sp|F4IS91|RSA1_ARATH ----> Protein SHORT ROOT IN SALT MEDIUM 1

Intron 1 GTAACGTTTT ... CATAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.12	127	34	3
A2	21.43	132	36	1
A3	18.39	71	16	4
A4	15.38	22	4	4
A5	25	27	9	0
A6	21.74	36	10	1
A7	25.84	155	54	2
A8	24.02	291	92	9
A9	23.91	175	55	0
A10	29.09	117	48	2

>TRINITY_DN42467_c0_g4_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GAAGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAAGCAGAGGAGTTGGCAGATGAAGAGGAGCCAGAGGAAGAGGAGGAAGCAGAAGCTATGGAGGTAGAAGCAGGTGAACCTTTGCCAAATGGGGAAGGGTCACCATCTCATCAAGATGTGCAGGAAAACATAAAGAGCTCAAGTGAGAAGAATGAAAAGGAAGATGGAAA
GGATGGAAAAGATGCTGATGTTGAAATGGAAGACGCTTCAGTTCCAAAGAAATCACCTCAGAAGGAATCACCTCAGGAGGACAAAAATAAAGACCAGAAAGTGGACAAGGATATCAAGCCAGATACTGTCGTTCAGAAAACAATAATTGATAAGGAACTGTTGAAGGCATATCGATATTTTGATCGTAACAGAGTTGGTT
ACATCAAGGTAGATGATTTGCGGATAATTTTACATAATTTGGGGAAATTCCTTTCACACAAAAATGTCAAGGAGCTCGTGTCATGTGCTCTATTTGAGAGTAACAAAACACCACGTAATGAAAGGATTATTTATACAAATTTAGTGAAGAAAATGGTCGTGGAACATTGAAATGTGGTTGTCAAATCTTGGCTGATATCA
ATCTTAGTTGAGAGCAAGGATTTAACCTTGAAGTGCGTGGTCACCTGAATTGGAGCAAGTGTTGAAGTGCTTTGTGCCTGGTGACTCGACGGTGCCAAACTCTGTTCAATTGGCTGGCTTCACTGTTCAGAGGTTATATTTACAGTTCAAAGTGTAGATTTTTGAGTAACTTGGAACTTGGTTTGGTTTTTGCTGGATTA
TCCTTTCATGCCGGGAATTTACTGACTGACGTTTTTCAATATCCCACTTTTTCATTATGAATCCACGTAATCCATGTAACTAGACTCGGCTCTTATGTTGTGTGTTAATCATGTTTAACAATGTGTTGGTCCTTAGTTTATGATGTGATGGGACATCCTTGCCTTTTTTGGGTAGCAGAAGCGTTTACTGACATTGGTAG
CCCGAGTTGATTCGTAAATAATTTTTGACAAAATCGCATCTTTCAGTTTCTTGGGGTAATGATAATCTAATGTGTTAAATCAGTTTAAAGTTACATTGCTCGATTCTCTTGAAATTGTCTTATTTCTTTCTTCTAGGTTTCAATTTATTTAGTCACTTTCATGTTCAGAACATGAATGATAGGAAGTGTTATATTTCCCA
AACTCCTGTAACTGGTCTACCAATCTTGTTATATTTACCCAAACTCCTGTAACTGGC

