sp|Q8GTR4|PULA1_ARATH ----> Pullulanase 1, chloroplastic
Intron 1 GTATAAAATA ... ACATTCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.05 | 73.4 | 6.3 | 16 |
| A2 | 10.82 | 51.3 | 2 | 6 |
| A3 | 19.42 | 46.6 | 0.6 | 11 |
| A4 | 17.36 | 49.7 | 0.6 | 10 |
| A5 | 28.21 | 14.7 | 2 | 5 |
| A6 | 13.24 | 154.1 | 0 | 23 |
| A7 | 21.56 | 187.1 | 0.6 | 50 |
| A8 | 18.64 | 268.6 | 5.8 | 61 |
| A9 | 13.73 | 205.5 | 0 | 32 |
| A10 | 15.65 | 116.3 | 0.6 | 21 |
>TRINITY_DN128426_c6_g2_i14 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTCTCTGCAATTAAGATTGCAACGAGCATATACTCTTCGGCAAAGTAGGAATGTGCATAAAAATAGGAAGAGCACTTCGTTAATTGTATACAATTATATTCTATTTTTTAATCCTTCATAATATCCTTCTTCATTGTTCCTTTGCAGTTAGAGAGAGAGAAAATTTGTGAACGTCATAGAAAGACACAAATGGAATG
TCACGAAAAGTTCCATAAAATATGGGGTCAACTTCTGAAGACTGGCTATCAAAATTCTCGTTTTGCAAATCAGGTCGAGAGGTTTGCATGCCTCTACACAAGCCAAGTTACAAATCTGTGTTACTATTCTCCAGACAAGTGCTACCGAACAAGTGAAGATTGCATGCCTCATGAGTTTGACATCCTAGGACTTTGAAAGG
ATATGTTGAAGAAATTAATTCAGGTATTGACGTAGAGTGTATTTTCTACATTAATACCATAGCAGTAAAAAAATCTTGATTTTTCATCTGCCATGAAATTATGTGGCGTAAGTGGGCAATAATTCTCTCCTATAAATAACTACGATTATTTTTATATGCATAGACAAAACCTTAAGCATCTCTTGATATAATTCAGGGTG
ACGTAGATTGTATTTTATACATTAATACCATTGCAGTAAAAAATTCTTGATTTTTCATCTGCCATGAAATTATGTGGCGCAAGTGGGCAATAATTCTCTCTTATCAATAACTACAATTCTTTTTGTATGCATAGACAAAACCTCGAGCATCTATTCTTGATACAGTATCATGTGTGTATGTTGCAGAATGAAACA
>TRINITY_DN128426_c6_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATTCTCGTTTTGCAAATCAGgtataaaataagggaattttggtttcttctaaaccaaatatttggatcaatagttacattatttagaatgcaatataacaaatcaatcacacaaacccaaggcataatcaagtaaaaacaaaatcaacgcagatacagctaggttgtaaaacgatgacttgttaattgtttttccttta
ctgtgattacattcgcagGTCGAGAGGTTTGCATGCCTCTACACAAGCCAAGTTACAAATCTGTGTTACTATTCTCCAGACAAGTGCTACCGAACAAGTGAAGATTGCATGCCTCATGAGTTTGACATCCTAGGACTTTGAAAGGATATGTTGAAGAAATTAATTCAGGTATTGACGTAGAGTGTATTTTCTACATTAAT
ACCATAGCAGTAAAAAAATCTTGATTTTTCATCTGCCATGAAATTATGTGGCGTAAGTGGGCAATAATTCTCTCCTATAAATAACTACGATTATTTTTATATGCATAGACAAAACCTTAAGCATCTCTTGATATAATTCAGGGTGACGTAGATTGTATTTTATACATTAATACCATTGCAGTAAAAAATTCTTGATTTTT
CATCTGCCATGAAATTATGTGGCGCAAGTGGGCAATAATTCTCTCTTATCAATAACTACAATTCTTTTTGTATGCATAGACAAAACCTCGAGCATCTATTCTTGATACAGTATCATGTGTGTATGTTGCAGAATGAAACA
Intron 2 GTAAGGTTGT ... TGTCCGCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.36 | 55 | 14 | 39 |
| A2 | 34.71 | 62 | 23 | 41 |
| A3 | 35.91 | 80 | 32 | 54 |
| A4 | 34.16 | 42 | 11 | 32 |
| A5 | 40.45 | 20 | 9 | 18 |
| A6 | 28.13 | 99.5 | 11 | 64 |
| A7 | 29.37 | 156 | 24 | 99 |
| A8 | 30.89 | 155.5 | 30 | 103 |
| A9 | 31.63 | 151.5 | 39 | 97 |
| A10 | 30.38 | 113 | 24 | 69 |
>TRINITY_DN117132_c3_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformCTTCCAAATAACCAAAAGAAAAGTTACTCCACTAATCTATTAATGCACTATGAAATGTGTCATTTTGTTCAAAGTAACATGTTTCTTAGTCCCTGAAGATGAACAGAGTTTCTGCTCGAAACATCGGTATTCCAAATTCTTAATGCATGCTTGAAATCCAAAAATAAATATAGAAAATCAAAATACTAATAGTAGTGACA
GAGCTTAAATCGATCAAACCAAATATGCTAACAGTGTTGAAGATGGTAGATTGCAAGAATCAGGAGATGTGGTAGAGGTGCATGTAATGGGTGTTATCTATGCAATGCATCATGTTGATTTGATGAGACTGTTGTTTGTTGAGAGTCACAAGATTGAGTCAGTAGTGATCCTAAATAAAAGGAGCAAAAATGGAATTGTC
TAATTTGGTCTCAGCACAGTCAAATTTAAGTTGTAATAACTATCTTACTTGAATGTCGAATGGCCATGGTGTTTTAATAAATTTCCAAATGTGTTGCTGATTGATTCGTTATTATCTTCTATAAGTAGATAAATAACTATTCCCATCAACTGCATAATATTTGATTAATTACAGGGGTTGGTTATAGGTTAATTTTGAGA
ATATTTGTGAATTCACCATACTGATTTCCAATCATCAACTTCTTTCAATCGAAGCAAGTTCTCAAGTCCTCTATGTTGGAGACCATATTTATGGAGATATATTGCGTAGCAAGAAGCAGCTTGGATGGCGAACAATGCTTGTAGTACCAGAGCTTGAAAGGGAACTAGAGCTGATTTCTGAGTCAAAGGATGTCCGCAAG
GTATGTGCTTAGGGAGGGAACGTTGGTCACCTTCATCAACTTCTTTCAATCGAAGCAAGTTCTCAAGTCCTCTATGTTGGAGACCATATTTATGGAGATATATTGCGTAGCAAGAAGCAGCTTGGATGGCGAACAATGCTTGTAGTACCAGAGCTTGAAAGGGAACTAGAGCTGATTTCTGAGTCAAAGGATGTCCGCAA
GGAATTTAGGTGGTTACGCCAACAGAGGGAGCTTATTGAAGATAAATTACAATGGCTGAAGTGGGCTCTCAAAGCTAAGGTAAATGATGAAGAAGAACGACATCAAGCATCTTCTGAAGTCAGCGAGTTGCAGTTAGAGAGAGAGAAAATTTGTGAACGTCATAGAAAGACACAAATGGAATGTCACGAAAAGTTCCATA
AAATATGGGGTCAACTTCTGAAGACTGGCTATCAAAATTCTCGTTTTGCAAATCAGGTCGAGAGGTTTGCATGCCTCTACACAAGCCAAGTTACAAATCTGTGTTACTATTCTCCAGACAAGTGCTACCGAACAAGTGAAGATTGCATGCCTCATGAGTTTGACATCCTAGGACTTTGAAAGGATATGTTGAAGAAATTA
ATTCAGGTATTGACGTAGAGTGTATTTTCTACATTAATACCATAGCAGTAAAAAAATCTTGATTTTTCATCTGCCATGAAATTATGTGGCGTAAGTGGGCAATAATTCTCTCCTATAAATAACTACGATTATTTTTATATGCATAGACAAAACCTTAAGCATCTCTTGATATAATTCAGGGTGACGTAGATTGTATTTTA
TACATTAATACCATTGCAGTAAAAAATTCTTGATTTTTCATCTGCCATGA
>TRINITY_DN117132_c3_g1_i25 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGTTGAATCGAGCTAAACCACTATCTTGTAAGAGGGTTGAAAAATTGAAATCCCTTTAATTACAGGAAAGACTTAAATAAAGAATTCCGAGTTCTCGTGTTCAAATTCAGCTGAATATATAAACTTCCGTATTAATTGGGCGCGAGGTTGCCCTTTTCTGATGGAAGGATGATAAACGCGTAATAATTTTTTCGTCTGGA
