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Intron 1 GTAAGTACTG ... AGTTTCGTAG

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A980.3231310
A1077.517.33710



>TRINITY_DN108926_c1_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform
GGTCGGATTTAGTATTTTCTCAAAGAGACCAACTCTCTCAGGAAGGAATCAAGAGGGCTCTGCTTCGTCAGGGGTCTACACAAGTTGGGAGTAGTGAATACATTCAACGAAATGGTCAGATATGGAGCCTATCTGTATGTGCTTCTCAACACTAACTGTTTCTTCTAGAAAGTTGGTTCATGTCCTCCAAGATGCATTTA
ATGTTGCATTTATGTGAAAGATGCAGGCAGAATATTAGTGGTTTTCAAATATCTGGAGGGGTTGAATATGGATTTTGTGTACATTTAAAGCTATACAAACTGAGCCTCTTCTTCTGAAAGGTGAAATGAGAAAGTGCTCCACTTCTAGAAAGTAGTCTGGGACTCTGAAGTGACCAGGACAATGTTAGACAGTAAAACAG
GGATTTCCTTGGAGTCTGGTCTTGAAGAAAAAAAGAAGGTCAAGCGATGACTTATGGCTATTGTGCATAACAGCTTCCGCGTTACAGGAAATGGAGGATGAGTTCACGATTTTGATAAACTAAATGAAATACCTTCTATTCCAGGGATAAATTCCTGAATGTCAG


>TRINITY_DN108926_c1_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:
AGCTAGCTCAAGGTTGGAAGCAGAAGTTGCTGCCTCTTCTGACAAGGACTCGGGAGAAGAAGCAGAGCATCAAAGTACAGTACTGGCCATATAGGACCCTAAAACCCCACCATAAACCAGCAATCTGGGTGATCTCTGGAGGCAGATCAGTGGTAAAGGGCTTTGAATCAAAACTTATGAAGCATTAAACAACAGTCCTT
TGAGTGCTGAGTTAATTCCAGCCCTAAATCAATATTCTAGAGCACTCATGGAAAATTTCGGGCATGTATATTGGTGAAACAGCAGTCACAATCAGCAGTAAACCTTCACCTTTCGAGTTCTAGGCAAGCCTGAGTCAAGAAGAGAGCGTATACATGTGTCTCTTGACACAGATTTACAGAGCACTCCAGCTTTTGTTTGA
TTGCTGTAGCAGCATCGTCCATTTCTGAGAGTGCTTGGGCCACATTTGGAGATGCATGATGCTTTGAGGAGTGGATGATAGTGTATATAGGGTTAGCATCTTGCATTGGTAGAAATTTCTATGGATCGTCCACCTTGGGAACCTTACTTTCTCACTTTATTTGATATTTAGAGGATCGTTTCTCTTTTGTGGTTGAATAG
TGTCACTAGATCTAATAGGAAATCCACGGCAGTGCCTTTGTATCCCTGTTCTCTCAGCATTTGGGCAGTTGTTGGCTTTGGGAAACCTTTTCTATATCTTGCTTTTTATAACACGCTAATTGGTGACCTATATAAGGCTGGTCAACTTGAGATACTTTACAAGGAAAAGTTAGACCAGGGCCATCGACCAAGCAATGCAA
TTTCTTCAATTTTGATTGATGGACTCTTGAGGACTGACAATATAGAACTAGCCTGCCAGACAGTAAATGAAGTTACCAAAAATGGCTTTACTCCTTTTGCTGCAAATTTGAATGCACTGATCAATGCTCTGTGCAAGGCTGGTAGAGTGGAGCATGCAAGGAAGTATCTAATGGAGATGAAAAAACCTGATATCGTTTGC
TATAGCACATTCATTGGTGGCCTCTGCAAGTTGGGCATGGTGGATGAGGCAATAAATCAACTGGAGAAAATGATTAGTAAGGGCCTCTCACCCACATATGCTCTGTACTCTTCACTCATCAAAGCTTGCTGCAAATCAAAGAAAGTTGAAGTTGCTGCCCAGATATTGAACCAAATGCTTAGGGAACGTGTGGTTCCAAG
TTCTGCAAGTTGTATCTATGTCATGCATCATCTTAGGAAGGCGGGGAAAAAGTTTGAGGCATCAAGAGTTCTCGAGGAAATGATAGAATGTAGAGTTTCTGTACATGTTAGAGTATACTCTGAAGTAATGTCTGCTCTATTTCAGGCTGGTGAAGTGGAAAAAGCATTACAATTACAAGACAAAATAATTAGGAGAGGCT
GTGGAACTGACTTTTTGACATATGGTCTTTCTATAAAACAGCTTTGCTCTAAGGGAAAAGTTGACGAGGCATCCAAGCTTTTAGATGACATAAACCAAAGATATCCAATACCAGGTATTACATTATGAGAATTTCGAAACGGTCGGATTTAGTATTTTCTCAAAGAGACCAACTCTCTCAGGAAGGAATCAAGAGGGCTC
TGCTTCGTCAgtaagtactgaaccaagaccattgtcaaattacaatgctgagtctggttgcatgaaaatagccctctataagttagaattttttcatagaaagggttataatcttgttcgtcaatcttttatagttctgccaggaaacagagtccaaaatgttaattgttcttgtacaagtttcgtagGGGGTCTACACA
AGTTGGGAGTAGTGAATACATTCAACGAAATGGTCAGATATGGAGCCTATCTGTATGTGCTTCTCAACACTAACTGTTTCTTCTAGAAAGTTGGTTCATGTCCTCCAAGATGCATTTAATGTTGCATTTATGTGAAAGATGCAGGCAGAATATTAGTGGTTTTCAAATATCTGGAGGGGTTGAATATGGATTTTGTGTAC
ATTTAAAGCTATACAAACTGAGCCTCTTCTTCTGAAAGGTGAAATGAGAAAGTGCTCCACTTCTAGAAAGTAGTCTGGGACTCTGAAGTGACCAGGACAATGTTAGACAGTAAAACAGGGATTTCCTTGGAGTCTGGTCTTGAAGAAAAAAAGAAGGTCAAGCGATGACTTATGGCTATTGTGCATAACAGCTTCCGCGT
TACAGGAAATGGAGGATGAGTTCACGATTTTGATAAACTAAATGAAATACCTTCTATTCCAGGGATAAATTCCTGAATGTCAG




Intron 2 GTATTCTGAT ... CTGTTTAAAG

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>TRINITY_DN44520_c0_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoform
GTAAGTGAGACAGTACGCTTATGTCAAAGACTGGAATAAGGTTTTTTTTACCATCCTGGTAAGTGGGGTCTTCAAAAGGAAAAGATCGGGGTTTTGACATATCTTTGTGTTTATAAGAGCTCTGGCCCACTGAAAATTGGCAAAAACAAATTCAAGTCTTAAAAAATCAATCGAAAGTTTTAAGCAGGGGTACGGCTGAA
AACACGACACAATGATAAGATTTTTAGGATTAGGGCTATCTGATTCTTTATACTTTTTCGAAGGAGGTAAAATGTATCGAGTTGAGGCTTCTGAAAATGAGAGTTTTTGTTCTAGGGATTGATTTCTGTAATTTTGAAATCATGGGGCAATTAACCAAGTTTTCCAGGCACTCTCTACCAGTCACTTGTTGCATGCTATG
GCACATTTACATGATTCACAATAAACAGTTGGGGTACTAGCCAAGCACTGTGAATTTCAATGTTCTGATTGGTGCATTCGTGAGGGCTGATGGGCAGTAAGCTAACCGCTGAAACTTAGAAAGAATTAGATCCTTGTCAATCAAGCTTGCTTTGATAATTATCATGCGATGGTTGCACCAAGAGTAGCGAGGTGCTCTAG
AGGGAGATGTTGTCATGT


