NA ----> NA

Intron 1 GTACTGAATA ... TGATTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.22	19	20	25
A2	48.39	24	30	15
A3	57.5	17	21	25
A4	53.83	24.7	26.6	31
A5	56.76	8	14	7
A6	57.69	157.9	204.5	226
A7	56.91	104.8	137.2	139.6
A8	57.96	122.6	147	191
A9	65.03	95.1	157	196.6
A10	61.86	67.8	97.8	122

>TRINITY_DN103249_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

TTCAGGACCTTTGGAGTGCGATGGAGAAGAAGGGAGGGAATGGGTTTGGGTACGGATGGGCAGTTGCTGCGGGAAGCAATGCTTCAATGGCAGCAGTCATTGCCAAGGCCACATCATCGTCTCAGGTTGATAGGAGGTTTCAGCTGTTGGGCTATGCAGGTGTGGTTTTATTGAATGTGATAATGTGGAGCTGCTATGTC
AACAGTCTTAAGGCTCTAACTTCTTTGCAAGCCACAGTTGTGAACTTTGCTACCAATTTTTTGGTTTCGGGATTAACTGGCCTCTTTCTCTTCAAAGAATCATTGCATTTCCAGTGGTTTGTAGGTGCCTTTCTGATTGTTTTGGGTACCCTCATCCTCAGCAAATCAAGCACTATACCAGAGCATGCTTCCCATGCTGC
AAAGAGTAATCTGGAATGAATGTCATCCTTAATGGAAGTTTGGCATTTTGAGAAGAAAAAAAATTTCCTATCACTCTATGGACTATACTCGGGTCAAATTCTGGGAAGCTTGTGAGTGTTCTGATTGGTCCAACCGATGCCTGGATATTGGAAGTGCTATATTTTCAGCATGGCTTCATTGAATTGTAGACTCTGCAAGA
AGACCAAAAGCACTTTGAGAAGCGGGCTTATAATTTCAATTCACGGTTTCATATTTTGATTGATGCAAGTTAATATGGTCTGGATGAAATTTACTTTCATAGTCAAACTGGTAAGCAAATAGCAAGATGTGAACATCAAAGGCTTTCATTAGTTTTAATTTTAAATGCCATCCACTTATTGTAGCCTC

>TRINITY_DN103249_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAGGCCACATCATCGTCTCAGGTGCCTTTCTGATTGTTTTGGGTACCCTCATCCTCAGCAAATCAAGCACTATACCAGAGCATGCTTCCCATGCTGCAAAGAGTAATCTGGAATGAATGTCATCCTTAATGGAAGTTTGGCATTTTGAGAAGAAAAAAAATTTCCgtactgaatatcttctcaagcagttgcatgttgat
agagcaagatgtgaaaactagattcaagttactgtttccgttgggacatcacttttgtaaaatcctaattagaaaattgtattgattatcagTATCACTCTATGGACTATACTCGGGTCAAATTCTGGGAAGCTTGTGAGTGTTCTGATTGGTCCAACCGATGCCTGGATATTGGAAGTGCTATATTTTCAGCATGGCTT
CATTGAATTGTAGACTCTGCAAGAAGACCAAAAGCACTTTGAGAAGCGGGCTTATAATTTCAATTCACGGTTTCATATTTTGATTGATGCAAGTTAATATGGTCTGGATGAAATTTACTTTCATAGTCAAACTGGTAAGCAAATAGCAAGATGTGAACATCAAAGGCTTTCATTAGTTTTAATTTTAAATGCCATCCACT
TATTGTAGCCTC

Intron 2 GTAATCTGGA ... TGATTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.62	13.6	31.6	25
A2	62.57	15.9	38	15
A3	73.07	10.3	30.6	25
A4	78.91	9.1	37	31
A5	76.92	3	13	7
A6	67.82	113.7	249	226
A7	65.24	90.3	197.4	139.6
A8	68.36	88.6	188.9	191
A9	73.57	68.9	181.6	196.6
A10	66.3	62.1	120.1	122

>TRINITY_DN101511_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

CTTGTGTGTTTCAGGACCTTTGGAGTGCGATGGAGAAGAAGGGAGGGAATGGGTTTGGGTACGGATGGGCAGTTGCTGCGGGAAGCAATGCTTCAATGGCAGCAGTCATTGCCAAGGCCACATCATCGTCTCAGGTTGATAGGAGGTTTCAGCTGTTGGGCTATGCAGGTGTGGTTTTATTGAATGTGATAATGTGGAGC
TGCTATGTCAACAGTCTTAAGGCTCTAACTTCTTTGCAAGCCACAGTTGTGAACTTTGCTACCAATTTTTTGGTTTCGGGATTAACTGGCCTCTTTCTCTTCAAAGAATCATTGCATTTCCAGTGGTTTGTAGGTGCCTTTCTGATTGTTTTGGGTACCCTCATCCTCAGCAAATCAAGCACTATACCAGAGCATGCTTC
CCATGCTGCAAAGATATCACTCTATGGACTATACTCGGGTCAAATTCTGGGAAGCTTGTGAGTGTTCTGATTGGTCCAACCGATGCCTGGATATTGGAAGTGCTATATTTTCAGCATGGCTTCATTGAATTGTAGACTCTGCAAGAAGACCAAAAGCACTTTGAGAAGCGGGCTTATAATTTCAATTCACGGTTTCATAT
TTTGATTGATGCAAGTTAATATGGTCTGGATGAAATTTACTTTCAAAAAAAA

