sp|F4JRP0|STIL3_ARATH ----> Protein STICHEL-like 3
Intron 1 GTTGGAGTTG ... ATCACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.27 | 19 | 25.9 | 23 |
| A2 | 53.49 | 10 | 5 | 18 |
| A3 | 55.1 | 11 | 12 | 15 |
| A4 | 44 | 7 | 4 | 7 |
| A5 | 51.72 | 7 | 10 | 5 |
| A6 | 83.33 | 2 | 7 | 13 |
| A7 | 79.66 | 6 | 35 | 12 |
| A8 | 73.33 | 12 | 33 | 33 |
| A9 | 77.42 | 7 | 30 | 18 |
| A10 | 56.36 | 12 | 17 | 14 |
>TRINITY_DN126832_c1_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGGGGCTCTGGACAGGAATCTTGGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGA
GCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTAATATTTGATTCGTTTTCGGCTCTTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATGCAGACGGCGCTTGCCAGACTCTCCTCCGATTAAACGCCGGGCATCTTGCTGTCAGTCTGTTTCAGTAACATGGACCGATGGATT
TGCAGGACATGCCCGACAGTTTTTTGTTATAAAACTAGCGCTTCGTACACAGTTCTAAGTTGGGTTTCCGGACAGGAATTTCGGAACTATTTGCATGAAAGAGGAAGGAAATGCATGCCACCGGAGGAAAAATGTTAAAGTGGGTCGAGGAAAAAATGTGCTAAATGAGCAGCTCTGTTATTTGCATTATGAAACATCTT
GTATCTTTGAATCGTTTTCGGCTTTGTACGATGCTTTTTGAGGAATTTGGCACTCAATATGGTTTTGCTCGACATAAAATAATGCGGATGGCCCTTTGCGAGTGCCCTACTTGCTCAGAATGGCAGAGTTAAACACTTCTAGGAATGGTCACCCTCTTTACATTGAGTAATTTCAATGGGTGATGGCTGAAACAAGATCA
TCCAGATGAAGCATTTGAAATTGGATCAACCATTGTATTCATATTCCCTATCTTAGAATTCAAGTATTTTGAGTAATAGACTGTGTGCTGTTTTCAAACTGTCAAGCTCAGGTAAACAGATTGAGATCTATGATTATCCCGCAGGACATCCAAATGATTATGTGTCCCTTTGATGAAATGAATTGTTTCTTACAAGTGAA
GGAAAATGATATCTATTCCATAGCAGATCACGTGACATTTGATGCCTGTTATACACATAAATAGATAGAAAATGGTGATGTTTAGTTTGTTCTTGGTCCTTTTGTGGCAGTGTGCCTAGCTTTTCATTGTCATGCTTGTAATATTTATCTGTCTGTCTTGGTCAGCTTCCACAAAATGCCTGTCATTTTCCTTATATCCA
CATGTTTTCATATTGTCCCCAGTTTTACCTTGAGATCTCTTAGAGCTGTACTCATTATAGCACAACTGGTTTACTTTGATGAAGACTTTAACCTCTAGAGGCAACTCCAAAAGTATCTATGAAAAGGGTTCTAATATTCAAGATCACCAAAGAAACCATGCACATTTAACTAATTGTATTCATTTGAAGAATCACATTCA
CATGCAGAAATCAAAAATCATGTTGGATAAGCGCTGTTCAGTGGAGACCTCTCTTATGAAAGATTTGACCATTCTGCAAAGGTCACAATCGCTGAGGGACCCTTCTACAAGTCCATCATGGAATTCTCCTATCGTAGGATCATTGATGAAGAAGCTAGAAAATGATGGCGCATTTAAGAAGAAAAATCTTGGAGGTATGA
ATCCTATGGGTGGTGATTTTAGGAAAGGGCCAAGAAGTCCTCTAACTGCATCTCCCCTTTCTCAAAGTGACACATCAAGGAAAACAACAGGTATAGTAGGAGGAAGCAGTGTGAAAGGTTCAGTGGAAACTGATAGAAGACAAAGGAGAAGAAGGAAACTGATTGGGTATGGCCATGCAGATGGTAGGTTGAGACACATG
GAATTGAAAAGAAATGGGAGGAGGAAGGGATTGACTCGTGAAAATTGGAGAAGTGACTCTGAGCTTGGAAGGAAGCCTAAAGCAAAGGACTTGTGTGGAAAAGATAGGCTGTCAAGGGATGAATTTCGTCCTGAAGGGATAATGGAACCTCATGCAGATTTAAGGACATTACCTCCAAGAGGCATTAACAGGGATACTAA
AGACAATATGTCAAATAGTTTGGATGGTAAGTTAAAAAATAGAGCAGCAAAAGATCTCAAGGTTCATTCTCCGCACTTCTTTCAAAGTAATGAGTGCATAAGGAAAGATAGAATCTGTGATGAAGATGCAGAGATAGGATCTCAGCCAAATTGTCCAGCAAGGGAATTGGATAAGTCAAAAAAATACAAGTTAAAAGGCA
TTAAAAGGTCCCATTTTTACATTCACAGAGAAGAAGGAGAGCATTGTGGGCCTTTATCAGTTTCAGTCGCTTTGAACTCAGGTAGTAGTGGTGGGATAAGTAACAAATATTTTACATATTCACAGAAGACTGGACTTCAACCAGGAAGTGGGAGATCAACAGTCACTGATATTCCCAAAAAGGGCTGTGGGATTCCTTGG
AATTGGTCCAGAATACACGATAGAGGCAAAAGTATTTTGGATTTGGCAGGTAGGAGCCTCTCATGTGGGCTTTCAGATTCAGCCACTCGAAAAATTGAAGGTCTTGCATCACAAAGCTATCCCAGTTCTCAGATGGAGTTTTCTGCTGCATTAGAAACGTCTGATCATCCTGTTTCTTCTTTAGATTCAGATTCCGAGTC
TCTTCCCCTACTAATTGAACCTGGTGGGTCTCAGGAAAGTGCAGATACAGATACACAGGGAGGAATGCTTTCAGGTGAGCTAGATCTCTACGCTGACCATAAAATGGGTGTCAGACGAAATATTGACGTGGCTTCTGAAACAAGATCGATAGGTCATTTTGGACATGGACGAGATATTATGGGCAGTGGTTGCTTGAGAG
CTCAAGACAGGACTAGGAGCTTGTCTCAGAAGTATGTTCCAAAGACATTTGGAGAATTGGCAGGGCAAAATTTAGCAGCTCAGGCTCTTATGAATGCTATAGTGAGGGGAAAGATTGCCCCAGTTTATGTGTTCCATGGTCCTCAGGGAACAGGTAAAACATCATGTGCTAGAATATTTTCAGCAGCCATGAATTGCCAT
TCTCTGGATCAGTTGCGACCTTGTGGAATGTGTCGTTCATGTTTAGCTCAGAGTCTTGGTAATAGCTCAGATGTAAAAGAAATTTGTGGCATTGGCTCCCCAGCATTTGAGAGTTTTCAGATAGCCCTTGACAATGTGGTTACTTATTCCCCATCCTCTCGTTATGGAGTCTTTATAGTTGACAACTGTGATACTTTGGC
AAGTGATGACTGGAATAAATTCTCAAAAGTCCTTGATGAAATACCTTGGAATATAGTCTTTATTCTTACCACTTCAAATCTAGACCGCCTACCCCATACTATTCTATCCAGGTGCCAGAAATTTTTATTTCCTAAATTAAAAGAAATTGATATTGTGAACAAATTGCAGGCAATTGCATGGCAGGAAGGTCTAGAAATAG
ATAATGATGCATTAAATCTCATTGCATCAAGGTCAAATGGATCTATGCGTGACGCTGAAATGGCACTCGATCAATTGAGTCTTTTGGGGCGAAGAATATCTCTTTCTTTGGTCCAGGAACTAGTTGGGATGATTCCAGATGAGAAGTTGGTAGACTTGCTTGATTTAGCTTTGTCTGCGGATACTGTAAATACAGTGAAG
AGTTTAAGGGAAATCACAGAAGCAGGGGTGGAACCATTAGCCTTGATGTCACAGCTGGCAACATTAATAACTGATATTCTTGCAGGCAGTTGCAAACTGCATCGAGAAAGACACAAAAGAATGTTTTTTCACAAACAAACATTATCGAAAGAAGAGATGAATCGGTTGCGTCAGGCTCTCAGAACTCTCTCTGAGGCTGA
GAAACAACTTCTATTATCAAATGATAGAACGACATGGCTGACAGCTGCCATGCTTCAGCTTGCTCCAGATCCATCACATATATTTCATAATTCTTCTTCAGGAACTAGTGTCATTCAGAGCCCTGTAGCACATGCAAGGGAAAAGGAAAATGTAGACCAAGAAACAACAGGTATTAAATGGAACAATCTGGATAAGTATT
CCGAGCCTATGCAATCTGCAAAAGGCTCTCCTATTCTTGAAATTGATGTTTCCAGTAAGGAGTGTCTTCCTGCCAAGATATCAAGGGAATCCAGTTCATCCCATTATTTTGGTAGGGTGACTAAGAGTCAGCCTTTATCAGTTATGGCAGGAAAGAAAATCTCACCATCATCAGATGATAGCATGGACACTATGACTACT
GGTGATAAAGATTTACCAGTATATCCGTCCACTTATTCTGATGGGCTCTGTAAAGCACGCAGAAGGCAATTTGTCTGCACCAATCCAAATATCACAGTTCAGATGGAATCCCACGCAGATGAACATAAAACAAGACCAGAAGATTTTGGTTCTTCCATTCCACAAGCGCTACATTTATCTCTTGGCCATCAGGTTGAAGC
TCAAATAAACTCTGAGAAAGATATTCTTCAGTAAATGGAGATAAAGATGGATGGAGATCAAATGATCACAAAACATTTCGTTCCCATAATAAAGCTTCCTCAAGTGAGATTGTGGGGCCTGAATTAGTTCTTTCCTCTTGTCATGGATATGCTAGTAGCCAGGATATGGCATCAAGAGCCCATTCTGATGAAGAACGTCT
AGAAAGTGCATGGGTGCAGGAAGCTCAATCTTCTCCTCACATACCTATGTCAGGACAATCTCGTCCAGAGATGCATATGCTTACAAGAGAACAGGACCAGGCACAAACCATAAGTAAGAGTAAAGTTGCACATGGTTGTGCAAATCAGCAACCAGAAGTTAACAATGGATTCAATAAGAATCCACAACCTAATTACACAG
GAGGATCGTCCGAAGATGATTTGGGAGGGCATTTGCAGGCTAATACTTCGTCGGTTGCTTCTCAGGCAGGAATATCAATTGCTGAAAGAATTGAAGAAGAAAACTTAAGGCTTGAATCCAGATCTAGTGGAATTCTTTGTTGGAAAACACCGAAAATTGATAGTGGGAAGGCAAAACATTTAAATAGTCCAAGAAGGAGA
CCAAGGTTCTTTCAAAAACTCGTTCCTTGCGCAAAATGATGTATGTAGTTCACATTTTTTTAAATTTTTTTCATGCTTAACATGAGCATTGTATTGTATTACACGAAGTGTAATGTAAAAGAGAAACAATGATGAATATTTTAACTCTGGAAAAGATCACATTTTTGGAGGGAAAGACTGTTGTGTATAAGTGGGTATTT
ACCTGCTATACAACTCCATAGATTCCCAGCCTATCGGAGCCTTTACAATAGTGGGCTTTAACGTTCATTTTTTGATAATGACATGCTTGATGCAAGCAATATAATTGAATTTAAATTCCAAGTTCATGGGAGGTTTTGGTCAAAATGAAAGGAGACATTGTGCAAAATTATGGCCAAATAGTTGTTTGTCCTTCCACATG
GCCCTTCTCGTCTATCATGGTCCTCTACATAGGAACCCACACGCAAGTGGGCACAGAGCCCTTGCAGGTCTCAAAAACATTGGATATATTTCCTAGAAAACAGTTTTTGAAGATTCAGGAACTATTGCATATTAGGTTGTCGGGTTTCATTATTTCATAATGAGTTGTTTAAAGCCGGGGAGAAACAATGCATTTCTCAT
TTCCACTAATGCATTTCTTATG
>TRINITY_DN126832_c1_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGGGGCTCTGGACAGGAATCTTGGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGA
GCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTAATATTTGATTCGTTTTCGGCTCTTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATGCAGACGGCGCTTGCCAGACTCTCCTCCGATTAAACGCCGGGCATCTTGCTGTCAGTCTGTTTCAGTAACATGGACCGATGGATT
TGCAGGACATGCCCGACAGTTTTTTGTTATAAAACTAGCGCTTCGTACACAGTTCTAAGTTGGGTTTCCGGACAGGAATTTCGGAACTATTTGCATGAAAGAGGAAGGAAATGCATGCCACCGGAGGAAAAATGTTAAAGTGGGTCGAGGAAAAAATGTGCTAAATGAGCAGCTCTGTTATTTGCATTATGAAACATCTT
GTATCTTTGAATCGTTTTCGGCTTTGTACGATGCTTTTTGAGGAATTTGGCACTCAATATGGTTTTGCTCGACATAAAATAATGCGGATGGCCCTTTGCGAGTGCCCTACTTGCTCAGAATGGCAGAGTTAAACACTTCTAGGAATGGTCACCCTCTTTACATTGAGTAATTTCAATGGGTGATGGCTGAAACAAGATCA
TCCAGATGAAGCATTTGAAATTGGATCAACCATTGTATTCATATTCCCTATCTTAGAATTCAAGTATTTTGAGTAATAGACTGTGTGCTGTTTTCAAACTGTCAAGCTCAGGTAAACAGATTGAGATCTATGATTATCCCGCAGGACATCCAAATGATTATGTGTCCCTTTGATGAAATGAATTGTTTCTTACAAGTGAA
