sp|Q6WWW4|UPL3_ARATH ----> E3 ubiquitin-protein ligase UPL3
Intron 1 GTGAGAAATT ... AGAAGGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.07 | 123 | 48 | 48 |
| A2 | 26.56 | 94 | 27 | 41 |
| A3 | 25.08 | 118 | 34 | 45 |
| A4 | 26.03 | 108 | 28 | 48 |
| A5 | 27.62 | 38 | 13 | 16 |
| A6 | 27.71 | 30 | 7 | 16 |
| A7 | 20.65 | 73 | 19 | 19 |
| A8 | 16.42 | 28 | 4 | 7 |
| A9 | 23.94 | 54 | 7 | 27 |
| A10 | 28.21 | 84 | 14 | 52 |
>TRINITY_DN113548_c5_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoformCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCAATATAAGCAGCATTGTTAGAGATGTTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGGCATGTCAGGTTCCCTTGCTCTGGACAGACCTACTGACCAGATGCATGAAATTGTGACTTTACTGAACGAGCTTCTTCCACCTTTGCCTGAAGGGACAATTTCTCTTCCTCCCAAT
TGTAGTTTGTGTTCTAAATGTCCTGCAAAGAATCATGTACCTGATAATAATATTGGTGAAGATTTAAATGGAACTATGAGAGAAATATCTACTCGTGAAAAGCTGTTGCGTGATCAACCAGAGCTTTTGTTGCAATTTGGAATGGATCTTTTTCCTGTCCTAGTCCAGGTTTATGGCTCAAGTGTGAACACTCCTATTCG
ACACAACACTATTGCTATCATTAGCAAGTTGGTGTATTTTAGCACTGCTGAAATGCTCATATCTTTGCTTAACGTGACAAACATATCAAGCTTTTTGGCTGGTATTCTAGCATGGAAAGATCCCCATGTTTTGGTCCCTGCTCTGCAGATTGCAGAAGTTCTGATACAAAAACTTCCTGAAACTTTTTCCAAGTTGTTTG
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AGAGTTGGTTCACCATTGCCCTCTGGAGACGAAACAATTGCTATAATTAAGACAGATCTTCGGTCGACCATCCATGCTCATGCTAAACAGTTCAAAGATACATACTTCCCTACAGATTCAAGTATGGTTGATGGAGGAATGACAGAAAGCCTTTGCAATTTGAAAAGTCTTTGCATGAAGTTAAATGATGAATTGGAAGG
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GGGTTTTTCATCAGGCGTTAAAGAGGTTCAAGTTGTTTACCAGACTTGCTCTTCCAGTGAATGCTGAAGATGCGAAGGAAACTCCTTTAACAATCTTAATTCATAAACTGCAGGATGCATTATCCTCCATAGAATGTTTTCCTGTTAATCTTAGCCATGCACGGAGATCGCATGGTGGTAATGCAAATCTTTTAGCAGGA
TTGAGTACATTGTCCCAGCCTGTTAAACTGCGTTTTTGTAGAGCAGAAGGCGAAACGTCTCTTCAAGATTATTCTTCAAATATGATACTCATTGATTCTTTGGCTAATTTGGCTGCTGTTGAAGAATTTCTTTGGCCTAGAGTTCAAATAGTTGAGGCATCCCTAAAATCTGCAGTAAATTTAAGCACTTCAGATGGCTG
TGCAGGTGATTCTGGGGCAACTGACACATTATCCCCATCGTCATCTGTGCCAGGAGAGTCTGAAAGACCTCTTTCAATCAGACCCAAGTCCTCAGCAGCAAGAGGAGGTTCTGCTGTGCAGGACTTAGATGGTTCAAATGCAAGCTCTTCAAAGGGGAAGGAAAAAGCTGTTTCAAAAATTGACATAGAAGAGGCAGAGG
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GCCTCTGCATCTATGATGGAGAGGGTGCATGATGTGCAATTAGGAGATCACGATGAGATTGTTACAACTGTTGAAACTGCATTCCAACCATCTCCTGGAGTTGATAGTAGGTCCACCATGTTGGTAAGTGGTCAAGGAAGTGAATTCATGACAGGTGTCTCTTTAGTCTCAAGAGGATCATTGTCCTTTGCCAGAGCTGC
TATGTCTAGACTCGTATCTATTAGTTGCAAAAGTGCTAGAGGGAGCAGAGATTCACAGACCTTGTCAGTAGTGGACCCATCCATGGTTCCTCCTAGATTGAACTTTTTCATGGGTGGGAAACGACTTGATAGGTCATTAACAATTTATCAAGCTATTCAGCGGCAAGCAGGGGCAGATGAAGCAGATGACAAAATGTATA
CAGGTTTGGACTATGCTCCTGTCGAGGGGCGGAGGCTCTGGGCTGAAGTTTACAATATTACATATCAGAGAATTACCACTCCAGAAGAAAATGATATTGCAGGAAAATCTGCAGGTTCTTCTTCTCTCAGGCCTCTTAAGAATTCTACAGCTAGTAGCTCAAGGCTTCAGACTTCATGGGAACGATTGTCATTTTTAGAC
AGTATCTTGCAAGGAGAGCTTCCTTGTGACCTTGAAAAATCAAATTGTACATATGATATTTTGTTGTTACTTAGAGTTTTGGAAGGTCTTAATCAGTTATCTCCTCGTCTTAGGGCTCTAGATGCATCTGATGCATTTGCAGAAGGGAAAATAAGTAACTTTCAAGAATTGAAAGTCAAAGGTCCTGTTGTCCCTCAAAA
ACAGTTCTTGAGTAGCAAACTAACTCCAAAACTAGCACGGCAAATGCAAGATCCTCTGGCACTATTCAGTGGAGGTCTGCCTTCTTGGTGTCACCAATTAACCAAAGCATGCCCATTCTTGTTTCCATTTGAGACAAGAAGGCAATACTTTTATTCACTTTCATTTGGGTTATCTCGTGCCCTACAGCGCTTGCAGCAGC
AACAGAGTGCTGAAAATTCAAACTTCAATAATAATCTAGAAGTACGAGTTGGTAGGGTGCAGCGTCAAAAGGTTCGTGTTTATAGGCACCGTATACTGGATTCAGCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAG
TTCTATACTCTTCTTAGCCATGAATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTTCTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGCAGGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTT
ATTTCCTCGCCCATGGCCACCTAATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAATTATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCTCTTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTG
ATCCAGAGCTTGGAACAACTTTGCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATCATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTTACTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATG
GTTGATATTGATAACTTGGAAGAATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCATGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATCAGGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGGCTCAATCACTTGT
GGATCACATCAAATTTGATCATGGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATCCTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTTTTGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGAAACATTCAACAGGAGCAG
ATGGGGGGATCAAGGGAACTGCTCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGTAATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTT
GCATGTTGATGTGTAAACAATGGTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTCCAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCC
ATATGCAAGCCATGTTTAGCAGCAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTTACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCC
CTTTTGTGCATATAATGAAAATTTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCCCACTTATCTTCTAAATAATTGTATTCTCGAAGTTATGCTG
>TRINITY_DN113548_c5_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAAAGATGGTCTTTCAGGATCAGCAGTGCTAAATTCCACATGTAATATTCTGCATTCAGATAGATCAAACGGTGAAACAACTGGAGAGGAAGAATCGAGAAGTTCAAATGCTGGAAGAGTTGGTTCACCATTGCCCTCTGGAGACGAAACAATTGCTATAATTAAGACAGATCTTCGGTCGACCATCCATGCTCATGCTA
AACAGTTCAAAGATACATACTTCCCTACAGATTCAAGTATGGTTGATGGAGGAATGACAGAAAGCCTTTGCAATTTGAAAAGTCTTTGCATGAAGTTAAATGATGAATTGGAAGGCAAGGACAAAGCAGGAAGGCTTGTATCTGCTGATGATGAACAATTGCTGGTTGTTCTGGCTGAGATACTTGCAGAACTTGTTAAA
GGTGACGGTGTTTCCACTTTCGAGTTTGTTGAAAGTGGGGTTATTGCATCTTTACTAAATTATTGTTCATGTGGAGCTTTGTCCAAACAGAACACAACAGATGCTGAATCAACTAGGGTTTTTCATCAGGCGTTAAAGAGGTTCAAGTTGTTTACCAGACTTGCTCTTCCAGTGAATGCTGAAGATGCGAAGGAAACTCC
TTTAACAATCTTAATTCATAAACTGCAGGATGCATTATCCTCCATAGAATGTTTTCCTGTTAATCTTAGCCATGCACGGAGATCGCATGGTGGTAATGCAAATCTTTTAGCAGGATTGAGTACATTGTCCCAGCCTGTTAAACTGCGTTTTTGTAGAGCAGAAGGCGAAACGTCTCTTCAAGATTATTCTTCAAATATGA
TACTCATTGATTCTTTGGCTAATTTGGCTGCTGTTGAAGAATTTCTTTGGCCTAGAGTTCAAATAGTTGAGGCATCCCTAAAATCTGCAGTAAATTTAAGCACTTCAGATGGCTGTGCAGGTGATTCTGGGGCAACTGACACATTATCCCCATCGTCATCTGTGCCAGGAGAGTCTGAAAGACCTCTTTCAATCAGACCC
AAGTCCTCAGCAGCAAGAGGAGGTTCTGCTGTGCAGGACTTAGATGGTTCAAATGCAAGCTCTTCAAAGGGGAAGGAAAAAGCTGTTTCAAAAATTGACATAGAAGAGGCAGAGGCTTCACAGACAAGAATTGCTACTCGTACAAGCATAGTGTCTGACAGAGTTTCAGAGTCAAAGCAACCCCAGAGAGAATCTGCACC
TGAGGAAGAGGACCTTGATGTCTCTCCCATTGAAATGGATGAGTCTGTAGCAATGGAAGAAGATATTTCTGAAGATGAAGATGATGAATATGAAGAACATCTGGAAGAACGTTTGgtgagaaattgttacatgttttcctaaaatttgtctgaatgatagtactattaaagaaataattattggtagcctttctgaccta
tttcattgatattacaactttccagtgagagcaatgtattatttctcatgatattactgaatttattttgattctgaagttgtttggagaaggacagGCCTCTGCATCTATGATGGAGAGGGTGCATGATGTGCAATTAGGAGATCACGATGAGATTGTTACAACTGTTGAAACTGCATTCCAACCATCTCCTGGAGTTG
ATAGTAGGTCCACCATGTTGGTAAGTGGTCAAGGAAGTGAATTCATGACAGGTGTCTCTTTAGTCTCAAGAGGATCATTGTCCTTTGCCAGAGCTGCTATGTCTAGACTCGTATCTATTAGTTGCAAAAGTGCTAGAGGGAGCAGAGATTCACAGACCTTGTCAGTAGTGGACCCATCCATGGTTCCTCCTAGATTGAAC
TTTTTCATGGGTGGGAAACGACTTGATAGGTCATTAACAATTTATCAAGCTATTCAGCGGCAAGCAGGGGCAGATGAAGCAGATGACAAAATGTATACAGGTTTGGACTATGCTCCTGTCGAGGGGCGGAGGCTCTGGGCTGAAGTTTACAATATTACATATCAGAGAATTACCACTCCAGAAGAAAATGATATTGCAGG
AAAATCTGCAGGTTCTTCTTCTCTCAGGCCTCTTAAGAATTCTACAGCTAGTAGCTCAAGGCTTCAGACTTCATGGGAACGATTGTCATTTTTAGACAGTATCTTGCAAGGAGAGCTTCCTTGTGACCTTGAAAAATCAAATTGTACATATGATATTTTGTTGTTACTTAGAGTTTTGGAAGGTCTTAATCAGTTATCTC
CTCGTCTTAGGGCTCTAGATGCATCTGATGCATTTGCAGAAGGGAAAATAAGTAACTTTCAAGAATTGAAAGTCAAAGGTCCTGTTGTCCCTCAAAAACAGTTCTTGAGTAGCAAACTAACTCCAAAACTAGCACGGCAAATGCAAGATCCTCTGGCACTATTCAGTGGAGGTCTGCCTTCTTGGTGTCACCAATTAACC
AAAGCATGCCCATTCTTGTTTCCATTTGAGACAAGAAGGCAATACTTTTATTCACTTTCATTTGGGTTATCTCGTGCCCTACAGCGCTTGCAGCAGCAACAGAGTGCTGAAAATTCAAACTTCAATAATAATCTAGAAGTACGAGTTGGTAGGGTGCAGCGTCAAAAGGTTCGTGTTTATAGGCACCGTATACTGGATTC
AGCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAGTTCTATACTCTTCTTAGCCATGAATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTTCTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGC
AGGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTTATTTCCTCGCCCATGGCCACCTAATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAATTATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCT
CTTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTGATCCAGAGCTTGGAACAACTTTGCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATCATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTT
ACTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATGGTTGATATTGATAACTTGGAAGAATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCATGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATC
AGGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGGCTCAATCACTTGTGGATCACATCAAATTTGATCATGGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATCCTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTT
TTGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGAAACATTCAACAGGAGCAGATGGGGGGATCAAGGGAACTGCTCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGT
AATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTTGCATGTTGATGTGTAAACAATGGTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTC
CAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCCATATGCAAGCCATGTTTAGCAGCAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTT
ACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCCCTTTTGTGCATATAATGAAAATTTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCCCACTTATCTTCTAAATAATTGTATTCTC
GAAGTTATGCTG
Intron 2 GTTGGGTTTT ... TTTGCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.93 | 114.4 | 27 | 45 |
| A2 | 24.32 | 115.1 | 27 | 47 |
| A3 | 25 | 135 | 30 | 60 |
| A4 | 27.01 | 79.7 | 30 | 29 |
| A5 | 22.86 | 106.3 | 28 | 35 |
| A6 | 34.35 | 9.6 | 6 | 4 |
| A7 | 16.2 | 20.7 | 3 | 5 |
| A8 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
| A9 | 23.26 | 18.1 | 3 | 8 |
| A10 | 25.85 | 35.9 | 5 | 20 |
>TRINITY_DN102923_c5_g2_i32 from sample A4 / Example spliced isoformCCCTCTACCCCCCACCTTCTACACAAAAGTAAAATCTCTGCAGAATAATAATTAATTTCCTGATGGGCTGAGAAAGGTAGTAGATGGGCGACTGCTTTTTCTGTGTGTAAAATGTATGGTTCCTCTCTATATTTATTCATTCCTTCATCTCTTGTAAACAATCTCATTCATCAGATAAAGCGTGATATGCGCTAAAATGG
GAAATTGCAGGATCGCTTCTGTATAGAAATTCCAGTGCTTATTGGAGGAAGCCGTGAAGGTCATTTGGTATTCATTTGTTTTTCATCAAATTCTTGAGGGTCAAATTTGCCAGATTTAATTTTAGCCCGCCCTGCACAGTTTTGGTGGGGGCGGATTCTTTTATGGAAACACGAAGCCGAAAACGAGCGGAGGCCATAGC
GCAAAGGCCATCCTCTGCCCAGTCATCCAGGGCCAACAAACGAGCTCGTCTTTCCTCTGCGTTTGCATCTGCTGCCTCGATTCCACCGCGTTCTCGCTTGCCGATCAGACCACTCTCCGGCTCAACTATAGCGAGCTTGCGCCCTGAATTGGCTATTGTGGATTTGGAAATGGAGTCCTCTGGTTCAGCCTCAAAGAGAG
AGCACGATGACAAAGGGATTGAAAAGGGTAACGAGAATGAAAGAGGAGGGGGAATTAGTAACAATGATTCAGATGATGATCATGAAGATGAAGGTGTTAGCAGTCTTCAGCAGAATATTACTTCTGCAAGCAGTGCACTAGAGGGCCTTTTAAGGAAACTCGGGGCCAGGCGAGATGATCTTATGCCTGCCTCGCAGAGC
AGCAGATTGAAAAGAATACTGTCAGGATTGAGGGCCGAGGCTGAGATTGGTCGTCAGATTGACGCTCTTACGCAGCTTTGTGAAATTCTATCCATTTCCACCGAGGATTCTTTGAGCAGCTTCTCAGTGGATTCATTTGTTCCAGTCCTAGTGACATTACTTAACCAGGAGAGCAATCCAGAAATAATGCTTCTGGCTGC
TAGAGCTTTAACTCATCTTTGCGATGTTCTTCCCCAGGCCTGTGTATCGGTTGTGCACTATGGTGCTGTTCCTTCTTTCTGCGATCGGTTGCTCACTATCGAGTATATGGATTTGGCAGAACAATCTTTAGAAGCACTCGAGAAGATATCTCACGAGCACCCCATTGCATGCCTTCGTGCTGGTGCTCTAATGGCAGTGC
TATCTTATCTGGATTTTTTCTCCAGCGGTATTCAGAGGGTAGCATTGTCCACCGCTGCAAACATTTGCAAGAAGCTTCCATCTGATGCAGCGGATTTTGTAATGGTTGCTGTGCCAAGATTGACAAATCTTCTTCAATTTCATGATTCAAAGGTAGTAGAACATGCATCTGTTTGTTTGACTCGAATTGTAGAATCTTTT
GCCTCTTCTTCTGAGAAATTAGATGAACTCTGTAATCATGGCTTGGTTAGTGAAGCAGTAAGACTGATATCTGTCGGTACTTCAGCAAGTGGCCAGGGATCTCTCAGTACATCAACATTTACGGGTTTGATTAGGATTCTATCTAAATTTGCTGGTGGATCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCAATATAAG
CAGCATTGTTAGAGATGTTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGGCATGTCAGGTTCCCTTGCTCTGGACAGACCTACTGACCAGATGCATGAAATTGTGACTTTACTGAACGAGCTTCTTCCACCTTTGCCTGAAGGGACAATTTCTCTTCCTCCCAATTGTAGTTTGTGTTCTAAATGTCCTGCAAAGAATCATGTAC
CTGATAATAATATTGGTGAAGATTTAAATGGAACTATGAGAGAAATATCTACTCGTGAAAAGCTGTTGCGTGATCAACCAGAGCTTTTGTTGCAATTTGGAATGGATCTTTTTCCTGTCCTAGTCCAGGTTTATGGCTCAAGTGTGAACACTCCTATTCGACACAACACTATTGCTATCATTAGCAAGTTGGTGTATTTT
AGCACTGCTGAAATGCTCATATCTTTGCTTAACGTGACAAACATATCAAGCTTTTTGGCTGGTATTCTAGCATGGAAAGATCCCCATGTTTTGGTCCCTGCTCTGCAGATTGCAGAAGTTCTGATACAAAAACTTCCTGAAACTTTTTCCAGGTTGTTTGTGAAAGAAGGGGTTGTTCATGCAATAGATACATTGATATC
AGCAGATCTGTCAAGTTCATCTTCAGTACAGGTCTCTGCCTCGCAGAAAGATGGTCTTTCAGGATCAGCAGTGCTAAATTCCACATGTAATATTCTGCATTCAGATAGATCAAACGGTGAAACAACTGGAGAGGAAGAATCGAGAAGTTCAAATGCTGGAAGAGTTGGTTCACCATTGCCCTCTGGAGACGAAACAATTG
CTATAATTAAGACAGATCTTCGGTCGACCATCCATGCTCATGCTAAACAGTTCAAAGATACATACTTCCCTACAGATTCAAGTATGGTTGATGGAGGAATGACAGAAAGCCTTTGCAATTTGAAAAGTCTTTGCATGAAGTTAAATGATGAATTGGAAGGCAAGGACAAAGCAGGAAGGCTTGTATCTGCTGATGATGAA
CAATTGCTGGTTGTTCTGGCTGAGATACTTGCAGAACTTGTTAAAGGTGACGGTGTTTCCACTTTCGAGTTTGTTGAAAGTGGGGTTATTGCATCTTTACTAAATTATTGTTCATGTGGAGCTTTGTCCAAACAGAACACAACAGATGCTGAATCAACTAGGGTTTTTCATCAGGCGTTAAAGAGGTTCAAGTTGTTTAC
CAGACTTGCTCTTCCAGTGAATGCTGAAGATGCGAAGGAAACTCCTTTAACAATCTTAATTCATAAACTGCAGGATGCATTATCCTCCATAGAATGTTTTCCTGTTAATCTTAGCCATGCACGGAGATCGCATGGTGGTAATGCAAATCTTTTAGCAGGATTGAGTACATTGTCCCAGCCTGTTAAACTGCGTTTTTGTA
GAGCAGAAGGCGAAACGTCTCTTCAAGATTATTCTTCAAATATGATACTCATTGATTCTTTGGCTAATTTGGCTGCTGTTGAAGAATTTCTTTGGCCTAGAGTTCAAATAGTTGAGGCATCCCTAAAATCTGCAGTAAATTTAAGCACTTCAGATGGCTGTGCAGGTGATTCTGGGGCAACTGACACATTATCCCCATCG
TCATCTGTGCCAGGAGAGTCTGAAAGACCTCTTTCAATCAGACCCAAGTCCTCAGCAGCAAGAGGAGGTTCTGCTGTGCAGGACTTAGATGGTTCAAATGCAAGCTCTTCAAAGGGGAAGGAAAAAGCTGTTTCAAAAATTGACATAGAAGAGGCAGAGGCTTCACAGACAAGAATTGCTACTCGTACAAGCATAGTGTC
TGACAGAGTTTCAGAGTCAAAGCAACCCCAGAGAGAATCTGCACCTGAGGAAGAGGACCTTGATGTCTCTCCCATTGAAATGGATGAGTCTGTAGCAATGGAAGAAGATATTTCTGAAGATGAAGATGATGAATATGAAGAACATCTGGAAGAACGTTTG
>TRINITY_DN102923_c5_g2_i31 from sample A4 / Example unspliced isoform:AAAATGGTAACTGTAACTATTCGTATATTTTATGTTTATCATTGAATTTTGGTATACTATATCACCAAGTTTGCTGGGCATGGGCTTGTAGATGTCAATAATTTGGCAGGTTTGGGGTGGAGTAATCATTAAATTTGGGAGCATTGAAAGTTCTGACCAAGAGTGAATGGATCCAGGGAAATTGCAGGATCGCTTCTGTA
TAGAAATTCCAGTGCTTATTGGAGGAAGCCGTGAAGGTCATTTGGTATTCATTTGTTTTTCATCAAATTCTTGAGGGTCAAATTTGCCAGgttgggtttttaatcccttattaaattttgtcctttcattgatttatgtttgcaggtatgtttgtttgatgggtttctgttgtcacgcccaattgggttaatttctgttc
ttaaattcgtattgggtttgttgaatttgggtgtttttgaaaaggcattttagatttttatctgttttcattatattctttgcttccatgaatgctgtgaatgcgtttgattgataggtttatgatgattttgcaaaatgaacaatttgttggcttactttttatttgtgtgtgtggctttagggaaggggagagtgggg
tggtgtgagttttctactgtcaattttgcttgtttgaagggtttgctgaggggattgtaagagagacgatgacataaaaccctgactccaattgcaaatgaattttgcttcagATTTAATTTTAGCCCGCCCTGCACAGTTTTGGTGGGGGCGGATTCTTTTATGGAAACACGAAGCCGAAAACGAGCGGAGGCCATAGC
GCAAAGGCCATCCTCTGCCCAGTCATCCAGGGCCAACAAACGAGCTCGTCTTTCCTCTGCGTTTGCATCTGCTGCCTCGATTCCACCGCGTTCTCGCTTGCCGATCAGACCACTCTCCGGCTCAACTATAGCGAGCTTGCGCCCTGAATTGGCTATTGTGGATTTGGAAATGGAGTCCTCTGGTTCAGCCTCAAAGAGAG
AGCACGATGACAAAGGGATTGAAAAGGGTAACGAGAATGAAAGAGGAGGGGGAATTAGTAACAATGATTCAGATGATGATCATGAAGATGAAGGTGTTAGCAGTCTTCAGCAGAATATTACTTCTGCAAGCAGTGCACTAGAGGGCCTTTTAAGGAAACTCGGGGCCAGGCGAGATGATCTTATGCCTGCCTCGCAGAGC
AGCAGATTGAAAAGAATACTGTCAGGATTGAGGGCCGAGGCTGAGATTGGTCGTCAGATTGACGCTCTTACGCAGCTTTGTGAAATTCTATCCATTTCCACCGAGGATTCTTTGAGCAGCTTCTCAGTGGATTCATTTGTTCCAGTCCTAGTGACATTACTTAACCAGGAGAGCAATCCAGAAATAATGCTTCTGGCTGC
TAGAGCTTTAACTCATCTTTGCGATGTTCTTCCCCAGGCCTGTGTATCGGTTGTGCACTATGGTGCTGTTCCTTCTTTCTGCGATCGGTTGCTCACTATCGAGTATATGGATTTGGCAGAACAATCTTTAGAAGCACTCGAGAAGATATCTCACGAGCACCCCATTGCATGCCTTCGTGCTGGTGCTCTAATGGCAGTGC
TATCTTATCTGGATTTTTTCTCCAGCGGTATTCAGAGGGTAGCATTGTCCACCGCTGCAAACATTTGCAAGAAGCTTCCATCTGATGCAGCGGATTTTGTAATGGTTGCTGTGCCAAGATTGACAAATCTTCTTCAATTTCATGATTCAAAGGTAGTAGAACATGCATCTGTTTGTTTGACTCGAATTGTAGAATCTTTT
GCCTCTTCTTCTGAGAAATTAGATGAACTCTGTAATCATGGCTTGGTTAGTGAAGCAGTAAGACTGATATCTGTCGGTACTTCAGCAAGTGGCCAGGGATCTCTCAGTACATCAACATTTACGGGTTTGATTAGGATTCTATCTAAATTTGCTGGTGGATCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCAATATAAG
CAGCATTGTTAGAGATGTTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGGCATGTCAGGTTCCCTTGCTCTGGACAGACCTACTGACCAGATGCATGAAATTGTGACTTTACTGAACGAGCTTCTTCCACCTTTGCCTGAAGGGACAATTTCTCTTCCTCCCAATTGTAGTTTGTGTTCTAAATGTCCTGCAAAGAATCATGTAC
CTGATAATAATATTGGTGAAGATTTAAATGGAACTATGAGAGAAATATCTACTCGTGAAAAGCTGTTGCGTGATCAACCAGAGCTTTTGTTGCAATTTGGAATGGATCTTTTTCCTGTCCTAGTCCAGGTTTATGGCTCAAGTGTGAACACTCCTATTCGACACAACACTATTGCTATCATTAGCAAGTTGGTGTATTTT
AGCACTGCTGAAATGCTCATATCTTTGCTTAACGTGACAAACATATCAAGCTTTTTGGCTGGTATTCTAGCATGGAAAGATCCCCATGTTTTGGTCCCTGCTCTGCAGATTGCAGAAGTTCTGATACAAAAACTTCCTGAAACTTTTTCCAGGTTGTTTGTGAAAGAAGGGGTTGTTCATGCAATAGATACATTGATATC
AGCAGATCTGTCAAGTTCATCTTCAGTACAGGTCTCTGCCTCGCAGAAAGATGGTCTTTCAGGATCAGCAGTGCTAAATTCCACATGTAATATTCTGCATTCAGATAGATCAAACGGTGAAACAACTGGAGAGGAAGAATCGAGAAGTTCAAATGCTGGAAGAGTTGGTTCACCATTGCCCTCTGGAGACGAAACAATTG
CTATAATTAAGACAGATCTTCGGTCGACCATCCATGCTCATGCTAAACAGTTCAAAGATACATACTTCCCTACAGATTCAAGTATGGTTGATGGAGGAATGACAGAAAGCCTTTGCAATTTGAAAAGTCTTTGCATGAAGTTAAATGATGAATTGGAAGGCAAGGACAAAGCAGGAAGGCTTGTATCTGCTGATGATGAA
CAATTGCTGGTTGTTCTGGCTGAGATACTTGCAGAACTTGTTAAAGGTGACGGTGTTTCCACTTTCGAGTTTGTTGAAAGTGGGGTTATTGCATCTTTACTAAATTATTGTTCATGTGGAGCTTTGTCCAAACAGAACACAACAGATGCTGAATCAACTAGGGTTTTTCATCAGGCGTTAAAGAGGTTCAAGTTGTTTAC
CAGACTTGCTCTTCCAGTGAATGCTGAAGATGCGAAGGAAACTCCTTTAACAATCTTAATTCATAAACTGCAGGATGCATTATCCTCCATAGAATGTTTTCCTGTTAATCTTAGCCATGCACGGAGATCGCATGGTGGTAATGCAAATCTTTTAGCAGGATTGAGTACATTGTCCCAGCCTGTTAAACTGCGTTTTTGTA
GAGCAGAAGGCGAAACGTCTCTTCAAGATTATTCTTCAAATATGATACTCATTGATTCTTTGGCTAATTTGGCTGCTGTTGAAGAATTTCTTTGGCCTAGAGTTCAAATAGTTGAGGCATCCCTAAAATCTGCAGTAAATTTAAGCACTTCAGATGGCTGTGCAGGTGATTCTGGGGCAACTGACACATTATCCCCATCG
TCATCTGTGCCAGGAGAGTCTGAAAGACCTCTTTCAATCAGACCCAAGTCCTCAGCAGCAAGAGGAGGTTCTGCTGTGCAGGACTTAGATGGTTCAAATGCAAGCTCTTCAAAGGGGAAGGAAAAAGCTGTTTCAAAAATTGACATAGAAGAGGCAGAGGCTTCACAGACAAGAATTGCTACTCGTACAAGCATAGTGTC
