sp|Q8GZ43|YZR3_ARATH ----> RanBP2-type zinc finger protein At1g67325
Intron 1 GTTTGTTGCA ... ACTGTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.98 | 198 | 63 | 76 |
| A2 | 20.25 | 130 | 32 | 34 |
| A3 | 21.17 | 162 | 41 | 46 |
| A4 | 24.07 | 123 | 31 | 47 |
| A5 | 27.46 | 70 | 28 | 25 |
| A6 | 16.54 | 1057 | 175.1 | 244 |
| A7 | 17.73 | 1109 | 186.1 | 292 |
| A8 | 17.7 | 1105 | 143.3 | 332 |
| A9 | 18.87 | 968 | 203.2 | 247 |
| A10 | 17.75 | 767 | 119 | 212 |
>TRINITY_DN109808_c0_g2_i4 from sample A2 / Example spliced isoformGGGTTCCTTAGCAAAAGGGCGAAGGAGATAAGGTTGGTGTAAGTGGCCTCAATAGGACCACGGGGTGAATCCCTATAGCAAACCCCTGGTCACTTGTCAGGAAGATAAATAGATATAAAAGCAGCGAACCCGATGCGCTTGATTTATTTATTTTTGTTGTTTTAGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGA
CTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCCAACTTCTCCATTGTCTCGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAG
GAGATAGTCGAAACTCTGGACCAAAACGTCCTCGAACGGACGGTCCTCGAAATGAAGGTGACTGGACATGCCCTAGCTGTGGCAATGTAAATTTTGCGTTTAGAACTACCTGCAACATGAGGAGTTGTTCTGCATCTAAACCGGTTGATTTTCCTTTGAAATCTATGGGAGGGCCCATTCCAACTCCTTATGGGCATGGC
CAGTCATCCTTATATATGGCTCCTCCAGTTGGTGCAACATCTATGTATATTGGTAGTCAAGGAATGGCACCTGCATATGGTTCATCTCTTCCCTTTGGTGGAGCATCTGGTGTACATTATGATATGCCGTATTCAGGAGCATCTGCAGTACCTTATGACTATGGTTCACATGTCACCCCAAGTGGTCCATATGGACCTTT
ACACATGCCACCATCCTATCCACATGGAGCAGTTATTGGTACAGGTACTGGGTATGGTGCTGCCCCCCTCATGGATGGTTATGGCATGGGAATGCCTATTGGACGGGGTGCTCTGGTAGGTCACTAAGACTTGTGTATATAAAAGGAAAGTAAATTTTCATTTATTTGGTTCTCGATTTTCCTATCTATACACTTTTTAT
GGAATTTGTTTGGATACAATGACTGTCAATTCTAGTCGTGTGTTATGTTTATTATTAAATCGTTTTTGCCATCATTTTAGAATAATTTTATTGTTAACTAGATTGCTTTGTAATTTCATTTACTTTTCTTTGAATTCCTATTAGATTATCTTTGGACCATTTGAATTCTTACTCTGAATTCTGTTGCTCCATTTGTTGCT
AAAATGATTTGAAATCTTATTTTATCCCTGGTCCTCATGAATTTCACCCTTTTTGCTTGATGTAGTTTTTATCTTACAAGACTGTAAAATTGTTCGGTGGATATCCTAGAGCCGTTAATGTAACTTCTTTCATGGCAAATTTTGAGTAGAAATTACCATTGCTTGACATTGCAAGTGCCATACTTAAACTGTCACTTGGA
CCAATGCATTACATTTATGTTTTTAACCTAAGTTGTTCCATGAAACATGACTTCATTTCTTTTCCTTCTGGACACCCAGGGTATGAGGCCTGGAGCTTTCCCTGAAGAAAATGGATCTCGAAAGCGAAGGGGAGATGGTTTATCTGATGGTGATTGGGTCTGCCCCAAATGTGGCAACACTAATTTCTCCTTCCGCACAA
TTTGCAACATGAGGAAGTGTGGTACACCAAAGCCAACAGAGAATACTTCTAAAACCTCGAATGGCACGGCCAAAAACTCATCCAAAGCAACAGCACCTGAAGGCAGCTGGACCTGTGAGAAGTGTGGTAATATTAATTATCCTTTTCGAACCAAGTGCAACAAATCAAACTGTGGTGCAGAGAAGCCATCAGATAAAAAA
CCTTCTGCTAAAAATCAGTCAGACAAGGATCAGTGAGTGATTTTTGCACTTTGGGTTCGGAGGTCCAGAGTTGTCGTCAGCATGCTCACTTATGGGTCTGAAGTCAGTTAAATGTCCTGTTGCTGCTGTTGTCGTCACGTCCATATTTTCTCACCTTAGTCAAGTTTTCTCAGCAGTCAATCAATTTCTGTGACTTTAGC
AACTATGGAATGGATTCTGGTCCCCAGAGGATCTTGGTACTGTCAGTTGTCCTACAGTTTGAGTTGTATTGTATCACCAGCTGCTTCTTTCAAGGTTGCTGGTTGTTATGCATGAATGTTTGACCTGGTATTCTTTAGAGGAGTTAAGATAGTTTCAAGGGATAGATACGTTGACCTAGTAGAGATGTTTTGATTTTTTA
GCAAACAGAACTTATGGAACATGTTTGAAGTTTACTTCTTTTCCAATACTGGCACGGTAGCAAATGGTATAATTGCAGAAGTTTTTATCCATTATCTTTCTAGGACCGTGAAGTAACTTCTATGTTTCTAGGATTGTGAGATGAGTTTCTATTTAGTGGTGTCATTTTGTTTTGTTTGAATGTTTCATTATAGAGAATCT
GTTGTGAGTTTTGATCCTTGATGCATGATGCATCTTATGCTCAAGCATAACACATCTCTGGACAGAAGCAAGTAAAGTGTCTTGGTTCTAGTAATTTGAGTGATGTATGGTAGGTGCAATGTAGCTAGGTTGTTTAATTGGTTAAGGATGTTGAAGGATTTATTCCCTGATAATCTTAGTAATAGGATGAGCTGCTGCTG
AGGTTGTCTACACTAAAGATCTGTCTTCACCTTCCCCTACTTTTTGGTTCCCTGATTATTTTAGGGTGGTGATTCTAATTTAAGCTGTCATATCAGAATGTTTAAATTTGGCTGAAAAAATTGTCATTTGAACCTTTTGTATAAACTCTGTAATGGCTCTGAATTCTTACTGCAAGAATGATGTGAGCGATATTTTGCAG
TAAAAGCTTCAGTTTTTGAGCCATTAATCTATACCGAAGGATTTTGTCTTGGTGCTAACCAGACTATCTATTTAATATGCATAATTTATGTCCCGACTTAAAGAATTTAGTCAGCTATACTGTACATGCTAG
>TRINITY_DN109808_c0_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGGTTCCTTAGCAAAAGGGCGAAGGAGATAAGGTTGGTGTAAGTGGCCTCAATAGGACCACGGGGTGAATCCCTATAGCAAACCCCTGGTCACTTGTCAGGAAGATAAATAGATATAAAAGCAGCGAACCCGATGCGCTTGATTTATTTATTTTTGTTGTTTTAGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGA
CTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCCAACTTCTCCATTGTCTCGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAG
GAGATAGTCGAAACTCTGGACCAAAACGTCCTCGAACGGACGGTCCTCGAAATGAAGGTGACTGGACATGCCCTAGCTGTGGCAATGTAAATTTTGCGTTTAGAACTACCTGCAACATGAGGAGTTGTTCTGCATCTAAACCGGTTGATTTTCCTTTGAAATCTATGGGAGGGCCCATTCCAACTCCTTATGGGCATGGC
