sp|F4IE65|MES13_ARATH ----> Putative methylesterase 13, chloroplastic

Intron 1 GTCAGTTCTT ... GAAATGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	21	7	2
A2	31.11	14	6.3	4
A3	33.33	16	8	9
A4	40	21	14	1
A5	28.57	5	2	0
A6	25.33	56	19	0
A7	19.67	49	12	0
A8	21.52	62	17	0
A9	25	51	17	1
A10	25.64	58	20	1

>TRINITY_DN106299_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTGAAATGTAGAATCAAATGCACTTAGTATCAGATCTCTCCATAATCCCTGCTTCTCAAGTGATCCGGTGAGAGTAAAATCCAATGGAGGCCATGATTTCAACCTCACTTTCTACCTGGGCTTTTGTTTTGAGATCAAGACAGGCCCATGTCCACCTACTCACAGGCATTCAGCCCCAACAAGTCTTCTATAAATCTT
CAAACAATGCACAGAGACATTTGACAGGCTCCCAAAAGAGAAGTACTTCATGGTATAAACCCCATGACAATACGCAGAGACATGCATCCTCTAAATCCATAAGGGCTCTCTCTGAAGCACAATTGGCTGCTTCAAGAGTATACTTTGAGCTGAATGATGGGCAGTCACGTCTGTTTCATACTCTGCCATCGGGGTTGAAA
ATGGAGGTAATTGTGCAGAGAGCTGTGAAGAATGGCTTGAATCAAAACCAATGGAGGGTGAGAAGTCCCATTGTCTTTGTTCATGGGAGCTTTCATGCTGCCTGGTGTTGGGCCGTGCATTGGCTGCCATTCTTTGCTGGTTCGGGTCATGATTGCTATGCCGTAAGTCTTCTAGGTCAGGGTGAAAGTGACATACCTTC
AGGGTCAGTTGCTGGTTCACTTCAGACACATGCAAGAGACGTAGCACATTTTATCAAGCACAACTTTACCTTTCCTCCTATACTGGTTGGGCATTCATTTGGAGGCTTGATCGTACAGTTTTATCTCTCAAATGTCTCTACAAACTTTGATATGCCTACTGGGAAGGATGAAGTTAATAATGCAGGTTGGGAAGAACCTT
ATCCAACTTTGGCAGCAGCTGTTCTTGTCTGTTCTGTTCCTCCAACTGGCAACAGTGGGTTGGTATGGCGCTATCTTTTGTCAAAACCAGTAGCAGCTTTTAAGGTGACTTTCGGCCTTGCAGCTAAAGCATTTGCTACCTCCTTGTCTCTATGTCGAGAGATATTTTTCTCCCGAGATATGTCAGATCTTCAAGTTGAA
AGGTATCAAGAACTATTGAAAACTAGCTCAAGCATGCCACTGTTTGACTTGAGGAAGCTTAATGCATCTTTGCCAGTTCCTCTGCCCCCAGAACATGCTCCACCTGTTCTTGTTATGGGTGCAGCTGATGACTTCATAGTGGATGTTCAGGGTTTGAATGAGACAGCAGAATTCTACAATGTATCTCCAGTTATAGTGGA
AGGAGTTGCACATGATATGATGTTGGATATATCATGGAATAAAGGATCGAGAGCAATCTTATCATGGTTAGAGTTGACACAATAGAAAGATTTCAACATTCACTCAGCACTTCCCTGTCTAATGAGAAAAATAATGCCTGTGATTATAGGGCATTTTCAAATTTTCAATATTCACTCTTAGTGCTTCCCTGTCTAATGAG
AAAATTAATGCCTGTGATTATAGAGCCTGTTATCTTATTGGTATGGAAATAAAATAAATGAAAATGTTTTCCTTTGAAATTGATGTCATGCCTTGCTATTCAGATCCAATTTTAAATGTTTTGCACCAGGATTTAGATCCCCGATCTCTTCCCCA

