NA ----> NA

Intron 1 GTAAGAGTTT ... TTCACTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	5	4	11
A2	77.78	1	6	1
A3	39.13	7	6	3
A4	100	0	2	1
A5	100	0	1	0
A6	35.71	9	9	1
A7	38.46	8	6	4
A8	60.98	8	17	8
A9	52.94	8	8	10
A10	70	3	8	6

>TRINITY_DN48833_c2_g2_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

AATCACTGTGACCGTAATAAAAAGTCCGGGAGAATTATAAAAAGCCAGCAGAGTTTGAAAGAATCCGGCCGGCTACCTCGGATGCCAAAATTAAAAAATCACTGTGACCGTAATAAAAAGTCCGGGAGAATTATAAAAAGCCAGCAGAGTTTGAAAGAATCCGGCCGGCTACCTCGGATGCCAAAATTAAAAAATCACTG
TGACCGTAATAAAAAAGCCAGGAGAGTTAAAGCCAACATAGTTTGAGATGAATACGTTTTAAAAAAAGAAGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACAGATTTATCATACCCGAGTCATTAACAGTAACAGGAATACGTTTTGAAAAAAGAAGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACAGATTTATCAT
ACCCGAGTCATTAACAGTAACAGCAAATTCACAAAAGGAAGGTTGCTATAGCTAAAGCACAGGGCAATTTATCAGGAGCTGTGGATCTTCTTAATAAATACCTGGAGATATTCATGGCAGATAATGATGCATGGAGGGAACTTGCAGACTTGTACATTTCTCTTCAAATGTATAAGCAGGCAGCTTTTTGTTTTGAAGAA
TTAATACTTGCTCAACCATCAAATGCATTATTTCACTTATCATATGCTGAGATACATCTTAGAGCCTGGATCCAATTACTGGTTGGACATTTATGCTCTCACTACATTTTTGCGGCAGAGATGACCGTTG

>TRINITY_DN48833_c2_g2_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AATCACTGTGACCGTAATAAAAAGTCCGGGAGAATTATAAAAAGCCAGCAGAGTTTGAAAGAATCCGGCCGGCTACCTCGGATGCCAAAATTAAAAAATCACTGTGACCGTAATAAAAAGTCCGGGAGAATTATAAAAAGCCAGCAGAGTTTGAAAGAATCCGGCCGGCTACCTCGGATGCCAAAATTAAAAAATCACTG
TGACCGTAATAAAAAAGCCAGGAGAGTTAAAGCCAACATAGTTTGAGATgtaagagttttcaaaaagccagcagagttataaaaagccaaagttaatgcttgtggccgtttgagacggagacctatatattgatattgatattgggtcagaggttcaaaattcatccatagtcactctgtctctctgtgtcatctgcttt
ttcttttgtttggtgttactttgtttaatacgcatggccatgcatgtttttcttctcgttttctctttctctgttgcttgcaatcttcctcccttttttttgttttttgtttttagatgagcaaaagacagagattcaagtgtggatgtttgttgatcacatgggacaattgggttatccttacgggacgataatcattg
cttcttgcttattaatggcctaaattcccaggcttgttaagtatttctttattcacattatatcatatgaagtttccttttttagtttttgaaaaattgcagggtgtgtttaacattacatggtagaaaaaagctttgtacaatacatgtaattagcttattttgttcaattccattcctcatgacaatatttcacttca
gGAATACGTTTTAAAAAAAGAAGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACAGATTTATCATACCCGAGTCATTAACAGTAACAGGAATACGTTTTGAAAAAAGAAGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACAGATTTATCATACCCGAGTCATTAACAGTAACAGCAAATTCACAAAAGGAAGGTTGCTA
TAGCTAAAGCACAGGGCAATTTATCAGGAGCTGTGGATCTTCTTAATAAATACCTGGAGATATTCATGGCAGATAATGATGCATGGAGGGAACTTGCAGACTTGTACATTTCTCTTCAAATGTATAAGCAGGCAGCTTTTTGTTTTGAAGAATTAATACTTGCTCAACCATCAAATGCATTATTTCACTTATCATATGCT
GAGCTATATGTGCAGATACATCTTAGAGCCTGGATCCAATTACTGGTTGGACATTTATGCTCTCACTACATTTTTGCGGCAGAGATGACCGTTG

