sp|Q9FY48|KEG_ARATH ----> E3 ubiquitin-protein ligase KEG

Intron 1 GTGAGTTTCT ... GTTTCAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.14	29	6	0
A2	31.11	26.7	12	0
A3	34.82	39.3	21	2
A4	25.93	14.3	5	0
A5	25.36	17.7	6	0
A6	20.74	7.7	2	0
A7	33.33	4	2	0
A8	-1	0	0	0
A9	0	10.7	0	0
A10	0	3.7	0	0

>TRINITY_DN117178_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

TTTTCTGCTTCTTTCCAGCATGTCAGTGTCCGCTATCATGAGAGAAATATTAGTTGTATATAATGAAGATTATTACGTTGAGTTTGTGTAGCTTGTTCTGATCTCTCTTACTGATAAACTGGTTCACAGTCCATTACACATGTGCATAGCAACATGGAATGTGGCTGTTGTCAAAAAGTGGGTCGAGATAGCAACAAAAG
AAGAGATCAATGATGCAATCGAAATTCCAAGTAAAATTGGGACTGCATTATGCATGGCAGGTGCACTGAAGAAAGCCCATGAAACAGAATGCAGAGAATTGGTCAGAATTTTGATTACTTCAGGGGCAGATCCAAAAGCCAAAGATGCACTGCGAGGGCAAACTGCTCTACATGCAGCAGCAATGGCTAATGATGTTGAA
ATGGTGAAGATCATCTTGGATGCAGGTGTCGACGTTGATATTAGAGATGTACACAATACAACGCCTCTTCATGTTGCTTTAGCTAGGGGTTCAAAGTCATGTGTAGGCCTACTTTTAGAAAGTGGGGCCAATTGCAACTTACAGAATGATGAAGGGGACAATGCATTTCATATAGCTGCAGACACAGCAAAGATGGTTCG
AGAAAATCTTGACTGGATAGTTGTTATGCTGCAGCAGAAGGATGCAGCCATTGATGTTCGGAACCATAGTGGTAAGACATTAAAGGACTTTATAGAGGCACTTCCTCGAGAATGGATCTCTGAAGACTTGATGGATGCTCTCTCAATGAAGGGCATACAACTGTCTGCAACAATATTCGATATCGGAGATTGGGTTAAGT
TCAAGAAGAGTGTAAAGGTCCCAAAGTATGGATGGCAAGGTGCAAAGCACAAAAGTGTAGGCTTTGTTCAGAGTGTACCTGACAAGGAGCACCTAATTGTATCGTTTTGTTCTGGAGAATCCCGTGTATTGGCAAATGAAGTTATCAAGGTCATTCCTCTTGATAGAGGACAGCACGTGCAGTTAAAATCAGATATTAAG
GAACCAAGGTTTGGGTGGCGTGGACAATCTCGTGATAGTGTTGGGACAGTTCTTTGTGTTGATGATGATGGGATTCTTCGGGTTGGATTTCCTGGAGCATCTCGAGGATGGAAGGCTGATCCTGCAGAAATGGAGAGAGTTGAGGAATTCAAGGTTGGTGATTGGGTGAGGATACGCCCTTCGCTTACAAGTGCAAAACA
TGGCCTGGGTCCAGTAACTCCTGGTAGCATTGGCATTGTATACTGTATAAGGCCTGACAATAGTCTGCTGCTGGATTTGAGTTACCTGCAAGGTCCATGGCACTGTGAACCTGAAGAGGTTGAACCTGTTGAACCATTTAAGGTA

>TRINITY_DN117178_c0_g1_i10 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TACCTTTGATTATATTATTGATAATCTGATATTCTTATTTAACTTTTTAACTCAAATTAAATGTGAGAACAACTTACTTCTGATGTGACATAATTTCTAATATGTGTACAGAATGATGAAGGGGACAATGCATTTCATATAGCTGCAGACACAGCAAAGATGGTTCGAGAAAATCTTGACTGGATAGTTGTTATGCTGCA
GCAGAAGGATGCAGCCATTGATGTTCGGAACCATAGgtgagtttcttattgcttttaaacttgtctttttgtactttgttatttcctatagtgatacaagaggtacaattttaactgattgacgtctctttatttttgccttggtattagaagctactgttttctttattttgtttgcttgctaatgcattgttcaaatt
tgtaaatgtttcaacagTGGTAAGACATTAAAGGACTTTATAGAGGCACTTCCTCGAGAATGGATCTCTGAAGACTTGATGGATGCTCTCTCAATGAAGGGCATACAACTGTCTGCAACAAT

Intron 2 GTAATTCCTG ... GCTGCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80	6	39	9
A2	54.35	21	28	22
A3	68.42	12	39	13
A4	77.36	6	37	4
A5	81.82	3	15	12
A6	69.03	83	214	156
A7	63.52	58	122	80
A8	61.97	108	216	136
A9	65.85	70	159	111
A10	59.26	22	47	17

>TRINITY_DN121086_c0_g1_i13 from sample A2 / Example spliced isoform

TGGTGACTGGGTCAGAGTAAAAGCTTCTGTTTCTTCTCCAAAATATGGATGGGAGGATGTGACCAGAAGCAGCATTGGGATTGTTCATAGTCTAGATGAGGATGGTGACATGGGTGTAGCTTTCTGCTTTAGAAGCAAGCCCTTCTCTTGTTCTGTAACGGACATGGAAAAAGTTACTCCTTTGGAGGTTGGGGATGAAA
TTCATATCATGTCGTCTGTCACAGAACCACGTTTAGGATGGTCTCGTGAGACATCAGCAACGACAGGAAAGATTGCGAAGATAGATATGGACGGCACATTGAATGTGAAAGTGGCTGGCAGAAGTACTCTCTGGAAGGTTGCTCCAGGAGATGCTGAAAGGCTGTCTGGTTTTGAAGTTGGAGATTGGGTCAGACTCAAG
CCAACTCTTGGGATCAGACCAAGCTATGATTGGCATGGGATTGGCAAAGACAGTTTTGCTGTGGTCCATAGTCTATCTGACACCGGTTACTTGGAGCTTGCAGGCTGTTTCAGAAAGGGGAGGTGGATGACTCATTATTCAGAGGTCGAGAAAGTTCCAAGCCTGAAAGTTGGTCAGCATGTTCATTTCAGAGCAGGGCT
GACTGAGCCCAGATGGGGTTGGAGAGGTGCTTCTCCGGACTCTCGTGGTGTGATAATTGGTGTTCATGCTGATGGTGAAGTGTGGATCGCATTTTCAGGTCTTTCTGCTCCATGGCGAGCTGATCCAGCTGACCTAGAGAAAGAAGAAATGTTTGAGGTGGGAGAGTGGGTCAAAGTAAAGTTAGACTTAGTGGAGCCTA
GAAATGGGTGGAGGTCGGTAAGGCCAGGGAGTGTTGGTGTAGTCCAAGGAATAGCATATGACAATGAAGGAGATATCGGGGAAAGAACTTTCCTTATTGGGTTCTGTGGTGAGCAGGAAAGATGGCTTGGTCTATCTCATGAACTTGAAAGGGTAAAGCCATTTTTTGCTGGTCAGCAGGTACGCATTAAATCCTCAGTA
AAGCAGCCAAGGTTTGGTTGGTCAGGCCATAGTCATTTCAGTATTGGAACCATTACTGCCATTGATGCTGATGGAAGGTTGCGTGTATATATATCTTCTGGTTCTCAGAAAGCTTGGATGCTTGACCCTGCAGAAGTGGAGGTTGTAGAAGAACAGCCTATTTGCATTGGGGACTGGGTAAGAGTAAAGTCCTCAGTCCC
TAATCCAACTCATCAATGGGGTGAAGTGACACACAAAAGTATTGGAGTGGTTCAGAAGATTGATGATGAAGGTGATTTGTGGGTTGCTTTTTGTTTTCTAGAGAGGTTATGGGTTTGCAAACCTTCAGAAATGGAGAGAGTGCGGCCTTTTAACATTGGAGACAGGGTGAAGGTGAATCGCAGTGTCGCGACCCCAAGGT
GGGGTTGGGGTATGGAGACATATGCAAGTACAGGAGTAATTTCTGGGGTTGATGCAGATGGAAAATTGAGAATCAAATTTGCATGGCGAGAAGGAAGGCTTTGGGTTGGAGACCCTGCAGATGTTGAGTTCGATTCAGATGTTTCATGATGCTATGGCCCTGGTATTCGTGTGCTCTATTATGGCTGTTCTGCCGATTTA
ACATGTAATCTTTTATGTTACGAGTTCTTGCCATCCTTAATGGCATGATATTTTTAGCAATTCTTTCTAGCTTGTGAAGTTATCTGCCCCCACAATGAGGATATATGTTTTTGGTCCAATTACAGTTCTTTTATATTTTGTTAGTGGCA

