NA ----> NA

Intron 1 GTGGGTAACT ... GTATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.59	11	10	7
A2	51.43	17	14	22
A3	42.86	8	7	5
A4	37.7	19	9	14
A5	50	6	5	7
A6	32.18	59	29	27
A7	31.03	40	20	16
A8	33.33	50	26	24
A9	33.33	46	24	22
A10	25	24	10	6

>TRINITY_DN125929_c1_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTCATTTTGTCTTTTTAGTTACAAGGGCCCAAACATACAGAAGTGTCAATTACCTTGCTTCTTTTTATATGAGTTATGTCGTATTGGTTAAATAGTCTTTGATGCCATCTTTCTTAGACTATCTTTGTATTGGATTGCGAGCATGTGTTGTATACAAGCATACGGGCACCAATTTCTGCAAGTTTTTGATTTTGATGTT
GTTTTTCTTTTATAGTTTTTCAGAAACACATACGACGTGTTTCTGAGCTTCAAAGGCCGAGATGTTGGAAGAGACTGTGCATAAAAATAATTTCTTCCACCCTTTCACCAAAAGGGTGTGGTGCCTCAACGAAGTAACGGTGACCCTTTTGCTGAGTAATGGTAGATACAACGCAGAAGAAACTGGCAAATTAAAGGGTG
CGGTCTACACGCTCTTGGGTTTCGCTGGGTGGTCCCTCCACGAAGACACCAATGGATATGAAGTAGTCCATTTGCTGTTTAGTGGTAGATCCAGCTCAGAAGAAATTGGTGAATTGAGCGCTGCCTTTTGCGAACTCTTGGGTTTTGCTGGTTGGTCCCCCCAAGAGGACACAAATGGATATGAAGCAGTGCATTTGTTG
AGTAATGGTAGATACAAAGCAGAAGAAAGAAGTTGGTGAATCGAAGGCAGCCCTCCACACATTCCACACATTCTCAAATTTTCTTGTGTGTGTCAGAGTTTGTGTTGTTCATTCAGCATGGTACAACAGTGATAGCAGATATTTGATGGCATGCTTCAGCAGATCCATCTTACCTAGGTGTCTGTGCACAGCAGAGGGGC
GTTTGATGATATGGTGCAACATTAGTTTGCTTTGGGAGGAGAGCTGTAGTCATGTAGAGAGGTAGAGGGCACATTCAAGCCGACAACTTGCATGTGCCAAACTTAAGCGTATTTTTAGATTTAGCTGTCACTTCAGAATTATAAAGTACCTGCACTTCAGATTTATAAAGTACCTGATCTAATTTCAGTTTGCTTTTCTT
GTTCTGGCAAAAGTGCATATGAGATATGGAGTGTTTACATTATCACATTGGGATGCAGATTCCAAAATTAGAGGGATGATCACTGCATGAGGGTTTGTACTATTCTAGTCTAGGCATAGTTACCTGCTCTAATTTCAGTTTGCTTTTCTTGTTTTGGCAAAAGCGCATATGAGATATGGAGTGTTTACATTATCACATTG
GGATGCAGATTCCAAAATTAGAGGGATGATCACTGCATGAGGGTTTGTACTATTCTAGTCTAGGCATAGT

