sp|Q940T5|RDUF2_ARATH ----> E3 ubiquitin-protein ligase RDUF2

Intron 1 GTAAGTATTA ... GATACTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	2.5	0
A2	100	0	1	4
A3	50	2	1	2
A4	-1	0	2	0
A5	60	2	0	3
A6	56.13	21.5	6	27.5
A7	50.59	42	24	43
A8	54.5	35.5	6.5	42.5
A9	52.92	77.5	28	87
A10	56.4	54.5	30.5	70.5

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTGTCACTATCACTATCGATTTGTTGTTTTTTAGTTCTGGGTTTGCACTAGTGTTTTATTTCTCTGGATCTGGGAGCGAGGCTTTTTTACACTTGTCCGGTTCGCATTTTTTCTGGTCACTATTAATTTGTTGGGTTTTACCTGTGTACTGGGTCTTCATTAGTATTTTCTTTTTCAAGATCCGGGAGTGAGCTTTCTT
TTACATTTGTCCGGATTTGAGATAGCTATTCATTTTTGAACAGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAAT
GTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGG
AAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATT
TGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTA
AGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGCTTTCTTTTACATTTGTCCGgtaagtattattttgcttttttatttttttagatctgcattcagaattatttggggatctcaccttgcttagacagcatcaacccttagcatggttggatttttagtttcaactggatttgaacccgctatctttctgtataggactgtttaagagttggatttgggtttcgaatccg
caaccttgcttaggaatgtcttaaccatcaccaaccactactgttctgaccgatacagttttgttctttctttgtctacatctggcactgaatttattttactcttgttttggtttgcagtttgattctttattttattctggtttgcagtttgcagtttgattctttattttattctggttttgattactactaatttg
ttgttttttcactcctgttctgggttttcactactggtagatctggcagttagcttttttaactctcttcccgtaagtattagtttggatctttttctcttagatctgcagtttggttctttaaatattccgtttggttttatatttctctacatctgctggaccattggtcaaactgtaacgtcttttcaatagatgaa
tggagttcgacatttttcatggtcactattaatttgttgagttttactattgttctcgtttaaactactcgtagaactgggagtgactttttttactcctgtccggcaagtattagtttggttctttatttctttagacctgcagcttggttctttatttctctacgtcagcgagagagtttagtttgctcttgttttgg
gtttgcactttggtcctttattctagtactcttgttttgggtttacagtgaatttgctggtgattttagtttactcttgttttgggttttcgctattcgtttgcagcttttcatatatctagatctacaagttctttaagtctgcagttttcgtatctatgcacatttgtgtatcatgaccagaataactaagtcaaata
tagtgggtgataagtgatactacagGATTTGAGATAGCTATTCATTTTTGAACAGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACG
TACAGCCAGAATGTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGC
TGCCGCAGATGGAAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATC
TATCACCAGATTTGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCT
GGCCTGTTATTAAGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

Intron 2 GTTCGCATTT ... TCTTCATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	2
A2	-1	0	0	0
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	11.11	8	1	1
A7	15	34	3	9
A8	36.59	13	5	10
A9	14.29	36	2	10
A10	49.15	15	11	18

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i8 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTGTCACTATCACTATCGATTTGTTGTTTTTTAGTTCTGGGTTTGCACTAGTGTTTTATTTCTCTGGATCTGGGAGCGAGGCTTTTTTACACTTGTCCGTATTTTCTTTTTCAAGATCCGGGAGTGAGCTTTCTTTTACATTTGTCCGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAG
GAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAATGTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTT
AACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGGAAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAA
ACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATTTGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTC
TGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTAAGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGG
CATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTGTCACTATCACTATCGATTTGTTGTTTTTTAGTTCTGGGTTTGCACTAGTGTTTTATTTCTCTGGATCTGGGAGCGAGGCTTTTTTACACTTGTCCGgttcgcattttttctggtcactattaatttgttgggttttacctgtgtactgggtcttcattagTATTTTCTTTTTCAAGATCCGGGAGTGAGCTTTCTT
TTACATTTGTCCGGATTTGAGATAGCTATTCATTTTTGAACAGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAAT
GTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGG
AAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATT
TGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTA
AGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

