sp|Q9ZW07|PUM1_ARATH ----> Pumilio homolog 1
Intron 1 GTTTGTCAAT ... CTTGAACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.64 | 84 | 21 | 31 |
| A2 | 21.51 | 73 | 18 | 22 |
| A3 | 22.76 | 56 | 13 | 20 |
| A4 | 23.46 | 62 | 19 | 19 |
| A5 | 30.16 | 44 | 17 | 21 |
| A6 | 24.72 | 67 | 22 | 22 |
| A7 | 20.87 | 91 | 18 | 30 |
| A8 | 22.66 | 99 | 20 | 38 |
| A9 | 16.96 | 71 | 14 | 15 |
| A10 | 23.39 | 95 | 26 | 32 |
>TRINITY_DN118098_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformGTACCGTATTCTTGCTTCCCTATGCGCGGCCTAGGGGCTTGTCTGCAAGTAGCCCTAATACGCTATTTATTCCGGGCGGGATCTTGGCCGTTGGAGGTCAAATCGGACGGCTGGAATGGATATTCCATGCTCGCGTTAGAAGTCGATATTTGTTCCCAACCGGGAAAACCCTGACTTTTCTGCTTCGCGGCACACCCCCA
GCTGGCCTAAGGGACCAAGCTGGAGCGTTTAAATGTGCAGATACAGCCACAATTCGCTCAAATTGATGCCAGTTCTGGAACGGCGATCGCCGGAATAGTTCGAAAGGAGCTTTCAGCCTTAGGTTATTTTCCGGAGATTTCTACCGCTGTTCGTTATCTGCTTACTATTATCCTTTTCTGGTTTCGTGGTCTGTTTTGAA
GTCGGCAATTTGATGAAGATGATTTAAAAGCGTCGAACGAAAGTGTGAATTGAAGAGAGTGGAGAGAGACAGAATGGCAACGGAGAGTCCACTGAGGTTGATGGGCAGTGGGGGAGGAACACGGAACTGGTCTACGAGCGGGGGAAGCCTAAGTTATGCATCATCCCATGATGGAGCAGAGCATGATTTATCTTTAATGC
TGAGCGAAGGCAGGTTTCGTAATAGTAGGGAAATGGTTCCAAATCGAAGTGGAAGTGCACCCCCGACTTTTGAGGGATCATTGGCAACCTTGGGTGGCATTTTTTCTCAGGAAAATTCGACTGGGGATTCAAGTTGGGAGGTTCCAGGTGATGCCGTTGAAAGCTTTGACTCTGAGGAGCAACGTCGAACTGATCCAGAA
TATTTGGCTTACCATTATTCTCATAACTTAAACCCAAGGCTTCCGCGGGAGAGTCGCCGTTTAGCACAACATCTAGGTGGCCTGAGTGACAAGCGGAATTTGAGATCCTTAGATGACAGTAACAGTAGGTCGTTGTTCTCTCGACCTGTTCTTCCAACACATAAAGAAGAGCCTGAGGAGGAAAGGTCTCCTGTTGCTAA
TCTTATTCGACAGGCCTCCAGTGATTGGGCAGAGAAGGGTTTCATTGGGCTGTCTGCAACATCGTTGGGAGGCCGTCCTAAAAGTTTGGTAGATCTAATTCAGGAGGACTTTCCACGTACACCATCACCCGTATATAATCTTTCTCGTTCCCCGAGTCGTGCTGCAAATGAGGATGGAGTTGATACCAATTCGTCTTTAG
ATGTTCAACTTATGCATTTGAGAGAATCTGCCATGTCTTCTGTTAAGGGATCTGAATTAAACACTACAACTTTAGTCTCCCGTTCGGCAACACCTACTCCTAATGGAATCCACATGCTTGGAGTCAGTTCAACGAGTGCTCCTCTACATTCTGTTACATCATCAGACGTACATGTGGAAAGTATACATTCCAACAGTACG
GAAGAAGCTTCGATGGATCAAATCACAGGTTTGGCAGGGAGTTCAAGCATTAGCAACTCTGAGTTAAACAATTCTATATTGAGTTCTGCAAGTACGTCAGATGCATCAAAACTTGCAGATACATTACAAGGTTTCAGTATTGCTGATATACAGAACTTCGAGGATCATCCTCAGCAAAATGAACAGCATGCCCATCAGGA
GGGAGATCAGCCTCATTTTTTTCAATTGCCACAACAACAACATCCACGCCAGCAGCGGGCACATGTGCCTGGAGTTCAAGGCCAAGTTCAGTCTCAAGTTCCAATTCAAGCACTACATCAACAACATCATACTTCTATCAATCAGTCTTTTCGCAATCAGTCTAAATTTAATTCTCCAAATCTGATGCAAGCCCCAGCCA
TGGGGCTTCAACCAACAATTCAGCCAGGTACAGCAGGTGCACCACACTTGTATGCAACTGCAGCTGCTTATATGGCATCTGGAAATCCTTATTATCAAAATATGCAGTCTGCTGCTTTATATGCTTCCCAGTATGCAATGAGTGGATATCCTATGAATACTCCTCTTTTATCTCCAATGATGGCAAGTTACCCCACTCAT
GGTGCCATGCCAATGGCTTTTGATAATGCTGTAGCTGCAAGCTTGAATGCACGGGCAGCTGCTGCAGCTACCCATGGTGGAGGCATGGGGGTTGGTGTAGATATGCAGCAGCTTTATAAATTCAATGGGCAACTTGGAACATTACAGCCACCCTTGGCTGATCCAATCTACCTACCTTATTTGCAGAGGTCAGCTGACGA
CGCATACAATGCTGCAATGTTTGGTGATCCTTTAGCAGGTAGAGGATTTGTTGGTGGAAGTCATATGGATGCCCTTGAGCTACAGAGGGCTTCAATGATTGGTTATACAGCTGAACAGAAGTCTCAGTTAATCCGAAGTGGGACATTGGGTGTACCGATTGCTGGCAAAAGTGGTGCTGTAAGTCCAGCATATTATGGGA
GCCCCTCTAGTATGGCCCTTGTAATGCAATATCCGAGTTCACCATTGGCAAGTCCGGTAATACCAGGGTCTCCAGTAATGGCAGCAAGTCTTCCTGGAAGACCAAATGAGCGAAACTTTTGCCTTCCTCTAGGGTCGAACAGGATAACATCAATGGGCGCTTATTCTGGTTGGCAGTCACAGAGGGGAAATGAAAAGCTG
GATGATATGAGATGCTCTTCTGTCCTTGAGGAACTGAAGAACAGTAAAACTCGCAAATTTGAATTATCTGATATTGTGGGACATGTGGTTGAGTTGAGTGCTGATCAACATGGAAGCCGGTTCATACAACAAAAGTTGGAAACAACTAGCCTTGAAGAGAAGGCATTAGTTTTCCAAGAAGTGTTGCCACAAGCCTCAAC
ACTGATGACGGATGTGTTTGGTAACTATGTTATACAGAAGTTTTTTGAGCATGGTATTGATCAACAGCGAAAGGAGCTTGCCAATCAACTTGTCGGTCGTGTCTTGAATTTAAGTCTTCAGATGTATGGTTGTCGTGTTGTACAGAAGGCACTTGAAGTTGTTGATGTAGACCAGCAGATGCAGCTGGTTTTAGAACTTG
ATGGACATGTCTTGCGATGTGTCCGAGATCAGAACGGAAACCATGTGATTCAAAAATGCATTGAGTGTGTACCGACAAACCAAATAGAATTTATAATATCTGCATTTTATGGTCAAGTGGTTAACCTCTCAACACACCCCTATGGTTGCCGTGTCATACAGAGGGTTTTGGAGCACTGTACAGAAGAGCAGAAAAATAAT
GGCATAATGGAAGAAATTTTGCAATCTGCTTACAACCTCGCTCAAGATCAATATGGAAACTATGTGGCACAGCATGTATTAGAGCATGGGAAACCCCATGAAAGAAGTGAAATCATCAACAAACTGGCAGGGAAAATTGTACAAATGAGTCAACATAAATTTGCATCCAATGTTGTTGAAAAATGTTTGGAGCATGGAGA
CCTAACTGAACGTGAAATTTTGATTGATGAAATGCTTGGTGATACAGAGGAAAATGAGAATTTACAGGCAATGATGAAAGATCAATATGCTAATTATGTAGTTCAGAAGGTCCTTGAAACTTGTAATGATCAACAAAGGGAGAAGCTACTTACTCGTATAAGAGTTCACTTAAATGCGCTGAAAAAGTACACCTATGGGA
AACACATAGTTGCTCGAGTTGAAAAGCTTCTTGCTCTTGGAGAAAAACGCAATTTGTAAATATGATGCTGTCATTTGAAATTCAAGATGGGTGAGTTGCATATCTGCAAACTCCCTGATGTCACTTTTAAAAGTTGCTGAAGAATTGTGTATTATTTTTCTAATTTATACCTGTAGAATATGGCTGTTGAACCTTATAAA
