sp|P45432|CSN1_ARATH ----> COP9 signalosome complex subunit 1

Intron 1 GCATGATTTT ... AGGAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.68	46	28	9
A2	29.79	33	17	11
A3	32.35	23	17	5
A4	35.71	27	25	5
A5	37.5	15	13	5
A6	34.61	274	195	95
A7	35.62	169	126	61
A8	37.32	215	188	68
A9	37.93	153	114	73
A10	34.41	102	67	40

>TRINITY_DN105476_c3_g3_i9 from sample A4 / Example spliced isoform

TTTCTACTCATGGCGAGGAAAGAAAATATAAGATCCGTTCGCTATAAATGGAAGTCGTAGGGTAGAGAGGGATGCTCGATTGATTTAACCAATTCTAATTATTTGCATGGTCGAAAGGGAAGGATTGACAGTGGAAGAGCGATCTCCGAATTAAACAGAGGCAAACAAAGGGAGAATTGAATTGGAATTGTAATTGGGCG
AAGAAGGATTGACAGTGGAAGAGCGATCTCCGAATTAAACAGAGGCAAACAAAGGGAGAATTGAATTGGAATTGTAATTGGGCGAAGATGGATTGGGAAGAAAGCACAGAGGGGAACTTTGTGGGTGAGGGGGAAAAGGTTAACAAGAAGAGTGTAATCAGCAGCGAGCAGATGGATGTGGAGGCTTATGGCTCTCTGTA
CAGCGGGAGGACGAAGCTGATGCGTTTAATCTACATCGCCGACAACTGCGGCAACGAGAGCATGAGGATGGAAGCTCTGCGGATGGCCTACGACGAGATTAAGAAGGGCGACAACACTCAACTCTTTAAAGAGGTCGCCCACAAGATTGGTGGGAAGTTGGGTTCTGATTACGCCCTCGATCAAGACTGGATTGATTCAG
TCGAACGCCGGGCCGAACAGCGCAAAGAGAAGCTCGAAAACGAACTCAATGGCTACAAGACAAATCTGATAAAGGAAAGTATTCGAATGGGATACAATGATTTGGGGGACTTCTACTATGCACATGGGTTGCTTGCAGATGCCTTCAAGAATTATGTCCGAACGCGGGACTACTGCACCACACCGAAGCACATTATCCAA
ATGTGTTTGAATGTGATTCTGGTCAGCATTGAGATGGGTCAATTTATGCACGTTTCCAGTTATGTGACCAAGGCCGAACAGACCCCTGATGTCCAGGAGCAAGTTGTTGTGGTTGCTAAGCTGAAATGTGCTGCAGGTCTGGCTCACCTCGAGAGCAAGAAATACAAGCTTGCTGCTCGCAAGTTTGTTGAGACAAACTT
TGAACTAGGGAACAACTATACAGATGTTATTGCTCCGCAGGATGTTGCAACTTATGGAGGACTGTGTGCACTTGCATCTTTTGATAGATCAGAACTTAAGAATAAAGTTATAGACAATATTAATTTTCGAAATTTCTTGGAACTAGTGCCCGAAGTAAGGGAACTTATTCATGACTTCTATGCAAGCCGATATGCTTCAT
GCATAGAGTATCTTCAGAATCTCAAGGCGAACCTACTGCTCGACATACATCTTCATGATCATGTGGAAACACTATATGATCAGATTCGGCATAAAGCCCTGATCCAGTATACAACTCCTTTCATATCTGTTGATCTTCACACAATGGCAAATGCATTCATGACAAATGTGTCTGGGCTTGAAAAGGAGCTTGAAGCTTTG
ATTATGGATAATCAAATTCAGGCACGCATTGATTCACATAACAAGATCTTATATGCTCGCCATGCTGATCAGCGTAATACAACATTTCAGCGTGTTCTCCAGACTGGGGTAGAATTCGATAGGGATGCGCGAGCAATGATGTTGCGGGCCAATATCATGAGGGCTTTTTCCACGGATGGTGACTTAGGAGCTTGTCCAGT
CCCGAGGTTTTGAAAGATGGGGCCTTCTGCCGGCCTGCTTTAGTTTTGAGTAGTTGTTTCTGTCGACGATTTCCTCAATTAAAGTTCATCTTGGTTAAAGACTAAGCAATGAGTGCTGACAATAAATGAGTTTATTCAAGGTGGATTATGAATTGATGCTTTGACGATGCCATTTCTTTCATTCTTTAATTAGAATTTCC
ATTTGGTTCTTAGACTGATCTATTTGGTTTGAGAGCCACTATAGACATATTTTCAAACGTGTTTTTCAACTCAAGCAACTCGTAACTGCATCTGGCCGTAATGAAAAATTTGCTTAACAACAAGCAAATCTCATGAATCAAATACAATTTGAAATTTGATCCATTCCCCATAAAGTGGGTAAGATGTGGACTCAATGTTC
GTCTTGTAGTGAGCTATTGAACTAAATGTAGATGGAATTGATCTGTGAATAAAGAATATGCAGG