Intron 3 GTAAGTATTA ... TTTTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.38	3.5	2.3	5
A2	95.83	0.3	0.5	5
A3	58.44	4	1	5
A4	75	2	2	5
A5	80	1	0	4
A6	51.81	53	4.5	56.8
A7	46.7	82.5	20.5	72.3
A8	51.6	75.3	5.3	80
A9	50.75	129.5	24	133.3
A10	52.56	89	26.3	98.3

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

CCTTTGTCAAACTCTAAAATCTTTTGAATAGATGAACAGGTTCGCATTTTTTCTGGTCACTATTAATTTGTTGGGTTTTACCTGTGTACTGGGTCTTCATTAGTTTTTAATTTTTCAAGATCCGGGAGTGAGCTTTCTTTTACATTTGTCCGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAG
CAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAATGTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTA
CTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGGAAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGA
GAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATTTGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATA
CTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTAAGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTT
GGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGCTTTCTTTTACATTTGTCCGgtaagtattattttgcttttttatttttttagatctgcattcagaattatttggggatctcaccttgcttagacagcatcaacccttagcatggttggatttttagtttcaactggatttgaacccgctatctttctgtataggactgtttaagagttggatttgggtttcgaatccg
caaccttgcttaggaatgtcttaaccatcaccaaccactactgttctgaccgatacagttttgttctttctttgtctacatctggcactgaatttattttactcttgttttggtttgcagtttgattctttattttattctggtttgcagtttgcagtttgattctttattttattctggttttgattactactaatttg
ttgttctgggttttcactactggtagatctggcagttagcttttttaactctcttcccgtaagtattagtttggatctttttctcttagatctgcagtttggttctttaaatattccgtttggttttatatttctctacatctgctggaccattggtcaaactgtaacgtcttttcaatagatgaatggagttcgacatt
tttcatggtcactattaatttgttgagttttactattgttctcgtttaaactactcgtagaactgggagtgactttttttactcctgtccggcaagtattagtttggttctttatttctttagacctgcagcttggttctttatttctctacgtcagcgagagagtttagtttgctcttgttttgggtttgcactttggt
cctttattctagtactcttgttttgggtttacagtgaatttgctggtgattttagtttactcttgttttgggttttcgctattcgtttgcagcttttcatatatctagatctacaagttctttaagtctgcagttttcgtatctatgcacatttgtgtatcatgaccagaataactaagtcaaatatagtgggtgataag
tgatactacaggatttgagatagctattcatttttgaacagTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAATGT
CAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGGAA
GCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATTTG
TATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTAAG
ATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

Intron 4 GTAAGTATTA ... GATACTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	2	0
A2	100	0	0	4
A3	50	2	1	2
A4	-1	0	2	0
A5	60	2	0	3
A6	56	22	3	28
A7	50.57	43	17	44
A8	55.84	34	4	43
A9	54.09	73	20	86
A10	55.2	56	22	69