CAGTCATCCTTATATATGGCTCCTCCAGTTGGTGCAACATCTATGTATATTGGTAGTCAAGGAATGGCACCTGCATATGGTTCATCTCTTCCCTTTGGTGGAGCATCTGGTGTACATTATGATATGCCGTATTCAGGAGCATCTGCAGTACCTTATGACTATGGTTCACATGTCACCCCAAGTGGTCCATATGGACCTTT
ACACATGCCACCATCCTATCCACATGGAGCAGTTATTGGTACAGGTACTGGGTATGGTGCTGCCCCCCTCATGGATGGTTATGGCATGGGAATGCCTATTGGACGGGGTGCTCTGGGTATGAGGCCTGGAGCTTTCCCTGAAGAAAATGGATCTCGAAAGCGAAGGGGAGATGGTTTATCTGATGGTGATTGGGTCTGCC
CCAAATGTGGCAACACTAATTTCTCCTTCCGCACAATTTGCAACATGAGGAAGTGTGGTACACCAAAGCCAACAGAGAATACTTCTAAAACCTCGAATGGCACGGCCAAAAACTCATCCAAAGCAACAGCACCTGAAGGCAGCTGGACCTGTGAGAAGTGTGGTAATATTAATTATCCTTTTCGAACCAAGTGCAACAAA
TCAAACTGTGGTGCAGAGAAGCCATCAGATAAAAAACCTTCTGCTAAAAATCAGTCAGACAAGGATCAGgtttgttgcacgtcataactctttgttgactgttgtattaataggaatagatgttcaagttattttagatttctaatgactactgtaactatttgtttattgcttttgctccaacttccctctacacttgt
aattgtttgcgtatttgttgttttgagtgattttgattataatactatgttatacaatcatcattctattactcttaaaaactatttcattgatttcccattttgttactgttccagTGAGTGATTTTTGCACTTTGGGTTCGGAGGTCCAGAGTTGTCGTCAGCATGCTCACTTATGGGTCTGAAGTCAGTTAAATGTC
CTGTTGCTGCTGTTGTCGTCACGTCCATATTTTCTCACCTTAGTCAAGTTTTCTCAGCAGTCAATCAATTTCTGTGACTTTAGCAACTATGGAATGGATTCTGGTCCCCAGAGGATCTTGGTACTGTCAGTTGTCCTACAGTTTGAGTTGTATTGTATCACCAGCTGCTTCTTTCAAGGTTGCTGGTTGTTATGCATGAA
TGTTTGACCTGGTATTCTTTAGAGGAGTTAAGATAGTTTCAAGGGATAGATACGTTGACCTAGTAGAGATGTTTTGATTTTTTAGCAAACAGAACTTATGGAACATGTTTGAAGTTTACTTCTTTTCCAATACTGGCACGGTAGCAAATGGTATAATTGCAGAAGTTTTTATCCATTATCTTTCTAGGACCGTGAAGTAA
CTTCTATGTTTCTAGGATTGTGAGATGAGTTTCTATTTAGTGGTGTCATTTTGTTTTGTTTGAATGTTTCATTATAGAGAATCTGTTGTGAGTTTTGATCCTTGATGCATGATGCATCTTATGCTCAAGCATAACACATCTCTGGACAGAAGCAAGTAAAGTGTCTTGGTTCTAGTAATTTGAGTGATGTATGGTAGGTG
CAATGTAGCTAGGTTGTTTAATTGGTTAAGGATGTTGAAGGATTTATTCCCTGATAATCTTAGTAATAGGATGAGCTGCTGCTGAGGTTGTCTACACTAAAGATCTGTCTTCACCTTCCCCTACTTTTTGGTTCCCTGATTATTTTAGGGTGGTGATTCTAATTTAAGCTGTCATATCAGAATGTTTAAATTTGGCTGAA
AAAATTGTCATTTGAACCTTTTGTATAAACTCTGTAATGGCTCTGAATTCTTACTGCAAGAATGATGTGAGCGATATTTTGCAGTAAAAGCTTCAGTTTTTGAGCCATTAATCTATACCGAAGGATTTTGTCTTGGTGCTAACCAGACTATCTATTTAATATGCATAATTTATGTCCCGACTTAAAGAATTTAGTCAGCT
ATACTGTACATGCTAG
Intron 2 GTAAGTCACT ... TTTTCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.95 | 425 | 2 | 93 |
| A2 | 15.3 | 310 | 2 | 56 |
| A3 | 13.91 | 291 | 3 | 47 |
| A4 | 13.68 | 328 | 1 | 52 |
| A5 | 19.66 | 143 | 3 | 35 |
| A6 | 17.23 | 1287 | 0 | 268 |
| A7 | 15.59 | 1294 | 0 | 239 |
| A8 | 15.54 | 1321 | 0 | 243 |
| A9 | 17.54 | 1227 | 0 | 261 |
| A10 | 14.39 | 1077 | 0 | 181 |
>TRINITY_DN102551_c0_g2_i2 from sample A5 / Example spliced isoformTTATTTTTGTTGTTTTAGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGACTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCC
AACTTCTCCATTGTCTCGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAGGAGATAGTCGAAACTCTGGACCAAAACGTCCTCGAACGGACGGTCCTCGAAATGAAGGTGACTGGACATGCCCTAGCTGTGGCAATGTAAATTTTGCGTTTAGAACTACCTGCAACATGAGGAGTTGTTCTGCATCTAAACCGGTTG
ATTTTCCTTTGAAATCTATGGGAGGGCCCATTCCAACTCCTTATGGGCATGGCCAGTCATCCTTATATATGGCTCCTCCAGTTGGTGCAACATCTATGTATATTGGTAGTCAAGGAATGGCACCTGCATATGGTTCATCTCTTCCCTTTGGTGGAGCATCTGGTGTACATTATGATATGCCGTATTCAGGAGCATCTGCA
GTACCTTATGACTATGGTTCACATGTCACCCCAAGTGGTCCATATGGACCTTTACACATGCCACCATCCTATCCACATGGAGCAGTTATTGGTACAGGTACTGGGTATGGTGCTGCCCCCCTCATGGATGGTTATGGCATGGGAATGCCTATTGGACGGGGTGCTCTGGGTATGAGGCCTGGAGCTTTCCCTGAAGAAAA
TGGATCTCGAAAGCGAAGGGGAGATGGTTTATCTGATGGTGATTGGGTCTGCCCCAAATGTGGCAACACTAATTTCTCCTTCCGCACAATTTGCAACATGAGGAAGTGTGGTACACCAAAGCCAACAGAGAATACTTCTAAAACCTCGAATGGCACGGCCAAAAACTCATCCAAAGCAACAGCACCTGAAGGCAGCTGGA
CCTGTGAGAAGTGTGGTAATATTAATTATCCTTTTCGAACCAAGTGCAACAAATCAAACTGTGGTGCAGAGAAGCCATCAGATAAAAAACCTTCTGCTAAAAATCAGTCAGACAAGGATCAGTGAGTGATTTTTGCACTTTGGGTTCGGAGGTCCAGAGTTGTCGTCAGCATGCTCACTTATGGGTCTGAAGTCAGTTAA
ATGTCCTGTTGCTGCTGTTGTCGTCACGTCCATATTTTCTCACCTTAGTCAAGTTTTCTCAGCAGTCAATCAATTTCTGTGACTTTAGCAACTATGGAATGGATTCTGGTCCCCAGAGGATCTTGGTACTGTCAGTTGTCCTACAGTTTGAGTTGTATTGTATCACCAGCTGCTTCTTTCAAGGTTGCTGGTTGTTATGC
ATGAATGTTTGACCTGGTATTCTTTAGAGGAGTTAAGATAGTTTCAAGGGATAGATACGTTGACCTAGTAGAGATGTTTTGATTTTTTAGCAAACAGAACTTATGGAACATGTTTGAAGTTTACTTCTTTTCCAATACTGGCACGGTAGCAAATGGTATAATTGCAGAAGTTTTTATCCATTATCTTTCTAGGACCGTGA
AGTAACTTCTATGTTTCTAGGATTGTGAGATGAGTTTCTATTTAGTGGTGTCATTTTGTTTTGTTTGAATGTTTCATTATAGAGAATCTGTTGTGAGTTTTGATCCTTGATGCATGATGCATCTTATGCTCAAGCATAACACATCTCTGGACAGAAGCAAGTAAAGTGTCTTGGTTCTAGTAATTTGAGTGATGTATGGT
