NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTATAT ... ATAACGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.74	668	174	707
A2	37.64	686	214	614
A3	37.27	701	239	594
A4	37.44	666	174	623
A5	37.6	341	138	273
A6	38.82	4554	1763	4016
A7	38.6	4167	1691	3549
A8	40.4	3638	1194	3738
A9	38.51	4654	1768	4061
A10	38.26	3914	1595	3256

>TRINITY_DN112561_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GACAACTTGAAATTAGTGTTCGTTGGGGTTTATGACAACTTGAAATTAGTGTATATTCAAATATTTTTTCTCTAGACAAATTCCTTTTTATAATCCAATTTTGCTTATTAAAGGTCCAACTAAGAGTTATCATCCTACAAGTCGGCGAGAATTATCATTCTACAAGTCTCAGCATTGGCAGCAGCAAAGGCCGATCAAGA
AAGGTTGCCTTGGAATCAAGAAAATGATTCTTCCATTTATCAAGAACGTGGTGTTTCCATTCTGTATTTTAATGGCAACCATACGCAATGACCTGCCATTGTTTGCGTCTGCTATGCTCGAGCCGTACATATATCTCACCATTAAAGCATTCTTGAACGTCTGGAAAACGGGGTTCTATTGAGCCTAGCCCTACTGGCCT
TTCAGTTTGCGACTGCCTCTCCGTATGGTCCCTGTACAATTTCATTCATGAACATCAATTCCTGTACTATGGAAACTGGCTTTATGGCTTCAGCAGGGGCGGTTAATCTCTTGGTTCTCTTTATCTGGGCTACAGTAAAAGAAAGAGATAGGAACCTGCTCCTGGTCATGCTCTTTGTCCTTTTAGGCTCCACGGTGCCG
TCTGATTTTAGCTTATTGAAGGCTGAAGTTTTGTGTATTGTGGTATTGCTGTATTTTTGGCTCTGGGAGATGTTGCATGCCTTTCACATTGTGGATGATAATGTTCACCTGCAAGTTGAAATTACTAAATCAGATATTGTGTATTACGTGTTTTGTTCCTTCGTTATGATCTGTTCCCTCCGTCCAGTAATTAGATTTAT
TAGGATATTACAACAGGGCAGTCATTATGCAATCATTTAGACAGTGACGGAAATATTTCTGGCGTGTAAGGCTTAATACCGTTGTTCTTCATATAAATAAAATTTAAATGAATGATCGTTTCTTGCTTGTTATTAAAAAAAA

>TRINITY_DN112561_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GACAACTTGAAATTAGTGTTCGTTGGGGTTTATGACAACTTGAAATTAGTGTATATTCAAATATTTTTTCTCTAGACAAATTCCTTTTTATAATCCAATTTTGCTTATTAAAGGTCCAACTAAGAGTTATCATCCTACAAGTCGGCGAGAATTATCATTCTACAAGTCTCAGCATTGGCAGCAGCAAAGGCCGATCAAGA
AAGGTTGCCTTGGAATCAAGAAAATGATTCTTCCATTTATCAAGAACGTGGTGTTTCCATTCTGTATTTTAATGGCAACCATACGCAATGACCTGCCATTGTTTGCGTCTGCTATGCTCGAGCCGTACATATATCTCACCATTAAAGCATTCTTGAACGTCTgtaagtatataaataggcatctagaactcattggaagc
catttttttcaagatatctgctagctgatttatggacgttgatacagtgttgttaccgttgcttgtgctgctggataacgacagGGAAAACGGGGTTCTATTGAGCCTAGCCCTACTGGCCTTTCAGTTTGCGACTGCCTCTCCGTATGGTCCCTGTACAATTTCATTCATGAACATCAATTCCTGTACTATGGAAACTG
GCTTTATGGCTTCAGCAGGGGCGGTTAATCTCTTGGTTCTCTTTATCTGGGCTACAGTAAAAGAAAGAGATAGGAACCTGCTCCTGGTCATGCTCTTTGTCCTTTTAGGCTCCACGGTGCCGTCTGATTTTAGCTTATTGAAGGCTGAAGTTTTGTGTATTGTGGTATTGCTGTATTTTTGGCTCTGGGAGATGTTGCAT
GCCTTTCACATTGTGGATGATAATGTTCACCTGCAAGTTGAAATTACTAAATCAGATATTGTGTATTACGTGTTTTGTTCCTTCGTTATGATCTGTTCCCTCCGTCCAGTAATTAGATTTATTAGGATATTACAACAGGGCAGTCATTATGCAATCATTTAGACAGTGACGGAAATATTTCTGGCGTGTAAGGCTTAATA
CCGTTGTTCTTCATATAAATAAAATTTAAATGAATGATCGTTTCTTGCTTGTTATTAAAAAAAA

