTTATTTGAGAAGCATTAGCTGGAAATCAGAGAGGTCGTGATTTACTATAGAGCAGAGAAGATGAGGAGTTTTTTTCCTCTAGCTGTTATATGCAAAGCTTGAATATTTCAATGGAGAGTAATTGGAAGCATAACCAGAGAAAGAAAAAAAGCAAATCCAGTTTTCTATCCAATGGCCATGCTTATAGATCCTCCAGGA
TAGTCCTCGGACCTCTAAAATATTGTGCATGTGAAGGAATTTTCAAGCAATCATCACTTGAGGGCTGCCTTATTCTGCTTATATTCTATTGGGGACATGTTTACATATGAAAGTTTTGAAGGGGTCTTTGGCCATGTTTTTAGGTATTGAATTTAAAAATAATGCAATAAAATTTAATTTGTTATTGGGGTTTGAAAATT
CATTCAATTCAAGAAGTACAAAGTTACAAACACATTTTGCAAAAGGTTTTATACATTTTTCTCTCATTCCTGCGGCCACAACACATTTTCATATGGGAGACATTTAGGTTAACTTGATATACACATCATTCTCTC