sp|Q5JL96|ZFP34_ORYSJ ----> Probable E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34


Intron 1 GTAAGGGCAT ... TATCTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A114.1221920.736
A213.0418015.327
A310.131421516
A47.241418.311
A511.2763138
A611.89126517
A715.1424113.343
A817.072388.349
A914.4316616.328
A1013.312158.733



>TRINITY_DN123696_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform
CTTAATAATAGACCTCCATATATTCTTATACATTTATTTTCGTTTGAACTTTTCAATGAACTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCTTATTT
ATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTAATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGT
CCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAATTTATATGTTTGCAGCATA
TTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTC
ACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAGCGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTA
GTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATTAATAA
TCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTAACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACAAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAACATTC
TAAAGGGAATTTAATAATTTATTGATCTCAGTGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATG
GACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGC
CCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGT
GCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGATATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATGATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCC
CTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAA
CGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCAT
GGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCG
TTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCC
TACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGA
TGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTT
GATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATT
GCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGAGCAGCAGCTCTCTATTCCTTGTTCATAGTAATTGACTTGTTTTTGGGCATTTCAGTCATTTCTTCATCAATTCAGACTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGT
ATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTGTACTTTGCACATCTAGAAGTTGATGAAATAATTATTTCAGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGACCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATA
TGCCAACAATTTTGGTATTTTTGAAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGAAGATTTTTGAGGATCCTCTGCTTTTGAAATTTTTGATAGTTTTGTTCATTTGTGTCACAGATCTGGCCCTTTCTCATGTAATTGAGTTTTTATTTCTCTTGTTTGTAAATG
TAACTGTAATCTCGTGCTTATA


>TRINITY_DN123696_c0_g2_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GTAAGAATTCAACTTTGACCTAATTTCCTTGGCTGATTTGAAATAAGAACCTGATTTGAAATTTCTCTTCGGCAATAATTATAGTGTTGTGTAAATTGTGGCAAATCCAGGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATgtaagggcatgc
atctgccgtctcctgccgtccttgggttactttgtgttgtccatgtttgaaaagccaatcatgaaaagataggccttcctgaaatatctaacactagagtattttgtttgtttaatgtttgatgccaactaaaaatgatctgtttttttatctttcagATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGT
AGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAG



Intron 2 GTAGTACTTC ... ATGTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A111.47131.3018
A25.48129.327.5
A37.25113.729
A45.29134.727.5
A57.236.743
A66.7310508
A75.47177110.5
A84.78184.309.5
A96.3313609.5
A106.54114.708.5



>TRINITY_DN124597_c4_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoform
ACAAATTAATTTCTTAAAAATGAAACTGTGTTGAAGGGAACTCTAAATGTAATTTTTGTCATATATATAGTCACACACCCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTAGTCACACACACTCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTATAAAGATGTAGTCCATCAAAATA
GGATTTGAAGGAAAAAATTATGATAAAGAAGGTTTGAGTAAAAAATCACGATCAAGATGGATTTATTAGCTTATGCTCTTACCAAGTTCAATTTAAGAAAAAATTCTGCATGACCAGATTTCCGGAACTTCAACTAAAGGTCTTTATGTAATATTCTCTCAATTATCTCAATTTGGAGTGTAATTATAATTTATGATGAA
CACTTTGTTTACACAAAATGCTCAGTGAAGAACATCGAAGGGTTGAGAAATGTCAGTGTGTTTGGAGGTCAAGATTTTAATTTAGAAAGATCAAGTAGGTCTCAATAATGGAATGATATTAACCGGCATACTAATTTAGTGGTAGCGTAATAAATTGAGGAGTGTAGGGTGTTTCCTTGAGGATAAATTACCTCGAGTAC
TTTTAGGTTTGCTGGAAGAATAAGTTGAATATTTTATATTTAATAGAGACAATGCTTCTAAAGTAATTTGAAGACACTTGAAACATTCCAGTATAAATTATTTTCAGCTGAAAATTTTTGAATACTTTAAACAGCGAGTGGGATCTTAGCCTTATTCCTGCTAAATGGTGTGGTGAGTGGGATGTTACCCTTGTTCCAAC
TAGTTTAATTTTTCTCTTTTCCCCTGAAGCACTGTTTGTTCAACATTTATGTTGAATTAGTTTTCAAATTCTGAGCCGATTCTCCAACTAATCTTCCAGCTCGATCTTCCTATTTAACATGGCAAAACATCATTTAGTATTTTCCCAATCCAAGAATAGCAATGAAAGCTATCAATAATTCAATTATATTCTTTTGTGAA
ATAGAATTGATTTTAGGATTGGAGTATCTGCTTTAAAGAATCAAAATGTTGCCTATGTTTTTCACAATGCGATTGATCTCTAAATTACAAACCATGCCGTTGATCAAAATTCTTTTAAATAATTGTTAGCTTTGGGACCTTAAGACCAAGTGTAGCGCTTGTGGTATCTACATAGTTCTACTTTTATCCTTGGAAAACAC
TTTTCAACTTTAACAAACTAGGAGATTGGCCACCGTTTCTTTTAAAATAGTTAGTTCTCTGTATTTTCATCATGTAAATTTAATTCAATTCCATAGAGATGTACTTGTATTGTTTTGCAAACACTGCTATATTTGGCTTAAGTAAATGTGTTTACATAGAGTAAACTGGCATGTTGGATGTAATGCTAATTTGGTGGCTA
CTATATGTTTTGCTTAATAATAGACCTCCATATATTCTTATACATTTATTTTCGTTTGAACTTTTCAATGAACTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTT
GCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTAATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTG
AAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCTTTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATTAAAATATGGTTACGACATCATCGTTGAGGATAGAATTCTTTAGGTATGATGGAAATTTATATGTTTGCAGCATATGCTAATTG
CTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTACATGTTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGC
AAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAA
AATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGA
AGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACAAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAA
TAATTTATTGACCTCAATGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAAACAAGTCAAACAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTGAACAATTAGATGGACTG
ACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGCCCCTG
TTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATT
TTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGCTATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATGATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCCCTTTA
AATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATACTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAG
GTGCCGTATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGA
AGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGT
TTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCA
GAATAAGAAGATCTGGATTTTATGTAATGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGTAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCCCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAAC
AGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGA
ATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAA
GCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTAC


>TRINITY_DN124597_c4_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:
AGAGATGCAACAGCACCTACAgtagtacttcttgaatatagtctttagattattgacagacatgagggtagttctggatgtatttggccccaagtccgattacacttttcccaaaggccactatcttggcagatctctcagtgctcgtggtatgtttgcagGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATAT
GTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGTAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCCCACCACAAACACTT
GTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTT
GGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGT
ATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTAC



Intron 3 GTAATGCTTG ... GTTTTTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A10.99172.312
A25.3514686
A3111411
A45.49107.346
A5058.300
A6088.300
A7015700
A8015900
A92.45106.305
A1009500



