sp|Q94A41|AMY3_ARATH ----> Alpha-amylase 3, chloroplastic

Intron 1 GTATCCCTCA ... AAGTCTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.82	30	31	4
A2	42.31	15	11	3
A3	41.94	18	13	0
A4	48.89	23	22	5
A5	50	7	7	0
A6	41.67	21	15	0
A7	47.3	39	35	0
A8	41.67	42	30	0
A9	41.18	40	28	0
A10	48.75	41	39	0

>TRINITY_DN106024_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

GCTCCACTTCAACACAGGCCCGCAAAGCACCCTTAAATTGACAAGAACTGGTCTCTTGGAAGAGGTTAACACACTGTTCACAGGGAGTGCTCTGACATCCTAAGAAGAAGGTTGCATGTGGTCAAGGAAGCACCACGACACACCACAAACAAGACTCACTGTAGAAGCACCATGAAGTGCCATAAACATTGCTAACTGTA
GATAGGAATCAATCCCATAGTTTGGGGGAGAAATCAGGGTTTAGGGACCAACTCACAACATCAGGAGCAGCACTATGTATCTCCATGGGATGAAATCGAGCAGACTGAGACCATTGAGGCCCATGGCAGCCAGTCTCCTCCGTGGCAGCCAGTCTCCTCCGTCCTCAGCAATCACTCTCATCATATTGGTGGAAAATGTG
GTCATTTATTTTTTCTTCTTGTTTCAGTTTAGTGTTTTCATTTTTCAATGTTCACTTGTAATCTTCAGCTTCTAATATCTATTTTGTAAATTGGTCACATGGCTTATTTTGTAAACATTATATGTTAGTTGACTACATATTATGACTCATTGGTCATGATGGCCTATTTCTTTTCATTGTTGATGATAGATGTTATCTGT
TGAAACTAATTCATCCAGAATTTTTCTCTTTGATTTATTGAAGAATACAGGTTGGTCATGACAAGGAAAAATAGTGGTATCCTTGAGAATGTACTTGAACTGGTTTATTGGCAGAGTTGTGATAGCTCTACTTATATATCTTCTGAATTCTATTTGTATGCGCTGTTTATATGTCCTTAATGATTGACACTTTGAAGACA
TGTTCCAGGTGACTTCTTCCATGCAGCACCGAATATTGACCACTCACAGGAGTTTGTACGGAGAGACATCAAAGAGTGGGTAAACTGGCTACGGACTGATATTGGTTTTGATGGTTGGCGTCTTGATTTTGTCAGTTGTTATGATGGAAAACAAAATCCTATTCTGGCAGAGGTTTCTGGGGTGGATATGTGAAAGAATA
TATTGAAGCATCAAATCCTGCTTTTGCTATTGGTGAATATTGGGACAGTATGACATATGAAGGTGGCAATTTGTGTTACAATCAAGGTAATTATGCTCTTCTGAAGTCATGTTATTCATTCTATTTTTTTGAGTATACACATAAATTTGCGATCATGGGCTTCTTTTGGAGATCCATTAGGAGATAATTTTAGGTCCATT
TTTTTGCATGATATTGATCCAATACCAAGACATTTTCGTAACATAAACTATATTTTTAGCCAGAATGTTTAGCAGTTAATGGATCTGCATCTTTTCACACTGTAGGAAAAGATGAAAAGTATGTAGAGCATTGGTATTAATGGTTTCAGATGTAATGGGC

>TRINITY_DN106024_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GCTCCACTTCAACACAGGCCCGCAAAGCACCCTTAAATTGACAAGAACTGGTCTCTTGGAAGAGGTTAACACACTGTTCACAGGGAGTGCTCTGACATCCTAAGAAGAAGGTTGCATGTGGTCAAGGAAGCACCACGACACACCACAAACAAGACTCACTGTAGAAGCACCATGAAGTGCCATAAACATTGCTAACTGTA
GATAGGAATCAATCCCATAGTTTGGGGGAGAAATCAGGGTTTAGGGACCAACTCACAACATCAGGAGCAGCACTATGTATCTCCATGGGATGAAATCGAGCAGACTGAGACCATTGAGGCCCATGGCAGCCAGTCTCCTCCGTGGCAGCCAGTCTCCTCCGTCCTCAGCAATCACTCTCATCATATTGGTGGAAAATGTG
GTCATTTATTTTTTCTTCTTGTTTCAGTTTAGTGTTTTCATTTTTCAATGTTCACTTGTAATCTTCAGCTTCTAATATCTATTTTGTAAATTGGTCACATGGCTTATTTTGTAAACATTATATGTTAGTTGACTACATATTATGACTCATTGGTCATGATGGCCTATTTCTTTTCATTGTTGATGATAGATGTTATCTGT
TGAAACTAATTCATCCAGAATTTTTCTCTTTGATTTATTGAAGAATACAGGTTGGTCATGACAAGGAAAAATAGTGGTATCCTTGAGAATGTACTTGAACTGGTTTATTGGCAGAGTTGTGATAGCTCTACTTATATATCTTCTGAATTCTATTTGTATGCGCTGTTTATATGTCCTTAATGATTGACACTTTGAAGACA
TGTTCCAGGTGACTTCTTCCATGCAGCACCGAATATTGACCACTCACAGGAGTTTGTACGGAGAGACATCAAAGAGTGGGTAAACTGGCTACGGACTGATATTGGTTTTGATGGTTGGCGTCTTGATTTTGTCAGgtatccctcactacatggtttgtttctagtgcttgttcaaattccggtacttcattttttatgat
gggctttggcctcaaatttacctttcttcatttccaaatggtgaaaattcttaaaatgctaaagtctatagTTGTTATGATGGAAAACAAAA

Intron 2 GTATCCCTCA ... ATTCTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.15	114	31	23
A2	13.67	120	11	27
A3	14.03	95	13	18
A4	19.67	98	22	26
A5	15.79	32	7	5
A6	16.49	81	15	17
A7	15.36	259	35	59
A8	14.34	209	30	40
A9	17.06	192	28	51
A10	19.34	221	39	67

