sp|P92555|M1250_ARATH ----> Uncharacterized mitochondrial protein AtMg01250

Intron 1 GTAAGTTTAC ... TGTTGCGCAG

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A10	83.33	1	8	2

>TRINITY_DN41444_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CAAAAGTTCTATCGTTGAGAGAATAGCGAATCTTTATTTTCTTTTTCCTGCACTTATGTAAAGATTTCTACTATTTAATTTTCATTATCGATGGATGTACATGAATAACAGAAGAAACCCTAGAAACCCTGTGAGAAACCCTAACTAGGCTGGTATGCAGCGACACAATCAATGGTCTTGGAGTCAAGTTTGTCACCTGG
TGACAAACCTAGTACCAATCAGGCTAAAATACTGGGAATCAACCTTTTCTAAAATTTCCATTGATTGTTTATTGTGTGGTCTGTTCTCCTCGTTTTATCTCAGGGTTTTTACTGTAATGCCATTTTCCTTGATGGGGTTTCGTGGACTGGGGGAGTATGTTACTATTCCGTTTATGACATGGAGTCACCAGTCGGTTTTG
ACCCTCTGCCTTTGTTTCCTCTACCTTGTGGAGGTGGTGCAGGTTTTTCGTAGTTTTCCCCTTCAAGTGTTGGTTATTTTCAGAGGTCTGTTAAAACAAATCCTTTGTCCTCTATGATATATGAACCATGGCCTTTAACCTCCAGTTCGGAGAATCCGGGTTAGGTGGAACAAGGATCGAAATTTTGGGTGGCCTGTCGG
GGATCTGAAAAGGAACGTCTTGGGTCTCGGATATCTAGTTCGAATAGGGGTTCTCGAGATTGTAAAGGCGGAAAATGTAATATTCACATTCCCTTTGTGAAGGCTAAACCTAGGTGCTCATTGTGTGTGCTGGGTAAAGATGTTACTATCGATATGGTTTTGGCACTGACTCAAAAAGCGCTCATTGGGAAATTTGAATA
CATTAAACTCTCTCGCGCAGAGGTTTTGAGTTGGATTTGTAGATGTTGGAAACCTCTTATTGATAATTTACCGAGAGTGCTAATGTGTGTAAATGGATGGATTGTTTTCCAGTTTCTCTCGGAGGATGACAGAAAGAGAACCAAAGATCGTTTTTGGGTTTTGAGTCATGGTTCTCTTGTTCTCTCTTGCTGGAATTTTG
GTTTTGACCCCCGTTCTGAGAATATATCGTGTCGGCATCTTTAGGTGGTTCTTCCGGGCTTTCCCCTCTTTTGCTAGAATCTAAAGGGTTTTATCTCTATGGAAAATTCTATTGGCCGGTTTATCTTGATTGAGGATGAACAAATTTTTGGGTTGGACCGCAAATCCCTTAGAATGTTAGTTGAGTTGCATTCGAATGAG
GGTTTGTCGGGTTCTTTGGAAATTGTGTGGGAGGGAGGTTCAGTTATACAATTCCTATATTACTGGCGCATTCCTTTTCGATGCCACCTTTGCAGGGATATTGGCCACTTTAAAGCACGTTGTCCGTCCTGGGGACCTGTTGACACAACAGTTTCTGAGGCAAAGACGACACTTGTTAAGGACGATATTAATGATGGGTA
TCTTTTTTCGCTCCCATTAGACAAGAATTCAGCTGCTGAATTTATGGGATTATTATGAGGTCTTTCCTATCTCATCCATCTTTTTTGGAAATGTTACTATTCGAAAGGAAAGAAAGCAGAAAAAGGTTAAAGACGGTGCCAGGGCTTCAGGGGACAATTGTTTTCATTCCCAAGTTTGTACTAATCCCAAGGTTTCCTCC
CTTTCAAACAAAGGTATCTCTTAAGGGGGAATCCCCTCCACACTACCCTCTTGGCTCTTAGAGAAGAAGCGGCCCCTGTTGGGGTTCTTAAATTAATTTTATCTTATTAAATGTACGTGGATTGAGCAACGGTCCTAAGAGAGTTTATCTAAAACACTTCTTAGATGAGTTCCGACGGGTGGTGGTTTTGTTACAAGAAA
CTATGATTGGGGCTTGGGAGGCGATGTATTTCTTTTTGCAGATGAAACCTTCTTGGAGGGTTTGTGCTATGGACTCCTTTGGCTTATCGGGGGTACATTAGTTGCTTGGAATCCTGACTTCACTGATATGAAATATTTTTGGACCATTGCAAGTATTATGGTTGAAGGGAAACTCAATGGTTTCCATCGGGTTGTTCGGA
TCTTGGATATATATGATCCATATCGGAGTCGACAGTATTTCTGGGACATGATTTTTGACAGTGGTATTTTATGAGATTCTTCCCTTATTCTAGCTGGGGAATTAAAATTTACTTTATCTCTAGAAAAAAATTGGGGAGCCGGGAACTTAATCGACCCTCTTGCTGAATATATTGTTTCGGCCTTCGATGCGGTTAGATTG
ATGGATATCGTTCCCAATATCTTGGTCCATACTTGGTCAAATGGAACATGTGGGGGAGTGGGGATAGCCAAAATATTGGATAGATTTTTCAGGGCAGAAAGTCTTTGTGATGATATGGGAAGATATCGCTCCTGGTCATATGTTGTTGGCATTTCGGACCGCAAGGTAGTTTTGGTGCAGGTGGATTTTAACCATAGTAT
AATCCAATATTATCCCTTTAAATTCAATTCTACGTGTTTGACAAATCAATATTTTTGAGTTTTTTTTTCTGGACGTGTTGGAGGAAGCTTGCTATGGAAGCTCATCGTTCTCCATTACTTGGTCT

