sp|P0DO03|DJA8_ORYSJ ----> Chaperone protein dnaJ A8, chloroplastic


Intron 1 GTTAACTTTC ... ATGTTCTCAG

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>TRINITY_DN100464_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
GAATCATATCTCGCGGTAACAGTATCAAACCCTCATTACAAGTCCGGACGCAATAAGATATTGATTGCTTCCCTCCCATGTGACCTTCCTCCTCATAAGGCCTTCCGCCTGGAGTGTAGCCGCATTATCCCCGTTTCCATACAAGTGAAAACTGAACCAGTAGTCACAGACAGCAGACTACAGCATCTCTAGTGCAGACT
GAGGTTCATTAACTGGCTGACGATGGCCGTCCTCGATGTCCAGATGTTGCCATTTTTAAGCAGTTTTCTTGTGAATTGAACGCTTATCGATTACATTTGACTCTGTATTTTCTCCCTAGCTTGTACTGACAGAAGCAGGTAGTGGGAAAACTGATTCCAACCAGGTTTGAAATCCATCTAACACTCTCCAGGCTGACTCT
CTGGAGATGGTACTCAAGAACATATTAAACATAAATACATAGTGCTTGCCTTTGTGGAAACCTATGGTGGTGAATCATTTATCTTGGAGTTAGCACAGGACAGCTCAGAAAGTCTGTAGCTGTTGATTTCATGGCCAGAAAGGGTAACTTGCGTGGTAAGGGGTTTGAGAAGAATCCATCAGTGGACCCTATTACCTCTC
CAGAGTCAACTGGTATGCCCTCAAAAAAAATGGGCTCAAGGTCTGCAGCTTCAGCCATACAGGAGGGATCTGGCAACAGCAATGAGAATGCTCAGAATATTGATTGCCCAGACAATCGAAGCAATATTCCTAGGAACAAATCACGGAGGTCCAGAGGTTCAGGAGATGGTAAACAGGGTGCAGGGCTTGAAGAACCCAAC
ACTGTTAAGGGAATGACTTCTCTATCTGGACAACAACCGGGTACAAAACTAACGTCTTCCAAGTCAAAAGAAGTAAGTACATCCAAAGAAAATGGAAAGCAAGTAACTGCTGGAGATGGTGATGGAACTAATGCTGGTGAGGCAAGGGAGTATGAGGAAAGGTTGATGAATGCTAAAAGTTGTATTGGAGACATACCGTT
TCCTACTGAAGCCACTAGTACTCAATACGCTCAGATGCAAGAAAGTGTGGAGAATGGGATGGATGTCAGCTCCCAACACCTAGAAGGGAATGGAAATGACAAGAGTAAAGTTTCACGTGCAGCTACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGAATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGATACTCTGT
TTAGACAAGCTTCAGAATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGCTATTTTACAGACAAGAGACTTTATTGTTCATAGGTTTCGGCATACATGGCCCATAGTTTGCACATGGCTGTTACATTTGGGAAGGTTATTCCTGCTACTTTTTATACTGTGGCTGGACTGCTCTCTCAGAGGCATGGAC
TCATTTCTTCGTTTGGGCACGTCATCCTTCTTTGTGGTTATTTGGTGTAGCGTTCTTAGCTTCATTGCAATGTCAGGCATTTTCAATGTTCTTCTGAGTCTGGGTGTAGCTTGCGTCATGGCATTTGTTTTTGGCTACACAGCTTCAGTTTTGACAACGGCTGTTTTGGGGATGGTGGTTCTGTGGATGCATGGTAGCTT
TTGGATGAGCAGCCTGCTGATTATAGCAGCAGGCATTGCTTTTGCTCTGAATCATGAACATCTAGCGCTGCTGATTACAATTATTTACTCTATCTATTCTGCTAAATTTCATGTGGGATGGCTTGGCATGGTTCTGTGCATGAACCTGGCTTTCATATCAAGTGACATTTTAATTTACTTTCTAAAGAACAATGCAAATG
AGGGTAAAGAGAGAGGTTTTGATCCACAGGCTGAAGGAACTAATGGCAGGGCAAGAAATTTTTCTCATGCATTTGGATACAATGGTCCTTATGGTGAAGAAGGTAATTTTGCTTCAGCCAGACAATTTAAGGAAAGCTCCCAATACAGTCAGTCTGAAGATAGTGAAAGAGGGCCCTCAACCAGTGGCCAGGCTGGAGGA
GATTCATCTTCTGAAGAAGAAGTATTCCGACTATTGGATAGCCCTGATCACTATGCAGTGCTGGGATTATCTCGTTACCAGAACATAGATGCTTCTATCCTGAAAAAGGAGTACAGGAAAAAGGCAATGTTGGTTCATCCTGACAAAAACATGGGCAATGTAAAAGCTGAGGAAGCTTTTAAGAAACTCCAAAATGCATA
TGAGGTTTTATTGGATTCAGTTAAGAGGAAAATTTATGATGATGAACTGAGGAGGGAGGAGCTGGTCAGTCACTTTCGTAGGTTTAGAAGTGGTGTTCAAATGAATGGCAGGCACAACCCTTTTAGATATGGGCATGCTAATGCTGAGGATGAGAGAGATGGTCTTCAAGCAAATTCAAGAAGAATAGCTTGCAAAAAAT
GCAATGGTGCACATATTTGGATACATACTGACAGGACAAAAGCACGAGCTAGGTGGTGCCAGGATTGCCAAGAATACCATCAAGCAAAAGATGGAGATGGATGGGTTGAGCAAACGGGCCATGCATTTTTATTTGGGATGCTTAGAAAGGTGGATGCACCACGTGCATATGCCTGTGTAGAAAGCAAAGTATATGATGCA