TGACAGAGTTTCAGAGTCAAAGCAACCCCAGAGAGAATCTGCACCTGAGGAAGAGGACCTTGATGTCTCTCCCATTGAAATGGATGAGTCTGTAGCAATGGAAGAAGATATTTCTGAAGATGAAGATGATGAATATGAAGAACATCTGGAAGAACGTTTGTTGTTTGGAGAAGGACAGGCCTCTGCATCTATGATGGAGA
GGGTGCATGATGTGCAATTAGGAGATCACGATGAGATTGTTACAACTGTTGAAACTGCATTCCAACCATCTCCTGGAGTTGATAGTAGGTCCACCATGTTGGTAAGTGGTCAAGGAAGTGAATTCATGACAGGTGTCTCTTTAGTCTCAAGAGGATCATTGTCCTTTGCCAGAGCTGCTATGTCTAGACTCGTATCTATT
AGTTGCAAAAGTGCTAGAGGGAGCAGAGATTCACAGACCTTGCCAGTAGTGGACCCATCCATGGTTCCTCCTAGATTGAACTTTTTCATGGGTGGGAAACGACTTGATAGGTCATTAACAATTTATCAAGCTATTCAGCGGCAAGCAGGGGCAGATGAAGCAGATGACAAAATGTATACAGGTTTGGACTATGCTCCTGT
CGAGGGGCGGAGGCTCTGGGCTGAAGTTTACAATATTACATATCAGAGAATTACCACTCCAGAAGAAAATGATATTGCAGGAAAATCTGCAGGTTCTTCTTCTCTCAGGCCTCTTAAGAATTCTACAGCTAGTAGCTCAAGGCTTCAGACTTCATGGGAACGATTGTCATTTTTAGACAGTATCTTGCAAGGAGAGCTTC
CTTGTGACCTTGAAAAATCAAATTGTACATATGATATTTTGTTGTTACTTAGAGTTTTGGAAGGTCTTAATCAGTTATCTCCTCGTCTTAGGGCTCTAGATGCATCTGATGCATTTGCAGAAGGGAAAATAAGTAACTTTCAAGAATTGAAAGTCAAAGGTCCTGTTGTCCCTCAAAAACAGTTCTTGAGTAGCAAACTA
ACTCCAAAACTAGCACGGCAAATGCAAGATCCTCTGGCACTATTCAGTGGAGGTCTGCCTTCTTGGTGTCACCAATTAACCAAAGCATGCCCATTCTTGTTTCCATTTGAGACAAGAAGGCAATACTTTTATTCACTTTCATTTGGGTTATCTCGTGCCCTACAGCGCTTGCAGCAGCAACAGAGTGCTGAAAATTCAAA
CTTCAATAATAATCTAGAAGTACGAGTTGGTAGGGTGCAGCGTCAAAAGGTTCGTGTTTATAGGCACCGTATACTGGATTCAGCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAGTTCTATACTCTTCTTAGCCATG
AATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTTCTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGCAGGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTTATTTCCTCGCCCATGGCCACCT
AATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAATTATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCTCTTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTGATCCAGAGCTTGGAACAACTTT
GCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATCATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTTACTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATGGTTGATATTGATAACTTGGAAG
AATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCATGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATCAGGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGGCTCAATCACTTGTGGATCACATCAAATTTGATCAT
GGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATCCTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTTTTGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGAAACATTCAACAGGAGCAGATGGGGGGATCAAGGGAACTGC
TCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGTAATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTTGCATGTTGATGTGTAAACAATG
GTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTCCAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCCATATGCAAGCCATGTTTAGCAG
CAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTTACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCCCTTTTGTGCATATAATGAAAAT
TTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCCCACTTATCTTCTAAATAATTGTATTCTCGAAGTTATGCTGAAAATGAAACTTAACACTACTTACTTTCTCTGTTAGCAGTGATCAAGTATTGAGTTTCTATTCAAATAAGCAGATAAAATTGAG
Intron 3 GTAATTTATT ... TGTTCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.3 | 77.2 | 0 | 32 |
| A2 | 27.24 | 66.8 | 0 | 25 |
| A3 | 26.37 | 67 | 1 | 24 |
| A4 | 19.7 | 93.8 | 0 | 23 |
| A5 | 32.41 | 37.5 | 1 | 18 |
| A6 | 12.73 | 21.1 | 0 | 3 |
| A7 | 14.81 | 17.6 | 0 | 3 |
| A8 | 9.05 | 10.6 | 0 | 1 |
| A9 | 20.12 | 20.5 | 0 | 5 |
| A10 | 21.21 | 30.7 | 0 | 8 |
>TRINITY_DN102923_c5_g2_i11 from sample A4 / Example spliced isoformGAACTGTGATAGTTAACCAGGGGTATCATGGGGACCTTGGTTAGGTTGCTTCAATGGGGGACTTCTAGAAGTAGAGAGCATGTCGTGGCTATCTTGTCTTCGCTCTGTTGCAATAGCAGGCAGAGGTCCACGGAGGCTCGTGAGGTTGGGGCGCTGGAACATTGCAGGGAGCTTATCGACGATGGGACGATGACTCTCCG
ACCTGGCAGAAGCTCTAGTGGGTAGCATTGTCCACCGCTGCAAACATTTGCAAGAAGCTTCCATCTGATGCAGCGGATTTTGTAATGGCTGCTATGCCAAGATTGAGAAATCTTCTTCAATTTCATGATTCAAAGGTAGTAGAACATGCATCTGTTTGTTTGACTCGAATTGTAGAATCTTTTGCCTCTTCTTCTGAGAA
ATTAGATGAACTCTGTAATCATGGCTTGGTTAGTGAAGCAGTAAGACTGATATCTGTCGGTACTTCAGCAAGTGGCCAGGGATCTCTCAGTACATCAACATTTACGGGTTTGATTAGGATTCTATCTAAATTTGCTGGTGGATCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCAATATAAGCAGCATTGTTAGAGATG
TTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGGCGGCTAAAGCTACAGATAGTGTTAACATATTGTTATCTAATCATCATGCTCGAGAGGTAAGTGACAAGGCAATTTCAATCTAAGTATACATCGGGCTATCACCATTGAACGAGCATTTGCATCGTTTAACTTTGAGCATTTAAATCATTTTTATTTCAAGATCGTCAAAGTT
AAAACATACCGATTTTAAGTGTATTAAGAGCACCCGGAATCATGGTTTTATATATGGGATACACCTATTATATATAAAGGATTCGATCCTTCACAGGCCTCATATTGCTTAAGACCAAAGGGGG
>TRINITY_DN102923_c5_g2_i20 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTCAATTTCATGATTCAAAGgtaatttattttttgcatattctcctttcatattgcagttatgagcatgttcgtaaagatggcagaacattgaatttatatttgtttatgtgctgtattcaatttgtgtttatcctttgaatgtctgccttgaagtaaatttcttcgtccggctaatgataaatatttgttcaacagGTA
GTAGAACATGCATCTGTTTGTTTGACTCGAATTGTAGAATCTTTTGCCTCTTCTTCTGAGAAATTAGATGAACTCTGTAATCATGGCTTGGTTAGTGAAGCAGTAAGACTGATATCTGTCGGTACTTCAGCAAGTGGCCAGGGATCTCTCAGTACATCAACATTTACGGTATCGACATGAGTGCCGTATCTTATTCAGAA
ATTGGAAAGCTCTGTTAGTGCATAGTCTTATATTATCAATTGGCTTGCAGGGTTTGATTAGGATTCTATCTAAATTTGCTGGTGGATCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCAATATAAGCAGCATTGTTAGAGATGTTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGG
Intron 4 GTTGGGTTTT ... GTGGCTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.85 | 14 | 27 | 7 |
| A2 | 64.29 | 15 | 27 | 5 |
| A3 | 44.78 | 37 | 30 | 6 |
| A4 | 50 | 30 | 30 | 7 |
| A5 | 51.85 | 26 | 28 | 2 |
| A6 | 60 | 4 | 6 | 0 |
| A7 | 50 | 3 | 3 | 0 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | 33.33 | 6 | 3 | 0 |
| A10 | 50 | 5 | 5 | 0 |
>TRINITY_DN102923_c5_g2_i15 from sample A4 / Example spliced isoformCCCTCTACCCCCCACCTTCTACACAAAAGTAAAATCTCTGCAGAATAATAATTAATTTCCTGATGGGCTGAGAAAGGGAAATTGCAGGATCGCTTCTGTATAGAAATTCCAGTGCTTATTGGAGGAAGCCGTGAAGGTCATTTGGTATTCATTTGTTTTTCATCAAATTCTTGAGGGTCAAATTTGCCAGGGAAGGGGAG
AGTGGGGTGGTGTGAGTTTTCTACTGTCAATTTTGCTTGTTTGAAGGGTTTGCTGAGGGGATTGTAAGAGAGACGATGACATAAAACCCTGACTCCAATTGCAAATGAATTTTGCTTCAGATTTAATTTTAGCCCGCCCTGCACAGTTTTGGTGGGGGCGGATTCTTTTATGGAAACACGAAGCCGAAAACGAGCGGAGG
CCATAGCGCAAAGGCCATCCTCTGCCCAGTCATCCAGGGCCAACAAACGAGCTCGTCTTTCCTCTGCGTTTGCATCTGCTGCCTCGATTCCACCGCGTTCTCGCTTGCCGATCAGACCACTCTCCGGCTCAACTATAGCGAGCTTGCGCCCTGAATTGGCTATTGTGGATTTGGAAATGGAGTCCTCTGGTTCAGCCTCA
AAGAGAGAGCACGATGACAAAGGGATTGAAAAGGGTAACGAGAATGAAAGAGGAGGGGGAATTAGTAACAATGATTCAGATGATGATCATGAAGATGAAGGTGTTAGCAGTCTTCAGCAGAATATTACTTCTGCAAGCAGTGCACTAGAGGGCCTTTTAAGGAAACTCGGGGCCAGGCGAGATGATCTTATGCCTGCCTC
GCAGAGCAGCAGATTGAAAAGAATACTGTCAGGATTGAGGGCCGAGGCTGAGATTGGTCGTCAGATTGACGCTCTTACGCAGCTTTGTGAAATTCTATCCATTTCCACCGAGGATTCTTTGAGCAGCTTCTCAGTGGATTCATTTGTTCCAGTCCTAGTGACATTACTTAACCAGGAGAGCAATCCAGAAATAATGCTTC
TGGCTGCTAGAGCTTTAACTCATCTTTGCGATGTTCTTCCCCAGGCCTGTGTATCGGTTGTGCACTATGGTGCTGTTCCTTCTTTCTGCGATCGGTTGCTCACTATCGAGTATATGGATTTGGCAGAACAATCTTTAGAAGCACTCGAGAAGATATCTCACGAGCACCCCATTGCATGCCTTCGTGCTGGTGCTCTAATG
GCAGTGCTATCTTATCTGGATTTTTTCTCCAGCGGTATTCAGAGGGTAGCATTGTCCACCGCTGCAAACATTTGCAAGAAGCTTCCATCTGATGCAGCGGATTTTGTAATGGTTGCTGTGCCAAGATTGACAAATCTTCTTCAATTTCATGATTCAAAGGTAGTAGAACATGCATCTGTTTGTTTGACTCGAATTGTAGA
ATCTTTTGCCTCTTCTTCTGAGAAATTAGATGAACTCTGTAATCATGGCTTGGTTAGTGAAGCAGTAAGACTGATATCTGTCGGTACTTCAGCAAGTGGCCAGGGATCTCTCAGTACATCAACATTTACGGGTTTGATTAGGATTCTATCTAAATTTGCTGGTGGATCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCA
ATATAAGCAGCATTGTTAGAGATGTTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGGCATGTCAGGTTCCCTTGCTCTGGACAGACCTACTGACCAGATGCATGAAATTGTGACTTTACTGAACGAGCTTCTTCCACCTTTGCCTGAAGGGACAATTTCTCTTCCTCCCAATTGTAGTTTGTGTTCTAAATGTCCTGCAAAGAAT
CATGTACCTGATAATAATATTGGTGAAGATTTAAATGGAACTATGAGAGAAATATCTACTCGTGAAAAGCTGTTGCGTGATCAACCAGAGCTTTTGTTGCAATTTGGAATGGATCTTTTTCCTGTCCTAGTCCAGGTTTATGGCTCAAGTGTGAACACTCCTATTCGACACAACACTATTGCTATCATTAGCAAGTTGGT
GTATTTTAGCACTGCTGAAATGCTCATATCTTTGCTTAACGTGACAAACATATCAAGCTTTTTGGCTGGTATTCTAGCATGGAAAGATCCCCATGTTTTGGTCCCTGCTCTGCAGATTGCAGAAGTTCTGATACAAAAACTTCCTGAAACTTTTTCCAGGTTGTTTGTGAAAGAAGGGGTTGTTCATGCAATAGATACAT
TGATATCAGCAGATCTGTCAAGTTCATCTTCAGTACAGGTCTCTGCCTCGCAGAAAGATGGTCTTTCAGGATCAGCAGTGCTAAATTCCACATGTAATATTCTGCATTCAGATAGATCAAACGGTGAAACAACTGGAGAGGAAGAATCGAGAAGTTCAAATGCTGGAAGAGTTGGTTCACCATTGCCCTCTGGAGACGAA
ACAATTGCTATAATTAAGACAGATCTTCGGTCGACCATCCATGCTCATGCTAAACAGTTCAAAGATACATACTTCCCTACAGATTCAAGTATGGTTGATGGAGGAATGACAGAAAGCCTTTGCAATTTGAAAAGTCTTTGCATGAAGTTAAATGATGAATTGGAAGGCAAGGACAAAGCAGGAAGGCTTGTATCTGCTGA
TGATGAACAATTGCTGGTTGTTCTGGCTGAGATACTTGCAGAACTTGTTAAAGGTGACGGTGTTTCCACTTTCGAGTTTGTTGAAAGTGGGGTTATTGCATCTTTACTAAATTATTGTTCATGTGGAGCTTTGTCCAAACAGAACACAACAGATGCTGAATCAACTAGGGTTTTTCATCAGGCGTTAAAGAGGTTCAAGT
TGTTTACCAGACTTGCTCTTCCAGTGAATGCTGAAGATGCGAAGGAAACTCCTTTAACAATCTTAATTCATAAACTGCAGGATGCATTATCCTCCATAGAATGTTTTCCTGTTAATCTTAGCCATGCACGGAGATCGCATGGTGGTAATGCAAATCTTTTAGCAGGATTGAGTACATTGTCCCAGCCTGTTAAACTGCGT
