sp|Q9M153|GDL61_ARATH ----> GDSL esterase/lipase At4g01130

Intron 1 GTACGTGTTC ... TCTGTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.82	2	10	8
A2	100	0	4	4
A3	71.43	1	3	2
A4	71.43	2	7	3
A5	60	2	4	2
A6	68.42	3	6	7
A7	62.86	13	21	23
A8	35.48	10	6	5
A9	36.36	7	4	4
A10	73.91	3	11	6

>TRINITY_DN40223_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

AACAAACTCCATGGAAAGGTAATGCAATGGTGATGTTCACGACTTTAAAATCTCCTTTCTCTAGTATAGGCGGTATAATTCTCAGCAGCTCGCTAAACGCCTTCTGATTTTATAATGGAAAGGCGGTGTAAATCTCGGCAACTCGCTAGATGCCTTCTGATTTTATAATGGAAGACCACCGCCAAACTATAATGGAAGAC
CACCGCCAAACCCTTGTGCTGCAGGCACTGTTCCTGAGGTCTCTGAATTTCATGACTTTCTTGCATTTATGTATATAGCCAAGTACACGACCTAAGTTTTTGAAGAACACCGGACTTGGACAAGAAAGAAATGCAAGCTTTGTTCTACCGATGATGCTTGTGTGTTTTGTGATCGAATAATGTCTTCCTCCTTTTTTGAT
CGATCCTCTTCCTGATGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAATTCATTGAGGTATACCGCCATGGTAGTATAGTATCCTTCAATGCATCACCAATCTAACCTAGTTGCAGGGTTGCAACACATGGTATGATTTTGGATCCATCGAGGAATAACCAAGCTCCATGGGTGGATTCATCCAACAAT
AATTTCAATGGAAGACTACCATCGATCTGGCAGACTCAGGGATTTAGATTCAGCAAGTTATGGCAACTCAGTGTTCAATCTAAGATTTGAAATGAAAGGAGTCGAGTATAGTCTAAAATATGTGCTAGAAAAAGAAGAAGGGTTCAATTATTTGGGCATTAACAAGTCTGAAGGCCTTACAGTTTGTAGATGGGGTTGCA
ACGTTTTGCTTTGAGGGAATCCTACCTTTGATTTGCTCCATTTACCTCTTCTTTGGCATTTGGCGACATTCAGTTTGCGTTCTCTGCAGCTACTACCCAATGCATTTAAAAAATTGTTGTATCCTTCAACTTTGAGGGTTCCAGAAACCCTCCTTCTGCAGTTTCTCTCTTTTATAATTCTTCTACACAGAGTCGTTGTT
GTTTTATAACTTTGTGGCATTCTTCATTGATGAAACCCTAGACCTTTTGTCACAGACATTATATGCTTGAATCGCTGGAGATCTTAAAGAATTCTCTTAATTTAAGAGGATTTACGAAAGCCCTCTTAACCTGTCCTTCAAAGAATTCCTTTTGATCTTGCTTCCGTGAAGAGCTATGTATCTGTCAAAAGTAAACCTCC
AAGGCCCCGGAAGAGGGTAGACTTGACTTTTCTGCTTCGAAGAGGGCTAGAGATGGCAGTGGCTTTACTAGAGATGGTAATGGGTTTCAGTTATTTTTCCAGATCCTCACGCGTCTTTAATTTATCTTTTATAACTTTCAGAGCATTTTTTTACAACGGTAGATTTTGTGTTTTCACTCGGATCCCAGTACTGCCTGCAA
TAAGGACATCCCTATGACTCTTACTGCTATGCACGACTGTGGCCTTGATCCGAAGATCAAGATGAATTTTGATTCACGAACTGCTATATTTTGCAGATTTTCATTTTGAATCAGAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGA
TTGGGTTGCGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTATGTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGCTTTACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCT
CATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTCTGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGAATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATA
TGGCTAGACTAGAG

>TRINITY_DN40223_c0_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AACAAACTCCATGGAAAGGTAATGCAATGGTGATGTTCACGACTTTAAAATCTCCTTTCTCTAGTATAGGCGGTATAATTCTCAGCAGCTCGCTAAACGCCTTCTGATTTTATAATGGAAAGGCGGTGTAAATCTCGGCAACTCGCTAGATGCCTTCTGATTTTATAATGGAAGACCACCGCCAAACTATAATGGAAGAC
CACCGCCAAACCCTTGTGCTGCAGGCACTGTTCCTGAGGTCTCTGAATTTCATGACTTTCTTGCATTTATGTATATAGCCAAGTACACGACCTAAGTTTTTGAAGAACACCGGACTTGGACAAGAAAGAAATGCAAGCTTTGTTCTACCGATGATGCTTGTGTGTTTTGTGATCGAATAATGTCTTCCTCCTTTTTTGAT
CGATCCTCTTCCTGATGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAATTCATTGAGGTATACCGCCATGGTAGTATAGTATCCTTCAATGCATCACCAATCTAACCTAGTTGCAGGGTTGCAACACATGGTATGATTTTGGATCCATCGAGGAATAACCAAGCTCCATGGGTGGATTCATCCAACAAT
AATTTCAATGGAAGACTACCATCGATCTGGCAGACTCAGGGATTTAGATTCAGCAAGTTATGGCAACTCAGTGTTCAATCTAAGATTTGAAATGAAAGGAGTCGAGTATAGTCTAAAATATGTGCTAGAAAAAGAAGAAGGGTTCAATTATTTGGGCATTAACAAGTCTGAAGGCCTTACAGTTTGTAGATGGGGTTGCA
ACGTTTTGCTTTGAGGGAATCCTACCTTTGATTTGCTCCATTTACCTCTTCTTTGGCATTTGGCGACATTCAGTTTGCGTTCTCTGCAGCTACTACCCAATGCATTTAAAAAATTGTTGTATCCTTCAACTTTGAGGGTTCCAGAAACCCTCCTTCTGCAGTTTCTCTCTTTTATAATTCTTCTACACAGAGTCGTTGTT
GTTTTATAACTTTGTGGCATTCTTCATTGATGAAACCCTAGACCTTTTGTCACAGACATTATATGCTTGAATCGCTGGAGATCTTAAAGAATTCTCTTAATTTAAGAGGATTTACGAAAGCCCTCTTAACCTGTCCTTCAAAGAATTCCTTTTGATCTTGCTTCCGTGAAGAGCTATGTATCTGTCAAAAGTAAACCTCC
AAGGCCCCGGAAGAGGGTAGACTTGACTTTTCTGCTTCGAAGAGGGCTAGAGATGGCAGTGGCTTTACTAGAGATGGTAATGGGTTTCAGTTATTTTTCCAGATCCTCACGCGTCTTTAATTTATCTTTTATAACTTTCAGAGCATTTTTTTACAACGGTAGATTTTGTGTTTTCACTCGGATCCCAGTACTGCCTGCAA
TAAGGACATCCCTATGACTCTTACTGCTATGCACGACTGTGGCCTTGATCCGAAGATCAAGATGAATTTTGgtacgtgttctggttgtttgattttcgaatttggtatctgttaaagATTCACGAACTGCTATATTTTGCAGATTTTCATTTTGAATCAGAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGAATTATGCA
TATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGCGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTATGTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACG
TTAGTTGTTGTATTGGCCTCACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCTCATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTCTGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGA
ATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATATGGCTAGACTAGAG

Intron 2 GTACGTGTTC ... TATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	95.24	0.5	10	7.3
A2	100	0	4	4
A3	92.86	0.3	3	2
A4	91.67	0.5	7	1
A5	90	0.5	3.5	2
A6	39.71	10.5	5.5	8.8
A7	52.12	19	20.5	21.3
A8	30.42	18	5.8	10.3
A9	39.47	5.8	3.5	4
A10	91.31	1	10.3	4

>TRINITY_DN43929_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GCCTTCTGATTTTATAATGGAAAGGCGGTGTAAATCTCGGCAACTCGCTAGATGCCTTCTGATTTTATAATGGAAGACCACAGCCAAACTATAATGGAAGACCACCGCCAAACCCTTGTGCTGCAGGCACTGTTCCGGAGGTCTCTGAATTCCACGACTTTCTTGCATTTATGTATATAGCCAAGTACACGACCTAAGTT
TTTGAAGAACACCGGACTTGGACGAGAAAGAAATGCAAGCTTTGTTCTACCGATGATGCTTGTGTGTTTTGTGATCGAATAATGTCTTCTTCCTTTTTTGATCGATCCTCTTCCTGATGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAGTTCATTGAGGTATACCGCCATGGTAGTATAGTATCCTTC
AATGCATCACCAATCTAACCTAGTTGCAGGGTTGCAACACATGGTATGATTTTGGATCCATCGAGGAATAACCAAGCTCCATGGGTGGATTCATCCAACAATAATTTCAATGGAAGACTACCATCGATCTGGCAGACTCAGGGATTTAGATTCAGCAAGTTATGGCAACTCAGTGTTCAATCTAAGATTTGAAATGAAAG
GAGTCGAGTATAGTCTAAAATATGTGCTAGAAAAAGAAGAAGGGTTCAATTATTTGGGCATTAACAAGTCTGAAGGCCTTACAGTTTGTAGATGGGGTTGCAACGTTTTGCTTTGAGGGAATCCTACCTTTGATTTGCTCCATTTACCTCTTCTTTGGCATTTGGCGACATTCAGTTTGCGTTCTCTGCAGCTACTACCC
AATGCATTTAAAAAATTGTTGTATCCTTCAACTTTGAGGGTTCCAGAAACCCTCCTTCTGCAGTTTCTCTCTTTTATAATTCTTCTACACAGAGTCGTTGTTGTTTTATAACTTTGTGGCATTCTTCATTGATGAAACCCTAGACCTTTTGTCACAGACATTATATGCTTGAATCGCTGGAGATCTTAAAGAATTCTCTT
AATTTAAGAGGATTTACGAAAGCCCTCTTAACCTGTCCTTCAAAGAATTCCTTTTGATCTTGCTTCCGTGAAGAGCTATGTATCTGTCAAAAGTAAACCTCCAAGGCCCCGGAAGAGGGTAGACTTGACTTTTCTGCTTCGAAGAGGGCTAGAGATGGCAGTGGCTTTACTAGAGATGTACTGCCTGCAATAAGGACATC
CCTATGACTCTTACTGCTATGCACGACTGTGGCCTTGATCCGAAGATCAAGATGAATTTTGATTTTCATTTTGAATCAGAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGTGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTAT
GTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGCTTTACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCTCATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTC
TGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGAATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATATGGCTAGACTAGAGGATTTAACATTCTATTGTGGT
GATTTTGCATTGTGTTTTGTGGATTTCTTTATTGGGCTTCAGTGAATTTCCATAGCACAAACAACCTGGATCAACATATTTCTAACTTGGGTTGTAATTAATTTGTAAACATCCATTGACCACTCACAAAAATCAACGACATTGAGTGCCTTTACTGAGCCTTTATTTCTTTAGTTGTCACACTAGAGGCATCCTAGCAA
CCTCAACTATTGTTTCTGGCTACTACTTGTCTGGCATGGGAAGTGTTGAGCTTTCCTATGGATCTCTCCAATGATGGCACATTGTTTTGAAGTAGAAAAGAAATTATGTATCCCAAATGATTGAGCTCAGTTTAAATTCAGGTTTGCCATGCCACTTATTTTGAAGGTAAATGTTGTCCATGAATATAGTGACTACACAG
ACCCAGGGAGCAAGGAAATTTCAGTGGGTAGTTACAGGCCAGACCTGCCTTTTGCAGATAGATCTTATATTTCTATCGTGTCATTCTTTGTAGGAAGACAATAGGTATTCAATCAAAGCAGTATAACGCTTGATATCGGGCAGAATGATTTCGCCTCAAAGCTTCAACAAATAGGAAGTGAGGAGTGAAGTAGTTTTTTA
CCCAGTCAACTTTTCATATTAATGAACTGTGAAACTAATAACTTAAATTAAAAATTCTTAACTACAGAGCTTTTTACTGAGCATAGTGGAGATATGAGTTAGTTAATTATTATGGTTTTTCCATTCAAGTGGGTATTGTATGGAGAGGGGACGAGGACAATATTTGTGGCAAAGTTTGCACCAAAAGTTGTTTTCTCTCA
TTTTTTTTATAGTGAACTTCCTCCTAATTTGTCTGATTTACACAGTTGTATGGATGTATGATCTCATACAAGAATGCAGTAGACTATAATAACTTACCCAAGGAACAGCTTGAAGAAGCTTGAAAGGCCTTGCAAGATGCATTTTTAATATATGTTGATTCACATGTGATAAAGTTGGAGATCTTTACAGATCCAGCAGA
ATAAGGTAATCTTCTGTTTTAAAAGAAGGTCAAATTGAAAAAAAATGTAATTCTTCGCCGATTATCAAACTTCCTAAGAAGATGTTACGGATGTACTTACAGTTTGCATGCTTCTGGCATCATCTTTTAAGGAAGTAGAGCATCTTGAATCAGTTCCCGGACAATCTAGTTTTGCTGATGCAACTCCTTTTACAAAGTAA
AGTGAAAAATACGTAAACTATTATTAAATACAGAGTAAGATAGCAAGTTTCAAGTTTTAAAACCACCTTTTGCATTTATTTTATCTTCTTTCTTGATTAATGAACGCAGATGCATGACTTTTAATTCAAAATTACAGACAGGCTTCAAGTATGGAACAATGGTTTCTTGTGGGACCATAGGCCACTGCATTTTAGCCCAC
AGGTTTTCTGTGGCTGAAGCAAGAAATTAAATGGGTTTGTTGTCATAACTTCGGCTTCCACTGATCCATCAAGTTATGTGAGCTGGGTGTGATTGAATTCACAACACTGATACTGCAAGTATTTATATAGCCAATGAAATTCTCAGTGGTAAATATTTTCGGCAACCATTTCCTCTCGGGACGCTTTGTGATCTCCAGCC
AATTTGGTGACTTAAGGTGGAAAGCAGTACCATGAAGAAAATGCATTCAGTAAAGCTTTTCAATTACAACGCTTCTCGATTCAATAGAGTTACAAATAATTCGCATGGGCTTTTGTCCATTATAAAGTAATCAATATTTTTGACTTATTTTTCACATTATTTATTTACTTAGGTTTGATTTATTTCACCATTATGGTAGC
TGTTTTGTGTTACAAATAAGTAGCATGGACATTGTCCATTATAAAGCCATCAATATTTTTGGCTTATTTTTCAAATTATTTATTTGCCTAGGTTCTATTTATTTCAC