>TRINITY_DN41444_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAAAAGTTCTATCGTTGAGAGAATAGCGAATCTTTATTTTCTTTTTCCTGCACTTATGTAAAGATTTCTACTATTTAATTTTCATTATCGATGGATGTACATGAATAACAGAAGAAACCCTAGAAACCCTGTGAGAAACCCTAACTAGGCTGGTATGCAGCGACACAATCAATGGTCTTGGAGTCAAGTTTGTCACCTGG
TGACAAACCTAGTACCAATCAGGCTAAAATACTGGGAATCAACCTTTTCTAAAATTTCCATTGATTGTTTATTGTGTGGTCTGTTCTCCTCGTTTTATCTCAGGGTTTTTACTGTAATGCCATTTTCCTTGATGGGGTTTCGTGGACTGGGGGAGTATGTTACTATTCCGTTTATGACATGGAGTCACCAGTCGGTTTTG
ACCCTCTGCCTTTGTTTCCTCTACCTTGTGGAGGTGGTGCAGGTTTTTCGTAGTTTTCCCCTTCAAGTGTTGGTTATTTTCAGAGGTCTGTTAAAACAAATCCTTTGTCCTCTATGATATATGAACCATGGCCTTTAACCTCCAGTTCGGAGAATCCGGGTTAGGTGGAACAAGGATCGAAATTTTGGGTGGCCTGTCGG
GGATCTGAAAAGGAACGTCTTGGGTCTCGGATATCTAGTTCGAATAGGGGTTCTCGAGATTGTAAAGGCGGAAAATGTAATATTCACATTCCCTTTGTGAAGGCTAAACCTAGGTGCTCATTGTGTGTGCTGGGTAAAGATGTTACTATCGATATGGTTTTGGCACTGACTCAAAAAGCGCTCATTGGGAAATTTGAATA
CATTAAACTCTCTCGCGCAGAGGTTTTGAGTTGGATTTGTAGATGTTGGAAACCTCTTATTGATAATTTACCGAGAGTGCTAATGTGTGTAAATGGATGGATTGTTTTCCAGTTTCTCTCGGAGGATGACAGAAAGAGAACCAAAGATCGTTTTTGGGTTTTGAGTCATGGTTCTCTTGTTCTCTCTTGCTGGAATTTTG
GTTTTGACCCCCGTTCTGAGAATATATCGTGTCGGCATCTTTAGGTGGTTCTTCCGGGCTTTCCCCTCTTTTGCTAGAATCTAAAGGGTTTTATCTCTATGGAAAATTCTATTGGCCGGTTTATCTTGATTGAGGATGAACAAATTTTTGGGTTGGACCGCAAATCCCTTAGAATGTTAGTTGAGTTGCATTCGAATGAG
GGTTTGTCGGGTTCTTTGGAAATTGTGTGGGAGGGAGGTTCAGTTATACAATTCCTATATTACTGGCGCATTCCTTTTCGATGCCACCTTTGCAGGGATATTGGCCACTTTAAAGCACGTTGTCCGTCCTGGGGACCTGTTGACACAACAGTTTCTGAGGCAAAGACGACACTTGTTAAGGACGATATTAATGATGGGTA
TCTTTTTTCGCTCCCATTAGACAAGAATTCAGCTGCTGAATTTATGGgtaagtttacaaactcactttcggttgttttaaagtttttatcagcagaggaaattttaaagtcactttcaggtttgttggatgagggaccaatagattctgtatatttttctcctacttcagaattaaagtcttcttttgcttctggttcct
atgctcgggttggtcctctctctgagattttttctggggtttcggatggagtcacgctcgattatttttcccctattattcctaattcttcgactctcgaattttaatatggggttcctcagggggattgtttggttggggagggtgatcctagttccaagaatttgcaagaggatcgaattgttaccccccggtgcctc
ccttgaactagtcgcctcattctaggattgagttctcttcgtaccccttactgaatccatttttcctcccttggatgattcagtggccttaaaaaatcatttacccaattactaaactgttgcgcagGATTATTATGAGGTCTTTCCTATCTCATCCATCTTTTTTGGAAATGTTACTATTCGAAAGGAAAGAAAGCAGA
AAAAGGTTAAAGACGGTGCCAGGGCTTCAGGGGACAATTGTTTTCATTCCCAAGTTTGTACTAATCCCAAGGTTTCCTCCCTTTCAAACAAAGGTATCTCTTAAGGGGGAATCCCCTCCACACTACCCTCTTGGCTCTTAGAGAAGAAGCGGCCCCTGTTGGGGTTCTTAAATTAATTTTATCTTATTAAATGTACGTGG
ATTGAGCAACGGTCCTAAGAGAGTTTATCTAAAACACTTCTTAGATGAGTTCCGACGGGTGGTGGTTTTGTTACAAGAAACTATGATTGGGGCTTGGGAGGCGATGTATTTCTTTTTGCAGATGAAACCTTCTTGGAGGGTTTGTGCTATGGACTCCTTTGGCTTATCGGGGGTACATTAGTTGCTTGGAATCCTGACTT
CACTGATATGAAATATTTTTGGACCATTGCAAGTATTATGGTTGAAGGGAAACTCAATGGTTTCCATCGGGTTGTTCGGATCTTGGATATATATGATCCATATCGGAGTCGACAGTATTTCTGGGACATGATTTTTGACAGTGGTATTTTATGAGATTCTTCCCTTATTCTAGCTGGGGAATTAAAATTTACTTTATCTC
TAGAAAAAAATTGGGGAGCCGGGAACTTAATCGACCCTCTTGCTGAATATATTGTTTCGGCCTTCGATGCGGTTAGATTGATGGATATCGTTCCCAATATCTTGGTCCATACTTGGTCAAATGGAACATGTGGGGGAGTGGGGATAGCCAAAATATTGGATAGATTTTTCAGGGCAGAAAGTCTTTGTGATGATATGGGA
AGATATCGCTCCTGGTCATATGTTGTTGGCATTTCGGACCGCAAGGTAGTTTTGGTGCAGGTGGATTTTAACCATAGTATAATCCAATATTATCCCTTTAAATTCAATTCTACGTGTTTGACAAATCAATATTTTTGAGTTTTTTTTTCTGGACGTGTTGGAGGAAGCTTGCTATGGAAGCTCATCGTTCTCCATTACTT
GGTCT

Intron 2 GTAAGTGTTC ... TTTGAACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A2	61.11	7	15	7
A3	66.67	5	15	5
A4	84.21	3	7	25
A5	74.07	7	24	16
A6	50	8	4	12
A7	71.43	9	27	18
A8	58.14	9	11	14
A9	62.5	3	1	9
A10	53.85	6	12	2

