sp|Q8LMR2|DCL1_ORYSJ ----> Endoribonuclease Dicer homolog 1

Intron 1 GTTTGTTATG ... TTTTATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.68	17.4	4	14.4
A2	37.6	6	4	3
A3	24.36	6.4	1	3.4
A4	38.74	11.2	5	8.2
A5	33.33	4.4	0	4.4
A6	33.33	2	2	0
A7	39.08	3.6	1	3.6
A8	60	1	1	2
A9	39.63	9.6	8	4.6
A10	42.15	6.6	3	6.6

>TRINITY_DN48171_c0_g3_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTTCTTGATCTTTTGTTCTTTATTCTACAAAATCAGTTGGGTTTTTGTTTCAAGAGCCTCGAGCTTGGGCTTTTGTAAAACTTTTCAATGTTTTTGCTTGCTTATGTAGCTTTGATGAGCATCCCTGGGCTCCATATTTGGCCATTAAATCTAAACCCTGCATGGGTGATAGTTGATGTGGAGTAGCTGGTATATATAA
TGTCAGGTGCCTTCCCTGAATCATGGACATGAATGTCGTTGTTGGTGTTCCAAGATTTGCCTGCCTTCGTCAGGATTTCCTTGAATTCTGCTATGATGCTATGTTGTCTCTAGTGGGAAGCATGTGGATGTGGTTATTTGAGCCGCTGTGGCAGATGAAAAGTGACCCCAGAAGTGAAATCATTGATTAAAATTCTTTTG
AAATATCAACACACTGAAGACTTCCGTGCAATTGTTTTTGTGGAGCGGGTTGTAACTGCCCTTGTACTTCCAAAGGTATTTGCTGAACTTCCATCCTTAAATTCCATAAAATGTCCAAGCTTCATTGGACACAACAACGACCACCATATGCGGATGGGACAGATGCAAGAAACAATTGCCAAATTTCGTGACGGTTGGGT
GACCTTGCTAGTTGCTACCAGTGTGGCAGAGGAAGGATTGGACATTAGGTGGTGTAATGTTGTTATTCACTTCGACCTTGCTAAAACTGTTCTTGCTCGGAAATCTGGTCCAGATTATATTCTGATGCTTGAGAAGGGTATCTCGTTCCATGAAGCATTTCTATGAAATGTAGGAAATAGTGAAGAGACCTTGTGCAAGG
AAGCTATTGAGAGAATTGATCATAGCCATCTCAAACATTCATTAAAGTTGAGTGTTGTGTAGACACCACCAGGAGCTATATACCAGGTGGCCAGCACTGGTGCCATTGTAAGTTTGAACTCTACTGTGGGACTCATCCATTTCTACTGCTCCCAACTGCCAAGTGACAGGTGTCACTATTCTTGATATTCTTGATGACAA
TTTCATTTCTAATACTATTATTTGAATCAAAATGTTCTTAAAATTGTTGTGTATGTACATCATAAATGTGAAGGATGAAATGTACATGCCAGTATCAACAAAAGGG

>TRINITY_DN48171_c0_g3_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTTCTTGATCTTTTGTTCTTTATTCTACAAAATCAGTTGGGTTTTTGTTTCAAGAGCCTCGAGCTTGGGCTTTTGTAAAACTTTTCAATGTTTTTGCTTGCTTATGTAGCTTTGATGAGCATCCCTGGGCTCCATATTTGGCCATTAAATCTAAACCCTGCATGGGTGATAGTTGATGTGGAGTAGCTGGTATATATAA
TGTCAGGTGCCTTCCCTGAATCATGGACATGAATGTCGTTGTTGGTGTTCCAAGATTTGCCTGCCTTCGTCAGGATTTCCTTGAATTCTGCTATGATGCTATGgtttgttatgttttcttatttgtggctatgctctttggttttgttgtttagtttgttcaagaaaaagcgcttctcctgattgtgtactcttagattt
gttttcattcaaaacattcatatcgtaatccattgagtgtttttatttagTTGTCTCTAGTGGGAAGCATGTGGATGTGGTTATTTGAGCCGCTGTGGCAGATGAAAAGTGACCCCAGAAGTGAAATCATTGATTAAAATTCTTTTGAAATATCAACACACTGAAGACTTCCGTGCAATTGTTTTTGTGGAGCGGGTTGT
AACTGCCCTTGTACTTCCAAAGGTATTTGCTGAACTTCCATCCTTAAATTCCATAAAATGTCCAAGCTTCATTGGACACAACAACGACCACCATATGCGGATGGGACAGATGCAAGAAACAATTGCCAAATTTCGTGACGGTTGGGTGACCTTGCTAGTTGCTACCAGTGTGGCAGAGGAAGGATTGGACATTAGGTGGT
GTAATGTTGTTATTCACTTCGACCTTGCTAAAACTGTTCTTGCTCGGAAATCTGGTCCAGATTATATTCTGATGCTTGAGAAGGGTATCTCGTTCCATGAAGCATTTCTATGAAATGTAGGAAATAGTGAAGAGACCTTGTGCAAGGAAGCTATTGAGAGAATTGATCATAGCCATCTCAAACATTCATTAAAGTTGAGT
GTTGTGTAGACACCACCAGGAGCTATATACCAGGTGGCCAGCACTGGTGCCATTGTA