>TRINITY_DN43929_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCCTTCTGATTTTATAATGGAAAGGCGGTGTAAATCTCGGCAACTCGCTAGATGCCTTCTGATTTTATAATGGAAGACCACAGCCAAACTATAATGGAAGACCACCGCCAAACCCTTGTGCTGCAGGCACTGTTCCGGAGGTCTCTGAATTCCACGACTTTCTTGCATTTATGTATATAGCCAAGTACACGACCTAAGTT
TTTGAAGAACACCGGACTTGGACGAGAAAGAAATGCAAGCTTTGTTCTACCGATGATGCTTGTGTGTTTTGTGATCGAATAATGTCTTCTTCCTTTTTTGATCGATCCTCTTCCTGATGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAGTTCATTGAGGTATACCGCCATGGTAGTATAGTATCCTTC
AATGCATCACCAATCTAACCTAGTTGCAGGGTTGCAACACATGGTATGATTTTGGATCCATCGAGGAATAACCAAGCTCCATGGGTGGATTCATCCAACAATAATTTCAATGGAAGACTACCATCGATCTGGCAGACTCAGGGATTTAGATTCAGCAAGTTATGGCAACTCAGTGTTCAATCTAAGATTTGAAATGAAAG
GAGTCGAGTATAGTCTAAAATATGTGCTAGAAAAAGAAGAAGGGTTCAATTATTTGGGCATTAACAAGTCTGAAGGCCTTACAGTTTGTAGATGGGGTTGCAACGTTTTGCTTTGAGGGAATCCTACCTTTGATTTGCTCCATTTACCTCTTCTTTGGCATTTGGCGACATTCAGTTTGCGTTCTCTGCAGCTACTACCC
AATGCATTTAAAAAATTGTTGTATCCTTCAACTTTGAGGGTTCCAGAAACCCTCCTTCTGCAGTTTCTCTCTTTTATAATTCTTCTACACAGAGTCGTTGTTGTTTTATAACTTTGTGGCATTCTTCATTGATGAAACCCTAGACCTTTTGTCACAGACATTATATGCTTGAATCGCTGGAGATCTTAAAGAATTCTCTT
AATTTAAGAGGATTTACGAAAGCCCTCTTAACCTGTCCTTCAAAGAATTCCTTTTGATCTTGCTTCCGTGAAGAGCTATGTATCTGTCAAAAGTAAACCTCCAAGGCCCCGGAAGAGGGTAGACTTGACTTTTCTGCTTCGAAGAGGGCTAGAGATGGCAGTGGCTTTACTAGAGATGGTAATGGGTTTCAGTTATTTTT
CCAGACCCTCACGCGTCTTTAATTTATCTTTTATAGCTTTCAGAGCATTTTTTTACAACGGTAGATTTTGTGTTTTCACTCGGATCCCAGTACTGCCTGCAATAAGGACATCCCTATGACTCTTACTGCTATGCACGACTGTGGCCTTGATCCGAAGATCAAGATGAATTTTGgtacgtgttctggttgtttgattttcg
aatttggtatctgttaaagattcacgaactgctatattttgcagATTTTCATTTTGAATCAGAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGTGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTATGTTGTCCAAAATTGAAG
ATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGCCTCACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCTCATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTCTGGTGTCCTGTTTGGGT
AATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGAATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATATGGCTAGACTAGAGGATTTAACATTCTATTGTGGTGATTTTGCATTGTGTTT
TGTGGATTTCTTTATTGGGCTTCAGTGAATTTCCATAGCACAAACAACCTGGATCAACATATTTCTAACTTGGGTTGTAATTAATTTGTAAACATCCATTGACCACTCACAAAAATCAACGACATTGAGTGCCTTTACTGAGCCTTTATTTCTTTAGTTGTCACACTAGAGGCATCCTAGCAACCTCAACTATTGTTTCT
GGCTACTACTTGTCTGGCATGGGAAGTGTTGAGCTTTCCTATGGATCTCTCCAATGATGGCACATTGTTTTGAAGTAGAAAAGAAATTATGTATCCCAAATGATTGAGCTCAGTTTAAATTCAGGTTTGCCATGCCACTTATTTTGAAGGTAAATGTTGTCCATGAATATAGTGACTACACAGACCCAGGGAGCAAGGAA
ATTTCAGTGGGTAGTTACAGGCCAGACCTGCCTTTTGCAGATAGATCTTATATTTCTATCGTGTCATTCTTTGTAGGAAGACAATAGGTATTCAATCAAAGCAGTATAACGCTTGATATCGGGCAGAATGATTTCGCCTCAAAGCTTCAACAAATAGGAAGTGAGGAGTGAAGTAGTTTTTTACCCAGTCAACTTTTCAT
ATTAATGAACTGTGAAACTAATAACTTAAATTAAAAATTCTTAACTACAGAGCTTTTTACTGAGCATAGTGGAGATATGAGTTAGTTAATTATTATGGTTTTTCCATTCAAGTGGGTATTGTATGGAGAGGGGACGAGGACAATATTTGTGGCAAAGTTTGCACCAAAAGTTGTTTTCTCTCATTTTTTTTATAGTGAAC
TTCCTCCTAATTTGTCTGATTTACACAGTTGTATGGATGTATGATCTCATACAAGAATGCAGTAGACTATAATAACTTACCCAAGGAACAGCTTGAAGAAGCTTGAAAGGCCTTGCAAGATGCATTTTTAATATATGTTGATTCACATGTGATAAAGTTGGAGATCTTTACAGATCCAGCAGAATAAGGTAATCTTCTGT
TTTAAAAGAAGGTCAAATTGAAAAAAAATGTAATTCTTCGCCGATTATCAAACTTCCTAAGAAGATGTTACGGATGTACTTACAGTTTGCATGCTTCTGGCATCATCTTTTAAGGAAGTAGAGCATCTTGAATCAGTTCCCGGACAATCTAGTTTTGCTGATGCAACTCCTTTTACAAAGTAAAGTGAAAAATACGTAAA
CTATTATTAAATACAGAGTAAGATAGCAAGTTTCAAGTTTTAAAACCACCTTTTGCATTTATTTTATCTTCTTTCTTGATTAATGAACGCAGATGCATGACTTTTAATTCAAAATTACAGACAGGCTTCAAGTATGGAACAATGGTTTCTTGTGGGACCATAGGCCACTGCATTTTAGCCCACAGGTTTTCTGTGGCTGA
AGCAAGAAATTAAATGGGTTTGTTGTCATAACTTCGGCTTCCACTGATCCATCAAGTTATGTGAGCTGGGTGTGATTGAATTCACAACACTGATACTGCAAGTATTTATATAGCCAATGAAATTCTCAGTGGTAAATATTTTCGGCAACCATTTCCTCTCGGGACGCTTTGTGATCTCCAGCCAATTTGGTGACTTAAGG
TGGAAAGCAGTACCATGAAGAAAATGCATTCAGTAAAGCTTTTCAATTACAACGCTTCTCGATTCAATAGAGTTACAAATAATTCGCATGGGCTTTTGTCCATTATAAAGTAATCAATATTTTTGACTTATTTTTCACATTATTTATTTACTTAGGTTTGATTTATTTCACCATTATGGTAGCTGTTTTGTGTTACAAAT
AAGTAGCATGGACATTGTCCATTATAAAGCCATCAATATTTTTGGCTTATTTTTCAAATTATTTATTTGCCTAGGTTCTATTTATTTCAC

Intron 3 GTAATGCAAT ... TATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	7.3
A2	100	0	0	4
A3	100	0	0	2
A4	100	0	0	1
A5	-1	0	1	0.7
A6	40.48	10	0	8
A7	56.62	14	3	20
A8	49.65	9	0	10
A9	50	3	2	3.7
A10	100	0	0	3.3

