sp|O48897|TRXF_BRANA ----> Thioredoxin F-type, chloroplastic

Intron 1 GTCTGTTAAT ... TTGATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.78	73	0	18
A2	6.67	84	0	6
A3	9.71	93	0	10
A4	6.32	89	0	6
A5	8.11	34	1	3
A6	11.02	549	0	68
A7	6.65	576	0	41
A8	12.3	663	0	93
A9	8.6	680	1	64
A10	9.54	436	0	46

>TRINITY_DN33949_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

CAACAAATGGCATACAGTTTCCAACCTTTGAACTACCAAGCAACCATATCTGCGCGGTGTGTGGAGTTGTATGAATCTTTGTGACGAGAGGCTTCGATTTCCTCTCCTTTCGCATCATGCGTGTTGCTATGCATTTTAGTTTGACTAAATCATTCATTTTTAAATCCTTTTTAGCCTTTTTTAAAATATTGATGCTTCGG
TAGAAAGAAAGCATCATTTGGGGATACTCCTGGATATTCACCGGTGGAAACTTCAACATCATTTCCACAGATTTTTCATTGTGGTAAGTGGGGCATATCACACTATTCAGAGGAGAGCATCTTGACGTTTTTGTACCCATCTGAGGCCATTTTGGCCCTTACTCAATGGTTTAAGGTCACGAAGGGAGAAGGAGAAACAT
TGGGAGTAGATCCAGAAGAATTTGGCAGGCAGCAGGGCTTATAATTGAGTGTCGTACTAACATCGAAGCTTAGATCTATCAAGGGATTTATTTGATTAAGTGTTTTTGCTTCTCATGGCACTACACACTGCTGTTTCCACTCAAATTGGAGCTGCCCCATTGCCCAGATTGCCCACATGTTCTCTCTATGCTGATAAGCC
AACAGTTGCTTCTTCTGTTCAATTGAAAAAGTGTGTAGGGTGGTCTGGGCAGTCTCTGCAGCAGCAAAATTCCTCTGCATTCTGCAAACAATTCTTGGAGAACAAGCAGGCACAGTGGCAGTCTGGTTTCTTGGTCAAAGCAAGCGTGAGGACTGTTGAACTTGCTGTTGGAGAAGTGACTGAAGTGGACAAAGATAGCT
TCTGGCCTGCTGTTGATGCGGCTGGCGACAAGGTTGTGGTGTTGGACATGTATACCCAATGGTGTGGTCCATGCAAGATTATTGCTCCCAAACTGCAAGAACTGTCACAGAAATACTCCGATGTTGTGTTTCTGAAGCTTGACTGCAACCAGGAGAACAAGCCTTTGGCAAAGGAGCTGGGAGTGAAGGTTGTGCCCACC
TTCAAAGTATTGAAGGGTAAAAAGATTGTTAAAGAAGTGACAGGAGCGAAATTAAATGATCTGGTACAAGCTATCGAGACTATAAAATCAAGTCCATAAGCTTACAAACCAGTTGGCTGCCTTCGTTTTCAGATTTTGTAAATTGATATCTTATCAATAAAGAGTTTTGTGTTTGAACATGAAATGATATTATTTCTCAA
ACTGGGCTGGCATGTTGCCCTGTTCTTGGTGATCTTGTGAGCGTACATTTTGCAATCACTCTTTGTACTCTGTGGACACGAGGGTTATTTATAATTTTATAATACCCTTTCTATCTTTCAATTGAGGGCTATTGCTTTGTGCTACATAAATCTTATTTTTAAGGATAACATGATCGCTATAAAGCATCTCTTTGATACCC
TAATATATGCTCCTTTCATTATGACAATAAGACAATTTTCATTTTCTTCCAAGTGACAGGAGTGAAATTAAATGATATGGTACAAGCTATTGAGACTGTAAAATCAAGTCCATAAGTTTACAAATTGGTTGCCTGCCTTCATTTTCAGATTTTGTAAATTGTTGTGTTATCAATAAAGATATTTTTGTTTGAACATGAAT
GGAT

