sp|Q9ZPY7|XPO2_ARATH ----> Exportin-2
Intron 1 GTAAGATTTT ... TAGTGTCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.36 | 31 | 26.7 | 3 |
| A2 | 51.04 | 23.7 | 35.7 | 14 |
| A3 | 39.46 | 28.3 | 31 | 6 |
| A4 | 47.18 | 25 | 32.7 | 12 |
| A5 | 48.27 | 18 | 26.7 | 7 |
| A6 | 51.23 | 13 | 13.3 | 14 |
| A7 | 45.65 | 16.7 | 19 | 9 |
| A8 | 37.93 | 9 | 5 | 6 |
| A9 | 39.45 | 22 | 19.7 | 9 |
| A10 | 47.83 | 12 | 17 | 5 |
>TRINITY_DN42946_c1_g2_i15 from sample A6 / Example spliced isoformATAATAACACAGCCGGGCGGGACAGGGTAAGCGAATGAGGCAGCCCTAAGGTATAAAGCGAGAATAATACCCGTCGAAATATCTTTTCATCAACGCAATTCTTCTCAGAGGAGGAAGAGGAGGAGCACACAAAGAAAGCTCGGTCTCGGCTATCTGCTCATCCCAGGGCCGTTGCGGATACACGTAAGAGTTTGCTTAGA
TGGCGCTATCGACGGCTGATCTTCCGACTTTGTACACTTTATTGACGAATGCGTTGAGTCCGGATGAGAATTTGCGCAAGCCTGCCGAGGCAACTCTGTCGGCCTGTGAAAGCAGACCTGGTTTCTGCTCCTGTCTCTTGGGCGAATGCAGGAGATCATTGCTGCAAAGGATTTGGAGACGCAAAATAATACCCGTTGGT
TGGCATCAGTCTACTTCAAGAACAGTATAAATCGATATTGGAGGCAGAGGCGAGATTCTTTGGTTGAGCTGGATTTAATAAAGTGCATATATCCGTGAGCCTGGTGTTTACTTTGTTACACAAGGCATTTCAAGGCGCTTACACATGAATCAAGATGATGCTTTTGCTTTAAAAGATTGCTCTTCAAGAATGTAATTATT
TTCCCTACATTTTTCTTTCAGTCGGTGAAGTTATTATTGATTCGATGGTTTGAAGATCTTCTTTTCCTCAGTTTCATTTGGATCAAATCACTTCATTGTAACAGAGTTCTAGTGGTTTAAATTTTAAAAAGTCTTTCTGGTAGACTTCATTTCCCTCAAAAGCAATCAACCATTTTCAAAATAGTCTAATGCAATAATTC
TCAAAATTTTAGTATTGCGCATACAACAATTTGAGTTTAGGATGAAAGTTTCCTCAAATGGTTTGGTACTTTCGAATGGTTGCATATATTAGAACAGTGAGACAGATTTTTTAGCTAAACCTTCCTTAATTTTGCAGGATTAAAGTTTACTTACATCATTGTTTCATACCCTATATTGTCTAATTCATTGAGCC
>TRINITY_DN42946_c1_g2_i16 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATAATAACACAGCCGGGCGGGACAGGGTAAGCGAATGAGGCAGCCCTAAGGTATAAAGCGAGAATAATACCCGTCGAAATATCTTTTCATCAACGCAATTCTTCTCAGAGGAGGAAGAGGAGGAGCACACAAAGAAAGCTCGGTCTCGGCTATCTGCTCATCCCAGGGCCGTTGCGGATACACGTAAGAGTTTGCTTAGA
TGGCGCTATCGACGGCTGATCTTCCGACTTTGTACACTTTATTGACGAATGCGTTGAGTCCGGATGAGAATTTGCGCAAGCCTGCCGAGGCAACTCTGTCGGCCTGTGAAAGCAGACCTGGTTTCTGCTCCTGTCTCTTGGGCGAATGCAGGAGATCATTGCTGCAAAGGATTTGGAGACGCAAAATAATACCCGTTGGT
TGGCATCAGTCTACTTCAAGAACAGTATAAATCGATATTGGAGGCAGAGGCGAGATTCTTTgtaagattttctgaacataatgcctgtgtgtgattggctgcatttgcatttctttctgaagacgtctgatcctgcacttagtgtcaagGGTTGAGCTGGATTTAATAAAGTGCATATATCCGTGAGCCTGGTGTTTACT
TTGTTACACAAGGCATTTCAAGGCGCTTACACATGAATCAAGATGATGCTTTTGCTTTAAAAGATTGCTCTTCAAGAATGTAATTATTTTCCCTACATTTTTCTTTCAGTCGGTGAAGTTATTATTGATTCGATGGTTTGAAGATCTTCTTTTCCTCAGTTTCATTTGGATCAAATCACTTCATTGTAACAGAGTTCTAG
TGGTTTAAATTTTAAAAAGTCTTTCTGGTAGACTTCATTTCCCTCAAAAGCAATCAACCATTTTCAAAATAGTCTAATGCAATAATTCTCAAAATTTTAGTATTGCGCATACAACAATTTGAGTTTAGGATGAAAGTTTCCTCAAATGGTTTGGTACTTTCGAATGGTTGCATATATTAGAACAGTGAGACAGATTTTTT
AGCTAAACCTTCCTTAATTTTGCAGGATTAAAGTTTACTTACATCATTGTTTCATACCCTATATTGTCTAATTCATTGAGCC
Intron 2 GTGCAAATAT ... TTTCCCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 84.89 | 22 | 143 | 104.2 |
| A2 | 79.46 | 23 | 117 | 61 |
| A3 | 85.9 | 16 | 119 | 76 |
| A4 | 90.43 | 9 | 105 | 65 |
| A5 | 86.96 | 9 | 60 | 60 |
| A6 | 83.49 | 12 | 64.3 | 57 |
| A7 | 84.99 | 19 | 121.2 | 94 |
| A8 | 78.63 | 20 | 74.2 | 73 |
| A9 | 76.58 | 21 | 85.3 | 52 |
| A10 | 89.09 | 12 | 120 | 76 |
>TRINITY_DN41926_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformGTGCAAGAGTTTGACTCAAAGGTCTGGGATGAATCAAGTGGTGAAAGTCTGCTTAGAATTCAAGTTATACTTGCAGTGCAAAATTTCGTGGTGGCTCTTGGTCCTCAGTCACCTATTTCCTATAACATGTTGCTACCTATTCTACAGTTCAGTACTGATATAAATAGTCCAGACGAACTCAATCTCCTGGAGGATGGAGT
GCTGTTATGGGAGGCTGCCCTCAATCACGCGCCTTCAATGGTTCCACAACTGTTGGATCTTTTTCCAAATCTCATAGCTATTATGGAGAAGAGCTTTGAACATTTACCGGTGGCAATGAAAATCATCGAGTGCTACATCCTTTTAGGTGGAGTAAATTTCCTGAACCTGCATGCTGCAGGTGTGGCCAAAGTTTTGGATG
GGGTTGTTGGAAATGTTAATGAGAAGGGAATGCTGTCCACTCTGCCTGTTATAGAAATACTTGTTCAGTGCTTTCCTGGAGATGCGCCTCCTCTGCTAGGTGGAATACTGCAGAAACTTATCATAGTTTTTATTGGTGGAGGAGATGAGTCTAATCCCTCGAAAGCAGCAATAAGGGCATCTGCAGGGGCAATCTTAGCA
AGGCTTCTTGTGCAAAATAGTAATTATTTCGCACATTTAACTACACAGTCTTCACTTTCAACTCTACTGCAGCAATCAGGGATGAAAGTGGATCAAAATATTCTTCTTTGTCTGGTTGATGCTTGGCTTGACAAGGTTGACAATGTAACTATTATTCCTAGAAAGGCTTATGCTTTGGCACTTTGTGTTTTGTTGACTTT
AAGAGAACCTCAGATTCTTGAGAAGCTAGACCAAATAATCAGTGTCTGTACAAGTATACTTATGTGTGATATTGATCAAAATGGGAGCGAAGAATCTAGTTATGAAAGTCTTCATTCCATCGAAAATCATGAAGACGTAGTTTCATCAGCTGGTGAAGAAACTAAAGAGTTTAGGAAGAGACAGGTGAAATCATCTGATC
CAATCAAGAATATGTCTTTGGCTAATGCATTGAAAGAGAACCTTCAAGCGTGTGCTTCTTTACATGGAGATGTGGCATTCAGTGCAGCTATGTCCAGACTGCACCCTACTGTCATGGGACAGTTGCAGCAATTTTTGAAGAATTAATATTGGAGCTTGAACATCATTCAAATGATTGTAATCTATAGAAGGCAATCATTC