AGGTGCAATGTAGCTAGGTTGTTTAATTGGTTAAGGATGTTGAAGGATTTATTCCCTGATAATCTTAGTAATAGGATGAGCTGCTGCTGAGGTTGTCTACACTAAAGATCTGTCTTCACCTTCCCCTACTTTTTGGTTCCCTGATTATTTTAGGGTGGTGATTCTAATTTAAGCTGTCATATCAGAATGTTTAAATTTGG
CTGAAAAAATTGTCATTTGAACCTTTTGTATAAACTCTGTAATGGCTCTGAATTCTTACTGCAAGAATGATGTGAGCGATATTTTGCAGTAAAAGCTTCAGTTTTTGAGCCATTAATCTATACCGAAGGATTTTGTCTTGGTGCTAACCAGACTATCTATTTAATATGCATAATTTATGTCCCGACTTAAAGAATTTAGT
CAGCTATACTGTACATGCTAGGGCT
>TRINITY_DN102551_c0_g2_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:GTACACCAAAGCCAACAGAGAATGTGAGTTTCCCTCTAGTTTGAAGAGTTTTTCAGCCACACATGCATTTATTGGAATCACTGGATTGTGGTCACCTATGTAGCATAACTATTATGATGAAGTCCTTAATAATAATTTATATTTTTAACTTTCATTTTGAATTGCAACTGGTTTTTTATGGCACAGCTGACAGTGAGCAT
TTGGTGTTTAACTTGTTATCAACTTACAAACTATTGCTGTCTTTTTTCAGACTTCTAAAACCTCGAATGGCACGGCCAAAAACTCATCCAgtaagtcactcttggctaatatctagatgagagctttatacactgatctggttaaactcctggcttctatgaagtctttattttttgctaatgtcatttctgccataatg
ttttcttcagAAGCAACAGCACCTGAAGGCAGCTGGACCTGTGAGAAGTGTGGTAATATTAATTATCCTTTTCGAACCAAGTGCAACAAATCAAACTGTGGTGCAGAGAAGCCATCAGATAAAAAACCTTCTGCTAAAAATCAGTCAGACAAGGATCAGGTTTGTTGCACGTCATAACTCTTTGTTGACTGTTGTATTAA
TAGGAATAGATGTTCAAGTTATTTTAGATTTCTAATGACTACTGTAACTATTTGTTTATTGCTTTTGCTCCAACTTCCCTCTACACTTGTAATTGTTTGCGTATTTGTTGTTTTGAGTGATTTTGATTATAATACTATGTTATACAATCATCATTCTATTACTCTTAAAAACTATTTCATTGATTTCCCATTTTGTTACT
GTTCCAGTGAGTGATTTTTGCACTTTGGGTTCGGAGGTCCAGAGTTGTCGTCAGCATGCTCACTTATGGGTCTGAAGTCAGTTAAATGTCCTGTTGCTGCTGTTGTCGTCACGTCCATATTTTCTCACCTTAGTCAAGTTTTCTCAGCAGTCAATCAATTTCTGTGACTTTAGCAACTATGGAATGGATTCTGGTCCCCA
GAGGATCTTGGTACTGTCAGTTGTCCTACAGTTTGAGTTGTATTGTATCACCAGCTGCTTCTTTCAAGGTTGCTGGTTGTTATGCATGAATGTTTGACCTGGTATTCTTTAGAGGAGTTAAGATAGTTTCAAGGGATAGATACGTTGACCTAGTAGAGATGTTTTGATTTTTTAGCAAACAGAACTTATGGAACATGTTT
GAAGTTTACTTCTTTTCCAATACTGGCACGGTAGCAAATGGTATAATTGCAGAAGTTTTTATCCATTATCTTTCTAGGACCGTGAAGTAACTTCTATGTTTCTAGGATTGTGAGATGAGTTTCTATTTAGTGGTGTCATTTTGTTTTGTTTGAATGTTTCATTATAGAGAATCTGTTGTGAGTTTTGATCCTTGATGCAT
GATGCATCTTATGCTCAAGCATAACACATCTCTGGACAGAAGCAAGTAAAGTGTCTTGGTTCTAGTAATTTGAGTGATGTATGGTAGGTGCAATGTAGCTAGGTTGTTTAATTGGTTAAGGATGTTGAAGGATTTATTCCCTGATAATCTTAGTAATAGGATGAGCTGCTGCTGAGGTTGTCTACACTAAAGATCTGTCT
TCACCTTCCCCTACTTTTTGGTTCCCTGATTATTTTAGGGTGGTGATTCTAATTTAAGCTGTCATATCAGAATGTTTAAATTTGGCTGAAAAAATTGTCATTTGAACCTTTTGTATAAACTCTGTAATGGCTCTGAATTCTTACTGCAAGAATGATGTGAGCGATATTTTGCAGTAAAAGCTTCAGTTTTTGAGCCATTA
ATCTATACCGAAGGATTTTGTCTTGGTGCTAACCAGACTATCTATTTAATATGCATAATTTATGTCCCGACTTAAAGAATTTAGTCAGCTATACTGTACATGCTAGGGCT
Intron 3 GTAAGTTATA ... TGCATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.96 | 184 | 2 | 25 |
| A2 | 11.37 | 187 | 9 | 24 |
| A3 | 12.15 | 282 | 3 | 39 |
| A4 | 12.45 | 211 | 6 | 30 |
| A5 | 15.89 | 127 | 8 | 24 |
| A6 | 15.79 | 640 | 0 | 120 |
| A7 | 13.17 | 732 | 1 | 111 |
| A8 | 14.31 | 437 | 0 | 73 |
| A9 | 14.44 | 646 | 0 | 109 |
| A10 | 14.48 | 620 | 9 | 105 |
>TRINITY_DN95037_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformAGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGACTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCCAACTTCTCCATTGTCT
CGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAGGAGATAGTCGAAACTCTGGACCAAAACGTCCTCGAACGGACGGTCCTCGAAATGAAGGTGACTGGACATGCCCTAGCTGTGGCAATGTAAATTTTGCGTTTAGAACTACCTGCAACATGAGGAGTTGTTCTGCATCTAAACCGGTTGATTTTCCTTTGAAATC
TATGGGAGGGCCCATTCCAACTCCTTATGGGCATGGCCAGTCATCCTTATATATGGCTCCTCCAGTTGGTGCAACATCTATGTATATTGGTAGTCAAGGAATGGCACCTGCATATGGTTCATCTCTTCCCTTTGGTGGAGCATCTGGTGTACATTATGATATGCCGTATTCAGGAGCATCTGCAGTACCTTATGACTATG
GTTCACATGTCACCCCAAGTGGTCCATATGGACCTTTACACATGCCACCATCCTATCCACATGGAGCAGTTATTGGTACAGGTACTGGGTATGGTGCTGCCCCCCTCATGGATGGTTATGGCATGGGAATGCCTATTGGACGGGGTGCTCTGGGTATGAGGCCTGGAGCTTTCCCTGAAGAAAATGGATCTCGAAAGCGA
AGGGGAGATGGTTTATCTGATGGTGATTGGGTCTGCCCCAAATGTGGCAACACTAATTTCTCCTTCCGCACAATTTGCAACATGAGGAAGTGTGGTACACCAAAGCCAACAGAGAATACTTCTAAAACCTCGAATGGCACGGCCAAAAACTCATCCAAAGCAACAGCACCTGAAGGCAGCTGGACCTGTGAGAAGTGTGG
TAATATTAATTATCCTTTTCGAACCAAGTGCAACAAATCAAACTGTGGTGCAGAGAAGCCATCAGATAAAAAACCTTCTGCTAAAAATCAGTCAGACAAGGATCAGGTTTGTTGCACGTCATAACTCTTTGTTGACTGTTGTATTAATAGGAATAGATGTTCAAGTTATTTTAGATTTCTAATGACTACTGTAACTATTT
GTTTATTGCTTTTGCTCCAACTTCCC