>TRINITY_DN105476_c3_g3_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTTCTACTCATGGCGAGGAAAGAAAATATAAGATCCGTTCGCTATAAATGGAAGTCGTAGGGTAGAGAGGGATGCTCGATTGATTTAACCAATTCTAATTATTTGCATGGTCGAAAGGGAAGGATTGACAGTGGAAGAGCGATCTCCGAATTAAACAGAGGCAAACAAAGGGAGAATTGAATTGGAATTGTAATTGGGCG
AAGAAGGATTGACAGTGGAAGAGCGATCTCCGAATTAAACAGAGGCAAACAAAGGGAGAATTGAATTGGAATTGTAATTGGGCGAAGATGGATTGGGAAGAAAGCACAGAGGGGAACTTTGTGGGTGAGGGGGAAAAGGTTAACAAGAAGAGTGTAATCAGCAGCGAGCAGATGGATGTGGAGGCTTATGGCTCTCTGTA
CAGCGGGAGGACGAAGCTGATGCGTTTAATCTACATCGCCGACAACTGCGGCAACGAGAGCATGAGGATGGAAGCTCTGCGGATGGCCTACGACGAGATTAAGAAGGGCGACAACACTCAACTCTTTAAAGAGGTCGCCCACAAGATTGGTGGGAAGTTGGGTTCTGATTACGCCCTCGATCAAGACTGGATTGATTCAG
TCGAACGCCGGGCCGAACAGCGCAAAGAGAAGCTCGAAAACGAACTCAATGGCTACAAGACAAATCTGATAAAGGAAAGTATTCGAATGGGATACAATGATTTGGGGGACTTCTACTATGCACATGGGTTGCTTGCAGATGCCTTCAAGAATTATGTCCGAACGCGGGACTACTGCACCACACCGAAGCACATTATCCAA
ATGTGTTTGAATGTGATTCTGGTCAGCATTGAGATGGGTCAATTTATGCACGTTTCCAGTTATGTGACCAAGGCCGAACAGACCCCTGATGTCCAGGAGCAAGTTGTTGTGGTTGCTAAGCTGAAATGTGCTGCAGGTCTGGCTCACCTCGAGAGCAAGAAATACAAGCTTGCTGCTCGCAAGTTTGTTGAGACAAACTT
TGAACTAGGGAACAACTATACAGATGTTATTGCTCCGCAGGATGTTGCAACTTATGGAGGACTGTGTGCACTTGCATCTTTTGATAGATCAGAACTTAAGAATAAAGTTATAGACAATATTAATTTTCGAAATTTCTTGGAACTAGTGCCCGAAGTAAGGGAACTTATTCATGACTTCTATGCAAGCCGATATGCTTCAT
