sp|P0C2F6|RNHX1_ARATH ----> Putative ribonuclease H protein At1g65750

Intron 1 GTAAGTTGTT ... ATATTTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.03	22	44	31
A2	60	20	37	23
A3	55.14	24	35	24
A4	62.5	12	20	20
A5	58.49	11	21	10
A6	48.78	21	7	33
A7	63.81	19	14	53
A8	67.44	14	7	51
A9	56.99	20	7	46
A10	75.68	9	10	46

>TRINITY_DN111122_c0_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

CTTTAAAGTGCTTTATGATTGGCTAAAAGCTCGTCTTCCTCCCACCTAAGGAAACAAAAACAGGTTAACAGCTTAAGAGCTAAAGGCATCTAGAAAGAGTGGAAATCTGCCCCTTATAGATCACCAACAAGTTATTTCAGGAAACTAAGGCGTCCATTAGGGTTTCAGGATCTCCCGTTCATGATTCCTGTCAGATGCTG
ACGGATACGGATACCGAGGTGAAATCAACAGTGGGAGATTATTTGGGAACAAGAGGTAAATCCTTGAGATCTGTTTACGAGTGCGGTCAGCATGAAGATTTGGAATTTCTTGTTGGTGAATAGAAGACTCCCGTTACCCTTGTCACGCAGAAAGGCGACTCTGTAGTCTCTGCAAGTCCTGTGACTTCTTTAAACCTGAA
TTTGGAGGATCAGTCGAAGCAGGGTTTTTAACCTTGCGAACAATCCATTCCTGTCAGGCGGGATGTTTCTAAGAAATGTATATCTTTGTCTAAGCCGGATTTGCTCATTCTTGGAGAGGATTTGCACTTGAACGATGTGAGTAATACGGTTAAGCTAGTACTTGTTGGTAGGTTTATGGGTTTTAGAACTGGTTAGAAAG
GGATATGGAAGTGGGAGAAAGATACTTGGGAGGCCTTACTAGGCTACACACCTGAAACACGCATCTTACCGAGGAACTGGATGGATTTGAAGTTTGAAACCTCGACAGATGTGGATTTGGTTTTGTCTAAATATTGGTCATGGAATGGAGGAGCAGTTTTTCTGAAACATTGGTCGCCTCTTTTCGATGCCAGGAAGGAG
CGGTTGGAGGTAAGAAATACCTGGGTAAAACTCCCAAGTTTTCCCATGGAATACTGGTCCCTAGACGTGTTCCGAGATGTGGGTAATAATCTAGGGCGTTATGTGGATGTTGACTGGCCTTTCTTAGATTCTGGGGTCTATTGTCTTGCAAAAATACTGGTAAATCTTGATATTCGAAAGGGGTTACCTGAAGCTATGGA
AATGAACTATAAGGGTTCGAAGTACATCCAATCTCTGGATTATGTTGGTTTACCTTTCAAATGCAATCGCTGCCACAGATATGGCCATTTAGTGGCAAACTGCCACTTAAAGTTTAGCATAATATTTTGGGTCAAAAAAGAGATGGGAAAGAGCTCTGCTCGCATTCCTTGTTTGGAGGTCGATGAAGAAGACCTTTTCT
ACAGCCAGTAGGAAGGGGAAAAGGAACCAGACCTATAGAATCCAAGAAAAGGTTTAATTTCTGTGGAATTGAGTAACCCTTCTTTAGTGGCCGGTGAATATTTGAGAAACCCTATTTTGGTGGCTGGTGAAGATTTGAGTAATCCTTTTTTTGTGGCTGGTAAAGAAGACTTAATTTACAGTAAAGTGGACGTGGAAAAG
GACCCTGATTTTCAGCTTGCGAGAACTATTATCAAACCGGTAGCGCAGAAGGAAGAATTGGCTCTAGCCTCTGCGTCTTATATTCCGGGGAAGCTAATACAGAAGCTGACAACTTGTCAAGGATTGGCCTGACTTTGGAAAAAGGAGTGTGGCAAATACAGAATAATGATGGGTCTATTCTTAGACATTTCTAACAGAAC
AACATGGAGGCTTACAGGTTGGTTTTTACACAGCTACAGGTGAATATGTGAACAGGCGATCTGTTGAATTTGGGGTTGTCGGGGTTTTCTTTTTCAGTTTGTGAAGGTGGATATGAAGTTGGTATTTAATGTATTCTGATACAGGCGGTCTCCTTCAGCTCGATGAAGAATGCATACAGGTTTCCTATCAATTTGAATCC
