NA ----> NA

Intron 1 GTGGGTGTTT ... TGATTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.59	3	28	47
A2	80.85	9	27	49
A3	90.6	7	64	71
A4	80.58	10	41	42
A5	96.61	1	23	34
A6	79.49	4	16	15
A7	87.37	6	37	46
A8	100	0	14	13
A9	87.95	5	35	38
A10	95.35	3	66	57

>TRINITY_DN44859_c0_g3_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

CCGGGAGGGCGTTCGTGTTTCCGCTAATGGACTAACGAAACGATATATGTTGCAGAATTTCGCTAAAATGATATAGGGCCAGGGTTGAATTTGATCATTCAGGGTTTGAATAATGGCTGGATATCAGAAGAAATGGTTGGCGCAATACCCCGGGCTTGCCATCCTAGAACTCGCACTCTACACTGTTATGCGGATGCCGA
TGAGGGTCTGGGTAGCGTGGTTGAGGCATTGAAGGCAGTTGTTCAGGCACCTGCAGATGGTGCTATAGTAACATATGCTCTGAAAGAACAAATGATGGTGGCAGCCACTTCGGTAATGATTGTGGCCGATAGTCTTCACAGAGCTCCGCACCATCTGGAAGCATTGGTTGAACTGTTGCTGGGGGTGATCAACAGACCAA
ATCATGGGGTGGATCGACAGGCCAGAGCTATCGCCTGTGAATGTTTGAGGCAATTGGAGAAGGCTTATCCATGCTTACTCTATGCATATGCAGGGCATCTTTTAATGCTGTGCCAGAGTGAGAGAACTCATGCTGCGCAGTGCTACATTCTTCTCCTCACTACGGTCATTCACAATCTTGCTTGCCATATGTATACTTCG
TCACCTGGTTCAAGGGTGGCAGGGCTGGCAACCTCCATTTTATCGACTTCGGTACCACTGGTGCCCTTCAATGTTCCACCCTTTCTAGGGGCCTCTTTAGCGGGAGAAGAATTAATATCGATTCCATCCAGGGAACTGTCACCGACAAATCTAAAAGAGTTTCGCAGAGTAGTGGCATTTCTCCTCGAGCGTCCACAGAT
TTTGACATCATGTGGGATGTTGGAATTTGTCTCAAATCTTATGGATGTCGCAGCTGCATTGGAGCTTCAAGTTTCACTTCTGAAGGTGCAATTCTCTGGTCTGATATATTCATATGATCCTGTTCTTTGTCACCTTGTTTTGATGATATATGCTCGTTTTCTGGATTCTTTTGATGGAGAAGACAAAAATATTTTCAGAC
GCTTGATATTAATATCCAAGGAAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTTCTCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGC
GCAGTTGATTTTGATCCATCTCTGAGAGACACCCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCAGTTTTGAAAAGTGATGGTCCTGACGCAACAGAAACAAGAGAAGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTTTGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCATGGAG
CACAGAGACAAGGTTGGCTTTCCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCATGTATTCACACAGTCTGCCCTCTTTGAAACATTGCAGAGTATACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGTTCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTTATAC
ATTGTGATTCTCATAGGGGCTTGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCTTGTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGAC
CCAGAGACTCGTTTAAGGTCATGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCATCACCATAGTTCAAGGGTTTTCCTTGTCTTGTCTCGTCTTCTGGCTTTTCTCTCTCGTTTCTTTCCAGACTTGGAGATCCGTGATAGTGCAAGGATCTATCTACGAATGCTGATTTCTATTCCTGGCAA
CAAACTCAGGCATATATTAAACATTGGAGAACAGCTGCCAGATGATTCTTCTGCCCCTCAACTCTCCTCTTTTTTCCGCACACCATCTCCCCGAGCACCAACCAATGTTAAGAAAGAAAAGTTGTCCACTTATATTCATCTTTCCAGGGTCATTCCTCTTCTTGTTAAGCAGTCATGGTCCCTGGTAATGATCAATTCGG
GTATAAATGGAAAAATTGAGATCTTGAATCAAGAAAACATAAATCTGGAAGAGCCTTTAATGGCTATTGCAGAGCCCAAAGAAGGCATTGACATAAAAGCCTTTCCAAATGAGGAAAATTTTAAAGGTCCAGAACCTTTGCGTGTTATGGATTCAAAGATCTCCTTGATTTTGGGCATTTTGCGAAGGCATTTTTCTGCA
GTCCCAGATTTTCGTCATGGGACAGGCTTGAAGATCAAGGTACATTGCAAACTTAGTTTTAATTCCAAGGGAAGGTATCCAGCTGAGGAAGATGATTCTTTTAAGTCTCCACAGTCAAATAGCGAGGATTCATGGCCTGCGCTTTACGCTATTGTTATCACGTTTTCTGTTTCCGACCATTATGGACGAATCCCATCAGT
TCACATACCTTTTCTTATGAGTGAGCCTCTAAGAAAAAATGATCAGAATTCATCAAATACTTCCCAGGATGAAAATTTAATTTTGGTGCAAGTGCAAGATGGACAACCTGTTATGGAGACAGATGCAAAAACAAAGAGGCAGCACTCTCTAGGTAATACTGAGAGAGACACAGAAAGTAGTCTTGTGGGAGAAGAGAAGG
AAGCCTTCCGGGAGTCAGTGATGATTGAATTAGAGCCTAGAGAGCCAGTGCCCGCACATATTGATGCACATATTGAAGCCAGTGGGGAGGATGGGCAGAGTATTCGCGGTCAACTTCAAAGCATTCTAGTTGGTATAGAAGATCTCTTTGTGAAGTCTCCTGTTCCTGATGATGTTTCAGAAGGTGCAGTTGCAGAGTAT
TACTCTACTCTGTTCAATGCATTGTGGGAAGCTTGTGAGAGTCCAGAGAATATTGGACGAGAGACATTCCCACTTAAAGGAGGTAAAGGGGTTGTTGCAATTCATGGTACTGGATCAGTGAAACTGTTAGAAGCTCAATCAAATTTTGTAATCGAAGCTGTGGAACAATTTTTAGCCCCTTTTGTTGTGGTGATAAGTGG
TTATAATCTTGTCAACATTGTGAAGGATGATGGAATTATCGAGGATGTTATCTGGAAAGATGAAGCGTCTGCAAATCCATCTGATGAAGGAGATGGCCTCATTCAAGAAGGTCCTCTTCAGCTGAAATACTTAGAAGATGATACAAATGGTGATGATTCATTTGAGATTGCTAAGAGAAACATTGGTTGTTTCTTCATTC
TTATTTTTCTTCCCCCTCGCTTTCACTTACTTCTAAAGATGGAGGTAGGTGCTTTGTCAACTTTGGTTCGGATCAGGACAGATCATTGGCCATGCCTAGCTTACATGGATGAGTATTTGGAAGCTTTAGCCTTCAGATGACATGTATTCTCCCTCAGCTCTGTATTCTCTCTTTTTTACCAGCTAATTACATTTTTGTGT
TCAGTTTTCCATCCAAGCCAGCAGCACACAGTCGGCCTTATTTATCTTTTCAAAGAAAATTCCTTTTAAAATGCATCATTGCATCTTATCTTGTGAATCTTGTACAATATCGACAGATCAGGTTTGGGTTCTGAGGGGTTGACCTATGTTTATATTGAATCTATTTAGTTCTCATGTAGTGAAATCTGGCCTCAAGTGTT
CAGTGATCTTATACTGCATTCAAAGCTTTGATGTCTTAATTATCATGAACATGCCTGGCATTTTTTGTGCCTTAAAACCAGCCTTTTTCTATATAATAAGAATTGCATTTGTTTTCGTTGAAGGTAACTCAGGCCAGAGGAGCTACATAATGTGGCTTGCTGTTTCGATGAATTTATGAGACATTTCCTATGGAATTAGG
ATTTCTGTCATCTGTCTCTAATCCAATCCATGTCATGATCTATTTGATGAGGTTTCATTTGTTGGCTGATATGCCATCCCGCAACTATACTTCGTAAGGCTAATCTCAATATACATGACCCTCAGCTTTGTCTAATTGTGAGTTCTGAGATTAATTTGCCCTGTGGTCTTCATCGCAACTTACTTTTATGAAAGATTTGG
TAACTGC