>TRINITY_DN99478_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

GGAAAAAAGACGAAATGGACGAAATTTTGTCCCTATCATGGAAAAGGAAGCATCTGGAACAACGATTGAATGAGTGGCCCTATCCCACTACCCGCATACCTCAATACCCAAACGGAGGCTGAAAACATCGACATCGAAGATTGTCAATTTTTTTGGCTAGGGTTTAGGGTTTCAGGACGTCATCCTCAGCCTTAGTCATT
TTCCATTTTCCCTGTCATTTTTTTTGTTGCCATGGTTTAAGGACGTTATCCTCAGCCTCAATAATTTTCCATTTTTATAGTTTACTGCAATTTTGATTCGCTCTACATCGAGTTATGTTAGAAAACCCACAGCAAAAGTTCTATCGTTGAGAGAATAGCGAATCTTTATTTTCTTTTTCCTGCACTTATGTAAAGATTTC
TTCTATTTAATTTTCATTATCGATGGATGTACATGAATAACAGAAGAAACCCTAGAAACCCTGTGAGAAACCCTAACTAGGCTGGTATGCAGCGACACAATCAATGGTCTTGGAGTCAAGTTTGTCACCTGGTGACAAACCTAGTACCAATCAGGCTAAAATACTGGGAATCAACCTTTTCTAAAATTTCCATTGATTGT
TTATTGTGTGGTCTGTTCTCCTCGTTTTATCTCAGGGTTTTTACTGTAATGCCATTTTCCTTGATGGGGTTTCGTGGACTGGGGGAGTATGTTACTATTCCGTTTATGACATGGAGTCACCAGTCGGTTTTGACCCTCTGCCTTTGTTTCCTCTACCTTGTGGAGGTGGTGCAGGTTTTTCGTAGTTTTCCCCTTCAAGT
GTTGGTTATTTTCAGAGGTCTGTTAAAACAAATCCTTTGTCCTCTATGATATATGAACCATGGCCTTTAACCTCCAGTTCGGAGAATCCGGGTTAGGTGGAACAAGGATCGAAATTTTGGGTGGCCTGTCGGGGATCTGAAAAGGAACGTCTTGGGTCTCGGATATCTAGTTCGAATAGGGGTTCTCGAGATTGTAAAGG
CGGAAAATGTAATATTCACATTCCCTTTGTGAAGGCTAAACCTAGGTGCTCATTGTGTGTGCTGGGTAAAGATGTTACTATCGATATGGTTTTGGCACTGACTCAAAAAGCGCTCATTGGGAAATTTGAATACATTAAACTCTCTCGCGCAGAGGTTTTGAGTTGGATTTGTAGATGTTGGAAACCTCTTATTGATAATT
TACCGAGAGTGCTAATGTGTGTAAATGGATGGATTGTTTTCCAGTTTCTCTCGGAGGATGACAGAAAGAGAACCAAAGATCGTTTTTGGGTTTTGAGTCATGGTTCTCTTGTTCTCTCTTGCTGGAATTTTGGTTTTGACCCCCGTTCTGAGAATATATCGTGTCGGCATCTTTAGGTGGTTCTTCCGGGCTTTCCCCTC
TTTTGCTAGAATCTAAAGGGTTTTATCTCTATGGAAAATTCTATTGGCCGGTTTATCTTGATTGAGGATGAACAAATTTTTGGGTTGGACCGCAAATCCCTTAGAATGTTAGTTGAGTTGCATTCGAATGAGGGTTTGTCGGGTTCTTTGGAAATTGTGTGGGAGGGAGGTTCAGTTATACAATTCCTATATTACTGGCG
CATTCCTTTTCGATGCCACCTTTGCAGGGATATTGGCCACTTTAAAGCACGTTGTCCGTCCTGGGGACCTGTTGACACAACAGTTTCTGAGGCAAAGACGACACTTGTTAAGGACGATATTAATGATGGGTATCTTTTTTCGCTCCCATTAGACAAGAATTCAGCTGCTGAATTTATGGGTAAGTTTACAAACTCACTTT
CGGTTGTTTTAAAGTTTTTATCAGCAGAGGAAATTTTAAAGTCACTTTCAGGTTTGTTGGATGAGGGACCAATAGATTCTGTATATTTTTCTCCTACTTCAGAATTAAAGTCTTCTTTTGCTTCTGGTTCCTATGCTCGGGTTGGTCCTCTCTCTGAGATTTTTTCTGGGGTTTCGGATGGAGTCACGCTCGATTATTTT
TCCCCTATTATTCCTAATTCTTCGACTCTCGAATTTTAATATGGGGTTCCTCAGGGGGATTGTTTGGTTGGGGAGGGTGATCCTAGTTCCAAGAATTTGCAAGAGGATCGAATTGTTACCCCCCGGTGCCTCCCTTGAACTAGTCGCCTCATTCTAGGATTGAGTTCTCTTCGTACCCCTTACTGAATCCATTTTTCCTC
CCTTGGATGATTCAGTGGCCTTAAAAAATCATTTACCCAATTACTAAACTGTTGCGCAGGATTATTATGAGGTCTTTCCTATCTCATCCATCTTTTTTGGAAATGTTACTATTCGAAAGGAAAGAAAGCAGAAAAAGGTTAAAGACGGTGCCAGGGCTTCAGGGGACAATTGTTTTCATTCCCAAGTTTGTACTAATCCC
AAGGTTTCCTCCCTTTCAAACAAAGGTATCTCTTAAGGGGGAATCCCCTCCACACTACCCTCTTGGCTCTTAGAGAAGAAGCGGCCCCTGTTGGGGTTCTTAAATTAATTTTATCTTATTAAATGTACGTGGATTGAGCAACGGTCCTAAGAGAGTTTATCTAAAACACTTCTTAGATGAGTTCCGACGGGTGGTGGTTT
TGTTACAAGAAACTATGATTGGGGCTTGGGAGGCGATGTATTTCTTTTTGCAGATGAAACCTTCTTGGAGGGTTTGTGCTATGGACTCCTTTGGCTTATCGGGGGTACATTAGTTGCTTGGAATCCTGACTTCACTGATATGAAATATTTTTGGACCATTGCAAGTATTATGGTTGAAGGGAAACTCAATGGTTTCCATC
GGGTTGTTCGGATCTTGGATATATATGATCCATATCGGAGTCGACAGTATTTCTGGGACATGATTTTTGACAGTGGTATTTTATGAGATTCTTCCCTTATTCTAGCTGGGGAATTAAAATTTACTTTATCTCTAGAAAAAAATTGGGGAGCCGGGAACTTAATCGACCCTCTTGCTGAATATATTGTTTCGGCCTTCGAT
GCGGTTAGATTGATGGATATCGTTCCCAATATCTTGGTCCATACTTGGTCAAATGGAACATGTGGGGGAGTGGGGATAGCCAAAATATTGGATAGATTTTTCAGGGCAGAAAGTCTTTGTGATGATATGGGAAGATATCGCTCCTGGTCATATGTTGTTGGCATTTCGGACTGCAAGGTAGTTTTGGTGCAGGTGGATTT
TAACCATAGTATAATCCAATATTATCCCTTTAAATTCAATTCTACGTGTTTGACAAATCAATATTTTTGTGTTTTTTTTTCTGGACGTGTTGGAGGAAGCTTGCTATGGAAGCTCATCGTTCTCCATTACTTGGTCTGCTAACGAATATTTCTCGGCTTCGTGTGGAGGTTCGAAAGTGGGATAAGGAAAAGAAGCATGA
AAATTATAGATAATTAACAAGGATTGATCAGAAAATCCAATCTTTGTCTAGCTGGGTAGATGCGGATTACTTTTCAGGGGAAATAAGAGACCTTATCACTCTGTTGGAGGGGAAAAAGAAGAAAATATTGAGTCATATTGAAGAATCATGGAGGCTAAAAAGTCGAGCTGTCTGGATTCAGTTAGAAGATAATAATACTA
AGTTTTTTCATCGCTTTGCCAACCAGCGACGTCTTTGCAATGCTATTTGGGACATCAAGAATGAAGAGGATCGGGTTATTTGTGATAATGTTTCACTAAAAGAGGATGCTATTAAGCACTTCAAAGATATTTTTACTACCAAAACTGTACCATGTCTGGAGAACCAATTAAAGACGATCCAGAATTTCCCGCGTTATTTC
AGTTCCTTGGACAACCAGGAAGTGGGAAAACCGATTTTGAAAGCTGAAGTGTTAAAATTCCTTAAAAAGAAATCCAAAGACAAAAGTCCAGGCCCTGATGGCTGAACGATGGAATTTTTCATCCACTTTTTTGATATCTTCAGAAGTGACATTACTGATGCTGTTAACAAAACCAGATGTAGGGGCCAGATACCGAGTGA
TTTAAATTCTACTTTTATTACTCTAGTACCCAAGAAAGATAGGCCTTGTGATTTCAATGACTACATACCAATTTCTCTTTGTAACCTCTTGGATAAGATCATTACAAAAATCATTTATGAAAAACTTAAACCTTTTCTTGGAAGGTTTGTGTCGGTTGAACAGTTCGGATTCCTTCCTAATCATCAGATTCTTGATGCAA
TGGGGGTTGCCCAGGAGGGTTACCACTCGGTTAAGGCGGAGAAACATGATGCTTTCATTCTTAATATGGACCTTACAAAATCTTACAATAGGGTTGACTGGGCCTATATTCGTTTTATCCTGATCCAAATTGGCCTGGAAGTGGAGACTGTTAATTGGATTATGGTTTGTATATGCTCCACGAGATATGTAGTTTTACTA
AATGGCTCGCCGACCCCTTACTTTACTGGTGATACGGGACTTAGACAGGGATTTCCTCTTTCACCTTACTTGTTCATCCTGGCCATTGAGGGCCTCAGTCTGTTGATTCGGGAGGCTAAAAAACAAAAACATCTAAAAGGTATAAAAGTTGCAGGTGGACTCTATATTACTCATCTATTATTCGTGGATGACATCCTCTT
ATTAGGTGAAGGGTCTATGACGGAATGGAGGCATTTCACTTGGATTATATCCACTTTCTGTGGAGCATCCGGTATGGAGGTATGGATCCCCGGTGATGGTGTCAACTGGTTATCAGTGTTGGATTTGGAATTAGATCCTGTTGTAGCGCCGGAATGGGATTGTTATGTTGACAACCTTCAGCAGGCTGGCATTTTTCTTT
CAGAATATTAAGAAAATATGGTCTATCAAATCCACTGAAGATTCGGTGCTTTATGTGGCTCGTTATACAAAACAATATTCTTACTTGGTCTAATATGCAGAAGAGAGGATTTATGGCTCTAGGTATATGTCTTCTATGCAATTCTGCGTTGGAGGAAGTCAATCATCTGTTTGGATCCTGTGGTTTCTTCCAATCTCTTT
TGAGAGTCCTGGACATTCATTTTCCTTCTTGGATTTCCTACGATCGTGCTACTATTATAGAGAATCTGCAACTTTGGTTTGCTCGACATTGTGGGTCTCGGCCTCTTATCTTCTTTATTTGTTGGGAGGTTTGGAAATCCCGTAACAGGCTTATCTTTTAGAATGTTAAGACTCTGGTATGTTTGGTTTCTTCGAAGGTT
CTAGTGATTTTTTGGGAATGCAGAGATTATTGGTCTAGTAAATTAACAAAGTATCGCCTTTGCTCTAAATCGGATTACACTTTTCCGCTTGGATATTTTCACGGTACAACGAATCCTGGGTTGTGCGGTGCAAGGATGATACTGAATATGGATCATGGTCATGTTTTCCGGTTCACTTTTGAAGGCAGGTATGGGTACCA
ACACTTGGGAGGAGCTCATAGCATTGCGGGGTCTTCTTTGGTGTGCTAGAAAAAAAGGTATACATACTTTTCAGGGTTTTGGAGACTCCCTTTGTGTTGTTCAATGGGCAAGTGGAAAATCTTGTTTGCGCTCAATTATGTTAGAAGGGTGGAAGAAGAGGATTTCCATTTTGATAGTTGCTTTCTCTCATATTTCTGTC
TGTCTTCCACATCCTTAGACACTACAATGGAGAAGCTGAATTTTTATCAAAAGGAGCTCTGGGTCCTATGGATGGAAATATGTTATCGAAGGAGTACAGGGTTGGGGTATTGATTAAATAAGAAACTCTATATTTCTGATAAGCTGGAATGTTTTTTAGTTTTTGGATCAAGCATGTGTCTCTTTGTCAGATGTAATATG
TTTACAACTTAGGGGTCCTATCTTGCCTTTATTATTAATATCGGACCTCCGTTGAACATTTGTTTTTGAATACATTGGAAAAAGTAAACTGTGACTAACTGTCTTTCGAAGATCGACTGGAGTTAGCATCTCGCTTCGCC