GGAAAATGATATCTATTCCATAGCAGATCACGTGACATTTGATGCCTGTTATACACATAAATAGATAGAAAATGGTGATGTTTAGTTTGTTCTTGGTCCTTTTGTGGCAGTGTGCCTAGCTTTTCATTGTCATGCTTGTAATATTTATCTGTCTGTCTTGGTCAGCTTCCACAAAATGCCTGTCATTTTCCTTATATCCA
CATGTTTTCATATTGTCCCCAGTTTTACCTTGAGATCTCTTAGAGCTGTACTCATTATAGCACAACTGGTTTACTTTGATGAAGACTTTAACCTCTAGAGGCAACTCCAAAAGTATCTATGAAAAGGGTTCTAATATTCAAGATCACCAAAGAAACCATGCACATTTAACTAATTGTATTCATTTGAAGAATCACATTCA
CATGCAGAAATCAAAAATCATGTTGGATAAGCGCTGTTCAGTGGAGACCTCTCTTATGAAAGATTTGACCATTCTGCAAAGGTCACAATCGCTGAGGGACCCTTCTACAAGTCCATCATGGAATTCTCCTATCGTAGGATCATTGATGAAGAAGCTAGAAAATGATGGCGCATTTAAGAAGAAAAATCTTGGAGGTATGA
ATCCTATGGGTGGTGATTTTAGGAAAGGGCCAAGAAGTCCTCTAACTGCATCTCCCCTTTCTCAAAGTGACACATCAAGGAAAACAACAGGTATAGTAGGAGGAAGCAGTGTGAAAGGTTCAGTGGAAACTGATAGAAGACAAAGGAGAAGAAGGAAACTGATTGGGTATGGCCATGCAGATGGTAGGTTGAGACACATG
GAATTGAAAAGAAATGGGAGGAGGAAGGGATTGACTCGTGAAAATTGGAGAAGTGACTCTGAGCTTGGAAGGAAGCCTAAAGCAAAGGACTTGTGTGGAAAAGATAGGCTGTCAAGGGATGAATTTCGTCCTGAAGGGATAATGGAACCTCATGCAGATTTAAGGACATTACCTCCAAGAGGCATTAACAGGGATACTAA
AGACAATATGTCAAATAGTTTGGATGGTAAGTTAAAAAATAGAGCAGCAAAAGATCTCAAGGTTCATTCTCCGCACTTCTTTCAAAGTAATGAGTGCATAAGGAAAGATAGAATCTGTGATGAAGATGCAGAGATAGGATCTCAGCCAAATTGTCCAGCAAGGGAATTGGATAAGTCAAAAAAATACAAGTTAAAAGGCA
TTAAAAGGTCCCATTTTTACATTCACAGAGAAGAAGGAGAGCATTGTGGGCCTTTATCAGTTTCAGTCGCTTTGAACTCAGGTAGTAGTGGTGGGATAAGTAACAAATATTTTACATATTCACAGAAGACTGGACTTCAACCAGGAAGTGGGAGATCAACAGTCACTGATATTCCCAAAAAGGGCTGTGGGATTCCTTGG
AATTGGTCCAGAATACACGATAGAGGCAAAAGTATTTTGGATTTGGCAGGTAGGAGCCTCTCATGTGGGCTTTCAGATTCAGCCACTCGAAAAATTGAAGGTCTTGCATCACAAAGCTATCCCAGTTCTCAGATGGAGTTTTCTGCTGCATTAGAAACGTCTGATCATCCTGTTTCTTCTTTAGATTCAGATTCCGAGTC
TCTTCCCCTACTAATTGAACCTGGTGGGTCTCAGGAAAGTGCAGATACAGATACACAGGGAGGAATGCTTTCAGGTGAGCTAGATCTCTACGCTGACCATAAAATGGGTGTCAGACGAAATATTGACGTGGCTTCTGAAACAAGATCGATAGGTCATTTTGGACATGGACGAGATATTATGGGCAGTGGTTGCTTGAGAG
CTCAAGACAGGACTAGGAGCTTGTCTCAGAAGTATGTTCCAAAGACATTTGGAGAATTGGCAGGGCAAAATTTAGCAGCTCAGGCTCTTATGAATGCTATAGTGAGGGGAAAGATTGCCCCAGTTTATGTGTTCCATGGTCCTCAGGGAACAGGTAAAACATCATGTGCTAGAATATTTTCAGCAGCCATGAATTGCCAT
TCTCTGGATCAGTTGCGACCTTGTGGAATGTGTCGTTCATGTTTAGCTCAGAGTCTTGGTAATAGCTCAGATGTAAAAGAAATTTGTGGCATTGGCTCCCCAGCATTTGAGAGTTTTCAGATAGCCCTTGACAATGTGGTTACTTATTCCCCATCCTCTCGTTATGGAGTCTTTATAGTTGACAACTGTGATACTTTGGC
AAGTGATGACTGGAATAAATTCTCAAAAGTCCTTGATGAAATACCTTGGAATATAGTCTTTATTCTTACCACTTCAAATCTAGACCGCCTACCCCATACTATTCTATCCAGGTGCCAGAAATTTTTATTTCCTAAATTAAAAGAAATTGATATTGTGAACAAATTGCAGGCAATTGCATGGCAGGAAGGTCTAGAAATAG
ATAATGATGCATTAAATCTCATTGCATCAAGGTCAAATGGATCTATGCGTGACGCTGAAATGGCACTCGATCAATTGAGTCTTTTGGGGCGAAGAATATCTCTTTCTTTGGTCCAGGAACTAGAAGAGAGGGATGCACCTGTGGACTAGAGAAAAAACGCATAAGCAAGAGAAACTACATCTCCTTTCATTTGATCCGTG
TGGAAGTAATCCTTGTCATAATCGGCATCCATCTTCATTATGCAGGTACGCTCAAGAGGTTGGGATGATTCCAGATGAGAAGTTGGTAGACTTGCTTGATTTAGCTTTGTCTGCGGATACTGTAAATACAGTGAAGAGTTTAAGGGAAATCACAGAAGCAGGGGTGGAACCATTAGCCTTGATGTCACAGCTGGCAACAT
TAATAACTGATATTCTTGCAGGCAGTTGCAAACTGCATCGAGAAAGACACAAAAGAATGTTTTTTCACAAACAAACATTATCGAAAGAAGAGATGAATCGGTTGCGTCAGGCTCTCAGAACTCTCTCTGAGGCTGAGAAACAACTTCTATTATCAAATGATAGAACGACATGGCTGACAGCTGCCATGCTTCAGCTTGCT
CCAGATCCATCACATATATTTCATAATTCTTCTTCAGGAACTAGTGTCATTCAGAGCCCTGTAGCACATGCAAGGGAAAAGGAAAATGTAGACCAAGAAACAACAGGTATTAAATGGAACAATCTGGATAAGTATTCCGAGCCTATGCAATCTGCAAAAGGCTCTCCTATTCTTGAAATTGATGTTTCCAGTAAGGAGTG
TCTTCCTGCCAAGATATCAAGGGAATCCAGTTCATCCCATTATTTTGGTAGGGTGACTAAGAGTCAGCCTTTATCAGTTATGGCAGGAAAGAAAATCTCACCATCATCAGATGATAGCATGGACACTATGACTACTGGTGATAAAGATTTACCAGTATATCCGTCCACTTATTCTGATGGGCTCTGTAAAGCACGCAGAA
GGCAATTTGTCTGCACCAATCCAAATATCACAGTTCAGATGGAATCCCACGCAGATGAACATAAAACAAGACCAGAAGATTTTGGTTCTTCCATTCCACAAGCGCTACATTTATCTCTTGGCCATCAGGTTGAAGCTCAAATAAACTCTGAGAAAGATATTCTTCAGgttggagttggtttcccagctgatcaatcagtc
gattcaaatactatccaaaatgttgtaattgattctagtaaatgcagattgcagcagtgtgactctgttactgatgccaaaatcactgcagTAAATGGAGATAAAGATGGATGGAGATCAAATGATCACAAAACATTTCGTTCCCATAATAAAGCTTCCTCAAGTGAGATTGTGGGGCCTGAATTAGTTCTTTCCTCTTG
TCATGGATATGCTAGTAGCCAGGATGTGGTACCAAGTGCCCATTCTGATCTCTTCTGCTCGCCTACCTGTACACTGCTCGCCTACCTGTACAAATGGTTCGAGGTCAAAAACCAGGATGGCATTTATGGTGCCGATTTAGATCTTCAACTGCAAATGGAACCTTGTCATCTATGTGGGGATTGACCATTTTCTATTCACA
TTTATGGTTACTGCACTGTTATTGTTTTGAGATCAATTTCCGGGATATGGTAGATTTAAGAGAATTGCCAGGAGTGACATGTTGAGACGTAATCCTTCTGATTGTCTACAGTAGCATCGTGAAGGCTCAGGAATTTTGAGGGAGGTTTACAAAGTTTCGGCTGCAGTGTATTGAATTTTTTGATAATCACCAGCAATGGA
GTAACCCTGTGCGGATTGAAAGCAATCTCTTGCTACTCTGTTCAATATCCGAGACCTCGAATAATCAAGTCGAACCTAAATTCGACTTCTACAACAACTATTTCTTTATTTCTTACTGGTTGCGGGTTCTCTGTCATGATCTGATATCGCCAATGGCCCGAAGTCAGAAGACAGCAATGGAATAATAATAAAAATGCAAC
TACGAGAATGAGGGTAGCATCGCAGATGCAAATTTTGTGCTTGAAAGGGCCATAGGTAAACTCGATGGAATTTCCAG
Intron 2 GTAATATTTT ... GAAGGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.86 | 6 | 6 | 3 |
| A2 | 100 | 0 | 0 | 1 |
| A3 | 60 | 3 | 1 | 8 |
| A4 | 39.93 | 4 | 3 | 2.3 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 53.19 | 11 | 11 | 14 |
| A7 | 42.86 | 16 | 17 | 7 |
| A8 | 47.04 | 12 | 11 | 10.3 |
| A9 | 50.65 | 19 | 22 | 17 |
| A10 | 55.14 | 8 | 16 | 3.7 |
>TRINITY_DN46055_c0_g1_i17 from sample A7 / Example spliced isoformATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACGCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTTGGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAA
GGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATGCAGACGGCGCTTGCCAGAACGATA
AGTTTAGCGTTTTACACTCAATGATCGGTGAAGTTGATCTTATTTAACGAGTTTGCAGCTGAAAATTTAAATTCTCTTGAAGAAAATTGCTTTCAGTAAATTTTAAGCATCCATTGCTTCTTCCGATGTGTCAACTTTGAATTTGAGCTTTCTGATGAACCATTGGGATTTCTCCGAACTCAGTGCATTAATTCGGAGCT
ATTTTTTATGCGATCGATGGAGATTGTATAAATGATCAAAAGCTTTTGGCTACTGCTCGCGCTGAATTTGAGTTTTAATTTCAGTTCAAAGTTTACTATTCTGAAATTTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTC
AGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATT
>TRINITY_DN46055_c0_g1_i15 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACGCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTTGGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAA
GGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATGCAGACGGCGCTTGCCAGgtaatat
tttcctcattaagcagtttgtttgatttcctttcagaaagttcataatgtcggatttgcgtttaaatgtgagcattccgagcgatatgtaattagattgaaggtgtttgaaggaacagAACGATAAGTTTAGCGTTTTACACTCAATGATCGGTGAAGTTGATCTTATTTAACGAGTTTGCAGCTGAAAATTTAAATTCT
CTTGAAGAAAATTGCTTTCAGTAAATTTTAAGGTGAAATTTGAGTTCTTGAAATTTTGAACTGCGAGGTTTGAGCTTTACTTTTGTTCCGAATCGGTTATGGCCGATTGAAGTGTTTTAAGCATTGTCATTCCATTGACCTTGTTTCGTTGATAAGTTAAAGTTTTAATCTGTCATTTCGG
Intron 3 GTAATTCCCA ... TTCAATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 3 | 0 | 3 |
| A2 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A3 | 0 | 4 | 1 | 0 |
| A4 | 50 | 2 | 1 | 2 |
| A5 | 100 | 0 | 0 | 2 |
| A6 | 50 | 12 | 0 | 12 |
| A7 | 53.13 | 15 | 2 | 17 |
| A8 | 51.43 | 17 | 2 | 18 |
| A9 | 40 | 12 | 3 | 8 |
| A10 | 53.33 | 14 | 0 | 16 |
>TRINITY_DN43013_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoformGGAGTTTAATATTTTGAAGTCCATATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACTCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTT
GGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATG
CAGACGGCGCTTGCCAGGTAATATTTTCCTCATTAAGCAGTTTGTTTGATTTCCTTTCAGAAAGTTCATAATGTCGGATTTGCGTTTAAATGTGAGCATTCCGAGCGATATGTAATTAGATTGAAGGTGTTTGAAGGAACAGAACGATAAGTTTAGCGTTTTACACTCAATGATCGGTGAAGTTGATCTTATTTAACGAG
