sp|Q9FIM2|FTSH9_ARATH ----> ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 9, chloroplastic
Intron 1 GTATGGGGTT ... CTCTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.51 | 179 | 22.9 | 52 |
| A2 | 15 | 85 | 17.1 | 15 |
| A3 | 21.93 | 89 | 10.6 | 25 |
| A4 | 23.76 | 77 | 18 | 24 |
| A5 | 25.49 | 38 | 15.4 | 13 |
| A6 | 15.29 | 133 | 18.9 | 24 |
| A7 | 16.29 | 221 | 37.7 | 43 |
| A8 | 20.42 | 152 | 17.8 | 39 |
| A9 | 13.01 | 254 | 41.1 | 38 |
| A10 | 13.24 | 177 | 31.1 | 27 |
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTGATTGAATGAATGAGGCATCACCTTTATTTATACTGTTTTGTGGTTGACCTTTTCCACTTTAGTTGGGCCCGACTTGACTTCTAGGTGAGGTCGACTTGCATATTAGAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAGCAAGAC
TAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGTGGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATTGGACTC
GCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCATAACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGATGATCA
CATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATATGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTA
TTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAG
ACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAG
TTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCT
TATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGG
TGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTC
AAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCT
ATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGG
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAGACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGgtatggggttaattg
ccctttatgtagatatgcaattgcaatatatttttagctacatttatattaaatttgacctaacttattcacacatgcttctccatacacaaaataaccaacacattttaagattgttgccatgtttctgtggtgcagagtaagatttgtccattttctaactgaaaaaaatgaattgtaatctatttcgtagggatatt
ttgtagttgatatctaagtgcatggtgtttttgtccatacaggaaaacttagaaacaaaatcattaataattcaatttcaggggaacgctatatttttatttagaatttcacaccctgagcttaatattggatcatgaagttaagtaatatctttctactataggattcgtaagcatttatgatactctatgcagATTTC
AGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAGTTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTAAGATTTTCGTTAGTGA
AAGCATTTGTAATTTGTATTTCCTGTTCGTGCAACAAGGCATTATTATAGCAATGATATATACTTAAATGGATCAAATTTAACAAATAGGTACTTGATTTTTGGCTTGTACTTTTGCTCATACAGTTGAATGACAAACTCTTCTTAATGCAGGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTC
TTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCTTATATAACACCAATGCTGGTAAATAGTCTTGAATCTTGATCACTTCTATGCATTAATACTTTTGTGTTTATTGATTTAGTTGACCATTATAAATATTTAATGATCACAGCTGTTTCTCTTCTGTGTTATAAAAGAAAAATCTGTGATCTATGAAATCATCTCCACAGTAGCTA
TATAAAATTTGAAATAGTGGTTTTAAGTTTTAACCATTCAACAGCACAATGCATTCTGTAACAATCATGGGTAAGCACATTTTATTTGCAATTTGGATGTACATATAACTTATCAGAATAAGCAGGTTACCTTGTTTTTATTCCACAAATTTGAGCAGTTATTTCCTTGTTTGTCAACACTTGAATCTATTGGTTACATT
CAATATGTATTAGTTAACTGAATATCGACCGAGGAAGCTTATCTTTTACTGTCTGGCTCAAGTAAATATCCCTTGATTCCTTATCTCAGATTCTCATGCTTTTGAAGCATTTTGCTCTACATTCTAATTTCCAGCTAGATGCATTGGAATGTGAACTTATTAAGTTGGAATTTTCTTGATGTCTTTCAGGGTAAAGTTAA
AGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGGTGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAG
GCAAGTTCTACTTGACCATTTAAACATCTATGTTCCAACATTAATCTTCTATTATGTGAGTCTAATACAAAGCTTTTCCAGATTACTATTTATGAAATCCTGCTGACAACCTTGTTCTAACATCTAATGTGGCC
Intron 2 GTAAATAGTC ... TATGTATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.25 | 47.2 | 71.4 | 16 |
| A2 | 70.07 | 18.6 | 36 | 10 |
| A3 | 61.43 | 32 | 45.4 | 11 |
| A4 | 65.85 | 19.6 | 32.2 | 20 |
| A5 | 53.82 | 8.9 | 9.6 | 5 |
| A6 | 54.6 | 53 | 65.8 | 4 |
| A7 | 50.21 | 84.5 | 88 | 6 |
| A8 | 55.08 | 91.5 | 111.5 | 1 |
| A9 | 54.42 | 70.5 | 83.2 | 5 |
| A10 | 47.49 | 64.6 | 71.9 | 0 |
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i14 from sample A1 / Example spliced isoformAAGATTTTCGTTAGTGAAAGCATTTGTAATTTGTATTTCCTGTTCGTGCAACAAGGCATTATTATAGCAATGATATATACTTAAATGGATCAAATTTAACAAATAGGTACTTGATTTTTGGCTTGTACTTTTGCTCATACAGTTGAATGACAAACTCTTCTTAATGCAGGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGA
CTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCTTATATAACACCAATGCTGTTAACTGAATATCGACCGAGGAAGCTTATCTTTTACTGTCTGGCTCAAGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACA
TTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGGTGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGC
AGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTT
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAGACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGGTATGGGGTTAATTG
CCCTTTATGTAGATATGCAATTGCAATATATTTTTAGCTACATTTATATTAAATTTGACCTAACTTATTCACACATGCTTCTCCATACACAAAATAACCAACACATTTTAAGATTGTTGCCATGTTTCTGTGGTGCAGAGTAAGATTTGTCCATTTTCTAACTGAAAAAAATGAATTGTAATCTATTTCGTAGGGATATT
TTGTAGTTGATATCTAAGTGCATGGTGTTTTTGTCCATACAGGAAAACTTAGAAACAAAATCATTAATAATTCAATTTCAGGGGAACGCTATATTTTTATTTAGAATTTCACACCCTGAGCTTAATATTGGATCATGAAGTTAAGTAATATCTTTCTACTATAGGATTCGTAAGCATTTATGATACTCTATGCAGATTTC
AGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAGTTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTAAGATTTTCGTTAGTGA
AAGCATTTGTAATTTGTATTTCCTGTTCGTGCAACAAGGCATTATTATAGCAATGATATATACTTAAATGGATCAAATTTAACAAATAGGTACTTGATTTTTGGCTTGTACTTTTGCTCATACAGTTGAATGACAAACTCTTCTTAATGCAGGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTC
TTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCTTATATAACACCAATGCTGgtaaatagtcttgaatcttgatcacttctatgcattaatacttttgtgtttattgatttagttgaccattataaatatttaatgatcacagctgtttctcttctgtgttataaaagaaaaatctgtgatctatgaaatcatctccacagtagcta
tataaaatttgaaatagtggttttaagttttaaccattcaacagcacaatgcattctgtaacaatcatgggtaagcacattttatttgcaatttggatgtacatataacttatcagaataagcaggttaccttgtttttattccacaaatttgagcagttatttccttgtttgtcaacacttgaatctattggttacatt
caatatgtattagTTAACTGAATATCGACCGAGGAAGCTTATCTTTTACTGTCTGGCTCAAGTAAATATCCCTTGATTCCTTATCTCAGATTCTCATGCTTTTGAAGCATTTTGCTCTACATTCTAATTTCCAGCTAGATGCATTGGAATGTGAACTTATTAAGTTGGAATTTTCTTGATGTCTTTCAGGGTAAAGTTAA
AGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGGTGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAG
GCAAGTTCTACTTGACCATTTAAACATCTATGTTCCAACATTAATCTTCTATTATGTGAGTCTAATACAAAGCTTTTCCAGATTACTATTTATGAAATCCTGCTGACAACCTTGTTCTAACATCTAATGTGGCC
Intron 3 GTAAATAGTC ... TGTCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.48 | 123.8 | 65.7 | 32.9 |
| A2 | 27.59 | 84.5 | 33.4 | 15.5 |
| A3 | 24.04 | 122.2 | 41 | 25.2 |
| A4 | 27.34 | 75.5 | 29.6 | 17.5 |
| A5 | 24.87 | 24.8 | 8.7 | 9.9 |
| A6 | 20.9 | 204.8 | 58.4 | 19.8 |
| A7 | 22.42 | 254.5 | 78.8 | 23.4 |
| A8 | 25.17 | 264.6 | 98.6 | 26.6 |
| A9 | 22.34 | 238.3 | 74 | 27.6 |
| A10 | 20.59 | 223.5 | 63.3 | 24.1 |
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTGATTGAATGAATGAGGCATCACCTTTATTTATACTGTTTTGTGGTTGACCTTTTCCACTTTAGTTGGGCCCGACTTGACTTCTAGGTGAGGTCGACTTGCATATTAGAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAGCAAGAC
TAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGTGGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATTGGACTC
GCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCATAACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGATGATCA
CATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATATGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTA
TTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAG
ACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAG
TTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCT
TATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGG
TGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTC
AAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCT
ATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGG
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGCTTGATTGAATGAATGAGGCATCACCTTTATTTATACTGTTTTGTGGTTGACCTTTTCCACTTTAGTTGGGCCCGACTTGACTTCTAGGTGAGGTCGACTTGCATATTAGAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAGCAAGAC
TAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGTGGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATTGGACTC
GCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCATAACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGATGATCA
CATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATATGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTA
TTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAG
ACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAG
TTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCT
TATATAACACCAATGCTGgtaaatagtcttgaatcttgatcacttctatgcattaatacttttgtgtttattgatttagttgaccattataaatatttaatgatcacagctgtttctcttctgtgttataaaagaaaaatctgtgatctatgaaatcatctccacagtagctatataaaatttgaaatagtggttttaag
ttttaaccattcaacagcacaatgcattctgtaacaatcatgggtaagcacattttatttgcaatttggatgtacatataacttatcagaataagcaggttaccttgtttttattccacaaatttgagcagttatttccttgtttgtcaacacttgaatctattggttacattcaatatgtattagttaactgaatatcg
accgaggaagcttatcttttactgtctggctcaagtaaatatcccttgattccttatctcagattctcatgcttttgaagcattttgctctacattctaatttccagctagatgcattggaatgtgaacttattaagttggaattttcttgatgtctttcagGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTT
TGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGGTGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTA
CTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTCAAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCA
TCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCTATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAG
CTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGG
Intron 4 GTTATTCCTG ... CTTTACAGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.07 | 55.4 | 57.7 | 62.5 |
| A2 | 46.23 | 41.7 | 31 | 40.7 |
| A3 | 42.38 | 44.6 | 28 | 37.6 |
| A4 | 50.82 | 43.8 | 45.8 | 44.8 |
| A5 | 40.24 | 23 | 19 | 11.9 |
| A6 | 48.94 | 139.7 | 118 | 149.4 |
| A7 | 47.45 | 183.3 | 163 | 167.9 |
| A8 | 48.32 | 223 | 194.1 | 222.5 |
| A9 | 50.82 | 136.3 | 134.1 | 147.4 |
| A10 | 48.95 | 104.3 | 109.9 | 90.1 |
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTGATTGAATGAATGAGGCATCACCTTTATTTATACTGTTTTGTGGTTGACCTTTTCCACTTTAGTTGGGCCCGACTTGACTTCTAGGTGAGGTCGACTTGCATATTAGAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAGCAAGAC
TAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGTGGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATTGGACTC
GCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCATAACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGATGATCA
CATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATATGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTA
TTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAG
ACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAG
TTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCT
TATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGG
TGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTC
AAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCT
ATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGG
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCTACATGTTTCAAGCATGGGCTAGACTTTGCAAGTGTCTAGGACAGGAGTTTCTTCCTTACTTGAGTGCAGTGATGCCTCCCATTCTACGATCTGCCCAGCTGAAGGCAGATGTGACCATCGCTGCTGCAGACTCAGATGAAGTTATTGATGGTTCCAGTGATGAAAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATA
TTTGGCGTCAAGACAGCTGTATTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGC
CCAATTGGCTGTGGAGAAAAGACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCA
TAGTTGAAGAATTCAAACAAGTTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCA
TTCTTCGATGATCTTTTGTCTTATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAAT
TGGCATTTGTGCTGAGTTTGGTGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGgttattcctgctt
ggctaaatttcttgccaatcaagggtgatctaattgaggctaaagttgtacatgaacaactatgttcgatggttgaaaggtctgacacagaacttttgggacctagcaatcaatttttacctaaaattgttgccatctttacagagGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTCAAACTGCAGGTCGAATGGTG
AACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCTATGATGATGTTAAGGAATTT
GGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGG
Intron 5 GTAAGAAAGC ... GTATTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.19 | 83.1 | 16 | 7 |
| A2 | 6.27 | 52.3 | 4 | 3 |
| A3 | 6.08 | 77.4 | 7 | 3 |
| A4 | 7.01 | 60.2 | 7 | 2 |
| A5 | 0 | 22.7 | 0 | 0 |
| A6 | 0.35 | 146 | 0 | 1 |
| A7 | 0.28 | 178.4 | 1 | 0 |
| A8 | 0.26 | 194.3 | 1 | 0 |
| A9 | 1.36 | 183 | 2 | 3 |
| A10 | 0 | 164.6 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTGATTGAATGAATGAGGCATCACCTTTATTTATACTGTTTTGTGGTTGACCTTTTCCACTTTAGTTGGGCCCGACTTGACTTCTAGGTGAGGTCGACTTGCATATTAGAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAGCAAGAC
TAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGTGGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATTGGACTC
GCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCATAACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGATGATCA
CATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATATGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTA
TTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAG
ACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAG
TTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCT
TATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGG
TGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTC
AAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCT
ATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGG
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCTACATGTTTCAAGCATGGGCTAGACTTTGCAAGTGTCTAGGACAGGAGTTTCTTCCTTACTTGAGTGCAGTGATGCCTCCCATTCTACGATCTGCCCAGCTGAAGGCAGATGTGACCATCGCTGCTGCAGACTCAGATGAAGTTATTGATGGTTCCAGTGATGAAAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATA
TTTGGCGTCAAGACAGCTGTATTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGC
CCAATTGGCTGTGGAGAAAAGACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCA
TAGTTGAAGAATTCAAACAAGTTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTAAGATTTTCGTTAGTGAAAGCATTTGTAATTTGTATTTCCTGTTCGTGCAAC
AAGGCATTATTATAGCAATGATATATACTTAAATGGATCAAATTTAACAAATAGGTACTTGATTTTTGGCTTGTACTTTTGCTCATACAGTTGAATGACAAACTCTTCTTAATGCAGGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCTTATATAAC
ACCAATGCTGGTAAATAGTCTTGAATCTTGATCACTTCTATGCATTAATACTTTTGTGTTTATTGATTTAGTTGACCATTATAAATATTTAATGATCACAGCTGTTTCTCTTCTGTGTTATAAAAGAAAAATCTGTGATCTATGAAATCATCTCCACAGTAGCTATATAAAATTTGAAATAGTGGTTTTAAGTTTTAACC
ATTCAACAGCACAATGCATTCTGTAACAATCATGGGTAAGCACATTTTATTTGCAATTTGGATGTACATATAACTTATCAGAATAAGCAGGTTACCTTGTTTTTATTCCACAAATTTGAGCAGTTATTTCCTTGTTTGTCAACACTTGAATCTATTGGTTACATTCAATATGTATTAGTTAACTGAATATCGACCGAGGA
AGCTTATCTTTTACTGTCTGGCTCAAGTAAATATCCCTTGATTCCTTATCTCAGATTCTCATGCTTTTGAAGCATTTTGCTCTACATTCTAATTTCCAGCTAGATGCATTGGAATGTGAACTTATTAAGTTGGAATTTTCTTGATGTCTTTCAGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATG
TTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAgtaagaaagctggagctttgctactagtttaggagctagaaatgaccacttagtttggacttctggattttaaactggtggagtatgtttttatttgtattcacagATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCG
CCAGGTATAAACTTTATGGTGTTCGTGCTATTCTATTTTGTTGTTGAACTCCTTATTCTTTTTTCTGAAAATGCATATTATATTAGATTACTGCACAAAAATGTTCATGAAGGTGTACAAATCAATGAGCTTCACTGTAATTATGTAGACAACTCCTCCCAACATTGGTGAGGACTCAGGAGTGCTAGCATATCCCCATG
AGCATCAATCTTAAAAGAGTTTACATACTCATGGAAAATGGCCATTCTGGCTGAAACCTGAACTGCCAATTTTGCTCCAAACAATTTAGTCTCACCCAACTAATGGCAACACCCATCTATTACATTTGAGTAGTGAATTCCTTTAACTTCTAGGCTTTGATGATCAGTAACAATTCCAATGCTCTGATCTTAAAGGATGA