Intron 2 GTAAGATGCA ... GAACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.76	109.4	19.6	36
A2	22.21	105.1	22	30
A3	28.08	110.1	16.3	43
A4	29.49	81.3	8.7	34
A5	21.69	65	14.3	18
A6	30.06	353.7	22.4	152
A7	26.69	401	32.9	146
A8	26.07	456.6	35.7	161
A9	31.54	364.7	23.8	168
A10	29.41	319.2	21.7	133

>TRINITY_DN123118_c4_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTTTACCTTTTTAAATAATAAATTAAAATTTATGATTTGAAATTGCCTTCTGCAACTTCTATTTGTCTCTCAGATAAGCTTCCAATTTTTTTTTCTAAATCTCTGGACAGTATTCATAAACCCTGTGGCTTTTAGGCAGGACTATTTATCTTGTTATATATGCAATCAGGTTCGATATGAAAGCGAATTGCGCTACAGG
GTTCAAAGGCAGGTTAGATACTCCAGGTTTCGTTCTGAAAAAATTCCGCGTACTCCTGGATTCTACCTCAAAGACTACTCTCTAGCTCACGTAAATCTATTGTGCATCTCCAAATAACCAGAACAACCTACGGATCGCTCAATTTGGTGCAGAATTGTGCATATATCTCGGCATCTTCGGATATCAGAAGCCGTCAAAGT
TGTCACTTTATGCTGGATTCGAGATTTTGTTTTCTCAATTTAGTGGAGTTACAAATCAATTTGAGGGCGGAAAATGGTGGGAGTTGCAGAGGAGGCCGAGTTGAGTAGGTTGGAGTCGCAGGTCGAAAATGGCGGAGGGAATGTATGGGAGTATCTGTGTCTCGTGAAGAAGCTTAAAGTCAGGTGTTCTGAAAAGGTCT
TGCGGCACGGGATGGCTCTTCTGAATGATGCCAAGGGTAGATCCAAGCTCGGCGGAGAAGTATGGACTCTGTATGAGCAGGTAGCCATTGCAGCTATGGATTGTAGGCATCTTGACATTGCAAAGGAATACATTCAAATTCTTTTGAAGAAGTTTCCAGACAGTCTCAGAGTAGGCAGGCTGGAAGGAATGTGGTTTGAA
GCTAAAGGATCCTGGACACAAGCAGACAAAGTTTACTCAGGCCTATTGGAAGAACATCCATTAGACCAACAAATTCACAAAAGGAAGGTTGCTATAGCTAAAGCACAGGGCAATTTATCAGGAGCTGTGGATCTTCTTAATAAATACCTGGAGATATTCATGGCAGATAATGATGCATGGAGGGAACTTGCAGACTTGTA
CATTTCTCTTCAAATGTATAAGCAGGCAGCTTTTTGTTTTGAAGAATTAATACTTGCTCAACCATCAAATGCATTATTTCACTTATCATATGCTGAGGTGCTTTATACGATTGGTGGTCTTGAAAATTTTAAACTGGCAAAAAAGTATTATGCTGTGGCTATCGACTTGAGTGGGGGAAGAAATACTCGAGCTCTGTATG
GTGTATGCTTGTGTGGAGGGGCCATCAATCAATTAACCAAGGGACGTAGTAGAGAAGAAAAAGAAGGATCAGAGTTACACACTCTTGCAGCGGCCTCTTTAGTTAAGGATTATAAACAAAGGTCCGCTGACAAGGCCCCTTTAGTTATATCTGTTCTTGAACAGATGAAAGCCTTACCGTCATAATGGTTGTCATGACAT
CAAATGAAAACTTGCAATTTTTATAATTCATAATCTTGCAGAAGGATACAATGTTGTACTTACAGGCAAAAAAATTCCATTGATAACGTTCAAGCACAGGTTTGATTTGATCATTTTGATTTGATCATATGTCCTCTTTAAGGTGCCTTTGGATTTAAAAGGCAATCATTGGAGAAATTTGATGGTGAGGGGGTATGATC
TGAGTTTTTGGCATAAACTCAGATCCTGATTTTGTTTATTTTGCAGATTTTAATGCATGAACTACCCCACATATTCTGGGATAACATATAGTGGAAGTAATTTAGAAGTTCTCTAATTCGAGATGTGGTGCCGGAATTAAAAACCGGCCTTTATTTTATTTCAAAATTAA