>TRINITY_DN44859_c0_g3_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCGGGAGGGCGTTCGTGTTTCCGCTAATGGACTAACGAAACGATATATGTTGCAGAATTTCGCTAAAATGATATAGGGCCAGGGTTGAATTTGATCATTCAGGGTTTGAATAATGgtgggtgtttggtgcccatgagatttagggttttgttgacttggattaaatggataaggtggggaaacagctttcaggacaggat
tgggagttgatgattgctgattttcagGCTGGATATCAGAAGAAATGGTTGGCGCAATACCCCGGGCTTGCCATCCTAGAACTCGCACTCTACACTGTTGTAAGGAAGGATTTTCCTTTGAAAGCCCAACTGATTACTTTTGTTGAGGAGAATGCTGATATTCTTATTGCAGATGCGGATGCCGATGAGGGTCTGGGTAG
CGTGGTTGAGGCATTGAAGGCAGTTGTTCAGGCACCTGCAGATGGTGCTATAGTAACATATGCTCTGAAAGAACAAATGATGGTGGCAGCCACTTCGGTAATGATTGTGGCCGATAGTCTTCACAGAGCTCCGCACCATCTGGAAGCATTGGTTGAACTGTTGCTGGGGGTGATCAACAGACCAAATCATGGGGTGGATC
GACAGGCCAGAGCTATCGCCTGTGAATGTTTGAGGCAATTGGAGAAGGCTTATCCATGCTTACTCTATGCATATGCAGGGCATCTTTTAATGCTGTGCCAGAGTGAGAGAACTCATGCTGCGCAGTGCTACATTCTTCTCCTCACTACGGTCATTCACAATCTTGCTTGCCATATGTATACTTCGTCACCTGGTTCAAGG
GTGGCAGGGCTGGCAACCTCCATTTTATCGACTTCGGTACCACTGGTGCCCTTCAATGTTCCACCCTTTCTAGGGGCCTCTTTAGCGGGAGAAGAATTAATATCGATTCCATCCAGGGAACTGTCACCGACAAATCTAAAAGAGTTTCGCAGAGTAGTGGCATTTCTCCTCGAGCGTCCACAGATTTTGACATCATGTGG
GATGTTGGAATTTGTCTCAAATCTTATGGATGTCGCAGCTGCATTGGAGCTTCAAGTTTCACTTCTGAAGGTGCAATTCTCTGGTCTGATATATTCATATGATCCTGTTCTTTGTCACCTTGTTTTGATGATATATGCTCGTTTTCTGGATTCTTTTGATGGAGAAGACAAAAATATTTTCAGACGCTTGATATTAATAT
CCAAGGAAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTTCTCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGCGCAGTTGATTTTGAT
CCATCTCTGAGAGACACCCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCAGTTTTGAAAAGTGATGGTCCTGACGCAACAGAAACAAGAGAAGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTTTGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCATGGAGCACAGAGACAAGGTT
GGCTTTCCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCATGTATTCACACAGTCTGCCCTCTTTGAAACATTGCAGAGTATACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGTTCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTTATACATTGTGATTCTCATA
GGGGCTTGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCTTGTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGACCCAGAGACTCGTTTA
AGGTCATGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCACAAACCGGTATCCCTTTGGCCATAAATAGCTACCTAATCCTTTGAAAAGCAGATAAAGATACGCAATAGGATGGACTTGATTCTGCATCAAATGGAAATTGTGGATTTATTTGGATAAAAAATTGGAGTAGAATGATTTGTGTC
AGTGATATTTTGTCTTTATGTTCAGAACATACGTTTTTCAGTCTAAGAATTACCACTGACTTGCATTGTGAATGCAAGAGAAGTGTTTGGCTTGGACACTGCCATAGCAATGCTGGAAAAATTCTCCTTCAACCCTCAAGTTTTTAATGGTGTGTTATTTCGT

Intron 2 GTGCAATTCT ... ATATTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.34	9.4	17	17
A2	69.86	11	22	29
A3	66.67	15	35	25
A4	56.92	14	12	25
A5	55	9	14	8
A6	61.9	8	9	17
A7	56.92	14	20	17
A8	78.57	3	9	13
A9	74.48	9.4	27	28
A10	68.95	12.9	28	29

>TRINITY_DN106070_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

GCCGGGAGGGCGTTCGTGTTTCCGCTAATGGACTAACGAAACGATATATGTTGCAGAATTTCGCTAAAATGATATAGGGCCAGGGTTGAATTTGATCATTCAGGGTTTGAATAATGGTGGGTGTTTGGTGCCCATGAGATTTAGGGTTTTGTTGACTTGGATTAAATGGATAAGGTGGGGAAACAGCTTTCAGGACAGGA
TTGGGAGTTGATGATTGCTGATTTTCAGGCTGGATATCAGAAGAAATGGTTGGCGCAGTACCCCGGGCTTGCCATCCTAGAACTCGCACTCTACACTGTTGTAAGGAAGGATTTTCCTTTGAAAGCCCAACTGATTACTTTTGTTGAGGAGAATGCTGATATTCTTATTGCAGATGCGGATGCCGATGAGGGTCTGGGTA
GCGTGGTTGAGGCATTGAAGGCAGTTGTTCAGGCACCTGCAGATGGTGCTATAGTAACATATGCTCTGAAAGAACAAATGATGGTGGCAGCCACTTCGGTAATGATTGTGGCCGATAGTCTTCACAGAGCTCCGCACCATCTGGAAGCATTGGTTGAACTGTTGCTGGGGGTGATCAACAGACCAAATCATGGGGTGGAT
CGACAGGCCAGAGCGATCGCCTGTGAATGTTTGAGGCAATTGGAGAAGGCTTATCCATGCTTACTCTATGCATATGCAGGGCATCTTTTAATGCTGTGCCAGAGTGAGAGAACTCATGCTGCGCAGTGCTACATTCTTCTCCTCACTACGGTCATTCACAATCTTGCTTGCCATATGTATACTTCGTCACCTGGTTCAAG
GGTGGCAGGGCTGGCAACCTCCATTTTATCGACTTCGGTACCACTGGTGCCCTTCAATGTTCCACCCTTTCTAGGGGCCTCTTTAGCGGGAGAAGAATTAATATCGATTCCATCCAGGGAACTGTCACCGACAAATCTAAAAGAGTTTCGCAGAGTAGTGGCATTCTCCTCGAGCGTCCACAGATTTTGACATCATGTGG
GATGTTGGAATTTGTCTCAAATCTTATGGATGTCGCAGCTGCATTGGAGCTTCAAGTTTCACTTCTGAAGACGCTTGATATTAATATCCAAGGAAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTTCTCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACC
TCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGCGCAGTTGATTTTGATCCATCTCTGAGAGACACCCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCAGTTTTGAAAAGTGATGGTCCTGACGCAACAGAAACAAGAGA
AGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTTTGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCATGGAGCACAGAGACAAGGTTGGCTTTCCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCATGTATTCACACAGTCTGCCCTCTTTGAAACATTGCAGAGTA
TACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGTTCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTTATACATTGTGATTCTCATAGGGGCTTGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCTTGTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGC
AGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGACCCAGAGACTCGTTTAAGGTCATGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCATCACCATAGTTCAAGGGTTTTCCTTGTCTTGTCTCGTCTTCTGGCTTTTCTCTCTCG
TTTCTTTCCAGACTTGGAGATCCGTGATAGTGCAAGGTAAGGAGTAATTTTAGAATGCACAGGATTGACTCAACCGATGAACTTTGGTTCAATGTTTATTTGAGAGTGATCAGATATAGAGTAAAGCTGAACACATTGCTATCAGAGAGATGCAAATGGTCTTGAACCTTTATCTTGTAGATTTGCTTAGGATGTATATA
GTATATACCAATGTGCCTTTTTAATTGTCTCTAGGAGTAATGTTGGG

>TRINITY_DN106070_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GCCGGGAGGGCGTTCGTGTTTCCGCTAATGGACTAACGAAACGATATATGTTGCAGAATTTCGCTAAAATGATATAGGGCCAGGGTTGAATTTGATCATTCAGGGTTTGAATAATGGTGGGTGTTTGGTGCCCATGAGATTTAGGGTTTTGTTGACTTGGATTAAATGGATAAGGTGGGGAAACAGCTTTCAGGACAGGA
TTGGGAGTTGATGATTGCTGATTTTCAGGCTGGATATCAGAAGAAATGGTTGGCGCAGTACCCCGGGCTTGCCATCCTAGAACTCGCACTCTACACTGTTATGCGGATGCCGATGAGGGTCTGGGTAGCGTGGTTGAGGCATTGAAGGCAGTTGTTCAGGCACCTGCAGATGGTGCTATAGTAACATATGCTCTGAAAGA
ACAAATGATGGTGGCAGCCACTTCGGTAATGATTGTGGCCGATAGTCTTCACAGAGCTCCGCACCATCTGGAAGCATTGGTTGAACTGTTGCTGGGGGTGATCAACAGACCAAATCATGGGGTGGATCGACAGGCCAGAGCGATCGCCTGTGAATGTTTGAGGCAATTGGAGAAGGCTTATCCATGCTTACTCTATGCAT
ATGCAGGGCATCTTTTAATGCTGTGCCAGAGTGAGAGAACTCATGCTGCGCAGTGCTACATTCTTCTCCTCACTACGGTCATTCACAATCTTGCTTGCCATATGTATACTTCGTCACCTGGTTCAAGGGTGGCAGGGCTGGCAACCTCCATTTTATCGACTTCGGTACCACTGGTGCCCTTCAATGTTCCACCCTTTCTA
GGGGCCTCTTTAGCGGGAGAAGAATTAATATCGATTCCATCCAGGGAACTGTCACCGACAAATCTAAAAGAGTTTCGCAGAGTAGTGGCATTTCTCCTCGAGCGTCCACAGATTTTGACATCATGTGGGATGTTGGAATTTGTCTCAAATCTTATGGATGTCGCAGCTGCATTGGAGCTTCAAGTTTCACTTCTGAAGgt
gcaattctctggtctgatatattcatatgatcctgttctttgtcaccttgttttgatgatatatgctcgttttctggattcttttgatggagaagacaaaaatattttcagACGCTTGATATTAATATCCAAGGAAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTT
CTCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGCGCAGTTGATTTTGATCCATCTCTGAGAGACACCCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCA
GTTTTGAAAAGTGATGGTCCTGACGCAACAGAAACAAGAGAAGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTTTGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCATGGAGCACAGAGACAAGGTTGGCTTTCCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCA
TGTATTCACACAGTCTGCCCTCTTTGAAACATTGCAGAGTATACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGTTCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTTATACATTGTGATTCTCATAGGGGCTTGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCT
TGTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGACCCAGAGACTCGTTTAAGGTCATGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCATCACCATAGTTCAAGG
GTTTTCCTTGTCTTGTCTCGTCTTCTGGCTTTTCTCTCTCGTTTCTTTCCAGACTTGGAGATCCGTGATAGTGCAAGGTAAGGAGTAATTTTAGAATGCACAGGATTGACTCAACCGATGAACTTTGGTTCAATGTTTATTTGAGAGTGATCAGATATAGAGTAAAGCTGAACACATTGCTATCAGAGAGATGCAAATGG
TCTTGAACCTTTATCTTGTAGATTTGCTTAGGATGTATATAGTATATACCAATGTGCCTTTTTAATTGTCTCTAGGAGTAATGTTGGG