>TRINITY_DN42467_c0_g4_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAAGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAAGCAGAGGAGTTGGCAGATGAAGAGGAGCCAGAGGAAGAGGAGGAAGCAGAAGCTATGGAGGTAGAAGCAGGTGAACCTTTGCCAAATGGGGAAGGGTCACCATCTCATCAAGATGTGCAGGAAAACATAAAGAGCTCAAGTGAGAAGAATGAAAAGGAAGATGGAAA
GGATGGAAAAGATGCTGATGTTGAAATGGAAGACGCTTCAGTTCCAAAGAAATCACCTCAGAAGGAATCACCTCAGGAGgtaacgtttttagttgaattgtattttatagtcaatgttgggtaggcattcggttattttgcttgctagaatttttgttgtgtcaagctccaacttaatttactgattgaacacgtttaaa
ttgggacataatgcagGACAAAAATAAAGACCAGAAAGTGGACAAGGATATCAAGCCAGATACTGTCGTTCAGAAAACAATAATTGATAAGGAACTGTTGAAGGTTGGCTGCAGAATTTTTCTGATGCATGTTTTGATGCTTTTAATCATTCATATGGTTCCTAATTTTAATCTTTGCATCGATTTTCAGGCATATCGAT
ATTTTGATCGTAACAGAGTTGGTTACATCAAGGTATGATTGGAAGATCCCTATATTTTAAACTTAATTAATGTTTTCCTTTCGAAGGGTTTATTAATATTTTTTGTTCTACAGGTAGATGATTTGCGGATAATTTTACATAATTTGGGGAAATTCCTTTCACACAAAAATGTCAAGGAGCTCGTGTCATGTGCTCTATTT
GAGAGTAACAAAACACCACGTAATGAAAGGATTATTTATACAAATTTAGTGAAGAAAATGGTCGTGGAACATTGAAATGTGGTTGTCAAATCTTGGCTGATATCAATCTTAGTTGAGAGCAAGGATTTAACCTTGAAGTGCGTGGTCACCTGAATTGGAGCAAGTGTTGAAGTGCTTTGTGCCTGGTGACTCGACGGTGC
CAAACTCTGTTCAATTGGCTGGCTTCACTGTTCAGAGGTTATATTTACAGTTCAAAGTGTAGATTTTTGAGTAACTTGGAACTTGGTTTGGTTTTTGCTGGATTATCCTTTCATGCCGGGAATTTACTGACTGACGTTTTTCAATATCCCACTTTTTCATTATGAATCCACGTAATCCATGTAACTAGACTCGGCTCTTA
TGTTGTGTGTTAATCATGTTTAACAATGTGTTGGTCCTTAGTTTATGATGTGATGGGACATCCTTGCCTTTTTTGGGTAGCAGAAGCGTTTACTGACATTGGTAGCCCGAGTTGATTCGTAAATAATTTTTGACAAAATCGCATCTTTCAGTTTCTTGGGGTAATGATAATCTAATGTGTTAAATCAGTTTAAAGTTACA
TTGCTCGATTCTCTTGAAATTGTCTTATTTCTTTCTTCTAGGTTTCAATTTATTTAGTCACTTTCATGTTCAGAACATGAATGATAGGAAGTGTTATATTTCCCAAACTCCTGTAACTGGTCTACCAATCTTGTTATATTTACCCAAACTCCTGTAACTGGC

Intron 2 GTATGTTAAT ... CGGGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.98	160	2	26
A2	12.35	142	0	20
A3	12.22	79	0	11
A4	18.6	140	0	32
A5	25	45	1	15
A6	15.4	610	4	111
A7	12.61	402	0	58
A8	17.21	587	0	122
A9	12.95	410	0	61
A10	10.22	246	0	28