GGAGAAATACACATCTATTGGTGTTCTTGGAATTTAAGGAGCAGAAACGCTGGACAGTTAACTGATAGAAGGAATGAATGAGAGAGACATGAAGTCCAATGGGAGCTCGGCGTTGCGCTTTTAAACAGATAAGAACGTCAATCAATCAAACAGACAAAAGGGCCTCAGATGATTCCGAGACCAGCCCTTGCTCTTCTTTA
ATCTTACGAATGAATGCATGCCGAGGAAATGCGGTGCTGACAACCTTTAAACAACAAAAGGAATACTTTAATCATATCCCCGTAAATATGGCTTCACTGCTGTCGAGCATTATGTACCGGCCAAGATCCTTTGTTCGAACGCCACTTTATTCGAAATCAGCGGCTTATTTGTTCCCCAAATGCTTATTGGCACCTGCAAT
GCAAGTCTCAACGAGGTTTTCCGGACATTGTTGGACAATTTGTTTGTCTTGCACCAGGCTCACGAAATCCTCTGCTATTGCTGTTGCTGCTGCCGATTCTTCCAAGCCGCATACGAACGACGGTTCCATGTTGAGTGAAGGAGACAAGAGAATGGAGGAGCCTATCCACAGCAGTGATGCATTGTTTGAGAACCATCAAA
TTGCAAACCTTTATGGTCGAAAGTTCCCTTTTTGGATATCACGTGATTCGGGTGGCAATATTGATACCAGAAAGCAAATCTTTTGTAACAGATCTCTTAATATGAAGAGCATTGTAGCGATTGGGTTTGACATGGACTACACACTTGCACAATATAGACCGGAAACTTTTGAAACTTTGGCATATAATGGCACACTTAAG
AAGCTTGTTTACAACTTGGGATATCCTAATGAGTTGCTGCAGTGGAAATTTGATTGGAGATACATGGTCAGAGGTCTAGTCCTTGATAAGAAACGAGGTAACATCCTAAAGATGGACCGCCACAAATATGTGAAAGTAGCATATCATGGCTTCAAGGAGATGTTGAGGGAAGATCGCTTTGCAACTTATGGAAACACCTT
ATTACAGGAATCCTTTGATGAACCTGATTATGCTCTCATTGATACACTATTCTCCCTTGCTGAAGCCTATTTGTTTGCGCAGCTTGTGGAGTTGAAGGATGCACATCCAGAGAAACTTCCTGCAGGCATTGATTATAGTCAAATTTATAAAGATGTCCGAGCTGCTGTTGATTTATGTCATAGGGATGGAACTGTGAAGC
AGGCTGTTGCAAGTAACCCTTCCAAGTTTATTCATGAAGATCAAATGATAGTACCGATGCTTAAAATGCTTCGTAATTCTGGTCGGATGACATTCCTAGTTACAAATAGCTTATGGGATTATACACATGTTGTTATGAATTACCTTTGTGGAAAGTGTGGAGGAAGTGGAACTGCACCTCGTGATGATGAGTGGCTAGAC
CATTTTGATGTAGTCATTACTGGCAGCTCAAAGCCTGGGTTTTTTAAGGATGAGAATAAGGTTCCATTGTTTGAAGTGGATATCAGAACAGGAATGCTACAGAACACAGATAATGGCAGTCCACTTGCACAGATTGGAGGAAGTGGATTAAGCCCAGGATCACTCCCTCAGAAGGAGGTGAAGCAGGGATGCAGAGTTTT
TCAGGGAGGGAACGTTGGTCACCTTCATCAACTTCTTTCAATCGAAGCAAGTTCTCAAGTCCTCTATGTTGGAGACCATATTTATGGAGATATATTGCGTAGCAAGAAGCAGCTTGGATGGCGAACAATGCTTGTAGTACCAGAGCTTGAAAGGGAACTAGAGCTGATTTCTGAGTCAAAGGATGTCCGCAAGgtaaggt
tgttttccaaagaaaagtttttccttttttattggaagttatatcttgccattgtttgttaaattcataagccatgcccatctacaatgttataaatgcacaaggagagtgttttgtcagttgtggtcgttgccttcacttctacaaaatggctttttaggtctctatacacgaaaactgcaagtcaccattatgcacta
ttatccgattagaatgacggtgacaaagaagacaattagctgcttatgtaattcaatgttcccccgagtcatcaacttctttcaatcgaagcaagttctcaagtcctctatgttggagaccatatttatggagatatattgcgtagcaagaagcagcttggatggcgaacaatgcttgtagtaccagagcttgaaaggga
actagagctgatttctgagtcaaaggatgtccgcaagGAATTTAGGTGGTTACGCCAACAGAGGGAGCTTATTGAAGATAAATTACAATGGCTGAAGTGGGCTCTCAA
Intron 3 GTGAGTGCAG ... AATATGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.97 | 62.2 | 5.9 | 3 |
| A2 | 0 | 65.4 | 6.6 | 0 |
| A3 | 11.93 | 62 | 9.5 | 8 |
| A4 | 6.28 | 45.4 | 3.8 | 3 |
| A5 | 0 | 34.4 | 2.6 | 0 |
| A6 | 0 | 96.6 | 3.5 | 0 |
| A7 | 0 | 132.7 | 9.7 | 0 |
| A8 | 0 | 135.6 | 8.5 | 0 |
| A9 | 0.63 | 161.2 | 8.5 | 1 |
| A10 | 0 | 112.2 | 6.8 | 0 |
>TRINITY_DN117132_c3_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformCTTCCAAATAACCAAAAGAAAAGTTACTCCACTAATCTATTAATGCACTATGAAATGTGTCATTTTGTTCAAAGTAACATGTTTCTTAGTCCCTGAAGATGAACAGAGTTTCTGCTCGAAACATCGGTATTCCAAATTCTTAATGCATGCTTGAAATCCAAAAATAAATATAGAAAATCAAAATACTAATAGTAGTGACA
GAGCTTAAATCGATCAAACCAAATATGCTAACAGTGTTGAAGATGGTAGATTGCAAGAATCAGGAGATGTGGTAGAGGTGCATGTAATGGGTGTTATCTATGCAATGCATCATGTTGATTTGATGAGACTGTTGTTTGTTGAGAGTCACAAGATTGAGTCAGTAGTGATCCTAAATAAAAGGAGCAAAAATGGAATTGTC
TAATTTGGTCTCAGCACAGTCAAATTTAAGTTGTAATAACTATCTTACTTGAATGTCGAATGGCCATGGTGTTTTAATAAATTTCCAAATGTGTTGCTGATTGATTCGTTATTATCTTCTATAAGTAGATAAATAACTATTCCCATCAACTGCATAATATTTGATTAATTACAGGGGTTGGTTATAGGTTAATTTTGAGA
ATATTTGTGAATTCACCATACTGATTTCCAATCATCAACTTCTTTCAATCGAAGCAAGTTCTCAAGTCCTCTATGTTGGAGACCATATTTATGGAGATATATTGCGTAGCAAGAAGCAGCTTGGATGGCGAACAATGCTTGTAGTACCAGAGCTTGAAAGGGAACTAGAGCTGATTTCTGAGTCAAAGGATGTCCGCAAG
GTATGTGCTTAGGGAGGGAACGTTGGTCACCTTCATCAACTTCTTTCAATCGAAGCAAGTTCTCAAGTCCTCTATGTTGGAGACCATATTTATGGAGATATATTGCGTAGCAAGAAGCAGCTTGGATGGCGAACAATGCTTGTAGTACCAGAGCTTGAAAGGGAACTAGAGCTGATTTCTGAGTCAAAGGATGTCCGCAA
GGAATTTAGGTGGTTACGCCAACAGAGGGAGCTTATTGAAGATAAATTACAATGGCTGAAGTGGGCTCTCAAAGCTAAGGTAAATGATGAAGAAGAACGACATCAAGCATCTTCTGAAGTCAGCGAGTTGCAGTTAGAGAGAGAGAAAATTTGTGAACGTCATAGAAAGACACAAATGGAATGTCACGAAAAGTTCCATA
AAATATGGGGTCAACTTCTGAAGACTGGCTATCAAAATTCTCGTTTTGCAAATCAGGTCGAGAGGTTTGCATGCCTCTACACAAGCCAAGTTACAAATCTGTGTTACTATTCTCCAGACAAGTGCTACCGAACAAGTGAAGATTGCATGCCTCATGAGTTTGACATCCTAGGACTTTGAAAGGATATGTTGAAGAAATTA
ATTCAGGTATTGACGTAGAGTGTATTTTCTACATTAATACCATAGCAGTAAAAAAATCTTGATTTTTCATCTGCCATGAAATTATGTGGCGTAAGTGGGCAATAATTCTCTCCTATAAATAACTACGATTATTTTTATATGCATAGACAAAACCTTAAGCATCTCTTGATATAATTCAGGGTGACGTAGATTGTATTTTA
