sp|Q94BY9|GAP22_ARATH ----> Rab GTPase-activating protein 22

Intron 1 GTGAGAAAAT ... GGATAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.76	15	0	4
A2	0	3	0	0
A3	11.11	8	0	2
A4	25	3	2	0
A5	0	2	0	0
A6	28.57	40	11	21
A7	19.48	31	8	7
A8	29.58	25	8	13
A9	19.44	29	1	13
A10	18.52	22	5	5

>TRINITY_DN40355_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GAGCAAGCCCTTTGTTTGCCAAGAACACTCCGTAACATTATTCCGGGTTCCACTTGATGGTCTGTGTGATGTAATGACAATGTTGGGAACAAGGAAACCAGTAGATGGGAATTTTCCTCAAGACAGATGGGGAATGCAGAGAGCGTGTTGGAAGGGGAGCGTGAAGTTTGTGGATATGTACTCTTTCACGGTGGAAGGTT
CCATTGAGGAGGCAAATATAATGAATGAGGTTAGACGGAGGGTAAAAGAACAGGGCTGTGTTTGGTGGGAGACAGAGGTCTCCAAAGGGGTAGATTGGTATCTGCAGCCTCATTATCATTATCATTACTATTACCACTGGGACGGAGGAAGCTTTGTGTCTTCCTTTTCTATTTCAACTCTAACTAATACTCTTCTTCTC
AAGAGGCTCATAAGGCAGGGGATTCCGTCAGTGTTGAGGCCCAAGTTATGGCTCTCTGCATCTGGGGCTGCTAAAAAGCGTTCTACTGTCCCGCACAGCTACTATCAGGATCTCATTCAGGCAGTTGAAGGCATGGTCACCCCTGCTACTCTCCAGATTGATCAAGATCTTGCTCGTACTTTTCCAACCCACCCGTGGTT
GGATACTGAAGAGGGACATTCTTCTCTGCGAAGAGTGCTTGTTGCTTACTCTTTTCGTGACTCTCGTGTTGGGTATTGTCAAGGGCTAAATTATGTTGCTGCATTATTATTGTTAGTCATGAAAACTGAAGAGGATGCATTTTGGATGCTGGCTGTGCTTTTGGAGAATGTTTTGTTTAAAGACTGTTATGCAGACAATT
TGTCTGGATGCCATGTTGAACAAAGGGTCCTTAAGGACTTCCTTGCAAAAATGTGGCCTAGTATTGCTACTCATTTGGAGAGTATAAATTTTGATGTCTCTATTGTGGCAACAGAATGGTTTCTCTGTCTGTTTGCAAAGAGCTTGCCATCCGAGACTGCGATGCGCATATGGGATATCCTTTTCAATGAGGGTGCCCAT
ATTCTATTTAGGGTCGCCTTAGCTATATTCAAGATAAATGAGGACCAGCTGCTGGCTGCCAACCACGTTGGGGATATTATTAGAATTTTGCATCATACTACACATCATGCATTTGACCCAGATGCACTGTTGAAGGTAGCATTTGAGAAGATTGGTTCTGTTACCACAAATTGTATAACAAGGCATTGTAAAAAGCAGCA
AGCTGCAGTCATGGCAGAGTTGGAGCAGAGATCAAGGCGACTTAACTCATTGGATAGGGGGCAGCCACGCCCATGTTAAAATTAATAATTTTTTAACAAAGATGTATATCTATGTATGCTTTTTTGTGTTTGCAAGGCGTGATAATTGATGCATCCCGTCCTCGAAGAGGCACTATAAATCAAATTGTAGTATTGTTCAA
ACATAAAGCATGCCCTCTCATGTTTTCTACTTCTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCGAAGCTGAGTTTAGTCACACTCATATTTGGTAGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGTAACATGTATTTGGCCATCGCTCTCA
GAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTATTGTATTGGCTTTGCTTTTAGCATTGTGTGCACATGTGAACAATAAATAGTATGGTATATTGATGAAAATTAATTACATCTATGATTGTCTGTGAGTGCAGACCATTGACATTTGATTGTAGA