>TRINITY_DN99478_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGAAAAAAGACGAAATGGACGAAATTTTGTCCCTATCATGGAAAAGGAAGCATCTGGAACAACGATTGAATGAGTGGCCCTATCCCACTACCCGCATACCTCAATACCCAAACGGAGGCTGAAAACATCGACATCGAAGATTGTCAATTTTTTTGGCTAGGGTTTAGGGTTTCAGGACGTCATCCTCAGCCTTAGTCATT
TTCCATTTTCCCTGTCATTTTTTTTGTTGCCATGGTTTAAGGACGTTATCCTCAGCCTCAATAATTTTCCATTTTTATAGTTTACTGCAATTTTGATTCGCTCTACATCGAGTTATGTTAGAAAACCCACAGCAAAAGTTCTATCGTTGAGAGAATAGCGAATCTTTATTTTCTTTTTCCTGCACTTATGTAAAGATTTC
TTCTATTTAATTTTCATTATCGATGGATGTACATGAATAACAGAAGAAACCCTAGAAACCCTGTGAGAAACCCTAACTAGGCTGGTATGCAGCGACACAATCAATGGTCTTGGAGTCAAGTTTGTCACCTGGTGACAAACCTAGTACCAATCAGGCTAAAATACTGGGAATCAACCTTTTCTAAAATTTCCATTGATTGT
TTATTGTGTGGTCTGTTCTCCTCGTTTTATCTCAGGGTTTTTACTGTAATGCCATTTTCCTTGATGGGGTTTCGTGGACTGGGGGAGTATGTTACTATTCCGTTTATGACATGGAGTCACCAGTCGGTTTTGACCCTCTGCCTTTGTTTCCTCTACCTTGTGGAGGTGGTGCAGGTTTTTCGTAGTTTTCCCCTTCAAGT
GTTGGTTATTTTCAGAGGTCTGTTAAAACAAATCCTTTGTCCTCTATGATATATGAACCATGGCCTTTAACCTCCAGTTCGGAGAATCCGGGTTAGGTGGAACAAGGATCGAAATTTTGGGTGGCCTGTCGGGGATCTGAAAAGGAACGTCTTGGGTCTCGGATATCTAGTTCGAATAGGGGTTCTCGAGATTGTAAAGG
CGGAAAATGTAATATTCACATTCCCTTTGTGAAGGCTAAACCTAGGTGCTCATTGTGTGTGCTGGGTAAAGATGTTACTATCGATATGGTTTTGGCACTGACTCAAAAAGCGCTCATTGGGAAATTTGAATACATTAAACTCTCTCGCGCAGAGGTTTTGAGTTGGATTTGTAGATGTTGGAAACCTCTTATTGATAATT
TACCGAGAGTGCTAATGTGTGTAAATGGATGGATTGTTTTCCAGTTTCTCTCGGAGGATGACAGAAAGAGAACCAAAGATCGTTTTTGGGTTTTGAGTCATGGTTCTCTTGTTCTCTCTTGCTGGAATTTTGGTTTTGACCCCCGTTCTGAGAATATATCGTGTCGGCATCTTTAGGTGGTTCTTCCGGGCTTTCCCCTC
TTTTGCTAGAATCTAAAGGGTTTTATCTCTATGGAAAATTCTATTGGCCGGTTTATCTTGATTGAGGATGAACAAATTTTTGGGTTGGACCGCAAATCCCTTAGAATGTTAGTTGAGTTGCATTCGAATGAGGGTTTGTCGGGTTCTTTGGAAATTGTGTGGGAGGGAGGTTCAGTTATACAATTCCTATATTACTGGCG
CATTCCTTTTCGATGCCACCTTTGCAGGGATATTGGCCACTTTAAAGCACGTTGTCCGTCCTGGGGACCTGTTGACACAACAGTTTCTGAGGCAAAGACGACACTTGTTAAGGACGATATTAATGATGGGTATCTTTTTTCGCTCCCATTAGACAAGAATTCAGCTGCTGAATTTATGGGTAAGTTTACAAACTCACTTT
CGGTTGTTTTAAAGTTTTTATCAGCAGAGGAAATTTTAAAGTCACTTTCAGGTTTGTTGGATGAGGGACCAATAGATTCTGTATATTTTTCTCCTACTTCAGAATTAAAGTCTTCTTTTGCTTCTGGTTCCTATGCTCGGGTTGGTCCTCTCTCTGAGATTTTTTCTGGGGTTTCGGATGGAGTCACGCTCGATTATTTT
TCCCCTATTATTCCTAATTCTTCGACTCTCGAATTTTAATATGGGGTTCCTCAGGGGGATTGTTTGGTTGGGGAGGGTGATCCTAGTTCCAAGAATTTGCAAGAGGATCGAATTGTTACCCCCCGGTGCCTCCCTTGAACTAGTCGCCTCATTCTAGGATTGAGTTCTCTTCGTACCCCTTACTGAATCCATTTTTCCTC
CCTTGGATGATTCAGTGGCCTTAAAAAATCATTTACCCAATTACTAAACTGTTGCGCAGGATTATTATGAGGTCTTTCCTATCTCATCCATCTTTTTTGGAAATGTTACTATTCGAAAGGAAAGAAAGCAGAAAAAGGTTAAAGACGGTGCCAGGGCTTCAGGGGACAATTGTTTTCATTCCCAAGTTTGTACTAATCCC
AAGGTTTCCTCCCTTTCAAACAAAGGTATCTCTTAAGGGGGAATCCCCTCCACACTACCCTCTTGGCTCTTAGAGAAGAAGCGGCCCCTGTTGGGGTTCTTAAATTAATTTTATCTTATTAAATGTACGTGGATTGAGCAACGGTCCTAAGAGAGTTTATCTAAAACACTTCTTAGATGAGTTCCGACGGGTGGTGGTTT
TGTTACAAGAAACTATGATTGGGGCTTGGGAGGCGATGTATTTCTTTTTGCAGATGAAACCTTCTTGGAGGGTTTGTGCTATGGACTCCTTTGGCTTATCGGGGGTACATTAGTTGCTTGGAATCCTGACTTCACTGATATGAAATATTTTTGGACCATTGCAAGTATTATGGTTGAAGGGAAACTCAATGGTTTCCATC
GGGTTGTTCGGATCTTGGATATATATGATCCATATCGGAGTCGACAGTATTTCTGGGACATGATTTTTGACAGTGGTATTTTATGAGATTCTTCCCTTATTCTAGCTGGGGAATTAAAATTTACTTTATCTCTAGAAAAAAATTGGGGAGCCGGGAACTTAATCGACCCTCTTGCTGAATATATTGTTTCGGCCTTCGAT
GCGGTTAGATTGATGGATATCGTTCCCAATATCTTGGTCCATACTTGGTCAAATGGAACATGTGGGGGAGTGGGGATAGCCAAAATATTGGATAGATTTTTCAGGGCAGAAAGTCTTTGTGATGATATGGGAAGATATCGCTCCTGGTCATATGTTGTTGGCATTTCGGACTGCAAGGTAGTTTTGGTGCAGGTGGATTT
TAACCATAGTATAATCCAATATTATCCCTTTAAATTCAATTCTACGTGTTTGACAAATCAATATTTTTGTGTTTTTTTTTCTGGACGTGTTGGAGGAAGCTTGCTATGGAAGCTCATCGTTCTCCATTACTTGGTCTGCTAACGAATATTTCTCGGCTTCGTGTGGAGGTTCGAAAGTGGGATAAGGAAAAGAAGCATGA
AAATTATAGATAATTAACAAGGATTGATCAGAAAATCCAATCTTTGTCTAGCTGGGTAGATGCGGATTACTTTTCAGGGGAAATAAGAGACCTTATCACTCTGTTGGAGGGGAAAAAGAAGAAAATATTGAGTCATATTGAAGAATCATGGAGGCTAAAAAGTCGAGCTGTCTGGATTCAGTTAGAAGATAATAATACTA
AGTTTTTTCATCGCTTTGCCAACCAGCGACGTCTTTGCAATGCTATTTGGGACATCAAGAATGAAGAGGATCGGGTTATTTGTGATAATGTTTCACTAAAAGAGGATGCTATTAAGCACTTCAAAGATATTTTTACTACCAAAACTGTACCATGTCTGGAGAACCAATTAAAGACGATCCAGAATTTCCCGCGTTATTTC
AGTTCCTTGGACAACCAGGAAGTGGGAAAACCGATTTTGAAAGCTGAAGTGTTAAAATTCCTTAAAAAGAAATCCAAAGACAAAAGTCCAGGCCCTGATGGCTGAACGATGGAATTTTTCATCCACTTTTTTGATATCTTCAGAAGTGACATTACTGATGCTGTTAACAAAACCAGATGTAGGGGCCAGATACCGAGTGA
TTTAAATTCTACTTTTATTACTCTAGTACCCAAGAAAGATAGGCCTTGTGATTTCAATGACTACATACCAATTTCTCTTTGTAACCTCTTGGATAAGATCATTACAAAAATCATTTATGAAAAACTTAAACCTTTTCTTGGAAGGTTTGTGTCGGTTGAACAGTTCGGATTCCTTCCTAATCATCAGATTCTTGATGCAA
TGGGGGTTGCCCAGGAGGGTTACCACTCGGTTAAGGCGGAGAAACATGATGCTTTCATTCTTAATATGGACCTTACAAAATCTTACAATAGGGTTGACTGGGCCTATATTCGTTTTATCCTGATCCAAATTGGCCTGGAAGTGGAGACTGTTAATTGGATTATGGTTTGTATATGCTCCACGAGATATGTAGTTTTACTA
AATGGCTCGCCGACCCCTTACTTTACTGGTGATACGGGACTTAGACAGGGATTTCCTCTTTCACCTTACTTGTTCATCCTGGCCATTGAGGGCCTCAGTCTGTTGATTCGGGAGGCTAAAAAACAAAAACATCTAAAAGGTATAAAAGTTGCAGGTGGACTCTATATTACTCATCTATTATTCGTGGATGACATCCTCTT
ATTAGGTGAAGGGTCTATGACGGAATGGAGGCATTTCACTTGGATTATATCCACTTTCTGTGGAGCATCCGGTATGGAGgtaagtgttcacaaatcctgactaatttaccaatgccaagattcttctttaatagaacagattggcactctcttcccttattggaggatggaactgggggaaggttttaagtatttgggat
ttcttcttaaacccaatgatcacaatgtttctgattggaattgtctcattaagagaattcagagaagaaacggttcatgggaatataaggctctttctctagggggcaccttattcttgtttgttctgtgttacaaagtgtcatgttctattggttctccctcttcttggttcctgcttcggtgatttcggctgtgcgca
gactcatattccagtttctttgggggagtaattcgggtgttacaaatttccatttttcctcttgggagaaacgttctcatcccaaaattttaggaggttgggttataaaggatctcaaattttttaacatgtcattatgtgctaggagtctttggcgttgtctatttgactcgggactatggggtaaagtggttagagaa
aaatatctatatcgtttacctcctgtttattggctccattatggtaaaaagcttccctcgggatcgattatgtggaggattttagtaaaatcttggtcgattatcaattatgctatcagttgggtcgttggtcgggggacccatatttttgtatggatcgatcctctcctgggtcttggtcaaggctataagctttcttg
ggggattattgaggccttacatgctaaaggtttttatgttttgaactagGTATGGATCCCCGGTGATGGTGTCAACTGGTTATCAGTGTTGGATTTGGAATTAGATCCTGTTGTAGCGCCGGAATGGGATTGTTATGTTGACAACCTTCAGCAGGCTGGCATTTTTCTTTCAGAATATTAAGGTAAAATTATATGGGCAT
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AGGTATATGTCTTCTATGCAATTCTGCGTTGGAGGAAGTCAATCATCTGTTTGGATCCTGTGGTTTCTTCCAATCTCTTTTGAGAGTCCTGGACATTCATTTTCCTTCTTGGATTTCCTACGATCGTGCTACTATTATAGAGAATCTGCAACTTTGGTTTGCTCGACATTGTGGGTCTCGGCCTCTTATCTTCTTTATTT
GTTGGGAGGTTTGGAAATCCCGTAACAGGCTTATCTTTTAGAATGTTAAGACTCTGGTATGTTTGGTTTCTTCGAAGGTTCTAGTGATTTTTTGGGAATGCAGAGATTATTGGTCTAGTAAATTAACAAAGTATCGCCTTTGCTCTAAATCGGATTACACTTTTCCGCTTGGATATTTTCACGGTACAACGAATCCTGGG
TTGTGCGGTGCAAGGATGATACTGAATATGGATCATGGTCATGTTTTCCGGTTCACTTTTGAAGGCAGGTATGGGTACCAACACTTGGGAGGAGCTCATAGCATTGCGGGGTCTTCTTTGGTGTGCTAGAAAAAAAGGTATACATACTTTTCAGGGTTTTGGAGACTCCCTTTGTGTTGTTCAATGGGCAAGTGGAAAAT
CTTGTTTGCGCTCAATTATGTTAGAAGGGTGGAAGAAGAGGATTTCCATTTTGATAGTTGCTTTCTCTCATATTTCTGTCTGTCTTCCACATCCTTAGACACTACAATGGAGAAGCTGAATTTTTATCAAAAGGAGCTCTGGGTCCTATGGATGGAAATATGTTATCGAAGGAGTACAGGGTTGGGGTATTGATTAAATA
AGAAACTCTATATTTCTGATAAGCTGGAATGTTTTTTAGTTTTTGGATCAAGCATGTGTCTCTTTGTCAGATGTAATATGTTTACAACTTAGGGGTCCTATCTTGCCTTTATTATTAATATCGGACCTCCGTTGAACATTTGTTTTTGAATACATTGGAAAAAGTAAACTGTGACTAACTGTCTTTCGAAGATCGACTGG
AGTTAGCATCTCGCTTCGCC