TTTGTACCATTCTGCGGTCTGATGTGTTTTTCTCTATACCATTTTATTCATACGCCATTGCGCTGGCACAAGTTTTAAATCAAGTGAAATAAGCCATAGAAGATTCATTCTATTGGATGACGAAAGTCAGGCTGCTGACATATACGCAATCCATCTGCTACAAAAGAATCTTTGCAGATTGTGTGCGGTTGCAAGAGTTG
CATTAATTTTGTCCATACAGAAAATTGGTTATTCTATCAGAGATGTCAATATTGAATATTCTTCAAGCTTTTGTAAAATGGTTTACCTGGCCAGCCTTGTTGTCTATAAGGCTACGATACATAAGGGATATCGGGATTCTAATTCTGATGAGATTTGATGTTTAATGCGAGAACAGCTAATGCGCTGTAAGGTGTGTATT
ATTTAATCTATATGGTGTTTGCACCGTTGAATAAACATTGGGGTTATTCATTTCAGGCTTCCAATATATTTGGTTCAATTTTATAGCATTTTTGTATGAGCTTCTAATCAAATTTTTTGGCCACTCTGGAGTATTTTGCAAAGAATTCTAGGATGTCAGCGCATTATTGGAATTGTTCGATCAGTTGGTTGACTCTTGTA
GGATGTTCCTGTGAGCGGCTTCTTGTGAAATATTTACTGCCATTTTTCTCAAGCATTTGGCAGAGAGCTCCAGCAAATGGAGGTATAATTGCAATTGTTCAATTAGGTGAATGATGAGTCACAAATTTCCTCTTCAACTATGTTTGGTGAACACTACCATGATATTTGATAATTTTGGAAAATCATAATTGTTCCGTAAG
TTGTATATATACAGCAATAGCTGTACATTGAAGGTAGATCTGCGACATGGAATAGTTAAAGAAAATGTGAGACATTTAAGCTATGATTTGATACAAAAAAGTGTAAAACCTTGGCTGAATTGAATTTATTTTGTTCCAGTGAAGATGAGGGAATCGCACCTTTAGAAAGTGCCTTTGTAGTAATCCATAATTGGTGAGCA
AGTGCCTTTGTAGTAATCCATAATTGGTGAGCAAGTCTGCTCGAGAGTGTTGGAATTTCCGGTAGTAGACTTGAATTCTCTTCCAAATTAGAAATCACTTAGTCTGAGCAAATCTGATAGTATTGGAATTTCCAGTTGTAGACTTTGAGTTCAGTTGAGCAAGTCTGCTTGAGATTAGGGGAAATTCCAGCAGACTTTGA
GAACTGTTGGGCAAGTCTGCTTGAGATTGGGGTAATTTCTAGTAGACTTTTGTGTATCTATCTCTTCCAGTCTAGAAATCACTTTGGTTTACCTATGTTCATTTGCACAATCGCTACTTCTGCTTATACTGTGCTTGCAATTTCAGAGCTGTCAGTTCTTTTGCCATTTAAGACATGTATTTGTTACGGAGTTGCTACCA
GCTTGCCTACAACACTTTCTCGTCTTAAGAGCTTATTTATAGATTTCTTGTTTCTATTTTTATATGTTAT
>TRINITY_DN41926_c0_g1_i16 from sample A8 / Example unspliced isoform:TAATAATAACACAGCCGGGCGGGACAGGGTAAGCGAATGAGGCAGCCCTAAGGTATAAAGCGAGAATAATACCCGTCGAAATATCTTTTCATCAACGCAATTCTTCTCAGAGGAGGAAGAGGAGGAGCACACAAAGAAAGCTCGGTCTCGGCTATCTGCTCATCCCAGGGCCGTTGCGGATACACGTAAGAGTTTGCTTA
GATGGCGCTATCGACGGCTGATCTTCCGACTTTGTACACTTTATTGACGAATGCGTTGAGTCCGGATGAGAATTTGCGCAAGCCTGCCGAGGCAACTCTGTCGGCCTGTGAAAGCAGACCTGGTTTCTGCTCCTGTCTCTTGGGCGAATGCAGGAGATCATTGCTGCAAAGGATTTGGAGACGCAAAATAATACCCGTTG
GTTGGCATCAGTCTACTTCAAGAACAGTATAAATCGATATTGGAGGCAGAGGCGAGATTCTTTAGGTATAAGCAGTTCAGAGAAACCATATTTGCGAAAGAAACTTTTGGAACTCATAAGGGAGGAAAATCTGCAGATTGCAGTTCAAATGGCTGTTTTGGTGTCAAAAATTGCTCGCTTTGACTATCCAAAAGAATGGC
CAGAGCTCTTCTCTATTCTTGTGCAGCAGCTTCAGTCAGCTGATATCCTTACTACTCACAGGGTGTACATGGTTCTCCATCGAACCTTGAAAGAGTTATCAACCAAACGTCTCACTGCAGATCAGCGTAACTTTGCAGAGATAACTTCTCTTCTTTTTGATTACGTATGGCATCACTGGCGTAGTGATGTGCAAACTATT
CTTCAAGAATTTTCTGCTATCGTTCAATCCCCCATAGGAACTGTATTCTCAATGGAGCGTCAACAAGCACTGCAGTTGACATGTGAGAGATGGCTGCTATGTTTAAAGACACTGCAGCGATTGATTGTTTCAGGCTTCCAAAGTGATGCAAAAAATATCCAGGAGGTTCCACCAGTTAAGGAAGTCTGCCCTTCCTTGTT
GCAGGCAGTTCAATCATTTCTTCAGTATCGTTCTGCTTTTCAGCAAGGTCACAATAATTTTCATACCTTTACAGAGAGGGCATGCTTGAAGTTGATGAAGGTTTTGATTGCAATTCAGAATGCACATCCTTATTCGTTCAGTAATCAATACGTTCTCCCCCCTATTTTGGAGTTCTGCTACAAGAAAATCACTGATCCGG
ATGCATATGTCAATTCTTTTGAACGCTTCTTGATACAGTGTATGATTTTGTTTAAGTCTGTGCTTGAATGTAAAGAGTACAAGTCCAGCAATACTGGTCGTGTAGTTGGTGATACTGTTATCACATTGGAGCAAACAAAGAATAATATTGCCAGAGAAGCTGAAGACATACTTAAGTCGCTCATGGTCAGCGAACGTGTT
GTGTTGCTGTGTAATGTGCTAATAAGAAGATATTTTATTTTTACGTCAGCTGATCTGGAGGAGTGGGCTCAAGATCCAGAAGGCTTCCATCATGAGCAGGACATGATTCAATGGATAGAGAAGTTGCGACCTTGTGCTGAGGCTCTGTATCTTACATTATTTGAAAATTACAGACAGATTTTGTCTTCTCTTGTAGTTGA
TATTCTTAAGGAGGCAATGGGTAATTGCCCTGCAGCTGAGGTTGATATAACGCCAGGAATGCTTCTAAAGGAGGCTGCTTACAGTGCTGTTGGAGTTACTCATTATGAACTGTCCAACTATATAAGCTTCAAATCATGGTTTGAAGGAGCACTTTTGCCCGAGCTTCATAACACACATTCAAATGGACGTATAATTCGTC
GCAGGGTTGCATTGATTTTCGGCCAGTGGGTACCTGAGATCAAAGGTGAGATCAGAAAGCCGGTATATTGTGCATTGCTTGGTTTGCTTCAAGATAAGGATTTAGCTGTGAAACTTGCATCTTGCCGATCTTTGTGTTCTCTCATGGAGGATGTTGAGTTCTATGAGGAAGACTTCATGGAGTATGTACCAGCATGCTTG
GACATGTGCTTTCAGACTATGCAGAATGTGCAAGAGTTTGACTCAAAGgtgcaaatattaaatttgatatcaattgtgattgatcgacttggtggaaaaattctgccatctgcagagaaattaatccgatttttccctcagGTCTGGGATGAATCAAGTGGTGAAAGTCTGCTTAGAATTCAAGTTATACTTGCAGTGCA
AAATTTCGTGGTGGCTCTTGGTCCTCAGTCACCTATTTCCTATAACATGTTGCTACCTATTCTACAGTTCAGTACTGATATAAATAGTCCAGACGAACTCAATCTCCTGGAGGATGGAGTGCTGTTATGGGAGGCTGCCCTCAATCACGCGCCTTCAATGGTTCCACAACTGTTGGATCTTTTTCCAAATCTCATAGCTA
TTATGGAGAAGAGCTTTGAACATTTACCGGTGGCAATGAAAATCATCGAGTGCTACATCCTTTTAGGTGGAGTAAATTTCCTGAACCTGCATGCTGCAGGTGTGGCCAAAGTTTTGGATGGGGTTGTTGGAAATGTTAATGAGAAGGGAATGCTGTCCACTCTGCCTGTTATAGAAATACTTGTTCAGTGCTTTCCTGGA
GATGCGCCTCCTCTGCTAGGTGGAATACTGCAGAAACTTATCATAGTTTTTATTGGTGGAGGAGATGAGTCTAATCCCTCGAAAGCAGCAATAAGGGCATCTGCAGGGGCAATCTTAGCAAGGCTTCTTGTGCAAAATAGTAATTATTTCGCACATTTAACTACACAGTCTTCACTTTCAACTCTACTGCAGCAATCAGG
GATGAAAGTGGATCAAAATATTCTTCTTTGTCTGGTTGATGCTTGGCTTGACAAGGTTGACAATGTAACTATTATTCCTAGAAAGGCTTATGCTTTGGCACTTTGTGTTTTGTTGACTTTAAGAGAACCTCAGATTCTTGAGAAGCTAGACCAAATAATCAGTGTCTGTACAAGTATACTTATGTGTGATATTGATCAAA