Intron 3 GTAAGGAGTA ... CTTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.29	11	5	7
A2	20.83	19	6	4
A3	19.05	17	2	6
A4	40.74	8	6	5
A5	7.69	12	0	2
A6	20	16	1	7
A7	26.09	34	9	15
A8	30.77	9	5	3
A9	22.22	21	4	8
A10	42.86	8	10	2

>TRINITY_DN47582_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

GCTGCATTGGAGCTTCAAGTTTCGCTTCTGAAGACGCTTGATATTAATATCCAAGGAAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTTCTCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCAT
TAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGCGCAGTTGATTTTGATCCATCTCTGAGAGACACCCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCAGTTTTGAAAAGTGATGGTCCTGACGCAACAGAAACAAGAGAAGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTT
TGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCATGGAGCACAGAGACAAGGTTGGCTTTCCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCATGTATTCACACAGTCTGCCCTCTTTGAAACATTGCAGAGTATACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGT
TCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTTATACATTGTGATTCTCATAGGGGCTTGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCTTGTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGA
CCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGACCCAGAGACTCGTTTAAGGTCATGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCATCACCATAGTTCAAGGGTTTTCCTTGTCTTGTCTCGTCTTCTGGCTTTTCTCTCTCGTTTCTTTCCAGACTTGGAGATCCGTGATAGTGCAAGG
ATCTATCTACGAATGCTGATTTCTATTCCTGGCAACAAACTCAGGCATATATTAAACATTGGAGAACAGCTGCCAGATGATTCTTCTGCCCCTCAACTCTCCTCTTTTTTCCGCACACCATCTCCCCGAGCACCAACCAATGTTAAGAAAGAAAAGTTGTCCACTTATATTCATCTTTCCAGGGTCATTCCTCTTCTTGT
TAAGCAGTCATGGTCCCTGGTAATGATCAATTCGGGTATAAATGGAAAAATTGAGATCTTGAATCAAGAAAACATAAATCTGGAAGAGCCTTTAATGGCTATTGCAGAGCCCAAAGAAGGCATTGACATAAAAGCCTTTCCAAATGAGGAAAATTTTAAAGGTCCAGAACCTTTGCGTGTTATGGATTCAAAGATCTCCT
TGATTTTGGGCATTTTGCGAAGGCATTTTTCTGCAGTCCCAGATTTTCGTCATGGGACAGGCTTGAAGATCAAGGTACATTGCAAACTTAGTTTTAATTCCAAGGGAAGGTATCCAGCTGAGGAAGATGATTCTTTTAAGACTCCACAGTCAAATAGCGAGGATTCATGGCCTGCGCTTTACGCTATTGTTATCACGTTT
TCTGTTTCCGACCATTATGGACGAATCCCATCAGTTCACATACCTTTTCTTATGAGTGAGCCTCCAAGAAAAAATGATCAGAATTCATCAAATACTTCCGAGGATGAAAATTTAATTTTGGTGCAAGTGCAAGATGGACAACCTGTTATGGAGACAGATGCAAAAACAAAGAGGCAGCACTCTCTAGGTAATACTGAGAG
AGACACAGAAAGTAGTCTTGTGGGAGAAGAGAAGGAAGCCTTCCGGGAGTCAGTGATGATTGAATTAGAGCCTAGAGAGCCAGTGCCCGCACATATTGATGCACATATTGAAGCCAGTGGGGAGGATGGGCAGAGTATTCGCGGTCAACTTCAAAGCATTCTAGTTGGTATAGAAGATCTCTTTGTGAAGTCTCCTGTTC
CTGATGATGTTTCAGAAGGTGCAGTTGCAGAGTATTACTCTACTCTGTTCAATGCATTGTGGGAAGCTTGTGAGAGTCCAGAGAATATTGGACGAGAGACATTCCCACTTAAAGGAGGTAAAGGGGTTGTTGCAATTCATGGTACTGGATCAGTGAAACTGTTAGAAGCTCAATCAAATTTTGTAATCGAAGCTGTGGAA
CAATTTTTAGCCCCTTTTGTTGTGGTGATAAGTGGTTATAATCTTGTCAACATTGTGAAGGATGATGGAATTATCGAGGATGTTATCTGGAAAGATGAAGCGTCTGCAAATCCATCTGATGAAGGAGATGGCCTCATTCAAGAAGGTCCTCTTCAGCTGAAATACTTAGAAGATGATACAAATGGTGATGATTCATTTGA
GATTGCTAAGAGAAACATTGGTTGTTTCTTCATTCTTATTTTTCTTCCCCCTCGCTTTCACTTACTTCTAAAGATGGAGGTAGGTGATTTGTCAACTTTGGTTCGGATCAGGACAGATCATTGGCCATGCCTAGCTTACATGGATGAGTATTTGGAAGCTTTAGCCTTTAGATGACATGTATTCTCCCTCAGCTCTGTAT
TCTCTCTTTTTTACCAGCTAATTACATTTTTGTGTTCAGTTTTCCATCCAAGCCAGCAGCACACAGTCGGCCTTATTTATCTTTTCAAAGAAAATTCCTTTTAAAATGCATCATTGCATCTTATCTTGTGAATCTTGTACAATATCGACAGATCAGGTTTGGGTTCTGAGGGGTTGACCTATGTTTATATTGAATCTATT
TAGTTCTCATGTAGTGAAATCTGGCCTCAAGTGTTCAGTGATCTTATACTGCATTCAAAGCTTTGATGTCTTAATTATCATGAACATGCCTGGCATTTTTTGTGCCTTAAAACCAGCCTTTTTCTATATAATAAGAATTGCATTTGTTTTCGTTGAAGGTAACTCAGGCCAGAGGAGCTACATAATGTGGCTTGCTGTTT
CGATGAATTTATGAGACATTTCCTATGGAATTAGGATTTCTGTCATCTGTCTCTAATCCAATCCATGTCATGATCTATTTGATGAGGTTTCATTTGTTGGCTGATATGCCATCCCGCAACTATACTTCGTAAGGCTAATCTCAATATACATGACCCTCAGCTTTGTCTAATTGTGAGTTCTGAG

>TRINITY_DN47582_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGACGCTTGATATTAATATCCAAGGAAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTTCTCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATA
TTGCGCAGTTGATTTTGATCCATCTCTGAGAGACACCCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCAGTTTTGAAAAGTGATGGTCCTGACGCAACAGAAACAAGAGAAGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTTTGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCAT
GGAGCACAGAGACAAGGTTGGCTTTCCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCATGTATTCACACAGTCTGCCCTCTTTGAAACATTGCAGAGTATACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGTTCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTT
ATACATTGTGATTCTCATAGGGGCTTGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCTTGTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTA
TGACCCAGAGACTCGTTTAAGGTCATGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCATCACCATAGTTCAAGGGTTTTCCTTGTCTTGTCTCGTCTTCTGGCTTTTCTCTCTCGTTTCTTTCCAGACTTGGAGATCCGTGATAGTGCAAGgtaaggagtaattttagaatgcgcaggattga
ctcaaccgatgaactttggttcaatgtttatttgagagtgatcagatatagagtaaagttgaacacattgctatcagagagatgcaaatggtcttgaacctttatcttgtagatttgcttaggatgtatatagtatataccaatgtgcctttttaattgtctctaggagtaatgttgggagcagtgatttacattctact
cgactttatgcagGATCTATCTACGAATGCTGATTTCTATTCCTGGCAACAAACTCAGGCATATATTAAACATTGGAGAACAGCTGCCAGATGATTCTTCTGCCCCTCAACTCTCCTCTTTTTTCCGCACACCATCTCCCCGAGCACCAACCAATGTTAAGAAAGAAAAGTTGTCCACTTATATTCATCTTTCCAGGGTC
ATTCCTCTTCTTGTTAAGCAGTCATGGTCCCTGGTAATGATCAATTCGGGTATAAATGGAAAAATTGAGATCTTGAATCAAGAAAACATAAATCTGGAAGAGCCTTTAATGGCTATTGCAGAGCCCAAAGAAGGCATTGACATAAAAGCCTTTCCAAATGAGGAAAATTTTAAAGGTCCAGAACCTTTGCGTGTTATGGA
TTCAAAGATCTCCTTGATTTTGGGCATTTTGCGAAGGCATTTTTCTGCAGTCCCAGATTTTCGTCATGGGACAGGCTTGAAGATCAAGGTACATTGCAAACTTAGTTTTAATTCCAAGGGAAGGTATCCAGCTGAGGAAGATGATTCTTTTAAGACTCCACAGTCAAATAGCGAGGATTCATGGCCTGCGCTTTACGCTA
TTGTTATCACGTTTTCTGTTTCCGACCATTATGGACGAATCCCATCAGTTCACATACCTTTTCTTATGAGTGAGCCTCCAAGAAAAAATGATCAGAATTCATCAAATACTTCCGAGGATGAAAATTTAATTTTGGTGCAAGTGCAAGATGGACAACCTGTTATGGAGACAGATGCAAAAACAAAGAGGCAGCACTCTCTA
GGTAATACTGAGAGAGACACAGAAAGTAGTCTTGTGGGAGAAGAGAAGGAAGCCTTCCGGGAGTCAGTGATGATTGAATTAGAGCCTAGAGAGCCAGTGCCCGCACATATTGATGCACATATTGAAGCCAGTGGGGAGGATGGGCAGAGTATTCGCGGTCAACTTCAAAGCATTCTAGTTGGTATAGAAGATCTCTTTGT
GAAGTCTCCTGTTCCTGATGATGTTTCAGAAGGTGCAGTTGCAGAGTATTACTCTACTCTGTTCAATGCATTGTGGGAAGCTTGTGAGAGTCCAGAGAATATTGGACGAGAGACATTCCCACTTAAAGGAGGTAAAGGGGTTGTTGCAATTCATGGTACTGGATCAGTGAAACTGTTAGAAGCTCAATCAAATTTTGTAA
TCGAAGCTGTGGAACAATTTTTAGCCCCTTTTGTTGTGGTGATAAGTGGTTATAATCTTGTCAACATTGTGAAGGATGATGGAATTATCGAGGATGTTATCTGGAAAGATGAAGCGTCTGCAAATCCATCTGATGAAGGAGATGGCCTCATTCAAGAAGGTCCTCTTCAGCTGAAATACTTAGAAGATGATACAAATGGT
GATGATTCATTTGAGATTGCTAAGAGAAACATTGGTTGTTTCTTCATTCTTATTTTTCTTCCCCCTCGCTTTCACTTACTTCTAAAGATGGAGGTAGGTGATTTGTCAACTTTGGTTCGGATCAGGACAGATCATTGGCCATGCCTAGCTTACATGGATGAGTATTTGGAAGCTTTAGCCTTTAGATGACATGTATTCTC
CCTCAGCTCTGTATTCTCTCTTTTTTACCAGCTAATTACATTTTTGTGTTCAGTTTTCCATCCAAGCCAGCAGCACACAGTCGGCCTTATTTATCTTTTCAAAGAAAATTCCTTTTAAAATGCATCATTGCATCTTATCTTGTGAATCTTGTACAATATCGACAGATCAGGTTTGGGTTCTGAGGGGTTGACCTATGTTT
ATATTGAATCTATTTAGTTCTCATGTAGTGAAATCTGGCCTCAAGTGTTCAGTGATCTTATACTGCATTCAAAGCTTTGATGTCTTAATTATCATGAACATGCCTGGCATTTTTTGTGCCTTAAAACCAGCCTTTTTCTATATAATAAGAATTGCATTTGTTTTCGTTGAAGGTAACTCAGGCCAGAGGAGCTACATAAT
GTGGCTTGCTGTTTCGATGAATTTATGAGACATTTCCTATGGAATTAGGATTTCTGTCATCTGTCTCTAATCCAATCCATGTCATGATCTATTTGATGAGGTTTCATTTGTTGGCTGATATGCCATCCCGCAACTATACTTCGTAAGGCTAATCTCAATATACATGACCCTCAGCTTTGTCTAATTGTGAGTTCTGAG