>TRINITY_DN40355_c0_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAGCAAGCCCTTTGTTTGCCAAGAACACTCCGTAACATTATTCCGGGTTCCACTTGATGGTCTGTGTGATGTAATGACAATGTTGGGAACAAGGAAACCAGTAGATGGGAATTTTCCTCAAGACAGATGGGGAATGCAGAGAGCGTGTTGGAAGGGGAGCGTGAAGTTTGTGGATATGTACTCTTTCACGGTGGAAGGTT
CCATTGAGGAGGCAAATATAATGAATGAGGTTAGACGGAGGGTAAAAGAACAGGGCTGTGTTTGGTGGGAGACAGAGGTCTCCAAAGGGGTAGATTGGTATCTGCAGCCTCATTATCATTATCATTACTATTACCACTGGGACGGAGGAAGCTTTGTGTCTTCCTTTTCTATTTCAACTCTAACTAATACTCTTCTTCTC
AAGAGGCTCATAAGGCAGGGGATTCCGTCAGTGTTGAGGCCCAAGTTATGGCTCTCTGCATCTGGGGCTGCTAAAAAGCGTTCTACTGTCCCGCACAGCTACTATCAGGATCTCATTCAGGCAGTTGAAGGCATGGTCACCCCTGCTACTCTCCAGATTGATCAAATAAATGAGGACCAGCTGCTGGCTGCCAACCACGT
TGGGGATATTATTAGAATTTTGCATCATACTACACATCATGCATTTGACCCAGATGCACTGTTGAAGgtgagaaaatagcattcctgttgtgcatcattcctacaattttttctccagctattatttcctgatacaaggttatgaaaagtatatacagtactgttcgtattcaatttatgtagatcaatacaaaagcagt
atattgttgaatggataaacagGTAGCATTTGAGAAGATTGGTTCTGTTACCACAAATTGTATAACAAGGCATTGTAAAAAGCAGCAAGCTGCAGTCATGGCAGAGTTGGAGCAGAGATCAAGGCGACTTAACTCATTGGATAGGGGGCAGCCACGCCCATGTTAAAATTAATAATTTTTTAACAAAGATGTATATCTAT
GTATGCTTTTTTGTGTTTGCAAGGCGTGATAATTGATGCATCCCGTCCTCGAAGAGGCACTATAAATCAAATTGTAGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTCTCATGTTTTCTACTTCTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCG
AAGCTGAGTTTAGTCACACTCATATTTGGTAGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGTAACATGTATTTGGCCATCGCTCTCAGAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTATTGTATTGGCTTTGTTTTTAGCATTGTGTGCACATGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTTT
CATATTTTCTACTTGTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGTAACATGTATTTGGCCATCGCTCTCAGAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTAT
TGTATTGGCTTTG

Intron 2 GTGAGAAAAT ... ATTTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	2	0	0
A2	-1	0	0	0
A3	-1	0	0	0
A4	100	0	2	0
A5	-1	0	0	0
A6	61.9	8	11	15
A7	77.78	2	8	6
A8	77.78	2	8	6
A9	38.46	4	1	4
A10	100	0	5	1

>TRINITY_DN40355_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GAATGTTTTCTGCAATAACAGATAAATGAGGACCAGCTGCTGGCTGCCAACCACGTTGGGGATATTATTAGAATTTTGCATCATACTACACATCATGCATTTGACCCAGATGCACTGTTGAAGATCAATACAAAAGCAGTATATTGTTGAATGGATAAACAGGTAGCATTTGAGAAGATTGGTTCTGTTACCACAAATTG
TATAACAAGGCATTGTAAAAAGCAGCAAGCTGCAGTCATGGCAGAGTTGGAGCAGAGATCAAGGCGACTTAACTCATTGGATAGGGGGCAGCCACGCCCATGTTAAAATTAATAATTTTTTAACAAAGATGTATATCTATGTATGCTTTTTTGTGTTTGCAAGGCGTGATAATTGATGCATCCCGTCCTCGAAGAGGCAC
TATAAATCAAATTGTAGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTCTCATGTTTTCTACTTCTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCGAAGCTGAGTTTAGTCACACTCATATTTGGTAGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTG
GTAACATGTATTTGGCCATCGCTCTCAGAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTATTGTATTGGCTTTG

>TRINITY_DN40355_c0_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAGCAAGCCCTTTGTTTGCCAAGAACACTCCGTAACATTATTCCGGGTTCCACTTGATGGTCTGTGTGATGTAATGACAATGTTGGGAACAAGGAAACCAGTAGATGGGAATTTTCCTCAAGACAGATGGGGAATGCAGAGAGCGTGTTGGAAGGGGAGCGTGAAGTTTGTGGATATGTACTCTTTCACGGTGGAAGGTT
CCATTGAGGAGGCAAATATAATGAATGAGGTTAGACGGAGGGTAAAAGAACAGGGCTGTGTTTGGTGGGAGACAGAGGTCTCCAAAGGGGTAGATTGGTATCTGCAGCCTCATTATCATTATCATTACTATTACCACTGGGACGGAGGAAGCTTTGTGTCTTCCTTTTCTATTTCAACTCTAACTAATACTCTTCTTCTC
AAGAGGCTCATAAGGCAGGGGATTCCGTCAGTGTTGAGGCCCAAGTTATGGCTCTCTGCATCTGGGGCTGCTAAAAAGCGTTCTACTGTCCCGCACAGCTACTATCAGGATCTCATTCAGGCAGTTGAAGGCATGGTCACCCCTGCTACTCTCCAGATTGATCAAATAAATGAGGACCAGCTGCTGGCTGCCAACCACGT
TGGGGATATTATTAGAATTTTGCATCATACTACACATCATGCATTTGACCCAGATGCACTGTTGAAGgtgagaaaatagcattcctgttgtgcatcattcctacaattttttctccagctattatttcctgatacaaggttatgaaaagtatatacagtactgttcgtattcaatttatgtagATCAATACAAAAGCAGT
ATATTGTTGAATGGATAAACAGGTAGCATTTGAGAAGATTGGTTCTGTTACCACAAATTGTATAACAAGGCATTGTAAAAAGCAGCAAGCTGCAGTCATGGCAGAGTTGGAGCAGAGATCAAGGCGACTTAACTCATTGGATAGGGGGCAGCCACGCCCATGTTAAAATTAATAATTTTTTAACAAAGATGTATATCTAT
GTATGCTTTTTTGTGTTTGCAAGGCGTGATAATTGATGCATCCCGTCCTCGAAGAGGCACTATAAATCAAATTGTAGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTCTCATGTTTTCTACTTCTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCG
AAGCTGAGTTTAGTCACACTCATATTTGGTAGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGTAACATGTATTTGGCCATCGCTCTCAGAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTATTGTATTGGCTTTGTTTTTAGCATTGTGTGCACATGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTTT
CATATTTTCTACTTGTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGTAACATGTATTTGGCCATCGCTCTCAGAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTAT
TGTATTGGCTTTG

Intron 3 GTGAGAAAAT ... TAAAAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70	3	0	7
A2	-1	0	0	0
A3	58.33	5	0	7
A4	60	2	2	3
A5	-1	0	0	0
A6	81.25	6	11	26
A7	90.91	1	8	10
A8	77.78	8	8	28
A9	71.43	8	1	20
A10	100	0	5	5