TACATTAATACCATTGCAGTAAAAAATTCTTGATTTTTCATCTGCCATGA
>TRINITY_DN117132_c3_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTCAAAGCCTGGGTTTTTTAAGGATGAGAATAAGGTTCCATTGTTTGAAGTGGATATCAGAACAGGAATGCTACAGAACACAGATAATGGCAGTCCACTTGCACAGATTGGAGGAAGTGGATTAAGCCCAGGATCACTCCCTCAGAAGGAGGTGAAGCAGGGATGCAGAGTTTTTCAGGGAGGGAACGTTGGTCACCTTC
ATCAACTTCTTTCAATCGAAGCAAGTTCTCAAgtgagtgcagttgtcaatactgagacttctgcattacattttttacagcaataaaattagattggcctggcagaatattgtattaacataatttcaagattttgttgttactgtaatccattgtgtttttcatctgctgtaaatctatataaaatatgtcagGTCCTC
TATGTTGGAGACCATATTTATGGAGATATATTGCGTAGCAAGAAGCAGCTTGGTATATTCTCTTACCTTTCTTGATCTATCACGTTTAGTCAGGAATTCTGTGCTGAATAACATTATTACTATGATGATGCTTACCAACTGTCTGTAATCTCTCAATAAAATTGCTCCAGAGATATTTAGGTTTATATTAAAGGAATGCG
CTTTTCTCCATGCGTTACATGTAACGAGGCTTGCATGAAGTGTCATCAACTTCTTTCAATCGAAGCAAGTTCTCAAGTCCTCTATGTTGGAGACCATATTTATGGAGATATATTGCGTAGCAAGAAGCAGCTTGGATGGCGAACAATGCTTGTAGTACCAGAGCTTGAAAGGGAACTAGAGCTGATTTCTGAGTCAAAGG
ATGTCCGCAAGGAATTTAGGTGGTTACGCCAACAGAGGGAGCTTATTGAAGATAAATTACAATGGCTGAAGTGGGCTCTCAA
Intron 4 GTTTGATGTC ... TCTTGTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.78 | 88 | 12.3 | 11.2 |
| A2 | 4.92 | 61 | 2.9 | 3.7 |
| A3 | 6.67 | 74.3 | 2 | 8.6 |
| A4 | 8.7 | 60.3 | 6.3 | 5.2 |
| A5 | 8.17 | 24.7 | 2 | 2.4 |
| A6 | 0.99 | 71.4 | 0 | 1.5 |
| A7 | 6.47 | 123.7 | 10 | 7.4 |
| A8 | 3.49 | 126.5 | 6 | 3.3 |
| A9 | 1.79 | 120.6 | 1.3 | 3.3 |
| A10 | 3.12 | 82.7 | 2 | 3.6 |
>TRINITY_DN128426_c6_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoformCAAAACTGTTATAAATCCCTTGAGCTAAACCATTATCTTGTAAGAGGGTTGAATCGAGCTAAACCACTATCTTGTAAGAGGGTTGAAAAATTGAAATCCCTTTAATTACAGGAAAGACTTAAATAAAGAATTCCGAGTTCTCGTGTTCAAATTCAGCTGAATATATAAACTTCCGTATTAATTGGGCGCGAGGTTGCCCT
TTTCTGATGGAAGGATGATAAACGCGTAATAATTTTTTCGTCTGGAGGAGAAATACACATCTATTGGTGTTCTTGGAATTTAAGGAGCAGAAACGCTGGACAGTTAACTGATAGAAGGAATGAATGAGAGAGACATGAAGTCCAATGGGAGCTCGGCGTTGCGCTTTTAAACAGATAAGAACGTCAATCAATCAAACAGA
CAAAAGGGCCTCAGATGATTCCGAGACCAGCCCTTGCTCTTCTTTAATCTTACGAATGAATGCATGCCGAGGAAATGCGGTGCTGACAACCTTTAAACAACAAAAGGAATACTTTAATCATATCCCCGTAAATATGGCTTCACTGCTGTCGAGCATTATGTACCGGCCAAGATCCTTTGTTCGAACGCCACTTTATTCGA
AATCAGCGGCTTATTTGTTCCCCAAATGCTTATTGGCACCTGCAATGCAAGTCTCAACGAGGTTTTCCGGACATTGTTGGACAATTTGTTTGTCTTGCACCAGGCTCACGAAATCCTCTGCTATTGCTGTTGCTGCTGCCGATTCTTCCAAGCCGCATACGAACGACGGTTCCATGTTGAGTGAAGGAGACAAGAGAATG
GAGGAGCCTATCCACAGCAGTGATGCATTGTTTGAGAACCATCAAATTGCAAACCTTTATGGTCGAAAGTTCCCTTTTTGGATATCACGTGATTCGGGTGGCAATATTGATACCAGAAAGCAAATCTTTTGTAACAGATCTCTTAATATGAAGAGCATTGTAGCGATTGGGTTTGACATGGACTACACACTTGCACAATA
TAGACCGGAAACTTTTGAAACTTTGGCATATAATGGCACACTTAAGAAGCTTGTTTACAACTTGGGATATCCTAATGAGTTGCTGCAGTGGAAATTTGATTGGAGATACATGGTCAGAGGTCTAGTCCTTGATAAGAAACGAGGTAACATCCTAAAGATGGACCGCCACAAATATGTGAAAGTAGCATATCATGGCTTCA
AGGAGATGTTGAGGGAAGATCGCTTTGCAACTTATGGAAACACCTTATTACAGGAATCCTTTGATGAACCTGATTATGCTCTCATTGATACACTATTCTCCCTTGCTGAAGCCTATTTGTTTGCGCAGCTTGTGGAGTTGAAGGATGCACATCCAGAGAAACTTCCTGCAGGCATTGATTATAGTCAAATTTATAAAGAT
GTCCGAGCTGCTGTTGATTTATGTCATAGGGATGGAACTGTGAAGCAGGCTGTTGCAAGTAACCCTTCCAAGTTTATTCATGAAGATCAAATGATAGTACCGATGCTTAAAATGCTTCGTAATTCTGGTCGGATGACATTCCTAGTTACAAATAGCTTATGGGATTATACACATGTTGTTATGAATTACCTTTGTGGAAA
GTGTGGAGGAAGTGGAACTGCACCTCGTGATGATGAGTGGCTAGACCATTTTGATGTAGTCATTACTGGCAGCTCAAAGCCTGGGTTTTTTAAGGATGAGAATAAGGTTCCATTGTTTGAAGTGGATATCAGAACAGGAATGCTACAGAACACAGATAATGGCAGTCCACTTGCACAGATTGGAGGAAGTGGATTAAGCC
CAGGATCACTCCCTCAGAAGGAGGTGAAGCAGGGATGCAGAGTTTTTCAGGGAGGGAACGTTGGTCACCTTCATCAACTTCTTTCAATCGAAGCAAGTTCTCAAGTCCTCTATGTTGGAGACCATATTTATGGAGATATATTGCGTAGCAAGAAGCAGCTTGGATGGCGAACAATGCTTGTAGTACCAGAGCTTGAAAGG
GAACTAGAGCTGATTTCTGAGTCAAAGGATGTCCGCAAGGAATTTAGGTGGTTACGCCAACAGAGGGAGCTTATTGAAGATAAATTACAATGGCTGAAGTGGGCTCTCAAAGCTAAGGTAAATGATGAAGAAGAACGACATCAAGCATCTTCTGAAGTCAGCGAGTTGCAGGTAATTTGTTTGGTATTGCCCAAAATATG
ATGCAAAAGAAGATAATCAGTGAGTAATTAAATTATGTATCTTTGGGTAATGTTGTATTTAAGGTCATTAATCATGATTGATGATGACAGAAAAGTATGAAAGAAATTTGTGCATCTTTTGGATAGTTGTTCCACTTGTTACAATTCAGTTTAGCACCTAAGTGGCAAAGCCCCAATCCACTAGTGCTACAAATGTAACT
T
>TRINITY_DN128426_c6_g2_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCGGTACTTTGCCAGCCCCAATCAACAATTGGCACCCTGGTAAAGAGGATAACAACTTCTCCTCTCTACTGCTTGAGCTAGACCCAATTGACAAGTTATTTCCTTATTAGACTGCAGTGTTCTTTTCATATTAAGAGAAAGTATGTAAAGACGGCTAGATTTTTGCATTTTAGTGATTGGAATTTACAAGTGTGTTTGA
GACTTTGGTTTGAGGAAAATGATAAATTCATCGAGTGATTATGGAAGTTACTGAAGCCTGTGTTCCATGCAGCTCAAAGCCTGGGTTTTTTAAGGATGAGAATAAGGTTCCATTGTTTGAAGTGGATATCAGAACAGGAATGCTACAGAACACAGATAATGGCAGTCCACTTGCACAGgtttgatgtctattatttcata