>TRINITY_DN111214_c1_g2_i1 from sample A5 / Example spliced isoform

GGAAGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAAGCAGAGGAGTTGGCAGATGAAGAGGAGCCAGAGGAAGAGGAGGAAGCAGAAGCTATGGAGGTAGAAGCAGGTGAACCTTTGCCAAATGGGGAAGGGTCACCATCTCATCAAGATGTGCAGGAAAACATAAAGAGCTCAAGTGAGAAGAATGAAAAGGAAGATGGAA
AGGATGGAAAAGATGCTGATGTTGAAATGGAAGACGCTTCAGTTCCAAAGAAATCACCTCAGAAGGAATCACCTCAGGAGGACAAAAATAAAGACCAGAAAGTGGACAAGGATATCAAGCCAGATACTGTCGTTCAGAAAACAATAATTGATAAGGAACTGTTGAAGGCATATCGATATTTTGATCGTAACAGAGTTGGT
TACATCAAGGTAGATGATTTGCGGATAATTTTACATAATTTGGGGAAATTCCTTTCACACAAAAATGTCAAGGAGCTCGTGTCATGTGCTCTATTTGAGAGTAACAAAACACCACGTAATGAAAGGATTATTTATACAAATTTAGTGAAGAAAATGGTCGTGGAACATTGAAATGTGGTTGTCAAATCTTGGCTGATATC
AATCTTAGTTGAGAGCAAGGATTTAACCTTGAAGTGCGTGGTCACCTGAATTGGAGCAAGTGTTGAAGTGCTTTGTGCCTGGTGACTCGACGGTGCCAAACTCTGTTGAATTGGCTGGCTTCACTGTTCAGAGGTTATATTTACAGTTCAAAGTGTAGATTTTTGAGTAACTTGGAACTTGGTTTGGTTTTTGCTGGATT
ATCCTTTCATGCCGGGAATTTACTGACTGACGTTTTTCAATATCCCACTTTTTCATTATGAATCCACGTAATCCATGTAACTAGACTCGGCTCTTATGTTGTGTGTTAATCATGTTTAACAATGTGTTGGTCCTTAGTTTATGATGTGATGGGACATCCTTGCCTTTTTTGGGTAGCAGAAGCGTTTACTGACATTGGTA
GCCCGAGTTGATTCGTAAATAATTTTTGACAAAATCGCATCTTTCATTTTCTTGGGGTAATGATAATGTAATGTGTTAAATCAGTTTAAAGTTACATTGCTCGATTCTCTTGAAATTGTCTTATTTCTTTCTTCTAGGTTTCAATTTATTTAGTCACTTTCATGTTCAGAACATGAATGATAGGAAGTGTTATATTTCCC
AAACTCCTGTAACTGGTCTACCAATCTTGTTATATTTACCCAAACTCC

>TRINITY_DN111214_c1_g2_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CCTTTCACACAAAAATGTCAAGgtatgttaatgcatatgtgctattcaactgttaattgtgttatttaaaataccctgctatttcaatgcatttagcttgtgtctttgcgggtttcagGAGCTCGTGTCATGTGCTCTATTTGAGAGTAACAAAACACCACGTAATGAAAGGATTATTTATACAAATTTAGTGAAGAAAA
TGGTCGTGGAACATTGAAATGTGGTTGTCAAATCTTGGCTGATATCAATCTTAGTTGAGAGCAAGGATTTAACCTTGAAGTGCGTGGTCACCTGAATTGGAGCAAGTGTTGAAGTGCTTTGTGCCTGGTGACTCGACGGTGCCAAACTCTGTTGAATTGGCTGGCTTCACTGTTCAGAGGTTATATTTACAGTTCAAAGT
GTAGATTTTTGAGTAACTTGGAACTTGGTTTGGTTTTTGCTGGATTATCCTTTCATGCCGGGAATTTACTGACTGACGTTTTTCAATATCCCACTTTTTCATTATGAATCCACGTAATCCATGTAACTAGACTCGGCTCTTATGTTGTGTGTTAATCATGTTTAACAATGTGTTGGTCCTTAGTTTATGATGTGATGGGA
CATCCTTGCCTTTTTTGGGTAGCAGAAGCGTTTACTGACATTGGTAGCCCGAGTTGATTCGTAAATAATTTTTGACAAAATCGCATCTTTCATTTTCTTGGGGTAATGATAATGTAATGTGTTAAATCAGTTTAAAGTTACATTGCTCGATTCTCTTGAAATTGTCTTATTTCTTTCTTCTAGGTTTCAATTTATTTAGT
CACTTTCATGTTCAGAACATGAATGATAGGAAGTGTTATATTTCCCAAACTCCTGTAACTGGTCTACCAATCTTGTTATATTTACCCAAACTCC