>TRINITY_DN125929_c1_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTCATTTTGTCTTTTTAGTTACAAGGGCCCAAACATACAGAAGTGTCAATTACCTTGCTTCTTTTTATATGAGTTATGTCGTATTGGTTAAATAGTCTTTGATGCCATCTTTCTTAGACTATCTTTGTATTGGATTGCGAGCATGTGTTGTATACAAGCATACGGGCACCAATTTCTGCAAGTTTTTGATTTTGATGTT
GTTTTTCTTTTATAGTTTTTCAGAAACACATACGACGTGTTTCTGAGCTTCAAAGGCCGAGATGTTGGAAGAGACTGTGCATAAAAATAATTTCTTCCACCCTTTCACCAAAAGGGTGTGGTGCCTCAACGAAGTAACGGTGACCCTTTTGCTGAGTAATGGTAGATACAACGCAGAAGAAACTGGCAAATTAAAGGGTG
CGGTCTACACGCTCTTGGGTTTCGCTGGGTGGTCCCTCCACGAAGACACCAATGGATATGAAGTAGTCCATTTGCTGTTTAGTGGTAGATCCAGCTCAGAAGAAATTGGTGAATTGAGCGCTGCCTTTTGCGAACTCTTGGGTTTTGCTGGTTGGTCCCCCCAAGAGGACACAAATGGgtgggtaacttactattattta
ctctaatctattttaagttatttatatacatttttgtttgaacttttattaattttagagtatgtgcagATATGAAGCAGTGCATTTGTTGAGTAATGGTAGATACAAAGCAGAAGAAAGAAGTTGGTGAATCGAAGGCAGCCCTCCACACATTCCACACATTCTCAAATTTTCTTGTGTGTGTCAGAGTTTGTGTTGTT
CATTCAGCATGGTACAACAGTGATAGCAGATATTTGATGGCATGCTTCAGCAGATCCATCTTACCTAGGTGTCTGTGCACAGCAGAGGGGCGTTTGATGATATGGTGCAACATTAGTTTGCTTTGGGAGGAGAGCTGTAGTCATGTAGAGAGGTAGAGGGCACATTCAAGCCGACAACTTGCATGTGCCAAACTTAAGCG
TATTTTTAGATTTAGCTGTCACTTCAGAATTATAAAGTACCTGCACTTCAGATTTATAAAGTACCTGATCTAATTTCAGTTTGCTTTTCTTGTTCTGGCAAAAGTGCATATGAGATATGGAGTGTTTACATTATCACATTGGGATGCAGATTCCAAAATTAGAGGGATGATCACTGCATGAGGGTTTGTACTATTCTAGT
CTAGGCATAGTTACCTGCTCTAATTTCAGTTTGCTTTTCTTGTTTTGGCAAAAGCGCATATGAGATATGGAGTGTTTACATTATCACATTGGGATGCAGATTCCAAAATTAGAGGGATGATCACTGCATGAGGGTTTGTACTATTCTAGTCTAGGCATAGT

Intron 2 GTGGGTAGTT ... CTCTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.15	7	6	1.7
A2	26.09	17	6	7.3
A3	40	9	6	1
A4	27.78	13	5	7.5
A5	27.59	21	8	9.7
A6	17.95	32	7	5.1
A7	23.4	36	11	4.3
A8	8.33	33	3	10.6
A9	6.25	30	2	5.4
A10	4.17	23	1	4.1