TGGCCCATTCCCATTTGATCATTAGGGGGGTTCTTTGGGAGGGTTATGTAATGCTTGAAACAAGACTTGTTCGTCTGTAGGTGACATTTCCTGTAATACTAATGCGTGTTAAATAGTATTCAAAGCGTGTGGTTAGTATTCTTTAGCTTTACCACTGTTGGTGGAAATAATGTAGTTTATTCCAAGGAAGAGACCTCTTG
GATTTCCAAGAGCATGTGATTTCAGATTCCTTTGTAAAAATTGAGGTTCACAACTGCCAACTGTACAGACTCAGGAATGTTTAAACACACGTTTCTAATAATTTGTCATAATGTCCCTTCATTCAGATATTGACATCTTGGTATTCCCATATCACAGGGAAAAAGCTTTAAGTAGGGTCCATGTTAGATGGATTGATCAT
TGAATAGTGTGTATGTCTCACAGAACACAGCTTTGTTCATTCTAACCGGCGTATATATTCTCGTTTTCACTGCCACCATATATCTTGGTTATGTAATATTGTTTGTTGCGTATGGAATCAAACTGTATTGTATATTTTAATATATCATAGCTCTTTCTCATGTATATTTGAATATTTCATAGCTCTTTCTTACCGATGAA
AATTGTAATTTATGCAGAAATTTTGTTCTTTATTACAGCTTTGTCATTTTAAGTGCTTATCCAATGATATTTATGGATGCCGGGGGTTGGTTGGTTGCTTGCAGTTTAAAG
>TRINITY_DN118098_c0_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:CAGGAGGACTTTCCACGTACACCATCACCCGTATATAATCTTTCTCGTTCCCCGAGTCGTGCTGCAAATGAGGATGGAGTTGATACCAATTCGTCTTTAGATGTTCAACTTATGCATTTGAGAGAATCTGCCATGTCTTCTGTTAAGGGATCTGAATTAAACACTACAACTTTAGTCTCCCGTTCGGCAACACCTACTCC
TAATGGAATCCACATGCTTGGAGTCAGTTCAACGAGTGCTCCTCTACATTCTGTTACATCATCAGACGTACATGTGGAAAGTATACATTCCAACAGTACGGAAGAAGCTTCGATGGATCAAATCACAGGTTTGGCAGGGAGTTCAAGCATTAGCAACTCTGAGTTAAACAATTCTATATTGAGTTCTGCAAGTACGTCAG
ATGCATCAAAACTTGCAGATACATTACAAGGTTTCAGTATTGCTGATATACAGAACTTCGAGGATCATCCTCAGCAAAATGAACAGCATGCCCATCAGGAGGGAGATCAGCCTCATTTTTTTCAATTGCCACAACAACAACATCCACGCCAGCAGCGGGCACATGTGCCTGGAGTTCAAGGCCAAGTTCAGTCTCAAGTT
CCAATTCAAGCACTACATCAACAACATCATACTTCTATCAATCAGTCTTTTCGCAATCAGTCTAAATTTAATTCTCCAAATCTGATGCAAGCCCCAGCCATGGGGCTTCAACCAACAATTCAGCCAGGTACAGCAGGTGCACCACACTTGTATGCAACTGCAGCTGCTTATATGGCATCTGGAAATCCTTATTATCAAAA
TATGCAGTCTGCTGCTTTATATGCTTCCCAGTATGCAATGAGTGGATATCCTATGAATACTCCTCTTTTATCTCCAATGATGGCAAGTTACCCCACTCATGGTGCCATGCCAATGGCTTTTGATAATGCTGTAGCTGCAAGCTTGAATGCACGGGCAGCTGCTGCAGCTACCCATGGTGGAGGCATGGGGGTTGGTGTAG
ATATGCAGCAGCTTTATAAATTCAATGGGCAACTTGGAACATTACAGCCACCCTTGGCTGATCCAATCTACCTACCTTATTTGCAGAGGTCAGCTGACGACGCATACAATGCTGCAATGTTTGGTGATCCTTTAGCAGGTAGAGGATTTGTTGGTGGAAGTCATATGGATGCCCTTGAGCTACAGAGGGCTTCAATGATT
GGTTATACAGCTGAACAGAAGTCTCAGTTAATCCGAAGTGGGACATTGGGTGTACCGATTGCTGGCAAAAGTGGTGCTGTAAGTCCAGCATATTATGGGAGCCCCTCTAGTATGGCCCTTGTAATGCAATATCCGAGTTCACCATTGGCAAGTCCGGTAATACCAGGGTCTCCAGTAATGGCAGCAAGTCTTCCTGGAAG
ACCAAATGAGCGAAACTTTTGCCTTCCTCTAGGGTCGAACAGGATAACATCAATGGGCGCTTATTCTGGTTGGCAGTCACAGAGGGGAAATGAAAAGCTGGATGATATGAGATGCTCTTCTGTCCTTGAGGAACTGAAGAACAGTAAAACTCGCAAATTTGAATTATCTGATATTGTGGGACATGTGGTTGAGTTGAGTG
CTGATCAACATGGAAGCCGGTTCATACAACAAAAGTTGGAAACAACTAGCCTTGAAGAGAAGGCATTAGTTTTCCAAGAAGTGTTGCCACAAGCCTCAACACTGATGACGGATGTGTTTGGTAACTATGTTATACAGAAGTTTTTTGAGCATGGTATTGATCAACAGCGAAAGGAGCTTGCCAATCAACTTGTCGGTCGT
GTCTTGAATTTAAGTCTTCAGATGTATGGTTGTCGTGTTGTACAGAAGgtttgtcaatttttgataatttttacagtaaccttcagaatttgatgcatataagttttatcaaatgcatgctagatagcaaagctcctagagttgagttatgcatatttatgtttttaaagggtcttgaggattgtgggaatgccatattt
tctgtgataatgtttagttttggggctatgagctgtcaggactcaggagaccaaaataatggtaatggatccccaaaagcctcagatttagcccaatgtttatatgtcttatatatcacctgtggtttcacatccttttgtccaaattgtgtcataaatacaagcaacttcttttttggggtgtttcctttaaagttgag
aagcattacaattgacctaaatacatagcccatgttcatgggtgagatggcccttaaagggtggacatctaatcagaggctctttccttctgctaaactgccacgacatgggagtactcatctgtcaaaattacccaggagttgcacctggccccaacagaatattcttgccttcaggggaatggaccttggctggtggc
ttaacatgccacgaggttcacagcaccccactggcagaaactgttttctttgagtttacactctatgtataatgctccacattttgaaggtttttattttggttccctcccaaaaccaacaaacaaacaagtaaaagaaaaaaagaacaaaataaaaggaaggagtttattttgtttcttttcaaagcctcaagtaacta
gatcaaaagccttagttactgtgcttttctattgtctgatgatccattttttattatttatttccttactataattttgaagtactgaaacttgaaccagGCACTTGAAGTTGTTGATGTAGACCAGCAGATGCAGCTGGTTTTAGAACTTGATGGACATGTCTTGCGATGTGTCCGAGATCAGAACGGAAACCATGTGA
TTCAAAAATGCATTGAGTGTGTACCGACAAACCAAATAGAATTTATAATATCTGCATTTTATGGTCAAGTGGTTAACCTCTCAACACACCCCTATGGTTGCCGTGTCATACAGAGGGTTTTGGAGCACTGTACAGAAGAGCAGAAAAATAATGGCATAATGGAAGAAATTTTGCAATCTGCTTACAACCTCGCTCAAGAT
CAATATGGAAACTATGTGGCACAGCATGTATTAGAGCATGGGAAACCCCATGAAAGAAGTGAAATCATCAACAAACTGGCAGGGAAAATTGTACAAATGAGTCAACATAAATTTGCATCCAATGTTGTTGAAAAATGTTTGGAGCATGGAGACCTAACTGAACGTGAAATTTTGATTGATGAAATGCTTGGTGATACAGA
GGAAAATGAGAATTTACAGGCAATGATGAAAGATCAATATGCTAATTATGTAGTTCAGAAGGTCCTTGAAACTTGTAATGATCAACAAAGGGAGAAGCTACTTACTCGTATAAGAGTTCACTTAAATGCGCTGAAAAAGTACACCTATGGGAAACACATAGTTGCTCGAGTTGAAAAGCTTCTTGCTCTTGGAGGTGTGT
CTACTCATCTCTTAAAGTGAACTGATTACTGTAAGAAGTGTTTTTACTTGTGTCTGAGCTTTAGAATATTGTGTTGTTTCTATTTTTTGCCCTTACACTATTTACCTAGATGCTATGATATAACAAGGATGAACCTTATTTAGCGATTATGATCAGATTTTAATACAAATATGTCCATAGTTTGTATTAATTGGTTTCAC