AGCTGGGGCAATGTAGCTGTCATGTGAGTATTTTAAGATGTGAAAATTTTGGATTTTCTTGACGGCGAGCTGTTTGTTCCATCCTTTCGGCCTTGATGCATACAGGCTTAAAAAGTTGATGGTGTAATTAAGGAATGGGTGGATATGAAGTTGGGATTTCATGTATCGTGATATATGCGGACTCCTTCTGCTCGTTGAAG
AATGCATACAGGTTTCGTATCAGTTTTTGAAAAATGTTGAGCATGCTGTAACCCAGCTGGTGCAATGTAGCTGTCATGTGAGTATTAAATTTTGGATTTTCTGGACGGCGAGTTGTTTGTCCCGGCCTTTCGGCCTTGATGTATACAGGCCTACGGAAAATTTGATGGTGTAATTAAGGAATGGTGAGCCTAGCTAGTAA
TTCGCACAGTTCACGTATTGCAAGTAAATCGTGACCTAGAATGAATAACCCATGTTAAACGTTAGCTGAATGAATGTTAAAGGCGGGCATTTACAGCCTGGATGGTAGTATATGCCACAATCGGCTACGATATGCATAGTAGCATACAGGTTTAGCGAGTATAGTGCTACAGGTGTTATGCTCAGATCTCGGCTGAGATT
TTTGACCCAGCTGTTGTTTTTGATACTGTGTTTTTGATGACCAAAAAGTTCATAGCTGAAAATATGGAATGTTATAAAGCATCTGAATAATGTAATATTTCTATAAATAATATTATGAATTTTTTTCAAAGTTAAAAAAAAAATTATTTTAAAAAATAAAA

>TRINITY_DN111122_c0_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTTTAAAGTGCTTTATGATTGGCTAAAAGCTCGTCTTCCTCCCACCTAAGGAAACAAAAACAGGTTAACAGCTTAAGAGCTAAAGGCATCTAGAAAGAGTGGAAATCTGCCCCTTATAGATCACCAACAAGTTATTTCAGGAAACTAAGGCGTCCATTAGGGTTTCAGGATCTCCCGTTCATGATTCCTGTCAGATGCTG
ACGGATACGGATACCGAGGTGAAATCAACAGTGGGAGATTATTTGGGAACAAGAGGTAAATCCTTGAGATCTGTTTACGAGTGCGGTCAGCATGAAGATTTGGAATTTCTTGTTGGTGAATAGAAGACTCCCGTTACCCTTGTCACGCAGAAAGGCGACTCTGTAGTCTCTGCAAGTCCTGTGACTTCTTTAAACCTGAA
TTTGGAGGATCAGTCGAAGCAGGGTTTTTAACCTTGCGAACAATCCATTCCTGTCAGGCGGGATGTTTCTAAGAAATGTATATCTTTGTCTAAGCCGGATTTGCTCATTCTTGGAGAGGATTTGCACTTGAACGATGTGAGTAATACGGTTAAGCTAGTACTTGTTGGTAGGTTTATGGGTTTTAGAACTGGTTAGAAAG
GGATATGGAAGTGGGAGAAAGATACTTGGGAGGCCTTACTAGGCTACACACCTGAAACACGCATCTTACCGAGGAACTGGATGGATTTGAAGTTTGAAACCTCGACAGATGTGGATTTGGTTTTGTCTAAATATTGGTCATGGAATGGAGGAGCAGTTTTTCTGAAACATTGGTCGCCTCTTTTCGATGCCAGGAAGGAG
CGGTTGGAGGTAAGAAATACCTGGGTAAAACTCCCAAGTTTTCCCATGGAATACTGGTCCCTAGACGTGTTCCGAGATGTGGGTAATAATCTAGGGCGTTATGTGGATGTTGACTGGCCTTTCTTAGATTCTGGGGTCTATTGTCTTGCAAAAATACTGGTAAATCTTGATATTCGAAAGGGGTTACCTGAAGCTATGGA
AATGAACTATAAGGGTTCGAAGTACATCCAATCTCTGGATTATGTTGGTTTACCTTTCAAATGCAATCGCTGCCACAGATATGGCCATTTAGTGGCAAACTGCCACTTAAAGTTTAGCATAATATTTTGGGTCAAAAAAGAGATGGGAAAGAGCTCTGCTCGCATTCCTTGTTTGGAGGTCGATGAAGAAGACCTTTTCT
ACAGCCAGTAGGAAGGGGAAAAGGAACCAGACCTATAGAATCCAAGAAAAGGTTTAATTTCTGTGGAATTGAGTAACCCTTCTTTAGTGGCCGGTGAATATTTGAGAAACCCTATTTTGGTGGCTGGTGAAGATTTGAGTAATCCTTTTTTTGTGGCTGGTAAAGAAGACTTAATTTACAGTAAAGTGGACGTGGAAAAG