>TRINITY_DN33949_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TTGACTGCAACCAGGAGAACAAGgtctgttaattctcttgacataaatcgtgtattctatcttgataacttcaccatctcaattcttctatgacaccacatttttcctatcaatgtttatgatgctcttaatcacttttctctttaatggataaactggcattgcatgaacgcactggtttttctcatgctttttctcaa
attcatatttggattgcttattaaatatttcctttgtttgtgatatctaacatgtattcaactgatgcatttgattgatatttttgattacagCCTTTGGCAAAGGAGCTGGGAGTGAAGGTTGTGCCCACCTTCAAAGTATTGAAGGGTAAAAAGATTGTTAAAGAAGTGACAGGAGCGAAATTAAATGATCTGGTACA
AGCTATCGAGACTATAAAATCAAGTCCATAAGCTTACAAACCAGTTGGCTGCCTTCGTTTTCAGATTTTGTAAATTGATATCTTATCAATAAAGAGTTTTGTGTTTGAACATGAAATGATATTATTTCTCAAACTGGGCTGGCATGTTGCCCTGTTCTTGGTGATCTTGTGAGCGTACATTTTGCAATCACTCTTTGTAC
TCTGTGGACACGAGGGTTATTTATAATTTTATAATACCCTTTCTATCTTTCAATTGAGGGCTATTGCTTTGTGCTACATAAATCTTATTTTTAAGGATAACATGATCGCTATAAAGCATCTCTTTGATACCCTAATATATGCTCCTTTCATTATGACAATAAGACAATTTTCATTTTCTTCCAAGTGACAGGAGTGAAAT
TAAATGATATGGTACAAGCTATTGAGACTGTAAAATCAAGTCCATAAGTTTACAAATTGGTTGCCTGCCTTCATTTTCAGATTTTGTAAATTGTTGTGTTATCAATAAAGATATTTTTGTTTGAACATGAATGGAT

Intron 2 GTGATTTTCT ... TCCTTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.46	8	3	5
A2	37.23	13.5	5.5	8
A3	63.64	4	2	7
A4	52.38	20	2	22
A5	35.79	11	6.5	6
A6	55	45	10	55
A7	52.11	57	6	62
A8	54.13	25	3	29.5
A9	50	53	1	53
A10	47.55	37.5	5	34

>TRINITY_DN28895_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCAATACCCCACTGTGTTTCACTGCTATTGAGCACCTGCTTCGCTGTTGTTGCTTTTGAAGGGGTTGATTTTGTAAATCTAGTTTGTTTTAATGGTGTATTGAGGCAGGTCACGAAGGGAGAAGGAGAAACATTGGGAGTAGATCCAGAAGAATTTGGCAGGCAGCAGGGCTTATAATTGAGTGTCGTACTAACATCGA
AGCTTAGATCTATCAAGGGATTTATTTGATTAAGTGTTTTTGCTTCTCATGGCACTACACACTGCTGTTTCCACTCAAATTGGAGCTGCCCCATTGCCCAGATTGCCCACATGTTCTCTCTATGCTGATAAGCCAACAGTTGCTTCTTCTGTTCAATTGAAAAAGTGTGTAGGGTGGTCTGGGCAGTCTCTGCAGCAGCA
AAATTCCTCTGCATTCTGCAAACAATTCTTGGAGAACAAGCAGGCACAGTGGCAGTCTGGTTTCTTGGTCAAAGCAAGCGTGAGGACTGTTGAACTTGCTGTTGGAGAAGTGACTGAAGTGGACAAAGATAGCTTCTGGCCTGCTGTTGATGCGGCTGGCGACAAGGTTGTGGTGTTGGACATGTATACCCAATGGTGTG
GTCCATGCAAGATTATTGCTCCCAAACTGCAAGAACTGTCACAGAAATACTCCGATGTTGTGTTTCTGAAGCTTGACTGCAACCAGGAGAACAAGCCTTTGGCAAAGGAGCTGGGAGTGAAGGTTGTGCCCACCTTCAAAGTATTGAAGGGTAAAAAGATTGTTAAAGAAGTGACAGGAGCGAAATTAAATGATCTGGTA
CAAGCTATCGAGACTATAAAATCAAGTCCATAAGCTTACAAACCAGTTGGCTGCCTTCGTTTTCAGATTTTGTAAATTGATATCTTATCAATAAAGAGTTTTGTGTTTGAACATGAAATGATATTATTTCTCAAACTGGGCTGGCATGTTGCCCTGTTCTTGGTGATCTTGTGAGCGTACATTTTGCAATCACTCTTTGT
ACTCTGTGGACACGAGGGTTATTTATAATTTTATAATACCCTTTCTATCTTTCAATTGAGGGCTATTGCTTTGTGCTACATAAATCTTATTTTTAAGGATAACATGATCGCTATAAAGCATCTCTTTGATACCCTAATATATGCTCCTTTCATTATGACAATAAGACAATTTTCATTTTCTTCCAAGTGACAGGAGTGAA
ATTAAATGATATGGTACAAGCTATTGAGACTGTAAAATCAAGTCCATAAGTTTACAAATTGGTTGCCTGCCTTCATTTTCAGATTTTGTAAATTGTTGTGTTATCAATAAAGATATTTTTGTTTGAACATGAATGGATACTATTTCTCAAAATGCACTGCTCTTTTGGTCTTTCTGTGAGCATGCATTTGTAATTACTCG
TTGTACCCTTTGATACAATGGTTATTAACTTATTTATAATATAGATGATCCTTTCT