>TRINITY_DN127670_c4_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoform

AATATTACAAAACAACAAAACAAATTATTCTCTTATGTGTTTCCTAACTAGGTGCCTTCTGTCCAATGGGCATTGAAAGAAAAGGGGAAGGATGGGCATTGGAAGAGAAGGGGAAGAGTGGGCATCAATGATGCGAATGTTACTCGAAGCTCACTAATTCAGAGGATTTCACATGAAACGATTGAATTCATTCATAACAA
GTAATTGGCTGCCTTGTTGAATCTTTAGACAGAAGCATTAGGACGTAAGTTGCACACACCATGCTTATTCCCCATCAATAGACAACCAAAAGGTTGCATTATCTTGTTGATTTGCACATTGAAGTGTTCAATTATGTGGAGAAACTCCATCCATAGAGGATAGTTGTGCTGAGGCATATTTAGGATTAAAAGTTTCGTGC
TAGGGTTACACATATGCTAAAACATCAACAATCATCTAAAAAGCATTAAAGAAAACTGCTTGAGCTATCTCCTCCATGTTTAGCACTACACAGATAATACTTGCCCAAGTCCCAGAAGGGCTCCACCTTCCGACCTGAAGGTCCCCAATTATGATCATACCACTTATAAGGTTTCTTCAGAGGCATTCACCACAGGAAAT
GTAGAATAAAAACCTTCTTCTTGAGTCATTCAACAACATAAATACTGTCCTCATTTGTTGAAATATCTATATCAAATTCACCCAATTGCAATGGATGATTAGTGTTTAGCATAGAGGGGTCACCTTGATGGTCAATAGAGAACTTCACTTTGGAGAGAGCCTCTAAAGGGAAAGAGTGGCCATGAATGCCCTAATTTTGC
TTATGATTATAGGTAATATTGTCAATCTTGGCCTCCTCAGGAACAGGCTTAGGGGAAGCCTCAACAAGAGGTGCTTTAGGTATGATAGTAATGAGCACGTTGTTTGAAATAAAAAAGTTTCTTTTGTGGAGATACCTCCTGTTGGCGTTGCTTCTGTAGCGTCAAACCTTTCAACTCTTTCTTCGAACATCCTTGATCGC
TAGTGGCTTGAAAAACCTTGAAAACAACTTATTTAAACTCAGATTCAGATAAAGGATTTTTAGCAAGTCACTAGAGATTCCCCGTGGAAAGACCATTTGCACCTCCTTTGACAACATCAACCTCAACTATCAGAATTATCTTTGGGTACATAACAACCTTTGCCTGCAAGTTCGAATTTGTCATATTGACATCTGGTTGG
TCACCATACCACTTTTAGTATAAGCCAAACTGGGATACCAACACCCATGGGAACTTGATGACCACACATGGAGAAATCATGCTTAGGGCATCAGGGTGCCAATTTCACTATACACATCCTCAAAATGGACCACCAAACACAGCAGAATTGAACTAGGGAAAAGAGGGCTTGGCTCCACTTCAACACAGGCCCGCAAAGCA
CCCTTAAATTGACAAGAACTGGTCTCTTGGAAGAGGTTAACACACTGTTCACAGGGAGTGCTCTGACATCCTAAGAAGAAGGTTGCATGTGGTCAAGGAAGCACCACGACACACCACAAACAAGACTCACTGTAGAAGCACCATGAAGTGCCATAAACATTGCTAACTGTAGATAGGAATCAATCCCATAGTTTGGGGGA
GAAATCAGGGTTTAGGGACCAACTCACAACATCAGGAGCAGCACTATGTATCTCCATGGGATGAAATCGAGCAGACTGAGACCATTGAGGCCCATGGCAGCCAGTCTCCTCCGTGGCAGCCAGTCTCCTCCGTCCTCAGCAATCACTCTCATCATATTGGTGGAAAATGTGGTCATTTATTTTTTCTTCTTGTTTCAGTT
TAGTGTTTTCATTTTTCAATGTTCACTTGTAATCTTCAGCTTCTAATATCTATTTTGTAAATTGGTCACATGGCTTATTTTGTAAACATTATATGTTAGTTGACTACATATTATGACTCATTGGTCATGATGGCCTATTTCTTTTCATTGTTGATGATAGATGTTATCTGTTGAAACTAATTCATCCAGAATTTTTCTCT
TTGATTTATTGAAGAATACAGGTTGGTCATGACAAGGAAAAATAGTGGTATCCTTGAGAATGTACTTGAACTGGTTTATTGGCAGAGTTGTGATAGCTCTACTTATATATCTTCTGAATTCTATTTGTATGCGCTGTTTATATGTCCTTAATGATTGACACTTTGAAGACATGTTCCAGGTGACTTCTTCCATGCAGCAC
CGAATATTGACCACTCACAGGAGTTTGTACGGAGAGACATCAAAGAGTGGGTAAACTGGCTACGGACTGATATTGGTTTTGATGGTTGGCGTCTTGATTTTGTCAGAGGTTTCTGGGGTGGATATGTGAAAGAATATATTGAAGCATCAAATCCTGCTTTTGCTATTGGTGAATATTGGGACAGTATGACATATGAAGGT
GGCAATTTGTGTTACAATCAAGATGCTCATCGTCAACGGATTGTTAATTGGATTAGTGCTACAGGAGGCTCTTCATCAGCCTTTGATGTCACCACTAAGGGTATTCTCCATGTGGCATTACACAATCAATATTGGAGGTTGATTGATCCTCAGGGAAAGCCAACTGGTGTACTGGGATGGTGGCCCTCACGAGCAGTAAC
CTACTTGGAAAATCATGATACAGGTTCAACACAGGGACATTGGCCATTTCCTCGTGATAAGCTTACACAAGGATATGCATATATTCTCACACACCCAGGAACTCCTTCAATTTTCTATGATCATTTCTATGATTTTGGTCTGCATGATCCCATAACAGAGCTGATTGATGCTCGTACCCGTGCTGGAATTCATTGCCGCA
GTCTTCTGAAAATTTTCCATGCTAACAATGAAGGCTATGCTGCCCAAATTGGTGAAAATTTGGTCATGAAGCTGGGACAATTTGACTGGAACCCTTCCAAAGAAAATAATTTATCTGGAAGTTGGCAGAAGTTTGTAGATAAAGGTGTTGACTATAAAGTTTGGATAAGGCAATAACTTCTGAAGCATGTTCTGTCTTCC
AAATAAAATAATAAAAGCTTTCCTTCTAGTACTCGTTGTCCCTGTTTCAAAAGGATGAAGAAGTAGTGGACAAAAATAATTTGTCTGCAAAGACTTGTGAATTACAGTCAAATATCATAATTAGTATGTAACCTTCAAGGACTGTATTTTCAAATGTGATGTATGCATTGCAGTAACAAGTTTAATGCTACGTGGACTGA
TGTCCAAAATCAGATTATTTGGTCCTGTCAAATTTGTTGTAACAACAGTTGAGTCTATATTGCTCAAAACTTTAAAAAGAACGAACTCTAGAAGATTACCATCCGATTGGAATCCTCCAAGAAATATTGTTCCACTGTGAGCGAGAGATTATTTGAGAAAGTATAGATTACCAGCTTCACTGAAAACCATTTCTTGTGCA
GCAGATACCACTCAATGTATTGTTTTGATGATATATAAAAGCGAAGGACTCTGACCTTCTATTTCCTACTCAAAA