>TRINITY_DN44520_c0_g2_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:
GTGGGGAGCCGCGAGGAGAGCGATGGTACTGATAACCTCAATGCGACCGTTATCTTTGTAGAAACACCAGAGAGCACAAACACTGTTTGTTATGGAGGGAAGCTCCGCTTTGGGTTCTAATGGCGTCCTTGCTCTTCTCTAGAACGTCGTTAAGGTCCATCCCAATCTTCACCAGGCATCGGACGATCCACACGCATTTT
GATCTCGAATCGAGTGGCCCAGAGTTGCCCAGGTATGAAGTCGACCCTTCAACCAAGTACGCCCGAGAAATATCTCAGATTTTAATTTCACACTCCACAAGAACCCTCGGCACACCCAAGGACAGCTGCGGATGGGACCATAGCCTCGTACAGAAGCTCCTTCAAAATGGATTTGATAAAATCTTAAGTCCTGAAATCGT
AGCTCAGGTCGTTAGGGTTCAAAGAGATCCCAATGTCGCACTAGGGTTCTTCAATTGGGCTTCGGAGCAGCTCAATTACAGGCACAATCATGTTAGTTACGGAGCTATGATTCAGTTATTAGGTCCCACTAAGAAATTTGATGCCCTAAATAATTTACTCGGGGAAATAAGAAAGTCTGGAAATCGAATCTCGTTGTCTA
CATTTAGTTGTTTGCTGAGAAGCTATATCAGAAGTGGGAGAGTCCAAGACGCAATGAAAGCATATGATCATATGGGGAACCTGGGGCTGAAACCAGATGCTTATGCTTTTAGTTGGCTTATTGAGGCTCTCATTAGGGCAAACCGTCCAGATTTGGCCAGAGAGGTTTATTCTGATCTTCGGAAAACCGATCATTGTATC
GATAAGTTTGCGCTGTGCTCGATCGTTGGGGATCTTTGCAGGGGAAATGGTGTAAAATTGGCCTGGAAATTACTTGATGAGTGGCTCGGCGAAGACGAATTTTCGGATATTTTGATCTTTGTGGAGATGATCAATGGCCTCTGCCAAACCATGAAGCTTGAGGAGGCATTCAGGGCGCTCACGGAGATGAAAGAAAGGAA
CCTTGTTCCTGATTTTGTCATTTACAAGACCTTAATTGAAGCGACCCGCAAGGGTGGCAATTCCTATCTTGTGCAGAATCTTGAGCAGGAAATGAAAAATCAAGGATGTGAACCCAGTCTGGTCAATTACAGCCAGTTAATTGATGTTTATTGTACTGCGGGTAGATTGCAGAAAGCTTATGATCTTTACACTTGTATCA
AATATGCGGGGTTTACCGCAGACCGTGGTGCTTGCAATACGTTGATTATTTTTCTTTGCAAGGAACACCAGAGCTCAGGGGAGAAGAAGTTTTTGGAGATGGCAGAGTCTATATTTTTTGACATGGAAAAAGTAGGTTATGTTATTAGAAAGCATTCCCTTTCGAGTTTTTGCCGTAGTCTCTCTAATGAAAACAGGCCG
AAGGATGCGTTCAATGTAATCAAAATCACTATGGAGAAAGGTTTCAATCCTGGCTTGGTAACCTACAATCAAATGGTTGGATTTTTGTGTAAGGCCGAAAATACAGAATCTGCTATTGAGTTGTTGAAAGAGATGAGGCAGAAGGGGCATTCTCCTAATGTGGTGACATATACAACATTGATTGATGCTTTCTCCAAAGC
GAGATTGCTCGGTCGAGCACGTGATATGTATAATGAAATGGTCAGAGAAGGATGTCATCCTGATTTATTTACTTTTAAAACTCTAATTTATGGGTATCTGAGGTCAGGGAAACCTATAGAGGCTAAAGAATTGTTGACACGGATGCTTGATGAAGGGTATTCTGCTGATCAAGCCATTTTTGGTGAACTTGTCAATGAAC
TTTGTAAGGTCAATGAGATAGAGAAGGCCTTTCAAATCTATCTTAAGATGAATGATGCTGGCTTCTCTGTCATTATGAGGACTACCAACACTCTAGTTGTTGGATTATGTAAGATAAAGAAATTTGAGGATGCTCTCCATATTCTTCATTCTACTGCTATAAGGGGTTCTTCCTTTGACTATGCAATTTATAACACGCTA
ATTGGTGGCCTATGTAAGGCTGGTCGGCTCGAGAAAGCTTACATACTTTACAAGGAACTGTTAGACCAGGGCCATCGACCAAGCAATGCAATTTCTTCCATTTTGATTGATGGACTCTTGAGGACTCACAATATAGAGCTAGCCTGTGAGACAGTAAATGAAGTTACCAAAAATGGCTTTACTCCTTTTGCTGCAAATTT
GAATGCACTGATCAATGCTCTGTGCAAGGCTGGTAGAGTGGAGCATGCAAGGAAGTATCTAATGGAGATGAAAAAACCTGATATCGTTTGCTATAGCACATTCATTGGTGGCCTCTGCAAGTTGGGCATGGTGGATGAGGCAATAAATCAACTGGAGAAAATGATTAGTAAGGGCCTCTCACCCACATATGCTCTGTACT
CTTCACTCATCAAAGCTTGCTACAAATCAAAGAAAGTTGAAGTTGCTGCCCAGATATTGAACCAAATGCTTAGGGAACGTGTGGTTCCAAGTTCTGCAAGTTGTATCTATGTCATGCATCATCTTAGGAAGGCGGGGAAAAAGTTTGAGGCATCAAGAGTTCTCGAGGAAATGATAGAATGTAGAGTTTCTGTACATGTT
AGAGTATACTCTGAAGTAATGTCTGCTCTATTTCAGGCTGGTGAAGTGGAAAAAGCATTACAATTACAAGACAAAATAATTAGGAGAGGCTGTGGAACTGACTTTTTGACATATGGTCTTTCTATAAAACAGCTTTGCTCTAAGGGAAAAGTTGACGAGGCATCCAAGCTTTTAGATGACATAAACCAAAGATATCCAGT
ACCAGGTATTACATTATGAGAATTTCGAAACAGTCGGATTTAGTATTTTCTCAAAGAGACCAACTCTCTCAGGAAGGAATCAAGAGGGCTCTGCTTCGTCAGTAAGTACTGAACCAAGACCATTGTCAAATTACAATGCTGAGTCTGGTTGCATGAAAATAGCCCTCTATAAGTTAGAATTTTTTCATAGAAAGGGTTAT
AATCTTGTTCGTCAATCTTTTATAGTTCTGCCAGGAAACAGAGTCCAAAATGTTAATTGTTCTTGTACAAGTTTCGTAGGGGGTCTACACAAGTTGGGAGTAGTGAATACATTCAACGAAATGGTCAGATATGGACCCTATCTGTATGTGCTTCTCAACACTAACTGTTTCTTCTAGAAAGTTGGTTCATGTCCTCCAAG
ATGCATTTAATGTTGCATTTATGTGAAAGATGCAGGCAGAATACTAGTGGTTTTCAAATATCTGGAGGGGTTGAATATGGATTTTGTGTACATTTAAAGCTATACAAACTGAGCCTCTTCTTCTGAAAGGTGAAATGAGAAAGTGCTCCACTTCTAGAAAGTAGTCTGGGACTCTGAAGTGACCAGGACAATGTTAGACA
GTAAAACAGGGATTTCCTTGGAGTCTGGTCTTGAAGAAAAAAAGAAGGTCAAGCGATGACTTATGGCTATTGTGCATAACAGCTTCCGCGTTACAGGAAATGGAGGATGAGTTCACGATTTTGATAAACTAAATGAAATACCTTCTATTCCAGGGATAAATTCCTGAATGTCAGTGTCATTTGAGAGGGTAAGTGAGACA
GTACGCTTATGTCAAAGACTGGAATAAGGTTTTTTTTACCATCCTGGTAAGTGGGGTCTTCAAAAGGAAAAGATCGGGGTTTTGACATATCTTTGTGTTTATAAGAGCTCTGGCCCACTGAAAATTGGCAAAAACAAATTCAAGTCTTAAAAAATCAATCGAAAGgtattctgatccagggataagctcatgttagatgc
attttatatttttattgtgctttgctagaccagcaacttgttcaatgtgggttttcttcagatcgaacattatactaataatgctttatcaactgtttaaag
TTTTAAGCAGGGGTACGGCTGAAAACACGACACAATGATAAGATTTTTAGGATTAGGGCTATCTGATTCTTTATACTTTTTCGAAGGAGGTAAAATGT
ATCGAGTTGAGGCTTCTGAAAATGAGAGTTTTTGTTCTAGGGATTGATTTCTGTAATTTTGAAATCATGGGGCAATTAACCAAGTTTTCCAGGCACTCTCTACCAGTCACTTGTTGCATGCTATGGCACATTTACATGATTCACAATAAACAGTTGGGGTACTAGCCAAGCACTGTGAATTTCAATGTTCTGATTGGTGC
ATTCGTGAGGGCTGATGGGCAGTAAGCTAACCGCTGAAACTTAGAAAGAATTAGATCCTTGTCAATCAAGCTTGCTTTGATAATTATCATGCGATGGTTGCACCAAGAGTAGCGAGGTGCTCTAGAGGGAGATGTTGTCATGT




