sp|O65502|HC244_ARATH ----> Protein HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE PHENOTYPE 244, chloroplastic

Intron 1 GTATTATTAT ... CCCCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.29	6	1	1
A2	30	7	4	2
A3	47.37	5	3	6
A4	40	3	0	4
A5	44.44	5	4	4
A6	49.53	27	24	29
A7	47.5	21	16	22
A8	59.65	23	33	35
A9	40.82	29	24	16
A10	26.32	14	9	1

>TRINITY_DN42987_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

CACTTTTTAACCAAACCCATCCAATCCTATACACTCCAGTGCATTTCTTTCCTCACAGCGATCGTAATGGCGACATTAACATTAACAGGAAAATGTGGTCGTCACCAATTTCTTATTCCTTCTCCTGCTGAGCAGAAGCTTATGAATTTTGGCATCGTGGTGGGAAGTTCATGCAAGCAGAGGTCTTCCTTCTGGGGTAG
CTTTCAAAAGCTTAATTTTTCCTTTTTGCCAGACAAACGCAGTAGCCCCTGTTATCGAGGGAAACAAGCTGCACAGTTAGTTGTAAATTCGGTTGCGACAGCATTGTCAGGAACACCTGTTAGGTCAACAAGCATATTAGTGGTAGGAGCAACAGGTACATTGGGTCGGCAAGTAGTAAGGCGGGCACTAGATGAAGGAT
ATGATGTGAGGTGTTTAGTGCGGCCACGGCCATCTCCTGCTGACTTTTTGCGTGATTGGGGTGCAACAGTTGTTAATGGAGACTTAAGCAAGCCAGAGACAATTCCCGCCACTCTAGTGGGTGTTCATACAGTAATTGACTGTGCTACTGGCCGACCTGAAGAACCAATCCGAACTGTAGATTGGGAAGGAAAGGTTGCC
TTAATTCAATGTGCAAAGGCAATGGGAATACAAAAGTTTGTCTTCTTTTCAATACATAATTGTGATAAGCATCCAGAGGTACCACTAATGGAGATCAAACAGTGTACTGAAAAATATCTTCAGGAATCAGGCTTAAATTATACTGTTATCAGGCTATGCGGTTTTATGCAGGGTTTAATTGGGCAATATGCAGTACCTAT
ATTGGAAGAGAAGGCTGTATGGGGAACCGATGCACCTACACGCGTAGCTTACATGGATACCCAGGATATAGCTAGAATGACATTAGCAACAATTCGTACTGAAAAGACAGACAAAAGTTTTTTGACTTTTGCCGGACCTCGTGCTTGGACCACTGCAGAGGTTATTAGTTTATGCGAGAGACTTGCCGGTCAAGATGCAA
ATGTGACAACTGTACCTGTTGGAGTTTTGAGATTTACTCGCCAATTGACTCGGTTTTTTCAATGGACAAATGATGTTGCTGATAGATTGGCATTTTCAGAGGTTCTTTCAAGTGATGTGGTTTTCTCTGCTCCAATGGCAGAAACATATTCTCTGTTGGGAATAGATCCAAAAGATACAAATTCACTGGAACGGTATCTG
CAGGAATATTTTACAAGCATCTTGAAAAAACTGAAAGAACTCAAAGCTCAGTCAAAGCAAGGTGACTTTTACATCTAGAAAAATACCGAGATGCTAAACTGTTTTAGGAGACGAGCATTTCTCCATCATGCAGCTAATGAATGTTGGATCTAAGTAGGATACCCTCCATGTGCAGAACAGATGTGTTGGAAACAACTCTC
TATGGAATGATACCTATAGAAATCCTCTTTAAGAGAGTATATTGAATCTGAAATTGAAAACAATTTTTTTATTAGCATTCACAGGAGACTCTGAAGGATCTGAGGTTCAAACTAACCAGAATGTGCTGTATAGTGAAAAAAATGCCAGTGATGAAGATCTTCGATATTAACACTGAAAATTCAAAGATCACAAGAAAAAT
GCTTTAGCAAGGTTTATCCATATATGTAAACCTGAATCATCTTGAGTCCTTGTCTTCAAGCATCAAGAACATTAAAATTTGCATTCACAGTACAATGCTGAGAATAAATTGTGACTTGAGAGTCAATTGTGATATTATCAGCTAAGAAAACCTTACTCGACACCAACTACACCTGAAAGCCTTTTAAGATTTAGGAGATT
TATCTATGTGAGGATCTTGCTTAATGTTTTATGATGAA