GCATAGAGTATCTTCAGAATCTCAAGGCGAACCTACTGCTCGACATACATCTTCATGATCATGTGGAAACACTATATGATCAGATTCGGCATAAAGCCCTGATCCAGTATACAACTCCTTTCATATCTGTTGATCTTCACACAATGGCAAATGCATTCATGACAAATGTGTCTGGGCTTGAAAAGGAGCTTGAAGCTTTG
ATTATGGATAATCAAATTCAGGCACGCATTGATTCACATAACAAGATCTTATATGCTCGCCATGCTGATCAGCGTAATACAACATTTCAGCGTGTTCTCCAGACTGGGGTAGAATTCGATAGGGATGCGCGAGCAATGATGTTGCGGGCCAATATCATGAGgcatgattttatctcaaaatcatccaagagggtgtgact
tggcatggttaatttttgcaaattaatattctgttgcatttgacgatctatacaagctttgggaattatgtaaatgttgcaggaattgttctaattttttagtctaagaaatctttgctggaaagcatgcttaatggtgatgaatatgttaacaatcaatggtttttctccaatacaccatttatatggaagcactattt
atagtgtttatagcttttaaagttttgaattaacaccatctatataacttttaatggatatagtatttgaataggctgcttttggtctggattcttgagttgaacaccctaagtgttttgatgacaattgaaggacatctaatgtagagagatttcttgaggaatgcagGGCTTTTTCCACGGATGGTGACTTAGGAGCT
TGTCCAGTCCCGAGGTTTTGAAAGATGGGGCCTTCTGCCGGCCTGCTTTAGTTTTGAGTAGTTGTTTCTGTCGACGATTTCCTCAAGTAAAGTTAAAGTTCATCTTGGTTAAAGACTAAGCAATGAGTGCTGACAATAAATGAGTTTATTCAAGGTGGATTATGAATTGATGCTTTGACGATGCCATTTCTTTCATTCTT
TAATTAGAATTTCCATTTGGTTCTTAGACTGATCTATTTGGTTTGAGAGCCACTATAGACATATTTTCAAACGTGTTTTTCAACTCAAGCAACTCGTAACTGCATCTGGCCGTAATGAAAAATTTGCTTAACAACAAGCAAATCTCATGAATCAAATACAATTTGAAATTTGATCCATTCCCCATAAAGTGGGTAAGATG
TGGACTCAATGTTCGTCTTGTAGTGAGCTATTGAACTAAATGTAGATGGAATTGATCTGTGAATAAAGAATATGCAGG