Intron 3 GTCAGATATG ... CTTCTGGCAG

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>TRINITY_DN44520_c0_g2_i12 from sample A9 / Example spliced isoform
AAAAGCGAGAGAGCGCGAACTGGAACTATCGTTATGGAGCTGGGAGCTCCGCTTGGACTCTAATGGCGTCCCTGCTCTTCTCTAGAGTCTCGCTAAGGTCCATCCCAATTCTGAACAGGCATCGGACGATACACACGCATTATGACCTCGAATCGAGCGGCCAAGAATTGCCCAGGTATGAAATCGACCCTTCAACCAAG
CACGCCCGAGAAATATCTGACATTTTAACTTCACACTGCACAAGAACCCTCGGCACACCCAACGATAGCTGTGGCTGGAACCATGGCCTCGCCCATAAGCTCCTTCAAAATGGATTTGATAAATTCTTAAGTCCTGAAATCGTAGCTGAGGTCGTCAGGGTTCAAAGAGATCCCACTGTCGCACTAGGGTTCTTCAATTG
GGCTTCTGAACAGCCTAATTACAGGCACAATGATGTTAGTTACGGAGCTATGATTCAGTTATTAGGTCCCACTAAGAAATTTGATGCCCTAAATAATTTACTCGAAGAAATAAGGAAGTCTGGGAATCGAATTTCACTGTCTGCTTATAATTGTTTGCTGAGAAGTTATATCAGAAGCGGGAGATTCCAAGATGCAATGC
AAGCATATTGTCATATGGGGAAGCTGGGGCTGAAACCAGATGCTTATGCTTTTAGTTGGCTTATTGGGACTCTAATCAGGGCAAACCGTCCAGATTTGGCCAGAGAGGTTTATTCCGATCTTCGAAAAACCGATCATTGTATCGATAGGTTTGCATTGTGCTCGATCGTTGGGGATCTTTGCAGGGGAAATGGCATGAAA
TTGGCCTGGAAATTGCTTGATGAATGGCTTAGTGAAGATGAGTTTTTGGATCTTTTGATCTTTGTGGAGATGATAAATGGCCTCTGCCAGACATTGAAGCTTGATGAGGCCTTCAAGGCGCTCAAGAAAATGAAGGAAAGGAACATTGTCCCTGATTTTGTCATTTACAAGACCTTAATTGAAGCGACCCGCAAGGGTGG
CAATTCCTATCTTGTGCAGAATCTTGAGCAGGAAATGAAAAATCAAGGATGTGAACCCAGTCTGGTCAATTACAGCCAGTTAATTGATGTTTATTGTACTGCGGGTAGATTGCAGAAAGCTTATGATCTTTACTCTTGTATCAAACATGCGGGGTTTACCGCAGATTGTGTTGCTTGCAATACATTGATTATTTTTCTTT
GCAAGGAGCACCAGAGCTCAGGGGAGAAGAAGTTTTTGGAGATGGCAGAGTCTGTATTTTTTGACTTGGAAAAAGCAGGTTATGTTATTAGAAAGCATTCTCTTTCGAGTTTTTGTTTGCAATCAAAATCACTATGGCGAAAGGTTTCAATCCTGGCTTGGTAACCTTACAATCAAATGTTTGGATTTTTGTGTAAGGCC
GAACTTACAGAATCTACAATGGAGGTTGACCGAGATGAAGCAGAAGGGGCATTCTCCTAACGTCGTGACATATACAACATTGATTGATGCTTTCTTCAAAGTGAGATTGCTGGATCAAGTGCGTGATATGTATAATGAAATGGTTCGAGAAGGATGTCGTCCTAATTTATTTACTTTTAAAACTCTAAATTATTCGTACC
TGAGGTCAGGGAAACCAAGAGGCTCAAGAATGTTGACACGGATGCTTGATGAAGTGTATTCTGCTGATCAAGCCATTCTTGGGGACCTTGTCAATGAGATAGAGAAGGCCTTTCAAATCTATCTTTCGATGATTGATGCTGGTTTCATTATTTTGTACCCAACAGTCCCTTTAACCCACTTCAGTGATCATTCGTTGGAC
ATTAATATATTTATCTTATCTTATATTATCTGTCGCTATGAGGACTACCAACACTCTAATTGTGGGTTTATGCAAGATAAATGATTTCGAGGATGCTCTCTATATCCTTCCTTCTATTGCTGTAAGGTGTTACCCCGTTGCCTCTGCTATTTATAACACTCTAATTGGTGGTCTATGTAAGGTTGGTCAAGTTAAGAAAG
CTCACATACTTTACAACGAACTGTTATACCAGGGCCATCGACCAAGCAATACAATTTCTTCCATTTTGATTGATGGGCTCTTGAGGACTGTCAATATAGAACTAGCCTGTGAGACTGTAAATGGAATTACAAAAAATGGCTTTACTCTGGTGGCTGCAAATTTGAATGCATTGATCAATACTCTCTGCAAGGCTGGTAGA
GTGAAGCATACAAGGAAGTATCTAATGGAGATGAAAAAACCTTATATAGGTTGCTATATCACATTCATTGGGGGCTTCTGCATGTTAGGTATGGTGGATGAGGCAGTAAATCAACTGGAGAAAATCAGTAGTAAGGGCCTCACCCATAGGGCCATATATGCTCTGTACTCTTCACTCATCAAAGCTTGCTACAAATCAAA
GAAAGTTGAAGTTGCTGCCCAGATATTGAACCAAATGCTTAGGGAACGGGTGGTTCCAAGTTCCTCAAGTTGTATCTATGTCATGCATCATCTTGGGAAGGTGGGAAAAAAGTTTGAGGCATCAAAAGTTCGCGAGGAAATGATAGAATGTAGATTTTCTGTAAATGTTAGATTATACTCTGAAGTAATGTCTTCTCTAT
TTCAGGCTGTTGAAGAGGGAAAAACATTACAATTACAAGACAAAATAATTAGGAGAGGCTGTGGAACTGACTTTTTGACATATGGTCTTTCGGTAAAATAGCTTTGCTCCATGGGAAAAGTTGATGAGGCACCCAAGCTTTTAGATGACATAAACCAAAGATATCCAATACCAGGTATTACATTATGAGAATTTCGAAAC
AGTCGGATTTAGTATTTTCTCAAAGAGACCAACTCTCTCAGGAAGGAATCAAGAGGGCTCTGCTTCGTCAGTAAGTACTGAACCAAGACCATTGTCAAATTACAATGCTGAGTCTGGTTGCATGAAAATAGCCCTCTATAAGTTAGAATTTTTTCATAGAAAGGGTTATAATCTTGTTCGTCAATCTTTTATAGTTCTGC
CAGGAAACAGAGTCCAAAATGTTAATTGTTCTTGTACAAGTTTCGTAGGGGGTCTACACAAGTTGGGAGTAGTGAATATTATTTTTCCAAAGAGACCACTCTTGCAGAAAGGAATTGAGAGGGCTCTGCTTTGTAAGAAAGTACTGAATGGAGACCATTGTGAAAAAAATTAAAATGCTGAACCAAGACCATTGTCAAAA
TACATTGCTGAGTCTGGTTGCTTGAAAATAGCCCTTCATAAGTTATATTTTTTCTTATAAAGAGCTATATTCTTGTCAGTCAGTCTTTTTGGGTTCTGCCCGCAAACAGAGTCTAAAATGTTAATTGTGCTTGTGCAAGTTTCATAGCGGATCTACAAAAGTTGGGAATGGTGTTTGCATTCAACGAAATGGTGAAATGA
GAAAATGCTCTATTTCTAGTAAAGTGGTCTGAGATTCTGAAGTGACCAGGACAATGTTAGACAACGAAACAGTGATTTCTTTGGAGTGGTCTTGAAAGAAAAAAAGATCAGGCGATGACTTATGGCTATTGTGCATAACAGCTTCTGTGTTACGGGGAAATGGAGGATGAGTTCATGATTTTTGATGAACATAAAGAAAT
GCCTTCTATTCCAGGGATAAATTCCCAAAATGTCAGTGTCATTGAGAGGTAATTTGATTTCCCCAGTGACATTTTTCCAGACTGGAAACTTGGATACATTTTATTGTTTTAAAGTTGAAATCATGCTGATAATTATTCCTTCTGGAATTTTATGCAAAGTAAGTGAGACACTGTACACTTATGTCAAAGACAGGACTAAG
GGTTCTTTCCTTCCTGGTAGTGGGGCCTTCAAAAGGAAAATATCAGGGCTATGACATATGTTCATGTTTATAAGAGCTCAGGCCTACAGAAATTTGGCAGATAAATTCAAGCCTCGAAAAATCAAATGAAAGATATTCTAATCCAGGGAGAAGCTCAAGTTTGCTTCATTTTATTTAATTTATTGTGCT