TTTTTAAATATGAAAAATAAGATTGAAATAATTAGGAAAGAAAAAAAGATTCAGAATCTATATATTTCTAGGAATTGAAGAATGCAATAAAGAGTTTGCATTAATGTTCAGGGATGGCCCAAACACAATCAATCTCTTTCAGCAGAACCTTTAATGCTTGAGAATGTTATATATAAACTTCTTAAGAGGTTTCCTCTGGG
GCTTTGGATATGGAAACAAACACCTTTCCAAATGTTTGAGAATGTTTCATAAAGTCTTCTTAACAGGTTTCTCTTGGGGTTCACTATTTGTTTTTCTTATGAAGACAATGTGAGGCTAATTGCTTGGCAGGGCATGATTGGATTTTTCTTTCTAATATTTATTTATGTTGAAGAAGATACATCTTATTACATATTTTCAA
AATTAATGAGTTACAACAACATAGAAAATCAATAATGAACAACATATAAATAACAGTGACACCACTTGTCATGCCTCTCTTGGCAAGATTCAACATGTTCTCCAAAAGACCTTGT
Intron 2 GTTAGTATTT ... GTACTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.5 | 5 | 3 | 3 |
| A2 | 47.37 | 5 | 0 | 9 |
| A3 | 50 | 5 | 7 | 3 |
| A4 | 31.43 | 12 | 6 | 5 |
| A5 | 33.33 | 7 | 1 | 6 |
| A6 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A7 | 6.67 | 7 | 1 | 0 |
| A8 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 6 | 0 | 0 |
| A10 | 7.69 | 6 | 1 | 0 |
>TRINITY_DN107709_c0_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoformGCTCGTTTTTACATTCTGTGAAAAAGTTCCTCCTGTAATGTACAATTTCGTCCGTTAATGTCCAGTTTATGCCGTGCTGAGGTTCGAATTGAACACTTTCTAGTGTATTATGACAATTTCGCCAGTTAATGTTCACTTCCTGCCGCGACGGGGTTTGAATTCCAATTTAGAGCTTAGGTTATTTTCCGGAGATTTCTACC
GCTGTTCGTTATCTGCTTACTATTATCCTTTTCTGGTTTCGTGGTCTGTTTTGAAGTCGGCAATTTGATGAAGATGATTTAAAAGCGTCGAACGAAAGTGTGAATTGAAGAGAGTGGAGAGAGACAGAATGGCAACGGAGAGTCCACTGAGGTTGATGGGCAGTGGGGGAGGAACACGGAACTGGTCTACGAGCGGGGGA
AGCCTAAGTTATGCATCATCCCATGATGGAGCAGAGCATGATTTATCTTTAATGCTGAGCGAAGGCAGGTTTCGTAATAGTAGGGAAATGGTTCCAAATCGAAGTGGAAGTGCACCCCCGACTTTTGAGGGATCATTGGCAACCTTGGGTGGCATTTTTTCTCAGGAAAATTCGACTGGGGATTCAAGTTGGGAGGTTCC
AGGTGATGCCGTTGAAAGCTTTGACTCTGAGGAGCAACGTCGAACTGATCCAGAATATTTGGCTTACCATTATTCTCATAACTTAAACCCAAGGCTTCCGCGGGAGAGTCGCCGTTTAGCACAACATCTAGGTGGCCTGAGTGACATGCGGAAATTGAGATCCTTAGATGACAGTAACAGTAGGTCGTTGTTCTCTCGAC
CTGTTCTTCCAACACATAAAGAAGAGCCTGAGGAGGAAAGGTCTCCTGTTGCTAATCTTATTCGACAGGCCTCCAGTGATTGGGCAGAGAAGGGTTTCATTGGGCTGTCTGCAACATCGTTGGGAGGCCGTCCTAAAAGTTTGGTAGATCTAATTCAGGAGGACTTTCCACGTACACCATCACCCGTATATAATCTTTCT
CGTTCCCCGAGTCGTGCTGCAAATGAGGATGGAGTTGATACCAATTCGTCTTTAGATGTTCAACTTATGCATTTGAGAGAATCTGCCATGTCTTCTGTTAAGGGATCTGAATTAAACACTACAACTTTAGTCTCCCGTTCAGCAACACCTACTCCTAATGGAATCCACATGCTTGGAGTCAGTTCAACGAGTGCTCCTCT
ACATTCTGTTACATCATCAGACGTACCTGTGGAAAGTATACATTCCAACAGTACGGAAGAAGCTTCGATGGATCAAATCACAGGTTTGGCAGGGAGTTCAAGCATTAGCAACTCTGAGTTAAACAATTCTATATTGAGTTCTGCAAGTACGTCAGATGCATCAAAACTTGCAGATACATTACAAGGTTTCAGTATTGCTG
ATATACAGAACTTCGAGGATCATCCTCAGCAAAATGAACAGCATGCCCATCAGGAGGGAGATCAGCCTCATTTTTTTCAATTGCCACAACAACAACATCCACGCCAGCAGCGGGCACATGTGCCTGGAGTTCAAGGCCAAGTTCAGTCTCAAGTTCCAATTCAAGCACTACATCAACAACATCATACTTCTATCAATCAG
TCTTTTCGCAATCAGTCTAAATTTAATTCTCCAAATCTGATGCAAGCCCCAGCCATGGGGCTTCAACCAACAATTCAGCCAGGTACAGCAGGTGCACCACACTTGTATGCAACTGCAGCTGCTTATATGGCATCTGGAAATCCTTATTATCAAAATATGCAGTCTGCTGCTTTATATGCTTCCCAGTATGCAATGAGTGG
ATATCCTATGAATACTCCTCTTTTATCTCCAATGATGGCAAGTTACCCCACTCATGGTGCCATGCCAATGGCTTTTGATAATGCTGTAGCTGCAAGCTTGAATGCACGGGCAGCTGCTGCAGCTACCCATGGTGGAGGCATGGGGGTTGGTGTAGATATGCAGCAGCTTTATAAATTCAATGGGCAACTTGGAACATTAC
AGCCACCCTTGGCTGATCCAATCTACCTACCTTATTTGCAGAGGTCAGCTGACGACGCATACAATGCTGCAATGTTTGGTGATCCTTTAGCAGGTAGAGGATTTGTTGGTGGAAGTCATATGGATGCCCTTGAGCTACAGAGGGCTTCAATGATTGGTTATACAGCTGAACAGAAGTCTCAGTTAATCCGAAGTGGGACA
TTGGGTGTACCGATTGCTGGCAAAAGTGGTGCTGTAAGTCCAGCATATTATGGGAGCCCCTCTAGTATGGCCCTTGTAATGCAATATCCGAGTTCACCATTGGCAAGTCCGGTAATACCAGGGTCTCCAGTAATGGCAGCAAGTCTTCCTGGAAGACCAAATGAGCGAAACTTTTGCCTTCCTCTAGGGTCGAACAGGAT
AACATCAATGGGCGCTTATTCTGGTTGGCAGTCACAGAGGGGAAATGAAAAGCTGGATGATATGAGATGCTCTTCTGTCCTTGAGGAACTGAAGAACAGTAAAACTCGCAAATTTGAATTATCTGATATTGTGGGACATGTGGTTGAGTTGAGTGCTGATCAACATGGAAGCCGGTTCATACAACAAAAGTTGGAAACAA
CTAGCCTTGAAGAGAAGGCATTAGTTTTCCAAGAAGTGTTGCCACAAGCCTCAACACTGATGACGGATGTGTTTGGTAACTATGTTATACAGAAGTTTTTTGAGCATGGTATTGATCAACAGCGAAAGGAGCTTGCCAATCAACTTGTCGGTCGTGTCTTGAATTTAAGTCTTCAGATGTATGGTTGTCGTGTTGTACAG
AAGGCACTTGAAGTTGTTGATGTAGACCAGCAGATGCAGCTGGTTTTAGAACTTGATGGACATGTCTTGCGATGTGTCCGAGATCAGAACGGAAACCATGTGATTCAAAAATGCATCGAGTGTGTACCGACAAACCAAATAGAATTTATAATATCTGCATTTTATGGTCAAGTGGTTAACCTCTCAACACACCCCTATGG
TTGCCGTGTCATACAGAGGGTTTTGGAGCACTGTACAGAAGAGCAGAAAAATAATGGCATAATGGAAGAAATTTTGCAATCTGCTTACAACCTCGCTCAAGATCAATATGGAAACTATGTGGCACAGCATGTATTAGAGCATGGGAAACCCCATGAAAGAAGTGAAATCATCAACAAACTGGCAGGGAAAATTGTACAAA