>TRINITY_DN106299_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTTGTCGTTTTTTTATGTATGGATTTTTGTCTTTGTGATTGCTACAGTAGACACATGCAAGAGACGTAGCACATTTTATCAAGCACAACTTTACCTTTCCTCCTATACTGGTTGGGCATTCATTTGGAGGCTTGATCGTACAGTTTTATCTCTCAAATGTCTCTACAAACTTTGATATGCCTACTGGGAAGGATGAAGgt
cagttcttaatggggttgtaatactatgcgaagactgtgactcattgaatgacaatgtaaaatagcactgctcctaggagtactatatcgtataggttcttacatttagcactggaatctgtattgagatagaatgtgaacatttttagggatattcatatattacaggccatcattgatcatcttaattttcaattatt
tctggattcctttggtatgatgaagactcatatttatgctgagggatggtttatggagacaatgaaatgccagTTAATAATGCAGGTTGGGAAGAACCTTATCCAACTTTGGCAGCAGCTGTTCTTGTCTGTTCTGTTCCTCCAACTGGCAACAGGTGCAATTTTCCAGCACATTGTTTTCTTGATTTTTATCCTTTAAA
TGCAAAACCGAAATGCATGTTGTGTGAATGCTAAATCTATTTATAAGTTTCTAACTAATGTTCTTTTGTCTCTATTTTGCCCCATTGTCATACTAACAGTGTCATGTTTTGGTAATAGTTTAGTGGGTTGGTATGGCGCTATCTTTTGTCAAAACCAGTAGCAGCTTTTAAGGTGACTTTCGGCCTTGCAGCTAAAGCAT
TTGCTACCTCCTTGTCTCTATGTCGAGAGATATTTTTCTCCCGAGATATGTCAGATCTTCAAGTTGAAAGG

Intron 2 GTCAGTTCTT ... AATAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	21	7	2
A2	31.11	14	6.3	6
A3	30.86	18	8	9
A4	40	21	14	1
A5	28.57	5	2	0
A6	22.35	66	19	0
A7	17.91	55	12	0
A8	20.99	64	17	0
A9	24.64	52	17	1
A10	24.69	61	20	0

>TRINITY_DN106299_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTGAAATGTAGAATCAAATGCACTTAGTATCAGATCTCTCCATAATCCCTGCTTCTCAAGTGATCCGGTGAGAGTAAAATCCAATGGAGGCCATGATTTCAACCTCACTTTCTACCTGGGCTTTTGTTTTGAGATCAAGACAGGCCCATGTCCACCTACTCACAGGCATTCAGCCCCAACAAGTCTTCTATAAATCTT
CAAACAATGCACAGAGACATTTGACAGGCTCCCAAAAGAGAAGTACTTCATGGTATAAACCCCATGACAATACGCAGAGACATGCATCCTCTAAATCCATAAGGGCTCTCTCTGAAGCACAATTGGCTGCTTCAAGAGTATACTTTGAGCTGAATGATGGGCAGTCACGTCTGTTTCATACTCTGCCATCGGGGTTGAAA
ATGGAGGTAATTGTGCAGAGAGCTGTGAAGAATGGCTTGAATCAAAACCAATGGAGGGTGAGAAGTCCCATTGTCTTTGTTCATGGGAGCTTTCATGCTGCCTGGTGTTGGGCCGTGCATTGGCTGCCATTCTTTGCTGGTTCGGGTCATGATTGCTATGCCGTAAGTCTTCTAGGTCAGGGTGAAAGTGACATACCTTC
AGGGTCAGTTGCTGGTTCACTTCAGACACATGCAAGAGACGTAGCACATTTTATCAAGCACAACTTTACCTTTCCTCCTATACTGGTTGGGCATTCATTTGGAGGCTTGATCGTACAGTTTTATCTCTCAAATGTCTCTACAAACTTTGATATGCCTACTGGGAAGGATGAAGGTTGGGAAGAACCTTATCCAACTTTGG
CAGCAGCTGTTCTTGTCTGTTCTGTTCCTCCAACTGGCAACAGTGGGTTGGTATGGCGCTATCTTTTGTCAAAACCAGTAGCAGCTTTTAAGGTGACTTTCGGCCTTGCAGCTAAAGCATTTGCTACCTCCTTGTCTCTATGTCGAGAGATATTTTTCTCCCGAGATATGTCAGATCTTCAAGTTGAAAGGATGTTCAGG
GTTTGAATGAGACAGCAGAATTCTACAATGTATCTCCAGTTATAGTGGAAGGAGTTGCACATGATATGATGTTGGATATATCATGGAATAAAGGATCGAGAGCAATCTTATCATGGTTAGAGTTGACACAATAGAAAGATTTCAACATTCACTCAGCACTTCCCTGTCTAATGAGAAAAATAATGCCTGTGATTATAGGG
CATTTTCAAATTTTCAATATTCACTCTTAGTGCTTCCCTGTCTAATGAGAAAATTAATGCCTGTGATTATAGAGCCTGTTATCTTATTGGTATGGAAATAAAATAAATGAAAATGTTTTCCTTTGAAATTGATGTCATGCCTTGCTATTCAGATCCAATTTTAAATGTTTTGCACCAGGATTTAGATCCCCGATCTCTTC
CCCA