>TRINITY_DN44520_c0_g2_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:
AAAAGCGAGAGAGCGCGAACTGGAACTATCGTTATGGAGCTGGGAGCTCCGCTTGGACTCTAATGGCGTCCCTGCTCTTCTCTAGAGTCTCGCTAAGGTCCATCCCAATTCTGAACAGGCATCGGACGATACACACGCATTATGACCTCGAATCGAGCGGCCAAGAATTGCCCAGGTATGAAATCGACCCTTCAACCAAG
CACGCCCGAGAAATATCTGACATTTTAACTTCACACTGCACAAGAACCCTCGGCACACCCAACGATAGCTGTGGCTGGAACCATGGCCTCGCCCATAAGCTCCTTCAAAATGGATTTGATAAATTCTTAAGTCCTGAAATCGTAGCTGAGGTCGTCAGGGTTCAAAGAGATCCCACTGTCGCACTAGGGTTCTTCAATTG
GGCTTCTGAACAGCCTAATTACAGGCACAATGATGTTAGTTACGGAGCTATGATTCAGTTATTAGGTCCCACTAAGAAATTTGATGCCCTAAATAATTTACTCGAAGAAATAAGGAAGTCTGGGAATCGAATTTCACTGTCTGCTTATAATTGTTTGCTGAGAAGTTATATCAGAAGCGGGAGATTCCAAGATGCAATGC
AAGCATATTGTCATATGGGGAAGCTGGGGCTGAAACCAGATGCTTATGCTTTTAGTTGGCTTATTGGGACTCTAATCAGGGCAAACCGTCCAGATTTGGCCAGAGAGGTTTATTCCGATCTTCGAAAAACCGATCATTGTATCGATAGGTTTGCATTGTGCTCGATCGTTGGGGATCTTTGCAGGGGAAATGGCATGAAA
TTGGCCTGGAAATTGCTTGATGAATGGCTTAGTGAAGATGAGTTTTTGGATCTTTTGATCTTTGTGGAGATGATAAATGGCCTCTGCCAGACATTGAAGCTTGATGAGGCCTTCAAGGCGCTCAAGAAAATGAAGGAAAGGAACATTGTCCCTGATTTTGTCATTTACAAGACCTTAATTGAAGCGACCCGCAAGGGTGG
CAATTCCTATCTTGTGCAGAATCTTGAGCAGGAAATGAAAAATCAAGGATGTGAACCCAGTCTGGTCAATTACAGCCAGTTAATTGATGTTTATTGTACTGCGGGTAGATTGCAGAAAGCTTATGATCTTTACTCTTGTATCAAACATGCGGGGTTTACCGCAGATTGTGTTGCTTGCAATACATTGATTATTTTTCTTT
GCAAGGAGCACCAGAGCTCAGGGGAGAAGAAGTTTTTGGAGATGGCAGAGTCTGTATTTTTTGACTTGGAAAAAGCAGGTTATGTTATTAGAAAGCATTCTCTTTCGAGTTTTTGTTTGCAATCAAAATCACTATGGCGAAAGGTTTCAATCCTGGCTTGGTAACCTTACAATCAAATGTTTGGATTTTTGTGTAAGGCC
GAACTTACAGAATCTACAATGGAGGTTGACCGAGATGAAGCAGAAGGGGCATTCTCCTAACGTCGTGACATATACAACATTGATTGATGCTTTCTTCAAAGTGAGATTGCTGGATCAAGTGCGTGATATGTATAATGAAATGGTTCGAGAAGGATGTCGTCCTAATTTATTTACTTTTAAAACTCTAAATTATTCGTACC
TGAGGTCAGGGAAACCAAGAGGCTCAAGAATGTTGACACGGATGCTTGATGAAGTGTATTCTGCTGATCAAGCCATTCTTGGGGACCTTGTCAATGAGATAGAGAAGGCCTTTCAAATCTATCTTTCGATGATTGATGCTGGTTTCATTATTTTGTACCCAACAGTCCCTTTAACCCACTTCAGTGATCATTCGTTGGAC
ATTAATATATTTATCTTATCTTATATTATCTGTCGCTATGAGGACTACCAACACTCTAATTGTGGGTTTATGCAAGATAAATGATTTCGAGGATGCTCTCTATATCCTTCCTTCTATTGCTGTAAGGTGTTACCCCGTTGCCTCTGCTATTTATAACACTCTAATTGGTGGTCTATGTAAGGTTGGTCAAGTTAAGAAAG
CTCACATACTTTACAACGAACTGTTATACCAGGGCCATCGACCAAGCAATACAATTTCTTCCATTTTGATTGATGGGCTCTTGAGGACTGTCAATATAGAACTAGCCTGTGAGACTGTAAATGGAATTACAAAAAATGGCTTTACTCTGGTGGCTGCAAATTTGAATGCATTGATCAATACTCTCTGCAAGGCTGGTAGA
GTGAAGCATACAAGGAAGTATCTAATGGAGATGAAAAAACCTTATATAGGTTGCTATATCACATTCATTGGGGGCTTCTGCATGTTAGGTATGGTGGATGAGGCAGTAAATCAACTGGAGAAAATCAGTAGTAAGGGCCTCACCCATAGGGCCATATATGCTCTGTACTCTTCACTCATCAAAGCTTGCTACAAATCAAA
GAAAGTTGAAGTTGCTGCCCAGATATTGAACCAAATGCTTAGGGAACGGGTGGTTCCAAGTTCCTCAAGTTGTATCTATGTCATGCATCATCTTGGGAAGGCTGTTGAAGAGGGAAAAACATTACAATTACAAGACAAAATAATTAGGAGAGGCTGTGGAACTGACTTTTTGACATATGGTCTTTCGGTAAAATAGCTTT
GCTCCATGGGAAAAGTTGATGAGGCACCCAAGCTTTTAGATGACATAAACCAAAGATATCCAATACCAGGTATTACATTATGAGAATTTCGAAACAGTCGGATTTAGTATTTTCTCAAAGAGACCAACTCTCTCAGGAAGGAATCAAGAGGGCTCTGCTTCGTCAGTAAGTACTGAACCAAGACCATTGTCAAATTACAA
TGCTGAGTCTGGTTGCATGAAAATAGCCCTCTATAAGTTAGAATTTTTTCATAGAAAGGGTTATAATCTTGTTCGTCAATCTTTTATAGTTCTGCCAGGAAACAGAGTCCAAAATGTTAATTGTTCTTGTACAAGTTTCGTAGGGGGTCTACACAAGTTGGGAGTAGTGAATATTATTTTTCCAAAGAGACCACTCTTGC
AGAAAGGAATTGAGAGGGCTCTGCTTTGTAAGAAAGTACTGAATGGAGACCATTGTGAAAAAAATTAAAATGCTGAACCAAGACCATTGTCAAAATACATTGCTGAGTCTGGTTGCTTGAAAATAGCCCTTCATAAGTTATATTTTTTCTTATAAAGAGCTATATTCTTGTCAGTCAGTCTTTTTGGGTTCTGCCCGCAA
ACAGAGTCTAAAATGTTAATTGTGCTTGTGCAAGTTTCATAGCGGATCTACAAAAGTTGGGAATGGTGTTTGCATTCAACGAAATGgtcagatatgcatcccatctctatgttcttaaaactaattgtttcttcaaaaaagttggttcatgtcctccaagatgcatttaattttgaatttatgtgaagaaagattcaggc
agaatactagcggttttcaaatatctgaagaaagggttgaatgtggattttgtgtacatttaaagctctacaagatgagactcttcttctggcag
GTGAAATGAGAAAATGCTCTATTTCTAGTAAAGTGGTCTGAGATTCTGAAGTGACCAGGACAATGTTAGACAACGAAACAGTGATTTCTTTGGAGTGGTCTTGAA
AGAAAAAAAGATCAGGCGATGACTTATGGCTATTGTGCATAACAGCTTCTGTGTTACGGGGAAATGGAGGATGAGTTCATGATTTTTGATGAACATAAAGAAATGCCTTCTATTCCAGGGATAAATTCCCAAAATGTCAGTGTCATTGAGAGGTAATTTGATTTCCCCAGTGACATTTTTCCAGACTGGAAACTTGGATA
CATTTTATTGTTTTAAAGTTGAAATCATGCTGATAATTATTCCTTCTGGAATTTTATGCAAAGTAAGTGAGACACTGTACACTTATGTCAAAGACAGGACTAAGGGTTCTTTCCTTCCTGGTAGTGGGGCCTTCAAAAGGAAAATATCAGGGCTATGACATATGTTCATGTTTATAAGAGCTCAGGCCTACAGAAATTTG
GCAGATAAATTCAAGCCTCGAAAAATCAAATGAAAGATATTCTAATCCAGGGAGAAGCTCAAGTTTGCTTCATTTTATTTAATTTATTGTGCT




Intron 4 GTGGGAAAAA ... TCTATTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A162.07111818
A278.3841019
A389.7422015
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A578.952312
A68061830
A768.09151747
A854.2729.52644
A958.49111021
A1077.98123352