GACCCTGATTTTCAGCTTGCGAGAACTATTATCAAACCGGTAGCGCAGAAGGAAGAATTGGCTCTAGCCTCTGCGTCTTATATTCCGGgtaagttgttgcatgatctaattcctctttctttagtttgtgcttccgatcctccctctacacttaggttgggttttgacatgtgtttacagcctgctggcctttttgaaac
cttagggaatctttgctttctgcctaccaagaaatatctatcctctatttctagtccctcctattgggctaggaagtctttttcatcacccttcggggaccctctcagttttcctgtgttggcctcttctccttctggtgacaaagggcgtagaagctataatctaagatcgaagaaagatgggattgaaggcttggaga
aaggaacgcttggagaaaggaacgcttgatttctctgggggtttagggttaaattcatatgtgatctttatgggtaagggcaggaagtcgtttttacagaaagcccaagaaaaagcagtctggaatgtggcttcagggaagcaaagaactattggagaggcacttagagcagcgggtacctcgtcagtagtgagatcatg
atctgtttttctctaaatagcagaggtctggctagcacctcgaagaagctagcgctcagaagattaattcaaaattttcttccagatgtagtttttgtcttggggaaaggaggaactattttaccagagttaagtcgcctgctagaagggtgggagttctgtgttgtggatgctttgggtaaatcagggggaataaacac
tggatggagaagcagtaaattcaatttaatttcgtcatgggcctgtcattctggtttaggggtttcgctgcactctcttgaactcagaaaatatttcctttttttgaacgtgtatgggccgtatagtgacagagaactgttttggaagaatttgttctctaaagagatcttactttctgaaaacatcatcctaggagggg
acctaaacgtttccctaggtttgggggaaatttggggaccaaaagaaaaggaagacacccttacagatttcttcagggatctctttttggataagagttttgtagacttagaacctgtctctctaaaacctacttggaataaccatcgagcaggcaaagaaagaatagcgaagaggctggatagatttttactttctgag
aatattttggagaatgtctttcgctttagacaatgggtaggtcatggggcagactcataccatcatcctattattctagaagtacagttggagggaactttgatctctatccctttcaaattgaatcgaacctggattgaggaagaggattgtattcagttgcttaaggaagcctggaaaccttttgatgagggtttaaa
tgtctcgacagcttcacaactcctcaataatctgaaacaggcaaagctggtgaccaaagagtggggtggcaagaagaaaatcctagaggaaaaggagttaatagacattgaaaatagtttattactcctttcaaacgttgtgggtttaggttttctaaatgaaggaaaatgcaaagagaccattgaattggaacataaaa
ggagatctattcttttcaagagggaggcagaatggagaataaaaagtagggcagtttggatggctagaggggatgaaaatacctagttttttcataaatttgcaaatcaccgaaaaagtattaataccatttgggggttaagaaatgatataggtcaatcaatcattaaatttgaagacctagctgcaactgcaaataga
cacattgggaaaatttataaggaagagggtctatctgttgaagaagcatttagggttttgtagctttacccaactttcgtaaatgaagaggataacagagaacttttacaggaagttaccatttcagaattagaagaatccatgcacaacttaaagaaagaaaaaagttcggttcccgacggtattcccattgattattt
cttggtgctctatgatattgtgagggaagacctcttgagagtgattgagacctctcgtaagaacaggaaaattttgggagctttcaacactactctacttttattgcccttatcccgaaagttgataatccagaaaattttgacgatattagacccatagccctttgtaacagtatctataagtttattgcaaaaatgat
tgaaaaacgaattaagatgttgttagcagctaatatttccgaagaacaatttggattcctacctggtagacagattcatgaagtggttggagtggcttaggaaggtatgcactcgatcagatcaaggaatttaaaggcaactgttattaaaatagaactttcaaaggcctatgatcgagtaagctgggattatcttagga