>TRINITY_DN106299_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTTGTCGTTTTTTTATGTATGGATTTTTGTCTTTGTGATTGCTACAGTAGACACATGCAAGAGACGTAGCACATTTTATCAAGCACAACTTTACCTTTCCTCCTATACTGGTTGGGCATTCATTTGGAGGCTTGATCGTACAGTTTTATCTCTCAAATGTCTCTACAAACTTTGATATGCCTACTGGGAAGGATGAAGgt
cagttcttaatggggttgtaatactatgcgaagactgtgactcattgaatgacaatgtaaaatagcactgctcctaggagtactatatcgtataggttcttacatttagcactggaatctgtattgagatagaatgtgaacatttttagggatattcatatattacaggccatcattgatcatcttaattttcaattatt
tctggattcctttggtatgatgaagactcatatttatgctgagggatggtttatggagacaatgaaatgccagttaataatgcagGTTGGGAAGAACCTTATCCAACTTTGGCAGCAGCTGTTCTTGTCTGTTCTGTTCCTCCAACTGGCAACAGGTGCAATTTTCCAGCACATTGTTTTCTTGATTTTTATCCTTTAAA
TGCAAAACCGAAATGCATGTTGTGTGAATGCTAAATCTATTTATAAGTTTCTAACTAATGTTCTTTTGTCTCTATTTTGCCCCATTGTCATACTAACAGTGTCATGTTTTGGTAATAGTTTAGTGGGTTGGTATGGCGCTATCTTTTGTCAAAACCAGTAGCAGCTTTTAAGGTGACTTTCGGCCTTGCAGCTAAAGCAT
TTGCTACCTCCTTGTCTCTATGTCGAGAGATATTTTTCTCCCGAGATATGTCAGATCTTCAAGTTGAAAGG

Intron 3 GTCAGTCAAA ... TGTCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.63	20	12	6
A2	23.08	10	3	3
A3	18.75	13	1	5
A4	37.09	8.5	5	5
A5	42.86	2	2	1
A6	9.36	63	2	11
A7	6.37	51.5	0	7
A8	7.64	72.5	1	11
A9	6.55	71.5	0	10
A10	3.81	50.5	0	4

