sp|Q9M7Z1|ODB2_ARATH ----> Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex, mitochondrial
Intron 1 GTTGGAGAAA ... TTCCCCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.58 | 23 | 26 | 25 |
| A2 | 49.25 | 17 | 18 | 15 |
| A3 | 66.67 | 14 | 31 | 25 |
| A4 | 64.91 | 10 | 13 | 24 |
| A5 | 52 | 12 | 18 | 8 |
| A6 | 65.99 | 25 | 40 | 57 |
| A7 | 61.14 | 41 | 47 | 82 |
| A8 | 64.06 | 23 | 22 | 60 |
| A9 | 62.71 | 33 | 45 | 66 |
| A10 | 67.95 | 25 | 52 | 54 |
>TRINITY_DN109123_c0_g1_i14 from sample A2 / Example spliced isoformGCTATCTATGTCGTCATTCATTTTAAGGTAATCCTTCATATATTCAATTTCAGTGTTTGGTGCAGTTTGGGTGCTCGTTTGCAATTCAAACGCATTTTCTCTCAAGTCAAGCTCAAGTAAACACTGCAGGACCTATTACAGGAATAGTTGAAGTTCCATTGGCACAAACAGGCGAGGGGATTGCAGAGTGTGAGCTCCTG
CAATGGTTTGTGCAAGAGGGAGACTCAGTTGAAGAATTTCAACGACTTTGTGAAGTCCAAAGTGATAAAGCAACTATTGAGATCACAAGTCGCTACAAGGGGAAAGTCTCCCAAGTGAGATTCATTCCAGGAGATATTATAAAGGGGATTCCAGCGTGCTATGGCAAAGACTATGAGCATTGCAGCCAAAGTTCCTCACT
TCCATTATCTGGAAGAAATTAATGTTGATTCTCTCGCGGAGTTAAAAACAGCTTTTCAAGATGCAACAGCTGGGCAAAGTGTGAAACATACGTACTTGCCGTTTCTGATAAAGTCATTATCATTTGCTCTGATGGAGTATCCTTCAATGAACAGCGTTTTCAATGAGGATGCCTATGAAATGATTTGTAAGGGCTCACAC
AATATAGGAGTTGCCATGGCAACAACTCATGGCTTGGTTGTCCCCAACATAAAGAATGTTCAATCACTATCCATATTAGAGATTACACATGAGCTTCAACGTCTTGTTCAAGGAGCCTCCAACAACAAACTGACCTCAGAAGATGTTTCTGGGGGAACAATAACAGTCAGCAACATTGGGGCCATTGGTGGTAAATTTGG
ATCTCCTCTTTTAAACGTACCTGAGGTTGCTATAATAGCAATTGGAAGAATTCAGAAGCTTCCTCGCTTTTCAGATGATGAAACAGTTTATCCTGCTTTAGTTATGAATGTTACAATTGGGGCTGATCATCGAGTCATAGATGGTGCGGCTGTGGCGAAATTTTGCAACCGGTGGAAGGCTTTGATTGAAAATCCAGAGC
ATCTTCTGCTTCATTTGAGATGATCAGATGGTGTGGCATTTACACCAACTTTCTACATTCCGCTTGAAACAAATAAAGGCTGAGGTCAGAGTTCTGCACCAAGAGGCTAGAGTGGCAAGTATGCTCTGCAGATTAGTCTGACTTAGGACAATTTGCTTGTTGCCCTTTTGGTTTTATATTGAACATACACGCTTATGTTT
ATCAGCAGTACTTTGGAGTTTAATGGTTTTTAAGCATGGCCTAACGCCATGTTGTAATCTTGTTTTACTGTTAATACAATTTTATCTTCACAGGAAGGTTTTTGTGCATATGTTTTTCTTCTTGTT
>TRINITY_DN109123_c0_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTCATCCGTCACTATTCTTGGCCAGTGTCCGCTTCGTCTCTCAATTTAATATTTTGAACGTTGCCCATCACTAAATTGTCCCCAAAAATTGGGTCCTGTAAATCGTCTAAGGGATTCTGTCGTGAAGATGATGAGAAGGATACTGCAACGGAAGCTGTTTAATTCTTCATCATACCCATTTCACAGTGGTAGAAAAATTT
