NA ----> NA

Intron 1 GTGATGTTGC ... GCAATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.41	19.5	0	5
A2	36.44	14	0	8
A3	37.05	14	1	8
A4	23.98	19.5	1	6
A5	39.53	13	0	8
A6	31.56	308	5	142
A7	30.02	291.5	7	125
A8	34.8	328	3	175
A9	33.98	359.5	4	185
A10	31.83	274.5	5	128

>TRINITY_DN35795_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CAGGTACATGTTGCAAAACCCTTGTTATGGGATAAGGGTTGGAAACATAATACGATGGTGGTTGATGTAAATAATGCTCCTTAACTGCAATTCTAGTGGAAGATCTAATGGCGGCCTTCGTGTCCTAAATCCAAGTGATTGCAAGATGGTGTTGGGAAAAATCTTTGCAACGTAAGTCGTTTCTTGCTGCGTTGTGCAAT
TGTTAATGTACTAGGATCAAAACTGGATTAACGTGCTGGCAACACTCTGTACAAGGGACGTTGGAATATTTACTGTTGAATTAATGAGATGATCTCGAAAGAAATCTAGTGATCTCGTGGTTGAACCTACATCATCGATCTGTAGAATTGGCCTCGGGTTTTGAGTGTAACCCTGACTTTGCATTGATATGCTATGTTAT
GCGAAAAATGATTCATTTGCATAAAGGAAGGGAGGCTAACAGGCTCTCAACCTTCCAGGGTTTTTGGTCTGGAGATGCCTCCATGAGTTTCGATACCTGACCTTCATCAAATATCAGTGTGCAGTGTTTGTAATAATCGTTTGAAAGTGAACTCTGTCGTGCTTTGTCAACTTCAGGTGACTTCCAGATAATCGATACTA
TTGGTCTTGAGGGTTTTCAAGGTGGTTACGATGTGACCTGGTAAGCTTTGGAGACACACTCAGGGTCACCCTCAATGTTCGCAGTTTCAAAGATGGTCCCAAACCGGTTCTTGTCGAAAGGCCGAGGCACAAATACTCTGTTTAAAAAATGTTTAATAATTTGTAGTTAAGTAAATGGTTAAGCCGATTGGCAAATGTGC
ACTGTGTGCGAAGAACCTGGAGTAAAAATCCCAAGCCCTTCATGGCTCTCGTCAGGCTTTTATCCGATGATTTCTGAAATGCAAGGTTTTTGTTGAAATAGCTAAGGTTTTAAACTTACAAATGGCGAGTCTTGCTCAGTCAAACTGATATTGAGAATAATATACACGCTTTTGGTTATCTTCGTTCTCTTGTTCAAACC
CTACTATCGTTCAATCTCAAATGAATTTTTGTTGTATTACTAAAAAGGGTTGAGTTTACAGGTTTAAATACAGAGTCGTGGTCATAGCTTTGTTTCTAGGGATTGTAATAAAAAAATAATAGTGTAATAGTTCGCACTTATATTTAAAGAAGAA

>TRINITY_DN35795_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AATCGTTTGAAAGTGAACTCTGTCGTGCTTTGTCAACTTCAGgtgatgttgcattgctatattaaatggttgcttctttttagaataacgttattgtcttgatatctctcaatcataagtttaaccctttgttgttctggttgcaatggcagGTGACTTCCAGATAATCGATACTATTGGTCTTGAGGGTTTTCAAGGTG
GTTACGATGTGACCTGGTAAGCTTTGGAGACACACTCAGGGTCACCCTCAATGTTCGCAGTTTCAAAGATGGTCCCAAACCGGTTCTTGTCGAAAGGCCGAGGCACAAATACTCTGTTTAAAAAATGTTTAATAATTTGTAGTTAAGTAAATGGTTAAGCCGATTGGCAAATGTGCACTGTGTGCGAAGAACCTGGAGTA
AAAATCCCAAGCCCTTCATGGCTCTCGTCAGGCTTTTATCCGATGATTTCTGAAATGCAAGGTTTTTGTTGAAATAGCTAAGGTTTTAAACTTACAAATGGCGAGTCTTGCTCAGTCAAACTGATATTGAGAATAATATACACGCTTTTGGTTATCTTCGTTCTCTTGTTCAAACCCTACTATCGTTCAATCTCAAATGA
ATTTTTGTTGTATTACTAAAAAGGGTTGAGTTTACAGGTTTAAATACAGAGTCGTGGTCATAGCTTTGTTTCTAGGGATTGTAATAAAAAAATAATAGTGTAATAGTTCGCACTTATATTTAAAGAAGAA

