sp|Q9AV81|PRP19_ORYSJ ----> Pre-mRNA-processing factor 19
Intron 1 GTATTTTTAC ... TGTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.48 | 291 | 77.2 | 89 |
| A2 | 25.3 | 231.3 | 59.2 | 96 |
| A3 | 18.85 | 208.3 | 50.7 | 45 |
| A4 | 17.22 | 221 | 43.8 | 47 |
| A5 | 24.48 | 102.7 | 24.5 | 41 |
| A6 | 19.4 | 310.7 | 42.7 | 106 |
| A7 | 17.61 | 480.7 | 59.2 | 144 |
| A8 | 20.71 | 422.5 | 57.5 | 159.2 |
| A9 | 22.39 | 336.3 | 64.2 | 127 |
| A10 | 19.12 | 322.7 | 53.2 | 97 |
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformAATGGTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAGTTTCCTGTGTGATTCACTTCATTTTAAATTTGTTTCTTGTAGCTCCAGATTTCTGATAGTAGTTTGACATTTTGTTCTTTAACAATGAGGATTTATTTCATGCAGTTTTCAT
TTTGATAGACATGTTAACGAAGACGTAAGTAATTCCAATTTGCCGGATGCATACACGCCACCTGTTTGTTGAAAAATTTATATTTTAATAAATACAAGTTGGTTATAATCATCTAAGGACTTTTCTTGAATGGATGGACTCTTAAATGCCTTTAGCCGGCTTCCCCTGGATACTTTGCAGATACAGATGTTTTCACTCAT
ATTCGCAGACAGTACACAACCGCTTTATCCTCATATTTTTGGAAAACAAGTAGTTGTGTCGTCTGAATTACATGGTAGTTTTTTGTTGTTTGTTCTCAGACAAGCTCTGAAAAATATATATTTATAATACTAGGCCGGAGGCCCGTTCTATGATCTCCTGAAATTCCCCCCAATGGTACGTCTGTTTTAAGATTAGATAT
GAATGGAGGCACACACACAAAAGTCAACATCCCATAACTCGTAGAGATCTCCTATACAATAATAATATAATAAGCTTTGATCTTTATTGCTGTTTTTGATCCACTAACATGAGGTTTCTATCTGAGTTATTACGTATATTCTTGACTTGCTTTGAACTTAATTATTGCTTCAACAAATTAAAATACTGATTAGTTCTTAT
GGCTTGTTGGCGTTTTGATTAAAATTACTTCTGAAGACAATTTCACTTTTGATTACCGACTCAAATTGCTGTAGCCTGAACCTATATATGGACCACGCGAGTTTTGCCTTCTCCTATAATTCTAGCTTCACAAATGAACCTACATTTATAAATAGAATTTTGGTTCTTCCATCTTTTATTGTTCAGGAACTGGTGCTGAT
TTTCTGTGTGATTATGCAGCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCACGATGTTTACCTAATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCA
GTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTA
CGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATCATACTTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGTAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGAGCGTGGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTTTGCATCTGCCTG
GCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACAGGGAATCAGGATACCACCTGTAGACTTTGGGATGTTAGGAAGCCTTCAACTTCCCTAGCTGTCTTGAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCAGATTTTGTGCATCTCTATGATACTAGGCAGA
ATTATACTAAGAGCCAGGAAATTGATCTTTTTGGGGAGGTTGCTGGAATTTCTTTCAGCCCCGACACTGAAGCATTTTTTGTTGGTGTGGCTGATCGAACGTATGGAAGTCTTCTTGAGTTCAACCGCCGACGCATGAATTACTATCTTGATTCCATTCTCTAAGTTTTGGAAGTTAATGGGAGCGGTGTTTTTTAGAAG
TAACATGGGGTCATTCTGCTGAACGCATTATTGTATATTAGATATATACCATGTATGAATGTCCATAGAGCAGAGCTTTCCCTCACTAGAGGTTTCAAATCCCAAATTCCAAGGATAATGGAAGCCTTCTTGTTTATAAAATCTTGTATTGGTGGATACAGCTCTCTGGTTCACACTGCAGACATTATAATATATGTAAA
AATTCGGCGGATATAGTCTACCATTTTCTAAACTCGTGTTGTGAAGATTACAAATCCCTTTGTGCATATTGTAAACCACTGAAAGTACATTGTCGGGTAATTTGCTTCTAATGGTTAAATGAAAGAATATGAGCTTGGAAGTGGCGTGGAAGAAACAGGCACGAATATAACTACATTGCATGTATGCTGATGTAGTTTTA
ATGAAGCCTGTACCCAAGGAGTGTTTTGGGTCGGAACAGTGTATGAGTTGGAAGGATGTTCTATGTGACGGTTCACTTATGTTGAAACAAATTTCAATAGGATTTTACTTCTGAAGGTTTTGGGAAATTCAAAAGTTTGCTCGAGGTTATGACATGATTGCCACCAACAATGAGATTTTTCAGTGAAGGAGATGCATCTT
TTGTAGCATTACGAGGAATGATCATGTCAAGGTGTGAAACCAATGAATCTACGAGTCCTGAAAACTGGATGGTATACAAGTTTTCCACTGTGTTTGCAGCTCCCTTTTAATTTTTGGTTTTCCTAGAGTTGAAGTATATGTATATTGGAGAGATACTCACTTTCTGTCAAAGAGATTATGAAGCTCTCTATTGCACATTT
CGCTACTTATATGAAAACAGATGGATGAGTTTTGTTGAAAAGTACAGATGATTCTGCTATTGCCAGTTGGATGAACAACTAGCGACAGGTGGGTGTGTCGCTGAAGACCACGATTATGGTATTTTGGTCGATGATATATTTCCATTAGCAATATATTTTGAGTGTTACTTCTAACGAGAAAATATCAACTTTTGGAATAT
TAAAAAATGACACTGAAAACTTGTGAACTGATTTGCAACAGATTAAGGATATTACAGAGTTTAAAGTGATGTTAATAGTAGTCAAGTCTCCAAACTCCCGGC
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:AATGGTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAGTTTCCTGTGTGATTCACTTCATTTTAAATTTGTTTCTTGTAGCTCCAGATTTCTGATAGTAGTTTGACATTTTGTTCTTTAACAATGAGGATTTATTTCATGCAGTTTTCAT
TTTGATAGACATGTTAACGAAGACGTAAGTAATTCCAATTTGCCGGATGCATACACGCCACCTGTTTGTTGAAAAATTTATATTTTAATAAATACAAGTTGGTTATAATCATCTAAGGACTTTTCTTGAATGGATGGACTCTTAAATGCCTTTAGCCGGCTTCCCCTGGATACTTTGCAGATACAGATGTTTTCACTCAT
ATTCGCAGACAGTACACAACCGCTTTATCCTCATATTTTTGGAAAACAAGTAGTTGTGTCGTCTGAATTACATGGTAGTTTTTTGTTGTTTGTTCTCAGACAAGCTCTGAAAAATATATATTTATAATACTAGGCCGGAGGCCCGTTCTATGATCTCCTGAAATTCCCCCCAATGGTACGTCTGTTTTAAGATTAGATAT
GAATGGAGGCACACACACAAAAGTCAACATCCCATAACTCGTAGAGATCTCCTATACAATAATAATATAATAAGCTTTGATCTTTATTGCTGTTTTTGATCCACTAACATGAGGTTTCTATCTGAGTTATTACGTATATTCTTGACTTGCTTTGAACTTAATTATTGCTTCAACAAATTAAAATACTGATTAGTTCTTAT
GGCTTGTTGGCGTTTTGATTAAAATTACTTCTGAAGACAATTTCACTTTTGATTACCGACTCAAATTGCTGTAGCCTGAACCTATATATGGACCACGCGAGTTTTGCCTTCTCCTATAATTCTAGCTTCACAAATGAACCTACATTTATAAATAGAATTTTGGTTCTTCCATCTTTTATTGTTCAGGAACTGGTGCTGAT
TTTCTGTGTGATTATGCAGCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCACGATGTTTACCTAATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCA
GTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTA
CGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATCATACTTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGTAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGgtatttttacatattctaaccattttatgagcatagttgtaggatggagt
ctgcctcgtaagtgctaaggtgttatctagtaaagctagtttgatctagttgggttagtggccagttaagagtaaaattatcaaagcctagtcacttaaatgcatagttcacgatgccagaaagtagacgtgccttgcatcagggaatatggcttagtgtagcctgtttgcgttttcttgtctctgctagtctctatttt
tgttgagcagtttgacttcaataattgggattggtgttttgcagagcgtgggaaccctaagagggcatttggattactcttttgcatctgcctggctatggcttagtgtggcttgttttcttgttttcttgtctctgctagtctctatttttgttgagcagtttgacttcaataattgggattggtgttttgcagAGCGT
GGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTTTGCATCTGCCTGGCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACAGGGAATCAGGATACCACCTGTAGACTTTGGGATGTTAGGAAGCCTTCAACTTCCCTAGCTGTCTTGAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCA
TGGCAGAGCCAGCAGATTTTGTGCATCTCTATGATACTAGGCAGAATTATACTAAGAGCCAGGAAATTGATCTTTTTGGGGAGGTTGCTGGAATTTCTTTCAGCCCCGACACTGAAGCATTTTTTGTTGGTGTGGCTGATCGAACGTATGGAAGTCTTCTTGAGTTCAACCGCCGACGCATGAATTACTATCTTGATTCC
ATTCTCTAAGTTTTGGAAGTTAATGGGAGCGGTGTTTTTT
Intron 2 GTGAGTGTTA ... AACTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.68 | 382 | 94.3 | 65 |
| A2 | 19.85 | 272 | 90.3 | 48.7 |
| A3 | 17.81 | 253 | 71 | 43.7 |
| A4 | 17.36 | 312 | 68.7 | 67.3 |
| A5 | 18.61 | 142 | 46 | 22.3 |
| A6 | 16.98 | 383 | 99 | 65.7 |
| A7 | 14.01 | 566 | 133 | 61.7 |
| A8 | 13.28 | 473 | 107 | 44.7 |
| A9 | 15.3 | 396 | 84.7 | 62.7 |
| A10 | 14.99 | 467 | 117 | 58.7 |
>TRINITY_DN45463_c0_g2_i7 from sample A6 / Example spliced isoformCTTTGGATCCTGTCATAGCGGATATTTGCTTTGAATTTCTGTTCAGAGTAAAACATGTTGGGACATCTGTGCATCTTATCGCATTTGCGTGGCTAAATTGCAGCAAAAATTATTTTAGGCTTTAAGAGTCTTTGTGATATCGGGCTTGAGTACTTGTGCGTCTAGTGGGTTTCCATGACAGTCAAAATAATATGCAAATA
TAAAACACAATTGATTCTTCCAAAATCGTGGTCTTGCAATTGGCCTCTTGGCTAGTTGTACTTCAACAAAATGGTATTCGTATTTCTTAATTCCTATTTGTACATTGGGCCACTCAAAAAACAATCATTTTGCATCATGCGCTATCCTGAATCACTATTTAGAGTGAATTGTGTCACAAGGGCTTTTGCTGCAAACAGCT
CTTAACTTCAGCACATCTCTACCAAATTCATTGGCATTGGGAAAAGTCTTTGTATAATGCTGCGCTTCTGCAAAGATTTAAACACTTGAATGGTTGTGCCATGTATGATTTTGAACAAACTTCTATTTCTTACTGAACATATGATAGTGCCTTCATGCAAAGGGTGATGAATATATTGTATAAGCCCTCTTAATTAACTT
AAAACATTTCCTTCAGAAATTGCAGCAAAACAGTTACAAGATTACCAGGAGTAAGCAAATAAACTTACTGTTTGTCTATGCAATCTCCTCGAGAAGAGAATTAATCCAGGCTTTGAAACAGCTTATGGTTGTACCTGGTAACTGAGACGAACTAACTTGATCGTTTGCTTTGCTCTCGGATGGTATATTGATTACCTTGT
TAAATATCTTTCACATCCTTCATGCAGTTTGTGTGAATTAGATTTGTTGCTAAGGGTTTGCAATCCTTTGAAGTTCTTATGTGGATGTTGTTTGGATGTATTTATCCTTGGACTTTATGCAATGAAAAATTGGGATATGCCTGATCTGTGAACCACTTCTCACGGTCATTCACGTGTAGATGTGAGCCATTTGGGGTCCT
GTTAGATTTTAATGGGTAATGCTCGTTATTAACAATAAGTAGCATCCTTTAGGTGTACAGTTGTTATCATGGTGACTGCATCTCCTGATAAAATACTCGAAATTCCTTAACAATAAAAATGGCTCAAATTGTGACCTGGAAAACAGAGAATATAAGAGTGAAAACGGTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTA
TCTGTGACCTTGAAAACAGAGAATGTAAGAGTGAAAATGGTACTTACCTAAATTTTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAAAAAATACTCGAAATTCCTTAACAATAAAAATGGCTCAAATTGTGACCTGGAAAACAGAGAATGTAAGAGCGAAAATG
GTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCAAAAAAATACTCGAAATTCCTTAACAATAAAAATGGCTCAAATTGTGACCTGGAAAACAGAGAATGTAAGAGTGAAAATGGTACTTACCTAAATTTTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTC
TGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAGTTTCCTGTGTGATTCACTTCATTTTAAATTTGTTTCTTGTAGCTCCAGATTTCTGATAGTAGTCTGACATTTTGTTCTTTAACAATGAGGATTTATTTCATGCAGTTTTCATTTTGATAGACATGTTAACGAAGACGTAAGTAATTCCAATTTGC
CGGATGCATACACGCCACCTGTTTGTTGAAAAATTTATATTTTAATAAATACAAGTTGGTTATAATCATCTAAGGACTTTTCTTGAATGGATGGACTCTTAAATGCCTTTAGCCGGCTTCCCCTGGATACTTTGCAGATACAGATGTTTTCACTCATATTCGCAGACAGTACACAACCGCTTTATCCTCATATTTTTGGA
AAACAAGTAGTTGTGTCGTCTGAATTACATGGTAGTTTTTTGTTGTTTGTTCTCAGACAAGCTCTGAAAAATATATATTTATAATACTAGGCCGGAGGCCCGTTCTATGATCTCCTGAAATTCCCCCCAATGGTACGTCTGTTTTAAGATTAGATATGAATGGAGGCACACACACAAAAGTCAACATCCCATAACTCGTA
GAGATCTCCTATACAATAATAATATAATAAGCTTTGATCTTTATTGCTGTTTTTGATCCACTAACATGAGGTTTCTATCTGAGTTATTACGTATATTCTTGACTTGCTTTGAACTTAATTATTGCTTCAACAAATTAAAATACTGATTAGTTCTTATGGCTTGTTGGCGTTTTGATTAAAATTACTTCTGAAGACAATTT
CACTTTTGATTACCGACTCAAATTGCTGAAGCCTGAACCTATATATGGACCACGCGAGTTTTGCCTTCTCCTATAATGAAGCTTCACAAATGAACCTACATTTATAAATAGAATTTTGGTTCTTCCATCTTTTATTGTTCAGGAAATGGTGCTGATTTTCTGTGTGATTATGCAGCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACAT
CAAAGCACGATGTTTACCTCATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCAGTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTT
CAGGGAGAACTCGTTTGCAAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTACGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTG
TTTTCCTTGGTCTGTAAATCATACTTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGTAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGAGCGTGGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTTTGCATCTGCCTGGCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACAGGGAATCAGGATACCA
CCTGTAGACTTTGGGATGTTAGGAAGCTTTCAACTTCCCTAGCTGTCTTGAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCAGATTTTGTGCATCTCTATGATACTAGGCAGAATTATACTAAGAGCCAGGAAATTGATCTTTTTGGGGAGGTTGCT
GGAATTTCATTCAGCCCCGACACTGAAGCATTTTTTGTTGGTGTGGCTGATCGAACGTATGGAAGTCTTCTTGAGTTCAACCGCCGACGCATGAATTACTATCTTGATTCCATTCTCTAAGTTTTGGAAGTTAATGGGAGCGGTGTTTTTTAGAAGTAACATGGGGTCATTCTGCTGAACGCATTATTGTATATTAGATA
TATACCATGTATGAATGTCCATAGAGCAGAGCTTTCCCTCACTAGAGGTTTCAAATCCCAAATTCCAAGGATAATGGAAGCCTTCTTGTTTATAAAATCTTGTATTGGTGGATACAGCTCTCTGGTTCACACTGCAGACATTATAATATATGTAAAAATTCGGCGGATATAGTCTACCATTTTCTAAACTCGTGTTGTGA
AGATTACAAATCCCTTTGTGCATATTGTAAACCACTGAAAGTACATTGTCGGGTAATTTGCTTCTAATGGTTAAATGAAAGAATATGAGCTTGGAAGTGGCGTGGAAGAAACAGGCACGAATATAACTACATTGCATGTATGCTGATGTAGTTTTAATGAAGCCTGTACCCAAGGAGTGTTTTGGGTCGGAACAGTGTAT
GAGTTGGAAGGATGTTCTATGTGACGGTTCACTTATGTTGAAACAAATTTCAATAGGATTTTACTTCTGAAGGTTTTGGGAAATTCAAAAGTTTGCTCGAGGTTATGACATGATTGCCACCAACAATGAGATTTTTCAGTGAAGGAGATGCATCTTTTGTAGCATTACGAGGAATGATCATGTCAAGGTGTGAAACCAAT