ATGGGAGCGAAGAATCTAGTTATGAAAGTCTTCATTCCATCGAAAATCATGAAGACGTAGTTTCATCAGCTGGTGAAGAAACTAAAGAGTTTAGGAAGAGACAGGTGAAATCATCTGATCCAATCAAGAATATGTCTTTGGCTAATGCATTGAAAGAGAACCTTCAAGCGTGTGCTTCTTTACATGGAGATGTGGCATTC
AGTGCAGCTATGTCCAGACTGCACCCTACTGTCATGGGACAGTTGCAGCAATTTTTGAAGAATTAATATTGGAGCTTGAACATCATTCAAATGATTGTAATCTATAGAAGGCAATCATTCTTTGTACCATTCTGCGGTCTGATGTGTTTTTCTCTATACCATTTTATTCATACGCCATTGCGCTGGCACAAGTTTTAAAT
CAAGTGAAATAAGCCATAGAAGATTCATTCTATTGGATGACGAAAGTCAGGCTGCTGACATATACGCAATCCATCTGCTACAAAAGAATCTTTGCAGATTGTGTGCGGTTGCAAGAGTTGCATTAATTTTGTCCATACAGAAAATTGGTTATTCTATCAGAGATGTCAATATTGAATATTCTTCAAGCTTTTGTAAAATG
GTTTACCTGGCCAGCCTTGTTGTCTATAAGGCTACGATACATAAGGGATATCGGGATTCTAATTCTGATGAGATTTGATGTTTAATGCGAGAACAGCTAATGCGCTGTAAGGTGTGTATTATTTAATCTATATGGTGTTTGCACCGTTGAATAAACATTGGGGTTATTCATTTCAGGCTTCCAATATATTTGGTTCAATT
TTATAGCATTTTTGTATGAGCTTCTAATCAAATTTTTTGGCCACTCTGGAGTATTTTGCAAAGAATTCTAGGATGTCAGCGCATTATTGGAATTGTTCGATCAGTTGGTTGACTCTTGTAGGATGTTCCTGTGAGCGGCTTCTTGTGAAATATTTACTGCCATTTTTCTCAAGCATTTGGCAGAGAGCTCCAGCAAATGG
AGGTATAATTGCAATTGTTCAATTAGGTGAATGATGAGTCACAAATTTCCTCTTCAACTATGTTTGGTGAACACTACCATGATATTTGATAATTTTGGAAAATCATAATTGTTCCGTAAGTTGTATATATACAGCAATAGCTGTACATTGAAGGTAGATCTGCGACATGGAATAGTTAAAGAAAATGTGAGACATTTAAG
CTATGATTTGATACAAAAAAGTGTAAAACCTTGGCTGAATTGAATTTATTTTGTTCCAGTGAAGATGAGGGAATCGCACCTTTAGAAAGTGCCTTTGTAGTAATCCATAATTGGTGAGCAAGTGCCTTTGTAGTAATCCATAATTGGTGAGCAAGTCTGCTCGAGAGTGTTGGAATTTCCGGTAGTAGACTTGAATTCTC
TTCCAAATTAGAAATCACTTAGTCTGAGCAAATCTGATAGTATTGGAATTTCCAGTTGTAGACTTTGAGTTCAGTTGAGCAAGTCTGCTTGAGATTAGGGGAAATTCCAGCAGACTTTGAGAACTGTTGGGCAAGTCTGCTTGAGATTGGGGTAATTTCTAGTAGACTTTTGTGTATCTATCTCTTCCAGTCTAGAAATC
ACTTTGGTTTACCTATGTTCATTTGCACAATCGCTACTTCTGCTTATACTGTGCTTGCAATTTCAGAGCTGTCAGTTCTTTTGCCATTTAAGACATGTATTTGTTACGGAGTTGCTACCAGCTTGCCTACAACACTTTCTCGTCTTAAGAGCTTATTTATAGATTTCTTGTTTCTATTTTTATATGTTAT
Intron 3 GTATGTTTCG ... TGACCAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.45 | 21 | 20 | 15 |
| A2 | 37.31 | 21 | 20 | 5 |
| A3 | 47.06 | 27 | 22 | 26 |
| A4 | 51.43 | 17 | 16 | 20 |
| A5 | 57.45 | 10 | 10 | 17 |
| A6 | 33.33 | 2 | 2 | 0 |
| A7 | 28.89 | 16 | 11 | 2 |
| A8 | 28.57 | 5 | 4 | 0 |
| A9 | 33.33 | 8 | 8 | 0 |
| A10 | 31.43 | 12 | 11 | 0 |
>TRINITY_DN114332_c12_g1_i15 from sample A3 / Example spliced isoformTAACATAATAATAATAACACAGCCGGGCGGGACAGGGTAAGCGAATGAGGCAGCCCTAAGGTATAAAGCGAGAATAATACCCGTCGAAATATCTTTTCATCAACGCAATTCTTCTCAGAGGAGGAAGAGGAGGAGCACACAAAGAAAGCTCGGTCTCGGCTATCTGCTCATCCCAGGGCCGTTGCGGATACACGTAAGAG
TTTGCTTAGATGGCGCTATCGACGGCTGATCTTCCGACTTTGTACACTTTATTGACGAATGCGTTGAGTCCGGATGAGAATTTGCGCAAGCCTGCCGAGGCAACTCTGTCGGCCTGTGAAAGCAGACCTGGTTTCTGCTCCTGTCTCTTGGGCGAATGCAGGAGATCATTGCTGCAAAGGATTTGGAGACGCAAAATAAT
ACCCGTTGGTTGGCATCAGTCTACTTCAAGAACAGTATAAATCGATATTGGAGGCAGAGGCGAGATTCTTTAGGTATAAGCAGTTCAGAGAAACCATATTTGCGAAAGAAACTTTTGGAACTCATAAGGGAGGAAAATCTGCAGATTGCAGTTCAAATGGCTGTTTTGGTGTCAAAAATTGCTCGCTTTGACTATCCAAA
AGAATGGCCAGAGCTCTTCTCTATTCTTGTGCAGCAGCTTCAGTCAGCTGATATCCTTACTACTCACAGGGTGTACATGGTTCTCCATCGAACCTTGAAAGAGTTATCAACCAAACGTCTCACTGCAGATCAGCGTAACTTTGCAGAGATAACTTCTCTTCTTTTTGATTACGTATGGCATCACTGGCGTAGTGATGTGC
AAACTATTCTTCAAGAATTTTCTGCTATCGTTCAATCCCCCATAGGAACTGTATTCTCAATGGAGCGTCAACAAGCACTGCAGTTGACATGTGAGAGATGGCTGCTATGTTTAAAGACACTGCAGCGATTGATTGTTTCAGGCTTCCAAAGTGATGCAAAAAATATCCAGGAGGTTCCACCAGTTAAGGAAGTCTGCCCT
TCCTTGTTGCAGGCAGTTCAATCATTTCTTCAGTATCGTTCTGCTTTTCAGCAAGGTCACAATAATTTTCATACCTTTACAGAGAGGGCATGCTTGAAGTTGATGAAGGTTTTGATTGCAATTCAGAATGCACATCCTTATTCGTTCAGTAATCAATACGTTCTCCCCCCTATTTTGGAGTTCTGCTACAAGAAAATCAC
TGATCCGGATGCATATGTCAATTCTTTTGAACGCTTCTTGATACAGTGTATGATTTTGTTTAAGTCTGTGCTTGAATGTAAAGAGTACAAGTCCAGCAATACTGGTCGTGTAGTTGGTGATACTGTTATCACATTGGAGCAAACAAAGAATAATATTGCCAGAGAAGCTGAAGACATACTTAAGTCGCTCATGGTCAGCG
AACGTGTTGTGTTGCTGTGTAATGTGCTAATAAGAAGGGATATTTTCACCGGCACTTGTGGAGCTAATGGATCTGGAGAATGCAGGCTGCAGCAAACCTATATCCTTGTCATTTGGCCTATAATGAGCTTTTTGAGGATAGATTTTGGCAGGGTTCTAGGGTGATATTTGGCCCAAGTTTATCTCAGATTTTGCAGGCAG
TCATTACTCAGAAAGGAAGGCATCCCTGAAGTGGTAAAAGGTCCTGTTCCTGCGTATTATTTCAATCGGAATGCATAAAGGCTATGTCTATGACTGTACTGGTTACCCCTGTATATTTTCTACAACCCCAAAATTCTCAGTACTTCGTTACGATAAGTTTTGATATGCACAGATTTGTCGTCGTCAGATTATGAAACTTT
CCAGTATCCGTGGATGCAATATTCTGCCCCCAAATCCATTTTTCAATGTGTTGGTTTATCACTGTTTGACATGTAAAGCAGATCCAGCTTAGACAGAGATAAAGGCGCTTTGTCAACATTCAAATGGAGGAAAACAGTTAGTTGATGAGATATTCAAGTTTGATGGTTGTGTGCATCTTTTGGAGT