ACTGAGTGGGTCATTTGCCAGGGTATGAAGTGTCCACCAAACACACACAGGCCCACTTTTCATGTCAATACTACTCTTATTGGAAAAGATTATTCTCGAGGAGGCACGTCAACTAACAAGGCTGGTGCAAATGCTGATGTACCACTACCTACAAACCTAGATGAAAACATGACAGAAGAAGAGTTTCTTGAGTGGTTTCA
AAATGCAGTGGCATCTAGGATGTTTGACACTAGTAATGGTGTGCCAGAAAATGCGGGCATGAAGACTGGGAATCATGCCAAAAATAACAAGAAAAAGAGAAAGGGAAAGAAACAATGGTAAGGTGTTAGATGGATTTTGTTGCCAGATGTTTATCTTATCTCATGCATGCATGCTTTTTGTAAATAAATGCCCCGCTGAT
GTAGATCTATGGCTTTATTATTACTGCAAGCATCATATGAGCTTGTAACATTAAGAGTTTTTATGAAGTGAAAGCAAAGCTTTGCTTCTATTTTTCAAGTGCAAATTCTAGAGTCAAAGTCAGATATATATACAAGGAATTTTAGAATCTTTATTGAATTGTCTGGCATAAGCATTCAATGAAACATAGGTTTCAAGCTA
AGTGGTCAAAGTCTTATGTGGATTGCATTTTTTAATGAATGAAATATATTTCTATCTTGTGTTTAACTTACCTGGTTATTTAAGGAGTGTAAGCTTGCAGCATAAACTGTCGAACTCCCTTAGATTATTTTAGTTTGAAGATATGCTTTGTCCAAACCTAAAAACTAGAATGTATCTGGCCATTGGCATAGTATGTGAAT
TTTTTCTAGCCAGTTTAACTTGATCGACAAGTTCCTTGTTCACAGTGCAT


>TRINITY_DN100464_c0_g1_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GAATCATATCTCGCGGTAACAGTATCAAACCCTCATTACAAGTCCGGACGCAATAAGATATTGATTGCTTCCCTCCCATGTGACCTTCCTCCTCATAAGGCCTTCCGCCTGGAGTGTAGCCGCATTATCCCCGTTTCCATACAAGTGAAAACTGAACCAGTAGTCACAGACAGCAGACTACAGCATCTCTAGTGCAGACT
GAGGTTCATTAACTGGCTGACGATGGCCGTCCTCGATGTCCAGATGTTGCCATTTTTAAGCAGTTTTCTTGTGAATTGAACGCTTATCGATTACATTTGACTCTGTATTTTCTCCCTAGCTTGTACTGACAGAAGCAGGTAGTGGGAAAACTGATTCCAACCAGGTTTGAAATCCATCTAACACTCTCCAGGCTGACTCT
CTGGAGATGGTACTCAAGAACATATTAAACATAAATACATAGTGCTTGCCTTTGTGGAAACCTATGGTGGTGAATCATTTATCTTGGAGTTAGCACAGGACAGCTCAGAAAGTCTGTAGCTGTTGATTTCATGGCCAGAAAGGGTAACTTGCGTGGTAAGGGGTTTGAGAAGAATCCATCAGTGGACCCTATTACCTCTC
CAGAGTCAACTGGTATGCCCTCAAAAAAAATGGGCTCAAGGTCTGCAGCTTCAGCCATACAGGAGGGATCTGGCAACAGCAATGAGAATGCTCAGAATATTGATTGCCCAGACAATCGAAGCAATATTCCTAGGAACAAATCACGGAGGTCCAGAGGTTCAGGAGATGGTAAACAGGGTGCAGGGCTTGAAGAACCCAAC
ACTGTTAAGGGAATGACTTCTCTATCTGGACAACAACCGGGTACAAAACTAACGTCTTCCAAGTCAAAAGAAGTAAGTACATCCAAAGAAAATGGAAAGCAAGTAACTGCTGGAGATGGTGATGGAACTAATGCTGGTGAGGCAAGGGAGTATGAGGAAAGGTTGATGAATGCTAAAAGTTGTATTGGAGACATACCGTT
TCCTACTGAAGCCACTAGTACTCAATACGCTCAGATGCAAGAAAGTGTGGAGAATGGGATGGATGTCAGCTCCCAACACCTAGAAGGGAATGGAAATGACAAGAGTAAAGTTTCACGTGCAGCTACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGAATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGATACTCTGT
TTAGACAAGCTTCAGAATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGCTATTTTACAGACAAGAGACTTTATTGTTCATAGGTTTCGGCATACATGGCCCATAGTTTGCACATGGCTGTTACATTTGGGAAGGTTATTCCTGCTACTTTTTATACTGTGGCTGGACTGCTCTCTCAGAGGCATGGAC
TCATTTCTTCGTTTGGGCACGTCATCCTTCTTTGTGGTTATTTGGTGTAGCGTTCTTAGCTTCATTGCAATGTCAGGCATTTTCAATGTTCTTCTGAGTCTGGGTGTAGCTTGCGTCATGGCATTTGTTTTTGGCTACACAGCTTCAGTTTTGACAACGGCTGTTTTGGGGATGGTGGTTCTGTGGATGCATGGTAGCTT
TTGGATGAGCAGCCTGCTGATTATAGCAGCAGGCATTGCTTTTGCTCTGAATCATGAACATCTAGCGCTGCTGATTACAATTATTTACTCTATCTATTCTGCTAAATTTCATGTGGGATGGCTTGGCATGGTTCTGTGCATGAACCTGGCTTTCATATCAAGTGACATTTTAATTTACTTTCTAAAGAACAATGCAAATG
AGGGTAAAGAGAGAGGTTTTGATCCACAGGCTGAAGGAACTAATGGCAGGGCAAGAAATTTTTCTCATGCATTTGGATACAATGGTCCTTATGGTGAAGAAGGTAATTTTGCTTCAGCCAGACAATTTAAGGAAAGCTCCCAATACAGTCAGTCTGAAGATAGTGAAAGAGGGCCCTCAACCAGTGGCCAGGCTGGAGGA