>TRINITY_DN121086_c0_g1_i16 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GATGTGCACTGGAGCAATTCCGTAAGTTATACTGTGTCTATCCTTATGTTTGTGGTTGAGCAGTCCAATGCCTTTTGTTCTGTAATGGGCAAACATGGTGCCCTCTATATGAAACACACTTGCTAGATATCTGATGAGATTTGTTATGCAGGTGGAATAACCTAAGTTCAGAGGAGATCTATAGGGCTGTTGTCAAGGCT
CGGAGGCAGCCACCAGAATATGCTAGTGTTGTGGGTGTTGGAATCCCAAGAGAACTGTGGAAGATGATTGGTGAATGTTTACAGTTTAAGCCTTCAAAGAGACCCACTTTTCATGCCATGCTGTCCATATTTCTACGCCATTTGCAGGAGATTCCTCTTAGCCCTCCTGCAAGCCCAGACAATGATCCGTCAAAGGATTC
TGTTACTACTGGGACAGAGCCCTCTCCTTCATCTGTCCTAGAATTTGTACAGGATACCCAAAATGTTCTTCATCGTATGGTCTCAGAAGGGGATGTGGAAGGGCTTAGAGATTTGCTTGCAAGAGCTTCATCTGGAAAGACTGGAAGTTCAGTGGGTTCTCTTCTAGATGGCCGCAATGCCGAGGGACAAACTGCATTAC
ATTTGGCGTGCATGAGGGGTTATGCAGAACTTGTTGAAACTATTTTAGAGTATCCTGAAGCAGATGTGGAAGTTCTAGACAAGGATGGAGACCCCCCAATTGTATTTGCATTGGCTGCTGGAACACCCGACTGTTTAAAAGCCCTGATAAAGAGAGGAGCAAATGTGAATGCAAAGCTAAAAGACGGCCTGGGCCCTTCT
GTTGCTCATGTTTGTGCATTTCATGGGCAACCCGACTGCATGCGGGAGCTCTTGTCAGCGGGGGCTGATCCTAATGCCATAGATGATGAGGGTGAGACTGTGCTTCACAGAGCTGTTGGGAAGAAGCACACAGATTGTGCAATTGTGATCTTGGAAACTGGAGGATGCAAGTCAATGGGCATTTTGAATTCGAAGGAAAT
GACTCCATTACACATGTGCATAGCAACATGGAATGTGGCTGTTGTCAAAAAGTGGGTCGAGATAGCAACAAAAGAAGAGATCAATGATGCAATCGAAATTCCAAGTAAAATTGGGACTGCATTATGCATGGCAGGTGCACTGAAGAAAGCCCATGAAACAGAATGCAGAGAATTGGTCAGAATTTTGATTACTTCAGGGG
CAGATCCAAAAGCTAAAGATGCACTGCGAGGGCAAACTGCTCTACATGCAGCAGCAATGGCTAATGATGTTGAAATGGTGAAGATCATCTTGGATGCAGGTGTCGACGTTGATATTAGAGATGTACACAATACAACGCCTCTTCATGTTGCTTTAGCTAGGGGTTCAAAGTCATGTGTAGGCCTACTTTTAGAAAGTGGG
GCCAATTGCAACTTACAGAATGATGAAGGGGACAATGCATTTCATATAGCTGCAGACACAGCAAAGATGGTTCGAGAAAATCTTGACTGGATAGTTGTTATGCTGCAGCAGAAGGATGCAGCCATTGATGTTCGGAACCATAGTGGTAAGACATTAAAGGACTTTATAGAGGCACTTCCTCGAGAATGGATCTCTGAAGA
CTTGATGGATGCTCTCTCAATGAAGGGCATACAACTGTCTGCAACAATATTCGATATCGGAGATTGGGTTAAGTTCAAGAAGAGTGTAAAGGTCCCAAAGTATGGATGGCAAGGTGCAAAGCACAAAAGTGTAGGCTTTGTTCAGAGTGTACCTGACAAGGAGCACCTAATTGTATCGTTTTGTTCTGGAGAATCCCGTG
TATTGGCAAATGAAGTTATCAAGGTCATTCCTCTTGATAGAGGACAGCACGTGCAGTTAAAATCAGATATTAAGGAACCAAGGTTTGGGTGGCGTGGACAATCTCGTGATAGTGTTGGGACAGTTCTTTGTGTTGATGATGATGGGATTCTTCGGGTTGGATTTCCTGGAGCATCTCGAGGATGGAAGGCTGATCCTGCA
GAAATGGAGAGAGTTGAGGAATTCAAGGTTGGTGATTGGGTGAGGATACGCCCTTCGCTTACAAGTGCAAAACATGGCCTGGGTCCAGTAACTCCTGGTAGCATTGGCATTGTATACTGTATAAGGCCTGACAATAGTCTGCTGCTGGATTTGAGTTACCTGCAAGGTCCATGGCACTGTGAACCTGAAGAGGTTGAACC
TGTTGAACCATTTAAGGTAGGAGATAGGGTGTGTGTGAAAAGGTCTGTAGCAGAGCCAAGGTATGCCTGGGGTGGTGAGACACACCACAGTGTAGGGAAAATAAGTGAGATTGGTGGTGATGGCCTCCTCCTCATTGATATTCCTGCTCGTCCGATTCCATGGCAAGCAGATCCTGCAGACATGGAGAAGGCTGAAGATT
TTAAGGTTGGTGACTGGGTCAGAGTAAAAGCTTCTGTTTCTTCTCCAAAATATGGATGGGAGGATGTGACCAGAAGCAGCATTGGGATTGTTCATAGTCTAGATGAGGATGGTGACATGGGTGTAGCTTTCTGCTTTAGAAGCAAGCCCTTCTCTTGTTCTGTAACGGACATGGAAAAAGTTACTCCTTTGGAGGTTGGG
GATGAAATTCATATCATGTCGTCTGTCACAGAACCACGTTTAGGATGGTCTCGTGAGACATCAGCAACGACAGGAAAGATTGCGAAGATAGATATGGACGGCACATTGAATGTGAAAGTGGCTGGCAGAAGTACTCTCTGGAAGGTTGCTCCAGGAGATGCTGAAAGGCTGTCTGGTTTTGAAGTTGGAGATTGGGTCAG
ACTCAAGCCAACTCTTGGGATCAGACCAAGCTATGATTGGCATGGGATTGGCAAAGACAGTTTTGCTGTGGTCCATAGTCTATCTGACACCGGTTACTTGGAGCTTGCAGGCTGTTTCAGAAAGGGGAGGTGGATGACTCATTATTCAGAGGTCGAGAAAGTTCCAAGCCTGAAAGTTGGTCAGCATGTTCATTTCAGAG
CAGGGCTGACTGAGCCCAGATGGGGTTGGAGAGGTGCTTCTCCGGACTCTCGTGGTGTGATAATTGGTGTTCATGCTGATGGTGAAGTGTGGATCGCATTTTCAGGTCTTTCTGCTCCATGGCGAGCTGATCCAGCTGACCTAGAGAAAGAAGAAATGTTTGAGGTGGGAGAGTGGGTCAAAGTAAAGTTAGACTTAGTG
GAGCCTAGAAATGGGTGGAGGTCGGTAAGGCCAGGGAGTGTTGGTGTAGTCCAAGGAATAGCATATGACAATGAAGGAGATATCGGGGAAAGAACTTTCCTTATTGGGTTCTGTGGTGAGCAGGAAAGATGGCTTGGTCTATCTCATGAACTTGAAAGGGTAAAGCCATTTTTTGCTGGTCAGCAGGTACGCATTAAATC
CTCAGTAAAGCAGCCAAGGTTTGGTTGGTCAGGCCATAGTCATTTCAGTATTGGAACCATTACTGCCATTGATGCTGATGGAAGGTTGCGTGTATATATATCTTCTGGTTCTCAGAAAGCTTGGATGCTTGACCCTGCAGAAGTGGAGGTTGTAGAAGAACAGCCTATTTGCATTGGGGACTGGGTAAGAGTAAAGTCCT
CAGTCCCTAATCCAACTCATCAATGGGGTGAAGTGACACACAAAAGTATTGGAGTGGTTCAGAAGATTGATGATGAAGGTGATTTGTGGGTTGCTTTTTGTTTTCTAGAGAGGTTATGGGTTTGCAAACCTTCAGAAATGGAGAGAGTGCGGCCTTTTAACATTGGAGACAGGGTGAAGGTGAATCGCAGTGTCGCGACC
CCAAGGTGGGGTTGGGGTATGGAGACATATGCAAGTACAGGAGTAATTTCTGGGGTTGATGCAGATGGAAAATTGAGAATCAAATTTGCATGGCGAGAAGGAAGGCTTTGGGTTGGAGACCCTGCAGATGTTGAGTTCGATTCAGATGTTTCATGATGCTATGGCCCTGgtaattcctgcttttgtatctagtttcgtaa
ctagacgatggatttcggtctggtaggaatgtgattcttacacttcgttagatttttataggctttggtagggaagggggaatcacacttctaccaggtctatcgtctacttaggaaactttcggtgctgggctgtaacctttgtataatactagactgtatttcatggtgcatatcatgcttggcagattagaatatag
gtttattctgattgtgtaatattgtgctgctgtagGTATTCGTGTGCTCTATTATGGCTGTTCTGCCGATTTAACATGTAATCTTTTATGTTACGAGTTCTTGCCATCCTTAATGGCATGATATTTTTAGCAATTCTTTCTAGCTTGTGAAGTTATCTGCCCCCACAATGAGGATATATGTTTTTGGTCCAATTACAGTT
CTTTTATATTTTGTTAGTGGCA

Intron 3 GTAAGTTATA ... TGTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.17	17	0	7
A2	32.73	37	1	18
A3	33.33	24	0	12
A4	38.89	22	0	14
A5	31.43	24	0	11
A6	42.86	4	0	3
A7	33.33	8	0	4
A8	50	2	0	2
A9	0	1	0	0
A10	20	4	0	1