>TRINITY_DN114332_c12_g1_i17 from sample A3 / Example unspliced isoform:TAACATAATAATAATAACACAGCCGGGCGGGACAGGGTAAGCGAATGAGGCAGCCCTAAGGTATAAAGCGAGAATAATACCCGTCGAAATATCTTTTCATCAACGCAATTCTTCTCAGAGGAGGAAGAGGAGGAGCACACAAAGAAAGCTCGGTCTCGGCTATCTGCTCATCCCAGGGCCGTTGCGGATACACGTAAGAG
TTTGCTTAGATGGCGCTATCGACGGCTGATCTTCCGACTTTGTACACTTTATTGACGAATGCGTTGAGTCCGGATGAGAATTTGCGCAAGCCTGCCGAGGCAACTCTGTCGGCCTGTGAAAGCAGACCTGGTTTCTGCTCCTGTCTCTTGGAGATCATTGCTGCAAAGGATTTGGAGACGCAAAATAATACCCGTTGGTT
GGCATCAGTCTACTTCAAGAACAGTATAAATCGATATTGGAGGCAGAGGCGAGATTCTTTAGGTATAAGCAGTTCAGAGAAACCATATTTGCGAAAGAAACTTTTGGAACTCATAAGGGAGGAAAATCTGCAGATTGCAGTTCAAATGGCTGTTTTGGTGTCAAAAATTGCTCGCTTTGACTATCCAAAAGAATGGCCAG
AGCTCTTCTCTATTCTTGTGCAGCAGCTTCAGTCAGCTGATATCCTTACTACTCACAGGGTGTACATGGTTCTCCATCGAACCTTGAAAGAGTTATCAACCAAACGTCTCACTGCAGATCAGCGTAACTTTGCAGAGATAACTTCTCTTCTTTTTGATTACGTATGGCATCACTGGCGTAGTGATGTGCAAACTATTCTT
CAAGAATTTTCTGCTATCGTTCAATCCCCCATAGGAACTGTATTCTCAATGGAGCGTCAACAAGCACTGCAGTTGACATGTGAGAGATGGCTGCTATGTTTAAAGACACTGCAGCGATTGATTGTTTCAGGCTTCCAAAGTGATGCAAAAAATATCCAGGAGGTTCCACCAGTTAAGGAAGTCTGCCCTTCCTTGTTGCA
GGCAGTTCAATCATTTCTTCAGTATCGTTCTGCTTTTCAGCAAGGTCACAATAATTTTCATACCTTTACAGAGAGGGCATGCTTGAAGTTGATGAAGGTTTTGATTGCAATTCAGAATGCACATCCTTATTCGTTCAGTAATCAATACGTTCTCCCCCCTATTTTGGAGTTCTGCTACAAGAAAATCACTGATCCGGATG
CATATGTCAATTCTTTTGAACGCTTCTTGATACAGTGTATGATTTTGTTTAAGTCTGTGCTTGAATGTAAAGAGTACAAGTCCAGCAATACTGGTCGTGTAGTTGGTGATACTGTTATCACATTGGAGCAAACAAAGAATAATATTGCCAGAGAAGCTGAAGACATACTTAAGTCGCTCATGGTCAGCGAACGTGTTGTG
TTGCTGTGTAATGTGCTAATAAGAAGgtatgtttcgagtacttagaccctcgagtgcccttcctttgtctttgtctccatgtcctaccaaaagtaaatttcattccagttaagggttatgtagaagttgtagaagtcatgtagattaagaggtatgattaattttgttcctgattaataaagaaacaaagccatgtagaa
gttggagaaagtcagtactacatttaaattcactaaaacctgattgcagggtagagatattttcttttgggaagagatacaaacatttgtgctcaagggatgttctagattcttcctgtttaggaatttgtgtaatcttatattttttggactagtttgtgatcttatatgcagaattggcttgggagagccagaaggtt
gtagagatagagatccctacatttgaataatgttcaaattacacttttaaaattcatcaattatgtgctctttgaacacccagcccttaaatggggtcaacaataacttataagttatgtttcaccctgcttttgggatggggggcagagcctctcctctgacacacccaaatagaaaaaaatataaaagtaatggacaa
ttagtaatttttttgttactgatcaattacaaataaacataatgcatcctctaattacacaaaatttcaagtaggcgaattcttgcttttctcattgttaccctcattttatcatgggtgtccacatgtgaaattttttcacatcttcagcagtggggtttcatttgttgggttgatctatgccttatttttttttagat
gctagtagctgttgagtgggctgtgtgataaatgacttggctattgttatactcatatggttggccatagctgatgggttttcaagtattatatccaagttactaaagaagaaatgagtgcttttatgaccagcagGGATATTTTCACCGGCACTTGTGGAGCTAATGGATCTGGAGAATGCAGGCTGCAGCAAACCTAT
ATCCTTGTCATTTGGCCTATAATGAGCTTTTTGAGGATAGATTTTGGCAGGGTTCTAGGGTGATATTTGGCCCAAGTTTATCTCAGATTTTGCAGGCAGTCATTACTCAGAAAGGAAGGCATCCCTGAAGTGGTAAAAGGTCCTGTTCCTGCGTATTATTTCAATCGGAATGCATAAAGGCTATGTCTATGACTGTACTG
GTTACCCCTGTATATTTTCTACAACCCCAAAATTCTCAGTACTTCGTTACGATAAGTTTTGATATGCACAGATTTGTCGTCGTCAGATTATGAAACTTTCCAGTATCCGTGGATGCAATATTCTGCCCCCAAATCCATTTTTCAATGTGTTGGTTTATCACTGTTTGACATGTAAAGCAGATCCAGCTTAGACAGAGATA
AAGGCGCTTTGTCAACATTCAAATGGAGGAAAACAGTTAGTTGATGAGATATTCAAGTTTGATGGTTGTGTGCATCTTTTGGAGT
Intron 4 GCATGCTATT ... ATTTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.6 | 95 | 31 | 34.8 |
| A2 | 21.95 | 64 | 18 | 15.3 |
| A3 | 32.74 | 76 | 37 | 21 |
| A4 | 30 | 63 | 27 | 20.7 |
| A5 | 24.14 | 44 | 14 | 6.7 |
| A6 | 42.11 | 11 | 8 | 5.2 |
| A7 | 12.5 | 42 | 6 | 11.2 |
| A8 | 21.74 | 18 | 5 | 3.3 |
| A9 | 21.62 | 29 | 8 | 4.3 |
| A10 | 37.31 | 42 | 25 | 2.2 |
>TRINITY_DN126617_c7_g2_i32 from sample A1 / Example spliced isoformTAATAACACAGCCGGGCGGGACAGGGTAAGCGAATGAGGCAGCCCTAAGGTATAAAGCGAGAATAATACCCGTCGAAATATCTTTTCATCAACGCAATTCTTCTCAGAGGAGGAAGAGGAGGAGCACACAAAGAAAGCTCGGTCTCGGCTATCTGCTCATCCCAGGGCCGTTGCGGATACACGTAAGAGTTTGCTTAGAT
GGCGCTATCGACGGCTGATCTTCCGACTTTGTACACTTTATTGACGAATGCGTTGAGTCCGGATGAGAATTTGCGCAAGCCTGCCGAGGCAACTCTGTCGGCCTGTGAAAGCAGACCTGGTTTCTGCTCCTGTCTCTTGGAGATCATTGCTGCAAAGGATTTGGAGACGCAAAATAATACCCGTTGGTTGGCATCAGTCT
ACTTCAAGAACAGTATAAATCGATATTGGAGGCAGAGGCGAGATTCTTTAGGTATAAGCAGTTCAGAGAAACCATATTTGCGAAAGAAACTTTTGGAACTCATAAGGGAGGAAAATCTGCAGATTGCAGTTCAAATGGCTGTTTTGGTGTCAAAAATTGCTCGCTTTGACTATCCAAAAGAATGGCCAGAGCTCTTCTCT
ATTCTTGTGCAGCAGCTTCAGTCAGCTGATATCCTTACTACTCACAGGGTGTACATGGTTCTCCATCGAACCTTGAAAGAGTTATCAACCAAACGTCTCACTGCAGATCAGCGTAACTTTGCAGAGATAACTTCTCTTCTTTTTGATTACGTATGGCATCACTGGCGTAGTGATGTGCAAACTATTCTTCAAGAATTTTC
TGCTATCGTTCAATCCCCCATAGGAACTGTATTCTCAATGGAGCGTCAACAAGCACTGCAGTTGACATGTGAGAGATGGCTGCTATGTTTAAAGACACTGCAGCGATTGATTGTTTCAGGCTTCCAAAGTGATGCAAAAAATATCCAGGAGGTTCCACCAGTTAAGGAAGTCTGCCCTTCCTTGTTGCAGGCAGTTCAAT
