NA ----> NA
Intron 1 GTCAGCATCA ... TTACTGCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.64 | 8 | 14 | 0 |
| A2 | 100 | 0 | 5 | 2 |
| A3 | 55.56 | 4 | 5 | 0 |
| A4 | 73.68 | 5 | 14 | 7 |
| A5 | 71.43 | 4 | 10 | 0 |
| A6 | 81.01 | 45 | 192 | 6 |
| A7 | 80.31 | 25 | 102 | 12 |
| A8 | 76.58 | 26 | 85 | 16 |
| A9 | 82.17 | 28 | 129 | 4 |
| A10 | 64.04 | 32 | 57 | 13 |
>TRINITY_DN40236_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoformGTTTTCCATTGGAAATTACAATGGATTTAAACCATCGCCAAGCTACACTTTCACTTTTGAGACACTCGATTTGTCATTTGATGAAACCATATCACCAACAAATTTTGATACAATTTCTAAGGAAATAATCCTGCTTAGTTCAGGTAGTCTGCTATATATTTGTTTGATCAAAACCTCCGAGACTATGACAGTTTTTTCCC
TTAAAAGAGTTACGGTATATATGGTCCTAGCAAATATGGCGCTCACGCTGAGATCTGGAATGAAACCACCACGGTTTTAATTTAACAAAAAAAAAATTCGAGAAACTAAAATCAAATGGGCAGTTTTACAGCAGAGAGAATCTATACTCCTGCTTTGGCAGATTTGAATTTGAGTATGAATTATACAAGTTTCTGCAATG
TACTCTGCATTCTCATGGTATAGGGCTACTTCAATGTAACGGACACGATAACAGTAGTGCGACGTGGTATAAGAAATCTGCGACTCTGAGATTTCCAGACTGACATGTACAATTCATTCATTGTTTCGTTTTTCAGTTGTGCATGCCGTGCTTCCAATTTTATATTGGATCCCTCAGATCTATGATTATCGTTGATAAAA
GTACTTCAAATCTCGTTCCATGCAACGAAAATTGGCGATAACTCAGTGGACGGATTGAGTCGATTCAGTGCTCCCGCAACGCGTGTCACTGCTTCCGACTTATACTAGAATGAAGAATCTGCCTTTGGAAGGCTTCACACCAGGATCGCCATGAAAGTGATGTAACACAACCCCATTAATGCTGAGCAGCAAGGTGGATA
GTGCTGGGCTACATTCAAGAAAAGTGATTCGTGTTTTGTCCACTCACTACCAACTCTGGTTAAAGCGTTTCTAAAAGATTTCAAAGTACGATACTGGAAATTTATTGTTTTGTCCTTTCACTACAAACTTGGATAAAGCCCTTATAAAAGATTTCAAGTACGATACTGGAAATTTATTGTTTTGTCCTTTCACCGCCAAC
TCTAGTTATTGTTTTGTCCTGGCAGTTCTGAGATTGCGATTAGTGCGTCTGTATAAAAGGAGTTATCAGGTCAGAGGACAGATTTTGCCTGCTGATTTGTAAAGCCTTCATCTTTACAGATTTTTTCTTAATAGTTCGACAGTTATTTACCAGTCTCTGACCTCGAAACATCGTATTCTGAAGATGCTATTCACCCGTTA
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>TRINITY_DN40236_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:GTTTTCCATTGGAAATTACAATGGATTTAAACCATCGCCAAGCTACACTTTCACTTTTGAGACACTCGATTTGTCATTTGATGAAACCATATCACCAACAAATTTTGATACAATTTCTAAGGAAATAATCCTGCTTAGTTCAGGTAGTCTGCTATATATTTGTTTGATCAAAACCTCCGAGACTATGACAGTTTTTTCCC
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TACTCTGCATTCTCATGGTATAGGGCTACTTCAATGTAACGGACACGATAACAGTAGTGCGACGTGGTATAAGAAATCTGCGACTCTGAGATTTCCAGACTGACATGTACAATTCATTCATTGTTTCGTTTTTCAGTTGTGCATGCCGTGCTTCCAATTTTATATTGGATCCCTCAGATCTATGATTATCGTTGATAAAA