>TRINITY_DN47108_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

TTTAATCTCTCGGTTCATGATGGAGATTTAAGATGGATACATACTGATGTGTAACAAACTCCATGGAAAGATTTTCATTTTGAATCAGAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGCGGTGGAAACACAGATTT
ACTTGTTATGTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGCTTTACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCTCATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTT
GGTTAAGTCTGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGAATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATATGGCTAGACTAGAGGATTTAACATTC
TATTGTGGTGATTTTGCATTGTGTTTTGTGGATTTCTTTATTGGGCTTCAGTGAATTTCCATAGCACAAACAACCTGGATCAACATATTTCTAACTTGGGTTGTAATTAATTTGTAAACATCCATTGACCACTCACAAAAATCAACGACATTGAGTGCCTTTACTGAGCCTTTATTTCTTTAGTTGTCACACTAGAGGCA
TCCTAGCAACCTCAACTATTGTTTCTGGCTACTACTTGTCTGGCATGGGAAGTGTTGAGCTTTCCTATGGATCTCTCCAATGATGGCACATTGTTTTGAAGTAGAAAAGAAATTATGTATCCCAAATGATTGAGCCCAG

>TRINITY_DN47108_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTTAATCTCTCGGTTCATGATGGAGATTTAAGATGGATACATACTGATGTGTAACAAACTCCATGGAAAGgtaatgcaatggtgatgttcacgactttaaaatctcctttctctagtataggcggtataattctcagcagctcgctaaacgccttctgattttataatggaaaggcggtgtaaatctcggcaactcgcta
gatgccttctgattttataatggaagaccacagccaaactataatggaagaccaccgccaaacccttgtgctgcaggcactgttcctgaggtctctgaatttcatgactttcttgcatttatgtatatagccaagtacacgacctaagtttttgaagaacaccggacttggacaagaaagaaatgcaagctttgttctac
cgatgatgcttgtgtgttttgtgatcgaataatgtcttcctccttttttgatcgatcctcttcctgatggtattctaccactgaaattattgttcgaaataacacctgcaattcattgaggtataccgccatggtagtatagtatccttcaatgcatcaccaatctaacctagttgcagggttgcaacacatggtatgat
tttggatccatcgaggaataaccaatctccatgggtggattcatccaacaataatttcaatggaagactaccatcgatctggcagactcagggatttagattcagcaagttatggcaactcagtgttcaatctaagatttgaaatgaaaggagtcgagtatagtctaaaatatgtgctagaaaaagaagaagggttcaat
tatttgggcattaacaagtctgaaggccttacagtttgtagatggggttgcaacttttgctttgagggaatcccacctttgatttgctccatttacctcttctttggcatttgacgacattcagtttgcgttctctgcagctactacccaatgcatttaaaaaattgttgtatccttcaactttgagggttccagaaacc
ctccttctgcagtttctctcttttataattcttctacacagagtcgttgttgttttataactttgtggcattcttcattgatgaaaccctagaccttttgtcacagacattatatgcttgaatcgctggagatcttaaagaattctcttaatttaagaggatttacgaaagccctcttaacctgtccttcaaagaattcc
ttttgatcttgcttccgtgaagagctatgtatctgtcaaaagtaaacctccaaggccccggaagagggtagacttgacttttctgcttcgaagagggctagagatggcagtggctttactagagatggtaatgggtttcagttatttttccagatcctcacgcgtctttaatttatcttttatagctttcagagcatttt
tttacaacggtagattttgtgttttcactcggatcccagtactgcctgcaataaggacatccctatgactcttactgctatgcacgactgtggccttgatccgaagatcaagatgaattttggtacgttttctggttgtttgattttcgagtttggtatctgttaaagattcacgaactgctatattttgcagATTTTCA
TTTTGAATCAGAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGCGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTATGTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGG
TTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGCTTTACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCTCATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTCTGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATC
TACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGAATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATATGGCTAGACTAGAGGATTTAACATTCTATTGTGGTGATTTTGCATTGTGTTTTGTGGATTTCTTTATTGGGCTTCAGTGAATTTCCATAGCACAAACAACCTG
GATCAACATATTTCTAACTTGGGTTGTAATTAATTTGTAAACATCCATTGACCACTCACAAAAATCAACGACATTGAGTGCCTTTACTGAGCCTTTATTTCTTTAGTTGTCACACTAGAGGCATCCTAGCAACCTCAACTATTGTTTCTGGCTACTACTTGTCTGGCATGGGAAGTGTTGAGCTTTCCTATGGATCTCTC
CAATGATGGCACATTGTTTTGAAGTAGAAAAGAAATTATGTATCCCAAATGATTGAGCCCAG

Intron 4 GTAAAAATCT ... CTTACCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.39	5.2	7.8	10
A2	73.33	0.8	2.4	1
A3	62.5	3	0	5
A4	66.67	2	2	4
A5	86.67	0.4	2.4	1
A6	36.68	24.2	2.7	14
A7	31.76	28.6	5.2	13
A8	43	26.1	2.4	19.6
A9	29.84	9.5	0	4
A10	45.27	5	2.1	4

>TRINITY_DN38869_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CCGCCTTTCCATTATAATTCTCAGCAGCTCGCTAAACGCCTTCTGATTTTATAATGGAAAGGCGGTGTAAATCTCGGCAACTCGCTAGATGCCTTCTGATTTTATAATGGAAGACCACAGCCAAACTATAATGGAAGACCACCGCCAAACCCTTGTGCTGCAGGCACTGTTCCGGAGATTTTCATTTTGAATCAGAGTTT
CCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGTGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTATGTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATC
AACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGCCTCACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCTCATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTCTGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTG
CAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGAATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATATGGCTAGACTAGAGGATTTAACATTCTATTGTGGTGATTTTGCATTGTGTTTTGTGGATTTCTTTATTGGGCTTCAGTGAATTTCCATAGCACAAACAACCTGGATCAACATAT

>TRINITY_DN38869_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGgtaaaaatcttatatctttcaagtttcacgttcaacttttttgatgtttttatttttcgagtttatctaaagggattgaatgcctgaatcttatatattgtacttaccacagAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGTG
GTGGAAACACAGATTTACTTGTTATGTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGCCTCACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCTCATTAGCATC
TTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTCTGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGAATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATATGGCTAGACT
AGAGGATTTAACATTCTATTGTGGTGATTTTGCATTGTGTTTTGTGGATTTCTTTATTGGGCTTCAGTGAATTTCCATAGCACAAACAACCTGGATCAACATAT

Intron 5 GTAATGGGTT ... TATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	4	7.3
A2	100	0	0	4
A3	75	1	4	2
A4	100	0	4	1
A5	68.26	2	8	0.7
A6	42.64	9	6	8
A7	59.93	10	11	20
A8	53.24	9	11	10
A9	67.62	2	5	3.7
A10	68.95	3	10	3.3

