sp|P42798|R15A1_ARATH ----> Small ribosomal subunit protein uS8z/uS8w

Intron 1 GTATGTCCAT ... TTTCTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.38	459	2	42
A2	8.35	494	0	45
A3	6.14	566	0	37
A4	8.28	399	0	36
A5	8.7	273	3	26
A6	7.89	4842	0	415
A7	8.09	3079	0	271
A8	7.74	2207	4	185
A9	8.95	3146.5	0	309
A10	8.18	2257.5	0	201

>TRINITY_DN118238_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTGAGAACACGCCTTGTTGTCCAAAGGGAAGCTCTTTCAAGTAGTGTTAGGGTTTTGGACAAGGAAAAGGCAAGGGTTCTTAGGACTTAGTTATTCTTCGAGACAGAGCACAAGCAGAGCGAGACGGCAAGCGTGAGCAGGTGGCGGCAACAGTAGCAGGAGGAGATCCAGAAGGAAAAGATAAGTCGCGATGGTGAGG
ATTAGTGTCTTGAACGATGCACTTAGGAGCATGTATAATGCTGAAAAGCGTGGGAAACGGCAAGTGATGATCAGACCGTCATCAAAGGTTATCATCAAGTTCCTCCAAGTCATGCAAAAGCATGGCTATATTGGAGAGTTCGAGCTAGTTGATGATCACAGAGCAGGTAAAATTGTTGTAGAGCTTAATGGAAGGCTCAA
CAAGTGTGGGGTCATTAGTCCGCGTTTTAATATTGGGGTGAAAGAAATTGAATCCTGGACAGCTCGTTTGCTTCCTTCTCGACAGGTACTGTTTTATGTGGCATAAATGAATTGATATTGTTAAACTAGTTATGCCCCATCTATAGAATGAACCTATCTTTCTTATCTGTTAGTTTTTGTTTTCATCGAGATTTATTTTG
CATGTTCAATAGACATTTTTCCTCTTTTGTGCTTGCAGTTTGGATTCATTGTGTTGACAACATCTGCTGGCATCATGGATCATGATGAAGCCAGGAGAAAGAATGCTGGTGGAAAAATTTTGGGTTTTTTCTATTAGAGGCATTTGGTATTATTATTCTCCGTGGAGCTTAGGAATGGTTTTCATGGTAGTTATCACTGC
GAGTTAACATTTTTTTTGGAAGAATTATGACAATTTTGTATTCAGATTAAGAATTTGACTTTTATATTTGGGGTGAACTTGATTTATTTTTTCTTAATGTTCTTGGTTTCCTTGAATCATTTCACACTACTACTAGAAATCATATCGATCAGTCCTTTACATATATATTCTGAGATATCTACTTCAATTTACATGTTATT
CGTTGTGAAAGACTTCCTTTGGGTTGAAGTGCATTAAATCTTATATCTTGGCTTCTATTATCTTCCGAAAAATTATTTGGCATTTGATAATATGCTGAGACAGCTATGCACCTTTGTGCCCACTAAATGTGATTTGGAGCCGGTTAAATTTAATCTTTGTAGATGATAAAAAGTCAACGATGGGATGTTAGTTGAGTGTT
ATGCTTCCTAAAGCAACCATTTAAAACATTTCCTTTTGCAATGCTTAGGTATTTGAGTGGAGTTAATGGTAACCTTTGTGTTATATATTAAGTAATTTTGGCATTGTTATAGGCTAGCACCAGATGCTTTCATAACAGTATCAACATTCAAAACAGTTGCAAATTTGATACTATTAGTTGTAAAAGCCTGAACTATTTTT
CCATCAAGGATTATTTTTCCAAGGAAAACCTCATGGAAAACTCTTAGCACTGCACTTTGATTCATGTATGATAACCAGGTAAACCGATGTGTGAATTAGGTGTTTAACCCTGAGGCAATTGAGTCAGTTGAGCATCTGACCTCCCAA

