sp|Q9STN5|Y4833_ARATH ----> Uncharacterized protein At4g08330, chloroplastic

Intron 1 GTAAGTTCTC ... TGTCCAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.74	9	0	5
A2	14.29	6	0	2
A3	50	2	3	1
A4	36.84	6	3	4
A5	-1	0	0	0
A6	35.59	19	10	11
A7	40.43	14	8	11
A8	44.26	17	1	26
A9	38.89	11	6	8
A10	27.66	17	6	7

>TRINITY_DN40599_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCAAATAAAACTTTGATGGGAACCATACTGCTCGGTCAACCTTACCAGGTACCACGTGGTTTTTTAGACAGCACAACTGGATCCAACTTCTTCAGCACTCTTTCTTGCCCATTATGAAAAATACACCCCATAAAATCCATACCCAGCTTGAAATTCTAATTCGAGAAGCGATTTGTCTTTTCCACAAAAGAATACAATG
AATTTGATCGGAAAGAGCTCATTTTTCAGAAGATGGGTTCCATATGCTCTGACTTTGAATTTCTGATGAATGACCCCATATAATCACAATACCATCCTATACCTCAATTTCCTCCAGACCTTCACCTGCTATGGCTTCAATCTCCTACAGTTGTGCAGAATGTGGTGTATTTCTGAATCTCAGCAGCAGCTATCAGTACC
CTGCAGATTCCTACTTTGAAGCAGGGAACAGGGGCACCCTCTCATTCTCTGCCATTGATGACACCAAGTTCAGATTTGAAAAGGAAGATAAGATTAAGCCCTTCTTTGAGACCTTGAACCACTGGGGAATTCAGAGAAAGAGGACCAAACTTAAGTGCGCTTCCTGTGGTACGCTCGTAGGTTATGTTTATGATGATGGC
CCTCCAGCTACAGACGGTATTGGTCAGTTTGGCATGGGTTCTAGCCAGGCTGTGCCTAGGAATCCACGGTATAGATTGAAGATCAAAGCTCTCAAGGAGGAACGATTGAAGGGTAGATTCATTATTTCTTCTGTGTATGCCTGATACCTTCCAGATTATCATGTCGGGAAGTTTTCCGATAGAGTTTACGGATCGAGTTT
ACTATAATTATTATTATTGGTTTTGGCTACTGGTTTATCCGGAGTTGTATGATATTTTTTTCCCTGCATGCAATTTGAAATATTTGTTATTATTTTCATGAATGGAATTTGAAATATTTGTATCAATTACAGCTCATCTGTTTCCATAGCAAGTGATGCAGAATTGCCCA

>TRINITY_DN40599_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCAAATAAAACTTTGATGGGAACCATACTGCTCGGTCAACCTTACCAGGTACCACGTGGTTTTTTAGACAGCACAACTGGATCCAACTTCTTCAGCACTCTTTCTTGCCCATTATGAAAAATACACCCCATAAAATCCATACCCAGCTTGAAATTCTAATTCGAGAAGCGATTTGTCTTTTCCACAAAAGAATACAATG
AATTTGATCGGAAAGAGCTCATTTTTCAGAAGATGGGTTCCATATGCTCTGACTTTGAATTTCTGATGAATGACCCCATATAATCACAATACCATCCTATACCTCAATTTCCTCCAGACCTTCACCTGCTATGGCTTCAATCTCCTACAGgtaagttctctctgctcccagtttatatgattatttttaatatttacttt
ttccgtcaatacacgtgggagagactctgctatgtcctagttctgattggagatgtccaaaatcctctgattcgtatgatcatatgaattaaatgaaattttgatcaaataattcatatacccaaattattaaaaacttccctaaaccttgtttctacaaacagttgtgcagattgatgtgtccaaaatcccatgattgg
aatcgatttaatgaattctgatcaaataatccttatactcaaattactaaaaggcccatccaaaactcgtgtctgtccaacagTTGTGCAGAATGTGGTGTATTTCTGAATCTCAGCAGCAGCTATCAGTACCCTGCAGATTCCTACTTTGAAGCAGGGAACAGGGGCACCCTCTCATTCTCTGCCATTGATGACACCAA
GTTCAGATTTGAAAAGGAAGATAAGATTAAGCCCTTCTTTGAGACCTTGAACCACTGGGGAATTCAGAGAAAGAGGACCAAACTTAAGTGCGCTTCCTGTGGTACGCTCGTAGGTTATGTTTATGATGATGGCCCTCCAGCTACAGACGGTATTGGTCAGTTTGGCATGGGTTCTAGCCAGGCTGTGCCTAGGAATCCAC
GGTATAGATTGAAGATCAAAGCTCTCAAGGAGGAACGATTGAAGGGTAGATTCATTATTTCTTCTGTGTATGCCTGATACCTTCCAGATTATCATGTCGGGAAGTTTTCCGATAGAGTTTACGGATCGAGTTTACTATAATTATTATTATTGGTTTTGGCTACTGGTTTATCCGGAGTTGTATGATATTTTTTTCCCTGC
ATGCAATTTGAAATATTTGTTATTATTTTCATGAATGGAATTTGAAATATTTGTATCAATTACAGCTCATCTGTTTCCATAGCAAGTGATGCAGAATTGCCCA