GAATCTACGAGTCCTGAAAACTGGATGGTATACAAGTTTTCCACTGTGTTTGCAGCTCCCTTTTAATTTTTGGTTTTCCTAGAGTTGAAGTATATGTATATTGGAGAGATACTCACTTTCTGTCAAAGAGATTATGAAGCTCTCTATTGCACATTTCGCTACTTATATGAAAACAGATGGATGAGTTTTGTTGAAAAGTA
CAGATGATTCTGCTATTGCCAGTTGGATGAACAACTAGCGACAGGTGGGTGTGTCGCTGAAGACCACGATTATGGTATTTTGGTCGATGATATATTTCCATTAGCAATATATTTTGAGTGTTACTTCTAACGAGAAAATATCAACTTTTGGAATATTAAAATATGACACTGAAAACCTGTGCACTGATTTGCAACAGATT
GAGGATATTACAGAGTTTAAAGTGATGTTAATAGTAGTCAGGTCTCTAAACTCCCTGGTTAGTGTCTGCAGCCTAGCAATTGTAATGGATGAAGTACGATTTGTCATCGTCAGTTGTTATACTTGGATTTCTCTTATCTACCTACATATTTACATTTTTGCAGC
>TRINITY_DN45463_c0_g2_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTTTGGATCCTGTCATAGCGGATATTTGCTTTGAATTTCTGTTCAGAGTAAAACATGTTGGGACATCTGTGCATCTTATCGCATTTGCGTGGCTAAATTGCAGCAAAAATTATTTTAGGCTTTAAGAGTCTTTGTGATATCGGGCTTGAGTACTTGTGCGTCTAGTGGGTTTCCATGACAGTCAAAATAATATGCAAATA
TAAAACACAATTGATTCTTCCAAAATCGTGGTCTTGCAATTGGCCTCTTGGCTAGTTGTACTTCAACAAAATGGTATTCGTATTTCTTAATTCCTATTTGTACATTGGGCCACTCAAAAAACAATCATTTTGCATCATGCGCTATCCTGAATCACTATTTAGAGTGAATTGTGTCACAAGGGCTTTTGCTGCAAACAGCT
CTTAACTTCAGCACATCTCTACCAAATTCATTGGCATTGGGAAAAGTCTTTGTATAATGCTGCGCTTCTGCAAAGATTTAAACACTTGAATGGTTGTGCCATGTATGATTTTGAACAAACTTCTATTTCTTACTGAACATATGATAGTGCCTTCATGCAAAGGGTGATGAATATATTGTATAAGCCCTCTTAATTAACTT
AAAACATTTCCTTCAGAAATTGCAGCAAAACAGTTACAAGATTACCAGGAGTAAGCAAATAAACTTACTGTTTGTCTATGCAATCTCCTCGAGAAGAGAATTAATCCAGGCTTTGAAACAGCTTATGGTTGTACCTGGTAACTGAGACGAACTAACTTGATCGTTTGCTTTGCTCTCGGATGGTATATTGATTACCTTGT
TAAATATCTTTCACATCCTTCATGCAGTTTGTGTGAATTAGATTTGTTGCTAAGGGTTTGCAATCCTTTGAAGTTCTTATGTGGATGTTGTTTGGATGTATTTATCCTTGGACTTTATGCAATGAAAAATTGGGATATGCCTGATCTGTGAACCACTTCTCACGGTCATTCACGTGTAGATGTGAGCCATTTGGGGTCCT
GTTAGATTTTAATGGGTAATGCTCGTTATTAACAATAAGTAGCATCCTTTAGGTGTACAGTTGTTATCATGGTGACTGCATCTCCTGATAAAATACTCGAAATTCCTTAACAATAAAAATGGCTCAAATTGTGACCTGGAAAACAGAGAATATAAGAGTGAAAACGGTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTA
TCTGTGACCTTGAAAACAGAGAATGTAAGAGTGAAAATGGTACTTACCTAAATTTTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAAAAAATACTCGAAATTCCTTAACAATAAAAATGGCTCAAATTGTGACCTGGAAAACAGAGAATGTAAGAGCGAAAATG
GTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCAAAAAAATACTCGAAATTCCTTAACAATAAAAATGGCTCAAATTGTGACCTGGAAAACAGAGAATGTAAGAGTGAAAATGGTACTTACCTAAATTTTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTC
TGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAGTTTCCTGTGTGATTCACTTCATTTTAAATTTGTTTCTTGTAGCTCCAGATTTCTGATAGTAGTCTGACATTTTGTTCTTTAACAATGAGGATTTATTTCATGCAGTTTTCATTTTGATAGACATGTTAACGAAGACGTAAGTAATTCCAATTTGC
CGGATGCATACACGCCACCTGTTTGTTGAAAAATTTATATTTTAATAAATACAAGTTGGTTATAATCATCTAAGGACTTTTCTTGAATGGATGGACTCTTAAATGCCTTTAGCCGGCTTCCCCTGGATACTTTGCAGATACAGATGTTTTCACTCATATTCGCAGACAGTACACAACCGCTTTATCCTCATATTTTTGGA
AAACAAGTAGTTGTGTCGTCTGAATTACATGGTAGTTTTTTGTTGTTTGTTCTCAGACAAGCTCTGAAAAATATATATTTATAATACTAGGCCGGAGGCCCGTTCTATGATCTCCTGAAATTCCCCCCAATGGTACGTCTGTTTTAAGATTAGATATGAATGGAGGCACACACACAAAAGTCAACATCCCATAACTCGTA
GAGATCTCCTATACAATAATAATATAATAAGCTTTGATCTTTATTGCTGTTTTTGATCCACTAACATGAGGTTTCTATCTGAGTTATTACGTATATTCTTGACTTGCTTTGAACTTAATTATTGCTTCAACAAATTAAAATACTGATTAGTTCTTATGGCTTGTTGGCGTTTTGATTAAAATTACTTCTGAAGACAATTT
CACTTTTGATTACCGACTCAAATTGCTGAAGCCTGAACCTATATATGGACCACGCGAGTTTTGCCTTCTCCTATAATGAAGCTTCACAAATGAACCTACATTTATAAATAGAATTTTGGTTCTTCCATCTTTTATTGTTCAGGAAATGGTGCTGATTTTCTGTGTGATTATGCAGCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACAT
CAAAGCACGATGTTTACCTCATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCAGTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTT
CAGGGAGAACTCGTTTGCAAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGGTAATATTCATTCTTTGTTTAAAAACGATTGTGTAATGATTCTGTTTGTACCCCATTTTACACACATTGACCATGTCCTGTTCTCTG
CAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTACGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATgtgagtgttatattattatacttcaagattactggattttatgggagggaagtttctgctggtttaaactttaacatatgatgggaattta
ttgcaagataatcgtctggatatcataggaaaagaaatattacacctaagttcattctggcttcagtctaatggtgtatatagatggatatgtcaattgtacattatcgtgtttctgaggggacatttttcaactttgcagCATACTTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGTAGATTG
TTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGGTATTTTTACATATTCTAACCATTTTATGAGCATAGTTGTAGGATGGAGTCTGCCTCGTAAGTGCTAAGGTGTTATCTAGTAAAGCTAGTTTGATCTAGTTGGGTTAGTGGCCAGTTAAGAGTAAAATTATCAAAGCCTAGTCACTCAAATGCATAGTTCACGATGCCAGAA
AGTAGACGTGCCTTGCATCAGGGAATATGGCTTAGTGTAGCCTGTTTGCGTTTTCTTGTCTCTGCTAGTCTCTATTTTTGTTGAGCAGTTTGACTTCAATAATTGGGATTGGTGTTTTGCAGAGCGTGGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTTTGCATCTGCCTGGCTATGGCTTAGTGTGGCTTGTTTTCTT
GTTTTCTTGTCTCTGCTAGTCTCTATTTTTGTTGAGCAGTTTGACTTCAATAATTGGGATTGGTGTTTTGCAGAGCGTGGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTTTGCATCTGCCTGGCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACAGGGAATCAGGATACCACCTGTAGACTTTGGGATGTTAGGAAGCTTTCAA
CTTCCCTAGCTGTCTTGAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCAGATTTTGTGCATCTCTATGATACTAGGCAGAATTATACTAAGAGCCAGGAAATTGATCTTTTTGGGGAGGTTGCTGGAATTTCATTCAGCCCCGACACTGAAGCATTT
TTTGTTGGTGTGGCTGATCGAACGTATGGAAGTCTTCTTGAGTTCAACCGCCGACGCATGAATTACTATCTTGATTCCATTCTCTAAGTTTTGGAAGTTAATGGGAGCGGTGTTTTTTAGAAGTAACATGGGGTCATTCTGCTGAACGCATTATTGTATATTAGATATATACCATGTATGAATGTCCATAGAGCAGAGCT
TTCCCTCACTAGAGGTTTCAAATCCCAAATTCCAAGGATAATGGAAGCCTTCTTGTTTATAAAATCTTGTATTGGTGGATACAGCTCTCTGGTTCACACTGCAGACATTATAATATATGTAAAAATTCGGCGGATATAGTCTACCATTTTCTAAACTCGTGTTGTGAAGATTACAAATCCCTTTGTGCATATTGTAAACC