>TRINITY_DN45155_c1_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoform
CAAATTAATTTCTTAAAAATGAAACTGTGTTGAAGGGAACTCTAAATGTAATTTTTGTCATATATATAGTCACACACCCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTAGTCACACACACTCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTATAAAGATGTAGCCCATCAAAATAG
GATTTGAAGGAAAAAATTATGATAAAGAAGGTTTGAGTAATAAAATCACGATCAAGATGGATTTATTAGCTTATGCTCTTACCAAGTTCAATTTAAGAAAAATTTCTGCATGACCATGACCAGAGTTTCTTGAACTGCAACTAAAGGTCTTTATGTAATATTCTCTCAACTATCTCAAATTGGAGTGTAATTATAATTTT
TGAAGAACACTTGTGTTTACACAAAATGCTCAGTGAAGAACATCGAACGGTTGACAAATGTCAGTGTGTTTGAAGGTCAAGATTTTAATTTAGAAAGATCAAGTCAGTCTCAATAAGGGAATGATATTAACAGGCACACTAATTAGTGGTAGCGTAATCAATTGAGGAGTTTAAGGTGTTTCCTTGAGGATAAATTACCT
CCAGTACTTTTAGGTTTGCTGGAAGAATAAGTTGAATATTTTATATGTAATAGAGACAATGCTTCTAAAGTAATTTGAAGACACTTGAAACATTCCAGTATTAATTATTTTCAGCTGAAAATATTTGAATACTTTAAACAGCGAGTGGGATCTTAGCCTTATTCCTGCTAAATGGTGTGGTGAGTGGGATGTTACCCTTA
TTCCAACTAGTTTAATTTTTCTCTTTTCCCCTGAAGCACTGTTTGTTCAACATTTATGTTGAATTAGTTTTCAAATTCTGAGCCGATTCTCCAACTAATCTGCCAGCTCGATCTTCGTATTTAACATGGCAAAAGATCATTTAGTATTTTCCCAATCCAAGAATAACAATGAAAACTATCAATAATTCAATTATATTCTT
TTGTGAAATATAATTGATTTTAGGATTGGAGTATCTGCTTTAAAGAAATAAAATGTTGCCTATGTTTTTCACAATGCGATTAATCTCTAAATTACACACCATGCCGTTCATCAATTATTTTTTAAATAATTGTTAGCTTTGGGACTTTAGACCAAGTGTAGCGTTTGTGGTATCTATATAGTTCTACTTTTGTCCTTGGA
AAACACTTTTCAACTTTAACAAACTTGTAGATTGGCCACCGTTTCTTTTGAAATAGTTAATTCTCTGTATTTTCATCATGTAAATTTAATCCAATTCCATAGAGATGTACTTGTATTGTTTTGCAAACACTGCTATATTTGGCTCAAGTACATGTGTTTACATAGAGAAAACTGGCATGTTGGATGTAATGCTAATTTGG
TGGCTACTATATGTTTTGCTTAATAATAGACCTCCATATATTCTTATACATTTATTTTGGTTTGAACTTTTCAATGAACTATGTCTCTGGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAG
CATTTTGCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTAATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCATTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAG
CTATTGAAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAAT
TTATATGTTTGCAGCATATTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAA
GCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAA
GTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAATATTCTTTAGGGGACAAAGGTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGACTTGCTGACCTCATTGACCA
TTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGATAAATCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACGAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGG
AACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGACCTCAATGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAAACAAGTCAAACAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGC
ATTGAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGCCTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAG
AAAATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTATACTTGAGAAAACTATTGGTTTTACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTT
GGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGCTATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATAATTGTATTTATCTATAGC
TGTAAACACTGACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGG
CTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTA
ACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATG
CACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGAC
AATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGTAATGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGGGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTC
TCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAACTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGCGTTGCATTCAGCCATAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTCAAGTTACAGACAGCAGATTTTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGTTCTGCCATCTTAG
AATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACCAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGTATTTTATAGAAGTAACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCT
CGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTAC


>TRINITY_DN45155_c1_g2_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:
CCATAAAGTCCAAAGGgtaatgcttgtgctgcttgatttggagagaaccatttcccttcaccatctaaattatatgttttttcaatatgtggatgaattacaccttgtgaatgcttactattgtttttccagGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTAAGATTTCAACTTTGACCTAATTTCCTTGGCTG
ATTTGAAATAAGAACCTGATTTGAAATTTCTCTTCGGCAATAATTATAGTGTTGTGTAAATTGTGGCAAATCCAGGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATGTAAGGGCATGCATCTGCCGTCTCCTGCCGTCCTTGGGTTACTTTGT
GTTTTCCATGTTTGAAAAGCCAATCATGATAAGATAGGCCTTCCTGAAATATCTAACACTAGAGTATTTTGTTTGTTTAATGTTTGATGCCAACTAAAAATGATCTGTTTTTTTTATCTTTCAGATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCT
TTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACA



Intron 4 GTGGGTTTTG ... TGAATTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A126.61160580
A221.09116316
A322.22126366
A419.58115285
A512.774160
A62096242
A715.96158300
A816.59186377
A913.8993150
A108.089184



>TRINITY_DN123696_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform
CTTAATAATAGACCTCCATATATTCTTATACATTTATTTTCGTTTGAACTTTTCAATGAACTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCTTATTT
ATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTAATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGT
CCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAATTTATATGTTTGCAGCATA
TTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTC
ACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAGCGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTA
GTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATTAATAA
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TAAAGGGAATTTAATAATTTATTGATCTCAGTGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATG
GACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGC
CCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGT
GCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGATATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATGATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCC
CTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAA
CGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCAT
GGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCG
TTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCC
TACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGA
TGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTT
GATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATT
GCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGAGCAGCAGCTCTCTATTCCTTGTTCATAGTAATTGACTTGTTTTTGGGCATTTCAGTCATTTCTTCATCAATTCAGACTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGT
ATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTGTACTTTGCACATCTAGAAGTTGATGAAATAATTATTTCAGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGACCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATA
TGCCAACAATTTTGGTATTTTTGAAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGAAGATTTTTGAGGATCCTCTGCTTTTGAAATTTTTGATAGTTTTGTTCATTTGTGTCACAGATCTGGCCCTTTCTCATGTAATTGAGTTTTTATTTCTCTTGTTTGTAAATG
TAACTGTAATCTCGTGCTTATA