Intron 2 GTAAGTTCTC ... CTACAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	1
A2	100	0	0	1
A3	60	1	3	0
A4	27.27	4	3	0
A5	0	1	0	0
A6	31.43	12	10	1
A7	21.74	18	8	2
A8	27.27	8	1	5
A9	48.15	7	6	7
A10	21.43	11	6	0

>TRINITY_DN40599_c0_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCAAATAAAACTTTGATGGGAACCATACTGCTCGGTCAACCTTACCAGGTACCACGTGGTTTTTTAGACAGCACAACTGGATCCAACTTCTTCAGCACTCTTTCTTGCCCATTATGAAAAATACACCCCATAAAATCCATACCCAGCTTGAAATTCTAATTCGAGAAGCGATTTGTCTTTTCCACAAAAGAATACAATG
AATTTGATCGGAAAGAGCTCATTTTTCAGAAGATGGGTTCCATATGCTCTGACTTTGAATTTCTGATGAATGACCCCATATAATCACAATACCATCCTATACCTCAATTTCCTCCAGACCTTCACCTGCTATGGCTTCAATCTCCTACAGTTGTGCAGATTGATGTGTCCAAAATCCCATGATTGGAATCGATTTAATGA
ATTCTGATCAAATAATCCTTATACTCAAATTACTAAAAGGCCCATCCAAAACTCGTGTCTGTCCAACAGTTGTGCAGAATGTGGTGTATTTCTGAATCTCAGCAGCAGCTATCAGTACCCTGCAGATTCCTACTTTGAAGCAGGGAACAGGGGCACCCTCTCATTCTCTGCCATTGATGACACCAAGTTCAGATTTGAAA
AGGAAGATAAGATTAAGCCCTTCTTTGAGACCTTGAACCACTGGGGAATTCAGAGAAAGAGGACCAAACTTAAGTGCGCTTCCTGTGGTACGCTCGTAGGTTATGTTTATGATGATGGCCCTCCAGCTACAGACGGTATTGGTCAGTTTGGCATGGGTTCTAGCCAGGCTGTGCCTAGGAATCCACGGTATAGATTGAAG
ATCAAAGCTCTCAAGGAGGAACGATTGAAGGGTAGATTCATTATTTCTTCTGTGTATGCCTGATACCTTCCAGATTATCATGTCGGGAAGTTTTCCGATAGAGTTTACGGATCGAGTTTACTATAATTATTATTATTGGTTTTGGCTACTGGTTTATCCGGAGTTGTATGATATTTTTTTCCCTGCATGCAATTTGAAAT
ATTTGTTATTATTTTCATGAATGGAATTTGAAATATTTGTATCAATTACAGCTCATCTGTTTCCATAGCAAGTGATGCAGAATTGCCCA

>TRINITY_DN40599_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCAAATAAAACTTTGATGGGAACCATACTGCTCGGTCAACCTTACCAGGTACCACGTGGTTTTTTAGACAGCACAACTGGATCCAACTTCTTCAGCACTCTTTCTTGCCCATTATGAAAAATACACCCCATAAAATCCATACCCAGCTTGAAATTCTAATTCGAGAAGCGATTTGTCTTTTCCACAAAAGAATACAATG
AATTTGATCGGAAAGAGCTCATTTTTCAGAAGATGGGTTCCATATGCTCTGACTTTGAATTTCTGATGAATGACCCCATATAATCACAATACCATCCTATACCTCAATTTCCTCCAGACCTTCACCTGCTATGGCTTCAATCTCCTACAGgtaagttctctctgctcccagtttatatgattatttttaatatttacttt
ttccgtcaatacacgtgggagagactctgctatgtcctagttctgattggagatgtccaaaatcctctgattcgtatgatcatatgaattaaatgaaattttgatcaaataattcatatacccaaattattaaaaacttccctaaaccttgtttctacaaacagTTGTGCAGATTGATGTGTCCAAAATCCCATGATTGG
AATCGATTTAATGAATTCTGATCAAATAATCCTTATACTCAAATTACTAAAAGGCCCATCCAAAACTCGTGTCTGTCCAACAGTTGTGCAGAATGTGGTGTATTTCTGAATCTCAGCAGCAGCTATCAGTACCCTGCAGATTCCTACTTTGAAGCAGGGAACAGGGGCACCCTCTCATTCTCTGCCATTGATGACACCAA
GTTCAGATTTGAAAAGGAAGATAAGATTAAGCCCTTCTTTGAGACCTTGAACCACTGGGGAATTCAGAGAAAGAGGACCAAACTTAAGTGCGCTTCCTGTGGTACGCTCGTAGGTTATGTTTATGATGATGGCCCTCCAGCTACAGACGGTATTGGTCAGTTTGGCATGGGTTCTAGCCAGGCTGTGCCTAGGAATCCAC
GGTATAGATTGAAGATCAAAGCTCTCAAGGAGGAACGATTGAAGGGTAGATTCATTATTTCTTCTGTGTATGCCTGATACCTTCCAGATTATCATGTCGGGAAGTTTTCCGATAGAGTTTACGGATCGAGTTTACTATAATTATTATTATTGGTTTTGGCTACTGGTTTATCCGGAGTTGTATGATATTTTTTTCCCTGC
ATGCAATTTGAAATATTTGTTATTATTTTCATGAATGGAATTTGAAATATTTGTATCAATTACAGCTCATCTGTTTCCATAGCAAGTGATGCAGAATTGCCCA