NA ----> NA

Intron 1 GCAAAGGTGT ... CGGGCCAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48	26	12	24
A2	48.39	16	5	15
A3	47.54	32	7	29
A4	45	11	5	9
A5	48	13	0	12
A6	48.48	17	2	16
A7	46.67	32	7	28
A8	48.89	23	10	22
A9	49.35	39	20	38
A10	48.65	38	6	36

>TRINITY_DN109429_c1_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

AACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGCTGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAACTGCAAAT
TTCGGTCCGGAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGTACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGTAGTCCGTTGGGGGTCTATAGTTGCTAAGTTTTTTATTTTTATTTTTAATTTTTCAATATTTTTAACAAGAACGGATGGAA
TTTTATTATTTTTATTGATATATAACAGGCTGTGGTAGAACTGGTCAACAGATAGATACAAATGTCTCAAAGGCTTTAAAAAAGAGTTCAAAACTTCCAGTTCTGTCCAAAGATCTGCAGACTAGTCATTCCTGC

>TRINITY_DN109429_c1_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGgcaaaggtgtagaacgggccaaagTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGCTGGTGGACAAAGAA
AATGGGCTCAAAAAAACTGCAAATTTCGGTCCGGAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGTACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGTTTTTGATCAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTGGATAATGCACTTTATTA
ACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGGTTCATTGCTACTGTCATGGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTTGATGAGTTCACAGAGATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAGTTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGATAAGGATTCGGCTTTCT
TCATGCAGACATTGTATGACCGTGCAATTAGTCACATGGTTGGTGGAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACTATATTGTCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATCTATTTATCTCTGAAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGA
GTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCT
GAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGAGACGATTACCATACAAAATGTAGATGAACTATTGAATGTTACACAACAGCATGGATCGGAAATAGGAGAGAATTTAGAAAGGATTGCGGAGGGTTGGAATCAACAAAGACAATCATTTTATGAACAAAGTGGGA
TAAAAGAAACAGGCTTAGCAAAACCTGCTGATGACTTTGCACAAGAACTAGATGAGCTTTTGTGTGAAGATTGATTCGAATGTATATTGGCAATTTCCCTTGGGCAATAGTACTATGCATTGTTTACATTTTGGGGACCTTTTGTGGAGTTTTGCAGTTCAGTGAAGTTAAAAGGAGTCACAGGCTCATAAAAATGATCC
AATGAGATAAATATAAATCGTATAGATGGTGATCACTAGGGACACTTTATAGTTGGTCTATATACATAATCTAAGCATTATTAGTAAAAATATAAGAGACATTGTCACCAAGTTTCTAGTAGCTTCTATGTGGAACGTATAAGTTACTGTTAAATAAAAGCTGCACGGTGTTATGGTAACATGTAAGCCCA

Intron 2 GTTCTCAACA ... TAAATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.17	23.8	31	62
A2	76.66	16.4	29.9	78
A3	67.29	29.2	39	81
A4	83.94	9.2	31.9	64
A5	73.88	12.7	22.9	49
A6	66.34	17.8	25.9	44
A7	73.73	31	65.6	108
A8	73.17	22.4	41.9	80
A9	70.25	43.4	73.6	131
A10	72.05	35.9	71.9	113

>TRINITY_DN114515_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGCTATGTAAAAATGTATTTGTAAATGGATCATTCTCAGCCATTGATCTCTTAGCAAGAGATCTAATCTCAGTCATTGATCTCTTTGTCTAGGGATTTTGTATTGGAGTTTCTCTATTTAAGAGAAAACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGGC
AAAGGTGTAGAACGGGCCAAAGTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGCTGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAACTGCAAATTTCGGTCCGGAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAA
GATTGTGATCCTTTTGGTACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTGGATAATGCACTTTATTAACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGGTTCATTGCTACTGTCATGGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTT
GATGAGTTCACAGAGATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAGTTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGATAAGGATTCGGCTTTCTTCATGCAGACATTGTATGACCGTGCAATTAGTCACATGGTTGGTGGAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACT
ATATTGTCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATCTATTTATCTCTGAGTATGGTTAAATTTATGTTTTTTAAATATGAAAATGAAACTTCGTTCTATAATTTGATAAACATGGTATGGCGGATCAAGCTACAATTCAAATGAAGTCATATTTAGACTATTAATTTTAGCTTGTTGGACAGTTTTTAAC
ACCTGAAGCTTCTTTTGGTTTGGATCTAATGTGTTGTCATAAACATCAGAATACTGACAATGTTTGTTTTTGAATACACCCAAAAACAGAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTT
TTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCT
GTTATCAAGGGTATGTTCTCAAGACAACTGCGTTTATAAGCCATGTTTGAAATAGGTTTTTAATATTAAACTATGC