>TRINITY_DN123696_c0_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:
CTTAATAATAGACCTCCATATATTCTTATACATTTATTTTCGTTTGAACTTTTCAATGAACTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCTTATTT
ATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTAATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGT
CCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAATTTATATGTTTGCAGCATA
TTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTC
ACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAGCGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTA
GTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATTAATAA
TCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTAACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACAAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAACATTC
TAAAGGGAATTTAATAATTTATTGATCTCAGTGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATG
GACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGC
CCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGT
GCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGATATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATGATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCC
CTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAA
CGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCAT
GGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCG
TTTGTTTTGAGgtgggttttgtgcttgctttattttgtccactgttatcaacttgtatagttgtgagtctgacaaaaaaattatatttttgtcttttttaattgacataattcttgcctttcataaaaacagttgaaatcatgatcttaaattcttgctaatatactgaattgcagTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGAT
ATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTAAGTATTTCTTGAATATAGTCTTGATATTATTGACAGACATGAGGGTAGTTCTGGATGTATTTGGCCCCAAGTCCGATTACACTTTTCCCAAAGGCCACTATCTTGGCAGATCTCTCAGTGCTCGTGGTA
TGTTTGCAGGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTGATTTATCTGTTTGTGTAAATATATCAAAAAAAACATCCCACTGATCGGGCAGTTCGGGTTATTGAAATATGGCCTTCTGTAATGTTTGCAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCC
TACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGA
TGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTT
GATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATT
GCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGAGCAGCAGCTCTCTATTCCTTGTTCATAGTAATTGACTTGTTTTTGGGCATTTCAGTCATTTCTTCATCAATTCAGACTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGT
ATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTGTACTTTGCACATCTAGAAGTTGATGAAATAATTATTTCAGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGACCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATA
TGCCAACAATTTTGGTATTTTTGAAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGAAGATTTTTGAGGATCCTCTGCTTTTGAAATTTTTGATAGTTTTGTTCATTTGTGTCACAGATCTGGCCCTTTCTCATGTAATTGAGTTTTTATTTCTCTTGTTTGTAAATG
TAACTGTAATCTCGTGCTTATA



Intron 5 GTAAGGGCAT ... TATCTTTCAG

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>TRINITY_DN133927_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
GGAAAGTGTTTTAAAAAATCCATGTCGGCTCATAAAATAAAATATTATGAAAAGTAATTAAAAAATAGATATTCATTTATAAAATAAAAATTTAAAACTTAAACCCAGATTTATCAATCAAGAGAGATTAAATTTCTTGATTTTAAATTTAAAAAAATAAATACATCTCAAGAAATTGGATCTCTCTCTGTGCTTGATAG
ATACGGGTTTAAGATGGATCTATGCTGGTTTTTAGCATATTGCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTATTTCCTAGTCCTTTGTTACGAATGTCAAAATATAGTTTACCTTAATTTATGTATTCGTTTTTGCTTTTCTATTAATTTTATCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTG
CACTTATGATAAATGCACTCTTTAAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGTCCTATGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCTTTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATTAAAATATGGTTACGACATCATCGTTGAGGATAGAATTCTTTAGGT
ATGATGGAAATTTATATGTTTGCAGCATATGCTAATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTACATGTTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCAATTATATTTTTATT
TTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATT
AAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTT
GCCGACCTCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACAAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTA
TATACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGACCTCAATGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAAACAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTT
TTCATGTTACACAAAGCATTGAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGCCTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTC
TCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTATACTTGAGAAAACTATTGGTTTTACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGC
TGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGATATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATGA
TTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATACTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAA
GGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGT
TCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTT
GTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGAC
GAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGTAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCCCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTG
ATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGA
CTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACA
GACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATTGCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGAGCAGCAGCTCTCTATTCCTTGTTCATAGTAATTGACTTGTTTTTGGGCATTTCAGTCATTTCTTCATCAATTCAG
ACTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGTATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTGTACTTTGCACATCTAGAAGTTGATGAAATAATTATTTCAGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGTCCAGTACTTATGCCATTCCAATCTAT
CTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATATGCCAACAATTTTGGTATTTTTGGAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGAAGATTTTTGAGGAC


>TRINITY_DN133927_c1_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTTTGTGACACTGAGCAAGATGTAAGAATTCAACTTTGACCTAATTTCCTTGGCTGATTTGAAATAAGAACCTGATTTGAAATTTCTCTTCGGCAATAATTATAGTGTTGTGTAAATTGTGGCAAATCCAGGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTT
GATGATGATgtaagggcatgcatctgccgtcacctgccgtccttgggttactttgtgtttaccatgtttgaaaagccaatcatgaaaagataggccttcctgaaatatctaacactagagtattttgtttgtttaatgtttgatgccaactaaaaatgatctgttttttttatctttcagATCTCAAAACAGCAATACCA
CTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCA
TTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGT



Intron 6 GTGGGTTTTG ... TGAATTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN46650_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform
AAGGAAGAGAGAGCAGCAGAAGACGAAGAAGATACATTATCCTTCACAACAATTTTGCCCGAGGCGATCTGAGAAATTTGCTGAGCAGTTTTCGTCGAACGGCCTGAGGTTCTTTAAACGTAGCGAGAGTGATTGGTTGGTTTTAGTTTAATCTAATTGAATTGCTGTGTGCTGTGATATTCCTATTTCTCTTGAAGTCC
TGGATTTAGAAGGTACCGTTTTTTCTATGTTCTAGTGTTATTGCATGTTTAGGTTCTTTTAGGGTTCGTCCTTCCCCTGTGTCCTTCCCTGGTTCCTGTCAAGTCTGAACAGCAAAACTTAAATTTCGGAGGATGAAATTTTTTAATTAGGATGATTTACAGATTTTTAATGCGATACACAGAATAAATTTAATGTGAGA
TGATTATAGGCTTAAGAAAGTGTCAGGGTTTTATTTTTAAAGAAGCGGTCAAAAGATTCAGAGGGTATGTAGGTCTGAATTAATGAAATTAGAAAACTGGAAGGATTTTAGGCAATTCAGGCAAAATTTATGCTGAGGATTTGGAAATGTTTGAATTTTAATGGCAACAACCACATATTTAGGAGTATTTAGGCAGGATC
TTGGAGATGAAATTATCATAGATGAATGCCTGAAGAATTTTATGCAATTAATTGCGAAACCTTACATAGAAATTTAAATGCTTTAAAATTGTCGGCCTAATTCTGAGCTAGGATTTGAAGTTTAAAAGATGCTACAAAGATTTGGCTGGATGTCTAGATATGATGTAACTAATAAAACCTGTCTTACCAAATTAATTTCT
TAAAAATGAAACTGTGATGAAGGGAACTCTAAATGTAATTTTTGTCATATATATAGTCACACACCCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTAGTCACACACACTCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTATAAAGATGTAGTCCATCAAAATAGGATTTGAAGGAAA
AAATTATGATAAAGAAGGTTTGAGTAATAAAATCACGATCAAGATGGATTTATTAGCTTATGCTCTTACCAAGTTCAATTTAAGAAAAATTTCTGCATGACCATGACCAGAGTTTCTTGAACTGCAACTAAAGGTCTTTATGTAATATTCTCTCAACTATCTCAAATTGGAGTGTAATTATAATTTTTGAAGAACACTTG
TGTTTACACAAAATGCTCAGTGAAGAACATCGAACGGTTGACAAATGTCAGTGTGTTTGAAGGTCAAGATTTTAATTTAGAAAGATCAAGTCAGTCTCAATAAGGGAATGATATTAACAGGCACACTAATTAGTGGTAGCGTAATCAATTGAGGAGTTTAAGGTGTTTCCTTGAGGATAAATTACCTCCAGTACTTTTAG
GTTTGCTGGAAGAATAAGTTGAATATTTTATATGTAATAGAGACAATGCTTCTAAAGTAATTTGAAGACACTTGAAACATTCCAGTATTAATTATTTTCAGCTGAAAATATTTGAATACTTTAAACAGCGAGTGGGATGTTAGCCTTATTCCTGCTAAATGGTGTGGTGAGTGGGATGTTACCCTTATTCCAACTAGTTT
AATTTTTCTCTTTTCCCCTGAAGCACTGTTTGTTCAACATTTATGTTGAATTAGTTTTCAAATTCTGAGCCGATTCTCCAACTAATCTGCCAGCTCGATCTTCGTATTTAACATGGCAAAAGATCATTTAGTATTTTCCCAATCCAAGAATAACAATGAAAACTATCAATAATTCAATTATATTCTTTTGTGAAATAGAA
TTGATTTTAGGATTGGAGTATCTGCTTTAAAGAAATAAAATGTTGCCTATGTTTTTCACAATGCGATTAATCTCTAAATTACACACCATGCCGTTCATCAATTATTTTTTAAATAATTGTTAGCTTTGGGACTTTAGACCAAGTGTAGCGTTTGTGGTATCTATATAGTTCTACTTTTGTCCTTGGAAAACACTTTTCAA
CTTTAACAAACTTGTAGATTGGCCACCGTTTCTTTTGAAATAGTTAATTCTCTGTATTTTCATCATGTAAATTTAATCCAATTCCATAGAGATGTACTTGTATTGTTTTGCAAACACTGCTATATTTGGCTCAAGTACATGTGTTTACATAGAGAAAACTGGCATGTTGGATGTAATGCTAATTTGGTGGCTACTATATG
TTTTGCTTAATAATAGACCTCCATATATTCTTATACATTTATTTTCGTTTGAACTTTTCAATGAACTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCT
TATTTATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTAATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTT
CAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAAGAAATAGTGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAATTTATATGTTTGCA
GCATATTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAA
ACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATA
AACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATT
AATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACAAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAA
CATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGATCTCAGTGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTGAACAATT
AGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGT
TTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTATACTTGAGAAAACTATTGGTTTTACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATT
GCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGCTATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATAATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTG
ACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGTTGTTCACATT
ATCAACGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTC
TGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTG
TCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACA


>TRINITY_DN46650_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:
TGTCCCGTTTGTTTTGAGgtgggttttgtgcttgctttattttgtccactgttattatcaacttgtatagttgtgagcctgacaaaaaaattatatttttgtcttttttaattgacataattcttgcctttcataaaaacagttgaaatcatgatcttaaattcttgctaatatactgaattgcagTTCTTGTTCGAGTC
CACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAG



Intron 7 GTGATTTATC ... ATGTTTGCAG

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>TRINITY_DN133927_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
GGAAAGTGTTTTAAAAAATCCATGTCGGCTCATAAAATAAAATATTATGAAAAGTAATTAAAAAATAGATATTCATTTATAAAATAAAAATTTAAAACTTAAACCCAGATTTATCAATCAAGAGAGATTAAATTTCTTGATTTTAAATTTAAAAAAATAAATACATCTCAAGAAATTGGATCTCTCTCTGTGCTTGATAG
ATACGGGTTTAAGATGGATCTATGCTGGTTTTTAGCATATTGCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTATTTCCTAGTCCTTTGTTACGAATGTCAAAATATAGTTTACCTTAATTTATGTATTCGTTTTTGCTTTTCTATTAATTTTATCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTG
CACTTATGATAAATGCACTCTTTAAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGTCCTATGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCTTTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATTAAAATATGGTTACGACATCATCGTTGAGGATAGAATTCTTTAGGT
ATGATGGAAATTTATATGTTTGCAGCATATGCTAATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTACATGTTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCAATTATATTTTTATT
TTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATT
AAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTT
GCCGACCTCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACAAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTA
TATACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGACCTCAATGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAAACAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTT
TTCATGTTACACAAAGCATTGAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGCCTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTC
TCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTATACTTGAGAAAACTATTGGTTTTACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGC
TGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGATATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATGA
TTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATACTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAA
GGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGT
TCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTT
GTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGAC

GAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGTAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCCCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTG
ATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGA
CTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACA
GACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATTGCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGAGCAGCAGCTCTCTATTCCTTGTTCATAGTAATTGACTTGTTTTTGGGCATTTCAGTCATTTCTTCATCAATTCAG
ACTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGTATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTGTACTTTGCACATCTAGAAGTTGATGAAATAATTATTTCAGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGTCCAGTACTTATGCCATTCCAATCTAT
CTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATATGCCAACAATTTTGGTATTTTTGGAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGAAGATTTTTGAGGAC


>TRINITY_DN133927_c1_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TCTGGATGTATTTGGCCCCAAGTCCGATTACACTTTTCCCAAAGGCCACTATCTTGGCAGATCTCTCAGTGCTCGTGGTATGTTTGCAGGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGgtgatttatctgtttgtgtaaatatatcaaaaaaaacatcc
cactgatcgggcagttcgggttattgaaatatggccttctgtaatgtttgcagGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGTAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGA
GGGTGCCCCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTA
AGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGAC
TGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATTGCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGAGCAGCAGCTCTCTATTCCTTGTTCATAG
TAATTGACTTGTTTTTGGGCATTTCAGTCATTTCTTCATCAATTCAGACTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGTATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTGTACTTTGCACATCTAGAAGTTGATGAAATAATTATTTCAGCACCATTGGA
ACAGATTGGGGTGTATGGGGTCCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATATGCCAACAATTTTGGTATTTTTGGAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGAAGATTTTTGAGGAC



Intron 8 GTATGGAGCT ... TTTGATGCAG

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>TRINITY_DN113242_c3_g1_i3 from sample A5 / Example spliced isoform
GACCTCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGATAAATCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACGAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATAT
ACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGACCTCAATGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAAACAAGTCAAACAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTC
ATGTTACACAAAGCATTGAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGCCTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCT
TTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTATACTTGAGAAAACTATTGGTTTTACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGA
TTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTG
GAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGTATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGA
CACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGA
AGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTG
TGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGTAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCCCACCACAAACACTTGTCGACAGTA
GGTGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGG
ATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTT
GATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCG


>TRINITY_DN113242_c3_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:
CAAATTAATTTCTTAAAAATGAAACTGTGTTGAAGGGAACTCTAAATGTAATTTTTGTCATATATATATATATATATATATATAGTCACACACACCCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTAGTCACACACACTCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTATAAAGA
TGTAGTCCATCAAAATAGGATTTGAAGGAAAAAATTATGATAAAGAAGGTTTGAGTAAAAAATCACGATCAAGATGGATTTATTAGCTTATGCTCTTACCAAGTTCAATTTAAGAAAAAATTCTGCATGACCAGATTTCCGGAACTTCAACTAAAGGTCTTTATGTAATATTCTCTCAATTATCTCAATTTGGAGTGTAA
TTATAATTTATGATGAACACTTTGTTTACACAAAATGCTCAGTGAAGAACATCGAAGGGTTGAGAAATGTCAGTGTGTTTGGAGGTCAAGATTTTAATTTAGAAAGATCAAGTAGGTCTCAATAATGGAATGATATTAACCGGCATACTAATTTAGTGGTAGCGTAATAAATTGAGGAGTGTAGGGTGTTTCCTTGAGGA
TAAATTACCTCGAGTACTTTTAGGTTTGCTGGAAGAATAAGTTGAATATTTTATATTTAATAGAGACAATGCTTCTAAAGTAATTTGAAGACACTTGAAACATTCCAGTATAAATTATTTTCAGCTGAAAATTTTTGAATACTTTAAACAGCGAGTGGGATCTTAGCCTTATTCCTGCTAAATGGTGTGGTGAGTGGGAT
GTTACCCTTATTCCAACTAGTTTATTTTTTCTCTTTTCCCCTGAAGCACTGTTTGTTCAACATTTATGTTGAATTAGTTTTCAAATTCTGAGCCGATTCTCCAACTAATCTTCCAGCTCGATCTTCCTATTTAACATGGCAAAACATCATTTAGTATTTTCCCAATCCAAGAATAGCAATGAAAGCTATCAATAATTCAA
TTATATTCTTTTGTGAAATAGAATTGATTTTAGGATTGGAGTATCTGCTTTAAAGAATCAAAATGTTGCCTATGTTTTTCACAATGCGATTGATCTCTAAATTACAAACCATGCCGTTGATCAAAATTCTTTTAAATAATTGTTAGCTTTGGGACCTTAAGACCAAGTGTAGCGCTTGTGGTATCTACATAGTTCTACTT
TTATCCTTGGAAAACACTTTTCAACTTTAACAAACTAGGAGATTGGCCACCGTTTCTTTTAAAATAGTTAGTTCTCTGTATTTTCATCATGTAAATTTAATTCAATTCCATAGAGATGTACTTGTATTGTTTTGCAAACACTGCTATATTTGGCTTAAGTAAATGTGTTTACATAGAGTAAACTGGCATGTTGGATGTAA
TGCTAATTTGGTGGCTACTATATGTTTTGCTTAATAATAGACCTCCATATATTCTTATACATTTATTTTCGTTTGAACTTTTCAATGAACTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTG
GTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTAATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCATTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCT
TTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAA
CAATAGAAATTTATATGTTTGCAGCATATTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTT
TATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATA
AATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAATATTCTTTAGGGGACAAAGGTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGACTTGCTGACC
TCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGATAAATCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACGAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAA
AGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGACCTCAATGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAAACAAGTCAAACAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGT
TACACAAAGCATTGAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGCCTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTC
TTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTATACTTGAGAAAACTATTGGTTTTACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGA
GATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCgtatggagctgtccaagattgtacttggattttgtgctttctgactcgggttgctatgcagtattgtgaccagaatggagctgttcaaagagatgtgaccggtgttcttagatggctgtagactgcaatgattgtatt
tatctatagctgtaaacactgactccctttaaattttgatgcagGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATT
TGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGTATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAA
GTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGA
AAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGG
TTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGTAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCCCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTGATGAAAG
TAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCT
GCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTAC
CAGAATGGCTCG



Intron 9 GTAAGAATTC ... GCAAATCCAG

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>TRINITY_DN133927_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
GGAAAGTGTTTTAAAAAATCCATGTCGGCTCATAAAATAAAATATTATGAAAAGTAATTAAAAAATAGATATTCATTTATAAAATAAAAATTTAAAACTTAAACCCAGATTTATCAATCAAGAGAGATTAAATTTCTTGATTTTAAATTTAAAAAAATAAATACATCTCAAGAAATTGGATCTCTCTCTGTGCTTGATAG
ATACGGGTTTAAGATGGATCTATGCTGGTTTTTAGCATATTGCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTATTTCCTAGTCCTTTGTTACGAATGTCAAAATATAGTTTACCTTAATTTATGTATTCGTTTTTGCTTTTCTATTAATTTTATCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTG
CACTTATGATAAATGCACTCTTTAAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGTCCTATGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCTTTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATTAAAATATGGTTACGACATCATCGTTGAGGATAGAATTCTTTAGGT
ATGATGGAAATTTATATGTTTGCAGCATATGCTAATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTACATGTTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCAATTATATTTTTATT
TTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATT
AAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTT
GCCGACCTCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACAAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTA
TATACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGACCTCAATGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAAACAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTT
TTCATGTTACACAAAGCATTGAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGCCTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTC
TCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTATACTTGAGAAAACTATTGGTTTTACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGC
TGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGATATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATGA
TTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATACTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAA
GGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGT
TCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTT
GTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGAC
GAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGTAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCCCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTG
ATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGA
CTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACA
GACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATTGCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGAGCAGCAGCTCTCTATTCCTTGTTCATAGTAATTGACTTGTTTTTGGGCATTTCAGTCATTTCTTCATCAATTCAG
ACTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGTATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTGTACTTTGCACATCTAGAAGTTGATGAAATAATTATTTCAGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGTCCAGTACTTATGCCATTCCAATCTAT
CTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATATGCCAACAATTTTGGTATTTTTGGAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGAAGATTTTTGAGGAC


>TRINITY_DN133927_c1_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTTTGTGACACTGAGCAAGATgtaagaattcaactttgacctaatttccttggctgatttgaaataagaacctgatttgaaatttctcttcggcaataattatagtgttgtgtaaattgtggcaaatccagGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTT
GATGATGATGTAAGGGCATGCATCTGCCGTCACCTGCCGTCCTTGGGTTACTTTGTGTTTACCATGTTTGAAAAGCCAATCATGAAAAGATAGGCCTTCCTGAAATATCTAACACTAGAGTATTTTGTTTGTTTAATGTTTGATGCCAACTAAAAATGATCTGTTTTTTTTATCTTTCAGATCTCAAAACAGCAATACCA
CTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCA
TTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGT



Intron 10 GTTCTTTAAA ... TTTGATGCAG

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>TRINITY_DN45243_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform
GGGGAATCGAAAATATCACGACTCGCAGGACGGCGAAGGCATGGGTGACGCGATAAACAAGGGCGGTTTTTAGTTTCACCGCGTGGTTATAGAATCATCTGGAAACCCGCTTGCCGGATACCGCCCGCGGTTGAACTGACTATAAAATCCTTCCCCGGTTTACTGTATTCTAATCTATCACCGCTAAGGAAGAGAGAGCA
GCAGAAGACGAAGAAGATACATTATCCTTCAGAACAATTTTGCCCGAGGCGATCTGAGAAATTTGCTGAGCAGTTTTCGTCGAACGGCCTGAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGT
GTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGT
CCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAAT
GTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCC
AAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATG


>TRINITY_DN45243_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:
GGGGAATCGAAAATATCACGACTCGCAGGACGGCGAAGGCATGGGTGACGCGATAAACAAGGGCGGTTTTTAGTTTCACCGCGTGGTTATAGAATCATCTGGAAACCCGCTTGCCGGATACCGCCCGCGGTTGAACTGACTATAAAATCCTTCCCCGGTTTACTGTATTCTAATCTATCACCGCTAAGGAAGAGAGAGCA
GCAGAAGACGAAGAAGATACATTATCCTTCAGAACAATTTTGCCCGAGGCGATCTGAGAAATTTGCTGAGCAGTTTTCGTCGAACGGCCTGAGgttctttaaacgtagcgagagtgattggttggttttagtttaatctaattgaattgctgtgtgctgtgatattcctatttctcttgaagtcctggatttagaaggta
ccgttttttctatgttctagtgttattgcatgtttaggttcttttagggttcgtccttcccctgtgtccttccctggttcctgtcaagtctgaacagcaaaacttaaatttcggaggatgaaattttttaattaggatgatttacagatttttaatgcgatacacagaataaatttaatgtgagatgattataggcttaa
gaaagtgtcagggttttatttttaaagaagcggtcaaaagattcagagggtatgtaggtctgaattaatgaaattagaaaactggaaggattttaggcaattcaggcaaaatttatgctgaggattgggaaatgtttgaattttaatggcaacaaccacatatttaggagtatttaggcaggatcttggagatgaaatta
tcatagatgaatgcctgaagaattttatgcaattaattgcgaaaccttacatagaaatttaaatgctttaaaattgtcggcctaattctgagctaggatttgaagtttaaaagatgctacaaagatttggctggatgtctagatatgatgtaactaataaaacctgtcttaccaaattaatttcttaaaaatgaaactgt
gatgaagggaactctaaatgtaatttttgtcatatatatagtcacacacccatactccagaaactttggtccagtagtattaaaagtgttgtagtcacacacactcatactccagaaactttggtccagtagtattaaaagtgttgtataaagatgtagtccatcaaaataggatttgaaggaaaaaattatgataaaga
aggtttgagtaataaaatcacgatcaagatggatttattagcttatgctcttaccaagttcaatttaagaaaaatttctgcatgaccatgaccagagtttcttgaactgcaactaaaggtctttatgtaatattctctcaactatctcaaattggagtgtaattataatttttgaagaacacttgtgtttacacaaaatg
ctcagtgaagaacatcgaacggttgacaaatgtcagtgtgtttgaaggtcaagattttaatttagaaagatcaagtcagtctcaataagggaatgatattaacaggcacactaattagtggtagcgtaatcaattgaggagtttaaggtgtttccttgaggataaattacctccagtacttttaggtttgctggaagaat
aagttgaatattttatatgtaatagagacaatgcttctaaagtaatttgaagacacttgaaacattccagtattaattattttcagctgaaaatatttgaatactttaaacagcgagtgggatgttagccttattcctgctaaatggtgtggtgagtgggatgttacccttattccaactagtttaatttttctcttttc
ccctgaagcactgtttgttcaacatttatgttgaattagttttcaaattctgagccgattctccaactaatcttccagctcgatcttcctatttaacatggcaaaacatcatttagtattttcccaatccaagaatagcaatgaaagctatcaataattcaattatattcttttgtgaaatagaattgattttaggattg
gagtatctgctttaaagaatcaaaatgttgcctatgtttttcacaatgcgattgatctctaaattacaaaccatgccgttgatcaaaattcttttaaataattgttagctttgggactttagaccaagtgtagcgtttgtggtatctatatagttctacttttgtccttggaaaacacttttcaactttaacaaacttgt
agattggccaccgtttcttttgaaatagttaattctctgtattttcatcatgtaaatttaattcaattccatagagatgtacttgtattgttttgcaaacactgctatatttggctcaagtacatgtgtttacatagagaaaactggcatgttggatgtaatgctaatttggtggctactatatgttttgcttaataata
gacctccatatattcttatacatttattttcgtttgaacttttcaatgaactatgtctcttgtgtacatgtactttaaatatttcaagttttgtccactttgcaaaacctatgcttccaaacaagatgtgattaactcaaattctcccattttttggtgtggttatttttagcattttgctctcttatttatcttggaaa
tgtcttttttcctagtcctttgttacggatgtcaaaatatggtttaccttaatttatgtattcttttttgcttttctattaatggttttgtcacaatctatttatgtttgtgttcaatctctctgaaaaaatcatttgtgcacttatgataaatgcactctttaagacaaagctattgaagatttcaagtcctatggtct
tcttgtggtcaaagcttgaattcagtgatttccaacaaagtaattgcacaaaataaaaaaaagaaatagtgaaggaaataattggagggtcaaatatggtttcatcgtttaggatagaaatctttaggtatgatttgcaaaatcaaataatataacaaagaacaatagaaatttatatgtttgcagcatattctgattgc
tcaaaaattaaactataaaagagaatacattaaagcctaaagttgaagtgccatagtaatcaaagttatgaaatgagagtatatattttcagaatgcaagtattttaagattgacatattgtgagtgcctaaaacactgccctgccctgccaactatatttttattttcaaagctttaggtgaaaacttcacccatcatt
aggcaaaacaacggaaatatagagaacattatttgtgcatacagcgctctacatatagaggattgagtgaagtgtggaagtgagagtaatggaataaataaaattaaaataattagttataaatgatatttaaattgaataatataaatgacataaaataaattaaagaagtgtaagagaataaactagtacatgagatt
aaaataactaatcataaaggaaattgaaatttatttgaagtaatgtcatatgttagtgacagttaacaagttggagagagaaaaaacgacaattaaaatgaattgaatattctttaggggacaaaggtttttggaatattctttaggggacttgctgacctcattgaccattaataatcagcacattttgaaggattgta
taatgaaacaagttggagagagagagatgtcaatttaaatgaattgacaacccaaaagaacaaaagaaagatcaccaaagataaatcttctatgagctatttgtaaaggttgatgctgcacacgaggcaaaatgagctatcatatgttttctatatacaaaggttattggaacattctaaagggaatttaataatttatt
gacctcaatggtcattaataattaacacattttgaatgaatgtataaagtcaaacaagtcaaacaacaattttgttttggatattacaagaaggaagatgaaaagcagcttattcttgaaggagatctatttggggatcttaagatgcaggttttcatgttacacaaagcattcaacaattagatggactgacacttttg
ccagaggccacaatactgcaagcagcgatagttttctcaagtatttgggatgctgcaatctggagtacccccatgccttcttgacattgtgtgtacttgtttctcttttactcttgtttttcttggttcttcgtgtgcttgatttgttgcttctcttttcttttcaccagaaaatggaggttttgcccctgttctcttct
ggactggttgcctatacttgagaaaactattggttttacactgcatcaaatgatcgtgcggcaaagttcatgttcctggactgaaacaaattagttgcaaacagcacccggtcaactcttcaaagttgtgacactgaagaattcttcgggagctgattgagattgcagttgggcttaaattgctgtgcattttctattga
tttcatccatggcaatttcgccgtatggagctgtccaagattgtacttggattttgtgctttctgactcgggttgctatgcagtattgtgaccagaatggagctgttcaaagagatgtgaccggtgttcttagatggctgtagactgcaataattgtatttatctatagctgtaaacactgactccctttaaattttgat
gcagGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGAAT
AAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTT
GTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTC
TTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAA
GATCTGGATTTTATGTAATGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAA
AATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGCGTTGCATTCAGCCATAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTCAAGTTACAGACAGCAGATTTTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGTTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGAC
AGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACCAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGTATTTTATAGAAGTAACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATTGCAGATTGTTGCCA
TCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGATTAGCAGCTCTCTATTCCCTCTACATAGTAATTGACTTGTTTTGGGCATTTAAGTCATTTCTTCATCAATTCAGATTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGTATTCGTTGATTGCTG
GCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTCTACTTGGCACATGTAGAAGTTGATGAAATAACTTATTTCGGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGTCCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATATGCCAACAATTTTG
GTATTTTTGGAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGAAGATTTTTGAGG



Intron 11 GTAAGTATTT ... ATGTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN123696_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform
CTTAATAATAGACCTCCATATATTCTTATACATTTATTTTCGTTTGAACTTTTCAATGAACTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCTTATTT
ATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTAATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGT
CCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAATTTATATGTTTGCAGCATA
TTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTC
ACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAGCGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTA
GTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATTAATAA
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TAAAGGGAATTTAATAATTTATTGATCTCAGTGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATG
GACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGC
CCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGT
GCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGATATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATGATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCC
CTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAA
CGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCAT
GGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCG
TTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCC
TACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGA
TGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTT
GATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATT
GCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGAGCAGCAGCTCTCTATTCCTTGTTCATAGTAATTGACTTGTTTTTGGGCATTTCAGTCATTTCTTCATCAATTCAGACTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGT
ATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTGTACTTTGCACATCTAGAAGTTGATGAAATAATTATTTCAGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGACCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATA
TGCCAACAATTTTGGTATTTTTGAAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGAAGATTTTTGAGGATCCTCTGCTTTTGAAATTTTTGATAGTTTTGTTCATTTGTGTCACAGATCTGGCCCTTTCTCATGTAATTGAGTTTTTATTTCTCTTGTTTGTAAATG
TAACTGTAATCTCGTGCTTATA


>TRINITY_DN123696_c0_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:
CTTAATAATAGACCTCCATATATTCTTATACATTTATTTTCGTTTGAACTTTTCAATGAACTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCTTATTT
ATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTAATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGT
CCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAATTTATATGTTTGCAGCATA
TTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTC
ACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAGCGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTA
GTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATTAATAA
TCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTAACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACAAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAACATTC
TAAAGGGAATTTAATAATTTATTGATCTCAGTGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATG
GACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGC
CCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGT
GCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGATATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATGATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCC
CTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAA
CGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCAT
GGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCG
TTTGTTTTGAGGTGGGTTTTGTGCTTGCTTTATTTTGTCCACTGTTATCAACTTGTATAGTTGTGAGTCTGACAAAAAAATTATATTTTTGTCTTTTTTAATTGACATAATTCTTGCCTTTCATAAAAACAGTTGAAATCATGATCTTAAATTCTTGCTAATATACTGAATTGCAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGAT
ATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAgtaagtatttcttgaatatagtcttgatattattgacagacatgagggtagttctggatgtatttggccccaagtccgattacacttttcccaaaggccactatcttggcagatctctcagtgctcgtggta
tgtttgcagGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTGATTTATCTGTTTGTGTAAATATATCAAAAAAAACATCCCACTGATCGGGCAGTTCGGGTTATTGAAATATGGCCTTCTGTAATGTTTGCAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCC
TACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGCAACGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGTGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGA
TGAACAGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTT
GATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATT
GCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGAGCAGCAGCTCTCTATTCCTTGTTCATAGTAATTGACTTGTTTTTGGGCATTTCAGTCATTTCTTCATCAATTCAGACTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGT
ATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTGTACTTTGCACATCTAGAAGTTGATGAAATAATTATTTCAGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGACCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATA
TGCCAACAATTTTGGTATTTTTGAAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGAAGATTTTTGAGGATCCTCTGCTTTTGAAATTTTTGATAGTTTTGTTCATTTGTGTCACAGATCTGGCCCTTTCTCATGTAATTGAGTTTTTATTTCTCTTGTTTGTAAATG
TAACTGTAATCTCGTGCTTATA



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GATTTGAAGGAAAAAATTATGATAAAGAAGGTTTGAGTAATAAAATCACGATCAAGATGGATTTATTAGCTTATGCTCTTACCAAGTTCAATTTAAGAAAAATTTCTGCATGACCATGACCAGAGTTTCTTGAACTGCAACTAAAGGTCTTTATGTAATATTCTCTCAACTATCTCAAATTGGAGTGTAATTATAATTTT
TGAAGAACACTTGTGTTTACACAAAATGCTCAGTGAAGAACATCGAACGGTTGACAAATGTCAGTGTGTTTGAAGGTCAAGATTTTAATTTAGAAAGATCAAGTCAGTCTCAATAAGGGAATGATATTAACAGGCACACTAATTAGTGGTAGCGTAATCAATTGAGGAGTTTAAGGTGTTTCCTTGAGGATAAATTACCT
CCAGTACTTTTAGGTTTGCTGGAAGAATAAGTTGAATATTTTATATGTAATAGAGACAATGCTTCTAAAGTAATTTGAAGACACTTGAAACATTCCAGTATTAATTATTTTCAGCTGAAAATATTTGAATACTTTAAACAGCGAGTGGGATCTTAGCCTTATTCCTGCTAAATGGTGTGGTGAGTGGGATGTTACCCTTA
TTCCAACTAGTTTAATTTTTCTCTTTTCCCCTGAAGCACTGTTTGTTCAACATTTATGTTGAATTAGTTTTCAAATTCTGAGCCGATTCTCCAACTAATCTGCCAGCTCGATCTTCGTATTTAACATGGCAAAAGATCATTTAGTATTTTCCCAATCCAAGAATAACAATGAAAACTATCAATAATTCAATTATATTCTT
TTGTGAAATATAATTGATTTTAGGATTGGAGTATCTGCTTTAAAGAAATAAAATGTTGCCTATGTTTTTCACAATGCGATTAATCTCTAAATTACACACCATGCCGTTCATCAATTATTTTTTAAATAATTGTTAGCTTTGGGACTTTAGACCAAGTGTAGCGTTTGTGGTATCTATATAGTTCTACTTTTGTCCTTGGA
AAACACTTTTCAACTTTAACAAACTTGTAGATTGGCCACCGTTTCTTTTGAAATAGTTAATTCTCTGTATTTTCATCATGTAAATTTAATCCAATTCCATAGAGATGTACTTGTATTGTTTTGCAAACACTGCTATATTTGGCTCAAGTACATGTGTTTACATAGAGAAAACTGGCATGTTGGATGTAATGCTAATTTGG
TGGCTACTATATGTTTTGCTTAATAATAGACCTCCATATATTCTTATACATTTATTTTGGTTTGAACTTTTCAATGAACTATGTCTCTGGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAG
CATTTTGCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTAATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCATTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAG
CTATTGAAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAAT
TTATATGTTTGCAGCATATTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAA
GCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAA
GTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAATATTCTTTAGGGGACAAAGGTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGACTTGCTGACCTCATTGACCA
TTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGATAAATCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACGAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGG
AACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGACCTCAATGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAAACAAGTCAAACAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGC
ATTGAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGCCTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAG
AAAATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTATACTTGAGAAAACTATTGGTTTTACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTT
GGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGCTATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATAATTGTATTTATCTATAGC
TGTAAACACTGACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGG
CTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTA
ACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATG
CACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGAC
AATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGTAATGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGGGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTC
TCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAACTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGCGTTGCATTCAGCCATAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTCAAGTTACAGACAGCAGATTTTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGTTCTGCCATCTTAG
AATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACCAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGTATTTTATAGAAGTAACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCT
CGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTAC


>TRINITY_DN45155_c1_g2_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:
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TGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTGATTTATCTGTTTGTGTAAATATATCAAAAAAAACATCCCACTGATCGGGCAGTTCGGGTTATTGAAATATGGCCTTCTGTAATGTTTGCAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGgtatgatatgtaaggattacatcgatttatac
tgacttttcattatgaaaaatataaatcctaactactgaattttgtttcaagcagATCTGGATTTTATGTAATGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGGGCGTT
GCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAACTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGCGTTGCATTCAGCCATAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTCAAGTTACAGACAGCAGATTTTTTGGCCCCCTGGATTTTATA
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ACAAATTAATTTCTTAAAAATGAAACTGTGTTGAAGGGAACTCTAAATGTAATTTTTGTCATATATATAGTCACACACCCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTAGTCACACACACTCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTATAAAGATGTAGTCCATCAAAATA
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CACTTTGTTTACACAAAATGCTCAGTGAAGAACATCGAAGGGTTGAGAAATGTCAGTGTGTTTGGAGGTCAAGATTTTAATTTAGAAAGATCAAGTAGGTCTCAATAATGGAATGATATTAACCGGCATACTAATTTAGTGGTAGCGTAATAAATTGAGGAGTGTAGGGTGTTTCCTTGAGGATAAATTACCTCGAGTAC
TTTTAGGTTTGCTGGAAGAATAAGTTGAATATTTTATATTTAATAGAGACAATGCTTCTAAAGTAATTTGAAGACACTTGAAACATTCCAGTATAAATTATTTTCAGCTGAAAATTTTTGAATACTTTAAACAGCGAGTGGGATCTTAGCCTTATTCCTGCTAAATGGTGTGGTGAGTGGGATGTTACCCTTGTTCCAAC
TAGTTTAATTTTTCTCTTTTCCCCTGAAGCACTGTTTGTTCAACATTTATGTTGAATTAGTTTTCAAATTCTGAGCCGATTCTCCAACTAATCTTCCAGCTCGATCTTCCTATTTAACATGGCAAAACATCATTTAGTATTTTCCCAATCCAAGAATAGCAATGAAAGCTATCAATAATTCAATTATATTCTTTTGTGAA
ATAGAATTGATTTTAGGATTGGAGTATCTGCTTTAAAGAATCAAAATGTTGCCTATGTTTTTCACAATGCGATTGATCTCTAAATTACAAACCATGCCGTTGATCAAAATTCTTTTAAATAATTGTTAGCTTTGGGACCTTAAGACCAAGTGTAGCGCTTGTGGTATCTACATAGTTCTACTTTTATCCTTGGAAAACAC
TTTTCAACTTTAACAAACTAGGAGATTGGCCACCGTTTCTTTTAAAATAGTTAGTTCTCTGTATTTTCATCATGTAAATTTAATTCAATTCCATAGAGATGTACTTGTATTGTTTTGCAAACACTGCTATATTTGGCTTAAGTAAATGTGTTTACATAGAGTAAACTGGCATGTTGGATGTAATGCTAATTTGGTGGCTA
CTATATGTTTTGCTTAATAATAGACCTCCATATATTCTTATACATTTATTTTCGTTTGAACTTTTCAATGAACTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTT
GCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTAATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTG
AAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCTTTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATTAAAATATGGTTACGACATCATCGTTGAGGATAGAATTCTTTAGGTATGATGGAAATTTATATGTTTGCAGCATATGCTAATTG
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AAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAA
AATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCATATGTTAGTGACAGTTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGA
AGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACAAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAA
TAATTTATTGACCTCAATGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATAAAGTCAAACAAGTCAAACAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTGAACAATTAGATGGACTG
ACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGCCCCTG
TTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATT
TTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGCTATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATGATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCCCTTTA
AATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATACTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAG
GTGCCGTATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGA
AGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGT
TTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCA
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AGTCGTAAAAATTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGTGTTGCATTCAGCCACAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTTAAGTTACAAACAGCAGATTCTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGA
ATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACAAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGGATTTTATAGAAGTGACTGCTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAA
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>TRINITY_DN124597_c4_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:
ACAAATTAATTTCTTAAAAATGAAACTGTGTTGAAGGGAACTCTAAATGTAATTTTTGTCATATATATATATATATATATATATAGTCACACACACCCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTAGTCACACACACTCATACTCCAGAAACTTTGGTCCAGTAGTATTAAAAGTGTTGTATAAAG
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ATTATAATTTATGATGAACACTTTGTTTACACAAAATGCTCAGTGAAGAACATCGAAGGGTTGAGAAATGTCAGTGTGTTTGGAGGTCAAGATTTTAATTTAGAAAGATCAAGTAGGTCTCAATAATGGAATGATATTAACCGGCATACTAATTTAGTGGTAGCGTAATAAATTGAGGAGTGTAGGGTGTTTCCTTGAGG
ATAAATTACCTCGAGTACTTTTAGGTTTGCTGGAAGAATAAGTTGAATATTTTATATTTAATAGAGACAATGCTTCTAAAGTAATTTGAAGACACTTGAAACATTCCAGTATAAATTATTTTCAGCTGAAAATTTTTGAATACTTTAAACAGCGAGTGGGATCTTAGCCTTATTCCTGCTAAATGGTGTGGTGAGTGGGA
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ATTATATTCTTTTGTGAAATAGAATTGATTTTAGGATTGGAGTATCTGCTTTAAAGAATCAAAATGTTGCCTATGTTTTTCACAATGCGATTGATCTCTAAATTACAAACCATGCCGTTGATCAAAATTCTTTTAAATAATTGTTAGCTTTGGGACCTTAAGACCAAGTGTAGCGCTTGTGGTATCTACATAGTTCTACT
TTTATCCTTGGAAAACACTTTTCAACTTTAACAAACTAGGAGATTGGCCACCGTTTCTTTTAAAATAGTTAGTTCTCTGTATTTTCATCATGTAAATTTAATTCAATTCCATAGAGATGTACTTGTATTGTTTTGCAAACACTGCTATATTTGGCTTAAGTAAATGTGTTTACATAGAGTAAACTGGCATGTTGGATGTA
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ATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATCAAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGG
CTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACTTGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGCTATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATGATTGTATTTATCTATAGCTGT
AAACACTGACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATACTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTG
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GTTCACTTTGTGACA