TTTGCAGCTGAAAATTTAAATTCTCTTGAAGAAAATTGCTTTCAGTAAATTTTAAGTGTTAGCCGGCATTTGTGCTGGATTTGTGGTTTGGGATTCTTTGACGCCTTGTCGAGTTCGAGTTTTATTTTGAACCTTTACATCCATTGCTTCTTCCGATGTGTCAACTTTGAATTTGAGCTTTCTGATGAACCATTGGGATT
TCTCCGAACTCAGTGCATTAATTCGGAGCTATTTTTTATGCGATCGATGGAGATTGTATAAATGATCAAAAGCTTTTGGCTACTGCTCGCGCTGAATTTGAGTTTTAATTTCAGTTCAAAGTTTACTATTCTGAAATTTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAA
GTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATT
>TRINITY_DN43013_c0_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGAGTTTAATATTTTGAAGTCCATATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACTCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTT
GGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATG
CAGACGGCGCTTGCCAGGTAATATTTTCCTCATTAAGCAGTTTGTTTGATTTCCTTTCAGAAAGTTCATAATGTCGGATTTGCGTTTAAATGTGAGCATTCCGAGCGATATGTAATTAGATTGAAGGTGTTTGAAGGAACAGAACGATAAGTTTAGCGTTTTACACTCAATGATCGGTGAAGTTGATCTTATTTAACGAG
TTTGCAGCTGAAAATTTAAATTCTCTTGAAGAAAATTGCTTTCAGTAAATTTTAAGGTGAAATTTGAGTTCTTGAAATTTTGAACTGCGAGGTTTGAGCTTTACTTTTGTTCCGAATCGGTTATGGCCGATTGAAGTGTTTTAAGCATTGTCATTCCATTGACCTTGTTTCGTTGATAAGTTAAAGTTTTAATCTGTCAT
TTCGGCCAAGTTTGAAGATTTTGAACTTCTTTTGAAATTGCATTTAGCTTTTTTCTGGCTTAGGTAATGTTCAAAATATTTGTTTTCTTATTTTACGGTCATTTAGCTTTTTTCTGGCTTAGGTAATGTTCAAAATATTTGTTTTCTTATTTTACGGTCAGAATATGGCTAATGCTTTTTGATTCAACAGTGTTAGCCGG
CATTTGTGCTGGATTTGTGGTTTGGGATTCTTTGACGCCTTGTCGAGTTCGAGTTTTATTTTGAACCTTTAgtaattcccaatctgataaatatgctttcaagattttttattgggttaatctttgtgaatgatttgaaaattttatgtgttgttttttccgaatttgagctcctggcctttgtttcaatacagCATCCA
TTGCTTCTTCCGATGTGTCAACTTTGAATTTGAGCTTTCTGATGAACCATTGGGATTTCTCCGAACTCAGTGCATTAATTCGGAGCTATTTTTTATGCGATCGATGGAGATTGTATAAATGATCAAAAGCTTTTGGCTACTGCTCGCGCTGAATTTGAGTTTTAATTTCAGTTCAAAGTTTACTATTCTGAAATTTAAAG
TCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATT
Intron 4 GTAATATTTT ... AAATTTTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.5 | 10 | 6 | 6 |
| A2 | 0 | 12 | 0 | 0 |
| A3 | 5.26 | 9 | 1 | 0 |
| A4 | 26.32 | 7 | 3 | 2 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 21.37 | 46 | 11 | 14 |
| A7 | 27.82 | 48 | 17 | 20 |
| A8 | 24.62 | 49 | 11 | 21 |
| A9 | 21.74 | 63 | 22 | 13 |
| A10 | 27.27 | 40 | 16 | 14 |
>TRINITY_DN44123_c0_g1_i10 from sample A10 / Example spliced isoformGTTTAATATTTTGAAGTCCATATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACTCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTTGGA
GCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATGCAG
ACGGCGCTTGCCAGCATCCATTGCTTCTTCCGATGTGTCAACTTTGAATTTGAGCTTTCTGATGAACCATTGGGATTTCTCCGAACTCAGTGCATTAATTCGGAGCTATTTTTTATGCGATCGATGGAGATTGTATAAATGATCAAAAGCTTTTGGCTACTGCTCGCGCTGAATTTGAGTTTTAATTTCAGTTCAAAGTT
TACTATTCTGAAATTTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATT
>TRINITY_DN44123_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:GTTTAATATTTTGAAGTCCATATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACTCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTTGGA
GCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATGCAG
ACGGCGCTTGCCAGgtaatattttcctcattaagcagtttgtttgatttcctttcagaaagttcataatgtcggatttgcgtttaaatgtgagcattccgagcgatatgtaattagattgaaggtgtttgaaggaacagaacgataagtttagcgttttacactcaatgatcggtgaagttgatcttatttaacgagttt
gcagctgaaaatttaaattctcttgaagaaaattgctttcagtaaattttaagCATCCATTGCTTCTTCCGATGTGTCAACTTTGAATTTGAGCTTTCTGATGAACCATTGGGATTTCTCCGAACTCAGTGCATTAATTCGGAGCTATTTTTTATGCGATCGATGGAGATTGTATAAATGATCAAAAGCTTTTGGCTACT
GCTCGCGCTGAATTTGAGTTTTAATTTCAGTTCAAAGTTTACTATTCTGAAATTTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATT
Intron 5 GTAAACAGAT ... TCACATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.08 | 14 | 38 | 14 |
| A2 | 73.68 | 10 | 28 | 22 |
| A3 | 68.57 | 11 | 24 | 17 |
| A4 | 72.46 | 19 | 50 | 9 |
| A5 | 57.14 | 9 | 12 | 5 |
| A6 | 82.57 | 19 | 90 | 1 |
| A7 | 75.24 | 26 | 79 | 5 |
| A8 | 79.08 | 32 | 121 | 0 |
| A9 | 80.43 | 27 | 111 | 10 |
| A10 | 80.33 | 12 | 49 | 10 |
>TRINITY_DN126832_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGGGGCTCTGGACAGGAATCTTGGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGA
GCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTAATATTTGATTCGTTTTCGGCTCTTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATGCAGACGGCGCTTGCCAGACTCTCCTCCGATTAAACGCCGGGCATCTTGCTGTCAGTCTGTTTCAGTAACATGGACCGATGGATT
TGCAGGACATGCCCGACAGTTTTTTGTTATAAAACTAGCGCTTCGTACACAGTTCTAAGTTGGGTTTCCGGACAGGAATTTCGGAACTATTTGCATGAAAGAGGAAGGAAATGCATGCCACCGGAGGAAAAATGTTAAAGTGGGTCGAGGAAAAAATGTGCTAAATGAGCAGCTCTGTTATTTGCATTATGAAACATCTT
GTATCTTTGAATCGTTTTCGGCTTTGTACGATGCTTTTTGAGGAATTTGGCACTCAATATGGTTTTGCTCGACATAAAATAATGCGGATGGCCCTTTGCGAGTGCCCTACTTGCTCAGAATGGCAGAGTTAAACACTTCTAGGAATGGTCACCCTCTTTACATTGAGTAATTTCAATGGGTGATGGCTGAAACAAGATCA
TCCAGATGAAGCATTTGAAATTGGATCAACCATTGTATTCATATTCCCTATCTTAGAATTCAAGTATTTTGAGTAATAGACTGTGTGCTGTTTTCAAACTGTCAAGCTCAGAAATCAAAAATCATGTTGGATAAGCGCTGTTCAGTGGAGACCTCTCTTATGAAAGATTTGACCATTCTGCAAAGGTCACAATCGCTGAG
GGACCCTTCTACAAGTCCATCATGGAATTCTCCTATCGTAGGATCATTGATGAAGAAGCTAGAAAATGATGGCGCATTTAAGAAGAAAAATCTTGGAGGTATGAATCCTATGGGTGGTGATTTTAGGAAAGGGCCAAGAAGTCCTCTAACTGCATCTCCCCTTTCTCAAAGTGACACATCAAGGAAAACAACAGGTATAG
TAGGAGGAAGCAGTGTGAAAGGTTCAGTGGAAACTGATAGAAGACAAAGGAGAAGAAGGAAACTGATTGGGTATGGCCATGCAGATGGTAGGTTGAGACACATGGAATTGAAAAGAAATGGGAGGAGGAAGGGATTGACTCGTGAAAATTGGAGAAGTGACTCTGAGCTTGGAAGGAAGCCTAAAGCAAAGGACTTGTGT
GGAAAAGATAGGCTGTCAAGGGATGAATTTCGTCCTGAAGGGATAATGGAACCTCATGCAGATTTAAGGACATTACCTCCAAGAGGCATTAACAGGGATACTAAAGACAATATGTCAAATAGTTTGGATGGTAAGTTAAAAAATAGAGCAGCAAAAGATCTCAAGGTTCATTCTCCGCACTTCTTTCAAAGTAATGAGTG
CATAAGGAAAGATAGAATCTGTGATGAAGATGCAGAGATAGGATCTCAGCCAAATTGTCCAGCAAGGGAATTGGATAAGTCAAAAAAATACAAGTTAAAAGGCATTAAAAGGTCCCATTTTTACATTCACAGAGAAGAAGGAGAGCATTGTGGGCCTTTATCAGTTTCAGTCGCTTTGAACTCAGGTAGTAGTGGTGGGA
TAAGTAACAAATATTTTACATATTCACAGAAGACTGGACTTCAACCAGGAAGTGGGAGATCAACAGTCACTGATATTCCCAAAAAGGGCTGTGGGATTCCTTGGAATTGGTCCAGAATACACGATAGAGGCAAAAGTATTTTGGATTTGGCAGGTAGGAGCCTCTCATGTGGGCTTTCAGATTCAGCCACTCGAAAAATT
GAAGGTCTTGCATCACAAAGCTATCCCAGTTCTCAGATGGAGTTTTCTGCTGCATTAGAAACGTCTGATCATCCTGTTTCTTCTTTAGATTCAGATTCCGAGTCTCTTCCCCTACTAATTGAACCTGGTGGGTCTCAGGAAAGTGCAGATACAGATACACAGGGAGGAATGCTTTCAGGTGAGCTAGATCTCTACGCTGA
CCATAAAATGGGTGTCAGACGAAATATTGACGTGGCTTCTGAAACAAGATCGATAGGTCATTTTGGACATGGACGAGATATTATGGGCAGTGGTTGCTTGAGAGCTCAAGACAGGACTAGGAGCTTGTCTCAGAAGTATGTTCCAAAGACATTTGGAGAATTGGCAGGGCAAAATTTAGCAGCTCAGGCTCTTATGAATG
CTATAGTGAGGGGAAAGATTGCCCCAGTTTATGTGTTCCATGGTCCTCAGGGAACAGGTAAAACATCATGTGCTAGAATATTTTCAGCAGCCATGAATTGCCATTCTCTGGATCAGTTGCGACCTTGTGGAATGTGTCGTTCATGTTTAGCTCAGAGTCTTGGTAATAGCTCAGATGTAAAAGAAATTTGTGGCATTGGC
TCCCCAGCATTTGAGAGTTTTCAGATAGCCCTTGACAATGTGGTTACTTATTCCCCATCCTCTCGTTATGGAGTCTTTATAGTTGACAACTGTGATACTTTGGCAAGTGATGACTGGAATAAATTCTCAAAAGTCCTTGATGAAATACCTTGGAATATAGTCTTTATTCTTACCACTTCAAATCTAGACCGCCTACCCCA
TACTATTCTATCCAGGTGCCAGAAATTTTTATTTCCTAAATTAAAAGAAATTGATATTGTGAACAAATTGCAGGCAATTGCATGGCAGGAAGGTCTAGAAATAGATAATGATGCATTAAATCTCATTGCATCAAGGTCAAATGGATCTATGCGTGACGCTGAAATGGCACTCGATCAATTGAGTCTTTTGGGGCGAAGAA
TATCTCTTTCTTTGGTCCAGGAACTAGTTGGGATGATTCCAGATGAGAAGTTGGTAGACTTGCTTGATTTAGCTTTGTCTGCGGATACTGTAAATACAGTGAAGAGTTTAAGGGAAATCACAGAAGCAGGGGTGGAACCATTAGCCTTGATGTCACAGCTGGCAACATTAATAACTGATATTCTTGCAGGCAGTTGCAAA