Intron 2 GTGCGGTTGT ... TGCTTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.46	66	13	2
A2	17.39	19	4	1
A3	16.67	30	6	6
A4	19.61	41	10	3
A5	4.55	21	1	0
A6	13.26	157	24	0
A7	8.46	119	11	2
A8	11.93	96	13	0
A9	12.4	106	15	0
A10	12.79	75	11	1

>TRINITY_DN103420_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

CGGCAGAGTTGGTACCGAGTTGGTACGTGGGCTAAAAGTAAAAAGTAACTCAAACTTCAAAGGGATTTGTTACTGGAAGTGTTATATTTTCTACTCATGGCGAGGAAAGAAAATATAAGATCCGTTCGCTATAAATGGAAGTCGTAGGGTAGAGAGGGATGCTCGATTGATTTAACCAATTCTAATTATTTGCATGGTCG
AAAGGGAAGGATTGACAGTGGAAGAGCGATCTCCGAATTAAACAGAGGCAAACAAAGGGAGAATTGAATTGGAATTGTAATTGGGCGAAGATGGATTGGGAAGAAAGCACAGAGGGGAACTTTGTGGGTGAGGGGGAAAAGGTTAACAAGAAGAGTGTAATCAGCAGCGAGCAGATGGATGTGGAGGCTTATGGCTCTCT
GTACAGCGGGAGGACGAAGCTGATGCGTTTAATCTACATCGCCGACAACTGCGGCAACGAGAGCATGAGGATGGAAGCTCTGCGGATGGCCTACGACGAGATTAAGAAGGGCGACAACACTCAACTCTTTAAAGAGGTCGCCCACAAGATTGGTGGGAAGTTGGGTTCTGATTACGCCCTCGATCAAGACTGGATTGATT
CAGTCGAACGCCGGGCCGAACAGCGCAAAGAGAAGCTCGAAAACGAACTCAATGGCTACAAGACAAATCTGATAAAGGAAAGTATTCGAATGGGATACAATGATTTGGGGGACTTCTACTATGCACATGGGTTGCTTGCAGATGCCTTCAAGAATTATGTCCGAACGCGGGACTACTGCACCACACCGAAGCACATTATC
CAAATGTGTTTGAATGTGATTCTGGTCAGCATTGAGATGGGTCAATTTATGCACGTTTCCAGTTATGTGACCAAGGCCGAACAGACCCCTGATGTCCAGGAGCAAGTTGTTGTGGTTGCTAAGCTGAAATGTGCTGCAGGTCTGGCTCACCTCGAGAGCAAGAAATACAAGCTTGCTGCTCGCAAGTTTGTTGAGACAAA
CTTTGAACTAGGGAACAACTATACAGATGTTATTGCTCCGCAGGATGTTGCAACTTATGGAGGACTGTGTGCACTTGCATCTTTTGATAGATCAGAACTTAAGAATAAAGTTATAGACAATATTAATTTTCGAAATTTCTTGGAACTAGTGCCCGAAGTAAGGGAACTTATTCATGACTTCTATGCAAGCCGATATGCTT
CATGCATAGAGTATCTTCAGAATCTCAAGGCGAACCTACTGCTCGACATACATCTTCATGATCATGTGGAAACACTATATGATCAGATTCGGCATAAAGCCCTGATCCAGTATACAACTCCTTTCATATCTGTTGATCTTCACACAATGGCAAATGCATTCATGACAAATGTGTCTGGGCTTGAAAAGGAGCTTGAAGCT
TTGATTATGGATAATCAAATTCAGGCACGCATTGATTCACATAACAAGATCTTATATGCTCGCCATGCTGATCAGCGTAATACAACATTTCAGCGTGTTCTCCAGACTGGGGTAGAATTCGATAGGGATGCGCGAGCAATGATGTTGCGGGCCAATATCATGAGGGCTTTTTCCACGGATGGTGACTTAGGAGCTTGTCC
AGTCCCGAGGTTTTGAAAGATGGGGCCTTCTGCCGGCCTGCTTTAGTTTTGAGTAGTTGTTTCTGTCGACGATTTCCTCAAGTAAAGGTTGTTCACAGTCGTACTCATGAATGTTTCCAATAGGGACTTCAATTAATCTTTTCAATGAACTGGTGCAGCCATGTTTCAGTTGATATCAGTCTTGTCTTGTATTTACTATT
GAGTAATTTTGGAAATTTTATTTTTCAGTTAAAGTTCATCTTGGTTAAAGACTAAGCAATGAGTGCTGACAATAAATGAGTTTATTCAAGGTGGATTATGAATTGATGCTTTGACGATGCCATTTCTTTCATTCTTTAATTAGAATTTCCATTTGGTTCTTAGACTGATCTATTTGGTTTGAGAGCCACTATAGACATAT
TTTCAAACGTGTTTTTCAACTCAAGCAACTCGTAACTGCATCTGGCCGTAATGAAAAATTTGCTTAACAACAAGCAAATCTCATGAATCAAATACAATTTGAAATTTGATCCATTCCCCG