ctgttttaatttatttccactgtttgtaccactgctatattgttttattcaggctttctcagactactgtttctttcttgtgaagATTGGAGGAAGTGGATTAAGCCCAGGATCACTCCCTCAGAAGGAGGTGAAGCAGGGATGCAGAGTTTTTCAGGTATGTGCTTAGGGAGGGAACGTTGGTCACCTTCATCAACTTC
TTTCAATCGAAGCAAGTTCTCAAGTCCTCTATGTTGGAGACCATATTTATGGAGATATATTGCGTAGCAAGAAGCAGCTTGGATGGCGAACAATGCTTGTAGTACCAGAGCTTGAAAGGGAACTAGAGCTGATTTCTGAGTCAAAGGATGTCCGCAAGGAATTTAGGTGGTTACGCCAACAGAGGGAGCTTATTGAAGAT
AAATTACAATGGCTGAAGTGGGCTCTCAAAGCTAAGGTAAATGATGAAGAAGAACGACATCAAGCATCTTCTGAAGTCAGCGAGTTGCAG
Intron 5 GTATTACAAT ... GTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.83 | 90.1 | 32.7 | 30.7 |
| A2 | 30.81 | 71.1 | 33 | 11.7 |
| A3 | 29.81 | 104 | 46.9 | 25 |
| A4 | 25.32 | 89.4 | 31.1 | 20.3 |
| A5 | 25.13 | 42.9 | 14.8 | 15.3 |
| A6 | 18.37 | 80.7 | 19.2 | 9.3 |
| A7 | 20.63 | 95.3 | 26 | 21.7 |
| A8 | 24.56 | 96.9 | 32.9 | 18 |
| A9 | 27.63 | 148.3 | 60.1 | 17.7 |
| A10 | 27.26 | 104.2 | 42.9 | 19.3 |
>TRINITY_DN128426_c6_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoformCAAAACTGTTATAAATCCCTTGAGCTAAACCATTATCTTGTAAGAGGGTTGAATCGAGCTAAACCACTATCTTGTAAGAGGGTTGAAAAATTGAAATCCCTTTAATTACAGGAAAGACTTAAATAAAGAATTCCGAGTTCTCGTGTTCAAATTCAGCTGAATATATAAACTTCCGTATTAATTGGGCGCGAGGTTGCCCT
TTTCTGATGGAAGGATGATAAACGCGTAATAATTTTTTCGTCTGGAGGAGAAATACACATCTATTGGTGTTCTTGGAATTTAAGGAGCAGAAACGCTGGACAGTTAACTGATAGAAGGAATGAATGAGAGAGACATGAAGTCCAATGGGAGCTCGGCGTTGCGCTTTTAAACAGATAAGAACGTCAATCAATCAAACAGA
CAAAAGGGCCTCAGATGATTCCGAGACCAGCCCTTGCTCTTCTTTAATCTTACGAATGAATGCATGCCGAGGAAATGCGGTGCTGACAACCTTTAAACAACAAAAGGAATACTTTAATCATATCCCCGTAAATATGGCTTCACTGCTGTCGAGCATTATGTACCGGCCAAGATCCTTTGTTCGAACGCCACTTTATTCGA
AATCAGCGGCTTATTTGTTCCCCAAATGCTTATTGGCACCTGCAATGCAAGTCTCAACGAGGTTTTCCGGACATTGTTGGACAATTTGTTTGTCTTGCACCAGGCTCACGAAATCCTCTGCTATTGCTGTTGCTGCTGCCGATTCTTCCAAGCCGCATACGAACGACGGTTCCATGTTGAGTGAAGGAGACAAGAGAATG
GAGGAGCCTATCCACAGCAGTGATGCATTGTTTGAGAACCATCAAATTGCAAACCTTTATGGTCGAAAGTTCCCTTTTTGGATATCACGTGATTCGGGTGGCAATATTGATACCAGAAAGCAAATCTTTTGTAACAGATCTCTTAATATGAAGAGCATTGTAGCGATTGGGTTTGACATGGACTACACACTTGCACAATA
TAGACCGGAAACTTTTGAAACTTTGGCATATAATGGCACACTTAAGAAGCTTGTTTACAACTTGGGATATCCTAATGAGTTGCTGCAGTGGAAATTTGATTGGAGATACATGGTCAGAGGTCTAGTCCTTGATAAGAAACGAGGTAACATCCTAAAGATGGACCGCCACAAATATGTGAAAGTAGCATATCATGGCTTCA
AGGAGATGTTGAGGGAAGATCGCTTTGCAACTTATGGAAACACCTTATTACAGGAATCCTTTGATGAACCTGATTATGCTCTCATTGATACACTATTCTCCCTTGCTGAAGCCTATTTGTTTGCGCAGCTTGTGGAGTTGAAGGATGCACATCCAGAGAAACTTCCTGCAGGCATTGATTATAGTCAAATTTATAAAGAT
GTCCGAGCTGCTGTTGATTTATGTCATAGGGATGGAACTGTGAAGCAGGCTGTTGCAAGTAACCCTTCCAAGTTTATTCATGAAGATCAAATGATAGTACCGATGCTTAAAATGCTTCGTAATTCTGGTCGGATGACATTCCTAGTTACAAATAGCTTATGGGATTATACACATGTTGTTATGAATTACCTTTGTGGAAA
GTGTGGAGGAAGTGGAACTGCACCTCGTGATGATGAGTGGCTAGACCATTTTGATGTAGTCATTACTGGCAGCTCAAAGCCTGGGTTTTTTAAGGATGAGAATAAGGTTCCATTGTTTGAAGTGGATATCAGAACAGGAATGCTACAGAACACAGATAATGGCAGTCCACTTGCACAGATTGGAGGAAGTGGATTAAGCC
CAGGATCACTCCCTCAGAAGGAGGTGAAGCAGGGATGCAGAGTTTTTCAGGGAGGGAACGTTGGTCACCTTCATCAACTTCTTTCAATCGAAGCAAGTTCTCAAGTCCTCTATGTTGGAGACCATATTTATGGAGATATATTGCGTAGCAAGAAGCAGCTTGGATGGCGAACAATGCTTGTAGTACCAGAGCTTGAAAGG
GAACTAGAGCTGATTTCTGAGTCAAAGGATGTCCGCAAGGAATTTAGGTGGTTACGCCAACAGAGGGAGCTTATTGAAGATAAATTACAATGGCTGAAGTGGGCTCTCAAAGCTAAGGTAAATGATGAAGAAGAACGACATCAAGCATCTTCTGAAGTCAGCGAGTTGCAGGTAATTTGTTTGGTATTGCCCAAAATATG
ATGCAAAAGAAGATAATCAGTGAGTAATTAAATTATGTATCTTTGGGTAATGTTGTATTTAAGGTCATTAATCATGATTGATGATGACAGAAAAGTATGAAAGAAATTTGTGCATCTTTTGGATAGTTGTTCCACTTGTTACAATTCAGTTTAGCACCTAAGTGGCAAAGCCCCAATCCACTAGTGCTACAAATGTAACT
T
>TRINITY_DN128426_c6_g2_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAAACTGTTATAAATCCCTTGAGCTAAACCATTATCTTGTAAGAGGGTTGAATCGAGCTAAACCACTATCTTGTAAGAGGGTTGAAAAATTGAAATCCCTTTAATTACAGGAAAGACTTAAATAAAGAATTCCGAGTTCTCGTGTTCAAATTCAGCTGAATATATAAACTTCCGTATTAATTGGGCGCGAGGTTGCCCT
TTTCTGATGGAAGGATGATAAACGCGTAATAATTTTTTCGTCTGGAGGAGAAATACACATCTATTGGTGTTCTTGGAATTTAAGGAGCAGAAACGCTGGACAGTTAACTGATAGAAGGAATGAATGAGAGAGACATGAAGTCCAATGGGAGCTCGGCGTTGCGCTTTTAAACAGATAAGAACGTCAATCAATCAAACAGA
CAAAAGGGCCTCAGATGATTCCGAGACCAGCCCTTGCTCTTCTTTAATCTTACGAATGAATGCATGCCGAGGAAATGCGGTGCTGACAACCTTTAAACAACAAAAGGAATACTTTAATCATATCCCCGTAAATATGGCTTCACTGCTGTCGAGCATTATGTACCGGCCAAGATCCTTTGTTCGAACGCCACTTTATTCGA
AATCAGCGGCTTATTTGTTCCCCAAATGCTTATTGGCACCTGCAATGCAAGTCTCAACGAGGTTTTCCGGACATTGTTGGACAATTTGTTTGTCTTGCACCAGGCTCACGAAATCCTCTGCTATTGCTGTTGCTGCTGCCGATTCTTCCAAGCCGCATACGAACGACGGTTCCATGTTGAGTGAAGGAGACAAGAGAATG
GAGGAGCCTATCCACAGCAGTGATGCATTGTTTGAGAACCATCAAATTGCAAACCTTTATGGTCGAAAGTTCCCTTTTTGGATATCACGTGATTCGGGTGGCAATATTGATACCAGAAAGCAAATCTTTTGTAACAGATCTCTTAATATGAAGAGCATTGTAGCGATTGGGTTTGACATGGACTACACACTTGCACAATA