>TRINITY_DN127670_c4_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AATATTACAAAACAACAAAACAAATTATTCTCTTATGTGTTTCCTAACTAGGTGCCTTCTGTCCAATGGGCATTGAAAGAAAAGGGGAAGGATGGGCATTGGAAGAGAAGGGGAAGAGTGGGCATCAATGATGCGAATGTTACTCGAAGCTCACTAATTCAGAGGATTTCACATGAAACGATTGAATTCATTCATAACAA
GTAATTGGCTGCCTTGTTGAATCTTTAGACAGAAGCATTAGGACGTAAGTTGCACACACCATGCTTATTCCCCATCAATAGACAACCAAAAGGTTGCATTATCTTGTTGATTTGCACATTGAAGTGTTCAATTATGTGGAGAAACTCCATCCATAGAGGATAGTTGTGCTGAGGCATATTTAGGATTAAAAGTTTCGTGC
TAGGGTTACACATATGCTAACATCAACAATCATCTAAAAAGCATTAAAGAAAACTGCTTGAGCTATCTCCTCCATGTTTAGCACTACACAGATAATACTTGCCCAAGTCCCAGAAGGGCTCCACCTTCCGACCTGAAGGTCCCCAATTATGATCATACCACTTATAAGGTTTCTTCAGAGGCATTCACCACAGGAAATGT
AGAATAAAAACCTTCTTCTTGAGTCATTCAACAACATAAATACTGTCCTCATTTGTTGAAATATCTATATCAAATTCACCCAATTGCAATGGATGATTAGTGTTTAGCATAGAGGGGTCACCTTGATGGTCAATAGAGAACTTCACTTTGGAGAGAGCCTCTAAAGGGAAAGAGTGGCCATGAATGCCCTAATTTTGCTT
ATGATTATAGGTAATATTGTCAATCTTGGCCTCCTCAGGAACAGGCTTAGGGGAAGCCTCAACAAGAGGTGCTTTAGGTATGATAGTAATGAGCACGTTGTTTGAAATAAAAAAGTTTCTTTTGTGGAGATACCTCCTGTTGGCGTTGCTTCTGTAGCGTCAAACCTTTCAACTCTTTCTTCGAACATCCTTGATCGCTA
GTGGCTTGAAAAACCTTGAAAACAACTTATTTAAACTCAGATTCAGATAAAGGATTTTTAGCAAGTCACTAGAGATTCCCCGTGGAAAGACCATTTGCACCTCCTTTGACAACATCAACCTCAACTATCAGAATTATCTTTGGGTACATAACAACCTTTGCCTGCAAGTTCGAATTTGTCATATTGACATCTGGTTGGTC
ACCATACCACTTTTAGTATAAGCCAAACTGGGATACCAACACCCATGGGAACTTGATGACCACACATGGAGAAATCATGCTTAGGGCATCAGGGTGCCAATTTCACTATACACATCCTCAAAATGGACCACCAAACACAGCAGAATTGAACTAGGGAAAAGAGGGCTTGGCTCCACTTCAACACAGGCCCGCAAAGCACC
CTTAAATTGACAAGAACTGGTCTCTTGGAAGAGGTTAACACACTGTTCACAGGGAGTGCTCTGACATCCTAAGAAGAAGGTTGCATGTGGTCAAGGAAGCACCACGACACACCACAAACAAGACTCACTGTAGAAGCACCATGAAGTGCCATAAACATTGCTAACTGTAGATAGGAATCAATCCCATAGTTTGGGGGAGA
AATCAGGGTTTAGGGACCAACTCACAACATCAGGAGCAGCACTATGTATCTCCATGGGATGAAATCGAGCAGACTGAGACCATTGAGGCCCATGGCAGCCAGTCTCCTCCGTCCTCAGCAATCACTCTCATCATATTGGTGGAAAATGTGGTCATTTATTTTTTCTTCTTGTTTCAGTTTAGTGTTTTCATTTTTCAATG
TTCACTTGTAATCTTCAGCTTCTAATATCTATTTTGTAAATTGGTCACATGGCTTATTTTGTAAACATTATATGTTAGTTGACTACATATTATGACTCATTGGTCATGATGGCCTATTTCTTTTCATTGTTGATGATAGATGTTATCTGTTGAAACTAATTCATCCAGAATTTTTCTCTTTGATTTATTGAAGAATACAG
GTTGGTCATGACAAGGAAAAATAGTGGTATCCTTGAGAATGTACTTGAACTGGTTTATTGGCAGAGTTGTGATAGCTCTACTTATATATCTTCTGAATTCTATTTGTATGCGCTGTTTATATGTCCTTAATGATTGACACTTTGAAGACATGTTCCAGGTGACTTCTTCCATGCAGCACCGAATATTGACCACTCACAGG
AGTTTGTACGGAGAGACATCAAAGAGTGGGTAAACTGGCTACGGACTGATATTGGTTTTGATGGTTGGCGTCTTGATTTTGTCAGgtatccctcactacatggtttgtttctagtgcttgttcaaattccggtacttcattttttatgatgggctttggcctcaaatttacctttcttcatttccaaatggtgaaaattc
ttaaaatgctaaagtctatagttgttatgatggaaaacaaaatcctattctggcagAGGTTTCTGGGGTGGATATGTGAAAGAATATATTGAAGCATCAAATCCTGCTTTTGCTATTGGTGAATATTGGGACAGTATGACATATGAAGGTGGCAATTTGTGTTACAATCAAGGTAATTATGCTCTTCTGAAGTCATGTTA
TTCATTCTATTTTTTTGAGTATACACATAAATTTGCGATCATGGGCTTCTTTTGGAGATCCATTAGGAGATAATTTTAGGTCCATTTTTTTGCATGATATTGATCCAATACCAAGACATTT

Intron 3 GTGAGTTACT ... TATTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.27	111	17	36
A2	21.89	66	12	25
A3	19.18	59	5	23
A4	23.66	71	13	31
A5	24.44	34	4	18
A6	20.43	111	18	39
A7	16.84	247	44	56
A8	20.97	260	57	81
A9	19.04	185	32	55
A10	20.62	154	31	49