Intron 4 GTAAGGAAGG ... CTTATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.82	20.5	38	14
A2	80.54	8.5	41	27
A3	61.52	27.9	55	30
A4	69.21	14.1	39	20
A5	75.09	6.9	24	16
A6	72.54	6.2	21	11
A7	63.8	18	41	19
A8	64.74	4.2	10	4
A9	62.71	10.5	23	10
A10	64.52	18	38	24

>TRINITY_DN106070_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

GCCGGGAGGGCGTTCGTGTTTCCGCTAATGGACTAACGAAACGATATATGTTGCAGAATTTCGCTAAAATGATATAGGGCCAGGGTTGAATTTGATCATTCAGGGTTTGAATAATGGTGGGTGTTTGGTGCCCATGAGATTTAGGGTTTTGTTGACTTGGATTAAATGGATAAGGTGGGGAAACAGCTTTCAGGACAGGA
TTGGGAGTTGATGATTGCTGATTTTCAGGCTGGATATCAGAAGAAATGGTTGGCGCAGTACCCCGGGCTTGCCATCCTAGAACTCGCACTCTACACTGTTATGCGGATGCCGATGAGGGTCTGGGTAGCGTGGTTGAGGCATTGAAGGCAGTTGTTCAGGCACCTGCAGATGGTGCTATAGTAACATATGCTCTGAAAGA
ACAAATGATGGTGGCAGCCACTTCGGTAATGATTGTGGCCGATAGTCTTCACAGAGCTCCGCACCATCTGGAAGCATTGGTTGAACTGTTGCTGGGGGTGATCAACAGACCAAATCATGGGGTGGATCGACAGGCCAGAGCGATCGCCTGTGAATGTTTGAGGCAATTGGAGAAGGCTTATCCATGCTTACTCTATGCAT
ATGCAGGGCATCTTTTAATGCTGTGCCAGAGTGAGAGAACTCATGCTGCGCAGTGCTACATTCTTCTCCTCACTACGGTCATTCACAATCTTGCTTGCCATATGTATACTTCGTCACCTGGTTCAAGGGTGGCAGGGCTGGCAACCTCCATTTTATCGACTTCGGTACCACTGGTGCCCTTCAATGTTCCACCCTTTCTA
GGGGCCTCTTTAGCGGGAGAAGAATTAATATCGATTCCATCCAGGGAACTGTCACCGACAAATCTAAAAGAGTTTCGCAGAGTAGTGGCATTTCTCCTCGAGCGTCCACAGATTTTGACATCATGTGGGATGTTGGAATTTGTCTCAAATCTTATGGATGTCGCAGCTGCATTGGAGCTTCAAGTTTCACTTCTGAAGGT
GCAATTCTCTGGTCTGATATATTCATATGATCCTGTTCTTTGTCACCTTGTTTTGATGATATATGCTCGTTTTCTGGATTCTTTTGATGGAGAAGACAAAAATATTTTCAGACGCTTGATATTAATATCCAAGGAAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTT
CTCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGCGCAGTTGATTTTGATCCATCTCTGAGAGACACCCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCA
GTTTTGAAAAGTGATGGTCCTGACGCAACAGAAACAAGAGAAGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTTTGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCATGGAGCACAGAGACAAGGTTGGCTTTCCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCA
TGTATTCACACAGTCTGCCCTCTTTGAAACATTGCAGAGTATACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGTTCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTTATACATTGTGATTCTCATAGGGGCTTGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCT
TGTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGACCCAGAGACTCGTTTAAGGTCATGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCATCACCATAGTTCAAGG
GTTTTCCTTGTCTTGTCTCGTCTTCTGGCTTTTCTCTCTCGTTTCTTTCCAGACTTGGAGATCCGTGATAGTGCAAGGTAAGGAGTAATTTTAGAATGCACAGGATTGACTCAACCGATGAACTTTGGTTCAATGTTTATTTGAGAGTGATCAGATATAGAGTAAAGCTGAACACATTGCTATCAGAGAGATGCAAATGG
TCTTGAACCTTTATCTTGTAGATTTGCTTAGGATGTATATAGTATATACCAATGTGCCTTTTTAATTGTCTCTAGGAGTAATGTTGGG

>TRINITY_DN106070_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GCCGGGAGGGCGTTCGTGTTTCCGCTAATGGACTAACGAAACGATATATGTTGCAGAATTTCGCTAAAATGATATAGGGCCAGGGTTGAATTTGATCATTCAGGGTTTGAATAATGGTGGGTGTTTGGTGCCCATGAGATTTAGGGTTTTGTTGACTTGGATTAAATGGATAAGGTGGGGAAACAGCTTTCAGGACAGGA
TTGGGAGTTGATGATTGCTGATTTTCAGGCTGGATATCAGAAGAAATGGTTGGCGCAGTACCCCGGGCTTGCCATCCTAGAACTCGCACTCTACACTGTTgtaaggaaggattttcctttgaaagcccaactgattacttttgttgaggagaatgctgatattcttattgcagATGCGGATGCCGATGAGGGTCTGGGTA
GCGTGGTTGAGGCATTGAAGGCAGTTGTTCAGGCACCTGCAGATGGTGCTATAGTAACATATGCTCTGAAAGAACAAATGATGGTGGCAGCCACTTCGGTAATGATTGTGGCCGATAGTCTTCACAGAGCTCCGCACCATCTGGAAGCATTGGTTGAACTGTTGCTGGGGGTGATCAACAGACCAAATCATGGGGTGGAT
CGACAGGCCAGAGCGATCGCCTGTGAATGTTTGAGGCAATTGGAGAAGGCTTATCCATGCTTACTCTATGCATATGCAGGGCATCTTTTAATGCTGTGCCAGAGTGAGAGAACTCATGCTGCGCAGTGCTACATTCTTCTCCTCACTACGGTCATTCACAATCTTGCTTGCCATATGTATACTTCGTCACCTGGTTCAAG
GGTGGCAGGGCTGGCAACCTCCATTTTATCGACTTCGGTACCACTGGTGCCCTTCAATGTTCCACCCTTTCTAGGGGCCTCTTTAGCGGGAGAAGAATTAATATCGATTCCATCCAGGGAACTGTCACCGACAAATCTAAAAGAGTTTCGCAGAGTAGTGGCATTTCTCCTCGAGCGTCCACAGATTTTGACATCATGTG
GGATGTTGGAATTTGTCTCAAATCTTATGGATGTCGCAGCTGCATTGGAGCTTCAAGTTTCACTTCTGAAGGTGCAATTCTCTGGTCTGATATATTCATATGATCCTGTTCTTTGTCACCTTGTTTTGATGATATATGCTCGTTTTCTGGATTCTTTTGATGGAGAAGACAAAAATATTTTCAGACGCTTGATATTAATA
TCCAAGGAAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTTCTCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGCGCAGTTGATTTTGA
TCCATCTCTGAGAGACACCCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCAGTTTTGAAAAGTGATGGTCCTGACGCAACAGAAACAAGAGAAGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTTTGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCATGGAGCACAGAGACAAGGT
TGGCTTTCCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCATGTATTCACACAGTCTGCCCTCTTTGAAACATTGCAGAGTATACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGTTCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTTATACATTGTGATTCTCAT
AGGGGCTTGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCTTGTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGACCCAGAGACTCGTTT
AAGGTCATGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCATCACCATAGTTCAAGGGTTTTCCTTGTCTTGTCTCGTCTTCTGGCTTTTCTCTCTCGTTTCTTTCCAGACTTGGAGATCCGTGATAGTGCAAGGTAAGGAGTAATTTTAGAATGCACAGGATTGACTCAACCGATGAACTTTG
GTTCAATGTTTATTTGAGAGTGATCAGATATAGAGTAAAGCTGAACACATTGCTATCAGAGAGATGCAAATGGTCTTGAACCTTTATCTTGTAGATTTGCTTAGGATGTATATAGTATATACCAATGTGCCTTTTTAATTGTCTCTAGGAGTAATGTTGGG