TGAGTCAACATAAATTTGCATCCAATGTTGTTGAAAAATGTTTGGAGCATGGAGACCTAACTGAACGTGAAATTTTGATTGATGAAATGCTTGGTGATACAGAGGAAAATGAGAATTTACAGGCAATGATGAAAGATCAATATGCTAATTATGTAGTTCAGAAGGTCCTTGAAACTTGTAATGATCAACAAAGGGAGAAG
CTACTTACTCGTATAAGAGTTCACTTAAATGCGCTGAAAAAGTACACCTATGGGAAACACATAGTTGCTCGAGTTGAAAAGCTTCTTGCTCTTGGAGAAAAACGCAATTTGTAAATATGATGCTGTCATTTGAAATTCAAGATGGGTGAGTTGCATATCTGCAAACTCCCTGATGTCACTTTTAAAAGTTGCTGAAGAAT
TGTGTATTATTTTTCTAATTTATACCTGTAGAATATGGCTGTTGAACCTTATAAATGGCCCATTCCCATTTGATCATTAGGGGGGTTCTTTGGGAGGGTTATGTAATGCTTGAAACAAGACTTGTTCGTCTGTAGGTGACATTTCCTGTAATACTAATGCGTGTTAAATAGTATTCAAAGCGTGTGGTTAGTATTCTTTA
GCTTTACCACTGTTGGTGGAAATAATGTAGTTTATTCCAAGGAAGAGACCTCTTGGATTTCCAAGAGCATGTGATTTCAGATTCCTTTGTAAAAATTGAGGTTCACAACTGCCAACTGTACAGACTCAGGAATGTTTAAACACACGTTTCTAATAATTTGTCATAATGTCCCTTCATTCAGATATTGACATCTTGGTATT
CCCATATCACAGGGAAAAAGCTTTAAGTAGGGTCCATGTTAGATGGATTGATCATTGAATAGTGTGTATGTCTCACAGAACACAGCTTTGTTCATTCTAACCGGCGTATATATTCTCGTTTTCACTGCCACCATATATCTTGGTTATGTAATATTGTTTGTTGCGTATGGAATCAAACTGTATTGTATATTTTAATATAT
CATAGCTCTTTCTCATGTATATTTGAATATTTCATAGCTCTTTCTTACCGAT
>TRINITY_DN107709_c0_g2_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:GCTCGTTTTTACATTCTGTGAAAAAGTTCCTCCTGTAATGTACAATTTCGTCCGTTAATGTCCAGTTTATGCCGTGCTGAGGTTCGAATTGAACACTTTCTAGTGTATTATGACAATTTCGCCAGTTAATGTTCACTTCCTGCCGCGACGGGGTTTGAATTgttagtatttccagagtcgtgtgtccgctttcgttttaa
gttcaaatttcaccctttcgggagcttcgagcttgaagttatgagtgttttctgaattgcactgttaaattgtcatgcttggagttccggcgccggtatcattacaaattagttaaattgcgcctcgtaataagactttctggctacaaattgctgttttctgtaccaaattatggccgtagtttgccttggcgtttttg
gggtttctctgtcggtattttttatttattttttaacagaaggctttatttagagtcttgaaagtttactaattatgtgtactggcagCCAATTTAGAGCTTAGGTTATTTTCCGGAGATTTCTACCGCTGTTCGTTATCTGCTTACTATTATCCTTTTCTGGTTTCGTGGTCTGTTTTGAAGTCGGCAATTTGATGTGA
GTACAGGTCCTGGAGTCCTTAAAAGATTTCGAAGGAACATTTTGTGCTAGAAATGTTTATGGTTTTGAGCTCTAATTAAGTTTTGAGCAATTATGTTTATGTTTAAGATCATATTTTTACTGTTCTTTGAAACCAAGCTTAGTCACAGTATCTTTTCGAAAATGCAATGACAGGAAGATGATTTAAAAGCGTCGAACGAA
AGTGTGAATTGAAGAGAGTGGAGAGAGACAGAATGGCAACGGAGAGTCCACTGAGGTTGATGGGCAGTGGGGGAGGAACACGGAACTGGTCTACGAGCGGGGGAAGCCTAAGTTATGCATCATCCCATGATGGAGCAGAGCATGATTTATCTTTAATGCTGAGCGAAGGCAGGTTTCGTAATAGTAGGGAAATGGTTCCA
AATCGAAGTGGAAGTGCACCCCCGACTTTTGAGGGATCATTGGCAACCTTGGGTGGCATTTTTTCTCAGGAAAATTCGACTGGGGATTCAAGTTGGGAGGTTCCAGGTGATGCCGTTGAAAGCTTTGACTCTGAGGAGCAACGTCGAACTGATCCAGAATATTTGGCTTACCATTATTCTCATAACTTAAACCCAAGGCT
TCCGCGGGAGAGTCGCCGTTTAGCACAACATCTAGGTGGCCTGAGTGACATGCGGAAATTGAGATCCTTAGATGACAGTAACAGTAGGTCGTTGTTCTCTCGACCTGTTCTTCCAACACATAAAGAAGAGCCTGAGGAGGAAAGGTCTCCTGTTGCTAATCTTATTCGACAGGCCTCCAGTGATTGGGCAGAGAAGGGTT
TCATTGGGCTGTCTGCAACATCGTTGGGAGGCCGTCCTAAAAGTTTGGTAGATCTAATTCAGGAGGACTTTCCACGTACACCATCACCCGTATATAATCTTTCTCGTTCCCCGAGTCGTGCTGCAAATGAGGATGGAGTTGATACCAATTCGTCTTTAGATGTTCAACTTATGCATTTGAGAGAATCTGCCATGTCTTCT
GTTAAGGGATCTGAATTAAACACTACAACTTTAGTCTCCCGTTCAGCAACACCTACTCCTAATGGAATCCACATGCTTGGAGTCAGTTCAACGAGTGCTCCTCTACATTCTGTTACATCATCAGACGTACCTGTGGAAAGTATACATTCCAACAGTACGGAAGAAGCTTCGATGGATCAAATCACAGGTTTGGCAGGGAG
TTCAAGCATTAGCAACTCTGAGTTAAACAATTCTATATTGAGTTCTGCAAGTACGTCAGATGCATCAAAACTTGCAGATACATTACAAGGTTTCAGTATTGCTGATATACAGAACTTCGAGGATCATCCTCAGCAAAATGAACAGCATGCCCATCAGGAGGGAGATCAGCCTCATTTTTTTCAATTGCCACAACAACAAC
ATCCACGCCAGCAGCGGGCACATGTGCCTGGAGTTCAAGGCCAAGTTCAGTCTCAAGTTCCAATTCAAGCACTACATCAACAACATCATACTTCTATCAATCAGTCTTTTCGCAATCAGTCTAAATTTAATTCTCCAAATCTGATGCAAGCCCCAGCCATGGGGCTTCAACCAACAATTCAGCCAGGTACAGCAGGTGCA
CCACACTTGTATGCAACTGCAGCTGCTTATATGGCATCTGGAAATCCTTATTATCAAAATATGCAGTCTGCTGCTTTATATGCTTCCCAGTATGCAATGAGTGGATATCCTATGAATACTCCTCTTTTATCTCCAATGATGGCAAGTTACCCCACTCATGGTGCCATGCCAATGGCTTTTGATAATGCTGTAGCTGCAAG
CTTGAATGCACGGGCAGCTGCTGCAGCTACCCATGGTGGAGGCATGGGGGTTGGTGTAGATATGCAGCAGCTTTATAAATTCAATGGGCAACTTGGAACATTACAGCCACCCTTGGCTGATCCAATCTACCTACCTTATTTGCAGAGGTCAGCTGACGACGCATACAATGCTGCAATGTTTGGTGATCCTTTAGCAGGTA
GAGGATTTGTTGGTGGAAGTCATATGGATGCCCTTGAGCTACAGAGGGCTTCAATGATTGGTTATACAGCTGAACAGAAGTCTCAGTTAATCCGAAGTGGGACATTGGGTGTACCGATTGCTGGCAAAAGTGGTGCTGTAAGTCCAGCATATTATGGGAGCCCCTCTAGTATGGCCCTTGTAATGCAATATCCGAGTTCA
CCATTGGCAAGTCCGGTAATACCAGGGTCTCCAGTAATGGCAGCAAGTCTTCCTGGAAGACCAAATGAGCGAAACTTTTGCCTTCCTCTAGGGTCGAACAGGATAACATCAATGGGCGCTTATTCTGGTTGGCAGTCACAGAGGGGAAATGAAAAGCTGGATGATATGAGATGCTCTTCTGTCCTTGAGGAACTGAAGAA
CAGTAAAACTCGCAAATTTGAATTATCTGATATTGTGGGACATGTGGTTGAGTTGAGTGCTGATCAACATGGAAGCCGGTTCATACAACAAAAGTTGGAAACAACTAGCCTTGAAGAGAAGGCATTAGTTTTCCAAGAAGTGTTGCCACAAGCCTCAACACTGATGACGGATGTGTTTGGTAACTATGTTATACAGAAGT