>TRINITY_DN103420_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CGGCAGAGTTGGTACCGAGTTGGTACGTGGGCTAAAAGTAAAAAGTAACTCAAACTTCAAAGGGATTTGTTACTGGAAGTGTTATATTTTCTACTCATGGCGAGGAAAGAAAATATAAGATCCGTTCGCTATAAATGGAAGTCGTAGGGTAGAGAGGGATGCTCGATTGATTTAACCAATTCTAATTATTTGCATGGTCG
AAAGGGAAGGATTGACAGTGGAAGAGCGATCTCCGAATTAAACAGAGGCAAACAAAGGGAGAATTGAATTGGAATTGTAATTGGGCGAAGATGGATTGGGAAGAAAGCACAGAGGGGAACTTTGTGGGTGAGGGGGAAAAGGTTAACAAGAAGAGTGTAATCAGCAGCGAGCAGATGGATGTGGAGGCTTATGGCTCTCT
GTACAGCGGGAGGACGAAGCTGATGCGTTTAATCTACATCGCCGACAACTGCGGCAACGAGAGCATGAGGATGGAAGCTCTGCGGATGGCCTACGACGAGATTAAGAAGGGCGACAACACTCAACTCTTTAAAGAGGTCGCCCACAAGATTGGTGGGAAGTTGGGTTCTGATTACGCCCTCGATCAAGACTGGATTGATT
CAGTCGAACGCCGGGCCGAACAGCGCAAAGAGAAGCTCGAAAACGAACTCAATGGCTACAAGACAAATCTGATAAAGGAAAGTATTCGAATGGGATACAATGATTTGGGGGACTTCTACTATGCACATGGGTTGCTTGCAGATGCCTTCAAGAATTATGTCCGAACGCGGGACTACTGCACCACACCGAAGCACATTATC
CAAATGTGTTTGAATGTGATTCTGGTCAGCATTGAGATGGGTCAATTTATGCACGTTTCCAGTTATGTGACCAAGGCCGAACAGACCCCTGATGTCCAGGAGCAAGTTGTTGTGGTTGCTAAGCTGAAATGTGCTGCAGGTCTGGCTCACCTCGAGAGCAAGAAATACAAGCTTGCTGCTCGCAAGTTTGTTGAGACAAA
CTTTGAACTAGGGAACAACTATACAGATGTTATTGCTCCGCAGGATGTTGCAACTTATGGAGGACTGTGTGCACTTGCATCTTTTGATAGATCAGAACTTAAGgtgcggttgtttctaatttgtagtgattctggggagtttttctgtttgaaagattgatttaactccttgtttatgctaacaccgtttgcttttcctg
tgttttggcattatttgcttaccagAATAAAGTTATAGACAATATTAATTTTCGAAATTTCTTGGAACTAGTGCCCGAAGTAAGGGAACTTATTCATGACTTCTATGCAAGGTATGGGCTTCTTAATGAAAGTTTGTTTGCTGTTATTTGCCATTTTACGATGTCAACCTTGCTTTTGATAATTTTCAATTTTGTAATTT
TCAAGTAATTTTTTTTGTCCACAGTGGTAAAATACTTCCAATAAAAAAAAATATTACGTTCTATAAGTTTGTTGCCCCCATAAAAATATATGCCATATTAGCACACTCCCAAGTCAAATCATTGACTAGAAGAAGTCAATATGCCATATTAATACTCCCAAGTCAAATCATTGACTAGAAGAAGTCAATATGCCATATTA
ATACTCCCAAGTCAAATCATTGACT

Intron 3 GTTGTTCACA ... TATTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.88	7.4	48	20
A2	79.55	5.7	28	14
A3	84.52	3.5	26	11
A4	59.08	6.4	10	6.6
A5	72.73	4.9	19	5
A6	82.54	77.5	462	248.5
A7	80.11	40	193	116.2
A8	86.26	38.1	301	162.3
A9	78.19	50.8	239	111.2
A10	73.72	31.6	115	53.3

>TRINITY_DN105526_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CTGGATTCTTGAGTTGAACACCCTAAGTGTTTTGATGACAATTGAAGGACATCTAATGTAGAGAGATTTCTTGAGGAATGCAGGGCTTTTTCCACGGATGGTGACTTAGGAGCTTGTCCAGTCCCGAGGTTTTGAAAGATGGGGCCTTCTGCCGGCCTGCTTTAGTTTTGAGTAGTTGTTTCTGTCGACGATTTCCTCAA