tggtgctatcacaggttggcttctgtaactctttcatcaactagattgtaagttgtacgactaatgtgtctttcgttgtcctgataaatggaaaggcttcttctttcttcagaccagagagagggcttaggaaaggattcccactgtcacccttacttttcattcttgtagttgaaggccttagtagagtcctcaagcat
gctaaacgaacaggcagattcaaaggaatcttgttggggaacaatttatttttaactcaccttttgtccgtagatgatatcctaatttttagtgaagggctcttaagcaaaatcgaaaaccatgttggatacttttaatctcttttgcaaagcttcgggaatgaagttaagcaatagaaaatccctaattcttggagaag
gaattgaggaggaggactttggtagactttgttcagtcctgggagtacgagggcataagttggaaattgggctgaaatatctcggctttaatttaaaagcttcttcctatggctataaagattgggaatggcttattcaaaaatgtgaaaggaggataagtacctggagtctttggtggatttcagaagggggtaggcta
attttaataaatgcagttctgactgcgattcctgtgtactgggcactttcctggatccctaaaggggtgcttaataagattactgccttattaaggtgctttttctggtcgggtaatctggagaataaaatctctgcatgggttagttggaaggctatttccttacccaagggaatgggtggatggggagtaaaacaact
cttgcccttctcgctggctcttgcagcaaaaagtatttggaaaatgatcgatgggaaaggcctttggaatcaggtgatcctacataaatatatcaggccttattccattgacgactggattacgaatcctgcaaaacctaccaggaatgtttctgcaatttggagggctaccatacactctttttctttgatcgaggatg
gactgcctggaaggttggaacagggagaaaggtcagacattgggaccgaaccgtggataggtagtgggaatgcacacttacttcctgacggtctggtgcacaaattacatattcaaggatatagaatgctaaatcatgtcaggatctcagaaggcgactggatttctacagcacagttaaacttggaaggtggggaaata
aggtgctaggaggagtctatagggagtctcatcgaaaacatattttattaacagataaacaagacttgttagtatggatacttgttgcaaatggtatttacactccaaagttgggttatgagaccttgtcgaagaagggccatgttttggaaataagagattggtggaagctcttatggaaattgaaattccctatgaaa
accaagctgcttctatggcactttctttctgacaaggctctaacgtgggatcatctacaacatagaaactggataggacctagaagatgttgcctctgtctaaaagctgaagaatctaatgaacatatgggtgtcagttgtaactataccagaatggtttggaagggcatcgaaaaggaaattggtatttgtaatatatg
gaatggagtttcagtagaatcctgctttaaaaattggtgtgataatcagactgtgggggactatagagcgttacctgctttggtaatctggcatatatggagggaaagaaaatctagaaatacatttctcatattgtgtaatacaaagtttgggcatgttaaaattatttctaaatcaaaggcccacgaaaaaagtgagg
aaggtgccagaactggatgtaacctattacccaagagcttttttttatggcgctgctcaaataaatagggaaaaactttgcgtagcaggagtattgattcaaatttctgaagagattcgaataagttttagtgttggtttaggttctggaacaaataacgtctccgagcttatggcgctatggttgactctgaggctagc
taaagacaaggagttaaaaaattgtctattttcggagattctcaattgattataaattggatgacaggaaaatttcgttgtcagagtctttacttgctatctttgctagaggagacacaaagaactagttaattttttgaagaaatctcttatttgcatatttatagGGAAGCTAATACAGAAGCTGACAACTTGTCAAG