CTGCATCGAGAAAGACACAAAAGAATGTTTTTTCACAAACAAACATTATCGAAAGAAGAGATGAATCGGTTGCGTCAGGCTCTCAGAACTCTCTCTGAGGCTGAGAAACAACTTCTATTATCAAATGATAGAACGACATGGCTGACAGCTGCCATGCTTCAGCTTGCTCCAGATCCATCACATATATTTCATAATTCTTC
TTCAGGAACTAGTGTCATTCAGAGCCCTGTAGCACATGCAAGGGAAAAGGAAAATGTAGACCAAGAAACAACAGGTATTAAATGGAACAATCTGGATAAGTATTCCGAGCCTATGCAATCTGCAAAAGGCTCTCCTATTCTTGAAATTGATGTTTCCAGTAAGGAGTGTCTTCCTGCCAAGATATCAAGGGAATCCAGTT
CATCCCATTATTTTGGTAGGGTGACTAAGAGTCAGCCTTTATCAGTTATGGCAGGAAAGAAAATCTCACCATCATCAGATGATAGCATGGACACTATGACTACTGGTGATAAAGATTTACCAGTATATCCGTCCACTTATTCTGATGGGCTCTGTAAAGCACGCAGAAGGCAATTTGTCTGCACCAATCCAAATATCACA
GTTCAGATGGAATCCCACGCAGATGAACATAAAACAAGACCAGAAGATTTTGGTTCTTCCATTCCACAAGCGCTACATTTATCTCTTGGCCATCAGGTTGAAGCTCAAATAAACTCTGAGAAAGATATTCTTCAGGTTGGAGTTGGTTTCCCAGCTGATCAATCAGTCGATTCAAATACTATCCAAAATGTTGTAATTGA
TTCTAGTAAATGCAGATTGCAGCAGTGTGACTCTGTTACTGATGCCAAAATCACTGCAGTAAATGGAGATAAAGATGGATGGAGATCAAATGATCACAAAACATTTCGTTCCCATAATAAAGCTTCCTCAAGTGAGATTGTGGGGCCTGAATTAGTTCTTTCCTCTTGTCATGGATATGCTAGTAGCCAGGATGTGGTAC
CAAGTGCCCATTCTGATCTCTTCTGCTCGCCTACCTGTACACTGCTCGCCTACCTGTACAAATGGTTCGAGGTCAAAAACCAGGATGGCATTTATGGTGCCGATTTAGATCTTCAACTGCAAATGGAACCTTGTCATCTATGTGGGGATTGACCATTTTCTATTCACATTTATGGTTACTGCACTGTTATTGTTTTGAGA
TCAATTTCCGGGATATGGTAGATTTAAGAGAATTGCCAGGAGTGACATGTTGAGACGTAATCCTTCTGATTGTCTACAGTAGCATCGTGAAGGCTCAGGAATTTTGAGGGAGGTTTACAAAGTTTCGGCTGCAGTGTATTGAATTTTTTGATAATCACCAGCAATGGAGTAACCCTGTGCGGATTGAAAGCAATCTCTTG
CTACTCTGTTCAATATCCGAGACCTCGAATAATCAAGTCGAACCTAAATTCGACTTCTACAACAACTATTTCTTTATTTCTTACTGGTTGCGGGTTCTCTGTCATGATCTGATATCGCCAATGGCCCGAAGTCAGAAGACAGCAATGGAATAATAATAAAAATGCAACTACGAGAATGAGGGTAGCATCGCAGATGCAAA
TTTTGTGCTTGAAAGGGCCATAGGTAAACTCGATGGAATTTCCAG
>TRINITY_DN126832_c1_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGGGGCTCTGGACAGGAATCTTGGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGA
GCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTAATATTTGATTCGTTTTCGGCTCTTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATGCAGACGGCGCTTGCCAGACTCTCCTCCGATTAAACGCCGGGCATCTTGCTGTCAGTCTGTTTCAGTAACATGGACCGATGGATT
TGCAGGACATGCCCGACAGTTTTTTGTTATAAAACTAGCGCTTCGTACACAGTTCTAAGTTGGGTTTCCGGACAGGAATTTCGGAACTATTTGCATGAAAGAGGAAGGAAATGCATGCCACCGGAGGAAAAATGTTAAAGTGGGTCGAGGAAAAAATGTGCTAAATGAGCAGCTCTGTTATTTGCATTATGAAACATCTT
GTATCTTTGAATCGTTTTCGGCTTTGTACGATGCTTTTTGAGGAATTTGGCACTCAATATGGTTTTGCTCGACATAAAATAATGCGGATGGCCCTTTGCGAGTGCCCTACTTGCTCAGAATGGCAGAGTTAAACACTTCTAGGAATGGTCACCCTCTTTACATTGAGTAATTTCAATGGGTGATGGCTGAAACAAGATCA
TCCAGATGAAGCATTTGAAATTGGATCAACCATTGTATTCATATTCCCTATCTTAGAATTCAAGTATTTTGAGTAATAGACTGTGTGCTGTTTTCAAACTGTCAAGCTCAGgtaaacagattgagatctatgattatcccgcaggacatccaaatgattatgtgtccctttgatgaaatgaattgtttcttacaagtgaa
ggaaaatgatatctattccatagcagatcacgtgacatttgatgcctgttatacacataaatagatagaaaatggtgatgtttagtttgttcttggtccttttgtggcagtgtgcctagcttttcattgtcatgcttgtaatatttatctgtctgtcttggtcagcttccacaaaatgcctgtcattttccttatatcca
catgttttcatattgtccccagttttaccttgagatctcttagagctgtactcattatagcacaactggtttactttgatgaagactttaacctctagaggcaactccaaaagtatctatgaaaagggttctaatattcaagatcaccaaagaaaccatgcacatttaactaattgtattcatttgaagaatcacattca
catgcagAAATCAAAAATCATGTTGGATAAGCGCTGTTCAGTGGAGACCTCTCTTATGAAAGATTTGACCATTCTGCAAAGGTCACAATCGCTGAGGGACCCTTCTACAAGTCCATCATGGAATTCTCCTATCGTAGGATCATTGATGAAGAAGCTAGAAAATGATGGCGCATTTAAGAAGAAAAATCTTGGAGGTATGA
ATCCTATGGGTGGTGATTTTAGGAAAGGGCCAAGAAGTCCTCTAACTGCATCTCCCCTTTCTCAAAGTGACACATCAAGGAAAACAACAGGTATAGTAGGAGGAAGCAGTGTGAAAGGTTCAGTGGAAACTGATAGAAGACAAAGGAGAAGAAGGAAACTGATTGGGTATGGCCATGCAGATGGTAGGTTGAGACACATG
GAATTGAAAAGAAATGGGAGGAGGAAGGGATTGACTCGTGAAAATTGGAGAAGTGACTCTGAGCTTGGAAGGAAGCCTAAAGCAAAGGACTTGTGTGGAAAAGATAGGCTGTCAAGGGATGAATTTCGTCCTGAAGGGATAATGGAACCTCATGCAGATTTAAGGACATTACCTCCAAGAGGCATTAACAGGGATACTAA
AGACAATATGTCAAATAGTTTGGATGGTAAGTTAAAAAATAGAGCAGCAAAAGATCTCAAGGTTCATTCTCCGCACTTCTTTCAAAGTAATGAGTGCATAAGGAAAGATAGAATCTGTGATGAAGATGCAGAGATAGGATCTCAGCCAAATTGTCCAGCAAGGGAATTGGATAAGTCAAAAAAATACAAGTTAAAAGGCA
TTAAAAGGTCCCATTTTTACATTCACAGAGAAGAAGGAGAGCATTGTGGGCCTTTATCAGTTTCAGTCGCTTTGAACTCAGGTAGTAGTGGTGGGATAAGTAACAAATATTTTACATATTCACAGAAGACTGGACTTCAACCAGGAAGTGGGAGATCAACAGTCACTGATATTCCCAAAAAGGGCTGTGGGATTCCTTGG
AATTGGTCCAGAATACACGATAGAGGCAAAAGTATTTTGGATTTGGCAGGTAGGAGCCTCTCATGTGGGCTTTCAGATTCAGCCACTCGAAAAATTGAAGGTCTTGCATCACAAAGCTATCCCAGTTCTCAGATGGAGTTTTCTGCTGCATTAGAAACGTCTGATCATCCTGTTTCTTCTTTAGATTCAGATTCCGAGTC
TCTTCCCCTACTAATTGAACCTGGTGGGTCTCAGGAAAGTGCAGATACAGATACACAGGGAGGAATGCTTTCAGGTGAGCTAGATCTCTACGCTGACCATAAAATGGGTGTCAGACGAAATATTGACGTGGCTTCTGAAACAAGATCGATAGGTCATTTTGGACATGGACGAGATATTATGGGCAGTGGTTGCTTGAGAG
CTCAAGACAGGACTAGGAGCTTGTCTCAGAAGTATGTTCCAAAGACATTTGGAGAATTGGCAGGGCAAAATTTAGCAGCTCAGGCTCTTATGAATGCTATAGTGAGGGGAAAGATTGCCCCAGTTTATGTGTTCCATGGTCCTCAGGGAACAGGTAAAACATCATGTGCTAGAATATTTTCAGCAGCCATGAATTGCCAT
TCTCTGGATCAGTTGCGACCTTGTGGAATGTGTCGTTCATGTTTAGCTCAGAGTCTTGGTAATAGCTCAGATGTAAAAGAAATTTGTGGCATTGGCTCCCCAGCATTTGAGAGTTTTCAGATAGCCCTTGACAATGTGGTTACTTATTCCCCATCCTCTCGTTATGGAGTCTTTATAGTTGACAACTGTGATACTTTGGC
AAGTGATGACTGGAATAAATTCTCAAAAGTCCTTGATGAAATACCTTGGAATATAGTCTTTATTCTTACCACTTCAAATCTAGACCGCCTACCCCATACTATTCTATCCAGGTGCCAGAAATTTTTATTTCCTAAATTAAAAGAAATTGATATTGTGAACAAATTGCAGGCAATTGCATGGCAGGAAGGTCTAGAAATAG
ATAATGATGCATTAAATCTCATTGCATCAAGGTCAAATGGATCTATGCGTGACGCTGAAATGGCACTCGATCAATTGAGTCTTTTGGGGCGAAGAATATCTCTTTCTTTGGTCCAGGAACTAGTTGGGATGATTCCAGATGAGAAGTTGGTAGACTTGCTTGATTTAGCTTTGTCTGCGGATACTGTAAATACAGTGAAG
AGTTTAAGGGAAATCACAGAAGCAGGGGTGGAACCATTAGCCTTGATGTCACAGCTGGCAACATTAATAACTGATATTCTTGCAGGCAGTTGCAAACTGCATCGAGAAAGACACAAAAGAATGTTTTTTCACAAACAAACATTATCGAAAGAAGAGATGAATCGGTTGCGTCAGGCTCTCAGAACTCTCTCTGAGGCTGA
GAAACAACTTCTATTATCAAATGATAGAACGACATGGCTGACAGCTGCCATGCTTCAGCTTGCTCCAGATCCATCACATATATTTCATAATTCTTCTTCAGGAACTAGTGTCATTCAGAGCCCTGTAGCACATGCAAGGGAAAAGGAAAATGTAGACCAAGAAACAACAGGTATTAAATGGAACAATCTGGATAAGTATT
CCGAGCCTATGCAATCTGCAAAAGGCTCTCCTATTCTTGAAATTGATGTTTCCAGTAAGGAGTGTCTTCCTGCCAAGATATCAAGGGAATCCAGTTCATCCCATTATTTTGGTAGGGTGACTAAGAGTCAGCCTTTATCAGTTATGGCAGGAAAGAAAATCTCACCATCATCAGATGATAGCATGGACACTATGACTACT
GGTGATAAAGATTTACCAGTATATCCGTCCACTTATTCTGATGGGCTCTGTAAAGCACGCAGAAGGCAATTTGTCTGCACCAATCCAAATATCACAGTTCAGATGGAATCCCACGCAGATGAACATAAAACAAGACCAGAAGATTTTGGTTCTTCCATTCCACAAGCGCTACATTTATCTCTTGGCCATCAGGTTGAAGC
TCAAATAAACTCTGAGAAAGATATTCTTCAGGTTGGAGTTGGTTTCCCAGCTGATCAATCAGTCGATTCAAATACTATCCAAAATGTTGTAATTGATTCTAGTAAATGCAGATTGCAGCAGTGTGACTCTGTTACTGATGCCAAAATCACTGCAGTAAATGGAGATAAAGATGGATGGAGATCAAATGATCACAAAACAT
TTCGTTCCCATAATAAAGCTTCCTCAAGTGAGATTGTGGGGCCTGAATTAGTTCTTTCCTCTTGTCATGGATATGCTAGTAGCCAGGATATGGCATCAAGAGCCCATTCTGATGAAGAACGTCTAGAAAGTGCATGGGTGCAGGAAGCTCAATCTTCTCCTCACATACCTATGTCAGGACAATCTCGTCCAGAGATGCAT
ATGCTTACAAGAGAACAGGACCAGGCACAAACCATAAGTAAGAGTAAAGTTGCACATGGTTGTGCAAATCAGCAACCAGAAGTTAACAATGGATTCAATAAGAATCCACAACCTAATTACACAGGAGGATCGTCCGAAGATGATTTGGGAGGGCATTTGCAGGCTAATACTTCGTCGGTTGCTTCTCAGGCAGGAATATC
AATTGCTGAAAGAATTGAAGAAGAAAACTTAAGGCTTGAATCCAGATCTAGTGGAATTCTTTGTTGGAAAACACCGAAAATTGATAGTGGGAAGGCAAAACATTTAAATAGTCCAAGAAGGAGACCAAGGTTCTTTCAAAAACTCGTTCCTTGCGCAAAATGATGTATGTAGTTCACATTTTTTTAAATTTTTTTCATGC
TTAACATGAGCATTGTATTGTATTACACGAAGTGTAATGTAAAAGAGAAACAATGATGAATATTTTAACTCTGGAAAAGATCACATTTTTGGAGGGAAAGACTGTTGTGTATAAGTGGGTATTTACCTGCTATACAACTCCATAGATTCCCAGCCTATCGGAGCCTTTACAATAGTGGGCTTTAACGTTCATTTTTTGAT
