NA ----> NA
Intron 1 GTGTGTAGCT ... TTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 67.11 | 25 | 42 | 60 |
| A2 | 64.79 | 25 | 47 | 45 |
| A3 | 63.12 | 26 | 56 | 33 |
| A4 | 58.08 | 35 | 41 | 56 |
| A5 | 52 | 12 | 5 | 21 |
| A6 | 73.77 | 16 | 48 | 42 |
| A7 | 64.06 | 46 | 79 | 85 |
| A8 | 63.64 | 46 | 77 | 84 |
| A9 | 56.92 | 56 | 78 | 70 |
| A10 | 63.73 | 35 | 57 | 66 |
>TRINITY_DN37823_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoformAGCTTATAGCATAAAGATCGGGGATTGCATGAGTTCTAAAGCACAACAGTTTTGTGCAACAGAAATCTCTTCTCTCGACGGGGAGCCAAGAGCAAGCTCTGATTTACAGTCAGTAGCAATGCCAGCCAGTGAATATGCACCAAACCGTTTAGGAACCTCTTTAAAGACTGGCCGAGCTGAAATGGCTAGTGAATTTCAAG
CTCAGCTTGATTCCACAGTTTCCACTATTTGTGAAGCTTCACAGATGTCCTGTGCAGGGGGAGCAGTTGCCATTGATGAAAATCTGCAACATTGCATTCTTAAAGACACAACTGTTGATTTGATAGGTGCTGCTTCTACTCCATTAGAGTCTCCGTGTAACCAACCATCAGATCAACAAGATGCTATAAGTGAAGGTATG
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CTGTTCATCATTTCAAACAACCCGAGGCACCTGCAATTTCAAATGAAATTATTGCCTTGAACTCAGACAGGATCAGAGTTTCTTTAGTATCTAATGATACTAATTCTGCCAACAAACCTGTCATATCATCTGAACTGACTGCTGAAAATGAAGGAGCTTCAATGCCAAGTTTGAGAAACTTAAATGAGGGGCCTCCTGCA
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AGAGGCCAGACCTGAAGCCAAGTTTGGGCAGAATGGGCCCAGTCACCTTCGTCAAGCTCTTGAAAGGCCAACGATTACAGAGAACAAAAGCCAACAGTTCCAGAGAAATTTTCTGAGGTCTATGACTTGAATGTAGCAGGTTCAGCTTTCCAATCTTTATCGTCTGCAAGGTTTTATGATAATGGTCCACATCTAAGGTC
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TTCTTCATGGAGGTTCTCAGCAATTGCAGGAGGGCAATTTGATGTCAACCCATCTAAAATCAAATTCTATGATTAGGTCAGAAAATAGACCAGTGCAACCATTGCAGTCTTCTAACAGTCTAAACCATTTTTTAACTGAGAAAGCAAGAAAACTGGCATATAGTTCTAATGTTTTAAGTGAAAAGGACATTTTATTAGAA
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GAGAATCGAGGTAATCTTCATAAGTGGTGCCTATCCATCACCACAAGCAGAAAACTAACATGAAAATGCTGCAACATGTACTTGTATCTGGTTGGGTTCTCGATTTAGAGAAAATGGTGCAAAGATGGATCAAAAGTTCAAAACAAAGGACTGGTAAGAATCAGGGAAGAGATTAAGTTACTTATCATTTTGTCATGCTT
TTGGTGGTGGCCATCTGTATTATGTATATTCCTTTTTGCAGTTAAGATACGCTTCTCTCAGTGGTTTTTGGTTGTTACAACTGATTTGGCGAGATAAACAAGGATTAACTATCTCTAATTGATTTATTCTTTTCTTAAGGAAGAAGATATAAGGTCTTCTTTTTTGTGAATAACCCGACTGATAGCAATTACCTGGTCTT
GGGTTTTCTATGCATGGTCTTTTGGCCTGGGCCCTGTACAATATTCAACTTGTCAAACCAAGGAAAGTTTCTGCAAGAAATCTTTACATTCTCTGGAGTCTGAATAAATGTATCTACAGATTTAGTTCTATATGAATTCCTTAATGGCATTGTCTATATCTATAGTTAAAATTGATCTTTATTCACATCAAGTTGTAGCT
CTTTTGGTATTATTGTTTTGTAATTTGAAGGCTTACTATGTTCAGCAAAGGTCCAAATTTCTGTTTATAAAGCCCAATGTTCACTCG
>TRINITY_DN37823_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:AGCTTATAGCATAAAGATCGGGGATTGCATGAGTTCTAAAGCACAACAGTTTTGTGCAACAGAAATCTCTTCTCTCGACGGGGAGCCAAGAGCAAGCTCTGATTTACAGTCAGTAGCAATGCCAGCCAGTGAATATGCACCAAACCGTTTAGGAACCTCTTTAAAGACTGGCCGAGCTGAAATGGCTAGTGAATTTCAAG