GTTTCGAGGTCTCAATTCAAAATCACAAATGCACGGAGTCATCACAGAGATTTCCTTATCCGGCTAGAACGACACCGAGCTTTGCACATGAAGGGTGTTTGGTGCAGTTTGGGTGCTCGTTTGCAATTCAAACGCATTTTCTCTCAAGTCAAGCTCAAGTAAACACTGCAGGACCTATTACAGGAATAGTTGAAGTTCCA
TTGGCACAAACAGGCGAGGGGATTGCAGAGTGTGAGCTCCTGCAATGGTTTGTGCAAGAGGGAGACTCAGTTGAAGAATTTCAACGACTTTGTGAAGTCCAAAGTGATAAAGCAACTATTGAGATCACAAGTCGCTACAAGGGGAAAGTCTCCCAAGTGAGATTCATTCCAGGAGATATTATAAAGgttggagaaacatt
attggaattagttgtaggtgaaaatcatagtaacacgacacctttaggctcagagggagtacaggtgggtttcacagacataaactcaggggagcctgttttagcatcttgcggatctccagaaaccaaagaaagcaggaaaaatgtattgtctactccagctgttcgtcatatggcaaaggaatatggtgtcaatgtaa
aagacattcccagtactggtaaagatggaagggtattgaaagaggatgttttgaaatatgtaaaagacattcccagtactggtaaagatggaagggtattgaaagaggatgttttgaaatatgtaaatgataaagagagcttgtggggtgagatttcaaccattgctcaagccactcgacccttagaggccgaggttatg
gattcaagatcagaagtagaagtggacttatcccatctaaaatcaacaagagaaaaaatccatgaagataaaagcattcccctcagGGGATTCCAGCGTGCTATGGCAAAGACTATGAGCATTGCAGCCAAAGTTCCTCACTTCCATTATCTGGAAGAAATTAATGTTGATTCTCTCGCGGAGTTAAAAACAGCTTTTCA
AGATGCAACAGCTGGGCG
Intron 2 GTGAATGCCC ... TACTTAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 2 | 4 |
| A2 | 0 | 1 | 0 | 1 |
| A3 | 75 | 1 | 3 | 2 |
| A4 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 84.21 | 3 | 16 | 6 |
| A7 | 92.86 | 1 | 13 | 0 |
| A8 | 100 | 0 | 18 | 1 |
| A9 | 79.17 | 5 | 19 | 8 |
| A10 | 66.67 | 1 | 2 | 1 |
>TRINITY_DN37097_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoformTAAATTAATAATCATCCAAATGGGAAGAGGCGTCATCCGTCACTATTCTTGGCCAGTGTCCGCTTCGTCTCTCAATTTAATATTTTGAACGTTGCCCATCACTAAATTGTCCCCAAAAATTGGGTCCTGTAAATCGTCTAAGGGATTCTGTCGTGAAGATGATGAGAAGGATACTGCAACGGAAGCTGTTTAATTCTTCA
TCATACCCATTTCACAGTGGTAGAAAAATTTGTTTCGAGGTCTCAATTCAAAATCACAAATGCACGGAGTCATCACAGAGATTTCCTTATCCGGCTAGAACGACACCGAGCTTTGCACATGAAGGGTGTTTGGTGCAGTTTGGGTGCTCGTTTGCAATTCAAACGCATTTTCTCTCAAGTCAAGCTCAAGTAAACACTGC
AGGACCTATTACAGGAATAGTTGAAGTTCCATTGGCACAAACAGGCGAGGGGATTGCAGAGTGTGAGCTCCTGCAATGGTTTGTGCAAGAGGGAGACTCAGTTGAAGAATTTCAACGACTTTGTGAAGTCCAAAGTGATAAAGCAACTATTGAGATCACAAGTCGCTACAAGGGGAAAGTCTCCCAAGTGAGATTCATTC
CAGGAGATATTATAAAGGTTGGAGAAACATTATTGGAATTAGTTGTAGGTGAAAATCATAGTAACACGACACCTTTAGGCTCAGAGGGAGTACAGGTGGGTTTCACAGACATAAACTCAGGGGAGCCTGTTTTAGCATCTTGCGGATCTCCAGAAACCAAAGAAAGCAGGAAAAATGTATTGTCTACTCCAGCTGTTCGT