>TRINITY_DN114515_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGGCTATGTAAAAATGTATTTGTAAATGGATCATTCTCAGCCATTGATCTCTTAGCAAGAGATCTAATCTCAGTCATTGATCTCTTTGTCTAGGGATTTTGTATTGGAGTTTCTCTATTTAAGAGAAAACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGGC
AAAGGTGTAGAACGGGCCAAAGgttctcaacatattatttcctgtaaacatttctgttttctcaagctggaatggagtcgaactcatccaacgtaggattaaattacagTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGC
TGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAACTGCAAATTTCGGTCCGGAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGTACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTGGATAATGCACTTTAT
TAACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGGTTCATTGCTACTGTCATGGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTTGATGAGTTCACAGAGATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAGTTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGATAAGGATTCGGCTTT
CTTCATGCAGACATTGTATGACCGTGCAATTAGTCACATGGTTGGTGGAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACTATATTGTCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATCTATTTATCTCTGAGTATGGTTAAATTTATGTTTTTTAAATATGAAAATGAAACTTCGTTCTATAATT
TGATAAACATGGTATGGCGGATCAAGCTACAATTCAAATGAAGTCATATTTAGACTATTAATTTTAGCTTGTTGGACAGTTTTTAACACCTGAAGCTTCTTTTGGTTTGGATCTAATGTGTTGTCATAAACATCAGAATACTGACAATGTTTGTTTTTGAATACACCCAAAAACAGAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTC
TTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAA
GAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGGTATGTTCTCAAGACAACTGCGTTTATAAGCCATGTTTGAAATAGGTTTTTAATATTAAACTATGC

Intron 3 GTATGGTTAA ... CCAAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.43	55	34.3	15
A2	22.39	52	10.1	15
A3	17.24	48	12.9	10
A4	9.26	49	14	5
A5	21.05	15	3.8	4
A6	22.58	48	14.8	14
A7	20.24	134	36.5	34
A8	25	105	48.3	35
A9	17.72	130	35.5	28
A10	23.36	105	21.2	32

>TRINITY_DN109429_c1_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

AACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGGTGTAGAACGGGCCAAAGGTTCTCAACATATTATTTCCTGTAAACATTTCTGTTTTCTCAAGCTGGAATGGAGTCGAACTCATCCAACGTAGGATTAAATTACAGTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTT
TCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGCTGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAACTGCAAATTTCGGTCCGGAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGTACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATT
ACTCATATTTTGCCTACTGACAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTGGATAATGCACTTTATTAACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGGTTCATTGCTACTGTCATGGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTTGATGAGTTCACAGAGATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAG
TTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGATAAGGATTCGGCTTTCTTCATGCAGACATTGTATGACCGTGCAATTAGTCACATGGTTGGTGGAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACTATATTGTCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATC
TATTTATCTCTGAAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGT
TGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGAGACGATTACCATACAAAATGTAGATGAACTATTGAATGTTACACAACAGCATGGATCGGAAATAG
GAGAGAATTTAGAAAGGATTGCGGAGGGTTGGAATCAACAAAGACAATCATTTTATGAACAAAGTGGGATAAAAGAAACAGGCTTAGCAAAACCTGCTGATGACTTTGCACAAGAACTAGATGAGCTTTTGTGTGAAGATTGATTCGAATGTATATTGGCAATTTCCCTTGGGCAATAGTACTATGCATTGTTTACATTT
TGGGGACCTTTTGTGGAGTTTTGCAGTTCAGTGAAGTTAAAAGGAGTCACAGGCTCATAAAAATGATCCAATGAGATAAATATAAATCGTATAGATGGTGATCACTAGGGACACTTTATAGTTGGTCTATATACATAATCTAAGCATTATTAGTAAAAATATAAGAGACATTGTCACCAAGTTTCTAGTAGCTTCTATGT
GGAACGTATAAGTTACTGTTAAATAAAAGCTGCACGGTGTTATGGTAACATGTAAGCCCA

