sp|Q75HE6|MTHR_ORYSJ ----> Probable methylenetetrahydrofolate reductase (NADH)
Intron 1 GTAAGTGCAA ... TCTATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.35 | 304 | 51 | 124 |
| A2 | 17.99 | 212 | 24 | 69 |
| A3 | 24.05 | 180 | 38 | 76 |
| A4 | 23.01 | 266 | 56 | 103 |
| A5 | 27.12 | 86 | 33 | 31 |
| A6 | 19.68 | 353 | 42 | 131 |
| A7 | 20.23 | 548 | 86 | 192 |
| A8 | 18.93 | 441 | 64 | 142 |
| A9 | 20.72 | 620 | 98 | 226 |
| A10 | 19.97 | 561 | 96 | 184 |
>TRINITY_DN103851_c1_g3_i6 from sample A5 / Example spliced isoformTATAAAGATCACAACCCACACTCTCTAAAAATTATTATTGTTTGGTCTTGCTAGCAGACCAACAGTTCTCTTCACTAGCTTTCCCTTCCTTCTGCCAAGGACGTGAGGGCTAGCTCAACACTGAAACGGAACAATGAAGGTCATTGAGAAGATTCAGAATGCAGAGAAGGAAGGCAAGGTTGTGTTCTCTTTTGAATTCT
TCCCTCCGAAAACAGAGGAGGGTGTGGAGAATCTGTTTGATAGAATGGATCGGATGGTGGAACATCAGCCCTCATTCTGCGACATCACATGGGGCGCTGGAGGATCCACTGCAGATCTCACACTTGACATATCTAACAAGATGCAGAACATGATTTGTGTAGAGACTATGATGCATTTAACTTGTACAAACATGCCGGTG
GAGAAAATTGACCATGCTTTGGCTACCATTAAAGCAAATGGCATTCAAAACGTGTTGGCTCTTCGTGGAGATCCTCCACATGGACAAGACAAGTTTGTCCAGGTTGAAGGTGGATTTGCATGTGCGCTCGATCTGGTTAAGCACATTAGATCCAAGTACGGTGACTATTTTGGGATTACAGTTGCTGGCTATCCAGAGGC
CCATCCTGATATGATAAAGAATGAAGTGGGCGCCACCGAGGAAGATTATCAAAAGGACCTTGCCTACTTGAAATTGAAGGTAGATGCAGGTGCAGATTTAATAATTACACAGTTATTTTATGACACTGACATATACCTGAAGTTTGTAAATGACTGCCGGCAAATTGGGATAAAATGCCCCATTGTGCCTGGAATCATGC
CTATAAACAATTACAAGGGTTTCCTGCGCATGGCTGGATTTTGCAAAACTAAGATTCCTTCTGAAATTACTGCTGCATTGGAACCTATCAAAGACAATGAAGAAGCTGTAAGGGCTTATGGAATTCATCTTGGCACTGAAACGTGCAAGAAGATTCTAGCTCATGGAATTAAGACTTTGCATTTGTATACGCTCAACATG
GAGAAATCAGCATTGGGTATTCTTGCGAATCTTGGCTTGATAGATATGAATAAGATTGGGAGGTCTTTGCCATGGAGACCAGCAACTAATGTTTCACGTACTAAAGAGAATGTGCGACCCATATTCTGGGCTAACCGTCCAAGGAGCTACATTTCTCGAACAATCGGTTGGGAACAGTTTCCCCATGGGAGATGGGGGGA
TACACGTAGCCCAGCATATGGAGCTCTTAATGACTATCAGTTCTTGCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGTTGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATATCCATGAGAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAATCCATGGTCAGAGCTGGACGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGA
AAATCAATGAAAAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAGGTTTTCTCACAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACTCTCCTTCCATTGGATGGGGAGGTGCAGGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCCTGAGAAATTGAATGCATTGGTGGAGAGAGCTAAGAATTTA
CCCTTCGTGACATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGCAACAGTAGCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGAGTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCAGCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAGCATTCCAGGCCTGGGAACAGGAATGGGCTTCTTTGTATCC
AGATGGCGATCCTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTACAAAATAGTTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGGTGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAATTATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTTGGTGCTTCTATAGTCATTTAAGTATTACGAACTGGTACAT
TGGATTCTATTTTATCTAGAGGATTCCTAGCTAAAGAGAGAATTTCTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAGGCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTCCTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGGCTGTGGCAGTATTAAATATAGCTGTTAATTATACCAGAAC
ATGGACACATGAAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTCTTGTAATTTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATAGTGTTTGGGCACCCAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATGTTGGAACCCATGGGCAATAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCTCAGAGAGGAGTTATGGTTTCAATGCCTCCTTGCGAGTTGT
ACTTTGTAAACTTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAATAGAAGCAGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAAAAAAA
>TRINITY_DN103851_c1_g3_i4 from sample A5 / Example unspliced isoform:TATAAAGATCACAACCCACACTCTCTAAAAATTATTATTGTTTGGTCTTGCTAGCAGACCAACAGTTCTCTTCACTAGCTTTCCCTTCCTTCTGCCAAGGACGTGAGGGCTAGCTCAACACTGAAACGGAACAATGAAGGTCATTGAGAAGATTCAGAATGCAGAGAAGGAAGGCAAGGTTGTGTTCTCTTTTGAATTCT
TCCCTCCGAAAACAGAGGAGGGTGTGGAGAATCTGTTTGATAGAATGGATCGGATGGTGGAACATCAGCCCTCATTCTGCGACATCACATGGGGCGCTGGAGGATCCACTGCAGATCTCACACTTGACATATCTAACAAGATGCAGAACATGATTTGTGTAGAGACTATGATGCATTTAACTTGTACAAACATGCCGGTG
GAGAAAATTGACCATGCTTTGGCTACCATTAAAGCAAATGGCATTCAAAACGTGTTGGCTCTTCGTGGAGATCCTCCACATGGACAAGACAAGTTTGTCCAGGTTGAAGGTGGATTTGCATGTGCGCTCGATCTGGTTAAGCACATTAGATCCAAGTACGGTGACTATTTTGGGATTACAGTTGCTGGCTATCCAGAGGC
CCATCCTGATATGATAAAGAATGAAGTGGGCGCCACCGAGGAAGATTATCAAAAGGACCTTGCCTACTTGAAATTGAAGGTAGATGCAGGTGCAGATTTAATAATTACACAGTTATTTTATGACACTGACATATACCTGAAGTTTGTAAATGACTGCCGGCAAATTGGGATAAAATGCCCCATTGTGCCTGGAATCATGC
CTATAAACAATTACAAGGGTTTCCTGCGCATGGCTGGATTTTGCAAAACTAAGATTCCTTCTGAAATTACTGCTGCATTGGAACCTATCAAAGACAATGAAGAAGCTGTAAGGGCTTATGGAATTCATCTTGGCACTGAAACGTGCAAGAAGATTCTAGCTCATGGAATTAAGACTTTGCATTTGTATACGCTCAACATG
GAGAAATCAGCATTGGGTATTCTTGCGgtaagtgcaatagatcttttttgtggttgatatcttcaggatattatataattttaactcctgtcattggaaaatcttctatggcagAATCTTGGCTTGATAGATATGAATAAGATTGGGAGGTCTTTGCCATGGAGACCAGCAACTAATGTTTCACGTACTAAAGAGAATGT