GTTGGTTTTTGAAACATCTTGGCTCCCCCTAGTTTAAATTTGGAATCAACATCTTGTAGGGCTTGTTACCACCCAAAGTTGCACTTAACTTATAAAGCCCTAATTATGAGTGCAACCGTAGAGGGAACTTAGAAGGGCTATCCACTGTCATTGCAGTAGCTCGGCTCTCCTCTGGCACAAGGGGTGGATCACAAAGGCTA
GGATTACTATATCTGCCCTTGAAGCTCTAGGTTAATATTAGATTTAGTAAAACATAAATAATTTATATGTTATATTTTTGGGTGGTTGAAAGAGTAGACTAGTGCTAAACATCCAATTAGGGCAAATGGAGTCTAAAAGTATTAAGACGGTTCAATATCTCTAAAGAGTTATGATAGTGCTGTTACAACATGCTGATATC
AACCTATGATGGCTGTTTTTAGATTGTAGAAAATTACTTCAAGGGCCATTCCAAAGGTGCTCCTCGTTTACATAAGCATGACAACAAAGTGGTGCTTTTACCATAAACTAAAAGTCTGCTCTGCCTTTCAATGAAATGTTGAAGTGGATAGTTCCTGTTCACTATTAAATTGGCAGAAGATTTCTGCAATGTATATAAGA
ATATATAAAATAATGAATAATTGATAGAATGATG
Intron 6 GTAAGATTTT ... CTTAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.53 | 158.9 | 24.3 | 18.8 |
| A2 | 11.09 | 80.4 | 21.9 | 10.2 |
| A3 | 4.72 | 102.7 | 18.7 | 5.8 |
| A4 | 8.82 | 84.7 | 15.5 | 8.3 |
| A5 | 2.98 | 42.1 | 4.4 | 1.4 |
| A6 | 4.2 | 163.1 | 17.7 | 7.9 |
| A7 | 4.56 | 244.3 | 29.3 | 12.6 |
| A8 | 2.62 | 248.2 | 32.2 | 7.4 |
| A9 | 3.75 | 216.8 | 18.7 | 9.3 |
| A10 | 2.66 | 177.5 | 16.2 | 5.8 |
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTGATTGAATGAATGAGGCATCACCTTTATTTATACTGTTTTGTGGTTGACCTTTTCCACTTTAGTTGGGCCCGACTTGACTTCTAGGTGAGGTCGACTTGCATATTAGAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAGCAAGAC
TAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGTGGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATTGGACTC
GCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCATAACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGATGATCA
CATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATATGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTA
TTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAG
ACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAG
TTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCT
TATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGG
TGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTC
AAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCT
ATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGG
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCTACATGTTTCAAGCATGGGCTAGACTTTGCAAGTGTCTAGGACAGGAGTTTCTTCCTTACTTGAGTGCAGTGATGCCTCCCATTCTACGATCTGCCCAGCTGAAGGCAGATGTGACCATCGCTGCTGCAGACTCAGATGAAGTTATTGATGGTTCCAGTGATGAAAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATA
TTTGGCGTCAAGACAGCTGTATTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGC
CCAATTGGCTGTGGAGAAAAGACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCA
TAGTTGAAGAATTCAAACAAGTTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAgtaagattttcgttagtgaaagcatttgtaatttgtatttcctgttcgtgcaac
aaggcattattatagcaatgatatatacttaaatggatcaaatttaacaaataggtacttgatttttggcttgtacttttgctcatacagttgaatgacaaactcttcttaatgcagGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCTTATATAAC
ACCAATGCTGGTAAATAGTCTTGAATCTTGATCACTTCTATGCATTAATACTTTTGTGTTTATTGATTTAGTTGACCATTATAAATATTTAATGATCACAGCTGTTTCTCTTCTGTGTTATAAAAGAAAAATCTGTGATCTATGAAATCATCTCCACAGTAGCTATATAAAATTTGAAATAGTGGTTTTAAGTTTTAACC
ATTCAACAGCACAATGCATTCTGTAACAATCATGGGTAAGCACATTTTATTTGCAATTTGGATGTACATATAACTTATCAGAATAAGCAGGTTACCTTGTTTTTATTCCACAAATTTGAGCAGTTATTTCCTTGTTTGTCAACACTTGAATCTATTGGTTACATTCAATATGTATTAGTTAACTGAATATCGACCGAGGA
AGCTTATCTTTTACTGTCTGGCTCAAGTAAATATCCCTTGATTCCTTATCTCAGATTCTCATGCTTTTGAAGCATTTTGCTCTACATTCTAATTTCCAGCTAGATGCATTGGAATGTGAACTTATTAAGTTGGAATTTTCTTGATGTCTTTCAGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATG
TTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAGTAAGAAAGCTGGAGCTTTGCTACTAGTTTAGGAGCTAGAAATGACCACTTAGTTTGGACTTCTGGATTTTAAACTGGTGGAGTATGTTTTTATTTGTATTCACAGATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCG
CCAGGTATAAACTTTATGGTGTTCGTGCTATTCTATTTTGTTGTTGAACTCCTTATTCTTTTTTCTGAAAATGCATATTATATTAGATTACTGCACAAAAATGTTCATGAAGGTGTACAAATCAATGAGCTTCACTGTAATTATGTAGACAACTCCTCCCAACATTGGTGAGGACTCAGGAGTGCTAGCATATCCCCATG
AGCATCAATCTTAAAAGAGTTTACATACTCATGGAAAATGGCCATTCTGGCTGAAACCTGAACTGCCAATTTTGCTCCAAACAATTTAGTCTCACCCAACTAATGGCAACACCCATCTATTACATTTGAGTAGTGAATTCCTTTAACTTCTAGGCTTTGATGATCAGTAACAATTCCAATGCTCTGATCTTAAAGGATGA
GTTGGTTTTTGAAACATCTTGGCTCCCCCTAGTTTAAATTTGGAATCAACATCTTGTAGGGCTTGTTACCACCCAAAGTTGCACTTAACTTATAAAGCCCTAATTATGAGTGCAACCGTAGAGGGAACTTAGAAGGGCTATCCACTGTCATTGCAGTAGCTCGGCTCTCCTCTGGCACAAGGGGTGGATCACAAAGGCTA
GGATTACTATATCTGCCCTTGAAGCTCTAGGTTAATATTAGATTTAGTAAAACATAAATAATTTATATGTTATATTTTTGGGTGGTTGAAAGAGTAGACTAGTGCTAAACATCCAATTAGGGCAAATGGAGTCTAAAAGTATTAAGACGGTTCAATATCTCTAAAGAGTTATGATAGTGCTGTTACAACATGCTGATATC
AACCTATGATGGCTGTTTTTAGATTGTAGAAAATTACTTCAAGGGCCATTCCAAAGGTGCTCCTCGTTTACATAAGCATGACAACAAAGTGGTGCTTTTACCATAAACTAAAAGTCTGCTCTGCCTTTCAATGAAATGTTGAAGTGGATAGTTCCTGTTCACTATTAAATTGGCAGAAGATTTCTGCAATGTATATAAGA
ATATATAAAATAATGAATAATTGATAGAATGATG
Intron 7 GTTATTCCTG ... CTTTACAGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.71 | 55.8 | 58 | 61.6 |
| A2 | 45.82 | 41.9 | 31 | 40 |
| A3 | 41.67 | 45 | 28 | 36.5 |
| A4 | 50.75 | 43.9 | 46 | 44.5 |
| A5 | 40.26 | 23 | 19 | 12 |
| A6 | 48.52 | 140.8 | 118 | 147.7 |
