sp|Q8GZ99|HPCA1_ARATH ----> Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1

Intron 1 GTATTTGGTG ... TGGTGCCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.96	47	100	197
A2	85.27	19	90	130
A3	80.89	28	85	152
A4	78.4	27	65	131
A5	82.89	16	67	88
A6	80.93	45	122	260
A7	84.38	80	324	540
A8	76.68	116	267	496
A9	76.32	92	193	400
A10	84.44	70	292	468

>TRINITY_DN111387_c0_g1_i15 from sample A5 / Example spliced isoform

GCCACAAGCAATTAGAGAACAAGCAGGACTGAAGGCTTTGCTGTGAATTTACAGACGCGGGTGTGCTGAATCGGAACTTCTGTCCGGCATGAAATGACCAGGCAATTGGGAAATACACCATCCACATGGAAAGGTGGAGATTCTTGTGTGATGGAATTTCTTTCATCAGTTAGCGAATAACTTCATTGGATTTTTATTGT
ACAATCCAGGCTTGACAGGACTGATTCCCAGTAGTTTGGGTAATTTGCAACATCCTCAGACGTTGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTGGACACGAATTGTAATGATTTATCTGTAGCTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCC
AACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTT

>TRINITY_DN111387_c0_g1_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GCCACAAGCAATTAGAGAACAAGCAGGACTGAAGGCTTTGCTGTGAATTTACAGACGCGGGTGTGCTGAATCGGAACTTCTGTCCGGCATGAAATGACCAGgtatttggtgaatcaaggatgcattaagccactgtgcaatttgttagtctgctgaagcccaagttgttaatgatgcatttcaacgtgttgttgttggtg
ccaagGCAATTGGGAAATACACCATCCACATGGAAAGGTGGAGATTCTTGTGTGATGGAATTTCTTTCATCAGTTAGCGAATAACTTCATTGGATTTTTATTGTACAATCCAGGCTTGACAGGACTGATTCCCAGTAGTTTGGGTAATTTGCAACATCCTCAGACGTTGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCA
AGCTGCATAAGTTCATTACTCTGGACACGAATTGTAATGATTTATCTGTAGCTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTT

Intron 2 GTGGTTGAAG ... ATTGTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.27	99	25	35
A2	31.38	50.3	17	29
A3	31.05	53.3	9	39
A4	24.37	56.3	22	14
A5	27.7	31.3	5	19
A6	18.12	201.3	72	17
A7	17.37	300.7	114	12
A8	17.43	420.3	147	30
A9	17.48	253.3	75	32
A10	17.69	205.3	76	12

>TRINITY_DN48303_c3_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

TGCATTAAGCCACTGTGCAATTTGTTAGTCTGCTGAAGCCCAAGTTGTTAATGATGCATTTCAACGTGTTGTTGTTGGTGCAAAGGTAATTGGGAAATACACCATCCACATGGAAAGGTGGAGATTCTTGTGTGATGGAATTTCTTTCATCAGTTACCGAATAACTTCATTGGATTTTTATTGTACAATCCAGGCTTGAC
AGGACTGATTCCCAGTAGTTTGGGTAATTTGCAACATCCTCAGACGTTGCTGTAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTGTAAGTAAATGCTCCTAAAAAAACCCTTATTTTTATGAACAAGTACACTTTATGACATTGTGAACCGTTTTCGTTTTTGGTAGGGACACGA
ATTTTAATGATTTATCTGTAGGTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCTTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGC
CTTAAGGTAAAACATGTGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTAACCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGAT
TTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAAGGTTAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGGTCAGTTTACTAACTGTACTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTTCTTATTATGG
TATCTTAGAGATGAGTTTACAAGTGCAAGCGT

>TRINITY_DN48303_c3_g1_i18 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGTAAATGCTCCTAAAAAAACCCTTATTTTTATGAACAAGTACACTTTATGACATTGTGAACCGTTTTCGTTTTTGGTAGGGACACGAATTTTAATGATTTATCTGTAGGTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCTTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAA
GGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTgtggttgaagtatctacttcaaaggctggaaagcatgggcatgccaaatgccactttgtaggaattgacatctttagtggtaaaaagattgaagtattgtgccatcctcacacaactgcgataagtattatattttcttgagtataagtttttccttcgtgcaggaatatgtgttt
tatacgttgttacctttctaactggtgcttatatcgttgattgttaaagCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTGTAAGTATCCATGTTCATTGTGCTTAAAGGATTTAATTTACTTCAGAATAAACGATTTTGATGAAATTAG
ACCTTGAACATAGTGCCACTGTGTGCAGGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTAACCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAAT
TCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAAGGTTAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGGTCAGTTTACTAACTGTACTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATT
TCTTATTATGGTATCTTAGAGATGAGTTTACAAGTGCAAGCGT

Intron 3 GTAAGCATTT ... CTCGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.14	37.3	75.3	70.3
A2	59.46	40	62.5	50.5
A3	69.76	25.5	58.8	56.8
A4	62.81	28.3	49.5	44.5
A5	70.62	20.8	48.3	49.5
A6	54.37	58.3	65	67.3
A7	56.07	86.8	114.3	102.8
A8	53.61	111	134.3	111.8
A9	52.35	74	95	64.3
A10	45.49	73	67.8	54