>TRINITY_DN40355_c0_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

TTGACCCAGATGCACTGTTGAAGCAAGCTGCAGTCATGGCAGAGTTGGAGCAGAGATCAAGGCGACTTAACTCATTGGATAGGGGGCAGCCACGCCCATGTTAAAATTAATAATTTTTTAACAAAGATGTATATCTATGTATGCTTTTTTGTGTTTGCAAGGCGTGATAATTGATGCATCCCGTCCTCGAAGAGGCACTA
TAAATCAAATTGTAGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTCTCATGTTTTCTACTTCTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCGAAGCTGAGTTTAGTCACACTCATATTTGGTAGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGT
AACATGTATTTGGCCATCGCTCTCAGAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTATTGTATTGGCTTTGTTTTTAGCATTGTGTGCACATGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTTTCATATTTTCTACTTGTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTA
TCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGTAACATGTATTTGGCCATCGCTCTCAGAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTATTGTATTGGCTTTG

>TRINITY_DN40355_c0_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAGCAAGCCCTTTGTTTGCCAAGAACACTCCGTAACATTATTCCGGGTTCCACTTGATGGTCTGTGTGATGTAATGACAATGTTGGGAACAAGGAAACCAGTAGATGGGAATTTTCCTCAAGACAGATGGGGAATGCAGAGAGCGTGTTGGAAGGGGAGCGTGAAGTTTGTGGATATGTACTCTTTCACGGTGGAAGGTT
CCATTGAGGAGGCAAATATAATGAATGAGGTTAGACGGAGGGTAAAAGAACAGGGCTGTGTTTGGTGGGAGACAGAGGTCTCCAAAGGGGTAGATTGGTATCTGCAGCCTCATTATCATTATCATTACTATTACCACTGGGACGGAGGAAGCTTTGTGTCTTCCTTTTCTATTTCAACTCTAACTAATACTCTTCTTCTC
AAGAGGCTCATAAGGCAGGGGATTCCGTCAGTGTTGAGGCCCAAGTTATGGCTCTCTGCATCTGGGGCTGCTAAAAAGCGTTCTACTGTCCCGCACAGCTACTATCAGGATCTCATTCAGGCAGTTGAAGGCATGGTCACCCCTGCTACTCTCCAGATTGATCAAATAAATGAGGACCAGCTGCTGGCTGCCAACCACGT
TGGGGATATTATTAGAATTTTGCATCATACTACACATCATGCATTTGACCCAGATGCACTGTTGAAGgtgagaaaatagcattcctgttgtgcatcattcctacaattttttctccagctattatttcctgatacaaggttatgaaaagtatatacagtactgttcgtattcaatttatgtagatcaatacaaaagcagt
atattgttgaatggataaacaggtagcatttgagaagattggttctgttaccacaaattgtataacaaggcattgtaaaaagcagCAAGCTGCAGTCATGGCAGAGTTGGAGCAGAGATCAAGGCGACTTAACTCATTGGATAGGGGGCAGCCACGCCCATGTTAAAATTAATAATTTTTTAACAAAGATGTATATCTAT
GTATGCTTTTTTGTGTTTGCAAGGCGTGATAATTGATGCATCCCGTCCTCGAAGAGGCACTATAAATCAAATTGTAGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTCTCATGTTTTCTACTTCTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCG
AAGCTGAGTTTAGTCACACTCATATTTGGTAGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGTAACATGTATTTGGCCATCGCTCTCAGAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTATTGTATTGGCTTTGTTTTTAGCATTGTGTGCACATGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTTT
CATATTTTCTACTTGTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGTAACATGTATTTGGCCATCGCTCTCAGAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTAT
TGTATTGGCTTTG

Intron 4 GTAAGACTCG ... CGCAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.83	15	6	5
A2	30.23	15	4	9
A3	23.81	16	7	3
A4	15.38	11	3	1
A5	42.86	2	2	1
A6	21.57	20	5	6
A7	19.35	25	0	12
A8	10	9	0	2
A9	15.38	11	3	1
A10	21.43	11	3	3