CATTTCTTCAGTATCGTTCTGCTTTTCAGCAAGGTCACAATAATTTTCATACCTTTACAGAGAGGGCATGCTTGAAGTTGATGAAGGTTTTGATTGCAATTCAGAATGCACATCCTTATTCGTTCAGTAATCAATACGTTCTCCCCCCTATTTTGGAGTTCTGCTACAAGAAAATCACTGATCCGGATGCATATGTCAAT
TCTTTTGAACGCTTCTTGATACAGTGTATGATTTTGTTTAAGTCTGTGCTTGAATGTAAAGAGTACAAGTCCAGCAATACTGGTCGTGTAGTTGGTGATACTGTTATCACATTGGAGCAAACAAAGAATAATATTGCCAGAGAAGCTGAAGACATACTTAAGTCGCTCATGGTCAGCGAACGTGTTGTGTTGCTGTGTAA
TGTGCTAATAAGAAGATATTTTATTTTTACGTCAGCTGATCTGGAGGAGTGGGCTCAAGATCCAGAAGGCTTCCATCATGAGCAGGACATGATTCAATGGATAGAGAAGTTGCGACCTTGTGCTGAGGCTCTGTATCTTACATTATTTGAAAATTACAGACAGATTTTGTCTTCTCTTGTAGTTGATATTCTTAAGGAGG
CAATGGGTAATTGCCCTGCAGCTGAGGTTGATATAACGCCAGGAATGCTTCTAAAGGAGGCTGCTTACAGTGCTGTTGGAGTTACTCATTATGAACTGTCCAACTATATAAGCTTCAAATCATGGTTTGAAGGAGCACTTTTGCCCGAGCTTCATAACACACATTCAAATGGACGTATAATTCGTCGCAGGGTTGCATTG
ATTTTCGGCCAGTGGGTACCTGAGGTTTGGCATAATAACCTGGCTTGAGCCATGTTGCTTGATTGTTAAAATATAACCAAAATGTTGTGCTGAAGTTTACTATCATGAATGCCTTTGTCTGAGTTACTTGTTAAGGAGTTGAGATGTTCTATTTTCTGTGGGATGTTATAATTCAAATTTCTTGTATTTGTTAGGTTACT
GTTGCTGTGCATTGTAACTTGATGTAGTTTGCTATGTTATAATGCAAGTATCCTCCATGGTCGTTGTGTCTTGGCAAAGGGGGCAGGGTGCATGGATGCAGGTGCAGGTGTGTGCATATGGTTGCACCAATTTTGAATTTGGGTGCAAGGTTTTGAAATTTTAGCTACTTTCATAAACTGGTCATTATGAGAGTAATTTA
AAAAAAATTCTTTAGCATAATTACACATGAAAGTACCAAC
>TRINITY_DN126617_c7_g2_i30 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAATAACACAGCCGGGCGGGACAGGGTAAGCGAATGAGGCAGCCCTAAGGTATAAAGCGAGAATAATACCCGTCGAAATATCTTTTCATCAACGCAATTCTTCTCAGAGGAGGAAGAGGAGGAGCACACAAAGAAAGCTCGGTCTCGGCTATCTGCTCATCCCAGGGCCGTTGCGGATACACGTAAGAGTTTGCTTAGAT
GGCGCTATCGACGGCTGATCTTCCGACTTTGTACACTTTATTGACGAATGCGTTGAGTCCGGATGAGAATTTGCGCAAGCCTGCCGAGGCAACTCTGTCGGCCTGTGAAAGCAGACCTGGTTTCTGCTCCTGTCTCTTGGGCGAATGCAGGAGATCATTGCTGCAAAGGATTTGGAGACGCAAAATAATACCCGTTGGTT
GGCATCAGTCTACTTCAAGAACAGTATAAATCGATATTGGAGGCAGAGGCGAGATTCTTTAGGTATAAGCAGTTCAGAGAAACCATATTTGCGAAAGAAACTTTTGGAACTCATAAGGGAGGAAAATCTGCAGATTGCAGTTCAAATGGCTGTTTTGGTGTCAAAAATTGCTCGCTTTGACTATCCAAAAGAATGGCCAG
AGCTCTTCTCTATTCTTGTGCAGCAGCTTCAGTCAGCTGATATCCTTACTACTCACAGGGTGTACATGGTTCTCCATCGAACCTTGAAAGAGTTATCAACCAAACGTCTCACTGCAGATCAGCGTAACTTTGCAGAGATAACTTCTCTTCTTTTTGATTACGTATGGCATCACTGGCGTAGTGATGTGCAAACTATTCTT
CAAGAATTTTCTGCTATCGTTCAATCCCCCATAGGAACTGTATTCTCAATGGAGCGTCAACAAGCACTGCAGTTGACATGTGAGAGATGGCTGCTATGTTTAAAGACACTGCAGCGATTGATTGTTTCAGGCTTCCAAAGTGATGCAAAAAATATCCAGgcatgctatttttttagtttaataagttatgtcctttttgt
tcaggttgatataaacttcttacatcatttctgtttattgcttttgttgttggtgtttgtttggagggaactatagtagtttgctagttattactatttagtgtttatacccaacaatggtaagttaccttaatctttttctcttataacaggaggagctatagtagcatttttaattattacaatttgttgtttgtacc
caacattttggcagGAGGTTCCACCAGTTAAGGAAGTCTGCCCTTCCTTGTTGCAGGCAGTTCAATCATTTCTTCAGTATCGTTCTGCTTTTCAGCAAGGTCACAATAATTTTCATACCTTTACAGAGAGGGCATGCTTGAAGTTGATGAAGGTTTTGATTGCAATTCAGAATGCACATCCTTATTCGTTCAGTAATCAA
TACGTTCTCCCCCCTATTTTGGAGTTCTGCTACAAGAAAATCACTGATCCGGATGCATATGTCAATTCTTTTGAACGCTTCTTGATACAGTGTATGATTTTGTTTAAGTCTGTGCTTGAATGTAAAGAGTACAAGTCCAGCAATACTGGTCGTGTAGTTGGTGATACTGTTATCACATTGGAGCAAACAAAGAATAATAT
TGCCAGAGAAGCTGAAGACATACTTAAGTCGCTCATGGTCAGCGAACGTGTTGTGTTGCTGTGTAATGTGCTAATAAGAAGATATTTTATTTTTACGTCAGCTGATCTGGAGGAGTGGGCTCAAGATCCAGAAGGCTTCCATCATGAGCAGGACATGATTCAATGGATAGAGAAGTTGCGACCTTGTGCTGAGGCTCTGT
ATCTTACATTATTTGAAAATTACAGACAGATTTTGTCTTCTCTTGTAGTTGATATTCTTAAGGAGGCAATGGGTAATTGCCCTGCAGCTGAGGTTGATATAACGCCAGGAATGCTTCTAAAGGAGGCTGCTTACAGTGCTGTTGGAGTTACTCATTATGAACTGTCCAACTATATAAGCTTCAAATCATGGTTTGAAGGA
GCACTTTTGCCCGAGCTTCATAACACACATTCAAATGGACGTATAATTCGTCGCAGGGTTGCATTGATTTTCGGCCAGTGGGTACCTGAGATCAAAGGTGAGATCAGAAAGCCGGTATATTGTGCATTGCTTGGTTTGCTTCAAGATAAGGATTTAGCTGTGAAACTTGCATCTTGCCGATCTTTGTGTTCTCTCATGGA
GGATGTTGAGTTCTATGAGGAAGACTTCATGGAGTATGTACCAGCATGCTTGGACATGTGCTTTCAGACTATGCAGAATGTGCAAGAGTTTGACTCAAAGGTGCAAATATTAAATTTGATATCAATTGTGATTGATCGACTTGGTGGAAAAATTCTGCCATCTGCAGAGAAATTAATCCGATTTTTCCCTCAGGTCTGGG
ATGAATCAAGTGGTGAAAGTCTGCTTAGAATTCAAGTTATACTTGCAGTGCAAAATTTCGTGGTGGCTCTTGGTCCTCAGTCACCTATTTCCTATAACATGTTGCTACCTATTCTACAGTTCAGTACTGATATAAATAGTCCAGACGAACTCAATCTCCTGGAGGATGGAGTGCTGTTATGGGAGGCTGCCCTCAATCAC
GCGCCTTCAATGGTTCCACAACTGTTGGATCTTTTTCCAAATCTCATAGCTATTATGGAGAAGAGCTTTGAACATTTACCGGTGGCAATGAAAATCATCGAGTGCTACATCCTTTTAGGTGGAGTAAATTTCCTGAACCTGCATGCTGCAGGTGTGGCCAAAGTTTTGGATGGGGTTGTTGGAAATGTTAATGAGAAGGG
AATGCTGTCCACTCTGCCTGTTATAGAAATACTTGTTCAGTGCTTTCCTGGAGATGCGCCTCCTCTGCTAGGTGGAATACTGCAGAAACTTATCATAGTTTTTATTGGTGGAGGAGATGAGTCTAATCCCTCGAAAGCAGCAATAAGGGCATCTGCAGGGGCAATCTTAGCAAGGCTTCTTGTGCAAAATAGTAATTATT
TCGCACATTTAACTACACAGTCTTCACTTTCAACTCTACTGCAGCAATCAGGGATGAAAGTGGATCAAAATATTCTTCTTTGTCTGGTTGATGCTTGGCTTGACAAGGTTGACAATGTAACTATTATTCCTAGAAAGGCTTATGCTTTGGCACTTTGTGTTTTGTTGACTTTAAGAGAACCTCAGATTCTTGAGAAGCTA