GATTCATCTTCTGAAGAAGAAGTATTCCGACTATTGGATAGCCCTGATCACTATGCAGTGCTGGGATTATCTCGTTACCAGAACATAGATGCTTCTATCCTGAAAAAGGAGTACAGGAAAAAGGCAATGTTGGTTCATCCTGACAAAAACATGGGCAATGTAAAAGCTGAGGAAGCTTTTAAGAAACTCCAAAATGCATA
TGAGgttaactttctcttccggctggccaattgatgaagaatttttgatgaaatgttatttaaattttgtgattgtttacacaggaaatatgattgttatctctttgtttggcacatagtgaaatgagtttctcaagacaagcaaacatgttctcagGTTTTATTGGATTCAGTTAAGAGGAAAATTTATGATGATGAAC
TGAGGAGGGAGGAGCTGGTCAGTCACTTTCGTAGGTTTAGAAGTGGTGTTCAAATGGTAAGTCGATTCTGTAGAATTATGAATAAGATTGAATGCATAGCTTTTTATCTAAACATTTAATCTGTTTGGTATAGATGTGGGATTATGCATGTGTGGAAGTAGGATTATTAAATCCTTTGTCTCTGCTTTAGACTAACAAGA
TACAATTTTTTTTTGTTATCTACCTTTCTTTGACAAGTAATTTTGATAAGAGTGCTATTTTCATAAATGTGGTGATGCCATAGTTCACCTCCAGAGAATTTTTCAGGCAGGAATTTGAGTGACTTGCATTGAAGTTTTGAGAACCTTCTGGGATGAAAGATATTTGGGTTCATGGCTGTTTTCATTTTATTACTGAATTT
TTAGGTATTTTGGGTATATGTTACAAACTCACCAGCTCAATCTTATCATAGTAATGATTGCTTTGTTAGAGGTTCAATTTTAGCCTTAGGTGTTTGTGAGATTTTAACCCCCC



Intron 2 GTAATTCATG ... GATTGGGCAG

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>TRINITY_DN115489_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
GCGTATTGTTTGACCCTGTAAGATTTGGACTTTTTTCAGCTTCAGGAAAGTCGTTGCCTGTAATCTTGGTGGTTAATGTTATTTTAATATTTACTTTCCAGCAGTTGCTTGTGCCATTTTCCAGAGGCCCTTACCAGTATGCAAATAGCATGCAACTTTTCCCCCATAAGATTTTCACATTTGTGGACTTTCTGGAAGAA
CTGATCCTTAATTTTTGATTGTTCAGACTCCAGTGGCTGATGTTGTTTAGAAATTTTCCTTTTTGTCACTTACTGAACCCATGGTCCATTTTCCATTTCAACTGTTCAAGGGGCTTGTAGCCTGCCTCCTGTAAGATGTAAAATTTTGTTGACTTTATGTAAGTGCTCATCTTTTCAGCTTGGATTAGACCTTGGGGACA
AGGGCAGTTTTGTACATTTGTATTTTAACATTTTTGGTAGGAAGAAGGGCAATTGCCTTGATTCTGTCTTGCACATTGGGATTTTGATAACAATTGTTAATAATAGGAAAGGGGAGTTCCTTGATCTGTTGTGTTGCATGGGATGAAGTGCATGCTTTCAGTATTATAGTATGGGCAATATTTTTTTGGTTCTGTGCTCT
TCAGAAGCATTTAAAGTTTAAACAGATGGATTGTAAATTTTAATTTCAGTAACAAGAAAGGTAAATTCTTCATATCTGTGCAAGTTAGATTAAGTAAGCAAGTTTCACATTTTATAACTGGCAGGAAGCAAATTGATTTTGTTTGTCTGCTCCATTTTTTTTGATTCATAGAAGTGTATTTGCAACAAAAGAAATTCAGT
TAAGATATCTTACATTCCACAATTCCTGTTGGATATAGAATTTGCATCTTAAAAGCATCGGTTTTCTTATCATTTGTTAATTCTGCTTGTTTGAAGTCTTTGATTGATGGAACTATATATTGCAAGCTATGATACAAAACTAGCTTTCTGATCCTTTACTCGTCTACTCTATTTTAATTGAACAGAAGCAGGTAGTGGGA
AAACTGATTCCAACCAGGTTTGAAATCCATCTAACACTCTCCAGGCTGACTCTCTGGAGATGGTACTCAAGAACATATTAAACATAAATACATAGTGCTTGCCTTTGTGGAAACCTATGGTGGTGAATCATTTATCTTGGAGTTAGCACAGGACAGCTCAGAAAGTCTGTAGCTGTTGATTTCATGGCCAGAAAGGGTAA
CTTGCGTGGTAAGGGGTTTGAGAAGAATCCATCAGTGGACCCTATTACCTCTCCAGAGTCAACTGGTATGCCCTCAAAAAAAATGGGCTCAAGGTCTGCAGCTTCAGCCATACAGGAGGGATCTGGCAACAGCAATGAGAATGCTCAGAATATTGATTGCCCAGACAATCGAAGCAATATTCCTAGGAACAAATCACGGA
GGTCCAGAGGTTCAGGAGATGGTAAACAGGGTGCAGGGCTTGAAGAACCCAACACTGTTAAGGGAATGACTTCTCTATCTGGACAACAACCGGGTACAAAACTAACGTCTTCCAAGTCAAAAGAAGTAAGTACATCCAAAGAAAATGGAAAGCAAGTAACTGCTGGAGATGGTGATGGAACTAATGCTGGTGAGGCAAGG
GAGTATGAGGAAAGGTTGATGAATGCTAAAAGTTGTATTGGAGACATACCGTTTCCTACTGAAGCCACTAGTACTCAATACGCTCAGATGCAAGAAAGTGTGGAGAATGGGATGGATGTCAGCTCCCAACACCTAGAAGGGAATGGAAATGACAAGAGTAAAGTTTCACGTGCAGCTACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGA
ATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGATACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGAATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGCTATTTTACAGACAAGAGACTTTATTGTTCATAGGTTTCGGCATACATGGCCCATAGTTTGCACATGGCTGTTACATTTGGGAAGGT
TATTCCTGCTACTTTTTATACTGTGGCTGGACTGCTCTCTCAGAGGCATGGACTCATTTCTTCGTTTGGGCACGTCATCCTTCTTTGTGGTTATTTGGTGTAGCGTTCTTAGCTTCATTGCAATGTCAGGCATTTTCAATGTTCTTCTGAGTCTGGGTGTAGCTTGCGTCATGGCATTTGTTTTTGGCTACACAGCTTCA
GTTTTGACAACGGCTGTTTTGGGGATGGTGGTTCTGTGGATGCATGGTAGCTTTTGGATGAGCAGCCTGCTGATTATAGCAGCAGGCATTGCTTTTGCTCTGAATCATGAACATCTAGCGCTGCTGATTACAATTATTTACTCTATCTATTCTGCTAAATTTCATGTGGGATGGCTTGGCATGGTTCTGTGCATGAACCT
GGCTTTCATATCAAGTGACATTTTAATTTACTTTCTAAAGAACAATGCAAATGAGGGTAAAGAGAGAGGTTTTGATCCACAGGCTGAAGGAACTAATGGCAGGGCAAGAAATTTTTCTCATGCATTTGGATACAATGGTCCTTATGGTGAAGAAGGTAATTTTGCTTCAGCCAGACAATTTAAGGAAAGCTCCCAATACA
GTCAGTCTGAAGATAGTGAAAGAGGGCCCTCAACCAGTGGCCAGGCTGGAGGAGATTCATCTTCTGAAGAAGAAGTATTCCGACTATTGGATAGCCCTGATCACTATGCAGTGCTGGGATTATCTCGTTACCAGAACATAGATGCTTCTATCCTGAAAAAGGAGTACAGGAAAAAGGCAATGTTGGTTCATCCTGACAAA
AACATGGGCAATGTAAAAGCTGAGGAAGCTTTTAAGAAACTCCAAAATGCATATGAGGTTTTATTGGATTCAGTTAAGAGGAAAATTTATGATGATGAACTGAGGAGGGAGGAGCTGGTCAGTCACTTTCGTAGGTTTAGAAGTGGTGTTCAAATGAATGGCAGGCACAACCCTTTTAGATATGGGCATGCTAATGCTGA
GGATGAGAGAGATGGTCTTCAAGCAAATTCAAGAAGAATAGCTTGCAAAAAATGCAATGGTGCACATATTTGGATACATACTGACAGGACAAAAGCACGAGCTAGGTGGTGCCAGGATTGCCAAGAATACCATCAAGCAAAAGATGGAGATGGATGGGTTGAGCAAACGGGCCATGCATTTTTATTTGGGATGCTTAGAA
AGGTGGATGCACCACGTGCATATGCCTGTGTAGAAAGCAAAGTATATGATGCAACTGAGTGGGTCATTTGCCAGGGTATGAAGTGTCCACCAAACACACACAGGCCCACTTTTCATGTCAATACTACTCTTATTGGAAAAGATTATTCTCGAGGAGGCACGTCAACTAACAAGGCTGGTGCAAATGCTGATGTACCACTA
CCTACAAACCTAGATGAAAACATGACAGAAGAAGAGTTTCTTGAGTGGTTTCAAAATGCAGTGGCATCTAGGATGTTTGACACTAGTAATGGTGTGCCAGAAAATGCGGGCATGAAGACTGGGAATCATGCCAAAAATAACAAGAAAAAGAGAAAGGGAAAGAAACAATGGTAAGGTGTTAGATGGATTTTGTTGCCAGA
TGTTTATCTTATCTCATGCATGCATGCTTTTTGTAAATAAATGCCCCGCTGATGTAGATCTATGGCTTTATTATTACTGCAAGCATCATATGAGCTTGTAACATTAAGAGTTTTTATGAAGTGAAAGCAAAGCTTTGCTTCTATTTTTCAAGTGCAAATTCTAGAGTCAAAGTCAGATATATATACAAGGAATTTTAGAA
TCTTTATTGAATTGTCTGGCATAAGCATTCAATGAAACATAGGTTTCAAGCTAAGTGGTCAAAGTCTTAT


>TRINITY_DN115489_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TCAAACCCTCATTACAAGTCCGGACGCAATAAGATATTGATTGCTTCCCTCCCATGTGACCTTCCTCCTCATAAGGCCTTCCGCCTGGAGTGTAGCCGCATTATCCCCGTTTCCATACAAGTGAAAACTGAACCAGTAGTCACAGACAGCAGACTACAGCATCTCTAGTGCAGACTGAGGTTCATTAACTGGCTGACGAT
GGCCGTCCTCGATGTCCAGATGTTGCCATTTTTAAGCAGTTTTCTTGTGAATTGAACGCTTATCGATTACATTTGACTCTGTATTTTCTCCCTAGCTTGTACTGACAGAAGCAGGTAGTGGGAAAACTGATTCCAACCAGGTTTGAAATCCATCTAACACTCTCCAGGCTGACTCTCTGGAGATGGTACTCAAGAACATA
TTAAACATAAATACATAGTGCTTGCCTTTGTGGAAACCTATGGTGGTGAATCATTTATCTTGGAGTTAGCACAGGACAGCTCAGAAAGTCTGTAGCTGTTGATTTCATGGCCAGAAAGGGTAACTTGCGTGGTAAGGGGTTTGAGAAGAATCCATCAGTGGACCCTATTACCTCTCCAGAGTCAACTGGTATGCCCTCAA
AAAAAATGGGCTCAAGGTCTGCAGCTTCAGCCATACAGGAGGGATCTGGCAACAGCAATGAGAATGCTCAGAATATTGATTGCCCAGACAATCGAAGCAATATTCCTAGGAACAAATCACGGAGGTCCAGAGGTTCAGGAGATGGTAAACAGGGTGCAGGGCTTGAAGAACCCAACACTGTTAAGGGAATGACTTCTCTA