Intron 5 GTAATTTATT ... GTTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	11	20
A2	100	0	2	6
A3	78.95	4	11	19
A4	93.33	1	14	14
A5	84.62	1	5	6
A6	100	0	4	6
A7	81.82	1	1	8
A8	100	0	0	3
A9	100	0	1	9
A10	75	2	5	7

>TRINITY_DN117157_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

GGCGGAAGCCGGGAGGGCGTTCGTGTTTCCGCTAATGGACTAACGAAACGATATATGTTGCAGAATTTCGCTGTAAGTTTTCGGTTGCATCGTCGATACAAAAATTTTAAAACCAAATTGCAACCCAAGACTTGATTGAACTGAAGTTGAATTGATACGAATGTCATTATTGATATAAAAAAGCAGCGTTTCTGATACTG
CAGGAAAATGATATAGGGC

>TRINITY_DN117157_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGCGGAAGCCGGGAGGGCGTTCGTGTTTCCGCTAATGGACTAACGAAACGATATATGTTGCAGAATTTCGCTGTAAGTTTTCGGTTGCATCGTCGATACAAAAATTTTAAAACCAAATTGCAACCCAAGACTTGATTGAACTGAAGTTGAATTGATACGAATGTCATTATTGATATAAAAAAGCAGCGTTTCTGATACTG
CAGGgtaatttattttcacaaatgatttgttctggttgctactctcctcgcttctgttaaaaggatctctgaaactgaccaattttttcattaattcgattttaaaaaattgatattgggttaaattccaatacacggaagctgaaatggggttgagtttgtttatgcagAAAATGATATAGGGCCAGGGTTGAATTTGA
TCATTCAGGGTTTGAATAATGGTGGGTGTTTGGTGCCCATGAGATTTAGGGTTTTGTTGACTTGGATTAAATGGATAAGGTGGGGAAACAGCTTTCAGGACAGGATTGGGAGTTGATGATTGCTGATTTTCAGGCTGGATATCAGAAGAAATGGTTGGCGCAATACCCCGGGCTTGCCATCCTAGAACTCGCACTCTACA
CTGTTGTAAGGAAGGATTTTCCTTTGAAAGCCCAACTGATTACTTTTGTTGAGGAGAATGCTGATATTCTTATTGCAGATGCGGATGCCGATGAGGGTCTGGGTAGCGTGGTTGAGGCATTGAAGGCAGTTGTTCAGGCACCTGCAGATGGTGCTATAGTAACATATGCTCTGAAAGAACAAATGATGGTGGCAGCCACT
TCGGTAATGATTGTGGCCGATAGTCTTCACAGAGCTCCGCACCATCTGGAAGCATTGGCTGAACTGTTGCTGGGGGTGATCAACAGACCAAATCATGGGGTGGATCGACAGGCCAGAGCGATCGCCTGTGAATGTTTGAGGCAATTGGAGAAGGCTTATCCATGCTTACTCTATGCATATGCAGGGCATCTTTTAATGCT
GTGCCAGAGTGAGAGAACTCATGCTGCGCAGTGCTACATTCTTCTCCTCACTACGGTCATTCACAATCTTGCTTGCCATATGTATACTTCGTCACCTGGTTCAAGGGTGGCAGGGCTGGCAACCTCCATTTTATCGACTTCGGTACCACTGGTGCCCTTCAATGTTCCACCCTTTCTAGGGGCCTCTTTAGCGGGAGAAG
AATTAATATCGATTCCATCCAGGGAACTGTCACCGACAAATCTAAAAGAGTTTCGCAGAGTAGTGGCATTTCTCCTCGAGCGTCCACAGATTTTGACATCATGTGGGATGTTGGAATTTGTCTCAAATCTTATGGATGTCGCAGCTGCATTGGAGCTTCAAGTTTCACTTCTGAAGGTGCAATTCTCTGGTCTGATATAT
TCATATGATCCTGTTCTTTGTCACCTTGTTTTGATGATATATGCTCGTTTTCTGGATTCTTTTGATGGAGAAGACAAAAATATTTTCAGACGCTTGATATTAATATCCAAGGAAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTTCTCTGCAGAAGGAAAGAAAATC
TTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGCGCAGTTGATTTTGATCCATCTCTGAGAGACACCCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCAGTTTTGAAAAGTGATGGTCCTG
ACGCAACAGAAACAAGAGAAGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTTTGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCATGGAGCACAGAGACAAGGTTGGCTTTCCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCATGTATTCACACAGTCTGCCCTC
TTTGAAACATTGCAGAGTATACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGTTCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTTATACATTGTGATTCTCATAGGGGCTTGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCTTGTCAGCATATTTTCCAATTTT
TGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGACCCAGAGACTCGTTTAAGGTCATGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCATCACCATAGTTCAAGGGTTTTCCTTGTCTTGTCTCGTC
TTCTGGCTTTTCTCTCTCGTTTCTTTCCAGACTTGGAGATCCGTGATAGTGCAAGGATCTATCTACGAATGCTGATTTCTATTCCTGGCAACAAACTCAGGCATATATTAAACATTGGAGAACAGCTGCCAGATGATTCTTCTGCCCCTCAACTCTCCTCTTTTTTCCGCACACCATCTCCCCGAGCACCACCCAATGTT
AAGAAAGAAAAGTTGTCCACTTATATTCATCTTTCCAGGGTCACTCCTCTTCTTGTTAAGCAGTCATGGTCCCTGGTAATGATCAATTCGGGTATAAATGGAAAAATTGAGATCTTGAATCAAGAAAACATAAATCTGGAAGAGCCTTTAATGGCTATTGCAGAGCCCAAAGAAGGCATTGACATAAAAGCCTTTCCTAA
TGAGGAAAATTTTAAAGGTCCAGAACCTTTGCGTGTTATGGATTCAAAGATCTCCTTGATTTTGGGCATTTTGCGAAGGCATTTTTCTGCAGTCCCAGATTTTCGTCATGGGACAGGCTTGAAGATCAAGGTACATTGCAAACTTAGTTTTAATTCCAAAGGAAGGTATCCAGCTGAGGAAGATGATTCTTTTAAGTCTC
CACAGTCAAATAGCGAGGATTCATGGCCTGCGCTTTACGCTATTGTTATCACGTTTTCTGTTTCCGACCATTATGGACGAATCCCATCAGTTCACATACCTTTTCTTATGAGTGAGCCTCCAAGAAAAAATGATCAGAATTCATCAAATACTTCCCAGGATGAAAATTTAATTTTGGTGCAAGTGCAAGATGGACAACCT
GTTATGGAGACAGATGCAAAAACAAAGAGGCAGCACTCTCTAGGTAATACTGAGAGAGACACAGAAAGTAGTCTTGTGGGAGAAGAGAAGGAAGCCTTCCGGGAGTCAGTGATGATTGAATTAGAGCCTAGAGAGCCAGTGCCCGCACATATTGATGCACATATTGAAGCCAGTGGGGAGGATGGGCAGAGTATTCGCGG
TCAACTTCAAAGCATTCTAGTTGGTATAGAAGATCTCTTTGTGAAGTCTCCTGTTCCTGATGATGTTTCAGAAGGTGCAGTTGCAGAGTATTACTCTACTCTGTTCAATGCATTGTGGGAAGCTTGTGAGAGTCCAGAGAATATTGGACGAGAGACATTCCCACTTAAAGGAGGTAAAGGGGTTGTTGCAATTCACGGTA
CTGGATCAGTGAAACTGTTAGAAGCTCAATCAAATTTTGTAATCGAAGCTGTGGAACAATTTTTAGCCCCTTTTGTTGTGGTGATAAGTGGTTATAATCTTGTCAACATTGTGAAGGATGATGGAATTATCGAGGATGTTATCTGGAAAGATGAAGCGTCTGCAAATCCATCTGATGAAGGAGATGGCCTCATTCAAGAA
GGTCCTCTTCAGCTGAAATACTTAGAAGATGATACAAATGGTGATGATTCATTTGAGATTGCTAAGAGAAACATTGGTTGTTTCTTCATTCTTATTTTTCTTCCCCCTCGCTTTCACTTACTTCTAAAGATGGAGGTAGGTGATTTGTCAACTTTGGTTCGGATCAGGACAGATCATTGGCCATGCCTAGCTTACATGGA
TGAGTATTTGGAAGCTTTAGCCTTTAGATGACATGTATTCTCCCTCAGCTCTGTATTCTCTCTTTTTTACCAGCTAATTACATTTTTGTGTTCAGTTTTCCATCCAAGCCAGCAGCACACAGTCGGCCTTATTTATCTTTTCAAAGAAAATTCCTTTTAAAATGCATCATTGCATCTTATCTTGTGAATCTTGTACAATA
TCGACAGATCAGGTTTGGGTTCTGAGGGGTTGACCTATGTTTATATTGAATCTATTTAGTTCTCATGTAGTGAAATCTGGCCTCAAGTGTTCAGTGATCTTATACTGCATTCAAAGCTTTGATGTCTTAATTATCATGAACATGCCTGGCATTTTTTGTGCCTTAAAACCAGCCTTTTTCTATATAATAAGAATTGCATT
TGTTTTCGTTGAAGGTAACTCAGGCCAGAGGAGCTACATAATGTGGC