Intron 3 GTAAGTTTAC ... CGGTATGGAG

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>TRINITY_DN99478_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

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TTCCATTTTCCCTGTCATTTTTTTTGTTGCCATGGTTTAAGGACGTTATCCTCAGCCTCAATAATTTTCCATTTTTATAGTTTACTGCAATTTTGATTCGCTCTACATCGAGTTATGTTAGAAAACCCACAGCAAAAGTTCTATCGTTGAGAGAATAGCGAATCTTTATTTTCTTTTTCCTGCACTTATGTAAAGATTTC
TTCTATTTAATTTTCATTATCGATGGATGTACATGAATAACAGAAGAAACCCTAGAAACCCTGTGAGAAACCCTAACTAGGCTGGTATGCAGCGACACAATCAATGGTCTTGGAGTCAAGTTTGTCACCTGGTGACAAACCTAGTACCAATCAGGCTAAAATACTGGGAATCAACCTTTTCTAAAATTTCCATTGATTGT
TTATTGTGTGGTCTGTTCTCCTCGTTTTATCTCAGGGTTTTTACTGTAATGCCATTTTCCTTGATGGGGTTTCGTGGACTGGGGGAGTATGTTACTATTCCGTTTATGACATGGAGTCACCAGTCGGTTTTGACCCTCTGCCTTTGTTTCCTCTACCTTGTGGAGGTGGTGCAGGTTTTTCGTAGTTTTCCCCTTCAAGT
GTTGGTTATTTTCAGAGGTCTGTTAAAACAAATCCTTTGTCCTCTATGATATATGAACCATGGCCTTTAACCTCCAGTTCGGAGAATCCGGGTTAGGTGGAACAAGGATCGAAATTTTGGGTGGCCTGTCGGGGATCTGAAAAGGAACGTCTTGGGTCTCGGATATCTAGTTCGAATAGGGGTTCTCGAGATTGTAAAGG
CGGAAAATGTAATATTCACATTCCCTTTGTGAAGGCTAAACCTAGGTGCTCATTGTGTGTGCTGGGTAAAGATGTTACTATCGATATGGTTTTGGCACTGACTCAAAAAGCGCTCATTGGGAAATTTGAATACATTAAACTCTCTCGCGCAGAGGTTTTGAGTTGGATTTGTAGATGTTGGAAACCTCTTATTGATAATT
TACCGAGAGTGCTAATGTGTGTAAATGGATGGATTGTTTTCCAGTTTCTCTCGGAGGATGACAGAAAGAGAACCAAAGATCGTTTTTGGGTTTTGAGTCATGGTTCTCTTGTTCTCTCTTGCTGGAATTTTGGTTTTGACCCCCGTTCTGAGAATATATCGTGTCGGCATCTTTAGGTGGTTCTTCCGGGCTTTCCCCTC
TTTTGCTAGAATCTAAAGGGTTTTATCTCTATGGAAAATTCTATTGGCCGGTTTATCTTGATTGAGGATGAACAAATTTTTGGGTTGGACCGCAAATCCCTTAGAATGTTAGTTGAGTTGCATTCGAATGAGGGTTTGTCGGGTTCTTTGGAAATTGTGTGGGAGGGAGGTTCAGTTATACAATTCCTATATTACTGGCG
CATTCCTTTTCGATGCCACCTTTGCAGGGATATTGGCCACTTTAAAGCACGTTGTCCGTCCTGGGGACCTGTTGACACAACAGTTTCTGAGGCAAAGACGACACTTGTTAAGGACGATATTAATGATGGGTATCTTTTTTCGCTCCCATTAGACAAGAATTCAGCTGCTGAATTTATGGGTATGGATCCCCGGTGATGGT
GTCAACTGGTTATCAGTGTTGGATTTGGAATTAGATCCTGTTGTAGCGCCGGAATGGGATTGTTATGTTGACAACCTTCAGCAGGCTGGCATTTTTCTTTCAGAATATTAAG