>TRINITY_DN95037_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:AGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGACTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCCAACTTCTCCATTGTCT
CGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAGTCAGTGATTTCCTCCCTCTATTTTTCTTTTTTCCTTGTCTTTTTTCAAAAATTGTTTATTTTAGCGGAGCCCTTTTGGTTTCTGAGTTCGTTAAGCTTTCGGTGTTAGGATTCGTTTCTGTAGTTGCGGCTAGTGGATCTATGTATCTATTGACCGTGTGTTG
AAATTGTCCTTGTCCAGGGAGATAGTCGAAACTCTGGACCAAAACGTCCTCGAACGGACGgtaagttatattgatttgatttggttggtaactattattgatatatctgttaggatttcagatatgtagacgccagacaactttcagtaaatgcagtttatggtttaggttgtttgcatcatacatgatcttgatatata
tttttttcattattcaacagtagccatgctccgtttgtcaaatcgcgttgatataaatctctcggaaaaacccattaggcgcacagatattcctggtgtcatagacacacacacccgcacacagagtcatatgtcccacaaatacacatatcctgtgtataagatgaagtgtgggaaacgagccttaaatattgacgttc
taccattaacttcaaatttacaaaatttggacatgacatctaaaaggttttgatccgtctttttcagaagctatagtatttatgtaccagatacccatgtactattttgataaataaatgtatgtatgtatttaacgtgcatatagctgacaattctttctagaaatttcataatttagtccgaagttattgctatttat
taataacagaaatattaacaaaatacaatacaaaccttcctcaagttttatttttaccaaaatcaatctgtctgtactcaagattccataataattcatgttgcttaatttgtgattaattgacaagttctgactgaaaccattaatttacccaaacaattgctaaatctcaaggaaaaaacacaagtcaggcatttttc
ccctttttgagaaagtggaagtggcagaggggaagtcacttgtcaggcagattttctgccccagattttactgccaagcgatttttgcctcgtttgttttgttgagttttgtgacttgtctgaagtcaatgatttggatcctaattgattttttggtgtccgagtcctgtaccggttcatacccaatgcccaatcagagc
tgcatgcccccagtgaagaacctggttctgaataatcctcatatggctttctggattttagctgagtatgaatttcaatgcagtgaagatgagctggcttcttagtgttacttttttcccctgcattgtagGTCCTCGAAATGAAGGTGACTGGACATGCCCTAGCTGTGGCAATGTAAATTTTGCGTTTAGAACTACCT
GCAACATGAGGAGTTGTTCTGCATCTAAACCGGTTGATTTTCCTTTGAAATCTATGGGAGGGCCCATTCCAACTCCTTATGGGCATGGCCAGTCATCCTTATATATGGCTCCTCCAGTTGGTGCAACATCTATGTATATTGGTAGTCAAGGAATGGCACCTGCATATGGTTCATCTCTTCCCTTTGGTGGAGCATCTGGT
GTACATTATGATATGCCGTATTCAGGAGCATCTGCAGTACCTTATGACTATGGTTCACATGTCACCCCAAGTGGTCCATATGGACCTTTACACATGCCACCATCCTATCCACATGGAGCAGTTATTGGTACAGGTACTGGGTATGGTGCTGCCCCCCTCATGGATGGTTATGGCATGGGAATGCCTATTGGACGGGGTGC
TCTGGGTATGAGGCCTGGAGCTTTCCCTGAAGAAAATGGATCTCGAAAGCGAAGGGGAGATGGTTTATCTGATGGTGATTGGGTCTGCCCCAAATGTGGCAACACTAATTTCTCCTTCCGCACAATTTGCAACATGAGGAAGTGTGGTACACCAAAGCCAACAGAGAATACTTCTAAAACCTCGAATGGCACGGCCAAAA
ACTCATCCAAAGCAACAGCACCTGAAGGCAGCTGGACCTGTGAGAAGTGTGGTAATATTAATTATCCTTTTCGAACCAAGTGCAACAAATCAAACTGTGGTGCAGAGAAGCCATCAGATAAAAAACCTTCTGCTAAAAATCAGTCAGACAAGGATCAGTGAGTGATTTTTGCACTTTGGGTTCGGAGGTCCAGAGTTGTC
GTCAGCATGCTCACTTATGGGTCTGAAGTCAGTTAAATGTCCTGTTGCTGCTGTTGTCGTCACGTCCATATTTTCTCACCTTAGTCAAGTTTTCTCAGCAGTCAATCAATTTCTGTGACTTTAGCAACTATGGAATGGATTCTGGTCCCCAGAGGATCTTGGTACTGTCAGTTGTCCTACAGTTTGAGTTGTATTGTATC
ACCAGCTGCTTCTTTCAAGGTTGCTGGTTGTTATGCATGAATGTTTGACCTGGTATTCTTTAGAGGAGTTAAGATAGTTTCAAGGGATAGATACGTTGACCTAGTAGAGATGTTTTGATTTTTTAGCAAACAGAACTTATGGAACATGTTTGAAGTTTACTTCTTTTCCAATACTGGCACGGTAGCAAATGGTATAATTG
CAGAAGTTTTTATCCATTATCTTTCTAGGACCGTGAAGTAACTTCTATGTTTCTAGGATTGTGAGATGAGTTTCTATTTAGTGGTGTCATTTTGTTTTGTTTGAATGTTTCATTATAGAGAATCTGTTGTGAGTTTTGATCCTTGATGCATGATGCATCTTATGCTCAAGCATAACACATCTCTGGACAGAAGCAAGTAA
AGTGTCTTGGTTCTAGTAATTTGAGTGATGTATGGTAGGTGCAATGTAGCTAGGTTGTTTAATTGGTTAAGGATGTTGAAGGATTTATTCCCTGATAATCTTAGTAATAGGATGAGCTGCTGCTGAGGTTGTCTACACTAAAGATCTGTCTTCACCTTCCCCTACTTTTTGGTTCCCTGATTATTTTAGGGTGGTGATTC
TAATTTAAGCTGTCATATCAGAATGTTTAAATTTGGCTGAAAAAATTGTCATTTGAACCTTTTGTATAAACTCTGTAATGGCTCTGAATTCTTACTGCAAGAATGATGTGAGCGATATTTTGCAGTAAAAGCTTCAGTTTTTGAGCCATTAATCTATACCGAAGGATTTTGTCTTGGTGCTAACCAGACTATCTATTTAA
TATGCATAATTTATGTCCCGACTTAAAGAATTTAGTCAGCTATACTGTACATGCTAGGGTTACTTTTAATTTTGTT
Intron 4 GTATTACAAT ... GATATTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.58 | 138 | 55 | 0 |
| A2 | 34.12 | 141.7 | 73 | 2 |
| A3 | 29.58 | 131.3 | 55 | 0 |
| A4 | 31.94 | 137 | 64 | 0 |
| A5 | 33.77 | 67 | 34 | 1 |
| A6 | 31.42 | 494 | 223 | 0 |
| A7 | 31.94 | 557.3 | 258 | 0 |
| A8 | 31.41 | 375.3 | 170 | 0 |
| A9 | 31.24 | 573 | 257 | 0 |
| A10 | 34.57 | 468 | 245 | 0 |
>TRINITY_DN109808_c0_g2_i4 from sample A2 / Example spliced isoformGGGTTCCTTAGCAAAAGGGCGAAGGAGATAAGGTTGGTGTAAGTGGCCTCAATAGGACCACGGGGTGAATCCCTATAGCAAACCCCTGGTCACTTGTCAGGAAGATAAATAGATATAAAAGCAGCGAACCCGATGCGCTTGATTTATTTATTTTTGTTGTTTTAGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGA
CTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCCAACTTCTCCATTGTCTCGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAG
GAGATAGTCGAAACTCTGGACCAAAACGTCCTCGAACGGACGGTCCTCGAAATGAAGGTGACTGGACATGCCCTAGCTGTGGCAATGTAAATTTTGCGTTTAGAACTACCTGCAACATGAGGAGTTGTTCTGCATCTAAACCGGTTGATTTTCCTTTGAAATCTATGGGAGGGCCCATTCCAACTCCTTATGGGCATGGC
CAGTCATCCTTATATATGGCTCCTCCAGTTGGTGCAACATCTATGTATATTGGTAGTCAAGGAATGGCACCTGCATATGGTTCATCTCTTCCCTTTGGTGGAGCATCTGGTGTACATTATGATATGCCGTATTCAGGAGCATCTGCAGTACCTTATGACTATGGTTCACATGTCACCCCAAGTGGTCCATATGGACCTTT
ACACATGCCACCATCCTATCCACATGGAGCAGTTATTGGTACAGGTACTGGGTATGGTGCTGCCCCCCTCATGGATGGTTATGGCATGGGAATGCCTATTGGACGGGGTGCTCTGGTAGGTCACTAAGACTTGTGTATATAAAAGGAAAGTAAATTTTCATTTATTTGGTTCTCGATTTTCCTATCTATACACTTTTTAT
GGAATTTGTTTGGATACAATGACTGTCAATTCTAGTCGTGTGTTATGTTTATTATTAAATCGTTTTTGCCATCATTTTAGAATAATTTTATTGTTAACTAGATTGCTTTGTAATTTCATTTACTTTTCTTTGAATTCCTATTAGATTATCTTTGGACCATTTGAATTCTTACTCTGAATTCTGTTGCTCCATTTGTTGCT
AAAATGATTTGAAATCTTATTTTATCCCTGGTCCTCATGAATTTCACCCTTTTTGCTTGATGTAGTTTTTATCTTACAAGACTGTAAAATTGTTCGGTGGATATCCTAGAGCCGTTAATGTAACTTCTTTCATGGCAAATTTTGAGTAGAAATTACCATTGCTTGACATTGCAAGTGCCATACTTAAACTGTCACTTGGA
CCAATGCATTACATTTATGTTTTTAACCTAAGTTGTTCCATGAAACATGACTTCATTTCTTTTCCTTCTGGACACCCAGGGTATGAGGCCTGGAGCTTTCCCTGAAGAAAATGGATCTCGAAAGCGAAGGGGAGATGGTTTATCTGATGGTGATTGGGTCTGCCCCAAATGTGGCAACACTAATTTCTCCTTCCGCACAA
TTTGCAACATGAGGAAGTGTGGTACACCAAAGCCAACAGAGAATACTTCTAAAACCTCGAATGGCACGGCCAAAAACTCATCCAAAGCAACAGCACCTGAAGGCAGCTGGACCTGTGAGAAGTGTGGTAATATTAATTATCCTTTTCGAACCAAGTGCAACAAATCAAACTGTGGTGCAGAGAAGCCATCAGATAAAAAA
CCTTCTGCTAAAAATCAGTCAGACAAGGATCAGTGAGTGATTTTTGCACTTTGGGTTCGGAGGTCCAGAGTTGTCGTCAGCATGCTCACTTATGGGTCTGAAGTCAGTTAAATGTCCTGTTGCTGCTGTTGTCGTCACGTCCATATTTTCTCACCTTAGTCAAGTTTTCTCAGCAGTCAATCAATTTCTGTGACTTTAGC
AACTATGGAATGGATTCTGGTCCCCAGAGGATCTTGGTACTGTCAGTTGTCCTACAGTTTGAGTTGTATTGTATCACCAGCTGCTTCTTTCAAGGTTGCTGGTTGTTATGCATGAATGTTTGACCTGGTATTCTTTAGAGGAGTTAAGATAGTTTCAAGGGATAGATACGTTGACCTAGTAGAGATGTTTTGATTTTTTA
GCAAACAGAACTTATGGAACATGTTTGAAGTTTACTTCTTTTCCAATACTGGCACGGTAGCAAATGGTATAATTGCAGAAGTTTTTATCCATTATCTTTCTAGGACCGTGAAGTAACTTCTATGTTTCTAGGATTGTGAGATGAGTTTCTATTTAGTGGTGTCATTTTGTTTTGTTTGAATGTTTCATTATAGAGAATCT
GTTGTGAGTTTTGATCCTTGATGCATGATGCATCTTATGCTCAAGCATAACACATCTCTGGACAGAAGCAAGTAAAGTGTCTTGGTTCTAGTAATTTGAGTGATGTATGGTAGGTGCAATGTAGCTAGGTTGTTTAATTGGTTAAGGATGTTGAAGGATTTATTCCCTGATAATCTTAGTAATAGGATGAGCTGCTGCTG
AGGTTGTCTACACTAAAGATCTGTCTTCACCTTCCCCTACTTTTTGGTTCCCTGATTATTTTAGGGTGGTGATTCTAATTTAAGCTGTCATATCAGAATGTTTAAATTTGGCTGAAAAAATTGTCATTTGAACCTTTTGTATAAACTCTGTAATGGCTCTGAATTCTTACTGCAAGAATGATGTGAGCGATATTTTGCAG
TAAAAGCTTCAGTTTTTGAGCCATTAATCTATACCGAAGGATTTTGTCTTGGTGCTAACCAGACTATCTATTTAATATGCATAATTTATGTCCCGACTTAAAGAATTTAGTCAGCTATACTGTACATGCTAG
>TRINITY_DN109808_c0_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGGTTCCTTAGCAAAAGGGCGAAGGAGATAAGGTTGGTGTAAGTGGCCTCAATAGGACCACGGGGTGAATCCCTATAGCAAACCCCTGGTCACTTGTCAGGAAGATAAATAGATATAAAAGCAGCGAACCCGATGCGCTTGATTTATTTATTTTTGTTGTTTTAGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGA
CTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCCAACTTCTCCATTGTCTCGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAG
GAGATAGTCGAAACTCTGGACCAAAACGTCCTCGAACGGACGGTCCTCGAAATGAAGGTGACTGGACATGCCCTAGCTGTGGCAATGTAAATTTTGCGTTTAGAACTACCTGCAACATGAGGAGTTGTTCTGCATCTAAACCGGTTGATTTTCCTTTGAAATCTATGGGAGGGCCCATTCCAACTCCTTATGGGCATGGC
CAGTCATCCTTATATATGGCTCCTCCAGTTGGTGCAACATCTATGTATATTGGTAGTCAAGGAATGGCACCTGCATATGGTTCATCTCTTCCCTTTGGTGGAGCATCTGGTGTACATTATGATATGCCGTATTCAGGAGCATCTGCAGTACCTTATGACTATGGTTCACATGTCACCCCAAGTGGTCCATATGGACCTTT
ACACATGCCACCATCCTATCCACATGGAGCAGTTATTGGTACAGgtattacaatgcattgaactcagggaagcttctagtttatcctgtttgaattgaacttgttccctatctagaggcttattcttgtgatatgcatgatattctagGTACTGGGTATGGTGCTGCCC
Intron 5 GTCAGTGATT ... CCTTGTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.56 | 230 | 49 | 8 |
| A2 | 22.18 | 228 | 65 | 14.3 |
| A3 | 17.73 | 297 | 64 | 12.7 |
| A4 | 23.73 | 241 | 75 | 17.4 |
| A5 | 23.39 | 167 | 51 | 8.9 |
| A6 | 20.83 | 745 | 196 | 25.4 |
| A7 | 16.68 | 819 | 164 | 32.9 |
| A8 | 18.53 | 510 | 116 | 15.7 |
| A9 | 21.63 | 808 | 223 | 24.1 |
| A10 | 20.7 | 743 | 194 | 35.6 |