>TRINITY_DN121086_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

TATACATTAGTGAATTTTTAATGTTATGTGATATTTTAATCAATATTAGAAATGTGATAATATGGTGGTCATATCTGAATTGTTATTGATAAGTGGATGGTATTTTGGAGTAGTAAAATGGAGGGAACATAATATTTACCAATGAATCTTACTGGAAATATATATGCAGATATGGTGCAGATATTTCTCGTGGTGTTGCA
GAGCTTCATGCAGCAGGTGTCTCGTGTATGAATCTGAAACCATCCAATCTTCTTCTAGATGCAAGAGGGCGAGCAGTGGTTTCTGATTTTGGTCTTCCAGAAATTTTGAAGAAACCTCAATGCAGAAGATCTCGCTCAACCCCAGAGGATGACATGACAAGGACACACTCGTGTGTGGAGTGCACTATGTTGAATCCACA
CTATACAGCCCCAGAAGCTTGGGAACCACTCAAGAAGTCTTCTTTGAACATCTTTTGGGATGAGGGAAATGGAATTTCTTCAGAGTCTGATGCTTGGAGTTTCGGTTGCACCTTGGTTGAGATGTGCACTGGAGCAATTCCGTGGAATAACCTAAGTTCAGAGGAGATCTATAGGGCTGTTGTCAAGGCTCGGAGGCAGC
CACCAGAATATGCTAGTGTTGTGGGTGTTGGAATCCCAAGAGAACTGTGGAAGATGATTGGTGAATGTTTACAGTTTAAGCCTTCAAAGAGACCCACTTTTCATGCCATGCTGTCCATATTTCTACGCCATTTGCAGGAGATTCCTCTTAGCCCTCCTGCAAGCCCAGACAATGATCCGTCAAAGGATTCTGTTACTACT
GGGACAGAGCCCTCTCCTTCATCTGTCCTAGAATTTGTACAGGATACCCAAAATGTTCTTCATCGTATGGTCTCAGAAGGGGATGTGGAAGGGCTTAGAGATTTGCTTGCAAGAGCTTCATCTGGAAAGACTGGAAGTTCAGTGGGTTCTCTTCTAGATGGCCGCAATGCCGAGGGACAAACTGCATTACATTTGGCGTG
CATGAGGGGTTATGCAGAACTTGTTGAAACTATTTTAGAGTATCCTGAAGCAGATGTGGAAGTTCTAGACAAGGATGGAGACCCCCCAATTGTATTTGCATTGGCTGCTGGAACACCCGACTGTTTAAAAGCCCTGATAAAGAGAGGAGCAAATGTGAATGCAAAGCTAAAAGACGGCCTGGGCCCTTCTGTTGCTCATG
TTTGTGCATTTCATGGGCAACCCGACTGCATGCGGGAGCTCTTGTCAGCGGGGGCTGATCCTAATGCCATAGATGATGAGGGTGAGACTGTGCTTCACAGAGCTGTTGGGAAGAAGCACACAGATTGTGCAATTGTGATCTTGGAAACTGGAGGATGCAAGTCAATGGGCATTTTGAATTCGAAGGAAATGACTCCATTA
CACATGTGCATAGCAACATGGAATGTGGCTGTTGTCAAAAAGTGGGTCGAGATAGCAACAAAAGAAGAGATCAATGATGCAATCGAAATTCCAAGTAAAATTGGGACTGCATTATGCATGGCAGGTGCACTGAAGAAAGCCCATGAAACAGAATGCAGAGAATTGGTCAGAATTTTGATTACTTCAGGGGCAGATCCAAA
AGCTAAAGATGCACTGCGAGGGCAAACTGCTCTACATGCAGCAGCAATGGCTAATGATGTTGAAATGGTGAAGATCATCTTGGATGCAGGTGTCGACGTTGATATTAGAGATGTACACAATACAACGCCTCTTCATGTTGCTTTAGCTAGGGGTTCAAAGTCATGTGTAGGCCTACTTTTAGAAAGTGGGGCCAATTGCA
ACTTACAGAATGATGAAGGGGACAATGCATTTCATATAGCTGCAGACACAGCAAAGATGGTTCGAGAAAATCTTGACTGGATAGTTGTTATGCTGCAGCAGAAGGATGCAGCCATTGATGTTCGGAACCATAGTGGTAAGACATTAAAGGACTTTATAGAGGCACTTCCTCGAGAATGGATCTCTGAAGACTTGATGGAT
GCTCTCTCAATGAAGGGCATACAACTGTCTGCAACAATATTCGATATCGGAGATTGGGTTAAGTTCAAGAAGAGTGTAAAGGTCCCAAAGTATGGATGGCAAGGTGCAAAGCACAAAAGTGTAGGCTTTGTTCAGAGTGTACCTGACAAGGAGCACCTAATTGTATCGTTTTGTTCTGGAGAATCCCGTGTATTGGCAAA
TGAAGTTATCAAGGTCATTCCTCTTGATAGAGGACAGCACGTGCAGTTAAAATCAGATATTAAGGAACCAAGGTTTGGGTGGCGTGGACAATCTCGTGATAGTGTTGGGACAGTTCTTTGTGTTGATGATGATGGGATTCTTCGGGTTGGATTTCCTGGAGCATCTCGAGGATGGAAGGCTGATCCTGCAGAAATGGAGA
GAGTTGAGGAATTCAAGGTTGGTGATTGGGTGAGGATACGCCCTTCGCTTACAAGTGCAAAACATGGCCTGGGTCCAGTAACTCCTGGTAGCATTGGCATTGTATACTGTATAAGGCCTGACAATAGTCTGCTGCTGGATTTGAGTTACCTGCAAGGTCCATGGCACTGTGAACCTGAAGAGGTTGAACCTGTTGAACCA
TTTAAGGTAGGAGATAGGGTGTGTGTGAAAAGGTCTGTAGCAGAGCCAAGGTATGCCTGGGGTGGTGAGACACACCACAGTGTAGGGAAAATAAGTGAGATTGGTGGTGATGGCCTCCTCCTCATTGATATTCCTGCTCGTCCGATTCCATGGCAAGCAGATCCTGCAGACATGGAGAAGGCTGAAGATTTTAAGGTTGG
TGACTGGGTCAGAGTAAAAGCTTCTGTTTCTTCTCCAAAATATGGATGGGAGGATGTGACCAGAAGCAGCATTGGGATTGTTCATAGTCTAGATGAGGATGGTGACATGGGTGTAGCTTTCTGCTTTAGAAGCAAGCCCTTCTCTTGTTCTGTAACGGACATGGAAAAAGTTACTCCTTTGGAGGTTGGGGATGAAATTC
ATATCATGTCGTCTGTCACAGAACCACGTTTAGGATGGTCTCGTGAGACATCAGCAACGACAGGAAAGATTGCGAAGATAGATATGGACGGCACATTGAATGTGAAAGTGGCTGGCAGAAGTACTCTCTGGAAGGTTGCTCCAGGAGATGCTGAAAGGCTGTCTGGTTTTGAAGTTGGAGATTGGGTCAGACTCAAGCCA
ACTCTTGGGATCAGACCAAGCTATGATTGGCATGGGATTGGCAAAGACAGTTTTGCTGTGGTCCATAGTCTATCTGACACCGGTTACTTGGAGCTTGCAGGCTGTTTCAGAAAGGGGAGGTGGATGACTCATTATTCAGAGGTCGAGAAAGTTCCAAGCCTGAAAGTTGGTCAGCATGTTCATTTCAGAGCAGGGCTGAC
TGAGCCCAGATGGGGTTGGAGAGGTGCTTCTCCGGACTCTCGTGGTGTGATAATTGGTGTTCATGCTGATGGTGAAGTGTGGATCGCATTTTCAGGTCTTTCTGCTCCATGGCGAGCTGATCCAGCTGACCTAGAGAAAGAAGAAATGTTTGAGGTGGGAGAGTGGGTCAAAGTAAAGTTAGACTTAGTGGAGCCTAGAA
ATGGGTGGAGGTCGGTAAGGCCAGGGAGTGTTGGTGTAGTCCAAGGAATAGCATATGACAATGAAGGAGATATCGGGGAAAGAACTTTCCTTATTGGGTTCTGTGGTGAGCAGGAAAGATGGCTTGGTCTATCTCATGAACTTGAAAGGGTAAAGCCATTTTTTGCTGGTCAGCAGGTACGCATTAAATCCTCAGTAAAG
CAGCCAAGGTTTGGTTGGTCAGGCCATAGTCATTTCAGTATTGGAACCATTACTGCCATTGATGCTGATGGAAGGTTGCGTGTATATATATCTTCTGGTTCTCAGAAAGCTTGGATGCTTGACCCTGCAGAAGTGGAGGTTGTAGAAGAACAGCCTATTTGCATTGGGGACTGGGTAAGAGTAAAGTCCTCAGTCCCTAA
TCCAACTCATCAATGGGGTGAAGTGACACACAAAAGTATTGGAGTGGTTCAGAAGATTGATGATGAAGGTGATTTGTGGGTTGCTTTTTGTTTTCTAGAGAGGTTATGGGTTTGCAAACCTTCAGAAATGGAGAGAGTGCGGCCTTTTAACATTGGAGACAGGGTGAAGGTGAATCGCAGTGTCGCGACCCCAAGGTGGG
GTTGGGGTATGGAGACATATGCAAGTACAGGAGTAATTTCTGGGGTTGATGCAGATGGAAAATTGAGAATCAAATTTGCATGGCGAGAAGGAAGGCTTTGGGTTGGAGACCCTGCAGATGTTGAGTTCGATTCAGATGTTTCATGATGCTATGGCCCTGGTAATTCCTGCTTTTGTATCTAGTTTCGTAACTAGACGATG
GATTTCGGTCTGGTAGGAATGTGATTCTTACACTTCGTTAGATTTTTATAGGCTTTGGTAGGGAAGGGGGAATCACACTTCTACCAGGTCTATCGTCTACTTAGGAAACTTTCGGTGCTGGGCTGTAACCTTTGTATAATACTAGACTGTATTTCATGGTGCATATCATGCTTGGCAGATTAGAATATAGGTTTATTCTG
ATTGTGTAATATTGTGCTGCTGTAGGTATTCGTGTGCTCTATTATGGCTGTTCTGCCGATTTAACATGTAATCTTTTATGTTACGAGTTCTTGCCATCCTTAATGGCATGATATTTTTAGCAATTCTTTCTAGCTTGTGAAGTTATCTGCCCCCACAATGAGGATATATGTTTTTGGTCCAATTACAGTTCTTTTATATT
TTGTTAGTGGCA

>TRINITY_DN121086_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GATGTGCACTGGAGCAATTCCgtaagttatactgtgtctatccttatgtttgtggttgagcagtccaatgccttttgttctgtaatgggcaaacatggtgccctctatatgaaacacacttgctagatatctgatgagatttgttatgcagGTGGAATAACCTAAGTTCAGAGGAGATCTATAGGGCTGTTGTCAAGGCT
CGGAGGCAGCCACCAGAATATGCTAGTGTTGTGGGTGTTGGAATCCCAAGAGAACTGTGGAAGATGATTGGTGAATGTTTACAGTTTAAGCCTTCAAAGAGACCCACTTTTCATGCCATGCTGTCCATATTTCTACGCCATTTGCAGGAGATTCCTCTTAGCCCTCCTGCAAGCCCAGACAAGTAAGAGTATAGTGGGAT
GTTTTATGTTGCAATGCAAGGACTATTTTGATTAGTTTAATTTTTACTTATGGTATATTTGCTTGATGTAACTGATGTGCAGTGTACCCAATATGTACGTTTACAGTTTGCTCACAGAATAGTTATTCGCTGTGTTGCTTGCTAGTTACTCTACTGCTAAGAGCATACTTCAGATGGTTCAATTAAAAGCAGTAATGACT
TTCACCATAGAATGTAGAAAATGAGTTGAATAACTGTCCATCCATATTAAACAAAATAAATAGATCAGTCCAGTGTAGTCAGATTCGTGGGAGACTCACCAAGTCGGTCGAGTCTGGTCCAGTTACCTGCCAGACGAGTACTTGGCTGAGACTTAGCCTGTAGACTCGGGACTTGCCAAACTCATGGGAAACTTGCCAGT
CGCCTCAG