CATATGGCAAAGGAATATGGTGTCAATGTAAAAGACATTCCCAGTACTGGTAAAGATGGAAGGGTATTGAAAGAGGATGTTTTGAAATATGTAAATGATAAAGAGAGCTTGTGGGGTGAGATTTCAACCATTGCTCAAGCCACTCGACCCTTAGAGGCCGAGGTTATGGATTCAAGATCAGAAGTAGAAGTGGACTTATC
CCATCTAAAATCAACAAGAGAAAAAATCCATGAAGATAAAAGCATTCCCCTCAGGGGATTCCAGCGTGCTATGGCAAAGACTATGAGCATTGCAGCCAAAGTTCCTCACTTCCATTATCTGGAAGAAATTAATGTTGATTCTCTCGCGGAGTTAAAAACAGCTTTTCAAGATGCAACAGCTGGGCAAAGTGTGAAACATA
CGTACTTGCCGTTTCTGATAAAGTCATTATCATTTGCTCTGATGGAGTATCCTTCAATGAACAGCGTTTTCAATGAGGATGCCTATGAAATGATTTGTAAGGGCTCACACAATATAGGAGTTGCCATGGCAACAACTCATGGCTTGGTTGTCCCCAACATAAAGAATGTTCAATCACTATCCATATTAGAGATTACACAT
GAGCTTCAACGTCTTGTTCAAGGAGCCTCCAACAACAAACTGACCTCAGAAGATGTTTCTGGGGGAACAATAACAGTCAGCAACATTGGGGCCATTGGTGGTAAATTTGGATCTCCTCTTTTAAACGTACCTGAGGTTGCTATAATAGCAATTGGAAGAATTCAGAAGCTTCCTCGCTTTTCAGATGATGAAACAGTTTA
TCCTGCTTTAGTTATGAATGTAAGTTATCTCTAGCACTCAGACACACATGTGCGTTCCTGTTTGTGTGCTTGCATCCTTGCATGCACATTCATTTGCGAAGCCACAAATATATGATTTTACTATTTTTAAGGAAATACACCTTCATTGGTTTAAGGCCTAGAGCTTGTAAATGAATGAACCTTATAATCATGCACACATC
CATATTCTCGACTTTATTGTTTTTCTCTGTAGGTTACAATTGGGGCTGATCATCGAGTCATAGATGGTGCGGCTGTGGCGAAATTTTGCAACCGGTGGAAGGCTTTGATTGAAAATCCAGAGCATCTTCTGCTTCATTTGAGATGATCAGATGGTGTGGCATTTACACCAACTTTCTACATTCCGCTTGAAACAAATAAA
GGCTGAGGTCAGAGTTCTGCACCAAGAGGCTAGAGTGGCAACTGAGAAACCTTTGTAGATTGAACACCCGTGGGAGTACTTATAATGGAATATTGTATGCATAGCAAATGGAAAATACCGATGCCAAAACCCAGATGAAGAACCAGCCTCTACCCTCCATGGTATGCTTGTTTGTTTACTAGTTGGTTGGTGATGTTTTA
ACAGCCAGGTTTTATATCTTTCAATGTAATGGTCA
>TRINITY_DN37097_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:TAAATTAATAATCATCCAAATGGGAAGAGGCGTCATCCGTCACTATTCTTGGCCAGTGTCCGCTTCGTCTCTCAATTTAATATTTTGAACGTTGCCCATCACTAAATTGTCCCCAAAAATTGGGTCCTGTAAATCGTCTAAGGGATTCTGTCGTGAAGATGATGAGAAGGATACTGCAACGGAAGCTGTTTAATTCTTCA
TCATACCCATTTCACAGTGGTAGAAAAATTTGTTTCGAGGTCTCAATTCAAAATCACAAATGCACGGAGTCATCACAGAGATTTCCTTATCCGGCTAGAACGACACCGAGCTTTGCACATGAAGGGTGTTTGGTGCAGTTTGGGTGCTCGTTTGCAATTCAAACGCATTTTCTCTCAAGTCAAGCTCAAGTAAACACTGC
AGGACCTATTACAGGAATAGTTGAAGTTCCATTGGCACAAACAGGCGAGGGGATTGCAGAGTGTGAGCTCCTGCAATGGTTTGTGCAAGAGGGAGACTCAGTTGAAGAATTTCAACGACTTTGTGAAGTCCAAAGTGATAAAGCAACTATTGAGATCACAAGTCGCTACAAGGGGAAAGTCTCCCAAGTGAGATTCATTC
CAGGAGATATTATAAAGGTTGGAGAAACATTATTGGAATTAGTTGTAGGTGAAAATCATAGTAACACGACACCTTTAGGCTCAGAGGGAGTACAGGTGGGTTTCACAGACATAAACTCAGGGGAGCCTGTTTTAGCATCTTGCGGATCTCCAGAAACCAAAGAAAGCAGGAAAAATGTATTGTCTACTCCAGCTGTTCGT