>TRINITY_DN99478_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGAAAAAAGACGAAATGGACGAAATTTTGTCCCTATCATGGAAAAGGAAGCATCTGGAACAACGATTGAATGAGTGGCCCTATCCCACTACCCGCATACCTCAATACCCAAACGGAGGCTGAAAACATCGACATCGAAGATTGTCAATTTTTTTGGCTAGGGTTTAGGGTTTCAGGACGTCATCCTCAGCCTTAGTCATT
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TTCTATTTAATTTTCATTATCGATGGATGTACATGAATAACAGAAGAAACCCTAGAAACCCTGTGAGAAACCCTAACTAGGCTGGTATGCAGCGACACAATCAATGGTCTTGGAGTCAAGTTTGTCACCTGGTGACAAACCTAGTACCAATCAGGCTAAAATACTGGGAATCAACCTTTTCTAAAATTTCCATTGATTGT
TTATTGTGTGGTCTGTTCTCCTCGTTTTATCTCAGGGTTTTTACTGTAATGCCATTTTCCTTGATGGGGTTTCGTGGACTGGGGGAGTATGTTACTATTCCGTTTATGACATGGAGTCACCAGTCGGTTTTGACCCTCTGCCTTTGTTTCCTCTACCTTGTGGAGGTGGTGCAGGTTTTTCGTAGTTTTCCCCTTCAAGT
GTTGGTTATTTTCAGAGGTCTGTTAAAACAAATCCTTTGTCCTCTATGATATATGAACCATGGCCTTTAACCTCCAGTTCGGAGAATCCGGGTTAGGTGGAACAAGGATCGAAATTTTGGGTGGCCTGTCGGGGATCTGAAAAGGAACGTCTTGGGTCTCGGATATCTAGTTCGAATAGGGGTTCTCGAGATTGTAAAGG
CGGAAAATGTAATATTCACATTCCCTTTGTGAAGGCTAAACCTAGGTGCTCATTGTGTGTGCTGGGTAAAGATGTTACTATCGATATGGTTTTGGCACTGACTCAAAAAGCGCTCATTGGGAAATTTGAATACATTAAACTCTCTCGCGCAGAGGTTTTGAGTTGGATTTGTAGATGTTGGAAACCTCTTATTGATAATT
TACCGAGAGTGCTAATGTGTGTAAATGGATGGATTGTTTTCCAGTTTCTCTCGGAGGATGACAGAAAGAGAACCAAAGATCGTTTTTGGGTTTTGAGTCATGGTTCTCTTGTTCTCTCTTGCTGGAATTTTGGTTTTGACCCCCGTTCTGAGAATATATCGTGTCGGCATCTTTAGGTGGTTCTTCCGGGCTTTCCCCTC
TTTTGCTAGAATCTAAAGGGTTTTATCTCTATGGAAAATTCTATTGGCCGGTTTATCTTGATTGAGGATGAACAAATTTTTGGGTTGGACCGCAAATCCCTTAGAATGTTAGTTGAGTTGCATTCGAATGAGGGTTTGTCGGGTTCTTTGGAAATTGTGTGGGAGGGAGGTTCAGTTATACAATTCCTATATTACTGGCG
CATTCCTTTTCGATGCCACCTTTGCAGGGATATTGGCCACTTTAAAGCACGTTGTCCGTCCTGGGGACCTGTTGACACAACAGTTTCTGAGGCAAAGACGACACTTGTTAAGGACGATATTAATGATGGGTATCTTTTTTCGCTCCCATTAGACAAGAATTCAGCTGCTGAATTTATGGgtaagtttacaaactcacttt
cggttgttttaaagtttttatcagcagaggaaattttaaagtcactttcaggtttgttggatgagggaccaatagattctgtatatttttctcctacttcagaattaaagtcttcttttgcttctggttcctatgctcgggttggtcctctctctgagattttttctggggtttcggatggagtcacgctcgattatttt
tcccctattattcctaattcttcgactctcgaattttaatatggggttcctcagggggattgtttggttggggagggtgatcctagttccaagaatttgcaagaggatcgaattgttaccccccggtgcctcccttgaactagtcgcctcattctaggattgagttctcttcgtaccccttactgaatccatttttcctc
ccttggatgattcagtggccttaaaaaatcatttacccaattactaaactgttgcgcaggattattatgaggtctttcctatctcatccatcttttttggaaatgttactattcgaaaggaaagaaagcagaaaaaggttaaagacggtgccagggcttcaggggacaattgttttcattcccaagtttgtactaatccc
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tgttacaagaaactatgattggggcttgggaggcgatgtatttctttttgcagatgaaaccttcttggagggtttgtgctatggactcctttggcttatcgggggtacattagttgcttggaatcctgacttcactgatatgaaatatttttggaccattgcaagtattatggttgaagggaaactcaatggtttccatc
gggttgttcggatcttggatatatatgatccatatcggagtcgacagtatttctgggacatgatttttgacagtggtattttatgagattcttcccttattctagctggggaattaaaatttactttatctctagaaaaaaattggggagccgggaacttaatcgaccctcttgctgaatatattgtttcggccttcgat
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aaattatagataattaacaaggattgatcagaaaatccaatctttgtctagctgggtagatgcggattacttttcaggggaaataagagaccttatcactctgttggaggggaaaaagaagaaaatattgagtcatattgaagaatcatggaggctaaaaagtcgagctgtctggattcagttagaagataataatacta
agttttttcatcgctttgccaaccagcgacgtctttgcaatgctatttgggacatcaagaatgaagaggatcgggttatttgtgataatgtttcactaaaagaggatgctattaagcacttcaaagatatttttactaccaaaactgtaccatgtctggagaaccaattaaagacgatccagaatttcccgcgttatttc
agttccttggacaaccaggaagtgggaaaaccgattttgaaagctgaagtgttaaaattccttaaaaagaaatccaaagacaaaagtccaggccctgatggctgaacgatggaatttttcatccacttttttgatatcttcagaagtgacattactgatgctgttaacaaaaccagatgtaggggccagataccgagtga
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TTTACAACTTAGGGGTCCTATCTTGCCTTTATTATTAATATCGGACCTCCGTTGAACATTTGTTTTTGAATACATTGGAAAAAGTAAACTGTGACTAACTGTCTTTCGAAGATCGACTGGAGTTAGCATCTCGCTTCGCC

Intron 4 GTAAGTTTAC ... TTTGAACTAG

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A7	56.76	8	3	18
A8	60	5	1	14
A9	31.91	16	6	9
A10	50	5	8	2

>TRINITY_DN99478_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

GGAAAAAAGACGAAATGGACGAAATTTTGTCCCTATCATGGAAAAGGAAGCATCTGGAACAACGATTGAATGAGTGGCCCTATCCCACTACCCGCATACCTCAATACCCAAACGGAGGCTGAAAACATCGACATCGAAGATTGTCAATTTTTTTGGCTAGGGTTTAGGGTTTCAGGACGTCATCCTCAGCCTTAGTCATT
TTCCATTTTCCCTGTCATTTTTTTTGTTGCCATGGTTTAAGGACGTTATCCTCAGCCTCAATAATTTTCCATTTTTATAGTTTACTGCAATTTTGATTCGCTCTACATCGAGTTATGTTAGAAAACCCACAGCAAAAGTTCTATCGTTGAGAGAATAGCGAATCTTTATTTTCTTTTTCCTGCACTTATGTAAAGATTTC
TTCTATTTAATTTTCATTATCGATGGATGTACATGAATAACAGAAGAAACCCTAGAAACCCTGTGAGAAACCCTAACTAGGCTGGTATGCAGCGACACAATCAATGGTCTTGGAGTCAAGTTTGTCACCTGGTGACAAACCTAGTACCAATCAGGCTAAAATACTGGGAATCAACCTTTTCTAAAATTTCCATTGATTGT
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>TRINITY_DN99478_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