GCGACCCATATTCTGGGCTAACCGTCCAAGGAGCTACATTTCTCGAACAATCGGTTGGGAACAGTTTCCCCATGGGAGATGGGGGGATACACGTAGCCCAGCATATGGAGCTCTTAATGACTATCAGTTCTTGCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGTTGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATA
TCCATGAGAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAATCCATGGTCAGAGCTGGACGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGAAAATCAATGAAAAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAGGTTTTCTCACAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACTCTCCTTCCATTGGATGGGGAGGTGCA
GGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCCTGAGAAATTGAATGCATTGGTGGAGAGAGCTAAGAATTTACCCTTCGTGACATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGCAACAGTAGCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGAGTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCA
GCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAGCATTCCAGGCCTGGGAACAGGAATGGGCTTCTTTGTATCCAGATGGCGATCCTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTACAAAATAGTTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGGTGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAAT
TATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTTGGTGCTTCTATAGTCATTTAAGTATTACGAACTGGTACATTGGATTCTATTTTATCTAGAGGATTCCTAGCTAAAGAGAGAATTTCTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAGGCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTC
CTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGGCTGTGGCAGTATTAAATATAGCTGTTAATTATACCAGAACATGGACACATGAAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTCTTGTAATTTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATAGTGTTTGGGCACCCAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATG
TTGGAACCCATGGGCAATAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCTCAGAGAGGAGTTATGGTTTCAATGCCTCCTTGCGAGTTGTACTTTGTAAACTTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAATAGAAGCAGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAAAAAAA
Intron 2 GTATGATATA ... TATGGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.29 | 262 | 8 | 51 |
| A2 | 14.23 | 235 | 4 | 39 |
| A3 | 17.86 | 207 | 0 | 45 |
| A4 | 24.22 | 244 | 7 | 78 |
| A5 | 16.53 | 101 | 5 | 20 |
| A6 | 16.64 | 581 | 0 | 116 |
| A7 | 17 | 791 | 5 | 162 |
| A8 | 17.34 | 615 | 9 | 129 |
| A9 | 15.72 | 745 | 5 | 139 |
| A10 | 13.22 | 676 | 2 | 103 |
>TRINITY_DN41773_c4_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformGTCTCGTCTATGAGAAAAGTGACAATGAAAATTAAACTGGAGCCATGTATTTGCAAGATTGAATCCATAATAATGTTTTCTAGGTTTTCCTCTAGTGTTCTTTAGTTGCATGACTCAAGCAAGTAGAGGGTCTTGTTAACATGCAAGCTTGTTTATTGTATGGTAAAATGTACATTATGATGCTAGAAGAGCAACATTTC
CCCCCTATTCATGAGCTTTACTCCATGGTTAACTTTATACAGATTCCTTCTGAAATTACTGCTGCATTGGAACCTATCAAAGACAATGAAGAAGCTGTAAGGGCTTATGGAATTCATCTTGGCACTGAAACGTGCAAGAAGATTCTAGCTCATGGAATTAAGACTTTGCATTTGTATACGCTCAACATGGAGAAATCAGC
ATTGGGTATTCTTGCGAATCTTGGCTTGATAGATATGAATAAGATTGGGAGGTCTTTGCCATGGAGACCAGCAACTAATGTTTCACGTACTAAAGAGAATGTGCGACCCATATTCTGGGCTAACCGTCCAAGGAGCTACATTTCTCGAACAATCGGTTGGGAACAGTTTCCCCATGGGAGATGGGGGGATACACGTAGCC
CAGCATATGGAGCTCTTAATGACTATCAGTTCTTGCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGTTGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATATCCATGAGAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAATCCATGGTCAGAGCTGGACGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGAAAATCAATGAA
AAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAGGTTTTCTCACAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACTCTCCTTCCATTGGATGGGGAGGTGCAGGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCCTGAGAAATTGAATGCATTGGTGGAGAGAGCTAAGAATTTACCCTTCGTGAC
ATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGCAACAGTAGCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGAGTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCAGCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAGCATTCCAGGCCTGGGAACAGGAATGGGCTTCTTTGTATCCAGATGGCGATC
CTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTACAAAATAGTTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGGTGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAATTATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTTGGTGCTTCTATAGTCATTTAAGTATTACGAACTGGTACATTGGATTCTATT
TTATCTAGAGGATTCCTAGCTAAAGAGAGAATTTCTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAGGCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTTCTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGGCTGTGGCAGTATTAAATATAGCTGTTAATTATACCACAACATGGACACATG
AAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTCTTGTAATTTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATGGTGTTTGGGCACCCAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATGTTGGAACCCATGGGCAGTAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCTCAGAGAGGAGTTATGGTTTCAATGCCTCCTTGCGAGTTGTACTTTGTAAAC
TTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAATAGAAGCAGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAGAGTATTTTGGTGGACATTTTCTTTCTCTCAACTGTTTCGAACTTGGCTAGTCTACAATTGGTCTGTTGATGATCAACTGTGTTTCTGATGCTATTGGTTGGCTTTAAATTTGAATCTTTTCGTTCAATC
