sp|Q9LVJ3|RSH2C_ARATH ----> Probable GTP diphosphokinase RSH2, chloroplastic
Intron 1 GTATAATGAC ... CTGTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 34 | 33 | 14 | 20 |
| A2 | 35.14 | 24 | 16 | 10 |
| A3 | 24.49 | 37 | 13 | 11 |
| A4 | 27.66 | 34 | 14 | 12 |
| A5 | 26.15 | 24 | 12 | 5 |
| A6 | 73.33 | 2 | 10 | 1 |
| A7 | 32.2 | 20 | 17 | 2 |
| A8 | 42.86 | 14 | 19 | 2 |
| A9 | 38.78 | 15 | 18 | 1 |
| A10 | 20 | 16 | 5 | 3 |
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i23 from sample A1 / Example spliced isoformATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGCCAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGT
CCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACTTTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATG
GAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCTTCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTAC
TAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACTGCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTG
CCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAGAATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCAC
TGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGGCTGTCAATACCGTAGTTGCAGGTATACTTCATGATGTCATAGATGATGCTGGAGAAAACCTTAGAAACATAGAACAGGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGTTACT
TCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTCAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCC
AAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGTGTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCAATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGA
TCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGA
CGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAG
TTGGTGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGGTTGGA
ATCATGAAGACTAGACTCAAGTAGCATTCTAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGGTTTGTGAGTTTTTCTGTTTGATATAGTATGAGATCCC
CCTATTATTTTTCTAATATACTTGTGTGTCCGTATATTTTTTAATATGCATCTATGCACTAATAATTTTCCATCCATTACATCTTGATTGTTGTTAAGTCTGATATTTTACTTATCTGTTAAGTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAAT
CTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATG
CTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGT
CTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAAC
AGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACG
CTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATT
GCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTG
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGCCAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGT
CCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACTTTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATG
GAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCTTCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTAC
TAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACTGCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTG
CCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAGAATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCAC
TGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGgtataatgacataaaatgtacctcttcgaacatgcatttgtaacttagaaccatgtagccttttgcaacagaattctctgtcaacccatatatgcacaatatgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtatctatatatatatgatatg
taaaagcattggccattgaattttctgaaatatgctcaaggtctttaagtgctttatttataattggtgtacttttgtatcatagcatgaactgtttgtaaaccatcaactgtgtagttgcatgattgtgctttatttatcatctatgtacttttgtaacatatcatgaactgtttgtagGCTGTCAATACCGTAGTTGC
AGGTATACTTCATGATGTCATAGATGATGCTGGAGAAAACCTTAGAAACATAGAACAGGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGGTAATGCTGTAGAGAACACCTGGATATGGTTCTTTTTCAATCCAAAATTAACTTTTTGTTCAGAGTAGAATTCTTCCAA
GATGCCTTTCCCTGCTGCATATTTTTTATGAGGTCACAGTGAACAATGTTATTTAAAAGTTATATTTTTTAAACAAGTTTGAATTCATGTATTCCAATGAGATAAATACATCTTTCTCAGGATGCCTCAGGTCATTGAGTTGCCATGTTATACATTTACAGTTTTGTTCATGTGATTATTTGTTCTGTTTGTTCAGTTTA
TTCCTGACTTGAGCATGCACTTATCTGCCTTTCTTGGTGTTTCAAAATAGAGGACTCAATTTACTGATTACATCCTTTTAAAAATCCTGTAGTCATTGAAGCCATTATAGAACACACAGATTTGCTATGGGGTGCTATTGATGTCATTCCCAGATTCTTTGCAGCCAGAAAGATGTTCTGGCCTTGACTGCTGAAAGGAC
AGTTGTGGTCAAGCGGTTCCTTAGGCCCTTGCTGTCAGGGATCACGTATGGTTACTAGACTTACAGATAATACAATCCAAGTTGTGTTGGTGTTTT
Intron 2 GTATGCTAGA ... ACTGGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.54 | 28 | 9 | 7.3 |
| A2 | 9.98 | 39.3 | 9 | 5 |
| A3 | 19.71 | 38 | 12.4 | 9.3 |
| A4 | 9.87 | 54.7 | 10.3 | 7 |
| A5 | 36.19 | 15 | 8.2 | 8.7 |
| A6 | 0 | 9 | 3.9 | 0 |
| A7 | 5.56 | 50 | 5.9 | 3.3 |
| A8 | 12.7 | 20 | 6.6 | 3.3 |
| A9 | 7.55 | 41 | 4.7 | 4 |
| A10 | 7.78 | 23 | 2.3 | 2.3 |
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformGACCTATTTTAGTCATCAGTGGACATTATTATAATTTCTTTTCATTTCTTGTTCAACTATTTTGGTTTTCTATTAAAGAGCTTGGTTTCTCCTTCTACTTACGATCTGCAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAA
GTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGC
ACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTG
CTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGC
TTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGT
TTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCAC
CATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAA
CTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATT
ATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAG
TGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAA
TATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTG
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i34 from sample A1 / Example unspliced isoform:GACCTATTTTAGTCATCAGTGGACATTATTATAATTTCTTTTCATTTCTTGTTCAACTATTTTGGTTTTCTATTAAAGAGCTTGGTTTCTCCTTCTACTTACGATCTGCAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAA
GTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCgtatgctagaatcttcataatacacttcctttctgtaaaagggttatgtgattggttttaccatgttttaagtgaaactagctccaagatattca
gctcagtgagagatagaaataagataactataagatttgtccatgttattgcattctcttccctactgttatcagacttttcaagaacaacactatctgtaggggtaaactttaatgagctgctggcctctgtgactggtgcagATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTA
CACATTGCAAGGTGTGAGTCTCATTTGTAATTTTTGTTCAATTTTATATTTTAAACATTAAACTGGGCCTTGATTGGACATTTCAAATTCCTGGTTAGAGGATATGGCAAAACCAAACACCATGCAATCAGCGAAGATGTAAGAGTGGTGTCAAAAGGTATATGCCATATTAATTTCATGATTATGTCTTCCAGAGAGTT
TCATGTTCAAAATTCATATTATAAGGAGACTAACATATGGTTCAACACAAACATGAAAAGACTTTTGCATCCTTAGTCATCCGATGTGTTGATGGCATTTATAGAAGTTATCATGACATACTTGTGCACTGATGCAAATGTCAAGGCCATTTATTTATTTCTTTCTTGCAGCATCAAATTTCTGTGCTTTGATTCACATA
ATATTGCTGTGTACACAATTTGAATGCATTTGTTCTTTTATTATTGTTAATTTGTTACACATTTAAATATTTCTTACCATTAAGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGC
ATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAG
Intron 3 GTTTGTGAGT ... GTGGGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55.88 | 30 | 12 | 38 |
| A2 | 64 | 9 | 2 | 16 |
| A3 | 64.06 | 23 | 6 | 41 |
| A4 | 59.65 | 23 | 7 | 34 |
| A5 | 58.06 | 13 | 7 | 18 |
| A6 | 56 | 11 | 4 | 14 |
| A7 | 56.92 | 28 | 6 | 37 |
| A8 | 59.52 | 17 | 9 | 25 |
| A9 | 54.84 | 28 | 6 | 34 |
| A10 | 56.1 | 18 | 5 | 23 |
>TRINITY_DN47411_c0_g3_i1 from sample A10 / Example spliced isoformAAAAAGCCTATGTGAAAAAAAAAAGAGAAGAAAAAGCCAAAACACAGAAATTCAATATTTTGCAAAGATGCCATTCTTTTCGTTAACGCCGAATAACATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGC
CAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGTCCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACT
TTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATGGAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCT
TCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTACTAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACT
GCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTGCCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAG
AATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCACTGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGGCTGTCAATACCGTAGTTGCAGGTATACTTCATGATGTCATAGATGATG
CTGGAGAAAACCTTAGAAACATAGAACAGGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGTTACTTCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTC
AATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGT
GTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCAATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGATCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTT
TTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCT
GGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGGTTGGAATCATGAAGACTAGACTCAAGTAG
CATTCTAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAA
GGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGC
TGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTG
ATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAG
TTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACA
ACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAA
GTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTGGTGTGTAAAGTGTGTCTTCTTTATTCATTTCCTGGTGATTCATTCTAATAAAATATCACTTGA
TTATCATGCTTGAACAAGCAATTTGAAAAAAA
>TRINITY_DN47411_c0_g3_i8 from sample A10 / Example unspliced isoform:AAAAAGCCTATGTGAAAAAAAAAAGAGAAGAAAAAGCCAAAACACAGAAATTCAATATTTTGCAAAGATGCCATTCTTTTCGTTAACGCCGAATAACATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGC
CAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGTCCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACT
TTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATGGAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCT
TCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTACTAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACT
GCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTGCCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAG
AATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCACTGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGGCTGTCAATACCGTAGTTGCAGGTATACTTCATGATGTCATAGATGATG
CTGGAGAAAACCTTAGAAACATAGAACAGGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGTTACTTCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTC
AATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGT
GTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCAATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGATCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTT
TTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCT
GGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGGTTGGAATCATGAAGACTAGACTCAAGTAG
CATTCTAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGgtttgtgagtttttctgtttgatatagtatgagatccccctattatttttctaatatacttg
tgtgtccgtatattttttaatatgcatctatgcactaataattttccatccattacatcttgattgttgttaagtctgatattttacttatctgttaagtatatgcatgaatatgctgagtatggacatgcggcacactggctttataaagaagctcgaaatgtgggaacagGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGT
CACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTG
TGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTT
CAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCG
CTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATG
GACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGAC
AAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTGGTGTGTAAAGTGTGTCTTCTTTATTCATT
TCCTGGTGATTCATTCTAATAAAATATCACTTGATTATCATGCTTGAACAAGCAATTTGAAAAAAA
Intron 4 GTATAATGAC ... TATCAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.19 | 13 | 14 | 27 |
| A2 | 48.05 | 20 | 16 | 21 |
| A3 | 62.73 | 15 | 13 | 37.5 |
| A4 | 69.23 | 10 | 14 | 31 |
| A5 | 58.97 | 8 | 12 | 11 |
| A6 | 80 | 2 | 10 | 6 |
| A7 | 64.1 | 14 | 17 | 33 |
| A8 | 74.47 | 6 | 19 | 16 |
| A9 | 57.69 | 11 | 18 | 12 |
| A10 | 56.52 | 5 | 5 | 8 |
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i18 from sample A1 / Example spliced isoformATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGCCAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGT
CCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACTTTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATG
GAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCTTCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTAC
TAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACTGCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTG
CCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAGAATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCAC
TGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGTTACTTCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTCAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCG
TTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGTGTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCAATGTGGA
CTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGATCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATT
CTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGAT
GAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAG
ATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGC
TGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATC
CTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTT
AACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACT
GTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCA
TTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATA
GCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTA
ATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTG
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i32 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGCCAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGT
CCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACTTTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATG
GAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCTTCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTAC
TAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACTGCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTG
CCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAGAATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCAC
TGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGgtataatgacataaaatgtacctcttcgaacatgcatttgtaacttagaaccatgtagccttttgcaacagaattctctgtcaacccatatatgcacaatatgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtatctatatatatatgatatg
taaaagcattggccattgaattttctgaaatatgctcaaggtctttaagtgctttatttataattggtgtacttttgtatcatagcatgaactgtttgtaaaccatcaactgtgtagttgcatgattgtgctttatttatcatctatgtacttttgtaacatatcatgaactgtttgtaggctgtcaataccgtagttgc
aggtatacttcatgatgtcatagatgatgctggagaaaaccttagaaacatagaacaggaatttggtgatgatgttgcaagcttggttgatggtgtctcaaagttaagctatatcaatcagTTACTTCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATA
ATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTCAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATGTAATAACTCAAAGCAAATTTTGGTGATCAAGACTTTTTTTAAAACTTTTGGCGATTGAAACTTATTATTAGATTTTATCATTAGTTTGCTAAGATGATTTGCATGAAATCA
AGATTGAGTAAAGTTCTACCAGTTTGATTTCTCCTTCCAAACCTCACAGCTTTACGAAGGCATTTTATTATTTTCATTGCATCCTTGATGGCAATAATGAATCTCCAGTTTTTACTGCTATACCTTTCTTGGAGAAGCCCTATCTACACTCTTGTTGTCATCTACAGTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCT
TGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAA
Intron 5 GTTTGTGAGT ... ATCTGTTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.36 | 41 | 12 | 13 |
| A2 | 14.29 | 24 | 2 | 6 |
| A3 | 26.92 | 19 | 6 | 8 |
| A4 | 22.58 | 24 | 7 | 7 |
| A5 | 28.21 | 14 | 7 | 4 |
| A6 | 24.14 | 11 | 4 | 3 |
| A7 | 15.94 | 29 | 6 | 5 |
| A8 | 24.44 | 17 | 9 | 2 |
| A9 | 19.4 | 27 | 6 | 7 |
| A10 | 19.3 | 23 | 5 | 6 |
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformGACCTATTTTAGTCATCAGTGGACATTATTATAATTTCTTTTCATTTCTTGTTCAACTATTTTGGTTTTCTATTAAAGAGCTTGGTTTCTCCTTCTACTTACGATCTGCAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAA
GTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGC
ACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTG
CTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGC
TTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGT
TTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCAC
CATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAA
CTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATT
ATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAG
TGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAA
TATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTG
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i23 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGCCAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGT
CCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACTTTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATG
GAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCTTCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTAC
TAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACTGCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTG
CCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAGAATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCAC
TGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGGCTGTCAATACCGTAGTTGCAGGTATACTTCATGATGTCATAGATGATGCTGGAGAAAACCTTAGAAACATAGAACAGGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGTTACT
TCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTCAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCC
AAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGTGTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCAATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGA
TCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGA
CGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAG
TTGGTGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGGTTGGA
ATCATGAAGACTAGACTCAAGTAGCATTCTAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGgtttgtgagtttttctgtttgatatagtatgagatccc
cctattatttttctaatatacttgtgtgtccgtatattttttaatatgcatctatgcactaataattttccatccattacatcttgattgttgttaagtctgatattttacttatctgttaagTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAAT
CTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATG
CTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGT
CTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAAC
AGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACG
CTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATT
GCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTG
Intron 6 GCAAGTGAAG ... GCAAAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.43 | 24 | 13 | 8 |
| A2 | 20.69 | 23 | 8 | 4 |
| A3 | 34.62 | 17 | 10 | 8 |
| A4 | 21.74 | 18 | 5 | 5 |
| A5 | 31.03 | 10 | 7 | 2 |
| A6 | 23.2 | 48 | 16 | 13 |
| A7 | 27.62 | 38 | 17 | 12 |
| A8 | 21.54 | 51 | 14 | 14 |
| A9 | 26.47 | 50 | 18 | 18 |
| A10 | 25.71 | 39 | 15 | 12 |
>TRINITY_DN109428_c0_g1_i39 from sample A3 / Example spliced isoformGAAAAAGCCTATGTGAAAAAAAAAAGAGAAGAAAAAGCCAAAACACAGAAATTCAATATTTTGCAAAGATGCCATTCTTTTCGTTAACGCCGAATAACATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTG
CCAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGTCCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAAC
TTTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATGGAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTC
TTCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTACTAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGAC
TGCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTGCCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACA
GAATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCACTGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGGCTGTCAATACCGTAGTTGCAGGTATACTTCATGATGTCATAGATGAT
GCTGGAGAAAACCTTAGAAACATAGAACAGGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGTTACTTCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGT
CAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAG
TGTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCAATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGATCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCT
TTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATC
TGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGGTTGGAATCATGAAGACTAGACTCAAGTA
GCATTCTAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAA
ATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATT
CTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGT
TCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTT
CTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGC
AGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCT
TGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAAT
GCTGTTCGGTGGTGTGTAAAGTGTGTCTTCTTTATTCATTTCCTGGTGATTCATTCTAATAAAATATCACTTGATTATCATGCTTGAACAAGCAATTTGAAATTCATATTTTCAAGATGGAAGTGACATTTGCATCACTATCTTCTGATTTTTTTATAAATTGGATGGAAGGAATCAAATCCAAGACCTACCCTTGACCA
GTGAGCTGCTCTACCACTGCTCCACGTCCCCATTTCATAACAACCAACCTTGTTCGGAGTATGGAC
>TRINITY_DN109428_c0_g1_i12 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAAAAAGCCTATGTGAAAAAAAAAAGAGAAGAAAAAGCCAAAACACAGAAATTCAATATTTTGCAAAGATGCCATTCTTTTCGTTAACGCCGAATAACATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTG
CCAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGTCCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAAC
TTTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATGGAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTC
TTCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTACTAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGAC
TGCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTGCCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACA
GAATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCACTGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGGCTGTCAATACCGTAGTTGCAGGTATACTTCATGATGTCATAGATGAT
GCTGGAGAAAACCTTAGAAACATAGAACAGGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGTTACTTCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGT
CAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAG
TGTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCAATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGATCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCT
TTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATC
TGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGGTTGGAATCATGAAGACTAGACTCAAGTA
GCATTCTAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAA
ATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATT
CTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGT
TCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTT
CTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGgcaagtgaagttagattagtgccattaggtacagaggccaaatattatttgctcagctagctgttgcaaattcagtatcaaatgcacaaattaagcatgcttgcagtagggaaatgtttggcactgaatcccaggctgcttatacattcttaaaatttatattgt
tgcaaaaacagGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGA
AGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTG
TTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTGGTGTGTAAAGTGT
GTCTTCTTTATTCATTTCCTGGTGATTCATTCTAATAAAATATCACTTGATTATCATGCTTGAACAAGCAATTTGAAATTCATATTTTCAAGATGGAAGTGACATTTGCATCACTATCTTCTGATTTTTTTATAAATTGGATGGAAGGAATCAAATCCAAGACCTACCCTTGACCAGTGAGCTGCTCTACCACTGCTCCA
CGTCCCCATTTCATAACAACCAACCTTGTTCGGAGTATGGAC
Intron 7 GCTGTCAATA ... GTAGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.7 | 41 | 33 | 36 |
| A2 | 43.4 | 30 | 24 | 22 |
| A3 | 45.22 | 43 | 37 | 34 |
| A4 | 48.87 | 34 | 34 | 31 |
| A5 | 46.81 | 25 | 24 | 20 |
| A6 | 25 | 6 | 2 | 2 |
| A7 | 42.22 | 26 | 20 | 18 |
| A8 | 47.17 | 14 | 14 | 11 |
| A9 | 43.33 | 17 | 15 | 11 |
| A10 | 47.06 | 18 | 16 | 16 |
>TRINITY_DN47411_c0_g3_i3 from sample A10 / Example spliced isoformAAAAAGCCTATGTGAAAAAAAAAAGAGAAGAAAAAGCCAAAACACAGAAATTCAATATTTTGCAAAGATGCCATTCTTTTCGTTAACGCCGAATAACATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGC
CAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGTCCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACT
TTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATGGAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCT
TCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTACTAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACT
GCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTGCCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAG
AATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCACTGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGGTATACTTCATGATGTCATAGATGATGCTGGAGAAAACCTTAGAAACAT
AGAACAGGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGTTACTTCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTCAATGATCCGCGTGTACTCCTAA
TAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGTGTTCTGTAATCTTCGTGCTGAG
CTATCTGCAATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGATCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGG
AAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACA
GTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAG
CCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGC
TGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCAT
GTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTT
ATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCA
GTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATG
GCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAA
ATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTGGTGTGTAAAGTGTGTCTTCTTTATTCATTTCCTGGTGATTCATTCTAATA
AAATATCACTTGATTATCATGCTTGAACAAGCAATTTGAAAAAAA
>TRINITY_DN47411_c0_g3_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:AAAAAGCCTATGTGAAAAAAAAAAGAGAAGAAAAAGCCAAAACACAGAAATTCAATATTTTGCAAAGATGCCATTCTTTTCGTTAACGCCGAATAACATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGC
CAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGTCCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACT
TTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATGGAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCT
TCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTACTAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACT
GCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTGCCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAG
AATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCACTGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGgctgtcaataccgtagttgcagGTATACTTCATGATGTCATAGATGATG
CTGGAGAAAACCTTAGAAACATAGAACAGGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGTTACTTCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTC
AATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGT
GTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCAATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGATCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTT
TTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCT
GGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGA
TGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATG
TCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCT
GTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATT
TCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGCAA
GTGAAGTTAGATTAGTGCCATTAGGTACAGAGGCCAAATATTATTTGCTCAGCTAGCTGTTGCAAATTCAGTATCAAATGCACAAATTAAGCATGCTTGCAGTAGGGAAATGTTTGGCACTGAATCCCAGGCTGCTTATACATTCTTAAAATTTATATTGTTGCAAAAACAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGT
GGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGC
CAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAAT
TCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTGGTGTGTAAAGTGTGTCTTCTTTATTCATTTCCTGGTGATTCATTCTAATAAA
ATATCACTTGATTATCATGCTTGAACAAGCAATTTGAAAAAAA
Intron 8 GTAATAACTC ... TCATCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.57 | 40.8 | 11.3 | 5 |
| A2 | 14.08 | 17 | 2.7 | 3 |
| A3 | 15.56 | 45.8 | 6 | 11 |
| A4 | 21.93 | 23 | 11 | 2 |
| A5 | 15.39 | 5 | 2 | 0 |
| A6 | 6.4 | 9.5 | 1.3 | 0 |
| A7 | 15.47 | 22.5 | 3.3 | 5 |
| A8 | 9.03 | 6.5 | 1.3 | 0 |
| A9 | 12.01 | 9.8 | 0.7 | 2 |
| A10 | 12.45 | 14 | 4 | 0 |
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAAGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTCAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAG
CGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGTGTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCA
ATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGATCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAG
TCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATT
GCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGG
AGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATG
AATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTA
GGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATG
GTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTA
ACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAG
GTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATC
TTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCA
TCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTG
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGCCAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGT
CCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACTTTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATG
GAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCTTCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTAC
TAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACTGCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTG
CCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAGAATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCAC
TGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGGCTGTCAATACCGTAGTTGCAGGTATACTTCATGATGTCATAGATGATGCTGGAGAAAACCTTAGAAACATAGAACAGGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGTTACT
TCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTCAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATgtaataactcaaagcaaattttggtgatcaagactttt
tttaaaacttttggcgattgaaacttattattagattttatcattagtttgctaagatgatttgcatgaaatcaagattgagtaaagttctaccagtttgatttctccttccaaacctcacagctttacgaaggcattttattattttcattgcatccttgatggcaataatgaatctccagtttttactgctatacctt
tcttggagaagccctatctacactcttgttgtcatctacagTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAA
Intron 9 GTTGGAATCA ... AGCATTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.55 | 28 | 22.9 | 15.4 |
| A2 | 34.38 | 34 | 19 | 16.6 |
| A3 | 55.44 | 18 | 26 | 18.8 |
| A4 | 42.98 | 25 | 23 | 14.7 |
| A5 | 46.46 | 19 | 13.9 | 19.3 |
| A6 | 39.52 | 9 | 7.9 | 3.9 |
| A7 | 44.86 | 20 | 19.8 | 12.8 |
| A8 | 35.15 | 27 | 14 | 15.3 |
| A9 | 37.09 | 14 | 6 | 10.6 |
| A10 | 34.4 | 35 | 22 | 14.7 |
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformGACCTATTTTAGTCATCAGTGGACATTATTATAATTTCTTTTCATTTCTTGTTCAACTATTTTGGTTTTCTATTAAAGAGCTTGGTTTCTCCTTCTACTTACGATCTGCAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAA
GTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGC
ACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTG
CTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGC
TTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGT
TTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCAC
CATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAA
CTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATT
ATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAG
TGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAA
TATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTG
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i33 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTAACTATTAACCAAAGAGTATTTAGGTTAGACACCAGAGACTCAGAAAGTTGTGCAGTGAATAAAAATTCCTGCTGGCAATTGTTCGGTAAGAAGGACTATAAATTCTTCATATGTGAGTGGTTTTTAAAACTCTATATGAATACTTGTAAATTAAGCATCAACATTTTACTAAGGGATCACTAGACAATGATAGGCT
TAAAATTTAAATCAAGCTATTTTATTCAATCAATATTATTTATACTTAAGCTACTTGATTTGCTCACTTGTGTAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGT
CATCCACAGgttggaatcatgaagactagactcaagtagcattctagCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGCTGAGTA
TGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTC
TCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCT
GGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTC
TAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCC
AATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATT
ATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTA
AACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTG
Intron 10 GCTGTCAATA ... TATCAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70.11 | 13 | 33 | 28 |
| A2 | 52.94 | 20 | 24 | 21 |
| A3 | 71.37 | 15 | 37 | 37.8 |
| A4 | 76.47 | 10 | 34 | 31 |
| A5 | 68.63 | 8 | 24 | 11 |
| A6 | 66.67 | 2 | 2 | 6 |
| A7 | 65.43 | 14 | 20 | 33 |
| A8 | 71.43 | 6 | 14 | 16 |
| A9 | 55.1 | 11 | 15 | 12 |
| A10 | 70.59 | 5 | 16 | 8 |
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i18 from sample A1 / Example spliced isoformATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGCCAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGT
CCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACTTTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATG
GAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCTTCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTAC
TAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACTGCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTG
CCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAGAATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCAC
TGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGTTACTTCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTCAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCG
TTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGTGTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCAATGTGGA
CTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGATCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATT
CTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGAT
GAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAG
ATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGC
TGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATC
CTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTT
AACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACT
GTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCA
TTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATA
GCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTA
ATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTG
>TRINITY_DN124581_c6_g1_i24 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGCCAATCGTTTGTGGTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGT
CCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACTTTCCAGCAGACTTCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATG
GAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCTTCACAGTCCAGTCACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTAC
TAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACTGCTGTGATTGCCGCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTG
CCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAGAATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCAC
TGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGgctgtcaataccgtagttgcaggtatacttcatgatgtcatagatgatgctggagaaaaccttagaaacatagaacaggaatttggtgatgatgttgcaagcttggttgatggtgtctcaaagttaagctatatcaatcagTTACT
TCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTCAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCC
AAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGTGTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCAATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGA
TCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGA
CGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAG
TTGGTGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGCCTTTG
GATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAA
TCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAAT
GCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGG
TCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAGATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAA
CAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGAGCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGAC
GCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAACTTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCAAGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCAT
TGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCTTCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTG
Intron 11 GTATAATGAC ... AATACCGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 34.43 | 40 | 14 | 28 |
| A2 | 33.33 | 30 | 16 | 14 |
| A3 | 25.93 | 40 | 13 | 15 |
| A4 | 29.17 | 34 | 14 | 14 |
| A5 | 24.24 | 25 | 12 | 4 |
| A6 | 73.33 | 2 | 10 | 1 |
| A7 | 34.33 | 22 | 17 | 6 |
| A8 | 42.86 | 14 | 19 | 2 |
| A9 | 39.62 | 16 | 18 | 3 |
| A10 | 21.74 | 18 | 5 | 5 |
>TRINITY_DN113108_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformTGAAAAAAAAAAGAGAAGAAAAAGCCAAAACACAGAAATTCAATATTTTGCAAAGATGCCATTCTTTTCGTTAACGCCGAATAACATTTAACTCTGTGCTTCCATTCAGTCGAGTTTGATTGACACACTATCCTTAGAAGTGTCCATCACCTTACACCAACCACAAGCTCCTCCATCGCACACCCTGCCAATCGTTTGTG
GTTCGTCCATGGCCACAAACAATTTTGGGTCACGATTTATCCTCTTAAATTCATGAATGTTACTGAAATGAATTTTCATCCATGTCCTTCGGGTGATAATTCTGAATCCTTGCACTATTCTTTTCAATTTTGTCTCCGCCAAACGCGGGACAGTTTGGGAATTGAAATATTTCGAAGCATTTGGAACTTTCCAGCAGACT
TCGTCTGTAGTGGTGGATTACGGTATGTTTTGTGACGGGAATTGAGCATGGAAGGAGAAAGCTTTAAATAGTTGTGGAAAAAATGGAGGTAACATTGAATTCTCTGCAGAGCCAGAGGATGCAAAGCGGGCTGATTACTGCAACTTTTAAAGCAGAAATGGCAAAAGGGATTAAAAGATCGCTACTCTTCACAGTCCAGT