| A7 | 47 | 184.6 | 163 | 164.7 |
| A8 | 47.6 | 224.5 | 194 | 214.4 |
| A9 | 50.57 | 137 | 135 | 145.5 |
| A10 | 48.62 | 104.9 | 110 | 88.6 |
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTGATTGAATGAATGAGGCATCACCTTTATTTATACTGTTTTGTGGTTGACCTTTTCCACTTTAGTTGGGCCCGACTTGACTTCTAGGTGAGGTCGACTTGCATATTAGAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAGCAAGAC
TAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGTGGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATTGGACTC
GCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCATAACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGATGATCA
CATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATATGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTA
TTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAG
ACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAG
TTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCT
TATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGG
TGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTC
AAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCT
ATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGG
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGCTTGATTGAATGAATGAGGCATCACCTTTATTTATACTGTTTTGTGGTTGACCTTTTCCACTTTAGTTGGGCCCGACTTGACTTCTAGGTGAGGTCGACTTGCATATTAGAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAGCAAGAC
TAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGTGGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATTGGACTC
GCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCATAACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGATGATCA
CATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATATGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTA
TTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAG
ACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAG
TTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCT
TATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGG
TGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGgttattcctgcttggctaaatttcttgccaatca
agggtgatctaattgaggctaaagttgtacatgaacaactatgttcgatggttgaaaggcattcacgttatttcaggtctgacacagaacttttgggacctagcaatcaatttttacctaaaattgttgccatctttacagagGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTCAAACTGCAGGTCGAATGGTGAAC
CTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCTATGATGATGTTAAGGAATTTGGG
ACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGG
Intron 8 GTAAATATCC ... TGTCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.74 | 17.2 | 15 | 33.6 |
| A2 | 46.67 | 17.1 | 6 | 16.3 |
| A3 | 47.68 | 26.4 | 19 | 26.6 |
| A4 | 50.7 | 16.6 | 12 | 18.3 |
| A5 | 62.36 | 5.9 | 1 | 10.2 |
| A6 | 34.04 | 32.8 | 6 | 21.7 |
| A7 | 28.15 | 53.2 | 6 | 25.8 |
| A8 | 34.72 | 42.7 | 1 | 29.1 |
| A9 | 37.65 | 38.7 | 7 | 30.1 |
| A10 | 29.85 | 47.7 | 0 | 26.7 |
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i14 from sample A1 / Example spliced isoformAAGATTTTCGTTAGTGAAAGCATTTGTAATTTGTATTTCCTGTTCGTGCAACAAGGCATTATTATAGCAATGATATATACTTAAATGGATCAAATTTAACAAATAGGTACTTGATTTTTGGCTTGTACTTTTGCTCATACAGTTGAATGACAAACTCTTCTTAATGCAGGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGA
CTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCTTATATAACACCAATGCTGTTAACTGAATATCGACCGAGGAAGCTTATCTTTTACTGTCTGGCTCAAGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACA
TTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGGTGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGC
AGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTT
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCTACATGTTTCAAGCATGGGCTAGACTTTGCAAGTGTCTAGGACAGGAGTTTCTTCCTTACTTGAGTGCAGTGATGCCTCCCATTCTACGATCTGCCCAGCTGAAGGCAGATGTGACCATCGCTGCTGCAGACTCAGATGAAGTTATTGATGGTTCCAGTGATGAAAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATA
TTTGGCGTCAAGACAGCTGTATTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGC
CCAATTGGCTGTGGAGAAAAGACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCA
TAGTTGAAGAATTCAAACAAGTTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCA
TTCTTCGATGATCTTTTGTCTTATATAACACCAATGCTGGTAAATAGTCTTGAATCTTGATCACTTCTATGCATTAATACTTTTGTGTTTATTGATTTAGTTGACCATTATAAATATTTAATGATCACAGCTGTTTCTCTTCTGTGTTATAAAAGAAAAATCTGTGATCTATGAAATCATCTCCACAGTAGCTATATAAA
ATTTGAAATAGTGGTTTTAAGTTTTAACCATTCAACAGCACAATGCATTCTGTAACAATCATGGGTAAGCACATTTTATTTGCAATTTGGATGTACATATAACTTATCAGAATAAGCAGGTTACCTTGTTTTTATTCCACAAATTTGAGCAGTTATTTCCTTGTTTGTCAACACTTGAATCTATTGGTTACATTCAATAT
GTATTAGTTAACTGAATATCGACCGAGGAAGCTTATCTTTTACTGTCTGGCTCAAgtaaatatcccttgattccttatctcagattctcatgcttttgaagcattttgctctacattctaatttccagctagatgcattggaatgtgaacttattaagttggaattttcttgatgtctttcagGGTAAAGTTAAAGAGAA
AAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAGTAAGAAAGCTGGAGCTTTGCTACTAGTTTAGGAGCTAGAAATGACCACTTAGTTTGGACTTCTGGATTTTAAACTGGTGGAGTATGTTTTTATTTGTATTCACAGATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAA
GCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGTATAAACTTTATGGTGTTCGTGCTATTCTATTTTGTTGTTGAACTCCTTATTCTTTTTTCTGAAAATGCATATTATATTAGATTACTGCACAAAAATGTTCATGAAGGTGTACAAATCAATGAGCTTCACTGTAATTATGTAGACAACTCCTCCCAACATTGGTGA