>TRINITY_DN102643_c0_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GAAAATAGACCTCCACGTGTCTCGTAAGACGATCCAACGGCTATAAAGCGGTCCCGGTTTAGAACTGAACGAGTCCTCGCGTTTCGGATGCCGAACCTTCACGACCGAATCTCCGGTGTCGCAGGCTATATCCTTTGGTTTCGCCTCGGTGGGTAGCTTCGTCTTCCAAGTACGAAATCGCCTGCCCAATTCTGATTGGA
TTTGGTGCAGTATCTGCACAGAGCGAGACGCTGAATCATCGAGCTCCTGGCGGTGGACACCCTTCCTTAGGGAGGACATACATGTTATATTTTCTGATTGCTTTTTGGATGAGAAAAGCGGAGATTGCAAGCGGGTCTTCGATCGTTTCAGAGATAAAATAGTGAAGGGAAAGGTGCCATGTTGTTTGAAACGGAGGGGC
AATGGACGCCCTTGTTAACAGGAGCCTGCATTGCATCATCTAAGGGAGATTTAAAGGAGGGATTCTATAGAATTCTATTGGTTTTAATGGACTTTGGATTGCTATTGCAGGAAAAATAGCCGATTTTCTCTCATTTGGGCGCGAAAGAAATCATAGCATTCAAAAAGCTGTATAGAGATTTGGGATTCTATAAATAGTTC
TCTATGTTTTCGACGCGGAAGAAATCATAGCATTACAGGCAAAAGCTACATTGATATTCGGGGTTCCACAAATAGTATAGCTTTTCAAGGACTTTCGATTGTTATTGCAGGAAACACAGTTATTTTCCTTTGTTTTAGTTAACCTGCCGAAGAAATCATACAATTCAGCCAAAGCTTTATTCAGATTCTGATCCTTTTTG
CAAATTCACAAATTGAAAGTAGGGGTGTTGGTATCGTCAAGTTTGATCATTGCTTATAGGCTTGCCTTATTATGGCCAATTTTAGGGAAATGTTTGGGACACATTACAACCATTGGGATAAGCAGAAACCCATATGGAGGGGCAATACCAATGTGCTCAGAAAGAATGTCACCGTGAGGTTTTTGGATCTGTATTCCTTC
ACTGTTGAAGGGACTCTTGATGATGCGAATCTCTTTAATGAGGTGAGAGAGAGGGTGCGAGAGCAGGGTCGAGTTTGGTGGGCTCTGGAGGCCAGCAAAGGGGCTGGTTGGTATTTGCAGCCCAAGATATCTTCACTTTCTGAAGGGATTGCTGTGTCTTCGCTCTCAATTTCTGTCCTCGCTAATACCATTGCCTTGAA
GAGGCTGATCAGGAAGGGGATTCCGCTTGCATTGAGGCCAAAGGTCTGGCTGTCGGTTTCAGGTGCGGCGAAGAAACGGTCCACTGTGCCAGATAGCTACTATCAAGACCTTTTAAAGGCTGTTCAAGGGAAGGTCACTCCTGCAACGCGGCAGATCGATCATGATCTGCCACGAACTTTCCCTTCACATCCCTGGTTGG
ATACTCCAGAGGGACATGAATCTCTGCGAAGGGTGCTTGTTGGATACTCTTTCCGTGATTCCCAAGTTGGTTATTGCCAAGGCTTAAATTATGTGGCTGCATTGTTATTGCTTGTCATGAAAACTGAGGAGGATGCATTTTGGATGTTGGCTGTTCTCTTGGAGAATGTTTTGGTCAGTGATTGCTATACACACAACTTG
TCTGGATGTCATGTTGAACAAAGGGTATTTAGAGATCTCCTGGCAAAAAAGTTACCTAGAATTGCTGCACATTTAGAGCAACTGGAATTTGATGTCTCTCTTGTGGCAACGGAGTGGTTTCTTTGTCTCTTTGCAAAGAGCTTGCCATCTGAAACTACAATGCGGGTTTGGGATGTTCTCTTCAATGAGGGTGCCAAAGT
TTTATTCCGAGTAGCATTAGCTATCTTCAAGATGAAAGAGGACGAGCTATTGGCTGCTCAAAACATTGGTGATGTTATCAGTATCTTGCATAATACAACACATCATGCATTTGACCCTGATGAACTGTTGAAGGTAGCATTTGAGAAGATTGGTTCTATGACCACAAATACAATCACAAAACAACGTAAAAAGCAAGAAC
CAGCAGTCATGGCAGAGTTGGACAGGAGGTCAAGGCGACTTGGTTCCATGGGAAGTGATAACACGTTAATATCTGTTGATTAGCTGCTGAATTGGCTCTTTACAGTGTTTGTTTGTGTGCTAATAACTTGGGCAGAATCAAATGATGCCACAGAAGTCATATATGTTCTGTTAACCTGCTTAGAAAGAAGCATTAAAGGC
TATTGCAGTATATGTGACAGAGATGGGGCAGGCATCTTTTGACCACCAAGTGATGAAATCATGCGAATTCCCCAATATGATTGTTGCAGTGTATTGAGAGGTTTGGAATACTTTCATTGTTACAATTTTTAACAATCATTTAACAATGATGAGATGCAATTCTGTCTCCGTTACCTTTTTATTTATTAAAGGTTCTAAAC
ATGCTTACCTTGTTACAAATTGCAAGGCATGCTAAGTCAGGAAGTACGTGTCCTGAGCTCAGGTAAGGTCCTGTTCCTGAGCTCAGGTAAGGTGTGATATAATAAAT