GATTGGCCTGACTTTGGAAAAAGGAGTGTGGCAAATACAGAATAATGATGGGTCTATTCTTAGACATTTCTAACAGAACAACATGGAGGCTTACAGGTTGGTTTTTACACAGCTACAGGTGAATATGTGAACAGGCGATCTGTTGAATTTGGGGTTGTCGGGGTTTTCTTTTTCAGTTTGTGAAGGTGGATATGAAGTTG
GTATTTAATGTATTCTGATACAGGCGGTCTCCTTCAGCTCGATGAAGAATGCATACAGGTTTCCTATCAATTTGAATCCAGCTGGGGCAATGTAGCTGTCATGTGAGTATTTTAAGATGTGAAAATTTTGGATTTTCTTGACGGCGAGCTGTTTGTTCCATCCTTTCGGCCTTGATGCATACAGGCTTAAAAAGTTGATG
GTGTAATTAAGGAATGGGTGGATATGAAGTTGGGATTTCATGTATCGTGATATATGCGGACTCCTTCTGCTCGTTGAAGAATGCATACAGGTTTCGTATCAGTTTTTGAAAAATGTTGAGCATGCTGTAACCCAGCTGGTGCAATGTAGCTGTCATGTGAGTATTAAATTTTGGATTTTCTGGACGGCGAGTTGTTTGTC
CCGGCCTTTCGGCCTTGATGTATACAGGCCTACGGAAAATTTGATGGTGTAATTAAGGAATGGTGAGCCTAGCTAGTAATTCGCACAGTTCACGTATTGCAAGTAAATCGTGACCTAGAATGAATAACCCATGTTAAACGTTAGCTGAATGAATGTTAAAGGCGGGCATTTACAGCCTGGATGGTAGTATATGCCACAAT
CGGCTACGATATGCATAGTAGCATACAGGTTTAGCGAGTATAGTGCTACAGGTGTTATGCTCAGATCTCGGCTGAGATTTTTGACCCAGCTGTTGTTTTTGATACTGTGTTTTTGATGACCAAAAAGTTCATAGCTGAAAATATGGAATGTTATAAAGCATCTGAATAATGTAATATTTCTATAAATAATATTATGAATT
TTTTTCAAAGTTAAAAAAAAAATTATTTTAAAAAATAAAA

Intron 2 GTTGGTTTAC ... TCTGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A5	52	12	12	14
A6	59.63	22	25	40
A7	60	47	58	83
A8	52	78	55	114
A9	53.49	50	37	78
A10	60.43	37	26	87

>TRINITY_DN39813_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GAGATGGGAAAGAGCTCTGCTCGCATTCCTTGTTTGGAGGTCGATGAAGAAGACCTTTTCTACAGCCAGTAGGAAGGGGAAAAGGAACCAGACCTATAGAATCCAAGAAAAGGTTTAATTTCTGTGGAATTGAGTAACCCTTCTTTAGTGGCCGGTGAATATTTGAGAAACCCTATTTTGGTGGCTGGTGAAGATTTGAG
TAATCCTTTTTTTGTGGCTGGTAAAGAAGACTTAATTTACAGTAAAGTGGACGTGGAAAAGGACCCTGATTTTCAGCTTGCGAGAACTATTATCAAACCGGTAGCGCAGAAGGAAGAATTGGCTCTAGCCTCTGCGTCTTATATTCCGGGGAAGCTAATACAGAAGCTGACAACTTGTCAAGGATTGGCCTGACTTTGGA
AAAAGGAGTGTGGCAAATACAGAATAATGATGGGTCTATTCTTAGACATTTCTAACAGAACAACATGGAGGCTTACAGGCGGTCTCCTTCAGCTCGATGAAGAATGCATACAGGTTTCCTATCAATTTGAATCCAGCTGGGGCAATGTAGCTGTCATGTGAGTATTTTAAGATGTGAAAATTTTGGATTTTCTTGACGGC
GAGCTGTTTGTTCCATCCTTTCGGCCTTGATGCATACAGGCTTAAAAAGTTGATGGTGTAATTAAGGAATGGGTGGATATGAAGTTGGGATTTCATGTATCGTGATATATGCGGACTCCTTCTGCTCGTTGAAGAATGCATACAGGTTTCGTATCAGTTTTTGAAAAATGTTGAGCATGCTGTAACCCAGCTGGTGCAAT
GTAGCTGTCATGTGAGTATTAAATTTTGGATTTTCTGGACGGCGAGTTGTTTGTCCCGGCCTTTCGGCCTTGATGTATACAGGCCTACGGAAAATTTGATGGTGTAATTAAGGAATGGTGAGCCTAGCTAGTAATTCGCACAGTTCACGTATTGCAAGTAAATCGTGACCTAGAATGAATAACCCATGTTAAACGTTAGC