Intron 2 GTATTCATTC ... TTTGCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.3	1083.1	109.8	108.7
A2	7.46	945.6	96.1	74.8
A3	12.37	994.5	111.6	137.2
A4	8.79	957.4	96.5	90.5
A5	13.41	501.1	56.9	75.6
A6	13.83	7200.5	765.1	1125.9
A7	13.05	6298.9	690.4	921.1
A8	13.36	6588.2	741.8	988.7
A9	14.03	7377.2	798.2	1175.6
A10	13.27	5778.1	622.1	860.5

>TRINITY_DN100915_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoform

CCTACAAGTCGGCGAGAATTATCATTCTACAAGTCTCAGCATTGGCAGCAGCAAAGGCCGATCAAGAAAGGTTGCCTTGGAATCAAGAAAATGATTCTTCCATTTATCAAGAACGTGGTGTTTCCATTCTGTATTTTAATGGCAACCATACGCAATGACCTGCCATTGTTTGCGTCTGCTATGCTCGAGCCGTACATATA
TCTCACCATTAAAGCATTCTTGAACGTCTTGTTGTTACCGTTGCTTGTGCTGCTGGATAACGACAGGGAAAACGGGGCTCTATTGAGCCTAGCCCTACTGGCCTTTCAGTTTGCGACTGCCTCTCCGTATGGTCCCTGTACAATTTCATTCATGAACATCAATTCCTGTATTATGGAAACTGGCTTTATGGCTTCAGCAG
GGGCGGTTAATCTCTTGGTTCTCTTTATCTGGGCTACAGTAAAAGAAAGAGATAGGAACCTGCTCCTGGTCATGCTCTTTGTCCTTTTAGGCTCCACGGTGCCGTCTGATTTTAGCTTATTGAAGGCTGAAGTTTTGTGTATTGTGGTATTGCTGTATTTTTGGCTCTGGGAGATGTTGCATGCCTTTCACATTGTGGAT
GATAATGTTCACCTGCAAGTTGAAATTACTAAATCAGATATTGTGTATTACGTGTTTTGTTCCTTCGTTATGATCTGTTCCCTCCGTCCAGTAATTAGATTTATTAGGATATTACAACAGGGCAGTCATTATGCAATCATTTAGACAGTGACGGAAATATTTCTGGCGTGTAAGGCTTAATACCGTTGTTTTTCATATAA
ATAAAATTTAAATGAATGATCGTTTCTTGCTTGTT

>TRINITY_DN100915_c0_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TGTTGTTACCGTTGCTTGTGCTGCTGGATAACGACAGGGAAAACGGGGCTCTATTGAGCCTAGCCCTACTGGCCTTTCAGTTTGCGACTGCCTCTCCGTATGgtattcattctaattctttcctcagctttaacgttcaattgaattgcgtgaaccagtgttatcagtttataatactatgcaagatttgctacagGTCC
CTGTACAATTTCATTCATGAACATCAATTCCTGTATTATGGAAACTGGCTTTATGGCTTCAGCAGGGGCGGTTAATCTCTTGGTTCTCTTTATCTGGGCTACAGTAAAAGAAAGAGATAGGAACCTGCTCCTGGTCATGCTCTTTGTCCTTTTAGGCTCCACGGTGCCGTCTGATTTTAGCTTATTGAAGGCTGAAGTTT
TGTGTATTGTGGTATTGCTGTATTTTTGGCTCTGGGAGATGTTGCATGCCTTTCACATTGTGGATGATAATGTTCACCTGCAAGTTGAAATTACTAAATCAGATATTGTGTATTACGTGTTTTGTTCCTTCGTTATGATCTGTTCCCTCCGTCCAGTAATTAGATTTATTAGGATATTACAACAGGGCAGTCATTATGCA
ATCATTTAGACAGTGACGGAAATATTTCTGGCGTGTAAGGCTTAATACCGTTGTTTTTCATATAAATAAAATTTAAATGAATGATCGTTTCTTGCTTGTT

Intron 3 GTAAGTATAT ... GTTGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.65	1014	174	223.6
A2	16.44	1087.6	214	175.6
A3	16.71	1191	239	167.4
A4	14.38	1036	174	169.3
A5	19.11	584	138	86.6
A6	16.68	8808	1763	1397.9
A7	17.46	7989.9	1691	1258
A8	14.06	7298.7	1194	1380.4
A9	16.26	9103.4	1768	1420.1
A10	18.21	7160.7	1595	1092.7