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CATTCCTTTTCGATGCCACCTTTGCAGGGATATTGGCCACTTTAAAGCACGTTGTCCGTCCTGGGGACCTGTTGACACAACAGTTTCTGAGGCAAAGACGACACTTGTTAAGGACGATATTAATGATGGGTATCTTTTTTCGCTCCCATTAGACAAGAATTCAGCTGCTGAATTTATGGgtaagtttacaaactcacttt
cggttgttttaaagtttttatcagcagaggaaattttaaagtcactttcaggtttgttggatgagggaccaatagattctgtatatttttctcctacttcagaattaaagtcttcttttgcttctggttcctatgctcgggttggtcctctctctgagattttttctggggtttcggatggagtcacgctcgattatttt
tcccctattattcctaattcttcgactctcgaattttaatatggggttcctcagggggattgtttggttggggagggtgatcctagttccaagaatttgcaagaggatcgaattgttaccccccggtgcctcccttgaactagtcgcctcattctaggattgagttctcttcgtaccccttactgaatccatttttcctc
ccttggatgattcagtggccttaaaaaatcatttacccaattactaaactgttgcgcaggattattatgaggtctttcctatctcatccatcttttttggaaatgttactattcgaaaggaaagaaagcagaaaaaggttaaagacggtgccagggcttcaggggacaattgttttcattcccaagtttgtactaatccc
aaggtttcctccctttcaaacaaaggtatctcttaagggggaatcccctccacactaccctcttggctcttagagaagaagcggcccctgttggggttcttaaattaattttatcttattaaatgtacgtggattgagcaacggtcctaagagagtttatctaaaacacttcttagatgagttccgacgggtggtggttt
tgttacaagaaactatgattggggcttgggaggcgatgtatttctttttgcagatgaaaccttcttggagggtttgtgctatggactcctttggcttatcgggggtacattagttgcttggaatcctgacttcactgatatgaaatatttttggaccattgcaagtattatggttgaagggaaactcaatggtttccatc
gggttgttcggatcttggatatatatgatccatatcggagtcgacagtatttctgggacatgatttttgacagtggtattttatgagattcttcccttattctagctggggaattaaaatttactttatctctagaaaaaaattggggagccgggaacttaatcgaccctcttgctgaatatattgtttcggccttcgat
gcggttagattgatggatatcgttcccaatatcttggtccatacttggtcaaatggaacatgtgggggagtggggatagccaaaatattggatagatttttcagggcagaaagtctttgtgatgatatgggaagatatcgctcctggtcatatgttgttggcatttcggactgcaaggtagttttggtgcaggtggattt
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AGAAACTCTATATTTCTGATAAGCTGGAATGTTTTTTAGTTTTTGGATCAAGCATGTGTCTCTTTGTCAGATGTAATATGTTTACAACTTAGGGGTCCTATCTTGCCTTTATTATTAATATCGGACCTCCGTTGAACATTTGTTTTTGAATACATTGGAAAAAGTAAACTGTGACTAACTGTCTTTCGAAGATCGACTGG
AGTTAGCATCTCGCTTCGCC

Intron 5 GTAAAATTAT ... GTGAACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A5	40	6	5	3
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A7	20.63	25	10	3
A8	35.71	18	11	9
A9	31.71	14	7	6
A10	27.27	12	4	5

>TRINITY_DN89395_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CATTACTTGGTCTGCTAACGAATATTTCTCGGCTTCGTGTGGAGGTTCGAAAGTGGGATAAGGAAAAGAAGCATGAAAATTATAGATAATTAACAAGGATTGATCAGAAAATCCAATCTTTGTCTAGCTGGGTAGATGCGGATTACTTTTCAGGGGAAATAAGAGACCTTATCACTCTGTTGGAGGGGAAAAAGAAGAAA
ATATTGAGTCATATTGAAGAATCATGGAGGCTAAAAAGTCGAGCTGTCTGGATTCAGTTAGAAGATAATAATACTAAGTTTTTTCATCGCTTTGCCAACCAGCGACGTCTTTGCAATGCTATTTGGGACATCAAGAATGAAGAGGATCGGGTTATTTGTGATAATGTTTCACTAAAAGAGGATGCTATTAAGCACTTCAA
AGATATTTTTACTACCAAAACTGTACCATGTCTGGAGAACCAATTAAAGACGATCCAGAATTTCCCGCGTTATTTCAGTTCCTTGGACAACCAGGAAGTGGGAAAACCGATTTTGAAAGCTGAAGTGTTAAAATTCCTTAAAAAGAAATCCAAAGACAAAAGTCCAGGCCCTGATGGCTGAACGATGGAATTTTTCATCC
ACTTTTTTGATATCTTCAGAAGTGACATTACTGATGCTGTTAACAAAACCAGATGTAGGGGCCAGATACCGAGTGATTTAAATTCTACTTTTATTACTCTAGTACCCAAGAAAGATAGGCCTTGTGATTTCAATGACTACATACCAATTTCTCTTTGTAACCTCTTGGATAAGATCATTACAAAAATCATTTATGAAAAA
CTTAAACCTTTTCTTGGAAGGTTTGTGTCGGTTGAACAGTTCGGATTCCTTCCTAATCATCAGATTCTTGATGCAATGGGGGTTGCCCAGGAGGGTTACCACTCGGTTAAGGCGGAGAAACATGATGCTTTCATTCTTAATATGGACCTTACAAAATCTTACAATAGGGTTGACTGGGCCTATATTCGTTTTATCCTGAT
CCAAATTGGCCTGGAAGTGGAGACTGTTAATTGGATTATGGTTTGTATATGCTCCACGAGATATGTAGTTTTACTAAATGGCTCGCCGACCCCTTACTTTACTGGTGATACGGGACTTAGACAGGGATTTCCTCTTTCACCTTACTTGTTCATCCTGGCCATTGAGGGCCTCAGTCTGTTGATTCGGGAGGCTAAAAAAC
AAAAACATCTAAAAGGTATAAAAGTTGCAGGTGGACTCTATATTACTCATCTATTATTCGTGGATGACATCCTCTTATTAGGTGAAGGGTCTATGACGGAATGGAGGCATTTCACTTGGATTATATCCACTTTCTGTGGAGCATCCGGTATGGAGGTAAGTGTTCACAAATCCTGACTAATTTACCAATGCCAAGATTCT
TCTTTAATAGAACAGATTGGCACTCTCTTCCCTTATTGGAGGATGGAACTGGGGGAAGGTTTTAAGTATTTGGGATTTCTTCTTAAACCCAATGATCACAATGTTTCTGATTGGAATTGTCTCATTAAGAGAATTCAGAGAAGAAACGGTTCATGGGAATATAAGGCTCTTTCTCTAGGGGGCACCTTATTCTTGTTTGT
TCTGTGTTACAAAGTGTCATGTTCTATTGGTTCTCCCTCTTCTTGGTTCCTGCTTCGGTGATTTCGGCTGTGCGCAGACTCATATTCCAGTTTCTTTGGGGGAGTAATTCGGGTGTTACAAATTTCCATTTTTCCTCTTGGGAGAAACGTTCTCATCCCAAAATTTTAGGAGGTTGGGTTATAAAGGATCTCAAATTTTT
TAACATGTCATTATGTGCTAGGAGTCTTTGGCGTTGTCTATTTGACTCGGGACTATGGGGTAAAGTGGTTAGAGAAAAATATCTATATCGTTTACCTCCTGTTTATTGGCTCCATTATGGTAAAAAGCTTCCCTCGGGATCGATTATGTGGAGGATTTTAGTAAAATCTTGGTCGATTATCAATTATGCTATCAGTTGGG
TCGTTGGTCGGGGGACCCATATTTTTGTATGGATCGATCCTCTCCTGGGTCTTGGTCAAGGCTATAAGCTTTCTTGGGGGATTATTGAGGCCTTACATGCTAAAGGTTTTTATGTTTTGAACTAGGTATGGATCCCCGGTGATGGTGTCAACTGGTTATCAGTGTTGGATTTGGAATTAGATCCTGTTGTAGCGCCGGAA
TGGGATTGTTATGTTGACAACCTTCAGCAGGCTGGCATTTTTCTTTCAGAATATTAAGAAAATATGGTCTATCAAATCCACTGAAGATTCGGTGCTTTATGTGGCTCGTTATACAAAACAATATTCTTACTTGGTCTAATATGCAGAAGAGAGGATTTATGGCTCTAGGTATATGTCTTCTATGCAATTCTGCGTTGGAG
GAAGTCAATCATCTGTTTGGATCCTGTGGTTTCTTCCAATCTCTTTTGAGAGTCCTGGACATTCATTTTCCTTCTTGGATTTCCTACGATCGTGCTACTATTATAGAGAATCTGCAACTTTGGTTTGCTCGACATTGTGGGTCTCGGCCTCTTATCTTCTTTATTTGTTGGGAGGTTTGGAAATCCCGTAACAGGCTTAT
CTTTTAGAATGTTAAGACTCTGGTATGTTTGGTTTCTTCGAAGGTTCTAGTGATTTTTTGGGAATGCAGAGATTATTGGTCTAGTAAATTAACAAAGTATCGCCTTTGCTCTAAATCGGATTACACTTTTCCGCTTGGATATTTTCACGGTACAACGAATCCTGGGTTGTGCGGTGCAAGGATGATACTGAATATGGATC
ATGGTCATGTTTTCCGGTTCACTTTTGAAGGCAGGTATGGGTACCAACACTTGGGAGGAGCTCATAGCATTGCGGGGTCTTCTTTGGTGTGCTAGAAAAAAAGGTATACATACTTTTCAGGGTTTTGGAGACTCCCTTTGTGTTGTTCAATGGGCAAGTGGAAAATCTTGTTTGCGCTCAATTATGTTAGAAGGGTGGAA
GAAGAGGATTTCCATTTTGATAGTTGCTTTCTCTCATATTTCTGTCTGTCTTCCACATCCTTAGACACTACAATGGAGAAGCTGAATTTTTATCAAAAGGAGCTCTGGGTCCTATGGATGGAAATATGTTATCGAAGGAGTACAGGGTTGGGGTATTGATTAAATAAGAAACTCTATATTTCTGATAAGCTGGAATGTTT
TTTAGTTTTTGGATCAAGCATGTGTCTCTTTGTCAGATGTAATATGTTTACAACTTAGGGGTCCTATCTTGCCTTTATTATTAATATCGGACCTCCGTTGAACATTTGTTTTTGAATACATTGGAAAAAGTAAACTGTGACTAACTGTCTTTCGAAGATCGACTGGAGTTAGCATCTCGCTTCGCC