TGAATGAATGTTAAAGGCGGGCATTTACAGCCTGGATGGTAGTATATGCCACAATCGGCTACGATATGCATAGTAGCATACAGGTTTAGCGAGTATAGTGCTACAGGTGTTATGCTCAGATCTCGGCTGAGATTTTTGACCCAGCTGTTGTTTTTGATACTGTGTTTTTGATGACCAAAAAGTTCATAGCTGAAAATATG
GAATGTTATAAAGCATCTGA

>TRINITY_DN39813_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAGATGGGAAAGAGCTCTGCTCGCATTCCTTGTTTGGAGGTCGATGAAGAAGACCTTTTCTACAGCCAGTAGGAAGGGGAAAAGGAACCAGACCTATAGAATCCAAGAAAAGGTTTAATTTCTGTGGAATTGAGTAACCCTTCTTTAGTGGCCGGTGAATATTTGAGAAACCCTATTTTGGTGGCTGGTGAAGATTTGAG
TAATCCTTTTTTTGTGGCTGGTAAAGAAGACTTAATTTACAGTAAAGTGGACGTGGAAAAGGACCCTGATTTTCAGCTTGCGAGAACTATTATCAAACCGGTAGCGCAGAAGGAAGAATTGGCTCTAGCCTCTGCGTCTTATATTCCGGGGAAGCTAATACAGAAGCTGACAACTTGTCAAGGATTGGCCTGACTTTGGA
AAAAGGAGTGTGGCAAATACAGAATAATGATGGGTCTATTCTTAGACATTTCTAACAGAACAACATGGAGGCTTACAGgttggtttacacagctacaggtgaatatgtgaacaggcgatctgttgaatttggggttgtcggggttttctttttcagtttgtgaaggtggatatgaagttggtatttaatgtattctgata
cagGCGGTCTCCTTCAGCTCGATGAAGAATGCATACAGGTTTCCTATCAATTTGAATCCAGCTGGGGCAATGTAGCTGTCATGTGAGTATTTTAAGATGTGAAAATTTTGGATTTTCTTGACGGCGAGCTGTTTGTTCCATCCTTTCGGCCTTGATGCATACAGGCTTAAAAAGTTGATGGTGTAATTAAGGAATGGGTG
GATATGAAGTTGGGATTTCATGTATCGTGATATATGCGGACTCCTTCTGCTCGTTGAAGAATGCATACAGGTTTCGTATCAGTTTTTGAAAAATGTTGAGCATGCTGTAACCCAGCTGGTGCAATGTAGCTGTCATGTGAGTATTAAATTTTGGATTTTCTGGACGGCGAGTTGTTTGTCCCGGCCTTTCGGCCTTGATG
TATACAGGCCTACGGAAAATTTGATGGTGTAATTAAGGAATGGTGAGCCTAGCTAGTAATTCGCACAGTTCACGTATTGCAAGTAAATCGTGACCTAGAATGAATAACCCATGTTAAACGTTAGCTGAATGAATGTTAAAGGCGGGCATTTACAGCCTGGATGGTAGTATATGCCACAATCGGCTACGATATGCATAGTA
GCATACAGGTTTAGCGAGTATAGTGCTACAGGTGTTATGCTCAGATCTCGGCTGAGATTTTTGACCCAGCTGTTGTTTTTGATACTGTGTTTTTGATGACCAAAAAGTTCATAGCTGAAAATATGGAATGTTATAAAGCATCTGA

Intron 3 GTTGGTTTTT ... TCTGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.68	23	38	33
A2	65.05	18	34	33
A3	59.32	12	16	19
A4	63.86	15	24	29
A5	52	12	12	14
A6	59.63	22	25	40
A7	60	47	58	83
A8	52	78	55	114
A9	53.49	50	37	78
A10	60.43	37	26	87

>TRINITY_DN39813_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GAGATGGGAAAGAGCTCTGCTCGCATTCCTTGTTTGGAGGTCGATGAAGAAGACCTTTTCTACAGCCAGTAGGAAGGGGAAAAGGAACCAGACCTATAGAATCCAAGAAAAGGTTTAATTTCTGTGGAATTGAGTAACCCTTCTTTAGTGGCCGGTGAATATTTGAGAAACCCTATTTTGGTGGCTGGTGAAGATTTGAG