>TRINITY_DN123118_c4_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTTTTACCTTTTTAAATAATAAATTAAAATTTATGATTTGAAATTGCCTTCTGCAACTTCTATTTGTCTCTCAGATAAGCTTCCAATTTTTTTTTCTAAATCTCTGGACAGTATTCATAAACCCTGTGGCTTTTAGGCAGGACTATTTATCTTGTTATATATGCAATCAGGTTCGATATGAAAGCGAATTGCGCTACAGG
GTTCAAAGGCAGGTTAGATACTCCAGGTTTCGTTCTGAAAAAATTCCGCGTACTCCTGGATTCTACCTCAAAGACTACTCTCTAGCTCACGTAAATCTATTGTGCATCTCCAAATAACCAGAACAACCTACGGATCGCTCAATTTGGTGCAGAATTGTGCATATATCTCGGCATCTTCGGATATCAGAAGCCGTCAAAGT
TGTCACTTTATGCTGGATTCGAGATTTTGTTTTCTCAATTTAGTGGAGTTACAAATCAATTTGAGGGCGGAAAATGGTGGGAGTTGCAGAGGAGGCCGAGTTGAGTAGGTTGGAGTCGCAGGTCGAAAATGGCGGAGGGAATGTATGGGAGTATCTGTGTCTCGTGAAGAAGCTTAAAGTCAGGTGTTCTGAAAAGGTCT
TGCGGCACGGGATGGCTCTTCTGAATGATGCCAAGGGTAGATCCAAGCTCGGCGGAGAAGTATGGACTCTGTATGAGCAGGTAGCCATTGCAGCTATGGATTGTAGGCATCTTGACATTGCAAAGGAATACATTCAAATTCTTTTGAAGAAGTTTCCAGACAGTCTCAGAGTAGGCAGGCTGGAAGGAATGTGGTTTGAA
GCTAAAGGATCCTGGACACAAGCAGACAAAGTTTACTCAGGCCTATTGGAAGAACATCCATTAGACCAACAAATTCACAAAAGGAAGGTTGCTATAGCTAAAGCACAGGGCAATTTATCAGGAGCTGTGGATCTTCTTAATAAATACCTGGAGATATTCATGGCAGATAATGATGCATGGAGGGAACTTGCAGACTTGTA
CATTTCTCTTCAAATGTATAAGCAGGCAGCTTTTTGTTTTGAAGAATTAATACTTGCTCAACCATCAAATGCATTATTTCACTTATCATATGCTGAGGTGCTTTATACGATTGGTGGTCTTGAAAATTTTAAACTGGCAAAAAAAGTATTATGCCGTGGCTATCGACTTGAGTGGGGGAAGAAATACTCGAGCTCTGTAT
GGTGTATGCTTGgtaagatgcaatattttgatctgataccaaatttctcctctgttattttcctttttttggtactagtagggttctgtcccaactcccaagtgtcgttaattctaaaacagtttatttgttaggtcaagcggttaaggttagtgccctaaagcgataataatctgcactgcaaattactttttcatttg
cattgaaggcatatgcaggatttgtttttactgacaggaatcatgctatgaacatgcagTGTGGAGGGGCCATCAATCAATTAACCAAGGGACGTAGTAGAGAAGAAAAAGAAGGATCAGAGTTACACACTCTTGCAGCGGCCTCTTTAGTTAAGGATTATAAACAAAGGTCCGCTGACAAGGCCCCTTTAGTTATATCT
GTTCTTGAACAGATGAAAGCCTTACCGTCATAATGGTTGTCATG