GACCAAATAATCAGTGTCTGTACAAGTATACTTATGTGTGATATTGATCAAAATGGGAGCGAAGAATCTAGTTATGAAAGTCTTCATTCCATCGAAAATCATGAAGACGTAGTTTCATCAGCTGGTGAAGAAACTAAAGAGTTTAGGAAGAGACAGGTGAAATCATCTGATCCAATCAAGAATATGTCTTTGGCTAATGC
ATTGAAAGAGAACCTTCAAGCGTGTGCTTCTTTACATGGAGATGTGGCATTCAGTGCAGCTATGTCCAGACTGCACCCTACTGTCATGGGACAGTTGCAGCAATTTTTGAAGAATTAATATTGGAGCTTGAACATCATTCAAATGATTGTAATCTATAGAAGGCAATCATTCTTTGTACCATTCTGCGGTCTGATGTGTT
TTTCTCTATACCATTTTATTCATACGCCATTGCGCTGGCACAAGTTTTAAATCAAGTGAAATAAGCCATAGAAGATTCATTCTATTGGATGACGAAAGTCAGGCTGCTGACATATACGCAATCCATCTGCTACAAAAGAATCTTTGCAGATTGTGTGCGGTTGCAAGAGTTGCATTAATTTTGTCCATACAGAAAATTGG
TTATTCTATCAGAGATGTCAATATTGAATATTCTTCAAGCTTTTGTAAAATGGTTTACCTGGCCAGCCTTGTTGTCTATAAGGCTACGATACATAAGGGATATCGGGATTCTAATTCTGATGAGATTTGATGTTTAATGCGAGAACAGCTAATGCGCTGTAAGGTGTGTATTATTTAATCTATATGGTGTTTGCACCGTT
GAATAAACATTGGGGTTATTCATTTCAGGCTTCCAATATATTTGGTTCAATTTTATAGCATTTTTGTATGAGCTTCTAATCAAATTTTTTGGCCACTCTGGAGTATTTTGCAAAGAATTCTAGGATGTCAGCGCATTATTGGAATTGTTCGATCAGTTGGTTGACTCTTGTAGGATGTTCCTGTGAGCGGCTTCTTGTGA
AATATTTACTGCCATTTTTCTCAAGCATTTGGCAGAGAGCTCCAGCAAATGGAGGTATAATTGCAATTGTTCAATTAGGTGAATGATGAGTCACAAATTTCCTCTTCAACTATGTTTGGTGAACACTACCATGATATTTGATAATTTTGGAAAATCATAATTGTTCCGTAAGTTGTATATATACAGCAATAGCTGTACAT
TGAAGGTAGATCTGCGACATGGAATAGTTAAAGAAAATGTGAGACATTTAAGCTATGATTTGATACAAAAAAGTGTAAAACCTTGGCTGAATTGAATTTATTTTGTTCCAGTGAAGATGAGGGAATCGCACCTTTAGAAAGTGCCTTTGTAGTAATCCATAATTGGTGAGCAAGTGCCTTTGTAGTAATCCATAATTGGT
GAGCAAGTCTGCTCGAGAGTGTTGGAATTTCCGGTAGTAGACTTGAATTCTCTTCCAAATTAGAAATCACTTAGTCTGAGCAAATCTGATAGTATTGGAATTTCCAGTTGTAGACTTTGAGTTCAGTTGAGCAAGTCTGCTTGAGATTAGGGGAAATTCCAGCAGACTTTGAGAACTGTTGGGCAAGTCTGCTTGAGATT
GGGGTAATTTCTAGTAGACTTTTGTGTATCTATC
Intron 5 GTAAGATTTT ... TTTCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.98 | 23 | 27 | 8 |
| A2 | 64.77 | 20 | 37.5 | 11 |
| A3 | 50.34 | 29 | 29.5 | 6 |
| A4 | 57.52 | 24 | 32.5 | 2 |
| A5 | 57.78 | 20 | 27.5 | 6 |
| A6 | 48.08 | 14 | 13 | 8 |
| A7 | 58.72 | 13 | 18.5 | 3 |
| A8 | 45.45 | 6 | 5 | 8 |
| A9 | 51.99 | 18 | 19.5 | 0 |
| A10 | 65.38 | 9 | 17 | 2 |
>TRINITY_DN42946_c1_g2_i7 from sample A6 / Example spliced isoformATAATAACACAGCCGGGCGGGACAGGGTAAGCGAATGAGGCAGCCCTAAGGTATAAAGCGAGAATAATACCCGTCGAAATATCTTTTCATCAACGCAATTCTTCTCAGAGGAGGAAGAGGAGGAGCACACAAAGAAAGCTCGGTCTCGGCTATCTGCTCATCCCAGGGCCGTTGCGGATACACGTAAGAGTTTGCTTAGA
TGGCGCTATCGACGGCTGATCTTCCGACTTTGTACACTTTATTGACGAATGCGTTGAGTCCGGATGAGAATTTGCGCAAGCCTGCCGAGGCAACTCTGTCGGCCTGTGAAAGCAGACCTGGTTTCTGCTCCTGTCTCTTGGGCGAATGCAGGAGATCATTGCTGCAAAGGATTTGGAGACGCAAAATAATACCCGTTGGT
TGGCATCAGTCTACTTCAAGAACAGTATAAATCGATATTGGAGGCAGAGGCGAGATTCTTTTCGGTGAAGTTATTATTGATTCGATGGTTTGAAGATCTTCTTTTCCTCAGTTTCATTTGGATCAAATCACTTCATTGTAACAGAGTTCTAGTGGTTTAAATTTTAAAAAGTCTTTCTGGTAGACTTCATTTCCCTCAAA
AGCAATCAACCATTTTCAAAATAGTCTAATGCAATAATTCTCAAAATTTTAGTATTGCGCATACAACAATTTGAGTTTAGGATGAAAGTTTCCTCAAATGGTTTGGTACTTTCGAATGGTTGCATATATTAGAACAGTGAGACAGATTTTTTAGCTAAACCTTCCTTAATTTTGCAGGATTAAAGTTTACTTACATCATT
GTTTCATACCCTATATTGTCTAATTCATTGAGCC
>TRINITY_DN42946_c1_g2_i16 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATAATAACACAGCCGGGCGGGACAGGGTAAGCGAATGAGGCAGCCCTAAGGTATAAAGCGAGAATAATACCCGTCGAAATATCTTTTCATCAACGCAATTCTTCTCAGAGGAGGAAGAGGAGGAGCACACAAAGAAAGCTCGGTCTCGGCTATCTGCTCATCCCAGGGCCGTTGCGGATACACGTAAGAGTTTGCTTAGA
TGGCGCTATCGACGGCTGATCTTCCGACTTTGTACACTTTATTGACGAATGCGTTGAGTCCGGATGAGAATTTGCGCAAGCCTGCCGAGGCAACTCTGTCGGCCTGTGAAAGCAGACCTGGTTTCTGCTCCTGTCTCTTGGGCGAATGCAGGAGATCATTGCTGCAAAGGATTTGGAGACGCAAAATAATACCCGTTGGT
TGGCATCAGTCTACTTCAAGAACAGTATAAATCGATATTGGAGGCAGAGGCGAGATTCTTTgtaagattttctgaacataatgcctgtgtgtgattggctgcatttgcatttctttctgaagacgtctgatcctgcacttagtgtcaagggttgagctggatttaataaagtgcatatatccgtgagcctggtgtttact
ttgttacacaaggcatttcaaggcgcttacacatgaatcaagatgatgcttttgctttaaaagattgctcttcaagaatgtaattattttccctacatttttctttcagTCGGTGAAGTTATTATTGATTCGATGGTTTGAAGATCTTCTTTTCCTCAGTTTCATTTGGATCAAATCACTTCATTGTAACAGAGTTCTAG
TGGTTTAAATTTTAAAAAGTCTTTCTGGTAGACTTCATTTCCCTCAAAAGCAATCAACCATTTTCAAAATAGTCTAATGCAATAATTCTCAAAATTTTAGTATTGCGCATACAACAATTTGAGTTTAGGATGAAAGTTTCCTCAAATGGTTTGGTACTTTCGAATGGTTGCATATATTAGAACAGTGAGACAGATTTTTT
AGCTAAACCTTCCTTAATTTTGCAGGATTAAAGTTTACTTACATCATTGTTTCATACCCTATATTGTCTAATTCATTGAGCC
Intron 6 GTATGTTTAT ... GGCGCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.43 | 112 | 16 | 49 |
| A2 | 27.87 | 88 | 4 | 34 |
| A3 | 25.3 | 129.9 | 9 | 44 |
| A4 | 26.95 | 122 | 14 | 45 |
| A5 | 21.05 | 75 | 5 | 20 |