>TRINITY_DN44848_c1_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CATTGCCAATTCTTGTACGGGGGATTTTTTTTTTTAAATATAGGAGGGCATTTTCTTTGCTGCTTATGTGTGTTAGGGTCTTTTATATAGTGGCATTTTTTTTTTGAAAATATATGAGGGCATTTTTGTTGCTGCTTGTATGTCTTTGATGGGCTATGTTAATTAAGGGTGAAATGATTTCTGCATTGTTGTGATCCAAT
ATAGTTACCTTTGGTCTTCGGACTAATTGAGGAATCCAGTTTGGGTCATTGCAAATTCTTGTATGGGGGCATTTTTTTAAAAATATACAAGGGCATTTTTGTTGCTGCTTATAGGTGTGTTCGGGTCTTTTATATAGTTATTAGGTTGTATTTGGAGAAACTTGTGATCATCTATTTTTATTTAATTTATTTTATTTGAT
ATTTACTATATGAGCACTCCCATGGTTCAGCTGCATGTCATGTTCAATGCACGTAGATCATTAGAGGTAGTAGATATAGGTGGAATCTTGAAAACAGATGTTGTGGTGGCAAGATCTTATTAAAGCACTTTGGTTGTAGAGTCCAAATGGTACATGGAATATATTTGGTGGGAAGTTTTCTTGGGGCCCTGAGGCTATTG
TTCGTGATGATCCCAACTTCCAAGGCCGTGGTAATCCTTCAAGTGGTGACTTCTTCCATGCAGCACCGAATATTGACCACTCACAGGAGTTTGTACGGAGAGACATCAAAGAGTGGGTAAACTGGCTACGGACTGATATTGGTTTTGATGGTTGGCGTCTTGATTTTGTCAGAGGTTTCTGGGGTGGATATGTGAAAGAA
TATATTGAAGCATCAAATCCTGCTTTTGCTATTGGTGAATATTGGGACAGTATGACATATGAAGGTGGCAATTTGTGTTACAATCAAGATGCTCATCGTCAACGGATTGTTAATTGGATTAATGCTACAGGAGGCTCTTCATCAGCATTTGATGTCACCACTAAGGGTATTCTCCATGTGGCATTACACAATCAATATTG
GAGGTTGATTGATCCTCAGGGAAAGCCAACTGGTGTACTGGGATGGTGGCCCTCACGAGCAGTAACCTACTTGGAAAATCATGATACAGGTTCAACACAGGGACATTGGCCATTTCCTCGTGATAAGCTTACACAAGGATATGCATATATTCTCACACACCCAGGAACTCCTTCAATTTTCTATGATCATTTCTATGATT
TTGGTCTGCATGATCCCATAACAGAGCTGATTGATGCTCGTACCCGTGCTGGAATTCATTGCCGCAGTCTTCTGAAAATTTTCCATGCTAACAATGAAGGCTATGCTGCCCAAATTGGTGAAAATTTGGTCATGAAGCTGGGACAATTTGACTGGAACCCTTCCAAAGAAAATAATTTATCTGGAAGTTGGCAGAAGTTT
GTAGATAAAGGTGTTGACTATAAAGTTTGGATAAGGCAATAAATTCTGAAGCATGTTCTGTCTTCCAAATAAAATAATAAAAGCTTTCCTTCTAGTACTCGTTGTCCCTGTTTCAAAAGGATGAAGAAGTAGTGGACAAAAATTATTTGTCTGCAAAGACTTGTGAATTACAGTCAAATATCATAATTAGTATGTAACCT
TCAAGGACTGTATTTTCAAATGTGATGTATGCATTGCAGTAACAAGTTTAATGCTACGTGGACTGATGTCCAAAATCAGATTATTTGGTCCTGTCAAATTTGTTGTAACAACAGTTGAGTCTATATTGCTCAAAACTTTAAAAAGAACGAACTCTAGAAGATTACCATCCGATTGGAATCCTCCAAGAAATATTGTTCCA
CTGTGAGCGAGAGATTATTTGAGAAAGTATAGATTACCAGCTTCACTGAAAACCATTTCTTGTGCAGCAGATACCACTCAATGTATTGTTTTGATGATATATAAAAGCGAAGGACTCTGACCTTCTATTTCCTACTCATTTTCC

>TRINITY_DN44848_c1_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGAGTCCAAATGGTACATGGAATATATTTGGTGGGAAGTTTTCTTGGGGCCCTGAGGCTATTGTTCGTGATGATCCCAACTTCCAAGGCCGTGGTAATCCTTCAAGTGGTGACTTCTTCCATGCAGCACCGAATATTGACCACTCACAGGAGTTTGTACGGAGAGACATCAAAGAGTGGGTAAACTGGCTACGGACTGAT
ATTGGTTTTGATGGTTGGCGTCTTGATTTTGTCAGAGGTTTCTGGGGTGGATATGTGAAAGAATATATTGAAGCATCAAATCCTGCTTTTGCTATTGGTGAATATTGGGACAGTATGACATATGAAGGTGGCAATTTGTGTTACAATCAAGATGCTCATCGTCAACGGATTGTTAATTGGATTAATGCTACAGGAGGCTC
TTCATCAGCATTTGATGTCACCACTAAGGGTATTCTCCATGTGGCATTACACAATCAATATTGGAGGTTGATTGATCCTCAGGGAAAGCCAACTGGTGTACTGGGATGGTGGCCCTCACGAGCAGTAACCTACTTGGAAAATCATGATACAGGTTCAACACAGGGACATTGGCCATTTCCTCGTGATAAGCTTACACAAG
GATATGCATATATTCTCACACACCCAGGAACTgtgagttactctagtcttttgccagttttagagttcataacattctttgtcttgaaatttgcagggaaatggacatgcaaactttgcaataggtttatctctccattgtttttctatcgtgaacttattattatctagtgtgctgttgaaatatatagctattaaatt
gaatttattgggagactgacacttctatcatatggattattatgcagCCTTCAATTTTCTATGATCATTTCTATGATTTTGGTCTGCATGATCCCATAACAGAGCTGATTGATGCTCGTACCCGTGCTGGAATTCATTGCCGCAGTCTTCTGAAAATTTTCCATGCTAACAATGAAGGCTATGCTGCCCAAATTGGTGAA
AATTTGGTCATGAAGCTGGGACAATTTGACTGGAACCCTTCCAAAGAAAATAATTTATCTGGAAGTTGGCAGAAGTTTGTAGATAAAGGTGTTGACTATAAAGTTTGGATAAGGCAATAAATTCTGAAGCATGTTCTGTCTTCCAAATAAAATAATAAAAGCTTTCCTTCTAGTACTCGTTGTCCCTGTTTCAAAAGGAT
GAAGAAGTAGTGGACAAAAATTATTTGTCTGCAAAGACTTGTGAATTACAGTCAAATATCATAATTAGTATGTAACCTTCAAGGACTGTATTTTCAAATGTGATGTATGCATTGCAGTAACAAGTTTAATGCTACGTGGACTGATGTCCAAAATCAGATTATTTGGTCCTGTCAAATTTGTTGTAACAACAGTTGAGTCT
ATATTGCTCAAAACTTTAAAAAGAACGAACTCTAGAAGATTACCATCCGATTGGAATCCTCCAAGAAATATTGTTCCACTGTGAGCGAGAGATTATTTGAGAAAGTATAGATTACCAGCTTCACTGAAAACCATTTCTTGTGCAGCAGATACCACTCAATGTATTGTTTTGATGATATATAAAAGCGAAGGACTCTGACC
TTCTATTTCCTACTCATTTTCC

Intron 4 GTAAGTCTAA ... ATTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.96	230	61	29.8
A2	23.44	160	49	16
A3	21.57	160	44	15.9
A4	19.66	94	23	11.1
A5	26.97	65	24	7.2
A6	21	79	21	11.7
A7	20.85	243	64	25.6
A8	22.22	189	54	19.4
A9	20.67	238	62	26.3
A10	21.79	219	61	22.8