TTTTTGAGCATGGTATTGATCAACAGCGAAAGGAGCTTGCCAATCAACTTGTCGGTCGTGTCTTGAATTTAAGTCTTCAGATGTATGGTTGTCGTGTTGTACAGAAGGCACTTGAAGTTGTTGATGTAGACCAGCAGATGCAGCTGGTTTTAGAACTTGATGGACATGTCTTGCGATGTGTCCGAGATCAGAACGGAAAC
CATGTGATTCAAAAATGCATCGAGTGTGTACCGACAAACCAAATAGAATTTATAATATCTGCATTTTATGGTCAAGTGGTTAACCTCTCAACACACCCCTATGGTTGCCGTGTCATACAGAGGGTTTTGGAGCACTGTACAGAAGAGCAGAAAAATAATGGCATAATGGAAGAAATTTTGCAATCTGCTTACAACCTCGC
TCAAGATCAATATGGAAACTATGTGGCACAGCATGTATTAGAGCATGGGAAACCCCATGAAAGAAGTGAAATCATCAACAAACTGGCAGGGAAAATTGTACAAATGAGTCAACATAAATTTGCATCCAATGTTGTTGAAAAATGTTTGGAGCATGGAGACCTAACTGAACGTGAAATTTTGATTGATGAAATGCTTGGTG
ATACAGAGGAAAATGAGAATTTACAGGCAATGATGAAAGATCAATATGCTAATTATGTAGTTCAGAAGGTCCTTGAAACTTGTAATGATCAACAAAGGGAGAAGCTACTTACTCGTATAAGAGTTCACTTAAATGCGCTGAAAAAGTACACCTATGGGAAACACATAGTTGCTCGAGTTGAAAAGCTTCTTGCTCTTGGA
GAAAAACGCAATTTGTAAATATGATGCTGTCATTTGAAATTCAAGATGGGTGAGTTGCATATCTGCAAACTCCCTGATGTCACTTTTAAAAGTTGCTGAAGAATTGTGTATTATTTTTCTAATTTATACCTGTAGAATATGGCTGTTGAACCTTATAAATGGCCCATTCCCATTTGATCATTAGGGGGGTTCTTTGGGAG
GGTTATGTAATGCTTGAAACAAGACTTGTTCGTCTGTAGGTGACATTTCCTGTAATACTAATGCGTGTTAAATAGTATTCAAAGCGTGTGGTTAGTATTCTTTAGCTTTACCACTGTTGGTGGAAATAATGTAGTTTATTCCAAGGAAGAGACCTCTTGGATTTCCAAGAGCATGTGATTTCAGATTCCTTTGTAAAAAT
TGAGGTTCACAACTGCCAACTGTACAGACTCAGGAATGTTTAAACACACGTTTCTAATAATTTGTCATAATGTCCCTTCATTCAGATATTGACATCTTGGTATTCCCATATCACAGGGAAAAAGCTTTAAGTAGGGTCCATGTTAGATGGATTGATCATTGAATAGTGTGTATGTCTCACAGAACACAGCTTTGTTCATT
CTAACCGGCGTATATATTCTCGTTTTCACTGCCACCATATATCTTGGTTATGTAATATTGTTTGTTGCGTATGGAATCAAACTGTATTGTATATTTTAATATATCATAGCTCTTTCTCATGTATATTTGAATATTTCATAGCTCTTTCTTACCGAT
Intron 3 GTAAACATTT ... TTCATGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.88 | 117 | 43 | 0 |
| A2 | 22.86 | 135 | 40 | 1 |
| A3 | 31.64 | 121 | 56 | 8 |
| A4 | 21.54 | 102 | 28 | 1 |
| A5 | 29 | 71 | 29 | 0 |
| A6 | 25.98 | 94 | 33 | 0 |
| A7 | 24.39 | 155 | 50 | 0 |
| A8 | 25.15 | 125 | 42 | 0 |
| A9 | 24.16 | 135 | 43 | 0 |
| A10 | 24.35 | 146 | 47 | 0 |
>TRINITY_DN113730_c1_g2_i5 from sample A3 / Example spliced isoformTAGTTTGCCTTGGCGTTTTTGGGGTTTCTCTGTCGGTATTTTTTATTTATTTTTTAACAGAAGGCTTTATTTAGAGTCTTGAAAGTTTACTAATTATGTGTACTGGCAGCCAATTTAGAGCTTAGGTTATTTTCCGGAGATTTCTACCGCTGTTCGTTATCTGCTTACTATTATCCTTTTCTGGTTTCGTGGTCGGTTTT
GAAGTCGGCAATTTGATGAAGATGATTTAAAAGCGTCGAACGAAAGTGTGAATTGAAGAGAGTGGAGAGAGACAGAATGGCAACGGAGAGTCCACTGAGGTTGATGGGCAGTGGGGGAGGAACACGGAACTGGTCTACGAGCGGGGGAAGCCTAAGTTATGCATCATCCCATGATGGAGCAGAGCATGATTTATCTTTAA
TGCTGAGCGAAGGCAGGTTTCGTAATAGTAGGGAAATGGTTCCAAATCGAAGTGGAAGTGCACCCCCGACTTTTGAGGGATCATTGGCAACCTTGGGTGGCATTTTTTCTCAGGAAAATTCGACTGGGGATTCAAGTTGGGAGGTTCCAGGTGATGCCGTTGAAAGCTTTGACTCTGAGGAGCAACGTCGAACTGATCCA
GAATATTTGGCTTACCATTATTCTCATAACTTAAACCCAAGGCTTCCGCGGGAGAGTCGCCGTTTAGCACAACATCTAGGTGGCCTGAGTGACAAGCGGAATTTGAGATCCTTAGATGACAGTAACAGTAGGTCGTTGTTCTCTCGACCTGTTCTTCCAACACATAAAGAAGAGCCTGAGGAGGAAAGGTCTCCTGTTGC
TAATCTTATTCGACAGGCCTCCAGTGATTGGGCAGAGAAGGGTTTCATTGGGCTGTCTGCAACATCGTTGGGAGGCCGTCCTAAAAGTTTGGTAGATCTAATTCAGGAGGACTTTCCACGTACACCATCACCCGTATATAATCTTTCTCGTTCCCCGAGTCGTGCTGCAAATGAGGATGGAGTTGATACCAATTCGTCTT
TAGATGTTCAACTTATGCATTTGAGAGAATCTGCCATGTCTTCTGTTAAGGGATCTGAATTAAACACTACAACTTTAGTCTCCCGTTCAGCAACACCTACTCCTAATGGAATCCACATGCTTGGAGTCAGTTCAACGAGTGCTCCTCTACATTCTGTTACATCATCAGACGTACCTGTGGAAAGTATACATTCCAACAGT
ACGGAAGAAGCTTCGATGGATCAAATCACAGGTTTGGCAGGGAGTTCAAGCATTAGCAACTCTGAGTTAAACAATTCTATATTGAGTTCTGCAAGTACGTCAGATGCATCAAAACTTGCAGATACATTACAAGGTTTCAGTATTGCTGATATACAGAACTTCGAGGATCATCCTCAGCAAAATGAACAGCATGCCCATCA
GGAGGGAGATCAGCCTCATTTTTTTCAATTGCCACAACAACAACATCCACGCCAGCAGCGGGCACATGTGCCTGGAGTTCAAGGCCAAGTTCAGTCTCAAGTTCCAATTCAAGCACTACATCAACAACATCATACTTCTATCAATCAGTCTTTTCGCAATCAGTCTAAATTTAATTCTCCAAATCTGATGCAAGCCCCAG
CCATGGGGCTTCAACCAACAATTCAGCCAGGTACAGCAGGTGCACCACACTTGTATGCAACTGCAGCTGCTTATATGGCATCTGGAAATCCTTATTATCAAAATATGCAGTCTGCTGCTTTATATGCTTCCCAGTATGCAATGAGTGGATATCCTATGAATACTCCTCTTTTATCTCCAATGATGGCAAGTTACCCCACT
CATGGTGCCATGCCAATGGCTTTTGATAATGCTGTAGCTGCAAGCTTGAATGCACGGGCAGCTGCTGCAGCTACCCATGGTGGAGGCATGGGGGTTGGTGTAGATATGCAGCAGCTTTATAAATTCAATGGGCAACTTGGAACATTACAGCCACCCTTGGCTGATCCAATCTACCTACCTTATTTGCAGAGGTCAGCTGA
CGACGCATACAATGCTGCAATGTTTGGTGATCCTTTAGCAGGTAGAGGATTTGTTGGTGGAAGTCATATGGATGCCCTTGAGCTACAGAGGGCTTCAATGATTGGTTATACAGCTGAACAGAAGTCTCAGTTAATCCGAAGTGGGACATTGGGTGTACCGATTGCTGGCAAAAGTGGTGCTGTAAGTCCAGCATATTATG
GGAGCCCCTCTAGTATGGCCCTTGTAATGCAATACCCTAGTTCACCATTGGCAAGTCCGGTAATACCAGGGTCTCCAGTAATGGCAGCAAGTCTTCCTGGAAGACCAAATGAGCGAAACTTTTGCCTTCCTCTAGGGTCGAACAGGATAACATCAATGGGCGCTTATTCTGGTTGGCAGTCACAGAGGGGAAATGAAAAG