Intron 4 GTGTGGAAAA ... GATAACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.86	18	15	12
A2	33.33	16	9	7
A3	34.38	21	11	11
A4	18.75	13	4	2
A5	40.74	16	13	9
A6	22.22	7	2	2
A7	0	1	0	0
A8	11.11	4	0	1
A9	30	7	2	4
A10	25	3	1	1

>TRINITY_DN122710_c11_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

CGAAGGAGTTCTAACCGCACGTGCGAATGCCGATACACGAATGAATGAGTGAAAGATGAAACCCCAAATTACCAGGAATAATAAAAATTTCTTAACAACCTTATACCAAATACTGGAGAAATTTGACGCAGTGAAAGTTTTCATCTTCTTTAGCGCTGCAGGGGGAGGGAGGAAGGGTTTGGAGATCGCAAGCTTCGCGC
CGATATCGTCGCATCTCCGGTCAATCAAAGAACCAGCCGTGGCTTTCATTAGTTGATTTGTTGCCCTATCTTTAAGCGCAACAAATTTCCCGGCGTTCGTTTCGAACACGGGACCTGTATTTTGTGCTCGAACCCTTACGGGGGGGTTTTAGGCTCTCGTTGTCTGAAAGAAAGCCTTATTACATTTTGCCGTTGTGCCG
TGGCCCTTCGGAGCTCTGTAATTCGAATGTTTTGGACAAACCGTGATCTGAAAGAAGAACATAGGTTGGATTATTATTGTTGTTATTATTATCTGAGCGCACGTCTTTATGAGGGGCTGTTATTGTTATTTAGTACTAGATAGTGCATGCGGGCAGAAGGATGAGGTGGATTGTGCGGAGGATCTGGTGGACGGTGGAGG
CCGATTGATCGCTGTTCGAACCCCAGTGCTGCCTGGTGATCATTGTTGATTCGTTATTTATTTTATTATCCTGACATTGATATTGGATACCTTGTTTCCAGAAACGATGAAGCCCCCGTGCTGTTCTGTTTGTCAGATGCTATACACAGAAGAGGATAGGGTTCCGATGATGCTCCAGTGCGGGCACAGTTTCTGTAAGG
AATGCCTTTCGCACATGTTTACAGTCAGCTTAGACAATACCTTGCTGTGTCCCAGATGCAGGCAGCCGTCTAAGGTCGGGAACAGCGTTGAAGGCCTGCGCAAGAATTTCGCAATGCTGTCTCTTCTCCACCGCGATTCCCACGATTGCACGCCCGAAGACGAGTCCGACGAGGACGATGAACTCAATGACTGTGGATCC
AACTCGAATAACTTTTCCGATCGCTCCAGGGGAAACAACAACCATAGCAACAATCACCACAACAATTCTCACGCCAATGGCCTGGGGTGGCCGTCGAGTTGCGGGGGTATGAGTATGGATGTGAGCTCCCATTCGATGCGACTGATTCGCCAATTGGGCAAGGGCCCTCGGTATGGACAGGACACTTGGTCTGCTCTACT
TACTGGGCGTACTGGTTGTCGGCACAAAGTGGCAATCAAGAGGATCAAGGTCATAGAAGGGATGGATATGGTTTGGGTTCAAAGCAGGCTTGAGAGCTTGCGGCGGGCATCTATGTGGTGCCAGAACGTCTGCAGTTTTTACGGGGCTTGTGAGAAAGAAGGCAAGCTCTGTATGGTGATGGATAGATACATGAGTTCTG
TGCAGGCAGAGATGCAGCACAATGAAGGTCGCCTTACATTGGAGCAGATCTTAAGATATGGTGCAGATATTTCTCGTGGTGTTGCAGAGCTTCATGCAGCAGGTGTCTCGTGTATGAATCTGAAACCATCCAATCTTCTTCTAGATGCAAGAGGGCGAGCAGTGGTTTCTGATTTTGGTCTTCCAGAAATTTTGAAGAAA
CCTCAATGCAGAAGATCTCGCTCAACCCCAGAGGATGACATGACAAGGACACACTCGTGTGTGGAGTGCACTATGTTGAATCCACACTATACAGCCCCAGAAGCTTGGGAACCACTCAAGAAGTCTTCTTTGAACATCTTTTGGGATGAGGGAAATGGAATTTCTTCAGAGTCTGATGCTTGGAGTTTCGGTTGCACCTT
GGTTGAGATGTGCACTGGAGCAATTCCGTGGAATAACCTAAGTTCAGAGGAGATCTATAGGGCTGTTGTCAAGGCTCGGAGGCAGCCACCAGAATATGCTAGTGTTGTGGGTGTTGGAATCCCAAGAGAACTGTGGAAGATGATTGGTGAATGTTTACAGTTTAAGCCTTCAAAGAGACCCACTTTTCATGCCATGCTGT
CCATATTTCTACGCCATTTGCAGGAGATTCCTCTTAGCCCTCCTGCAAGCCCAGACAATGATCCGTCAAAGGATTCTGTTACTACTGGGACAGAGCCCTCTCCTTCATCTGTCCTAGAATTTGTACAGGATACCCAAAATGTTCTTCATCGTATGGTCTCAGAAGGGGATGTGGAAGGGCTTAGAGATTTGCTTGCAAGA
GCTTCATCTGGAAAGACTGGAAGTTCAGTGGGTTCTCTTCTAGATGGCCGCAATGCCGAGGGACAAACTGCATTACATTTGGCGTGCATGAGGGGTTATGCAGAACTTGTTGAAACTATTTTAGAGTATCCTGAAGCAGATGTGGAAGTTCTAGACAAGGATGGAGACCCCCCAATTGTATTTGCATTGGCTGCTGGAAC
ACCCGACTGTTTAAAAGCCCTGATAAAGAGAGGAGCAAATGTGAATGCAAAGCTAAAAGACGGCCTGGGCCCTTCTGTTGCTCATGTTTGTGCATTTCATGGGCAACCCGACTGCATGCGGGAGCTCTTGTCAGCGGGGGCTGATCCTAATGCCATAGATGATGAGGGTGAGACTGTGCTTCACAGAGCTGTTGGGAAGA
AGCACACAGATTGTGCAATTGTGATCTTGGAAACTGGAGGATGCAAGTCAATGGGCATTTTGAATTCGAAGGAAATGACTCCATTACACATGTGCATAGCAACATGGAATGTGGCTGTTGTCAAAAAGTGGGTCGAGATAGCAACAAAAGAAGAGATCAATGATGCAATCGAAATTCCAAGTAAAATTGGGACTGCATTA
TGCATGGCAGGTGCACTGAAGAAAGCCCATGAAACAGAATGCAGAGAATTGGTCAGAATTTTGATTACTTCAGGGGCAGATCCAAAAGCTAAAGATGCACTGCGAGGGCAAACTGCTCTACATGCAGCAGCAATGGCTAATGATGTTGAAATGGTGAAGATCATCTTGGATGCAGGTGTCGACGTTGATATTAGAGATGT
ACACAATACAACGCCTCTTCATGTTGCTTTAGCTAGGGGTTCAAAGTCATGTGTAGGCCTACTTTTAGAAAGTGGGGCCAATTGCAACTTACAGAATGATGAAGGGGACAATGCATTTCATATAGCTGCAGACACAGCAAAGATGGTTCGAGAAAATCTTGACTGGATAGTTGTTATGCTGCAGCAGAAGGATGCAGCCA
TTGATGTTCGGAACCATAGTGGTAAGACATTAAAGGACTTTATAGAGGCACTTCCTCGAGAATGGATCTCTGAAGACTTGATGGATGCTCTCTCAATGAAGGGCATACAACTGTCTGCAACAATATTCGATATCGGAGATTGGGTTAAGTTCAAGAAGAGTGTAAAGGTCCCAAAGTATGGATGGCAAGGTGCAAAGCAC
AAAAGTGTAGGCTTTGTTCAGAGTGTACCTGACAAGGAGCACCTAATTGTATCGTTTTGTTCTGGAGAATCCCGTGTATTGGCAAATGAAGTTATCAAGGTCATTCCTCTTGATAGAGGACAGCACGTGCAGTTAAAATCAGATATTAAGGAACCAAGGTTTGGGTGGCGTGGACAATCTCGTGATAGTGTTGGGACAGT
TCTTTGTGTTGATGATGATGGGATTCTTCGGGTTGGATTTCCTGGAGCATCTCGAGGATGGAAGGCTGATCCTGCAGAAATGGAGAGAGTTGAGGAATTCAAGGTTGGTGATTGGGTGAGGATACGCCCTTCGCTTACAAGTGCAAAACATGGCCTGGGTCCAGTAACTCCTGGTAGCATTGGCATTGTATACTGTATAA
GGCCTGACAATAGTCTGCTGCTGGATTTGAGTTACCTGCAAGGTCCATGGCACTGTGAACCTGAAGAGGTTGAACCTGTTGAACCATTTAAGGTAGGAGATAGGGTGTGTGTGAAAAGGTCTGTAGCAGAGCCAAGGTATGCCTGGGGTGGTGAGACACACCACAGTGTAGGGAAAATAAGTGAGATTGGTGGTGATGGC
CTCCTCCTCATTGATATTCCTGCTCGTCCGATTCCATGGCAAGCAGATCCTGCAGACATGGAGAAGGCTGAAGATTTTAAGTCCATTACACATGTGCATAGCAACATGGAATGTGGCTGTTGTCAAAAAGTGGGTCGAGATAGCAACAAAAGAAGAGATCAATGATGCAATCGAAATTCCAAGTAAAATTGGGACTGCAT
TATGCATGGCAGGTGCACTGAAGAAAGCCCATGAAACAG

