sp|P10978|POLX_TOBAC ----> Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94

Intron 1 GTAACCACAT ... ACTTGCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.95	3	5.3	3
A2	90.91	0.5	4	4.5
A3	50.88	4.8	2	8
A4	50	2.2	2.3	2
A5	100	0	4	4
A6	48.05	22	19.5	21
A7	42.8	6.7	5	5
A8	18.56	8.8	3.3	1
A9	55.95	11.5	13.3	16
A10	48.79	8.3	10.7	5

>TRINITY_DN99789_c1_g4_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CTTGTTGAGTGCTTTGGTGAAGGTGTTTGCTACTACAATAAATCAGTTATTTTTCTTTGTTCTACACTTGTTCTTTGATATCATGATGTTGAATTTCAACATGTTTTGTTCTTGAATGATAAATCGGATTCTTTGTCATCTTAATGGCACTTTGGTTTTTACAGTGTAAAGTTGTTGGCTACATTTGTGGAAGCTTCAAA
TCACATAAAATTCTAGGAAATCACTCCACTACCAAGGGTAAAAGCACAACATGTAGTAGATTTTCTTTCATTTGTATCACTTGCCCAGTTTGCATTTGAAAATCCTTTCAACATGAAGTTATCTTTTTTTTAAGTACAATACCAAATTGTGAGGTACCTTTGATTTGATATACTTAAGTACTCTCTTTGTTGCATTCTAA
TGTGTCTCCTTGGGACAATTTAAAAACCTTGATATCATTTCAACTGCAAAAGTTATGTCTGTAGTTGTGTAAGATATATCAATCCTCCTACAAGTTGATGATAAAGCAATTCATTCACCACCTCAGATTTATCATCTTTTGAAAGCTTCAAGTTTACCTCCAC

>TRINITY_DN99789_c1_g4_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CTTGTTGAGTGCTTTGGTGAAGGTGTTTGCTACTACAATAAATCAGTTATTTTTCTTTGTTCTACACTTGTTCTTTGATATCATGATGTTGAATTTCAACATGTTTTGTTCTTGAATGATAAATCGGATTCTTTGTCATCTTAATGGCACTTTGGTTTTTACAGTGTAAAGTTGTTGGCTACATTTGTGGAAGCTTCAAA
TCACATAAAATTCTAGgtaaccacattgcttcacatgttgttgcaattgttgcgttgtactttgcttctattcttgaaagagctaccaaaggtttctttttacttgcccagGAAATCACTCCACTACCAAGGGTAAAAGCACAACATGTAGTAGATTTTCTTTCATTTGTATCACTTGCCCAGTTTGCATTTGAAAATCC
TTTCAACATGAAGTTATCTTTTTTTTAAGTACAATACCAAATTGTGAGGTACCTTTGATTTGATATACTTAAGTACTCTCTTTGTTGCATTCTAATGTGTCTCCTTGGGACAATTTAAAAACCTTGATATCATTTCAACTGCAAAAGTTATGTCTGTAGTTGTGTAAGATATATCAATCCTCCTACAAGTTGATGATAAA
GCAATTCATTCACCACCTCAGATTTATCATCTTTTGAAAGCTTCAAGTTTACCTCCAC

Intron 2 GTACGATTAT ... TAGTGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65	7	13	13
A2	82.35	3	2	14
A3	68.42	6	1	13
A4	52.63	9	2	10
A5	81.82	2	3	9
A6	69.41	67	35	152
A7	72.28	28	24	73
A8	66.34	34	25	67
A9	70.37	32	30	76
A10	72.86	19	22	51