>TRINITY_DN109429_c1_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTTAAAATCTATTTATCTCTGAgtatggttaaatttatgttttttaaatatgaaaatgaaacttcgttctataatttgataaacatggtatggcggatcaagctacaattcaaatgaagtcatatttagactattaattttagcttgttggacagtaacacctgaagcttcttttggtttggatctaatgtgttgtcat
aaacatcagaatactgacaatgtttgtttttgaatacacccaaaaacagAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAA
TGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGAGACGATTACCATACAAAATGTAGATGAAC
TATTGAATGTTACACAACAGCATGGATCGGAAATAGGAGAGAATTTAGAAAGGATTGCGGAGGGTTGGAATCAACAAAGACAATCATTTTATGAACAAAGTGGGATAAAAGAAACAGGCTTAGCAAAACCTGCTGATGACTTTGCACAAGAACTAGATGAGCTTTTGTGTGAAGATTGATTCGAATGTATATTGGCAATT
TCCCTTGGGCAATAGTACTATGCATTGTTTACATTTTGGGGACCTTTTGTGGAGTTTTGCAGTTCAGTGAAGTTAAAAGGAGTCACAGGCTCATAAAAATGATCCAATGAGATAAATATAAATCGTATAGATGGTGATCACTAGGGACACTTTATAGTTGGTCTATATACATAATCTAAGCATTATTAGTAAAAATATAA
GAGACATTGTCACCAAGTTTCTAGTAGCTTCTATGTGGAACGTATAAGTTACTGTTAAATAAAAGCTGCACGGTGTTATGGTAACATGTAAGCCCA

Intron 4 GTATCTAACA ... TGGAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.12	55	16	10
A2	24.48	54	18	17
A3	21.5	42	15	8
A4	21.82	43	24	0
A5	23.08	5	3	0
A6	23.81	72	27	18
A7	26.16	151	80	27
A8	23.99	160	55	46
A9	22.85	184	69	40
A10	24.42	147	68	27

>TRINITY_DN41288_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCGGGGTCAGGACAGCCATTAATCTCTTAGCAAGAGATCTAATCTCAGTCATTGATCTCTTTGTCTAGGGATTTTGTATTGGAGTTTCTCTATTTAAGAGAAAACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGGTGTAGAACGGGCCAAAGGTTCTCAA
CATATTATTTCCTGTAAACATTTCTGTTTTCTCAAGCTGGAATGGAGTCGAACTCATCCAACGTAGGATTAAATTACAGTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGCTGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAA
CTGCAAATTTCGGTCCGGAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGTACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTGGATAATGCACTTTATTAACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGG
TTCATTGCTACTGTCATGGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTTGATGAGTTCACAGAGATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAGTTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGATAAGGATTCGGCTTTCTTCATGCAGACATTGTATGACCGTGCAAT
TAGTCACATGGTTGGTGGAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACTATATTGTCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATCTATTTATCTCTGAGTATGGTTAAATTTATGTTTTTTAAATATGAAAATGAAACTTCGTTATATAATTTGATAAACATGGTATGGCGGATCAAGCTAC
AATTCAAATGAAGTCATATTTAGACTATTAATTTTAGCTTGTTGGACAGTAACACCTGAAGCTTCTTTTGGTTTGGATCTAATGTGTTGTCATAAACATCAGAATACTGACAATGTTTGTTTTTGAATACACCCAAAAACAGAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGT
CGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGA
AACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGAGACGATTACCATACAAAATGTAGATGAACTATTGAATGTTACACAACAGCATGGATCGGAAATAGGAGAGAATTTAGAAAGGATTGCGGAGGGTTGGAATCAACAAAGACAATCATTTTATGAACAAAGTGGGATA
AAAGAAACAGGCTTAGCAAAACCTGCTGATGACTTTGCACAAGAACTAGATGAGCTTTTGTGTGAAGATTGATTCGAATGTATATTGGCAATTTCCCTTGGGCAATAGTACTATGCATTGTTTACATTTTGGGGACCTTTTGTGGAGTTTTGCAGTTCAGTGAAGTTAAAAGGAGTCACAGGCTCATAAAAATGATCCAA
TGAGATAAATATAAATCGTATAGATGGTGATCACTAGGGACACTTTATAGTTGGTCTATATACATAATCTAAGCATTATTAGTAAAAATATAAGAGACATTGTCACCAAGTTTCTAGTAGCTTCTATGTGGAACGTATAAGTTACTGTTAAATAAAAGCTGCACGGTGTTATGGTAACATGTAAGCCTATACTTGGGGAA
CTAACCAAGTGATAACTGTGTTTCTGAGAGCACATATTTTGTATATTGTCGCCTCAACGTCAGTTCAGGGTGTTTATTGTATAACTTGTGTATCTGCGCCTTTCGATGTGTTGTTATGAATGTTTGAAACTCTTGCCTGGTTTGACGAACACAACAATTGATTCTTCAAGCCTTCACAATTGGTAAATAATAGTATTTAT
TTAAGTAAACATTGAAACAAAAGGACGAGAGATCATTATCTTTGTTATTGCCTGATAACTTGGATCT