TAATCCTTTTTTTGTGGCTGGTAAAGAAGACTTAATTTACAGTAAAGTGGACGTGGAAAAGGACCCTGATTTTCAGCTTGCGAGAACTATTATCAAACCGGTAGCGCAGAAGGAAGAATTGGCTCTAGCCTCTGCGTCTTATATTCCGGGGAAGCTAATACAGAAGCTGACAACTTGTCAAGGATTGGCCTGACTTTGGA
AAAAGGAGTGTGGCAAATACAGAATAATGATGGGTCTATTCTTAGACATTTCTAACAGAACAACATGGAGGCTTACAGGCGGTCTCCTTCAGCTCGATGAAGAATGCATACAGGTTTCCTATCAATTTGAATCCAGCTGGGGCAATGTAGCTGTCATGTGAGTATTTTAAGATGTGAAAATTTTGGATTTTCTTGACGGC
GAGCTGTTTGTTCCATCCTTTCGGCCTTGATGCATACAGGCTTAAAAAGTTGATGGTGTAATTAAGGAATGGGTGGATATGAAGTTGGGATTTCATGTATCGTGATATATGCGGACTCCTTCTGCTCGTTGAAGAATGCATACAGGTTTCGTATCAGTTTTTGAAAAATGTTGAGCATGCTGTAACCCAGCTGGTGCAAT
GTAGCTGTCATGTGAGTATTAAATTTTGGATTTTCTGGACGGCGAGTTGTTTGTCCCGGCCTTTCGGCCTTGATGTATACAGGCCTACGGAAAATTTGATGGTGTAATTAAGGAATGGTGAGCCTAGCTAGTAATTCGCACAGTTCACGTATTGCAAGTAAATCGTGACCTAGAATGAATAACCCATGTTAAACGTTAGC
TGAATGAATGTTAAAGGCGGGCATTTACAGCCTGGATGGTAGTATATGCCACAATCGGCTACGATATGCATAGTAGCATACAGGTTTAGCGAGTATAGTGCTACAGGTGTTATGCTCAGATCTCGGCTGAGATTTTTGACCCAGCTGTTGTTTTTGATACTGTGTTTTTGATGACCAAAAAGTTCATAGCTGAAAATATG
GAATGTTATAAAGCATCTGA

>TRINITY_DN39813_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATCCCGAAAGTTGATAATCCAGAAAATTTTGACGATATTAGACCCATAGCCCTTTGTAACAGTATCTATAAGTTTATTGCAAAAATGATTGAAAAACGAATTAAGATGTTGTTAGCAGCTAATATTTCCGAAGAACAATTTGGATTCCTACCTGGTAGACAGATTCATGAAGTGGTTGGAGTGGCTTAGGAAGGTATGCA
CTCGATCAGATCAAGGAATTTAAAGGCAACTGTTATTAAAATAGAACTTTCAAAGGCCTATGATCGAGTAAGCTGGGATTATCTTAGGATGGTGCTATCACAGGTTGGCTTCTGTAACTCTTTCATCAACTAGATTGTAAGTTGTACGACTAATGTGTCTTTCGTTGTCCTGATAAATGGAAAGGCTTCTTCTTTCTTCA
GACCAGAGAGAGGGCTTAGGAAAGGATTCCCACTGTCACCCTTACTTTTCATTCTTGTAGTTGAAGGCCTTAGTAGAGTCCTCAAGCATGCTAAACGAACAGGCAGATTCAAAGGAATCTTGTTGGGGAACAATTTATTTTTAACTCACCTTTTGTCCGTAGATGATATCCTAATTTTTAGTGAAGGGCTCTTAAGCAAA
ATCGAAAACCATGTTGGATACTTTTAATCTCTTTTGCAAAGCTTCGGGAATGAAGTTAAGCAATAGAAAATCCCTAATTCTTGGAGAAGGAATTGAGGAGGAGGACTTTGGTAGACTTTGTTCAGTCCTGGGAGTACGAGGGCATAAGTTGGAAATTGGGCTGAAATATCTCGGCTTTAATTTAAAAGCTTCTTCCTATG
GCTATAAAGATTGGGAATGGCTTATTCAAAAATGTGAAAGGAGGATAAGTACCTGGAGTCTTTGGTGGATTTCAGAAGGGGGTAGGCTAATTTTAATAAATGCAGTTCTGACTGCGATTCCTGTGTACTGGGCACTTTCCTGGATCCCTAAAGGGGTGCTTAATAAGATTACTGCCTTATTAAGGTGCTTTTTCTGGTCG
GGTAATCTGGAGAATAAAATCTCTGCATGGGTTAGTTGGAAGGCTATTTCCTTACCCAAGGGAATGGGTGGATGGGGAGTAAAACAACTCTTGCCCTTCTCGCTGGCTCTTGCAGCAAAAAGTATTTGGAAAATGATCGATGGGAAAGGCCTTTGGAATCAGGTGATCCTACATAAATATATCAGGCCTTATTCCATTGA