Intron 3 GTATAAGCAG ... ATATGCTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.87	33	116	30
A2	72.88	16	61	25
A3	70.7	23	77	34
A4	69.78	21	72	25
A5	60	7	16	5
A6	71.93	40	153	52
A7	70.31	53	172	79
A8	72.88	40	152	63
A9	63.93	68	175	66
A10	78.16	19	100	36

>TRINITY_DN45283_c0_g1_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

AAAAAAGAAGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACAGATTTATCATACCCGAGTCATTAACAGTAACAGGAATACGTTTTGAAAAAAGAAGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACAGATTTATCATACCCGAGTCATTAACAGTAACAGCAAATTCACAAAAGGAAGGTTGCTATAGCTAAAGCACA
GGGCAATTTATCAGGAGCTGTGGATCTTCTTAATAAATACCTGGAGATATTCATGGCAGATAATGATGCATGGAGGGAACTTGCAGACTCGTACATTTCTCTTCAAATATACATCTTAGAGCCTGGATCCAATTACTGGTTGGACATTTATGCTCTCACTACATTTTTGCGGCAGAGATGACCGTTGATATGGCTGTTTT
TTGGCATTACTATTATGTTATACTTTATATTTGACACTCTGGGCCTCTGACAGCTGTTGCTGTAGTCTTTTTTGATATTACTACCTGTTTTATGGACTTATTGTTTATGGTGTGATCTCGGGATCTGTTTCTCCACCCGGAGGGATTCTTGACTATTATTGTGGACATATGGTGCTATTTCTGGACTATACTGTTATTAT
GGGTGACTCATCTGACTATGTCTGGCAAGTCCATTTTACTGGATTTGTGAGCAGACATGTATGTTTCTGACAGCTGGC

>TRINITY_DN45283_c0_g1_i9 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAAAAGAAGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACAGATTTATCATACCCGAGTCATTAACAGTAACAGGAATACGTTTTGAAAAAAGAAGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACAGATTTATCATACCCGAGTCATTAACAGTAACAGCAAATTCACAAAAGGAAGGTTGCTATAGCTAAAGCACA
GGGCAATTTATCAGGAGCTGTGGATCTTCTTAATAAATACCTGGAGATATTCATGGCAGATAATGATGCATGGAGGGAACTTGCAGACTCGTACATTTCTCTTCAAATgtataagcaggcagctttttgttttgaagaattaatacttgctcaaccatcaaatgcattatttcacttatcatatgctgagATACATCTTA
GAGCCTGGATCCAATTACTGGTTGGACATTTATGCTCTCACTACATTTTTGCGGCAGAGATGACCGTTGATATGGCTGTTTTTTGGCATTACTATTATGTTATACTTTATATTTGACACTCTGGGCCTCTGACAGCTGTTGCTGTAGTCTTTTTTGATATTACTACCTGTTTTATGGACTTATTGTTTATGGTGTGATCT
CGGGATCTGTTTCTCCACCCGGAGGGATTCTTGACTATTATTGTGGACATATGGTGCTATTTCTGGACTATACTGTTATTATGGGTGACTCATCTGACTATGTCTGGCAAGTCCATTTTACTGGATTTGTGAGCAGACATGTATGTTTCTGACAGCTGGC

Intron 4 GTTAAGTATT ... TTCACTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.78	3	10	11
A2	44.44	5	7	1
A3	45.45	3	2	3
A4	47.83	6	10	1
A5	0	4	0	0
A6	11.11	4	0	1
A7	30.77	18	12	4
A8	33.33	11	3	8
A9	25	18	2	10
A10	44.44	5	2	6