CTGGATGATATGAGATGCTCTTCTGTCCTTGAGGAACTGAAGAACAGTAAAACTCGCAAATTTGAATTATCTGATATTGTGGGACATGTGGTTGAGTTGAGTGCTGATCAACATGGAAGCCGGTTCATACAACAAAAGTTGGAAACAACTAGCCTTGAAGAGAAGGCATTAGTTTTCCAAGAAGTGTTGCCACAAGCCTC
AACACTGATGACGGATGTGTTTGGTAACTATGTTATACAGAAGTTTTTTGAGCACGGTATTGATCAACAGAGAAAGGAGCTTGCCAATCAACTTGTCGGTCGTGTCTTGAATTTAAGTCTTCAGATGTATGGTTGTCGTGTTGTACAGAAGGCACTTGAAGTTGTTGATGTAGACCAGCAGATGCAGCTGGTTTTAGAAC
TTGATGGACATGTCTTGCGATGTGTCCGAGATCAGAACGGAAACCATGTGATTCAAAAATGCATCGAGTGTGTACCGACAAACCAAATAGAATTTATAATATCTGCATTTTATGGTCAAGTGGTTAACCTCTCAACACACCCCTATGGTTGCCGTGTCATACAGAGGGTTTTGGAGCACTGTACAGAAGAGCAGAAAAAT
AATGGCATAATGGAAGAAATTTTGCAATCTGCTTACAACCTCGCTCAAGATCAATATGGAAACTATGTGGCACAGCATGTATTAGAGCATGGGAAACCCCATGAAAGAAGTGAAATCATCAACAAACTGGCAGGGAAAATTGTACAAATGAGTCAACATAAATTTGCATCCAATGTTGTTGAAAAATGTTTGGAGCATGG
AGACCTAACTGAACGTGAAATTTTGATTGATGAAATGCTTGGTGATACAGAGGAAAATGAGAATTTACAGGCAATGATGAAAGATCAATATGCTAATTATGTAGTTCAGAAGGTCCTTGAAACTTGTAATGATCAACAAAGGGAGAA
>TRINITY_DN113730_c1_g2_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:AAGATGATTTAAAAGCGTCGAACGAAAGTGTGAATTGAAGAGAGTGGAGAGAGACAGAATGGCAACGGAGAGTCCACTGAGGTTGATGGGCAGTGGGGGAGGAACACGGAACTGGTCTACGAGCGGGGGAAGCCTAAGTTATGCATCATCCCATGATGGAGCAGAGCATGATTTATCTTTAATGCTGAGCGAAGGCAGGT
TTCGTAATAGTAGGGAAATGGTTCCAAATCGAAGTGGAAGTGCACCCCCGACTTTTGAGGGATCATTGGCAACCTTGGGTGGCATTTTTTCTCAGGAAAATTCGACTGGGGATTCAAGTTGGGAGGTTCCAGGTGATGCCGTTGAAAGCTTTGACTCTGAGGAGCAACGTCGAACTGATCCAGAATATTTGGCTTACCAT
TATTCTCATAACTTAAACCCAAGGCTTCCGCGGGAGAGTCGCCGTTTAGCACAACATCTAGGTGGCCTGAGTGACAAGCGGAATTTGAGATCCTTAGATGACAGTAACAGTAGGTCGTTGTTCTCTCGACCTGTTCTTCCAACACATAAAGAAGAGCCTGAGGAGGAAAGGTCTCCTGTTGCTAATCTTATTCGACAGGC
CTCCAGTGATTGGGCAGAGAAGGGTTTCATTGGGCTGTCTGCAACATCGTTGGGAGGCCGTCCTAAAAGTTTGGTAGATCTAATTCAGGAGGACTTTCCACGTACACCATCACCCGTATATAATCTTTCTCGTTCCCCGAGTCGTGCTGCAAATGAGGATGGAGTTGATACCAATTCGTCTTTAGATGTTCAACTTATGC
ATTTGAGAGAATCTGCCATGTCTTCTGTTAAGGGATCTGAATTAAACACTACAACTTTAGTCTCCCGTTCAGCAACACCTACTCCTAATGGAATCCACATGCTTGGAGTCAGTTCAACGAGTGCTCCTCTACATTCTGTTACATCATCAGACGTACCTGTGGAAAGTATACATTCCAACAGTACGGAAGAAGCTTCGATG
GATCAAATCACAGGTTTGGCAGGGAGTTCAAGCATTAGCAACTCTGAGTTAAACAATTCTATATTGAGTTCTGCAAGTACGTCAGATGCATCAAAACTTGCAGATACATTACAAGGTTTCAGTATTGCTGATATACAGAACTTCGAGGATCATCCTCAGCAAAATGAACAGCATGCCCATCAGGAGGGAGATCAGCCTCA
TTTTTTTCAATTGCCACAACAACAACATCCACGCCAGCAGCGGGCACATGTGCCTGGAGTTCAAGGCCAAGTTCAGTCTCAAGTTCCAATTCAAGCACTACATCAACAACATCATACTTCTATCAATCAGTCTTTTCGCAATCAGTCTAAATTTAATTCTCCAAATCTGATGCAAGCCCCAGCCATGGGGCTTCAACCAA
CAATTCAGCCAGGTACAGCAGGTGCACCACACTTGTATGCAACTGCAGCTGCTTATATGGCATCTGGAAATCCTTATTATCAAAATATGCAGTCTGCTGCTTTATATGCTTCCCAGTATGCAATGAGTGGATATCCTATGAATACTCCTCTTTTATCTCCAATGATGGCAAGTTACCCCACTCATGGTGCCATGCCAATG
GCTTTTGATAATGCTGTAGCTGCAAGCTTGAATGCACGGGCAGCTGCTGCAGCTACCCATGGTGGAGGCATGGGGGTTGGTGTAGATATGCAGCAGCTTTATAAATTCAATGGGCAACTTGGAACATTACAGCCACCCTTGGCTGATCCAATCTACCTACCTTATTTGCAGAGGTCAGCTGACGACGCATACAATGCTGC
AATGTTTGGTGATCCTTTAGCAGGTAGAGGATTTGTTGGTGGAAGTCATATGGATGCCCTTGAGCTACAGAGGGCTTCAATGATTGGTTATACAGCTGAACAGAAGTCTCAGTTAATCCGAAGTGGGACATTGGGTGTACCGATTGCTGGCAAAAGTGGTGCTGTAAGTCCAGCATATTATGGGAGCCCCTCTAGTATGG
CCCTTGTAATGCAATACCCTAGTTCACCATTGGCAAGTCCGGTAATACCAGGGTCTCCAGTAATGGCAGCAAGTCTTCCTGGAAGACCAAATGAGCGAAACTTTTGCCTTCCTCTAGGGTCGAACAGGATAACATCAATGGGCGCTTATTCTGGTTGGCAGTCACAGAGGGGAAATGAAAAGCTGGATGATATGAGATGC
TCTTCTGTCCTTGAGGAACTGAAGAACAGTAAAACTCGCAAATTTGAATTATCTGATATTGTGGGACATGTGGTTGAGTTGAGgtaaacatttgcaatattttaaatcattttatttgtaaatctaatatgattttttaacctgttaaagttttttgcttcatgtcattaagcatatcatactattttgctgtttcatgt
cagTGCTGATCAACATGGAAGCCG
Intron 4 GTGAGTACAG ... GCAATGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.06 | 53 | 6.5 | 25 |
| A2 | 40.16 | 50.7 | 2.5 | 34 |
| A3 | 32.44 | 75 | 4.5 | 36 |
| A4 | 32.73 | 49.3 | 7 | 24 |
| A5 | 29.46 | 38.3 | 8.5 | 16 |
| A6 | 28.57 | 10 | 0 | 4 |
| A7 | 31.4 | 35 | 1.5 | 16 |
| A8 | 33.33 | 8 | 0 | 4 |
| A9 | 31.14 | 24.3 | 0.5 | 11 |
| A10 | 29.29 | 46 | 5 | 19 |
>TRINITY_DN107709_c0_g2_i7 from sample A4 / Example spliced isoformACCGTATTCTTGCTTCCCTATGCGCGGCCTAGGGGCTTGTCTGCAAGTAGCCCTAATACGCTATTTATTCCGGGCGGGATCTTGGCCGTTGGAGGTCAAATCGGACGGCTGGAATGGATATTCCATGCTCGCGTTAGAAGTCGATATTTGTTCCCAACCGGGAAAACCCTGACTTTTCTGCTTCGCGGCACACCCCCAGC
TGGCCTAAGGGACCAAGCTGGAGCGTTTAAATGTGCAGATACAGCCACAATTCGCTCAAATTGATGCCAGTTCTGGAACGGCGATCGCCGGAATAGTTCGAAAGGAGCTTTCAGCCTTAGGTTATTTTCCGGAGATTTCTACCGCTGTTCGTTATCTGCTTACTATTATCCTTTTCTGGTTTCGTGGTCTGTTTTGAAGT