GTAAAGTTAAAGTTCATCTTGGTTAAAGACTAAGCAATGAGTGCTGACAATAAATGAGTTTATTCAAGGTGGATTATGAATTGATGCTTTGACGATGC

>TRINITY_DN105526_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGGCAGAGTTGGTACCGAGTTGGTACGTGGGCTAAAAGTAAAAAGTAACTCAAACTTCAAAGGGATTTGTTACTGGAAGTGTTATATTTTCTACTCATGGCGAGGAAAGAAAATATAAGATCCGTTCGCTATAAATGGAAGTCGTAGGGTAGAGAGGGATGCTCGATTGATTTAACCAATTCTAATTATTTGCATGGTCG
AAAGGGAAGGATTGACAGTGGAAGAGCGATCTCCGAATTAAACAGAGGCAAACAAAGGGAGAATTGAATTGGAATTGTAATTGGGCGAAGATGGATTGGGAAGAAAGCACAGAGGGGAACTTTGTGGGTGAGGGGGAAAAGGTTAACAAGAAGAGTGTAATCAGCAGCGAGCAGATGGATGTGGAGGCTTATGGCTCTCT
GTACAGCGGGAGGACGAAGCTGATGCGTTTAATCTACATCGCCGACAACTGCGGCAACGAGAGCATGAGGATGGAAGCTCTGCGGATGGCCTACGACGAGATTAAGAAGGGCGACAACACTCAACTCTTTAAAGAGGTCGCCCACAAGATTGGTGGGAAGTTGGGTTCTGATTACGCCCTCGATCAAGACTGGATTGATT
CAGTCGAACGCCGGGCCGAACAGCGCAAAGAGAAGCTCGAAAACGAACTCAATGGCTACAAGACAAATCTGATAAAGGAAAGTATTCGAATGGGATACAATGATTTGGGGGACTTCTACTATGCACATGGGTTGCTTGCAGATGCCTTCAAGAATTATGTCCGAACGCGGGACTACTGCACCACACCGAAGCACATTATC
CAAATGTGTTTGAATGTGATTCTGGTCAGCATTGAGATGGGTCAATTTATGCACGTTTCCAGTTATGTGACCAAGGCCGAACAGACCCCTGATGTCCAGGAGCAAGTTGTTGTGGTTGCTAAGCTGAAATGTGCTGCAGGTCTGGCTCACCTCGAGAGCAAGAAATACAAGCTTGCTGCTCGCAAGTTTGTTGAGACAAA
CTTTGAACTAGGGAACAACTATACAGATGTTATTGCTCCGCAGGATGTTGCAACTTATGGAGGACTGTGTGCACTTGCATCTTTTGATAGATCAGAACTTAAGAATAAAGTTATAGACAATATTAATTTTCGAAATTTCTTGGAACTAGTGCCCGAAGTAAGGGAACTTATTCATGACTTCTATGCAAGCCGATATGCTT
CATGCATAGAGTATCTTCAGAATCTCAAGGCGAACCTACTGCTCGACATACATCTTCATGATCATGTGGAAACACTATATGATCAGATTCGGCATAAAGCCCTGATCCAGTATACAACTCCTTTCATATCTGTTGATCTTCACACAATGGCAAATGCATTCATGACAAATGTGTCTGGGCTTGAAAAGGAGCTTGAAGCT
TTGATTATGGATAATCAAATTCAGGCACGCATTGATTCACATAACAAGATCTTATATGCTCGCCATGCTGATCAGCGTAATACAACATTTCAGCGTGTTCTCCAGACTGGGGTAGAATTCGATAGGGATGCGCGAGCAATGATGTTGCGGGCCAATATCATGAGGGCTTTTTCCACGGATGGTGACTTAGGAGCTTGTCC
AGTCCCGAGGTTTTGAAAGATGGGGCCTTCTGCCGGCCTGCTTTAGTTTTGAGTAGTTGTTTCTGTCGACGATTTCCTCAAGTAAAGgttgttcacagtcgtactcatgaatgtttccaatagggacttcaattaatcttttcaatgaactggtgcagccatgtttcagttgatatcagtcttgtcttgtatttactatt
gagtaattttggaaattttatttttcagTTAAAGTTCATCTTGGTTAAAGACTAAGCAATGAGTGCTGACAATAAATGAGTTTATTCAAGGTGGATTATGAATTGATGCTTTGACGATGC

Intron 4 GTAAAGGTTG ... TATTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.82	9	47	20
A2	70.97	9	30	14
A3	82.22	4	26	11
A4	50	8	9	7
A5	60	8	19	5
A6	79.17	93	456	251
A7	75.48	51	196	118
A8	83.24	46	294	163
A9	74.63	60	240	113
A10	68.38	40	119	54