TTTTGTAGAGCAGAAGGCGAAACGTCTCTTCAAGATTATTCTTCAAATATGATACTCATTGATTCTTTGGCTAATTTGGCTGCTGTTGAAGAATTTCTTTGGCCTAGAGTTCAAATAGTTGAGGCATCCCTAAAATCTGCAGTAAATTTAAGCACTTCAGATGGCTGTGCAGGTGATTCTGGGGCAACTGACACATTATC
CCCATCGTCATCTGTGCCAGGAGAGTCTGAAAGACCTCTTTCAATCAGACCCAAGTCCTCAGCAGCAAGAGGAGGTTCTGCTGTGCAGGACTTAGATGGTTCAAATGCAAGCTCTTCAAAGGGGAAGGAAAAAGCTGTTTCAAAAATTGACATAGAAGAGGCAGAGGCTTCACAGACAAGAATTGCTACTCGTACAAGCA
TAGTGTCTGACAGAGTTTCAGAGTCAAAGCAACCCCAGAGAGAATCTGCACCTGAGGAAGAGGACCTTGATGTCTCTCCCATTGAAATGGATGAGTCTGTAGCAATGGAAGAAGATATTTCTGAAGATGAAGATGATGAATATGAAGAACATCTGGAAGAACGTTTGTTGTTTGGAGAAGGACAGGCCTCTGCATCTATG
ATGGAGAGGGTGCATGATGTGCAATTAGGAGATCACGATGAGATTGTTACAACTGTTGAAACTGCATTCCAACCATCTCCTGGAGTTGATAGTAGGTCCACCATGTTGGTAAGTGGTCAAGGAAGTGAATTCATGACAGGTGTCTCTTTAGTCTCAAGAGGATCATTGTCCTTTGCCAGAGCTGCTATGTCTAGACTCGT
ATCTATTAGTTGCAAAAGTGCTAGAGGGAGCAGAGATTCACAGACCTTGCCAGTAGTGGACCCATCCATGGTTCCTCCTAGATTGAACTTTTTCATGGGTGGGAAACGACTTGATAGGTCATTAACAATTTATCAAGCTATTCAGCGGCAAGCAGGGGCAGATGAAGCAGATGACAAAATGTATACAGGTTTGGACTATG
CTCCTGTCGAGGGGCGGAGGCTCTGGGCTGAAGTTTACAATATTACATATCAGAGAATTACCACTCCAGAAGAAAATGATATTGCAGGAAAATCTGCAGGTTCTTCTTCTCTCAGGCCTCTTAAGAATTCTACAGCTAGTAGCTCAAGGCTTCAGACTTCATGGGAACGATTGTCATTTTTAGACAGTATCTTGCAAGGA
GAGCTTCCTTGTGACCTTGAAAAATCAAATTGTACATATGATATTTTGTTGTTACTTAGAGTTTTGGAAGGTCTTAATCAGTTATCTCCTCGTCTTAGGGCTCTAGATGCATCTGATGCATTTGCAGAAGGGAAAATAAGTAACTTTCAAGAATTGAAAGTCAAAGGTCCTGTTGTCCCTCAAAAACAGTTCTTGAGTAG
CAAACTAACTCCAAAACTAGCACGGCAAATGCAAGATCCTCTGGCACTATTCAGTGGAGGTCTGCCTTCTTGGTGTCACCAATTAACCAAAGCATGCCCATTCTTGTTTCCATTTGAGACAAGAAGGCAATACTTTTATTCACTTTCATTTGGGTTATCTCGTGCCCTACAGCGCTTGCAGCAGCAACAGAGTGCTGAAA
ATTCAAACTTCAATAATAATCTAGAAGTACGAGTTGGTAGGGTGCAGCGTCAAAAGGTTCGTGTTTATAGGCACCGTATACTGGATTCAGCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAGTTCTATACTCTTCTT
AGCCATGAATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTTCTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGCAGGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTTATTTCCTCGCCCATG
GCCACCTAATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAATTATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCTCTTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTGATCCAGAGCTTGGAA
CAACTTTGCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATCATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTTACTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATGGTTGATATTGATAAC
TTGGAAGAATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCATGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATCAGGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGGCTCAATCACTTGTGGATCACATCAAATT
TGATCATGGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATCCTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTTTTGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGAAACATTCAACAGGAGCAGATGGGGGGATCAAGG
GAACTGCTCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGTAATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTTGCATGTTGATGTGTA
AACAATGGTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTCCAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCCATATGCAAGCCATGT
TTAGCAGCAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTTACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCCCTTTTGTGCATATAA
TGAAAATTTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCCCACTTATCTTCTAAATAATTGTATTCTCGAAGTTATGCTGAAAATGAAACTTAACACTACTTACTTTCTCTGTTAGCAGTGATCAAGTATTGAGTTTCTATTCAAATAAGCAGATAAAATTGAG
>TRINITY_DN102923_c5_g2_i31 from sample A4 / Example unspliced isoform:AAAATGGTAACTGTAACTATTCGTATATTTTATGTTTATCATTGAATTTTGGTATACTATATCACCAAGTTTGCTGGGCATGGGCTTGTAGATGTCAATAATTTGGCAGGTTTGGGGTGGAGTAATCATTAAATTTGGGAGCATTGAAAGTTCTGACCAAGAGTGAATGGATCCAGGGAAATTGCAGGATCGCTTCTGTA
TAGAAATTCCAGTGCTTATTGGAGGAAGCCGTGAAGGTCATTTGGTATTCATTTGTTTTTCATCAAATTCTTGAGGGTCAAATTTGCCAGgttgggtttttaatcccttattaaattttgtcctttcattgatttatgtttgcaggtatgtttgtttgatgggtttctgttgtcacgcccaattgggttaatttctgttc
ttaaattcgtattgggtttgttgaatttgggtgtttttgaaaaggcattttagatttttatctgttttcattatattctttgcttccatgaatgctgtgaatgcgtttgattgataggtttatgatgattttgcaaaatgaacaatttgttggcttactttttatttgtgtgtgtggctttagGGAAGGGGAGAGTGGGG
TGGTGTGAGTTTTCTACTGTCAATTTTGCTTGTTTGAAGGGTTTGCTGAGGGGATTGTAAGAGAGACGATGACATAAAACCCTGACTCCAATTGCAAATGAATTTTGCTTCAGATTTAATTTTAGCCCGCCCTGCACAGTTTTGGTGGGGGCGGATTCTTTTATGGAAACACGAAGCCGAAAACGAGCGGAGGCCATAGC
GCAAAGGCCATCCTCTGCCCAGTCATCCAGGGCCAACAAACGAGCTCGTCTTTCCTCTGCGTTTGCATCTGCTGCCTCGATTCCACCGCGTTCTCGCTTGCCGATCAGACCACTCTCCGGCTCAACTATAGCGAGCTTGCGCCCTGAATTGGCTATTGTGGATTTGGAAATGGAGTCCTCTGGTTCAGCCTCAAAGAGAG
AGCACGATGACAAAGGGATTGAAAAGGGTAACGAGAATGAAAGAGGAGGGGGAATTAGTAACAATGATTCAGATGATGATCATGAAGATGAAGGTGTTAGCAGTCTTCAGCAGAATATTACTTCTGCAAGCAGTGCACTAGAGGGCCTTTTAAGGAAACTCGGGGCCAGGCGAGATGATCTTATGCCTGCCTCGCAGAGC
AGCAGATTGAAAAGAATACTGTCAGGATTGAGGGCCGAGGCTGAGATTGGTCGTCAGATTGACGCTCTTACGCAGCTTTGTGAAATTCTATCCATTTCCACCGAGGATTCTTTGAGCAGCTTCTCAGTGGATTCATTTGTTCCAGTCCTAGTGACATTACTTAACCAGGAGAGCAATCCAGAAATAATGCTTCTGGCTGC
TAGAGCTTTAACTCATCTTTGCGATGTTCTTCCCCAGGCCTGTGTATCGGTTGTGCACTATGGTGCTGTTCCTTCTTTCTGCGATCGGTTGCTCACTATCGAGTATATGGATTTGGCAGAACAATCTTTAGAAGCACTCGAGAAGATATCTCACGAGCACCCCATTGCATGCCTTCGTGCTGGTGCTCTAATGGCAGTGC
TATCTTATCTGGATTTTTTCTCCAGCGGTATTCAGAGGGTAGCATTGTCCACCGCTGCAAACATTTGCAAGAAGCTTCCATCTGATGCAGCGGATTTTGTAATGGTTGCTGTGCCAAGATTGACAAATCTTCTTCAATTTCATGATTCAAAGGTAGTAGAACATGCATCTGTTTGTTTGACTCGAATTGTAGAATCTTTT
GCCTCTTCTTCTGAGAAATTAGATGAACTCTGTAATCATGGCTTGGTTAGTGAAGCAGTAAGACTGATATCTGTCGGTACTTCAGCAAGTGGCCAGGGATCTCTCAGTACATCAACATTTACGGGTTTGATTAGGATTCTATCTAAATTTGCTGGTGGATCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCAATATAAG
CAGCATTGTTAGAGATGTTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGGCATGTCAGGTTCCCTTGCTCTGGACAGACCTACTGACCAGATGCATGAAATTGTGACTTTACTGAACGAGCTTCTTCCACCTTTGCCTGAAGGGACAATTTCTCTTCCTCCCAATTGTAGTTTGTGTTCTAAATGTCCTGCAAAGAATCATGTAC
CTGATAATAATATTGGTGAAGATTTAAATGGAACTATGAGAGAAATATCTACTCGTGAAAAGCTGTTGCGTGATCAACCAGAGCTTTTGTTGCAATTTGGAATGGATCTTTTTCCTGTCCTAGTCCAGGTTTATGGCTCAAGTGTGAACACTCCTATTCGACACAACACTATTGCTATCATTAGCAAGTTGGTGTATTTT
AGCACTGCTGAAATGCTCATATCTTTGCTTAACGTGACAAACATATCAAGCTTTTTGGCTGGTATTCTAGCATGGAAAGATCCCCATGTTTTGGTCCCTGCTCTGCAGATTGCAGAAGTTCTGATACAAAAACTTCCTGAAACTTTTTCCAGGTTGTTTGTGAAAGAAGGGGTTGTTCATGCAATAGATACATTGATATC
AGCAGATCTGTCAAGTTCATCTTCAGTACAGGTCTCTGCCTCGCAGAAAGATGGTCTTTCAGGATCAGCAGTGCTAAATTCCACATGTAATATTCTGCATTCAGATAGATCAAACGGTGAAACAACTGGAGAGGAAGAATCGAGAAGTTCAAATGCTGGAAGAGTTGGTTCACCATTGCCCTCTGGAGACGAAACAATTG
CTATAATTAAGACAGATCTTCGGTCGACCATCCATGCTCATGCTAAACAGTTCAAAGATACATACTTCCCTACAGATTCAAGTATGGTTGATGGAGGAATGACAGAAAGCCTTTGCAATTTGAAAAGTCTTTGCATGAAGTTAAATGATGAATTGGAAGGCAAGGACAAAGCAGGAAGGCTTGTATCTGCTGATGATGAA
CAATTGCTGGTTGTTCTGGCTGAGATACTTGCAGAACTTGTTAAAGGTGACGGTGTTTCCACTTTCGAGTTTGTTGAAAGTGGGGTTATTGCATCTTTACTAAATTATTGTTCATGTGGAGCTTTGTCCAAACAGAACACAACAGATGCTGAATCAACTAGGGTTTTTCATCAGGCGTTAAAGAGGTTCAAGTTGTTTAC
CAGACTTGCTCTTCCAGTGAATGCTGAAGATGCGAAGGAAACTCCTTTAACAATCTTAATTCATAAACTGCAGGATGCATTATCCTCCATAGAATGTTTTCCTGTTAATCTTAGCCATGCACGGAGATCGCATGGTGGTAATGCAAATCTTTTAGCAGGATTGAGTACATTGTCCCAGCCTGTTAAACTGCGTTTTTGTA
GAGCAGAAGGCGAAACGTCTCTTCAAGATTATTCTTCAAATATGATACTCATTGATTCTTTGGCTAATTTGGCTGCTGTTGAAGAATTTCTTTGGCCTAGAGTTCAAATAGTTGAGGCATCCCTAAAATCTGCAGTAAATTTAAGCACTTCAGATGGCTGTGCAGGTGATTCTGGGGCAACTGACACATTATCCCCATCG
TCATCTGTGCCAGGAGAGTCTGAAAGACCTCTTTCAATCAGACCCAAGTCCTCAGCAGCAAGAGGAGGTTCTGCTGTGCAGGACTTAGATGGTTCAAATGCAAGCTCTTCAAAGGGGAAGGAAAAAGCTGTTTCAAAAATTGACATAGAAGAGGCAGAGGCTTCACAGACAAGAATTGCTACTCGTACAAGCATAGTGTC
TGACAGAGTTTCAGAGTCAAAGCAACCCCAGAGAGAATCTGCACCTGAGGAAGAGGACCTTGATGTCTCTCCCATTGAAATGGATGAGTCTGTAGCAATGGAAGAAGATATTTCTGAAGATGAAGATGATGAATATGAAGAACATCTGGAAGAACGTTTGTTGTTTGGAGAAGGACAGGCCTCTGCATCTATGATGGAGA
GGGTGCATGATGTGCAATTAGGAGATCACGATGAGATTGTTACAACTGTTGAAACTGCATTCCAACCATCTCCTGGAGTTGATAGTAGGTCCACCATGTTGGTAAGTGGTCAAGGAAGTGAATTCATGACAGGTGTCTCTTTAGTCTCAAGAGGATCATTGTCCTTTGCCAGAGCTGCTATGTCTAGACTCGTATCTATT
AGTTGCAAAAGTGCTAGAGGGAGCAGAGATTCACAGACCTTGCCAGTAGTGGACCCATCCATGGTTCCTCCTAGATTGAACTTTTTCATGGGTGGGAAACGACTTGATAGGTCATTAACAATTTATCAAGCTATTCAGCGGCAAGCAGGGGCAGATGAAGCAGATGACAAAATGTATACAGGTTTGGACTATGCTCCTGT
CGAGGGGCGGAGGCTCTGGGCTGAAGTTTACAATATTACATATCAGAGAATTACCACTCCAGAAGAAAATGATATTGCAGGAAAATCTGCAGGTTCTTCTTCTCTCAGGCCTCTTAAGAATTCTACAGCTAGTAGCTCAAGGCTTCAGACTTCATGGGAACGATTGTCATTTTTAGACAGTATCTTGCAAGGAGAGCTTC
CTTGTGACCTTGAAAAATCAAATTGTACATATGATATTTTGTTGTTACTTAGAGTTTTGGAAGGTCTTAATCAGTTATCTCCTCGTCTTAGGGCTCTAGATGCATCTGATGCATTTGCAGAAGGGAAAATAAGTAACTTTCAAGAATTGAAAGTCAAAGGTCCTGTTGTCCCTCAAAAACAGTTCTTGAGTAGCAAACTA
ACTCCAAAACTAGCACGGCAAATGCAAGATCCTCTGGCACTATTCAGTGGAGGTCTGCCTTCTTGGTGTCACCAATTAACCAAAGCATGCCCATTCTTGTTTCCATTTGAGACAAGAAGGCAATACTTTTATTCACTTTCATTTGGGTTATCTCGTGCCCTACAGCGCTTGCAGCAGCAACAGAGTGCTGAAAATTCAAA
CTTCAATAATAATCTAGAAGTACGAGTTGGTAGGGTGCAGCGTCAAAAGGTTCGTGTTTATAGGCACCGTATACTGGATTCAGCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAGTTCTATACTCTTCTTAGCCATG
AATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTTCTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGCAGGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTTATTTCCTCGCCCATGGCCACCT
AATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAATTATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCTCTTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTGATCCAGAGCTTGGAACAACTTT
GCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATCATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTTACTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATGGTTGATATTGATAACTTGGAAG
AATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCATGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATCAGGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGGCTCAATCACTTGTGGATCACATCAAATTTGATCAT
GGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATCCTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTTTTGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGAAACATTCAACAGGAGCAGATGGGGGGATCAAGGGAACTGC
TCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGTAATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTTGCATGTTGATGTGTAAACAATG
GTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTCCAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCCATATGCAAGCCATGTTTAGCAG
CAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTTACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCCCTTTTGTGCATATAATGAAAAT
TTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCCCACTTATCTTCTAAATAATTGTATTCTCGAAGTTATGCTGAAAATGAAACTTAACACTACTTACTTTCTCTGTTAGCAGTGATCAAGTATTGAGTTTCTATTCAAATAAGCAGATAAAATTGAG
Intron 5 GTTAGTACTT ... CTCTTAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 62 | 17 | 14 |
| A2 | 18.75 | 65 | 21 | 9 |
| A3 | 25.98 | 47 | 21 | 12 |
| A4 | 25.19 | 49 | 22 | 11 |
| A5 | 21.74 | 27 | 3 | 12 |
| A6 | 21.39 | 305 | 87 | 79 |
| A7 | 20.6 | 212 | 62 | 48 |
| A8 | 21.33 | 260 | 75 | 66 |
| A9 | 20.41 | 195 | 47 | 53 |
| A10 | 20.35 | 137 | 40 | 30 |
>TRINITY_DN109275_c1_g5_i2 from sample A3 / Example spliced isoformGCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAGTTCTATACTCTTCTTAGCCATGAATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTTCTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGCA
GGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTTATTTCCTCGCCCATGGCCACCTAATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAATTATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCTC
TTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTGATCCAGAGCTTGGAACAACTTTGCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATCATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTTA
CTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATGGTTGATATTGATAACTTGGAAGAATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCATGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATCA
GGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGGCTCAATCACTTGTGGATCACATCAAATTTGATCATGGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATCCTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTTT
TGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGAAACATTCAACAGGAGCAGATGGGGGGATCAAGGGAACTGCTCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGTA
ATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTTGCATGTTGATGTGTAAACAATGGTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTCC
AGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCCATATGCAAGCCATGTTTAGCAGCAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTTA
CTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCCCTTTTGTGCATATAATGAAAATTTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCC
>TRINITY_DN109275_c1_g5_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:GCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAGTTCTATACTCTTCTTAGCCATGAATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTTCTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGCA
GGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTTATTTCCTCGCCCATGGCCACCTAATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAATTATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCTC
TTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTGATCCAGAGCTTGGAACAACTTTGCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATCATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTTA
CTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATGGTTGATATTGATAACTTGGAAGAATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCATGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATCA
GGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGgttagtacttatgcactttccttttatgtattgtatggaaatttgtagtgtcacagttggaagtctttttatgcaatttttaggtccccgaggatgatcattagttgtattcctctta
gcagGCTCAATCACTTGTGGATCACATCAAATTTGATCATGGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATCCTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTTTTGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGA
AACATTCAACAGGAGCAGATGGGGGGATCAAGGGAACTGCTCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGTAATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTT
TGGATGAAAGAAAGAGTTGCATGTTGATGTGTAAACAATGGTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTCCAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCT
GGCAACAATTGTTGTTCCATATGCAAGCCATGTTTAGCAGCAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTTACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTT
GAGCATTTGTCGCTATCCCTTTTGTGCATATAATGAAAATTTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCC
Intron 6 GTAAGTTTAG ... TTGTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.77 | 69 | 0 | 17 |
| A2 | 14.86 | 63 | 2 | 11 |
| A3 | 13.21 | 46 | 0 | 7 |
| A4 | 9.52 | 57 | 0 | 6 |
| A5 | 18.18 | 27 | 1 | 6 |
| A6 | 21 | 365 | 6 | 97 |
| A7 | 18.92 | 240 | 1 | 56 |
| A8 | 19.05 | 289 | 0 | 68 |
| A9 | 18.53 | 255 | 2 | 58 |
| A10 | 21.69 | 130 | 3 | 36 |
>TRINITY_DN113548_c5_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoformCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCAATATAAGCAGCATTGTTAGAGATGTTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGGCATGTCAGGTTCCCTTGCTCTGGACAGACCTACTGACCAGATGCATGAAATTGTGACTTTACTGAACGAGCTTCTTCCACCTTTGCCTGAAGGGACAATTTCTCTTCCTCCCAAT
TGTAGTTTGTGTTCTAAATGTCCTGCAAAGAATCATGTACCTGATAATAATATTGGTGAAGATTTAAATGGAACTATGAGAGAAATATCTACTCGTGAAAAGCTGTTGCGTGATCAACCAGAGCTTTTGTTGCAATTTGGAATGGATCTTTTTCCTGTCCTAGTCCAGGTTTATGGCTCAAGTGTGAACACTCCTATTCG
ACACAACACTATTGCTATCATTAGCAAGTTGGTGTATTTTAGCACTGCTGAAATGCTCATATCTTTGCTTAACGTGACAAACATATCAAGCTTTTTGGCTGGTATTCTAGCATGGAAAGATCCCCATGTTTTGGTCCCTGCTCTGCAGATTGCAGAAGTTCTGATACAAAAACTTCCTGAAACTTTTTCCAAGTTGTTTG
TGAAAGAAGGGGTTGTTCATGCAATAGATACATTGATATCAGCAGATCTGTCAAGTTCATCTTCAGTACAGGTCTCTGCCTCGCAGAAAGATGGTCTTTCAGGATCAGCAGTGCTAAATTCCACATGTAATATTCTGCATTCAGATAGATCAAACGGTGAAACAACTGGAGAGGAAGAATCGAGAAGTTCAAATGCTGGA
AGAGTTGGTTCACCATTGCCCTCTGGAGACGAAACAATTGCTATAATTAAGACAGATCTTCGGTCGACCATCCATGCTCATGCTAAACAGTTCAAAGATACATACTTCCCTACAGATTCAAGTATGGTTGATGGAGGAATGACAGAAAGCCTTTGCAATTTGAAAAGTCTTTGCATGAAGTTAAATGATGAATTGGAAGG
CAAGGACAAAGCAGGAAGGCTTGTATCTGCTGATGATGAACAATTGCTGGTTGTTCTGGCTGAGATACTTGCAGAACTTGTTAAAGGTGACGGTGTTTCCACTTTCGAGTTTGTTGAAAGTGGGGTTATTGCATCTTTACTAAATTATTGTTCATGTGGAGCTTTGTCCAAACAGAACACAACAGATGCTGAATCAACTA
GGGTTTTTCATCAGGCGTTAAAGAGGTTCAAGTTGTTTACCAGACTTGCTCTTCCAGTGAATGCTGAAGATGCGAAGGAAACTCCTTTAACAATCTTAATTCATAAACTGCAGGATGCATTATCCTCCATAGAATGTTTTCCTGTTAATCTTAGCCATGCACGGAGATCGCATGGTGGTAATGCAAATCTTTTAGCAGGA
TTGAGTACATTGTCCCAGCCTGTTAAACTGCGTTTTTGTAGAGCAGAAGGCGAAACGTCTCTTCAAGATTATTCTTCAAATATGATACTCATTGATTCTTTGGCTAATTTGGCTGCTGTTGAAGAATTTCTTTGGCCTAGAGTTCAAATAGTTGAGGCATCCCTAAAATCTGCAGTAAATTTAAGCACTTCAGATGGCTG
TGCAGGTGATTCTGGGGCAACTGACACATTATCCCCATCGTCATCTGTGCCAGGAGAGTCTGAAAGACCTCTTTCAATCAGACCCAAGTCCTCAGCAGCAAGAGGAGGTTCTGCTGTGCAGGACTTAGATGGTTCAAATGCAAGCTCTTCAAAGGGGAAGGAAAAAGCTGTTTCAAAAATTGACATAGAAGAGGCAGAGG
CTTCACAGACAAGAATTGCTACTCGTACAAGCATAGTGTCTGACAGAGTTTCAGAGTCAAAGCAACCCCAGAGAGAATCTGCACCTGAGGAAGAGGACCTTGATGTCTCTCCCATTGAAATGGATGAGTCTGTAGCAATGGAAGAAGATATTTCTGAAGATGAAGATGATGAATATGAAGAACATCTGGAAGAACGTTTG
GCCTCTGCATCTATGATGGAGAGGGTGCATGATGTGCAATTAGGAGATCACGATGAGATTGTTACAACTGTTGAAACTGCATTCCAACCATCTCCTGGAGTTGATAGTAGGTCCACCATGTTGGTAAGTGGTCAAGGAAGTGAATTCATGACAGGTGTCTCTTTAGTCTCAAGAGGATCATTGTCCTTTGCCAGAGCTGC
TATGTCTAGACTCGTATCTATTAGTTGCAAAAGTGCTAGAGGGAGCAGAGATTCACAGACCTTGTCAGTAGTGGACCCATCCATGGTTCCTCCTAGATTGAACTTTTTCATGGGTGGGAAACGACTTGATAGGTCATTAACAATTTATCAAGCTATTCAGCGGCAAGCAGGGGCAGATGAAGCAGATGACAAAATGTATA
CAGGTTTGGACTATGCTCCTGTCGAGGGGCGGAGGCTCTGGGCTGAAGTTTACAATATTACATATCAGAGAATTACCACTCCAGAAGAAAATGATATTGCAGGAAAATCTGCAGGTTCTTCTTCTCTCAGGCCTCTTAAGAATTCTACAGCTAGTAGCTCAAGGCTTCAGACTTCATGGGAACGATTGTCATTTTTAGAC