| A6 | 27.27 | 64 | 1 | 24 |
| A7 | 20.31 | 102 | 1 | 26 |
| A8 | 22.81 | 44 | 1 | 13 |
| A9 | 19.53 | 103 | 0 | 25 |
| A10 | 24.35 | 87 | 0 | 28 |
>TRINITY_DN118717_c0_g1_i19 from sample A2 / Example spliced isoformTAATAACACAGCCGGGCGGGACAGGGTAAGCGAATGAGGCAGCCCTAAGGTATAAAGCGAGAATAATACCCGTCGAAATATCTTTTCATCAACGCAATTCTTCTCAGAGGAGGAAGAGGAGGAGCACACAAAGAAAGCTCGGTCTCGGCTATCTGCTCATCCCAGGGCCGTTGCGGATACACGTAAGAGTTTGCTTAGAT
GGCGCTATCGACGGCTGATCTTCCGACTTTGTACACTTTATTGACGAATGCGTTGAGTCCGGATGAGAATTTGCGCAAGCCTGCCGAGGCAACTCTGTCGGCCTGTGAAAGCAGACCTGGTTTCTGCTCCTGTCTCTTGGGCGAATGCAGGAGATCATTGCTGCAAAGGATTTGGAGACGCAAAATAATACCCGTTGGTT
GGCATCAGTCTACTTCAAGAACAGTATAAATCGATATTGGAGGCAGAGGCGAGATTCTTTAGGTATAAGCAGTTCAGAGAAACCATATTTGCGAAAGAAACTTTTGGAACTCATAAGGGAGGAAAATCTGCAGATTGCAGTTCAAATGGCTGTTTTGGTGTCAAAAATTGCTCGCTTTGACTATCCAAAAGAATGGCCAG
AGCTCTTCTCTATTCTTGTGCAGCAGCTTCAGTCAGCTGATATCCTTACTACTCACAGGGTGTACATGGTTCTCCATCGAACCTTGAAAGAGTTATCAACCAAACGTCTCACTGCAGATCAGCGTAACTTTGCAGAGATAACTTCTCTTCTTTTTGATTACGTATGGCATCACTGGCGTAGTGATGTGCAAACTATTCTT
CAAGAATTTTCTGCTATCGTTCAATCCCCCATAGGAACTGTATTCTCAATGGAGCGTCAACAAGCACTGCAGTTGACATGTGAGAGATGGCTGCTATGTTTAAAGACACTGCAGCGATTGATTGTTTCAGGCTTCCAAAGTGATGCAAAAAATATCCAGGAGGTTCCACCAGTTAAGGAAGTCTGCCCTTCCTTGTTGCA
GGCAGTTCAATCATTTCTTCAGTATCGTTCTGCTTTTCAGCAAGGTCACAATAATTTTCATACCTTTACAGAGAGGGCATGCTTGAAGTTGATGAAGGTTTTGATTGCAATTCAGAATGCACATCCTTATTCGTTCAGTAATCAATACGTTCTCCCCCCTATTTTGGAGTTCTGCTACAAGAAAATCACTGATCCGGATG
CATATGTCAATTCTTTTGAACGCTTCTTGATACAGTGTATGATTTTGTTTAAGTCTGTGCTTGAATGTAAAGAGTACAAGTCCAGCAATACTGGTCGTGTAGTTGGTGATACTGTTATCACATTGGAGCAAACAAAGAATAATATTGCCAGAGAAGCTGAAGACATACTTAAGTCGCTCATGGTCAGCGAACGTGTTGTG
TTGCTGTGTAATGTGCTAATAAGAAGATATTTTATTTTTACGTCAGCTGATCTGGAGGAGTGGGCTCAAGATCCAGAAGGCTTCCATCATGAGCAGGACATGATTCAATGGATAGAGAAGTTGCGACCTTGTGCTGAGGCTCTGTATCTTACATTATTTGAAAATTACAGACAGATTTTGTCTTCTCTTGTAGTTGATAT
TCTTAAGGAGGCAATGGGTAATTGCCCTGCAGCTGAGGTTGATATAACGCCAGGAATGCTTCTAAAGGAGGCTGCTTACAGTGCTGTTGGAGTTACTCATTATGAACTGTCCAACTATATAAGCTTCAAATCATGGTTTGAAGGAGCACTTTTGCCCGAGCTTCATAACACACATTCAAATGGACGTATAATTCGTCGCA
GGGTTGCATTGATTTTCGGCCAGTGGGTACCTGAGATCAAAGGTGAGATCAGAAAGCCGGTATATTGTGCATTGCTTGGTTTGCTTCAAGATAAGGATTTAGCTGTGAAACTTGCATCTTGCCGATCTTTGTGTTCTCTCATGGAGGATGTTGAGTTCTATGAGGAAGACTTCATGGAGTATGTACCAGCATGCTTGGAC
ATGTGCTTTCAGACTATGCAGAATGTGCAAGAGTTTGACTCAAAGGTGCAAATATTAAATTTGATATCAATTGTGATTGATCGACTTGGTGGAAAAATTCTGCCATCTGCAGAGAAATTAATCCGATTTTTCCCTCAGGTCTGGGATGAATCAAGTGGTGAAAGTCTGCTTAGAATTCAAGTTATACTTGCAGTGCAAAA
TTTCGTGGTGGCTCTTGGTCCTCAGTCACCTATTTCCTATAACATGTTGCTACCTATTCTACAGTTCAGTACTGATATAAATAGTCCAGACGAACTCAATCTCCTGGAGGATGGAGTGCTGTTATGGGAGGCTGCCCTCAATCACGCGCCTTCAATGGTTCCACAACTGTTGGATCTTTTTCCAAATCTCATAGCTATTA
TGGAGAAGAGCTTTGAACATTTACCGGT
>TRINITY_DN118717_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTTGTGTTCATGTCATATATATTGGTACTCCTGCTTGGCTGTGCATATTTTCAGAATTGAAAGAATCTAACATGTAAAACAATTTTGAGCAGTGTAGTTTACAGCCAGGAAGTTTAGCTATTGCATTCTATTTTTCTTGGAGATGAGGGAAAGCCATACATGTGGTGATTGTGCTGTGAATGAACAAGGCCATCTTGAAG
AACAATTGTGTTTCATGATTGTGATTATCTTATTGAAGATGGATGAATTTTTTTGTTATGTTCCATTCACTTATGTTTCATTTTCACCTCATGTATTGATTCTTCTGTTACTTGTGATATGGCAGATCAAAGGTGAGATCAGAAAGCCGGTATATTGTGCATTGCTTGGTTTGCTTCAAGATAAGGATTTAGCTGTGAAA
gtatgtttatctttatgccattgtgtgaaatatacgagtgtttccaccattctcatatgaaatgtcatctgtttattatggaggcttgtactttttaacgttttgtgaattcacaaagtagcatttcttttgctctagattatctactttactgctctatgctgataaaatggatacctcttgagccaatttgattaaaa
tggaaatggcttactttattcttttcattttcttccattttataacttctgagttttcggcgcttcagCTTGCATCTTGCCGATCTTTGTGTTCTCTCATGGAGGATGTTGAGTTCTATGAGGAAGACTTCATGGAGTATGTACCAGCATGCTTGGACATGTGCTTTCAGACTATGCAGAATGTGCAAGAGTTTGACTCA
AAGGTGCAAATATTAAATTTGATATCAATTGTGATTGATCGACTTGGTGGAAAAATTCTGCCATCTGCAGAGAAATTAATCCGATTTTTCCCTCAGGTCTGGGATGAATCAAGTGGTGAAAGTCTGCTTAGAATTCAAGTTATACTTGCAGTGCAAAATTTCGTGGTGGCTCTTGGTCCTCAGTCACCTATTTCCTATAA
CATGTTGCTACCTATTCTACAGTTCAGTACTGATATAAATAGTCCAGACGAACTCAATCTCCTGGAGGATGGAGTGCTGTTATGGGAGGCTGCCCTCAATCACGCGCCTTCAATGGTTCCACAACTGTTGGATCTTTTTCCAAATCTCATAGCTATTATGGAGAAGAGCTTTGAACATTTACCGGT
Intron 7 GTGTGTATTA ... CACTCTGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.24 | 32 | 45 | 25 |
| A2 | 62.79 | 16 | 33 | 21 |
| A3 | 57.3 | 19 | 37 | 14 |
| A4 | 46.43 | 30 | 36 | 16 |
| A5 | 58.62 | 6 | 9 | 8 |
| A6 | 61.92 | 91 | 238 | 58 |
| A7 | 63.33 | 66 | 167 | 61 |
| A8 | 64.12 | 148 | 413 | 116 |
| A9 | 68.09 | 56 | 170 | 69 |
| A10 | 69.54 | 30 | 85 | 52 |