TAGACCGGAAACTTTTGAAACTTTGGCATATAATGGCACACTTAAGAAGCTTGTTTACAACTTGGGATATCCTAATGAGTTGCTGCAGTGGAAATTTGATTGGAGATACATGGTCAGAGGTCTAGTCCTTGATAAGAAACGAGGTAACATCCTAAAGATGGACCGCCACAAATATGTGAAAGTAGCATATCATGGCTTCA
AGGAGATGTTGAGGGAAGATCGCTTTGCAACTTATGGAAACACCTTATTACAGGAATCCTTTGATGAACCTGATTATGCTCTCATTGATACACTATTCTCCCTTGCTGAAGCCTATTTGTTTGCGCAGCTTGTGGAGTTGAAGGATGCACATCCAGAGAAACTTCCTGCAGGCATTGATTATAGTCAAATTTATAAAGAT
GTCCGAGCTGCTGTTGATTTATGTCATAGGGATGGAACTGTGAAGCAGGCTGTTGCAAGTAACCCTTCCAAGTTTATTCATGAAGATCAAATGATAGTACCGATGCTTAAAATGCTTCGTAATTCTGGTCGGATGACATTCCTAGTTACAAATAGgtattacaatgtggtttcttcttgagtttttgtctcttccaagtg
ggtaagttttttcctttgctatttggatgtatatcgttccaataaataaatttatcattagtattgataagcaattgggtgttcttttattgcagaagttaccagttcttgttgcattgtttatccatgtcacattttttcttgtttttgcagCTTATGGGATTATACACATGTTGTTATGAATTACCTTTGTGGAAAGT
GTGGAGGAAGTGGAACTGCACCTCGTGATGATGAGTGGCTAGACCATTTTGATGTAGTCATTACTGGCAGGTTCTCTTTCTGCTTGTTAGAAAATTCAGAAGGCATTTTTATTTCTCTTCTTTTTATTCTCCGATGGTGCAAGAAGCAGACATGCTTGAGTAGGAAATAATATTATTAGATGTCCTAGGTTCGTCTTGTA
CCGTGAGTGATTTGGGGAACCAATAGTTTGAAATCATCTGAAAAGACCTCTGAATATGCTGAAATGTAAAATTGTTGCCATGGTAAAGTTGTACACTATCTAAATATCTTTATATCCTCGCAGCAAAACAATAAAGACATGAGATAGAAAAAAAAAACATATACATTGATTAAGTTGCCACACTATTTAATTCATGTAGA
GGTGTTATATACATGTACAACTTTTGTTGTTAGATGCCACCACTTTCCGCTCCTATTTTAGGGCTGTGCTTCTCTTATACATTCTCCTACAGGTTATGACACCTCACTCCATATGTGACATTCTTCTATTAATGTTCATTTCCCTCATATTTACTTACATGAAACTTTTATCCTACCTAGTCGGGCTGACTTGACTCAAT
TTTTTGGGAAATCTTTTGCGAGGTGGCTGTTAACTTGGCTAGCTAGCTCAATTTGACATGACCAAGTCATTTAAAAACTTGTGACTTTACCGAGTTAGACATGATTGGGCTGAGTTCTTGTCTGTAGACATGCCAACCTACTAGTAGGGTCCAAAAAATGCATAGAAGACAAAATCCCTAATCAGCAAGTGATATGGCTC
CCTCGCTCTTGAGCATCAGTGTTTCCAGAATCATTTCCAGGATATTCAGTAGACCCATGGATAGTTTCAATAGACCCACAGTTCGTTATGGTTTGGAGGTCATGGCGCATAATTTATTGGAGTTGAATTGGGCCATGACTGAGAGGGTTCGTGTTCTTATGCTTTGTCACGTCATTGAATGTAAGAGGACTATTCCCCAG
GCCATTATTCTGGTAGAGTTTGTGGCCTCCCCCTCCAGGATTGAAACCATCTTTGGTCTAGTTTCCCTCTTGCACAAAGTTTGACGATTTGCAAAGTTTTCAATAGGCATGGACTGCTAGCTTGATCTTGCCTACCACTCTTTGAAGGCCATAGCCACTTCTAGTACCTCTATTCAAGCACATTTTTGGTTTGCGAAGGC
CTTCCGTCTACTTTAATGAGCTGGTATCTCAATCAACTTCCTTC
Intron 6 GTATGCCTGT ... GACATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.83 | 83 | 2 | 37 |
| A2 | 24.64 | 52 | 0 | 17 |
| A3 | 36.27 | 65 | 7 | 37 |
| A4 | 27.71 | 60 | 0 | 23 |
| A5 | 29.09 | 39 | 4 | 16 |
| A6 | 12 | 22 | 0 | 3 |
| A7 | 22.62 | 65 | 0 | 19 |
| A8 | 22.81 | 44 | 0 | 13 |
| A9 | 19.05 | 68 | 0 | 16 |
| A10 | 11.67 | 53 | 0 | 7 |
>TRINITY_DN112224_c0_g1_i16 from sample A5 / Example spliced isoformGGAGGAGTCTTACAAAGAGTAAAAGTTTACAAACAAACAAATTCCATCGGATGGGATTGTTTGATCGAATCTATCAGTTTCAGTGCGATCAATTCAGAAGCACGACGATTTTTGCAATGCCAGATGGAAGAATTGATGAGCGATCGATAATCAACCACCTTGATACCTATATACACTATTTGTCGGCAATTACATGAATA
TTTTTACTCGGAGGTCACTGTTTCGATCCCGATGCCATGTGAATTTCATCGTTCCATCCGCCAACGTTGCTTTTTTATTTCCACGGTCCGTGAATTCACCGTTCCATCCGGCAAATTGCTTTTTATTTCCATGGTCCGTGACTTGCCCGGGACGAGGCCGGGTAGTTAGTATTTCCCTAAATACTGTCGCATTTCATTAA
TTAAACCGCGGATTTATGCGCTTAAGGATGCTTCCATGGCGTTAACCCATAGATATTTATCCACTGAAATCTCTCAGGTCTGTCGGTGCTAAATGCTGTAATTCCTTTAGCCTCTTAGAGTTTGAATTTTATCTCGAAATCTCGAGTTCGAATCTCTGGAACATTTACTATAGTTTTCAGTCCATTTTGAGGCATGGCAG
CCGTTCCCTGTTCAAACTCGCTTGCTCTCGTTGCACAAGAGAAACGACCATTTCAATCAAGCAGGGGAGTTCTTTCAGGTTTTCTCTACAAGAGGAATAGAGCAGCTGCATTCAAGAAGGTGTGGGACAGAGGATTCTCTGTGACAGATTCAAGAAATCGTAAATTAGCAGTTATTTGCTGTACGTCCACGCAGGACGCA
GCGTCTCAGCTCGGAGAGCCTGCGGAATTTACCGTTATGCGAATTCACTACAACAGGAAAGATCGGAAGTATGAAAATTGGGGGCTTCATGCCTGGGGAGATGTAAATGTACATACCTTTTGGGAGAAGCCTTTATATGCCACAGGTTCTGATGGATTTGGCCTATATTGGGATGTTCAACTGAAGCCGAAGGGAGTATT
AAATTTTGTTATTCATAAAGGTGAAATCAAGGATTGTTCTAGATCGATATTGATTGGACATGCTGATGTCTGGGTGATTTCTGAGTGTTCCACAGTATTTACAGAGAAACCAGACCTTGATTCAATGCCTAAGGGTGATCTTTCTTTTTCAAGAGCCTATTGGGTCAGTCAGAACTTACTTGCATGGAACATGGAGATAG
AACATGCTCAGTTCTACATGTTTGCCAGCAAAAATGCTAATTTGACTCTTTCAGCTGGAGGAGTGAAAGGGGAAGATTTGGTAATTCGACTAGAAGAGGAACAAGGCAGACTTCCTACAAAGGTAATTGAAAAGTTCCCTCACATTGCACATTACAAGCCTCTCAAGCTGCCAGTTGGTGTGGATGCAAAGGATTTGGTC
AAATCACAACTTGTGATTGCATGCATTGATGCTGATGGAGTTCCTGTGGACGCAACGGGAATACAGTTACCAGGTGTATTGGATGATATCTTCTCTTACGATGGCCCACTTGGACCCATATTTACTCAGAATTCTGTGATGCTTCATCTTTGGGCCCCAACTGCTCAATGTGTACGTGTCTTGGTTTATTCAAGTCCTTC
AGGTGGATCACCGCTAGAATCTGTTCAAATGAAAGAAGACAATGGTGTTTGGAGTGTTTGTGGACCAAAAACCTGGGAAGGAAAATACTATCTATATGAAGTTACAGTGTTTCATGCTAGCACTCAACATGTTGAAACATGTTTAGTAAATGATCCTTATTCTCGAGGGCTTTCAGCAAATGGAGAAAGATCTTTGTTTG
TTGATTTGAATGATGGGGCATTGAAACCTGAAGGATGGGATAGCTTGGCAGCTGAAAAGCCACTGTTGGAAGCATTTACGGACATAACTATTTATGAGTTACACATCAGGGATTTCAGTGTGGGTGATAAAAGTGTGGAACCAAATCTACGGGGAACATATCTTGCTTTTACATTACCAGATTCTGCAGGTGTGTGCCAT