>TRINITY_DN132316_c2_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTTGCTTATAATTGCTACATTTTTACATAATTTGGTCTTATATAGCTGTATCATCTCATCAGGGTGAAAGTGACATACCTTCAGGGTCAGTTGCTGGTTCACTTCAGGTATGTTTCTGTTTGTTAGTTGCACTGAATCCTTTTAATATCCCAACTAAAGATATTGTTTATTTCTAGAAATAATATTGCTCTTTCTTGCA
TGGAGCATTTTATTGATTTTTATTGCTCAAACTCTTTAGCACACTTGAAAAAATTCTGGTTGAGTCTACTGTAGGGGCTCTCTTCTTTCGTTTTCATAATGTGCTGACTTTTAATTCACAAATTTTACATACTAACAGCTAAGTTAAAAGAAATGGAGTATGGATTTTTGATATTTTTTGGTTTTCTTATCTGCACTGTA
CATGGAGTTCTGTTGAACCGTCTTGTCGTTTTTTTATGTATGGATTTTTGTCTTTGTGATTGCTACAGTAGACACATGCAAGAGACGTAGCACATTTTATCAAGCACAACTTTACCTTTCCTCCTATACTGGTTGGGCATTCATTTGGAGGCTTGATCGTACAGTTTTATCTCTCAAATGTCTCTACAAACTTTGATATG
CCTACTGGGAAGGATGAAGGTTGGGAAGAACCTTATCCAACTTTGGCAGCAGCTGTTCTTGTCTGTTCTGTTCCTCCAACTGGCAACAGTGGGTTGGTATGGCGCTATCTTTTGTCAAAACCAGTAGCAGCTTTTAAGGTGACTTTCGGCCTTGCAGCTAAAGCATTTGCTACCTCCTTGTCTCTATGTCGAGAGATATT
TTTCTCCCGAGATATGTCAGATCTTCAAGTTGAAAGGTATCAAGAACTATTGAAAACTAGCTCAAGCATGCCACTGTTTGACTTGAGGAAGCTTAATGCATCTTTGCCAGTTCCTCTGCCCCCAGAACATGCTCCACCTGTTCTTGTTATGGGTGCAGCTGATGACTTCATAGTGGATGTTCAGGGTTTGAATGAGACAG
CAGAATTCTACAATGTATCTCCAGTTATAGTGGAAGGAGTTGCACATGATATGATGTTGGATATATCATGGAATAAAGGATCGAGAGCAATCTTATCATGGTTAGAGTTGACACAATAGAAAGATTTCAACATTCACTCAGCACTTCCCTGTCTAATGAGAAAAATAATGCCTGTGATTATAGGGCATTTTCAAATTTTC
AATATTCACTCTTAGTGCTTCCCTGTCTAATGAGAAAATTAATGCCTGTGATTATAGAGCCTGTTATCTTATTGGTATGGAAATAAAATAAATGAAAATGTTTTCCTTTGAAATTGATGTCATGCCTTGCTATTCAGATCCAATTTTAAATGTTTTGCAACAGGATTTAGATCCCCGATCTCT

>TRINITY_DN132316_c2_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTTATGGAGACAATGAAATGCCAGTTAATAATGCAGGTTGGGAAGAACCTTATCCAACTTTGGCAGCAGCTGTTCTTGTCTGTTCTGTTCCTCCAACTGGCAACAGGTGCAATTTTCCAGCACATTGTTTTCTTGATTTTTATCCTTTAAATGCAAAACCGAAATGCATGTTGTGTGAATGCTAAATCTATTTATAAGT
TTCTAACTAATGTTCTTTTGTCTCTATTTTGCCCCATTGTCATACTAACAGTGTCATGTTTTGGTAATAGTTTAGTGGGTTGGTATGGCGCTATCTTTTGTCAAAACCAGTAGCAGCTTTTAAGgtcagtcaaagagctcattcgacttgtcatttattcttattttaccaaatctttccatatgattttcagtctctat
cagtgtggggatggagcacataaggaagattgcaattgtatattggtatacatgatatcaatggaaagcataagatgcaatttacttaagtagtttcatgtacattttccaataatttctttgcagattatattattgtgttcactgataacttataagattgcatctatgaaaccataggcgagcgcttagatcttagt
ccctcttgtgcttattgtcaccagcagtctgtcagcaactcagctgtcatatttgcttgagattttggatagttaaatcttagatccaaagcagccctacttatatttgagtatatttgtcttgcagGTGACTTTCGGCCTTGCAGCTAAAGCATTTGCTACCTCCTTGTCTCTATGTCGAGAGATATTTTTCTCCCGAG
ATATGTCAGATCTTCAAGTTGAAAGGTATCAAGAACTATTGAAAACTAGCTCAAGCATGCCACTGTTTGACTTGAGGAAGCTTAATGCATCTTTGCCAGTTCCTCTGCCCCCAGAACATGCTCCACCTGTTCTTGTTATGGGTGCAGCTGATGACTTCATAGTGGTAAATTCCTTAGCTCACACATGATTCTAAAAATAA
TCAAATTTACAAATTATAAGAAATATGAAGCTGCTTCCATCAGATTAAGAAAAGTGAGC

Intron 4 GTATGTTTCT ... ATTGCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.5	31	3	9
A2	29.63	19	5	8
A3	16.67	20	0	4
A4	13.64	19	3	3
A5	36.36	7	0	4
A6	16.33	82	0	16
A7	16.3	77	0	15
A8	12.15	94	0	13
A9	10.48	94	0	11
A10	15.31	83	0	15