>TRINITY_DN111773_c7_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTGTATACAAGCATACGGGCACCAATTTCTGCAAGTTTTTGATTTTGATGTTGTTTTTTTTTATAGTTTTTCAGAAACACATACGACGTGTTTCTGAGCTTCAAAGGCCGAGATGTTGGAAGAGACTGTGCATAAAAATAATTTCTTCCACCCTTTCACCAAAAGGGTGTGGTGCCTCAACGAAGTAACGGTGACCCTT
TTGCTGAGTAATGGTAGATACAACGCAGAAGAAACTGGCAAATTAAAGGGTGCGGTCTACACGCTCTTGGGTTTCGCTGGGTGGTCCCTCCACGAAGACACCAATGGATATGAAGTAGTCCATTTGCTGTTTAGTGGTAGATCCAGCTCAGAAGAAATTGGTGAATTGAGCGCTGCCTTTTGCGAACTCTTGGGTTTTGC
TGGTTGGTCCCCCCAAGAGGACACAAATGGGTGGGTAACTTACTATTATTTACTCTAATCTATTTTAAGTTATTTATATACATTTTTGTTTGAACTTTTATTAATTTTAGAGTATGTGCAGATATGAAGCAGTGCATTTGTTGAGTAATGGTAGATACAAAGCAGAAGAAAGAAGTTGGTGAATCGAAGGCAGCCCTCCA
CACATTCCACACATTCTCAAATTTTCTTGTGTGTGTCAGAGTTTGTGTTGTTCATTCAGCATGGTACAACAGTGATAGCAGATATTTGATGGCATGCTTCAGCAGATCCATCTTACCTAGGTGTCTGTGCACAGCAGAGGGGCGTTTGATGATATGGTGCAACATTAGTTTGCTTTGGGAGGAGAGCTGTAGTCATGTAG
AGAGGTAGAGGGCACATTCAAGCCGACAACTTGCATGTGCCAAACTTAAGCGTATTTTTAGATTTAGCTGTCACTTCAGAATTATAAAGTACCTGCACTTCAGATTTATAAAGTACCTGATCTAATTTCAGTTTGCTTTTCTTGTTCTGGCAAAAGTGCATATGAGATATGGAGTGTTTACATTATCACATTGGGATGCA
GATTCCAAAATTAGAGGGATGATCACTGCATGAGGGTTTGTACTATTCTAGTCTAGGCATAGTTACCTGCTCTAATTTCAGTTTGCTTTTCTTGTTTTGGCAAAAGCGCATATGAGATATGGAGTGTTTACATTATCACATTGGGATGCAGATTCCAAAATTAGAGGGATGATCACTGCATGAGGGTTTGTACTATTCTA
GTCTAGGCATAGTGATATATTCATTCATGCTAAACACTCTGTCTTAGGTGCTTATGGTTAGGGCGTTGCCTTGTAAACCCTAGCCTTCTTGTTTTATAATAATTGGCAAGGTCTTCACTTTCTTTTGATATACACAGTTCTAGAGATTGAATTTTGAGGTATAAGCAACATTGTAATTTTTAATGTGTTAATGAAATACA
GCTATACAATTGAGAGTTCAGATTTGTGTACCCTGATATTTTCAGTGTGAGGTGTTTGTAGGATCTAGCATTCATAATTTACAGTTTTGAGAAAAATTATCAGCTTCAAGTTTTCTAGTGTTTAGGTTGTGTTATTGTGATTGTAAAATCTGCTTACCATGATTAAAAATCAATAGGGTTCCCCCTCCAAGTGCAGGCCA
ATGGGTGGATAATTCACTGTTCCCCACTCTTCTATTCTTTTTTTTTATACTCTTCTACTTTAACTTTTAATATTTTCACTCTGGGTAGATATGAGCCA

>TRINITY_DN111773_c7_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCCGATTAGGTTAATGTTGCTCCATTTCATCGAGCGTGCTCCTCAATAAATAGCTTCTCTGCGCTCTTCCATTCAGTGTATGATGTGATCTGCTTAGAAAGAATTACAGTATTCTTATTGGTAAAGAAACGGGAAACTATGATCCTTGTGAGAAAGTGCCAAGGCAGTGATAATAGCCATGCCCAGAAGGATTTGGTGAA
CCATCGAGTCCGATCTGTTCTTCTAGCATTTGAGGCCGAAAGGAAAGAGAGTGTTTTTCAGAAACACATACGACGTGTTTCTGAGCTTCAAAGGCCGAGATGTTGGAAGAGACTGTGCATAAAAATAATTTCTTCCACCCTTTCACCAAAAGGGTGTGGTGCCTCAACGAAGTAACGGTGACCCTTTTGCTGAGTAATGG
TAGATACAACGCAGAAGAAACTGGCAAATTAAAGGGTGCGGTCTACACGCTCTTGGGTTTCGCTGGGTGGTCCCTCCACGAAGACACCAATGGgtgggtagttcatggttcactgagctgttctactcttatatttatatatggttctatttgaattctcataatattttcgtactctctgcagATATGAAGTAGTCCAT
TTGCT