TCTGGACAACAACCGGGTACAAAACTAACGTCTTCCAAGTCAAAAGAAGTAAGTACATCCAAAGAAAATGGAAAGCAAGTAACTGCTGGAGATGGTGATGGAACTAATGCTGGTGAGGCAAGGGAGTATGAGGAAAGGTTGATGAATGCTAAAAGTTGTATTGGAGACATACCGTTTCCTACTGAAGCCACTAGTACTCA
ATACGCTCAGATGCAAGAAAGTGTGGAGAATGGGATGGATGTCAGCTCCCAACACCTAGAAGGGAATGGAAATGACAAGAGTAAAGTTTCACGTGCAGCTACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGAATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGATACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGAATGGATCC
AGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGCTATTTTACAGACAAGAGACTTTATTGTTCATAGGTTTCGGCATACATGGCCCATAGTTTGCACATGGCTGTTACATTTGGGAAGGTTATTCCTGCTACTTTTTATACTGTGGCTGGACTGCTCTCTCAGAGGCATGGACTCATTTCTTCGTTTGGGCACGTCA
TCCTTCTTTGTGGTTATTTGGTGTAGCGTTCTTAGCTTCATTGCAATGTCAGGCATTTTCAATGTTCTTCTGAGTCTGGGTGTAGCTTGCGTCATGGCATTTGTTTTTGGCTACACAGCTTCAGTTTTGACAACGGCTGTTTTGGGGATGGTGGTTCTGTGGATGCATGGTAGCTTTTGGATGAGCAGCCTGCTGATTAT
AGCAGCAGGCATTGCTTTTGCTCTGAATCATGAACATCTAGCGCTGCTGATTACAATTATTTACTCTATCTATTCTGCTAAATTTCATGTGGGATGGCTTGGCATGGTTCTGTGCATGAACCTGGCTTTCATATCAAGTGACATTTTAATTTACTTTCTAAAGAACAATGCAAATGAGGGTAAAGAGAGAGGTTTTGATC
CACAGGCTGAAGGAACTAATGGCAGGGCAAGAAATTTTTCTCATGCATTTGGATACAATGGTCCTTATGGTGAAGAAGGTAATTTTGCTTCAGCCAGACAATTTAAGGAAAGCTCCCAATACAGTCAGTCTGAAGATAGTGAAAGAGGGCCCTCAACCAGTGGCCAGGCTGGAGGAGATTCATCTTCTGAAGAAGAAGTA
TTCCGACTATTGGATAGCCCTGATCACTATGCAGTGCTGGGATTATCTCGTTACCAGAACATAGATGCTTCTATCCTGAAAAAGGAGTACAGGAAAAAGgtaattcatgttgccctgcagtaactatgcaaagtaatcaattctagttttgttttaccgacttggaaaacttgctagcatatggattcaatgcaaaatta
caacatggttttatgctaaccccatggaaagcaagcattaaaatttatcttcacctgattgggcagGCAATGTTGGTTCATCCTGACAAAAACATGGGCAATGTAAAAGCTGAGGAAGCTTTTAAGAAACTCCAAAATGCATATGAGGTTAACTTTCTCTTCCGGCTGGCCAATTGATGAAGAATTTTTGATGAAATGTT
ATTTAAATTTTGTGATTGTTTACACAGGAAATATGATTGTTATCTCTTTGTTTGGCACATAGTGAAATGAGTTTCTCAAGACAAGCAAACATGTTCTCAG



Intron 3 GTAAAGTTTT ... TGTAGAGGAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A120.83571119
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A821.051553
A918.4542127
A1024.8471219



>TRINITY_DN115489_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform
TCAAACCCTCATTACAAGTCCGGACGCAATAAGATATTGATTGCTTCCCTCCCATGTGACCTTCCTCCTCATAAGGCCTTCCGCCTGGAGTGTAGCCGCATTATCCCCGTTTCCATACAAGTGAAAACTGAACCAGTAGTCACAGACAGCAGACTACAGCATCTCTAGTGCAGACTGAGGTTCATTAACTGGCTGACGAT
GGCCGTCCTCGATGTCCAGATGTTGCCATTTTTAAGCAGTTTTCTTGTGAATTGAACGCTTATCGATTACATTTGACTCTGTATTTTCTCCCTAGCTTGTACTGACAGAAGCAGGTAGTGGGAAAACTGATTCCAACCAGGTTTGAAATCCATCTAACACTCTCCAGGCTGACTCTCTGGAGATGGTACTCAAGAACATA
TTAAACATAAATACATAGTGCTTGCCTTTGTGGAAACCTATGGTGGTGAATCATTTATCTTGGAGTTAGCACAGGACAGCTCAGAAAGTCTGTAGCTGTTGATTTCATGGCCAGAAAGGGTAACTTGCGTGGTAAGGGGTTTGAGAAGAATCCATCAGTGGACCCTATTACCTCTCCAGAGTCAACTGGTATGCCCTCAA
AAAAAATGGGCTCAAGGTCTGCAGCTTCAGCCATACAGGAGGGATCTGGCAACAGCAATGAGAATGCTCAGAATATTGATTGCCCAGACAATCGAAGCAATATTCCTAGGAACAAATCACGGAGGTCCAGAGGTTCAGGAGATGGTAAACAGGGTGCAGGGCTTGAAGAACCCAACACTGTTAAGGGAATGACTTCTCTA