>TRINITY_DN118238_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCCAAGTCATGCAAAAGCATGgtatgtccattttcaattctcattttgtttcatactgactttgattggtacaatgtgctctcgatcgctatctggctatgataattttctgttctttctggagcgaaagcattgtatgtcttttcggactcaaggctgcgtcctgagaataattatgttattgcatcgatatctgtta
acttttctgttttcttccagGCTATATTGGAGAGTTCGAGCTAGTTGATGATCACAGAGCAGGTAAAATTGTTGTAGAGCTTAATGGAAGGCTCAACAAGTGTGGGGTCATTAGTCCGCGTTTTAATATTGGGGTGAAAGAAATTGAATCCTGGACAGCTCGTTTGCTTCCTTCTCGACAGTTTGGATTCATTGTGTTGA
CAACATCTGCTGGCATCATGGATCATGATGAAGCCAGGAGAAAGAATGCTGGTGGAAAAATTTTGGGTTTTTTCTATTAGAGGCATTTGGTATTATTATTCTCCGTGGAGCTTAGGAATGGTTTTCATGGTAGTTATCACTGCGAGTTAACATTTTTTTTGGAAGAATTATGACAATTTTGTATTCAGATTAAGAATTTG
ACTTTTATATTTGGGGTGAACTTGATTTATTTTTTCTTAATGTTCTTGGTTTCCTTGAATCATTTCACACTACTACTAGAAATCATATCGATCAGTCCTTTACATATATATTCTGAGATATCTACTTCAATTTACATGTTATTCGTTGTGAAAGACTTCCTTTGGGTTGAAGTGCATTAAATCTTATATCTTGGCTTCTA
TTATCTTCCGAAAAATTATTTGGCATTTGATAATATGCTGAGACAGCTATGCACCTTTGTGCCCACTAAATGTGATTTGGAGCCGGTTAAATTTAATCTTTGTAGATGATAAAAAGTCAACGATGGGATGTTAGTTGAGTGTTATGCTTCCTAAAGCAACCATTTAAAACATTTCCTTTTGCAATGCTTAGGTATTTGAG
TGGAGTTAATGGTAACCTTTGTGTTATATATTAAGTAATTTTGGCATTGTTATAGGCTAGCACCAGATGCTTTCATAACAGTATCAACATTCAAAACAGTTGCAAATTTGATACTATTAGTTGTAAAAGCCTGAACTATTTTTCCATCAAGGATTATTTTTCCAAGGAAAACCTCATGGAAAACTCTTAGCACTGCACTT
TGATTCATGTATGATAACCAGGTAAACCGATGTGTGAATTAGGTGTTTAACCCTGAGGCAATTGAGTCAGTTGAGCATCTGACCTCCCAA

Intron 2 GTACTGTTTT ... GTGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.04	198.3	33.5	26
A2	12.55	202	37	21
A3	11.35	220.7	37.5	19
A4	13.51	160	37	13
A5	14.94	131	35	11
A6	10.86	2996.3	425	305
A7	11.9	1588.7	262	167
A8	11.75	1488.7	187.5	209
A9	11.77	1613.7	232.5	198
A10	10	1036.7	137.5	93

>TRINITY_DN118238_c0_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCCAAGTCATGCAAAAGCATGGTATGTCCATTTTCAATTCTCATTTTGTTTCATACTGACTTTGATTGGTACAATGTGCTCTCGATCGCTATCTGGCTATGATAATTTTCTGTTCTTTCTGGAGCGAAAGCATTGTATGTCTTTTCGGACTCAAGGCTGCGTCCTGAGAATAATTATGTTATTGCATCGATATCTGTTA
ACTTTTCTGTTTTCTTCCAGGCTATATTGGAGAGTTCGAGCTAGTTGATGATCACAGAGCAGGTAAAATTGTTGTAGAGCTTAATGGAAGGCTCAACAAGTGTGGGGTCATTAGTCCGCGTTTTAATATTGGGGTGAAAGAAATTGAATCCTGGACAGCTCGTTTGCTTCCTTCTCGACAGTTTGGATTCATTGTGTTGA
CAACATCTGCTGGCATCATGGATCATGATGAAGCCAGGAGAAAGAATGCTGGTGGAAAAATTTTGGGTTTTTTCTATTAGAGGCATTTGGTATTATTATTCTCCGTGGAGCTTAGGAATGGTTTTCATGGTAGTTATCACTGCGAGTTAACATTTTTTTTGGAAGAATTATGACAATTTTGTATTCAGATTAAGAATTTG
ACTTTTATATTTGGGGTGAACTTGATTTATTTTTTCTTAATGTTCTTGGTTTCCTTGAATCATTTCACACTACTACTAGAAATCATATCGATCAGTCCTTTACATATATATTCTGAGATATCTACTTCAATTTACATGTTATTCGTTGTGAAAGACTTCCTTTGGGTTGAAGTGCATTAAATCTTATATCTTGGCTTCTA
TTATCTTCCGAAAAATTATTTGGCATTTGATAATATGCTGAGACAGCTATGCACCTTTGTGCCCACTAAATGTGATTTGGAGCCGGTTAAATTTAATCTTTGTAGATGATAAAAAGTCAACGATGGGATGTTAGTTGAGTGTTATGCTTCCTAAAGCAACCATTTAAAACATTTCCTTTTGCAATGCTTAGGTATTTGAG
TGGAGTTAATGGTAACCTTTGTGTTATATATTAAGTAATTTTGGCATTGTTATAGGCTAGCACCAGATGCTTTCATAACAGTATCAACATTCAAAACAGTTGCAAATTTGATACTATTAGTTGTAAAAGCCTGAACTATTTTTCCATCAAGGATTATTTTTCCAAGGAAAACCTCATGGAAAACTCTTAGCACTGCACTT
TGATTCATGTATGATAACCAGGTAAACCGATGTGTGAATTAGGTGTTTAACCCTGAGGCAATTGAGTCAGTTGAGCATCTGACCTCCCAA