>TRINITY_DN41288_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAg
tatctaacattccatatgattattctcaaattaagttaatgtttgggagcatttgctttcatgagatttcagctctgaaagttacaactgattttcattctttttggaaaacagGTTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGA
AAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGAGACGATTACCATACAAAATGTAGATGAACTATTGAATGTTACACAACAGCATGGATCGGAAATAGGAGAGAATTTAGAAAGGATTGCGGAGGGTTGGAATCAACAAAGACAATCATTTTATGAACAAAGTGGGATAAAAGAAACAGGCTTAGCAAAACCTGCT
GATGACTTTGCACAAGAACTAGATGAGCTTTTGTGTGAAGATTGATTCGAATGTATATTGGCAATTTCCCTTGGGCAATAGTACTATGCATTGTTTACATTTTGGGGACCTTTTGTGGAGTTTTGCAGTTCAGTGAAGTTAAAAGGAGTCACAGGCTCATAAAAATGATCCAATGAGATAAATATAAATCGTATAGATGG
TGATCACTAGGGACACTTTATAGTTGGTCTATATACATAATCTAAGCATTATTAGTAAAAATATAAGAGACATTGTCACCAAGTTTCTAGTAGCTTCTATGTGGAACGTATAAGTTACTGTTAAATAAAAGCTGCACGGTGTTATGGTAACATGTAAGCCTATACTTGGGGAACTAACCAAGTGATAACTGTGTTTCTGA
GAGCACATATTTTGTATATTGTCGCCTCAACGTCAGTTCAGGGTGTTTATTGTATAACTTGTGTATCTGCGCCTTTCGATGTGTTGTTATGAATGTTTGAAACTCTTGCCTGGTTTGACGAACACAACAATTGATTCTTCAAGCCTTCACAATTGGTAAATAATAGTATTTATTTAAGTAAACATTGAAACAAAAGGACG
AGAGATCATTATCTTTGTTATTGCCTGATAACTTGGATCT

Intron 5 GCACAGGGCC ... TGTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.88	64	5.7	13
A2	16.91	34.4	4.8	7
A3	22.22	49	1.8	14
A4	14.74	48	9.2	8.3
A5	27.78	13	0.9	5
A6	16.28	36	3	7
A7	19.49	88	11.5	21.3
A8	27.72	73	5.7	28
A9	20.83	119	14.7	31.3
A10	21.68	95	9.9	26.3