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTGTCACTATCACTATCGATTTGTTGTTTTTTAGTTCTGGGTTTGCACTAGTGTTTTATTTCTCTGGATCTGGGAGCGAGGCTTTTTTACACTTGTCCGGTTCGCATTTTTTCTGGTCACTATTAATTTGTTGGGTTTTACCTGTGTACTGGGTCTTCATTAGTATTTTCTTTTTCAAGATCCGGGAGTGAGCTTTCTT
TTACATTTGTCCGGATTTGAGATAGCTATTCATTTTTGAACAGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAAT
GTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGG
AAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATT
TGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTA
AGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGCTTTCTTTTACATTTGTCCGgtaagtattattttgcttttttatttttttagatctgcattcagaattatttggggatctcaccttgcttagacagcatcaacccttagcatggttggatttttagtttcaactggatttgaacccgctatctttctgtataggactgtttaagagttggatttgggtttcgaatccg
caaccttgcttaggaatgtcttaaccatcaccaaccactactgttctgaccgatacagttttgttctttctttgtctacatctggcactgaatttattttactcttgttttggtttgcagtttgattctttattttattctggtttgcagtttgcagtttgattctttattttattctggttttgattactactaatttg
ttgttctgggttttcactactggtagatctggcagttagcttttttaactctcttcccgtaagtattagtttggatctttttctcttagatctgcagtttggttctttaaatattccgtttggttttatatttctctacatctgctggaccattggtcaaactgtaacgtcttttcaatagatgaatggagttcgacatt
tttcatggtcactattaatttgttgagttttactattgttctcgtttaaactactcgtagaactgggagtgactttttttactcctgtccggcaagtattagtttggttctttatttctttagacctgcagcttggttctttatttctctacgtcagcgagagagtttagtttactcttgttttgggtttgcagtttggt
cctttattctattcttgctttgggtttgcactttggtcctttattctagtactcttgttttgggtttacagtgaatttgctggtgattttagtttactcttgttttgggttttcgctattcgtttgcagcttttcatatatctagatctacaagttctttaagtctgcagttttcgtatctatgcacatttgtgtatcat
gaccagaataactaagtcaaatatagtgggtgataagtgatactacagGATTTGAGATAGCTATTCATTTTTGAACAGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCC
TCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAATGTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGC
AGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGGAAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCAC
TGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATTTGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATT
TGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTAAGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATG
TCTTCGA

Intron 5 GTAAGTATTA ... TTTTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.5	3	2	5
A2	100	0	0	5
A3	54.11	4.7	1	5
A4	83.33	1	2	5
A5	80	1	0	4
A6	52.55	50.7	3	56
A7	47.41	81	17	73
A8	52.24	73.3	4	80
A9	50.94	127.3	20	132
A10	53	86.3	22	97

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

CCTTTGTCAAACTCTAAAATCTTTTGAATAGATGAACAGGTTCGCATTTTTTCTGGTCACTATTAATTTGTTGGGTTTTACCTGTGTACTGGGTCTTCATTAGTTTTTAATTTTTCAAGATCCGGGAGTGAGCTTTCTTTTACATTTGTCCGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAG
CAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAATGTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTA
CTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGGAAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGA
GAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATTTGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATA
CTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTAAGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTT
GGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGCTTTCTTTTACATTTGTCCGgtaagtattattttgcttttttatttttttagatctgcattcagaattatttggggatctcaccttgcttagacagcatcaacccttagcatggttggatttttagtttcaactggatttgaacccgctatctttctgtataggactgtttaagagttggatttgggtttcgaatccg
caaccttgcttaggaatgtcttaaccatcaccaaccactactgttctgaccgatacagttttgttctttctttgtctacatctggcactgaatttattttactcttgttttggtttgcagtttgattctttattttattctggtttgcagtttgcagtttgattctttattttattctggttttgattactactaatttg
ttgttctgggttttcactactggtagatctggcagttagcttttttaactctcttcccgtaagtattagtttggatctttttctcttagatctgcagtttggttctttaaatattccgtttggttttatatttctctacatctgctggaccattggtcaaactgtaacgtcttttcaatagatgaatggagttcgacatt
tttcatggtcactattaatttgttgagttttactattgttctcgtttaaactactcgtagaactgggagtgactttttttactcctgtccggcaagtattagtttggttctttatttctttagacctgcagcttggttctttatttctctacgtcagcgagagagtttagtttactcttgttttgggtttgcagtttggt
cctttattctattcttgctttgggtttgcactttggtcctttattctagtactcttgttttgggtttacagtgaatttgctggtgattttagtttactcttgttttgggttttcgctattcgtttgcagcttttcatatatctagatctacaagttctttaagtctgcagttttcgtatctatgcacatttgtgtatcat
gaccagaataactaagtcaaatatagtgggtgataagtgatactacaggatttgagatagctattcatttttgaacagTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCC
TCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAATGTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGC
AGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGGAAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCAC
TGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATTTGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATT
TGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTAAGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATG
TCTTCGA

Intron 6 GTAAGTATTA ... TTTTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.38	3.5	2.3	5
A2	95.83	0.3	0.5	5
A3	58.44	4	1	5
A4	75	2	2	5
A5	80	1	0	4
A6	51.81	53	4.5	56.8
A7	46.7	82.5	20.5	72.3
A8	51.6	75.3	5.3	80
A9	50.75	129.5	24	133.3
A10	52.56	89	26.3	98.3