CATATGGCAAAGGAATATGGTGTCAATGTAAAAGACATTCCCAGTACTGGTAAAGATGGAAGGGTATTGAAAGAGGATGTTTTGAAATATGTAAATGATAAAGAGAGCTTGTGGGGTGAGATTTCAACCATTGCTCAAGCCACTCGACCCTTAGAGGCCGAGGTTATGGATTCAAGATCAGAAGTAGAAGTGGACTTATC
CCATCTAAAATCAACAAGAGAAAAAATCCATGAAGATAAAAGCATTCCCCTCAGGGGATTCCAGCGTGCTATGGCAAAGACTATGAGCATTGCAGCCAAAGTTCCTCACTTCCATTATCTGGAAGAAATTAATGTTGATTCTCTCGCGGAGTTAAAAACAGCTTTTCAAGATGCAACAGCTGGGCAAAGTGTGAAACATA
CGTACTTGCCGTTTCTGATAAAGTCATTATCATTTGCTCTGATGGAGTATCCTTCAATGAACAGCGTTTTCAATGAGGATGCCTATGAAATGATTTGTAAGGGCTCACACAATATAGGAGTTGCCATGGCAACAACTCATGGCTTGGTTGTCCCCAACATAAAGAATGTTCAATCACTATCCATATTAGAGATTACACAT
GAGCTTCAACGTCTTGTTCAAGGAGCCTCCAACAACAAACTGACCTCAGAAGATGTTTCTGGGGGAACAATAACAGTCAGCAACATTGGGGCCATTGGTGGTAAATTTGGATCTCCTCTTTTAAACGTACCTGAGGTTGCTATAATAGCAATTGGAAGAATTCAGAAGCTTCCTCGCTTTTCAGATGATGAAACAGTTTA
TCCTGCTTTAGTTATGAATGTTACAATTGGGGCTGATCATCGAGTCATAGATGGTGCGGCTGTGGCGAAATTTTGCAACCGGTGGAAGGCTTTGATTGAAAATCCAGAGCATCTTCTGCTTCATTTGAGATGATCAGATGGTGTGGCATTTACACCAACTTTCTACATTCCGCTTGAAACAAATAAAGGCTGAGGTCAGA
GTTCTGCACCAAGAGGCTAGAGTGGCAAGTATGCTCTGCAGATTAGTCTGACTTAGGACAATTTGCTTGTTGCCCTTTTGGTTTTATATTGAACATACACGCTTATGTTTATCAGCAGTACTTTGGAGTTTAATGGTTTTTAAGCATGGCCTAACGCCATGTTGTAATCTTGTTTTACTGTTAATACAATTTTATCTTCA
CAGGAAGGTTTTTGTGCATATGTTTTTCTTCTTGTTATTTGTTTTCTGTTGTTTAATTGTTTGCTTTTTGATGAACAAGAAGTCATCAAAAGCTGTGTTCTTTTACATTCATAAGAAATAATCTGAATTGATATTATTGGCTGATGACAATTGAATTTGGATGTTTGTTTTATCCACAGCTGAGAAACCTTTGTAGATTG
AACACCCGTGGGAGTACTTATAATGGAATATTgtgaatgcccctatgtcctctgtatttgttatcggtccactttattcatttttccattagcagttgatgatcttcaaacttccaccgtgtactctgaatttctctctttgggatacttaatagGTATGCATAGCAAATGGAAAATACCGATGCCAAAACCCAGATGAA
GAACCAGCCTCTACCCTCCATGGTATGCTTGTTTGTTTACTAGTTGGTTGGTGATGTTTTAACAGCCAGGTTTTATATCTTTCAATGTAATGGTCA
Intron 3 GTTGGAGAAA ... TTCCCCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.38 | 14.6 | 26 | 25 |
| A2 | 57.06 | 12.8 | 18 | 15 |
| A3 | 74.67 | 9.8 | 31 | 25 |
| A4 | 73.71 | 7 | 13 | 25 |
| A5 | 69.55 | 6.6 | 18 | 8 |
| A6 | 71.51 | 19.6 | 40 | 57 |
| A7 | 67.7 | 31.4 | 47 | 82 |
| A8 | 74.82 | 14.6 | 22 | 60 |
| A9 | 72.32 | 22.2 | 45 | 66 |
| A10 | 75.36 | 17.8 | 52 | 54 |