Intron 3 GTAACTTACT ... GTATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.59	11	10	7
A2	51.43	17	14	22
A3	42.86	8	7	5
A4	34.55	18	5	14
A5	53.85	6	7	7
A6	32.16	58	28	27
A7	30.84	37	17	16
A8	34.81	44	23	24
A9	34.31	45	25	22
A10	24.14	22	8	6

>TRINITY_DN45061_c0_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

AGGTATTTACGTTTTTTAAGAGCACCCCGATTAGGTTAATGTTGCTCCATTTCATCGAGCGTGCTCCTCAATAAATAGCTTCTCTGCGCTCTTCCATTCAGTGTATGATGTGATCTGCTTAGAAAGAATTACAGTATTCTTATTGGTAAAGAAACGGGAAACTATGATCCTTGTGAGAAAGTGCCAAGGCAGTGATAATA
GCCATGCCCAGAAGGATTTGGTGAACCATCGAGTCCGATCTGTTCTTCTAGCATTTGAGGCCGAAAGGAAAGAGAGTGTTTTTCAGAAACACATACGACGTGTTTCTGAGCTTCAAAGGCCGAGATGTTGGAAGAGACTGTGCATAAAAATAATTTCTTCCACCCTTTCACCAAAAGGGTGTGGTGCCTCAACGAAGTAA
CGGTGACCCTTTTGCTGAGTAATGGTAGATACAACGCAGAAGAAACTGGCAAATTAAAGGGTGCGGTCTACACGCTCTTGGGTTTCGCTGGGTGGTCCCTCCACGAAGACACCAATGGGTGGGTAGTTCATGGTTCACTGAGCTGTTCTACTCTTATATTTATATATGGTTCTATTTGAATTCTCATAATATTTTCGTAC
TCTCTGCAGATATGAAGTAGTCCATTTGCTGTTTAGTGGTAGATCCAGCTCAGAAGAAATTGGTGAATTGAGCGCTGCCTTTTGCGAACTCTTGGGTTTTGCTGGTTGGTCCCCCCAAGAGGACACAAATGGGTGGATATGAAGCAGTGCATTTGTTGAGTAATGGTAGATACAAAGCAGAAGAAAGAAGTTGGTGAATC
GAAGGCAGCCCTCCACACATTCCACACATTCTCAAATTTTCTTGTGTGTGTCAGAGTTTGTGTTGTTCATTCAGCATGGTACAACAGTGATAGCAGATATTTGATGGCATGCTTCAGCAGATCCATCTTACCTAGGTGTCTGTGCACAGCAGAGGGGCGTTTGATGATATGGTGCAACATTAGTTTGCTTTGGGAGGAGA
GCTGTAGTCATGTAGAGAGGTAGAGGGCACATTCAAGCCGACAACTTGCATGTGCCAAACTTAAGCGTATTTTTAGATTTAGCTGTCACTTCAGAATTATAAAGTACCTGCACTTCAGATTTATAAAGTACCTGATCTAATTTCAGTTTGCTTTTCTTGTTCTGGCAAAAGTGCATATGAGATATGGAGTGTTTACATTA
TCACATTGGGATGCAGATTCCAAAATTAGAGGGATGATCACTGCATGAGGGTTTGTACTATTCTAGTCTAGGCATAGTTACCTGCTCTAATTTCAGTTTGCTTTTCTTGTTTTGGCAAAAGCGCATATGAGATATGGAGTGTTTACATTATCACATTGGGATGCAGATTCCAAAATTAGAGGGATGATCACTGCATGAGG
GTTTGTACTATTCTAGTCTAGGCATAGTGATATATTCATTCATGCTAAACACTCTGTCTTAGGTGCTTATGGTTAGGGCGTTGCCTTGTAAACCCTAGCCTTCTTGTTTTATAATAATTGGCAAGGTCTTCACTTTCTTTTGATATACACAGTTCTAGAGATTGAATTTTGAGGTATAAGCAACATTGTAATTTTTAATG
TGTTAATGAAATACAGCTATACAATTGAGAGTTCAGATTTGTGTATTCTTGATATTTTCAATGTGAGGTGTTTGTAGGATCTAGCATTCATAATTTACAGTTTTGAGG