CTCAGCTTGATTCCACAGTTTCCACTATTTGTGAAGCTTCACAGATGTCCTGTGCAGGGGGAGCAGTTGCCATTGATGAAAATCTGCAACATTGCATTCTTAAAGACACAACTGTTGATTTGATAGGTGCTGCTTCTACTCCATTAGAGTCTCCGTGTAACCAACCATCAGATCAACAAGATGCTATAAGTGAAGGTATG
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ATGCCTCAAAGTTTTGGATTTTTGCAAAGACCTATGCTTGTTAATTCCATCCAGACATCTTCCTGTACTACCTCTGTAGGTCTCCCACTGACCTCACAAGGAAGCTTATTTCAGGAAAGAGCCATGTTACTGCAGGACTCTCAACTTGTTGGAAACGGACACTGTTCTTTTGGTACGAGGATGAGCTTGAATTCAGTGGC
AATGCCTCAAGTTGCACCTTCGCTTCTTTCAGGAAATTCAGTAGAAACAAATACAGCAGGGGAGATTATACATGGTTCTGTCTTGAACCCAGCCCGTCTTAAATCTCAGATTGTTCCCAATGGAGTTGGCAAGTCATTGACTAATATTTCTGCACGGTTTTTAGAGGAACAAAAAGGGCTGAAGGAAACATTAGGCAACT
CACCTTTTGGAGCTACAGATGGCCTGAATGGAACCTTTGCTGGAAATGGTGTTTGTGTGTCCTCAACACAAGTATCCAATTATCCAAATCATATGTCTGCTTTGACAAGATACAAATCTGGGGTTCACTCTGGGAATAAATTTACTGAGTCCAATATGATTTCTTCTTCAGCTTCAGATACTGCAACAACACAAACATGT
TTTCCACAAAGATTTTCCCTTGAAAATGTAAATTGTTCCCGTGAACCAAGTGTAATCCATATATTTGGAAATCCTATTTTGCGGTTAATGGGAAAAAATGTGATGGTGTCAAGCAAAGATGGTATACAAGTGAAGCAAGTAGAGAGTAGCATGACCAAGAGCAGTGATGGAATTCCAAGCTCAAGTTACCTCAAGCCTGT
AGAGGCCAGACCTGAAGCCAAGTTTGGGCAGAATGGGCCCAGTCACCTTCGTCAAGCTCTTGAAAGgtgtgtagcttctgatcagaatctacttcaatcttttgaagatggaaaaggaaaagatgcaaatatgcttcaaccttttgaggctgaaaaaggaaaagatttggggtattttttgcagGCCAACGATTACAGAG
AACAAAAGCCAACAGTTCCAGAGAAATTTTCTGAGGTCTATGACTTGAATGTAGCAGGTTCAGCTTTCCAATCTTTATCGTCTGCAAGGTTTTATGATAATGGTCCACATCTAAGGTCATTAATAGATAAACCCTTGTCATATGTTTCCCCGGAACTGATTCACAATGGCCTATCACATTGTCCTGTGGATATGTTTCAC
TATGCGAGACAAGAGTTTCCTTCTGCTGCCCATCCTCACTCTGATCCTGAGGCAATCATTACCGATGATACTGTTAATACACAACCAACTTCGAATGGCACATCTTCTGTGCCTACCTTTCTTCATGGAGGTTCTCAGCAATTGCAGGAGGGCAATTTGATGTCAACCCATCTAAAATCAAATTCTATGATTAGGTCAGA
AAATAGACCAGTGCAACCATTGCAGTCTTCTAACAGTCTAAACCATTTTTTAACTGAGAAAGCAAGAAAACTGGCATATAGTTCTAATGTTTTAAGTGAAAAGGACATTTTATTAGAAATGAGAAATGTAGGAATCGATCCCCATGGAAATCAATAAATGATTGCAGATAATTCCATGACACTGTTGCGAATTATGCCAG
AGATGGAAGCCAGAAACTGCCATCATAGGAGTGTATGAGAAACAATCATTGTCAAGAATGTGGTCGGCGAGGGATGACAAAAACAGCCTCAGCATTTCTTGATCAGTTAACTCTTGTTGAGAATCGAGGTAATCTTCATAAGTGGTGCCTATCCATCACCACAAGCAGAAAACTAACATGAAAATGCTGCAACATGTACT
TGTATCTGGTTGGGTTCTCGATTTAGAGAAAATGGTGCAAAGATGGATCAAAAGTTCAAAACAAAGGACTGGTAAGAATCAGGGAAGAGATTAAGTTACTTATCATTTTGTCATGCTTTTGGTGGTGGCCATCTGTATTATGTATATTCCTTTTTGCAGTTAAGATACGCTTCTCTCAGTGGTTTTTGGTTGTTACAACT
GATTTGGCGAGATAAACAAGGATTAACTATCTCTAATTGATTTATTCTTTTCTTAAGGAAGAAGATATAAGGTCTTCTTTTTTGTGAATAACCCGACTGATAGCAATTACCTGGTCTTGGGTTTTCTATGCATGGTCTTTTGGCCTGGGCCCTGTACAATATTCAACTTGTCAAACCAAGGAAAGTTTCTGCAAGAAATC
TTTACATTCTCTGGAGTCTGAATAAATGTATCTACAGATTTAGTTCTATATGAATTCCTTAATGGCATTGTCTATATCTATAGTTAAAATTGATCTTTATTCACATCAAGTTGTAGCTCTTTTGGTATTATTGTTTTGTAATTTGAAGGCTTACTATGTTCAGCAAAGGTCCAAATTTCTGTTTATAAAGCCCAATGTTC
ACTCG