>TRINITY_DN105476_c3_g3_i9 from sample A4 / Example spliced isoform

TTTCTACTCATGGCGAGGAAAGAAAATATAAGATCCGTTCGCTATAAATGGAAGTCGTAGGGTAGAGAGGGATGCTCGATTGATTTAACCAATTCTAATTATTTGCATGGTCGAAAGGGAAGGATTGACAGTGGAAGAGCGATCTCCGAATTAAACAGAGGCAAACAAAGGGAGAATTGAATTGGAATTGTAATTGGGCG
AAGAAGGATTGACAGTGGAAGAGCGATCTCCGAATTAAACAGAGGCAAACAAAGGGAGAATTGAATTGGAATTGTAATTGGGCGAAGATGGATTGGGAAGAAAGCACAGAGGGGAACTTTGTGGGTGAGGGGGAAAAGGTTAACAAGAAGAGTGTAATCAGCAGCGAGCAGATGGATGTGGAGGCTTATGGCTCTCTGTA
CAGCGGGAGGACGAAGCTGATGCGTTTAATCTACATCGCCGACAACTGCGGCAACGAGAGCATGAGGATGGAAGCTCTGCGGATGGCCTACGACGAGATTAAGAAGGGCGACAACACTCAACTCTTTAAAGAGGTCGCCCACAAGATTGGTGGGAAGTTGGGTTCTGATTACGCCCTCGATCAAGACTGGATTGATTCAG
TCGAACGCCGGGCCGAACAGCGCAAAGAGAAGCTCGAAAACGAACTCAATGGCTACAAGACAAATCTGATAAAGGAAAGTATTCGAATGGGATACAATGATTTGGGGGACTTCTACTATGCACATGGGTTGCTTGCAGATGCCTTCAAGAATTATGTCCGAACGCGGGACTACTGCACCACACCGAAGCACATTATCCAA
ATGTGTTTGAATGTGATTCTGGTCAGCATTGAGATGGGTCAATTTATGCACGTTTCCAGTTATGTGACCAAGGCCGAACAGACCCCTGATGTCCAGGAGCAAGTTGTTGTGGTTGCTAAGCTGAAATGTGCTGCAGGTCTGGCTCACCTCGAGAGCAAGAAATACAAGCTTGCTGCTCGCAAGTTTGTTGAGACAAACTT
TGAACTAGGGAACAACTATACAGATGTTATTGCTCCGCAGGATGTTGCAACTTATGGAGGACTGTGTGCACTTGCATCTTTTGATAGATCAGAACTTAAGAATAAAGTTATAGACAATATTAATTTTCGAAATTTCTTGGAACTAGTGCCCGAAGTAAGGGAACTTATTCATGACTTCTATGCAAGCCGATATGCTTCAT
GCATAGAGTATCTTCAGAATCTCAAGGCGAACCTACTGCTCGACATACATCTTCATGATCATGTGGAAACACTATATGATCAGATTCGGCATAAAGCCCTGATCCAGTATACAACTCCTTTCATATCTGTTGATCTTCACACAATGGCAAATGCATTCATGACAAATGTGTCTGGGCTTGAAAAGGAGCTTGAAGCTTTG
ATTATGGATAATCAAATTCAGGCACGCATTGATTCACATAACAAGATCTTATATGCTCGCCATGCTGATCAGCGTAATACAACATTTCAGCGTGTTCTCCAGACTGGGGTAGAATTCGATAGGGATGCGCGAGCAATGATGTTGCGGGCCAATATCATGAGGGCTTTTTCCACGGATGGTGACTTAGGAGCTTGTCCAGT
CCCGAGGTTTTGAAAGATGGGGCCTTCTGCCGGCCTGCTTTAGTTTTGAGTAGTTGTTTCTGTCGACGATTTCCTCAATTAAAGTTCATCTTGGTTAAAGACTAAGCAATGAGTGCTGACAATAAATGAGTTTATTCAAGGTGGATTATGAATTGATGCTTTGACGATGCCATTTCTTTCATTCTTTAATTAGAATTTCC
ATTTGGTTCTTAGACTGATCTATTTGGTTTGAGAGCCACTATAGACATATTTTCAAACGTGTTTTTCAACTCAAGCAACTCGTAACTGCATCTGGCCGTAATGAAAAATTTGCTTAACAACAAGCAAATCTCATGAATCAAATACAATTTGAAATTTGATCCATTCCCCATAAAGTGGGTAAGATGTGGACTCAATGTTC
GTCTTGTAGTGAGCTATTGAACTAAATGTAGATGGAATTGATCTGTGAATAAAGAATATGCAGG