GTACTTCAAATCTCGTTCCATGCAACGAAAATTGGCGATAACTCAGTGGACGGATTGAGTCGATTCAGTGCTCCCGCAACGCGTGTCACTGCTTCCGACTTATACTAGAATGAAGAATCTGCCTTTGGAAGGCTTCACACCAGGATCGCCATGAAAGgtcagcatcaattaattgaatctacaggctagtcatgctgtgg
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ttgttctgttaattctggctgaagcacaaaagggtttcttgttttgtccttgcactgcaaattctggttaaagcctgcaaattaagatttatgttaatttgtgcctgcatattcgaccactatcgaccttgccgtacgttactgctagTGATGTAACACAACCCCATTAATGCTGAGCAGCAAGGTGGATAGTGCTGGGC
TACATTCAAGAAAAGTGATTCGTGTTTTGTCCACTCACTACCAACTCTGGTTAAAGCGTTTCTAAAAGATTTCAAAGTACGATACTGGAAATTTATTGTTTTGTCCTTTCACTACAAACTTGGATAAAGCCCTTATAAAAGATTTCAAGTACGATACTGGAAATTTATTGTTTTGTCCTTTCACCGCCAACTCTAGTTAT
TGTTTTGTCCTGGCAGTTCTGAGATTGCGATTAGTGCGTCTGTATAAAAGGAGTTATCAGGTCAGAGGACAGATTTTGCCTGCTGATTTGTAAAGCCTTCATCTTTACAGATTTTTTCTTAATAGTTCGACAGTTATTTACCAGTCTCTGACCTCGAAACATCGTATTCTGAAGATGCTATTCACCCGTTAAAAAGTAGG
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Intron 2 GTCAGCATCA ... ATGTACACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 10 | 14 | 6 |
| A2 | 70 | 3 | 5 | 9 |
| A3 | 60 | 4 | 5 | 7 |
| A4 | 65.71 | 6 | 14 | 9 |
| A5 | 69.23 | 4 | 10 | 8 |
| A6 | 67.5 | 85 | 192 | 161 |
| A7 | 67.42 | 43 | 102 | 76 |
| A8 | 65.82 | 54 | 85 | 123 |
| A9 | 69.61 | 55 | 129 | 123 |
| A10 | 54.7 | 41 | 57 | 42 |
>TRINITY_DN40236_c0_g1_i3 from sample A10 / Example spliced isoformGTTTTCCATTGGAAATTACAATGGATTTAAACCATCGCCAAGCTACACTTTCACTTTTGAGACACTCGATTTGTCATTTGATGAAACCATATCACCAACAAATTTTGATACAATTTCTAAGGAAATAATCCTGCTTAGTTCAGGTAGTCTGCTATATATTTGTTTGATCAAAACCTCCGAGACTATGACAGTTTTTTCCC
TTAAAAGAGTTACGGTATATATGGTCCTAGCAAATATGGCGCTCACGCTGAGATCTGGAATGAAACCACCACGGTTTTAATTTAACAAAAAAAAAATTCGAGAAACTAAAATCAAATGGGCAGTTTTACAGCAGAGAGAATCTATACTCCTGCTTTGGCAGATTTGAATTTGAGTATGAATTATACAAGTTTCTGCAATG
TACTCTGCATTCTCATGGTATAGGGCTACTTCAATGTAACGGACACGATAACAGTAGTGCGACGTGGTATAAGAAATCTGCGACTCTGAGATTTCCAGACTGACATGTACAATTCATTCATTGTTTCGTTTTTCAGTTGTGCATGCCGTGCTTCCAATTTTATATTGGATCCCTCAGATCTATGATTATCGTTGATAAAA
GTACTTCAAATCTCGTTCCATGCAACGAAAATTGGCGATAACTCAGTGGACGGATTGAGTCGATTCAGTGCTCCCGCAACGCGTGTCACTGCTTCCGACTTATACTAGAATGAAGAATCTGCCTTTGGAAGGCTTCACACCAGGATCGCCATGAAAGGTTCTACTTTTTTCATTTCTGCTTTTCCTTTATCTCTTCTCGT