>TRINITY_DN42987_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CACTTTTTAACCAAACCCATCCAATCCTATACACTCCAGTGCATTTCTTTCCTCACAGCGATCGTAATGGCGACATTAACATTAACAGGAAAATGTGGTCGTCACCAATTTCTTATTCCTTCTCCTGCTGAGCAGAAGCTTATGAATTTTGGCATCGTGGTGGGAAGTTCATGCAAGCAGAGGTCTTCCTTCTGGGGTAG
CTTTCAAAAGCTTAATTTTTCCTTTTTGCCAGACAAACGCAGTAGCCCCTGTTATCGAGGGAAACAAGCTGCACAGTTAGTTGTAAATTCGGTTGCGACAGCATTGTCAGGAACACCTGTTAGGTCAACAAGCATATTAGTGGTAGGAGCAACAGGTACATTGGGTCGGCAAGTAGTAAGGCGGGCACTAGATGAAGGAT
ATGATGTGAGGTGTTTAGTGCGGCCACGGCCATCTCCTGCTGACTTTTTGCGTGATTGGGGTGCAACAGTTGTTAATGGAGACTTAAGCAAGCCAGAGACAATTCCCGCCACTCTAGTGGGTGTTCATACAGTAATTGACTGTGCTACTGGCCGACCTGAAGAACCAATCCGAACTGTAGATTGGGAAGGAAAGGTTGCC
TTAATTCAATGTGCAAAGGCAATGGGAATACAAAAGTTTGTCTTCTTTTCAATACATAATTGTGATAAGCATCCAGAGGTACCACTAATGGAGATCAAACAGTGTACTGAAAAATATCTTCAGGAATCAGGCTTAAATTATACTGTTATCAGGCTATGCGGTTTTATGCAGGGTTTAATTGGGCAATATGCAGTACCTAT
ATTGGAAGAGAAGGCTGTATGGGGAACCGATGCACCTACACGCGTAGCTTACATGGATACCCAGGATATAGCTAGAATGACATTAGCAACAATTCGTACTGAAAAGACAGACAAAAGTTTTTTGACTTTTGCCGGACCTCGTGCTTGGACCACTGCAGAGGTTATTAGTTTATGCGAGAGACTTGCCGGTCAAGATGCAA
ATGTGACAACTGTACCTGTTGGAGTTTTGAGATTTACTCGCCAATTGACTCGGTTTTTTCAATGGACAAATGATGTTGCTGATAGATTGGCATTTTCAGAGGTTCTTTCAAGTGATGTGGTTTTCTCTGCTCCAATGGCAGAAACATATTCTCTGTTGGGAATAGATCCAAAAGATACAAATTCACTGGAACGGTATCTG
CAGGAATATTTTACAAGCATCTTGAAAAAACTGAAAGAACTCAAAGCTCAGTCAAAGCAAGGTGACTTTTACATCTAGAAAAATACCGAGATGCTAAACTGTTTTAGGAGACGAGCATTTCTCCATCATGCAGgtattattatttattttacagttctaccatatatagtcccaccttatgcattgttgtttgcgggcca
ccatgtaattgaccatagccaatttaatccttccccttgcagCTAATGAATGTTGGATCTAAGTAGGATACCCTCCATGTGCAGAACAGATGTGTTGGAAACAACTCTCTATGGAATGATACCTATAGAAATCCTCTTTAAGAGAGTATATTGAATCTGAAATTGAAAACAATTTTTTTATTAGCATTCACAGGAGACTC
TGAAGGATCTGAGGTTCAAACTAACCAGAATGTGCTGTATAGTGAAAAAAATGCCAGTGATGAAGATCTTCGATATTAACACTGAAAATTCAAAGATCACAAGAAAAATGCTTTAGCAAGGTTTATCCATATATGTAAACCTGAATCATCTTGAGTCCTTGTCTTCAAGCATCAAGAACATTAAAATTTGCATTCACAGT
ACAATGCTGAGAATAAATTGTGACTTGAGAGTCAATTGTGATATTATCAGCTAAGAAAACCTTACTCGACACCAACTACACCTGAAAGCCTTTTAAGATTTAGGAGATTTATCTATGTGAGGATCTTGCTTAATGTTTTATGATGAA