TTGAAGAAGCTGGTCGAGTCTGGTCTCACACATTTGCACCTGTTACCCAGCTTTCACTTTGCTGCAGTTGATGACAAGAAAGAGAACTGGAAGTTTATTGATGAGGAAAAGTTGGCTTCACTACCTCCAGATTCAGAGGAGCAACAAGCTCAAATTGTTGCTACTCAAGATGAAGATGGTTATAATTGGGGATACAATCC
AGTCCTTTGGGGTGTGCCAAAAGGGAGTTATTCAACAAATCCAAATGGTTCATGTCGTACACTGGAATTTAGGAAAATGGTTCAGGCTCTAAACAGTATTGGTCTAAGGGTTATAATGGATGTTGTCTACAACCATCTGCATGCAAGTGGATCAAATGATAAGGATTCTGTCCTTGACAAGGTTGTTCCTGGCTATTATC
TTCGAAGAAATATAGATGGGCTTGTGGAGAACAGTGCATGTGTGAACAACACTGCCAGTGAGCATTACATGGTAAATCGATTGATAATTGATGATCTTCTTCTCTGGGCAACGGAGTATAAGGTTGATGGATTTCGGTTTGATCTTATGGGACATTTGATGAAAAATACCATGGTTAGTGCAAGAAATGCACTTGATAAA
TTGTCAAAGGAGAAAACTGGCGTAGATGGTACTAAGATTTACTTATATGGAGAAGGATGGGATTTCGGTGAGGTTGCACAGAATGGACGGGGGATAAATGCATCCCAATTAAATATCACAGGAACAGGCATTGGGAGTTTTAATGATCGCATACGTGACTCAGTGCTTGGTGGTTCTCCATTTGGTCCTCCTCTTCAACA
AGGTTTTGTAACAGGCTTATCTTTACAGCCAAACGAGCACAACCACGGCGAGAAGGATGATGTAAAAATGTATCTTGCATCAATAACTGATTGGATTCATGT
>TRINITY_DN112224_c0_g1_i36 from sample A5 / Example unspliced isoform:TGAAGATGGTTATAATTGGGGgtatgcctgttacagtctttacaatttggaaaacatgaacttgtgtgcatttggttgtacctggaaatcaactttccttgtttgcactttctggacatggcagATACAATCCAGTCCTTTGGGGTGTGCCAAAAGGGAGTTATTCAACAAATCCAAATGGTTCATGTCGTACACTGGAA
TTTAGGAAAATGGTTCAGGCTCTAAACAGTATTGGTCTAAGGGTTATAATGGATGTTGTCTACAACCATCTGCATGCAAGTGGATCAAATGATAAGGATTCTGTCCTTGACAAGGTTGTTCCTGGCTATTATCTTCGAAGAAATATAGATGGGCTTGTGGAGAACAGTGCATGTGTGAACAACACTGCCAGTGAGCATTA
CATGGTAAATCGATTGATAATTGATGATCTTCTTCTCTGGGCAACGGAGTATAAGGTTGATGGATTTCGGTTTGATCTTATGGGACATTTGATGAAAAATACCATGGTTAGTGCAAGAAATGCACTTGATAAATTGTCAAAGGAGAAAACTGGCGTAGATGGTACTAAGATTTACTTATATGGAGAAGGATGGGATTTCG
GTGAGGTTGCACAGAATGGACGGGGGATAAATGCATCCCAATTAAATATCACAGGAACAGGCATTGGGAGTTTTAATGATCGCATACGTGACTCAGTGCTTGGTGGTTCTCCATTTGGTCCTCCTCTTCAACAAGGTTTTGTAACAGGCTTATCTTTA
Intron 7 GTTTGTCTTG ... GTTATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.9 | 106 | 33 | 23 |
| A2 | 12.56 | 87 | 19 | 6 |
| A3 | 14.56 | 88 | 21 | 9 |
| A4 | 15.12 | 73 | 16 | 10 |
| A5 | 16.24 | 49 | 9 | 10 |
| A6 | 10 | 18 | 4 | 0 |
| A7 | 2.27 | 86 | 4 | 0 |
| A8 | 0 | 33 | 0 | 0 |
| A9 | 6.35 | 59 | 8 | 0 |
| A10 | 6.29 | 67 | 9 | 0 |
>TRINITY_DN112224_c0_g1_i37 from sample A5 / Example spliced isoformGGAGGAGTCTTACAAAGAGTAAAAGTTTACAAACAAACAAATTCCATCGGATGGGATTGTTTGATCGAATCTATCAGTTTCAGTGCGATCAATTCAGAAGCACGACGATTTTTGCAATGCCAGATGGAAGAATTGATGAGCGATCGATAATCAACCACCTTGATACCTATATACACTATTTGTCGGCAATTACATGAATA
TTTTTACTCGGAGGTCACTGTTTCGATCCCGATGCCATGTGAATTTCATCGTTCCATCCGCCAACGTTGCTTTTTTATTTCCACGGTCCGTGAATTCACCGTTCCATCCGGCAAATTGCTTTTTATTTCCATGGTCCGTGACTTGCCCGGGACGAGGCCGGGTAGTTAGTATTTCCCTAAATACTGTCGCATTTCATTAA
TTAAACCGCGGATTTATGCGCTTAAGGATGCTTCCATGGCGTTAACCCATAGATATTTATCCACTGAAATCTCTCAGGTCTGTCGGTGCTAAATGCTGTAATTCCTTTAGCCTCTTAGAGTTTGAATTTTATCTCGAAATCTCGAGTTCGAATCTCTGGAACATTTACTATAGTTTTCAGTCCATTTTGAGGCATGGCAG
CCGTTCCCTGTTCAAACTCGCTTGCTCTCGTTGCACAAGAGAAACGACCATTTCAATCAAGCAGGGGAGTTCTTTCAGGTTTTCTCTACAAGAGGAATAGAGCAGCTGCATTCAAGAAGGTGTGGGACAGAGGATTCTCTGTGACAGATTCAAGAAATCGTAAATTAGCAGTTATTTGCTGTACGTCCACGCAGGACGCA
GCGTCTCAGCTCGGAGAGCCTGCGGAATTTACCGTTATGCGAATTCACTACAACAGGAAAGATCGGAAGTATGAAAATTGGGGGCTTCATGCCTGGGGAGATGTAAATGTACATACCTTTTGGGAGAAGCCTTTATATGCCACAGGTTCTGATGGATTTGGCCTATATTGGGATGTTCAACTGAAGCCGAAGGGAGTATT
AAATTTTGTTATTCATAAAGGTGAAATCAAGGATTGTTCTAGATCGATATTGATTGGACATGCTGATGTCTGGGTGATTTCTGAGTGTTCCACAGTATTTACAGAGAAACCAGACCTTGATTCAATGCCTAAGGGTGATCTTTCTTTTTCAAGAGCCTATTGGGTCAGTCAGAACTTACTTGCATGGAACATGGAGATAG
AACATGCTCAGTTCTACATGTTTGCCAGCAAAAATGCTAATTTGACTCTTTCAGCTGGAGGAGTGAAAGGGGAAGATTTGGTAATTCGACTAGAAGAGGAACAAGGCAGACTTCCTACAAAGGTAATTGAAAAGTTCCCTCACATTGCACATTACAAGCCTCTCAAGCTGCCAGTTGGTGTGGATGCAAAGGATTTGGTC
AAATCACAACTTGTGATTGCATGCATTGATGCTGATGGAGTTCCTGTGGACGCAACGGGAATACAGTTACCAGGTGTATTGGATGATATCTTCTCTTACGATGGCCCACTTGGACCCATATTTACTCAGAATTCTGTGATGCTTCATCTTTGGGCCCCAACTGCTCAATGTGTACGTGTCTTGGTTTATTCAAGTCCTTC
AGGTGGATCACCGCTAGAATCTGTTCAAATGAAAGAAGACAATGGTGTTTGGAGTGTTTGTGGACCAAAAACCTGGGAAGGAAAATACTATCTATATGAAGTTACAGTGTTTCATGCTAGCACTCAACATGTTGAAACATGTTTAGTAAATGATCCTTATTCTCGAGGGCTTTCAGCAAATGGAGAAAGATCTTTGTTTG
TTGATTTGAATGATGGGGCATTGAAACCTGAAGGATGGGATAGCTTGGCAGCTGAAAAGCCACTGTTGGAAGCATTTACGGACATAACTATTTATGAGTTACACATCAGGGATTTCAGTGTGGGTGATAAAAGTGTGGAACCAAATCTACGGGGAACATATCTTGCTTTTACATTACCAGATTCTGCAGGTGTGTGCCAT
TTGAAGAAGCTGGTCGAGTCTGGTCTCACACATTTGCACCTGTTACCCAGCTTTCACTTTGCTGCAGTTGATGACAAGAAAGAGAACTGGAAGTTTATTGGTGGGTTAAATTTATTTCTATGTGTGATGTCTAAATAAGAACAAAAAAGAATGAAAGATACTTTTTCCCATCCCTTATTTTCCTCATGTTTATCTCCCTG