>TRINITY_DN28895_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCAATACCCCACTGTGTTTCACTGCTATTGAGCACCTGCTTCGCTGTTGTTGCTTTTGAAGGGGTTGATTTTGTAAATCTAGTTTGTTTTAATGGTGTATTGAGGCAGgtgattttctgatttttgttggaacttatacttcttgcattattttcttcagttcactactgttgccctattttgggggtaatggaattaa
ctgcttgcccatttgatgctgtagaatcttgcatacgcagctcatgtttggaccatctggatccatgtattggataataaattcaatgtctttttagcaacatctttcatatctttgcttttatactgtgcacctgatgttgtaaaataaaaaaatcatcttcttgttcttttatatttgtgtctatatttggcgggtct
ttgaatgaaagagactcaaaacttaagtaattgtgtgggggagattgacggatgggcagatatttgcttatttaatctgtttattgttgtcctttgaagGTCACGAAGGGAGAAGGAGAAACATTGGGAGTAGATCCAGAAGAATTTGGCAGGCAGCAGGGCTTATAATTGAGTGTCGTACTAACATCGAAGCTTAGATC
TATCAAGGGATTTATTTGATTAAGTGTTTTTGCTTCTCATGGCACTACACACTGCTGTTTCCACTCAAATTGGAGCTGCCCCATTGCCCAGATTGCCCACATGTTCTCTCTATGCTGATAAGCCAACAGTTGCTTCTTCTGTTCAATTGAAAAAGTGTGTAGGGTGGTCTGGGCAGTCTCTGCAGCAGCAAAATTCCTCT
GCATTCTGCAAACAATTCTTGGAGAACAAGCAGGCACAGTGGCAGTCTGGTTTCTTGGTCAAAGCAAGCGTGAGGACTGTTGAACTTGCTGTTGGAGAAGTGACTGAAGTGGACAAAGATAGCTTCTGGCCTGCTGTTGATGCGGCTGGCGACAAGGTTGTGGTGTTGGACATGTATACCCAATGGTGTGGTCCATGCAA
GATTATTGCTCCCAAACTGCAAGAACTGTCACAGAAATACTCCGATGTTGTGTTTCTGAAGCTTGACTGCAACCAGGAGAACAAGCCTTTGGCAAAGGAGCTGGGAGTGAAGGTTGTGCCCACCTTCAAAGTATTGAAGGGTAAAAAGATTGTTAAAGAAGTGACAGGAGCGAAATTAAATGATCTGGTACAAGCTATCG
AGACTATAAAATCAAGTCCATAAGCTTACAAACCAGTTGGCTGCCTTCGTTTTCAGATTTTGTAAATTGATATCTTATCAATAAAGAGTTTTGTGTTTGAACATGAAATGATATTATTTCTCAAACTGGGCTGGCATGTTGCCCTGTTCTTGGTGATCTTGTGAGCGTACATTTTGCAATCACTCTTTGTACTCTGTGGA
CACGAGGGTTATTTATAATTTTATAATACCCTTTCTATCTTTCAATTGAGGGCTATTGCTTTGTGCTACATAAATCTTATTTTTAAGGATAACATGATCGCTATAAAGCATCTCTTTGATACCCTAATATATGCTCCTTTCATTATGACAATAAGACAATTTTCATTTTCTTCCAAGTGACAGGAGTGAAATTAAATGAT
ATGGTACAAGCTATTGAGACTGTAAAATCAAGTCCATAAGTTTACAAATTGGTTGCCTGCCTTCATTTTCAGATTTTGTAAATTGTTGTGTTATCAATAAAGATATTTTTGTTTGAACATGAATGGATACTATTTCTCAAAATGCACTGCTCTTTTGGTCTTTCTGTGAGCATGCATTTGTAATTACTCGTTGTACCCTT
TGATACAATGGTTATTAACTTATTTATAATATAGATGATCCTTTCT