TCTGGACAACAACCGGGTACAAAACTAACGTCTTCCAAGTCAAAAGAAGTAAGTACATCCAAAGAAAATGGAAAGCAAGTAACTGCTGGAGATGGTGATGGAACTAATGCTGGTGAGGCAAGGGAGTATGAGGAAAGGTTGATGAATGCTAAAAGTTGTATTGGAGACATACCGTTTCCTACTGAAGCCACTAGTACTCA
ATACGCTCAGATGCAAGAAAGTGTGGAGAATGGGATGGATGTCAGCTCCCAACACCTAGAAGGGAATGGAAATGACAAGAGTAAAGTTTCACGTGCAGCTACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGAATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGATACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGAATGGATCC
AGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGCTATTTTACAGACAAGAGACTTTATTGTTCATAGGTTTCGGCATACATGGCCCATAGTTTGCACATGGCTGTTACATTTGGGAAGGTTATTCCTGCTACTTTTTATACTGTGGCTGGACTGCTCTCTCAGAGGCATGGACTCATTTCTTCGTTTGGGCACGTCA
TCCTTCTTTGTGGTTATTTGGTGTAGCGTTCTTAGCTTCATTGCAATGTCAGGCATTTTCAATGTTCTTCTGAGTCTGGGTGTAGCTTGCGTCATGGCATTTGTTTTTGGCTACACAGCTTCAGTTTTGACAACGGCTGTTTTGGGGATGGTGGTTCTGTGGATGCATGGTAGCTTTTGGATGAGCAGCCTGCTGATTAT
AGCAGCAGGCATTGCTTTTGCTCTGAATCATGAACATCTAGCGCTGCTGATTACAATTATTTACTCTATCTATTCTGCTAAATTTCATGTGGGATGGCTTGGCATGGTTCTGTGCATGAACCTGGCTTTCATATCAAGTGACATTTTAATTTACTTTCTAAAGAACAATGCAAATGAGGGTAAAGAGAGAGGTTTTGATC
CACAGGCTGAAGGAACTAATGGCAGGGCAAGAAATTTTTCTCATGCATTTGGATACAATGGTCCTTATGGTGAAGAAGGTAATTTTGCTTCAGCCAGACAATTTAAGGAAAGCTCCCAATACAGTCAGTCTGAAGATAGTGAAAGAGGGCCCTCAACCAGTGGCCAGGCTGGAGGAGATTCATCTTCTGAAGAAGAAGTA
TTCCGACTATTGGATAGCCCTGATCACTATGCAGTGCTGGGATTATCTCGTTACCAGAACATAGATGCTTCTATCCTGAAAAAGGAGTACAGGAAAAAGGCAATGTTGGTTCATCCTGACAAAAACATGGGCAATGTAAAAGCTGAGGAAGCTTTTAAGAAACTCCAAAATGCATATGAGGTTTTATTGGATTCAGTTAA
GAGGAAAATTTATGATGATGAACTGAGGAGGGAGGAGCTGGTCAGTCACTTTCGTAGGTTTAGAAGTGGTGTTCAAATGAATGGCAGGCACAACCCTTTTAGATATGGGCATGCTAATGCTGAGGATGAGAGAGATGGTCTTCAAGCAAATTCAAGAAGAATAGCTTGCAAAAAATGCAATGGTGCACATATTTGGATAC
ATACTGACAGGACAAAAGCACGAGCTAGGTGGTGCCAGGATTGCCAAGAATACCATCAAGCAAAAGATGGAGATGGATGGGTTGAGCAAACGGGCCATGCATTTTTATTTGGGATGCTTAGAAAGGTGGATGCACCACGTGCATATGCCTGTGTAGAAAGCAAAGTATATGATGCAACTGAGTGGGTCATTTGCCAGGGT
ATGAAGTGTCCACCAAACACACACAGGCCCACTTTTCATGTCAATACTACTCTTATTGGAAAAGATTATTCTCGAGGAGGCACGTCAACTAACAAGGCTGGTGCAAATGCTGATGTACCACTACCTACAAACCTAGATGAAAACATGACAGAAGAAGAGTTTCTTGAGTGGTTTCAAAATGCAGTGGCATCTAGGATGTT
TGACACTAGTAATGGTGTGCCAGAAAATGCGGGCATGAAGACTGGGAATCATGCCAAAAATAACAAGAAAAAGAGAAAGGGAAAGAAACAATGGTAAGGTGTTAGATGGATTTTGTTGCCAGATGTTTATCTTATCTCATGCATGCATGCTTTTTGTAAATAAATGCCCCGCTGATGTAGATCTATGGCTTTATTATTAC
TGCAAGCATCATATGAGCTTGTAACATTAAGAGTTTTTATGAAGTGAAAGCAAAGCTTTGCTTCTATTTTTCAAGTGCAAATTCTAGAGTCAAAGTCAGATATATATACAAGGAATTTTAGAATCTTTATTGAATTGTCTGGCATAAGCATTCAATGAAACATAGGTTTCAAGCTAAGTGGTCAAAGTCTTAT


>TRINITY_DN115489_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TCAAACCCTCATTACAAGTCCGGACGCAATAAGATATTGATTGCTTCCCTCCCATGTGACCTTCCTCCTCATAAGGCCTTCCGCCTGGAGTGTAGCCGCATTATCCCCGTTTCCATACAAGTGAAAACTGAACCAGTAGTCACAGACAGCAGACTACAGCATCTCTAGTGCAGACTGAGGTTCATTAACTGGCTGACGAT
GGCCGTCCTCGATGTCCAGATGTTGCCATTTTTAAGCAGTTTTCTTGTGAATTGAACGCTTATCGATTACATTTGACTCTGTATTTTCTCCCTAGCTTGTACTGACAGgtaaagttttcgcaccattccccaactttttccaaaatgcacagttcgttctatctttcttaatctctgaaatggaagtgaaattgaatttc