>TRINITY_DN109808_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoformGGGTTCCTTAGCAAAAGGGCGAAGGAGATAAGGTTGGTGTAAGTGGCCTCAATAGGACCACGGGGTGAATCCCTATAGCAAACCCCTGGTCACTTGTCAGGAAGATAAATAGATATAAAAGCAGCGAACCCGATGCGCTTGATTTATTTATTTTTGTTGTTTTAGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGA
CTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCCAACTTCTCCATTGTCTCGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAG
GAGATAGTCGAAACTCTGGACCAAAACGTCCTCGAACGGACGGTCCTCGAAATGAAGGTGACTGGACATGCCCTAGCTGTGGCAATGTAAATTTTGCGTTTAGAACTACCTGCAACATGAGGAGTTGTTCTGCATCTAAACCGGTTGATTTTCCTTTGAAATCTATGGGAGGGCCCATTCCAACTCCTTATGGGCATGGC
CAGTCATCCTTATATATGGCTCCTCCAGTTGGTGCAACATCTATGTATATTGGTAGTCAAGGAATGGCACCTGCATATGGTTCATCTCTTCCCTTTGGTGGAGCATCTGGTGTACATTATGATATGCCGTATTCAGGAGCATCTGCAGTACCTTATGACTATGGTTCACATGTCACCCCAAGTGGTCCATATGGACCTTT
ACACATGCCACCATCCTATCCACATGGAGCAGTTATTGGTACAGGTATTACAATGCATTGAACTCAGGGAAGCTTCTAGTTTATCCTGTTTGAATTGAACTTGTTCCCTATCTAGAGGCTTATTCTTGTGATATGCATGATATTCTAGGTACTGGGTATGGTGCTGCCC
>TRINITY_DN109808_c0_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGGTTCCTTAGCAAAAGGGCGAAGGAGATAAGGTTGGTGTAAGTGGCCTCAATAGGACCACGGGGTGAATCCCTATAGCAAACCCCTGGTCACTTGTCAGGAAGATAAATAGATATAAAAGCAGCGAACCCGATGCGCTTGATTTATTTATTTTTGTTGTTTTAGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGA
CTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCCAACTTCTCCATTGTCTCGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAg
tcagtgatttcctccctctatttttcttttttccttgtcttttttcaaaaattgtttattttagcggagcccttttggtttctgagttcgttaagctttcggtgttaggattcgtttctgtagttgcggctagtggatctatgtatctattgaccgtgtgttgaaattgtccttgtccagGGAGATAGTCGAAACTCTGG
ACCAAAACGTCCTCGAACGGACGGTAAGTTATATTGATTTGATTTGGTTGGTAACTATTATTGATATATCTGTTAGGATTTCAGATATGTAGACGCCAGACAACTTTCAGTAAATGCAGTTTATGGTTTAGGTTGTTTGCATCATACATGATCTTGATATATATTTTTTTCATTATTCAACAGTAGCCATGCTCCGTTTG
TCAAATCGCGTTGATATAAATCTCTCGGAAAAACCCATTAGGCGCACAGATATTCCTGGTGTCATAGACACACACACCCGCACACAGAGTCATATGTCCCACAAATACACATATCCTGTGTATAAGATGAAGTGTGGGAAACGAGCCTTAAATATTGACGTTCTACCATTAACTTCAAATTTACAAAATTTGGA
Intron 6 GTAGGTCACT ... GGACACCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.85 | 141 | 17 | 60 |
| A2 | 27.57 | 134 | 22 | 51 |
| A3 | 30.65 | 138 | 17 | 61 |
| A4 | 25.85 | 109 | 10 | 38 |
| A5 | 27.52 | 79 | 5 | 30 |
| A6 | 28 | 751 | 41 | 292 |
| A7 | 27.9 | 770 | 44 | 298 |
| A8 | 29.5 | 540 | 51 | 226 |
| A9 | 27.37 | 621 | 49 | 234 |
| A10 | 27.35 | 510 | 26 | 192 |
>TRINITY_DN109808_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoformGGGTTCCTTAGCAAAAGGGCGAAGGAGATAAGGTTGGTGTAAGTGGCCTCAATAGGACCACGGGGTGAATCCCTATAGCAAACCCCTGGTCACTTGTCAGGAAGATAAATAGATATAAAAGCAGCGAACCCGATGCGCTTGATTTATTTATTTTTGTTGTTTTAGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGA
CTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCCAACTTCTCCATTGTCTCGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAG
GAGATAGTCGAAACTCTGGACCAAAACGTCCTCGAACGGACGGTCCTCGAAATGAAGGTGACTGGACATGCCCTAGCTGTGGCAATGTAAATTTTGCGTTTAGAACTACCTGCAACATGAGGAGTTGTTCTGCATCTAAACCGGTTGATTTTCCTTTGAAATCTATGGGAGGGCCCATTCCAACTCCTTATGGGCATGGC
CAGTCATCCTTATATATGGCTCCTCCAGTTGGTGCAACATCTATGTATATTGGTAGTCAAGGAATGGCACCTGCATATGGTTCATCTCTTCCCTTTGGTGGAGCATCTGGTGTACATTATGATATGCCGTATTCAGGAGCATCTGCAGTACCTTATGACTATGGTTCACATGTCACCCCAAGTGGTCCATATGGACCTTT
ACACATGCCACCATCCTATCCACATGGAGCAGTTATTGGTACAGGTACTGGGTATGGTGCTGCCCCCCTCATGGATGGTTATGGCATGGGAATGCCTATTGGACGGGGTGCTCTGGGTATGAGGCCTGGAGCTTTCCCTGAAGAAAATGGATCTCGAAAGCGAAGGGGAGATGGTTTATCTGATGGTGATTGGGTCTGCC
CCAAATGTGGCAACACTAATTTCTCCTTCCGCACAATTTGCAACATGAGGAAGTGTGGTACACCAAAGCCAACAGAGAATACTTCTAAAACCTCGAATGGCACGGCCAAAAACTCATCCAAAGCAACAGCACCTGAAGGCAGCTGGACCTGTGAGAAGTGTGGTAATATTAATTATCCTTTTCGAACCAAGTGCAACAAA
TCAAACTGTGGTGCAGAGAAGCCATCAGATAAAAAACCTTCTGCTAAAAATCAGTCAGACAAGGATCAGTGAGTGATTTTTGCACTTTGGGTTCGGAGGTCCAGAGTTGTCGTCAGCATGCTCACTTATGGGTCTGAAGTCAGTTAAATGTCCTGTTGCTGCTGTTGTCGTCACGTCCATATTTTCTCACCTTAGTCAAG
TTTTCTCAGCAGTCAATCAATTTCTGTGACTTTAGCAACTATGGAATGGATTCTGGTCCCCAGAGGATCTTGGTACTGTCAGTTGTCCTACAGTTTGAGTTGTATTGTATCACCAGCTGCTTCTTTCAAGGTTGCTGGTTGTTATGCATGAATGTTTGACCTGGTATTCTTTAGAGGAGTTAAGATAGTTTCAAGGGATA
GATACGTTGACCTAGTAGAGATGTTTTGATTTTTTAGCAAACAGAACTTATGGAACATGTTTGAAGTTTACTTCTTTTCCAATACTGGCACGGTAGCAAATGGTATAATTGCAGAAGTTTTTATCCATTATCTTTCTAGGACCGTGAAGTAACTTCTATGTTTCTAGGATTGTGAGATGAGTTTCTATTTAGTGGTGTCA