>TRINITY_DN45672_c4_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform
TATATAGGTTGCTATATCACATTCATTGGGGGCTTCTGCATGTTAGGTATGGTGGATGAGGCAGTAAATCAACTGGAGAAAATCAGTAGTAAGGGCCTCACCCATAGGGCCATATATGCTCTGTACTCTTCACTCATCAAAGCTTGCTACAAATCAAAGAAAGTTGAAGTTGCTGCCCAGATATTGAACCAAATGCTTAG
GGAACGGGTGGTTCCAAGTTCCTCAAGTTGTATCTATGTCATGCATCATCTTGGGAAGGCTGTTGAAGAGGGAAAAACATTACAATTACAAGACAAAATAATTAGGAGAGGCTGTGGAACTGACTTTTTGACATATGGTCTTTCGGTAAAATAGCTTTGCTCCATGGGAAAAGTTGATGAGGCACCCAAGCTTTTAGGTG
ACATAAACCAAAGATATCCAGTACCAGGTATTACATTATGAGAATTTCGAAACAGTCGGATTTATTATTTTTCCAAAGAGACCACTCTTGCAGAAAGGAATTGAGAGGGCTCTGCTTTGTAAGAAAGTACTGAATGGAGACCATTGTGAAAAAAATTAAAATGCTGAACCAAGACCATTGTCAAAATACATTGCTGAGTC
TGGTTGCTTGAAAATAGCCCTTCATAAGTTATATTTTTTCTTATAAAGAGCTATATTCTTGTCAGTCAGTCTTTTTGGGTTCTGCCCGCAAACAGAGTCTAAAATGTTAATTGTGCTTGTGCAAGTTTCATAGCGGATCTACAAAAGTTGGGAATGGTGTTTGCATTCAACGAAATGGTCAGATATGCATCCCATCTCTA
TGTTCTTAAAACTAATTGTTTCTTCAAAAAAGTTGGTTCATGTCCTCCAAGATGCATTTAATTTTGAATTTATGTGAAGAAAGATTCAGGCAGAATACTAGCGGTTTTCAAATATCTGAAGAAAGGGTTGAATGTGGATTTTGTGTACATTTAAAGCTCTACAAGATGAGACTCTTCTTCTGGCAGGTGAAATGAGAAAA
TGCTCTATTTCTAGTAAAGTGGTCTGAGATTCTGAAGTGACCAGGCCTACAGAAATTTGGCAGATAAATTCAAGCCTCGAAAAATCAAATGAAAGATATTCTAATCCAGGGAGAAGCTCAAGTTTGCTTCATTTTATTTAATTTATTGTGCTTTCCTAGACGAGCAACTTGTTCAATGTGGGTTTTCTTCAGATCGAACA
TTATACTAATAATGCTTTATCAACTGTTTAAAGTTTTAAGCAGGGGTACGGCTGAAAACACGACACAATGATAAGATTTTTAGGATTAGGGCTATCTGATTCTTTATACTTTTTCGAAGGAGGTAAAATGTATCGAGTTGAGGCTTCTGAAAATGAGAGTTTTTGTTCTAGGGATTGATTTCTGTAATTTTGAAATCATG
GGGCAATTAACCAAGTTTTCCAGGCACTCTCTACCAGTCACTTGGTGCATGCTATGGCACATTTACATGATTCACAATAAACAGTTGGGGTACTAGCCAAGCACTGTGAATTTCAATGTTCTGATTGGTGCATTCGTGAGGGCTGATGGGCAGTAAGCTAGCCGCTGAAACTTAGAAAGAATTAGATCCTTGTCAATCAA
GCTTGCTTTGATAATTATCATGTGATGGTTGCACCAAGAGTAGCAAGGTGCTCTACAACCCAGTA


>TRINITY_DN45672_c4_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:
GTCTGGTCAATTACAGCCAGTTAATTGATGTTTATTGTACTGCGGGTAGATTGCAGAAAGCTTATGATCTTTACTCTTGTATCAAACATGCGGGGTTTACCGCAGATTGTGTTGCTTGCAATACATTGATTATTTTTCTTTGCAAGGAGCACCAGAGCTCAGGGGAGAAGAAGTTTTTGGAGATGGCAGAGTCTGTATTT
TTTGACTTGGAAAAAGCAGGTTATGTTATTAGAAAGCATTCTCTTTCGAGTTTTTGTTTGCAATCAAAATCACTATGGCGAAAGGTTTCAATCCTGGCTTGGTAACCTTACAATCAAATGTTTGGATTTTTGTGTAAGGCCGAACTTACAGAATCTACAATGGAGGTTGACCGAGATGAAGCAGAAGGGGCATTCTCCTA
ACGTCGTGACATATACAACATTGATTGATGCTTTCTTCAAAGTGAGATTGCTGGATCAAGTGCGTGATATGTATAATGAAATGGTTCGAGAAGGATGTCGTCCTAATTTATTTACTTTTAAAACTCTAAATTATTCGTACCTGAGGTCAGGGAAACCAAGAGGCTCAAGAATGTTGACACGGATGCTTGATGAAGTGTAT
TCTGCTGATCAAGCCATTCTTGGGGACCTTGTCAATGAGATAGAGAAGGCCTTTCAAATCTATCTTTCGATGATTGATGCTGGTTTCATTATTTTGTACCCAACAGTCCCTTTAACCCACTTCAGTGATCATTCGTTGGACATTAATATATTTATCTTATCTTATATTATCTGTCGCTATGAGGACTACCAACACTCTAA
TTGTGGGTTTATGCAAGATAAATGATTTCGAGGATGCTCTCTATATCCTTCCTTCTATTGCTGTAAGGTGTTACCCCGTTGCCTCTGCTATTTATAACACTCTAATTGGTGGTCTATGTAAGGTTGGTCAAGTTAAGAAAGCTCACATACTTTACAACGAACTGTTATACCAGGGCCATCGACCAAGCAATACAATTTCT
TCCATTTTGATTGATGGGCTCTTGAGGACTGTCAATATAGAACTAGCCTGTGAGACTGTAAATGGAATTACAAAAAATGGCTTTACTCTGGTGGCTGCAAATTTGAATGCATTGATCAATACTCTCTGCAAGGCTGGTAGAGTGAAGCATACAAGGAAGTATCTAATGGAGATGAAAAAACCTTATATAGGTTGCTATAT
CACATTCATTGGGGGCTTCTGCATGTTAGGTATGGTGGATGAGGCAGTAAATCAACTGGAGAAAATCAGTAGTAAGGGCCTCACCCATAGGGCCATATATGCTCTGTACTCTTCACTCATCAAAGCTTGCTACAAATCAAAGAAAGTTGAAGTTGCTGCCCAGATATTGAACCAAATGCTTAGGGAACGGGTGGTTCCAA
GTTCCTCAAGTTGTATCTATGTCATGCATCATCTTGGGAAGgtgggaaaaaagtttgaggcatcaaaagttcgcgaggaaatgatagaatgtagattttctgtaaatgttagattatactctgaagtaatgtcttctctatttcagGCTGTTGAAGAGGGAAAAACATTACAATTACAAGACAAAATAATTAGGAGAGGC
TGTGGAACTGACTTTTTGACATATGGTCTTTCGGTAAAATAGCTTTGCTCCATGGGAAAAGTTGATGAGGCACCCAAGCTTTTAGGTGACATAAACCAAAGATATCCAGTACCAGGTATTACATTATGAGAATTTCGAAACAGTCGGATTTATTATTTTTCCAAAGAGACCACTCTTGCAGAAAGGAATTGAGAGGGCTC
TGCTTTGTAAGAAAGTACTGAATGGAGACCATTGTGAAAAAAATTAAAATGCTGAACCAAGACCATTGTCAAAATACATTGCTGAGTCTGGTTGCTTGAAAATAGCCCTTCATAAGTTATATTTTTTCTTATAAAGAGCTATATTCTTGTCAGTCAGTCTTTTTGGGTTCTGCCCGCAAACAGAGTCTAAAATGTTAATT
GTGCTTGTGCAAGTTTCATAGCGGATCTACAAAAGTTGGGAATGGTGTTTGCATTCAACGAAATGGTCAGATATGCATCCCATCTCTATGTTCTTAAAACTAATTGTTTCTTCAAAAAAGTTGGTTCATGTCCTCCAAGATGCATTTAATTTTGAATTTATGTGAAGAAAGATTCAGGCAGAATACTAGCGGTTTTCAAA
TATCTGAAGAAAGGGTTGAATGTGGATTTTGTGTACATTTAAAGCTCTACAAGATGAGACTCTTCTTCTGGCAGGTGAAATGAGAAAATGCTCTATTTCTAGTAAAGTGGTCTGAGATTCTGAAGTGACCAGGACAATGTTAGACAACGAAACAGTGATTTCTTTGGAGTGGTCTTGAAAGAAAAAAAGATCAGGCGATG
ACTTATGGCTATTGTGCATAACAGCTTCTGTGTTACGGGGAAATGGAGGATGAGTTCATGATTTTTGATGAACATAAAGAAATGCCTTCTATTCCAGGGATAAATTCCCAAAATGTCAGTGTCATTGAGAGGTAATTTGATTTCCCCAGTGACATTTTTCCAGACTGGAAACTTGGATACATTTTATTGTTTTAAAGTTG
AAATCATGCTGATAATTATTCCTTCTGGAATTTTATGCAAAGTAAGTGAGACACTGTACACTTATGTCAAAGACAGGACTAAGGGTTCTTTCCTTCCTGGTAGTGGGGCCTTCAAAAGGAAAATATCAGGGCTATGACATATGTTCATGTTTATAAGAGCTCAGGCCTACAGAAATTTGGCAGATAAATTCAAGCCTCGA
AAAATCAAATGAAAGATATTCTAATCCAGGGAGAAGCTCAAGTTTGCTTCATTTTATTTAATTTATTGTGCTTTCCTAGACGAGCAACTTGTTCAATGTGGGTTTTCTTCAGATCGAACATTATACTAATAATGCTTTATCAACTGTTTAAAGTTTTAAGCAGGGGTACGGCTGAAAACACGACACAATGATAAGATTTT
TAGGATTAGGGCTATCTGATTCTTTATACTTTTTCGAAGGAGGTAAAATGTATCGAGTTGAGGCTTCTGAAAATGAGAGTTTTTGTTCTAGGGATTGATTTCTGTAATTTTGAAATCATGGGGCAATTAACCAAGTTTTCCAGGCACTCTCTACCAGTCACTTGGTGCATGCTATGGCACATTTACATGATTCACAATAA
ACAGTTGGGGTACTAGCCAAGCACTGTGAATTTCAATGTTCTGATTGGTGCATTCGTGAGGGCTGATGGGCAGTAAGCTAGCCGCTGAAACTTAGAAAGAATTAGATCCTTGTCAATCAAGCTTGCTTTGATAATTATCATGTGATGGTTGCACCAAGAGTAGCAAGGTGCTCTACAACCCAGTA