>TRINITY_DN47108_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GACTTTCTTGCATTTATGTATATAGCCAAGTACACGACCTAAGTTTTTGAAGAACACCGGACTTGGACAAGAAAGAAATGCAAGCTTTGTTCTACCGATGATGCTTGTGTGTTTTGTGATCGAATAATGTCTTCCTCCTTTTTTGATCGATCCTCTTCCTGATGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACAC
CTGCAATTCATTGAGGTATACCGCCATGGTAGTATAGTATCCTTCAATGCATCACCAATCTAACCTAGTTGCAGGGTTGCAACACATGGTATGATTTTGGATCCATCGAGGAATAACCAATCTCCATGGGTGGATTCATCCAACAATAATTTCAATGGAAGACTACCATCGATCTGGCAGACTCAGGGATTTAGATTCAG
CAAGTTATGGCAACTCAGTGTTCAATCTAAGATTTGAAATGAAAGGAGTCGAGTATAGTCTAAAATATGTGCTAGAAAAAGAAGAAGGGTTCAATTATTTGGGCATTAACAAGTCTGAAGGCCTTACAGTTTGTAGATGGGGTTGCAACTTTTGCTTTGAGGGAATCCCACCTTTGATTTGCTCCATTTACCTCTTCTTT
GGCATTTGACGACATTCAGTTTGCGTTCTCTGCAGCTACTACCCAATGCATTTAAAAAATTGTTGTATCCTTCAACTTTGAGGGTTCCAGAAACCCTCCTTCTGCAGTTTCTCTCTTTTATAATTCTTCTACACAGAGTCGTTGTTGTTTTATAACTTTGTGGCATTCTTCATTGATGAAACCCTAGACCTTTTGTCACA
GACATTATATGCTTGAATCGCTGGAGATCTTAAAGAATTCTCTTAATTTAAGAGGATTTACGAAAGCCCTCTTAACCTGTCCTTCAAAGAATTCCTTTTGATCTTGCTTCCGTGAAGAGCTATGTATCTGTCAAAAGTAAACCTCCAAGGCCCCGGAAGAGGGTAGACTTGACTTTTCTGCTTCGAAGAGGGCTAGAGAT
GGCAGTGGCTTTACTAGAGATGATTTTCATTTTGAATCAGAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGCGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTATGTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATT
AACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGCTTTACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCTCATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTCTGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGAT
TCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGAATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATATGGCTAGACTAGAGGATTTAACATTCTATTGTGGTGATTTTGCATTGTGTTTTGTGGATTTCTTTATTGGGCTT
CAGTGAATTTCCATAGCACAAACAACCTGGATCAACATATTTCTAACTTGGGTTGTAATTAATTTGTAAACATCCATTGACCACTCACAAAAATCAACGACATTGAGTGCCTTTACTGAGCCTTTATTTCTTTAGTTGTCACACTAGAGGCATCCTAGCAACCTCAACTATTGTTTCTGGCTACTACTTGTCTGGCATGG
GAAGTGTTGAGCTTTCCTATGGATCTCTCCAATGATGGCACATTGTTTTGAAGTAGAAAAGAAATTATGTATCCCAAATGATTGAGCCCAG

>TRINITY_DN47108_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTTAATCTCTCGGTTCATGATGGAGATTTAAGATGGATACATACTGATGTGTAACAAACTCCATGGAAAGGTAATGCAATGGTGATGTTCACGACTTTAAAATCTCCTTTCTCTAGTATAGGCGGTATAATTCTCAGCAGCTCGCTAAACGCCTTCTGATTTTATAATGGAAAGGCGGTGTAAATCTCGGCAACTCGCTA
GATGCCTTCTGATTTTATAATGGAAGACCACAGCCAAACTATAATGGAAGACCACCGCCAAACCCTTGTGCTGCAGGCACTGTTCCGGAGGTCTCTGAATTCCACGACTTTCTTGCATTTATGTATATAGCCAAGTACACGACCTAAGTTTTTGAAGAACACCGGACTTGGACAAGAAAGAAATGCAAGCTTTGTTCTAC
CGATGATGCTTGTGTGTTTTGTGATCGAATAATGTCTTCCTCCTTTTTTGATCGATCCTCTTCCTGATGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAATTCATTGAGGTATACCGCCATGGTAGTATAGTATCCTTCAATGCATCACCAATCTAACCTAGTTGCAGGGTTGCAACACATGGTATGAT
TTTGGATCCATCGAGGAATAACCAATCTCCATGGGTGGATTCATCCAACAATAATTTCAATGGAAGACTACCATCGATCTGGCAGACTCAGGGATTTAGATTCAGCAAGTTATGGCAACTCAGTGTTCAATCTAAGATTTGAAATGAAAGGAGTCGAGTATAGTCTAAAATATGTGCTAGAAAAAGAAGAAGGGTTCAAT
TATTTGGGCATTAACAAGTCTGAAGGCCTTACAGTTTGTAGATGGGGTTGCAACTTTTGCTTTGAGGGAATCCCACCTTTGATTTGCTCCATTTACCTCTTCTTTGGCATTTGACGACATTCAGTTTGCGTTCTCTGCAGCTACTACCCAATGCATTTAAAAAATTGTTGTATCCTTCAACTTTGAGGGTTCCAGAAACC
CTCCTTCTGCAGTTTCTCTCTTTTATAATTCTTCTACACAGAGTCGTTGTTGTTTTATAACTTTGTGGCATTCTTCATTGATGAAACCCTAGACCTTTTGTCACAGACATTATATGCTTGAATCGCTGGAGATCTTAAAGAATTCTCTTAATTTAAGAGGATTTACGAAAGCCCTCTTAACCTGTCCTTCAAAGAATTCC
TTTTGATCTTGCTTCCGTGAAGAGCTATGTATCTGTCAAAAGTAAACCTCCAAGGCCCCGGAAGAGGGTAGACTTGACTTTTCTGCTTCGAAGAGGGCTAGAGATGGCAGTGGCTTTACTAGAGATGgtaatgggtttcagttatttttccagatcctcacgcgtctttaatttatcttttatagctttcagagcatttt
tttacaacggtagattttgtgttttcactcggatcccagtactgcctgcaataaggacatccctatgactcttactgctatgcacgactgtggccttgatccgaagatcaagatgaattttggtacgttttctggttgtttgattttcgagtttggtatctgttaaagattcacgaactgctatattttgcagATTTTCA
TTTTGAATCAGAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGGTAAAAATCTTATATCTTTCAAGTTTCACGTTCAACTTTTTTGATGTTTTTATTTTTCGAGTTTATCTAAAGGGATTGAATGCCTGAATCTTATATATTGTACTTACCACAGAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTT
GCAGATGGATTGGGTTGCGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTATGTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGCTTTACATGCTTGCACATTTA
GTTGTGCCTCATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTCTGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGAATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTAC
TATGGTATATGGCTAGACTAGAGGATTTAACATTCTATTGTGGTGATTTTGCATTGTGTTTTGTGGATTTCTTTATTGGGCTTCAGTGAATTTCCATAGCACAAACAACCTGGATCAACATATTTCTAACTTGGGTTGTAATTAATTTGTAAACATCCATTGACCACTCACAAAAATCAACGACATTGAGTGCCTTTACT
GAGCCTTTATTTCTTTAGTTGTCACACTAGAGGCATCCTAGCAACCTCAACTATTGTTTCTGGCTACTACTTGTCTGGCATGGGAAGTGTTGAGCTTTCCTATGGATCTCTCCAATGATGGCACATTGTTTTGAAGTAGAAAAGAAATTATGTATCCCAAATGATTGAGCCCAG

Intron 6 GTACGTGTTC ... TTTGAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	10	7
A2	100	0	4	4
A3	75	1	3	3
A4	100	0	7	1
A5	60	2	4	2
A6	50	11	6	16
A7	64.38	13	21	26
A8	36.51	20	6	17
A9	40.74	8	4	7
A10	71.43	3	11	4