Intron 2 GTAGCAAAAT ... TTGTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	74.19	8	23	0
A2	77.78	2	7	0
A3	61.9	8	13	0
A4	70	3	7	2
A5	90	1	9	1
A6	40	3	2	2
A7	0	3	0	0
A8	40	3	2	5
A9	77.78	2	7	1
A10	41.67	7	5	0

>TRINITY_DN44609_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

TGCGAATGTAGAGGCATTATTTCATTGTCATCCCTACTTTGGATTGGATAGAATGTACTTTCTTGATCTTTTGTTGTTTATTCTACAAAATCAGTTGGGTTTTTGTTTCAAGAGCCTCGAGCTTGGGCTTTTGTAAAACTTTTCAATGTTTTTGCTTGCTTATGTAGCTTTGATGAGCATCCCTGGGCTCCATATTTGGC
CATTAAATCTAAACCCTGCATGGGTGATAGTTGATGTGGAGTAGCTGGTATATATAATGTCAGGTGCCTTCCCTGAATCATGGACATGAATGTCGTTGTTGGTGTTCCAAGATTTGCCTGCCTTCGTCAGGATTTCCTTGAATTCTGCTATGATGCTATGTTGTCTCTAGTGGGAAGCATGTGGATGTGGTTATTTGAGC
CGCTGTGGCAGATGAAAAGTGACCCCAGAAGTGAAATCATTGATTAAAATTCTTTTGAAATGCAACACATTGAAGACTTCCGTGCAATTGCTTTCGAGGAGCTGGTTATAACTGCCCTTGTACTTCCAAAGGTATTTGCTGAACTTCCATCCTTAAATTCCATAAAATGTCCAAGCTTCATTGGACACAACAACGACCAC
CATATGCGGATGGGACAGATGCAAGAAACAATTGCCAAATTTCGTGACGGTTGGGTGACCTTGCTAGTTGCTACCAGTGTGGCAGAGGAAGGATTGGACATTAGGTGGTGTAATGTTGTTATTCACTTCGACCTTGCTAAAACTGTTCTTGCTCGGAAATCTGGTCCAGATTATATTCTGATGCTTGAGAAGGGTATCTC
GTTCCATGAAGCATTTCTATGAAATGTAGGAAATAGTGAAGAGACCTTGTGCAAGGAAGCTATTGAGAGAATTGATCATAGCCATCTCAAACATTCATTAAAGTTGAGTGTTGTGTAGACACCACCAGGAGCTATATACCAGGTGGCCAGCACTGGTGCCATTGTACTCAATATTAAGACCAGAATTTACCGAGAGGTTC
TATTGAGTATTATTATGAACTTCAGCTTCCTTGCAATGCACCTTTTGAAAAGCTTGAAGGGCCTGTTTGTTGTTCAATTCGCTTAGCACAACAAGCAGTGTGATTGGAGGCATGTAAGAAACTGCATCAAATGGGAGCTTTCACAGACATGCTTTTGCCAAATAAGGGTAATGTTGAAGAAGGCGAAAAGGCAGATCAAC
TGGAAGAAGGAGAACCTCCTTCTAGAACTACTCGGCATAGAGAGTTTTATCCTAAAGGGGACTCAAATGCAAAAATTCTATCTAGTTTGTGAAGTTTGTACTGTGTGTCCAAGGATTTTGGATGTAAGGGTATCGAATGAACTTGCTGGACGCCCAGAGGCTAGGCTAGACCGTTTTTAGTAGTGGTGGCAACCTTCACC
TCACTAATGATAGTCATCCTGTTTAGGGTCATTATTTCAGTACCAGAAATATATTTCAGCAGGATCTTGGCTCTAAGATGGCGGAATCCAGCATTCTTGGGACAAGGAATCGTTGTGAAATCAATAAATTATGGGAAAATGAAGTTCAGCCGATCAATTAGCTGCCACAAATGGCTCAGCGGAGTTGTTAATCGTACTGT
GTGAATTTCGCGGTAAGCGATTGTGTAGGTTTAGTTTGTGTCGGAAGTGTGATGCTTTTTATGCTTATTTGACGTTTTTGGTGGGGTAATGTTGGCGTGTGTTAAATTTGGCTGAAAGTTTTGTCTGGTCGAAGGAAACGACCTTAATCCATATAAGAAAGACTGAATTTGGAATTTGGGACCTTGCAGTAGCAATATCA
TTGTTATGTCGGTTACTCTGTTGATTTTGCTGCAACTGAGGAAAATATGTGCGTTGTTTTGCTTTTTATGCGAAATTTTGATCAGAA