>TRINITY_DN89395_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CATTACTTGGTCTGCTAACGAATATTTCTCGGCTTCGTGTGGAGGTTCGAAAGTGGGATAAGGAAAAGAAGCATGAAAATTATAGATAATTAACAAGGATTGATCAGAAAATCCAATCTTTGTCTAGCTGGGTAGATGCGGATTACTTTTCAGGGGAAATAAGAGACCTTATCACTCTGTTGGAGGGGAAAAAGAAGAAA
ATATTGAGTCATATTGAAGAATCATGGAGGCTAAAAAGTCGAGCTGTCTGGATTCAGTTAGAAGATAATAATACTAAGTTTTTTCATCGCTTTGCCAACCAGCGACGTCTTTGCAATGCTATTTGGGACATCAAGAATGAAGAGGATCGGGTTATTTGTGATAATGTTTCACTAAAAGAGGATGCTATTAAGCACTTCAA
AGATATTTTTACTACCAAAACTGTACCATGTCTGGAGAACCAATTAAAGACGATCCAGAATTTCCCGCGTTATTTCAGTTCCTTGGACAACCAGGAAGTGGGAAAACCGATTTTGAAAGCTGAAGTGTTAAAATTCCTTAAAAAGAAATCCAAAGACAAAAGTCCAGGCCCTGATGGCTGAACGATGGAATTTTTCATCC
ACTTTTTTGATATCTTCAGAAGTGACATTACTGATGCTGTTAACAAAACCAGATGTAGGGGCCAGATACCGAGTGATTTAAATTCTACTTTTATTACTCTAGTACCCAAGAAAGATAGGCCTTGTGATTTCAATGACTACATACCAATTTCTCTTTGTAACCTCTTGGATAAGATCATTACAAAAATCATTTATGAAAAA
CTTAAACCTTTTCTTGGAAGGTTTGTGTCGGTTGAACAGTTCGGATTCCTTCCTAATCATCAGATTCTTGATGCAATGGGGGTTGCCCAGGAGGGTTACCACTCGGTTAAGGCGGAGAAACATGATGCTTTCATTCTTAATATGGACCTTACAAAATCTTACAATAGGGTTGACTGGGCCTATATTCGTTTTATCCTGAT
CCAAATTGGCCTGGAAGTGGAGACTGTTAATTGGATTATGGTTTGTATATGCTCCACGAGATATGTAGTTTTACTAAATGGCTCGCCGACCCCTTACTTTACTGGTGATACGGGACTTAGACAGGGATTTCCTCTTTCACCTTACTTGTTCATCCTGGCCATTGAGGGCCTCAGTCTGTTGATTCGGGAGGCTAAAAAAC
AAAAACATCTAAAAGGTATAAAAGTTGCAGGTGGACTCTATATTACTCATCTATTATTCGTGGATGACATCCTCTTATTAGGTGAAGGGTCTATGACGGAATGGAGGCATTTCACTTGGATTATATCCACTTTCTGTGGAGCATCCGGTATGGAGGTAAGTGTTCACAAATCCTGACTAATTTACCAATGCCAAGATTCT
TCTTTAATAGAACAGATTGGCACTCTCTTCCCTTATTGGAGGATGGAACTGGGGGAAGGTTTTAAGTATTTGGGATTTCTTCTTAAACCCAATGATCACAATGTTTCTGATTGGAATTGTCTCATTAAGAGAATTCAGAGAAGAAACGGTTCATGGGAATATAAGGCTCTTTCTCTAGGGGGCACCTTATTCTTGTTTGT
TCTGTGTTACAAAGTGTCATGTTCTATTGGTTCTCCCTCTTCTTGGTTCCTGCTTCGGTGATTTCGGCTGTGCGCAGACTCATATTCCAGTTTCTTTGGGGGAGTAATTCGGGTGTTACAAATTTCCATTTTTCCTCTTGGGAGAAACGTTCTCATCCCAAAATTTTAGGAGGTTGGGTTATAAAGGATCTCAAATTTTT
TAACATGTCATTATGTGCTAGGAGTCTTTGGCGTTGTCTATTTGACTCGGGACTATGGGGTAAAGTGGTTAGAGAAAAATATCTATATCGTTTACCTCCTGTTTATTGGCTCCATTATGGTAAAAAGCTTCCCTCGGGATCGATTATGTGGAGGATTTTAGTAAAATCTTGGTCGATTATCAATTATGCTATCAGTTGGG
TCGTTGGTCGGGGGACCCATATTTTTGTATGGATCGATCCTCTCCTGGGTCTTGGTCAAGGCTATAAGCTTTCTTGGGGGATTATTGAGGCCTTACATGCTAAAGGTTTTTATGTTTTGAACTAGGTATGGATCCCCGGTGATGGTGTCAACTGGTTATCAGTGTTGGATTTGGAATTAGATCCTGTTGTAGCGCCGGAA
TGGGATTGTTATGTTGACAACCTTCAGCAGGCTGGCATTTTTCTTTCAGAATATTAAGgtaaaattatatgggcatataatttttctgatggttcagtgattgctaaattagcgtattcatgcttgatggtggaagatctatgatctgatcttggttggtgaacgcagAAAATATGGTCTATCAAATCCACTGAAGATTC
GGTGCTTTATGTGGCTCGTTATACAAAACAATATTCTTACTTGGTCTAATATGCAGAAGAGAGGATTTATGGCTCTAGGTATATGTCTTCTATGCAATTCTGCGTTGGAGGAAGTCAATCATCTGTTTGGATCCTGTGGTTTCTTCCAATCTCTTTTGAGAGTCCTGGACATTCATTTTCCTTCTTGGATTTCCTACGAT
CGTGCTACTATTATAGAGAATCTGCAACTTTGGTTTGCTCGACATTGTGGGTCTCGGCCTCTTATCTTCTTTATTTGTTGGGAGGTTTGGAAATCCCGTAACAGGCTTATCTTTTAGAATGTTAAGACTCTGGTATGTTTGGTTTCTTCGAAGGTTCTAGTGATTTTTTGGGAATGCAGAGATTATTGGTCTAGTAAATT
AACAAAGTATCGCCTTTGCTCTAAATCGGATTACACTTTTCCGCTTGGATATTTTCACGGTACAACGAATCCTGGGTTGTGCGGTGCAAGGATGATACTGAATATGGATCATGGTCATGTTTTCCGGTTCACTTTTGAAGGCAGGTATGGGTACCAACACTTGGGAGGAGCTCATAGCATTGCGGGGTCTTCTTTGGTGT
GCTAGAAAAAAAGGTATACATACTTTTCAGGGTTTTGGAGACTCCCTTTGTGTTGTTCAATGGGCAAGTGGAAAATCTTGTTTGCGCTCAATTATGTTAGAAGGGTGGAAGAAGAGGATTTCCATTTTGATAGTTGCTTTCTCTCATATTTCTGTCTGTCTTCCACATCCTTAGACACTACAATGGAGAAGCTGAATTTT
TATCAAAAGGAGCTCTGGGTCCTATGGATGGAAATATGTTATCGAAGGAGTACAGGGTTGGGGTATTGATTAAATAAGAAACTCTATATTTCTGATAAGCTGGAATGTTTTTTAGTTTTTGGATCAAGCATGTGTCTCTTTGTCAGATGTAATATGTTTACAACTTAGGGGTCCTATCTTGCCTTTATTATTAATATCGG
ACCTCCGTTGAACATTTGTTTTTGAATACATTGGAAAAAGTAAACTGTGACTAACTGTCTTTCGAAGATCGACTGGAGTTAGCATCTCGCTTCGCC