>TRINITY_DN34402_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoformATTAATAATCATCCAAATGGGAAGAGGCGTCATCCGTCACTATTCTTGGCCAGTGTCCGCTTCGTCTCTCAATTTAATATTTTGAACGTTGCCCATCACTAAATTGTCCCCAAAAATTGGGTCCTGTAAATCGTCTAAGGGATTCTGTCGTGAAGATGATGAGAAGGATACTGCAACGGAAGCTGTTTAATTCTTCATCA
TACCCATTTCACAGTGGTAGAAAAATTTGTTTCGAGGTCTCAATTCAAAATCACAAATGCACGGAGTCATCACAGAGATTTCCTTATCCGGCTAGAACGACACCGAGCTTTGCACATGAAGGGTGTTTGGTGCAGTTTGGGTGCTCGTTTGCAATTCAAACGCATTTTCTCTCAAGTCAAGCTCAAGTAAACACTGCAGG
ACCTATTACAGGAATAGTTGAAGTTCCATTGGCACAAACAGGCGAGGGGATTGCAGAGTGTGAGCTCCTGCAATGGTTTGTGCAAGAGGGAGACTCAGTTGAAGAATTTCAACGACTTTGTGAAGTCCAAAGTGATAAAGCAACTATTGAGATCACAAGTCGCTACAAGGGGAAAGTCTCCCAAGTGAGATTCATTCCAG
GAGATATTATAAAGGGGATTCCAGCGTGCTATGGCAAAGACTATGAGCATTGCAGCCAAAGTTCCTCACTTCCATTATCTGGAAGAAATTAATGTTGATTCTCTCGCGGAGTTAAAAACAGCTTTTCAAGATGCAACAGCTGGGCAAAGTGTGAAACATACGTACTTGCCGTTTCTGATAAAGTCATTATCATTTGCTCT
GATGGAGTATCCTTCAATGAACAGCGTTTTCAATGAGGATGCCTATGAAATGATTTGTAAGGGCTCACACAATATAGGAGTTGCCATGGCAACAACTCATGGCTTGGTTGTCCCCAACATAAAGAATGTTCAATCACTATCCATATTAGAGATTACACATGAGCTTCAACGTCTTGTTCAAGGAGCCTCCAACAACAAAC
TGACCTCAGAAGATGTTTCTGGGGGAACAATAACAGTCAGCAACATTGGGGCCATTGGTGGTAAATTTGGATCTCCTCTTTTAAACGTACCTGAGGTTGCTATAATAGCAATTGGAAGAATTCAGAAGCTTCCTCGCTTTTCAGATGATGAAACAGTTTATCCTGCTTTAGTTATGAATGTTACAATTGGGGCTGATCAT
CGAGTCATAGATGGTGCGGCTGTGGCGAAATTTTGCAACCGGTGGAAGGCTTTGATTGAAAATCCAGAGCATCTTCTGCTTCATTTGAGATGATCAGATGGTGTGGCATTTACACCAACTTTCTACATTCCGCTTGAAACAAATAAAGGCTGAGGTCAGAGTTCTGCACCAAGAGGCTAGAGTGGCAAGTATGCTCTGCA
GATTAGTCTGACTTAGGACAATTTGCTTGTTGCCCTTTTGGTTTTATATTGAACATACACGCTTATGTTTATCAGCAGTACTTTGGAGTTTAATGGTTTTTAAGCATGGCCTAACGCCATGTTGTAATCTTGTTTTACTGTTAATACAATTTTATCTTCACAGGAAGGTTTTTGTGCATATGTTTTTCTTCTTGTTATTT
GTTTTCTGTTGTTTAATTGTTTGCTTTTTGATGAACAAGAAGTCATCAAAAGCTGTGTTCTTTTACATTCATAAGAAATAATCTGAATTGATATTATTGGCTGATGACAATTGAATTTGGATGTTTGTTTTATCCACAGCTGAGAAACCTTTGTAGATTGAACACCCGTGGGAGTACTTATAATGGAATATTGTGAATGC
CCCTATGTCCTCTGTATTTGTTATCGGTCCACTTTATTCATTTTTCCATTAGCAGTTGATGATCTTCAAACTTCCACCGTGTACTCTGAATTTCTCTCTTTGGGATACTTAATAGGTATGCATAGCAAATGGAAAATACCGATGCCAAAACCCAGATGAAGAACCAGCC
>TRINITY_DN34402_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATTAATAATCATCCAAATGGGAAGAGGCGTCATCCGTCACTATTCTTGGCCAGTGTCCGCTTCGTCTCTCAATTTAATATTTTGAACGTTGCCCATCACTAAATTGTCCCCAAAAATTGGGTCCTGTAAATCGTCTAAGGGATTCTGTCGTGAAGATGATGAGAAGGATACTGCAACGGAAGCTGTTTAATTCTTCATCA