>TRINITY_DN101511_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTTGTGTGTTTCAGGACCTTTGGAGTGCGATGGAGAAGAAGGGAGGGAATGGGTTTGGGTACGGATGGGCAGTTGCTGCGGGAAGCAATGCTTCAATGGCAGCAGTCATTGCCAAGGCCACATCATCGTCTCAGGTTGATAGGAGGTTTCAGCTGTTGGGCTATGCAGGTGTGGTTTTATTGAATGTGATAATGTGGAGC
TGCTATGTCAACAGTCTTAAGGCTCTAACTTCTTTGCAAGCCACAGTTGTGAACTTTGCTACCAATTTTTTGGTTTCGGGATTAACTGGCCTCTTTCTCTTCAAAGAATCATTGCATTTCCAGTGGTTTGTAGGTGCCTTTCTGATTGTTTTGGGTACCCTCATCCTCAGCAAATCAAGCACTATACCAGAGCATGCTTC
CCATGCTGCAAAGAgtaatctggaatgaatgtcatccttaatggaagtttggcattttgagaagaaaaaaaatttccgtactgaatatcttctcaagcagttgcatgttgatagagcaagatgtgaaaactagattcaagttactgtttccgttgggacatcacttttgtaaaatcctaattagaaaattgtattgatta
tcagTATCACTCTATGGACTATACTCGGGTCAAATTCTGGGAAGCTTGTGAGTGTTCTGATTGGTCCAACCGATGCCTGGATATTGGAAGTGCTATATTTTCAGCATGGCTTCATTGAATTGTAGACTCTGCAAGAAGACCAAAAGCACTTTGAGAAGCGGGCTTATAATTTCAATTCACGGTTTCATATTTTGATTGAT
GCAAGTTAATATGGTCTGGATGAAATTTACTTTCAAAAAAAA

Intron 3 GTTGATAGGA ... GGCTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.42	21	36	55
A2	69.76	31	60	83
A3	66.91	46	90	96
A4	65.92	38	69	78
A5	73.91	12	31	37
A6	70.53	220	460	593
A7	71.07	184	396	508
A8	68.73	121	227	305
A9	72.01	166	369	485
A10	67.75	168	314	392

>TRINITY_DN101511_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

CTTGTGTGTTTCAGGACCTTTGGAGTGCGATGGAGAAGAAGGGAGGGAATGGGTTTGGGTACGGATGGGCAGTTGCTGCGGGAAGCAATGCTTCAATGGCAGCAGTCATTGCCAAGGCCACATCATCGTCTCAGGTGTGGTTTTATTGAATGTGATAATGTGGAGCTGCTATGTCAACAGTCTTAAGGCTCTAACTTCTT
TGCAAGCCACAGTTGTGAACTTTGCTACCAATTTTTTGGTTTCGGGATTAACTGGCCTCTTTCTCTTCAAAGAATCATTGCATTTCCAGGTGCCTTTCTGATTGTTTTGGGTACCCTCATCCTCAGCAAATCAAGCACTATACCAGAGCATGCTTCCCATGCTGCAAAGAGTAATCTGGAATGAATGTCATCCTTAATGG
AAGTTTGGCATTTTGAGAAGAAAAAAAATTTCCGTACTGAATATCTTCTCAAGCAGTTGCATGTTGATAGAGCAAGATGTGAAAACTAGATTCAAGTTACTGTTTCCGTTGGGACATCACTTTTGTAAAATCCTAATTAGAAAATTGTATTGATTATCAGTATCACTCTATGGACTATACTCGGGTCAAATTCTGGGAAG
CTTGTGAGTGTTCTGATTGGTCCAACCGATGCCTGGATATTGGAAGTGCTATATTTTCAGCATGGCTTCATTGAATTGTAGACTCTGCAAGAAGACCAAAAGCACTTTGAGAAGCGGGCTTATAATTTCAATTCACGGTTTCATATTTTGATTGATGCAAGTTAATATGGTCTGGATGAAATTTACTTTCAAAAAAAA

