sp|Q0J7U6|TPR2_ORYSJ ----> Protein TOPLESS-RELATED PROTEIN 2

Intron 1 GTGTTGTAGA ... TTGATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.22	126	35	33.2
A2	22.07	54	19	11.8
A3	16.02	95	24	12.6
A4	14.93	73	13	12.8
A5	18.03	57	18	7.2
A6	8.11	223	19	21
A7	9.37	426	58	31.2
A8	9.04	347	33	37.4
A9	8.32	361	29	37.4
A10	6.27	302	22	18.8

>TRINITY_DN47151_c1_g3_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACATTTAAGGTCCTGGCAAAATACATGCCCCGTCCCCCAGCCCCAGCAGCAA
CATGTTTAGCTTTCCACCCTTTGGATAATAACATCTTTGTTATTGGATTGGAAGATTCAACAATTCAAATTTACAATGCTAGACTTATAAAGTTAGACATGACCCTTAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTCTGGTATCCTCTGGAACTGACTCAAAGCTGTGTGTCTGG
AACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATACGACAGTTCAGTTTGATAATATTAATCAAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGCCAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTTGGGCACCTCGGGATCCAAT
GCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTGTATTTGATTCTGAATATCTATGGCCGCGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTATACCAAGCATGGGCAGGTAAGTTGTTTCCTCTCGCAAAGAAAAGGATTATGGTTCAGTTCATTAGG
TTAGGCTCCTTTAACTTAAATAGTCTGGCTGTTGCAGTTGGATCCCACTTAACGGAAACGTTGTTTTGTTTGTTTATATGCAGTGGCAACACCTATCCACCTGTAATCGCTGCACATCCACAGGAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTG
CTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAACGTAATCACATTGATGCAGGATTGACTGATGGAACTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAG
AATTGTAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATGAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGAGTCAAGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAAT
AT

>TRINITY_DN47151_c1_g3_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACATTTAAGGTGAGGAATTATTCTCTTTCAAAAGGCTTGTTTGCATTTGTTT
TTAGTAGTTAATGCTGTCATGTTTTTTTCATATATGACTGCTTGTTAGTTTAGCAAATGTTGTTATTTTCCCATTGCTGCAGATCTGTTGAATTCTTGAACTTCTGTTGTGTAACATTGTAGTAGATTGAAAGATTCCTTGAGTTCTAAGTTTACAGAGAAGTTGACTGTATCTTTATAGTCCATGTATGTTTTTTTTAC
ATCTATAGTGATATCTATGTTGATGCAGGTCCTGGCAAAATACATGCCCCGTCCCCCAGCCCCAGCAGCAACATGTTTAGCTTTCCACCCTTTGGATAATAACATCTTTGTTATTGGATTGGAAGATTCAACAATTCAAATTTACAATGCTAGACTTATAAAGgtgttgtagatttacattttcactgtagtgccttcta
tttttcctgaccttttatgctattactagaatgccactaatgagagtttgattacagTTAGACATGACCCTTAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTCTGGTATCCTCTGGAACTGACTCAAAGGTATATATTCTAATCCCTTTGGAGGTAACCATCTTATATATTCACCA
TTTAATATATCAAATACATTTTTTTTTGACTAAAACCATTGTCATGGTGGCAGCTGTGTGTCTGGAACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATACGACAGTTCAGTTTGATAATATTAATCAAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGC
CAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTTGGGCACCTCGGGATCCAATGCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTGTATTTGATTCTGAATATCTATGGCCGCGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTAT
ACCAAGCATGGGCAGTGGCAACACCTATCCACCTGTAATCGCTGCACATCCACAGGAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAAC
GTAATCACATTGATGCAGGATTGACTGATGGAACTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAGAATTGTAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATC
AGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATGAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGAGTCAAGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAATAT

Intron 2 GTATATATTC ... ATGGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.48	444	15	52
A2	7.19	297	3	23
A3	13.02	394	7	59
A4	12.63	332	0	48
A5	10.11	160	6	18
A6	12.59	993	12	143
A7	12.35	1448	13	204
A8	12.69	1472	13	214
A9	11.94	1386	21	188
A10	12.57	1245	24	179

>TRINITY_DN38384_c1_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

GTTTGATTACAGTTAGACATGACCCTTAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTTTGGTATCCTCTGGAACTGATTCAAAGCTATGTGTCTGGAACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATAC
GACAGTTCAGTTTGATAATATTGATCAAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGCCAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTTGGGCACCTCGGGATCCAATGCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTG
TATTTGATTCTGAATATCTATGGCCGCGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTATACCAAGCATGGGCAGTGGCAACACCTATCCACCTGTAATCGCTGCACATCCACAGGAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCA
TAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAACGTAATCACATTGATGCAGGATTGACTATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCTTAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAGAATTGTAACGTAATCACATCGCTGTAGGATTGACTGA
TGGAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGAGTCAAGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATC

>TRINITY_DN38384_c1_g1_i12 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTTTGATTACAGTTAGACATGACCCTTAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTTTGGTATCCTCTGGAACTGATTCAAAGgtatatattctaatccctttggaggtaaccatcttatatattcaccatttaatatatcaaataattttttttgactaaaaccattgtaatgg
tggcagCTATGTGTCTGGAACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATACGACAGTTCAGTTTGATAATATTGATCAAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGCCAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTTG
GGCACCTCGGGATCCAATGCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTGTATTTGATTCTGAATATCTATGGCCGCGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTATACCAAGCATGGGCAGTGGCAACACCTATCCACCTGTAATCGCTGCAC
ATCCACAGGAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAACGTAATCACATTGATGCAGGATTGACTATTCCTATCAGATAATGGAGC
TGCTATTTCAAATCTTAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAGAATTGTAACGTAATCACATCGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGAGTCA
AGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATC

Intron 3 GTGAGGAATT ... GTTGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.43	41	16	15
A2	20.55	29	8	7
A3	18.62	59	9	18
A4	16.67	30	11	1
A5	22.22	21	7	5
A6	22.77	39	12	11
A7	19.52	134	34	31
A8	16.92	81	11	22
A9	18.99	64	13	17
A10	21.33	118	36	28

>TRINITY_DN47151_c1_g3_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACATTTAAGGTCCTGGCAAAATACATGCCCCGTCCCCCAGCCCCAGCAGCAA
CATGTTTAGCTTTCCACCCTTTGGATAATAACATCTTTGTTATTGGATTGGAAGATTCAACAATTCAAATTTACAATGCTAGACTTATAAAGTTAGACATGACACTTAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTTTGGTATCCTCTGGAACTGATTCAAAGGTATATATTCTA
ATCCCTTTGGAGGTAACCATCTTATATATTCACCATTTAATATATCAAATAATTTTTTTTGACTAAAACCATTGTAATGGTGGCAGCTGTGTGTCTGGAACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATACGACAGTTCAGTTTGATAATATT
AATCAAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGCCAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTTGGGCACCTCGGGATCCAATGCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTGTATTTGATTCTGAATATCTATG
GCCGCGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTATACCAAGCATGGGCAGGTAAGTTGTTTCCTCTCGCAAAGAAAAGGATTATGGTTCAGTTCATTAGGTTAGGCTCCTTTAACTTAAATAGTCTGGCTGTTGCAGTTGGATCCCACTTAACGGAAACGTTGTTTTGTTTGTTTATATGCAGTGGCAACACCTATCCACCT
GTAATCGCTGCACATCCACAGGAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAACGTAATCACATTGATGCAGGATTGACTGATGGAAC
TGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAGAATTGTAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATGAAGTT
CTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGAGTCAAGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAATAT

>TRINITY_DN47151_c1_g3_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACATTTAAGgtgaggaattattctctttcaaaaggcttgtttgcatttgttt
ttagtagttaatgctgtcatgtttttttcatatatgactgcttgttagtttagcaaatgttgttattttcccattgctgcagatctgttgaattcttgaacttctgttgtgtaacattgtagtagattgaaagattccttgagttctaagtttacagagaagttgactgtatctttatagtccatgtatgttttttttac
atctatagtgatatctatgttgatgcagGTCCTGGCAAAATACATGCCCCGTCCCCCAGCCCCAGCAGCAACATGTTTAGCTTTCCACCCTTTGGATAATAACATCTTTGTTATTGGATTGGAAGATTCAACAATTCAAATTTACAATGCTAGACTTATAAAGGTGTTGTAGATTTACATTTTCACTGTAGTGCCTTCTA
TTTTTCCTGACCTTTTATGCTATTACTAGAATGCCACTAATGAGAGTTTGATTACAGTTAGACATGACCCTTAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTCTGGTATCCTCTGGAACTGACTCAAAGGTATATATTCTAATCCCTTTGGAGGTAACCATCTTATATATTCACCA
TTTAATATATCAAATACATTTTTTTTTGACTAAAACCATTGTCATGGTGGCAGCTGTGTGTCTGGAACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATACGACAGTTCAGTTTGATAATATTAATCAAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGC
CAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTTGGGCACCTCGGGATCCAATGCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTGTATTTGATTCTGAATATCTATGGCCGCGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTAT
ACCAAGCATGGGCAGTGGCAACACCTATCCACCTGTAATCGCTGCACATCCACAGGAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAAC
GTAATCACATTGATGCAGGATTGACTGATGGAACTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAGAATTGTAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATC
AGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATGAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGAGTCAAGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAATAT

Intron 4 GTAAGATACT ... TGCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.18	318.8	14	28
A2	4.52	222.2	8	13
A3	6.16	335.4	12	32
A4	8.12	209.4	12	25
A5	3.89	136	8	3
A6	2.31	1098.8	20	32
A7	5.42	1468.2	71	97
A8	3.29	1512.6	45	58
A9	3.98	1352	37	75
A10	4.85	1128.2	56	59

>TRINITY_DN38384_c1_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

GTTTGATTACAGTTAGACATGACCCTTAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTTTGGTATCCTCTGGAACTGATTCAAAGCTATGTGTCTGGAACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATAC
GACAGTTCAGTTTGATAATATTGATCAAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGCCAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTTGGGCACCTCGGGATCCAATGCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTG
TATTTGATTCTGAATATCTATGGCCGCGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTATACCAAGCATGGGCAGTGGCAACACCTATCCACCTGTAATCGCTGCACATCCACAGGAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCA
TAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAACGTAATCACATTGATGCAGGATTGACTATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCTTAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAGAATTGTAACGTAATCACATCGCTGTAGGATTGACTGA
TGGAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGAGTCAAGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATC

>TRINITY_DN38384_c1_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTTTGATTACAGTTAGACATGACCCTTAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTTTGGTATCCTCTGGAACTGATTCAAAGCTATGTGTCTGGAACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATAC
GACAGTTCAGTTTGATAATATTGATCAAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGCCAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTgtaagatactacgctttatatatataaaataactcttaggcttatgcatgatttatttttaaccctaaatatatgcattgcattgcagTGGGCACCTCGG
GATCCAATGCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTGTATTTGATTCTGAATATCTATGGCCGCGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTATACCAAGCATGGGCAGGTAAGTTGTTTCCTCTCGCAAAGAAAAGGATTATGGTTCGGT
TCATTAGGTTAGGCTCCTTTAACTTAAATAGTCTGGCTGTTGCAGTTGGATCCCACTTAACGGAAACGTTGTTTTGTTTGTTTATATGCAGTGGCAACACCTATCCACCTGTAATCGCTGCACATCCACAGGAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAA
TGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAACGTAATCACATTGATGCAGGATTGACTATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCTTAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAGAATTGTAACGTAATCA
CATCGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGAGTCAAGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAAT
GGAGCTGCTATTTCAAATC