CGACTGGATTACGAATCCTGCAAAACCTACCAGGAATGTTTCTGCAATTTGGAGGGCTACCATACACTCTTTTTCTTTGATCGAGGATGGACTGCCTGGAAGGTTGGAACAGGGAGAAAGGTCAGACATTGGGACCGAACCGTGGATAGGTAGTGGGAATGCACACTTACTTCCTGACGGTCTGGTGCACAAATTACATA
TTCAAGGATATAGAATGCTAAATCATGTCAGGATCTCAGAAGGCGACTGGATTTCTACAGCACAGTTAAACTTGGAAGGTGGGGAAATAAGGTGCTAGGAGGAGTCTATAGGGAGTCTCATCGAAAACATATTTTATTAACAGATAAACAAGACTTGTTAGTATGGATACTTGTTGCAAATGGTATTTACACTCCAAAGT
TGGGTTATGAGACCTTGTCGAAGAAGGGCCATGTTTTGGAAATAAGAGATTGGTGGAAGCTCTTATGGAAATTGAAATTCCCTATGAAAACCAAGCTGCTTCTATGGCACTTTCTTTCTGACAAGGCTCTAACGTGGGATCATCTACAACATAGAAACTGGATAGGACCTAGAAGATGTTGCCTCTGTCTAAAAGCTGAA
GAATCTAATGAACATATGGGTGTCAGTTGTAACTATACCAGAATGGTTTGGAAGGGCATCGAAAAGGAAATTGGTATTTGTAATATATGGAATGGAGTTTCAGTAGAATCCTGCTTTAAAAATTGGTGTGATAATCAGACTGTGGGGGACTATAGAGCGTTACCTGCTTTGGTAATCTGGCATATATGGAGGGAAAGAAA
ATCTAGAAATACATTTCTCATATTGTGTAATACAAAGTTTGGGCATGTTAAAATTATTTCTAAATCAAAGGCCCACGAAAAAAGTGAGGAAGGTGCCAGAACTGGATGTAACCTATTACCCAAGAGCTTTTTTTTATGGCGCTGCTCAAATAAATAGGGAAAAACTTTGCGTAGCAGGAGTATTGATTCAAATTTCTGAA
GAGATTCGAATAAGTTTTAGTGTTGGTTTAGGTTCTGGAACAAATAACGTCTCCGAGCTTATGGCGCTATGGTTGACTCTGAGGCTAGCTAAAGACAAGGAGTTAAAAAATTGTCTATTTTCGGAGATTCTCAATTGATTATAAATTGGATGACAGGAAAATTTCGTTGTCAGAGTCTTTACTTGCTATCTTTGCTAGAG
GAGACACAAAGAACTAGTTAATTTTTTGAAGAAATCTCTTATTTGCATATTTATAGGGAAGCTAATACAGAAGCTGACAACTTGTCAAGGATTGGCCTGACTTTGGAAAAAGGAGTGTGGCAAATACAGAATAATGATGGGTCTATTCTTAGACATTTCTAACAGAACAACATGGAGGCTTACAGgttggtttttacaca
gctacaggtgaatatgtgaacaggcgatctgttgaatttggggttgtcggggttttctttttcagtttgtgaaggtggatatgaagttggtatttaatgtattctgatacagGCGGTCTCCTTCAGCTCGATGAAGAATGCATACAGGTTTCCTATCAATTTGAATCCAGCTGGGGCAATGTAGCTGTCATGTGAGTATT
TTAAGATGTGAAAATTTTGGATTTTCTTGACGGCGAGCTGTTTGTTCCATCCTTTCGGCCTTGATGCATACAGGCTTAAAAAGTTGATGGTGTAATTAAGGAATGGGTGGATATGAAGTTGGGATTTCATGTATCGTGATATATGCGGACTCCTTCTGCTCGTTGAAGAATGCATACAGGTTTCGTATCAGTTTTTGAAA
AATGTTGAGCATGCTGTAACCCAGCTGGTGCAATGTAGCTGTCATGTGAGTATTAAATTTTGGATTTTCTGGACGGCGAGTTGTTTGTCCCGGCCTTTCGGCCTTGATGTATACAGGCCTACGGAAAATTTGATGGTGTAATTAAGGAATGGTGAGCCTAGCTAGTAATTCGCACAGTTCACGTATTGCAAGTAAATCGT
GACCTAGAATGAATAACCCATGTTAAACGTTAGCTGAATGAATGTTAAAGGCGGGCATTTACAGCCTGGATGGTAGTATATGCCACAATCGGCTACGATATGCATAGTAGCATACAGGTTTAGCGAGTATAGTGCTACAGGTGTTATGCTCAGATCTCGGCTGAGATTTTTGACCCAGCTGTTGTTTTTGATACTGTGTT
TTTGATGACCAAAAAGTTCATAGCTGAAAATATGGAATGTTATAAAGCATCTGA