Intron 2 GTATTATTAT ... CCCCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.29	6	1	1
A2	30	7	4	2
A3	47.37	5	3	6
A4	40	3	0	4
A5	44.44	5	4	4
A6	49.53	27	24	29
A7	47.5	21	16	22
A8	59.65	23	33	35
A9	40.82	29	24	16
A10	26.32	14	9	1

>TRINITY_DN39444_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CATGGATGTAGATAGGTTATGTTGGCACACTTTTAAACCAAACCCATCCAATCCTATACACTCCAGTGCATTTCTTTCCTCACAGCGATGGTAATGGCGACATTAACATTAACAGGAAAATGTGGTCGTCACCAATTTCTTATTCCTTCTCCTGCTGAGCAGAAGCTTATGAATTTTGGCATCGTGGTGGGAAGTTCATG
CAAGCAGAGGTCTTCCTTCTGGGGTAGCTTTCAAAAGCTTAATTTTTCCTTTTTGCCAGACAAACGCAGTAGCCCCTGTTATCGAGGGAAACAAGCTGCACAGTTAGTTGTAAATTCGGTTGCGACAGCATTGTCAGGAACACCTGTTAGGTCAACAAGCATATTAGTGGTAGGGGCAACAGGTACATTGGGTCGGCAAG
TAGTAAGGCGGGCACTAGATGAAGGATATGATGTGAGGTGTTTAGTGCGGCCACGGCCATCTCCTGCTGACTTTTTGCGTGATTGGGGTGCAACAGTTGTTAATGGAGACTTAAGCAAGCCAGAGACAATTCCCGCCACTCTAGTGGGTGTTCATACAGTAATTGACTGTGCTACTGGCCGACCTGAAGAACCAATCCGA
ACTGTAGATTGGGAAGGAAAGGTTGCCTTAATTCAATGTGCAAAGGCAATGGGAATACAAAAGTTTGTCTTCTTTTCAATACATAATTGTGATAAGCATCCAGAGGTACCACTAATGGAGATCAAACAGTGTACTGAAAAATATCTTCAGGAATCAGGCTTAAATTATACTGTTATCAGGCTATGCGGTTTTATGCAGGG
TTTAATTGGGCAATATGCAGTACCTATATTGGAAGAGAAGGCTGTATGGGGAACCGATGCACCTACACGCGTAGCTTACATGGATACCCAGGATATAGCTAGAATGACATTAGCAACAATTCGTACTGAAAAGACAGACAAAAGTTTTTTGACTTTTGCCGGACCTCGTGCTTGGACCACTGCAGAGGTTATTAGTTTAT
GCGAGAGACTTGCCGGTCAAGATGCAAATGTGACAACTGTACCTGTTGGAGTTTTGAGATTTACTCGCCAATTGACTCGGTTTTTTCAATGGACAAATGATGTTGCTGATAGATTGGCATTTTCAGAGGTTCTTTCAAGTGATGTGGTTTTCTCTGCTCCAATGGCAGAAACATATTCTCTGTTGGGAATAGATCCAAAA
GATACAAATTCACTGGAACGGTATCTGCAGGAATATTTTACAAGCATCTTGAAAAAACTGAAAGAACTCAAAGCTCAGTCAAAGCAAGGTGACTTTTACATCTAGAAAAATACCGAGATGCTAAACTGTTTTAGGAGACGAGCATTTCTCCATCATGCAGCTAATGAATGTTGGATCTAAGTAGGATACCCTCCATGTGC
AGAACAGATGTGTTGGAAACAACTCTCTATGGAATGATACCTATAGAAATCCTCTTTAAGAGAGTATATTGAATCTGAAATTGAAAACAATTTTTTTATTAGCATTCACAGGAGACTCTGAAGGATCTGAGGTTCAAACTAACCAGAATGTGCTGTATAGTGAAAAAAATGCCAGTGATGAAGATCTTCGATATTAACAC
TGAAAATTCAAAGATCACAAGAAAAATGCTTTAGCAAGGTTTATCCATATATGTAAACCTGAATCATCTTGAGTCCTTGTCTTCAAGCATCAAGAACATTAAAATTTGCATTCACAGTACAATGCTGAGAATAAATTGTGACTTGAGAGTCAATTGTGATATTATCAGCTAAGAAAACCTTACTCGACACCAACTACACC
TGAAAGCCTTTTAAGATTTAGGAGATTTATCTATGTGAGGATCTTGCTTAATGTTTTATGATGATAGATTTATGTTTCTTTTTTTC