>TRINITY_DN40223_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

AACAAACTCCATGGAAAGGTAATGCAATGGTGATGTTCACGACTTTAAAATCTCCTTTCTCTAGTATAGGCGGTATAATTCTCAGCAGCTCGCTAAACGCCTTCTGATTTTATAATGGAAAGGCGGTGTAAATCTCGGCAACTCGCTAGATGCCTTCTGATTTTATAATGGAAGACCACCGCCAAACTATAATGGAAGAC
CACCGCCAAACCCTTGTGCTGCAGGCACTGTTCCGGAGGTCTCTGAATTCCACGACTTTCTTGCATTTATGTATATAGCCAAGTACACGACCTAAGTTTTTGAAGAACACCGGACTTGGACAAGAAAGAAATGCAAGCTTTGTTCTACCGATGATGCTTGTGTGTTTTGTGATCGAATAATGTCTTCCTCCTTTTTTGAT
CGATCCTCTTCCTGATGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAATTCATTGAGGTATACCGCCATGGTAGTATAGTATCCTTCAATGCATCACCAATCTAACCTAGTTGCAGGGTTGCAACACATGGTATGATTTTGGATCCATCGAGGAATAACCAAGCTCCATGGGTGGATTCATCCAACAAT
AATTTCAATGGAAGACTACCATCGATCTGGCAGACTCAGGGATTTAGATTCAGCAAGTTATGGCAACTCAGTGTTCAATCTAAGATTTGAAATGAAAGGAGTCGAGTATAGTCTAAAATATGTGCTAGAAAAAGAAGAAGGGTTCAATTATTTGGGCATTAACAAGTCTGAAGGCCTTACAGTTTGTAGATGGGGTTGCA
ACGTTTTGCTTTGAGGGAATCCTACCTTTGATTTGCTCCATTTACCTCTTCTTTGGCATTTGGCGACATTCAGTTTGCGTTCTCTGCAGCTACTACCCAATGCATTTAAAAAATTGTTGTATCCTTCAACTTTGAGGGTTCCAGAAACCCTCCTTCTGCAGTTTCTCTCTTTTATAATTCTTCTACACAGAGTCGTTGTT
GTTTTATAACTTTGTGGCATTCTTCATTGATGAAACCCTAGACCTTTTGTCACAGACATTATATGCTTGAATCGCTGGAGATCTTAAAGAATTCTCTTAATTTAAGAGGATTTACGAAAGCCCTCTTAACCTGTCCTTCAAAGAATTCCTTTTGATCTTGCTTCCGTGAAGAGCTATGTATCTGTCAAAAGTAAACCTCC
AAGGCCCCGGAAGAGGGTAGACTTGACTTTTCTGCTTCGAAGAGGGCTAGAGATGGCAGTGGCTTTACTAGAGATGGTAATGGGTTTCAGTTATTTTTCCAGATCCTCACGCGTCTTTAATTTATCTTTTATAACTTTCAGAGCATTTTTTTACAACGGTAGATTTTGTGTTTTCACTCGGATCCCAGTACTGCCTGCAA
TAAGGACATCCCTATGACTCTTACTGCTATGCACGACTGTGGCCTTGATCCGAAGATCAAGATGAATTTTGAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGCGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTATGTTGTCCA
AAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGC

>TRINITY_DN40223_c0_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AACAAACTCCATGGAAAGGTAATGCAATGGTGATGTTCACGACTTTAAAATCTCCTTTCTCTAGTATAGGCGGTATAATTCTCAGCAGCTCGCTAAACGCCTTCTGATTTTATAATGGAAAGGCGGTGTAAATCTCGGCAACTCGCTAGATGCCTTCTGATTTTATAATGGAAGACCACCGCCAAACTATAATGGAAGAC
CACCGCCAAACCCTTGTGCTGCAGGCACTGTTCCTGAGGTCTCTGAATTTCATGACTTTCTTGCATTTATGTATATAGCCAAGTACACGACCTAAGTTTTTGAAGAACACCGGACTTGGACAAGAAAGAAATGCAAGCTTTGTTCTACCGATGATGCTTGTGTGTTTTGTGATCGAATAATGTCTTCCTCCTTTTTTGAT
CGATCCTCTTCCTGATGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAATTCATTGAGGTATACCGCCATGGTAGTATAGTATCCTTCAATGCATCACCAATCTAACCTAGTTGCAGGGTTGCAACACATGGTATGATTTTGGATCCATCGAGGAATAACCAAGCTCCATGGGTGGATTCATCCAACAAT
AATTTCAATGGAAGACTACCATCGATCTGGCAGACTCAGGGATTTAGATTCAGCAAGTTATGGCAACTCAGTGTTCAATCTAAGATTTGAAATGAAAGGAGTCGAGTATAGTCTAAAATATGTGCTAGAAAAAGAAGAAGGGTTCAATTATTTGGGCATTAACAAGTCTGAAGGCCTTACAGTTTGTAGATGGGGTTGCA
ACGTTTTGCTTTGAGGGAATCCTACCTTTGATTTGCTCCATTTACCTCTTCTTTGGCATTTGGCGACATTCAGTTTGCGTTCTCTGCAGCTACTACCCAATGCATTTAAAAAATTGTTGTATCCTTCAACTTTGAGGGTTCCAGAAACCCTCCTTCTGCAGTTTCTCTCTTTTATAATTCTTCTACACAGAGTCGTTGTT
GTTTTATAACTTTGTGGCATTCTTCATTGATGAAACCCTAGACCTTTTGTCACAGACATTATATGCTTGAATCGCTGGAGATCTTAAAGAATTCTCTTAATTTAAGAGGATTTACGAAAGCCCTCTTAACCTGTCCTTCAAAGAATTCCTTTTGATCTTGCTTCCGTGAAGAGCTATGTATCTGTCAAAAGTAAACCTCC
AAGGCCCCGGAAGAGGGTAGACTTGACTTTTCTGCTTCGAAGAGGGCTAGAGATGGCAGTGGCTTTACTAGAGATGGTAATGGGTTTCAGTTATTTTTCCAGATCCTCACGCGTCTTTAATTTATCTTTTATAACTTTCAGAGCATTTTTTTACAACGGTAGATTTTGTGTTTTCACTCGGATCCCAGTACTGCCTGCAA
TAAGGACATCCCTATGACTCTTACTGCTATGCACGACTGTGGCCTTGATCCGAAGATCAAGATGAATTTTGgtacgtgttctggttgtttgattttcgaatttggtatctgttaaagattcacgaactgctatattttgcagattttcattttgaatcagAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGAATTATGCA
TATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGCGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTATGTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACG
TTAGTTGTTGTATTGGCCTCACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCTCATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTCTGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGA
ATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATATGGCTAGACTAGAG

Intron 7 GTAATGGGTT ... CGGATCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.55	1.6	4	7
A2	100	0	0	3
A3	61.91	1.6	4	1
A4	75	3	4	10
A5	73.33	2	8	3
A6	55.64	5.6	6	8
A7	70.43	8	11	26
A8	66.46	7.4	11	18
A9	90	0.6	5	5
A10	45	12.4	10	10