Intron 2 GTAAATGACT ... TTTTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.85	14.6	10	22.5
A2	66.67	8.8	18	16.6
A3	68.9	7.2	16	16
A4	59.23	14.3	19	21.9
A5	85.83	1.8	4	17.2
A6	49.11	231.5	198	242.8
A7	54.31	210	208	284.5
A8	48.01	214.8	171	222.2
A9	51.86	214.8	199	259.1
A10	55.62	195.9	222	264.5

>TRINITY_DN100384_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGTGGTTGATGTAAATAATGCTCCTTAACTGCAATTCTAGTGGAAGATCTAATGGCGGCCTTCGTGTCCTAAATCCAAGTGATTGCAAGATGGTGTTGGGAAAAATCTTTGCAACGTAAGTCGTTTCTTGCTGCGTTGTGCAATTGTTAATGTACTAGGATCAAAGCTGGATTAACGTGCTGGCAACACTCTGTAAAAG
GGACGTTGGAACATTTACTGTTGAATTAATGAGATGATCTCGAAAGAAATCTAGTGATCCCGTGGCTGAACCTACATCATCGATCTGTAGAATTGGCCTCGGGTTTTGAGTGTAACCCTGACTTTGCATTGATATGCTATGTTATGCGAAAAATGATTCATTTGCATAAAGGAAGGGAGGCTAACAGGCTCTCAACCTTC
CAGGGTTTTTGGTCTGGAGATGCCTCCATGAGTTTCGATACCTGACCTTCATCAAATATCAGTGTGCAGTGTTTGTAATAATCGTTTGAAAGTGAACTCTGTCGTGCTTTGTCAACTTCAGGTGACTTCCAGATAATCGATACTATTGGTCTTGAGGGTTTTCAAGGTGGTTACGATGTGACCTGGTAAGCTTTGGAGAC
ACACTCAGGGTCACCCTCAATGTTCGCAGTTTCAAAGATGGTCCCAAACCGGTTCTTGTCGAAAGGCCGAGGCACAAATACTCTGTTTAAAAAATGTTTAATAATTTGTAGTTAAGTAAATGGTTAAGCCGATTGGCAAATGTGCACTGTGTGCGAAGAACCTGGAGTAAAAATCCCAAGCCCTTCATGGCTCTCGTCAG
GCTTTTATCCGATGATTTCTGAAATGCAAGGTTTTTGTTGAAATAGCTAAGGTTTTAAACTTACAAATGGCGAGTCTTGCTCAGTCAAACTGATATTGAGAATAATATACACGCTTTTGGTTATCTTCAAAAAAA

>TRINITY_DN100384_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGGTGGTTGATGTAAATAATGCTCCTTAACTGCAATTCTAGTGGAAGATCTAATGGCGGCCTTCGTGTCCTAAATCCAAGTGATTGCAAGATGGTGTTGGGAAAAATCTTTGCAACGTAAGTCGTTTCTTGCTGCGTTGTGCAATTGTTAATGTACTAGGATCAAAGCTGGATTAACGTGCTGGCAACACTCTGTAAAAG
GGACGTTGGAACATTTACTGTTGAATTAATGAGATGATCTCGAAAGAAATCTAGTGATCCCGTGGCTGAACCTACATCATCGATCTGTAGAATTGGCCTCGGGTTTTGAGTGTAACCCTGACTTTGCATTGATATGCTATGTTATGCGAAAAATGATTCATTTGCATAAAGGAAGGGAGGCTAACAGGCTCTCAACCTTC
CAGGGTTTTTGGTCTGGAGATGCCTCCATGAGTTTCGATACCTGACCTTCATCAAATATCAGTGTGCAGTGTTTGTAATgtaaatgacttagtctttattgtgggagggttttcctttgagttaaagacttcaggcagatttctgtcagttcttgcttgtcactctttcacaattgtacattgtggtttaccgatgttta
cacggtgcttcttttctgcagAATCGTTTGAAAGTGAACTCTGTCGTGCTTTGTCAACTTCAGGTGACTTCCAGATAATCGATACTATTGGTCTTGAGGGTTTTCAAGGTGGTTACGATGTGACCTGGTAAGCTTTGGAGACACACTCAGGGTCACCCTCAATGTTCGCAGTTTCAAAGATGGTCCCAAACCGGTTCTTG
TCGAAAGGCCGAGGCACAAATACTCTGTTTAAAAAATGTTTAATAATTTGTAGTTAAGTAAATGGTTAAGCCGATTGGCAAATGTGCACTGTGTGCGAAGAACCTGGAGTAAAAATCCCAAGCCCTTCATGGCTCTCGTCAGGCTTTTATCCGATGATTTCTGAAATGCAAGGTTTTTGTTGAAATAGCTAAGGTTTTAA
ACTTACAAATGGCGAGTCTTGCTCAGTCAAACTGATATTGAGAATAATATACACGCTTTTGGTTATCTTCAAAAAAA