TACCCATTTCACAGTGGTAGAAAAATTTGTTTCGAGGTCTCAATTCAAAATCACAAATGCACGGAGTCATCACAGAGATTTCCTTATCCGGCTAGAACGACACCGAGCTTTGCACATGAAGGGTGTTTGGTGCAGTTTGGGTGCTCGTTTGCAATTCAAACGCATTTTCTCTCAAGTCAAGCTCAAGTAAACACTGCAGG
ACCTATTACAGGAATAGTTGAAGTTCCATTGGCACAAACAGGCGAGGGGATTGCAGAGTGTGAGCTCCTGCAATGGTTTGTGCAAGAGGGAGACTCAGTTGAAGAATTTCAACGACTTTGTGAAGTCCAAAGTGATAAAGCAACTATTGAGATCACAAGTCGCTACAAGGGGAAAGTCTCCCAAGTGAGATTCATTCCAG
GAGATATTATAAAGgttggagaaacattattggaattagttgtaggtgaaaatcatagtaacacgacacctttaggctcagagggagtacaggtgggtttcacagacataaactcaggggagcctgttttagcatcttgcggatctccagaaaccaaagaaagcaggaaaaatgtattgtctactccagctgttcgtcat
atggcaaaggaatatggtgtcaatgtaaaagacattcccagtactggtaaagatggaagggtattgaaagaggatgttttgaaatatgtaaatgataaagagagcttgtggggtgagatttcaaccattgctcaagccactcgacccttagaggccgaggttatggattcaagatcagaagtagaagtggacttatccca
tctaaaatcaacaagagaaaaaatccatgaagataaaagcattcccctcagGGGATTCCAGCGTGCTATGGCAAAGACTATGAGCATTGCAGCCAAAGTTCCTCACTTCCATTATCTGGAAGAAATTAATGTTGATTCTCTCGCGGAGTTAAAAACAGCTTTTCAAGATGCAACAGCTGGGCAAAGTGTGAAACATACGT
ACTTGCCGTTTCTGATAAAGTCATTATCATTTGCTCTGATGGAGTATCCTTCAATGAACAGCGTTTTCAATGAGGATGCCTATGAAATGATTTGTAAGGGCTCACACAATATAGGAGTTGCCATGGCAACAACTCATGGCTTGGTTGTCCCCAACATAAAGAATGTTCAATCACTATCCATATTAGAGATTACACATGAG
CTTCAACGTCTTGTTCAAGGAGCCTCCAACAACAAACTGACCTCAGAAGATGTTTCTGGGGGAACAATAACAGTCAGCAACATTGGGGCCATTGGTGGTAAATTTGGATCTCCTCTTTTAAACGTACCTGAGGTTGCTATAATAGCAATTGGAAGAATTCAGAAGCTTCCTCGCTTTTCAGATGATGAAACAGTTTATCC
TGCTTTAGTTATGAATGTTACAATTGGGGCTGATCATCGAGTCATAGATGGTGCGGCTGTGGCGAAATTTTGCAACCGGTGGAAGGCTTTGATTGAAAATCCAGAGCATCTTCTGCTTCATTTGAGATGATCAGATGGTGTGGCATTTACACCAACTTTCTACATTCCGCTTGAAACAAATAAAGGCTGAGGTCAGAGTT
CTGCACCAAGAGGCTAGAGTGGCAAGTATGCTCTGCAGATTAGTCTGACTTAGGACAATTTGCTTGTTGCCCTTTTGGTTTTATATTGAACATACACGCTTATGTTTATCAGCAGTACTTTGGAGTTTAATGGTTTTTAAGCATGGCCTAACGCCATGTTGTAATCTTGTTTTACTGTTAATACAATTTTATCTTCACAG
GAAGGTTTTTGTGCATATGTTTTTCTTCTTGTTATTTGTTTTCTGTTGTTTAATTGTTTGCTTTTTGATGAACAAGAAGTCATCAAAAGCTGTGTTCTTTTACATTCATAAGAAATAATCTGAATTGATATTATTGGCTGATGACAATTGAATTTGGATGTTTGTTTTATCCACAGCTGAGAAACCTTTGTAGATTGAAC
ACCCGTGGGAGTACTTATAATGGAATATTGTGAATGCCCCTATGTCCTCTGTATTTGTTATCGGTCCACTTTATTCATTTTTCCATTAGCAGTTGATGATCTTCAAACTTCCACCGTGTACTCTGAATTTCTCTCTTTGGGATACTTAATAGGTATGCATAGCAAATGGAAAATACCGATGCCAAAACCCAGATGAAGAA