TAGTTATCCAAATTTTGGATAGGATCTCAGTCTTAAGAGGAAAATATCAACTGCATCTTGTTTTGTCTTGTACGATAAAGAGAAAATAAGGGTATCGTCTACTTAGTCTTTGACAAATGCTTTCCTATTTGAAAATAAATTGCACAGA
>TRINITY_DN112224_c0_g1_i34 from sample A5 / Example unspliced isoform:GGAGGAGTCTTACAAAGAGTAAAAGTTTACAAACAAACAAATTCCATCGGATGGGATTGTTTGATCGAATCTATCAGTTTCAGTGCGATCAATTCAGAAGCACGACGATTTTTGCAATGCCAGATGGAAGAATTGATGAGCGATCGATAATCAACCACCTTGATACCTATATACACTATTTGTCGGCAATTACATGAATA
TTTTTACTCGGAGGTCACTGTTTCGATCCCGATGCCATGTGAATTTCATCGTTCCATCCGCCAACGTTGCTTTTTTATTTCCACGGTCCGTGAATTCACCGTTCCATCCGGCAAATTGCTTTTTATTTCCATGGTCCGTGACTTGCCCGGGACGAGGCCGGGTAGTTAGTATTTCCCTAAATACTGTCGCATTTCATTAA
TTAAACCGCGGATTTATGCGCTTAAGGATGCTTCCATGGCGTTAACCCATAGATATTTATCCACTGAAATCTCTCAGTCCATTTTGAGGCATGGCAGCCGTTCCCTGTTCAAACTCGCTTGCTCTCGTTGCACAAGAGAAACGACCATTTCAATCAAGCAGGGGAGTTCTTTCAGGTTTTCTCTACAAGAGGAATAGAGC
AGCTGCATTCAAGAAGGTGTGGGACAGAGGATTCTCTGTGACAGATTCAAGAAATCGTAAATTAGCAGTTATTTGCTGTACGTCCACGCAGGACGCAGCGTCTCAGCTCGGAGAGCCTGCGGAATTTACCGTTATGCGAATTCACTACAACAGGAAAGATCGGAAGTATGAAAATTGGGGGCTTCATGCCTGGGGAGATG
TAAATGTACATACCTTTTGGGAGAAGCCTTTATATGCCACAGGTTCTGATGGATTTGGCCTATATTGGGATGTTCAACTGAAGCCGAAGGGAGTATTAAATTTTGTTATTCATAAAGGTGAAATCAAGGATTGTTCTAGATCGATATTGATTGGACATGCTGATGTCTGGGTGATTTCTGAGTGTTCCACAGTATTTACA
GAGAAACCAGACCTTGATTCAATGCCTAAGGGTGATCTTTCTTTTTCAAGAGCCTATTGGGTCAGTCAGAACTTACTTGCATGGAACATGGAGATAGAACATGCTCAGTTCTACATGTTTGCCAGCAAAAATGCTAATTTGACTCTTTCAGCTGGAGGAGTGAAAGGGGAAGATTTGGTAATTCGACTAGAAGAGGAACA
AGGCAGACTTCCTACAAAGGTAATTGAAAAGTTCCCTCACATTGCACATTACAAGCCTCTCAAGCTGCCAGTTGGTGTGGATGCAAAGGATTTGGTCAAATCACAACTTGTGATTGCATGCATTGATGCTGATGGAGTTCCTGTGGACGCAACGGGAATACAGTTACCAGGTGTATTGGATGATATCTTCTCTTACGATG
GCCCACTTGGACCCATATTTACTCAGAATTCTGTGATGCTTCATCTTTGGGCCCCAACTGCTCAAGTAGTTATCTTGTTTCAGTTTTTTCCTTTGTTGTTACTCTATATCTATGCAGCATTCTTTCTTATTGCAATTGGAATATCAGTTTCATTTATTGTTTTCTCTTTATTTTGTCAATGCTCCTAATGATGTGTCAGA
AAATAGACTAACAAGTTCTAGAACAGTGTGTACGTGTCTTGGTTTATTCAAGTCCTTCAGGTGGATCACCGCTAGAATCTGTTCAAATGAAAGAAGACAATGGTGTTTGGAGTGTTTGTGGACCAAAAACCTGGGAAGGAAAATACTATCTATATGAAGTTACAGTGTTTCATGCTAGCACTCAACATGTTGAAACATGT
TTAGTAAATGATCCTTATTCTCGAGGGCTTTCAGCAAATGGAGAAAGATCTTTGTTTGTTGATTTGAATGATGGGGCATTGAAACCTGAAGGATGGGATAGCTTGGCAGCTGAAAAGCCACTGTTGGAAGCATTTACGGACATAACTATTTATGAGTTACACATCAGGGATTTCAGgtttgtcttgtcagcagtctgttt
ttcatttcccatattgtgatagtaacagtcaaggatgttactatcacatcctgcgaatgaatattcaagagtgttgttgactatatttatttaaaaagggtatttatattattgaattattctaactttagaaaagggaaaaatatgcatggatcctgaacctcctacctgaaggatagcgatgaattgcttttcacaag
gaaagtcttaagcatacatttaaatctaccttatattccagctaattttgttgggggtgagtgtgggtttggtcgagtatgactgattgaactgctctaccatgtttgggactgtttgttattgaatataaagatgcccacttttcttatctagttttcttgtttctcttgtgctttttttcaaaatcttggggccactt
tcttttggaagtattcaaagacaatatctctaaattgttttgctattattgttgtgcattcttcacaatctctacatcagttttacatttcatattttgcctagttttataatcccagagataatacactcttctgagttttatacctccaatatattggtgctatctgttagttttatgagcttttaggacaaacaata
acccaatttaaattgattctgtgaaagcagttttcattttcacaacattcactgattaggtaaaatatagtgattgcaacttttaatttgagttttccttgttattgcagTGTGGGTGATAAAAGTGTGGAACCAAATCTACGGGGAACATATCTTGCTTTTACATTACCAGTACGTTTTTCAGTCTTTTCATGCAGTTT
TATAGAAATGATAACAATTCTTTTTGTTTAAACTTATGCGATTTTCTTAATTTAGCATTTATTAGTTGAGTTTCTTCATCTGTTGATTTATTGCATTATATCTTCTCATCCTCAAGTTCTCTAATGGACGCAACCCATTAATCAGGGCTTGCTAACAATTATAGCAGGTTCTATATGTTGTAGAAATTTCCTTATATGAC
TTTTATTGCAAATCCATAAATTTTGCCTCTCAATAGAGGCCTCCCAAATCTAATTCTTGAGAG
Intron 8 GTCTGTCGGT ... TAGTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.21 | 67 | 98 | 74 |
| A2 | 59.07 | 44 | 57 | 70 |
| A3 | 58.72 | 45 | 63 | 65 |
| A4 | 60.41 | 39 | 54 | 65 |
| A5 | 56.36 | 24 | 23 | 39 |
| A6 | 50 | 7 | 9 | 5 |
| A7 | 51.81 | 20 | 22 | 21 |
| A8 | 42.86 | 12 | 12 | 6 |
| A9 | 53.19 | 22 | 24 | 26 |
| A10 | 53.66 | 19 | 22 | 22 |
>TRINITY_DN112224_c0_g1_i34 from sample A5 / Example spliced isoformGGAGGAGTCTTACAAAGAGTAAAAGTTTACAAACAAACAAATTCCATCGGATGGGATTGTTTGATCGAATCTATCAGTTTCAGTGCGATCAATTCAGAAGCACGACGATTTTTGCAATGCCAGATGGAAGAATTGATGAGCGATCGATAATCAACCACCTTGATACCTATATACACTATTTGTCGGCAATTACATGAATA
TTTTTACTCGGAGGTCACTGTTTCGATCCCGATGCCATGTGAATTTCATCGTTCCATCCGCCAACGTTGCTTTTTTATTTCCACGGTCCGTGAATTCACCGTTCCATCCGGCAAATTGCTTTTTATTTCCATGGTCCGTGACTTGCCCGGGACGAGGCCGGGTAGTTAGTATTTCCCTAAATACTGTCGCATTTCATTAA
TTAAACCGCGGATTTATGCGCTTAAGGATGCTTCCATGGCGTTAACCCATAGATATTTATCCACTGAAATCTCTCAGTCCATTTTGAGGCATGGCAGCCGTTCCCTGTTCAAACTCGCTTGCTCTCGTTGCACAAGAGAAACGACCATTTCAATCAAGCAGGGGAGTTCTTTCAGGTTTTCTCTACAAGAGGAATAGAGC