Intron 5 GTATATATTC ... ATGGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.61	298.2	15	55
A2	13.1	199	1	30
A3	19.68	261.4	6	64
A4	18.24	242.2	2	54
A5	15.04	113.2	4	20
A6	19.86	658.4	12	163
A7	17.45	1060.8	13	224
A8	19.21	1040.8	17	247
A9	17.66	976.2	17	209
A10	17.61	908.8	25	194

>TRINITY_DN47151_c1_g3_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACATTTAAGGTCCTGGCAAAATACATGCCCCGTCCCCCAGCCCCAGCAGCAA
CATGTTTAGCTTTCCACCCTTTGGATAATAACATCTTTGTTATTGGATTGGAAGATTCAACAATTCAAATTTACAATGCTAGACTTATAAAGGTGTTGTAGATTTACATTTTCACTGTAGTGCCTTCTATTTTTCCTGACCTTTTATGCTATTACTAGAATGCCACTAATGAGAGTTTGATTACAGTTAGACATGACCCT
TAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTCTGGTATCCTCTGGAACTGACTCAAAGCTGTGTGTCTGGAACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATACGACAGTTCAGTTTGATAATATTAATC
AAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGCCAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTTGGGCACCTCGGGATCCAATGCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTGTATTTGATTCTGAATATCTATGGCCG
CGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTATACCAAGCATGGGCAGTGGCAACACCTATCCACCTGTAATCGCTGCACATCCACAGGAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTT
AGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAACGTAATCACATTGATGCAGGATTGACTGATGGAACTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAGAATTGTAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATG
GAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATGAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGAGTCAAGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAATAT

>TRINITY_DN47151_c1_g3_i13 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACATTTAAGGTGAGGAATTATTCTCTTTCAAAAGGCTTGTTTGCATTTGTTT
TTAGTAGTTAATGCTGTCATGTTTTTTTCATATATGACTGCTTGTTAGTTTAGCAAATGTTGTTATTTTCCCATTGCTGCAGATCTGTTGAATTCTTGAACTTCTGTTGTGTAACATTGTAGTAGATTGAAAGATTCCTTGAGTTCTAAGTTTACAGAGAAGTTGACTGTATCTTTATAGTCCATGTATGTTTTTTTTAC
ATCTATAGTGATATCTATGTTGATGCAGGTCCTGGCAAAATACATGCCCCGTCCCCCAGCCCCAGCAGCAACATGTTTAGCTTTCCACCCTTTGGATAATAACATCTTTGTTATTGGATTGGAAGATTCAACAATTCAAATTTACAATGCTAGACTTATAAAGGTGTTGTAGATTTACATTTTCACTGTAGTGCCTTCTA
TTTTTCCTGACCTTTTATGCTATTACTAGAATGCCACTAATGAGAGTTTGATTACAGTTAGACATGACCCTTAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTCTGGTATCCTCTGGAACTGACTCAAAGgtatatattctaatccctttggaggtaaccatcttatatattcacca
tttaatatatcaaatacatttttttttgactaaaaccattgtcatggtggcagCTGTGTGTCTGGAACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATACGACAGTTCAGTTTGATAATATTAATCAAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGC
CAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTTGGGCACCTCGGGATCCAATGCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTGTATTTGATTCTGAATATCTATGGCCGCGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTAT
ACCAAGCATGGGCAGGTAAGTTGTTTCCTCTCGCAAAGAAAAGGATTATGGTTCAGTTCATTAGGTTAGGCTCCTTTAACTTAAATAGTCTGGCTGTTGCAGTTGGATCCCACTTAACGGAAACGTTGTTTTGTTTGTTTATATGCAGTGGCAACACCTATCCACCTGTAATCGCTGCACATCCACAGGAACGTAATCAC
ATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAACGTAATCACATTGATGCAGGATTGACTGATGGAACTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATG
GAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAGAATTGTAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATGAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGA
GTCAAGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAATAT

Intron 6 GTAAGTTGTT ... TTATATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.89	64	22	16
A2	25.71	39	15	12
A3	26.05	85.6	25.3	35
A4	28	72	34	22
A5	28.29	23	10.1	8
A6	23.99	168.6	37.4	69
A7	23.65	307.6	83.6	107
A8	24.3	309	94.4	104
A9	25.25	286.6	83.6	110
A10	26.1	173.1	73.3	49

>TRINITY_DN47151_c1_g3_i8 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACATTTAAGGTCCTGGCAAAATACATGCCCCGTCCCCCAGCCCCAGCAGCAA
CATGTTTAGCTTTCCACCCTTTGGATAATAACATCTTTGTTATTGGATTGGAAGATTCAACAATTCAAATTTACAATGCTAGACTTATAAAGTTAGACATGACACTTAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTTTGGTATCCTCTGGAACTGATTCAAAGGTATATATTCTA
ATCCCTTTGGAGGTAACCATCTTATATATTCACCATTTAATATATCAAATAATTTTTTTTGACTAAAACCATTGTAATGGTGGCAGCTGTGTGTCTGGAACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATACGACAGTTCAGTTTGATAATATT
AATCAAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGCCAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTTGGGCACCTCGGGATCCAATGCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTGTATTTGATTCTGAATATCTATG
GCCGCGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTATACCAAGCATGGGCAGTGGCAACACCTATCCACCTGTAATCGCTGCACATCCACAGGAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCA
AGTTAGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAACGTAATCACATTGATGCAGGATTGACTGATGGAACTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAGAATTGTAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACT
GATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATGAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGAGTCAAGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAATAT

>TRINITY_DN47151_c1_g3_i13 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACATTTAAGGTGAGGAATTATTCTCTTTCAAAAGGCTTGTTTGCATTTGTTT
TTAGTAGTTAATGCTGTCATGTTTTTTTCATATATGACTGCTTGTTAGTTTAGCAAATGTTGTTATTTTCCCATTGCTGCAGATCTGTTGAATTCTTGAACTTCTGTTGTGTAACATTGTAGTAGATTGAAAGATTCCTTGAGTTCTAAGTTTACAGAGAAGTTGACTGTATCTTTATAGTCCATGTATGTTTTTTTTAC
ATCTATAGTGATATCTATGTTGATGCAGGTCCTGGCAAAATACATGCCCCGTCCCCCAGCCCCAGCAGCAACATGTTTAGCTTTCCACCCTTTGGATAATAACATCTTTGTTATTGGATTGGAAGATTCAACAATTCAAATTTACAATGCTAGACTTATAAAGGTGTTGTAGATTTACATTTTCACTGTAGTGCCTTCTA
TTTTTCCTGACCTTTTATGCTATTACTAGAATGCCACTAATGAGAGTTTGATTACAGTTAGACATGACCCTTAAGGGGCACGAGACGAGAATAACTGGTTTGGCATTTTCTAAAGCTTTAAATGTTCTGGTATCCTCTGGAACTGACTCAAAGGTATATATTCTAATCCCTTTGGAGGTAACCATCTTATATATTCACCA
TTTAATATATCAAATACATTTTTTTTTGACTAAAACCATTGTCATGGTGGCAGCTGTGTGTCTGGAACATAAATGGATGGGAGAAGCGTAAATCAAAATTCATACATTCACAGGCTGAAAAATCGCGATCACCACTAGCAGATACGACAGTTCAGTTTGATAATATTAATCAAGTTAAATTGCTAGTTGTGCAGGAAAGC
CAAATCGCTATTTACGATGCTTCCACATTGGAATGTGTGCGCAGTTGGGCACCTCGGGATCCAATGCTTCCACGTATTTCCAGTGCCACATATTCATGTGACAGCGTACTAGTGTATGCCAGTTTCTTTGATGGTTCTATTATTGTATTTGATTCTGAATATCTATGGCCGCGCTATCATGTTCCCCCTTTTAAATGTAT
ACCAAGCATGGGCAGgtaagttgtttcctctcgcaaagaaaaggattatggttcagttcattaggttaggctcctttaacttaaatagtctggctgttgcagttggatcccacttaacggaaacgttgttttgtttgtttatatgcagTGGCAACACCTATCCACCTGTAATCGCTGCACATCCACAGGAACGTAATCAC
ATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGAAGTCGAGAATTGCAACGTAATCACATTGATGCAGGATTGACTGATGGAACTGTTCATGTGATTAATATTCCTATCAGATAATG
GAGCTGCTATTTCAAATCATAAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAAAGATGGAGTCAAGAATTGTAACGTAATCACATTGCTGTAGGATTGACTGATGGAGCTGTTCATGTGATTAATATGCCTATCAGATAATGGAGCTGCTATTTCAAATCATGAAGTTCTTGAATTTTCTCCAAGTTAGCATAGAGATGGA
GTCAAGAATTGCAACGTAATCACATTGCTGCAGGATTGACTCATGGAGCTGTTCATGTGATTAATAT