>TRINITY_DN122710_c11_g1_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCAGTCCAATGCCTTTTGTTCTGTAATGGGCAAACATGGTGCCCTCTATATGAAACACACTTGCTAGATATCTGATGAGATTTGTTATGCAGGTGGAATAACCTAAGTTCAGAGGAGATCTATAGGGCTGTTGTCAAGGCTCGGAGGCAGCCACCAGAATATGCTAGTGTTGTGGGTGTTGGAATCCCAAGAGAACTGTG
GAAGATGATTGGTGAATGTTTACAGTTTAAGCCTTCAAAGAGACCCACTTTTCATGCCATGCTGTCCATATTTCTACGCCATTTGCAGGAGATTCCTCTTAGCCCTCCTGCAAGCCCAGACAATGATCCGTCAAAGGATTCTGTTACTACTGGGACAGAGCCCTCTCCTTCATCTGTCCTAGAATTTGTACAGGATACCC
AAAATGTTCTTCATCGTATGGTCTCAGAAGGGGATGTGGAAGGGCTTAGAGATTTGCTTGCAAGAGCTTCATCTGGAAAGACTGGAAGTTCAGTGGGTTCTCTTCTAGATGGCCGCAATGCCGAGGGACAAACTGCATTACATTTGGCGTGCATGAGGGGTTATGCAGAACTTGTTGAAACTATTTTAGAGTATCCTGAA
GCAGATGTGGAAGTTCTAGACAAGGATGGAGACCCCCCAATTGTATTTGCATTGGCTGCTGGAACACCCGACTGTTTAAAAGCCCTGATAAAGAGAGGAGCAAATGTGAATGCAAAGCTAAAAGACGGCCTGGGCCCTTCTGTTGCTCATGTTTGTGCATTTCATGGGCAACCCGACTGCATGCGGGAGCTCTTGTCAGC
GGGGGCTGATCCTAATGCCATAGATGATGAGGGTGAGACTGTGCTTCACAGAGCTGTTGGGAAGAAGCACACAGATTGTGCAATTGTGATCTTGGAAACTGGAGGATGCAAGTCAATGGGCATTTTGAATTCGAAGGAAATGACTCCATTACACATGTGCATAGCAACATGGAATGTGGCTGTTGTCAAAAAGTGGGTCG
AGATAGCAACAAAAGAAGAGATCAATGATGCAATCGAAATTCCAAGTAAAATTGGGACTGCATTATGCATGGCAGGTGCACTGAAGAAAGCCCATGAAACAGAATGCAGAGAATTGGTCAGAATTTTGATTACTTCAGGGGCAGATCCAAAAGCTAAAGATGCACTGCGAGGGCAAACTGCTCTACATGCAGCAGCAATG
GCTAATGATGTTGAAATGGTGAAGATCATCTTGGATGCAGGTGTCGACGTTGATATTAGAGATGTACACAATACAACGCCTCTTCATGTTGCTTTAGCTAGGGGTTCAAAGTCATGTGTAGGCCTACTTTTAGAAAGTGGGGCCAATTGCAACTTACAGAATGATGAAGGGGACAATGCATTTCATATAGCTGCAGACAC
AGCAAAGATGGTTCGAGAAAATCTTGACTGGATAGTTGTTATGCTGCAGCAGAAGGATGCAGCCATTGATGTTCGGAACCATAGTGGTAAGACATTAAAGGACTTTATAGAGGCACTTCCTCGAGAATGGATCTCTGAAGACTTGATGGATGCTCTCTCAATGAAGGGCATACAACTGTCTGCAACAATgtgtggaaaac
ttgaaatatcccaacttatcttcttcatcatgctgtggcattttattccggatattattttgtatcaccatcactaattattagtttcttgaattgctattgataacacagATTCGATATCGGAGATTGGGTTAAGTTCAAGAAGAGTGTAAAGGTCCCAAAGTATGGATGGCAAGGTGCAAAGCACAAAAGTGTAGGCT
TTGTTCAGAGTGTACCTGACAAGGAGCACCTAATTGTATCGTTTTGTTCTGGAGAATCCCGTGTATTGGCAAATGAAGTTATCAAGGTCATTCCTCTTGATAGAGGACAGCACGTGCAGTTAAAATCAGATATTAAGGAACCAAGGTTTGGGTGGCGTGGACAATCTCGTGATAGTGTTGGGACAGTTCTTTGTGTTGAT
GATGATGGGATTCTTCGGGTTGGATTTCCTGGAGCATCTCGAGGATGGAAGGCTGATCCTGCAGAAATGGAGAGAGTTGAGGAATTCAAGGTTGGTGATTGGGTGAGGATACGCCCTTCGCTTACAAGTGCAAAACATGGCCTGGGTCCAGTAACTCCTGGTAGCATTGGCATTGTATACTGTATAAGGCCTGACAATAG
TCTGCTGCTGGATTTGAGTTACCTGCAAGGTCCATGGCACTGTGAACCTGAAGAGGTTGAACCTGTTGAACCATTTAAGGTAGGAGATAGGGTGTGTGTGAAAAGGTCTGTAGCAGAGCCAAGGTATGCCTGGGGTGGTGAGACACACCACAGTGTAGGGAAAATAAGTGAGATTGGTGGTGATGGCCTCCTCCTCATTG
ATATTCCTGCTCGTCCGATTCCATGGCAAGCAGATCCTGCAGACATGGAGAAGGCTGAAGATTTTAAGGTTGGTGACTGGGTCAGAGTAAAAGCTTCTGTTTCTTCTCCAAAATATGGATGGGAGGATGTGACCAGAAGCAGCATTGGGATTGTTCATAGTCTAGATGAGGATGGTGACATGGGTGTAGCTTTCTGCTTT
AGAAGCAAGCCCTTCTCTTGTTCTGTAACGGACATGGAAAAAGTTACTCCTTTGGAGGTTGGGGATGAAATTCATATCATGTCGTCTGTCACAGAACCACGTTTAGGATGGTCTCGTGAGACATCAGCAACGACAGGAAAGATTGCGAAGATAGATATGGACGGCACATTGAATGTGAAAGTGGCTGGCAGAAGTACTCT
CTGGAAGGTTGCTCCAGGAGATGCTGAAAGGCTGTCTGGTTTTGAAGTTGGAGATTGGGTCAGACTCAAGCCAACTCTTGGGATCAGACCAAGCTATGATTGGCATGGGATTGGCAAAGACAGTTTTGCTGTGGTCCATAGTCTATCTGACACCGGTTACTTGGAGCTTGCAGGCTGTTTCAGAAAGGGGAGGTGGATGA
CTCATTATTCAGAGGTCGAGAAAGTTCCAAGCCTGAAAGTTGGTCAGCATGTTCATTTCAGAGCAGGGCTGACTGAGCCCAGATGGGGTTGGAGAGGTGCTTCTCCGGACTCTCGTGGTGTGATAATTGGTGTTCATGCTGATGGTGAAGTGTGGATCGCATTTTCAGGTCTTTCTGCTCCATGGCGAGCTGATCCAGCT
GACCTAGAGAAAGAAGAAATGTTTGAGGTGGGAGAGTGGGTCAAAGTAAAGTTAGACTTAGTGGAGCCTAGAAATGGGTGGAGGTCGGTAAGGCCAGGGAGTGTTGGTGTAGTCCAAGGAATAGCATATGACAATGAAGGAGATATCGGGGAAAGAACTTTCCTTATTGGGTTCTGTGGTGAGCAGGAAAGATGGCTTGG
TCTATCTCATGAACTTGAAAGGGTAAAGCCATTTTTTGCTGGTCAGCAGGTACGCATTAAATCCTCAGTAAAGCAGCCAAGGTTTGGTTGGTCAGGCCATAGTCATTTCAGTATTGGAACCATTACTGCCATTGATGCTGATGGAAGGTTGCGTGTATATATATCTTCTGGTTCTCAGAAAGCTTGGATGCTTGACCCTG
CAGAAGTGGAGGTTGTAGAAGAACAGCCTATTTGCATTGGGGACTGGGTAAGAGTAAAGTCCTCAGTCCCTAATCCAACTCATCAATGGGGTGAAGTGACACACAAAAGTATTGGAGTGGTTCAGAAGATTGATGATGAAGGTGATTTGTGGGTTGCTTTTTGTTTTCTAGAGAGGTTATGGGTTTGCAAACCTTCAGAA
ATGGAGAGAGTGCGGCCTTTTAACATTGGAGACAGGGTGAAGGTGAATCGCAGTGTCGCGACCCCAAGGTGGGGTTGGGGTATGGAGACATATGCAAGTACAGGAGTAATTTCTGGGGTTGATGCAGATGGAAAATTGAGAATCAAATTTGCATGGCGAGAAGGAAGGCTTTGGGTTGGAGACCCTGCAGATGTTGAGTT
CGATTCAGATGTTTCATGATGCTATGGCCCTGGTAATTCCTGCTTTTGTATCTAGTTTCGTAACTAGACGATGGATTTCGGTCTGGTAGGAATGTGATTCTTACACTTCGTTAGATTTTTATAGGCTTTGGTAGGGAAGGGGGAATCACACTTCTACCAGGTCTATCGTCTACTTAGGAAACTTTCGGTGCTGGGCTGTA
ACCTTTGTATAATACTAGACTGTATTTCATGGTGCATATCATGCTTGGCAGATTAGAATATAGGTTTATTCTGATTGTGTAATATTGTGCTGCTGTAGGTATTCGTGTGCTCTATT

Intron 5 GTAAGACTTT ... TAGACAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.21	23	2	5
A2	14.29	30	6	4
A3	11.11	28	7	0
A4	33.33	9	6	3
A5	32.2	20	11	8
A6	25	3	1	1
A7	33.33	3	2	1
A8	0	1	0	0
A9	18.18	9	2	2
A10	11.11	4	0	1