GGACTCAGGAGTGCTAGCATATCCCCATGAGCATCAATCTTAAAAGAGTTTACATACTCATGGAAAATGGCCATTCTGGCTGAAACCTGAACTGCCAATTTTGCTCCAAACAATTTAGTCTCACCCAACTAATGGCAACACCCATCTATTACATTTGAGTAGTGAATTCCTTTAACTTCTAGGCTTTGATGATCAGTAAC
AATTCCAATGCTCTGATCTTAAAGGATGAGTTGGTTTTTGAAACATCTTGGCTCCCCCTAGTTTAAATTTGGAATCAACATCTTGTAGGGCTTGTTACCACCCAAAGTTGCACTTAACTTATAAAGCCCTAATTATGAGTGCAACCGTAGAGGGAACTTAGAAGGGCTATCCACTGTCATTGCAGTAGCTCGGCTCTCCT
CTGGCACAAGGGGTGGATCACAAAGGCTAGGATTACTATATCTGCCCTTGAAGCTCTAGGTTAATATTAGATTTAGTAAAACATAAATAATTTATATGTTATATTTTTGGGTGGTTGAAAGAGTAGACTAGTGCTAAACATCCAATTAGGGCAAATGGAGTCTAAAAGTATTAAGACGGTTCAATATCTCTAAAGAGTTA
TGATAGTGCTGTTACAACATGCTGATATCAACCTATGATGGCTGTTTTTAGATTGTAGAAAATTACTTCAAGGGCCATTCCAAAGGTGCTCCTCGTTTACATAAGCATGACAACAAAGTGGTGCTTTTACCATAAACTAAAAGTCTGCTCTGCCTTTCAATGAAATGTTGAAGTGGATAGTTCCTGTTCACTATTAAATT
GGCAGAAGATTTCTGCAATGTATATAAGAATATATAAAATAATGAATAATTGATAGAATGATG
Intron 9 GCAAGTTCTA ... CTTATGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.67 | 83.5 | 2 | 28 |
| A2 | 32.48 | 78 | 3 | 37 |
| A3 | 25.3 | 72.5 | 0 | 24 |
| A4 | 27.96 | 56 | 2 | 21 |
| A5 | 19.45 | 34 | 0 | 8 |
| A6 | 35.04 | 192.5 | 2 | 103 |
| A7 | 30.95 | 268 | 0 | 119 |
| A8 | 32.34 | 264 | 5 | 125 |
| A9 | 27.3 | 202.5 | 2 | 75 |
| A10 | 24.81 | 169 | 0 | 55 |
>TRINITY_DN43660_c2_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformAAGACTCATTAAATTTTTTATGACCCTCTTACATGTTGGAGTTCCCACGCTTGAATGACTTGGTGTATGTCCATTACAATCTCCCACTGTGTAACAATCCCAAAAATACTATTAATTTAGCTATAAATAAAAACATAGAAAAACTAAATTAAAATAATAAATAAATAAATTTAATATCTAATTAGATTAAGTTTAATATT
AAAGAAACAATTATTACCACCAATAATAGGATAACTATGACTAATAATATTAAAATAATAAATAAATGAACAAATAAAAGAAAATTTGTTATTAAAACTAATAAAATATATTTGGTTCACATTCCAAAGAAAAGAGAAGAACAACTATATTAAAACTAAAAACCATTGAGTTCCAAAATTAGGTTTTTAGTTTTTTTGTT
CTTTTCTTTTTGTACTTTTATTGGCAGGGGTTGGAGGACCACTTTCAAATGAAAAAAGAAATTTAAAATAACATTTTCAGAGATTTTACATGCTGGTAATGATTGTACAGTATAGGGAAGGGCTGGGAAACATTTCCCAATTGTACTCTGCACTGTGGTATGGTAGTACGGCTTTCCCTATCATTCCCTACTATTTCTAG
GCCATTTCCCTTTTCTGAGATGTTTCCCGGCAGAAGCACCCACCCTCCAGGGAGTTTTTTGCAACAGCTTACAATCCATTTCACTCTCAGGATTCAGTACTGCCTCTTGAGCTCATATATTAGTCAAACCAAGCCATCCAACCTCCCTTAGGCATTGTGTAAAATTTCAAATGTTCATGATGCTAGTCAGAGACCTTTCT
GCCTTCCTTTTTACCTGCAGTGGAATCACTAAAGAAGCATCTGCGATTTCCGATATTCTTTTGTGGTAGGATAGAGGTAGGGGTAGTAATGAGATGATCTACTGGACTCAATCTGCTATGATGCTTCTTCTTACTAACCATATATCCTAAGCAAATGATCTTTTAAGATTGTTCTTAAACGTACTCAACACCCACTTCCA
CAAGTTTGCTAAAATCGATTCCAAGGACATCCAAGTCTGTTATAATATGTCTTGTTTGTTTGAAATTAATTTCAGGAAAAAACCACAATATTTGCATTATTGGAGACAACATTTTGGATGAAATTAGTGTGATCCATTGTCAGGACACCAAGTATCTTGATATATGTCTTGTTTGTATAACTTTCCATCTTTTAACAACC
CAATTAGAATTGTCATCTTGCTCAATAATAATTGCCCATTGTTTCCTCACTAACCACTACTCACTCTACTCTAGCAAAGTTATCCAAACACTACGTCTCTTCATAGATTTCCACTGTTGTTGATTTTTTAATGTTTCAGTTATTTATTTTTGTTCTACGAGTTTTTTCAATCTTCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCAT
TTGTGCTGAGTTTGGTGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTTTATGTGCTGGCAAAG
ACCTTGTAACTGCTCAAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCA
AATGCTTGTAAGTCTATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGC
TTTAGACAAACAGGGTGCTACCTGTTTTCTACCAAGTTTCGGGGTCATGGGGATACATTTGGGTGATGTGTGGAGACACCCCCCAAATTTCAGGGAATGTACCTCGCCCCAAATCTTAAATATATG
>TRINITY_DN43660_c2_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:CAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGgcaagttctacttgaccatttaaacatctatgttccaacattaatcttctattatgtgagtctaatacaaagcttttccagattactatttatgaaatcctgctgacaaccttgttctaacatctaatgtggccttatgtcagAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCA
ACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTCAAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCC
TGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCTATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTG
TAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGGGTGCTACCTGTTTTCTACCAAGTTTCGGGGTCATGGGGATACATTTGGGTGATGTGTGGAGACA
CCCCCCAAATTTCAGGGAATGTACCTCGCCCCAAATCTTAAATATATG
Intron 10 GTAGGTTGAT ... GTTATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.52 | 66.5 | 24 | 0 |
| A2 | 17.5 | 33 | 7 | 2 |
| A3 | 24.44 | 34 | 11 | 11 |
| A4 | 22.86 | 54 | 16 | 0 |
| A5 | 10 | 9 | 1 | 1 |
| A6 | 21.66 | 123 | 34 | 0 |
| A7 | 24.26 | 128 | 41 | 0 |
| A8 | 20.6 | 185 | 48 | 0 |
| A9 | 20.06 | 127.5 | 32 | 0 |
| A10 | 26.35 | 109 | 39 | 0 |
>TRINITY_DN109910_c2_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoformGTGCTGGTGACCTTTCATGTAAAGACACATCTTTACATATACACCTTTTCATAATAATATGCTTAAGTAAATAGTAATTATACTTATTTTATATTCATAACACCGATTTGCATAGTAAAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAG
CAAGACTAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGTGGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATT
GGACTCGCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCATAACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGA
TGATCACATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATATGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACA
GCTGTATTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGA
GAAAAGACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCA
AACAAGTTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTT
TTGTCTTATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGA
GTTTGGTGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCAGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTATTCCTGCTTGGCTAAATTTCTTGC
CAATCAAGGGTGATCTAATTGAGGCTAAAGTTGTACATGAACAACTATGTTCGATGGTTGAAAGGTCTGACACAGAACTTTTGGGACCTAGCAATCAATTTTTACCTAAAATTGTTGCCATCTTTACAGAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTCAAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAG
TTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCTATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCT
GAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGGGTGCTACCTGTTTTCTACCAAGTTTCGGGGTCATGG
GGATACATTTGGGTGATGTGTGGAGACACCCCCCAAATTTTAAGGAAATTCATGGGGGATGGGAGATGTTGTGGTCCCTAACATAGT
>TRINITY_DN109910_c2_g2_i15 from sample A3 / Example unspliced isoform:CAGCTGAAGGCAGATGTGACCATCGCTGCTGCAGACTCAGATGAAGTTATTGATGGTTCCAGTGATGAAAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTATTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGAT
TGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAGACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGA
ATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAGTTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGG
GAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCTTATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTG
TGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGGTGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATG
ACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCAGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTATTCCTGCTTGGCTAAATTTCTTGCCAATCAAGGGTGATCTAATTGAGGCTAAAGTTGTACATGAACAACTATGTTCGATGGTTGAAAGgtaggttgatacttgttct
ttttatggtaataaaaatatgttatgtaggtcattaatgtttctagggataggatatagcctaaagtccccataacttgttctattgccattcctgatatttatggaagtgcaatgctaaggcattcacgttatttcagGTCTGACACAGAACTTTTGGGACCTAGCAATCAATTTTTACCTAAAATTGTTGCCATCTTT
ACAGAGGTTAGTGGTAATAACTTTCTTATTTTCCCAACATTCATTCTTCTAAAGCAGTGCTCATTCCAATTATATGTTTAGCATGCCG
Intron 11 GTAGATAATG ... TGATTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 2.61 | 112 | 0 | 3 |
| A2 | 0 | 86 | 0 | 0 |
| A3 | 0 | 108 | 1 | 0 |
| A4 | 0 | 106 | 0 | 0 |
| A5 | 0 | 36 | 0 | 0 |
| A6 | 0.83 | 120 | 0 | 1 |
| A7 | 0 | 158 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 148 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 210 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 155 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTGATTGAATGAATGAGGCATCACCTTTATTTATACTGTTTTGTGGTTGACCTTTTCCACTTTAGTTGGGCCCGACTTGACTTCTAGGTGAGGTCGACTTGCATATTAGAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAGCAAGAC
TAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGTGGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATTGGACTC
GCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCATAACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGATGATCA
CATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATATGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTA
TTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAG
ACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAG
TTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCT
TATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGG
TGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTC
AAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCT
ATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGG
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTCTATCCCTGGATTGAACAGgtagataatgctgtactttcaggtgctttttttacatgtttatactgatctaagatttacttctcgtaggtatatatctaaccagatatatctcatattatgattaacagGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCA
GGTATTAAGAATTTTGTTCTTGCTTTTGATTCTGTATAGTCTCTTAGTTTTTTCTTTTCTTTGAATATTTTCTATAGCTGATGTCATTATTCATGTACATTTAGCCATGCCA
Intron 12 GTATTAAGAA ... GTACATTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.57 | 112 | 2 | 29 |
| A2 | 23.96 | 73 | 1 | 23 |
| A3 | 20.45 | 70 | 1 | 18 |
| A4 | 21.43 | 77 | 4 | 21 |
| A5 | 17.65 | 28 | 1 | 6 |
| A6 | 18.57 | 114 | 0 | 26 |
| A7 | 17.65 | 140 | 0 | 30 |
| A8 | 24.4 | 158 | 0 | 51 |
| A9 | 16.16 | 166 | 0 | 32 |
| A10 | 15.63 | 135 | 0 | 25 |
>TRINITY_DN118829_c2_g2_i7 from sample A2 / Example spliced isoformCACCGATTTGCATAGTAAAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAGCAAGACTAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGT
GGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATTGGACTCGCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCAT
AACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGATGATCACATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATA
TGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTATTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTA
CATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAGACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACT
GAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAGTTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGA
AATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCTTATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAA
AATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGGTGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTG
GCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTATTCCTGCTTGGCTAAATTTCTTGCCAATCAAGGGTGATCTAATTGAGGCTAAAGTTGTACATGAACAACTATGTTCGATGGTTGAAAGGTCTGACACAGAACTTTTGGGACCTAGCAATCAATT
TTTACCTAAAATTGTTGCCATCTTTACAGAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTCAAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTT
AGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCTATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCA
AAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGGGTGCTACCTGTTTTCTACCAAGTTTCGGGGTCATGGGGATACATTTGGGTGATGTGTGGAGACACCCCCCAAATTTT
>TRINITY_DN118829_c2_g2_i16 from sample A2 / Example unspliced isoform:GATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGgtattaagaattttgttcttgcttttgattctgtatagtctcttagttttttcttttctttgaatattttctatagctgatgtcattattcatgtacatttagCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAGACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATAT
ATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGTCATATAGAGTTGTCCTGTTATTTTAGTAAATCTTATGTTCGCAGGTCATTAGTAGACTTCCTGCCAAACTAAAATTTGTTCATTTATACCCGAAACTTGACAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACT
GAATGAATGCATGGAGGTATGGGGTTAATTGCCCTTTATGTAGATATGCAATTGCAATATATTTTTAGCTACATTTATATTAAATTTGACCTAACTTATTCACACATGCTTCTCCATACACAAAATAACCAACACATTTTAAGATTGTTGCCATGTTTCTGTGGTGCAGAGTAAGATTTGTCCATTTTCTAACTGAAAAA
AATGAATTGTAATCTATTTCGTAGGGATATTTTGTAGTTGATATCTAAGTGCATGGTGTTTTTGTCCATACAGGAAAACTTAGAAACAAAATCATTAATAATTCAATTTCAGGGGAACGCTATATTTTTATTTAGAATTTCACACCCTGAGCTTAATATTGGAT
Intron 13 GTCATATAGA ... AACTTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.31 | 132.7 | 26 | 1 |
| A2 | 20.75 | 78.7 | 20.3 | 1.4 |
| A3 | 17.35 | 83.7 | 17 | 0.4 |
| A4 | 21.46 | 68.1 | 18.3 | 0.4 |
| A5 | 29.68 | 36 | 15 | 2.2 |
| A6 | 20.59 | 119.2 | 30 | 0 |
| A7 | 12.08 | 197.2 | 26.4 | 0 |
| A8 | 20.18 | 147.9 | 36.7 | 0 |
| A9 | 12.86 | 199.6 | 28.3 | 1.4 |
| A10 | 12.03 | 150.5 | 20 | 0.9 |
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTGATTGAATGAATGAGGCATCACCTTTATTTATACTGTTTTGTGGTTGACCTTTTCCACTTTAGTTGGGCCCGACTTGACTTCTAGGTGAGGTCGACTTGCATATTAGAATAATAAATGTTATTTTATTGTTTCTTCTGCTGGGGCCGACTTGAGAGGATACCCATGCAGCTATAACAGCAACAGTTGAGCAAGAC
TAGGCCTCTGAATTTTCGAGTTGTGGCCTATGGGTTTATTGATTGTATCAACATTCTCATCTTATACGGCATGCCAATGGTATGCCTTGAAAGTGGAGGTGGAAGTTGTTGCTTGAGCACTGCCAGGGCGGCATACCTTTTGCAGAGGTGAGATTATGATGCAAACCTTAAACTAAAAAAAGCGTTGGAGAATTGGACTC
GCAAATAGATGTAAAAAGTGGTGATCTCAACTTGATGCCTTCTAAAGAAGAATTGTAATTTGGAAAGAGTCTCCATGGTGGTATTAAAAGCCATAACCTTCAATTTACTAGGGTTCATAACTAGTTGTTGAAGATCACAAAATAGGACAAGGAGTATAGCTGCCTTTGAAGCCCCTTTGGAGACGAGGCTATGATGATCA
CATCGTCTACAAGAAGAGTCAATTTATTTTGAATTGATACTGCGGATCTTTTGGGCTGAACTTTGTTATGAATTTCTGTAAACTTTTAGTTATATGTACTAATTTTTCTTCTTTGTCTCTCTTTTTTCCTCTTCTTGGGAGGGACTAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATATTTGGCGTCAAGACAGCTGTA
TTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGCCCAATTGGCTGTGGAGAAAAG
ACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGGAGCCCCATACTGAAGTATGTTCAAGCTTGCTGGATGCACTGAATGAATGCATGGAGATTTCAGGCATCCTGCTTGATCAAAGACAAGTAAAGTCCATAGTTGAAGAATTCAAACAAG
TTATTACAGATAGTCGATCTAGAAAGAGAGAACACACAGAAAGGATCCAGGCTGAGGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAATTACTAGAAATAGAAATTGATCAGGAACAGGAAGTCTTTGTGATAGTTGGTGAATGCATAGGAACACTAATGAAGACTTTCAAGGACTCATTCTTGCCATTCTTCGATGATCTTTTGTCT
TATATAACACCAATGCTGGGTAAAGTTAAAGAGAAAAGAATTGCAATTTGTATTTTTGATGATGTTGCCGAGCAGTGTGGAGAAGCTGCAACAAAATATTATGATACATTCTTTCCCTTCCTATTGGAAGCCTGCAATGACGCTGATGCAGGTGTGCGCCAGGCTGCTGTTTATGGAATTGGCATTTGTGCTGAGTTTGG
TGGATTCAAAGTCAAGCCTATGATTGGAGAGGCACTTTCAAGGTTGAACACAGTTACTAGTCAACCCAATGCTCATGACACTTCCAACATATTGGCAACAGACAATGCAGTCTCTGCAATAGGAAAAATTTGTCAGTTTCATCGGGACAGTATAGATGCATCACAGGTTTTATGTGCTGGCAAAGACCTTGTAACTGCTC
AAACTGCAGGTCGAATGGTGAACCTATTGAGACAGTTGCAGCAGACACTTCCTCCATCAGCCCTGGCATCTACATGGTCTGCCTTACAGCCTCAGCAACAACTGGCCTTGCAATCAATTCTTTCTTCATTTTCTTAGATTATTTTCCTCCACCGTCAATCACAGGAAAGGCTGTTGTGGATCCCAAATGCTTGTAAGTCT
ATGATGATGTTAAGGAATTTGGGACTGTTTATTCTGAAATGGTAACAATGTTAAAGCTCATTGTAAATAACTGTTTTGTAATCTTATATGGGCTATGCTATTACGAGTCAAGAATCTAAACACCTGTGGGCTGCAAAATTACTGGTAATGATATTTTCTTATGTGATACTAACAGATCTAGAGGCTTTAGACAAACAGG
>TRINITY_DN124866_c0_g3_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCTACATGTTTCAAGCATGGGCTAGACTTTGCAAGTGTCTAGGACAGGAGTTTCTTCCTTACTTGAGTGCAGTGATGCCTCCCATTCTACGATCTGCCCAGCTGAAGGCAGATGTGACCATCGCTGCTGCAGACTCAGATGAAGTTATTGATGGTTCCAGTGATGAAAGTGTCGAGATTATTACAATAGATGATAAAATA
TTTGGCGTCAAGACAGCTGTATTAGAGGAGAAAGCTACTGCTTGCAATATGCTTTGCTGCTATGCAGATGAACTCAAAGAGGGTTTCTATCCCTGGATTGAACAGGTTTTATCTACATTGGTTCCACTTCTGAAATTTTACATCCATGATGAGATTAGAAAAGCTGCAGCCTCAGCCATGCCAGCATTGCTACGGTCTGC
CCAATTGGCTGTGGAGAAAAGACAGGCTCAGGGCCAGGATGAAACATATATTAAACAATTGTCAGATTATATCATACCTTCACTGGTTGAGGCCTTGAATAAGgtcatatagagttgtcctgttattttagtaaatcttatgttcgcaggtcattagtagacttcctgccaaactaaaatttgttcatttatacccgaaa
cttgacagGAGCCCCATACTGAAGTATGT