>TRINITY_DN110823_c0_g1_i15 from sample A4 / Example spliced isoform

AGCAGAGTTTGAAAGAATCCGGCCGGCTACCTCGGATGCCAAAATTAAAAAATCACTGTGACCGTAATAAAAAAGCCAGGAGAGTTAAAGCCAACATAGTTTGAGATGTAAGAGTTTTCAAAAAGCCAGCAGAGTTATAAAAAGCCAAAGTTAATGCTTGTGGCCGTTTGAGACGGAGACCTATATATTGATATTGATAT
TGGGTCAGAGGTTCAAAATTCATCCATAGTCACTCTGTCTCTCTGTGTCATCTGCTTTTTCTTTTGTTTGGTGTTACTTTGTTTAATACGCATGGCCATGCATGTTTTTCTTCTCGTTTTCTCTTTCTCTGTTGCTTGCAATCTTCCTCCCTTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTAGATGAGCAAAAGACAGAGATTCAAGTG
TGGATGTTTGTTGATCACATGGGACAATTGGGTTATCCTTACGGGACGATAATCATTGCTTCTTGCTTATTAATGGCCTAAATTCCCAGGCTTGAATACGTTTTAAAAAAAGAAGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACAGATTTATCATACCCGAGTCATTAACAGTAACAGGAATACGTTTTGAAAAAAGA
AGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACAGATTTATCATACCCGAGTCATTAACAGTAACAG

>TRINITY_DN110823_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGCAGAGTTTGAAAGAATCCGGCCGGCTACCTCGGATGCCAAAATTAAAAAATCACTGTGACCGTAATAAAAAAGCCAGGAGAGTTAAAGCCAACATAGTTTGAGATGTAAGAGTTTTCAAAAAGCCAGCAGAGTTATAAAAAGCCAAAGTTAATGCTTGTGGCCGTTTGAGACGGAGACCTATATATTGATATTGATAT
TGGGTCAGAGGTTCAAAATTCATCCATAGTCACTCTGTCTCTCTGTGTCATCTGCTTTTTCTTTTGTTTGGTGTTACTTTGTTTAATACGCATGGCCATGCATGTTTTTCTTCTCGTTTTCTCTTTCTCTGTTGCTTGCAATCTTCCTCCCTTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTAGATGAGCAAAAGACAGAGATTCAAGTG
TGGATGTTTGTTGATCACATGGGACAATTGGGTTATCCTTACGGGACGATAATCATTGCTTCTTGCTTATTAATGGCCTAAATTCCCAGGCTTgttaagtatttctttattcacattatatcatatgaagtttccttttttagtttttgaaaaattgcagggtgtgtttaacattacatggtagaaaaaagctttgtaca
atacatgtaattagcttattttgttcaattccattcctcatgacaatatttcacttcagGAATACGTTTTAAAAAAAGAAGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACAGATTTATCATACCCGAGTCATTAACAGTAACAGGAATACGTTTTGAAAAAAGAAGGATACGATGGATTTCAGGCTGCAGACCGTACA
GATTTATCATACCCGAGTCATTAACAGTAACAGGTAAGCTCTGTTCTCATCCACGTGCTGTTTTTTAAATTGTCCCATAAATTACACAAAATAAAATATGTCCTGGGCAGGCTACACTTGAAGACCATCCCCTGTTTTTTGGCAAGAACTCCACAAATAGTTCAAAAGTCTTAAATCATACTTTTATTATATGTTATAGG
TGTATATGCAATTTATAAAATAGAATTAGGAACTCTGTTTAAAGCACGCTAAAGCATCATAACTCTTCCTACCGGCAAATTCACAAAAGGAAGGTTGCTATAGCTAAAGCACAGGGCAATTTATCAGGAGCTGTGGATCTTCTTAATAAATACCTGGAGATATTCATGGCAGATAATGATGCATGGAGGGAACTTGCAGA
CTTGTACATTTCTCTTCAAATGTGAGTCCACATCTTTGACATTACTGTTTTAGGTCATTGCATCCTAATCCCGACTGCTATGTATTTTTGCTTTAGATTGTTTAAAGCATAAATTGAACACAAAAAAATGCTGTATTTGACATTCATTACAAGTTTAAGTTGTGAAGCAG