>TRINITY_DN102222_c5_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

CTTTTCTGAGTCTTATCCGAGTCTTATTTGAGTGGTCGAGTCGGTCGAGTCCCAAGCCAGCTGAGTCTTTGCTGAGTCCGAGTCTGACAACATTGGATCATTCAGGTGGAGAAAAATTTCCGATTAATGATGGACTGAGTTTTACTGGGATATTGTACTTAGCTGTTTTTGTTGTGCTTGGCTTGAATACTGTGAAACCA
TGTTTTGAACGAGGCATACTGCTATTTGCCAAGAAACTTAAGTGCCGTTATCGTTATTTTTCATTGAGCTGAGAGTAAGACTGGAGTCTATATTTTTTGTGGGTAGAAACTCATAGATATCATGGTCGTTCATTGCAGTGATCCGTCAAAGGATTCTGTTACTACTGGGACAGAGCCCTCTCCTTCATCTGTCCTAGAAT
TTGTACAGGATACCCAAAATGTTCTTCATCGTATGGTCTCAGAAGGGGATGTGGAAGGGCTTAGAGATTTGCTTGCAAGAGCTTCATCTGGAAAGACTGGAAGTTCAGTGGGTTCTCTTCTAGATGGCCGCAATGCCGAGGGACAAACTGCATTACATTTGGCGTGCATGAGGGGTTATGCAGAACTTGTTGAAACTATT
TTAGAGTATCCTGAAGCAGATGTGGAAGTTCTAGACAAGGATGGAGACCCCCCAATTGTATTTGCATTGGCTGCTGGAACACCCGACTGTTTAAAAGCCCTGATAAAGAGAGGAGCAAATGTGAATGCAAAGCTAAAAGACGGCCTGGGCCCTTCTGTTGCTCATGTTTGTGCATTTCATGGGCAACCCGACTGCATGCG
GGAGCTCTTGTCAGCGGGGGCTGATCCTAATGCCATAGATGATGAGGGTGAGACTGTGCTTCACAGAGCTGTTGGGAAGAAGCACACAGATTGTGCAATTGTGATCTTGGAAACTGGAGGATGCAAGTCAATGGGCATTTTGAATTCGAAGGAAATGACTCCATTACACATGTGCATAGCAACATGGAATGTGGCTGTTG
TCAAAAAGTGGGTCGAGATAGCAACAAAAGAAGAGATCAATGATGCAATCGAAATTCCAAGTAAAATTGGGACTGCATTATGCATGGCAGGTGCACTGAAGAAAGCCCATGAAACAGAATGCAGAGAATTGGTCAGAATTTTGATTACTTCAGGGGCAGATCCAAAAGCTAAAGATGCACTGCGAGGGCAAACTGCTCTA
CATGCAGCAGCAATGGCTAATGATGTTGAAATGGTGAAGATCATCTTGGATGCAGGTGTCGACGTTGATATTAGAGATGTACACAATACAACGCCTCTTCATGTTGCTTTAGCTAGGGGTTCAAAGTCATGTGTAGGCCTACTTTTAGAAAGTGGGGCCAATTGCAACTTACAGAATGATGAAGGGGACAATGCATTTCA
TATAGCTGCAGACACAGCAAAGATGGTTCGAGAAAATCTTGACTGGATAGTTGTTATGCTGCAGCAGAAGGATGCAGCCATTGATGTTCGGAACCATAGTGGTAAGACATTAAAGGACTTTATAGAGGCACTTCCTCGAGAATGGATCTCTGAAGACTTGATGGATGCTCTCTCAATGAAGGGCATACAACTGTCTGCAA
CAATATTCGATATCGGAGATTGGGTTAAGTTCAAGAAGAGTGTAAAGGTCCCAAAGTATGGATGGCAAGGTGCAAAGCACAAAAGTGTAGGCTTTGTTCAGAGTGTACCTGACAAGGAGCACCTAATTGTATCGTTTTGTTCTGGAGAATCCCGTGTATTGGCAAATGAAGTTATCAAGGTCATTCCTCTTGATAGAGGA
CAGCACGTGCAGTTAAAATCAGATATTAAGGAACCAAGGTTTGGGTGGCGTGGACAATCTCGTGATAGTGTTGGGACAGTTCTTTGTGTTGATGATGATGGGATTCTTCGGGTTGGATTTCCTGGAGCATCTCGAGGATGGAAGGCTGATCCTGCAGAAATGGAGAGAGTTGAGGAATTCAAGGTTGGTGATTGGGTGAG
GATACGCCCTTCGCTTACAAGTGCAAAACATGGCCTGGGTCCAGTAACTCCTGGTAGCATTGGCATTGTATACTGTATAAGGCCTGACAATAGTCTGCTGCTGGATTTGAGTTACCTGCAAGGTCCATGGCACTGTGAACCTGAAGAGGTTGAACCTGTTGAACCATTTAAGGTAGGAGATAGGGTGTGTGTGAAAAGGT
CTGTAGCAGAGCCAAGGTATGCCTGGGGTGGTGAGACACACCACAGTGTAGGGAAAATAAGTGAGATTGGTGGTGATGGCCTCCTCCTCATTGATATTCCTGCTCGTCCGATTCCATGGCAAGCAGATCCTGCAGACATGGAGAAGGCTGAAGATTTTAAGGTTGGTGACTGGGTCAGAGTAAAAGCTTCTGTTTCTTCT
CCAAAATATGGATGGGAGGATGTGACCAGAAGCAGCATTGGGATTGTTCATAGTCTAGATGAGGATGGTGACATGGGTGTAGCTTTCTGCTTTAGAAGCAAGCCCTTCTCTTGTTCTGTAACGGACATGGAAAAAGTTACTCCTTTGGAGGTTGGGGATGAAATTCATATCATGTCGTCTGTCACAGAACCACGTTTAGG
ATGGTCTCGTGAGACATCAGCAACGACAGGAAAGATTGCGAAGATAGATATGGACGGCACATTGAATGTGAAAGTGGCTGGCAGAAGTACTCTCTGGAAGGTTGCTCCAGGAGATGCTGAAAGGCTGTCTGGTTTTGAAGTTGGAGATTGGGTCAGACTCAAGCCAACTCTTGGGATCAGACCAAGCTATGATTGGCATG
GGATTGGCAAAGACAGTTTTGCTGTGGTCCATAGTCTATCTGACACCGGTTACTTGGAGCTTGCAGGCTGTTTCAGAAAGGGGAGGTGGATGACTCATTATTCAGAGGTCGAGAAAGTTCCAAGCCTGAAAGTTGGTCAGCATGTTCATTTCAGAGCAGGGCTGACTGAGCCCAGATGGGGTTGGAGAGGTGCTTCTCCG
GACTCTCGTGGTGTGATAATTGGTGTTCATGCTGATGGTGAAGTGTGGATCGCATTTTCAGGTCTTTCTGCTCCATGGCGAGCTGATCCAGCTGACCTAGAGAAAGAAGAAATGTTTGAGGTGGGAGAGTGGGTCAAAGTAAAGTTAGACTTAGTGGAGCCTAGAAATGGGTGGAGGTCGGTAAGGCCAGGGAGTGTTGG
TGTAGTCCAAGGAATAGCATATGACAATGAAGGAGATATCGGGGAAAGAACTTTCCTTATTGGGTTCTGTGGTGAGCAGGAAAGATGGCTTGGTCTATCTCATGAACTTGAAAGGGTAAAGCCATTTTTTGCTGGTCAGCAGGTACGCATTAAATCCTCAGTAAAGCAGCCAAGGTTTGGTTGGTCAGGCCATAGTCATT
TCAGTATTGGAACCATTACTGCCATTGATGCTGATGGAAGGTTGCGTGTATATATATCTTCTGGTTCTCAGAAAGCTTGGATGCTTGACCCTGCAGAAGTGGAGGTTGTAGAAGAACAGCCTATTTGCATTGGGGACTGGGTAAGAGTAAAGTCCTCAGTCCCTAATCCAACTCATCAATGGGGTGAAGTGACACACAAA
AGTATTGGAGTGGTTCAGAAGATTGATGATGAAGGTGATTTGTGGGTTGCTTTTTGTTTTCTAGAGAGGTTATGGGTTTGCAAACCTTCAGAAATGGAGAGAGTGCGGCCTTTTAACATTGGAGACAGGGTGAAGGTGAATCGCAGTGTCGCGACCCCAAGGTGGGGTTGGGGTATGGAGACATATGCAAGTACAGGAGT
AATTTCTGGGGTTGATGCAGATGGAAAATTGAGAATCAAATTTGCATGGCGAGAAGGAAGGCTTTGGGTTGGAGACCCTGCAGATGTTGAGTTCGATTCAGATGTTTCATGATGCTATGGCCCTGGTAATTCCTGCTTTTGTATCTAGTTTCGTAACTAGACGATGGATTTCGGTCTGGTAGGAATGTGATTCTTACACT
TCGTTAGATTTTTATAGGCTTTGGTAGGGAAGGGGGAATCACACTTCTACCAGGTCTATCGTCTACTTAGGAAACTTTCGGTGCTGGGCTGTAACCTTTGTATAATACTAGACTGTATTTCATGGTGCATATCATGCTTGGCAGATTAGAATATAGGTTTATTCTGATTGTGTAATATTGTGCTGCTGTAGGTATTCGTG
TGCTCTATTATGGCTGTTCTGCCGATTTAACATGTAATCTTTTATGTTACGAGTTCTTGCCATCCTTAATGGCATGATATTTTTAGCAATTCTTTCTAGCTTGTGAAGTTATCTGCCCCCACAATGAGGATATATGTTTTTGGTCCAATTACAGTTCTTTTATATTTTGTTAGTGGCTTTAATTTTGTATAATTCCACCT
ATTCTGTGTGGGACAAATTCTTGTATCCAATAAATTCTATCTGAA