>TRINITY_DN95787_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CATTAATCTCTTAGCAAGAGATCTAATCTCAGTCATTGATCTCTTTGTCTAGGGATTTTGTATTGGAGTTTCTCTATTTAAGAGAAAACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGGTGTAGAACGGGCCAAAGGTTCTCAACATATTATTTCCTGTAA
ACATTTCTGTTTTCTCAAGCTGGAATGGAGTCGAACTCATCCAACGTAGGATTAAATTACAGTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGCTGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAACTGCAAATTTCGGTCCG
GAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGTACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTGGATAATGCACTTTATTAACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGGTTCATTGCTACTGTCAT
GGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTTGATGAGTTCACAGAGATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAGTTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGATAAGGATTCGGCTTTCTTCATGCAGACATTGTATGACCGTGCAATTAGTCACATGGTTGGTG
GAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACTATATTGTCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATCTATTTATCTCTGAAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTT
CTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGC
AAAAGAGTCTGTTATCAAGGAGACGATTACCATACAAAATGTAGATGAACTATTGAATGTTACACAACAGCATGGATCGGAAATAGGAGAGAATTTAGAAAGGATTGCGGAGGGTTGGAATCAACAAAGACAATCATTTTATGAACAAAGTGGGATAAAAGAAACAGGCTTAGCAAAACCTGCTGATGACTTTGCACAAG
AACTAGATGAGCTTTTGTGTGAAGATTGATTCGAATGTATATTGGCAATTTCCCTTGGGCAATAGTACTATGCATTGTTTACATTTTGGGGACCTTTTGTGGAGTTTTGCAGTTCAGTGAAGTTAAAAGGAGTCACAGGCTCATAAAAATGATCCAATGAGATAAATATAAATCGTATAGATGGTGATCACTAGGGACAC
TTTATAGTTGGTCTATATACATAATCTAAGCATTATTAGTAAAAATATAAGAGACATTGTCACCAAGTTTCTAGTAGCTTCTATGTGGAACGTATAAGTTACTGTTAAATAAAAGCTGCACGGTGTTATGGTA

>TRINITY_DN95787_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CATTAATCTCTTAGCAAGAGATCTAATCTCAGTCATTGATCTCTTTGTCTAGGGATTTTGTATTGGAGTTTCTCTATTTAAGAGAAAACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGGTGTAGAACGGGCCAAAGGTTCTCAACATATTATTTCCTGTAA
ACATTTCTGTTTTCTCAAGCTGGAATGGAGTCGAACTCATCCAACGTAGGATTAAATTACAGTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGCTGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAACTGCAAATTTCGGTCCG
GAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGTACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGTTTTTGATCAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTGGATAATGCACTTTATTAACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGGTTCAT
TGCTACTGTCATGGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTTGATGAGTTCACAGAGgcacagggccagtaattttatatgtgttgcagATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAGTTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGATAAGGATTCGGCTTTCTT
CATGCAGACATTGTATGACCGTGCAATTAGTCACATGGTTGGTGGAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACTATATTGTCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATCTATTTATCTCTGAAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAG
TCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTG
AAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGAGACGATTACCATACAAAATGTAGATGAACTATTGAATGTTACACAACAGCATGGATCGGAAATAGGAGAGAATTTAGAAAGGATTGCGGAGGGTTGGAATCAACAAAGACAATCATTTTATGAACAAAGTGGGAT
AAAAGAAACAGGCTTAGCAAAACCTGCTGATGACTTTGCACAAGAACTAGATGAGCTTTTGTGTGAAGATTGATTCGAATGTATATTGGCAATTTCCCTTGGGCAATAGTACTATGCATTGTTTACATTTTGGGGACCTTTTGTGGAGTTTTGCAGTTCAGTGAAGTTAAAAGGAGTCACAGGCTCATAAAAATGATCCA
ATGAGATAAATATAAATCGTATAGATGGTGATCACTAGGGACACTTTATAGTTGGTCTATATACATAATCTAAGCATTATTAGTAAAAATATAAGAGACATTGTCACCAAGTTTCTAGTAGCTTCTATGTGGAACGTATAAGTTACTGTTAAATAAAAGCTGCACGGTGTTATGGTA

Intron 6 GTATGTTCTC ... GAATATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.65	43	8	3
A2	25.93	40	14	10
A3	16.67	40	8	9
A4	3.23	30	1	4.5
A5	9.09	10	1	3.5
A6	20.24	67	17	12
A7	11.7	166	22	31.5
A8	15.12	261	46.5	54
A9	16.51	182	36	39
A10	16.57	141	28	27