AGTATCTTGCAAGGAGAGCTTCCTTGTGACCTTGAAAAATCAAATTGTACATATGATATTTTGTTGTTACTTAGAGTTTTGGAAGGTCTTAATCAGTTATCTCCTCGTCTTAGGGCTCTAGATGCATCTGATGCATTTGCAGAAGGGAAAATAAGTAACTTTCAAGAATTGAAAGTCAAAGGTCCTGTTGTCCCTCAAAA
ACAGTTCTTGAGTAGCAAACTAACTCCAAAACTAGCACGGCAAATGCAAGATCCTCTGGCACTATTCAGTGGAGGTCTGCCTTCTTGGTGTCACCAATTAACCAAAGCATGCCCATTCTTGTTTCCATTTGAGACAAGAAGGCAATACTTTTATTCACTTTCATTTGGGTTATCTCGTGCCCTACAGCGCTTGCAGCAGC
AACAGAGTGCTGAAAATTCAAACTTCAATAATAATCTAGAAGTACGAGTTGGTAGGGTGCAGCGTCAAAAGGTTCGTGTTTATAGGCACCGTATACTGGATTCAGCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAG
TTCTATACTCTTCTTAGCCATGAATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTTCTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGCAGGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTT
ATTTCCTCGCCCATGGCCACCTAATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAATTATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCTCTTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTG
ATCCAGAGCTTGGAACAACTTTGCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATCATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTTACTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATG
GTTGATATTGATAACTTGGAAGAATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCATGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATCAGGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGGCTCAATCACTTGT
GGATCACATCAAATTTGATCATGGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATCCTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTTTTGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGAAACATTCAACAGGAGCAG
ATGGGGGGATCAAGGGAACTGCTCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGTAATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTT
GCATGTTGATGTGTAAACAATGGTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTCCAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCC
ATATGCAAGCCATGTTTAGCAGCAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTTACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCC
CTTTTGTGCATATAATGAAAATTTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCCCACTTATCTTCTAAATAATTGTATTCTCGAAGTTATGCTG
>TRINITY_DN113548_c5_g2_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:CAAAATTGACTATAGTTCGGAAAgtaagtttagtggatggatgctcttaaagtgggaagcaacagatttgggtaggctctaactagattttacatttgcttgtctgcagCATTCAACAGGAGCAGATGGGGGGATCAAGGGAACTGCTCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCA
AACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGTAATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTTGCATGTTGATGTGTAAACAATGGTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTA
ATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTCCAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCCATATGCAAGCCATGTTTAGCAGCAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGC
ATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTTACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCCCTTTTGTGCATATAATGAAAATTTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCC
CACTTATCTTCTAAATAATTGTATTCTCGAAGTTATGCTG
Intron 7 GTATCGACAT ... TGGCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.15 | 82 | 29 | 15 |
| A2 | 14.44 | 80 | 20 | 7 |
| A3 | 21.28 | 74 | 31 | 9 |
| A4 | 21.49 | 95 | 34 | 18 |
| A5 | 21.17 | 54 | 14 | 15 |
| A6 | 26.73 | 37 | 19 | 8 |
| A7 | 18.75 | 39 | 10 | 8 |
| A8 | 41.94 | 18 | 13 | 13 |
| A9 | 32.47 | 26 | 14 | 11 |
| A10 | 28.89 | 48 | 23 | 16 |
>TRINITY_DN102923_c5_g2_i11 from sample A4 / Example spliced isoformGAACTGTGATAGTTAACCAGGGGTATCATGGGGACCTTGGTTAGGTTGCTTCAATGGGGGACTTCTAGAAGTAGAGAGCATGTCGTGGCTATCTTGTCTTCGCTCTGTTGCAATAGCAGGCAGAGGTCCACGGAGGCTCGTGAGGTTGGGGCGCTGGAACATTGCAGGGAGCTTATCGACGATGGGACGATGACTCTCCG
ACCTGGCAGAAGCTCTAGTGGGTAGCATTGTCCACCGCTGCAAACATTTGCAAGAAGCTTCCATCTGATGCAGCGGATTTTGTAATGGCTGCTATGCCAAGATTGAGAAATCTTCTTCAATTTCATGATTCAAAGGTAGTAGAACATGCATCTGTTTGTTTGACTCGAATTGTAGAATCTTTTGCCTCTTCTTCTGAGAA
ATTAGATGAACTCTGTAATCATGGCTTGGTTAGTGAAGCAGTAAGACTGATATCTGTCGGTACTTCAGCAAGTGGCCAGGGATCTCTCAGTACATCAACATTTACGGGTTTGATTAGGATTCTATCTAAATTTGCTGGTGGATCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCAATATAAGCAGCATTGTTAGAGATG
TTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGGCGGCTAAAGCTACAGATAGTGTTAACATATTGTTATCTAATCATCATGCTCGAGAGGTAAGTGACAAGGCAATTTCAATCTAAGTATACATCGGGCTATCACCATTGAACGAGCATTTGCATCGTTTAACTTTGAGCATTTAAATCATTTTTATTTCAAGATCGTCAAAGTT
AAAACATACCGATTTTAAGTGTATTAAGAGCACCCGGAATCATGGTTTTATATATGGGATACACCTATTATATATAAAGGATTCGATCCTTCACAGGCCTCATATTGCTTAAGACCAAAGGGGG
>TRINITY_DN102923_c5_g2_i20 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTCAATTTCATGATTCAAAGGTAATTTATTTTTTGCATATTCTCCTTTCATATTGCAGTTATGAGCATGTTCGTAAAGATGGCAGAACATTGAATTTATATTTGTTTATGTGCTGTATTCAATTTGTGTTTATCCTTTGAATGTCTGCCTTGAAGTAAATTTCTTCGTCCGGCTAATGATAAATATTTGTTCAACAGGTA
GTAGAACATGCATCTGTTTGTTTGACTCGAATTGTAGAATCTTTTGCCTCTTCTTCTGAGAAATTAGATGAACTCTGTAATCATGGCTTGGTTAGTGAAGCAGTAAGACTGATATCTGTCGGTACTTCAGCAAGTGGCCAGGGATCTCTCAGTACATCAACATTTACGgtatcgacatgagtgccgtatcttattcagaa
attggaaagctctgttagtgcatagtcttatattatcaattggcttgcagGGTTTGATTAGGATTCTATCTAAATTTGCTGGTGGATCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCAATATAAGCAGCATTGTTAGAGATGTTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGG
Intron 8 GTGAGAAATT ... GATTCTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.69 | 103 | 48 | 27 |
| A2 | 25.35 | 81 | 27 | 28 |
| A3 | 23.19 | 101 | 34 | 27 |
| A4 | 24.02 | 87 | 28 | 27 |
| A5 | 26.19 | 31 | 13 | 9 |
| A6 | 26.15 | 24 | 7 | 10 |
| A7 | 18.56 | 68 | 19 | 12 |
| A8 | 13.79 | 25 | 4 | 4 |
| A9 | 20 | 36 | 7 | 11 |
| A10 | 27.49 | 62 | 14 | 33 |
>TRINITY_DN113548_c5_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoformGAAAGATGGTCTTTCAGGATCAGCAGTGCTAAATTCCACATGTAATATTCTGCATTCAGATAGATCAAACGGTGAAACAACTGGAGAGGAAGAATCGAGAAGTTCAAATGCTGGAAGAGTTGGTTCACCATTGCCCTCTGGAGACGAAACAATTGCTATAATTAAGACAGATCTTCGGTCGACCATCCATGCTCATGCTA
AACAGTTCAAAGATACATACTTCCCTACAGATTCAAGTATGGTTGATGGAGGAATGACAGAAAGCCTTTGCAATTTGAAAAGTCTTTGCATGAAGTTAAATGATGAATTGGAAGGCAAGGACAAAGCAGGAAGGCTTGTATCTGCTGATGATGAACAATTGCTGGTTGTTCTGGCTGAGATACTTGCAGAACTTGTTAAA
GGTGACGGTGTTTCCACTTTCGAGTTTGTTGAAAGTGGGGTTATTGCATCTTTACTAAATTATTGTTCATGTGGAGCTTTGTCCAAACAGAACACAACAGATGCTGAATCAACTAGGGTTTTTCATCAGGCGTTAAAGAGGTTCAAGTTGTTTACCAGACTTGCTCTTCCAGTGAATGCTGAAGATGCGAAGGAAACTCC
TTTAACAATCTTAATTCATAAACTGCAGGATGCATTATCCTCCATAGAATGTTTTCCTGTTAATCTTAGCCATGCACGGAGATCGCATGGTGGTAATGCAAATCTTTTAGCAGGATTGAGTACATTGTCCCAGCCTGTTAAACTGCGTTTTTGTAGAGCAGAAGGCGAAACGTCTCTTCAAGATTATTCTTCAAATATGA
TACTCATTGATTCTTTGGCTAATTTGGCTGCTGTTGAAGAATTTCTTTGGCCTAGAGTTCAAATAGTTGAGGCATCCCTAAAATCTGCAGTAAATTTAAGCACTTCAGATGGCTGTGCAGGTGATTCTGGGGCAACTGACACATTATCCCCATCGTCATCTGTGCCAGGAGAGTCTGAAAGACCTCTTTCAATCAGACCC
AAGTCCTCAGCAGCAAGAGGAGGTTCTGCTGTGCAGGACTTAGATGGTTCAAATGCAAGCTCTTCAAAGGGGAAGGAAAAAGCTGTTTCAAAAATTGACATAGAAGAGGCAGAGGCTTCACAGACAAGAATTGCTACTCGTACAAGCATAGTGTCTGACAGAGTTTCAGAGTCAAAGCAACCCCAGAGAGAATCTGCACC
TGAGGAAGAGGACCTTGATGTCTCTCCCATTGAAATGGATGAGTCTGTAGCAATGGAAGAAGATATTTCTGAAGATGAAGATGATGAATATGAAGAACATCTGGAAGAACGTTTGTTGTTTGGAGAAGGACAGGCCTCTGCATCTATGATGGAGAGGGTGCATGATGTGCAATTAGGAGATCACGATGAGATTGTTACAA
CTGTTGAAACTGCATTCCAACCATCTCCTGGAGTTGATAGTAGGTCCACCATGTTGGTAAGTGGTCAAGGAAGTGAATTCATGACAGGTGTCTCTTTAGTCTCAAGAGGATCATTGTCCTTTGCCAGAGCTGCTATGTCTAGACTCGTATCTATTAGTTGCAAAAGTGCTAGAGGGAGCAGAGATTCACAGACCTTGTCA
GTAGTGGACCCATCCATGGTTCCTCCTAGATTGAACTTTTTCATGGGTGGGAAACGACTTGATAGGTCATTAACAATTTATCAAGCTATTCAGCGGCAAGCAGGGGCAGATGAAGCAGATGACAAAATGTATACAGGTTTGGACTATGCTCCTGTCGAGGGGCGGAGGCTCTGGGCTGAAGTTTACAATATTACATATCA
GAGAATTACCACTCCAGAAGAAAATGATATTGCAGGAAAATCTGCAGGTTCTTCTTCTCTCAGGCCTCTTAAGAATTCTACAGCTAGTAGCTCAAGGCTTCAGACTTCATGGGAACGATTGTCATTTTTAGACAGTATCTTGCAAGGAGAGCTTCCTTGTGACCTTGAAAAATCAAATTGTACATATGATATTTTGTTGT
TACTTAGAGTTTTGGAAGGTCTTAATCAGTTATCTCCTCGTCTTAGGGCTCTAGATGCATCTGATGCATTTGCAGAAGGGAAAATAAGTAACTTTCAAGAATTGAAAGTCAAAGGTCCTGTTGTCCCTCAAAAACAGTTCTTGAGTAGCAAACTAACTCCAAAACTAGCACGGCAAATGCAAGATCCTCTGGCACTATTC
AGTGGAGGTCTGCCTTCTTGGTGTCACCAATTAACCAAAGCATGCCCATTCTTGTTTCCATTTGAGACAAGAAGGCAATACTTTTATTCACTTTCATTTGGGTTATCTCGTGCCCTACAGCGCTTGCAGCAGCAACAGAGTGCTGAAAATTCAAACTTCAATAATAATCTAGAAGTACGAGTTGGTAGGGTGCAGCGTCA
AAAGGTTCGTGTTTATAGGCACCGTATACTGGATTCAGCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAGTTCTATACTCTTCTTAGCCATGAATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTT
CTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGCAGGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTTATTTCCTCGCCCATGGCCACCTAATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAAT
TATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCTCTTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTGATCCAGAGCTTGGAACAACTTTGCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATC
ATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTTACTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATGGTTGATATTGATAACTTGGAAGAATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCA
TGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATCAGGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGGCTCAATCACTTGTGGATCACATCAAATTTGATCATGGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATC
CTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTTTTGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGAAACATTCAACAGGAGCAGATGGGGGGATCAAGGGAACTGCTCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAA
CTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGTAATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTTGCATGTTGATGTGTAAACAATGGTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATT
GAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTCCAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCCATATGCAAGCCATGTTTAGCAGCAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTG
TGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTTACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCCCTTTTGTGCATATAATGAAAATTTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTAT
TCACTTCCCACTTATCTTCTAAATAATTGTATTCTCGAAGTTATGCTG
>TRINITY_DN113548_c5_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAAAGATGGTCTTTCAGGATCAGCAGTGCTAAATTCCACATGTAATATTCTGCATTCAGATAGATCAAACGGTGAAACAACTGGAGAGGAAGAATCGAGAAGTTCAAATGCTGGAAGAGTTGGTTCACCATTGCCCTCTGGAGACGAAACAATTGCTATAATTAAGACAGATCTTCGGTCGACCATCCATGCTCATGCTA
AACAGTTCAAAGATACATACTTCCCTACAGATTCAAGTATGGTTGATGGAGGAATGACAGAAAGCCTTTGCAATTTGAAAAGTCTTTGCATGAAGTTAAATGATGAATTGGAAGGCAAGGACAAAGCAGGAAGGCTTGTATCTGCTGATGATGAACAATTGCTGGTTGTTCTGGCTGAGATACTTGCAGAACTTGTTAAA
GGTGACGGTGTTTCCACTTTCGAGTTTGTTGAAAGTGGGGTTATTGCATCTTTACTAAATTATTGTTCATGTGGAGCTTTGTCCAAACAGAACACAACAGATGCTGAATCAACTAGGGTTTTTCATCAGGCGTTAAAGAGGTTCAAGTTGTTTACCAGACTTGCTCTTCCAGTGAATGCTGAAGATGCGAAGGAAACTCC
TTTAACAATCTTAATTCATAAACTGCAGGATGCATTATCCTCCATAGAATGTTTTCCTGTTAATCTTAGCCATGCACGGAGATCGCATGGTGGTAATGCAAATCTTTTAGCAGGATTGAGTACATTGTCCCAGCCTGTTAAACTGCGTTTTTGTAGAGCAGAAGGCGAAACGTCTCTTCAAGATTATTCTTCAAATATGA
TACTCATTGATTCTTTGGCTAATTTGGCTGCTGTTGAAGAATTTCTTTGGCCTAGAGTTCAAATAGTTGAGGCATCCCTAAAATCTGCAGTAAATTTAAGCACTTCAGATGGCTGTGCAGGTGATTCTGGGGCAACTGACACATTATCCCCATCGTCATCTGTGCCAGGAGAGTCTGAAAGACCTCTTTCAATCAGACCC
AAGTCCTCAGCAGCAAGAGGAGGTTCTGCTGTGCAGGACTTAGATGGTTCAAATGCAAGCTCTTCAAAGGGGAAGGAAAAAGCTGTTTCAAAAATTGACATAGAAGAGGCAGAGGCTTCACAGACAAGAATTGCTACTCGTACAAGCATAGTGTCTGACAGAGTTTCAGAGTCAAAGCAACCCCAGAGAGAATCTGCACC
TGAGGAAGAGGACCTTGATGTCTCTCCCATTGAAATGGATGAGTCTGTAGCAATGGAAGAAGATATTTCTGAAGATGAAGATGATGAATATGAAGAACATCTGGAAGAACGTTTGgtgagaaattgttacatgttttcctaaaatttgtctgaatgatagtactattaaagaaataattattggtagcctttctgaccta
tttcattgatattacaactttccagtgagagcaatgtattatttctcatgatattactgaatttattttgattctgaagTTGTTTGGAGAAGGACAGGCCTCTGCATCTATGATGGAGAGGGTGCATGATGTGCAATTAGGAGATCACGATGAGATTGTTACAACTGTTGAAACTGCATTCCAACCATCTCCTGGAGTTG
ATAGTAGGTCCACCATGTTGGTAAGTGGTCAAGGAAGTGAATTCATGACAGGTGTCTCTTTAGTCTCAAGAGGATCATTGTCCTTTGCCAGAGCTGCTATGTCTAGACTCGTATCTATTAGTTGCAAAAGTGCTAGAGGGAGCAGAGATTCACAGACCTTGTCAGTAGTGGACCCATCCATGGTTCCTCCTAGATTGAAC
TTTTTCATGGGTGGGAAACGACTTGATAGGTCATTAACAATTTATCAAGCTATTCAGCGGCAAGCAGGGGCAGATGAAGCAGATGACAAAATGTATACAGGTTTGGACTATGCTCCTGTCGAGGGGCGGAGGCTCTGGGCTGAAGTTTACAATATTACATATCAGAGAATTACCACTCCAGAAGAAAATGATATTGCAGG
AAAATCTGCAGGTTCTTCTTCTCTCAGGCCTCTTAAGAATTCTACAGCTAGTAGCTCAAGGCTTCAGACTTCATGGGAACGATTGTCATTTTTAGACAGTATCTTGCAAGGAGAGCTTCCTTGTGACCTTGAAAAATCAAATTGTACATATGATATTTTGTTGTTACTTAGAGTTTTGGAAGGTCTTAATCAGTTATCTC
CTCGTCTTAGGGCTCTAGATGCATCTGATGCATTTGCAGAAGGGAAAATAAGTAACTTTCAAGAATTGAAAGTCAAAGGTCCTGTTGTCCCTCAAAAACAGTTCTTGAGTAGCAAACTAACTCCAAAACTAGCACGGCAAATGCAAGATCCTCTGGCACTATTCAGTGGAGGTCTGCCTTCTTGGTGTCACCAATTAACC
AAAGCATGCCCATTCTTGTTTCCATTTGAGACAAGAAGGCAATACTTTTATTCACTTTCATTTGGGTTATCTCGTGCCCTACAGCGCTTGCAGCAGCAACAGAGTGCTGAAAATTCAAACTTCAATAATAATCTAGAAGTACGAGTTGGTAGGGTGCAGCGTCAAAAGGTTCGTGTTTATAGGCACCGTATACTGGATTC
AGCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAGTTCTATACTCTTCTTAGCCATGAATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTTCTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGC
AGGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTTATTTCCTCGCCCATGGCCACCTAATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAATTATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCT
CTTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTGATCCAGAGCTTGGAACAACTTTGCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATCATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTT
ACTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATGGTTGATATTGATAACTTGGAAGAATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCATGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATC
AGGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGGCTCAATCACTTGTGGATCACATCAAATTTGATCATGGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATCCTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTT
TTGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGAAACATTCAACAGGAGCAGATGGGGGGATCAAGGGAACTGCTCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGT
AATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTTGCATGTTGATGTGTAAACAATGGTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTC
CAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCCATATGCAAGCCATGTTTAGCAGCAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTT
ACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCCCTTTTGTGCATATAATGAAAATTTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCCCACTTATCTTCTAAATAATTGTATTCTC
GAAGTTATGCTG
Intron 9 GTATTGGGAA ... ATGTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.55 | 48 | 22 | 9.2 |
| A2 | 23.27 | 44 | 11 | 15.7 |
| A3 | 22.14 | 51 | 20 | 9 |
| A4 | 21.62 | 58 | 16 | 16 |
| A5 | 19.23 | 42 | 8 | 12 |
| A6 | 0 | 4 | 0 | 0 |
| A7 | 20 | 10 | 0 | 5 |
| A8 | 12.5 | 7 | 0 | 2 |
| A9 | 22.22 | 7 | 3 | 1 |
| A10 | 20 | 12 | 4 | 2 |
>TRINITY_DN113548_c5_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoformCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCAATATAAGCAGCATTGTTAGAGATGTTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGGCATGTCAGGTTCCCTTGCTCTGGACAGACCTACTGACCAGATGCATGAAATTGTGACTTTACTGAACGAGCTTCTTCCACCTTTGCCTGAAGGGACAATTTCTCTTCCTCCCAAT
TGTAGTTTGTGTTCTAAATGTCCTGCAAAGAATCATGTACCTGATAATAATATTGGTGAAGATTTAAATGGAACTATGAGAGAAATATCTACTCGTGAAAAGCTGTTGCGTGATCAACCAGAGCTTTTGTTGCAATTTGGAATGGATCTTTTTCCTGTCCTAGTCCAGGTTTATGGCTCAAGTGTGAACACTCCTATTCG
ACACAACACTATTGCTATCATTAGCAAGTTGGTGTATTTTAGCACTGCTGAAATGCTCATATCTTTGCTTAACGTGACAAACATATCAAGCTTTTTGGCTGGTATTCTAGCATGGAAAGATCCCCATGTTTTGGTCCCTGCTCTGCAGATTGCAGAAGTTCTGATACAAAAACTTCCTGAAACTTTTTCCAAGTTGTTTG
TGAAAGAAGGGGTTGTTCATGCAATAGATACATTGATATCAGCAGATCTGTCAAGTTCATCTTCAGTACAGGTCTCTGCCTCGCAGAAAGATGGTCTTTCAGGATCAGCAGTGCTAAATTCCACATGTAATATTCTGCATTCAGATAGATCAAACGGTGAAACAACTGGAGAGGAAGAATCGAGAAGTTCAAATGCTGGA
AGAGTTGGTTCACCATTGCCCTCTGGAGACGAAACAATTGCTATAATTAAGACAGATCTTCGGTCGACCATCCATGCTCATGCTAAACAGTTCAAAGATACATACTTCCCTACAGATTCAAGTATGGTTGATGGAGGAATGACAGAAAGCCTTTGCAATTTGAAAAGTCTTTGCATGAAGTTAAATGATGAATTGGAAGG
CAAGGACAAAGCAGGAAGGCTTGTATCTGCTGATGATGAACAATTGCTGGTTGTTCTGGCTGAGATACTTGCAGAACTTGTTAAAGGTGACGGTGTTTCCACTTTCGAGTTTGTTGAAAGTGGGGTTATTGCATCTTTACTAAATTATTGTTCATGTGGAGCTTTGTCCAAACAGAACACAACAGATGCTGAATCAACTA
GGGTTTTTCATCAGGCGTTAAAGAGGTTCAAGTTGTTTACCAGACTTGCTCTTCCAGTGAATGCTGAAGATGCGAAGGAAACTCCTTTAACAATCTTAATTCATAAACTGCAGGATGCATTATCCTCCATAGAATGTTTTCCTGTTAATCTTAGCCATGCACGGAGATCGCATGGTGGTAATGCAAATCTTTTAGCAGGA
TTGAGTACATTGTCCCAGCCTGTTAAACTGCGTTTTTGTAGAGCAGAAGGCGAAACGTCTCTTCAAGATTATTCTTCAAATATGATACTCATTGATTCTTTGGCTAATTTGGCTGCTGTTGAAGAATTTCTTTGGCCTAGAGTTCAAATAGTTGAGGCATCCCTAAAATCTGCAGTAAATTTAAGCACTTCAGATGGCTG
TGCAGGTGATTCTGGGGCAACTGACACATTATCCCCATCGTCATCTGTGCCAGGAGAGTCTGAAAGACCTCTTTCAATCAGACCCAAGTCCTCAGCAGCAAGAGGAGGTTCTGCTGTGCAGGACTTAGATGGTTCAAATGCAAGCTCTTCAAAGGGGAAGGAAAAAGCTGTTTCAAAAATTGACATAGAAGAGGCAGAGG
CTTCACAGACAAGAATTGCTACTCGTACAAGCATAGTGTCTGACAGAGTTTCAGAGTCAAAGCAACCCCAGAGAGAATCTGCACCTGAGGAAGAGGACCTTGATGTCTCTCCCATTGAAATGGATGAGTCTGTAGCAATGGAAGAAGATATTTCTGAAGATGAAGATGATGAATATGAAGAACATCTGGAAGAACGTTTG
GCCTCTGCATCTATGATGGAGAGGGTGCATGATGTGCAATTAGGAGATCACGATGAGATTGTTACAACTGTTGAAACTGCATTCCAACCATCTCCTGGAGTTGATAGTAGGTCCACCATGTTGGTAAGTGGTCAAGGAAGTGAATTCATGACAGGTGTCTCTTTAGTCTCAAGAGGATCATTGTCCTTTGCCAGAGCTGC
TATGTCTAGACTCGTATCTATTAGTTGCAAAAGTGCTAGAGGGAGCAGAGATTCACAGACCTTGTCAGTAGTGGACCCATCCATGGTTCCTCCTAGATTGAACTTTTTCATGGGTGGGAAACGACTTGATAGGTCATTAACAATTTATCAAGCTATTCAGCGGCAAGCAGGGGCAGATGAAGCAGATGACAAAATGTATA
CAGGTTTGGACTATGCTCCTGTCGAGGGGCGGAGGCTCTGGGCTGAAGTTTACAATATTACATATCAGAGAATTACCACTCCAGAAGAAAATGATATTGCAGGAAAATCTGCAGGTTCTTCTTCTCTCAGGCCTCTTAAGAATTCTACAGCTAGTAGCTCAAGGCTTCAGACTTCATGGGAACGATTGTCATTTTTAGAC