Intron 6 GTAAGTTTTC ... GTTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.52	11	1	20
A2	23.08	20	0	6
A3	32.2	40	0	19
A4	31.11	31	1	14
A5	37.5	10	0	6
A6	33.33	12	0	6
A7	22.86	27	0	8
A8	23.08	10	0	3
A9	28.13	23	0	9
A10	16.67	35	0	7

>TRINITY_DN130341_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGCGTTCGTGTTTCCGCTAATGGACTAACGAAACGATATATGTTGCAGAATTTCGCTAAAATGATATAGGGCCAGGGTTGAATTTGATCATTCAGGGTTTGAATAATGGTGGGTGTTTGGTGCCCATGAGATTTAGGGTTTTGTTGACTTGGATTAAATGGATAAGGTGGGGAAACAGCTTTCAGGACAGGATTGGGAG
TTGATGATTGCTGATTTTCAGGCTGGATATCAGAAGAAATGGTTGGCGCAATACCCCGGGCTTGCCATCCTAGAACTCGCACTCTACACTGTTGTAAGGAAGGATTTTCCTTTGAAAGCCCAACTGATTACTTTTGTTGAGGAGAATGCTGATATTCTTATTGCAGATGCGGATGCCGATGAGGGTCTGGGTAGCGTGGT
TGAGGCATTGAAGGCAGTTGTTCAGGCACCTGCAGATGGTGCTATAGTAACATATGCTCTGAAAGAACAAATGATGGTGGCAGCCACTTCGGTAATGATTGTGGCCGATAGTCTTCACAGAGCTCCGCACCATCTGGAAGCATTGGCTGAACTGTTGCTGGGGGTGATCAACAGACCAAATCATGGGGTGGATCGACAGG
CCAGAGCGATCGCCTGTGAATGTTTGAGGCAATTGGAGAAGGCTTATCCATGCTTACTCTATGCATATGCAGGGCATCTTTTAATGCTGTGCCAGAGTGAGAGAACTCATGCTGCGCAGTGCTACATTCTTCTCCTCACTACGGTCATTCACAATCTTGCTTGCCATATGTATACTTCGTCACCTGGTTCAAGGGTGGCA
GGGCTGGCAACCTCCATTTTATCGACTTCGGTACCACTGGTGCCCTTCAATGTTCCACCCTTTCTAGGGGCCTCTTTAGCGGGAGAAGAATTAATATCGATTCCATCCAGGGAACTGTCACCGACAAATCTAAAAGAGTTTCGCAGAGTAGTGGCATTTCTCCTCGAGCGTCCACAGATTTTGACATCATGTGGGATGTT
GGAATTTGTCTCAAATCTTATGGATGTCGCAGCTGCATTGGAGCTTCAAGTTTCACTTCTGAAGGTGCAATTCTCTGGTCTGATATATTCATATGATCCTGTTCTTTGTCACCTTGTTTTGATGATATATGCTCGTTTTCTGGATTCTTTTGATGGAGAAGACAAAAATATTTTCAGACGCTTGATATTAATATCCAAGG
AAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTTCTCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGCGCAGTTGATTTTGATCCATCT
CTGAGAGACACGCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCAGTTTTGAAAAGTGATGGTCCTGACGCAACAGAAACAAGAGAAGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTTTGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCATGGAGCACAGAGACAAGGTTGGCTTT
CCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCATGTATTCACACAGTCTGCCCTCTTTGAAACATTGCAGAGTATACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGTTCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTTATACATTGTGATTCTCATAGGGGCT
TGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCTTGTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGACCCAGAGACTCGTTTAAGGTCA
TGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCATCACCATAGTTCAAGGGTTTTCCTTGTCTTGTCTCGTCTTCTGGCTTTTCTCTCTCGTTTCTTTCCAGACTTGGAGATCCGTGATAGTGCAAGGATCTATCTACGAATGCTGATTTCTATTCCTGGCAACAAACTCAGGCATATATTAAA
CATTGGAGAACAGCTGCCAGATGATTCTTCTGCCCCTCAACTCTCCTCTTTTTTCCGCACACCATCTCCCCGAGCACCAACCAATGTTAAGAAAGAAAAGTTGTCCACTTATATTCATCTTTCCAGGGTCATTCCTCTTCTTGTTAAGCAGTCATGGTCCCTGGTAATGATCAATTCGGGTATAAATGGAAAAATTGAGA
TCTTGAATCAAGAAAACATAAATCTGGAAGAGCCTTTAATGGCTATTGCAGAGCCCAAAGAAGGCATTGACATAAAAGCCTTTCCTAATGAGGAAAATTTTAAAGGTCCAGAACCTTTGCGTGTTATGGATTCAAAGATCTCCTTGATTTTGGGCATTTTGCGAAGGCATTTTTCTGCAGTCCCAGATTTTCGTCATGGG
ACAGGCTTGAAGATCAAGGTACATTGCAAACTTAGTTTTAATTCCAAGGGAAGGTATCCAGCTGAGGAAGATGATTCTTTTAAGTCTCCACAGTCAAATAGCGAGGATTCATGGCCTGCGCTTTACGCTATTGTTATCACGTTTTCTGTTTCCGACCATTATGGACGAATCCCATCAGTTCACATACCTTTTCTTATGAG
TGAGCCTCTAAGAAAAAATGATCAGAATTCATCAAATACTTCCCAGGATGAAAATTTAATTTTGGTGCAAGTGCAAGATGGACAACCTGTTATGGAGACAGATGCAAAAACAAAGAGGCAGCACTCTCTAGGTAATACTGAGAGAGACACAGAAAGTAGTCTTGTGGGAGAAGAGAAGGAAGCCTTCCGGGAGTCAGTGA
TGATTGAATTAGAGCCTAGAGAGCCAGTGCCCGCACATATTGATGCACATATTGAAGCCAGTGGGGAGGATGGGCAGAGTATTCGCGGTCAACTTCAAAGCATTCTAGTTGGTATAGAAGATCTCTTTGTGAAGTCTCCTGTTCCTGATGATGTTTCAGAAGGTGCAGTTGCAGAGTATTACTCTACTCTGTTCAATGCA
TTGTGGGAAGCTTGTGAGAGTCCAGAGAATATTGGACGAGAGACATTCCCACTTAAAGGAGGTAAAGGGGTTGTTGCAATTCATGGTACTGGATCAGTGAAACTGTTAGAAGCTCAATCAAATTTTGTAATCGAAGCTGTGGAACAATTTTTAGCCCCTTTTGTTGTGGTGATAAGTGGTTATAATCTTGTCAACATTGT
GAAGGATGATGGAATTATCGAGGATGTTATCTGGAAAGATGAAGCGTCTGCAAATCCATCTGATGAAGGAGATGGCCTCATTCAAGAAGGTCCTCTTCAGCTGAAATACTTAGAAGATGATACAAATGGTGATGATTCATTTGAGATTGCTAAGAGAAACATTGGTTGTTTCTTCATTCTTATTTTTCTTCCCCCTCGCT
TTCACTTACTTCTAAAGATGGAGGTAGGTGATTTGTCAACTTTGGTTCGGATCAGGACAGATCATTGGCCATGCCTAGCTTACATGGATGAGTATTTGGAAGCTTTAGCCTTTAGATGACATGTATTCTCCCTCAGCTCTGTATTCTCTCTTTTTTACCAGCTAATTACATTTTTGTGTTCAGTTTTCCATCCAAGCCAG
CAGCACACAGTCGGCCTTATTTATCTTTTCAAAGAAAATTCCTTTTAAAATGCATCATTGCATCTTATCTTGTGAATCTTGTACAATATCGACAGATCAGGTTTGGGTTCTGAGGGGTTGACCTATGTTTATATTGAATCTATTTAGTTCTCATGTAGTGAAATCTGGCCTCAAGTGTTCAGTGATCTTATACTGCATTC
AAAGCTTTGATGTCTTAATTATCATGAACATGCCTGGCATTTTTTGTGCCTTAAAACCAGCCTTTTTCTATATAATAAGAATTGCATTTGTTTTCGTTGAAGGTAACTCAGGCCAGAGGAGCTACATAATGTGGCTTGCTGTTTCGAGGAATTTATGAGACATTTCCTATGGAATTAGGATTTCTGTCATCTG