>TRINITY_DN44609_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGCGAATGTAGAGGCATTATTTCATTGTCATCCCTACTTTGGATTGGATAGAATGTACTTTCTTGATCTTTTGTTGTTTATTCTACAAAATCAGTTGGGTTTTTGTTTCAAGAGCCTCGAGCTTGGGCTTTTGTAAAACTTTTCAATGTTTTTGCTTGCTTATGTAGCTTTGATGAGCATCCCTGGGCTCCATATTTGGC
CATTAAATCTAAACCCTGCATGGGTGATAGTTGATGTGGAGTAGCTGGTATATATAATGTCAGGTGCCTTCCCTGAATCATGGACATGAATGTCGTTGTTGGTGTTCCAAGATTTGCCTGCCTTCGTCAGGATTTCCTTGAATTCTGCTATGATGCTATGTTGTCTCTAGTGGGAAGCATGTGGATGTGGTTATTTGAGC
CGCTGTGGCAGATGAAAAGTGACCCCAGAAGTGAAATCATTGATTAAAATTCTTTTGAAATGCAACACATTGAAGACTTCCGTGCAATTGCTTTCGAGGAGCTGGTTATAACTGCCCTTGTACTTCCAAAGGTATTTGCTGAACTTCCATCCTTAAATTCCATAAAATGTCCAAGCTTCATTGGACACAACAACGACCAC
CATATGCGGATGGGACAGATGCAAGAAACAATTGCCAAATTTCGTGACGGTTGGGTGACCTTGCTAGTTGCTACCAGTGTGGCAGAGGAAGGATTGGACATTAGGTGGTGTAATGTTGTTATTCACTTCGACCTTGCTAAAACTGTTCTTGCTCGGAAATCTGGTCCAGATTATATTCTGATGCTTGAGAAGGGTATCTC
GTTCCATGAAGCATTTCTATGAAATGTAGGAAATAGTGAAGAGACCTTGTGCAAGGAAGCTATTGAGAGAATTGATCATAGCCATCTCAAACATTCATTAAAGTTGAGTGTTGTGTAGACACCACCAGGAGCTATATACCAGGTGGCCAGCACTGGTGCCATTGTACTCAATATTAAGACCAGAATTTACCGAGAGGTTC
TATTGAGTATTATTATGAACTTCAGCTTCCTTGCAATGCACCTTTTGAAAAGCTTGAAGGGCCTGTTTGTTGTTCAATTCGCTTAGCACAACAAGCAGTGTGATTGGAGGCATGTAAGAAACTGCATCAAATGGGAGCTTTCACAGACATGCTTTTGCCAAATAAGGGTAATGTTGAAGAAGGCGAAAAGGCAGATCAAC
TGGAAGAAGGAGAACCTCCTTCTAGAACTACTCGGCATAGAGAGTTTTATCCTAAAGGGgtagcaaaattctccatgttcttgtgggaacctttcaatatttatatgatggtttgtgatgctctgttatgttctaatttatttaggggaaagaagatatatttcaatatcctaaaacaaagatcctagttttgttgatag
tatttttaaccagaaatttgagcttaaactaatttatgtttaactgaagcaacaaatattcggttagcctgaaaggtcaacccttctcagtcaggtaaggtccttaaatgttttacatggttggtattagtcttacttgagctctgtaaaaattagtggaatggaacgggttgaactggctggttggatcagttttgagt
ggtttctgggcagaactggcccataaatcgaaaatgaccaggtccatatggaaccattctttccagatcgaacctgctgcctatgtacaggtgcaggtggtcccatcaaatccacttaaaaaatgaaaataaaacataaaatcctaaatttaattctaaacccttgctatctatatacatgagaaagcattgcatattta
attgtttagatttgcagggctgtacatgaatatatatatttttaatcaaaaattatatattttataaattttttgtttgactggtgtttgtttttgtttttgttttcagGACTCAAATGCAAAAATTCTATCTAGTTTGTGAAGTTTGTACTGTGTGTCCAAGGATTTTGGAGTAAGCATTGTTCCCTTTACCAAACAAA
TATAAGAATTGTCCCATTTAGAAAACAAAATAGGCATTGTAGATACACAAAAAGATAAACATGTACCATGCTTGAATGGATGACAAATGATGATAGCCATTTGATTAAATGCTGTTGTAAGGTCTGTTGGGTAGTTCTAATCTTTCCCCATTATAGTCCTATTGAACTGAATATTGAATCATGTCCAAAACCCAAAGTAT
AACTATCTATTTTTGTATTTGGTTTGTTCTGCTGTAGTGTAAGGGTATCGAATGAACTTGCTGGACGCCCAGAGGCTAGGCTAGACCGTTTTTAGTAGTGGTGGCAACCTTCACCTCACTAATGATAGTCATCCTGTTTAGGGTCATTATTTCAGTACCAGAAATATATTTCAGCAGGATCTTGGCTCTAAGATGGCGGA
ATCCAGCATTCTTGGGACAAGGAATCGTTGTGAAATCAATAAATTATGGGAAAATGAAGTTCAGCCGATCAATTAGCTGCCACAAATGGCTCAGCGGAGTTGTTAATCGTACTGTGTGAATTTCGCGGTAAGCGATTGTGTAGGTTTAGTTTGTGTCGGAAGTGTGATGCTTTTTATGCTTATTTGACGTTTTTGGTGGG
GTAATGTTGGCGTGTGTTAAATTTGGCTGAAAGTTTTGTCTGGTCGAAGGAAACGACCTTAATCCATATAAGAAAGACTGAATTTGGAATTTGGGACCTTGCAGTAGCAATATCATTGTTATGTCGGTTACTCTGTTGATTTTGCTGCAACTGAGGAAAATATGTGCGTTGTTTTGCTTTTTATGCGAAATTTTGATCAG
AA