>TRINITY_DN127670_c4_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

ATCATTGTACCCAAAGGCTGATATGTTGATCCAGATTCGCTAGGGGTCTTTTGACTTATTATTATTATTAGAAAATTACGTGGATAAAGACTTGACAGATACCCTAAAATGCTTAAACATTTATATGGTATGGATTGCAGATGTCTACACTGATTCAACATCCTGATGGATGTCTTAAGTGTTTTGTAAATCATTCGACG
ATGTCCCGTGCAAACCACTTTCAGATATCCAGTAATAATGGGTTAAAATGTTTTCCAAAGCATTTGCCTTTATCATCAATTCACTACAAAAATGCTTGTACGGATCAAAGGATCCTACATGGGAGAATTTGGTGTGCAAATGATTCTAGATTTATCACATCGGCAGTTGGGGATAATTCCAACGATAGCAGTGCAGAAAC
TGCATTTGATGAAGATGCTGATATATTTTCTTCAGGGATTGGACCAGTCTCGACCATAAGAACAGATGATGTTAAAGCTTTGAAAGATGCATTAAATGAAGCCAATGCAAGAGCAGCAGCTGCAGAAGAGGGCAGGGACAGAGCAGTTGATGAATTAGGTCAAGCAGAACTGAAACTCCAAGAATATGCTGCTAATATCA
TTCGTAATACCGAGTTAGCTGTATCCGAGCTTGAAGCTGCTAAAGCTGCTTTTCATCAGCAACTTCAGAAATTACTTGATGATAAAGTGACTGTAGAATCTAAACTTGTACTTGCAAAGCAGGATGCTATTGATTTGGCAGTGCAAGTTGAGAAGTTTGCTGAAGTTGCTATCCAAGAAGCCACTGTCCACATAGTCGAG
GAGGCGAAGTTAAGGGTGTCTGCTGCTGAAACTTCTGCTGCAGATGTGACGCACCAAGCGGAACAAAGATTAAAAAATGCTGCTGATGATGCTGTTTCAACTGTGGTTACAGAATCAAAGAATGTAATCGACAAGTCTTTAGCCATTGCTCAGGTAGCTAGAGAGCAGGCAAACAAAGCTCAGGTGGCTCTTAAAGAGAG
GCTGCATTTGCTGGATGAACTGGTTCACTCCGAATCTTTTAAAATAAGTTTACAAAATACTGTACATGAGCTGGAAATACAGCTGAAGCTAACGCAAAATGAGGTTGGAAGGCTGCAGGCTGAGCTAAAGGCAGCTGAAGCTCGTCTCAATGCTGCAGAAGCTCGGGCAGCTGCCTCTGATAAGGCATTGTTAGATATTC
AAGAGTCTGCTAACAAGGCTGCTCTGGCACAGGGGGAGAATGCCAAGCATGCACTGGAGGTCTTAAAGAAAGCAGCAGAAGAAAGGGAAAAAGCATCTGCAATGACCTTCAAGCTGGAAATAGAAAGCATGCAATCTGCAATCGATGCTTCTAAGAAAGCAGAAAACAGAAAAGAGGACGCATATCTTAGAAGGTGTGCA
GCACTGGAGAGAGCTTTAACTGCAGCTGAAGCTACTGCAAATGCTTGGAAAGAGAGATCACAGACAGCAGAGTTACTTTTGCAGAAAACTAGAGAAGGAGAGTTTGAGGGCCAAGAAACTGAATTTGTGCAAAAGGGAGGAAGAGTGGAGTTCTTGATCAGAGATGATGCAAAAAAGTGGAACCTTCTGGTTCATGGTCC
AAGAAGGGAAACACCAGAATGGATGGCTCGAAGAATAGATTGTGTTTGTCCAAAGTTCCCTTCCGTGAAGCTTAATGCTCCTGAAAATGGGATAGAGGTTACCATACCATTAGATTTGCCTAAACCAGAAGAAGTATGGTCTATAGCTAAGGAGAAGCCAAAAGAAGATGATGTGTTCACAAAGCAGGCTGTCGAAGAAG
AGGCTATTAAGAAAAAAAGGAAAGCTCTGGAGCATGTACTGCAGCGGAAGACCATTCAGAGAAAAAGAGTTCTCGAGGAGACAAAGTTAGAACCTGGCACTGGGACAGGTCGAGAGATAGTGTTTCAAGGTTTCAATTGGGAAAGCTGGAGAAGGAGATGGTACCTGGAGTTGGCTCCTAGAGCTGCAGATTTATCTCAA
TGTGGGATAACAGCTGTGTGGTTCCCACCACCAACAGAATCAGTTGCTCCTCAAGGTTACATGCCTCTCGACTACTATAATCTGAAGTCTGCTTATGGCACTCAAGAAGAACTCAAGTACTGCATAGAGGAGATGCATAATCATGACATTCTGGCTCTGGGAGATGTTGTTTTGAATCATCGTTGTGCTCACAAACAGAG
TCCAAATGGTACATGGAATATATTTGGTGGGAAGTTTTCTTGGGGCCCTGAGGCTATTGTTCGTGATGATCCCAACTTCCAAGGCTGTGGTAATCCTTCAAGTGGTGACTTCTTCCATGCAGCACCGAATATTGACCACTCACAGGAGTTTGTACGGAGAGACATCAAAGAGTGGGTAAACTGGCTACGGACTGATATTG
GTTTTGATGGTTGGCGTCTTGATTTTGTCAGAGGTTTCTGGGGTGGATATGTGAAAGAATATATTGAAGCATCAAATCCTGCTTTTGCTATTGGTGAATATTGGGACAGTATGACATATGAAGGTGGCAATTTGTGTTACAATCAAGATGCTCATCGTCAACGGATTGTTAATTGGATTAGTGCTACAGGAGGCTCTTCA
TCAGCCTTTGATGTCACCACTAAGGGTATTCTCCATGTGGCATTACACAATCAATATTGGAGGTTGATTGATCCTCAGGGAAAGCCAACTGGTGTACTGGGATGGTGGCCCTCACGAGCAGTAACCTACTTGGAAAATCATGATACAGGTTCAACACAGGGACATTGGCCATTTCCTCGTGATAAGCTTACACAAGGATA
TGCATATATTCTCACACACCCAGGAACTCCTTCAATTTTCTATGATCATTTCTATGATTTTGGTCTGCATGATCCCATAACAGAGCTGATTGATGCTCGTACCCGTGCTGGAATTCATTGCCGCAGTCTTCTGAAAATTTTCCATGCTAACAATGAAGGCTATGCTGCCCAAATTGGTGAAAATTTGGTCATGAAGCTGG
GACAATTTGACTGGAACCCTTCCAAAGAAAATAATTTATCTGGAAGTTGGCAGAAGTTTGTAGATAAAGGTGTTGACTATAAAGTTTGGATAAGGCAATAACTTCTGAAGCATGTTCTGTCTTCCAAATAAAATAATAAAAGCTTTCCTTCTAGTACTCGTTGTCCCTGTTTCAAAAGGATGAAGAAGTAGTGGACAAAA
ATAATTTGTCTGCAAAGACTTGTGAATTACAGTCAAATATCATAATTAGTATGTAACCTTCAAGGACTGTATTTTCAAATGTGATGTATGCATTGCAGTAACAAGTTTAATGCTACGTGGACTGATGTCCAAAATCAGATTATTTGGTCCTGTCAAATTTGTTGTAACAACAGTTGAGTCTATATTGCTCAAAACTTTAA
AAAGAACGAACTCTAGAAGATTACCATCCGATTGGAATCCTCCAAGAAATATTGTTCCACTGTGAGCGAGAGATTATTTGAGAAAGTATAGATTACCAGCTTCACTGAAAACCATTTCTTGTGCAGCAGATACCACTCAATGTATTGTTTTGATGATATATAAAAGCGAAGGACTCTGACCTTCTATTTCCTACTCAAAA