ACTGAAAGTACATTGTCGGGTAATTTGCTTCTAATGGTTAAATGAAAGAATATGAGCTTGGAAGTGGCGTGGAAGAAACAGGCACGAATATAACTACATTGCATGTATGCTGATGTAGTTTTAATGAAGCCTGTACCCAAGGAGTGTTTTGGGTCGGAACAGTGTATGAGTTGGAAGGATGTTCTATGTGACGGTTCACT
TATGTTGAAACAAATTTCAATAGGATTTTACTTCTGAAGGTTTTGGGAAATTCAAAAGTTTGCTCGAGGTTATGACATGATTGCCACCAACAATGAGATTTTTCAGTGAAGGAGATGCATCTTTTGTAGCATTACGAGGAATGATCATGTCAAGGTGTGAAACCAATGAATCTACGAGTCCTGAAAACTGGATGGTATAC
AAGTTTTCCACTGTGTTTGCAGCTCCCTTTTAATTTTTGGTTTTCCTAGAGTTGAAGTATATGTATATTGGAGAGATACTCACTTTCTGTCAAAGAGATTATGAAGCTCTCTATTGCACATTTCGCTACTTATATGAAAACAGATGGATGAGTTTTGTTGAAAAGTACAGATGATTCTGCTATTGCCAGTTGGATGAACA
ACTAGCGACAGGTGGGTGTGTCGCTGAAGACCACGATTATGGTATTTTGGTCGATGATATATTTCCATTAGCAATATATTTTGAGTGTTACTTCTAACGAGAAAATATCAACTTTTGGAATATTAAAATATGACACTGAAAACCTGTGCACTGATTTGCAACAGATTGAGGATATTACAGAGTTTAAAGTGATGTTAATA
GTAGTCAGGTCTCTAAACTCCCTGGTTAGTGTCTGCAGCCTAGCAATTGTAATGGATGAAGTACGATTTGTCATCGTCAGTTGTTATACTTGGATTTCTCTTATCTACCTACATATTTACATTTTTGCAGC
Intron 3 GTGAGTTTTA ... TTGATTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.45 | 346.7 | 123 | 16 |
| A2 | 22.86 | 258.1 | 75 | 27 |
| A3 | 24.84 | 287.9 | 94 | 13 |
| A4 | 25.41 | 323.4 | 109 | 20 |
| A5 | 22.1 | 93.6 | 26 | 8 |
| A6 | 24.44 | 375.9 | 120 | 14 |
| A7 | 21.44 | 641.1 | 171 | 32 |
| A8 | 24.73 | 480.6 | 156 | 22 |
| A9 | 21.98 | 428.6 | 119 | 13 |
| A10 | 23.55 | 413.1 | 125 | 19 |
>TRINITY_DN44085_c0_g3_i3 from sample A9 / Example spliced isoformGGCGGAAGTATCTACTGAAAAGCTGGCTAGAGGCTCCATCCATATCAGCGTTCATGATGCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCACGATGTTTACCTCATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACAT
CCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCAGTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAG
>TRINITY_DN44085_c0_g3_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:CTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCACGATGTTTACCTCATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCAGTGCAATGTCTGTGAAGGA
CAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGgtgagttttaaaatttaattctaaaaagcctaaaggtgaattgattaggactaagttgtgatgtttatcaatactttttaaactgatggttgacgtggctggatccattctgttaccatagcttacatttgctattatttgattccagTATTTG
GATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGGTAATATTCATTCTTTGTTTAAAAACGATTGTGTAATGATTCTGTTTGTACCCCATTTTACACACATTGACCATGTCCTGTTCTCTGCAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTC
AAATAATGACTCTTCAGTACGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATGTGAGTGTTATATTATTATACTTCAAGATTACTGGATTTTATGGGAGGGAAGTTTCTGCTGGTTTAAACTTTAACATATGATGGGAATTTATTGCAAGATGATCGTCTGGATATCATA
GGAAAAGAAATATTACTCCTAAGTTCATTCTGGCTTCAGTCTAATGGTGTATATAGATGG
Intron 4 GTATTTTTAC ... TGTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.13 | 273.5 | 59 | 21 |
| A2 | 14.82 | 220 | 47 | 28 |
| A3 | 12.93 | 197 | 39 | 18 |
| A4 | 10.09 | 207.5 | 29 | 16 |
| A5 | 13.83 | 96.5 | 18 | 12 |
| A6 | 9.71 | 297.5 | 28 | 35 |
| A7 | 5.87 | 454.5 | 32 | 23 |
| A8 | 8.64 | 396 | 30 | 42 |
| A9 | 10.61 | 317 | 45 | 28 |
| A10 | 7.79 | 302 | 31 | 18 |
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformAATGGTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAGTTTCCTGTGTGATTCACTTCATTTTAAATTTGTTTCTTGTAGCTCCAGATTTCTGATAGTAGTTTGACATTTTGTTCTTTAACAATGAGGATTTATTTCATGCAGTTTTCAT
TTTGATAGACATGTTAACGAAGACGTAAGTAATTCCAATTTGCCGGATGCATACACGCCACCTGTTTGTTGAAAAATTTATATTTTAATAAATACAAGTTGGTTATAATCATCTAAGGACTTTTCTTGAATGGATGGACTCTTAAATGCCTTTAGCCGGCTTCCCCTGGATACTTTGCAGATACAGATGTTTTCACTCAT
ATTCGCAGACAGTACACAACCGCTTTATCCTCATATTTTTGGAAAACAAGTAGTTGTGTCGTCTGAATTACATGGTAGTTTTTTGTTGTTTGTTCTCAGACAAGCTCTGAAAAATATATATTTATAATACTAGGCCGGAGGCCCGTTCTATGATCTCCTGAAATTCCCCCCAATGGTACGTCTGTTTTAAGATTAGATAT
GAATGGAGGCACACACACAAAAGTCAACATCCCATAACTCGTAGAGATCTCCTATACAATAATAATATAATAAGCTTTGATCTTTATTGCTGTTTTTGATCCACTAACATGAGGTTTCTATCTGAGTTATTACGTATATTCTTGACTTGCTTTGAACTTAATTATTGCTTCAACAAATTAAAATACTGATTAGTTCTTAT
GGCTTGTTGGCGTTTTGATTAAAATTACTTCTGAAGACAATTTCACTTTTGATTACCGACTCAAATTGCTGTAGCCTGAACCTATATATGGACCACGCGAGTTTTGCCTTCTCCTATAATTCTAGCTTCACAAATGAACCTACATTTATAAATAGAATTTTGGTTCTTCCATCTTTTATTGTTCAGGAACTGGTGCTGAT
TTTCTGTGTGATTATGCAGCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCACGATGTTTACCTAATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCA
GTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTA
CGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATCATACTTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGTAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGAGCGTGGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTTTGCATCTGCCTG
GCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACAGGGAATCAGGATACCACCTGTAGACTTTGGGATGTTAGGAAGCCTTCAACTTCCCTAGCTGTCTTGAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCAGATTTTGTGCATCTCTATGATACTAGGCAGA
ATTATACTAAGAGCCAGGAAATTGATCTTTTTGGGGAGGTTGCTGGAATTTCTTTCAGCCCCGACACTGAAGCATTTTTTGTTGGTGTGGCTGATCGAACGTATGGAAGTCTTCTTGAGTTCAACCGCCGACGCATGAATTACTATCTTGATTCCATTCTCTAAGTTTTGGAAGTTAATGGGAGCGGTGTTTTTTAGAAG
TAACATGGGGTCATTCTGCTGAACGCATTATTGTATATTAGATATATACCATGTATGAATGTCCATAGAGCAGAGCTTTCCCTCACTAGAGGTTTCAAATCCCAAATTCCAAGGATAATGGAAGCCTTCTTGTTTATAAAATCTTGTATTGGTGGATACAGCTCTCTGGTTCACACTGCAGACATTATAATATATGTAAA
AATTCGGCGGATATAGTCTACCATTTTCTAAACTCGTGTTGTGAAGATTACAAATCCCTTTGTGCATATTGTAAACCACTGAAAGTACATTGTCGGGTAATTTGCTTCTAATGGTTAAATGAAAGAATATGAGCTTGGAAGTGGCGTGGAAGAAACAGGCACGAATATAACTACATTGCATGTATGCTGATGTAGTTTTA