Intron 3 GTAAGCATTG ... TCTGCTGTAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	1	0	2
A2	9.49	4.8	0	1
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	86.67	0.2	1	0
A6	34.36	4.8	3	2
A7	60	0.8	1	1
A8	80.95	1.2	5	5
A9	77.14	0.8	1	4
A10	36	1.6	0	1

>TRINITY_DN48171_c0_g3_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTTCTTGATCTTTTGTTCTTTATTCTACAAAATCAGTTGGGTTTTTGTTTCAAGAGCCTCGAGCTTGGGCTTTTGTAAAACTTTTCAATGTTTTTGCTTGCTTATGTAGCTTTGATGAGCATCCCTGGGCTCCATATTTGGCCATTAAATCTAAACCCTGCATGGGTGATAGTTGATGTGGAGTAGCTGGTATATATAA
TGTCAGGTGCCTTCCCTGAATCATGGACATGAATGTCGTTGTTGGTGTTCCAAGATTTGCCTGCCTTCGTCAGGATTTCCTTGAATTCTGCTATGATGCTATGTTGTCTCTAGTGGGAAGCATGTGGATGTGGTTATTTGAGCCGCTGTGGCAGATGAAAAGTGACCCCAGAAGTGAAATCATTGATTAAAATTCTTTTG
AAATATCAACACACTGAAGACTTCCGTGCAATTGTTTTTGTGGAGCGGGTTGTAACTGCCCTTGTACTTCCAAAGGTATTTGCTGAACTTCCATCCTTAAATTCCATAAAATGTCCAAGCTTCATTGGACACAACAACGACCACCATATGCGGATGGGACAGATGCAAGAAACAATTGCCAAATTTCGTGACGGTTGGGT
GACCTTGCTAGTTGCTACCAGTGTGGCAGAGGAAGGATTGGACATTAGGTGGTGTAATGTTGTTATTCACTTCGACCTTGCTAAAACTGTTCTTGCTCGGAAATCTGGTCCAGATTATATTCTGATGCTTGAGAAGGGTATCTCGTTCCATGAAGCATTTCTATGAAATGTAGGAAATAGTGAAGAGACCTTGTGCAAGG
AAGCTATTGAGAGAATTGATCATAGCCATCTCAAACATTCATTAAAGTTGAGTGTTGTGTAGACACCACCAGGAGCTATATACCAGGTGGCCAGCACTGGTGCCATTGTACTCAATATTAAGACCAGAATTTACCGAGAGGTTCTATTGAGTATTATTATGAACTTCAGCTTCCTTGCAATGCACCTTTTGAAAAGCTTG
AAGGGCCTGTTTGTTGTTCAATTCGCTTAGCACAACAAGCAGTGTGATTGGAGGCATGTAAGAAACTGCATCAAATGGGAGCTTTCACAGACATGCTTTTGCCAAATAAGGGTAATGTTGAAGAAGGCGAAAAGGCAGATCAACTGGAAGAAGGAGAACCTCCTTCTAGAACTACTCGGCATAGAGAGTTTTATCCTAAA
GGGGACTCAAATGCAAAAATTCTATCTAGTTTGTGAAGTTTGTACTGTGTGTCCAAGGATTTTGGATGTAAGGGTATCGAATGAACTTGCTGGACGCCCAGAGGCTAGGCTAGACCGTTTTTAGTAGTGGTGGCAACCTTCACCTCACTAATGATAGTCATCCTGTTTAGGGTCATTATTTCAGTACCAGAAATATATTT