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

CCTTTGTCAAACTCTAAAATCTTTTGAATAGATGAACAGGTTCGCATTTTTTCTGGTCACTATTAATTTGTTGGGTTTTACCTGTGTACTGGGTCTTCATTAGTTTTTAATTTTTCAAGATCCGGGAGTGAGCTTTCTTTTACATTTGTCCGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAG
CAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAATGTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTA
CTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGGAAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGA
GAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATTTGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATA
CTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTAAGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTT
GGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGCTTTCTTTTACATTTGTCCGgtaagtattattttgcttttttatttttttagatctgcattcagaattatttggggatctcaccttgcttagacagcatcaacccttagcatggttggatttttagtttcaactggatttgaacccgctatctttctgtataggactgtttaagagttggatttgggtttcgaatccg
caaccttgcttaggaatgtcttaaccatcaccaaccactactgttctgaccgatacagttttgttctttctttgtctacatctggcactgaatttattttactcttgttttggtttgcagtttgattctttattttattctggtttgcagtttgcagtttgattctttattttattctggttttgattactactaatttg
ttgttttttcactcctgttctgggttttcactactggtagatctggcagttagcttttttaactctcttcccgtaagtattagtttggatctttttctcttagatctgcagtttggttctttaaatattccgtttggttttatatttctctacatctgctggaccattggtcaaactgtaacgtcttttcaatagatgaa
tggagttcgacatttttcatggtcactattaatttgttgagttttactattgttctcgtttaaactactcgtagaactgggagtgactttttttactcctgtccggcaagtattagtttggttctttatttctttagacctgcagcttggttctttatttctctacgtcagcgagagagtttagtttactcttgttttgg
gtttgcagtttggtcctttattctattcttgctttgggtttgcactttggtcctttattctagtactcttgttttgggtttacagtgaatttgctggtgattttagtttactcttgttttgggttttcgctattcgtttgcagcttttcatatatctagatctacaagttctttaagtctgcagttttcgtatctatgca
catttgtgtatcatgaccagaataactaagtcaaatatagtgggtgataagtgatactacaggatttgagatagctattcatttttgaacagTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAA
GGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAATGTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAAC
CATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGGAAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGT
GGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATTTGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTA
TATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTAAGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATG
GCTGGATTCTTATGTCTTCGA

Intron 7 GTAAGTATTA ... GATACTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	2.5	0
A2	100	0	1	4
A3	50	2	1	2
A4	-1	0	2	0
A5	60	2	0	3
A6	56.13	21.5	6	27.5
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A8	54.5	35.5	6.5	42.5
A9	52.92	77.5	28	87
A10	56.4	54.5	30.5	70.5

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTGTCACTATCACTATCGATTTGTTGTTTTTTAGTTCTGGGTTTGCACTAGTGTTTTATTTCTCTGGATCTGGGAGCGAGGCTTTTTTACACTTGTCCGGTTCGCATTTTTTCTGGTCACTATTAATTTGTTGGGTTTTACCTGTGTACTGGGTCTTCATTAGTATTTTCTTTTTCAAGATCCGGGAGTGAGCTTTCTT
TTACATTTGTCCGGATTTGAGATAGCTATTCATTTTTGAACAGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAAT
GTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGG
AAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATT
TGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTA
AGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGCTTTCTTTTACATTTGTCCGgtaagtattattttgcttttttatttttttagatctgcattcagaattatttggggatctcaccttgcttagacagcatcaacccttagcatggttggatttttagtttcaactggatttgaacccgctatctttctgtataggactgtttaagagttggatttgggtttcgaatccg
caaccttgcttaggaatgtcttaaccatcaccaaccactactgttctgaccgatacagttttgttctttctttgtctacatctggcactgaatttattttactcttgttttggtttgcagtttgattctttattttattctggtttgcagtttgcagtttgattctttattttattctggttttgattactactaatttg
ttgttttttcactcctgttctgggttttcactactggtagatctggcagttagcttttttaactctcttcccgtaagtattagtttggatctttttctcttagatctgcagtttggttctttaaatattccgtttggttttatatttctctacatctgctggaccattggtcaaactgtaacgtcttttcaatagatgaa
tggagttcgacatttttcatggtcactattaatttgttgagttttactattgttctcgtttaaactactcgtagaactgggagtgactttttttactcctgtccggcaagtattagtttggttctttatttctttagacctgcagcttggttctttatttctctacgtcagcgagagagtttagtttactcttgttttgg
gtttgcagtttggtcctttattctattcttgctttgggtttgcactttggtcctttattctagtactcttgttttgggtttacagtgaatttgctggtgattttagtttactcttgttttgggttttcgctattcgtttgcagcttttcatatatctagatctacaagttctttaagtctgcagttttcgtatctatgca
catttgtgtatcatgaccagaataactaagtcaaatatagtgggtgataagtgatactacagGATTTGAGATAGCTATTCATTTTTGAACAGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAA
GGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAATGTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAAC
CATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGGAAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGT
GGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATTTGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTA
TATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTAAGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATG
GCTGGATTCTTATGTCTTCGA