Intron 3 GTCAGTTTCA ... ATTGAGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.09	80	6	8
A2	15.38	77	4.2	14
A3	4.04	95	9.2	4
A4	21.51	73	2	20
A5	21.31	48	8.6	13
A6	12.47	316	17.2	45
A7	12.66	400	26.6	58
A8	8.93	255	16.8	25
A9	12.27	379	18.8	53
A10	10.89	311	24.8	38

>TRINITY_DN107404_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

ATATCTGCGCGGTGTGTGGAGTTGTATGAATCTTTGTGACGAGAGGCTTCGATTTCCTCTCCTTTCGCATCATGCGTGTTGCTATGCATTTTAGTTTGACTAAATCATTCATTTTTAAATCCTTTTTAGCCTTTTTTAAAATATTGATGCTTCGGTAGAAAGAAAGCATCATTTGGGGATACTCCTGGATATTCACCGGT
GGAAACTTCAACATCATTTCCACAGATTTTTCATTGTGGTAAGTGGGGCATATCACACTATTCAGAGGAGAGCATCTTGACGTTTTTGTACCCATCTGAGGCCATTTTGGCCCTTACTCAATGGTTTAAGGTCACGAAGGGAGAAGGAGAAACATTGGGAGTAGATCCAGAAGAATTTGGCAGGCAGCAGGGCTTATAAT
TGAGTGTCGTACTAACATCGAAGCTTAGATCTATCAAGGGATTTATTTGATTAAGTGTTTTTGCTTCTCATGGCACTACACACTGCTGTTTCCACTCAAATTGGAGCTGCCCCATTGCCCAGATTGCCCACATGTTCTCTCTATGCTGATAAGCCAACAGTTGCTTCTTCTGTTCAATTGAAAAAGTGTGTAGGGTGGTC
TGGGCAGTCTCTGCAGCAGCAAAATTCCTCTGCATTCTGCAAACAATTCTTGGAGAACAAGCAGGCACAGTGGCAGTCTGGTTTCTTGGTCAAAGCAAGCGTGAGGACTGTTGAACTTGCTGTTGGAGAAGTGACTGAAGTGGACAAAGATAGCTTCTGGCCTGCTGTTGATGCGGCTGGCGACAAGGTTGTGGTGTTGG
ACATGTATACCCAATGGTAATCCTTCTGTATTCCACCTGTTCTTTGTTTGCAAACTAGCTCAAAAAAGCCAAATGATAAGTGAATAGATTGGTTACTCAAACCTATACGAATGCTTATTTTATCTTAAGAACTATATCATGGATGCCAGTAATGAG

>TRINITY_DN107404_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCTTACTCAATGGTTTAAGgtcagtttcaaccctcaataccccactgtgtttcactgctattgagcacctgcttcgctgttgttgcttttgaaggggttgattttgtaaatctagtttgttttaatggtgtattgaggcagGTCACGAAGGGAGAAGGAGAAACATTGGGAGTAGATCCAGAAGAATTTGGCAGGCAGCA
GGGCTTATAATTGAGTGTCGTACTAACATCGAAGCTTAGATCTATCAAGGGATTTATTTGATTAAGTGTTTTTGCTTCTCATGGCACTACACACTGCTGTTTCCACTCAAATTGGAGCTGCCCCATTGCCCAGATTGCCCACATGTTCTCTCTATGCTGATAAGCCAACAGTTGCTTCTTCTGTTCAATTGAAAAAGTGT
GTAGGGTGGTCTGGGCAGTCTCTGCAGCAGCAAAATTCCTCTGCATTCTGCAAACAATTCTTGGAGAACAAGCAGGCACAGTGGCAGTCTGGTTTCTTGGTCAAAGCAAGCGTGAGGACTGTTGAACTTGCTGTTGGAGAAGTGACTGAAGTGGACAAAGATAGCTTCTGGCCTGCTGTTGATGCGGCTGGCGACAAGGT
TGTGGTGTTGGACATGTATACCCAATGGT