gagctccattatggtttaatttatgggatgtgtctttttttgggcctcaaaatattatgggttgttaattgactccctggccgccccccttaagggtttcaagcaattgcatcgctcccatgaataaaggacgatgatttaaccaattctgagagccgttgggatcggggctatgaaagaattggattactacgttcaat
gaatgaactccttctgcaaaacccaatctctttatatctgtgatgtagaggagAAGCAGGTAGTGGGAAAACTGATTCCAACCAGGTTTGAAATCCATCTAACACTCTCCAGGCTGACTCTCTGGAGATGGTACTCAAGAACATATTAAACATAAATACATAGTGCTTGCCTTTGTGGAAACCTATGGTGGTGAATCATT
TATCTTGGAGTTAGCACAGGACAGCTCAGAAAGTCTGTAGCTGTTGATTTCATGGCCAGAAAGGGTAACTTGCGTGGTAAGGGGTTTGAGAAGAATCCATCAGTGGACCCTATTACCTCTCCAGAGTCAACTGGTATGCCCTCAAAAAAAATGGGCTCAAGGTCTGCAGCTTCAGCCATACAGGAGGGATCTGGCAACAG
CAATGAGAATGCTCAGAATATTGATTGCCCAGACAATCGAAGCAATATTCCTAGGAACAAATCACGGAGGTCCAGAGGTTCAGGAGATGGTAAACAGGGTGCAGGGCTTGAAGAACCCAACACTGTTAAGGGAATGACTTCTCTATCTGGACAACAACCGGGTACAAAACTAACGTCTTCCAAGTCAAAAGAAGTAAGTA
CATCCAAAGAAAATGGAAAGCAAGTAACTGCTGGAGATGGTGATGGAACTAATGCTGGTGAGGCAAGGGAGTATGAGGAAAGGTTGATGAATGCTAAAAGTTGTATTGGAGACATACCGTTTCCTACTGAAGCCACTAGTACTCAATACGCTCAGATGCAAGAAAGTGTGGAGAATGGGATGGATGTCAGCTCCCAACAC
CTAGAAGGGAATGGAAATGACAAGAGTAAAGTTTCACGTGCAGCTACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGAATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGATACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGAATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGCTATTTTACAGACAAGAGA
CTTTATTGTTCATAGGTTTCGGCATACATGGCCCATAGTTTGCACATGGCTGTTACATTTGGGAAGGTTATTCCTGCTACTTTTTATACTGTGGCTGGACTGCTCTCTCAGAGGCATGGACTCATTTCTTCGTTTGGGCACGTCATCCTTCTTTGTGGTTATTTGGTGTAGCGTTCTTAGCTTCATTGCAATGTCAGGCA
TTTTCAATGTTCTTCTGAGTCTGGGTGTAGCTTGCGTCATGGCATTTGTTTTTGGCTACACAGCTTCAGTTTTGACAACGGCTGTTTTGGGGATGGTGGTTCTGTGGATGCATGGTAGCTTTTGGATGAGCAGCCTGCTGATTATAGCAGCAGGCATTGCTTTTGCTCTGAATCATGAACATCTAGCGCTGCTGATTACA
ATTATTTACTCTATCTATTCTGCTAAATTTCATGTGGGATGGCTTGGCATGGTTCTGTGCATGAACCTGGCTTTCATATCAAGTGACATTTTAATTTACTTTCTAAAGAACAATGCAAATGAGGGTAAAGAGAGAGGTTTTGATCCACAGGCTGAAGGAACTAATGGCAGGGCAAGAAATTTTTCTCATGCATTTGGATA
CAATGGTCCTTATGGTGAAGAAGGTAATTTTGCTTCAGCCAGACAATTTAAGGAAAGCTCCCAATACAGTCAGTCTGAAGATAGTGAAAGAGGGCCCTCAACCAGTGGCCAGGCTGGAGGAGATTCATCTTCTGAAGAAGAAGTATTCCGACTATTGGATAGCCCTGATCACTATGCAGTGCTGGGATTATCTCGTTACC
AGAACATAGATGCTTCTATCCTGAAAAAGGAGTACAGGAAAAAGGCAATGTTGGTTCATCCTGACAAAAACATGGGCAATGTAAAAGCTGAGGAAGCTTTTAAGAAACTCCAAAATGCATATGAGGTTTTATTGGATTCAGTTAAGAGGAAAATTTATGATGATGAACTGAGGAGGGAGGAGCTGGTCAGTCACTTTCGT
AGGTTTAGAAGTGGTGTTCAAATGAATGGCAGGCACAACCCTTTTAGATATGGGCATGCTAATGCTGAGGATGAGAGAGATGGTCTTCAAGCAAATTCAAGAAGAATAGCTTGCAAAAAATGCAATGGTGCACATATTTGGATACATACTGACAGGACAAAAGCACGAGCTAGGTGGTGCCAGGATTGCCAAGAATACCA
TCAAGCAAAAGATGGAGATGGATGGGTTGAGCAAACGGGCCATGCATTTTTATTTGGGATGCTTAGAAAGGTGGATGCACCACGTGCATATGCCTGTGTAGAAAGCAAAGTATATGATGCAACTGAGTGGGTCATTTGCCAGGGTATGAAGTGTCCACCAAACACACACAGGCCCACTTTTCATGTCAATACTACTCTTA
TTGGAAAAGATTATTCTCGAGGAGGCACGTCAACTAACAAGGCTGGTGCAAATGCTGATGTACCACTACCTACAAACCTAGATGAAAACATGACAGAAGAAGAGTTTCTTGAGTGGTTTCAAAATGCAGTGGCATCTAGGATGTTTGACACTAGTAATGGTGTGCCAGAAAATGCGGGCATGAAGACTGGGAATCATGCC