>TRINITY_DN112561_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GACAACTTGAAATTAGTGTTCGTTGGGGTTTATGACAACTTGAAATTAGTGTATATTCAAATATTTTTTCTCTAGACAAATTCCTTTTTATAATCCAATTTTGCTTATTAAAGGTCCAACTAAGAGTTATCATCCTACAAGTCGGCGAGAATTATCATTCTACAAGTCTCAGCATTGGCAGCAGCAAAGGCCGATCAAGA
AAGGTTGCCTTGGAATCAAGAAAATGATTCTTCCATTTATCAAGAACGTGGTGTTTCCATTCTGTATTTTAATGGCAACCATACGCAATGACCTGCCATTGTTTGCGTCTGCTATGCTCGAGCCGTACATATATCTCACCATTAAAGCATTCTTGAACGTCTTGTTGTTACCGTTGCTTGTGCTGCTGGATAACGACAGG
GAAAACGGGGTTCTATTGAGCCTAGCCCTACTGGCCTTTCAGTTTGCGACTGCCTCTCCGTATGGTCCCTGTACAATTTCATTCATGAACATCAATTCCTGTACTATGGAAACTGGCTTTATGGCTTCAGCAGGGGCGGTTAATCTCTTGGTTCTCTTTATCTGGGCTACAGTAAAAGAAAGAGATAGGAACCTGCTCCT
GGTCATGCTCTTTGTCCTTTTAGGCTCCACGGTGCCGTCTGATTTTAGCTTATTGAAGGCTGAAGTTTTGTGTATTGTGGTATTGCTGTATTTTTGGCTCTGGGAGATGTTGCATGCCTTTCACATTGTGGATGATAATGTTCACCTGCAAGTTGAAATTACTAAATCAGATATTGTGTATTACGTGTTTTGTTCCTTCG
TTATGATCTGTTCCCTCCGTCCAGTAATTAGATTTATTAGGATATTACAACAGGGCAGTCATTATGCAATCATTTAGACAGTGACGGAAATATTTCTGGCGTGTAAGGCTTAATACCGTTGTTCTTCATATAAATAAAATTTAAATGAATGATCGTTTCTTGCTTGTTATTAAAAAAAA

>TRINITY_DN112561_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GACAACTTGAAATTAGTGTTCGTTGGGGTTTATGACAACTTGAAATTAGTGTATATTCAAATATTTTTTCTCTAGACAAATTCCTTTTTATAATCCAATTTTGCTTATTAAAGGTCCAACTAAGAGTTATCATCCTACAAGTCGGCGAGAATTATCATTCTACAAGTCTCAGCATTGGCAGCAGCAAAGGCCGATCAAGA
AAGGTTGCCTTGGAATCAAGAAAATGATTCTTCCATTTATCAAGAACGTGGTGTTTCCATTCTGTATTTTAATGGCAACCATACGCAATGACCTGCCATTGTTTGCGTCTGCTATGCTCGAGCCGTACATATATCTCACCATTAAAGCATTCTTGAACGTCTgtaagtatataaataggcatctagaactcattggaagc
catttttttcaagatatctgctagctgatttatggacgttgatacagTGTTGTTACCGTTGCTTGTGCTGCTGGATAACGACAGGGAAAACGGGGTTCTATTGAGCCTAGCCCTACTGGCCTTTCAGTTTGCGACTGCCTCTCCGTATGGTCCCTGTACAATTTCATTCATGAACATCAATTCCTGTACTATGGAAACTG
GCTTTATGGCTTCAGCAGGGGCGGTTAATCTCTTGGTTCTCTTTATCTGGGCTACAGTAAAAGAAAGAGATAGGAACCTGCTCCTGGTCATGCTCTTTGTCCTTTTAGGCTCCACGGTGCCGTCTGATTTTAGCTTATTGAAGGCTGAAGTTTTGTGTATTGTGGTATTGCTGTATTTTTGGCTCTGGGAGATGTTGCAT
GCCTTTCACATTGTGGATGATAATGTTCACCTGCAAGTTGAAATTACTAAATCAGATATTGTGTATTACGTGTTTTGTTCCTTCGTTATGATCTGTTCCCTCCGTCCAGTAATTAGATTTATTAGGATATTACAACAGGGCAGTCATTATGCAATCATTTAGACAGTGACGGAAATATTTCTGGCGTGTAAGGCTTAATA
CCGTTGTTCTTCATATAAATAAAATTTAAATGAATGATCGTTTCTTGCTTGTTATTAAAAAAAA

Intron 4 GTAATAATCG ... TTGCCCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.41	934.3	220.9	121.8
A2	15.55	833	161.1	156.4
A3	14.7	933.5	198.9	163.6
A4	12.28	596.9	140.2	84.6
A5	13.1	505	96	77.3
A6	15.66	9921	1329.2	1877.2
A7	14.72	8114.2	1115.7	1425.4
A8	16.15	9032.3	1137.8	1773.4
A9	15.35	9691.3	1340.6	1790.1
A10	14.95	6402.7	938.1	1145.4

>TRINITY_DN107806_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TTATAAATCCTTTCCAATCGTTTTTTGTTGGGGTTTATGACAACTTGAAATTAGTGTATATTCAAATATTTTTTCTCTAGACAAATTCCTTTTTATAATCCAATTTTGCTTATTAAAGGTCCAACTAAGAGTTATCATCCTACAAGTCGGCGAGAATTATCATTCTACAAGTCTCAGCATTGGCAGCAGCAAAGGCCGAT
CAAGAAAGGTTGCCTTGGAATCAAGAAAATGATTCTTCCATTTATCAAGAACGTGGTGTTTCCATTCTGTATTTTAATGGCAACCATACGCAATGACCTGCCATTGTTTGCGTCTGCTATGCTCGAGCCGTACATATATCTCACCATTAAAGCATTCTTGAACGTCTGGAAAACGGGGTTCTATTGAGCCTAGCCCTACT
GGCCTTTCAGTTTGCGACTGCCTCTCCGTATGGTCCCTGTACAATTTCATTCATGAACATCAATTCCTGTACTATGGAAACTGGCTTTATGGCTTCAGCAGGGGCGGTTAATCTCTTGGTTCTCTTTATCTGGGCTACAGTAAAAGAAAGAGATAGGAACCTGCTCCTGGTCATGCTCTTTGTCCTTTTAGGCTCCACGG
TGCCGTCTGATTTTAGCTTATTGAAGGCTGAAGTTTTGTGTATTGTGGTATTGCTGTATTTTTGGCTCTGGGAGATGTTGCATGCCTTTCACATTGTGGATGATAATGTTCACCTGCAAGTTGAAATTACTAAATCAGATATTGTGTATTACGTGTTTTGTTCCTTCGTTATGATCTGCTCCCTCCGTCCAGTAATTAGA
TTTATTAGGATATTACAACAGGGCAGTCATTATGGAATCATTTAGACAGTGACGGAAATATTTCTGGCGTGTAAGGCTTAATACCGTTGTTTTTCATATAAATAAAATTTAAATGAATGATCGTTTCTTGCTTGTTATTAGAGACTCTTCTTTTATTTGGTGTCTGATTACCCAATGAATTTCTTTCTTTATTTTTATTT
TGAAATTTATGGTCAAGTTTTTATTTCTTTCTTTATTTTAAATTTATATTGATGTTAGAACACCATGATCTTAATTAGATTCTAATTCGAATGTGGGTATAAATTTCTGTAATTAAGTTGATAAGGTGTACTTATTTCAATATATGAATTGCTTTATTTACTTTAATTAATATTGATTTATGAATAGCTATTTTAAGTTT
CTTTTCGAATAAAACGATGGCCGGCCACACAAGACTCCGCAACCCAAGACTCCGATTCCAGTTTCAAGAAAGTTCAAAAATTATGAATGGAAATCATTTTCAAAACATAACGATGTTGCATTATTGCTAATTATTATTTTTTAAATAACAAAAAAGT

>TRINITY_DN107806_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTGTCCTTTTAGGCTCCACGgtaataatcggttttcatataattgctcttcattcaaattttagccagtagattattggccctgatttgatttgggatgtgatttcttgcccgcagGTGCCGTCTGATTTTAGCTTATTGAAGGCTGAAGTTTTGTGTATTGTGGTATTGCTGTATTTTTGGCTCTGGGAGATGTTGCAT
GCCTTTCACATTGTGGATGATAATGTTCACCTGCAAGTTGAAATTACTAAATCAGATATTGTGTATTACGTGTTTTGTTCCTTCGTTATGATCTGCTCCCTCCGTCCAGTAATTAGATTTATTAGGATATTACAACAGGGCAGTCATTATGGAATCATTTAGACAGTGACGGAAATATTTCTGGCGTGTAAGGCTTAATA
CCGTTGTTTTTCATATAAATAAAATTTAAATGAATGATCGTTTCTTGCTTGTTATTAGAGACTCTTCTTTTATTTGGTGTCTGATTACCCAATGAATTTCTTTCTTTATTTTTATTTTGAAATTTATGGTCAAGTTTTTATTTCTTTCTTTATTTTAAATTTATATTGATGTTAGAACACCATGATCTTAATTAGATTCT
AATTCGAATGTGGGTATAAATTTCTGTAATTAAGTTGATAAGGTGTACTTATTTCAATATATGAATTGCTTTATTTACTTTAATTAATATTGATTTATGAATAGCTATTTTAAGTTTCTTTTCGAATAAAACGATGGCCGGCCACACAAGACTCCGCAACCCAAGACTCCGATTCCAGTTTCAAGAAAGTTCAAAAATTA
TGAATGGAAATCATTTTCAAAACATAACGATGTTGCATTATTGCTAATTATTATTTTTTAAATAACAAAAAAGT