>TRINITY_DN45061_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGGTATTTACGTTTTTTAAGAGCACCCCGATTAGGTTAATGTTGCTCCATTTCATCGAGCGTGCTCCTCAATAAATAGCTTCTCTGCGCTCTTCCATTCAGTGTATGATGTGATCTGCTTAGAAAGAATTACAGTATTCTTATTGGTAAAGAAACGGGAAACTATGATCCTTGTGAGAAAGTGCCAAGGCAGTGATAATA
GCCATGCCCAGAAGGATTTGGTGAACCATCGAGTCCGATCTGTTCTTCTAGCATTTGAGGCCGAAAGGAAAGAGAGTGTTTTTCAGAAACACATACGACGTGTTTCTGAGCTTCAAAGGCCGAGATGTTGGAAGAGACTGTGCATAAAAATAATTTCTTCCACCCTTTCACCAAAAGGGTGTGGTGCCTCAACGAAGTAA
CGGTGACCCTTTTGCTGAGTAATGGTAGATACAACGCAGAAGAAACTGGCAAATTAAAGGGTGCGGTCTACACGCTCTTGGGTTTCGCTGGGTGGTCCCTCCACGAAGACACCAATGGATATGAAGTAGTCCATTTGCTGTTTAGTGGTAGATCCAGCTCAGAAGAAATTGGTGAATTGAGCGCTGCCTTTTGCGAACTC
TTGGGTTTTGCTGGTTGGTCCCCCCAAGAGGACACAAATGGGTGGgtaacttactattatttgctctaatctattttaagttatttatatacatttttgtttgaacttttattaattttagagtatgtgcagATATGAAGCAGTGCATTTGTTGAGTAATGGTAGATACAAAGCAGAAGAAAGAAGTTGGTGAATCGAAG
GCAGCCCTCCACACATTCCACACATTCTCAAATTTTCTTGTGTGTGTCAGAGTTTGTGTTGTTCATTCAGCATGGTACAACAGTGATAGCAGATATTTGATGGCATGCTTCAGCAGATCCATCTTACCTAGGTGTCTGTGCACAGCAGAGGGGCGTTTGATGATATGGTGCAACATTAGTTTGCTTTGGGAGGAGAGCTG
TAGTCATGTAGAGAGGTAGAGGGCACATTCAAGCCGACAACTTGCATGTGCCAAACTTAAGCGTATTTTTAGATTTAGCTGTCACTTCAGAATTATAAAGTACCTGCACTTCAGATTTATAAAGTACCTGATCTAATTTCAGTTTGCTTTTCTTGTTCTGGCAAAAGTGCATATGAGATATGGAGTGTTTACATTATCAC
ATTGGGATGCAGATTCCAAAATTAGAGGGATGATCACTGCATGAGGGTTTGTACTATTCTAGTCTAGGCATAGTTACCTGCTCTAATTTCAGTTTGCTTTTCTTGTTTTGGCAAAAGCGCATATGAGATATGGAGTGTTTACATTATCACATTGGGATGCAGATTCCAAAATTAGAGGGATGATCACTGCATGAGGGTTT
GTACTATTCTAGTCTAGGCATAGTGATATATTCATTCATGCTAAACACTCTGTCTTAGGTGCTTATGGTTAGGGCGTTGCCTTGTAAACCCTAGCCTTCTTGTTTTATAATAATTGGCAAGGTCTTCACTTTCTTTTGATATACACAGTTCTAGAGATTGAATTTTGAGGTATAAGCAACATTGTAATTTTTAATGTGTT
AATGAAATACAGCTATACAATTGAGAGTTCAGATTTGTGTATTCTTGATATTTTCAATGTGAGGTGTTTGTAGGATCTAGCATTCATAATTTACAGTTTTGAGG