>TRINITY_DN42599_c0_g2_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

AATAGTCCAAAATGGGCAAAACACGCGTTTCAACGATTTTCTTCCTGCAAATGTTTAAATTCTACTAAATGGATGGAGGATTTCAACTCCGAGGACAACCTTTTGGAATTCCCAACATTGTTAAAGCAACCGAACAGCCACGGGGGACAACCAACCGAATCGGTTTGGTGAGAGCTGGGCACTGTTACAGCCCCACCCGG
GTTTGATTCCTGAAAAAGTGGCGGGTTTGCCCCTCCGGACACTCTTGAAGCATCTTGACCGGAAGTTTCATGACCCAACGGAATCTCTATTTCGTACACTTTATTTATCCATTATGCAAACACCATATCGTGTGATGATCTTCTGGTACAAAGCTATCATTCAATTTCCCAAAGGTTTGACAGTCCACTGACGAACAGGG
ACAAATTCAGTCTTGTAGCCTGTAGTCGTTTTATCTTTTTGTTGAAACCCTTGTGCTATTGTGTCTAACAAAATCTCTTATTGAGTTATTGCATCACATTTTCAAATTTCTCTCTTCACAGAATTAGAATCAGTTAAACTCTTTCACATTGGCAAGTATAAGTAATATCTAGCGCCTCTGTTTAATAGTTTATGTTGTTT
TTTTCATTTTAAACTGTAAAAATTGTTCTCACTATACTGGAAAATTTATGCCCCGTAGTCTGTTAATTTCAGATTTATATTTGAGAAAAATGTGACTGTTTGGTTTCTTTCCTAGGCCAAGTCTACAATAACCTGGAAATCAAAGAGATTTGTCTGGGAGCAGTCCATTTAGTTTATGATATCTGACCACAAAGCAGTTT
GCATTCAACCATGCATTGAGCATTCGGAAGAGGCACTGCAATGGCTTGCTTTATGGCTTCGTTATGTACTCAGCTAGTAGCTCTATTATTCCAAAATTCAAACTTGGGATAAAATTACAATGTTAAATTTCGGGGAGGATACTGTCTGGTTGGTCTGGTTCAAACTTCACAATAACACCATAAACTTGGGTTAAAGTATA
TAAAAGAAACCCATGTGAGGAAGATTATTGATTATCTCTATATTACTTCTGTGGTGATATATGCTTCAAATTCCAGTCAATCAAAC

>TRINITY_DN42599_c0_g2_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AATAGTCCAAAATGGGCAAAACACGCGTTTCAACGATTTTCTTCCTGCAAATGTTTAAATTCTACTAAATGGATGGAGGATTTCAACTCCGAGgtacgattattccagctctacactagcattatttgtcagctctatcgaattccggaacatcatcctcttgcccatcactttactttcaacgattcagattttatatt
cctgatttgaagcaatgaactgaacataattgccaggcaagttatcagagccttttgtttgatcataggcgtttagtgcacagGACAACCTTTTGGAATTCCCAACATTGTTAAAGCAACCGAACAGCCACGGGGGACAACCAACCGAATCGGTTTGGTGAGAGCTGGGCACTGTTACAGCCCCACCCGGGTTTGATTCC
TGAAAAAGTGGCGGGTTTGCCCCTCCGGACACTCTTGAAGCATCTTGACCGGAAGTTTCATGACCCAACGGAATCTCTATTTCGTACACTTTATTTATCCATTATGCAAACACCATATCGTGTGATGATCTTCTGGTACAAAGCTATCATTCAATTTCCCAAAGGTTTGACAGTCCACTGACGAACAGGGACAAATTCAG
TCTTGTAGCCTGTAGTCGTTTTATCTTTTTGTTGAAACCCTTGTGCTATTGTGTCTAACAAAATCTCTTATTGAGTTATTGCATCACATTTTCAAATTTCTCTCTTCACAGAATTAGAATCAGTTAAACTCTTTCACATTGGCAAGTATAAGTAATATCTAGCGCCTCTGTTTAATAGTTTATGTTGTTTTTTTCATTTT
AAACTGTAAAAATTGTTCTCACTATACTGGAAAATTTATGCCCCGTAGTCTGTTAATTTCAGATTTATATTTGAGAAAAATGTGACTGTTTGGTTTCTTTCCTAGGCCAAGTCTACAATAACCTGGAAATCAAAGAGATTTGTCTGGGAGCAGTCCATTTAGTTTATGATATCTGACCACAAAGCAGTTTGCATTCAACC
ATGCATTGAGCATTCGGAAGAGGCACTGCAATGGCTTGCTTTATGGCTTCGTTATGTACTCAGCTAGTAGCTCTATTATTCCAAAATTCAAACTTGGGATAAAATTACAATGTTAAATTTCGGGGAGGATACTGTCTGGTTGGTCTGGTTCAAACTTCACAATAACACCATAAACTTGGGTTAAAGTATATAAAAGAAAC
CCATGTGAGGAAGATTATTGATTATCTCTATATTACTTCTGTGGTGATATATGCTTCAAATTCCAGTCAATCAAAC

Intron 3 GTACGATTAT ... CCTTGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	7	13	15
A2	57.14	3	2	6
A3	36.84	6	1	6
A4	30.77	9	2	6
A5	63.64	2	3	4
A6	45.97	67	33	81
A7	53.72	28	23	42
A8	44.72	34	24	31
A9	50.77	32	29	37
A10	53.09	19	18	25