>TRINITY_DN127670_c4_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAAATTGAGAGTCCAGTCTTTTGTCTTATATGCTCATGGATGTGACGTTTACCATGGTTGCCGGGGTAGATTTAGTTTCCAACGATGGTTGGGGGCATAGGTAAAGGCGGTGGTTTCATGTTAGCTCCCAATTAAGGGAAGTATTATGGACCCGACCACCGACCCATAATATCCTGAACCCGGAGGATGGAGCCCCTCC
CTCTTTGATGCATGACATGAGCGGCGACTATCACCCTCTTCACAAGGATTTTTCGGAGGTGGGCCATCTTTTAAGGCGGAAGGCAGATGGGATTGCCGCGACCCCAACCTCAGCTCACTGGAGTTTTCTCCTAACGACCACTTGTAGCGAAATAGTTTTACTACTAAGAAGCCGAGCAGGCTCGGAATTTAATATAAATG
GAAATAAATAATAACTTCAGGTGGCTGTGGATCGAGTTACAGAAACTAGCATTTCCTGGTGAGAGCGCTCTGATGGCTGATTAATGAGTGGCAGTGTATTAACTGCAGCGCTTTTAGTGTTCATCGAGCAAGAATTGAACTTCTTCCTCAACCCCTAGAACCGACGGGGAGTTTAATCATCCTGCAGCAGAAATGATGTC
TACACTGATTCAACATCCTGATGGATGTCTTAAGTGTTTTGTAAATCATTCGACGATGTCCCGTGCAAACCACTTTCAGATATCCAGTAATAATGGGTTAAAATGTTTTCCAAAGCATTTGCCTTTATCATCAATTCACTACAAAAATGCTTGTACGGATCAAAGGATCCTACATGGGAGAATTTGGTGTGCAAATGATT
CTAGATTTATCACATCGGCAGTTGGGGATAATTCCAACGATAGCAGTGCAGAAACTGCATTTGATGAAGATGCTGATATATTTTCTTCAGGGATTGGACCAGTCTCGACCATAAGAACAGATGATGTTAAAGCTTTGAAAGATGCATTAAATGAAGCCAATGCAAGAGCAGCAGCTGCAGAAGAGGGCAGGGACAGAGCA
GTTGATGAATTAGGTCAAGCAGAACTGAAACTCCAAGAATATGCTGCTAATATCATTCGTAATACCGAGTTAGCTGTATCCGAGCTTGAAGCTGCTAAAGCTGCTTTTCATCAGCAACTTCAGAAATTACTTGATGATAAAGTGACTGTAGAATCTAAACTTGTACTTGCAAAGCAGGATGCTATTGATTTGGCAGTGCA
AGTTGAGAAGTTTGCTGAAGTTGCTATCCAAGAAGCCACTGTCCACATAGTCGAGGAGGCGAAGTTAAGGGTGTCTGCTGCTGAAACTTCTGCTGCAGATGTGACGCACCAAGCGGAACAAAGATTAAAAAATGCTGCTGATGATGCTGTTTCAACTGTGGTTACAGAATCAAAGAATGTAATCGACAAGTCTTTAGCCA
TTGCTCAGGTAGCTAGAGAGCAGGCAAACAAAGCTCAGGTGGCTCTTAAAGAGAGGCTGCATTTGCTGGATGAACTGGTTCACTCCGAATCTTTTAAAATAAGTTTACAAAATACTGTACATGAGCTGGAAATACAGCTGAAGCTAACGCAAAATGAGGTTGGAAGGCTGCAGGCTGAGCTAAAGGCAGCTGAAGCTCGT
CTCAATGCTGCAGAAGCTCGGGCAGCTGCCTCTGATAAGGCATTGTTAGATATTCAAGAGTCTGCTAACAAGGCTGCTCTGGCACAGGGGGAGAATGCCAAGCATGCACTGGAGGTCTTAAAGAAAGCAGCAGAAGAAAGGGAAAAAGCATCTGCAATGACCTTCAAGCTGGAAATAGAAAGCATGCAATCTGCAATCGA
TGCTTCTAAGAAAGCAGAAAACAGAAAAGAGGACGCATATCTTAGAAGGTGTGCAGCACTGGAGAGAGCTTTAACTGCAGCTGAAGCTACTGCAAATGCTTGGAAAGAGAGATCACAGACAGCAGAGTTACTTTTGCAGAAAACTAGAGAAGGAGAGTTTGAGGGCCAAGAAACTGAATTTGTGCAAAAGGGAGGAAGAG
TGGAGTTCTTGATCAGAGATGATGCAAAAAAGTGGAACCTTCTGGTTCATGGTCCAAGAAGGGAAACACCAGAATGGATGGCTCGAAGAATAGATTGTGTTTGTCCAAAGTTCCCTTCCGTGAAGCTTAATGCTCCTGAAAATGGGATAGAGGTTACCATACCATTAGATTTGCCTAAACCAGAAGAAGTATGGTCTATA
GCTAAGGAGAAGCCAAAAGAAGATGATGTGTTCACAAAGCAGGCTGTCGAAGAAGAGGCTATTAAGAAAAAAAGGAAAGCTCTGGAGCATGTACTGCAGCGGAAGACCATTCAGAGAAAAAGAGTTCTCGAGGAGACAAAGTTAGAACCTGGCACTGGGACAGGTCGAGAGATAGTGTTTCAAGGTTTCAATTGGGAAAG
CTGGAGAAGGAGATGGTACCTGGAGTTGGCTCCTAGAGCTGCAGATTTATCTCAATGTGGGATAACAGCTGTGTGGTTCCCACCACCAACAGAATCAGTTGCTCCTCAAGgtaagtctaattattttctgtctttattgagcttaactagaatacattacaccttttataactgccatttgaatagtagacactattaaa
cttatgtaaagttatctagaattttgttattattacttttaagattcacatggttaagaatttcatgatgcagcataaacttcttatggtttaccagaaaacataattcttggtctcatgtccataaaatttaatattgctgaattgctgcagGTTACATGCCTCTCGACTACTATAATCTGAAGTCTGCTTATGGCACT
CAAGAAGAACTCAAGTACTGCATAGAGGAGATGCATAATCATGACATTCTGGTCTGTTTTGAAGGGAAAGCTATGCTTTATTATGCCTGGTTTTTGATGATATATGGACTTTGTATCAGGACCTTCTCTAATGAATTTTTCCCACAGATAATATCATTTTCACTTGTTAAGGGGTACTGCTAGTTAAATATGAGAAAATG
AAATAAAAAGTAATCTGGAATGAAAGTGAGCCTTGGAGGTATTTTATAGGGTTCTGTTTTCGTTAGCACTTTAAAAGGTGAAGTTAAAATTAAAGGAAAAAGCCGCATACCAAGTTAGAGTGCACAATCTTATAGTGTTTTGAGTGGAACATGTTGTACCCACATTGGTCGTCCTTTGATTGAATACATAAGTGAATCAT
GGATCGTTAATGTCTTGGGAAACATGTTTGAGTTGTGTTCTATATAAGTGAAGAATCACACAAAATGCATCATATTAACATGATGCACATGTAGTGAAGGTTAAATTTTGGTTTGATACAATATATGAGGATGCAAGGAGCAAAATCAACTAAATAGTCATAAAATATTACTTAAGTCTGCATCACTGTTGCAAATATTG
TTTCAGGGTATATATTGCTGAGGTTTTGGAAAGAAACTTATTGGAAGTATTGGGGAAAATATCAGAAAATATTGGCAAGCATAAACTTGAAC