Intron 3 GTATGATTGG ... TGTTCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.81	69	4	24
A2	19.32	71	0	17
A3	29.79	33	2.3	14
A4	35.71	18	0	10
A5	30.43	16	0	7
A6	35.65	148	1.3	82
A7	17.76	176	5	38
A8	26.9	212	7.3	78
A9	25.61	212	5.3	73
A10	20.34	141	6.3	36

>TRINITY_DN42467_c0_g4_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GAAGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAAGCAGAGGAGTTGGCAGATGAAGAGGAGCCAGAGGAAGAGGAGGAAGCAGAAGCTATGGAGGTAGAAGCAGGTGAACCTTTGCCAAATGGGGAAGGGTCACCATCTCATCAAGATGTGCAGGAAAACATAAAGAGCTCAAGTGAGAAGAATGAAAAGGAAGATGGAAA
GGATGGAAAAGATGCTGATGTTGAAATGGAAGACGCTTCAGTTCCAAAGAAATCACCTCAGAAGGAATCACCTCAGGAGGACAAAAATAAAGACCAGAAAGTGGACAAGGATATCAAGCCAGATACTGTCGTTCAGAAAACAATAATTGATAAGGAACTGTTGAAGGCATATCGATATTTTGATCGTAACAGAGTTGGTT
ACATCAAGGTAGATGATTTGCGGATAATTTTACATAATTTGGGGAAATTCCTTTCACACAAAAATGTCAAGGAGCTCGTGTCATGTGCTCTATTTGAGAGTAACAAAACACCACGTAATGAAAGGATTATTTATACAAATTTAGTGAAGAAAATGGTCGTGGAACATTGAAATGTGGTTGTCAAATCTTGGCTGATATCA
ATCTTAGTTGAGAGCAAGGATTTAACCTTGAAGTGCGTGGTCACCTGAATTGGAGCAAGTGTTGAAGTGCTTTGTGCCTGGTGACTCGACGGTGCCAAACTCTGTTCAATTGGCTGGCTTCACTGTTCAGAGGTTATATTTACAGTTCAAAGTGTAGATTTTTGAGTAACTTGGAACTTGGTTTGGTTTTTGCTGGATTA
TCCTTTCATGCCGGGAATTTACTGACTGACGTTTTTCAATATCCCACTTTTTCATTATGAATCCACGTAATCCATGTAACTAGACTCGGCTCTTATGTTGTGTGTTAATCATGTTTAACAATGTGTTGGTCCTTAGTTTATGATGTGATGGGACATCCTTGCCTTTTTTGGGTAGCAGAAGCGTTTACTGACATTGGTAG
CCCGAGTTGATTCGTAAATAATTTTTGACAAAATCGCATCTTTCAGTTTCTTGGGGTAATGATAATCTAATGTGTTAAATCAGTTTAAAGTTACATTGCTCGATTCTCTTGAAATTGTCTTATTTCTTTCTTCTAGGTTTCAATTTATTTAGTCACTTTCATGTTCAGAACATGAATGATAGGAAGTGTTATATTTCCCA
AACTCCTGTAACTGGTCTACCAATCTTGTTATATTTACCCAAACTCCTGTAACTGGC