AATGACATGCTTGATGCAAGCAATATAATTGAATTTAAATTCCAAGTTCATGGGAGGTTTTGGTCAAAATGAAAGGAGACATTGTGCAAAATTATGGCCAAATAGTTGTTTGTCCTTCCACATGGCCCTTCTCGTCTATCATGGTCCTCTACATAGGAACCCACACGCAAGTGGGCACAGAGCCCTTGCAGGTCTCAAAA
ACATTGGATATATTTCCTAGAAAACAGTTTTTGAAGATTCAGGAACTATTGCATATTAGGTTGTCGGGTTTCATTATTTCATAATGAGTTGTTTAAAGCCGGGGAGAAACAATGCATTTCTCATTTCCACTAATGCATTTCTTATG
Intron 6 GTGAAATTTG ... GATTCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 3 | 3 | 0 |
| A2 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A3 | 0 | 2 | 0 | 2 |
| A4 | 20 | 4 | 1 | 1 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 42.86 | 4 | 3 | 0 |
| A7 | 50 | 4 | 4 | 0 |
| A8 | 75 | 2 | 6 | 3 |
| A9 | 35.29 | 11 | 6 | 1 |
| A10 | 75 | 2 | 6 | 0 |
>TRINITY_DN43013_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoformGGAGTTTAATATTTTGAAGTCCATATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACTCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTT
GGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATG
CAGACGGCGCTTGCCAGGTAATATTTTCCTCATTAAGCAGTTTGTTTGATTTCCTTTCAGAAAGTTCATAATGTCGGATTTGCGTTTAAATGTGAGCATTCCGAGCGATATGTAATTAGATTGAAGGTGTTTGAAGGAACAGAACGATAAGTTTAGCGTTTTACACTCAATGATCGGTGAAGTTGATCTTATTTAACGAG
TTTGCAGCTGAAAATTTAAATTCTCTTGAAGAAAATTGCTTTCAGTAAATTTTAAGTGTTAGCCGGCATTTGTGCTGGATTTGTGGTTTGGGATTCTTTGACGCCTTGTCGAGTTCGAGTTTTATTTTGAACCTTTACATCCATTGCTTCTTCCGATGTGTCAACTTTGAATTTGAGCTTTCTGATGAACCATTGGGATT
TCTCCGAACTCAGTGCATTAATTCGGAGCTATTTTTTATGCGATCGATGGAGATTGTATAAATGATCAAAAGCTTTTGGCTACTGCTCGCGCTGAATTTGAGTTTTAATTTCAGTTCAAAGTTTACTATTCTGAAATTTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAA
GTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATT
>TRINITY_DN43013_c0_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGAGTTTAATATTTTGAAGTCCATATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACTCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTT
GGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATG
CAGACGGCGCTTGCCAGGTAATATTTTCCTCATTAAGCAGTTTGTTTGATTTCCTTTCAGAAAGTTCATAATGTCGGATTTGCGTTTAAATGTGAGCATTCCGAGCGATATGTAATTAGATTGAAGGTGTTTGAAGGAACAGAACGATAAGTTTAGCGTTTTACACTCAATGATCGGTGAAGTTGATCTTATTTAACGAG
TTTGCAGCTGAAAATTTAAATTCTCTTGAAGAAAATTGCTTTCAGTAAATTTTAAGgtgaaatttgagttcttgaaattttgaactgcgaggtttgagctttacttttgttccgaatcggttatggccgattgaagtgttttaagcattgtcattccattgaccttgtttcgttgataagttaaagttttaatctgtcat
ttcggccaagtttgaagattttgaacttcttttgaaattgcatttagcttttttctggcttaggtaatgttcaaaatatttgttttcttattttacggtcatttagcttttttctggcttaggtaatgttcaaaatatttgttttcttattttacggtcagaatatggctaatgctttttgattcaacagTGTTAGCCGG
CATTTGTGCTGGATTTGTGGTTTGGGATTCTTTGACGCCTTGTCGAGTTCGAGTTTTATTTTGAACCTTTAGTAATTCCCAATCTGATAAATATGCTTTCAAGATTTTTTATTGGGTTAATCTTTGTGAATGATTTGAAAATTTTATGTGTTGTTTTTTCCGAATTTGAGCTCCTGGCCTTTGTTTCAATACAGCATCCA
TTGCTTCTTCCGATGTGTCAACTTTGAATTTGAGCTTTCTGATGAACCATTGGGATTTCTCCGAACTCAGTGCATTAATTCGGAGCTATTTTTTATGCGATCGATGGAGATTGTATAAATGATCAAAAGCTTTTGGCTACTGCTCGCGCTGAATTTGAGTTTTAATTTCAGTTCAAAGTTTACTATTCTGAAATTTAAAG
TCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATT
Intron 7 GTGCCAGAAA ... TTGCATCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 77.5 | 9 | 38 | 24 |
| A2 | 54.55 | 15 | 11 | 25 |
| A3 | 72.55 | 7 | 17 | 20 |
| A4 | 60.49 | 16 | 25 | 24 |
| A5 | 100 | 0 | 17 | 14 |
| A6 | 75 | 2 | 6 | 6 |
| A7 | 72.41 | 4 | 9 | 12 |
| A8 | 61.9 | 4 | 7 | 6 |
| A9 | 66.67 | 8 | 17 | 15 |
| A10 | 52.38 | 10 | 13 | 9 |
>TRINITY_DN107928_c0_g2_i4 from sample A2 / Example spliced isoformTGTTAATCCTATTTTCTGTCCATCGCATTTGAAAATTGTTGGCCACTGCTGTTCTTGCAACAGACTCTCCTCCGATTAAACGCCGGGCATCTTGCTGTCAGTCTGTTTCAGTAACATGGACCGATGGATTTGCAGGACATGCCCGACAGTTTTTTGTTATAAAACTAGCGCTTCGTACACAGTTCTAAGTTGGGTTTCCG
GACAGGAATTTCGGAACTATTTGCATGAAAGAGGAAGGAAATGCATGCCACCGGAGGAAAAATGTTAAAGTGGGTCGAGGAAAAAATGTGCTAAATGAGCAGCTCTGTTATTTGCATTATGAAACATCTTGTATCTTTGAATCGTTTTCGGCTTTGTACGATGCTTTTTGAGGAATTTGGCACTCAATATGGTTTTGCTC
GACATAAAATAATGCGGATGGCCCTTTGCGAGTGCCCTACTTGCTCAGAATGGCAGAGTTAAACACTTCTAGGAATGGTCACCCTCTTTACATTGAGTAATTTCAATGGGTGATGGCTGAAACAAGATCATCCAGATGAAGCATTTGAAATTGGATCAACCATTGTATTCATATTCCCTATCTTAGAATTCAAGTATTTT
GAGTAATAGACTGTGTGCTGTTTTCAAACTGTCAAGCTCAGGTAAACAGATTGAGATCTATGATTATCCCGCAGGACATCCAAATGATTATGTGTCCCTTTGATGAAATGAATTGTTTCTTACAAGTGAAGGAAAATGATATCTATTCCATAGCAGATCACGTGACATTTGATGCCTGTTATACACATAAATAGATAGAA
AATGGTGATGTTTAGTTTGTTCTTGGTCCTTTTGTGGCAGTGTGCCTAGCTTTTCATTGTCATGCTTGTAATATTTATCTGTCTGTCTTGGTCAGCTTCCACAAAATGCCTGTCATTTTCCTTATATCCACATGTTTTCATATTGTCCCCAGTTTTACCTTGAGATCTCTTAGAGCTGTACTCATTATAGCACAACTGGT
TTACTTTGATGAAGACTTTAACCTCTAGAGGCAACTCCAAAAGTATCTATGAAAAGGGTTCTAATATTCAAGATCACCAAAGAAACCATGCACATTTAACTAATTGTATTCATTTGAAGAATCACATTCACATGCAGAAATCAAAAATCATGTTGGATAAGCGCTGTTCAGTGGAGACCTCTCTTATGAAAGATTTGACC
ATTCTGCAAAGGTCACAATCGCTGAGGGACCCTTCTACAAGTCCATCATGGAATTCTCCTATCGTAGGATCATTGATGAAGAAGCTAGAAAATGATGGCGCATTTAAGAAGAAAAATCTTGGAGGTATGAATCCTATGGGTGGTGATTTTAGGAAAGGGCCAAGAAGTCCTCTAACTGCATCTCCCCTTTCTCAAAGTGA
CACATCAAGGAAAACAACAGGTATAGTAGGAGGAAGCAGTGTGAAAGGTTCAGTGGAAACTGATAGAAGACAAAGGAGAAGAAGGAAACTGATTGGGTATGGCCATGCAGATGGTAGGTTGAGACACATGGAATTGAAAAGAAATGGGAGGAGGAAGGGATTGACTCGTGAAAATTGGAGAAGTGACTCTGAGCTTGGAA
GGAAGCCTAAAGCAAAGGACTTGTGTGGAAAAGATAGGCTGTCAAGGGATGAATTTCGTCCTGAAGGGATAATGGAACCTCATGCAGATTTAAGGACATTACCTCCAAGAGGCATTAACAGGGATACTAAAGACAATATGTCAAATAGTTTGGATGGTAAGTTAAAAAATAGAGCAGCAAAAGATCTCAAGGTTCATTCT
CCGCACTTCTTTCAAAGTAATGAGTGCATAAGGAAAGATAGAATCTGTGATGAAGATGCAGAGATAGGATCTCAGCCAAATTGTCCAGCAAGGGAATTGGATAAGTCAAAAAAATACAAGTTAAAAGGCATTAAAAGGTCCCATTTTTACATTCACAGAGAAGAAGGAGAGCATTGTGGGCCTTTATCAGTTTCAGTCGC
TTTGAACTCAGGTAGTAGTGGTGGGATAAGTAACAAATATTTTACATATTCACAGAAGACTGGACTTCAACCAGGAAGTGGGAGATCAACAGTCACTGATATTCCCAAAAAGGGCTGTGGGATTCCTTGGAATTGGTCCAGAATACACGATAGAGGCAAAAGTATTTTGGATTTGGCAGGTAGGAGCCTCTCATGTGGGC
TTTCAGATTCAGCCACTCGAAAAATTGAAGGTCTTGCATCACAAAGCTATCCCAGTTCTCAGATGGAGTTTTCTGCTGCATTAGAAACGTCTGATCATCCTGTTTCTTCTTTAGATTCAGATTCCGAGTCTCTTCCCCTACTAATTGAACCTGGTGGGTCTCAGGAAAGTGCAGATACAGATACACAGGGAGGAATGCTT
TCAGGTGAGCTAGATCTCTACGCTGACCATAAAATGGGTGTCAGACGAAATATTGACGTGGCTTCTGAAACAAGATCGATAGGTCATTTTGGACATGGACGAGATATTATGGGCAGTGGTTGCTTGAGAGCTCAAGACAGGACTAGGAGCTTGTCTCAGAAGTATGTTCCAAAGACATTTGGAGAATTGGCAGGGCAAAA
TTTAGCAGCTCAGGCTCTTATGAATGCTATAGTGAGGGGAAAGATTGCCCCAGTTTATGTGTTCCATGGTCCTCAGGGAACAGGTAAAACATCATGTGCTAGAATATTTTCAGCAGCCATGAATTGCCATTCTCTGGATCAGTTGCGACCTTGTGGAATGTGTCGTTCATGTTTAGCTCAGAGTCTTGGTAATAGCTCAG
ATGTAAAAGAAATTTGTGGCATTGGCTCCCCAGCATTTGAGAGTTTTCAGATAGCCCTTGACAATGTGGTTACTTATTCCCCATCCTCTCGTTATGGAGTCTTTATAGTTGACAACTGTGATACTTTGGCAAGTGATGACTGGAATAAATTCTCAAAAGTCCTTGATGAAATACCTTGGAATATAGTCTTTATTCTTACC
ACTTCAAATCTAGACCGCCTACCCCATACTATTCTATCCAGGTCAAATGGATCTATGCGTGACGCTGAAATGGCACTCGATCAATTGAGTCTTTTGGGGCGAAGAATATCTCTTTCTTTGGTCCAGGAACTAGTTGGGATGATTCCAGATGAGAAGTTGGTAGACTTGCTTGATTTAGCTTTGTCTGCGGATACTGTAAA
TACAGTGAAGAGTTTAAGGGAAATCACAGAAGCAGGGGTGGAACCATTAGCCTTGATGTCACAGCTGGCAACATTAATAACTGATATTCTTGCAGGCAGTTGCAAACTGCATCGAGAAAGACACAAAAGAATGTTTTTTCACAAACAAACATTATCGAAAGAAGAGATGAATCGGTTGCGTCAGGCTCTCAGAACTCTCT
CTGAGGCTGAGAAACAACTTCTATTATCAAATGATAGAACGACATGGCTGACAGCTGCCATGCTTCAGCTTGCTCCAGATCCATCACATATATTTCATAATTCTTCTTCAGGAACTAGTGTCATTCAGAGCCCTGTAGCACATGCAAGGGAAAAGGAAAATGTAGACCAAGAAACAACAGGTATTAAATGGAACAATCTG