CGGCAATTTGATGAAGATGATTTAAAAGCGTCGAACGAAAGTGTGAATTGAAGAGAGTGGAGAGAGACAGAATGGCAACGGAGAGTCCACTGAGGTTGATGGGCAGTGGGGGAGGAACACGGAACTGGTCTACGAGCGGGGGAAGCCTAAGTTATGCATCATCCCATGATGGAGCAGAGCATGATTTATCTTTAATGCTG
AGCGAAGGCAGGTTTCGTAATAGTAGGGAAATGGTTCCAAATCGAAGTGGAAGTGCACCCCCGACTTTTGAGGGATCATTGGCAACCTTGGGTGGCATTTTTTCTCAGGAAAATTCGACTGGGGATTCAAGTTGGGAGGTTCCAGGTGATGCCGTTGAAAGCTTTGACTCTGAGGAGCAACGTCGAACTGATCCAGAATA
TTTGGCTTACCATTATTCTCATAACTTAAACCCAAGGCTTCCGCGGGAGAGTCGCCGTTTAGCACAACATCTAGGTGGCCTGAGTGACATGCGGAAATTGAGATCCTTAGATGACAGTAACAGTAGGTCGTTGTTCTCTCGACCTGTTCTTCCAACACATAAAGAAGAGCCTGAGGAGGAAAGGTCTCCTGTTGCTAATC
TTATTCGACAGGCCTCCAGTGATTGGGCAGAGAAGGGTTTCATTGGGCTGTCTGCAACATCGTTGGGAGGCCGTCCTAAAAGTTTGGTAGATCTAATTCAGGAGGACTTTCCACGTACACCATCACCCGTATATAATCTTTCTCGTTCCCCGAGTCGTGCTGCAAATGAGGATGGAGTTGATACCAATTCGTCTTTAGAT
GTTCAACTTATGCATTTGAGAGAATCTGCCATGTCTTCTGTTAAGGGATCTGAATTAAACACTACAACTTTAGTCTCCCGTTCAGCAACACCTACTCCTAATGGAATCCACATGCTTGGAGTCAGTTCAACGAGTGCTCCTCTACATTCTGTTACATCATCAGACGTACCTGTGGAAAGTATACATTCCAACAGTACGGA
AGAAGCTTCGATGGATCAAATCACAGGTTTGGCAGGGAGTTCAAGCATTAGCAACTCTGAGTTAAACAATTCTATATTGAGTTCTGCAAGTACGTCAGATGCATCAAAACTTGCAGATACATTACAAGGTTTCAGTATTGCTGATATACAGAACTTCGAGGATCATCCTCAGCAAAATGAACAGCATGCCCATCAGGAGG
GAGATCAGCCTCATTTTTTTCAATTGCCACAACAACAACATCCACGCCAGCAGCGGGCACATGTGCCTGGAGTTCAAGGCCAAGTTCAGTCTCAAGTTCCAATTCAAGCACTACATCAACAACATCATACTTCTATCAATCAGTCTTTTCGCAATCAGTCTAAATTTAATTCTCCAAATCTGATGCAAGCCCCAGCCATG
GGGCTTCAACCAACAATTCAGCCAGGTACAGCAGGTGCACCACACTTGTATGCAACTGCAGCTGCTTATATGGCATCTGGAAATCCTTATTATCAAAATATGCAGTCTGCTGCTTTATATGCTTCCCAGTATGCAATGAGTGGATATCCTATGAATACTCCTCTTTTATCTCCAATGATGGCAAGTTACCCCACTCATGG
TGCCATGCCAATGGCTTTTGATAATGCTGTAGCTGCAAGCTTGAATGCACGGGCAGCTGCTGCAGCTACCCATGGTGGAGGCATGGGGGTTGGTGTAGATATGCAGCAGCTTTATAAATTCAATGGGCAACTTGGAACATTACAGCCACCCTTGGCTGATCCAATCTACCTACCTTATTTGCAGAGGTCAGCTGACGACG
CATACAATGCTGCAATGTTTGGTGATCCTTTAGCAGGTAGAGGATTTGTTGGTGGAAGTCATATGGATGCCCTTGAGCTACAGAGGGCTTCAATGATTGGTTATACAGCTGAACAGAAGTCTCAGTTAATCCGAAGTGGGACATTGGGTGTACCGATTGCTGGCAAAAGTGGTGCTGTAAGTCCAGCATATTATGGGAGC
CCCTCTAGTATGGCCCTTGTAATGCAATATCCGAGTTCACCATTGGCAAGTCCGGTAATACCAGGGTCTCCAGTAATGGCAGCAAGTCTTCCTGGAAGACCAAATGAGCGAAACTTTTGCCTTCCTCTAGGGTCGAACAGGATAACATCAATGGGCGCTTATTCTGGTTGGCAGTCACAGAGGGGAAATGAAAAGCTGGA
TGATATGAGATGCTCTTCTGTCCTTGAGGAACTGAAGAACAGTAAAACTCGCAAATTTGAATTATCTGATATTGTGGGACATGTGGTTGAGTTGAGTGCTGATCAACATGGAAGCCGGTTCATACAACAAAAGTTGGAAACAACTAGCCTTGAAGAGAAGGCATTAGTTTTCCAAGAAGTGTTGCCACAAGCCTCAACAC
TGATGACGGATGTGTTTGGTAACTATGTTATACAGAAGTTTTTTGAGCATGGTATTGATCAACAGCGAAAGGAGCTTGCCAATCAACTTGTCGGTCGTGTCTTGAATTTAAGTCTTCAGATGTATGGTTGTCGTGTTGTACAGAAGGCACTTGAAGTTGTTGATGTAGACCAGCAGATGCAGCTGGTTTTAGAACTTGAT
GGACATGTCTTGCGATGTGTCCGAGATCAGAACGGAAACCATGTGATTCAAAAATGCATCGAGTGTGTACCGACAAACCAAATAGAATTTATAATATCTGCATTTTATGGTCAAGTGGTTAACCTCTCAACACACCCCTATGGTTGCCGTGTCATACAGAGGGTTTTGGAGCACTGTACAGAAGAGCAGAAAAATAATGG
CATAATGGAAGAAATTTTGCAATCTGCTTACAACCTCGCTCAAGATCAATATGGAAACTATGTGGCACAGCATGTATTAGAGCATGGGAAACCCCATGAAAGAAGTGAAATCATCAACAAACTGGCAGGGAAAATTGTACAAATGAGTCAACATAAATTTGCATCCAATGTTGTTGAAAAATGTTTGGAGCATGGAGACC
TAACTGAACGTGAAATTTTGATTGATGAAATGCTTGGTGATACAGAGGAAAATGAGAATTTACAGGCAATGATGAAAGATCAATATGCTAATTATGTAGTTCAGAAGGTCCTTGAAACTTGTAATGATCAACAAAGGGAGAAGCTACTTACTCGTATAAGAGTTCACTTAAATGCGCTGAAAAAGTACACCTATGGGAAA
CACATAGTTGCTCGAGTTGAAAAGCTTCTTGCTCTTGGAGAAAAACGCAATTTGTAAATATGATGCTGTCATTTGAAATTCAAGATGGGTGAGTTGCATATCTGCAAACTCCCTGATGTCACTTTTAAAAGTTGCTGAAGAATTGTGTATTATTTTTCTAATTTATACCTGTAGAATATGGCTGTTGAACCTTATAAATG
GCCCATTCCCATTTGATCATTAGGGGGGTTCTTTGGGAGGGTTATGTAATGCTTGAAACAAGACTTGTTCGTCTGTAGGTGACATTTCCTGTAATACTAATGCGTGTTAAATAGTATTCAAAGCGTGTGGTTAGTATTCTTTAGCTTTACCACTGTTGGTGGAAATAATGTAGTTTATTCCAAGGAAGAGACCTCTTGGA
TTTCCAAGAGCATGTGATTTCAGATTCCTTTGTAAAAATTGAGGTTCACAACTGCCAACTGTACAGACTCAGGAATGTTTAAACACACGTTTCTAATAATTTGTCATAATGTCCCTTCATTCAGATATTGACATCTTGGTATTCCCATATCACAGGGAAAAAGCTTTAAGTAGGGTCCATGTTAGATGGATTGATCATTG
AATAGTGTGTATGTCTCACAGAACACAGCTTTGTTCATTCTAACCGGCGTATATATTCTCGTTTTCACTGCCACCATATATCTTGGTTATGTAATATTGTTTGTTGCGTATGGAATCAAACTGTATTGTATATTTTAATATATCATAGCTCTTTCTCATGTATATTTGAATATTTCATAGCTCTTTCTTACCGAT
>TRINITY_DN107709_c0_g2_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:ACCGTATTCTTGCTTCCCTATGCGCGGCCTAGGGGCTTGTCTGCAAGTAGCCCTAATACGCTATTTATTCCGGGCGGGATCTTGGCCGTTGGAGGTCAAATCGGACGGCTGGAATGGATATTCCATGCTCGCGTTAGAAGTCGATATTTGTTCCCAACCGGGAAAACCCTGACTTTTCTGCTTCGCGGCACACCCCCAGC