TTTTGTTTTGTTTGAATGTTTCATTATAGAGAATCTGTTGTGAGTTTTGATCCTTGATGCATGATGCATCTTATGCTCAAGCATAACACATCTCTGGACAGAAGCAAGTAAAGTGTCTTGGTTCTAGTAATTTGAGTGATGTATGGTAGGTGCAATGTAGCTAGGTTGTTTAATTGGTTAAGGATGTTGAAGGATTTATT
CCCTGATAATCTTAGTAATAGGATGAGCTGCTGCTGAGGTTGTCTACACTAAAGATCTGTCTTCACCTTCCCCTACTTTTTGGTTCCCTGATTATTTTAGGGTGGTGATTCTAATTTAAGCTGTCATATCAGAATGTTTAAATTTGGCTGAAAAAATTGTCATTTGAACCTTTTGTATAAACTCTGTAATGGCTCTGAAT
TCTTACTGCAAGAATGATGTGAGCGATATTTTGCAGTAAAAGCTTCAGTTTTTGAGCCATTAATCTATACCGAAGGATTTTGTCTTGGTGCTAACCAGACTATCTATTTAATATGCATAATTTATGTCCCGACTTAAAGAATTTAGTCAGCTATACTGTACATGCTAG
>TRINITY_DN109808_c0_g2_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGGTTCCTTAGCAAAAGGGCGAAGGAGATAAGGTTGGTGTAAGTGGCCTCAATAGGACCACGGGGTGAATCCCTATAGCAAACCCCTGGTCACTTGTCAGGAAGATAAATAGATATAAAAGCAGCGAACCCGATGCGCTTGATTTATTTATTTTTGTTGTTTTAGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGA
CTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCCAACTTCTCCATTGTCTCGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAG
GAGATAGTCGAAACTCTGGACCAAAACGTCCTCGAACGGACGGTCCTCGAAATGAAGGTGACTGGACATGCCCTAGCTGTGGCAATGTAAATTTTGCGTTTAGAACTACCTGCAACATGAGGAGTTGTTCTGCATCTAAACCGGTTGATTTTCCTTTGAAATCTATGGGAGGGCCCATTCCAACTCCTTATGGGCATGGC
CAGTCATCCTTATATATGGCTCCTCCAGTTGGTGCAACATCTATGTATATTGGTAGTCAAGGAATGGCACCTGCATATGGTTCATCTCTTCCCTTTGGTGGAGCATCTGGTGTACATTATGATATGCCGTATTCAGGAGCATCTGCAGTACCTTATGACTATGGTTCACATGTCACCCCAAGTGGTCCATATGGACCTTT
ACACATGCCACCATCCTATCCACATGGAGCAGTTATTGGTACAGGTACTGGGTATGGTGCTGCCCCCCTCATGGATGGTTATGGCATGGGAATGCCTATTGGACGGGGTGCTCTGgtaggtcactaagacttgtgtatataaaaggaaagtaaattttcatttatttggttctcgattttcctatctatacactttttat
ggaatttgtttggatacaatgactgtcaattctagtcgtgtgttatgtttattattaaatcgtttttgccatcattttagaataattttattgttaactagattgctttgtaatttcatttacttttctttgaattcctattagattatctttggaccatttgaattcttactctgaattctgttgctccatttgttgct
aaaatgatttgaaatcttattttatccctggtcctcatgaatttcaccctttttgcttgatgtagtttttatcttacaagactgtaaaattgttcggtggatatcctagagccgttaatgtaacttctttcatggcaaattttgagtagaaattaccattgcttgacattgcaagtgccatacttaaactgtcacttgga
ccaatgcattacatttatgtttttaacctaagttgttccatgaaacatgacttcatttcttttccttctggacacccagGGTATGAGGCCTGGAGCTTTCCCTGAAGAAAATGGATCTCGAAAGCGAAGGGGAGATGGTTTATCTGATGGTGATTGGGTCTGCCCCAAATGTGGCAACACTAATTTCTCCTTCCGCACAA
TTTGCAACATGAGGAAGTGTGGTACACCAAAGCCAACAGAGAATACTTCTAAAACCTCGAATGGCACGGCCAAAAACTCATCCAAAGCAACAGCACCTGAAGGCAGCTGGACCTGTGAGAAGTGTGGTAATATTAATTATCCTTTTCGAACCAAGTGCAACAAATCAAACTGTGGTGCAGAGAAGCCATCAGATAAAAAA
CCTTCTGCTAAAAATCAGTCAGACAAGGATCAGTGAGTGATTTTTGCACTTTGGGTTCGGAGGTCCAGAGTTGTCGTCAGCATGCTCACTTATGGGTCTGAAGTCAGTTAAATGTCCTGTTGCTGCTGTTGTCGTCACGTCCATATTTTCTCACCTTAGTCAAGTTTTCTCAGCAGTCAATCAATTTCTGTGACTTTAGC
AACTATGGAATGGATTCTGGTCCCCAGAGGATCTTGGTACTGTCAGTTGTCCTACAGTTTGAGTTGTATTGTATCACCAGCTGCTTCTTTCAAGGTTGCTGGTTGTTATGCATGAATGTTTGACCTGGTATTCTTTAGAGGAGTTAAGATAGTTTCAAGGGATAGATACGTTGACCTAGTAGAGATGTTTTGATTTTTTA
GCAAACAGAACTTATGGAACATGTTTGAAGTTTACTTCTTTTCCAATACTGGCACGGTAGCAAATGGTATAATTGCAGAAGTTTTTATCCATTATCTTTCTAGGACCGTGAAGTAACTTCTATGTTTCTAGGATTGTGAGATGAGTTTCTATTTAGTGGTGTCATTTTGTTTTGTTTGAATGTTTCATTATAGAGAATCT
GTTGTGAGTTTTGATCCTTGATGCATGATGCATCTTATGCTCAAGCATAACACATCTCTGGACAGAAGCAAGTAAAGTGTCTTGGTTCTAGTAATTTGAGTGATGTATGGTAGGTGCAATGTAGCTAGGTTGTTTAATTGGTTAAGGATGTTGAAGGATTTATTCCCTGATAATCTTAGTAATAGGATGAGCTGCTGCTG
AGGTTGTCTACACTAAAGATCTGTCTTCACCTTCCCCTACTTTTTGGTTCCCTGATTATTTTAGGGTGGTGATTCTAATTTAAGCTGTCATATCAGAATGTTTAAATTTGGCTGAAAAAATTGTCATTTGAACCTTTTGTATAAACTCTGTAATGGCTCTGAATTCTTACTGCAAGAATGATGTGAGCGATATTTTGCAG
TAAAAGCTTCAGTTTTTGAGCCATTAATCTATACCGAAGGATTTTGTCTTGGTGCTAACCAGACTATCTATTTAATATGCATAATTTATGTCCCGACTTAAAGAATTTAGTCAGCTATACTGTACATGCTAG
Intron 7 GTGAGTTTCC ... CTTTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 0.47 | 421 | 0 | 2 |
| A2 | 0.26 | 377 | 0 | 1 |
| A3 | 1.4 | 352 | 0 | 5 |
| A4 | 0 | 368 | 0 | 0 |
| A5 | 2.38 | 164 | 0 | 4 |
| A6 | 0.07 | 1477 | 0 | 1 |
| A7 | 0 | 1603 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 1571 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 1439 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 1342 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN102551_c0_g2_i2 from sample A5 / Example spliced isoformTTATTTTTGTTGTTTTAGTGAGTCAGGTACAAACCCTAATCTCTATCCACAGACTTCAAACCCTTGCAAGTAAGCCCTGAGAAACAGCACATTTATTCTGCTTCGCTCGAAGCTCTGCCCTGCGCCATCTCTTTGTCTCCAACATTTTTACTAGCCAGGCGAGGGATCGCAGCCGTTTCCTAAATCCGTCTTCCACTCCC