>TRINITY_DN130341_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGCGTTCGTGTTTCCGCTAATGGACTAACGAAACGATATATGTTGCAGAATTTCGCTgtaagttttcggttgcatcgtcgatacaaaaattttacgctacaattcccctctacctataacatttcattaaaaccaaattgcaacccaatacttgattgaattgaagttgaatttatatgaatgtcattattgatataaa
aaagcagcgtttctgatactgcagggtaatttattttcacaaatgatttattctggttgctactcccctcgcttctgttaaaaggatctctgaaactgaccaattttttcattaattcgattttaaacaattgatattgggttaaattccaatacacggaagctgaaatggggttgagtttgtttatgcagAAAATGATA
TAGGGCCAGGGTTGAATTTGATCATTCAGGGTTTGAATAATGGTGGGTGTTTGGTGCCCATGAGATTTAGGGTTTTGTTGACTTGGATTAAATGGATAAGGTGGGGAAACAGCTTTCAGGACAGGATTGGGAGTTGATGATTGCTGATTTTCAGGCTGGATATCAGAAGAAATGGTTGGCGCAATACCCCGGGCTTGCCA
TCCTAGAACTCGCACTCTACACTGTTGTAAGGAAGGATTTTCCTTTGAAAGCCCAACTGATTACTTTTGTTGAGGAGAATGCTGATATTCTTATTGCAGATGCGGATGCCGATGAGGGTCTGGGTAGCGTGGTTGAGGCATTGAAGGCAGTTGTTCAGGCACCTGCAGATGGTGCTATAGTAACATATGCTCTGAAAGAA
CAAATGATGGTGGCAGCCACTTCGGTAATGATTGTGGCCGATAGTCTTCACAGAGCTCCGCACCATCTGGAAGCATTGGCTGAACTGTTGCTGGGGGTGATCAACAGACCAAATCATGGGGTGGATCGACAGGCCAGAGCGATCGCCTGTGAATGTTTGAGGCAATTGGAGAAGGCTTATCCATGCTTACTCTATGCATA
TGCAGGGCATCTTTTAATGCTGTGCCAGAGTGAGAGAACTCATGCTGCGCAGTGCTACATTCTTCTCCTCACTACGGTCATTCACAATCTTGCTTGCCATATGTATACTTCGTCACCTGGTTCAAGGGTGGCAGGGCTGGCAACCTCCATTTTATCGACTTCGGTACCACTGGTGCCCTTCAATGTTCCACCCTTTCTAG
GGGCCTCTTTAGCGGGAGAAGAATTAATATCGATTCCATCCAGGGAACTGTCACCGACAAATCTAAAAGAGTTTCGCAGAGTAGTGGCATTTCTCCTCGAGCGTCCACAGATTTTGACATCATGTGGGATGTTGGAATTTGTCTCAAATCTTATGGATGTCGCAGCTGCATTGGAGCTTCAAGTTTCACTTCTGAAGGTG
CAATTCTCTGGTCTGATATATTCATATGATCCTGTTCTTTGTCACCTTGTTTTGATGATATATGCTCGTTTTCTGGATTCTTTTGATGGAGAAGACAAAAATATTTTCAGACGCTTGATATTAATATCCAAGGAAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTTC
TCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGCGCAGTTGATTTTGATCCATCTCTGAGAGACACGCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCAG
TTTTGAAAAGTGATGGTCCTGACGCAACAGAAACAAGAGAAGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTTTGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCATGGAGCACAGAGACAAGGTTGGCTTTCCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCAT
GTATTCACACAGTCTGCCCTCTTTGAAACATTGCAGAGTATACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGTTCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTTATACATTGTGATTCTCATAGGGGCTTGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCTT
GTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGACCCAGAGACTCGTTTAAGGTCATGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCATCACCATAGTTCAAGGG
TTTTCCTTGTCTTGTCTCGTCTTCTGGCTTTTCTCTCTCGTTTCTTTCCAGACTTGGAGATCCGTGATAGTGCAAGGATCTATCTACGAATGCTGATTTCTATTCCTGGCAACAAACTCAGGCATATATTAAACATTGGAGAACAGCTGCCAGATGATTCTTCTGCCCCTCAACTCTCCTCTTTTTTCCGCACACCATCT
CCCCGAGCACCAACCAATGTTAAGAAAGAAAAGTTGTCCACTTATATTCATCTTTCCAGGGTCATTCCTCTTCTTGTTAAGCAGTCATGGTCCCTGGTAATGATCAATTCGGGTATAAATGGAAAAATTGAGATCTTGAATCAAGAAAACATAAATCTGGAAGAGCCTTTAATGGCTATTGCAGAGCCCAAAGAAGGCAT
TGACATAAAAGCCTTTCCTAATGAGGAAAATTTTAAAGGTCCAGAACCTTTGCGTGTTATGGATTCAAAGATCTCCTTGATTTTGGGCATTTTGCGAAGGCATTTTTCTGCAGTCCCAGATTTTCGTCATGGGACAGGCTTGAAGATCAAGGTACATTGCAAACTTAGTTTTAATTCCAAGGGAAGGTATCCAGCTGAGG
AAGATGATTCTTTTAAGTCTCCACAGTCAAATAGCGAGGATTCATGGCCTGCGCTTTACGCTATTGTTATCACGTTTTCTGTTTCCGACCATTATGGACGAATCCCATCAGTTCACATACCTTTTCTTATGAGTGAGCCTCTAAGAAAAAATGATCAGAATTCATCAAATACTTCCCAGGATGAAAATTTAATTTTGGTG
CAAGTGCAAGATGGACAACCTGTTATGGAGACAGATGCAAAAACAAAGAGGCAGCACTCTCTAGGTAATACTGAGAGAGACACAGAAAGTAGTCTTGTGGGAGAAGAGAAGGAAGCCTTCCGGGAGTCAGTGATGATTGAATTAGAGCCTAGAGAGCCAGTGCCCGCACATATTGATGCACATATTGAAGCCAGTGGGGA
GGATGGGCAGAGTATTCGCGGTCAACTTCAAAGCATTCTAGTTGGTATAGAAGATCTCTTTGTGAAGTCTCCTGTTCCTGATGATGTTTCAGAAGGTGCAGTTGCAGAGTATTACTCTACTCTGTTCAATGCATTGTGGGAAGCTTGTGAGAGTCCAGAGAATATTGGACGAGAGACATTCCCACTTAAAGGAGGTAAAG
GGGTTGTTGCAATTCATGGTACTGGATCAGTGAAACTGTTAGAAGCTCAATCAAATTTTGTAATCGAAGCTGTGGAACAATTTTTAGCCCCTTTTGTTGTGGTGATAAGTGGTTATAATCTTGTCAACATTGTGAAGGATGATGGAATTATCGAGGATGTTATCTGGAAAGATGAAGCGTCTGCAAATCCATCTGATGAA
GGAGATGGCCTCATTCAAGAAGGTCCTCTTCAGCTGAAATACTTAGAAGATGATACAAATGGTGATGATTCATTTGAGATTGCTAAGAGAAACATTGGTTGTTTCTTCATTCTTATTTTTCTTCCCCCTCGCTTTCACTTACTTCTAAAGATGGAGGTAGGTGATTTGTCAACTTTGGTTCGGATCAGGACAGATCATTG
GCCATGCCTAGCTTACATGGATGAGTATTTGGAAGCTTTAGCCTTTAGATGACATGTATTCTCCCTCAGCTCTGTATTCTCTCTTTTTTACCAGCTAATTACATTTTTGTGTTCAGTTTTCCATCCAAGCCAGCAGCACACAGTCGGCCTTATTTATCTTTTCAAAGAAAATTCCTTTTAAAATGCATCATTGCATCTTA
TCTTGTGAATCTTGTACAATATCGACAGATCAGGTTTGGGTTCTGAGGGGTTGACCTATGTTTATATTGAATCTATTTAGTTCTCATGTAGTGAAATCTGGCCTCAAGTGTTCAGTGATCTTATACTGCATTCAAAGCTTTGATGTCTTAATTATCATGAACATGCCTGGCATTTTTTGTGCCTTAAAACCAGCCTTTTT
CTATATAATAAGAATTGCATTTGTTTTCGTTGAAGGTAACTCAGGCCAGAGGAGCTACATAATGTGGCTTGCTGTTTCGAGGAATTTATGAGACATTTCCTATGGAATTAGGATTTCTGTCATCTG

Intron 7 GTAAGTTTTC ... GTTTATGCAG

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>TRINITY_DN130341_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