Intron 5 GTTTTCTTAG ... TTGGTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.19	133	26.3	22
A2	22.33	80	11.3	23
A3	18.37	80	14.1	18
A4	11.83	82	11.1	11
A5	31.91	32	5.7	15
A6	7.81	59	8.9	5
A7	10.15	177	23.6	20
A8	9.62	141	15	15
A9	5.08	168	25.2	9
A10	7.33	139	14.8	11

>TRINITY_DN127670_c4_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

ATCATTGTACCCAAAGGCTGATATGTTGATCCAGATTCGCTAGGGGTCTTTTGACTTATTATTATTATTAGAAAATTACGTGGATAAAGACTTGACAGATACCCTAAAATGCTTAAACATTTATATGGTATGGATTGCAGATGTCTACACTGATTCAACATCCTGATGGATGTCTTAAGTGTTTTGTAAATCATTCGACG
ATGTCCCGTGCAAACCACTTTCAGATATCCAGTAATAATGGGTTAAAATGTTTTCCAAAGCATTTGCCTTTATCATCAATTCACTACAAAAATGCTTGTACGGATCAAAGGATCCTACATGGGAGAATTTGGTGTGCAAATGATTCTAGATTTATCACATCGGCAGTTGGGGATAATTCCAACGATAGCAGTGCAGAAAC
TGCATTTGATGAAGATGCTGATATATTTTCTTCAGGGATTGGACCAGTCTCGACCATAAGAACAGATGATGTTAAAGCTTTGAAAGATGCATTAAATGAAGCCAATGCAAGAGCAGCAGCTGCAGAAGAGGGCAGGGACAGAGCAGTTGATGAATTAGGTCAAGCAGAACTGAAACTCCAAGAATATGCTGCTAATATCA
TTCGTAATACCGAGTTAGCTGTATCCGAGCTTGAAGCTGCTAAAGCTGCTTTTCATCAGCAACTTCAGAAATTACTTGATGATAAAGTGACTGTAGAATCTAAACTTGTACTTGCAAAGCAGGATGCTATTGATTTGGCAGTGCAAGTTGAGAAGTTTGCTGAAGTTGCTATCCAAGAAGCCACTGTCCACATAGTCGAG
GAGGCGAAGTTAAGGGTGTCTGCTGCTGAAACTTCTGCTGCAGATGTGACGCACCAAGCGGAACAAAGATTAAAAAATGCTGCTGATGATGCTGTTTCAACTGTGGTTACAGAATCAAAGAATGTAATCGACAAGTCTTTAGCCATTGCTCAGGTAGCTAGAGAGCAGGCAAACAAAGCTCAGGTGGCTCTTAAAGAGAG
GCTGCATTTGCTGGATGAACTGGTTCACTCCGAATCTTTTAAAATAAGTTTACAAAATACTGTACATGAGCTGGAAATACAGCTGAAGCTAACGCAAAATGAGGTTGGAAGGCTGCAGGCTGAGCTAAAGGCAGCTGAAGCTCGTCTCAATGCTGCAGAAGCTCGGGCAGCTGCCTCTGATAAGGCATTGTTAGATATTC
AAGAGTCTGCTAACAAGGCTGCTCTGGCACAGGGGGAGAATGCCAAGCATGCACTGGAGGTCTTAAAGAAAGCAGCAGAAGAAAGGGAAAAAGCATCTGCAATGACCTTCAAGCTGGAAATAGAAAGCATGCAATCTGCAATCGATGCTTCTAAGAAAGCAGAAAACAGAAAAGAGGACGCATATCTTAGAAGGTGTGCA
GCACTGGAGAGAGCTTTAACTGCAGCTGAAGCTACTGCAAATGCTTGGAAAGAGAGATCACAGACAGCAGAGTTACTTTTGCAGAAAACTAGAGAAGGAGAGTTTGAGGGCCAAGAAACTGAATTTGTGCAAAAGGGAGGAAGAGTGGAGTTCTTGATCAGAGATGATGCAAAAAAGTGGAACCTTCTGGTTCATGGTCC
AAGAAGGGAAACACCAGAATGGATGGCTCGAAGAATAGATTGTGTTTGTCCAAAGTTCCCTTCCGTGAAGCTTAATGCTCCTGAAAATGGGATAGAGGTTACCATACCATTAGATTTGCCTAAACCAGAAGAAGTATGGTCTATAGCTAAGGAGAAGCCAAAAGAAGATGATGTGTTCACAAAGCAGGCTGTCGAAGAAG
AGGCTATTAAGAAAAAAAGGAAAGCTCTGGAGCATGTACTGCAGCGGAAGACCATTCAGAGAAAAAGAGTTCTCGAGGAGACAAAGTTAGAACCTGGCACTGGGACAGGTCGAGAGATAGTGTTTCAAGGTTTCAATTGGGAAAGCTGGAGAAGGAGATGGTACCTGGAGTTGGCTCCTAGAGCTGCAGATTTATCTCAA
TGTGGGATAACAGCTGTGTGGTTCCCACCACCAACAGAATCAGTTGCTCCTCAAGGTTACATGCCTCTCGACTACTATAATCTGAAGTCTGCTTATGGCACTCAAGAAGAACTCAAGTACTGCATAGAGGAGATGCATAATCATGACATTCTGGCTCTGGGAGATGTTGTTTTGAATCATCGTTGTGCTCACAAACAGAG
TCCAAATGGTACATGGAATATATTTGGTGGGAAGTTTTCTTGGGGCCCTGAGGCTATTGTTCGTGATGATCCCAACTTCCAAGGCTGTGGTAATCCTTCAAGTGGTGACTTCTTCCATGCAGCACCGAATATTGACCACTCACAGGAGTTTGTACGGAGAGACATCAAAGAGTGGGTAAACTGGCTACGGACTGATATTG
GTTTTGATGGTTGGCGTCTTGATTTTGTCAGAGGTTTCTGGGGTGGATATGTGAAAGAATATATTGAAGCATCAAATCCTGCTTTTGCTATTGGTGAATATTGGGACAGTATGACATATGAAGGTGGCAATTTGTGTTACAATCAAGATGCTCATCGTCAACGGATTGTTAATTGGATTAGTGCTACAGGAGGCTCTTCA
TCAGCCTTTGATGTCACCACTAAGGGTATTCTCCATGTGGCATTACACAATCAATATTGGAGGTTGATTGATCCTCAGGGAAAGCCAACTGGTGTACTGGGATGGTGGCCCTCACGAGCAGTAACCTACTTGGAAAATCATGATACAGGTTCAACACAGGGACATTGGCCATTTCCTCGTGATAAGCTTACACAAGGATA
TGCATATATTCTCACACACCCAGGAACTCCTTCAATTTTCTATGATCATTTCTATGATTTTGGTCTGCATGATCCCATAACAGAGCTGATTGATGCTCGTACCCGTGCTGGAATTCATTGCCGCAGTCTTCTGAAAATTTTCCATGCTAACAATGAAGGCTATGCTGCCCAAATTGGTGAAAATTTGGTCATGAAGCTGG
GACAATTTGACTGGAACCCTTCCAAAGAAAATAATTTATCTGGAAGTTGGCAGAAGTTTGTAGATAAAGGTGTTGACTATAAAGTTTGGATAAGGCAATAACTTCTGAAGCATGTTCTGTCTTCCAAATAAAATAATAAAAGCTTTCCTTCTAGTACTCGTTGTCCCTGTTTCAAAAGGATGAAGAAGTAGTGGACAAAA
ATAATTTGTCTGCAAAGACTTGTGAATTACAGTCAAATATCATAATTAGTATGTAACCTTCAAGGACTGTATTTTCAAATGTGATGTATGCATTGCAGTAACAAGTTTAATGCTACGTGGACTGATGTCCAAAATCAGATTATTTGGTCCTGTCAAATTTGTTGTAACAACAGTTGAGTCTATATTGCTCAAAACTTTAA
AAAGAACGAACTCTAGAAGATTACCATCCGATTGGAATCCTCCAAGAAATATTGTTCCACTGTGAGCGAGAGATTATTTGAGAAAGTATAGATTACCAGCTTCACTGAAAACCATTTCTTGTGCAGCAGATACCACTCAATGTATTGTTTTGATGATATATAAAAGCGAAGGACTCTGACCTTCTATTTCCTACTCAAAA