CACCGGGTCCAGGTTTAAAGCACCGCTTTATTACGCCACTAATTCCGATGCCGGTCTGGGGTTCGAAACCGTTAAAGAGCGTTACTAATACGACGAGGTACGTTAGGGTTGGTATAAGAGGCTCTTTCGAGCAAATACTGCGGAGTTTGCCGGTTGCATCCATTAACTCCGTGATGAATGGCGGGACTGCTGTGATTGCC
GCGGCGTCTACGGCCGGGGGTTACTCTGTTCCCGCTGCTGTGACTTCGACCATAACGAACGTCGCGATTACTGCCATTGCCATTGCCTCTGGTGCTTGTCTCTCCACCAAGGTCGATTTTCTGCGGCCAAAAGTGCAGGAACAGCCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAGAATTTTCAACGA
TGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAGGGGATCCGTATTTGACTCACTGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGTTGCAGGTATACTTCATGATGTCATAGATGATGCTGGAGAAAACCTTAGAAACATAGAACA
GGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGTTACTTCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCTAGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTCAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGC
TAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAGTCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGTGTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCT
GCAATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGATCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAAAATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCG
AAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGAGCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACAC
ATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTCTTCTGAATGTCATCCACAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGT
GGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAAGAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGG
CATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGCAGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAG
CTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTATCAAACCAATGGTGGTTTAACCCTGGGCATGGAGATTGGAGCACCATCTTAGAGAAGTATGTTCTTTGTCGAGATGGTCTTTATCATAAGCAAGACCAATTTCAACGCTTACTTCCAACCTTTATACAG
ATTATTGATCTCAACGAAGAAGAGAAAGAGGAATATTCGCAAGTCATGTCCGCAGTCCTTGAAGGAAGAGAAGTGGATGCTAACTCACTGTCTTCTAACTACTCTGCGAGGTCAACTATCAGTAAATCCACTTCTTCTGTTTCAACAACAGTACACCTCAATAACAAGGTGCGCTTACTGAGAACAATGCTCCAGTGGGA
GCAGCAGTTGCGTAATGAAGCTCTTTTTGGCATGGCCAATGCAATGCTTCCTGGCCATCCAAATTCTGCAGTACTGACAGAGGTGGCCATTATCCAATGGCCAGAGGGTGAAATTATGCGAATGGAACTTGGCAGTACTGCTGCAGACGCTGCTAGAAGATTAGGATTGGATGGACATTTTGTATGTATCAATGGCCAAC
TTGTACAACCTCATACAAAGTTGAAAGATGGTGATGTAGTTGAAGTAAGAGCATGACTGGTGTGGGCACTCGTTATTTAATCTTTAATAGCAATTATTCAAAGCATGAAGCACAGTGCAATATTTTAGTGCCTTGTATAATGTTCCATTGCCTACTGTTCATGTTCTGGGGACAAATGGAATATGGATTGTAAAATTCCT
TCAGAAAGTCTTGTCCCAAATTTGTGCTCTGCTACCATTCCAAAGATTCATTTGAGATGGATTAGTCAGTAACCACTGAGCATCATTTAATGGTAAACCCGGCAGATTGTGTAAATATGGTATGACAGAGAATGCTGTTCGGTGGTGTGTAAAGTGTGTCTTCTTTATTCATTTCCTGGTGATTCATTCTAATAAAATAT
CACTTGATTATCATGCTTGAACAAGCAATTTGAAATTCATATTTTCAAGATGGAAGTGACATTTGCATCACTATCTTCTGATTTTTTTATAAATTGGATGGAAGGAATCAAATCCAAGACCTACCCTTGACCAGTGAGCTG
>TRINITY_DN113108_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATTGACAGAATAGTTTATATGCTAGTTCTCCTTATTAATCCTTTTTAAATTGTGGGAAAACTACTTAATCACTCTCACTGCAGATTCTGTTGAATTGGATGGAGTTGACATCACAGGCTACAGAATTTTCAACGATGCCAAGGTGCAAAAAGCAGTTATGTTTGCAAGAAAAGCACATACTGGTCAGATGAGGAAAACAG
GGGATCCGTATTTGACTCACTGTATTCACACGGGCAAAATTCTTGCTGCATTAGTCCCATCCAGTGGCCAAAGGgtataatgacataaaatgtacctcttcgaacatgcatttgtaacttagaaccatgtagccttttgcaacagaattctctgtcaacccatatatgcacaatatgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgt
atctatatatatatgatatgtaaaagcattggccattgaattttctgaaatatgctcaaggtctttaagtgctttatttataattggtgtacttttgtatcatagcatgaactgtttgtaaaccatcaactgtgtagttgcatgattgtgctttatttatcatctatgtacttttgtaacatatcatgaactgtttgtag
gctgtcaataccgtagTTGCAGGTATACTTCATGATGTCATAGATGATGCTGGAGAAAACCTTAGAAACATAGAACAGGAATTTGGTGATGATGTTGCAAGCTTGGTTGATGGTGTCTCAAAGTTAAGCTATATCAATCAGTTACTTCGGAGACATAGGAGGAAGAGTGCTGAAAGAGATACATCAGAAAGTGCTGATCT
AGCTCCTGCTGAGGTAGATAATCTACGAGCGATGCTTCTTGGCATGGTCAATGATCCGCGTGTACTCCTAATAAAGCTAGCGGACCGTTTGCACAATATGAGAACAATTTATGCACTTCATCCAACAAAAGCACGAGCTCTTGCCCAAGAGACATTAGCAATATGGTGCTCACTTGCTTCTAAATTGGGATTTTGGGCAG
TCAAAGCTGAGTTGGAGGACCTTTGTTTTGCAGTCCTTCAACCTCAAGTGTTCTGTAATCTTCGTGCTGAGCTATCTGCAATGTGGACTTCTAACAAGGATCAAAGATCTCCTAGAAGGGCCATGGAAAGTGCTAAGAGGATTAGATCTTTACACACAAATAAAGTGTGTTCTACTTTGGAGAAGAATGTTGATTCTCAA
AATGAGGATGAGTTAAATATGAAGGAACTTATACAAGCAGTTCTGCCTTTTGATTTACTACTTGATCGAGGAAAGCGAAGTCATATTCTAAGTGTCTCTGCAAAATATGCAAAGTCTGGAGAAGGAAAACCTAAAGTTGTTCGTGACGCTGAAATTGCTCTTGCTTCTCTTGTAGCTTGTGAGGAGGCCCTTGAAAATGA
GCTACTTATATCAACATCATATATTCCAGGGATGGAATTAACACTATCTGGACGTTTGAAGAGCCTTTACAGTACACATTGCAAGATGAAACGAAAAGGAGTGGAACTTGAGCACATCTATGATGCCCGTGCATTACGGGTAATAGTTGGTGATGGAGGAGGAAAGATGCATGCTGCTGCTGTGGAGTGCTGCTATAGTC
TTCTGAATGTCATCCACAGCCTTTGGATTCCCCTGGATGGTGAATTCGATGACTATATTGTGAACCCCAAGCCTAGTGGTTATCAGTCTCTTCACACAGCAGTGCAAGGACCTGATGGATCACCTTTGGAAGTACAGATTCGCACACAGTATATGCATGAATATGCTGAGTATGGACATGCGGCACACTGGCTTTATAAA
GAAGCTCGAAATGTGGGAACAGGAATCTCCTTCCCAACTGATAAAAATGTCACAGCGTTTCAAAGTGAAGCTGATGGCATTGAAGGAAAAAGTACCAGCCATGAAACAGAGAAAGATGTCAACAAGGAAATAAATCCTAAAATGAAGTCAATAAGAGTAGGCCATCCTGTTCTCAGAGTGGAGGACAGTCGTTTACGTGC
AGCAGTGATTCTGAGAGAGGATAATGCTGGAAATGAGCTTCTTGTAGCTGTGAGTTTTTCTCCTGGTGCATGTGAAGCTGTGGCTGCAAGGAGGTTGGGCAGACAGGCAATGCGATGGGAAGCTTATGCAGAGCTTTACAAAAAGGTGCTATTTGTTTGCCTTTTGTTTATGCCATTTGGTGTTATTTTCCTTTCTTGGA
CCAGCTCTCTTCATATCTCTCCTTGTATGTGTTTCTCCTAGATTGGATCCCCT