>TRINITY_DN132316_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CACTAACGGTTTGAAATGTAGAATCAAATGCACTTAGTATCAGATCTCTCCATAATCCCTGCTTCTCAAGTGATCCGGTGAGAGTAAAATCCAATGGAGGCCATGATTTCAACCTCACTTTCTACCTGGGCTTTTGTTTTGAGATCAAGACAGGCCCATGTCCACCTACTCACAGGCATTCAGCCCCAACAAGTCTTCTA
TAAATCTTCAAACAATGCACAGAGACATTTGACAGGCTCCCAAAAGAGAAGTACTTCATGGTATAAACCCCATGACAATACGCAGAGACATGCATCCTCTAAATCCATAAGGGCTCTCTCTGAAGCACAATTGGCTGCTTCAAGAGTATACTTTGAGCTGAATGATGGGCAGTCACGTCTGTTTCATACTCTGCCATCGG
GGTTGAAAATGGAGGTAATTGTGCAGAGAGCTGTGAAGAATGGCTTGAATCAAAACCAATGGAGGGTGAGAAGTCCCATTGTCTTTGTTCATGGGAGCTTTCATGCTGCCTGGTGTTGGGCCGTGCATTGGCTGCCATTCTTTGCTGGTTCGGGTCATGATTGCTATGCCGTAAGTCTTCTAGGTCAGGGTGAAAGTGAC
ATACCTTCAGGGTCAGTTGCTGGTTCACTTCAGTAGACACATGCAAGAGACGTAGCACATTTTATCAAGCACAACTTTACCTTTCCTCCTATACTGGTTGGGCATTCATTTGGAGGCTTGATCGTACAGTTTTATCTCTCAAATGTCTCTACAAACTTTGATATGCCTACTGGGAAGGATGAAGGTCAGTTCTTAATGGG
GTTGTAATACTATGCGAAGACTGTGACTCATTGAATGACAATGTAAAATAGCACTGCTCCTAGGAGTACTATATCGTATAGGTTCTTACATTTAGCACTGGAATCTGTATTGAGATAGAATGTGAACATTTTTAGGGATATTCATATATTACAGGCCATCATTGATCATCTTAATTTTCAATTATTTCTGGATTCCTTTG
GTATGATGAAGACTCATATTTATGCTGAGGGATGGTTTATG

>TRINITY_DN132316_c2_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTTGCTTATAATTGCTACATTTTTACATAATTTGGTCTTATATAGCTGTATCATCTCATCAGGGTGAAAGTGACATACCTTCAGGGTCAGTTGCTGGTTCACTTCAGgtatgtttctgtttgttagttgcactgaatccttttaatatcccaactaaagatattgtttatttctagaaataatattgctctttcttgca
tggagcattttattgatttttattgctcaaactctttagcacacttgaaaaaattctggttgagtctactgtaggggctctcttctttcgttttcataatgtgctgacttttaattcacaaattttacatactaacagctaagttaaaagaaatggagtatggatttttgatattttttggttttcttatctgcactgta
catggagttctgttgaaccgtcttgtcgtttttttatgtatggatttttgtctttgtgattgctacagTAGACACATGCAAGAGACGTAGCACATTTTATCAAGCACAACTTTACCTTTCCTCCTATACTGGTTGGGCATTCATTTGGAGGCTTGATCGTACAGTTTTATCTCTCAAATGTCTCTACAAACTTTGATATG
CCTACTGGGAAGGATGAAGGTTGGGAAGAACCTTATCCAACTTTGGCAGCAGCTGTTCTTGTCTGTTCTGTTCCTCCAACTGGCAACAGTGGGTTGGTATGGCGCTATCTTTTGTCAAAACCAGTAGCAGCTTTTAAGGTGACTTTCGGCCTTGCAGCTAAAGCATTTGCTACCTCCTTGTCTCTATGTCGAGAGATATT
TTTCTCCCGAGATATGTCAGATCTTCAAGTTGAAAGGTATCAAGAACTATTGAAAACTAGCTCAAGCATGCCACTGTTTGACTTGAGGAAGCTTAATGCATCTTTGCCAGTTCCTCTGCCCCCAGAACATGCTCCACCTGTTCTTGTTATGGGTGCAGCTGATGACTTCATAGTGGATGTTCAGGGTTTGAATGAGACAG
CAGAATTCTACAATGTATCTCCAGTTATAGTGGAAGGAGTTGCACATGATATGATGTTGGATATATCATGGAATAAAGGATCGAGAGCAATCTTATCATGGTTAGAGTTGACACAATAGAAAGATTTCAACATTCACTCAGCACTTCCCTGTCTAATGAGAAAAATAATGCCTGTGATTATAGGGCATTTTCAAATTTTC
AATATTCACTCTTAGTGCTTCCCTGTCTAATGAGAAAATTAATGCCTGTGATTATAGAGCCTGTTATCTTATTGGTATGGAAATAAAATAAATGAAAATGTTTTCCTTTGAAATTGATGTCATGCCTTGCTATTCAGATCCAATTTTAAATGTTTTGCAACAGGATTTAGATCCCCGATCTCT