AGTATCTTGCAAGGAGAGCTTCCTTGTGACCTTGAAAAATCAAATTGTACATATGATATTTTGTTGTTACTTAGAGTTTTGGAAGGTCTTAATCAGTTATCTCCTCGTCTTAGGGCTCTAGATGCATCTGATGCATTTGCAGAAGGGAAAATAAGTAACTTTCAAGAATTGAAAGTCAAAGGTCCTGTTGTCCCTCAAAA
ACAGTTCTTGAGTAGCAAACTAACTCCAAAACTAGCACGGCAAATGCAAGATCCTCTGGCACTATTCAGTGGAGGTCTGCCTTCTTGGTGTCACCAATTAACCAAAGCATGCCCATTCTTGTTTCCATTTGAGACAAGAAGGCAATACTTTTATTCACTTTCATTTGGGTTATCTCGTGCCCTACAGCGCTTGCAGCAGC
AACAGAGTGCTGAAAATTCAAACTTCAATAATAATCTAGAAGTACGAGTTGGTAGGGTGCAGCGTCAAAAGGTTCGTGTTTATAGGCACCGTATACTGGATTCAGCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAG
TTCTATACTCTTCTTAGCCATGAATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTTCTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGCAGGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTT
ATTTCCTCGCCCATGGCCACCTAATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAATTATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCTCTTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTG
ATCCAGAGCTTGGAACAACTTTGCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATCATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTTACTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATG
GTTGATATTGATAACTTGGAAGAATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCATGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATCAGGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGGCTCAATCACTTGT
GGATCACATCAAATTTGATCATGGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATCCTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTTTTGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGAAACATTCAACAGGAGCAG
ATGGGGGGATCAAGGGAACTGCTCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGTAATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTT
GCATGTTGATGTGTAAACAATGGTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTCCAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCC
ATATGCAAGCCATGTTTAGCAGCAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTTACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCC
CTTTTGTGCATATAATGAAAATTTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCCCACTTATCTTCTAAATAATTGTATTCTCGAAGTTATGCTG
>TRINITY_DN113548_c5_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:CAGATGCATGAAATTGTGACTTTACTGAACGAGCTTCTTCCACCTTTGCCTGAAGGGACAATTTCTCTTCCTCCCAATTGTAGTTTGTGTTCTAAATGTCCTGCAAAGAATCATGTACCTGATAATAATATTGGTGAAGATTTAAATGGAACTATGAGAGAAATATCTACTCGTGAAAAGCTGTTGCGTGATCAACCAGA
GCTTTTGTTGCAATTTGGAATGGATCTTTTTCCTGTCCTAGTCCAGGTTTATGGCTCAAGTGTGAACACTCCTATTCGACACAACACTATTGCTATCATTAGCAAGTTGGTGTATTTTAGCACTGCTGAAATGCTCATATCTTTGCTTAACGTGACAAACATATCAAGgtattgggaatctgttatttgataatcatggt
gaccatgtagagtaagagatgcagatttgaaacagagaagaatttcttatttgtattaggtttccatgtctgcagCTTTTTGGCTGGTATTCTAGCATGGAAAGATCCCCATGTTTTGGTCCCTGCTCTGCAGATTGCAGAAGTTCTGATACAAAAACTTCCTGAAACTTTTTCCAAGTTGTTTGTGAAAGAAGGGGTTG
TTCATGCAATAGATACATTGATATCAGCAGATCTGTCAAGTTCATCTTCAGTACAGGTCTCTGCCTCGCAGAAAGATGGTCTTTCAGGATCAGCAGTGCTAAATTCCACATGTAATATTCTGCATTCAGATAGATCAAACGGTGAAACAACTGGAGAGGAAGAATCGAGAAGTTCAAATGCTGGAAGAGTTGGTTCACCA
TTGCCCTCTGGAGACGAAACAATTGCTATAATTAAGACAGATCTTCGGTCGACCATCCATGCTCATGCTAAACAGTTCAAAGATACATACTTCCCTACAGATTCAAGTATGGTTGATGGAGGAATGACAGAAAGCCTTTGCAATTTGAAAAGTCTTTGCATGAAGTTAAATGATGAATTGGAAGGCAAGGACAAAGCAGG
AAGGCTTGTATCTGCTGATGATGAACAATTGCTGGTTGTTCTGGCTGAGATACTTGCAGAACTTGTTAAAGGTGACGGTGTTTCCACTTTCGAGTTTGTTGAAAGTGGGGTTATTGCATCTTTACTAAATTATTGTTCATGTGGAGCTTTGTCCAAACAGAACACAACAGATGCTGAATCAACTAGGGTTTTTCATCAGG
CGTTAAAGAGGTTCAAGTTGTTTACCAGACTTGCTCTTCCAGTGAATGCTGAAGATGCGAAGGAAACTCCTTTAACAATCTTAATTCATAAACTGCAGGATGCATTATCCTCCATAGAATGTTTTCCTGTTAATCTTAGCCATGCACGGAGATCGCATGGTGGTAATGCAAATCTTTTAGCAGGATTGAGTACATTGTCC
CAGCCTGTTAAACTGCGTTTTTGTAGAGCAGAAGGCGAAACGTCTCTTCAAGATTATTCTTCAAATATGATACTCATTGATTCTTTGGCTAATTTGGCTGCTGTTGAAGAATTTCTTTGGCCTAGAGTTCAAATAGTTGAGGCATCCCTAAAATCTGCAGTAAATTTAAGCACTTCAGATGGCTGTGCAGGTGATTCTGG
GGCAACTGACACATTATCCCCATCGTCATCTGTGCCAGGAGAGTCTGAAAGACCTCTTTCAATCAGACCCAAGTCCTCAGCAGCAAGAGGAGGTTCTGCTGTGCAGGACTTAGATGGTTCAAATGCAAGCTCTTCAAAGGGGAAGGAAAAAGCTGTTTCAAAAATTGACATAGAAGAGGCAGAGGCTTCACAGACAAGAA
TTGCTACTCGTACAAGCATAGTGTCTGACAGAGTTTCAGAGTCAAAGCAACCCCAGAGAGAATCTGCACCTGAGGAAGAGGACCTTGATGTCTCTCCCATTGAAATGGATGAGTCTGTAGCAATGGAAGAAGATATTTCTGAAGATGAAGATGATGAATATGAAGAACATCTGGAAGAACGTTTGGCCTCTGCATCTATG
ATGGAGAGGGTGCATGATGTGCAATTAGGAGATCACGATGAGATTGTTACAACTGTTGAAACTGCATTCCAACCATCTCCTGGAGTTGATAGTAGGTCCACCATGTTGGTAAGTGGTCAAGGAAGTGAATTCATGACAGGTGTCTCTTTAGTCTCAAGAGGATCATTGTCCTTTGCCAGAGCTGCTATGTCTAGACTCGT
ATCTATTAGTTGCAAAAGTGCTAGAGGGAGCAGAGATTCACAGACCTTGTCAGTAGTGGACCCATCCATGGTTCCTCCTAGATTGAACTTTTTCATGGGTGGGAAACGACTTGATAGGTCATTAACAATTTATCAAGCTATTCAGCGGCAAGCAGGGGCAGATGAAGCAGATGACAAAATGTATACAGGTTTGGACTATG
CTCCTGTCGAGGGGCGGAGGCTCTGGGCTGAAGTTTACAATATTACATATCAGAGAATTACCACTCCAGAAGAAAATGATATTGCAGGAAAATCTGCAGGTTCTTCTTCTCTCAGGCCTCTTAAGAATTCTACAGCTAGTAGCTCAAGGCTTCAGACTTCATGGGAACGATTGTCATTTTTAGACAGTATCTTGCAAGGA
GAGCTTCCTTGTGACCTTGAAAAATCAAATTGTACATATGATATTTTGTTGTTACTTAGAGTTTTGGAAGGTCTTAATCAGTTATCTCCTCGTCTTAGGGCTCTAGATGCATCTGATGCATTTGCAGAAGGGAAAATAAGTAACTTTCAAGAATTGAAAGTCAAAGGTCCTGTTGTCCCTCAAAAACAGTTCTTGAGTAG
CAAACTAACTCCAAAACTAGCACGGCAAATGCAAGATCCTCTGGCACTATTCAGTGGAGGTCTGCCTTCTTGGTGTCACCAATTAACCAAAGCATGCCCATTCTTGTTTCCATTTGAGACAAGAAGGCAATACTTTTATTCACTTTCATTTGGGTTATCTCGTGCCCTACAGCGCTTGCAGCAGCAACAGAGTGCTGAAA
ATTCAAACTTCAATAATAATCTAGAAGTACGAGTTGGTAGGGTGCAGCGTCAAAAGGTTCGTGTTTATAGGCACCGTATACTGGATTCAGCTATGAAGGTAATGGAGATGTATGGTAGTAATAAGGCAGTTCTTGAAGTGGAGTACTTTGGAGAGGTTGGCACAGGTCTAGGTCCAACTTTGGAGTTCTATACTCTTCTT
AGCCATGAATTACAAAAGAAAGTGCTTGGAATGTGGAGGTCAGGTTCTTGTTCTAAGGAAGTTGCCGTGGCAGAAAATTTTGAGATGCAGGATGTTGAACACCATGGAGTATTTTTGCATACAAACAAAGTCAGTACAATCCCTACAGTTGAAACTGAAGAGTTTGTGCAGGCTCCTCAGGGGTTATTTCCTCGCCCATG
GCCACCTAATGCAGATTCTTTGCAGGGAAGTCAATTTTCCAAGGTAATAAATTATTTCCGTCTTCTCGGACAAGCTATGGCAAAAGCTCTTCAGGATGGGCGGCTTCTAGATTTACCTCTTTCAACAGCTTTTTATAAATTGGTCCTTAAGCAGGAGCTTGATTTATTTGATATCCAGTCCTTTGATCCAGAGCTTGGAA
CAACTTTGCAAGAAATGGATGCATTTGTTCGTAGAAAGCAGTTCGTAGAATCATTGGATGATGATAATGGAAAGGCATCACCTGATTTACTATTTCGCAATGCGAGAATTGAGGATCTTTGTCTTGATTTTACACTTCCTGGTTACTCTGATTTTGTTCTCAAATCAGAAGGGAACAACGTTATGGTTGATATTGATAAC
TTGGAAGAATATATTTCTTTAGTTGTAGAAGCAACTGTAAAAACAGGAATCATGCCTCAAATGGAAGCATTCCGGGCTGGATTTAATCAGGTTTTCCCCCTTTCATCCTTGCAAATATTTACTGAAACTGAACTTGAATCACTACTTTGTGGTGGACGTGAGTTATGGGCGGCTCAATCACTTGTGGATCACATCAAATT
TGATCATGGTTATACATCCAGTAGTCCTTCCATTGTAAATCTACTTGAAATCCTTGGAGAATTTACCCCCGAGCAGCAGCGAGCATTTTTGCGATTTGTGACTGGGGCTCCAAGGCTTCCTCCAGGAGGATTAGCCACATTAAATCCAAAATTGACTATAGTTCGGAAACATTCAACAGGAGCAGATGGGGGGATCAAGG
GAACTGCTCAAGCTGCTGATAGAGACTTGCCTAGTGTTATGACGTGTGCCAACTACCTCAAACTTCCTCCTTACTCATGCAAGGAAGTAATGCGAGAAAGGTTACTGTATGCCATAACTGAAGGTCAAGGGTCTTTCGACCTTTCTTAAATTCAGATGTCTTTTCTTTGGATGAAAGAAAGAGTTGCATGTTGATGTGTA
AACAATGGTTTCTTCTGATTCTCGAGCATATTTTTGTGCATCCACCGTCATTGAACGTTAATGCTCAATTCAATGCCATGTAAATGTCCAGTGGCTAACCTTTTGAAATGGAGCAGCTGTTCTGTCATCTCTTACTTGGAGGAGAGAATGTTACTGCGAGACTCGCTGGCAACAATTGTTGTTCCATATGCAAGCCATGT
TTAGCAGCAATGTTGAAAGTCAATTCAGCCTATTGCATAAAGGGCTGCCTTGTGGTTTGCATCTCCCTGTAAATTTATGTTCACCTTTACTTAGCGGTCAAGAATTATTTATGTGCATATTCCAGGCCAGTCGTGGGAAATGTCTTGTTTATCAAAGCTCTCCTCTTGAGCATTTGTCGCTATCCCTTTTGTGCATATAA
TGAAAATTTATTCTGAATAAACATGATGCTATATCTCTTTTTATATTTCTATTCACTTCCCACTTATCTTCTAAATAATTGTATTCTCGAAGTTATGCTG
Intron 10 GTAATTTATT ... TGGCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.45 | 18 | 0 | 15 |
| A2 | 28 | 18 | 0 | 7 |
| A3 | 22.5 | 31 | 1 | 9 |
| A4 | 40 | 27 | 0 | 18 |
| A5 | 42.86 | 20 | 1 | 15 |
| A6 | 18.6 | 35 | 0 | 8 |
| A7 | 15.09 | 45 | 0 | 8 |
| A8 | 39.39 | 20 | 0 | 13 |
| A9 | 22.45 | 38 | 0 | 11 |
| A10 | 29.63 | 38 | 0 | 16 |
>TRINITY_DN102923_c5_g2_i30 from sample A4 / Example spliced isoformGAACTGTGATAGTTAACCAGGGGTATCATGGGGACCTTGGTTAGGTTGCTTCAATGGGGGACTTCTAGAAGTAGAGAGCATGTCGTGGCTATCTTGTCTTCGCTCTGTTGCAATAGCAGGCAGAGGTCCACGGAGGCTCGTGAGGTTGGGGCGCTGGAACATTGCAGGGAGCTTATCGACGATGGGACGATGACTCTCCG
ACCTGGCAGAAGCTCTAGTGGGTAGCATTGTCCACCGCTGCAAACATTTGCAAGAAGCTTCCATCTGATGCAGCGGATTTTGTAATGGCTGCTATGCCAAGATTGAGAAATCTTCTTCAATTTCATGATTCAAAGGGTTTGATTAGGATTCTATCTAAATTTGCTGGTGGATCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGA
TCTCAATATAAGCAGCATTGTTAGAGATGTTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGG
>TRINITY_DN102923_c5_g2_i20 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTCAATTTCATGATTCAAAGgtaatttattttttgcatattctcctttcatattgcagttatgagcatgttcgtaaagatggcagaacattgaatttatatttgtttatgtgctgtattcaatttgtgtttatcctttgaatgtctgccttgaagtaaatttcttcgtccggctaatgataaatatttgttcaacaggta
gtagaacatgcatctgtttgtttgactcgaattgtagaatcttttgcctcttcttctgagaaattagatgaactctgtaatcatggcttggttagtgaagcagtaagactgatatctgtcggtacttcagcaagtggccagggatctctcagtacatcaacatttacggtatcgacatgagtgccgtatcttattcagaa
attggaaagctctgttagtgcatagtcttatattatcaattggcttgcagGGTTTGATTAGGATTCTATCTAAATTTGCTGGTGGATCTGCTTTAGCTGCTAAGACGCTTCTTGATCTCAATATAAGCAGCATTGTTAGAGATGTTCTCACTGGTTCTAGCCTGGTGCCAGG