>TRINITY_DN118238_c0_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTGAGAACACGCCTTGTTGTCCAAAGGGAAGCTCTTTCAAGTAGTGTTAGGGTTTTGGACAAGGAAAAGGCAAGGGTTCTTAGGACTTAGTTATTCTTCGAGACAGAGCACAAGCAGAGCGAGACGGCAAGCGTGAGCAGGTGGCGGCAACAGTAGCAGGAGGAGATCCAGAAGGAAAAGATAAGTCGCGATGGTGAGG
ATTAGTGTCTTGAACGATGCACTTAGGAGCATGTATAATGCTGAAAAGCGTGGGAAACGGCAAGTGATGATCAGACCGTCATCAAAGGTTATCATCAAGTTCCTCCAAGTCATGCAAAAGCATGGCTATATTGGAGAGTTCGAGCTAGTTGATGATCACAGAGCAGGTAAAATTGTTGTAGAGCTTAATGGAAGGCTCAA
CAAGTGTGGGGTCATTAGTCCGCGTTTTAATATTGGGGTGAAAGAAATTGAATCCTGGACAGCTCGTTTGCTTCCTTCTCGACAGgtactgttttatgtggcataaatgaattgatattgttaaactagttatgccccatctatagaatgaacctatctttcttatctgttagtttttgttttcatcgagatttattttg
catgttcaatagacatttttcctcttttgtgcttgcagTTTGGATTCATTGTGTTGACAACATCTGCTGGCATCATGGATCATGATGAAGCCAGGAGAAAGAATGCTGGTGGAAAAATTTTGGGTTTTTTCTATTAGAGGCATTTGGTATTATTATTCTCCGTGGAGCTTAGGAATGGTTTTCATGGTAGTTATCACTGC
GAGTTAACATTTTTTTTGGAAGAATTATGACAATTTTGTATTCAGATTAAGAATTTGACTTTTATATTTGGGGTGAACTTGATTTATTTTTTCTTAATGTTCTTGGTTTCCTTGAATCATTTCACACTACTACTAGAAATCATATCGATCAGTCCTTTACATATATATTCTGAGATATCTACTTCAATTTACATGTTATT
CGTTGTGAAAGACTTCCTTTGGGTTGAAGTGCATTAAATCTTATATCTTGGCTTCTATTATCTTCCGAAAAATTATTTGGCATTTGATAATATGCTGAGACAGCTATGCACCTTTGTGCCCACTAAATGTGATTTGGAGCCGGTTAAATTTAATCTTTGTAGATGATAAAAAGTCAACGATGGGATGTTAGTTGAGTGTT
ATGCTTCCTAAAGCAACCATTTAAAACATTTCCTTTTGCAATGCTTAGGTATTTGAGTGGAGTTAATGGTAACCTTTGTGTTATATATTAAGTAATTTTGGCATTGTTATAGGCTAGCACCAGATGCTTTCATAACAGTATCAACATTCAAAACAGTTGCAAATTTGATACTATTAGTTGTAAAAGCCTGAACTATTTTT
CCATCAAGGATTATTTTTCCAAGGAAAACCTCATGGAAAACTCTTAGCACTGCACTTTGATTCATGTATGATAACCAGGTAAACCGATGTGTGAATTAGGTGTTTAACCCTGAGGCAATTGAGTCAGTTGAGCATCTGACCTCCCAA