>TRINITY_DN43929_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GCCTTCTGATTTTATAATGGAAAGGCGGTGTAAATCTCGGCAACTCGCTAGATGCCTTCTGATTTTATAATGGAAGACCACAGCCAAACTATAATGGAAGACCACCGCCAAACCCTTGTGCTGCAGGCACTGTTCCGGAGGTCTCTGAATTCCACGACTTTCTTGCATTTATGTATATAGCCAAGTACACGACCTAAGTT
TTTGAAGAACACCGGACTTGGACGAGAAAGAAATGCAAGCTTTGTTCTACCGATGATGCTTGTGTGTTTTGTGATCGAATAATGTCTTCTTCCTTTTTTGATCGATCCTCTTCCTGATGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAGTTCATTGAGGTATACCGCCATGGTAGTATAGTATCCTTC
AATGCATCACCAATCTAACCTAGTTGCAGGGTTGCAACACATGGTATGATTTTGGATCCATCGAGGAATAACCAAGCTCCATGGGTGGATTCATCCAACAATAATTTCAATGGAAGACTACCATCGATCTGGCAGACTCAGGGATTTAGATTCAGCAAGTTATGGCAACTCAGTGTTCAATCTAAGATTTGAAATGAAAG
GAGTCGAGTATAGTCTAAAATATGTGCTAGAAAAAGAAGAAGGGTTCAATTATTTGGGCATTAACAAGTCTGAAGGCCTTACAGTTTGTAGATGGGGTTGCAACGTTTTGCTTTGAGGGAATCCTACCTTTGATTTGCTCCATTTACCTCTTCTTTGGCATTTGGCGACATTCAGTTTGCGTTCTCTGCAGCTACTACCC
AATGCATTTAAAAAATTGTTGTATCCTTCAACTTTGAGGGTTCCAGAAACCCTCCTTCTGCAGTTTCTCTCTTTTATAATTCTTCTACACAGAGTCGTTGTTGTTTTATAACTTTGTGGCATTCTTCATTGATGAAACCCTAGACCTTTTGTCACAGACATTATATGCTTGAATCGCTGGAGATCTTAAAGAATTCTCTT
AATTTAAGAGGATTTACGAAAGCCCTCTTAACCTGTCCTTCAAAGAATTCCTTTTGATCTTGCTTCCGTGAAGAGCTATGTATCTGTCAAAAGTAAACCTCCAAGGCCCCGGAAGAGGGTAGACTTGACTTTTCTGCTTCGAAGAGGGCTAGAGATGGCAGTGGCTTTACTAGAGATGTACTGCCTGCAATAAGGACATC
CCTATGACTCTTACTGCTATGCACGACTGTGGCCTTGATCCGAAGATCAAGATGAATTTTGATTTTCATTTTGAATCAGAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGTGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTAT
GTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTTCGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGCTTTACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCTCATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTC
TGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTTGCTAGGTTTTTAGAATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATATGGCTAGACTAGAGGATTTAACATTCTATTGTGGT
GATTTTGCATTGTGTTTTGTGGATTTCTTTATTGGGCTTCAGTGAATTTCCATAGCACAAACAACCTGGATCAACATATTTCTAACTTGGGTTGTAATTAATTTGTAAACATCCATTGACCACTCACAAAAATCAACGACATTGAGTGCCTTTACTGAGCCTTTATTTCTTTAGTTGTCACACTAGAGGCATCCTAGCAA
CCTCAACTATTGTTTCTGGCTACTACTTGTCTGGCATGGGAAGTGTTGAGCTTTCCTATGGATCTCTCCAATGATGGCACATTGTTTTGAAGTAGAAAAGAAATTATGTATCCCAAATGATTGAGCTCAGTTTAAATTCAGGTTTGCCATGCCACTTATTTTGAAGGTAAATGTTGTCCATGAATATAGTGACTACACAG
ACCCAGGGAGCAAGGAAATTTCAGTGGGTAGTTACAGGCCAGACCTGCCTTTTGCAGATAGATCTTATATTTCTATCGTGTCATTCTTTGTAGGAAGACAATAGGTATTCAATCAAAGCAGTATAACGCTTGATATCGGGCAGAATGATTTCGCCTCAAAGCTTCAACAAATAGGAAGTGAGGAGTGAAGTAGTTTTTTA
CCCAGTCAACTTTTCATATTAATGAACTGTGAAACTAATAACTTAAATTAAAAATTCTTAACTACAGAGCTTTTTACTGAGCATAGTGGAGATATGAGTTAGTTAATTATTATGGTTTTTCCATTCAAGTGGGTATTGTATGGAGAGGGGACGAGGACAATATTTGTGGCAAAGTTTGCACCAAAAGTTGTTTTCTCTCA
TTTTTTTTATAGTGAACTTCCTCCTAATTTGTCTGATTTACACAGTTGTATGGATGTATGATCTCATACAAGAATGCAGTAGACTATAATAACTTACCCAAGGAACAGCTTGAAGAAGCTTGAAAGGCCTTGCAAGATGCATTTTTAATATATGTTGATTCACATGTGATAAAGTTGGAGATCTTTACAGATCCAGCAGA
ATAAGGTAATCTTCTGTTTTAAAAGAAGGTCAAATTGAAAAAAAATGTAATTCTTCGCCGATTATCAAACTTCCTAAGAAGATGTTACGGATGTACTTACAGTTTGCATGCTTCTGGCATCATCTTTTAAGGAAGTAGAGCATCTTGAATCAGTTCCCGGACAATCTAGTTTTGCTGATGCAACTCCTTTTACAAAGTAA
AGTGAAAAATACGTAAACTATTATTAAATACAGAGTAAGATAGCAAGTTTCAAGTTTTAAAACCACCTTTTGCATTTATTTTATCTTCTTTCTTGATTAATGAACGCAGATGCATGACTTTTAATTCAAAATTACAGACAGGCTTCAAGTATGGAACAATGGTTTCTTGTGGGACCATAGGCCACTGCATTTTAGCCCAC
AGGTTTTCTGTGGCTGAAGCAAGAAATTAAATGGGTTTGTTGTCATAACTTCGGCTTCCACTGATCCATCAAGTTATGTGAGCTGGGTGTGATTGAATTCACAACACTGATACTGCAAGTATTTATATAGCCAATGAAATTCTCAGTGGTAAATATTTTCGGCAACCATTTCCTCTCGGGACGCTTTGTGATCTCCAGCC
AATTTGGTGACTTAAGGTGGAAAGCAGTACCATGAAGAAAATGCATTCAGTAAAGCTTTTCAATTACAACGCTTCTCGATTCAATAGAGTTACAAATAATTCGCATGGGCTTTTGTCCATTATAAAGTAATCAATATTTTTGACTTATTTTTCACATTATTTATTTACTTAGGTTTGATTTATTTCACCATTATGGTAGC
TGTTTTGTGTTACAAATAAGTAGCATGGACATTGTCCATTATAAAGCCATCAATATTTTTGGCTTATTTTTCAAATTATTTATTTGCCTAGGTTCTATTTATTTCAC