>TRINITY_DN102643_c0_g2_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAAAATAGACCTCCACGTGTCTCGTAAGACGATCCAACGGCTATAAAGCGGTCCCGGTTTAGAACTGAACGAGTCCTCGCGTTTCGGATGCCGAACCTTCACGACCGAATCTCCGGTGTCGCAGGCTATATCCTTTGGTTTCGCCTCGGTGGGTAGCTTCGTCTTCCAAGTACGAAATCGCCTGCCCAATTCTGATTGGA
TTTGGTGCAGTATCTGCACAGAGCGAGACGCTGAATCATCGAGCTCCTGGCGGTGGACACCCTTCCTTAGGGAGGACATACATGTTATATTTTCTGATTGCTTTTTGGATGAGAAAAGCGGAGATTGCAAGCGGGTCTTCGATCGTTTCAGAGATAAAATAGTGAAGGGAAAGGTGCCATGTTGTTTGAAACGGAGGGGC
AATGGACGCCCTTGTTAACAGGAGCCTGCATTGCATCATCTAAGGGAGATTTAAAGGAGGGATTCTATAGAATTCTATTGGTTTTAATGGACTTTGGATTGCTATTGCAGGAAAAATAGCCGATTTTCTCTCATTTGGGCGCGAAAGAAATCATAGCATTCAAAAAGCTGTATAGAGATTTGGGATTCTATAAATAGTTC
TCTATGTTTTCGACGCGGAAGAAATCATAGCATTACAGGCAAAAGCTACATTGATATTCGGGGTTCCACAAATAGTATAGCTTTTCAAGGACTTTCGATTGTTATTGCAGGAAACACAGTTATTTTCCTTTGTTTTAGTTAACCTGCCGAAGAAATCATACAATTCAGCCAAAGCTTTATTCAGATTCTGATCCTTTTTG
CAAATTCACAAATTGAAAGTAGGGGTGTTGGTATCGTCAAGTTTGATCATTGCTTATAGGCTTGCCTTATTATGGCCAATTTTAGGGAAATGTTTGGGACACATTACAACCATTGGGATAAGCAGAAACCCATATGGAGGGGCAATACCAATGTGCTCAGAAAGAATGTCACCGTGAGGTTTTTGGATCTGTATTCCTTC
ACTGTTGAAGGGACTCTTGATGATGCGAATCTCTTTAATGAGGTGAGAGAGAGGGTGCGAGAGCAGGGTCGAGTTTGGTGGGCTCTGGAGGCCAGCAAAGGGGCTGGTTGGTATTTGCAGCCCAAGATATCTTCACTTTCTGAAGGGATTGCTGTGTCTTCGCTCTCAATTTCTGTCCTCGCTAATACCATTGCCTTGAA
GAGGCTGATCAGGAAGGGGATTCCGCTTGCATTGAGGCCAAAGGTCTGGCTGTCGGTTTCAGGTGCGGCGAAGAAACGGTCCACTGTGCCAGATAGCTACTATCAAGACCTTTTAAAGGCTGTTCAAGGGAAGGTCACTCCTGCAACGCGGCAGATCGATCATGATCTGCCACGAACTTTCCCTTCACATCCCTGGTTGG
ATACTCCAGAGGGACATGAATCTCTGCGAAGGGTGCTTGTTGGATACTCTTTCCGTGATTCCCAAGTTGGTTATTGCCAAgtaagactcgcattcaatatctcatctaatttcatttttcctttccagttgtgttatgaaaactcttgttagttgtgaagttattgtgcatattggctaaagatatgttgatcaagtgga
gattattgctcgcaaaacagGGCTTAAATTATGTGGCTGCATTGTTATTGCTTGTCATGAAAACTGAGGAGGATGCATTTTGGATGTTGGCTGTTCTCTTGGAGAATGTTTTGGTCAGTGATTGCTATACACACAACTTGTCTGGATGTCATGTTGAACAAAGGGTATTTAGAGATCTCCTGGCAAAAAAAGTTACCTAG
AATTGCTGCACATTTAGAGCAACTGGAATTTGATGTCTCTCTTGTGGCAACGGAGTGGTTTCTTTGTCTCTTTGCAAAGAGCTTGCCATCTGAAACTACAATGCGGGTTTGGGATGTTCTCTTCAATGAGGGTGCCAAAGTTTTATTCCGAGTAGCATTAGCTATCTTCAAGATGAAAGAGGACGAGCTATTGGCTGCTC
AAAACATTGGTGATGTTATCAGTATCTTGCATAATACAACACATCATGCATTTGACCCTGATGAACTGTTGAAGGTAGCATTTGAGAAGATTGGTTCTGTTACCACAAATTGTATAACAAGGCATTGTAAAAAGCAGCAAGCTGCAGTCATGGCAGAGTTGGAGCAGAGATCAAGGCGACTTAACTCATTGGATAGGGGG
CAGCCACGCCCATGTTAAAATTAATAATTTTTTAACAAAGATGTATATCTATGTATGCTTTTTTGTGTTTGCAAGGCGTGATAATTGATGCGTCCCGTCCTCGAAGAGGCACTATAAATCAAATTGTAGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTCTCATGTTTTCTACTTCTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGG
GAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCGAAGCTGAGTTTAGTCACACTCATATTTGGTAGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGTAAC

Intron 5 GTAGCATTTG ... TAAAAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.33	3	15	15
A2	100	0	3	2
A3	67.74	5	8	13
A4	60	2	3	3
A5	100	0	2	1
A6	86.81	6	40	39
A7	95.92	1	31	16
A8	79.49	8	25	37
A9	77.78	8	29	27
A10	100	0	22	18

>TRINITY_DN40355_c0_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

TTGACCCAGATGCACTGTTGAAGCAAGCTGCAGTCATGGCAGAGTTGGAGCAGAGATCAAGGCGACTTAACTCATTGGATAGGGGGCAGCCACGCCCATGTTAAAATTAATAATTTTTTAACAAAGATGTATATCTATGTATGCTTTTTTGTGTTTGCAAGGCGTGATAATTGATGCATCCCGTCCTCGAAGAGGCACTA
TAAATCAAATTGTAGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTCTCATGTTTTCTACTTCTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCGAAGCTGAGTTTAGTCACACTCATATTTGGTAGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGT
AACATGTATTTGGCCATCGCTCTCAGAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTATTGTATTGGCTTTGTTTTTAGCATTGTGTGCACATGTATTGTTCAAACATAAAGCATGCCCTTTCATATTTTCTACTTGTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTA
TCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGTAACATGTATTTGGCCATCGCTCTCAGAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTATTGTATTGGCTTTG

>TRINITY_DN40355_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAGCAAGCCCTTTGTTTGCCAAGAACACTCCGTAACATTATTCCGGGTTCCACTTGATGGTCTGTGTGATGTAATGACAATGTTGGGAACAAGGAAACCAGTAGATGGGAATTTTCCTCAAGACAGATGGGGAATGCAGAGAGCGTGTTGGAAGGGGAGCGTGAAGTTTGTGGATATGTACTCTTTCACGGTGGAAGGTT
CCATTGAGGAGGCAAATATAATGAATGAGGTTAGACGGAGGGTAAAAGAACAGGGCTGTGTTTGGTGGGAGACAGAGGTCTCCAAAGGGGTAGATTGGTATCTGCAGCCTCATTATCATTATCATTACTATTACCACTGGGACGGAGGAAGCTTTGTGTCTTCCTTTTCTATTTCAACTCTAACTAATACTCTTCTTCTC
AAGAGGCTCATAAGGCAGGGGATTCCGTCAGTGTTGAGGCCCAAGTTATGGCTCTCTGCATCTGGGGCTGCTAAAAAGCGTTCTACTGTCCCGCACAGCTACTATCAGGATCTCATTCAGGCAGTTGAAGGCATGGTCACCCCTGCTACTCTCCAGATTGATCAAGATCTTGCTCGTACTTTTCCAACCCACCCGTGGTT
GGATACTGAAGAGGGACATTCTTCTCTGCGAAGAGTGCTTGTTGCTTACTCTTTTCGTGACTCTCGTGTTGGGTATTGTCAAGGGCTAAATTATGTTGCTGCATTATTATTGTTAGTCATGAAAACTGAAGAGGATGCATTTTGGATGCTGGCTGTGCTTTTGGAGAATGTTTTGTTTAAAGACTGTTATGCAGACAATT
TGTCTGGATGCCATGTTGAACAAAGGGTCCTTAAGGACTTCCTTGCAAAAATGTGGCCTAGTATTGCTACTCATTTGGAGAGTATAAATTTTGATGTCTCTATTGTGGCAACAGAATGGTTTCTCTGTCTGTTTGCAAAGAGCTTGCCATCCGAGACTGCGATGCGCATATGGGATATCCTTTTCAATGAGGGTGCCCAT
ATTCTATTTAGGGTCGCCTTAGCTATATTCAAGATAAATGAGGACCAGCTGCTGGCTGCCAACCACGTTGGGGATATTATTAGAATTTTGCATCATACTACACATCATGCATTTGACCCAGATGCACTGTTGAAGgtagcatttgagaagattggttctgttaccacaaattgtataacaaggcattgtaaaaagcagCA
AGCTGCAGTCATGGCAGAGTTGGAGCAGAGATCAAGGCGACTTAACTCATTGGATAGGGGGCAGCCACGCCCATGTTAAAATTAATAATTTTTTAACAAAGATGTATATCTATGTATGCTTTTTTGTGTTTGCAAGGCGTGATAATTGATGCATCCCGTCCTCGAAGAGGCACTATAAATCAAATTGTAGTATTGTTCAA
ACATAAAGCATGCCCTCTCATGTTTTCTACTTCTAGCCTTCTGCTTAAGGCTATCAAGAGGGAAAAGCACAGTTTTTTTATCTCATGTAAATCTACTTCTAAGTTCTGGGGCGAAGCTGAGTTTAGTCACACTCATATTTGGTAGAAGCTGAGTTTAGTCTCACTCATATTTGGTAACATGTATTTGGCCATCGCTCTCA
GAGATGGTATGGAAATAAAGTTGAGAAACGAAAGTGTAGACTAAGCTTATTGTATTGGCTTTGCTTTTAGCATTGTGTGCACATGTGAACAATAAATAGTATGGTATATTGATGAAAATTAATTACATCTATGATTGTCTGTGAGTGCAGACCATTGACATTTGATTGTAGA