ATGAAGCCTGTACCCAAGGAGTGTTTTGGGTCGGAACAGTGTATGAGTTGGAAGGATGTTCTATGTGACGGTTCACTTATGTTGAAACAAATTTCAATAGGATTTTACTTCTGAAGGTTTTGGGAAATTCAAAAGTTTGCTCGAGGTTATGACATGATTGCCACCAACAATGAGATTTTTCAGTGAAGGAGATGCATCTT
TTGTAGCATTACGAGGAATGATCATGTCAAGGTGTGAAACCAATGAATCTACGAGTCCTGAAAACTGGATGGTATACAAGTTTTCCACTGTGTTTGCAGCTCCCTTTTAATTTTTGGTTTTCCTAGAGTTGAAGTATATGTATATTGGAGAGATACTCACTTTCTGTCAAAGAGATTATGAAGCTCTCTATTGCACATTT
CGCTACTTATATGAAAACAGATGGATGAGTTTTGTTGAAAAGTACAGATGATTCTGCTATTGCCAGTTGGATGAACAACTAGCGACAGGTGGGTGTGTCGCTGAAGACCACGATTATGGTATTTTGGTCGATGATATATTTCCATTAGCAATATATTTTGAGTGTTACTTCTAACGAGAAAATATCAACTTTTGGAATAT
TAAAAAATGACACTGAAAACTTGTGAACTGATTTGCAACAGATTAAGGATATTACAGAGTTTAAAGTGATGTTAATAGTAGTCAAGTCTCCAAACTCCCGGC
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:AAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCAGTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGGTGAGTTTTAAAATTTTAATTCTAAAAAGCCTAGAGGTGAAATGATTAGGACTAAGTTGTGATGTTTATCAATACTTTTTAAACTGATG
GTTGACGTGGCTGGATCCATTCTGTGACCATAGCTTACATTTGCTATTATTTGATTCCAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGGTAATATTCATTCTTTGTTTAAAAACGATTGTGTAATGATTCTGTTTG
TACCCCATTTTACACACATTGACCATGTCCTGTTCTCTGCAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTACGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATGTGAGTGTTATATTATTATACTTCAAGATTACTGGATTTTATGGGAGGGAAG
TTTCTGCTGGTTTAAACTTTAACATATGATGGGAATTTATTGCAAGATGATCGTCTGGATATCATAGGAAAAGAAATATTACTCCTAAGTTCATTCTGGCTTCAGTCTAATGGTGTATATAGATGGGATATGTCAATTGTACATTATCGTGTTTCTGAGGGGACATTTTTCAACTTTGCAGCATACTTCTGTCAGTCCAG
ACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGTAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGgtatttttacatattctaaccattttatgagcatagttgtaggatggagtctgcctcgtaagtgctaaggtgttatctagtaaagctagtttgatctagttgggttagtggccagttaagagtaaaattatc
aaagcctagtcacttaaatgcatagttcacgatgccagaaagtagacgtgccttgcatcagggaatatggcttagtgtagcctgtttgcgttttcttgtctctgctagtctctatttttgttgagcagtttgacttcaataattgggattggtgttttgcagAGCGTGGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTT
TGCATCTGCCTGGCTATGGCTTAGTGTGGCTTGTTTTCTTGTTTTCTTGTCTCTGCTAGTCTCTATTTTTGTTGAGCAGTTTGACTTCAATAATTGGGATTGGTGTTTTGCAG
Intron 5 GTGAGTGTTA ... AACTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.55 | 354.2 | 96.7 | 36.2 |
| A2 | 25.5 | 257.2 | 92.3 | 33.8 |
| A3 | 22.22 | 237.1 | 73 | 27.5 |
| A4 | 19.1 | 285.2 | 70.3 | 40.3 |
| A5 | 24.39 | 133.8 | 47.4 | 14.9 |
| A6 | 21.15 | 354.7 | 101.7 | 33.8 |
| A7 | 19.15 | 533.8 | 137.2 | 27.2 |
| A8 | 18.38 | 452.4 | 110.5 | 25.9 |
| A9 | 18.1 | 374 | 86.8 | 42.6 |
| A10 | 19.79 | 440.8 | 121.1 | 29.5 |
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformAATGGTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAGTTTCCTGTGTGATTCACTTCATTTTAAATTTGTTTCTTGTAGCTCCAGATTTCTGATAGTAGTTTGACATTTTGTTCTTTAACAATGAGGATTTATTTCATGCAGTTTTCAT
TTTGATAGACATGTTAACGAAGACGTAAGTAATTCCAATTTGCCGGATGCATACACGCCACCTGTTTGTTGAAAAATTTATATTTTAATAAATACAAGTTGGTTATAATCATCTAAGGACTTTTCTTGAATGGATGGACTCTTAAATGCCTTTAGCCGGCTTCCCCTGGATACTTTGCAGATACAGATGTTTTCACTCAT
ATTCGCAGACAGTACACAACCGCTTTATCCTCATATTTTTGGAAAACAAGTAGTTGTGTCGTCTGAATTACATGGTAGTTTTTTGTTGTTTGTTCTCAGACAAGCTCTGAAAAATATATATTTATAATACTAGGCCGGAGGCCCGTTCTATGATCTCCTGAAATTCCCCCCAATGGTACGTCTGTTTTAAGATTAGATAT
GAATGGAGGCACACACACAAAAGTCAACATCCCATAACTCGTAGAGATCTCCTATACAATAATAATATAATAAGCTTTGATCTTTATTGCTGTTTTTGATCCACTAACATGAGGTTTCTATCTGAGTTATTACGTATATTCTTGACTTGCTTTGAACTTAATTATTGCTTCAACAAATTAAAATACTGATTAGTTCTTAT
GGCTTGTTGGCGTTTTGATTAAAATTACTTCTGAAGACAATTTCACTTTTGATTACCGACTCAAATTGCTGTAGCCTGAACCTATATATGGACCACGCGAGTTTTGCCTTCTCCTATAATTCTAGCTTCACAAATGAACCTACATTTATAAATAGAATTTTGGTTCTTCCATCTTTTATTGTTCAGGAACTGGTGCTGAT
TTTCTGTGTGATTATGCAGCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCACGATGTTTACCTAATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCA
GTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTA
CGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATCATACTTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGTAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGAGCGTGGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTTTGCATCTGCCTG
GCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACAGGGAATCAGGATACCACCTGTAGACTTTGGGATGTTAGGAAGCCTTCAACTTCCCTAGCTGTCTTGAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCAGATTTTGTGCATCTCTATGATACTAGGCAGA
ATTATACTAAGAGCCAGGAAATTGATCTTTTTGGGGAGGTTGCTGGAATTTCTTTCAGCCCCGACACTGAAGCATTTTTTGTTGGTGTGGCTGATCGAACGTATGGAAGTCTTCTTGAGTTCAACCGCCGACGCATGAATTACTATCTTGATTCCATTCTCTAAGTTTTGGAAGTTAATGGGAGCGGTGTTTTTTAGAAG
TAACATGGGGTCATTCTGCTGAACGCATTATTGTATATTAGATATATACCATGTATGAATGTCCATAGAGCAGAGCTTTCCCTCACTAGAGGTTTCAAATCCCAAATTCCAAGGATAATGGAAGCCTTCTTGTTTATAAAATCTTGTATTGGTGGATACAGCTCTCTGGTTCACACTGCAGACATTATAATATATGTAAA
AATTCGGCGGATATAGTCTACCATTTTCTAAACTCGTGTTGTGAAGATTACAAATCCCTTTGTGCATATTGTAAACCACTGAAAGTACATTGTCGGGTAATTTGCTTCTAATGGTTAAATGAAAGAATATGAGCTTGGAAGTGGCGTGGAAGAAACAGGCACGAATATAACTACATTGCATGTATGCTGATGTAGTTTTA
ATGAAGCCTGTACCCAAGGAGTGTTTTGGGTCGGAACAGTGTATGAGTTGGAAGGATGTTCTATGTGACGGTTCACTTATGTTGAAACAAATTTCAATAGGATTTTACTTCTGAAGGTTTTGGGAAATTCAAAAGTTTGCTCGAGGTTATGACATGATTGCCACCAACAATGAGATTTTTCAGTGAAGGAGATGCATCTT
TTGTAGCATTACGAGGAATGATCATGTCAAGGTGTGAAACCAATGAATCTACGAGTCCTGAAAACTGGATGGTATACAAGTTTTCCACTGTGTTTGCAGCTCCCTTTTAATTTTTGGTTTTCCTAGAGTTGAAGTATATGTATATTGGAGAGATACTCACTTTCTGTCAAAGAGATTATGAAGCTCTCTATTGCACATTT