Intron 5 GTGCAATTTT ... AATAGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.86	12	2	9
A2	18.75	15	4	3.5
A3	22.88	12.8	11	4
A4	29.69	9	1	4
A5	0	3	0	0
A6	10.4	55	0	6.5
A7	10.56	61	1	7.5
A8	11.68	73	0	10
A9	8.75	53	1	5.3
A10	6.18	44.6	0	3

>TRINITY_DN132316_c2_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTTGCTTATAATTGCTACATTTTTACATAATTTGGTCTTATATAGCTGTATCATCTCATCAGGGTGAAAGTGACATACCTTCAGGGTCAGTTGCTGGTTCACTTCAGGTATGTTTCTGTTTGTTAGTTGCACTGAATCCTTTTAATATCCCAACTAAAGATATTGTTTATTTCTAGAAATAATATTGCTCTTTCTTGCA
TGGAGCATTTTATTGATTTTTATTGCTCAAACTCTTTAGCACACTTGAAAAAATTCTGGTTGAGTCTACTGTAGGGGCTCTCTTCTTTCGTTTTCATAATGTGCTGACTTTTAATTCACAAATTTTACATACTAACAGCTAAGTTAAAAGAAATGGAGTATGGATTTTTGATATTTTTTGGTTTTCTTATCTGCACTGTA
CATGGAGTTCTGTTGAACCGTCTTGTCGTTTTTTTATGTATGGATTTTTGTCTTTGTGATTGCTACAGTAGACACATGCAAGAGACGTAGCACATTTTATCAAGCACAACTTTACCTTTCCTCCTATACTGGTTGGGCATTCATTTGGAGGCTTGATCGTACAGTTTTATCTCTCAAATGTCTCTACAAACTTTGATATG
CCTACTGGGAAGGATGAAGGTTGGGAAGAACCTTATCCAACTTTGGCAGCAGCTGTTCTTGTCTGTTCTGTTCCTCCAACTGGCAACAGTGGGTTGGTATGGCGCTATCTTTTGTCAAAACCAGTAGCAGCTTTTAAGGTGACTTTCGGCCTTGCAGCTAAAGCATTTGCTACCTCCTTGTCTCTATGTCGAGAGATATT
TTTCTCCCGAGATATGTCAGATCTTCAAGTTGAAAGGTATCAAGAACTATTGAAAACTAGCTCAAGCATGCCACTGTTTGACTTGAGGAAGCTTAATGCATCTTTGCCAGTTCCTCTGCCCCCAGAACATGCTCCACCTGTTCTTGTTATGGGTGCAGCTGATGACTTCATAGTGGATGTTCAGGGTTTGAATGAGACAG
CAGAATTCTACAATGTATCTCCAGTTATAGTGGAAGGAGTTGCACATGATATGATGTTGGATATATCATGGAATAAAGGATCGAGAGCAATCTTATCATGGTTAGAGTTGACACAATAGAAAGATTTCAACATTCACTCAGCACTTCCCTGTCTAATGAGAAAAATAATGCCTGTGATTATAGGGCATTTTCAAATTTTC
AATATTCACTCTTAGTGCTTCCCTGTCTAATGAGAAAATTAATGCCTGTGATTATAGAGCCTGTTATCTTATTGGTATGGAAATAAAATAAATGAAAATGTTTTCCTTTGAAATTGATGTCATGCCTTGCTATTCAGATCCAATTTTAAATGTTTTGCAACAGGATTTAGATCCCCGATCTCT