GATAAGTATTCCGAGCCTATGCAATCTGCAAAAGGCTCTCCTATTCTTGAAATTGATGTTTCCAGTAAGGAGTGTCTTCCTGCCAAGATATCAAGGGAATCCAGTTCATCCCATTATTTTGGTAGGGTGACTAAGAGTCAGCCTTTATCAGTTATGGCAGGAAAGAAAATCTCACCATCATCAGATGATAGCATGGACAC
TATGACTACTGGTGATAAAGATTTACCAGTATATCCGTCCACTTATTCTGATGGGCTCTGTAAAGCACGCAGAAGGCAATTTGTCTGCACCAATCCAAATATCACAGTTCAGATGGAATCCCACGCAGATGAACATAAAACAAGACCAGAAGATTTTGGTTCTTCCATTCCACAAGCGCTACATTTATCTCTTGGCCATC
AGGTTGAAGCTCAAATAAACTCTGAGAAAGATATTCTTCAG
>TRINITY_DN107928_c0_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:TGTTAATCCTATTTTCTGTCCATCGCATTTGAAAATTGTTGGCCACTGCTGTTCTTGCAACAGACTCTCCTCCGATTAAACGCCGGGCATCTTGCTGTCAGTCTGTTTCAGTAACATGGACCGATGGATTTGCAGGACATGCCCGACAGTTTTTTGTTATAAAACTAGCGCTTCGTACACAGTTCTAAGTTGGGTTTCCG
GACAGGAATTTCGGAACTATTTGCATGAAAGAGGAAGGAAATGCATGCCACCGGAGGAAAAATGTTAAAGTGGGTCGAGGAAAAAATGTGCTAAATGAGCAGCTCTGTTATTTGCATTATGAAACATCTTGTATCTTTGAATCGTTTTCGGCTTTGTACGATGCTTTTTGAGGAATTTGGCACTCAATATGGTTTTGCTC
GACATAAAATAATGCGGATGGCCCTTTGCGAGTGCCCTACTTGCTCAGAATGGCAGAGTTAAACACTTCTAGGAATGGTCACCCTCTTTACATTGAGTAATTTCAATGGGTGATGGCTGAAACAAGATCATCCAGATGAAGCATTTGAAATTGGATCAACCATTGTATTCATATTCCCTATCTTAGAATTCAAGTATTTT
GAGTAATAGACTGTGTGCTGTTTTCAAACTGTCAAGCTCAGGTAAACAGATTGAGATCTATGATTATCCCGCAGGACATCCAAATGATTATGTGTCCCTTTGATGAAATGAATTGTTTCTTACAAGTGAAGGAAAATGATATCTATTCCATAGCAGATCACGTGACATTTGATGCCTGTTATACACATAAATAGATAGAA
AATGGTGATGTTTAGTTTGTTCTTGGTCCTTTTGTGGCAGTGTGCCTAGCTTTTCATTGTCATGCTTGTAATATTTATCTGTCTGTCTTGGTCAGCTTCCACAAAATGCCTGTCATTTTCCTTATATCCACATGTTTTCATATTGTCCCCAGTTTTACCTTGAGATCTCTTAGAGCTGTACTCATTATAGCACAACTGGT
TTACTTTGATGAAGACTTTAACCTCTAGAGGCAACTCCAAAAGTATCTATGAAAAGGGTTCTAATATTCAAGATCACCAAAGAAACCATGCACATTTAACTAATTGTATTCATTTGAAGAATCACATTCACATGCAGAAATCAAAAATCATGTTGGATAAGCGCTGTTCAGTGGAGACCTCTCTTATGAAAGATTTGACC
ATTCTGCAAAGGTCACAATCGCTGAGGGACCCTTCTACAAGTCCATCATGGAATTCTCCTATCGTAGGATCATTGATGAAGAAGCTAGAAAATGATGGCGCATTTAAGAAGAAAAATCTTGGAGGTATGAATCCTATGGGTGGTGATTTTAGGAAAGGGCCAAGAAGTCCTCTAACTGCATCTCCCCTTTCTCAAAGTGA
CACATCAAGGAAAACAACAGGTATAGTAGGAGGAAGCAGTGTGAAAGGTTCAGTGGAAACTGATAGAAGACAAAGGAGAAGAAGGAAACTGATTGGGTATGGCCATGCAGATGGTAGGTTGAGACACATGGAATTGAAAAGAAATGGGAGGAGGAAGGGATTGACTCGTGAAAATTGGAGAAGTGACTCTGAGCTTGGAA
GGAAGCCTAAAGCAAAGGACTTGTGTGGAAAAGATAGGCTGTCAAGGGATGAATTTCGTCCTGAAGGGATAATGGAACCTCATGCAGATTTAAGGACATTACCTCCAAGAGGCATTAACAGGGATACTAAAGACAATATGTCAAATAGTTTGGATGGTAAGTTAAAAAATAGAGCAGCAAAAGATCTCAAGGTTCATTCT
CCGCACTTCTTTCAAAGTAATGAGTGCATAAGGAAAGATAGAATCTGTGATGAAGATGCAGAGATAGGATCTCAGCCAAATTGTCCAGCAAGGGAATTGGATAAGTCAAAAAAATACAAGTTAAAAGGCATTAAAAGGTCCCATTTTTACATTCACAGAGAAGAAGGAGAGCATTGTGGGCCTTTATCAGTTTCAGTCGC
TTTGAACTCAGGTAGTAGTGGTGGGATAAGTAACAAATATTTTACATATTCACAGAAGACTGGACTTCAACCAGGAAGTGGGAGATCAACAGTCACTGATATTCCCAAAAAGGGCTGTGGGATTCCTTGGAATTGGTCCAGAATACACGATAGAGGCAAAAGTATTTTGGATTTGGCAGGTAGGAGCCTCTCATGTGGGC
TTTCAGATTCAGCCACTCGAAAAATTGAAGGTCTTGCATCACAAAGCTATCCCAGTTCTCAGATGGAGTTTTCTGCTGCATTAGAAACGTCTGATCATCCTGTTTCTTCTTTAGATTCAGATTCCGAGTCTCTTCCCCTACTAATTGAACCTGGTGGGTCTCAGGAAAGTGCAGATACAGATACACAGGGAGGAATGCTT
TCAGGTGAGCTAGATCTCTACGCTGACCATAAAATGGGTGTCAGACGAAATATTGACGTGGCTTCTGAAACAAGATCGATAGGTCATTTTGGACATGGACGAGATATTATGGGCAGTGGTTGCTTGAGAGCTCAAGACAGGACTAGGAGCTTGTCTCAGAAGTATGTTCCAAAGACATTTGGAGAATTGGCAGGGCAAAA
TTTAGCAGCTCAGGCTCTTATGAATGCTATAGTGAGGGGAAAGATTGCCCCAGTTTATGTGTTCCATGGTCCTCAGGGAACAGGTAAAACATCATGTGCTAGAATATTTTCAGCAGCCATGAATTGCCATTCTCTGGATCAGTTGCGACCTTGTGGAATGTGTCGTTCATGTTTAGCTCAGAGTCTTGGTAATAGCTCAG
ATGTAAAAGAAATTTGTGGCATTGGCTCCCCAGCATTTGAGAGTTTTCAGATAGCCCTTGACAATGTGGTTACTTATTCCCCATCCTCTCGTTATGGAGTCTTTATAGTTGACAACTGTGATACTTTGGCAAGTGATGACTGGAATAAATTCTCAAAAGTCCTTGATGAAATACCTTGGAATATAGTCTTTATTCTTACC
ACTTCAAATCTAGACCGCCTACCCCATACTATTCTATCCAGgtgccagaaatttttatttcctaaattaaaagaaattgatattgtgaacaaattgcaggcaattgcatggcaggaaggtctagaaatagataatgatgcattaaatctcattgcatcaagGTCAAATGGATCTATGCGTGACGCTGAAATGGCACTCGA
TCAATTGAGTCTTTTGGGGCGAAGAATATCTCTTTCTTTGGTCCAGGAACTAGTTGGGATGATTCCAGATGAGAAGTTGGTAGACTTGCTTGATTTAGCTTTGTCTGCGGATACTGTAAATACAGTGAAGAGTTTAAGGGAAATCACAGAAGCAGGGGTGGAACCATTAGCCTTGATGTCACAGCTGGCAACATTAATAA
CTGATATTCTTGCAGGCAGTTGCAAACTGCATCGAGAAAGACACAAAAGAATGTTTTTTCACAAACAAACATTATCGAAAGAAGAGATGAATCGGTTGCGTCAGGCTCTCAGAACTCTCTCTGAGGCTGAGAAACAACTTCTATTATCAAATGATAGAACGACATGGCTGACAGCTGCCATGCTTCAGCTTGCTCCAGAT
CCATCACATATATTTCATAATTCTTCTTCAGGAACTAGTGTCATTCAGAGCCCTGTAGCACATGCAAGGGAAAAGGAAAATGTAGACCAAGAAACAACAGGTATTAAATGGAACAATCTGGATAAGTATTCCGAGCCTATGCAATCTGCAAAAGGCTCTCCTATTCTTGAAATTGATGTTTCCAGTAAGGAGTGTCTTCC
TGCCAAGATATCAAGGGAATCCAGTTCATCCCATTATTTTGGTAGGGTGACTAAGAGTCAGCCTTTATCAGTTATGGCAGGAAAGAAAATCTCACCATCATCAGATGATAGCATGGACACTATGACTACTGGTGATAAAGATTTACCAGTATATCCGTCCACTTATTCTGATGGGCTCTGTAAAGCACGCAGAAGGCAAT
TTGTCTGCACCAATCCAAATATCACAGTTCAGATGGAATCCCACGCAGATGAACATAAAACAAGACCAGAAGATTTTGGTTCTTCCATTCCACAAGCGCTACATTTATCTCTTGGCCATCAGGTTGAAGCTCAAATAAACTCTGAGAAAGATATTCTTCAGTAAATGGAGATAAAGATGGATGGAGATCAAATGATCACA
AAACATTTCGTTCCCATAATAAAGCTTCCTCAAGTGAGATTGTGGGGCCTGAATTAGTTCTTTCCTCTTGTCATGGATATGCTAGTAGCCAGGATATGGCATCAAGAGCCCATTCTGATGAAGAACGTCTAGAAAGTGCATGGGTGCAGGAAGCTCAATCTTCTCCTCACATACCTATGTCAGGACAATCTCGTCCAGAG
ATGCATATGCTTACAAGAGAACAGGACCAGGCACAAACCATAAGTAAGAGTAAAGTTGCACATGGTTGTGCAAATCAGCAACCAGAAGTTAACAATGGATTCAATAAGAATCCACAACCTAATTACACAGGAGGATCGTCCGAAGATGATTTGGGAGGGCATTTGCAGGCTAATACTTCGTCGGTTGCTTCTCAGGCAGG
AATATCAATTGCTGAAAGAATTGAAGAAGAAAACTTAAGGCTTGAATCCAGATCTAGTGGAATTCTTTGTTGGAAAACACCGAAAATTGATAGTGGGAAGGCAAAACATTTAAATAGTCCAAGAAGGAGACCAAGGTTCTTTCAAAAACTCGTTCCTTGCGCAAAATGATGTATGTAGTTCACATTTTTTTAAATTTTTT
TCATGCTTAACATGAGCATTGTATTGTATTACACGAAGTGTAATGTAAAAGAGAAACAATGATGAATATTTTAACTGTGGAAAAGATCACATTTTTGGAGGGAAAGACTGTTGTGTATAAGTGGGTATTTACCTGCTATACAACTCCATAGATTCCCAGCCTATCGGAGCCTTTACAATAGTGGGCTTTAACGTTCATTT
TTTGATAATGACATGCTTGATGCAAGCAATATAATTGAATTTAAATTCCAAGTTCATGGGAGGTTTTGGTCAAAATGAAAGGAGACATTGTGCAAAATTATGGC
Intron 8 GTCATCCATT ... CTTGCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55.56 | 12 | 0 | 15 |
| A2 | 54 | 23 | 0 | 27 |
| A3 | 52.17 | 22 | 0 | 24 |
| A4 | 50 | 13 | 0 | 13 |
| A5 | 59.09 | 9 | 1 | 13 |
| A6 | 56.1 | 18 | 1 | 23 |
| A7 | 52.11 | 34 | 0 | 37 |
| A8 | 48.15 | 28 | 3 | 26 |
| A9 | 54.55 | 25 | 1 | 30 |
| A10 | 52.17 | 11 | 0 | 12 |
>TRINITY_DN43013_c0_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoformGGAGTTTAATATTTTGAAGTCCATATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACTCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTT
GGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATG
CAGACGGCGCTTGCCAGTATAATATTACAGACACCGAGATCTGACGGCAATAAAAGCCGAAAGAGTATCGCCGTCCGTTGCGTGCCACGTCGCGGAGAGCGGAGAGCTGTCATTCTGCTGCATCTTACTCTCCTCCGATTAAACGCCGGGCATCTTGCTGTCAGTCTGTTTCAGTAACATGGACCGATGGATTTGCAGGA
CATGCCCGACAGTTTTTTGTTATAAAACTAGCGCTTCGTACACAGTTCTAAGTTGGGTTTCCGGACAGGAATTTCGGAACTATTTGCATGAAAGAGGAAGGAAATGCATGCCACCGGAGGAAAAATGTTAAAGTGGGTCGAGGAAAAAATGTGCTAAATGAGCAGCTCTGTTATTTGCATTATGAAACATCTTGTATCTT
TGAATCGTTTTCGGCTTTGTACGATGCTTTTTGAGGAATTTGGCACTCAATATGGTTTTGCTCGACATAAAATAATGCGGATGGCCCTTTGCGAGTGCCCTACTTGCTCAGAATGGCAGAGTTAAACACTTCTAGGAATGGTCACCCTCTTTACATTGAGTAATTTCAATGGGTGATGGCTGAAACAAGATCATCCAGAT