CGCTACTTATATGAAAACAGATGGATGAGTTTTGTTGAAAAGTACAGATGATTCTGCTATTGCCAGTTGGATGAACAACTAGCGACAGGTGGGTGTGTCGCTGAAGACCACGATTATGGTATTTTGGTCGATGATATATTTCCATTAGCAATATATTTTGAGTGTTACTTCTAACGAGAAAATATCAACTTTTGGAATAT
TAAAAAATGACACTGAAAACTTGTGAACTGATTTGCAACAGATTAAGGATATTACAGAGTTTAAAGTGATGTTAATAGTAGTCAAGTCTCCAAACTCCCGGC
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:AATGGTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAGTTTCCTGTGTGATTCACTTCATTTTAAATTTGTTTCTTGTAGCTCCAGATTTCTGATAGTAGTTTGACATTTTGTTCTTTAACAATGAGGATTTATTTCATGCAGTTTTCAT
TTTGATAGACATGTTAACGAAGACGTAAGTAATTCCAATTTGCCGGATGCATACACGCCACCTGTTTGTTGAAAAATTTATATTTTAATAAATACAAGTTGGTTATAATCATCTAAGGACTTTTCTTGAATGGATGGACTCTTAAATGCCTTTAGCCGGCTTCCCCTGGATACTTTGCAGATACAGATGTTTTCACTCAT
ATTCGCAGACAGTACACAACCGCTTTATCCTCATATTTTTGGAAAACAAGTAGTTGTGTCGTCTGAATTACATGGTAGTTTTTTGTTGTTTGTTCTCAGACAAGCTCTGAAAAATATATATTTATAATACTAGGCCGGAGGCCCGTTCTATGATCTCCTGAAATTCCCCCCAATGGTACGTCTGTTTTAAGATTAGATAT
GAATGGAGGCACACACACAAAAGTCAACATCCCATAACTCGTAGAGATCTCCTATACAATAATAATATAATAAGCTTTGATCTTTATTGCTGTTTTTGATCCACTAACATGAGGTTTCTATCTGAGTTATTACGTATATTCTTGACTTGCTTTGAACTTAATTATTGCTTCAACAAATTAAAATACTGATTAGTTCTTAT
GGCTTGTTGGCGTTTTGATTAAAATTACTTCTGAAGACAATTTCACTTTTGATTACCGACTCAAATTGCTGTAGCCTGAACCTATATATGGACCACGCGAGTTTTGCCTTCTCCTATAATTCTAGCTTCACAAATGAACCTACATTTATAAATAGAATTTTGGTTCTTCCATCTTTTATTGTTCAGGAACTGGTGCTGAT
TTTCTGTGTGATTATGCAGCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCACGATGTTTACCTAATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCA
GTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTA
CGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATgtgagtgttatattattatacttcaagattactggattttatgggagggaagtttctgctggtttaaactttaacatatgatgggaatttattgcaagatgatcgtctggatatcataggaaaagaaatattactcc
taagttcattctggcttcagtctaatggtgtatatagatgggatatgtcaattgtacattatcgtgtttctgaggggacatttttcaactttgcagCATACTTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGTAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGAGCGTGGGAACCCTAAG
AGGGCATTTGGATTACTCTTTTGCATCTGCCTGGCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACAGGGAATCAGGATACCACCTGTAGACTTTGGGATGTTAGGAAGCCTTCAACTTCCCTAGCTGTCTTGAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCATGGCAGAGCCAG
CAGATTTTGTGCATCTCTATGATACTAGGCAGAATTATACTAAGAGCCAGGAAATTGATCTTTTTGGGGAGGTTGCTGGAATTTCTTTCAGCCCCGACACTGAAGCATTTTTTGTTGGTGTGGCTGATCGAACGTATGGAAGTCTTCTTGAGTTCAACCGCCGACGCATGAATTACTATCTTGATTCCATTCTCTAAGTT
TTGGAAGTTAATGGGAGCGGTGTTTTTTTAGAAGTAACATGGGTCATTCTGCTGAACCCATTATTGTATATTAGATATGTACCATGTATGAATGTCCATAGAGCAGAGCTTTCCCTCACTAGAGGTTTCAAATCCCAAATTCCAAGGATAATGGAAGCCTTCTTGTTTATAAAATCTTGTATTGGTGGATACAGCTCTCT
GGTTCACACTGCAGACATTATAATATATGTAAAAATTCGGCGGATATAGTCTACCATTTTCTAAACTCGTGTTGTGAAGATTACAAATCCCTTTGTGCATATTGTAAACCACTGAAAGTACATTGTCGGGTAATTTGCTTCTAATGGTTAAATGAAAGAATATGAGCTTGGAAGTGGCGTGGAAGAAACAGGCACGAATA
TAACTACATTGCATGTATGCTGATGTAGTTTTAATGAAGCCTGTACCCAAGGAGTGTTTTGGGTCGGAACAGTGTATGAGTTGGAAGGATGTTCTATGTGACGGTTCACTTATGTTGAAACAAATTTCAATAGGATTTTACTTCTGAAGGTTTTGGGAAATTCAAAAGTTTGCTCGAGGTTATGACATGATTGCCACCAA
CAATGAGATTTTTCAGTGAAGGAGATGCATCTTTTGTAGCATTACGAGGAATGATCATGTCAAGGTGTGAAACCAATGAATCTACGAGTCCTGAAAACTGGATGGTATACAAGTTTTCCACTGTGTTTGCAGCTCCCTTTTAATTTTTGGTTTTCCTAGAGTTGAAGTATATGTATATTGGAGAGATACTCACTTTCTGT
CAAAGAGATTATGAAGCTCTCTATTGCACATTTCGCTACTTATATGAAAACAGATGGATGAGTTTTGTTGAAAAGTACAGATGATTCTGCTATTGCCAGTTGGATGAACAACTAGCGACAGGTGGGTGTGTCGCTGAAGACCACGATTATGGTATTTTGGTCGATGATATATTTCCATTAGCAATATATTTTGAGTGTTA
CTTCTAACGAGAAAATATCAACTTTTGGAATATTAAAAAATGACACTGAAAACTTGTGAACTGATTTGCAACAGATTAAGGATATTACAGAGTTTAAAGTGATGTTAATAGTAGTCAAGTCTCCAAACTCCCGGC
Intron 6 GTGAGTTTTA ... TTGATTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.58 | 364 | 11 | 16 |
| A2 | 7.61 | 273 | 18 | 27 |
| A3 | 2.89 | 302 | 5 | 13 |
| A4 | 4.92 | 338 | 15 | 20 |
| A5 | 5.71 | 99 | 4 | 8 |
| A6 | 3.19 | 394 | 12 | 14 |
| A7 | 4.02 | 680 | 25 | 32 |
| A8 | 3.27 | 503 | 12 | 22 |
| A9 | 2.28 | 450 | 8 | 13 |
| A10 | 3.54 | 436 | 13 | 19 |
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformAATGGTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAGTTTCCTGTGTGATTCACTTCATTTTAAATTTGTTTCTTGTAGCTCCAGATTTCTGATAGTAGTTTGACATTTTGTTCTTTAACAATGAGGATTTATTTCATGCAGTTTTCAT
TTTGATAGACATGTTAACGAAGACGTAAGTAATTCCAATTTGCCGGATGCATACACGCCACCTGTTTGTTGAAAAATTTATATTTTAATAAATACAAGTTGGTTATAATCATCTAAGGACTTTTCTTGAATGGATGGACTCTTAAATGCCTTTAGCCGGCTTCCCCTGGATACTTTGCAGATACAGATGTTTTCACTCAT
ATTCGCAGACAGTACACAACCGCTTTATCCTCATATTTTTGGAAAACAAGTAGTTGTGTCGTCTGAATTACATGGTAGTTTTTTGTTGTTTGTTCTCAGACAAGCTCTGAAAAATATATATTTATAATACTAGGCCGGAGGCCCGTTCTATGATCTCCTGAAATTCCCCCCAATGGTACGTCTGTTTTAAGATTAGATAT
GAATGGAGGCACACACACAAAAGTCAACATCCCATAACTCGTAGAGATCTCCTATACAATAATAATATAATAAGCTTTGATCTTTATTGCTGTTTTTGATCCACTAACATGAGGTTTCTATCTGAGTTATTACGTATATTCTTGACTTGCTTTGAACTTAATTATTGCTTCAACAAATTAAAATACTGATTAGTTCTTAT
GGCTTGTTGGCGTTTTGATTAAAATTACTTCTGAAGACAATTTCACTTTTGATTACCGACTCAAATTGCTGTAGCCTGAACCTATATATGGACCACGCGAGTTTTGCCTTCTCCTATAATTCTAGCTTCACAAATGAACCTACATTTATAAATAGAATTTTGGTTCTTCCATCTTTTATTGTTCAGGAACTGGTGCTGAT
TTTCTGTGTGATTATGCAGCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCACGATGTTTACCTAATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCA
GTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTA
CGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATCATACTTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGTAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGAGCGTGGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTTTGCATCTGCCTG
GCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACAGGGAATCAGGATACCACCTGTAGACTTTGGGATGTTAGGAAGCCTTCAACTTCCCTAGCTGTCTTGAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCAGATTTTGTGCATCTCTATGATACTAGGCAGA
ATTATACTAAGAGCCAGGAAATTGATCTTTTTGGGGAGGTTGCTGGAATTTCTTTCAGCCCCGACACTGAAGCATTTTTTGTTGGTGTGGCTGATCGAACGTATGGAAGTCTTCTTGAGTTCAACCGCCGACGCATGAATTACTATCTTGATTCCATTCTCTAAGTTTTGGAAGTTAATGGGAGCGGTGTTTTTTAGAAG
TAACATGGGGTCATTCTGCTGAACGCATTATTGTATATTAGATATATACCATGTATGAATGTCCATAGAGCAGAGCTTTCCCTCACTAGAGGTTTCAAATCCCAAATTCCAAGGATAATGGAAGCCTTCTTGTTTATAAAATCTTGTATTGGTGGATACAGCTCTCTGGTTCACACTGCAGACATTATAATATATGTAAA
AATTCGGCGGATATAGTCTACCATTTTCTAAACTCGTGTTGTGAAGATTACAAATCCCTTTGTGCATATTGTAAACCACTGAAAGTACATTGTCGGGTAATTTGCTTCTAATGGTTAAATGAAAGAATATGAGCTTGGAAGTGGCGTGGAAGAAACAGGCACGAATATAACTACATTGCATGTATGCTGATGTAGTTTTA
ATGAAGCCTGTACCCAAGGAGTGTTTTGGGTCGGAACAGTGTATGAGTTGGAAGGATGTTCTATGTGACGGTTCACTTATGTTGAAACAAATTTCAATAGGATTTTACTTCTGAAGGTTTTGGGAAATTCAAAAGTTTGCTCGAGGTTATGACATGATTGCCACCAACAATGAGATTTTTCAGTGAAGGAGATGCATCTT
TTGTAGCATTACGAGGAATGATCATGTCAAGGTGTGAAACCAATGAATCTACGAGTCCTGAAAACTGGATGGTATACAAGTTTTCCACTGTGTTTGCAGCTCCCTTTTAATTTTTGGTTTTCCTAGAGTTGAAGTATATGTATATTGGAGAGATACTCACTTTCTGTCAAAGAGATTATGAAGCTCTCTATTGCACATTT
CGCTACTTATATGAAAACAGATGGATGAGTTTTGTTGAAAAGTACAGATGATTCTGCTATTGCCAGTTGGATGAACAACTAGCGACAGGTGGGTGTGTCGCTGAAGACCACGATTATGGTATTTTGGTCGATGATATATTTCCATTAGCAATATATTTTGAGTGTTACTTCTAACGAGAAAATATCAACTTTTGGAATAT
TAAAAAATGACACTGAAAACTTGTGAACTGATTTGCAACAGATTAAGGATATTACAGAGTTTAAAGTGATGTTAATAGTAGTCAAGTCTCCAAACTCCCGGC
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:AAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCAGTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGgtgagttttaaaattttaattctaaaaagcctagaggtgaaatgattaggactaagttgtgatgtttatcaatactttttaaactgatg
gttgacgtggctggatccattctgtgaccatagcttacatttgctattatttgattccagTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGGTAATATTCATTCTTTGTTTAAAAACGATTGTGTAATGATTCTGTTTG
TACCCCATTTTACACACATTGACCATGTCCTGTTCTCTGCAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTACGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATCATACTTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATG
TAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAG
Intron 7 GTAATATTCA ... TTCTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.99 | 457.8 | 57.1 | 50.6 |
| A2 | 11.35 | 456.5 | 58.8 | 47.4 |
| A3 | 6.49 | 382.9 | 27.4 | 31.8 |
| A4 | 13.24 | 389.9 | 60.2 | 25.1 |
| A5 | 7.8 | 258.6 | 22.1 | 17.1 |
| A6 | 3.41 | 605.4 | 22.5 | 42.3 |
| A7 | 6.59 | 1065.1 | 76.2 | 55.9 |
| A8 | 3.23 | 680.1 | 23.7 | 33.4 |
| A9 | 4.37 | 641.5 | 30.6 | 32.1 |
| A10 | 4.28 | 774.5 | 35.7 | 45.8 |
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformAATGGTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAGTTTCCTGTGTGATTCACTTCATTTTAAATTTGTTTCTTGTAGCTCCAGATTTCTGATAGTAGTTTGACATTTTGTTCTTTAACAATGAGGATTTATTTCATGCAGTTTTCAT
TTTGATAGACATGTTAACGAAGACGTAAGTAATTCCAATTTGCCGGATGCATACACGCCACCTGTTTGTTGAAAAATTTATATTTTAATAAATACAAGTTGGTTATAATCATCTAAGGACTTTTCTTGAATGGATGGACTCTTAAATGCCTTTAGCCGGCTTCCCCTGGATACTTTGCAGATACAGATGTTTTCACTCAT
ATTCGCAGACAGTACACAACCGCTTTATCCTCATATTTTTGGAAAACAAGTAGTTGTGTCGTCTGAATTACATGGTAGTTTTTTGTTGTTTGTTCTCAGACAAGCTCTGAAAAATATATATTTATAATACTAGGCCGGAGGCCCGTTCTATGATCTCCTGAAATTCCCCCCAATGGTACGTCTGTTTTAAGATTAGATAT
GAATGGAGGCACACACACAAAAGTCAACATCCCATAACTCGTAGAGATCTCCTATACAATAATAATATAATAAGCTTTGATCTTTATTGCTGTTTTTGATCCACTAACATGAGGTTTCTATCTGAGTTATTACGTATATTCTTGACTTGCTTTGAACTTAATTATTGCTTCAACAAATTAAAATACTGATTAGTTCTTAT
GGCTTGTTGGCGTTTTGATTAAAATTACTTCTGAAGACAATTTCACTTTTGATTACCGACTCAAATTGCTGTAGCCTGAACCTATATATGGACCACGCGAGTTTTGCCTTCTCCTATAATTCTAGCTTCACAAATGAACCTACATTTATAAATAGAATTTTGGTTCTTCCATCTTTTATTGTTCAGGAACTGGTGCTGAT
TTTCTGTGTGATTATGCAGCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCACGATGTTTACCTAATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCA
GTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTA
CGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATCATACTTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGTAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGAGCGTGGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTTTGCATCTGCCTG
GCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACAGGGAATCAGGATACCACCTGTAGACTTTGGGATGTTAGGAAGCCTTCAACTTCCCTAGCTGTCTTGAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCAGATTTTGTGCATCTCTATGATACTAGGCAGA
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TAACATGGGGTCATTCTGCTGAACGCATTATTGTATATTAGATATATACCATGTATGAATGTCCATAGAGCAGAGCTTTCCCTCACTAGAGGTTTCAAATCCCAAATTCCAAGGATAATGGAAGCCTTCTTGTTTATAAAATCTTGTATTGGTGGATACAGCTCTCTGGTTCACACTGCAGACATTATAATATATGTAAA
AATTCGGCGGATATAGTCTACCATTTTCTAAACTCGTGTTGTGAAGATTACAAATCCCTTTGTGCATATTGTAAACCACTGAAAGTACATTGTCGGGTAATTTGCTTCTAATGGTTAAATGAAAGAATATGAGCTTGGAAGTGGCGTGGAAGAAACAGGCACGAATATAACTACATTGCATGTATGCTGATGTAGTTTTA
ATGAAGCCTGTACCCAAGGAGTGTTTTGGGTCGGAACAGTGTATGAGTTGGAAGGATGTTCTATGTGACGGTTCACTTATGTTGAAACAAATTTCAATAGGATTTTACTTCTGAAGGTTTTGGGAAATTCAAAAGTTTGCTCGAGGTTATGACATGATTGCCACCAACAATGAGATTTTTCAGTGAAGGAGATGCATCTT
TTGTAGCATTACGAGGAATGATCATGTCAAGGTGTGAAACCAATGAATCTACGAGTCCTGAAAACTGGATGGTATACAAGTTTTCCACTGTGTTTGCAGCTCCCTTTTAATTTTTGGTTTTCCTAGAGTTGAAGTATATGTATATTGGAGAGATACTCACTTTCTGTCAAAGAGATTATGAAGCTCTCTATTGCACATTT