CCAGCC
Intron 4 GTAAGTTATC ... TTCTCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 8.33 | 22 | 0 | 2 |
| A2 | 11.11 | 16 | 0 | 2 |
| A3 | 3.03 | 32 | 0 | 1 |
| A4 | 10 | 18 | 1 | 2 |
| A5 | 18.75 | 13 | 0 | 3 |
| A6 | 16.23 | 129 | 0 | 25 |
| A7 | 13.51 | 96 | 3 | 15 |
| A8 | 19.77 | 69 | 2 | 17 |
| A9 | 17.82 | 83 | 0 | 18 |
| A10 | 19.1 | 72 | 0 | 17 |
>TRINITY_DN34402_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoformATTAATAATCATCCAAATGGGAAGAGGCGTCATCCGTCACTATTCTTGGCCAGTGTCCGCTTCGTCTCTCAATTTAATATTTTGAACGTTGCCCATCACTAAATTGTCCCCAAAAATTGGGTCCTGTAAATCGTCTAAGGGATTCTGTCGTGAAGATGATGAGAAGGATACTGCAACGGAAGCTGTTTAATTCTTCATCA
TACCCATTTCACAGTGGTAGAAAAATTTGTTTCGAGGTCTCAATTCAAAATCACAAATGCACGGAGTCATCACAGAGATTTCCTTATCCGGCTAGAACGACACCGAGCTTTGCACATGAAGGGTGTTTGGTGCAGTTTGGGTGCTCGTTTGCAATTCAAACGCATTTTCTCTCAAGTCAAGCTCAAGTAAACACTGCAGG
ACCTATTACAGGAATAGTTGAAGTTCCATTGGCACAAACAGGCGAGGGGATTGCAGAGTGTGAGCTCCTGCAATGGTTTGTGCAAGAGGGAGACTCAGTTGAAGAATTTCAACGACTTTGTGAAGTCCAAAGTGATAAAGCAACTATTGAGATCACAAGTCGCTACAAGGGGAAAGTCTCCCAAGTGAGATTCATTCCAG
GAGATATTATAAAGGGGATTCCAGCGTGCTATGGCAAAGACTATGAGCATTGCAGCCAAAGTTCCTCACTTCCATTATCTGGAAGAAATTAATGTTGATTCTCTCGCGGAGTTAAAAACAGCTTTTCAAGATGCAACAGCTGGGCAAAGTGTGAAACATACGTACTTGCCGTTTCTGATAAAGTCATTATCATTTGCTCT
GATGGAGTATCCTTCAATGAACAGCGTTTTCAATGAGGATGCCTATGAAATGATTTGTAAGGGCTCACACAATATAGGAGTTGCCATGGCAACAACTCATGGCTTGGTTGTCCCCAACATAAAGAATGTTCAATCACTATCCATATTAGAGATTACACATGAGCTTCAACGTCTTGTTCAAGGAGCCTCCAACAACAAAC
TGACCTCAGAAGATGTTTCTGGGGGAACAATAACAGTCAGCAACATTGGGGCCATTGGTGGTAAATTTGGATCTCCTCTTTTAAACGTACCTGAGGTTGCTATAATAGCAATTGGAAGAATTCAGAAGCTTCCTCGCTTTTCAGATGATGAAACAGTTTATCCTGCTTTAGTTATGAATGTTACAATTGGGGCTGATCAT
CGAGTCATAGATGGTGCGGCTGTGGCGAAATTTTGCAACCGGTGGAAGGCTTTGATTGAAAATCCAGAGCATCTTCTGCTTCATTTGAGATGATCAGATGGTGTGGCATTTACACCAACTTTCTACATTCCGCTTGAAACAAATAAAGGCTGAGGTCAGAGTTCTGCACCAAGAGGCTAGAGTGGCAAGTATGCTCTGCA
GATTAGTCTGACTTAGGACAATTTGCTTGTTGCCCTTTTGGTTTTATATTGAACATACACGCTTATGTTTATCAGCAGTACTTTGGAGTTTAATGGTTTTTAAGCATGGCCTAACGCCATGTTGTAATCTTGTTTTACTGTTAATACAATTTTATCTTCACAGGAAGGTTTTTGTGCATATGTTTTTCTTCTTGTTATTT
GTTTTCTGTTGTTTAATTGTTTGCTTTTTGATGAACAAGAAGTCATCAAAAGCTGTGTTCTTTTACATTCATAAGAAATAATCTGAATTGATATTATTGGCTGATGACAATTGAATTTGGATGTTTGTTTTATCCACAGCTGAGAAACCTTTGTAGATTGAACACCCGTGGGAGTACTTATAATGGAATATTGTGAATGC
CCCTATGTCCTCTGTATTTGTTATCGGTCCACTTTATTCATTTTTCCATTAGCAGTTGATGATCTTCAAACTTCCACCGTGTACTCTGAATTTCTCTCTTTGGGATACTTAATAGGTATGCATAGCAAATGGAAAATACCGATGCCAAAACCCAGATGAAGAACCAGCC
>TRINITY_DN34402_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:TATCCTGCTTTAGTTATGAATgtaagttatctctagcactcagacacacatgtgcgttcctgtttgtgtgcttgcatccttgcatgcacattcatttgcgaagccacaaatatatgattttactatttttaaggaaatacaccttcattggtttaaggcctagagcttgtaaatgaatgaaccttataatcatgcacaca
tccatattctcgactttattgtttttctctgtagGTTACAATTGGGGCTGATCATCGAGTCATAGATGGTGCGGCTGTGGCGAAATTTTGCAACCGGTGGAAGGCTTTGATTGAAAATCCAGAGCATCTTCTGCTTCATTTGAGATGATCAGATGGTGTGGCATTTACACCAACTTTCTACATTCCGCTTGAAACAAATA
AAGGCTGAGGTCAGAGTTCTGCACCAAGAGGCTAGAGTGGCAAGTATGCTCTGCAGATTAGTCTGACTTAGGACAATTTGCTTGTTGCCCTTTTGGTTTTATATTGAACATACACGCTTATGTTTATCAGCAGTACTTTGGAGTTTAATGGTTTTTAAGCATGGCCTAACGCCATGTTGTAATCTTGTTTTACTGTTAAT
ACAATTTTATCTTCACAGGAAGGTTTTTGTGCATATGTTTTTCTTCTTGTTATTTGTTTTCTGTTGTTTAATTGTTTGCTTTTTGATGAACAAGAAGTCATCAAAAGCTGTGTTCTTTTACATTCATAAGAAATAATCTGAATTGATATTATTGGCTGATGACAATTGAATTTGGATGTTTGTTTTATCCACAGCTGAGA
AACCTTTGTAGATTGAACACCCGTGGGAGTACTTATAATGGAATATTGTGAATGCCCCTATGTCCTCTGTATTTGTTATCGGTCCACTTTATTCATTTTTCCATTAGCAGTTGATGATCTTCAAACTTCCACCGTGTACTCTGAATTTCTCTCTTTGGGATACTTAATAGGTATGCATAGCAAATGGAAAATACCGATGC
CAAAACCCAGATGAAGAACCAGCC
Intron 5 GTATGCTCTG ... TTATCCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.47 | 5.4 | 15 | 0 |
| A2 | 68.42 | 12 | 26 | 0 |
| A3 | 100 | 0 | 6 | 3 |
| A4 | 81.82 | 2 | 9 | 1 |
| A5 | 78.95 | 4 | 15 | 1 |
| A6 | 79.57 | 38 | 148 | 20 |
| A7 | 70.28 | 43.1 | 102 | 21 |
| A8 | 81.29 | 29 | 126 | 18 |
| A9 | 78.47 | 24.7 | 90 | 26 |
| A10 | 84.31 | 8 | 43 | 6 |
>TRINITY_DN37097_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoformTAAATTAATAATCATCCAAATGGGAAGAGGCGTCATCCGTCACTATTCTTGGCCAGTGTCCGCTTCGTCTCTCAATTTAATATTTTGAACGTTGCCCATCACTAAATTGTCCCCAAAAATTGGGTCCTGTAAATCGTCTAAGGGATTCTGTCGTGAAGATGATGAGAAGGATACTGCAACGGAAGCTGTTTAATTCTTCA
TCATACCCATTTCACAGTGGTAGAAAAATTTGTTTCGAGGTCTCAATTCAAAATCACAAATGCACGGAGTCATCACAGAGATTTCCTTATCCGGCTAGAACGACACCGAGCTTTGCACATGAAGGGTGTTTGGTGCAGTTTGGGTGCTCGTTTGCAATTCAAACGCATTTTCTCTCAAGTCAAGCTCAAGTAAACACTGC
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