>TRINITY_DN105476_c3_g3_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTTCTACTCATGGCGAGGAAAGAAAATATAAGATCCGTTCGCTATAAATGGAAGTCGTAGGGTAGAGAGGGATGCTCGATTGATTTAACCAATTCTAATTATTTGCATGGTCGAAAGGGAAGGATTGACAGTGGAAGAGCGATCTCCGAATTAAACAGAGGCAAACAAAGGGAGAATTGAATTGGAATTGTAATTGGGCG
AAGAAGGATTGACAGTGGAAGAGCGATCTCCGAATTAAACAGAGGCAAACAAAGGGAGAATTGAATTGGAATTGTAATTGGGCGAAGATGGATTGGGAAGAAAGCACAGAGGGGAACTTTGTGGGTGAGGGGGAAAAGGTTAACAAGAAGAGTGTAATCAGCAGCGAGCAGATGGATGTGGAGGCTTATGGCTCTCTGTA
CAGCGGGAGGACGAAGCTGATGCGTTTAATCTACATCGCCGACAACTGCGGCAACGAGAGCATGAGGATGGAAGCTCTGCGGATGGCCTACGACGAGATTAAGAAGGGCGACAACACTCAACTCTTTAAAGAGGTCGCCCACAAGATTGGTGGGAAGTTGGGTTCTGATTACGCCCTCGATCAAGACTGGATTGATTCAG
TCGAACGCCGGGCCGAACAGCGCAAAGAGAAGCTCGAAAACGAACTCAATGGCTACAAGACAAATCTGATAAAGGAAAGTATTCGAATGGGATACAATGATTTGGGGGACTTCTACTATGCACATGGGTTGCTTGCAGATGCCTTCAAGAATTATGTCCGAACGCGGGACTACTGCACCACACCGAAGCACATTATCCAA
ATGTGTTTGAATGTGATTCTGGTCAGCATTGAGATGGGTCAATTTATGCACGTTTCCAGTTATGTGACCAAGGCCGAACAGACCCCTGATGTCCAGGAGCAAGTTGTTGTGGTTGCTAAGCTGAAATGTGCTGCAGGTCTGGCTCACCTCGAGAGCAAGAAATACAAGCTTGCTGCTCGCAAGTTTGTTGAGACAAACTT
TGAACTAGGGAACAACTATACAGATGTTATTGCTCCGCAGGATGTTGCAACTTATGGAGGACTGTGTGCACTTGCATCTTTTGATAGATCAGAACTTAAGAATAAAGTTATAGACAATATTAATTTTCGAAATTTCTTGGAACTAGTGCCCGAAGTAAGGGAACTTATTCATGACTTCTATGCAAGCCGATATGCTTCAT
GCATAGAGTATCTTCAGAATCTCAAGGCGAACCTACTGCTCGACATACATCTTCATGATCATGTGGAAACACTATATGATCAGATTCGGCATAAAGCCCTGATCCAGTATACAACTCCTTTCATATCTGTTGATCTTCACACAATGGCAAATGCATTCATGACAAATGTGTCTGGGCTTGAAAAGGAGCTTGAAGCTTTG
ATTATGGATAATCAAATTCAGGCACGCATTGATTCACATAACAAGATCTTATATGCTCGCCATGCTGATCAGCGTAATACAACATTTCAGCGTGTTCTCCAGACTGGGGTAGAATTCGATAGGGATGCGCGAGCAATGATGTTGCGGGCCAATATCATGAGGGCTTTTTCCACGGATGGTGACTTAGGAGCTTGTCCAGT
CCCGAGGTTTTGAAAGATGGGGCCTTCTGCCGGCCTGCTTTAGTTTTGAGTAGTTGTTTCTGTCGACGATTTCCTCAAgtaaaggttgttcacagtcgtactcatgaatgtttccaatagggacttcaattaatcttttcaatgaactggtgcagccatgtttcagttgatatcagtcttgtcttgtatttactattgag
taattttggaaattttatttttcagTTAAAGTTCATCTTGGTTAAAGACTAAGCAATGAGTGCTGACAATAAATGAGTTTATTCAAGGTGGATTATGAATTGATGCTTTGACGATGCCATTTCTTTCATTCTTTAATTAGAATTTCCATTTGGTTCTTAGACTGATCTATTTGGTTTGAGAGCCACTATAGACATATTTT
CAAACGTGTTTTTCAACTCAAGCAACTCGTAACTGCATCTGGCCGTAATGAAAAATTTGCTTAACAACAAGCAAATCTCATGAATCAAATACAATTTGAAATTTGATCCATTCCCCATAAAGTGGGTAAGATGTGGACTCAATGTTCGTCTTGTAGTGAGCTATTGAACTAAATGTAGATGGAATTGATCTGTGAATAAA
GAATATGCAGG