GAAGCATTTGAAATTGGATCAACCATTGTATTCATATTCCCTATCTTAGAATTCAAGTATTTTGAGTAATAGACTGTGTGCTGTTTTCAAACTGTCAAGCTCAGGTAAACAGATTGAGATCTATGATTATCCCGCAGGACATCCAAATGATTATGTGTCCCTTTGATGAAATGAATTGTTTCTTACAAGTGAAGGAAAAT
GATATCTATTCCATAGCAGATCATGTGACATTTGATGCCTGTTATACACATAAATAGATAGAAAATGGTGATGTTTAGTTTGTTCTTGGTCCTTTTGTGGCAGTGTGCCTAGCTTTTCATTGTCATGCTTGTAATATTTATCTGTCTGTCTTGGTCAGCTTCCACAAAATGCCTGTCATTTTCCTTATATCCACATGTTT
TCATATTGTCCCCAGTTTTACCTTGAGATCTCTTAGAGCTGTACTCATTATAGCACAACTGGTTTACTTTGATGAAGACTTTAACCTCTAGAGGCAACTCCAAAAGTATCTATGAAAAGGGTTCTAATATTCAAGATCACCAAAGAAACCATGCACATTTAACTAATTGTATTCATTTGAAGAATCACATTCACATGCAG
AAATCAAAAATCATGTTGGATAAGCGCTGTTCAGTGGAGACCTCTCTTATGAAAGATTTGACCATTCTGCAAAGGTCACAATCGCTGAGGGACCCTTCTACAAGTCCATCATGGAATTCTCCTATCGTAGGATCATTGATGAAGAAGCTAGAAAATGATGGCGCATTTAAGAAGAAAAATCTTGGAGGTATGAATCCTAT
GGGTGGTGATTTTAGGAAAGGGCCAAGAAGTCCTCTAACTGCATCTCCCCTTTCTCAAAGTGACACATCAAGGAAAACAACAGGTATAGTAGGAGGAAGCAGTGTGAAAGGTTCAGTGGAAACTGATAGAAGACAAAGGAGAAGAAGGAAACTGATTGGGTATGGCCATGCAGATGGTAGGTTGAGACACATGGAATTGA
AAAGAAATGGGAGGAGGAAGGGATTGACTCGTGAAAATTGGAGAAGTGACTCTGAGCTTGGAAGGAAGCCTAAAGCAAAGGACTTGTGTGGAAAAGATAGGCTGTCAAGGGATGAATTTCGTCCTGAAGGGATAATGGAACCTCATGCAGATTTAAGGACATTACCTCCAAGAGGCATTAACAGGGATACTAAAGACAAT
ATGTCAAATAGTTTGGATGGTAAGTTAAAAAATAGAGCAGCAAAAGATCTCAAGGTTCATTCTCCGCACTTCTTTCAAAGTAATGAGTGCATAAGGAAAGATAGAATCTGTGATGAAGATGCAGAGATAGGATCTCAGCCAAATTGTCCAGCAAGGGAATTGGATAAGTCAAAAAAATACAAGTTAAAAGGCATTAAAAG
GTCCCATTTTTACATTCACAGAGAAGAAGGAGAGCATTGTGGGCCTTTATCAGTTTCAGTCGCTTTGAACTCAGGTAGTAGTGGTGGGATAAGTAACAAATATTTTACATATTCACAGAAGACTGGACTTCAACCAGGAAGTGGGAGATCAACAGTCACTGATATTCCCAAAAAGGGCTGTGGGATTCCTTGGAATTGGT
CCAGAATACACGATAGAGGCAAAAGTATTTTGGATTTGGCAGGTAGGAGCCTCTCATGTGGGCTTTCAGATTCAGCCACTCGAAAAATTGAAGGTCTTGCATCACAAAGCTATCCCAGTTCTCAGATGGAGTTTTCTGCTGCATTAGAAACGTCTGATCATCCTGTTTCTTCTTTAGATTCAGATTCCGAGTCTCTTCCC
CTACTAATTGAACCTGGTGGGTCTCAGGAAAGTGCAGATACAGATACACAGGGAGGAATGCTTTCAGGTGAGCTAGATCTCTACGCTGACCATAAAATGGGTGTCAGACGAAATATTGACGTGGCTTCTGAAACAAGATCGATAGGTCATTTTGGACATGGACGAGATATTATGGGCAGTGGTTGCTTGAGAGCTCAAGA
CAGGACTAGGAGCTTGTCTCAGAAGTATGTTCCAAAGACATTTGGAGAATTGGCAGGGCAAAATTTAGCAGCTCAGGCTCTTATGAATGCTATAGTGAGGGGAAAGATTGCCCCAGTTTATGTGTTCCATGGTCCTCAGGGAACAGGTAAAACATCATGTGCTAGAATATTTTCAGCAGCCATGAATTGCCATTCTCTGG
ATCAGTTGCGACCTTGTGGAATGTGTCGTTCATGTTTAGCTCAGAGTCTTGGTAATAGCTCAGATGTAAAAGAAATTTGTGGCATTGGCTCCCCAGCATTTGAGAGTTTTCAGATAGCCCTTGACAATGTGGTTACTTATTCCCCATCCTCTCGTTATGGAGTCTTTATAGTTGACAACTGTGATACTTTGGCAAGTGAT
GACTGGAATAAATTCTCAAAAGTCCTTGATGAAATACCTTGGAATATAGTCTTTATTCTTACCACTTCAAATCTAGACCGCCTACCCCATACTATTCTATCCAGGTGCCAGAAATTTTTATTTCCTAAATTAAAAGAAATTGATATTGTGAACAAATTGCAGGCAATTGCATGGCAGGAAGGTCTAGAAATAGATAATGA
TGCATTAAATCTCATTGCATCAAGGTCAAATGGATCTATGCGTGACGCTGAAATGGCACTCGATCAATTGAGTCTTTTGGGGCGAAGAATATCTCTTTCTTTGGTCCAGGAACTAGTTGGGATGATTCCAGATGAGAAGTTGGTAGACTTGCTTGATTTAGCTTTGTCTGCGGATACTGTAAATACAGTGAAGAGTTTAA
GGGAAATCACAGAAGCAGGGGTGGAACCATTAGCCTTGATGTCACAGCTGGCAACATTAATAACTGATATTCTTGCAGGCAGTTGCAAACTGCATCGAGAAAGACACAAAAGAATGTTTTTTCACAAACAAACATTATCGAAAGAAGAGATGAATCGGTTGCGTCAGGCTCTCAGAACTCTCTCTGAGGCTGAGAAACAA
CTTCTATTATCAAATGATAGAACGACATGGCTGACAGCTGCCATGCTTCAGCTTGCTCCAGATCCATCACATATATTTCATAATTCTTCTTCAGGAACTAGTGTCATTCAGAGCCCTGTAGCACATGCAAGGGAAAAGGAAAATGTAGACCAAGAAACAACAGGTATTAAATGGAACAATCTGGATAAGTATTCCGAGCC
TATGCAATCTGCAAAAGGCTCTCCTATTCTTGAAATTGATGTTTCCAGTAAGGAGTGTCTTCCTGCCAAGATATCAAGGGAATCCAGTTCATCCCATTATTTTGGTAGGGTGACTAAGAGTCAGCCTTTATCAGTTATGGCAGGAAAGAAAATCTCACCATCATCAGATGATAGCATGGACACTATGACTACTGGTGATA
AAGATTTACCAGTATATCCGTCCACTTATTCTGATGGGCTCTGTAAAGCACGCAGAAGGCAATTTGTCTGCACCAATCCAAATATCACAGTTCAGATGGAATCCCACGCAGATGAACATAAAACAAGACCAGAAGATTTTGGTTCTTCCATTCCACAAGCGCTACATTTATCTCTTGGCCATCAGGTTGAAGCTCAAATA
AACTCTGAGAAAGATATTCTTCAGGTTGGAGTTGGTTTCCCAGCTGATCAATCAGTCGATTCAAATACTATCCAAAATGTTGTAATTGATTCTAGTAAATGCAGATTGCAGCAGTGTGACTCTGTTACTGATGCCAAAATCACTGCAGTAAATGGAGATAAAGATGGATGGAGATCAAATGATCACAAAACATTTCGTTC
CCATAATAAAGCTTCCTCAAGTGAGATTGTGGGGCCTGAATTAGTTCTTTCCTCTTGTCATGGATATGCTAGTAGCCAGGATATGGCATCAAGAGCCCATTCTGATGAAGAACGTCTAGAAAGTGCATGGGTGCAGGAAGCTCAATCTTCTCCTCACATACCTATGTCAGGACAATCTCGTCCAGAGATGCATATGCTTA
CAAGAGAACAGGACCAGGCACAAACCATAAGTAAGAGTAAAGTTGCACATGGTTGTGCAAATCAGCAACCAGAAGTTAACAATGGATTCAATAAGAATCCACAACCTAATTACACAGGAGGATCGTCCGAAGATGATTTGGGAGGGCATTTGCAGGCTAATACTTCGTCGGTTGCTTCTCAGGCAGGAATATCAATTGCT
GAAAGAATTGAAGAAGAAAACTTAAGGCTTGAATCCAGATCTAGTGGAATTCTTTGTTGGAAAACACCGAAAATTGATAGTGGGAAGGCAAAACATTTAAATAGTCCAAGAAGGAGACCAAGGTTCTTTCAAAAACTCGTTCCTTGCGCAAAATGATGTATGTAGTTCACATTTTTTTAAATTTTTTTCATGCTTAACAT
GAGCATTGTATTGTATTACACGAAGTGTAATGTAAAAGAGAAACAATGATGAATATTTTAACTCTGGAAAAGATCACATTTTTGGAGGGAAAGACTGTTGTGTATAAGTGGGTATTTACCTGCTATACAACTCCATAGATTCCCAGCCTATCGGAGCCTTTACAATAGTGGGCTTTAACGTTCATTTTTTGATAATGACA
TGCTTGATGCAAGCAATATAATTGAATTTAAATTCCAAGTTCATGGGAGGTTTTGGTCAAAATGAAAGGAGACATTGTGCAAAATTATGGCCAAATAGTTGTTTGTCCTTCCACATGGCCCTTCTCGTCTATCATGGTCCTCTACATAGGAACCCACACGCAAGTGGGCACAGAGCCCTTGCAGGTCTCAAAAACATTGG
ATATATTTCCTAGAAAACAGTTTTTGAAGATTCAGGAACTATTGCATATTAGGTTGTCGGGTTTCATTATTTCATAATGAGTTGTTTAAAGCCGGGGAGAAACAATGCATTTCTCATTTCCACTAATGCATTTCTTATGGCTGATTACCATATTGTTGATTATGGGAAATTTTAATTGGTAACTCAAAAATTTCTGTTAT
A
>TRINITY_DN43013_c0_g1_i16 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGAGTTTAATATTTTGAAGTCCATATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACTCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTT
GGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATG
CAGACGGCGCTTGCCAGTATAATATTACAGACACCGAGATCTGACGGCAATAAAAGCCGAAAGAGTATCGCCGTCCGTTGCGTGCCACGTCGCGGAGAGCGGAGAGCTGTCATTCTGCTGCATCTTgtcatccattttccctcaatcattttccttgattattgttattaatttatttgtgttattaattactattagtc
ataaaatgaattaattgttaatcctattttctgtccatcgcatttgaaaattgttggccactgctgttcttgcaacagACTCTCCTCCGATTAAACGCCGGGCATCTTGCTGTCAGTCTGTTTCAGTAACATGGACCGATGGATTTGCAGGACATGCCCGACAGTTTTTTGTTATAAAACTAGCGCTTCGTACACAGTTC
TAAGTTGGGTTTCCGGACAGGAATTTCGGAACTATTTGCATGAAAGAGGAAGGAAATGCATGCCACCGGAGGAAAAATGTTAAAGTGGGTCGAGGAAAAAATGTGCTAAATGAGCAGCTCTGTTATTTGCATTATGAAACATCTTGTATCTTTGAATCGTTTTCGGCTTTGTACGATGCTTTTTGAGGAATTTGGCACTC
AATATGGTTTTGCTCGACATAAAATAATGCGGATGGCCCTTTGCGAGTGCCCTACTTGCTCAGAATGGCAGAGTTAAACACTTCTAGGAATGGTCACCCTCTTTACATTGAGTAATTTCAATGGGTGATGGCTGAAACAAGATCATCCAGATGAAGCATTTGAAATTGGATCAACCATTGTATTCATATTCCCTATCTTA
GAATTCAAGTATTTTGAGTAATAGACTGTGTGCTGTTTTCAAACTGTCAAGCTCAGGTAAACAGATTGAGATCTATGATTATCCCGCAGGACATCCAAATGATTATGTGTCCCTTTGATGAAATGAATTGTTTCTTACAAGTGAAGGAAAATGATATCTATTCCATAGCAGATCATGTGACATTTGATGCCTGTTATACA
CATAAATAGATAGAAAATGGTGATGTTTAGTTTGTTCTTGGTCCTTTTGTGGCAGTGTGCCTAGCTTTTCATTGTCATGCTTGTAATATTTATCTGTCTGTCTTGGTCAGCTTCCACAAAATGCCTGTCATTTTCCTTATATCCACATGTTTTCATATTGTCCCCAGTTTTACCTTGAGATCTCTTAGAGCTGTACTCAT
TATAGCACAACTGGTTTACTTTGATGAAGACTTTAACCTCTAGAGGCAACTCCAAAAGTATCTATGAAAAGGGTTCTAATATTCAAGATCACCAAAGAAACCATGCACATTTAACTAATTGTATTCATTTGAAGAATCACATTCACATGCAGAAATCAAAAATCATGTTGGATAAGCGCTGTTCAGTGGAGACCTCTCTT
ATGAAAGATTTGACCATTCTGCAAAGGTCACAATCGCTGAGGGACCCTTCTACAAGTCCATCATGGAATTCTCCTATCGTAGGATCATTGATGAAGAAGCTAGAAAATGATGGCGCATTTAAGAAGAAAAATCTTGGAGGTATGAATCCTATGGGTGGTGATTTTAGGAAAGGGCCAAGAAGTCCTCTAACTGCATCTCC
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ACTCTGAGCTTGGAAGGAAGCCTAAAGCAAAGGACTTGTGTGGAAAAGATAGGCTGTCAAGGGATGAATTTCGTCCTGAAGGGATAATGGAACCTCATGCAGATTTAAGGACATTACCTCCAAGAGGCATTAACAGGGATACTAAAGACAATATGTCAAATAGTTTGGATGGTAAGTTAAAAAATAGAGCAGCAAAAGAT