CGCTACTTATATGAAAACAGATGGATGAGTTTTGTTGAAAAGTACAGATGATTCTGCTATTGCCAGTTGGATGAACAACTAGCGACAGGTGGGTGTGTCGCTGAAGACCACGATTATGGTATTTTGGTCGATGATATATTTCCATTAGCAATATATTTTGAGTGTTACTTCTAACGAGAAAATATCAACTTTTGGAATAT
TAAAAAATGACACTGAAAACTTGTGAACTGATTTGCAACAGATTAAGGATATTACAGAGTTTAAAGTGATGTTAATAGTAGTCAAGTCTCCAAACTCCCGGC
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:AAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCAGTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGGTGAGTTTTAAAATTTTAATTCTAAAAAGCCTAGAGGTGAAATGATTAGGACTAAGTTGTGATGTTTATCAATACTTTTTAAACTGATG
GTTGACGTGGCTGGATCCATTCTGTGACCATAGCTTACATTTGCTATTATTTGATTCCAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGgtaatattcattctttgtttaaaaacgattgtgtaatgattctgtttg
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AAAGCCTAGTCACTTAAATGCATAGTTCACGATGCCAGAAAGTAGACGTGCCTTGCATCAGGGAATATGGCTTAGTGTAGCCTGTTTGCGTTTTCTTGTCTCTGCTAGTCTCTATTTTTGTTGAGCAGTTTGACTTCAATAATTGGGATTGGTGTTTTGCAGAGCGTGGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTT
TGCATCTGCCTGGCTATGGCTTAGTGTGGCTTGTTTTCTTGTTTTCTTGTCTCTGCTAGTCTCTATTTTTGTTGAGCAGTTTGACTTCAATAATTGGGATTGGTGTTTTGCAG
Intron 8 GTAATTTCCT ... AACTTGATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.05 | 319 | 61 | 23 |
| A2 | 20.16 | 206 | 52 | 18 |
| A3 | 18.97 | 282 | 66 | 16 |
| A4 | 16.67 | 280 | 56 | 25 |
| A5 | 22.11 | 155 | 44 | 9 |
| A6 | 17.39 | 342 | 72 | 10 |
| A7 | 18.06 | 481 | 106 | 19 |
| A8 | 17.63 | 458 | 98 | 20 |
| A9 | 19.62 | 340 | 83 | 18 |
| A10 | 14.81 | 414 | 72 | 23 |
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformAATGGTACTTACCTCAATTCTGATTTTTTTAGTTTTTACTCTCTGATACTTACCCTTGTGAGTTCTCAACATTCCTTGTGCCATCGAGTTTCCTGTGTGATTCACTTCATTTTAAATTTGTTTCTTGTAGCTCCAGATTTCTGATAGTAGTTTGACATTTTGTTCTTTAACAATGAGGATTTATTTCATGCAGTTTTCAT
TTTGATAGACATGTTAACGAAGACGTAAGTAATTCCAATTTGCCGGATGCATACACGCCACCTGTTTGTTGAAAAATTTATATTTTAATAAATACAAGTTGGTTATAATCATCTAAGGACTTTTCTTGAATGGATGGACTCTTAAATGCCTTTAGCCGGCTTCCCCTGGATACTTTGCAGATACAGATGTTTTCACTCAT
ATTCGCAGACAGTACACAACCGCTTTATCCTCATATTTTTGGAAAACAAGTAGTTGTGTCGTCTGAATTACATGGTAGTTTTTTGTTGTTTGTTCTCAGACAAGCTCTGAAAAATATATATTTATAATACTAGGCCGGAGGCCCGTTCTATGATCTCCTGAAATTCCCCCCAATGGTACGTCTGTTTTAAGATTAGATAT
GAATGGAGGCACACACACAAAAGTCAACATCCCATAACTCGTAGAGATCTCCTATACAATAATAATATAATAAGCTTTGATCTTTATTGCTGTTTTTGATCCACTAACATGAGGTTTCTATCTGAGTTATTACGTATATTCTTGACTTGCTTTGAACTTAATTATTGCTTCAACAAATTAAAATACTGATTAGTTCTTAT
GGCTTGTTGGCGTTTTGATTAAAATTACTTCTGAAGACAATTTCACTTTTGATTACCGACTCAAATTGCTGTAGCCTGAACCTATATATGGACCACGCGAGTTTTGCCTTCTCCTATAATTCTAGCTTCACAAATGAACCTACATTTATAAATAGAATTTTGGTTCTTCCATCTTTTATTGTTCAGGAACTGGTGCTGAT
TTTCTGTGTGATTATGCAGCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCACGATGTTTACCTAATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCA
GTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAGTATTTGGATAGGCCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAATATCTCATGATGAGAATGCTATCACTAATGCAGTAGAGATTTACAACGATGCAAGTGGTGCAACTCGACTAATGACTTCAAATAATGACTCTTCAGTA
CGAGTATTTGACACAGACAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTGTTTTCCTTGGTCTGTAAATCATACTTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTCGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGTAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGAGCGTGGGAACCCTAAGAGGGCATTTGGATTACTCTTTTGCATCTGCCTG
GCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACAGGGAATCAGGATACCACCTGTAGACTTTGGGATGTTAGGAAGCCTTCAACTTCCCTAGCTGTCTTGAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCAGATTTTGTGCATCTCTATGATACTAGGCAGA
ATTATACTAAGAGCCAGGAAATTGATCTTTTTGGGGAGGTTGCTGGAATTTCTTTCAGCCCCGACACTGAAGCATTTTTTGTTGGTGTGGCTGATCGAACGTATGGAAGTCTTCTTGAGTTCAACCGCCGACGCATGAATTACTATCTTGATTCCATTCTCTAAGTTTTGGAAGTTAATGGGAGCGGTGTTTTTTAGAAG
TAACATGGGGTCATTCTGCTGAACGCATTATTGTATATTAGATATATACCATGTATGAATGTCCATAGAGCAGAGCTTTCCCTCACTAGAGGTTTCAAATCCCAAATTCCAAGGATAATGGAAGCCTTCTTGTTTATAAAATCTTGTATTGGTGGATACAGCTCTCTGGTTCACACTGCAGACATTATAATATATGTAAA
AATTCGGCGGATATAGTCTACCATTTTCTAAACTCGTGTTGTGAAGATTACAAATCCCTTTGTGCATATTGTAAACCACTGAAAGTACATTGTCGGGTAATTTGCTTCTAATGGTTAAATGAAAGAATATGAGCTTGGAAGTGGCGTGGAAGAAACAGGCACGAATATAACTACATTGCATGTATGCTGATGTAGTTTTA
ATGAAGCCTGTACCCAAGGAGTGTTTTGGGTCGGAACAGTGTATGAGTTGGAAGGATGTTCTATGTGACGGTTCACTTATGTTGAAACAAATTTCAATAGGATTTTACTTCTGAAGGTTTTGGGAAATTCAAAAGTTTGCTCGAGGTTATGACATGATTGCCACCAACAATGAGATTTTTCAGTGAAGGAGATGCATCTT
TTGTAGCATTACGAGGAATGATCATGTCAAGGTGTGAAACCAATGAATCTACGAGTCCTGAAAACTGGATGGTATACAAGTTTTCCACTGTGTTTGCAGCTCCCTTTTAATTTTTGGTTTTCCTAGAGTTGAAGTATATGTATATTGGAGAGATACTCACTTTCTGTCAAAGAGATTATGAAGCTCTCTATTGCACATTT
CGCTACTTATATGAAAACAGATGGATGAGTTTTGTTGAAAAGTACAGATGATTCTGCTATTGCCAGTTGGATGAACAACTAGCGACAGGTGGGTGTGTCGCTGAAGACCACGATTATGGTATTTTGGTCGATGATATATTTCCATTAGCAATATATTTTGAGTGTTACTTCTAACGAGAAAATATCAACTTTTGGAATAT
TAAAAAATGACACTGAAAACTTGTGAACTGATTTGCAACAGATTAAGGATATTACAGAGTTTAAAGTGATGTTAATAGTAGTCAAGTCTCCAAACTCCCGGC
>TRINITY_DN120814_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:GCTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCACGATGTTTACCTAATGCAGAATTATTCTATCATGCACTGGTCTCCATTGAAACAGAAAGGGGTTGAAGTTCTTAATGTTGCTGGCCACGTTGTTCCATCCGAGgtaatttccttcaaatgtattttattgtttggtatttgtgattgtctttgtaaattttctatga
agcatggttgagttgtctgcatcttcgagcaattgtaactgaatatttgtaggcaacattcagaatacttgttttactcgtgttactacctgttccttcttgttactaatttccgcggatttcaacttgatagAAACATCCCGGTTCATCGCCTCAAGGTCTGACACGAGTCCAGGTCAGTGCAATGTCTGTGAAGGACA
ATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTCGTTTGCAAG