NA ----> NA

Intron 1 GTTAGTTAAC ... TGTGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	86.21	4	25	12
A2	92.86	2	26	11
A3	73.03	8.5	23	9
A4	72.22	10	26	3
A5	60	10	15	3
A6	66.55	93.5	186	32
A7	66.88	102	206	65
A8	66.78	97	195	32
A9	68.03	93.5	199	51
A10	61.01	108	169	38

>TRINITY_DN47167_c1_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGGGAAATGAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTACCGTGGAACCAGTTGGAACCTATTGCAGGATGCTGCCTTCAATGGATGGATCGCCCCAGGCCAAAAAAAATTCGGCAATTTTCTTTACACGCTACCGTAATCGTTGTTTCATGCTCAGCAATGGCGTTCCTGTGAAAGGTCAGTGCTTCTGGATGCATTTT
TTCCCATGGCGTTTTCTTTTTCTATTTTGGATGGGCAGAAGACACACAGAGAGATGGGGGATAATGGAGGTCGATCACAAGACGTGATAGAGTTCGATCACAAGATAATGGAGGTCGATCACAAGATAATGGAGTTCTTATAATTTCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTACACGCTACC
GTAATCGTTCTTTCATGCTCAGCAATGGTGTTCCTGTGAAAGATTAAATGCTTCTTTCTTTAAAGTATTTCATTTCATTTCAAATTTGCATCAGTTCTTGAAAAATTGTGGGGTGTACATATTTAAAAATTAAAGGATGGATTGAATGGAGGTCGATCACAAGATAATAGAGTTCTTATAATTATCTTGATATGGGAAAT
GAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTACACGCTACCGTAATCGTTGTTTCATGCTCAGCAATGGCGTTCCATAATGAAGGTCGATCACAAGATAATAGAGTTCTTATAATTTTCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTGGCCTTGCATACACTTACACGCTACCGTAATCGTTGTTTCACGCTCAGCAATGGCG
TTCCTGTGAAGAACGTAGAGCAAAGCCCTGCTCACAACTGGCGTAACCCCAGGGTTGTTCCTCATAAAAGTTTAATACTTATTTCTGAAGTGCATTTCATTTTAAGATTACTTTAGTTCTTGAGAAATTGTATGGCGGGTTTCACATTAAAGGTGTAGAGAAAAATCCCTGTGCTGCACAGATTTTTCATGCTCAGTAAT
GGCATAAACTCCCAAGTTTAATTTTGAGAAAGGTTTGTATTTCATTTCA

>TRINITY_DN47167_c1_g1_i19 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATGGGAAATGAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTATGATGACGTCTGTGACAGTTTGATATCCATATTTTTTTTCATAACCGAGAAAATCTCCCGAATCTTCTCTGAACGCGCTATGCCTTCCCAGTTCACGATGAACAGATGAACTGGTTCCAAATTTGGCAGTTTGTATTCCAGCCTGCTCGGTTGAGCTTCAT
CTACCGATATAACGATTCATCGAGACAGATAGAATGGAAGAACAAAGTACAAGTTTCAACAGTTCCTCTGCCTCTGTCTGTCATTTGCAGAGTTTCAAATCCATGATGTCTGTAAAGTTTCAACGCTTCATCTGCCTCTCTCTGTCATTTGCTTGTGTTATTTGTTTTGTTCCACACCGCTACCGTAATCGTTGTTTCAT
GCTCAGCAATGGCGTTCCTGTGAAAGGTAGGCGTTTCTTGTATGTATGCCTTATGATTTTGCCTCATACTTTCTTTTCTTCAGTGCTTCTGGATGCATTTTTTCCCATGGCGTTTTCTTTTTCTATTTTGGATGGGCAGAAGACACACAGAGAGATGGGGGATAATGGAGGTCGATCACAAGACGTGATAGAGTTCGATC
ACAAGATAATGGAGGTCGATCACAAGATAATGGAGTTCTTATAATTTCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTACACGCTACCGTAATCGTTCTTTCATGCTCAGCAATGGTGTTCCTGTGAAAGATTAAATGCTTCTTTCTTTAAAGTATTTCATTTCATTTCAAATTTGCATCAGTTCTT
GAAAAATTGTGGGgttagttaacattactttgactttatacataaattttttgtacaatacagatcattaacttattttatctacttccattccttacggccgtattgtgtttcagGTGTACATATTTAAAAATTAAAGGATGGATTGAATGGAGGTCGATCACAAGATAATAGAGTTCTTATAATTATCTTGATATGGG
AAATGAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTACACGCTACCGTAATCGTTGTTTCATGCTCAGCAATGGCGTTCCTTTTTGTACAATACAGATCATTAACTTATTTTCTATAATGAAGGTCGATCACAAGATAATAGAGTTCTTATAATTTTCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTGGCCTTGCATACACTTAC
ACGCTACCGTAATCGTTGTTTCACGCTCAGCAATGGCGTTCCTGTGAAGAACGTAGAGCAAAGCCCTGCTCACAACTGGCGTAACCCCAGGGTTGTTCCTCATAAAAGTTTAATACTTATTTCTGAAGTGCATTTCATTTTAAGATTACTTTAGTTCTTGAGAAATTGTATGGCGGGTTTCACATTAAAGGTGTAGAGAA
AAATCCCTGTGCTGCACAGATTTTTCATGCTCAGTAATGGCATAAACTCCCAAGTTTAATTTTGAGAAAGGTTTGTATTTCATTTCA

Intron 2 GTATGCCTTT ... TTTTATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.25	3	12	14
A2	100	0	8	11
A3	87.76	3	15	28
A4	90.91	2	20	20
A5	91.3	1	2	19
A6	82.82	14	37	98
A7	85.77	19	58	171
A8	81.22	20	44	129
A9	81.31	30	61	200
A10	92.98	8	64	148

>TRINITY_DN46535_c0_g1_i18 from sample A8 / Example spliced isoform

TTTGCTTGTGTTATTTGTTTTGTTCCATAGGCGTTTCTTGGATTGCTTCTGGATGCATTTTGGATGGGCTGAAGACACAGAGAGAGATGGCGGATAATGGAGGTCGATCACAAGACGTGATAGATTTCGATCACAAGATAATGGAGTTCTTATAATTATCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTGGATTTGCATACA
CTTACACGCTACCGTAATCGTTGTTTCATGCTCAGCAATGGCGTTCCTGTGAAAGGTGTACATATTTAAAAATTAAAGGATGGATTGAAAGAATGAGTACAAGAAAATGGAGGTCGATCACAAGATAATAGAGTTCTTATAATTATCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTTGCTTTGCATACACTTACACTCTAAC
GTAATTAGTTGTTTCATGTTCAGCAATGGCGTTCCTGTGAAAACGTAGAGCAAAGCCTTGCTCACGAATGGCGTAAACCTAGAGCAAAGCCCTGCTCATGAATGGCGTAAACCCCAGG

>TRINITY_DN46535_c0_g1_i17 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGCTTTCAAGGCCCCGTTCGTGCCCAGTGGGTTCATCAACACTGATCAACAGTTTTTCGGGTGCATGCCCTCTCTGTAACATGCCGCCACTATGAAAACGGTTGACGAAAAAAGCTATCGAGATACGTGTACACTACTACACGATTGCTTGGTCGAAAAGTCTGGCAAAAAAGCTAGTGGGGATTTGTAATAAAAGCAAA
AATTAAAACACACAGAAATTAAATAAAAAAGCGGAGAAAGATGATGATGTTTGTGACCATTTGAGATCCATATATCTATATAACGATCCATGATGTCTGTAAAATTTCAACAGTTCCTCTGCCTCTCTCTGTCATTTGCTTGTGTTATTTGTTTTGTTCCATAGGCGTTTCTTGGATgtatgccttttgattttgcctct
tactttcttttcttcagtgcttctggatgcatttttcccatggcgttttcattttctattttgtattttggatgggttgaagacacagagagatggggataatggcgttttctttttcaacagttcatctgcctctctctgtcatttgcttgtgttatctgttttgttccagaggcgtttcttgtacggtatgccttttg
attttgccacttactttcttttattcagTGCTTCTGGATGCATTTTGGATGGGCTGAAGACACAGAGAGAGATGGCGGATAATGGAGGTCGATCACAAGACGTGATAGATTTCGATCACAAGATAATGGAGTTCTTATAATTATCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTGGATTTGCATACACTTACACGCTACCGT
AATCGTTGTTTCATGCTCAGCAATGGCGTTCCTGTGAAAGGTGTACATATTTAAAAATTAAAGGATGGATTGAAAGAATGAGTACAAGAAAATGGAGGTCGATCACAAGATAATAGAGTTCTTATAATTATCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTTGCTTTGCATACACTTACACTCTAACGTAATTAGTTGTTTC
ATGTTCAGCAATGGCGTTCCTGTGAAAACGTAGAGCAAAGCCTTGCTCACGAATGGCGTAAACCTAGAGCAAAGCCCTGCTCATGAATGGCGTAAACCCCAGG

Intron 3 GTATGTATGC ... GGATGGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	91.21	8	19	83
A2	78.13	14	12	50
A3	81.25	15	20	65
A4	86.11	15	33	93
A5	86.79	7	12	46
A6	74.85	86	57	256
A7	73.6	118	71	329
A8	74.42	77	51	224
A9	77.19	86	72	291
A10	73.68	85	62	238