>TRINITY_DN102222_c5_g1_i18 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GATGTGCACTGGAGCAATTCCGTGGAATAACCTAAGTTCAGAGGAGATCTATAGGGCTGTTGTCAAGGCTCGGAGGCAGCCACCAGAATATGCTAGTGTTGTGGGTGTTGGAATCCCAAGAGAACTGTGGAAGATGATTGGTGAATGTTTACAGTTTAAGCCTTCAAAGAGACCCACTTTTCATGCCATGCTGTCCATAT
TTCTACGCCATTTGCAGGAGATTCCTCTTAGCCCTCCTGCAAGCCCAGACAATGATCCGTCAAAGGATTCTGTTACTACTGGGACAGAGCCCTCTCCTTCATCTGTCCTAGAATTTGTACAGGATACCCAAAATGTTCTTCATCGTATGGTCTCAGAAGGGGATGTGGAAGGGCTTAGAGATTTGCTTGCAAGAGCTTCA
TCTGGAAAGACTGGAAGTTCAGTGGGTTCTCTTCTAGATGGCCGCAATGCCGAGGGACAAACTGCATTACATTTGGCGTGCATGAGGGGTTATGCAGAACTTGTTGAAACTATTTTAGAGTATCCTGAAGCAGATGTGGAAGTTCTAGACAAGGATGGAGACCCCCCAATTGTATTTGCATTGGCTGCTGGAACACCCGA
CTGTTTAAAAGCCCTGATAAAGAGAGGAGCAAATGTGAATGCAAAGCTAAAAGACGGCCTGGGCCCTTCTGTTGCTCATGTTTGTGCATTTCATGGGCAACCCGACTGCATGCGGgtaagactttcaagttttgttcaataatatagttatgcagggataaaggaatttttaagcagtttcttttacattatgttttgct
gggcttaatgacatcaatttgtatagccagtaatttctttgcaaagctgttaactaactttagacaacagGAGCTCTTGTCAGCGGGGGCTGATCCTAATGCCATAGATGATGAGGGTGAGACTGTGCTTCACAGAGCTGTTGGGAAGAAGCACACAGATTGTGCAATTGTGATCTTGGAAACTGGAGGATGCAAGTCAA
TGGGCATTTTGAATTCGAAGGAAATGACTCCATTACACATGTGCATAGCAACATGGAATGTGGCTGTTGTCAAAAAGTGGGTCGAGATAGCAACAAAAGAAGAGATCAATGATGCAATCGAAATTCCAAGTAAAATTGGGACTGCATTATGCATGGCAGGTGCACTGAAGAAAGCCCATGAAGGAATAACCTAAGTTCAG
AGGAGATCTATAGGGCTGTTGTCAAGGCTCGGAGGCAGCCACCAGAATATGCTAGTGTTGTGGGTGTTGGAATCCCAAGAGAACTGTGGAAGATGATTGGTGAATGTTTACAGTTTAAGCCTTCAAAGAGACCCACTTTTCATGCCATGCTGTCCATATTTCTACGCCATTTGCAGGAGATTCCTCTTAGCCCTCCTGCA
AGCCCAGACAATGATCCGTCAAAGGATTCTGTTAACAGAATGCAGAGAATTGGTCAGAATTTTGATTACTTCAGGGGCAGATCCAAAAGCTAAAGATGCACTGCGAGGGCAAACTGCTCTACATGCAGCAGCAATGGCTAATGATGTTGAAATGGTGAAGATCATCTTGGATGCAGGTGTCGACGTTGATATTAGAGATG
TACACAATACAACGCCTCTTCATGTTGCTTTAGCTAGGGGTTCAAAGTCATGTGTAGGCCTACTTTTAGAAAGTGGGGCCAATTGCAACTTACAGAATGATGAAGGGGACAATGCATTTCATATAGCTGCAGACACAGCAAAGATGGTTCGAGAAAATCTTGACTGGATAGTTGTTATGCTGCAGCAGAAGGATGCAGCC
ATTGATGTTCGGAACCATAGTGGTAAGACATTAAAGGACTTTATAGAGGCACTTCCTCGAGAATGGATCTCTGAAGACTTGATGGATGCTCTCTCAATGAAGGGCATACAACTGTCTGCAACAATATTCGATATCGGAGATTGGGTTAAGTTCAAGAAGAGTGTAAAGGTCCCAAAGTATGGATGGCAAGGTGCAAAGCA
CAAAAGTGTAGGCTTTGTTCAGAGTGTACCTGACAAGGAGCACCTAATTGTATCGTTTTGTTCTGGAGAATCCCGTGTATTGGCAAATGAAGTTATCAAGGTCATTCCTCTTGATAGAGGACAGCACGTGCAGTTAAAATCAGATATTAAGGAACCAAGGTTTGGGTGGCGTGGACAATCTCGTGATAGTGTTGGGACAG
TTCTTTGTGTTGATGATGATGGGATTCTTCGGGTTGGATTTCCTGGAGCATCTCGAGGATGGAAGGCTGATCCTGCAGAAATGGAGAGAGTTGAGGAATTCAAGGTTGGTGATTGGGTGAGGATACGCCCTTCGCTTACAAGTGCAAAACATGGCCTGGGTCCAGTAACTCCTGGTAGCATTGGCATTGTATACTGTATA
AGGCCTGACAATAGTCTGCTGCTGGATTTGAGTTACCTGCAAGGTCCATGGCACTGTGAACCTGAAGAGGTTGAACCTGTTGAACCATTTAAGGTAGGAGATAGGGTGTGTGTGAAAAGGTCTGTAGCAGAGCCAAGGTATGCCTGGGGTGGTGAGACACACCACAGTGTAGGGAAAATAAGTGAGATTGGTGGTGATGG
CCTCCTCCTCATTGATATTCCTGCTCGTCCGATTCCATGGCAAGCAGATCCTGCAGACATGGAGAAGGCTGAAGATTTTAAGGTTGGTGACTGGGTCAGAGTAAAAGCTTCTGTTTCTTCTCCAAAATATGGATGGGAGGATGTGACCAGAAGCAGCATTGGGATTGTTCATAGTCTAGATGAGGATGGTGACATGGGTG
TAGCTTTCTGCTTTAGAAGCAAGCCCTTCTCTTGTTCTGTAACGGACATGGAAAAAGTTACTCCTTTGGAGGTTGGGGATGAAATTCATATCATGTCGTCTGTCACAGAACCACGTTTAGGATGGTCTCGTGAGACATCAGCAACGACAGGAAAGATTGCGAAGATAGATATGGACGGCACATTGAATGTGAAAGTGGCT
GGCAGAAGTACTCTCTGGAAGGTTGCTCCAGGAGATGCTGAAAGGCTGTCTGGTTTTGAAGTTGGAGATTGGGTCAGACTCAAGCCAACTCTTGGGATCAGACCAAGCTATGATTGGCATGGGATTGGCAAAGACAGTTTTGCTGTGGTCCATAGTCTATCTGACACCGGTTACTTGGAGCTTGCAGGCTGTTTCAGAAA
GGGGAGGTGGATGACTCATTATTCAGAGGTCGAGAAAGTTCCAAGCCTGAAAGTTGGTCAGCATGTTCATTTCAGAGCAGGGCTGACTGAGCCCAGATGGGGTTGGAGAGGTGCTTCTCCGGACTCTCGTGGTGTGATAATTGGTGTTCATGCTGATGGTGAAGTGTGGATCGCATTTTCAGGTCTTTCTGCTCCATGGC
GAGCTGATCCAGCTGACCTAGAGAAAGAAGAAATGTTTGAGGTGGGAGAGTGGGTCAAAGTAAAGTTAGACTTAGTGGAGCCTAGAAATGGGTGGAGGTCGGTAAGGCCAGGGAGTGTTGGTGTAGTCCAAGGAATAGCATATGACAATGAAGGAGATATCGGGGAAAGAACTTTCCTTATTGGGTTCTGTGGTGAGCAG
GAAAGATGGCTTGGTCTATCTCATGAACTTGAAAGGGTAAAGCCATTTTTTGCTGGTCAGCAGGTACGCATTAAATCCTCAGTAAAGCAGCCAAGGTTTGGTTGGTCAGGCCATAGTCATTTCAGTATTGGAACCATTACTGCCATTGATGCTGATGGAAGGTTGCGTGTATATATATCTTCTGGTTCTCAGAAAGCTTG
GATGCTTGACCCTGCAGAAGTGGAGGTTGTAGAAGAACAGCCTATTTGCATTGGGGACTGGGTAAGAGTAAAGTCCTCAGTCCCTAATCCAACTCATCAATGGGGTGAAGTGACACACAAAAGTATTGGAGTGGTTCAGAAGATTGATGATGAAGGTGATTTGTGGGTTGCTTTTTGTTTTCTAGAGAGGTTATGGGTTT
GCAAACCTTCAGAAATGGAGAGAGTGCGGCCTTTTAACATTGGAGACAGGGTGAAGGTGAATCGCAGTGTCGCGACCCCAAGGTGGGGTTGGGGTATGGAGACATATGCAAGTACAGGAGTAATTTCTGGGGTTGATGCAGATGGAAAATTGAGAATCAAATTTGCATGGCGAGAAGGAAGGCTTTGGGTTGGAGACCCT
GCAGATGTTGAGTTCGATTCAGATGTTTCATGATGCTATGGCCCTGGTAATTCCTGCTTTTGTATCTAGTTTCGTAACTAGACGATGGATTTCGGTCTGGTAGGAATGTGATTCTTACACTTCGTTAGATTTTTATAGGCTTTGGTAGGGAAGGGGGAATCACACTTCTACCAGGTCTATCGTCTACTTAGGAAACTTTC
GGTGCTGGGCTGTAACCTTTGTATAATACTAGACTGTATTTCATGGTGCATATCATGCTTGGCAGATTAGAATATAGGTTTATTCTGATTGTGTAATATTGTGCTGCTGTAGGTATTCGTGTGCTCTATTATGGCTGTTCTGCCGATTTAACATGTAATCTTTTATGTTACGAGTTCTTGCCATCCTTAATGGCATGATA
TTTTTAGCAATTCTTTCTAGCTTGTGAAGTTATCTGCCCCCACAATGAGGATATATGTTTTTGGTCCAATTACAGTTCTTTTATATTTTGTTAGTGGCTTTAATTTTGTATAATTCCACCTATTCTGTGTGGGACAAATTCTTGTATCCAATAAATTCTATCTGAA

Intron 6 GTAATATCAT ... TTCTATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.76	45	0	6
A2	15.79	32	2	6
A3	10.81	33	0	4
A4	0	38	0	0
A5	18.75	26	2	6
A6	0	7	0	0
A7	13.04	20	0	3
A8	0	10	0	0
A9	21.05	15	0	4
A10	3.13	31	0	1