Intron 3 GTAAGTCGTT ... TTTTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.35	6.5	10	21.5
A2	94.28	1	0	16.5
A3	94.12	1	2	16
A4	91.87	2	21	21
A5	94.43	1	1	17
A6	77.44	67	37.5	234
A7	82.59	58	39	277.5
A8	77.75	60	32.5	214
A9	76.08	77	53	249.5
A10	79.18	66.5	56	256.5

>TRINITY_DN42650_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

TGGAAACATAATACGATGGTGGTTGATGTAAATAATGCTCCTTAACTGCAATTCTAGTGGAAGATCTAATGCGGCCTTCGTGTCCTGAATCCACATGATTGCAAGATGGTGTTGGGAAAAATCTTTGCAACAATCGTTTGAAAGTGAACTCTGTCGTGCTTTGTCAACTTCAGGTGACTTCCAGATAATCGATACTATTG
GTCTTGAGGGTTTTCAAGGTGGTTACGATGTGACCTGGTAAGCTTTGGAGACACACTCAGGGTCACCCTCAATGTTCGCAGTTTCAAAGATGGTCCCAAACCGGTTCTTGTCGAAAGGCCGAGGCACAAATACTCTGTTTAAAAAATGTTTAATAATTTGTAGTTAAGTAAATGGTTAAGCCGATTGGCAAATGTGCACT
GTGTGCGAAGAACCTGGAGTAAAAATCCCAAGCCCTTCATGGCTCTCGTCAGGCTTTTATCCGATGATTTCTGAAATGCAAGGTTTTTGTTGAAATAGCTAAGGTTTTAAACTTACAAATGGCGAGTCTTGCTCAGTCAAACTGATATTGAGAATAATATACACGCTTTTGGTTATCTTCGTTCTCTTGTTCAAACCCTA
CTATCGTTCAATCTCAAATGAATTTTTGTTGTATTACTAAAAAGGGTTGAGTTTACAGGTTTAAATACAGAGTCGTGGTCATAGCTTTGTTTCTAGGGATTGTAATAAAAAAATAATAGTGTAATAGTTCGCACTTATATTTAAAGAAGAT

>TRINITY_DN42650_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGAAACATAATACGATGGTGGTTGATGTAAATAATGCTCCTTAACTGCAATTCTAGTGGAAGATCTAATGCGGCCTTCGTGTCCTGAATCCACATGATTGCAAGATGGTGTTGGGAAAAATCTTTGCAACgtaagtcgtttcttgctgcgttgtgcaattgttaatgtactaggatcaaagctggattaacgtgctggc
aacactctgtaaaagggacgttggaacatttactgttgaattaatgagatgatctcgaaagaaatctagtgatcccgtggctgaacctacatcatcgatctgtagaattggcctcgggttttgagtgtaaccctgactttgcattgatatgctatgttatgcgaaaaatgattcatttgcataaaggaagggaggctaac
aggctctcaaccttccagggtttttggtctggagatgcctccatgagtttcgatacctgaccttcatcaaatatcagtgtgcagtgtttgtaatgtaaatgacttagtctttattgtgggagggttttcctttgagttaaagacttcaggcagatttctgtcagttcttgcttgtcactctttcacaattgtacattgtg
gtttaccgatgtttacacggtgcttcttttctgcagAATCGTTTGAAAGTGAACTCTGTCGTGCTTTGTCAACTTCAGGTGATGTTGCATTGCTATATTAAATGGTTGCTTCTTTTTAGAATAACGTTATTGTCTTGATATCTCTCAATCATAAGTTTAACCCTTTGTTGTTCTGGTTGCAATGGCAGGTGACTTCCAGA
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