AAAAATAACAAGAAAAAGAGAAAGGGAAAGAAACAATGGTAAGGTGTTAGATGGATTTTGTTGCCAGATGTTTATCTTATCTCATGCATGCATGCTTTTTGTAAATAAATGCCCCGCTGATGTAGATCTATGGCTTTATTATTACTGCAAGCATCATATGAGCTTGTAACATTAAGAGTTTTTATGAAGTGAAAGCAAAG
CTTTGCTTCTATTTTTCAAGTGCAAATTCTAGAGTCAAAGTCAGATATATATACAAGGAATTTTAGAATCTTTATTGAATTGTCTGGCATAAGCATTCAATGAAACATAGGTTTCAAGCTAAGTGGTCAAAGTCTTAT



Intron 4 GTAGTGCAAA ... GATTGAACAG

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>TRINITY_DN119304_c1_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform
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CTAGTGCAGACTGAGGTTCATTAACTGGCTGACGATGGCCGTCCTCGATGTCCAGATGTTGCCATTTTTAAGCAGTTTTCTTGTGAATTGAACGCTTATCGATTACATTTGACTCTGTATTTTCTCCCTAGCTTGTACTGACAGAAGCAGGTAGTGGGAAAACTGATTCCAACCAGGTTTGAAATCCATCTAACACTCTC
CAGGCTGACTCTCTGGAGATGGTACTCAAGAACATATTAAACATAAATACATAGTGCTTGCCTTTGTGGAAACCTATGGTGGTGAATCATTTATCTTGGAGTTAGCACAGGACAGCTCAGAAAGTCTGTAGCTGTTGATTTCATGGCCAGAAAGGGTAACTTGCGTGGTAAGGGGTTTGAGAAGAATCCATCAGTGGACC
CTATTACCTCTCCAGAGTCAACTGGTATGCCCTCAAAAAAAATGGGCTCAAGGTCTGCAGCTTCAGCCATACAGGAGGGATCTGGCAACAGCAATGAGAATGCTCAGAATATTGATTGCCCAGACAATCGAAGCAATATTCCTAGGAACAAATCACGGAGGTCCAGAGGTTCAGGAGATGGTAAACAGGGTGCAGGGCTT
GAAGAACCCAACACTGTTAAGGGAATGACTTCTCTATCTGGACAACAACCGGGTACAAAACTAACGTCTTCCAAGTCAAAAGAAGTAAGTACATCCAAAGAAAATGGAAAGCAAGTAACTGCTGGAGATGGTGATGGAACTAATGCTGGTGAGGCAAGGGAGTATGAGGAAAGGTTGATGAATGCTAAAAGTTGTATTGG
AGACATACCGTTTCCTACTGAAGCCACTAGTACTCAATACGCTCAGATGCAAGAAAGTGTGGAGAATGGGATGGATGTCAGCTCCCAACACCTAGAAGGGAATGGAAATGACAAGAGTAAAGTTTCACGTGCAGCTACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGAATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATG
CAGATACTCTGTTTAGACAAGCTTCAGAATGGATCCAGCAGCAGAAGCCTGTATTAATGGCATTCAATGCAGCTATTTTACAGACAAGAGACTTTATTGTTCATAGGTTTCGGCATACATGGCCCATAGTTTGCACATGGCTGTTACATTTGGGAAGGTTATTCCTGCTACTTTTTATACTGTGGCTGGACTGCTCTCTC
AGAGGCATGGACTCATTTCTTCGTTTGGGCACGTCATCCTTCTTTGTGGTTATTTGGTGTAGCGTTCTTAGCTTCATTGCAATGTCAGGCATTTTCAATGTTCTTCTGAGTCTGGGATTTATTGATTCAGGGTGTAGCTTGCGTCATGGCATTTGTTTTTGGCTACACAGCTTCAGTTTTGACAACGGCTGTTTTGGGGA
TGGTGGTTCTGTGGATGCATGGTAGCTTTTGGATGAGCAGCCTGCTGATTATAGCAGCAGGCATTGCTTTTGCTCTGAATCATGAACATCTAGCGCTGCTGATTACAATTATTTACTCTATCTATTCTGCTAAATTTCATGTGGGATGGCTTGGCATGGTTCTGTGCATGAACCTGGCTTTCATATCAAGTGACATTTTA
ATTTACTTTCTAAAGAACAATGCAAATGAGGGTAAAGAGAGAGGTTTTGATCCACAGGCTGAAGGAACTAATGGCAGGGCAAGAAATTTTTCTCATGCATTTGGATACAATGGTCCTTATGGTGAAGAAGGTAATTTTGCTTCAGCCAGACAATTTAAGGAAAGCTCCCAATACAGTCAGTCTGAAGATAGTGAAAGAGG
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>TRINITY_DN119304_c1_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:
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CATGCATTTGGATACAATGGTCCTTATGGTGAAGAAGGTAATTTTGCTTCAGCCAGACAATTTAAGGAAAGCTCCCAATACAGTCAGTCTGAAGATAGTGAAAGAGGGCCCTCAACCAGTGGCCAGGCTGGAGGAGATTCATCTTCTGAAGAAGAAGTATTCCGACTATTGGATAGCCCTGATCACTATGCAGTGCTGGG
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TGCCAAGAATACCATCAAGCAAAAGATGGAGATGGATGGGTTGAGCAAACGGGCCATGCATTTTTATTTGGGATGCTTAGAAAGGTATTACATGACAATTCCAAGCTCGATCCAAGTGTCTTCAACCAAAAAACGTCCAAGCCCC