>TRINITY_DN117111_c1_g3_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTGTGACTATGTAAAAATGTGTTTGTAAATGGATCATTCTCAGGACAGCCATTAATCTCTTAGCAAGAGATCTAATCTCAGTCATTGATCTCTTTGTCTAGGGATTTTGTATTGGAGTTTCTCTATTTAAGAGAAAACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACA
GGCAAAGGTGTAGAACGGGCCAAAGGTTCTCAACATATTATTTCCTGTAAACATTTCTGTTTTCTCAAGCTGGAATGGAGTCGAACTCATCCAACGTAGGATTAAATTACAGTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATC
TGCTGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAACTGCAAATTTCGGTCCGGAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGTACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGTTTTTGATCAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTG
GATAATGCACTTTATTAACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGGTTCATTGCTACTGTCATGGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTTGATGAGTTCACAGAGATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAGTTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGA
TAAGGATTCGGCTTTCTTCATGCAGACATTGTATGACCGTGCAATTAGTCACATGGTTGGTGGAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACTATATTGTCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATCTATTTATCTCTGAAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAA
AGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATG
AATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGAGACGATTACCATACAAAATGTAGATGAACTATTGAATGTTACACAACAGCATGGATCGGAAATAGGAGAGAATTTAGAAAGGATTGCGGAGGGTTGGAATCAACAAAGACAATCATT
TTATGAACAAAGTGGGATAAAAGAAACAGGCTTAGCAAAACCTGCTGATGACTTTGCACAAGAACTAGATGAGCTTTTGTGTGAAGATTGATTCGAATGTATATTGGCAATTTCCCTTGGGCAATAGTACTATGCATTGTTTACATTTTGGGGACCTTTTGTGGAGTTTTGCAGTTCAGTGAAGTTAAAAGGAGTCACAG
GCTCATAAAAATGATCCAATGAGATAAATATAAATCGTATAGATGGTGATCACTAGGGACACTTTATAGTTGGTCTATATACATAATCTAAGCATTATTAGTAAAAATATAAGAGACATTGTCACCAAGTTTCTAGTAGCTTCTATGTGGAACGTATAAGTTACTGTTAAATAAAAGCTGCACGGTGTTATGGTAACATG
TAAGCCTATACTTGGGGAACTAACCAAGTGATAACTGTGTTTCTGAGAGCACATATTTTGTATATTGTCGCCTCAACGTCAGTTCAGGGTGTTTATTGTATAACTTGTGTATCTGCGCCTTTCGATGTGTTGTTATGAATGTTTGAAACTCTTGCCTGG

>TRINITY_DN117111_c1_g3_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAG
TTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGgtatgttctcaagacaactgcgtttataagccatgtttgaaataggtttttaatattaaactatgctgccatttttaca
tgtatgcaaatgttactaagatggaaatagtcttatgttttgaatctacagAGACGATTACCATACAAGATGTAGATGAA

Intron 7 GTATGGTTAA ... CCAAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.99	55	36.7	15
A2	19.89	52	10.8	15
A3	19.57	48	13.4	10
A4	16.56	49	14.5	5
A5	20.86	15	3.9	4
A6	23.65	48	15.7	14
A7	21.27	134	38.4	34
A8	28.99	105	50.8	35
A9	20.16	130	37.7	28
A10	20.72	105	22.9	32

>TRINITY_DN114515_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGCTATGTAAAAATGTATTTGTAAATGGATCATTCTCAGCCATTGATCTCTTAGCAAGAGATCTAATCTCAGTCATTGATCTCTTTGTCTAGGGATTTTGTATTGGAGTTTCTCTATTTAAGAGAAAACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGGC
AAAGTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGCTGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAACTGCAAATTTCGGTCCGGAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGT
ACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGTTTTTGATCAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTGGATAATGCACTTTATTAACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGGTTCATTGCTACTGTCATGGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTTGATGAG
TTCACAGAGATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAGTTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGATAAGGATTCGGCTTTCTTCATGCAGACATTGTATGACCGTGCAATTAGTCACATGGTTGGTGGAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACTATATTG
TCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATCTATTTATCTCTGAAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTG
TTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGAGACGATTACCATACAAAATGTAGAT
GAACTATTGAATGTTACACAACAGCATGGATCGGAAATAGGAGAGAATTTAGAAAGGATTGCGGAGGGTTGGAATCAACAAAGACAATCATTTTATGAACAAAGTGGGATAAAAGAAACAGGCTTAGCAAAACCTGCTGATGACTTTGCACAAGAACTAGATGAGCTTTTGTGTGAAGATTGATTCGAATGTATATTGGC
AATTTCCCTTGGGCAATAGTACTATGCATTGTTTACATTTTGGGGACCTTTTGTGGAGTTTTGCAGTTCAGTGAAGTTAAAAGGAGTCACAGGCTCATAAAAATGATCCAATGAGATAAATATAAATCGTATAGATGGTGATCACTAGGGACACTTTATAGTTGGTCTATATACATAATCTAAGCATTATTAGTAAAAAT
ATAAGAGACATTGTCACCAAGTTTCTAGTAGCTTCTATGTGGAACGTATAAGTTACTGTTAAATAAAAGCTGCACGGTGTTATGGTAACATGTAAGCCTATACTTGGGGAACTAACCAAGTGATAACTGTGTTTCTGAGAGCACATATTTTGTATATTGTCGCCTCAACGTCAGTTCAGGGTGTTTATTGTATAACTTGT
GTATCTGCGCCTTTCGATGTGTTGTTATGAATGTTTGAAACTCTTGCCTGGTTTGACGAACAC