>TRINITY_DN111387_c0_g1_i11 from sample A5 / Example spliced isoform

CGGGTATAATATACAAATTGACTGAATGAAGTCATCATTGTAGGGATTTTTATTGTACAATCCAGGCTTGACAGGACTGATTCCCAGTAGTTTGGGTAATTTGCAACATCCTCGGACGTTGATTTTGAAAGGCTGTAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTGGACACGA
ATTGTAATGATTTATCTGTAGCTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTT

>TRINITY_DN111387_c0_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CGGGTATAATATACAAATTGACTGAATGAAGTCATCATTGTAGGGATTTTTATTGTACAATCCAGGCTTGACAGGACTGATTCCCAGTAGTTTGGGTAATTTGCAACATCCTCGGACGTTgtaagcattttgaatcttgtaattcaatgttggcaattttgttcaaattgtttacaatcgactaatttctaactcgtttt
agGATTTTGAAAGGCTGTAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTGGACACGAATTGTAATGATTTATCTGTAGCTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACT
TGCTAATTGCGGTCACTT

Intron 4 GTAAGTATTA ... ATTGTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.79	79.3	80	54
A2	40.54	44	27	33
A3	47.59	49	44	45
A4	36.75	47.3	34	21
A5	47.47	26	23	24
A6	18.4	159.7	54	18
A7	14.77	225	66	12
A8	14.83	333	80	36
A9	20.57	195	67	34
A10	21.13	153	58	24

>TRINITY_DN111387_c0_g1_i23 from sample A5 / Example spliced isoform

TAAGCATTTTGAATCTTGTAATTCAATGTTGGCAATTTTGTTCAAATTGTTTACAATCGACTAATTTCTAACTCGTTTTAGGATTTTGAAAGGCTGTAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTGGACACGAATTGTAATGATTTATCTGTAGCTATTCCTCCATCGTTGA
GTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTGTAAGTATCCATGTTCATTGTG
CTTAAAGGATTTAATTTACTTCAGAATAAACGATTTTGATGAAATTAGACCTTGAACATAGTGCCACTGTGTGCAGGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATTTAATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTAACCCCTCAAGTATTG
GAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCT

>TRINITY_DN111387_c0_g1_i21 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TAAGCATTTTGAATCTTGTAATTCAATGTTGGCAATTTTGTTCAAATTGTTTACAATCGACTAATTTCTAACTCGTTTTAGGATTTTGAAAGGCTGTAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTGGACACGAATTGTAATGATTTATCTGTAGCTGAGTAAATACTCCTAA
AAAAACCCTTATTTTTATGAACAAGTACACTTTATGACATTGTGAACCGTTTTCGTTTTTGGTAGGGACACGAATTTTAATGATTTATCTGTAGGTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTG
CGGTCACTTgtaagtattatattttcttgagtataagtttttccttcgtgcaggaatatgtgttttatacgttgttacctttctaactggtgcttatatcgttgattgttaaagCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTGTAAG
TATCCATGTTCATTGTGCTTAAAGGATTTAATTTACTTCAGAATAAACGATTTTGATGAAATTAGACCTTGAACATAGTGCCACTGTGTGCAGGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATTTAATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATG
TAACCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAAGGTTAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGGTCAGTTTACTAACTGTACTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTC
ATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTTCTTATTATGGTATCTTAGAGATGAGTTTACAAGTGCAAATGAATTTGGTGTAAAATAGAGTTTAGAAAATTTAGTTGAATATTTATATGCACCAATACATGGCTGAAGATGTAAGATGTAAAACTTCAATGGAA
GATGTAAAATCTAGCTTCTTCAGTTTCGTAAGGAGCATGGCAGAAAAGGGTACCCCG

Intron 5 GTAAGTATCC ... CTGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.54	94	40	59
A2	45.01	49.5	30	51
A3	38.3	58	37	35
A4	35.63	46.5	19.5	31.5
A5	42.11	33	21	27
A6	24.27	174	47	62
A7	18.48	253.5	44	69
A8	21.29	464	71.5	176.5
A9	23.45	268	51	112.5
A10	17.01	184.5	22.5	51.5