>TRINITY_DN42467_c0_g4_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAAGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAAGCAGAGGAGTTGGCAGATGAAGAGGAGCCAGAGGAAGAGGAGGAAGCAGAAGCTATGGAGGTAGAAGCAGGTGAACCTTTGCCAAATGGGGAAGGGTCACCATCTCATCAAGATGTGCAGGAAAACATAAAGAGCTCAAGTGAGAAGAATGAAAAGGAAGATGGAAA
GGATGGAAAAGATGCTGATGTTGAAATGGAAGACGCTTCAGTTCCAAAGAAATCACCTCAGAAGGAATCACCTCAGGAGGTAACGTTTTTAGTTGAATTGTATTTTATAGTCAATGTTGGGTAGGCATTCGGTTATTTTGCTTGCTAGAATTTTTGTTGTGTCAAGCTCCAACTTAATTTACTGATTGAACACGTTTAAA
TTGGGACATAATGCAGGACAAAAATAAAGACCAGAAAGTGGACAAGGATATCAAGCCAGATACTGTCGTTCAGAAAACAATAATTGATAAGGAACTGTTGAAGGTTGGCTGCAGAATTTTTCTGATGCATGTTTTGATGCTTTTAATCATTCATATGGTTCCTAATTTTAATCTTTGCATCGATTTTCAGGCATATCGAT
ATTTTGATCGTAACAGAGTTGGTTACATCAAGgtatgattggaagatccctatattttaaacttaattaatgttttcctttcgaagggtttattaatattttttgttctacagGTAGATGATTTGCGGATAATTTTACATAATTTGGGGAAATTCCTTTCACACAAAAATGTCAAGGAGCTCGTGTCATGTGCTCTATTT
GAGAGTAACAAAACACCACGTAATGAAAGGATTATTTATACAAATTTAGTGAAGAAAATGGTCGTGGAACATTGAAATGTGGTTGTCAAATCTTGGCTGATATCAATCTTAGTTGAGAGCAAGGATTTAACCTTGAAGTGCGTGGTCACCTGAATTGGAGCAAGTGTTGAAGTGCTTTGTGCCTGGTGACTCGACGGTGC
CAAACTCTGTTCAATTGGCTGGCTTCACTGTTCAGAGGTTATATTTACAGTTCAAAGTGTAGATTTTTGAGTAACTTGGAACTTGGTTTGGTTTTTGCTGGATTATCCTTTCATGCCGGGAATTTACTGACTGACGTTTTTCAATATCCCACTTTTTCATTATGAATCCACGTAATCCATGTAACTAGACTCGGCTCTTA
TGTTGTGTGTTAATCATGTTTAACAATGTGTTGGTCCTTAGTTTATGATGTGATGGGACATCCTTGCCTTTTTTGGGTAGCAGAAGCGTTTACTGACATTGGTAGCCCGAGTTGATTCGTAAATAATTTTTGACAAAATCGCATCTTTCAGTTTCTTGGGGTAATGATAATCTAATGTGTTAAATCAGTTTAAAGTTACA
TTGCTCGATTCTCTTGAAATTGTCTTATTTCTTTCTTCTAGGTTTCAATTTATTTAGTCACTTTCATGTTCAGAACATGAATGATAGGAAGTGTTATATTTCCCAAACTCCTGTAACTGGTCTACCAATCTTGTTATATTTACCCAAACTCCTGTAACTGGC

Intron 4 GTTGGCTGCA ... CGATTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.45	80	20.5	11.5
A2	11.39	83	14	10.5
A3	19.69	32	12.5	3.5
A4	15.89	18	5	2.5
A5	3.57	13	1	0
A6	12.25	74	5	18
A7	8.76	161	9.5	24.5
A8	11.86	195	35.5	21
A9	8.14	163	10	21.5
A10	11.22	116	6.5	24.5