CAGCAGGATCTTGGCTCTAAGATGGCGGAATCCAGCATTCTTGGGACAAGGAATCGTTGTGAAATCAATAAATTATGGGAAAATGAAGTTCAGCCGATCAATTAGCTGCCACAAATGGCTCAGCGGAGTTGTTAATCGTACTGTGTGAATTTCGCGGTAAGCGATTGTGTAGGTTTAGTTTGTGTCGGAAGTGTGATGCT
TTTTATGCTTATTTGACGTTTTTGGTGGGGTAATGTTGGCGTGTGTTAAATTTGGCTGAAAGTTTTGTCTGGTCGAAGGAAACGACCTTAATCCATATAAGAAAGACTGAATTTGGAATTTGGGACCTTGCAGTAGCAATATCATTGTTATGTCGGTTACTCTGTTGATTTTGCTGCAACTGAGGAAAATATGTG

>TRINITY_DN48171_c0_g3_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATGACCAGGTCCATATGGAACCATTCTTTCCAGATCGAACCTGCTGCCTATGTACGGGTGCAGGTGGTCCCATCAAATCCACTTAAAAAATGAAAATAAAACATAAAATCCTAAATTTAATTCTAAACCCTTGCTATCTATATACATGAGAAAGCATTGCATATTTAATTGTTTAGATTTGCAGGGCTGTACATGAATAT
ATATATTTTTAATCAAAAATTATATATTTTATAAATTTTTTGTTTGACTGGTGTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTCAGGACTCAAATGCAAAAATTCTATCTAGTTTGTGAAGTTTGTACTGTGTGTCCAAGGATTTTGGAgtaagcattgttccctttaccaaacaaatataagaattgtcccatttagaaaacaaaatag
gcattgtagatacacaaaaagataaacatgtaccatgcttgaatggatgacaaatgatgatagccatttgattaaatgctgttgtaaggtctgttgggtagttctaatctttccccattatagtcctattgaactgaatattgaatcatgtccaaaacccaaagtataactatctatttttgtatttggtttgttctgct
gtagTGTAAGGGTATCGAATGAACTTGCTGGACGCCCAGAGGCTAGGCTAGACCGTTTTTAGTAGTGGTGGCAACCTTCACCTCACTAATGATAGTCATCCTGTTTAGGGTCATTATTTCAGTACCAGAAATATATTTCAGCAGGATCTTGGCTCTAAGATGGCGGAATCCAGCATTCTTGGGACAAGGAATCGTTGTGA
AATCAATAAATTATGGGAAAATGAAGTTCAGCCGATCAATTAGCTGCCACAAATGGCTCAGCGGAGTTGTTAATCGTACTGTGTGAATTTCGCGGTAAGCGATTGTGTAGGTTTAGTTTGTGTCGGAAGTGTGATGCTTTTTATGCTTATTTGACGTTTTTGGTGGGGTAATGTTGGCGTGTGTTAAATTTGGCTGAAAG
TTTTGTCTGGTCGAAGGAAACGACCTTAATCCATATAAGAAAGACTGAATTTGGAATTTGGGACCTTGCAGTAGCAATATCATTGTTATGTCGGTTACTCTGTTGATTTTGCTGCAACTGAGGAAAATATGTG