>TRINITY_DN111387_c0_g1_i14 from sample A5 / Example spliced isoform

TAAGCATTTTGAATCTTGTAATTCAATGTTGGCAATTTTGTTCAAATTGTTTACAATCGACTAATTTCTAACTCGTTTTAGGATTTTGAAAGGCTGTAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTGGACACGAATTGTAATGATTTATCTGTAGCTGAGTAAATACTCCTAA
AAAAACCCTTATTTTTATGAACAAGTACACTTTATGACATTGTGAACCGTTTTCGTTTTTGGTAGGGACACGAATTTTAATGATTTATCTGTAGGTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTG
CGGTCACTTGTAAGTATTATATTTTCTTGAGTATAAGTTTTTCCTTCGTGCAGGAATATGTGTTTTATACGTTGTTACCTTTCTAACTGGTGCTTATATCGTTGATTGTTAAAGCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTGTCAT
TTGATGACAATTCATTCACAGGACAGATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATTTAATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTAACCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCA
ACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAAGGTTAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGGTCAGTTTACTAACTGTACTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTTCTTATTATGGTATCTTAGAGATGAGTTTACAA
GTGCAAATGAATTTGGTGTAAAATAGAGTTTAGAAAATTTAGTTGAATTTATTAGTTGAATATTTATATGCACCAATACATGGCTGAAGATGTAAGATGTAAAACTTCAATGGAAGATGTAAAATCTAGCTTCTTCAGTTTCGTAAGGAGCAGGCAGAAAAGGGTACCCCAATATCTGTTATTTATAAGGAATTCAGCAA
GGCTACTGGTAAAGTTATAGACCTAAATTATCTGGAGATTCCTAAACTAGCAAAACTTCTTGAAGAATTCAGGGATGTAGCATTGCTCAAGAGGGTTGTCCCCAGTGAGGTTTATATATTCCCTGTAGAAACAGAACTTGAGAATGAATCCAAGGACGAGGGCATTGATTATGATCCTGCTGGAAAAACTAAAGACGAGA
GTTGCGATGTGAATGCTGGAAAAAATGAGATTGTAGCAGTAGAAAATAAGAGAGTTCATTTGTCCCTTCATATCCATCGCTACTGGTCTTGAGGAACTTCCTGTGACCATCAAATCATCTCCAAGTGCCGAACAATTAAACCCTTCGTTAGAAGGTGAATGTTTCAAGCGGGATTATGGATTGCATAATTCTGAGCTTCA
TCTTGGTAAAAAACCATAAAAAAGTCAACAATACTTTAGAGTAGTAAAAAAGGACAATTTATCAACACAATTCCGAGAGATCAAGTTCCCAACAAAAAAAATCATTTATTTGAGCTCCTTGGCCAATGAAGATAAAATTTAAAATAAAAAATCAAAGTGAATTTTATTTAAAAAATGATTTTCAAAATGTGAAAGATAAA
TATTTATCAAAGTTCAATATTCAAAATAAGAAGATTATATATTTATCAAAGTTGAATATATCAATATCTTCTTCATGCACTTCTTGCATGGCAAATTAAAAACCATTTATATTGTTTTCAGCTAGAATAAAAACTCTG

>TRINITY_DN111387_c0_g1_i23 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TAAGCATTTTGAATCTTGTAATTCAATGTTGGCAATTTTGTTCAAATTGTTTACAATCGACTAATTTCTAACTCGTTTTAGGATTTTGAAAGGCTGTAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTGGACACGAATTGTAATGATTTATCTGTAGCTATTCCTCCATCGTTGA
GTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTgtaagtatccatgttcattgtg
cttaaaggatttaatttacttcagaataaacgattttgatgaaattagaccttgaacatagtgccactgtgtgcagGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATTTAATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTAACCCCTCAAGTATTG
GAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCT

Intron 6 GTAAGTAAAT ... TTATCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.82	80.8	25	43.5
A2	27.8	76.4	24.4	32.3
A3	39.69	57.6	36.5	36.5
A4	35.82	56.1	34	26.8
A5	41.96	40.6	24	34
A6	15.23	224.1	40	34
A7	13.27	348.9	49.6	49
A8	12.44	459.9	71.5	50.5
A9	13.26	262.3	40.6	35
A10	19.32	245.5	57.9	51.8

>TRINITY_DN48303_c3_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CTGTAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTGTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCTTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTCAGTTGATGACCCCATACGTGATGC
TCCAAACTATTTTGAGGTTGCTTCATATATAGGAGGAGAAGAAGGTGATGATGATGAAGATGATGATGGTGACGATGGTGATGAGGTTGAGCAAGATGGCAAGTTTGATGATCATGGCCATGATCTTGACGAG

>TRINITY_DN48303_c3_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGCATTAAGCCACTGTGCAATTTGTTAGTCTGCTGAAGCCCAAGTTGTTAATGATGCATTTCAACGTGTTGTTGTTGGTGCAAAGGTAATTGGGAAATACACCATCCACATGGAAAGGTGGAGATTCTTGTGTGATGGAATTTCTTTCATCAGTTACCGAATAACTTCATTGGATTTTTATTGTACAATCCAGGCTTGAC
AGGACTGATTCCCAGTAGTTTGGGTAATTTGCAACATCCTCAGACGTTGCTGTAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTgtaagtaaatgctcctaaaaaaacccttatttttatgaacaagtacactttatgacattgtgaaccgttttcgtttttggtagggacacga
attttaatgatttatctgtagGTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCTTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGC
CTTAAGGTAAAACATGTGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTAACCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGAT
TTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAAGGTTAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGGTCAGTTTACTAACTGTACTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTTCTTATTATGG
TATCTTAGAGATGAGTTTACAAGTGCAAGCGT