NA ----> NA

Intron 1 GTGTGTTCAT ... CAATTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.03	48	184	157
A2	78.46	56	247	161
A3	75.68	76	305	168
A4	75.04	70	264	157
A5	75.14	44	166	100
A6	74.47	928	3237	2176
A7	73.13	699	2312	1492
A8	72.73	556	1522	1444
A9	73.72	807	2640	1887
A10	73.45	617	2197	1217

>TRINITY_DN103799_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

CAAGCTTTTTGTCACATGACCAGCCAGCCTAATCTCGCCGACTGTGGTTCACTCCACCGTATCCACAAGCATTCCTACGCTGTATATACGTCATGAAACCCTTGTGTGCTTGTGCATATTGCGGTACCTACTCTATATCTTGCCTAATCTAACCGTTATGTGACAGCTATCCCAGACCAGACATTAATTACTGAAGGGCG
GGCAGCCTTTATAACTGATTGGAGAATTCTGTGTGGTGCTAAATATCCAGGGAGTTTGCATTGATCGGAGCTTTGTGGGTCAAGGATTTACACAGAGATTGCGATAAAGTCCAGTCAGTGAGAGTTACCGGTGCTCTGCAAATATGTGTTGTGGTACTATCTGTAAGTGTTGGATGCTTACTGTGTATACAAATGTTGAT
AAAGTAAGGAGAGCCCATCAGCCGAGACATCCCCGTGATGGTAGTAAAGAGATTTGGTTTGCAGTTCACAGGGTTTGTTGATGGCCTGATGCATCTTCTCCTCCACAAGCTATGTGGGTATTGTAAAATCATTCTTTTTAGTCATTTTTTGGGTATCCATAGGATCATAAGAGCAGATCATGCATGTTTGGATCCATGGC
TATAATTTTGGTTCATTTTCATGGATCAGTATTTGAATTTTTTTGGTTATGTAAGTAACATGCTATTCAGCAGTTGGGTTGTTTAAGGACTATGCTTTTTCAAGAAGTATGATAAATTTCACGAACATGTCCATTGGTTTGTCTTATTTGTTATTCAAGTAAATCTGATAGGTTGGTTTGTAGTTTCATGGCAAACGCAA
TGGTTGATTAGAGTATATATGTTTCAAATATGCTGGGATCTGTAATATGATTCTAAACTCTGCATGCCGAATTTATGTTCAATATTAGAAGAATTTATGGGCATTCTTCTTTATCCTGCCCAAAGAATATAATTGATGCATTATAATATTGGTAAGGGC

>TRINITY_DN103799_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CAAGCTTTTTGTCACATGACCAGCCAGCCTAATCTCGCCGACTGTGGTTCACTCCACCGTATCCACAAGCATTCCTACGCTGTATATACGTCATGAAACCCTTGTGTGCTTGTGCATATTGCGGTACCTACTCTATATCTTGCCTAATCTAACCGTTATGTGACAGCTATCCCAGACCAGACATTAATTACTGAAGGGCG
GGCAGCCTTTATAACTGATTGGAGAATTCTGTGTGGTGCTAAATATCCAGGGAGTTTGCATTGATCGGAGCTTTGTGGGTCAAGGATTTACACAGAGATTGCGATAAAGTCCAGTCAGTGAGAGTTACCGGTGCTCTGCAAATATGTGTTGTGGTACTATCTGTAAGgtgtgttcatgccttattcttctggctgttttg
ataggtctcttgtttggttttggtgtctttaaacgagcgttccaccatgcagagcaatgccttcatgactgcagtggcaaatatgaagtagcacttgctcctaatggaaggccctttatgagatatccatgattcatccatagcttcagaacccagcgatttactccgaatttcaatttacagTGTTGGATGCTTACTGT
GTATACAAATGTTGATAAAGTAAGGAGAGCCCATCAGCCGAGACATCCCCGTGATGGTAGTAAAGAGATTTGGTTTGCAGTTCACAGGGTTTGTTGATGGCCTGATGCATCTTCTCCTCCACAAGCTATGTGGGTATTGTAAAATCATTCTTTTTAGTCATTTTTTGGGTATCCATAGGATCATAAGAGCAGATCATGCA
TGTTTGGATCCATGGCTATAATTTTGGTTCATTTTCATGGATCAGTATTTGAATTTTTTTGGTTATGTAAGTAACATGCTATTCAGCAGTTGGGTTGTTTAAGGACTATGCTTTTTCAAGAAGTATGATAAATTTCACGAACATGTCCATTGGTTTGTCTTATTTGTTATTCAAGTAAATCTGATAGGTTGGTTTGTAGT
TTCATGGCAAACGCAATGGTTGATTAGAGTATATATGTTTCAAATATGCTGGGATCTGTAATATGATTCTAAACTCTGCATGCCGAATTTATGTTCAATATTAGAAGAATTTATGGGCATTCTTCTTTATCCTGCCCAAAGAATATAATTGATGCATTATAATATTGGTAAGGGC