>TRINITY_DN41773_c4_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:AAGCCTTGAGTAGAATAATGTCGACACTGAATTATATATATTTTTTTTCTCTTAGCTTTATGCATGTACTATAATGTTCAGTCTTAAAATAATAGTTGTCGAGGACTTAACATATAAAATTATACCCTAGTGTGATTGTCACCTCAAAATTGAAGACTTCACAAGGTTCTTACCTCTCCCATCATTTGACTATTGCATTA
ATTAATAAATATATTTCCCAAACTGTTTCTTTGTTAGAAAGAATAGAAGACAGTTTTTCCTTTGGTGAATGTAAAAACTAAAACTCTAATGATATTGTATTTGGAATTGCAGTTCTTGCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGTTGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATATCCATGAGgtatgat
ataaattttttgggtgttgctcaatttggaaggataatttattctggcagatgtaacactgtaaagttactaatacaatgatattatacttgctaattcaatggaggttggtatgatatcaattttttgggtgtttctcaatttggaaggataatttattctggcagatgtaacactgtaaagttactaatgcaatatta
caatgatattatacttgctaatttaatgaaggttgcttgtggacaataattcttatcccgtttggtacttatttttatggagcagAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAATCCATGGTCAGAGCTGGACGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGAAAATCAATGAAAAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAG
GTTTTCTCACAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACTCTCCTTCCATTGGTTAGTACACAAAAATTAGCTTTACTTTTCCTTTGTTGTCTCTTTATCTCTGCTTTCATGAGAAGAATATCGGAGTAGAGCTTTTTATTACGTCATTTTAAACTGGATTACAAGTGGAGGACTACTGAAGAATAGTA
ATAAACTTTTAATACTGCTTCTATCATGAAATAATAATTTATCAAGTGTGTAGTATATATTTCATTGCTTTGGTCTTACTTTGATGTAGCCAAACTTCCTAATTTCTATTTAAACCGGACTAGAACTCCAGTTCCAACAGTTTTAATATTAATTTTTAGATAATAAAGAGATTAATGACTTAGAATGTACCCGATTGCGT
AATAGCTTCAAACAATGTTGGGCTCCAGGGAAACACTGACAAAGATCCACTATTGGAAGTTTTTAAACAGTCAGCTCCAAACTCTGACCTTTGCCTTTGTTTATCTCATGTGAAAACTTCATTGCAGGATGGGGAGGTGCAGGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCCTGAGAAATTGAA
TGCATTGGTGGAGAGAGCTAAGAATTTACCCTTCGTGACATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGCAACAGTAGCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGAGTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCAGCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAGCATTCCAGGCCT
GGGAACAGGAATGGGCTTCTTTGTATCCAGATGGCGATCCTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTACAAAATAGTTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGGTGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAATTATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTTGGTGCTTCTATA
GTCATTTAAGTATTACGAACTGGTACATTGGATTCTATTTTATCTAGAGGATTCCTAGCTAAAGAGAGAATTTCTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAGGCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTTCTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGGCTGTGGCAGTAT
TAAATATAGCTGTTAATTATACCACAACATGGACACATGAAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTCTTGTAATTTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATGGTGTTTGGGCACCCAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATGTTGGAACCCATGGGCAGTAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCTCAGAGAGGAGTT
ATGGTTTCAATGCCTCCTTGCGAGTTGTACTTTGTAAACTTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAATAGAAGCAGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAGAGTATTTTGGTGGACATTTTCTTTCTCTCAACTGTTTCGAACTTGGCTAGTCTACAATTGGTCTGTTGATGATCAACTGTGTTTCTGATGCTATT
GGTTGGCTTTAAATTTGAATCTTTTCGTTCAATC
Intron 3 GTATGGTTGT ... TATTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.83 | 149.5 | 2 | 112 |
| A2 | 32.55 | 170 | 0 | 82 |
| A3 | 30.45 | 171.3 | 1.8 | 75 |
| A4 | 27.66 | 154.3 | 2.5 | 59 |
| A5 | 35.38 | 91.3 | 0 | 50 |
| A6 | 34.15 | 144.7 | 0 | 75 |
| A7 | 28.65 | 254 | 1 | 102 |
| A8 | 34.2 | 67.3 | 0 | 35 |
| A9 | 31.09 | 228.3 | 3 | 103 |
| A10 | 32.39 | 256.7 | 1 | 123 |
>TRINITY_DN118177_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformTCTTGCTAGCAGACCAACAGTTCTCTTCACTAGCTTTCCCTTCCTTCTGCCAAGGACGTGAGGGCTAGCTCAACACTGAAACGGAACAATGAAGGTCATTGAGAAGATTCAGAATGCAGAGAAGGAAGGCAAGGTTGTGTTCTCTTTTGAATTCTTCCCTCCGAAAACAGAGGAGGGTGTGGAGAATCTGTTTGATAGAA
TGGATCGAATGGTGGAACATCAGCCCTCATTCTGCGACATCACATGGGGCGCTGGAGGATCCACTGCAGATCTCACACTTGACATATCTAACAAGATGCAGAACATGATTTGTGTAGAGACTATGATGCATTTAACTTGTACAAACATGCCGGTGGAGAAAATTGACCATGCTTTGGCTACCATTAAAGCAAATGGCATT
CAAAACGTGTTGGCTCTTCGTGGAGATCCTCCACATGGACAAGACAAGTTTGTCCAGGTTGAAGGTGGATTTGCATGTGCGCTCGATCTGGTTAAGCACATTAGATCCAAGTACGGTGACTATTTTGGGATTACAGTTGCTGGCTATCCAGAGGCCCATCCTGATATGATAAAGAATGAAGTGGGCGCCACCGAGGAAGA
TTATCAAAAGGACCTTGCCTACTTGAAATTGAAGGTAGATGCAGGTGCAGATTTAATAATTACACAGTTATTTTATGACACTGACATATACCTGAAGTTTGTAAATGACTGCCGGCAAATTGGGATAAAATGCCCCATTGTGCCTGGAATCATGCCTATAAACAATTACAAGGGTTTCCTGCGCATGGCTGGATTTTGCA
AAACTAAGATTCCTTCTGAAATCACTGCTGCATTGGAACCTATCAAAGACAATGAAGAAGCTGTAAGGGCTTATGGAATTCATCTTGGCACTGAAACGTGCAAGAAGATTCTAGCTCATGGAATTAAGACTTTGCATTTGTATACGCTCAACATGGAGAAATCAGCATTGGGTATTCTTGCGAATCTTGGCTTGATAGAT
ATGAATAAGATTGGGAGGTCTTTGCCATGGAGACCAGCAACTAATGTTTCACGTACTAAAGAGAATGTGCGACCCATATTCTGGGCTAACCGTCCAAGGAGCTACATTTCTCGAACAATCGGTTGGGAACAGTTTCCCCATGGGAGATGGGGGGATACACGTAGCCCAGCATATGGAGCTCTTAATGACTATCAGTTCTT
GCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGTTGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATATCCATGAGAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAATCCATGGTCAGAGCTGGATGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGAAAATCAATGAAAAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAGGTTTTCTCA
CAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACTCTCCTTCCATTGGATGGGGAGGTGCAGGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCCTGAGAAATTGAATGCATTGGTGGAGAGAGCTAAGAATTTACCCTTCGTGACATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGCAACAGTA
GCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGAGTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCAGCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAGCATTCCAGGCCTGGGAACAGGAATGGGCTTCTTTGTATCCAGATGGCGATCCTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTACAAAATAG
TTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGGTGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAATTATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTTGGTGCTTCTATAGTCATTTAAGTATTACGAACTGGTACATTGGATTCTATTTTATCTAGAGGATTCTTAGCTAAAGAGAGAATTT
CTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAGGCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTTCTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGGCTGTGGCAGTATTAAATATAGCTGTTAATTATACCACAACATGGACACATGAAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTCTTGTAAT
TTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATAGTGTTTGGGCACCCAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATGTTGGAACCCATGGGCAATAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCTCAGAGAGGAGTTATGGTTTCAATGCCTCCTTGCGAGTTGTACTTTGTAAACTTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAATAGAAGC
AGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAGAGTATTTTGGTGGACATTTTCTTTCTCTCAACTGTTTCGAACTTGGCTAGTCTACAATTGGTCTGTTGATGATCAACTGTGTTTCTGATGCTATTGGTTGGCTTTAAATTTGAATCTTTTCGTTCAATCTCATTTGAATCTTTTTAGTGAGTATCATTTTGAGAATAT
GTGATTGCTATTTGAAAATGAAGACATTTGCAGTCGCCAGCTTTATGAATTATTCTGGTTGTTTATCAAAAGAGCATTGTGAATTCAGAAGGGAGTGT
>TRINITY_DN118177_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:TCTTGCTAGCAGACCAACAGTTCTCTTCACTAGCTTTCCCTTCCTTCTGCCAAGGACGgtatggttgtttactattgcatttagattagattatgtagcctttctctattctggatcagccagatctgatgacctctgcatagatctagggattatgattatcatttattgagttgttcttgtctgactcctgtactggt
ctttattattttgtagTGAGGGCTAGCTCAACACTGAAACGGAACAATGAAGGTCATTGAGAAGATTCAGAATGCAGAGAAGGAAGGCAAGGTTGTGTTCTCTTTTGAATTCTTCCCTCCGAAAACAGAGGAGGGTGTGGAGAATCTGTTTGATAGAATGGATCGAATGGTGGAACATCAGCCCTCATTCTGCGACATCA
CATGGGGCGCTGGAGGATCCACTGCAGATCTCACACTTGACATATCTAACAAGATGCAGAACATGATTTGTGTAGAGACTATGATGCATTTAACTTGTACAAACATGCCGGTGGAGAAAATTGACCATGCTTTGGCTACCATTAAAGCAAATGGCATTCAAAACGTGTTGGCTCTTCGTGGAGATCCTCCACATGGACAA
GACAAGTTTGTCCAGGTTGAAGGTGGATTTGCATGTGCGCTCGATCTGGTTAAGCACATTAGATCCAAGTACGGTGACTATTTTGGGATTACAGTTGCTGGCTATCCAGAGGCCCATCCTGATATGATAAAGAATGAAGTGGGCGCCACCGAGGAAGATTATCAAAAGGACCTTGCCTACTTGAAATTGAAGGTAGATGC
AGGTGCAGATTTAATAATTACACAGTTATTTTATGACACTGACATATACCTGAAGTTTGTAAATGACTGCCGGCAAATTGGGATAAAATGCCCCATTGTGCCTGGAATCATGCCTATAAACAATTACAAGGGTTTCCTGCGCATGGCTGGATTTTGCAAAACTAAGATTCCTTCTGAAATCACTGCTGCATTGGAACCTA
TCAAAGACAATGAAGAAGCTGTAAGGGCTTATGGAATTCATCTTGGCACTGAAACGTGCAAGAAGATTCTAGCTCATGGAATTAAGACTTTGCATTTGTATACGCTCAACATGGAGAAATCAGCATTGGGTATTCTTGCGAATCTTGGCTTGATAGATATGAATAAGATTGGGAGGTCTTTGCCATGGAGACCAGCAACT
AATGTTTCACGTACTAAAGAGAATGTGCGACCCATATTCTGGGCTAACCGTCCAAGGAGCTACATTTCTCGAACAATCGGTTGGGAACAGTTTCCCCATGGGAGATGGGGGGATACACGTAGCCCAGCATATGGAGCTCTTAATGACTATCAGTTCTTGCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGT
TGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATATCCATGAGAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAATCCATGGTCAGAGCTGGATGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGAAAATCAATGAAAAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAGGTTTTCTCACAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACT
CTCCTTCCATTGGATGGGGAGGTGCAGGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCCTGAGAAATTGAATGCATTGGTGGAGAGAGCTAAGAATTTACCCTTCGTGACATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGCAACAGTAGCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGA
GTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCAGCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAGCATTCCAGGCCTGGGAACAGGAATGGGCTTCTTTGTATCCAGATGGCGATCCTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTACAAAATAGTTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGG
TGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAATTATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTTGGTGCTTCTATAGTCATTTAAGTATTACGAACTGGTACATTGGATTCTATTTTATCTAGAGGATTCTTAGCTAAAGAGAGAATTTCTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAG
GCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTTCTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGGCTGTGGCAGTATTAAATATAGCTGTTAATTATACCACAACATGGACACATGAAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTCTTGTAATTTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATAGTGTTTGGGCACC
CAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATGTTGGAACCCATGGGCAATAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCTCAGAGAGGAGTTATGGTTTCAATGCCTCCTTGCGAGTTGTACTTTGTAAACTTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAATAGAAGCAGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAGAGTATTTTGG
TGGACATTTTCTTTCTCTCAACTGTTTCGAACTTGGCTAGTCTACAATTGGTCTGTTGATGATCAACTGTGTTTCTGATGCTATTGGTTGGCTTTAAATTTGAATCTTTTCGTTCAATCTCATTTGAATCTTTTTAGTGAGTATCATTTTGAGAATATGTGATTGCTATTTGAAAATGAAGACATTTGCAGTCGCCAGCT
TTATGAATTATTCTGGTTGTTTATCAAAAGAGCATTGTGAATTCAGAAGGGAGTGT
Intron 4 GTATGATATA ... TATGGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.29 | 262 | 8 | 51 |
| A2 | 14.23 | 235 | 1 | 39 |
| A3 | 17.86 | 207 | 0 | 45 |
| A4 | 24.22 | 244 | 7 | 78 |
| A5 | 16.53 | 101 | 5 | 20 |
| A6 | 16.64 | 581 | 1 | 116 |
| A7 | 17 | 791 | 8 | 162 |
| A8 | 17.34 | 615 | 6 | 129 |
| A9 | 15.72 | 745 | 5 | 139 |
| A10 | 13.22 | 676 | 2 | 103 |
>TRINITY_DN125264_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformCTTGCATTTAGATTAGATTACGTAGCCTTTCTCTGTTCTGGATCAGCCAGATCTGATGACCTGTGCATAGATCCAGGGATTATGATTATCATTTATTGAGTTGTTCTTGTCTGACTCCTGTACTGGTCTTTATTATTTTGTAGTGAGGGCTAGCTCAACACTGAAACGGAACAATGAAGGTCATTGAGAAGATTCAGAAT
GCAGAGAAGGAAGGCAAGGTTGTGTTCTCTTTTGAATTCTTCCCTCCGAAAACAGAGGAGGGTGTGGAGAATCTGTTTGATAGAATGGATCGGATGGTGGAACATCAGCCCTCATTCTGCGACATCACATGGGGCGCTGGAGGATCCACTGCAGATCTCACACTTGACATATCTAACAAGATGCAGAACATGATTTGTGT
AGAGACTATGATGCATTTAACTTGTACAAACATGCCGGTGGAGAAAATTGACCATGCTTTGGCTACCATTAAAGCAAATGGCATTCAAAACGTGTTGGCTCTTCGTGGAGATCCTCCACATGGACAAGACAAGTTTGTCCAGGTTGAAGGTGGATTTGCATGTGCGCTCGATCTGGTTAAGCACATTAGATCCAAGTACG
GTGACTATTTTGGGATTACAGTTGCTGGCTATCCAGAGGCCCATCCTGATATGATAAAGAATGAAGTGGGCGCCACCGAGGAAGATTATCAAAAGGACCTTGCCTACTTGAAATTGAAGGTAGATGCAGGTGCAGATTTAATAATTACACAGTTATTTTATGACACTGACATATACCTGAAGTTTGTAAATGACTGCCGG
CAAATTGGGATAAAATGCCCCATTGTGCCTGGAATCATGCCTATAAACAATTACAAGGGTTTCCTGCGCATGGCTGGATTTTGCAAAACTAAGATTCCTTCTGAAATCACTGCTGCATTGGAACCTATCAAAGACAATGAAGAAGCTGTAAGGGCTTATGGAATTCATCTTGGCACTGAAACGTGCAAGAAGATTCTAGC
TCATGGAATTAAGACTTTGCATTTGTATACGCTCAACATGGAGAAATCAGCATTGGGTATTCTTGCGAATCTTGGCTTGATAGATATGAATAAGATTGGGAGGTCTTTGCCATGGAGACCAGCAACTAATGTTTCACGTACTAAAGAGAATGTGCGACCCATATTCTGGGCTAACCGTCCAAGGAGCTACATTTCTCGAA
CAATCGGTTGGGAACAGTTTCCCCATGGGAGATGGGGGGATACACGTAGCCCAGCATATGGAGCTCTTAATGACTATCAGTTCTTGCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGTTGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATATCCATGAGAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAAT
CCATGGTCAGAGCTGGACGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGAAAATCAATGAAAAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAGGTTTTCTCACAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACTCTCCTTCCATTGGATGGGGAGGTGCAGGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCC
TGAGAAATTGAATGCATTGGTGGAGAGAGCTAAGAATTTACCCTTCGTGACATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGCAACAGTAGCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGAGTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCAGCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAG
CATTCCAGGCCTGGGAACAGGAATGGGCTTCTTTGTATCCAGATGGCGATCCTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTACAAAATAGTTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGGTGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAATTATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTT
GGTGCTTCTATAGTCATTTAAGTATTACGAACTGGTACATTGGATTCTATTTTATCTAGAGGATTCTTAGCTAAAGAGAGAATTTCTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAGGCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTTCTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGG
CTGTGGCAGTATTAAATATAGCTGTTAATTATACCAGAACATGGACACATGAAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTCTTGTAATTTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATGGTGTTTGGGCACCCAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATGTTGGAACCCATGGGCAATAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCT
CAGAGAGGAGTTATGGTTTCAATGCCTCCTTGCGAGTTGTACTTTGTAAACTTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAATAGAAGCAGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAGAGTATTTCGGTGGACATTTTCTTTCTCTCAACTGTTTCGAACTTGGCTAGTCTACAATTGGTCTGTTGATGATCAACTGTGTT
TCTGATGCTATTGGTTGGCTTTAAATTTGAATCTTTTCGTTCAATCTCAAAA
>TRINITY_DN125264_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTAATGATATTGTATTTGGAATTGCAGTTCTTGCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGTTGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATATCCATGAGgtatgatataaattttttgggtgttgctcaatttggaaggataatttattctggcagatgtaacactgtaaagttactaatgcaatattaca