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ATCAGTTTCAGTCGCTTTGAACTCAGGTAGTAGTGGTGGGATAAGTAACAAATATTTTACATATTCACAGAAGACTGGACTTCAACCAGGAAGTGGGAGATCAACAGTCACTGATATTCCCAAAAAGGGCTGTGGGATTCCTTGGAATTGGTCCAGAATACACGATAGAGGCAAAAGTATTTTGGATTTGGCAGGTAGGA
GCCTCTCATGTGGGCTTTCAGATTCAGCCACTCGAAAAATTGAAGGTCTTGCATCACAAAGCTATCCCAGTTCTCAGATGGAGTTTTCTGCTGCATTAGAAACGTCTGATCATCCTGTTTCTTCTTTAGATTCAGATTCCGAGTCTCTTCCCCTACTAATTGAACCTGGTGGGTCTCAGGAAAGTGCAGATACAGATACA
CAGGGAGGAATGCTTTCAGGTGAGCTAGATCTCTACGCTGACCATAAAATGGGTGTCAGACGAAATATTGACGTGGCTTCTGAAACAAGATCGATAGGTCATTTTGGACATGGACGAGATATTATGGGCAGTGGTTGCTTGAGAGCTCAAGACAGGACTAGGAGCTTGTCTCAGAAGTATGTTCCAAAGACATTTGGAGA
ATTGGCAGGGCAAAATTTAGCAGCTCAGGCTCTTATGAATGCTATAGTGAGGGGAAAGATTGCCCCAGTTTATGTGTTCCATGGTCCTCAGGGAACAGGTAAAACATCATGTGCTAGAATATTTTCAGCAGCCATGAATTGCCATTCTCTGGATCAGTTGCGACCTTGTGGAATGTGTCGTTCATGTTTAGCTCAGAGTC
TTGGTAATAGCTCAGATGTAAAAGAAATTTGTGGCATTGGCTCCCCAGCATTTGAGAGTTTTCAGATAGCCCTTGACAATGTGGTTACTTATTCCCCATCCTCTCGTTATGGAGTCTTTATAGTTGACAACTGTGATACTTTGGCAAGTGATGACTGGAATAAATTCTCAAAAGTCCTTGATGAAATACCTTGGAATATA
GTCTTTATTCTTACCACTTCAAATCTAGACCGCCTACCCCATACTATTCTATCCAGGTGCCAGAAATTTTTATTTCCTAAATTAAAAGAAATTGATATTGTGAACAAATTGCAGGCAATTGCATGGCAGGAAGGTCTAGAAATAGATAATGATGCATTAAATCTCATTGCATCAAGGTCAAATGGATCTATGCGTGACGC
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TGGCAACATTAATAACTGATATTCTTGCAGGCAGTTGCAAACTGCATCGAGAAAGACACAAAAGAATGTTTTTTCACAAACAAACATTATCGAAAGAAGAGATGAATCGGTTGCGTCAGGCTCTCAGAACTCTCTCTGAGGCTGAGAAACAACTTCTATTATCAAATGATAGAACGACATGGCTGACAGCTGCCATGCTT
CAGCTTGCTCCAGATCCATCACATATATTTCATAATTCTTCTTCAGGAACTAGTGTCATTCAGAGCCCTGTAGCACATGCAAGGGAAAAGGAAAATGTAGACCAAGAAACAACAGGTATTAAATGGAACAATCTGGATAAGTATTCCGAGCCTATGCAATCTGCAAAAGGCTCTCCTATTCTTGAAATTGATGTTTCCAG
TAAGGAGTGTCTTCCTGCCAAGATATCAAGGGAATCCAGTTCATCCCATTATTTTGGTAGGGTGACTAAGAGTCAGCCTTTATCAGTTATGGCAGGAAAGAAAATCTCACCATCATCAGATGATAGCATGGACACTATGACTACTGGTGATAAAGATTTACCAGTATATCCGTCCACTTATTCTGATGGGCTCTGTAAAG
CACGCAGAAGGCAATTTGTCTGCACCAATCCAAATATCACAGTTCAGATGGAATCCCACGCAGATGAACATAAAACAAGACCAGAAGATTTTGGTTCTTCCATTCCACAAGCGCTACATTTATCTCTTGGCCATCAGGTTGAAGCTCAAATAAACTCTGAGAAAGATATTCTTCAGGTTGGAGTTGGTTTCCCAGCTGAT
CAATCAGTCGATTCAAATACTATCCAAAATGTTGTAATTGATTCTAGTAAATGCAGATTGCAGCAGTGTGACTCTGTTACTGATGCCAAAATCACTGCAGTAAATGGAGATAAAGATGGATGGAGATCAAATGATCACAAAACATTTCGTTCCCATAATAAAGCTTCCTCAAGTGAGATTGTGGGGCCTGAATTAGTTCT
TTCCTCTTGTCATGGATATGCTAGTAGCCAGGATATGGCATCAAGAGCCCATTCTGATGAAGAACGTCTAGAAAGTGCATGGGTGCAGGAAGCTCAATCTTCTCCTCACATACCTATGTCAGGACAATCTCGTCCAGAGATGCATATGCTTACAAGAGAACAGGACCAGGCACAAACCATAAGTAAGAGTAAAGTTGCAC
ATGGTTGTGCAAATCAGCAACCAGAAGTTAACAATGGATTCAATAAGAATCCACAACCTAATTACACAGGAGGATCGTCCGAAGATGATTTGGGAGGGCATTTGCAGGCTAATACTTCGTCGGTTGCTTCTCAGGCAGGAATATCAATTGCTGAAAGAATTGAAGAAGAAAACTTAAGGCTTGAATCCAGATCTAGTGGA
ATTCTTTGTTGGAAAACACCGAAAATTGATAGTGGGAAGGCAAAACATTTAAATAGTCCAAGAAGGAGACCAAGGTTCTTTCAAAAACTCGTTCCTTGCGCAAAATGATGTATGTAGTTCACATTTTTTTAAATTTTTTTCATGCTTAACATGAGCATTGTATTGTATTACACGAAGTGTAATGTAAAAGAGAAACAATG
ATGAATATTTTAACTCTGGAAAAGATCACATTTTTGGAGGGAAAGACTGTTGTGTATAAGTGGGTATTTACCTGCTATACAACTCCATAGATTCCCAGCCTATCGGAGCCTTTACAATAGTGGGCTTTAACGTTCATTTTTTGATAATGACATGCTTGATGCAAGCAATATAATTGAATTTAAATTCCAAGTTCATGGGA
GGTTTTGGTCAAAATGAAAGGAGACATTGTGCAAAATTATGGCCAAATAGTTGTTTGTCCTTCCACATGGCCCTTCTCGTCTATCATGGTCCTCTACATAGGAACCCACACGCAAGTGGGCACAGAGCCCTTGCAGGTCTCAAAAACATTGGATATATTTCCTAGAAAACAGTTTTTGAAGATTCAGGAACTATTGCATA
TTAGGTTGTCGGGTTTCATTATTTCATAATGAGTTGTTTAAAGCCGGGGAGAAACAATGCATTTCTCATTTCCACTAATGCATTTCTTATGGCTGATTACCATATTGTTGATTATGGGAAATTTTAATTGGTAACTCAAAAATTTCTGTTATA
Intron 9 GTAATATTTT ... TTCAATACAG
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| A2 | 0 | 12 | 0 | 0 |
| A3 | 5.26 | 9 | 1 | 0 |
| A4 | 26.32 | 7 | 3 | 2 |
| A5 | 100 | 0 | 0 | 2 |
| A6 | 20 | 46 | 11 | 12 |
| A7 | 26.15 | 48 | 17 | 17 |
| A8 | 22.83 | 49 | 11 | 18 |
| A9 | 19.23 | 63 | 22 | 8 |
| A10 | 28.57 | 40 | 16 | 16 |
>TRINITY_DN46055_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoformATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACGCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTTGGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAA
GGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATGCAGACGGCGCTTGCCAGCATCCAT
TGCTTCTTCCGATGTGTCAACTTTGAATTTGAGCTTTCTGATGAACCATTGGGATTTCTCCGAACTCAGTGCATTAATTCGGAGCTATTTTTTATGCGATCGATGGAGATTGTATAAATGATCAAAAGCTTTTGGCTACTGCTCGCGCTGAATTTGAGTTTTAATTTCAGTTCAAAGTTTACTATTCTGAAATTTAAAGT
CGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATT
>TRINITY_DN46055_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACGCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTTGGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAA
GGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATGCAGACGGCGCTTGCCAGgtaatat
tttcctcattaagcagtttgtttgatttcctttcagaaagttcataatgtcggatttgcgtttaaatgtgagcattccgagcgatatgtaattagattgaaggtgtttgaaggaacagaacgataagtttagcgttttacactcaatgatcggtgaagttgatcttatttaacgagtttgcagctgaaaatttaaattct
cttgaagaaaattgctttcagtaaattttaagtgttagccggcatttgtgctggatttgtggtttgggattctttgacgccttgtcgagttcgagttttattttgaacctttagtaattcccaatctgataaatatgctttcaagattttttattgggttaatctttgtgaatgatttgaaaattttatgtgttgttttt
tccgaatttgagctcctggcctttgtttcaatacagCATCCATTGCTTCTTCCGATGTGTCAACTTTGAATTTGAGCTTTCTGATGAACCATTGGGATTTCTCCGAACTCAGTGCATTAATTCGGAGCTATTTTTTATGCGATCGATGGAGATTGTATAAATGATCAAAAGCTTTTGGCTACTGCTCGCGCTGAATTTGA
GTTTTAATTTCAGTTCAAAGTTTACTATTCTGAAATTTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATTATTTGATGTTTCAGATGTGAGATTGAGTGCTTTTATTAAAGTCGAGTTTACATTGATT
Intron 10 GTAATATTTT ... TTCAATACAG
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| A10 | 28.57 | 40 | 16 | 16 |
>TRINITY_DN43013_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoformGGAGTTTAATATTTTGAAGTCCATATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACTCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTT
GGAGCTATTTGCAAGAAAGCCGAAGGGAATGCATGCGATCGGAGGCAAAATGTTGGCGGATCACATAGAAAATGCACTAGATGAGCAGCTCTGTTGAGTGCATTATGAAAATCGTTTATATTTGATTCGTTTTCGGCTATTCAGGACACATTTATGAGGGATTTGGCATTCAATATGATTTCGTTCGGCATGAAGTAATG
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>TRINITY_DN43013_c0_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGAGTTTAATATTTTGAAGTCCATATAATGTTTTGACTGCTCCTTTTACTCTGCCTGTGCATCTTGCGTTACAAGGTTCAAATACTCCCAATCCGTTTCAGTTGCATGGACCGATGCATTTCCGGGACATTCCAAAAAGTTATTACTAACAAAACTGGCATTTCACACAATTCTAAGCTGAGGCTCTGGACAGGAATCTT
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CAGACGGCGCTTGCCAGgtaatattttcctcattaagcagtttgtttgatttcctttcagaaagttcataatgtcggatttgcgtttaaatgtgagcattccgagcgatatgtaattagattgaaggtgtttgaaggaacagaacgataagtttagcgttttacactcaatgatcggtgaagttgatcttatttaacgag
tttgcagctgaaaatttaaattctcttgaagaaaattgctttcagtaaattttaaggtgaaatttgagttcttgaaattttgaactgcgaggtttgagctttacttttgttccgaatcggttatggccgattgaagtgttttaagcattgtcattccattgaccttgtttcgttgataagttaaagttttaatctgtcat
ttcggccaagtttgaagattttgaacttcttttgaaattgcatttagcttttttctggcttaggtaatgttcaaaatatttgttttcttattttacggtcatttagcttttttctggcttaggtaatgttcaaaatatttgttttcttattttacggtcagaatatggctaatgctttttgattcaacagtgttagccgg
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