AACTTCTCCATTGTCTCGGCCATTTCTCATTTTTCGGTTCAGGATGGTGCAAGGAGATAGTCGAAACTCTGGACCAAAACGTCCTCGAACGGACGGTCCTCGAAATGAAGGTGACTGGACATGCCCTAGCTGTGGCAATGTAAATTTTGCGTTTAGAACTACCTGCAACATGAGGAGTTGTTCTGCATCTAAACCGGTTG
ATTTTCCTTTGAAATCTATGGGAGGGCCCATTCCAACTCCTTATGGGCATGGCCAGTCATCCTTATATATGGCTCCTCCAGTTGGTGCAACATCTATGTATATTGGTAGTCAAGGAATGGCACCTGCATATGGTTCATCTCTTCCCTTTGGTGGAGCATCTGGTGTACATTATGATATGCCGTATTCAGGAGCATCTGCA
GTACCTTATGACTATGGTTCACATGTCACCCCAAGTGGTCCATATGGACCTTTACACATGCCACCATCCTATCCACATGGAGCAGTTATTGGTACAGGTACTGGGTATGGTGCTGCCCCCCTCATGGATGGTTATGGCATGGGAATGCCTATTGGACGGGGTGCTCTGGGTATGAGGCCTGGAGCTTTCCCTGAAGAAAA
TGGATCTCGAAAGCGAAGGGGAGATGGTTTATCTGATGGTGATTGGGTCTGCCCCAAATGTGGCAACACTAATTTCTCCTTCCGCACAATTTGCAACATGAGGAAGTGTGGTACACCAAAGCCAACAGAGAATACTTCTAAAACCTCGAATGGCACGGCCAAAAACTCATCCAAAGCAACAGCACCTGAAGGCAGCTGGA
CCTGTGAGAAGTGTGGTAATATTAATTATCCTTTTCGAACCAAGTGCAACAAATCAAACTGTGGTGCAGAGAAGCCATCAGATAAAAAACCTTCTGCTAAAAATCAGTCAGACAAGGATCAGTGAGTGATTTTTGCACTTTGGGTTCGGAGGTCCAGAGTTGTCGTCAGCATGCTCACTTATGGGTCTGAAGTCAGTTAA
ATGTCCTGTTGCTGCTGTTGTCGTCACGTCCATATTTTCTCACCTTAGTCAAGTTTTCTCAGCAGTCAATCAATTTCTGTGACTTTAGCAACTATGGAATGGATTCTGGTCCCCAGAGGATCTTGGTACTGTCAGTTGTCCTACAGTTTGAGTTGTATTGTATCACCAGCTGCTTCTTTCAAGGTTGCTGGTTGTTATGC
ATGAATGTTTGACCTGGTATTCTTTAGAGGAGTTAAGATAGTTTCAAGGGATAGATACGTTGACCTAGTAGAGATGTTTTGATTTTTTAGCAAACAGAACTTATGGAACATGTTTGAAGTTTACTTCTTTTCCAATACTGGCACGGTAGCAAATGGTATAATTGCAGAAGTTTTTATCCATTATCTTTCTAGGACCGTGA
AGTAACTTCTATGTTTCTAGGATTGTGAGATGAGTTTCTATTTAGTGGTGTCATTTTGTTTTGTTTGAATGTTTCATTATAGAGAATCTGTTGTGAGTTTTGATCCTTGATGCATGATGCATCTTATGCTCAAGCATAACACATCTCTGGACAGAAGCAAGTAAAGTGTCTTGGTTCTAGTAATTTGAGTGATGTATGGT
AGGTGCAATGTAGCTAGGTTGTTTAATTGGTTAAGGATGTTGAAGGATTTATTCCCTGATAATCTTAGTAATAGGATGAGCTGCTGCTGAGGTTGTCTACACTAAAGATCTGTCTTCACCTTCCCCTACTTTTTGGTTCCCTGATTATTTTAGGGTGGTGATTCTAATTTAAGCTGTCATATCAGAATGTTTAAATTTGG
CTGAAAAAATTGTCATTTGAACCTTTTGTATAAACTCTGTAATGGCTCTGAATTCTTACTGCAAGAATGATGTGAGCGATATTTTGCAGTAAAAGCTTCAGTTTTTGAGCCATTAATCTATACCGAAGGATTTTGTCTTGGTGCTAACCAGACTATCTATTTAATATGCATAATTTATGTCCCGACTTAAAGAATTTAGT
CAGCTATACTGTACATGCTAGGGCT
>TRINITY_DN102551_c0_g2_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:GTACACCAAAGCCAACAGAGAATgtgagtttccctctagtttgaagagtttttcagccacacatgcatttattggaatcactggattgtggtcacctatgtagcataactattatgatgaagtccttaataataatttatatttttaactttcattttgaattgcaactggttttttatggcacagctgacagtgagcat
ttggtgtttaacttgttatcaacttacaaactattgctgtcttttttcagACTTCTAAAACCTCGAATGGCACGGCCAAAAACTCATCCAGTAAGTCACTCTTGGCTAATATCTAGATGAGAGCTTTATACACTGATCTGGTTAAACTCCTGGCTTCTATGAAGTCTTTATTTTTTGCTAATGTCATTTCTGCCATAATG
TTTTCTTCAGAAGCAACAGCACCTGAAGGCAGCTGGACCTGTGAGAAGTGTGGTAATATTAATTATCCTTTTCGAACCAAGTGCAACAAATCAAACTGTGGTGCAGAGAAGCCATCAGATAAAAAACCTTCTGCTAAAAATCAGTCAGACAAGGATCAGGTTTGTTGCACGTCATAACTCTTTGTTGACTGTTGTATTAA
TAGGAATAGATGTTCAAGTTATTTTAGATTTCTAATGACTACTGTAACTATTTGTTTATTGCTTTTGCTCCAACTTCCCTCTACACTTGTAATTGTTTGCGTATTTGTTGTTTTGAGTGATTTTGATTATAATACTATGTTATACAATCATCATTCTATTACTCTTAAAAACTATTTCATTGATTTCCCATTTTGTTACT
GTTCCAGTGAGTGATTTTTGCACTTTGGGTTCGGAGGTCCAGAGTTGTCGTCAGCATGCTCACTTATGGGTCTGAAGTCAGTTAAATGTCCTGTTGCTGCTGTTGTCGTCACGTCCATATTTTCTCACCTTAGTCAAGTTTTCTCAGCAGTCAATCAATTTCTGTGACTTTAGCAACTATGGAATGGATTCTGGTCCCCA
GAGGATCTTGGTACTGTCAGTTGTCCTACAGTTTGAGTTGTATTGTATCACCAGCTGCTTCTTTCAAGGTTGCTGGTTGTTATGCATGAATGTTTGACCTGGTATTCTTTAGAGGAGTTAAGATAGTTTCAAGGGATAGATACGTTGACCTAGTAGAGATGTTTTGATTTTTTAGCAAACAGAACTTATGGAACATGTTT
GAAGTTTACTTCTTTTCCAATACTGGCACGGTAGCAAATGGTATAATTGCAGAAGTTTTTATCCATTATCTTTCTAGGACCGTGAAGTAACTTCTATGTTTCTAGGATTGTGAGATGAGTTTCTATTTAGTGGTGTCATTTTGTTTTGTTTGAATGTTTCATTATAGAGAATCTGTTGTGAGTTTTGATCCTTGATGCAT
GATGCATCTTATGCTCAAGCATAACACATCTCTGGACAGAAGCAAGTAAAGTGTCTTGGTTCTAGTAATTTGAGTGATGTATGGTAGGTGCAATGTAGCTAGGTTGTTTAATTGGTTAAGGATGTTGAAGGATTTATTCCCTGATAATCTTAGTAATAGGATGAGCTGCTGCTGAGGTTGTCTACACTAAAGATCTGTCT
TCACCTTCCCCTACTTTTTGGTTCCCTGATTATTTTAGGGTGGTGATTCTAATTTAAGCTGTCATATCAGAATGTTTAAATTTGGCTGAAAAAATTGTCATTTGAACCTTTTGTATAAACTCTGTAATGGCTCTGAATTCTTACTGCAAGAATGATGTGAGCGATATTTTGCAGTAAAAGCTTCAGTTTTTGAGCCATTA
ATCTATACCGAAGGATTTTGTCTTGGTGCTAACCAGACTATCTATTTAATATGCATAATTTATGTCCCGACTTAAAGAATTTAGTCAGCTATACTGTACATGCTAGGGCT