atgatattatacttgctaatttaatgaaggttgcttgtggacaataattcttatcccgtttggtacttatttttatggagcagAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAATCCATGGTCAGAGCTGGACGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGAAAATCAATGAAAAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAGGT
TTTCTCACAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACTCTCCTTCCATTGGATGGGGAGGTGCAGGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCCTGAGAAATTGAATGCATTGGTGGAGAGAGCTAAGAATTTACCCTTCGTGACATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGC
AACAGTAGCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGAGTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCAGCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAGCATTCCAGGCCTGGGAACAGGAATGGGCTTCTTTGTATCCAGATGGCGATCCTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTAC
AAAATAGTTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGGTGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAATTATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTTGGTGCTTCTATAGTCATTTAAGTATTACGAACTGGTACATTGGATTCTATTTTATCTAGAGGATTCTTAGCTAAAGAG
AGAATTTCTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAGGCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTTCTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGGCTGTGGCAGTATTAAATATAGCTGTTAATTATACCAGAACATGGACACATGAAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTC
TTGTAATTTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATGGTGTTTGGGCACCCAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATGTTGGAACCCATGGGCAATAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCTCAGAGAGGAGTTATGGTTTCAATGCCTCCTTGCGAGTTGTACTTTGTAAACTTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAA
TAGAAGCAGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAGAGTATTTCGGTGGACATTTTCTTTCTCTCAACTGTTTCGAACTTGGCTAGTCTACAATTGGTCTGTTGATGATCAACTGTGTTTCTGATGCTATTGGTTGGCTTTAAATTTGAATCTTTTCGTTCAATCTCAAAA
Intron 5 GTTAGTACAC ... TTCATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.37 | 281 | 74 | 36 |
| A2 | 19.5 | 225 | 58 | 51 |
| A3 | 15.68 | 250 | 46 | 47 |
| A4 | 16.33 | 292 | 86 | 28 |
| A5 | 17.49 | 92 | 22 | 17 |
| A6 | 15.6 | 709 | 150 | 112 |
| A7 | 15.28 | 1095 | 243 | 152 |
| A8 | 16.12 | 830 | 181 | 138 |
| A9 | 15.38 | 883 | 184 | 137 |
| A10 | 15.75 | 861 | 184 | 138 |
>TRINITY_DN41773_c4_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformGTCTCGTCTATGAGAAAAGTGACAATGAAAATTAAACTGGAGCCATGTATTTGCAAGATTGAATCCATAATAATGTTTTCTAGGTTTTCCTCTAGTGTTCTTTAGTTGCATGACTCAAGCAAGTAGAGGGTCTTGTTAACATGCAAGCTTGTTTATTGTATGGTAAAATGTACATTATGATGCTAGAAGAGCAACATTTC
CCCCCTATTCATGAGCTTTACTCCATGGTTAACTTTATACAGATTCCTTCTGAAATTACTGCTGCATTGGAACCTATCAAAGACAATGAAGAAGCTGTAAGGGCTTATGGAATTCATCTTGGCACTGAAACGTGCAAGAAGATTCTAGCTCATGGAATTAAGACTTTGCATTTGTATACGCTCAACATGGAGAAATCAGC
ATTGGGTATTCTTGCGAATCTTGGCTTGATAGATATGAATAAGATTGGGAGGTCTTTGCCATGGAGACCAGCAACTAATGTTTCACGTACTAAAGAGAATGTGCGACCCATATTCTGGGCTAACCGTCCAAGGAGCTACATTTCTCGAACAATCGGTTGGGAACAGTTTCCCCATGGGAGATGGGGGGATACACGTAGCC
CAGCATATGGAGCTCTTAATGACTATCAGTTCTTGCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGTTGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATATCCATGAGAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAATCCATGGTCAGAGCTGGACGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGAAAATCAATGAA
AAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAGGTTTTCTCACAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACTCTCCTTCCATTGGATGGGGAGGTGCAGGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCCTGAGAAATTGAATGCATTGGTGGAGAGAGCTAAGAATTTACCCTTCGTGAC
ATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGCAACAGTAGCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGAGTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCAGCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAGCATTCCAGGCCTGGGAACAGGAATGGGCTTCTTTGTATCCAGATGGCGATC
CTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTACAAAATAGTTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGGTGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAATTATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTTGGTGCTTCTATAGTCATTTAAGTATTACGAACTGGTACATTGGATTCTATT
TTATCTAGAGGATTCCTAGCTAAAGAGAGAATTTCTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAGGCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTTCTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGGCTGTGGCAGTATTAAATATAGCTGTTAATTATACCACAACATGGACACATG
AAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTCTTGTAATTTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATGGTGTTTGGGCACCCAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATGTTGGAACCCATGGGCAGTAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCTCAGAGAGGAGTTATGGTTTCAATGCCTCCTTGCGAGTTGTACTTTGTAAAC
TTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAATAGAAGCAGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAGAGTATTTTGGTGGACATTTTCTTTCTCTCAACTGTTTCGAACTTGGCTAGTCTACAATTGGTCTGTTGATGATCAACTGTGTTTCTGATGCTATTGGTTGGCTTTAAATTTGAATCTTTTCGTTCAATC