>TRINITY_DN132316_c2_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTTATGGAGACAATGAAATGCCAGTTAATAATGCAGGTTGGGAAGAACCTTATCCAACTTTGGCAGCAGCTGTTCTTGTCTGTTCTGTTCCTCCAACTGGCAACAGgtgcaattttccagcacattgttttcttgatttttatcctttaaatgcaaaaccgaaatgcatgttgtgtgaatgctaaatctatttataagt
ttctaactaatgttcttttgtctctattttgccccattgtcatactaacagtgtcatgttttggtaatagtttagTGGGTTGGTATGGCGCTATCTTTTGTCAAAACCAGTAGCAGCTTTTAAGGTCAGTCAAAGAGCTCATTCGACTTGTCATTTATTCTTATTTTACCAAATCTTTCCATATGATTTTCAGTCTCTAT
CAGTGTGGGGATGGAGCACATAAGGAAGATTGCAATTGTATATTGGTATACATGATATCAATGGAAAGCATAAGATGCAATTTACTTAAGTAGTTTCATGTACATTTTCCAATAATTTCTTTGCAGATTATATTATTGTGTTCACTGATAACTTATAAGATTGCATCTATGAAACCATAGGCGAGCGCTTAGATCTTAGT
CCCTCTTGTGCTTATTGTCACCAGCAGTCTGTCAGCAACTCAGCTGTCATATTTGCTTGAGATTTTGGATAGTTAAATCTTAGATCCAAAGCAGCCCTACTTATATTTGAGTATATTTGTCTTGCAGGTGACTTTCGGCCTTGCAGCTAAAGCATTTGCTACCTCCTTGTCTCTATGTCGAGAGATATTTTTCTCCCGAG
ATATGTCAGATCTTCAAGTTGAAAGGTATCAAGAACTATTGAAAACTAGCTCAAGCATGCCACTGTTTGACTTGAGGAAGCTTAATGCATCTTTGCCAGTTCCTCTGCCCCCAGAACATGCTCCACCTGTTCTTGTTATGGGTGCAGCTGATGACTTCATAGTGGTAAATTCCTTAGCTCACACATGATTCTAAAAATAA
TCAAATTTACAAATTATAAGAAATATGAAGCTGCTTCCATCAGATTAAGAAAAGTGAGC

Intron 6 GTATGTTTCT ... GCTACAGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.5	31	3	9
A2	29.63	19	5	8
A3	16.67	20	0	4
A4	13.64	19	3	3
A5	36.36	7	0	4
A6	17.65	84	0	18
A7	16.3	77	0	15
A8	12.15	94	0	13
A9	11.21	95	0	12
A10	15.31	83	0	15

>TRINITY_DN132316_c2_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

CACTAACGGTTTGAAATGTAGAATCAAATGCACTTAGTATCAGATCTCTCCATAATCCCTGCTTCTCAAGTGATCCGGTGAGAGTAAAATCCAATGGAGGCCATGATTTCAACCTCACTTTCTACCTGGGCTTTTGTTTTGAGATCAAGACAGGCCCATGTCCACCTACTCACAGGCATTCAGCCCCAACAAGTCTTCTA
TAAATCTTCAAACAATGCACAGAGACATTTGACAGGCTCCCAAAAGAGAAGTACTTCATGGTATAAACCCCATGACAATACGCAGAGACATGCATCCTCTAAATCCATAAGGGCTCTCTCTGAAGCACAATTGGCTGCTTCAAGAGTATACTTTGAGCTGAATGATGGGCAGTCACGTCTGTTTCATACTCTGCCATCGG
GGTTGAAAATGGAGGTAATTGTGCAGAGAGCTGTGAAGAATGGCTTGAATCAAAACCAATGGAGGGTGAGAAGTCCCATTGTCTTTGTTCATGGGAGCTTTCATGCTGCCTGGTGTTGGGCCGTGCATTGGCTGCCATTCTTTGCTGGTTCGGGTCATGATTGCTATGCCGTAAGTCTTCTAGGTCAGGGTGAAAGTGAC
ATACCTTCAGGGTCAGTTGCTGGTTCACTTCAGACACATGCAAGAGACGTAGCACATTTTATCAAGCACAACTTTACCTTTCCTCCTATACTGGTTGGGCATTCATTTGGAGGCTTGATCGTACAGTTTTATCTCTCAAATGTCTCTACAAACTTTGATATGCCTACTGGGAAGGATGAAGGTTGGGAAGAACCTTATCC
AACTTTGGCAGCAGCTGTTCTTGTCTGTTCTGTTCCTCCAACTGGCAACAGTGGGTTGGTATGGCGCTATCTTTTGTCAAAACCAGTAGCAGCTTTTAAGGTGACTTTCGGCCTTGCAGCTAAAGCATTTGCTACCTCCTTGTCTCTATGTCGAGAGATATTTTTCTCCCGAGATATGTCAGATCTTCAAGTTGAAAGGA
TGTTCAGGGTTTGAATGAGACAGCAGAATTCTACAATGTATCTCCAGTTATAGTGGAAGGAGTTGCACATGATATGATGTTGGATATATCATGGAATAAAGGATCGAGAGCAATCTTATCATGGTTAGAGTTGACACAATAGAAAGATTTCAACATTCACTCAGCACTTCCCTGTCTAATGAGAAAAATAATGCCTGTGA
TTATAGGGCATTTTCAAATTTTCAATATTCACTCTTAGTGCTTCCCTGTCTAATGAGAAAATTAATGCCTGTGATTATAGAGCCTGTTATCTTATTGGTATGGAAATAAAATAAATGAAAATGTTTTCCTTTGAAATTGATGTCATGCCTTGCTATTCAGATCCAATTTTAAATGTTTTGCAACAGGATTTAGATCCCCG
ATCTCT