>TRINITY_DN43929_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCCTTCTGATTTTATAATGGAAAGGCGGTGTAAATCTCGGCAACTCGCTAGATGCCTTCTGATTTTATAATGGAAGACCACAGCCAAACTATAATGGAAGACCACCGCCAAACCCTTGTGCTGCAGGCACTGTTCCGGAGGTCTCTGAATTCCACGACTTTCTTGCATTTATGTATATAGCCAAGTACACGACCTAAGTT
TTTGAAGAACACCGGACTTGGACGAGAAAGAAATGCAAGCTTTGTTCTACCGATGATGCTTGTGTGTTTTGTGATCGAATAATGTCTTCTTCCTTTTTTGATCGATCCTCTTCCTGATGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAGTTCATTGAGGTATACCGCCATGGTAGTATAGTATCCTTC
AATGCATCACCAATCTAACCTAGTTGCAGGGTTGCAACACATGGTATGATTTTGGATCCATCGAGGAATAACCAAGCTCCATGGGTGGATTCATCCAACAATAATTTCAATGGAAGACTACCATCGATCTGGCAGACTCAGGGATTTAGATTCAGCAAGTTATGGCAACTCAGTGTTCAATCTAAGATTTGAAATGAAAG
GAGTCGAGTATAGTCTAAAATATGTGCTAGAAAAAGAAGAAGGGTTCAATTATTTGGGCATTAACAAGTCTGAAGGCCTTACAGTTTGTAGATGGGGTTGCAACGTTTTGCTTTGAGGGAATCCTACCTTTGATTTGCTCCATTTACCTCTTCTTTGGCATTTGGCGACATTCAGTTTGCGTTCTCTGCAGCTACTACCC
AATGCATTTAAAAAATTGTTGTATCCTTCAACTTTGAGGGTTCCAGAAACCCTCCTTCTGCAGTTTCTCTCTTTTATAATTCTTCTACACAGAGTCGTTGTTGTTTTATAACTTTGTGGCATTCTTCATTGATGAAACCCTAGACCTTTTGTCACAGACATTATATGCTTGAATCGCTGGAGATCTTAAAGAATTCTCTT
AATTTAAGAGGATTTACGAAAGCCCTCTTAACCTGTCCTTCAAAGAATTCCTTTTGATCTTGCTTCCGTGAAGAGCTATGTATCTGTCAAAAGTAAACCTCCAAGGCCCCGGAAGAGGGTAGACTTGACTTTTCTGCTTCGAAGAGGGCTAGAGATGGCAGTGGCTTTACTAGAGATGgtaatgggtttcagttattttt
ccagaccctcacgcgtctttaatttatcttttatagctttcagagcatttttttacaacggtagattttgtgttttcactcggatcccagTACTGCCTGCAATAAGGACATCCCTATGACTCTTACTGCTATGCACGACTGTGGCCTTGATCCGAAGATCAAGATGAATTTTGGTACGTGTTCTGGTTGTTTGATTTTCG
AATTTGGTATCTGTTAAAGATTCACGAACTGCTATATTTTGCAGATTTTCATTTTGAATCAGAGTTTCCTGAAGGGCAAATGTCCTCTAAAAGGTAAAAATCTTATATCTTTCAAGTTTCACGTTCAACTTTTTTGATGTTTTTATTTTTCGAGTTTATCTAAAGGGATTGAATGCCTGAATCTTATATATTGTACTTAC
CACAGAATTATGCATATTCCTATATTGGGCGTATTGGGCATGCCATATTTTGCAGATGGATTGGGTTGTGGTGGAAACACAGATTTACTTGTTATGTTGTCCAAAATTGAAGATTTCTGGACTGGGTTTTTATTAACTTGTATTCGGTACTGTTAGAGTATGGTTGTATGTTGGATATCAACATTTGGATTTGTCTATTT
CGCAATTTTTCACGTTAGTTGTTGTATTGGCCTCACATGCTTGCACATTTAGTTGTGCCTCATTAGCATCTTTTGCGTTGGTTTTTGGTTAAGTCTGGTGTCCTGTTTGGGTAATAAGAGAGTTGCAGAGGGATTCTAGGTTTGCCAGATTTGCAGTTTCATCTACTACATTGAGACTGCAGACTCCTCTATTCATCTTT
GCTAGGTTTTTAGAATTATGCATATGGGTGCTGTGAATTTGAATGATGTACTATGGTATATGGCTAGACTAGAGGATTTAACATTCTATTGTGGTGATTTTGCATTGTGTTTTGTGGATTTCTTTATTGGGCTTCAGTGAATTTCCATAGCACAAACAACCTGGATCAACATATTTCTAACTTGGGTTGTAATTAATTTG
TAAACATCCATTGACCACTCACAAAAATCAACGACATTGAGTGCCTTTACTGAGCCTTTATTTCTTTAGTTGTCACACTAGAGGCATCCTAGCAACCTCAACTATTGTTTCTGGCTACTACTTGTCTGGCATGGGAAGTGTTGAGCTTTCCTATGGATCTCTCCAATGATGGCACATTGTTTTGAAGTAGAAAAGAAATT
ATGTATCCCAAATGATTGAGCTCAGTTTAAATTCAGGTTTGCCATGCCACTTATTTTGAAGGTAAATGTTGTCCATGAATATAGTGACTACACAGACCCAGGGAGCAAGGAAATTTCAGTGGGTAGTTACAGGCCAGACCTGCCTTTTGCAGATAGATCTTATATTTCTATCGTGTCATTCTTTGTAGGAAGACAATAGG
TATTCAATCAAAGCAGTATAACGCTTGATATCGGGCAGAATGATTTCGCCTCAAAGCTTCAACAAATAGGAAGTGAGGAGTGAAGTAGTTTTTTACCCAGTCAACTTTTCATATTAATGAACTGTGAAACTAATAACTTAAATTAAAAATTCTTAACTACAGAGCTTTTTACTGAGCATAGTGGAGATATGAGTTAGTTA
ATTATTATGGTTTTTCCATTCAAGTGGGTATTGTATGGAGAGGGGACGAGGACAATATTTGTGGCAAAGTTTGCACCAAAAGTTGTTTTCTCTCATTTTTTTTATAGTGAACTTCCTCCTAATTTGTCTGATTTACACAGTTGTATGGATGTATGATCTCATACAAGAATGCAGTAGACTATAATAACTTACCCAAGGAA
CAGCTTGAAGAAGCTTGAAAGGCCTTGCAAGATGCATTTTTAATATATGTTGATTCACATGTGATAAAGTTGGAGATCTTTACAGATCCAGCAGAATAAGGTAATCTTCTGTTTTAAAAGAAGGTCAAATTGAAAAAAAATGTAATTCTTCGCCGATTATCAAACTTCCTAAGAAGATGTTACGGATGTACTTACAGTTT
GCATGCTTCTGGCATCATCTTTTAAGGAAGTAGAGCATCTTGAATCAGTTCCCGGACAATCTAGTTTTGCTGATGCAACTCCTTTTACAAAGTAAAGTGAAAAATACGTAAACTATTATTAAATACAGAGTAAGATAGCAAGTTTCAAGTTTTAAAACCACCTTTTGCATTTATTTTATCTTCTTTCTTGATTAATGAAC
GCAGATGCATGACTTTTAATTCAAAATTACAGACAGGCTTCAAGTATGGAACAATGGTTTCTTGTGGGACCATAGGCCACTGCATTTTAGCCCACAGGTTTTCTGTGGCTGAAGCAAGAAATTAAATGGGTTTGTTGTCATAACTTCGGCTTCCACTGATCCATCAAGTTATGTGAGCTGGGTGTGATTGAATTCACAAC
ACTGATACTGCAAGTATTTATATAGCCAATGAAATTCTCAGTGGTAAATATTTTCGGCAACCATTTCCTCTCGGGACGCTTTGTGATCTCCAGCCAATTTGGTGACTTAAGGTGGAAAGCAGTACCATGAAGAAAATGCATTCAGTAAAGCTTTTCAATTACAACGCTTCTCGATTCAATAGAGTTACAAATAATTCGCA
TGGGCTTTTGTCCATTATAAAGTAATCAATATTTTTGACTTATTTTTCACATTATTTATTTACTTAGGTTTGATTTATTTCACCATTATGGTAGCTGTTTTGTGTTACAAATAAGTAGCATGGACATTGTCCATTATAAAGCCATCAATATTTTTGGCTTATTTTTCAAATTATTTATTTGCCTAGGTTCTATTTATTTC
AC