>TRINITY_DN41773_c4_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:AAGCCTTGAGTAGAATAATGTCGACACTGAATTATATATATTTTTTTTCTCTTAGCTTTATGCATGTACTATAATGTTCAGTCTTAAAATAATAGTTGTCGAGGACTTAACATATAAAATTATACCCTAGTGTGATTGTCACCTCAAAATTGAAGACTTCACAAGGTTCTTACCTCTCCCATCATTTGACTATTGCATTA
ATTAATAAATATATTTCCCAAACTGTTTCTTTGTTAGAAAGAATAGAAGACAGTTTTTCCTTTGGTGAATGTAAAAACTAAAACTCTAATGATATTGTATTTGGAATTGCAGTTCTTGCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGTTGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATATCCATGAGGTATGAT
ATAAATTTTTTGGGTGTTGCTCAATTTGGAAGGATAATTTATTCTGGCAGATGTAACACTGTAAAGTTACTAATACAATGATATTATACTTGCTAATTCAATGGAGGTTGGTATGATATCAATTTTTTGGGTGTTTCTCAATTTGGAAGGATAATTTATTCTGGCAGATGTAACACTGTAAAGTTACTAATGCAATATTA
CAATGATATTATACTTGCTAATTTAATGAAGGTTGCTTGTGGACAATAATTCTTATCCCGTTTGGTACTTATTTTTATGGAGCAGAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAATCCATGGTCAGAGCTGGACGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGAAAATCAATGAAAAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAG
GTTTTCTCACAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACTCTCCTTCCATTGgttagtacacaaaaattagctttacttttcctttgttgtctctttatctctgctttcatgagaagaatatcggagtagagctttttattacgtcattttaaactggattacaagtggaggactactgaagaatagta
ataaacttttaatactgcttctatcatgaaataataatttatcaagtgtgtagtatatatttcattgctttggtcttactttgatgtagccaaacttcctaatttctatttaaaccggactagaactccagttccaacagttttaatattaatttttagataataaagagattaatgacttagaatgtacccgattgcgt
aatagcttcaaacaatgttgggctccagggaaacactgacaaagatccactattggaagtttttaaacagtcagctccaaactctgacctttgcctttgtttatctcatgtgaaaacttcattgcagGATGGGGAGGTGCAGGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCCTGAGAAATTGAA
TGCATTGGTGGAGAGAGCTAAGAATTTACCCTTCGTGACATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGCAACAGTAGCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGAGTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCAGCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAGCATTCCAGGCCT
GGGAACAGGAATGGGCTTCTTTGTATCCAGATGGCGATCCTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTACAAAATAGTTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGGTGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAATTATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTTGGTGCTTCTATA
GTCATTTAAGTATTACGAACTGGTACATTGGATTCTATTTTATCTAGAGGATTCCTAGCTAAAGAGAGAATTTCTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAGGCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTTCTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGGCTGTGGCAGTAT
TAAATATAGCTGTTAATTATACCACAACATGGACACATGAAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTCTTGTAATTTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATGGTGTTTGGGCACCCAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATGTTGGAACCCATGGGCAGTAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCTCAGAGAGGAGTT
ATGGTTTCAATGCCTCCTTGCGAGTTGTACTTTGTAAACTTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAATAGAAGCAGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAGAGTATTTTGGTGGACATTTTCTTTCTCTCAACTGTTTCGAACTTGGCTAGTCTACAATTGGTCTGTTGATGATCAACTGTGTTTCTGATGCTATT
GGTTGGCTTTAAATTTGAATCTTTTCGTTCAATC
Intron 6 GTTAGTACAC ... TTCATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.49 | 281 | 74 | 37 |
| A2 | 19.5 | 225 | 58 | 51 |
| A3 | 15.54 | 250 | 46 | 46 |
| A4 | 16.57 | 292 | 86 | 30 |
| A5 | 17.86 | 92 | 20 | 20 |
| A6 | 15.75 | 709 | 150 | 115 |
| A7 | 15.54 | 1095 | 243 | 160 |
| A8 | 16.25 | 830 | 181 | 141 |
| A9 | 15.58 | 883 | 184 | 142 |
| A10 | 15.96 | 861 | 184 | 143 |
>TRINITY_DN41225_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoformTCTTGCTAGCAGACCAACAGTTCTCTTCACTAGCTTTCCCTTCCTTCTGCCAAGGACGTGAGGGCTAGCTCAACACTGAAACGGAACAATGAAGGTCATTGAGAAGATTCAGAATGCAGAGAAGGAAGGCAAGGTTGTGTTCTCTTTTGAATTCTTCCCTCCGAAAACAGAGGAGGGTGTGGAGAATCTGTTTGATAGAA
TGGATCGAATGGTGGAACATCAGCCCTCATTCTGCGACATCACATGGGGCGCTGGAGGATCCACTGCAGATCTCACACTTGACATATCTAACAAGATGCAGAACATGATTTGTGTAGAGACTATGATGCATTTAACTTGTACAAACATGCCGGTGGAGAAAATTGACCATGCTTTGGCTACCATTAAAGCAAATGGCATT
CAAAACGTGTTGGCTCTTCGTGGAGATCCTCCACATGGACAAGACAAGTTTGTCCAGGTTGAAGGTGGATTTGCATGTGCGCTCGATCTGGTTAAGCACATTAGATCCAAGTACGGTGACTATTTTGGGATTACAGTTGCTGGCTATCCAGAGGCCCATCCTGATATGATAAAGAATGAAGTGGGCGCCACCGAGGAAGA
TTATCAAAAGGACCTTGCCTACTTGAAATTGAAGGTAGATGCAGGTGCAGATTTAATAATTACACAGTTATTTTATGACACTGACATATACCTGAAGTTTGTAAATGACTGCCGGCAAATTGGGATAAAATGCCCCATTGTGCCTGGAATCATGCCTATAAACAATTACAAGGGTTTCCTGCGCATGGCTGGATTTTGCA
AAACTAAGATTCCTTCTGAAATCACTGCTGCATTGGAACCTATCAAAGACAATGAAGAAGCTGTAAGGGCTTATGGAATTCATCTTGGCACTGAAACGTGCAAGAAGATTCTAGCTCATGGAATTAAGACTTTGCATTTGTATACGCTCAACATGGAGAAATCAGCATTGGGTATTCTTGCGAATCTTGGCTTGATAGAT
ATGAATAAGATTGGGAGGTCTTTGCCATGGAGACCAGCAACTAATGTTTCACGTACTAAAGAGAATGTGCGACCCATATTCTGGGCTAACCGTCCAAGGAGCTACATTTCTCGAACAATCGGTTGGGAACAGTTTCCCCATGGGAGATGGGGGGATACACGTAGCCCAGCATATGGAGCTCTTAATGACTATCAGTTCTT
GCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGTTGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATATCCATGAGAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAATCCATGGTCAGAGCTGGATGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGAAAATCAATGAAAAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAGGTTTTCTCA
CAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACTCTCCTTCCATTGGATGGGGAGGTGCAGGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCCTGAGAAATTGAATGCATTGGTGGAGAAAGCTAAGAATTTACCCTTCGTGACATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGCAACAGTA
GCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGAGTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCAGCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAGCATTCCAGGCCTGGGAACAGGAATGGGCTTCTTTGTATCCAGATGGCGATCCTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTACAAAATAG
TTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGGTGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAATTATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTTGGTGCTTCTATAGTCATTTAAGTATTACGAACTGGTACATTGGATTCTATTTTATCTAGAGGATTCTTAGCTAAAGAGAGAATTT
CTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAGGCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTTCTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGGCTGTGGCAGTATTAAATATAGCTGTTAATTATACCAGAACATGGACACATGAAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTCTTGTAAT
TTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATGGTGTTTGGGCACCCAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATGTTGGAACCCATGGGCAATAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCTCAGAGAGGAGTTATGGTTTCAATGCCTCCTTGCGAGTTGTACTTTGTAAACTTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAATAGAAGC
AGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAGAGTATTTTGGTGGACATTTTCTTTCTCTCAACTGTTTCGAACTTGGCTAGTCTACAATTGGTCTGTTGATGATCAACTGTGTTTCTGATGCTATTGGTTGGCTTTAAATTTGAATCTTTTCG
>TRINITY_DN41225_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:TCTTGCTAGCAGACCAACAGTTCTCTTCACTAGCTTTCCCTTCCTTCTGCCAAGGACGTGAGGGCTAGCTCAACACTGAAACGGAACAATGAAGGTCATTGAGAAGATTCAGAATGCAGAGAAGGAAGGCAAGGTTGTGTTCTCTTTTGAATTCTTCCCTCCGAAAACAGAGGAGGGTGTGGAGAATCTGTTTGATAGAA
TGGATCGAATGGTGGAACATCAGCCCTCATTCTGCGACATCACATGGGGCGCTGGAGGATCCACTGCAGATCTCACACTTGACATATCTAACAAGATGCAGAACATGATTTGTGTAGAGACTATGATGCATTTAACTTGTACAAACATGCCGGTGGAGAAAATTGACCATGCTTTGGCTACCATTAAAGCAAATGGCATT
CAAAACGTGTTGGCTCTTCGTGGAGATCCTCCACATGGACAAGACAAGTTTGTCCAGGTTGAAGGTGGATTTGCATGTGCGCTCGATCTGGTTAAGCACATTAGATCCAAGTACGGTGACTATTTTGGGATTACAGTTGCTGGCTATCCAGAGGCCCATCCTGATATGATAAAGAATGAAGTGGGCGCCACCGAGGAAGA
TTATCAAAAGGACCTTGCCTACTTGAAATTGAAGGTAGATGCAGGTGCAGATTTAATAATTACACAGTTATTTTATGACACTGACATATACCTGAAGTTTGTAAATGACTGCCGGCAAATTGGGATAAAATGCCCCATTGTGCCTGGAATCATGCCTATAAACAATTACAAGGGTTTCCTGCGCATGGCTGGATTTTGCA
AAACTAAGATTCCTTCTGAAATCACTGCTGCATTGGAACCTATCAAAGACAATGAAGAAGCTGTAAGGGCTTATGGAATTCATCTTGGCACTGAAACGTGCAAGAAGATTCTAGCTCATGGAATTAAGACTTTGCATTTGTATACGCTCAACATGGAGAAATCAGCATTGGGTATTCTTGCGAATCTTGGCTTGATAGAT
ATGAATAAGATTGGGAGGTCTTTGCCATGGAGACCAGCAACTAATGTTTCACGTACTAAAGAGAATGTGCGACCCATATTCTGGGCTAACCGTCCAAGGAGCTACATTTCTCGAACAATCGGTTGGGAACAGTTTCCCCATGGGAGATGGGGGGATACACGTAGCCCAGCATATGGAGCTCTTAATGACTATCAGTTCTT
GCGCCGACGCTCACGTAGCAAGAAAATTTTGGAGGAATGGGTTGTTCCTCTCAGTTCCATAGAGGATATCCATGAGAAATTTGCAAACTTTTGTTTGGGGAAATTGAAAAGCAATCCATGGTCAGAGCTGGATGGCCTTCAGCCCGAGACAGTGAAAATCAATGAAAAACTGGAGAAACTAAATCGGAAAGGTTTTCTCA
CAATAAATAGTCAGCCTGCAGTTAACGGCGAGAAATCTGACTCTCCTTCCATTGgttagtacacaaaaattagctttacttttcctttgttgtctctttatctctgttttcatgagaagaatatcggagtagagctttttattacgtcattttaaactggcttacaagtggaggactactgaagaatagtaataaacttt
taatactgcttctatcatgaaataataatttatcaagtgtgtagtatatatttcattgctttggtcttactttgatgtagccaaacttcctaatttctatttaaaccggactagaactccagttccaacagttttaatattaatttttagataataaagagattaatgacttagaatgtacccgattgcataatagcttc
aaacaatgttgggctccagggaaacactgataaagatccactattggaagtttttaaacagtcagctccaaactctgaccatttgcctttgtttatctgatgtgaaaacttcattgcagGATGGGGAGGTGCAGGCGGTTACGTTTATCAAAAAGCATATGTGGAATTTTTCTGCTCTCCTGAGAAATTGAATGCATTGG
TGGAGAAAGCTAAGAATTTACCCTTCGTGACATATATTGCTGTAAGCAAGAAGGGTGCAACAGTAGCTAACATTGGGCCAGCTGATGTGAATGCTGTAACTTGGGGAGTTTTTCCTGCAAAGGAGGTGATCCAGCCCACTGTTGTTGATCCTGTAAGTTTCTTGGTTTGGAAAGACGAAGCATTCCAGGCCTGGGAACAG
GAATGGGCTTCTTTGTATCCAGATGGCGATCCTTCAAGAAAGATCCTTGAAGAGGTACAAAATAGTTACTACTTGGTGAGTGTTGTGGACAATGATTACATCCATGGTGACTTGTTTTCAGTATTTGAAGAATTATAAAATCAGTTTTGAAGGTCAATTGGAAGCTATCACGATGTGGTTGGTGCTTCTATAGTCATTTA
AGTATTACGAACTGGTACATTGGATTCTATTTTATCTAGAGGATTCTTAGCTAAAGAGAGAATTTCTCTTCTTTTATTCCCTACTATCAATTGGATGTAATGACAAGGCAGAAAATAATTGTGGAATTTAGTTCTGTTCCCAATCTAAAAATAATGTTTTATCTTTTGGTCATTGCATGGCTGTGGCAGTATTAAATATA
GCTGTTAATTATACCAGAACATGGACACATGAAAAAAAATTCTCCCTTTTTCAGAGTCTTGTAATTTTGGTTTTGTATTTGGCACTATGGCATGGTGTTTGGGCACCCAAGAGTCTGTCAAAGCAGTCAGATGTTGGAACCCATGGGCAATAAGATTTAACACCGATGCGTGGGCTACCTCAGAGAGGAGTTATGGTTTC
AATGCCTCCTTGCGAGTTGTACTTTGTAAACTTTTCTCATAAAATTATTATTTCATAATAGAAGCAGTATAAAAGGTTTATTACTATTCTTGAGGAGAGTATTTTGGTGGACATTTTCTTTCTCTCAACTGTTTCGAACTTGGCTAGTCTACAATTGGTCTGTTGATGATCAACTGTGTTTCTGATGCTATTGGTTGGCT
TTAAATTTGAATCTTTTCG