>TRINITY_DN47167_c1_g1_i20 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGGGAAATGAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTATGATGACGTCTGTGACAGTTTGATATCCATATTTTTTTTCATAACCGAGAAAATCTCCCGAATCTTCTCTGAACGCGCTATGCCTTCCCAGTTCACGATGAACAGATGAACTGGTTCCAAATTTGGCAGTTTGTATTCCAGCCTGCTCGGTTGAGCTTCAT
CTACCGATATAACGATTCATCGAGACAGATAGAATGGAAGAACAAAGTACAAGTTTCAACAGTTCCTCTGCCTCTGTCTGTCATTTGCAGAGTTTCAAATCCATGATGTCTGTAAAGTTTCAACGCTTCATCTGCCTCTCTCTGTCATTTGCTTGTGTTATTTGTTTTGTTCCACACCGCTACCGTAATCGTTGTTTCAT
GCTCAGCAATGGCGTTCCTGTGAAAGGTAGGCGTTTCTTAAGACACACAGAGAGATGGGGGATAATGGAGGTCGATCACAAGACGTGATAGAGTTCGATCACAAGATAATGGAGGTCGATCACAAGATAATGGAGTTCTTATAATTTCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTACACGCTAC
CGTAATCGTTCTTTCATGCTCAGCAATGGTGTTCCTGTGAAAGATTAAATGCTTCTTTCTTTAAAGTATTTCATTTCATTTCAAATTTGCATCAGTTCTTGAAAAATTGTGGGGTGTACATATTTAAAAATTAAAGGATGGATTGAATGGAGGTCGATCACAAGATAATAGAGTTCTTATAATTATCTTGATATGGGAAA
TGAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTACACGCTACCGTAATCGTTGTTTCATGCTCAGCAATGGCGTTCCATAATGAAGGTCGATCACAAGATAATAGAGTTCTTATAATTTTCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTGGCCTTGCATACACTTACACGCTACCGTAATCGTTGTTTCACGCTCAGCAATGGC
GTTCCTGTGAAGAACCTAGAGCAAAGCCCTGCTCATGAATGGCGTAAACCCCAGGGTTGTTCCTCAGAAAGACAGAGAGAGACGG

>TRINITY_DN47167_c1_g1_i19 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATGGGAAATGAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTATGATGACGTCTGTGACAGTTTGATATCCATATTTTTTTTCATAACCGAGAAAATCTCCCGAATCTTCTCTGAACGCGCTATGCCTTCCCAGTTCACGATGAACAGATGAACTGGTTCCAAATTTGGCAGTTTGTATTCCAGCCTGCTCGGTTGAGCTTCAT
CTACCGATATAACGATTCATCGAGACAGATAGAATGGAAGAACAAAGTACAAGTTTCAACAGTTCCTCTGCCTCTGTCTGTCATTTGCAGAGTTTCAAATCCATGATGTCTGTAAAGTTTCAACGCTTCATCTGCCTCTCTCTGTCATTTGCTTGTGTTATTTGTTTTGTTCCACACCGCTACCGTAATCGTTGTTTCAT
GCTCAGCAATGGCGTTCCTGTGAAAGGTAGGCGTTTCTTgtatgtatgccttatgattttgcctcatactttcttttcttcagtgcttctggatgcattttttcccatggcgttttctttttctattttggatgggcagAAGACACACAGAGAGATGGGGGATAATGGAGGTCGATCACAAGACGTGATAGAGTTCGATC
ACAAGATAATGGAGGTCGATCACAAGATAATGGAGTTCTTATAATTTCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTACACGCTACCGTAATCGTTCTTTCATGCTCAGCAATGGTGTTCCTGTGAAAGATTAAATGCTTCTTTCTTTAAAGTATTTCATTTCATTTCAAATTTGCATCAGTTCTT
GAAAAATTGTGGGGTTAGTTAACATTACTTTGACTTTATACATAAATTTTTTGTACAATACAGATCATTAACTTATTTTATCTACTTCCATTCCTTACGGCCGTATTGTGTTTCAGGTGTACATATTTAAAAATTAAAGGATGGATTGAATGGAGGTCGATCACAAGATAATAGAGTTCTTATAATTATCTTGATATGGG
AAATGAGATTATGGACTCGCTTTGCATACACTTACACGCTACCGTAATCGTTGTTTCATGCTCAGCAATGGCGTTCCTTTTTGTACAATACAGATCATTAACTTATTTTCTATAATGAAGGTCGATCACAAGATAATAGAGTTCTTATAATTTTCTTGATATGGGAAATGAGATTATGGACTGGCCTTGCATACACTTAC
ACGCTACCGTAATCGTTGTTTCACGCTCAGCAATGGCGTTCCTGTGAAGAACGTAGAGCAAAGCCCTGCTCACAACTGGCGTAACCCCAGGGTTGTTCCTCATAAAAGTTTAATACTTATTTCTGAAGTGCATTTCATTTTAAGATTACTTTAGTTCTTGAGAAATTGTATGGCGGGTTTCACATTAAAGGTGTAGAGAA
AAATCCCTGTGCTGCACAGATTTTTCATGCTCAGTAATGGCATAAACTCCCAAGTTTAATTTTGAGAAAGGTTTGTATTTCATTTCA