>TRINITY_DN114515_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGGCTATGTAAAAATGTATTTGTAAATGGATCATTCTCAGCCATTGATCTCTTAGCAAGAGATCTAATCTCAGTCATTGATCTCTTTGTCTAGGGATTTTGTATTGGAGTTTCTCTATTTAAGAGAAAACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGGC
AAAGGTGTAGAACGGGCCAAAGGTTCTCAACATATTATTTCCTGTAAACATTTCTGTTTTCTCAAGCTGGAATGGAGTCGAACTCATCCAACGTAGGATTAAATTACAGTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGC
TGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAACTGCAAATTTCGGTCCGGAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGTACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTGGATAATGCACTTTAT
TAACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGGTTCATTGCTACTGTCATGGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTTGATGAGTTCACAGAGATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAGTTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGATAAGGATTCGGCTTT
CTTCATGCAGACATTGTATGACCGTGCAATTAGTCACATGGTTGGTGGAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACTATATTGTCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATCTATTTATCTCTGAgtatggttaaatttatgttttttaaatatgaaaatgaaacttcgttctataatt
tgataaacatggtatggcggatcaagctacaattcaaatgaagtcatatttagactattaattttagcttgttggacagtttttaacacctgaagcttcttttggtttggatctaatgtgttgtcataaacatcagaatactgacaatgtttgtttttgaatacacccaaaaacagAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTC
TTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAA
GAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGGTATGTTCTCAAGACAACTGCGTTTATAAGCCATGTTTGAAATAGGTTTTTAATATTAAACTATGC

Intron 8 GTGTAGAACG ... TAAATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71	25.3	11.3	62
A2	82.85	16.2	8.2	78
A3	71.89	31.7	21	81
A4	86.52	10	16.5	64
A5	78.2	13.7	6.5	49
A6	71.75	17.3	6	44
A7	76.6	33	22.5	108
A8	77.67	23	15	80
A9	75.12	43.5	40.5	131
A10	74.18	39.3	34.5	113

>TRINITY_DN114515_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGCTATGTAAAAATGTATTTGTAAATGGATCATTCTCAGCCATTGATCTCTTAGCAAGAGATCTAATCTCAGTCATTGATCTCTTTGTCTAGGGATTTTGTATTGGAGTTTCTCTATTTAAGAGAAAACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGGC
AAAGTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGCTGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAACTGCAAATTTCGGTCCGGAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGT
ACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGTTTTTGATCAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTGGATAATGCACTTTATTAACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGGTTCATTGCTACTGTCATGGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTTGATGAG
TTCACAGAGATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAGTTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGATAAGGATTCGGCTTTCTTCATGCAGACATTGTATGACCGTGCAATTAGTCACATGGTTGGTGGAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACTATATTG
TCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATCTATTTATCTCTGAAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTCTTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTG
TTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAAGAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGAGACGATTACCATACAAAATGTAGAT
GAACTATTGAATGTTACACAACAGCATGGATCGGAAATAGGAGAGAATTTAGAAAGGATTGCGGAGGGTTGGAATCAACAAAGACAATCATTTTATGAACAAAGTGGGATAAAAGAAACAGGCTTAGCAAAACCTGCTGATGACTTTGCACAAGAACTAGATGAGCTTTTGTGTGAAGATTGATTCGAATGTATATTGGC
AATTTCCCTTGGGCAATAGTACTATGCATTGTTTACATTTTGGGGACCTTTTGTGGAGTTTTGCAGTTCAGTGAAGTTAAAAGGAGTCACAGGCTCATAAAAATGATCCAATGAGATAAATATAAATCGTATAGATGGTGATCACTAGGGACACTTTATAGTTGGTCTATATACATAATCTAAGCATTATTAGTAAAAAT
ATAAGAGACATTGTCACCAAGTTTCTAGTAGCTTCTATGTGGAACGTATAAGTTACTGTTAAATAAAAGCTGCACGGTGTTATGGTAACATGTAAGCCTATACTTGGGGAACTAACCAAGTGATAACTGTGTTTCTGAGAGCACATATTTTGTATATTGTCGCCTCAACGTCAGTTCAGGGTGTTTATTGTATAACTTGT
GTATCTGCGCCTTTCGATGTGTTGTTATGAATGTTTGAAACTCTTGCCTGGTTTGACGAACAC

>TRINITY_DN114515_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGGCTATGTAAAAATGTATTTGTAAATGGATCATTCTCAGCCATTGATCTCTTAGCAAGAGATCTAATCTCAGTCATTGATCTCTTTGTCTAGGGATTTTGTATTGGAGTTTCTCTATTTAAGAGAAAACTCACTCATTGTAGCGGCTTCTTGGCACTCTTAGCATTGGAATTGAATAGAGAGACATCACAGGCAAAGGC
AAAGgtgtagaacgggccaaaggttctcaacatattatttcctgtaaacatttctgttttctcaagctggaatggagtcgaactcatccaacgtaggattaaattacagTGCAGGAGTCCATGAACAGATCTTTCAGGTGCTGAGGGGTTGCTGACGTTGGTAATTTGGCTACATATATACTTGAAGGCTTGCTATCTGC
TGGTGGACAAAGAAAATGGGCTCAAAAAAACTGCAAATTTCGGTCCGGAAAGGGATTTAGCTATTTTATCAAGGAATACACTGATAAGATTGTGATCCTTTTGGTACCAGTTTCCTAAAAGCTGTTGCGGATTACTCATATTTTGCCTACTGACAGGGAATTTACTGGCATCATTGGTGTTACTGGATAATGCACTTTAT
TAACATTTATTTTCTAAAAGAATCGGAGGGTTCATTGCTACTGTCATGGACGTGACTCCTTTCAAACTAGATATCGATGAACTTGTTGATGAGTTCACAGAGATAAAAGCAACAACACTAGCTGAAATGAAAGTTATCTGGCGTCGCCGAAAGTTTTCTTTCATCCATGAGGCTAGGCCCACAGATAAGGATTCGGCTTT
CTTCATGCAGACATTGTATGACCGTGCAATTAGTCACATGGTTGGTGGAGATTCATTTTCGAGGAGACTTGCAGGATTATATGCACTATATTGTCTTTACGAAACACAATTGTTTGATAGACCATTTAAAATCTATTTATCTCTGAGTATGGTTAAATTTATGTTTTTTAAATATGAAAATGAAACTTCGTTCTATAATT
TGATAAACATGGTATGGCGGATCAAGCTACAATTCAAATGAAGTCATATTTAGACTATTAATTTTAGCTTGTTGGACAGTTTTTAACACCTGAAGCTTCTTTTGGTTTGGATCTAATGTGTTGTCATAAACATCAGAATACTGACAATGTTTGTTTTTGAATACACCCAAAAACAGAGGACTTAGAAAAGCTTAATGTTC
TTGTGGTTGAGGCAAAGCATAATGGCGTGGGAGTCGCTATAGCTGTGGTGAAGAACATGCTTGCCAAAAATATGTTTCTTTTTGGTTTTGTTGAAGTTGACGAGGAACTAGTTTCTAAAACTGTTAATGCCATGGCAAAGCAGCAACATGCACATCTTCGGGTTGCCTCAGAAAAGTTGTTATCGGATATGCCAATACAA
GAACATGTTCATATGAATCTTGTGAAAGATCTGAAACTGGATGAGCTCAGAAAGCTAGGGAAAGAATATTCAATTGCAAAAGAGTCTGTTATCAAGGGTATGTTCTCAAGACAACTGCGTTTATAAGCCATGTTTGAAATAGGTTTTTAATATTAAACTATGC