Intron 8 GTAAGTATTA ... GATACTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	2.5	0
A2	100	0	1	4
A3	50	2	1	2
A4	-1	0	2	0
A5	60	2	0	3
A6	56.13	21.5	6	27.5
A7	50.59	42	24	43
A8	54.5	35.5	6.5	42.5
A9	52.92	77.5	28	87
A10	56.4	54.5	30.5	70.5

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTGTCACTATCACTATCGATTTGTTGTTTTTTAGTTCTGGGTTTGCACTAGTGTTTTATTTCTCTGGATCTGGGAGCGAGGCTTTTTTACACTTGTCCGGTTCGCATTTTTTCTGGTCACTATTAATTTGTTGGGTTTTACCTGTGTACTGGGTCTTCATTAGTATTTTCTTTTTCAAGATCCGGGAGTGAGCTTTCTT
TTACATTTGTCCGGATTTGAGATAGCTATTCATTTTTGAACAGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAAT
GTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGG
AAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATT
TGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTA
AGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGCTTTCTTTTACATTTGTCCGgtaagtattattttgcttttttatttttttagatctgcattcagaattatttggggatctcaccttgcttagacagcatcaacccttagcatggttggatttttagtttcaactggatttgaacccgctatctttctgtataggactgtttaagagttggatttgggtttcgaatccg
caaccttgcttaggaatgtcttaaccatcaccaaccactactgttctgaccgatacagttttgttctttctttgtctacatctggcactgaatttattttactcttgttttggtttgcagtttgattctttattttattctggtttgcagtttgcagtttgattctttattttattctggttttgattactactaatttg
ttgttctgggttttcactactggtagatctggcagttagcttttttaactctcttcccgtaagtattagtttggatctttttctcttagatctgcagtttggttctttaaatattccgtttggttttatatttctctacatctgctggaccattggtcaaactgtaacgtcttttcaatagatgaatggagttcgacatt
tttcatggtcactattaatttgttgagttttactattgttctcgtttaaactactcgtagaactgggagtgactttttttactcctgtccggcaagtattagtttggttctttatttctttagacctgcagcttggttctttatttctctacgtcagcgagagagtttagtttgctcttgttttgggtttgcactttggt
cctttattctagtactcttgttttgggtttacagtgaatttgctggtgattttagtttactcttgttttgggttttcgctattcgtttgcagcttttcatatatctagatctacaagttctttaagtctgcagttttcgtatctatgcacatttgtgtatcatgaccagaataactaagtcaaatatagtgggtgataag
tgatactacagGATTTGAGATAGCTATTCATTTTTGAACAGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAATGT
CAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGGAA
GCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATTTG
TATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTAAG
ATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

Intron 9 GTAAGTATTA ... TTTTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.38	3.5	2.3	5
A2	95.83	0.3	0.5	5
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A7	46.7	82.5	20.5	72.3
A8	51.6	75.3	5.3	80
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A10	52.56	89	26.3	98.3