GCCTTTCCTCGAGTAAAATTTAAATCTCAGGAATGATCTGTGGTTGACGTTTAGGTAATTTTCAGTTCTTGTTCTTGTTCTGTTAATTCTGGCTGAAGCACAAAAGGGTTTCTTGTTTTGTCCTTGCACTGCAAATTCTGTTTAAAGCCACAAGTAAGATTTATGTTAATTTGAGCCTGCCTTTCCTCGAGTAAAATTTA
AATCTCAGGAATGATCTGTGGTTTACGTTTAGGTAGTTTTCTGTTCTTGTTCTTGTTCTGTTAATTCTGGCTGAAGCATAAAAGGGTTTCTTGTTTTTTCCTTGCACTGCAAATTCTGTTTTGGCCTGCATAAAAGATTTCATAACAAGTAAGATTTATGTTAATTTGAGCCTGCCTTTCCTCGAGTAAAATTTAAATCT
CAGGAATGATCTGTGGTTGACGTTTAGGTGGTTTTCAGTTCTTGTTCTTGTTCTGTTAATTCTGGCTGAAGCATAAAAGGGTTTCTTGTTTTGCCCTTGCACCGCAAATTCTGCTTAAAGCCTGCATAAAAGATTTCATGACAAGTTTAAGATTTATGTTAATTTGAGCCTGCCTTTCCTCGAGTAAAATTTAAATCTCA
GGAATGATCTGTGGTT
>TRINITY_DN40236_c0_g1_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:GTTTTCCATTGGAAATTACAATGGATTTAAACCATCGCCAAGCTACACTTTCACTTTTGAGACACTCGATTTGTCATTTGATGAAACCATATCACCAACAAATTTTGATACAATTTCTAAGGAAATAATCCTGCTTAGTTCAGGTAGTCTGCTATATATTTGTTTGATCAAAACCTCCGAGACTATGACAGTTTTTTCCC
TTAAAAGAGTTACGGTATATATGGTCCTAGCAAATATGGCGCTCACGCTGAGATCTGGAATGAAACCACCACGGTTTTAATTTAACAAAAAAAAAATTCGAGAAACTAAAATCAAATGGGCAGTTTTACAGCAGAGAGAATCTATACTCCTGCTTTGGCAGATTTGAATTTGAGTATGAATTATACAAGTTTCTGCAATG
TACTCTGCATTCTCATGGTATAGGGCTACTTCAATGTAACGGACACGATAACAGTAGTGCGACGTGGTATAAGAAATCTGCGACTCTGAGATTTCCAGACTGACATGTACAATTCATTCATTGTTTCGTTTTTCAGTTGTGCATGCCGTGCTTCCAATTTTATATTGGATCCCTCAGATCTATGATTATCGTTGATAAAA
GTACTTCAAATCTCGTTCCATGCAACGAAAATTGGCGATAACTCAGTGGACGGATTGAGTCGATTCAGTGCTCCCGCAACGCGTGTCACTGCTTCCGACTTATACTAGAATGAAGAATCTGCCTTTGGAAGGCTTCACACCAGGATCGCCATGAAAGgtcagcatcaattaattgaatctacaggctagtcatgctgtgg
ctgaagctgcatgcagttggattcgctttaagttgttgctgctgctactgatgttgtatattgggcgtgtaaaatgtacacagGTTCTACTTTTTTCATTTCTGCTTTTCCTTTATCTCTTCTCGTGCCTTTCCTCGAGTAAAATTTAAATCTCAGGAATGATCTGTGGTTGACGTTTAGGTAATTTTCAGTTCTTGTTC
TTGTTCTGTTAATTCTGGCTGAAGCACAAAAGGGTTTCTTGTTTTGTCCTTGCACTGCAAATTCTGTTTAAAGCCACAAGTAAGATTTATGTTAATTTGAGCCTGCCTTTCCTCGAGTAAAATTTAAATCTCAGGAATGATCTGTGGTTTACGTTTAGGTAGTTTTCTGTTCTTGTTCTTGTTCTGTTAATTCTGGCTGA
AGCATAAAAGGGTTTCTTGTTTTTTCCTTGCACTGCAAATTCTGTTTTGGCCTGCATAAAAGATTTCATAACAAGTAAGATTTATGTTAATTTGAGCCTGCCTTTCCTCGAGTAAAATTTAAATCTCAGGAATGATCTGTGGTTGACGTTTAGGTGGTTTTCAGTTCTTGTTCTTGTTCTGTTAATTCTGGCTGAAGCAT
AAAAGGGTTTCTTGTTTTGCCCTTGCACCGCAAATTCTGCTTAAAGCCTGCATAAAAGATTTCATGACAAGTTTAAGATTTATGTTAATTTGAGCCTGCCTTTCCTCGAGTAAAATTTAAATCTCAGGAATGATCTGTGGTT