Intron 5 GTAATTTGAT ... TTCTATACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A933.934012.528.5
A1013.511641



>TRINITY_DN119661_c2_g3_i6 from sample A2 / Example spliced isoform
AAACCGATCATTGTATCGATAAGTTTGCGCTGTGCTCGATCGTTGGGGATCTTTGCAGGGGAAATGGTGTAAAATTGGCCTGGAAATTACTTGATGAGTGGCTCGGCGAAGACGAATTTTCGGATATTTTGATCTTTGTGGAGATGATCAATGGCCTCTGCCAAACCATGAAGCTTGAGGAGGCATTCAGGGCGCTCACG
GAGATGAAAGAAAGGAACCTTGTTCCTGATTTTGTCATTTACAAGACCTTAATTGAAGCGACCCGCAAGGGTGGCAATTCCTATCTTGCACAGAGACTCGAGCAGGAAATGAAATATCAGGGATGTGATCCCAGTCTGGTCAGTTATAGCCAGTTAATGGATGTTTATTGTACTGAGGGTAGATTGCAGAAAGCTTATGA
TCTTTACACTTGTATCAAACATGCGGGGTTTACCGCAGACCGTGGTGCTTGCAATACGTTGATTATTTTTCTTTGCAAGGAACACCAGAGCTCAGGGGAGAAGAAGTTTTTGGAGATGGCAGAGTCTATATTTTTTGACATGGAAAAAGTAGGTTATGTTATTAGAAAGCATTCCCTTTCGAGTTTTTGCCGTAGTCTCT
CTAATGAAAACAGGCCGAAGGATGCGTTCAATGTAATCAAAATCACTATGGAGAAAGGTTTCAATCCTGGCTTGGTAACCTACAATCAAATGGTTGGATTTTTGTGTAAGGCCGAAAATACAGAATCTGCTATTGAGTTGTTGAAAGAGATGAGGCAGAAGGGGCATTCTCCTAATGTGGTGACATATACAACATTGATT
GATGCTTTCTCCAAAGCGAGATTGCTCGGTCGAGCACGTGATATGTATAATGAAATGGTCAGAGAAGGATGTCATCCTGATTTATTTACTTTTAAAACTCTAATTTATGGGTATCTGAGGTCAGGGAAACCTATAGAGGCTAAAGAATTGTTGACACGGATGCTTGATGAAGGGTATTCTGCTGATCAAGCCATTTTTGG
TGAACTTGTCAATGAACTTTGTAAGGTCAATGAGATAGAGAAGGCCTTTCAAATCTATCTGAAGATGAATGATGCTGGCTTCTCTGTCATTATGAGGACTACCAACACTCTAGTTGTTGGATTATGTAAGATAAAGAAATTTGAGGATGCTCTCCATATTCTTCATTCTACTGCTATAAGGGGTTCTTCCTTTGACTATG
CTATTTATAACACGCTAATTGGTGGCCTATGTAAGGCTGGTCGGCTCGAGAAAGCTTACATACTTTACAAGGAACTGTTAGACCAGGGCCATCGACCAAGCAATGCAATTTCTTCCATTTTGATTGATGGACTCTTGAGGACTCACAATATAGAGCTAGCCTGTGAGACAGTAAATGAAGTTACCAAAAATGGCTTTACT
CCTTTTGCTGCAAATTTGAATGCACTGATCAATGCTCTGTGCAAGGCTGGTAGAGTGGAGCATGCAAGGAAGTATCTAATGGAGATGAAAAAACCTGATATCGTTTGCTATAGCACATTCATTGGTGGCCTCTGCAAGTTGGGCATGGTGGATGAGGCAATAAATCAACTGGAGAAAATGATTAGTAAGGGCCTCTCACC
CACATATGCTCTGTACTCTTCACTCATCAAAGCTTGCTGCAAATCAAAGAAAGTTGAAGTTGCTGCCCAGATATTGAACCAAATGCTTAGGGAACGTGTGGTTCCAAGTTCTGCAAGTTGTATCTATGTCATGCATCATCTTAGGAAGGCGGGGAAAAAGTTTGAGGCATCAAGAGTTCTCGAGGAAATGATAGAATGTA
GAGTTTCTGTACATGTTAGAGTATACTCTGAAGTAATGTCTGCTCTATTTCAGGCTGGTGAAGTGGAAAAAGCATTACAATTACAAGACAAAATAATTAGGAGAGGCTGTGGAACTGACTTTTTGACATATGGTCTTTCTATAAAACAGCTTTGCTCTAAGGGAAAAGTTGACGAGGCATCCAAGCTTTTAGATGACATA
AACCAAAGATATCCAGTACCAGGTATTACATTATGAGAATTTCGAAACGGTCGGATTTAGTATTTTCTCAAAGAGACCAACTCTCTCAGGAAGGAATCAAGAGGGCTCTGCTTCGTCAGTAAGTACTGAACCAAGACCATTGTCAAATTACAATGCTGAGTCTGGTTGCATGAAAATAGCCCTCTATAAGTTAGAATTTT
TTCATAGAAAGGGTTATAATCTTGTTCGTCAATCTTTTATAGTTCTGCCAGGAAACAGAGTCCAAAATGTTAATTGTTCTTGTACAAGTTTCGTAGGGGGTCTACACAAGTTGGGAGTAGTGAATACATTCAACGAAATGGTCAGATATGGACCCTATCTGTATGTGCTTCTCAACACTAACTGTTTCTTCTAGAAAGTT
GGTTCATGTCCTCCAAGATGCATTTAATGTTGCATTTATGTGAAAGATGCAGGCAGAATACTAGTGGTTTTCAAATATCTGGAGGGGTTGAATATGGATTTTGTGTACATTTAAAGCTATACAAACTGAGCCTCTTCTTCTGAAAGGTGAAATGAGAAAGTGCTCCACTTCTAGAAAGTAGTCTGGGACTCTGAAGTGAC
CAGGACAATGTTAGACAGTAAAACAGGGATTTCCTTGGAGTCTGGTCTTGAAGAAAAAAAGAAGGTCAAGCGATGACTTATGGCTATTGTGCATAACAGCTTCTGCGTTACAGGAAATGGAGGATGAGTTCACGATTTTGATAAACTAAATGAAGTACCTTCTATTCCAGGGATAAATTCCTGAATGGCAGTGTCATTTG
AGAG
GGTAAGTGAGACAGTACGCTTATGTCAAAGACTGGAATAAGGTTTTTTTTACCATCCTGGTAAGTGGGGTCTTCAAAAGGAAAAGATCGGGGTTTTGACATATCTTTGTGTTTATAAGACCTCTGGCCCACTGAAAACTGGCAAAAACAAATTCAAGTCTTAAAAAATCAATCGAAAGGTATTCTGATCCAGGGAT
AAGCTCATGTTAGATGCATTTTATATTTTTATTGTGCTTTGCTAGACCAGCAACTTGTTCAATGTGGGTTTTCTTCAGATCGAACATTATACTAATAATGCTTTATCAACTGTTTAAAGTTTTAAGCAGGGGTACGGCTGAAAACACGACACAATGATAAGATTTTTAGGATTAGGGCTATCTGATTCTTTATACTTTTT
CGAAGGAGGTAAAATGTATCGAGTTGAGGCTTCTGAAAATGAGAGTTTTTGTTCTAGGGATTGATTTCTGTAATTTTGAAATCATGGGGCAATTAACCAAGTTTTCCAGGCACTCTCTACCAGTCACTTGGTGCATGCTATGGCACATTTACATGATTCACAATAAACAGTTGGGGTACTAGCCAAGCACTGTGAATTTC
AATGTTCTGATTGGTGCATTCGTGAGGGCTGATGGGCAGTAAGCTAGCCGCTGAAACTTAGAAAGAATTAGATCCTTGTCAATCAAGCTTGCTTTGATAATTATCATGTGATGGTTGCACCAAGAGTAGCAAGGTGCTCTACAGCCCAATATAGGG


>TRINITY_DN119661_c2_g3_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AAACCGATCATTGTATCGATAAGTTTGCGCTGTGCTCGATCGTTGGGGATCTTTGCAGGGGAAATGGTGTAAAATTGGCCTGGAAATTACTTGATGAGTGGCTCGGCGAAGACGAATTTTCGGATATTTTGATCTTTGTGGAGATGATCAATGGCCTCTGCCAAACCATGAAGCTTGAGGAGGCATTCAGGGCGCTCACG
GAGATGAAAGAAAGGAACCTTGTTCCTGATTTTGTCATTTACAAGACCTTAATTGAAGCGACCCGCAAGGGTGGCAATTCCTATCTTGCACAGAGACTCGAGCAGGAAATGAAATATCAGGGATGTGATCCCAGTCTGGTCAGTTATAGCCAGTTAATGGATGTTTATTGTACTGAGGGTAGATTGCAGAAAGCTTATGA
TCTTTACACTTGTATCAAACATGCGGGGTTTACCGCAGACCGTGGTGCTTGCAATACGTTGATTATTTTTCTTTGCAAGGAACACCAGAGCTCAGGGGAGAAGAAGTTTTTGGAGATGGCAGAGTCTATATTTTTTGACATGGAAAAAGTAGGTTATGTTATTAGAAAGCATTCCCTTTCGAGTTTTTGCCGTAGTCTCT
CTAATGAAAACAGGCCGAAGGATGCGTTCAATGTAATCAAAATCACTATGGAGAAAGGTTTCAATCCTGGCTTGGTAACCTACAATCAAATGGTTGGATTTTTGTGTAAGGCCGAAAATACAGAATCTGCTATTGAGTTGTTGAAAGAGATGAGGCAGAAGGGGCATTCTCCTAATGTGGTGACATATACAACATTGATT
GATGCTTTCTCCAAAGCGAGATTGCTCGGTCGAGCACGTGATATGTATAATGAAATGGTCAGAGAAGGATGTCATCCTGATTTATTTACTTTTAAAACTCTAATTTATGGGTATCTGAGGTCAGGGAAACCTATAGAGGCTAAAGAATTGTTGACACGGATGCTTGATGAAGGGTATTCTGCTGATCAAGCCATTTTTGG
TGAACTTGTCAATGAACTTTGTAAGGTCAATGAGATAGAGAAGGCCTTTCAAATCTATCTGAAGATGAATGATGCTGGCTTCTCTGTCATTATGAGGACTACCAACACTCTAGTTGTTGGATTATGTAAGATAAAGAAATTTGAGGATGCTCTCCATATTCTTCATTCTACTGCTATAAGGGGTTCTTCCTTTGACTATG
CTATTTATAACACGCTAATTGGTGGCCTATGTAAGGCTGGTCGGCTCGAGAAAGCTTACATACTTTACAAGGAACTGTTAGACCAGGGCCATCGACCAAGCAATGCAATTTCTTCCATTTTGATTGATGGACTCTTGAGGACTCACAATATAGAGCTAGCCTGTGAGACAGTAAATGAAGTTACCAAAAATGGCTTTACT
CCTTTTGCTGCAAATTTGAATGCACTGATCAATGCTCTGTGCAAGGCTGGTAGAGTGGAGCATGCAAGGAAGTATCTAATGGAGATGAAAAAACCTGATATCGTTTGCTATAGCACATTCATTGGTGGCCTCTGCAAGTTGGGCATGGTGGATGAGGCAATAAATCAACTGGAGAAAATGATTAGTAAGGGCCTCTCACC
CACATATGCTCTGTACTCTTCACTCATCAAAGCTTGCTGCAAATCAAAGAAAGTTGAAGTTGCTGCCCAGATATTGAACCAAATGCTTAGGGAACGTGTGGTTCCAAGTTCTGCAAGTTGTATCTATGTCATGCATCATCTTAGGAAGGCGGGGAAAAAGTTTGAGGCATCAAGAGTTCTCGAGGAAATGATAGAATGTA
GAGTTTCTGTACATGTTAGAGTATACTCTGAAGTAATGTCTGCTCTATTTCAGGCTGGTGAAGTGGAAAAAGCATTACAATTACAAGACAAAATAATTAGGAGAGGCTGTGGAACTGACTTTTTGACATATGGTCTTTCTATAAAACAGCTTTGCTCTAAGGGAAAAGTTGACGAGGCATCCAAGCTTTTAGATGACATA
AACCAAAGATATCCAGTACCAGGTATTACATTATGAGAATTTCGAAACGGTCGGATTTAGTATTTTCTCAAAGAGACCAACTCTCTCAGGAAGGAATCAAGAGGGCTCTGCTTCGTCAGTAAGTACTGAACCAAGACCATTGTCAAATTACAATGCTGAGTCTGGTTGCATGAAAATAGCCCTCTATAAGTTAGAATTTT
TTCATAGAAAGGGTTATAATCTTGTTCGTCAATCTTTTATAGTTCTGCCAGGAAACAGAGTCCAAAATGTTAATTGTTCTTGTACAAGTTTCGTAGGGGGTCTACACAAGTTGGGAGTAGTGAATACATTCAACGAAATGGTCAGATATGGACCCTATCTGTATGTGCTTCTCAACACTAACTGTTTCTTCTAGAAAGTT
GGTTCATGTCCTCCAAGATGCATTTAATGTTGCATTTATGTGAAAGATGCAGGCAGAATACTAGTGGTTTTCAAATATCTGGAGGGGTTGAATATGGATTTTGTGTACATTTAAAGCTATACAAACTGAGCCTCTTCTTCTGAAAGGTGAAATGAGAAAGTGCTCCACTTCTAGAAAGTAGTCTGGGACTCTGAAGTGAC
CAGGACAATGTTAGACAGTAAAACAGGGATTTCCTTGGAGTCTGGTCTTGAAGAAAAAAAGAAGGTCAAGCGATGACTTATGGCTATTGTGCATAACAGCTTCTGCGTTACAGGAAATGGAGGATGAGTTCACGATTTTGATAAACTAAATGAAGTACCTTCTATTCCAGGGATAAATTCCTGAATGGCAGTGTCATTTG
AGAG
gtaatttgatttacctagtgacattttctagacgggaaacctggatacttttgattgttttaaagatgaaatcatgctgataattattccttctgaaattctatacagGGTAAGTGAGACAGTACGCTTATGTCAAAGACTGGAATAAGGTTTTTTTTACCATCCTGGTAAGTGGGGTCTTCAAAAGGAAAAGATC
GGGGTTTTGACATATCTTTGTGTTTATAAGACCTCTGGCCCACTGAAAACTGGCAAAAACAAATTCAAGTCTTAAAAAATCAATCGAAAGGTATTCTGATCCAGGGATAAGCTCATGTTAGATGCATTTTATATTTTTATTGTGCTTTGCTAGACCAGCAACTTGTTCAATGTGGGTTTTCTTCAGATCGAACATTATAC
TAATAATGCTTTATCAACTGTTTAAAGTTTTAAGCAGGGGTACGGCTGAAAACACGACACAATGATAAGATTTTTAGGATTAGGGCTATCTGATTCTTTATACTTTTTCGAAGGAGGTAAAATGTATCGAGTTGAGGCTTCTGAAAATGAGAGTTTTTGTTCTAGGGATTGATTTCTGTAATTTTGAAATCATGGGGCAA
TTAACCAAGTTTTCCAGGCACTCTCTACCAGTCACTTGGTGCATGCTATGGCACATTTACATGATTCACAATAAACAGTTGGGGTACTAGCCAAGCACTGTGAATTTCAATGTTCTGATTGGTGCATTCGTGAGGGCTGATGGGCAGTAAGCTAGCCGCTGAAACTTAGAAAGAATTAGATCCTTGTCAATCAAGCTTGC
TTTGATAATTATCATGTGATGGTTGCACCAAGAGTAGCAAGGTGCTCTACAGCCCAATATAGGG




Intron 6 GTGTTACCCC ... GTTATACCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A146.67434
A278.3841217
A3753711
A41000910
A571.43228
A663.64216
A780.952215
A81000812
A9763712
A1087.882821