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

CCTTTGTCAAACTCTAAAATCTTTTGAATAGATGAACAGGTTCGCATTTTTTCTGGTCACTATTAATTTGTTGGGTTTTACCTGTGTACTGGGTCTTCATTAGTTTTTAATTTTTCAAGATCCGGGAGTGAGCTTTCTTTTACATTTGTCCGTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAG
CAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACGTACAGCCAGAATGTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTA
CTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGCTGCCGCAGATGGAAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGA
GAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATCTATCACCAGATTTGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATA
CTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCTGGCCTGTTATTAAGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTT
GGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA

>TRINITY_DN46026_c0_g2_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGCTTTCTTTTACATTTGTCCGgtaagtattattttgcttttttatttttttagatctgcattcagaattatttggggatctcaccttgcttagacagcatcaacccttagcatggttggatttttagtttcaactggatttgaacccgctatctttctgtataggactgtttaagagttggatttgggtttcgaatccg
caaccttgcttaggaatgtcttaaccatcaccaaccactactgttctgaccgatacagttttgttctttctttgtctacatctggcactgaatttattttactcttgttttggtttgcagtttgattctttattttattctggtttgcagtttgcagtttgattctttattttattctggttttgattactactaatttg
ttgttttttcactcctgttctgggttttcactactggtagatctggcagttagcttttttaactctcttcccgtaagtattagtttggatctttttctcttagatctgcagtttggttctttaaatattccgtttggttttatatttctctacatctgctggaccattggtcaaactgtaacgtcttttcaatagatgaa
tggagttcgacatttttcatggtcactattaatttgttgagttttactattgttctcgtttaaactactcgtagaactgggagtgactttttttactcctgtccggcaagtattagtttggttctttatttctttagacctgcagcttggttctttatttctctacgtcagcgagagagtttagtttgctcttgttttgg
gtttgcactttggtcctttattctagtactcttgttttgggtttacagtgaatttgctggtgattttagtttactcttgttttgggttttcgctattcgtttgcagcttttcatatatctagatctacaagttctttaagtctgcagttttcgtatctatgcacatttgtgtatcatgaccagaataactaagtcaaata
tagtgggtgataagtgatactacaggatttgagatagctattcatttttgaacagTGGAAATGGAAGGAGAAAGGCGACCAGGACGCAGAATAGCACGTGGAGCAGGAAGTAGCATGGGGGCCGGCAGGAGTTGGATTAGGGGTGTGGATGGGAGGCTCAGAAGGTCAAACCCCTCCTCCAATAATGGTGTGCGTCGACG
TACAGCCAGAATGTCAGTTGGCAGCAATAATTTTGATCGCATGTTTAGCAGTGGTATGTCAGCAATTCTAGAAAGTCTTACTCCAGACTATATTCACTCGTTACTTAACCCAAGAGCAAGAGGAATTCCTGTAAATGGTGGTTTGGCTGAGGCAAATGGTAACCATCTAGGAACAGCAGATAGAGCCGCCGTCCAGCAGC
TGCCGCAGATGGAAGCAGAACGAGGACCAATGAGAACATTAGTAATAGAAAGAGGAGGAGCACCTGAAGCCGCAGAGAGATTGCCACGAATAATAATTTCAGAGAAACATATACACGACCATGATAATTCACCATGCACAATTTGCCTGGACCATTTCCAAGTGGGCCAGGAGGCACTGGTAATGCCATGTAAGCACATC
TATCACCAGATTTGTATATCGCAATGGCTGAAGATTGGATATACCTGTCCAATCTGTCGAGACAAACTGCCTAGAGTTTACACATTTCATTTTGGATAGGATACTCTGTAGAGAGCATCCGGGGATGGGGCCGTTAGTTTAATTCATGTTTTAACGGATAGTATATGCTTAGCAATTTGATAAGTAGTTTATTAAGTTCT
GGCCTGTTATTAAGATGTGGTTTTGATGAGGCTGGAAACTTGATACTGTTTACATTATATTGGATAATATTGTTTTGAATTCGAATGGATAAAGTATGAATTTGGGCATTTCAAAGATCACAATGCACATTCAATTATTTATGGCTGGATTCAGATATTTATGGCTGGATTCTTATGTCTTCGA