>TRINITY_DN42599_c0_g2_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

AATAGTCCAAAATGGGCAAAACACGCGTTTCAACGATTTTCTTCCTGCAAATGTTTAAATTCTACTAAATGGATGGAGGATTTCAACTCCGAGGACAACCTTTTGGAATTCCCAACATTGTTAAAGCAACCGAACAGCCACGGGGGACAACCAACCGAATCGGTTTGGTGAGAGCTGGGCACTGTTACAGCCCCACCCGG
GTTTGATTCCTGAAAAAGTGGCGGGTTTGCCCCTCCGGACACTCTTGAAGCATCTTGACCGGAAGTTTCATGACCCAACGGAATCTCTATTTCGTACACTTTATTTATCCATTATGCAAACACCATATCGTGTGATGATCTTCTGGTACAAAGCTATCATTCAATTTCCCAAAGGTTTGACAGTCCACTGACGAACAGGG
ACAAATTCAGTCTTGTAGCCTGTAGTCGTTTTATCTTTTTGTTGAAACCCTTGTGCTATTGTGTCTAACAAAATCTCTTATTGAGTTATTGCATCACATTTTCAAATTTCTCTCTTCACAGAATTAGAATCAGTTAAACTCTTTCACATTGGCAAGTATAAGTAATATCTAGCGCCTCTGTTTAATAGTTTATGTTGTTT
TTTTCATTTTAAACTGTAAAAATTGTTCTCACTATACTGGAAAATTTATGCCCCGTAGTCTGTTAATTTCAGATTTATATTTGAGAAAAATGTGACTGTTTGGTTTCTTTCCTAGGCCAAGTCTACAATAACCTGGAAATCAAAGAGATTTGTCTGGGAGCAGTCCATTTAGTTTATGATATCTGACCACAAAGCAGTTT
GCATTCAACCATGCATTGAGCATTCGGAAGAGGCACTGCAATGGCTTGCTTTATGGCTTCGTTATGTACTCAGCTAGTAGCTCTATTATTCCAAAATTCAAACTTGGGATAAAATTACAATGTTAAATTTCGGGGAGGATACTGTCTGGTTGGTCTGGTTCAAACTTCACAATAACACCATAAACTTGGGTTAAAGTATA
TAAAAGAAACCCATGTGAGGAAGATTATTGATTATCTCTATATTACTTCTGTGGTGATATATGCTTCAAATTCCAGTCAATCAAAC

>TRINITY_DN42599_c0_g2_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AATAGTCCAAAATGGGCAAAACACGCGTTTCAACGATTTTCTTCCTGCAAATGTTTAAATTCTACTAAATGGATGGAGGATTTCAACTCCGAGgtacgattattccagctctacactagcattatttgtcagctctatcgaattccggaacatcatcctcttgcccatcactttactttcaacgattcagattttatatt
ccttgcacagGACAACCTTTTGGAATTCCCAACATTGTTAAAGCAACCGAACAGCCACGGGGGACAACCAACCGAATCGGTTTGGTGAGAGCTGGGCACTGTTACAGCCCCACCCGGGTTTGATTCCTGAAAAAGTGGCGGGTTTGCCCCTCCGGACACTCTTGAAGCATCTTGACCGGAAGTTTCATGACCCAACGGAA
TCTCTATTTCGTACACTTTATTTATCCATTATGCAAACACCATATCGTGTGATGATCTTCTGGTACAAAGCTATCATTCAATTTCCCAAAGGTTTGACAGTCCACTGACGAACAGGGACAAATTCAGTCTTGTAGCCTGTAGTCGTTTTATCTTTTTGTTGAAACCCTTGTGCTATTGTGTCTAACAAAATCTCTTATTG
AGTTATTGCATCACATTTTCAAATTTCTCTCTTCACAGAATTAGAATCAGTTAAACTCTTTCACATTGGCAAGTATAAGTAATATCTAGCGCCTCTGTTTAATAGTTTATGTTGTTTTTTTCATTTTAAACTGTAAAAATTGTTCTCACTATACTGGAAAATTTATGCCCCGTAGTCTGTTAATTTCAGATTTATATTTG
AGAAAAATGTGACTGTTTGGTTTCTTTCCTAGGCCAAGTCTACAATAACCTGGAAATCAAAGAGATTTGTCTGGGAGCAGTCCATTTAGTTTATGATATCTGACCACAAAGCAGTTTGCATTCAACCATGCATTGAGCATTCGGAAGAGGCACTGCAATGGCTTGCTTTATGGCTTCGTTATGTACTCAGCTAGTAGCTC
TATTATTCCAAAATTCAAACTTGGGATAAAATTACAATGTTAAATTTCGGGGAGGATACTGTCTGGTTGGTCTGGTTCAAACTTCACAATAACACCATAAACTTGGGTTAAAGTATATAAAAGAAACCCATGTGAGGAAGATTATTGATTATCTCTATATTACTTCTGTGGTGATATATGCTTCAAATTCCAGTCAATCA
AAC