>TRINITY_DN113628_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform
CAAGAATTGCCCAGATAAATGATTTCGAGGATGCTCTCTATATCCTTCCTTCTATTGCTGTAAGGGCCATCGACCAAGCAATACAATTTCTTCCATTTTGATTGATGGGCTCTTGAGGACTGTCAATATAGAACTAGCCTGTGAGACTGTAAATGGAATTACAAAAAATGGCTTTACTCTGGTGGCTGCAAATTTGAATG
CATTGATCAATACTCTCTGCAAGGCTGGTAGAGTGAAGCATACAAGGAAGTATCTAATGGAGATGAAAAAACCTTATATAGGTTGCTATATCACATTCATTGGGGGCTTCTGCATGTTAGGTATGGTGGATGAGGCAGTAAATCAACTGGAGAAAATCAGTAGTAAGGGCCTCACCCATAGGGCCATATATGCTCTGTAC
TCTTCACTCATCAAAGCTTGCTGCAAATCAAAGAAAGTTGAAGTTGCTGCCCAGATATTGAACCAAATGCTTAGGGAACGTGTGGTTCCAAGTTCTGCAAGTTGTATCTATGTCATGCATCATCTTAGGAAGGCGGGGAAAAAGTTTGAGGCATCAAGAGTTCTCGAGGAAATGATAGAATGTAGAGTTTCTGTACATGT
TAGAGTATACTCTGAAGTAATGTCTGCTCTATTTCAGGCTGGTGAAGTGGAAAAAGCATTACAATTACAAGACAAAATAATTAGGAGAGGCTGTGGAACTGACTTTTTGACATATGGTCTTTCTATAAAACAGCTTTGCTCTAAGGGAAAAGTTGACGAGGCATCCAAGCTTTTAGGTGACATAAACCAAAGATATCCAG
TACCAGGTATTACATTATGAGAATTTCGAAACAGTCGGATTTAGTATTTTCTCAAAGAGACCAACTCTCTCAGGAAGGAATCAAGAGGGCTCTGCTTCGTCAGTAAGTACTGAACCAAGACCATTGTCAAATTACAATGCTGAGTCTGGTTGCATGAAAATAGCCCTCTATAAGTTAGAATTTTTTCATAGAAAGGGTTA
TAATCTTGTTCGTCAATCTTTTATAGTTCTGCCAGGAAACAGAGTCCAAAATGTTAATTGTTCTTGTACAAGTTTCGTAGGGGGTCTACACAAGTTGGGAGTAGTGAATACATTCAACGAAATGGTCAGATATGGACCCTATCTGTATGTGCTTCTCAACACTAACTGTTTCTTCTAGAAAGTTGGTTCATGTCCTCCAA
GATGCATTTAATGTTGCATTTATGTGAAAGATGCAGGCAGAATATTAGTGGTTTTCAAATATCTGGAGGGGTTGAATATGGATTTTGTGTACATTTAAAGCTATACAAACTGAGCCTCTTCTTCTGAAAGGTGAAATGAGAAAGTGCTCCACTTCTAGAAAGTAGTCTGGGACTCTGAAGTGACCAGGACAATGTTAGAC
AGTAAAACAGGGATTTCCTTGGAGTCTGGTCTTGAAGAAAAAAAGAAGGTCAAGCGATGACTTATGGCTATTGTGCATAACAGCTTCCGCGTTACAGGAAATGGAGGATGAGTTCACGATTTTGATAAACTAAATGAAGTACCTTCTATTCCAGGGATAAATTCCTGAATGGCAGTGTCATTTGAGAGGGTAAGTGAGAC
AGTACGCTTATGTCAAAGACTGGAATAAGGTTTTTTTTACCATCCTGGTAAGTGGGGTCTTCAAAAGGAAAAGATCGGGGTTTTGACATATCTTTGTGTTTATAAGACCTCTGGCCCACTGAAAACTGGCAAAAACAAATTCAAGTCTTAAAAAATCAATCGAAAGGTATTCTGATCCAGGGATAAGCTCATGTTAGATG
CATTTTATATTTTTATTGTGCTTTGCTAGACCAGCAACTTGTTCAATGTGGGTTTTCTTCAGATCGAACATTATACTAATAATGCTTTATCAACTGTTTAAAGTTTTAAGCAGGGGTACGGCTGAAAACACGACACAATGATAAGATTTTTAGGATTAGGGCTATCTGATTCTTTATACTTTTTCGAAGGAGGTAAAATG
TATCGAGTTGAGGCTTCTGAAAATGAGAGTTTTTGTTCTAGGGATTGATTTCTGTAATTTTGAAATCATGGGGCAATTAACCAAGTTTTCCAGGCACTCTCTACCAGTCACTTGGTGCATGCTATGGCACATTTACATGATTCACAATAAACAGTTGGGGTACTAGCCAAGCACTGTGAATTTCAATGTTCTGATTGGTG
CATTCGTGAGGGCTGATGGGCAGTAAGCTAACCGCTGAA


>TRINITY_DN113628_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:
ATTATTTTGTACCCAACAGTCCCTTTAACCCACTTCAGTGATCATTCGTTGGACATTAATATATTTATCTTATCTTATATTATCTGTCGCTATGAGGACTACCAACACTCTAATTGTGGGTTTATGCAAGATAAATGATTTCGAGGATGCTCTCTATATCCTTCCTTCTATTGCTGTAAGgtgttaccccgttgcctctg
ctatttataacactctaattggtggtctatgtaaggttggtcaagttaagaaagctcacatactttacaacgaactgttataccag
GGCCATCGACCAAGCAATACAATTTCTTCCATTTTGATTGATGGGCTCTTGAGGACTGTCAATATAGAACTAGCCTGTGAGACTGTAAATGGAATTACAAAAAATGGCTTTACT
CTGGTGGCTGCAAATTTGAATGCATTGATCAATACTCTCTGCAAGGCTGGTAGAGTGAAGCATACAAGGAAGTATCTAATGGAGATGAAAAAACCTTATATAGGTTGCTATATCACATTCATTGGGGGCTTCTGCATGTTAGGTATGGTGGATGAGGCAGTAAATCAACTGGAGAAAATCAGTAGTAAGGGCCTCACCCA
TAGGGCCATATATGCTCTGTACTCTTCACTCATCAAAGCTTGCTGCAAATCAAAGAAAGTTGAAGTTGCTGCCCAGATATTGAACCAAATGCTTAGGGAACGTGTGGTTCCAAGTTCTGCAAGTTGTATCTATGTCATGCATCATCTTAGGAAGGCGGGGAAAAAGTTTGAGGCATCAAGAGTTCTCGAGGAAATGATAG
AATGTAGAGTTTCTGTACATGTTAGAGTATACTCTGAAGTAATGTCTGCTCTATTTCAGGCTGGTGAAGTGGAAAAAGCATTACAATTACAAGACAAAATAATTAGGAGAGGCTGTGGAACTGACTTTTTGACATATGGTCTTTCTATAAAACAGCTTTGCTCTAAGGGAAAAGTTGACGAGGCATCCAAGCTTTTAGGT
GACATAAACCAAAGATATCCAGTACCAGGTATTACATTATGAGAATTTCGAAACAGTCGGATTTAGTATTTTCTCAAAGAGACCAACTCTCTCAGGAAGGAATCAAGAGGGCTCTGCTTCGTCAGTAAGTACTGAACCAAGACCATTGTCAAATTACAATGCTGAGTCTGGTTGCATGAAAATAGCCCTCTATAAGTTAG
AATTTTTTCATAGAAAGGGTTATAATCTTGTTCGTCAATCTTTTATAGTTCTGCCAGGAAACAGAGTCCAAAATGTTAATTGTTCTTGTACAAGTTTCGTAGGGGGTCTACACAAGTTGGGAGTAGTGAATACATTCAACGAAATGGTCAGATATGGACCCTATCTGTATGTGCTTCTCAACACTAACTGTTTCTTCTAG
AAAGTTGGTTCATGTCCTCCAAGATGCATTTAATGTTGCATTTATGTGAAAGATGCAGGCAGAATATTAGTGGTTTTCAAATATCTGGAGGGGTTGAATATGGATTTTGTGTACATTTAAAGCTATACAAACTGAGCCTCTTCTTCTGAAAGGTGAAATGAGAAAGTGCTCCACTTCTAGAAAGTAGTCTGGGACTCTGA
AGTGACCAGGACAATGTTAGACAGTAAAACAGGGATTTCCTTGGAGTCTGGTCTTGAAGAAAAAAAGAAGGTCAAGCGATGACTTATGGCTATTGTGCATAACAGCTTCCGCGTTACAGGAAATGGAGGATGAGTTCACGATTTTGATAAACTAAATGAAGTACCTTCTATTCCAGGGATAAATTCCTGAATGGCAGTGT
CATTTGAGAGGGTAAGTGAGACAGTACGCTTATGTCAAAGACTGGAATAAGGTTTTTTTTACCATCCTGGTAAGTGGGGTCTTCAAAAGGAAAAGATCGGGGTTTTGACATATCTTTGTGTTTATAAGACCTCTGGCCCACTGAAAACTGGCAAAAACAAATTCAAGTCTTAAAAAATCAATCGAAAGGTATTCTGATCC
AGGGATAAGCTCATGTTAGATGCATTTTATATTTTTATTGTGCTTTGCTAGACCAGCAACTTGTTCAATGTGGGTTTTCTTCAGATCGAACATTATACTAATAATGCTTTATCAACTGTTTAAAGTTTTAAGCAGGGGTACGGCTGAAAACACGACACAATGATAAGATTTTTAGGATTAGGGCTATCTGATTCTTTATA
CTTTTTCGAAGGAGGTAAAATGTATCGAGTTGAGGCTTCTGAAAATGAGAGTTTTTGTTCTAGGGATTGATTTCTGTAATTTTGAAATCATGGGGCAATTAACCAAGTTTTCCAGGCACTCTCTACCAGTCACTTGGTGCATGCTATGGCACATTTACATGATTCACAATAAACAGTTGGGGTACTAGCCAAGCACTGTG
AATTTCAATGTTCTGATTGGTGCATTCGTGAGGGCTGATGGGCAGTAAGCTAACCGCTGAA