>TRINITY_DN126081_c6_g5_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GAAGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAAGCAGAGGAGTTGGCAGATGAAGAGGAGCCAGAGGAAGAGGAGGAAGCAGAAGCTATGGAGGTAGAAGCAGGTGAACCTTTGCCAAATGG
GGAAGGGTCACCATCTCATCAAGATGTGCAGGAAAACATAAAGAGCTCAAGTGAGAAGAATGAAAAGGAAGATGGAAAGGATGGAAAAGATGCTGATGTTGAAATGGAAGACGCTTCAGTTCCAAAGAAATCACCTCAGAAGGAATCACCTCAGGAGGACAAAAATAAAGACCAGAAAGTGGACAAGGATATCAAGCCAG
ATACTGTCGTTCAGAAAACAATAATTGATAAGGAACTGTTGAAGGCATATCGATATTTTGATCGTAACAGAGTTGGTTACATCAAGGTAGATGATTTGCGGATAATTTTACATAATTTGGGGAAATTCCTTTCACACAAAAATGTCAAGGAGCTCGTGTCATGTGCTCTATTTGAGAGTAACAAAACACCACGTAATGAA
AGGATTATTTATACAAATTTAGTGAAGAAAATGGTCGTGGAACATTGAAATGTGGTTGTCAAATCTTGGCTGATATCAATCTTAGTTGAGAGCAAGGATTTAACCTTGAAGTGCGTGGTCACCTGAATTGGAGCAAGTGTTGAAGTGCTTTGTGCCTGGTGACTCGACGGTGCCAAACTCTGTTCAATTGGCTGGCTTCA
CTGTTCAGAGGTTATATTTACAGTTCAAAGTGTAGATTTTTGAGTAACTTGGAACTTGGTTTGGTTTTTGCTGGATTATCCTTTCATGCCGGGAATTTACTGACTGACGTTTTTCAATATCCCACTTTTTCATTATGAATCCACGTAATCCATGTAACTAGACTCGGCTCTTATGTTGTGTGTTAATCATGTTTAACAAT
GTGTTGGTCCTTAGTTTATGATGTGATAGGACATCCTTGCCTTTTTTGGGTAGCAGAAGCGTTTACTGACATTGGTAGCCCGAGTTGATTCGTAAATAATTTTTGACAAAATCGCATCTTTCAGTTTCTTGGGGTAATGATAATCTAATGTGTTAAATCAGTC

>TRINITY_DN126081_c6_g5_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAAGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAAGCAGAGGAGTTGGCAGATGAAGAGGAGCCAGAGGAAGAGGAGGAAGCAGAAGCTATGGAGGTAGAAGCAGGTGAACCTTTGCCAAATGG
GGAAGGGTCACCATCTCATCAAGATGTGCAGGAAAACATAAAGAGCTCAAGTGAGAAGAATGAAAAGGAAGATGGAAAGGATGGAAAAGATGCTGATGTTGAAATGGAAGACGCTTCAGTTCCAAAGAAATCACCTCAGAAGGAATCACCTCAGGAGGACAAAAATAAAGACCAGAAAGTGGACAAGGATATCAAGCCAG
ATACTGTCGTTCAGAAAACAATAATTGATAAGGAACTGTTGAAGgttggctgcagaatttttctgatgcatgttttgatgcttttaatcattcatatggttcctaattttaatctttgcatcgattttcagGCATATCGATATTTTGATCGTAACAGAGTTGGTTACATCAAGGTAGATGATTTGCGGATAATTTTACAT
AATTTGGGGAAATTCCTTTCACACAAAAATGTCAAGGAGCTCGTGTCATGTGCTCTATTTGAGAGTAACAAAACACCACGTAATGAAAGGATTATTTATACAAATTTAGTGAAGAAAATGGTCGTGGAACATTGAAATGTGGTTGTCAAATCTTGGCTGATATCAATCTTAGTTGAGAGCAAGGATTTAACCTTGAAGTG
CGTGGTCACCTGAATTGGAGCAAGTGTTGAAGTGCTTTGTGCCTGGTGACTCGACGGTGCCAAACTCTGTTCAATTGGCTGGCTTCACTGTTCAGAGGTTATATTTACAGTTCAAAGTGTAGATTTTTGAGTAACTTGGAACTTGGTTTGGTTTTTGCTGGATTATCCTTTCATGCCGGGAATTTACTGACTGACGTTTT
TCAATATCCCACTTTTTCATTATGAATCCACGTAATCCATGTAACTAGACTCGGCTCTTATGTTGTGTGTTAATCATGTTTAACAATGTGTTGGTCCTTAGTTTATGATGTGATAGGACATCCTTGCCTTTTTTGGGTAGCAGAAGCGTTTACTGACATTGGTAGCCCGAGTTGATTCGTAAATAATTTTTGACAAAATC
GCATCTTTCAGTTTCTTGGGGTAATGATAATCTAATGTGTTAAATCAGTC