Intron 7 GTACGAACTT ... CATTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.02	655	26	185
A2	26.51	488	18	176
A3	26.68	536	20	195
A4	28.26	457	19	180
A5	29.58	250	15	105
A6	27.38	419	14	158
A7	29.42	1166	25	486
A8	30.78	461	6	205
A9	29.91	1099	22	469
A10	29.71	1249	31	528

>TRINITY_DN97664_c2_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

GAGGCCGAAAGCTACTTATTGGGTTTTACCAATTTGGAGGACAACAATAATTCTACTACGATATTCTTCGAGATCAGGAAACACAAGTATTTAGAAGCACTGGAACGGAAAGATCGGTTGAAAGCTCTGGAAATAATTAGTGACGATCTTAAAGTGTTCAAAAATATCGTTCCAATAGTCTACAGAGAAATGGCAGAGCT
GCTTACAATGGATAACTTCAGGGAAAACCAGCACCTTACACATTATACGGATATACAGTCTCAACGAATTGCCATGGTTAAAGAAATTAAATCATTGGTACAATCCAACCCTATAATGCAAACCAAGTTGATGTTGCCTAGCATTAAACCTTTGAGGCTTCGAACCCTCATAAATCAAAGTCTTAACTGGCAGCATAAGT
CTTGTAAAACTCCTCAACCGATTCCTGATATCAGAACATTGTTGGTTGATCACACCG

>TRINITY_DN97664_c2_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GAGGCCGAAAGCTACTTATTGGGTTTTACCAATTTGGAGGACAACAATAATTCTACTACGATATTCTTCGAGATCAGGAAACACAAGTATTTAGAAGCACTGGAACGgtacgaactttctttttctttgttttacttagtcacatttgagaccttcctggggttttggtatttctgaattttgggttattgcgtatgggc
ttttcatgcttgtggatactcgggtattatgggcttcttatccttttcttaattgataatactggattttctattgtttcacctttgataatactgggttaatgatgggttactggtttcttgttcaatttatttgattctttctacttttccacgtttgtcaatgtcaagttgtttttgtttacaggattctttgcttt
gtagttggttagataaattttaaacaattttcattttccagGAAAGATCGGTTGAAAGCTCTGGAAATAATTAGTGACGATCTTAAAGTGTTCAAAAATATCGTTCCAATAGTCTACAGAGAAATGGCAGAGCTGCTTACAATGGATAACTTCAGGGAAAACCAGCACCTTACACATTATACGGATATACAGTCTCAACG
AATTGCCATGGTTAAAGAAATTAAATCATTGGTACAATCCAACCCTATAATGCAAACCAAGTTGATGTTGCCTAGCATTAAACCTTTGAGGCTTCGAACCCTCATAAATCAAAGTCTTAACTGGCAGCATAAGTCTTGTAAAACTCCTCAACCGATTCCTGATATCAGAACATTGTTGGTTGATCACACCG