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TTGATGATTGCTGATTTTCAGGCTGGATATCAGAAGAAATGGTTGGCGCAATACCCCGGGCTTGCCATCCTAGAACTCGCACTCTACACTGTTGTAAGGAAGGATTTTCCTTTGAAAGCCCAACTGATTACTTTTGTTGAGGAGAATGCTGATATTCTTATTGCAGATGCGGATGCCGATGAGGGTCTGGGTAGCGTGGT
TGAGGCATTGAAGGCAGTTGTTCAGGCACCTGCAGATGGTGCTATAGTAACATATGCTCTGAAAGAACAAATGATGGTGGCAGCCACTTCGGTAATGATTGTGGCCGATAGTCTTCACAGAGCTCCGCACCATCTGGAAGCATTGGCTGAACTGTTGCTGGGGGTGATCAACAGACCAAATCATGGGGTGGATCGACAGG
CCAGAGCGATCGCCTGTGAATGTTTGAGGCAATTGGAGAAGGCTTATCCATGCTTACTCTATGCATATGCAGGGCATCTTTTAATGCTGTGCCAGAGTGAGAGAACTCATGCTGCGCAGTGCTACATTCTTCTCCTCACTACGGTCATTCACAATCTTGCTTGCCATATGTATACTTCGTCACCTGGTTCAAGGGTGGCA
GGGCTGGCAACCTCCATTTTATCGACTTCGGTACCACTGGTGCCCTTCAATGTTCCACCCTTTCTAGGGGCCTCTTTAGCGGGAGAAGAATTAATATCGATTCCATCCAGGGAACTGTCACCGACAAATCTAAAAGAGTTTCGCAGAGTAGTGGCATTTCTCCTCGAGCGTCCACAGATTTTGACATCATGTGGGATGTT
GGAATTTGTCTCAAATCTTATGGATGTCGCAGCTGCATTGGAGCTTCAAGTTTCACTTCTGAAGGTGCAATTCTCTGGTCTGATATATTCATATGATCCTGTTCTTTGTCACCTTGTTTTGATGATATATGCTCGTTTTCTGGATTCTTTTGATGGAGAAGACAAAAATATTTTCAGACGCTTGATATTAATATCCAAGG
AAGTATCTCAACCTCTTGTTGTCCGCCTGCTCGCTATTCACTGGATACTGGGTTTGGAGAGTCTTTCTCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGCGCAGTTGATTTTGATCCATCT
CTGAGAGACACGCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGTTATTGCAACAGAGCAATGGTCAGTTTTGAAAAGTGATGGTCCTGACGCAACAGAAACAAGAGAAGTAACTGCAGGAAAACTTTTCAATGATGGACTAGTTTGTGTTTCAGCTTTTAGATGGTTGCCTCCATGGAGCACAGAGACAAGGTTGGCTTT
CCGCATGCTGCATAGATTCTTGACAATGGCAACTCCACATCCTGTTCCTGATGAAGCATCCATTCATGTATTCACACAGTCTGCCCTCTTTGAAACATTGCAGAGTATACTAGTGGATACAGCATTGGAGTTCAGGAAGTTGGTTCCTAGTATCCTTTCTCTTATAGATCGATTTATACATTGTGATTCTCATAGGGGCT
TGGGAGAGTGTCTTCTCCAAATATTCAATGGGCATTTGCTGTCAAAGCTGGTTCCAGATCGTCGCTTGTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGACCCAGAGACTCGTTTAAGGTCA
TGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCTCATGCATCACCATAGTTCAAGGGTTTTCCTTGTCTTGTCTCGTCTTCTGGCTTTTCTCTCTCGTTTCTTTCCAGACTTGGAGATCCGTGATAGTGCAAGGATCTATCTACGAATGCTGATTTCTATTCCTGGCAACAAACTCAGGCATATATTAAA
CATTGGAGAACAGCTGCCAGATGATTCTTCTGCCCCTCAACTCTCCTCTTTTTTCCGCACACCATCTCCCCGAGCACCAACCAATGTTAAGAAAGAAAAGTTGTCCACTTATATTCATCTTTCCAGGGTCATTCCTCTTCTTGTTAAGCAGTCATGGTCCCTGGTAATGATCAATTCGGGTATAAATGGAAAAATTGAGA
TCTTGAATCAAGAAAACATAAATCTGGAAGAGCCTTTAATGGCTATTGCAGAGCCCAAAGAAGGCATTGACATAAAAGCCTTTCCTAATGAGGAAAATTTTAAAGGTCCAGAACCTTTGCGTGTTATGGATTCAAAGATCTCCTTGATTTTGGGCATTTTGCGAAGGCATTTTTCTGCAGTCCCAGATTTTCGTCATGGG
ACAGGCTTGAAGATCAAGGTACATTGCAAACTTAGTTTTAATTCCAAGGGAAGGTATCCAGCTGAGGAAGATGATTCTTTTAAGTCTCCACAGTCAAATAGCGAGGATTCATGGCCTGCGCTTTACGCTATTGTTATCACGTTTTCTGTTTCCGACCATTATGGACGAATCCCATCAGTTCACATACCTTTTCTTATGAG
TGAGCCTCTAAGAAAAAATGATCAGAATTCATCAAATACTTCCCAGGATGAAAATTTAATTTTGGTGCAAGTGCAAGATGGACAACCTGTTATGGAGACAGATGCAAAAACAAAGAGGCAGCACTCTCTAGGTAATACTGAGAGAGACACAGAAAGTAGTCTTGTGGGAGAAGAGAAGGAAGCCTTCCGGGAGTCAGTGA
TGATTGAATTAGAGCCTAGAGAGCCAGTGCCCGCACATATTGATGCACATATTGAAGCCAGTGGGGAGGATGGGCAGAGTATTCGCGGTCAACTTCAAAGCATTCTAGTTGGTATAGAAGATCTCTTTGTGAAGTCTCCTGTTCCTGATGATGTTTCAGAAGGTGCAGTTGCAGAGTATTACTCTACTCTGTTCAATGCA
TTGTGGGAAGCTTGTGAGAGTCCAGAGAATATTGGACGAGAGACATTCCCACTTAAAGGAGGTAAAGGGGTTGTTGCAATTCATGGTACTGGATCAGTGAAACTGTTAGAAGCTCAATCAAATTTTGTAATCGAAGCTGTGGAACAATTTTTAGCCCCTTTTGTTGTGGTGATAAGTGGTTATAATCTTGTCAACATTGT
GAAGGATGATGGAATTATCGAGGATGTTATCTGGAAAGATGAAGCGTCTGCAAATCCATCTGATGAAGGAGATGGCCTCATTCAAGAAGGTCCTCTTCAGCTGAAATACTTAGAAGATGATACAAATGGTGATGATTCATTTGAGATTGCTAAGAGAAACATTGGTTGTTTCTTCATTCTTATTTTTCTTCCCCCTCGCT
TTCACTTACTTCTAAAGATGGAGGTAGGTGATTTGTCAACTTTGGTTCGGATCAGGACAGATCATTGGCCATGCCTAGCTTACATGGATGAGTATTTGGAAGCTTTAGCCTTTAGATGACATGTATTCTCCCTCAGCTCTGTATTCTCTCTTTTTTACCAGCTAATTACATTTTTGTGTTCAGTTTTCCATCCAAGCCAG
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>TRINITY_DN130341_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGCGTTCGTGTTTCCGCTAATGGACTAACGAAACGATATATGTTGCAGAATTTCGCTgtaagttttcggttgcatcgtcgatacaaaaattttaaaaccaaattgcaacccaagacttgattgaactgaagttgaattgatacgaatgtcattattgatataaaaaagcagcgtttctgatactgcagggtaatttatt
ttcacaaatgatttattctggttgctactcccctcgcttctgttaaaaggatctctgaaactgaccaattttttcattaattcgattttaaacaattgatattgggttaaattccaatacacggaagctgaaatggggttgagtttgtttatgcagAAAATGATATAGGGCCAGGGTTGAATTTGATCATTCAGGGTTTG
AATAATGGTGGCTGTTTGGTGCCCATGAGATTTAGGGTTTTGTTGACTTGGATTAAATGGATAAGGTGGCTGTTTGGTGCCCATGAGATTTAGGGTTTTGTTGACTTGGATTAAATGGATAAGGTGGGGAAACAGCTTTCAGGACAGGATTGGGAGTTGATGATTGCTGATTTTCAGGCTGGATATCAGAAGAAATGGTT
GGCGCAATACCCCGGGCTTGCCATCCTAGAACTCGCACTCTACACTGTTGTAAGGAAGGATTTTCCTTTGAAAGCCCAACTGATTACTTTTGTTGAGGAGAATGCTGATATTCTTATTGCAGATGCGGATGCCGATGAGGGTCTGGGTAGCGTGGTTGAGGCATTGAAGGCAGTTGTTCAGGCACCTGCAGATGGTGCTA
TAGTAACATATGCTCTGAAAGAACAAATGATGGTGGCAGCCACTTCGGTAATGATTGTGGCCGATAGTCTTCACAGAGCTCCGCACCATCTGGAAGCATTGGCTGAACTGTTGCTGGGGGTGATCAACAGACCAAATCATGGGGTGGATCGACAGGCCAGAGCGATCGCCTGTGAATGTTTGAGGCAATTGGAGAAGGCT
TATCCATGCTTACTCTATGCATATGCAGGGCATCTTTTAATGCTGTGCCAGAGTGAGAGAACTCATGCTGCGCAGTGCTACATTCTTCTCCTCACTACGGTCATTCACAATCTTGCTTGCCATATGTATACTTCGTCACCTGGTTCAAGGGTGGCAGGGCTGGCAACCTCCATTTTATCGACTTCGGTACCACTGGTGCC
CTTCAATGTTCCACCCTTTCTAGGGGCCTCTTTAGCGGGAGAAGAATTAATATCGATTCCATCCAGGGAACTGTCACCGACAAATCTAAAAGAGTTTCGCAGAGTAGTGGCATTTCTCCTCGAGCGTCCACAGATTTTGACATCATGTGGGATGTTGGAATTTGTCTCAAATCTTATGGATGTCGCAGCTGCATTGGAGC
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ATACTGGGTTTGGAGAGTCTTTCTCTGCAGAAGGAAAGAAAATCTTTGCTGGTCTCTATGACCTCTGGCTTATACCCATCAGTTTTTGATCCGCTCTCATTAAAGGCTATAAAACTAGATGCTCTTGCATATTGCGCAGTTGATTTTGATCCATCTCTGAGAGACACGCGCCATCAATCTGCCACTGGGAATGATACAGT
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AAGCTGGTTCCAGATCGTCGCTTGTCAGCATATTTTCCAATTTTTGATAGAATTGCTCAGAGCAGTTGTATTCCTCCTAAGGGTTTGCTGGAATTGCTGACCTTGTATATTGTGATTCTTGTAAAGAATTATGACCCAGAGACTCGTTTAAGGTCATGGTCTCAAGGAAGTAAAGTGCTAGGCATTTGTAGGACTGTGCT
CATGCACAAACCGGTATCCCTTTGGCCATAAATAGCTACCTAATCCTTTGAAAAGCAGATAAAGATACGCAATAGGATGG