TGGCCTAAGGGACCAAGCTGGAGCGTTTAAATGTGCAGATACAGCCACAATTCGCTCAAATTGATGCCAGTTCTGGAACGGCGATCGCCGGAATAGTTCGAAAGGAGCTTTCAGCCCAATTTAGAGCTTAGGTTATTTTCCGGAGATTTCTACCGCTGTTCGTTATCTGCTTACTATTATCCTTTTCTGGTTTCGTGGTC
TGTTTTGAAGTCGGCAATTTGATgtgagtacaggtcctggagtccttaaaagatttcgaaggaacattttgtgctagaaatgtttatggttttgagctctaattaagttttgagcaattatgtttatgtttaagatcatatttttactgttctttgaaaccaagcttagtcacagtatcttttcgaaaatgcaatgacag
GAAGATGATTTAAAAGCGTCGAACGAAAGTGTGAATTGAAGAGAGTGGAGAGAGACAGAATGGCAACGGAGAGTCCACTGAGGTTGATGGGCAGTGGGGGAGGAACACGGAACTGGTCTACGAGCGGGGGAAGCCTAAGTTATGCATCATCCCATGATGGAGCAGAGCATGATTTATCTTTAATGCTGAGCGAAGGCAGG
TTTCGTAATAGTAGGGAAATGGTTCCAAATCGAAGTGGAAGTGCACCCCCGACTTTTGAGGGATCATTGGCAACCTTGGGTGGCATTTTTTCTCAGGAAAATTCGACTGGGGATTCAAGTTGGGAGGTTCCAGGTGATGCCGTTGAAAGCTTTGACTCTGAGGAGCAACGTCGAACTGATCCAGAATATTTGGCTTACCA
TTATTCTCATAACTTAAACCCAAGGCTTCCGCGGGAGAGTCGCCGTTTAGCACAACATCTAGGTGGCCTGAGTGACATGCGGAAATTGAGATCCTTAGATGACAGTAACAGTAGGTCGTTGTTCTCTCGACCTGTTCTTCCAACACATAAAGAAGAGCCTGAGGAGGAAAGGTCTCCTGTTGCTAATCTTATTCGACAGG
CCTCCAGTGATTGGGCAGAGAAGGGTTTCATTGGGCTGTCTGCAACATCGTTGGGAGGCCGTCCTAAAAGTTTGGTAGATCTAATTCAGGAGGACTTTCCACGTACACCATCACCCGTATATAATCTTTCTCGTTCCCCGAGTCGTGCTGCAAATGAGGATGGAGTTGATACCAATTCGTCTTTAGATGTTCAACTTATG
CATTTGAGAGAATCTGCCATGTCTTCTGTTAAGGGATCTGAATTAAACACTACAACTTTAGTCTCCCGTTCAGCAACACCTACTCCTAATGGAATCCACATGCTTGGAGTCAGTTCAACGAGTGCTCCTCTACATTCTGTTACATCATCAGACGTACCTGTGGAAAGTATACATTCCAACAGTACGGAAGAAGCTTCGAT
GGATCAAATCACAGGTTTGGCAGGGAGTTCAAGCATTAGCAACTCTGAGTTAAACAATTCTATATTGAGTTCTGCAAGTACGTCAGATGCATCAAAACTTGCAGATACATTACAAGGTTTCAGTATTGCTGATATACAGAACTTCGAGGATCATCCTCAGCAAAATGAACAGCATGCCCATCAGGAGGGAGATCAGCCTC
ATTTTTTTCAATTGCCACAACAACAACATCCACGCCAGCAGCGGGCACATGTGCCTGGAGTTCAAGGCCAAGTTCAGTCTCAAGTTCCAATTCAAGCACTACATCAACAACATCATACTTCTATCAATCAGTCTTTTCGCAATCAGTCTAAATTTAATTCTCCAAATCTGATGCAAGCCCCAGCCATGGGGCTTCAACCA
ACAATTCAGCCAGGTACAGCAGGTGCACCACACTTGTATGCAACTGCAGCTGCTTATATGGCATCTGGAAATCCTTATTATCAAAATATGCAGTCTGCTGCTTTATATGCTTCCCAGTATGCAATGAGTGGATATCCTATGAATACTCCTCTTTTATCTCCAATGATGGCAAGTTACCCCACTCATGGTGCCATGCCAAT
GGCTTTTGATAATGCTGTAGCTGCAAGCTTGAATGCACGGGCAGCTGCTGCAGCTACCCATGGTGGAGGCATGGGGGTTGGTGTAGATATGCAGCAGCTTTATAAATTCAATGGGCAACTTGGAACATTACAGCCACCCTTGGCTGATCCAATCTACCTACCTTATTTGCAGAGGTCAGCTGACGACGCATACAATGCTG
CAATGTTTGGTGATCCTTTAGCAGGTAGAGGATTTGTTGGTGGAAGTCATATGGATGCCCTTGAGCTACAGAGGGCTTCAATGATTGGTTATACAGCTGAACAGAAGTCTCAGTTAATCCGAAGTGGGACATTGGGTGTACCGATTGCTGGCAAAAGTGGTGCTGTAAGTCCAGCATATTATGGGAGCCCCTCTAGTATG
GCCCTTGTAATGCAATATCCGAGTTCACCATTGGCAAGTCCGGTAATACCAGGGTCTCCAGTAATGGCAGCAAGTCTTCCTGGAAGACCAAATGAGCGAAACTTTTGCCTTCCTCTAGGGTCGAACAGGATAACATCAATGGGCGCTTATTCTGGTTGGCAGTCACAGAGGGGAAATGAAAAGCTGGATGATATGAGATG
CTCTTCTGTCCTTGAGGAACTGAAGAACAGTAAAACTCGCAAATTTGAATTATCTGATATTGTGGGACATGTGGTTGAGTTGAGTGCTGATCAACATGGAAGCCGGTTCATACAACAAAAGTTGGAAACAACTAGCCTTGAAGAGAAGGCATTAGTTTTCCAAGAAGTGTTGCCACAAGCCTCAACACTGATGACGGATG
TGTTTGGTAACTATGTTATACAGAAGTTTTTTGAGCATGGTATTGATCAACAGCGAAAGGAGCTTGCCAATCAACTTGTCGGTCGTGTCTTGAATTTAAGTCTTCAGATGTATGGTTGTCGTGTTGTACAGAAGGCACTTGAAGTTGTTGATGTAGACCAGCAGATGCAGCTGGTTTTAGAACTTGATGGACATGTCTTG
CGATGTGTCCGAGATCAGAACGGAAACCATGTGATTCAAAAATGCATCGAGTGTGTACCGACAAACCAAATAGAATTTATAATATCTGCATTTTATGGTCAAGTGGTTAACCTCTCAACACACCCCTATGGTTGCCGTGTCATACAGAGGGTTTTGGAGCACTGTACAGAAGAGCAGAAAAATAATGGCATAATGGAAGA
AATTTTGCAATCTGCTTACAACCTCGCTCAAGATCAATATGGAAACTATGTGGCACAGCATGTATTAGAGCATGGGAAACCCCATGAAAGAAGTGAAATCATCAACAAACTGGCAGGGAAAATTGTACAAATGAGTCAACATAAATTTGCATCCAATGTTGTTGAAAAATGTTTGGAGCATGGAGACCTAACTGAACGTG
AAATTTTGATTGATGAAATGCTTGGTGATACAGAGGAAAATGAGAATTTACAGGCAATGATGAAAGATCAATATGCTAATTATGTAGTTCAGAAGGTCCTTGAAACTTGTAATGATCAACAAAGGGAGAAGCTACTTACTCGTATAAGAGTTCACTTAAATGCGCTGAAAAAGTACACCTATGGGAAACACATAGTTGCT
CGAGTTGAAAAGCTTCTTGCTCTTGGAGAAAAACGCAATTTGTAAATATGATGCTGTCATTTGAAATTCAAGATGGGTGAGTTGCATATCTGCAAACTCCCTGATGTCACTTTTAAAAGTTGCTGAAGAATTGTGTATTATTTTTCTAATTTATACCTGTAGAATATGGCTGTTGAACCTTATAAATGGCCCATTCCCAT
TTGATCATTAGGGGGGTTCTTTGGGAGGGTTATGTAATGCTTGAAACAAGACTTGTTCGTCTGTAGGTGACATTTCCTGTAATACTAATGCGTGTTAAATAGTATTCAAAGCGTGTGGTTAGTATTCTTTAGCTTTACCACTGTTGGTGGAAATAATGTAGTTTATTCCAAGGAAGAGACCTCTTGGATTTCCAAGAGCA
TGTGATTTCAGATTCCTTTGTAAAAATTGAGGTTCACAACTGCCAACTGTACAGACTCAGGAATGTTTAAACACACGTTTCTAATAATTTGTCATAATGTCCCTTCATTCAGATATTGACATCTTGGTATTCCCATATCACAGGGAAAAAGCTTTAAGTAGGGTCCATGTTAGATGGATTGATCATTGAATAGTGTGTAT
GTCTCACAGAACACAGCTTTGTTCATTCTAACCGGCGTATATATTCTCGTTTTCACTGCCACCATATATCTTGGTTATGTAATATTGTTTGTTGCGTATGGAATCAAACTGTATTGTATATTTTAATATATCATAGCTCTTTCTCATGTATATTTGAATATTTCATAGCTCTTTCTTACCGAT