>TRINITY_DN121086_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

TATACATTAGTGAATTTTTAATGTTATGTGATATTTTAATCAATATTAGAAATGTGATAATATGGTGGTCATATCTGAATTGTTATTGATAAGTGGATGGTATTTTGGAGTAGTAAAATGGAGGGAACATAATATTTACCAATGAATCTTACTGGAAATATATATGCAGATATGGTGCAGATATTTCTCGTGGTGTTGCA
GAGCTTCATGCAGCAGGTGTCTCGTGTATGAATCTGAAACCATCCAATCTTCTTCTAGATGCAAGAGGGCGAGCAGTGGTTTCTGATTTTGGTCTTCCAGAAATTTTGAAGAAACCTCAATGCAGAAGATCTCGCTCAACCCCAGAGGATGACATGACAAGGACACACTCGTGTGTGGAGTGCACTATGTTGAATCCACA
CTATACAGCCCCAGAAGCTTGGGAACCACTCAAGAAGTCTTCTTTGAACATCTTTTGGGATGAGGGAAATGGAATTTCTTCAGAGTCTGATGCTTGGAGTTTCGGTTGCACCTTGGTTGAGATGTGCACTGGAGCAATTCCGTGGAATAACCTAAGTTCAGAGGAGATCTATAGGGCTGTTGTCAAGGCTCGGAGGCAGC
CACCAGAATATGCTAGTGTTGTGGGTGTTGGAATCCCAAGAGAACTGTGGAAGATGATTGGTGAATGTTTACAGTTTAAGCCTTCAAAGAGACCCACTTTTCATGCCATGCTGTCCATATTTCTACGCCATTTGCAGGAGATTCCTCTTAGCCCTCCTGCAAGCCCAGACAATGATCCGTCAAAGGATTCTGTTACTACT
GGGACAGAGCCCTCTCCTTCATCTGTCCTAGAATTTGTACAGGATACCCAAAATGTTCTTCATCGTATGGTCTCAGAAGGGGATGTGGAAGGGCTTAGAGATTTGCTTGCAAGAGCTTCATCTGGAAAGACTGGAAGTTCAGTGGGTTCTCTTCTAGATGGCCGCAATGCCGAGGGACAAACTGCATTACATTTGGCGTG
CATGAGGGGTTATGCAGAACTTGTTGAAACTATTTTAGAGTATCCTGAAGCAGATGTGGAAGTTCTAGACAAGGATGGAGACCCCCCAATTGTATTTGCATTGGCTGCTGGAACACCCGACTGTTTAAAAGCCCTGATAAAGAGAGGAGCAAATGTGAATGCAAAGCTAAAAGACGGCCTGGGCCCTTCTGTTGCTCATG
TTTGTGCATTTCATGGGCAACCCGACTGCATGCGGGAGCTCTTGTCAGCGGGGGCTGATCCTAATGCCATAGATGATGAGGGTGAGACTGTGCTTCACAGAGCTGTTGGGAAGAAGCACACAGATTGTGCAATTGTGATCTTGGAAACTGGAGGATGCAAGTCAATGGGCATTTTGAATTCGAAGGAAATGACTCCATTA
CACATGTGCATAGCAACATGGAATGTGGCTGTTGTCAAAAAGTGGGTCGAGATAGCAACAAAAGAAGAGATCAATGATGCAATCGAAATTCCAAGTAAAATTGGGACTGCATTATGCATGGCAGGTGCACTGAAGAAAGCCCATGAAACAGAATGCAGAGAATTGGTCAGAATTTTGATTACTTCAGGGGCAGATCCAAA
AGCTAAAGATGCACTGCGAGGGCAAACTGCTCTACATGCAGCAGCAATGGCTAATGATGTTGAAATGGTGAAGATCATCTTGGATGCAGGTGTCGACGTTGATATTAGAGATGTACACAATACAACGCCTCTTCATGTTGCTTTAGCTAGGGGTTCAAAGTCATGTGTAGGCCTACTTTTAGAAAGTGGGGCCAATTGCA
ACTTACAGAATGATGAAGGGGACAATGCATTTCATATAGCTGCAGACACAGCAAAGATGGTTCGAGAAAATCTTGACTGGATAGTTGTTATGCTGCAGCAGAAGGATGCAGCCATTGATGTTCGGAACCATAGTGGTAAGACATTAAAGGACTTTATAGAGGCACTTCCTCGAGAATGGATCTCTGAAGACTTGATGGAT
GCTCTCTCAATGAAGGGCATACAACTGTCTGCAACAATATTCGATATCGGAGATTGGGTTAAGTTCAAGAAGAGTGTAAAGGTCCCAAAGTATGGATGGCAAGGTGCAAAGCACAAAAGTGTAGGCTTTGTTCAGAGTGTACCTGACAAGGAGCACCTAATTGTATCGTTTTGTTCTGGAGAATCCCGTGTATTGGCAAA
TGAAGTTATCAAGGTCATTCCTCTTGATAGAGGACAGCACGTGCAGTTAAAATCAGATATTAAGGAACCAAGGTTTGGGTGGCGTGGACAATCTCGTGATAGTGTTGGGACAGTTCTTTGTGTTGATGATGATGGGATTCTTCGGGTTGGATTTCCTGGAGCATCTCGAGGATGGAAGGCTGATCCTGCAGAAATGGAGA
GAGTTGAGGAATTCAAGGTTGGTGATTGGGTGAGGATACGCCCTTCGCTTACAAGTGCAAAACATGGCCTGGGTCCAGTAACTCCTGGTAGCATTGGCATTGTATACTGTATAAGGCCTGACAATAGTCTGCTGCTGGATTTGAGTTACCTGCAAGGTCCATGGCACTGTGAACCTGAAGAGGTTGAACCTGTTGAACCA

TTTAAGGTAGGAGATAGGGTGTGTGTGAAAAGGTCTGTAGCAGAGCCAAGGTATGCCTGGGGTGGTGAGACACACCACAGTGTAGGGAAAATAAGTGAGATTGGTGGTGATGGCCTCCTCCTCATTGATATTCCTGCTCGTCCGATTCCATGGCAAGCAGATCCTGCAGACATGGAGAAGGCTGAAGATTTTAAGGTTGG
TGACTGGGTCAGAGTAAAAGCTTCTGTTTCTTCTCCAAAATATGGATGGGAGGATGTGACCAGAAGCAGCATTGGGATTGTTCATAGTCTAGATGAGGATGGTGACATGGGTGTAGCTTTCTGCTTTAGAAGCAAGCCCTTCTCTTGTTCTGTAACGGACATGGAAAAAGTTACTCCTTTGGAGGTTGGGGATGAAATTC
ATATCATGTCGTCTGTCACAGAACCACGTTTAGGATGGTCTCGTGAGACATCAGCAACGACAGGAAAGATTGCGAAGATAGATATGGACGGCACATTGAATGTGAAAGTGGCTGGCAGAAGTACTCTCTGGAAGGTTGCTCCAGGAGATGCTGAAAGGCTGTCTGGTTTTGAAGTTGGAGATTGGGTCAGACTCAAGCCA
ACTCTTGGGATCAGACCAAGCTATGATTGGCATGGGATTGGCAAAGACAGTTTTGCTGTGGTCCATAGTCTATCTGACACCGGTTACTTGGAGCTTGCAGGCTGTTTCAGAAAGGGGAGGTGGATGACTCATTATTCAGAGGTCGAGAAAGTTCCAAGCCTGAAAGTTGGTCAGCATGTTCATTTCAGAGCAGGGCTGAC
TGAGCCCAGATGGGGTTGGAGAGGTGCTTCTCCGGACTCTCGTGGTGTGATAATTGGTGTTCATGCTGATGGTGAAGTGTGGATCGCATTTTCAGGTCTTTCTGCTCCATGGCGAGCTGATCCAGCTGACCTAGAGAAAGAAGAAATGTTTGAGGTGGGAGAGTGGGTCAAAGTAAAGTTAGACTTAGTGGAGCCTAGAA
ATGGGTGGAGGTCGGTAAGGCCAGGGAGTGTTGGTGTAGTCCAAGGAATAGCATATGACAATGAAGGAGATATCGGGGAAAGAACTTTCCTTATTGGGTTCTGTGGTGAGCAGGAAAGATGGCTTGGTCTATCTCATGAACTTGAAAGGGTAAAGCCATTTTTTGCTGGTCAGCAGGTACGCATTAAATCCTCAGTAAAG
CAGCCAAGGTTTGGTTGGTCAGGCCATAGTCATTTCAGTATTGGAACCATTACTGCCATTGATGCTGATGGAAGGTTGCGTGTATATATATCTTCTGGTTCTCAGAAAGCTTGGATGCTTGACCCTGCAGAAGTGGAGGTTGTAGAAGAACAGCCTATTTGCATTGGGGACTGGGTAAGAGTAAAGTCCTCAGTCCCTAA
TCCAACTCATCAATGGGGTGAAGTGACACACAAAAGTATTGGAGTGGTTCAGAAGATTGATGATGAAGGTGATTTGTGGGTTGCTTTTTGTTTTCTAGAGAGGTTATGGGTTTGCAAACCTTCAGAAATGGAGAGAGTGCGGCCTTTTAACATTGGAGACAGGGTGAAGGTGAATCGCAGTGTCGCGACCCCAAGGTGGG
GTTGGGGTATGGAGACATATGCAAGTACAGGAGTAATTTCTGGGGTTGATGCAGATGGAAAATTGAGAATCAAATTTGCATGGCGAGAAGGAAGGCTTTGGGTTGGAGACCCTGCAGATGTTGAGTTCGATTCAGATGTTTCATGATGCTATGGCCCTGGTAATTCCTGCTTTTGTATCTAGTTTCGTAACTAGACGATG
GATTTCGGTCTGGTAGGAATGTGATTCTTACACTTCGTTAGATTTTTATAGGCTTTGGTAGGGAAGGGGGAATCACACTTCTACCAGGTCTATCGTCTACTTAGGAAACTTTCGGTGCTGGGCTGTAACCTTTGTATAATACTAGACTGTATTTCATGGTGCATATCATGCTTGGCAGATTAGAATATAGGTTTATTCTG
ATTGTGTAATATTGTGCTGCTGTAGGTATTCGTGTGCTCTATTATGGCTGTTCTGCCGATTTAACATGTAATCTTTTATGTTACGAGTTCTTGCCATCCTTAATGGCATGATATTTTTAGCAATTCTTTCTAGCTTGTGAAGTTATCTGCCCCCACAATGAGGATATATGTTTTTGGTCCAATTACAGTTCTTTTATATT
TTGTTAGTGGCA

>TRINITY_DN121086_c0_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ACCTGTTGAACCATTTAAGgtaatatcatttctgttcttgataattatggaattaacccaaggctctcaacttggccttttacttgcagattagctaatttaacatatttttcataatgtttaatatttgacatggtccttgaccatttctattcagGTAGGAGATAGGGTGTGTGTGAAAAGGTCTGTAGCAGAGCCAA
GGTATGCCTGGGGTGGTGAGACACACCACAGTGTAGGGAAAATAAGTGAGATTGGTGGTGATGGCCTCCTCCTCATTGATATTCCTGCTCGTCCGATTCCATGGCAAGCAGATCCTGCAGACATGGAGAAGGCTGAAGATTTTAAGGT