>TRINITY_DN39444_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CATGGATGTAGATAGGTTATGTTGGCACACTTTTAAACCAAACCCATCCAATCCTATACACTCCAGTGCATTTCTTTCCTCACAGCGATGGTAATGGCGACATTAACATTAACAGGAAAATGTGGTCGTCACCAATTTCTTATTCCTTCTCCTGCTGAGCAGAAGCTTATGAATTTTGGCATCGTGGTGGGAAGTTCATG
CAAGCAGAGGTCTTCCTTCTGGGGTAGCTTTCAAAAGCTTAATTTTTCCTTTTTGCCAGACAAACGCAGTAGCCCCTGTTATCGAGGGAAACAAGCTGCACAGTTAGTTGTAAATTCGGTTGCGACAGCATTGTCAGGAACACCTGTTAGGTCAACAAGCATATTAGTGGTAGGGGCAACAGGTACATTGGGTCGGCAAG
TAGTAAGGCGGGCACTAGATGAAGGATATGATGTGAGGTGTTTAGTGCGGCCACGGCCATCTCCTGCTGACTTTTTGCGTGATTGGGGTGCAACAGTTGTTAATGGAGACTTAAGCAAGCCAGAGACAATTCCCGCCACTCTAGTGGGTGTTCATACAGTAATTGACTGTGCTACTGGCCGACCTGAAGAACCAATCCGA
ACTGTAGATTGGGAAGGAAAGGTTGCCTTAATTCAATGTGCAAAGGCAATGGGAATACAAAAGTTTGTCTTCTTTTCAATACATAATTGTGATAAGCATCCAGAGGTACCACTAATGGAGATCAAACAGTGTACTGAAAAATATCTTCAGGAATCAGGCTTAAATTATACTGTTATCAGGCTATGCGGTTTTATGCAGGG
TTTAATTGGGCAATATGCAGTACCTATATTGGAAGAGAAGGCTGTATGGGGAACCGATGCACCTACACGCGTAGCTTACATGGATACCCAGGATATAGCTAGAATGACATTAGCAACAATTCGTACTGAAAAGACAGACAAAAGTTTTTTGACTTTTGCCGGACCTCGTGCTTGGACCACTGCAGAGGTTATTAGTTTAT
GCGAGAGACTTGCCGGTCAAGATGCAAATGTGACAACTGTACCTGTTGGAGTTTTGAGATTTACTCGCCAATTGACTCGGTTTTTTCAATGGACAAATGATGTTGCTGATAGATTGGCATTTTCAGAGGTTCTTTCAAGTGATGTGGTTTTCTCTGCTCCAATGGCAGAAACATATTCTCTGTTGGGAATAGATCCAAAA
GATACAAATTCACTGGAACGGTATCTGCAGGAATATTTTACAAGCATCTTGAAAAAACTGAAAGAACTCAAAGCTCAGTCAAAGCAAGGTGACTTTTACATCTAGAAAAATACCGAGATGCTAAACTGTTTTAGGAGACGAGCATTTCTCCATCATGCAGgtattattatttattttacagttctaccatatatagtccc
accttatgcattgttgtttgcgggccaccatgtaattgaccaatagccaatttaatccttccccttgcagCTAATGAATGTTGGATCTAAGTAGGATACCCTCCATGTGCAGAACAGATGTGTTGGAAACAACTCTCTATGGAATGATACCTATAGAAATCCTCTTTAAGAGAGTATATTGAATCTGAAATTGAAAACAA
TTTTTTTATTAGCATTCACAGGAGACTCTGAAGGATCTGAGGTTCAAACTAACCAGAATGTGCTGTATAGTGAAAAAAATGCCAGTGATGAAGATCTTCGATATTAACACTGAAAATTCAAAGATCACAAGAAAAATGCTTTAGCAAGGTTTATCCATATATGTAAACCTGAATCATCTTGAGTCCTTGTCTTCAAGCAT
CAAGAACATTAAAATTTGCATTCACAGTACAATGCTGAGAATAAATTGTGACTTGAGAGTCAATTGTGATATTATCAGCTAAGAAAACCTTACTCGACACCAACTACACCTGAAAGCCTTTTAAGATTTAGGAGATTTATCTATGTGAGGATCTTGCTTAATGTTTTATGATGATAGATTTATGTTTCTTTTTTTC