>TRINITY_DN132316_c2_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTTGCTTATAATTGCTACATTTTTACATAATTTGGTCTTATATAGCTGTATCATCTCATCAGGGTGAAAGTGACATACCTTCAGGGTCAGTTGCTGGTTCACTTCAGgtatgtttctgtttgttagttgcactgaatccttttaatatcccaactaaagatattgtttatttctagaaataatattgctctttcttgca
tggagcattttattgatttttattgctcaaactctttagcacacttgaaaaaattctggttgagtctactgtaggggctctcttctttcgttttcataatgtgctgacttttaattcacaaattttacatactaacagctaagttaaaagaaatggagtatggatttttgatattttttggttttcttatctgcactgta
catggagttctgttgaaccgtcttgtcgtttttttatgtatggatttttgtctttgtgattgctacagtagACACATGCAAGAGACGTAGCACATTTTATCAAGCACAACTTTACCTTTCCTCCTATACTGGTTGGGCATTCATTTGGAGGCTTGATCGTACAGTTTTATCTCTCAAATGTCTCTACAAACTTTGATATG
CCTACTGGGAAGGATGAAGGTTGGGAAGAACCTTATCCAACTTTGGCAGCAGCTGTTCTTGTCTGTTCTGTTCCTCCAACTGGCAACAGTGGGTTGGTATGGCGCTATCTTTTGTCAAAACCAGTAGCAGCTTTTAAGGTGACTTTCGGCCTTGCAGCTAAAGCATTTGCTACCTCCTTGTCTCTATGTCGAGAGATATT
TTTCTCCCGAGATATGTCAGATCTTCAAGTTGAAAGGTATCAAGAACTATTGAAAACTAGCTCAAGCATGCCACTGTTTGACTTGAGGAAGCTTAATGCATCTTTGCCAGTTCCTCTGCCCCCAGAACATGCTCCACCTGTTCTTGTTATGGGTGCAGCTGATGACTTCATAGTGGATGTTCAGGGTTTGAATGAGACAG
CAGAATTCTACAATGTATCTCCAGTTATAGTGGAAGGAGTTGCACATGATATGATGTTGGATATATCATGGAATAAAGGATCGAGAGCAATCTTATCATGGTTAGAGTTGACACAATAGAAAGATTTCAACATTCACTCAGCACTTCCCTGTCTAATGAGAAAAATAATGCCTGTGATTATAGGGCATTTTCAAATTTTC
AATATTCACTCTTAGTGCTTCCCTGTCTAATGAGAAAATTAATGCCTGTGATTATAGAGCCTGTTATCTTATTGGTATGGAAATAAAATAAATGAAAATGTTTTCCTTTGAAATTGATGTCATGCCTTGCTATTCAGATCCAATTTTAAATGTTTTGCAACAGGATTTAGATCCCCGATCTCT