Intron 2 GTGTGTTCAT ... CACCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.32	89.7	184	218
A2	72.46	99.3	247	272
A3	70	127.7	305	281
A4	69.78	108.3	264	230.3
A5	71.23	66.7	166	161
A6	72.28	1252	3237	3234.7
A7	71.54	914.3	2312	2233.3
A8	68.89	764.7	1522	1840.3
A9	70.17	1133.7	2640	2642
A10	70.68	866.7	2197	1922

>TRINITY_DN93976_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

TGTGTTGTGGTACTATCTGTAAGAGCAATGCCTTCATGACTGCAGTGGCAAATATGAAGTAGCACTTGCTCCTAATGGAAGGCCCTTTATGAGATATCCATGATTCATCCATAGCTTCAGAACCCAGCGATTTACTCCGAATTTCAATTTACAGTGTTGGATGCTTACTGTGTATACAAATGTTGATAAAGTAAGGAGAG
CCCATCAGCCGAGACATCCCCGTGATGGTAGTAAAGAGATTTGGTTTGCAGTTCACAGGGTTTGTTGATGGCCTGATGCATCTTCTCCTCCACAAGCTATGTGGGTATTGTAAAATCATTCTTTTTAGTCATTTTTTGGGTATCCATAGGATCATAAGAGCAGATCATGCATGTTTGGATCCATGGCTATAATTTTGGTT
CACTTTCATGGATCAGTATTTGAATTTTTTGGTTATGTAAGTAACATGCTATTCAGCAGTTGGGTTGTTTAAGGACTATGCTTTTTCAAGAAGTATGATAAATTTCACGAACATGTCCATTGGTTTGTCTTATTTGTTATTCAAGTAAATCTGATAGGTTGGTT

>TRINITY_DN93976_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TGTCACATGACCAGCCAGCCTAATCTCGCCGACTGTGGTTCACTCCACCGTATCCACAAGCATTCCTACGCTGTATATACGTCATGAAACCCTTGTGTGCTTGTGCATATTGCGGTACCTACTCTATATCTTGCCTAATCTAACCGTTATGTGACAGCTATCCCAGACCAGACATTAATTACTGAAGGGCGGGCAGCCTT
TATAACTGATTGGAGAATTCTGTGTGGTGCTAAATATCCAGGGAGTTTGCATTGATCGGAGCTTTGTGGGTCAAGGATTTACACAGAGATTGCGATAAAGTCCAGTCAGTGAGAGTTACCGGTGCTCTGCAAATATGTGTTGTGGTACTATCTGTAAGgtgtgttcatgccttattcttctggctgttttgataggtctc
ttgtttggttttggtgtctttaaacgagcgttccaccatgcagAGCAATGCCTTCATGACTGCAGTGGCAAATATGAAGTAGCACTTGCTCCTAATGGAAGGCCCTTTATGAGATATCCATGATTCATCCATAGCTTCAGAACCCAGCGATTTACTCCGAATTTCAATTTACAGTGTTGGATGCTTACTGTGTATACAAA
TGTTGATAAAGTAAGGAGAGCCCATCAGCCGAGACATCCCCGTGATGGTAGTAAAGAGATTTGGTTTGCAGTTCACAGGGTTTGTTGATGGCCTGATGCATCTTCTCCTCCACAAGCTATGTGGGTATTGTAAAATCATTCTTTTTAGTCATTTTTTGGGTATCCATAGGATCATAAGAGCAGATCATGCATGTTTGGAT
CCATGGCTATAATTTTGGTTCACTTTCATGGATCAGTATTTGAATTTTTTGGTTATGTAAGTAACATGCTATTCAGCAGTTGGGTTGTTTAAGGACTATGCTTTTTCAAGAAGTATGATAAATTTCACGAACATGTCCATTGGTTTGTCTTATTTGTTATTCAAGTAAATCTGATAGGTTGGTT