>TRINITY_DN127670_c4_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AATTGGTAGATCAGCCGATTCCGAAACCAATTTGGCCGATTTTTAAAACATAGGTTGACTCCATGGGTTGCCTAAGTGCATTACAGTGATCAGGACAACAGGTTTCTCAACACATTTTTGTAGGAACTGTTTTGATTGGCAAGCACAGAGTTGACTCCTAGTACCAGTTACCACCCTCAGACAAGTGGCCAGATAGATAT
TATGAACAAATGGGTTGAGGGGTATCTGCGTAACTATGTGTTAGGGCAGCAAAAGGCATGGATTAGGTGGTTGCATCTAGGAGACATTGCTACAACACCACGAAATAATATAAAGTCTGAAGTGACTTTATTAAAGCCTAACTCTAATATCTAACTGACCATTATATAATGCTAAGTTCTACTTTAACACACCTTGCATG
GGCAAAAAGCAAGAAAAGTATGTCTAGCTCTGCCCAGACCTTTATGACAATACTTACACTGTTTTTTACTTCTCACTACCTTAAGCTAAATACTTGTATTCTTATTGCAAGTCATGCATAGTATCTGCTATCATAGTTCTTTTTTCAACTAGTAACTGTATACATCTTTATTTGTCTCAGGAAGAACTATTACCACTTCA
CAACAATTTGTTCTTTCATTCTTGTAGAGGGTTTGCTGGTTTACATATTTTATCTGCTTGTGTACTTACAGCTTTTGTAAAGTCCACATGATCTCAAGATTGCTGCTTATTATTATTATCTGATCTCTTTCTAATCATCTGAATGACTTTTCTTTGCAGGCTCTGGGAGATGTTGTTTTGAATCATCGTTGTGCTCACAA
ACAGgttttcttagaaaaacattctatctgcaacttcaatattttgaatatcatttaccttctgtttagttttatattcataagcatctttggcttgttagttgtaactgctagcagtaaggattatattttcctattccttatttgtatttctgcagtatatctacctagacataaaaatgcatgccttccttcaattt
acaactcactaggttgacacagcctgaaaattagtccatacatgtctgtagcaggaaagatttaaaattttacatggcgtgaatgcatttgacaattagccaatttatatgtctttaactgctaatgttaagtaagggtgaaatgatttctgcattgttgtgatccaatatagttacctttggtcttcggagtaattgag
gcatccagtttgggtcattgccaattcttgtacgggggatttttttttttaaatataggagggcattttctttgctgcttatgtgtgttagggtcttttatatagtggcattttttttttgaaaatatatgagggcatttttgttgctgcttgtatgtctttgatgggctatgttaattaagggtgaaatgatttctgca
ttgttgtgatccaatatagttacctttggtcttcggactaattgaggaatccagtttgggtcattgcaaattcttgtatgggggcatttttttaaaaatatacaagggcatttttgttgctgcttataggtgtgttcgggtcttttatatagttattaggttgtatttggagaaacttgtgatcatctatttttatttaa
tttattttatttgatatttactatatgagcactcccatggttcagctgcatgtcatgttcaatgcacgtagatcattagaggtagtagatataggtggaatcttgaaaacagatgttgtggtggcaagatcttattaaagcactttggttgtagAGTCCAAATGGTACATGGAATATATTTGGTGGGAAGTTTTCTTGGG
GCCCTGAGGCTATTGTTCGTGATGATCCCAACTTCCAAGGCTGTGGTAATCCTTCAAGTGGTAAGCTACATGGACTTTGGTAGAATAGAATAGGTAGGGTTTGCAGAGACAATGATGATGGCCTTCTATGAGGACACATGCAAAGGATTCTTTTTTATATACTAAATGAGCTAATCTGAAACAGACATTCTGAATTTGAA
ATAACATATGGTTCATTTGTAGGCCAAGTTTCCTTTTCAGCCTCTAACTGATCAGAAGATGTCTATGGTTTTCCACTTGTTTTCTGGAGTTAATGATTCGATAAATTTTTCTGTCTCCATTCTGGTTGTTTTCTTTCAATCTGTTCTCTGAATTCTCTTAATAAATTTATTTTTGCCATATTAATAGAAGCTGAAGCTAT
GATAAAGAAAGGTTTATATGATAAAGGCTTTAGATTTCAATTTAATTTTGACCAACATATTTCTCTAGTTGCTCCTGCTTGATAGTAATCATAAAATCTTAAGGCTCCCACAAAAAGCCATAACATGAGCTGATATGCAGCTGAAATTTACGGTATCTCCATGGTTTCTCATACACTGGCATGGTGCACATAGATGTAGG
AACATGGAACTAAATAAATTAATGACAGCTTCTTGATCATGGAAAATGTGATTGCTTAAAGTTGGAAGGAATCAAATGGACTTTAGGGAAAGTGCCAATGTCACCTCACACAGTCACTCTTACTTTGGGCTAGTGATTCCTAGCCTTAGGGGGGAATCCTTAGTGAT