>TRINITY_DN101511_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTTGTGTGTTTCAGGACCTTTGGAGTGCGATGGAGAAGAAGGGAGGGAATGGGTTTGGGTACGGATGGGCAGTTGCTGCGGGAAGCAATGCTTCAATGGCAGCAGTCATTGCCAAGGCCACATCATCGTCTCAGgttgataggaggtttcagctgttgggctatgcagGTGTGGTTTTATTGAATGTGATAATGTGGAGC
TGCTATGTCAACAGTCTTAAGGCTCTAACTTCTTTGCAAGCCACAGTTGTGAACTTTGCTACCAATTTTTTGGTTTCGGGATTAACTGGCCTCTTTCTCTTCAAAGAATCATTGCATTTCCAGTGGTTTGTAGGTGCCTTTCTGATTGTTTTGGGTACCCTCATCCTCAGCAAATCAAGCACTATACCAGAGCATGCTTC
CCATGCTGCAAAGATATCACTCTATGGACTATACTCGGGTCAAATTCTGGGAAGCTTGTGAGTGTTCTGATTGGTCCAACCGATGCCTGGATATTGGAAGTGCTATATTTTCAGCATGGCTTCATTGAATTGTAGACTCTGCAAGAAGACCAAAAGCACTTTGAGAAGCGGGCTTATAATTTCAATTCACGGTTTCATAT
TTTGATTGATGCAAGTTAATATGGTCTGGATGAAATTTACTTTCAAAAAAAA

Intron 4 GTTGATAGGA ... TGGTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.33	8	36	44
A2	86.3	10	60	66
A3	89.66	9	89	67
A4	85.82	10	69	52
A5	82.46	5	31	16
A6	84.26	82	460	418
A7	86.95	53	396	310
A8	84.44	48	227	294
A9	85.56	54	369	271
A10	86.46	44	314	248

>TRINITY_DN103249_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

AAGGCCACATCATCGTCTCAGGTGCCTTTCTGATTGTTTTGGGTACCCTCATCCTCAGCAAATCAAGCACTATACCAGAGCATGCTTCCCATGCTGCAAAGAGTAATCTGGAATGAATGTCATCCTTAATGGAAGTTTGGCATTTTGAGAAGAAAAAAAATTTCCGTACTGAATATCTTCTCAAGCAGTTGCATGTTGAT
AGAGCAAGATGTGAAAACTAGATTCAAGTTACTGTTTCCGTTGGGACATCACTTTTGTAAAATCCTAATTAGAAAATTGTATTGATTATCAGTATCACTCTATGGACTATACTCGGGTCAAATTCTGGGAAGCTTGTGAGTGTTCTGATTGGTCCAACCGATGCCTGGATATTGGAAGTGCTATATTTTCAGCATGGCTT
CATTGAATTGTAGACTCTGCAAGAAGACCAAAAGCACTTTGAGAAGCGGGCTTATAATTTCAATTCACGGTTTCATATTTTGATTGATGCAAGTTAATATGGTCTGGATGAAATTTACTTTCATAGTCAAACTGGTAAGCAAATAGCAAGATGTGAACATCAAAGGCTTTCATTAGTTTTAATTTTAAATGCCATCCACT
TATTGTAGCCTC

>TRINITY_DN103249_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTCAGGACCTTTGGAGTGCGATGGAGAAGAAGGGAGGGAATGGGTTTGGGTACGGATGGGCAGTTGCTGCGGGAAGCAATGCTTCAATGGCAGCAGTCATTGCCAAGGCCACATCATCGTCTCAGgttgataggaggtttcagctgttgggctatgcaggtgtggttttattgaatgtgataatgtggagctgctatgtc
aacagtcttaaggctctaacttctttgcaagccacagttgtgaactttgctaccaattttttggtttcgggattaactggcctctttctcttcaaagaatcattgcatttccagtggtttgtagGTGCCTTTCTGATTGTTTTGGGTACCCTCATCCTCAGCAAATCAAGCACTATACCAGAGCATGCTTCCCATGCTGC
AAAGAGTAATCTGGAATGAATGTCATCCTTAATGGAAGTTTGGCATTTTGAGAAGAAAAAAAATTTCCGTACTGAATATCTTCTCAAGCAGTTGCATGTTGATAGAGCAAGATGTGAAAACTAGATTCAAGTTACTGTTTCCGTTGGGACATCACTTTTGTAAAATCCTAATTAGAAAATTGTATTGATTATCAGTATCA
CTCTATGGACTATACTCGGGTCAAATTCTGGGAAGCTTGTGAGTGTTCTGATTGGTCCAACCGATGCCTGGATATTGGAAGTGCTATATTTTCAGCATGGCTTCATTGAATTGTAGACTCTGCAAGAAGACCAAAAGCACTTTGAGAAGCGGGCTTATAATTTCAATTCACGGTTTCATATTTTGATTGATGCAAGTTAA
TATGGTCTGGATGAAATTTACTTTCATAGTCAAACTGGTAAGCAAATAGCAAGATGTGAACATCAAAGGCTTTCATTAGTTTTAATTTTAAATGCCATCCACTTATTGTAGCCTC