>TRINITY_DN126617_c7_g2_i15 from sample A1 / Example spliced isoformAGTGTTTTGGAATATTTTTCATTAAAAATTTTGGTGGATCAGTGGGTCATAAAAGCACTGGAAGTTTCAGGATCCTTTTCAAAATTTCATCATCTGTTTGATTTTCCATGGGATCTGTTTCATGGGCTCGGGATCTATTTCCTTCCCTAGGGGATTCCTTTCCATGACGGATTCTAGGTAGATCCTGGAGGACCTGGATC
CATCTCCATGGATCCTACACATTGGGATGGCGGATCTGGTAACACTGTTAAACGTTTTAGAAAAGGAAATAGCCTGTGAATGTTCCTGTAATGTTTTTGGTGATTGGTCTTGTATAAGAGAGATATTTAGCTTTATTAAGGTGGAGGTTGTCTTGACAATCATGCAAACTCAAAGTACTCTTGACAATCATGCAAAGTAC
CCTTAAATATCCTGGAAATAACTTTTACACGAACCCAAGTGGTTGAAAGCAAATACCTAGTTAAATATTAAATGCTACATGTTACATGAATTCAAGCCAGCAATTGCAACTTTTGATTAGCTGCTACACTTTACTTGCATTACTAGAACTTCTTTGTAGATTACAAGCTGCAGTAAAATTATCATTTGTGTTGACACCTA
CAGTCGATTGTCAAAAAATATATGTTGTTTCATGAGAGTTCATTAAGAACTATATCACTAAACTGTTTTCCTTTGTTATGTGATACAGGTTCTGCTTTTCAGCAAGGTCACAATAATTTTCATACCTTTACAGAGAGGGCATGCTTGAAGTTGATGAAGGTTTTGATTGCAATTCAGAATGCACATCCTTATTCGTTCAG
TAATCAATACGTTCTCCCCCCTATTTTGGAGTTCTGCTACAAGAAAATCACTGATCCGGATGCATATGTCAATTCTTTTGAACGCTTCTTGATACAGTGTATGATTTTGTTTAAGTCTGTGCTTGAATGTAAAGAGTACAAGTCCAGCAATACTGGTCGTGTAGTTGGTGATACTGTTATCACATTGGAGCAAACAAAGA
ATAATATTGCCAGAGAAGCTGAAGACATACTTAAGTCGCTCATGGTCAGCGAACGTGTTGTGTTGCTGTGTAATGTGCTAATAAGAAGATATTTTATTTTTACGTCAGCTGATCTGGAGGAGTGGGCTCAAGATCCAGAAGGCTTCCATCATGAGCAGGACATGATTCAATGGATAGAGAAGTTGCGACCTTGTGCTGAG
GCTCTGTATCTTACATTATTTGAAAATTACAGACAGATTTTGTCTTCTCTTGTAGTTGATATTCTTAAGGAGGCAATGGGTAATTGCCCTGCAGCTGAGGTTGATATAACGCCAGGAATGCTTCTAAAGGAGGCTGCTTACAGTGCTGTTGGAGTTACTCATTATGAACTGTCCAACTATATAAGCTTCAAATCATGGTT
TGAAGGAGCACTTTTGCCCGAGCTTCATAACACACATTCAAATGGACGTATAATTCGTCGCAGGGTTGCATTGATTTTCGGCCAGTGGGTACCTGAGATCAAAGGTGAGATCAGAAAGCCGGTATATTGTGCATTGCTTGGTTTGCTTCAAGATAAGGATTTAGCTGTGAAACTTGCATCTTGCCGATCTTTGTGTTCTC
TCATGGAGGATGTTGAGTTCTATGAGGAAGACTTCATGGAGTATGTACCAGCATGCTTGGACATGTGCTTTCAGACTATGCAGAATGTGCAAGAGTTTGACTCAAAGGTGCAAATATTAAATTTGATATCAATTGTGATTGATCGACTTGGTGGAAAAATTCTGCCATCTGCAGAGAAATTAATCCGATTTTTCCCTCAG
GTCTGGGATGAATCAAGTGGTGAAAGTCTGCTTAGAATTCAAGTTATACTTGCAGTGCAAAATTTCGTGGTGGCTCTTGGTCCTCAGTCACCTATTTCCTATAACATGTTGCTACCTATTCTACAGTTCAGTACTGATATAAATAGTCCAGACGAACTCAATCTCCTGGAGGATGGAGTGCTGTTATGGGAGGCTGCCCT
CAATCACGCGCCTTCAATGGTTCCACAACTGTTGGATCTTTTTCCAAATCTCATAGCTATTATGGAGAAGAGCTTTGAACATTTACCGGTGGCAATGAAAATCATCGAGTGCTACATCCTTTTAGGTGGAGTAAATTTCCTGAACCTGCATGCTGCAGGTGTGGCCAAAGTTTTGGATGGGGTTGTTGGAAATGTTAATG
AGAAGGGAATGCTGTCCACTCTGCCTGTTATAGAAATACTTGTTCAGTGCTTTCCTGGAGATGCGCCTCCTCTGCTAGGTGGAATACTGCAGAAACTTATCATAGTTTTTATTGGTGGAGGAGATGAGTCTAATCCCTCGAAAGCAGCAATAAGGGCATCTGCAGGGGCAATCTTAGCAAGGCTTCTTGTGCAAAATAGT
AATTATTTCGCACATTTAACTACACAGTCTTCACTTTCAACTCTACTGCAGCAATCAGGGATGAAAGTGGATCAAAATATTCTTCTTTGTCTGGTTGATGCTTGGCTTGACAAGGTTGACAATGTAACTATTATTCCTAGAAAGGCTTATGCTTTGGCACTTTGTGTTTTGTTGACTTTAAGAGAACCTCAGATTCTTGA
GAAGCTAGACCAAATAATCAGTGTCTGTACAAGTATACTTATGTGTGATATTGATCAAAATGGGAGCGAAGAATCTAGTTATGAAAGTCTTCATTCCATCGAAAATCATGAAGACGTAGTTTCATCAGCTGGTGAAGAAACTAAAGAGTTTAGGAAGAGACAGGTGAAATCATCTGATCCAATCAAGAATATGTCTTTGG
CTAATGCATTGAAAGAGAACCTTCAAGCGTGTGCTTCTTTACATGGAGATGTGGCATTCAGTGCAGCTATGTCCAGACTGCACCCTACTGTCATGGGACAGTTGCAGCAATTTTTGAAGAATTAATATTGGAGCTTGAACATCATTCAAATGATTGTAATCTATAGAAGGCAATCATTCTTTGTACCATTCTGCGGTCTG
ATGTGTTTTTCTCTATACCATTTTATTCATACGCCATTGCGCTGGCACAAGTTTTAAATCAAGTGAAATAAGCCATAGAAGATTCATTCTATTGGATGACGAAAGTCAGGCTGCTGACATATACGCAATCCATCTGCTACAAAAGAATCTTTGCAGATTGTGTGCGGTTGCAAGAGTTGCATTAATTTTGTCCATACAGA
AAATTGGTTATTCTATCAGAGATGTCAATATTGAATATTCTTCAAGCTTTTGTAAAATGGTTTACCTGGCCAGCCTTGTTGTCTATAAGGCTACGATACATAAGGGATATCGGGATTCTAATTCTGATGAGATTTGATGTTTAATGCGAGAACAGCTAATGCGCTGTAAGTATTTTGCAAAGAATTCTAGGATGTCAGCG
CATTATTGGAATTGTTCGATCAGTTGGTTGACTCTTGTAGGATGTTCCTGTGAGCGGCTTCTTGTGAAATATTTACTGCCATTTTTCTCAAGCATTTGGCAGAGAGCTCCAGCAAATGGAGGTATAATTGCAATTGTTCAATTAGGTGAATGATGAGTCACAAATTTCCTCTTCAACTATGTTTGGTGAACACTACCATG
ATATTTGATAATTTTGGAAAATCATAATTGTTCCGTAAGTTGTATATATACAGCAATAGCTGTACATTGAAGGTAGATCTGCGACATGGAATAGTTAAAGAAAATGTGAGACATTTAAGCTATGATTTGATACAAAAAAGTGTAAAACCTTGGCTGAATTGAATTTATTTTGTTCCAGTGAAGATGAGGGAATCGCACCT
TTAGAAAGTGCCTTTGTAGTAATCCATAATTGGTGAGCAAGTGCCTTTGTAGTAATCCATAATTGGTGAGCAAGTCTGCTCGAGAGTGTTGGAATTTCCGGTAGTAGACTTGAATTCTCTTCCAAATTAGAAATCACTTAGTCTGAGCAAATCTGATAGTATTGGAATTTCCAGTTGTAGACTTTGAGTTCAGTTGAGCA
AGTCTGCTTGAGATTAGGGGAAATTCCAGCAGACTTTGAGAACTGTTGGGCAAGTCTGCTTGAGATTGGGGTAATTTCTAGTAGACTTTTGTGTATCTATC
>TRINITY_DN126617_c7_g2_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATGTGGTGATGTGTTTATTTGATATTCTTGTTGCTTTAGATGTTTAGAAAATTAAAAAAAAGAAAATTTTTGTATTTTTTTTAAAGTTTGCAGATGTGTAAACTTAATAGAAGCATTTTGCAAATTGCATTTCATGGAATATAAGAAACCATATTTATATGTTTAGGGAGTATAATTTGGTTTTCATGCCCTATTTATC
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