AGCTGCATTCAAGAAGGTGTGGGACAGAGGATTCTCTGTGACAGATTCAAGAAATCGTAAATTAGCAGTTATTTGCTGTACGTCCACGCAGGACGCAGCGTCTCAGCTCGGAGAGCCTGCGGAATTTACCGTTATGCGAATTCACTACAACAGGAAAGATCGGAAGTATGAAAATTGGGGGCTTCATGCCTGGGGAGATG
TAAATGTACATACCTTTTGGGAGAAGCCTTTATATGCCACAGGTTCTGATGGATTTGGCCTATATTGGGATGTTCAACTGAAGCCGAAGGGAGTATTAAATTTTGTTATTCATAAAGGTGAAATCAAGGATTGTTCTAGATCGATATTGATTGGACATGCTGATGTCTGGGTGATTTCTGAGTGTTCCACAGTATTTACA
GAGAAACCAGACCTTGATTCAATGCCTAAGGGTGATCTTTCTTTTTCAAGAGCCTATTGGGTCAGTCAGAACTTACTTGCATGGAACATGGAGATAGAACATGCTCAGTTCTACATGTTTGCCAGCAAAAATGCTAATTTGACTCTTTCAGCTGGAGGAGTGAAAGGGGAAGATTTGGTAATTCGACTAGAAGAGGAACA
AGGCAGACTTCCTACAAAGGTAATTGAAAAGTTCCCTCACATTGCACATTACAAGCCTCTCAAGCTGCCAGTTGGTGTGGATGCAAAGGATTTGGTCAAATCACAACTTGTGATTGCATGCATTGATGCTGATGGAGTTCCTGTGGACGCAACGGGAATACAGTTACCAGGTGTATTGGATGATATCTTCTCTTACGATG
GCCCACTTGGACCCATATTTACTCAGAATTCTGTGATGCTTCATCTTTGGGCCCCAACTGCTCAAGTAGTTATCTTGTTTCAGTTTTTTCCTTTGTTGTTACTCTATATCTATGCAGCATTCTTTCTTATTGCAATTGGAATATCAGTTTCATTTATTGTTTTCTCTTTATTTTGTCAATGCTCCTAATGATGTGTCAGA
AAATAGACTAACAAGTTCTAGAACAGTGTGTACGTGTCTTGGTTTATTCAAGTCCTTCAGGTGGATCACCGCTAGAATCTGTTCAAATGAAAGAAGACAATGGTGTTTGGAGTGTTTGTGGACCAAAAACCTGGGAAGGAAAATACTATCTATATGAAGTTACAGTGTTTCATGCTAGCACTCAACATGTTGAAACATGT
TTAGTAAATGATCCTTATTCTCGAGGGCTTTCAGCAAATGGAGAAAGATCTTTGTTTGTTGATTTGAATGATGGGGCATTGAAACCTGAAGGATGGGATAGCTTGGCAGCTGAAAAGCCACTGTTGGAAGCATTTACGGACATAACTATTTATGAGTTACACATCAGGGATTTCAGGTTTGTCTTGTCAGCAGTCTGTTT
TTCATTTCCCATATTGTGATAGTAACAGTCAAGGATGTTACTATCACATCCTGCGAATGAATATTCAAGAGTGTTGTTGACTATATTTATTTAAAAAGGGTATTTATATTATTGAATTATTCTAACTTTAGAAAAGGGAAAAATATGCATGGATCCTGAACCTCCTACCTGAAGGATAGCGATGAATTGCTTTTCACAAG
GAAAGTCTTAAGCATACATTTAAATCTACCTTATATTCCAGCTAATTTTGTTGGGGGTGAGTGTGGGTTTGGTCGAGTATGACTGATTGAACTGCTCTACCATGTTTGGGACTGTTTGTTATTGAATATAAAGATGCCCACTTTTCTTATCTAGTTTTCTTGTTTCTCTTGTGCTTTTTTTCAAAATCTTGGGGCCACTT
TCTTTTGGAAGTATTCAAAGACAATATCTCTAAATTGTTTTGCTATTATTGTTGTGCATTCTTCACAATCTCTACATCAGTTTTACATTTCATATTTTGCCTAGTTTTATAATCCCAGAGATAATACACTCTTCTGAGTTTTATACCTCCAATATATTGGTGCTATCTGTTAGTTTTATGAGCTTTTAGGACAAACAATA
ACCCAATTTAAATTGATTCTGTGAAAGCAGTTTTCATTTTCACAACATTCACTGATTAGGTAAAATATAGTGATTGCAACTTTTAATTTGAGTTTTCCTTGTTATTGCAGTGTGGGTGATAAAAGTGTGGAACCAAATCTACGGGGAACATATCTTGCTTTTACATTACCAGTACGTTTTTCAGTCTTTTCATGCAGTTT
TATAGAAATGATAACAATTCTTTTTGTTTAAACTTATGCGATTTTCTTAATTTAGCATTTATTAGTTGAGTTTCTTCATCTGTTGATTTATTGCATTATATCTTCTCATCCTCAAGTTCTCTAATGGACGCAACCCATTAATCAGGGCTTGCTAACAATTATAGCAGGTTCTATATGTTGTAGAAATTTCCTTATATGAC
TTTTATTGCAAATCCATAAATTTTGCCTCTCAATAGAGGCCTCCCAAATCTAATTCTTGAGAG
>TRINITY_DN112224_c0_g1_i13 from sample A5 / Example unspliced isoform:GGAGGAGTCTTACAAAGAGTAAAAGTTTACAAACAAACAAATTCCATCGGATGGGATTGTTTGATCGAATCTATCAGTTTCAGTGCGATCAATTCAGAAGCACGACGATTTTTGCAATGCCAGATGGAAGAATTGATGAGCGATCGATAATCAACCACCTTGATACCTATATACACTATTTGTCGGCAATTACATGAATA
TTTTTACTCGGAGGTCACTGTTTCGATCCCGATGCCATGTGAATTTCATCGTTCCATCCGCCAACGTTGCTTTTTTATTTCCACGGTCCGTGAATTCACCGTTCCATCCGGCAAATTGCTTTTTATTTCCATGGTCCGTGACTTGCCCGGGACGAGGCCGGGTAGTTAGTATTTCCCTAAATACTGTCGCATTTCATTAA
TTAAACCGCGGATTTATGCGCTTAAGGATGCTTCCATGGCGTTAACCCATAGATATTTATCCACTGAAATCTCTCAGgtctgtcggtgctaaatgctgtaattcctttagcctcttagagtttgaattttatctcgaaatctcgagttcgaatctctggaacatttactatagttttcagTCCATTTTGAGGCATGGCAG
CCGTTCCCTGTTCAAACTCGCTTGCTCTCGTTGCACAAGAGAAACGACCATTTCAATCAAGCAGGGGAGTTCTTTCAGGTTTTCTCTACAAGAGGAATAGAGCAGCTGCATTCAAGAAGGTGTGGGACAGAGGATTCTCTGTGACAGATTCAAGAAATCGTAAATTAGCAGTTATTTGCTGTACGTCCACGCAGGACGCA
GCGTCTCAGCTCGGAGAGCCTGCGGAATTTACCGTTATGCGAATTCACTACAACAGGAAAGATCGGAAGTATGAAAATTGGGGGCTTCATGCCTGGGGAGATGTAAATGTACATACCTTTTGGGAGAAGCCTTTATATGCCACAGGTTCTGATGGATTTGGCCTATATTGGGATGTTCAACTGAAGCCGAAGGGAGTATT
AAATTTTGTTATTCATAAAGGTGAAATCAAGGATTGTTCTAGATCGATATTGATTGGACATGCTGATGTCTGGGTGATTTCTGAGTGTTCCACAGTATTTACAGAGAAACCAGACCTTGATTCAATGCCTAAGGTTCATGAATTAGAATTAATTTCTTCAGTTCCATCATAAACCCTTGTTTGTGTTGCCAATAAAGTTT
AATTTGTTTCGGCTTTAGTATACAGGATTTCCTTCAAAATGTTTTCCTTATATTAGTTGAATTTGGTATTCTTCCCTAAAACAATTGTTTAGGCAAACTAAAAGGGATAGGAAAAGAACTGATGGAAATAAATGGATGGAGCATAGTTACAATGGAACTTTGAAATGGAAAACATTGATCTATTTTTAAATGCAGCAAGG
TTCAAACAGGGTTTCAGTTAGGATTAAATATACAAGACAGTGCAAGTTTAACTACTCGAAACATAAGACTGTTAGGCTCAATACTAAATTGGTTCAATA
Intron 9 GTAGTTATCT ... TCTAGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 49.64 | 35 | 34 | 35 |
| A2 | 36.05 | 55 | 29 | 33 |
| A3 | 37.04 | 51 | 16 | 44 |
| A4 | 37.93 | 36 | 22 | 22 |
| A5 | 47.62 | 22 | 17 | 23 |
| A6 | 42.86 | 8 | 8 | 4 |
| A7 | 21.62 | 29 | 7 | 9 |
| A8 | 40 | 9 | 6 | 6 |
| A9 | 29.03 | 22 | 11 | 7 |
| A10 | 26.73 | 37 | 13 | 14 |
>TRINITY_DN112224_c0_g1_i37 from sample A5 / Example spliced isoformGGAGGAGTCTTACAAAGAGTAAAAGTTTACAAACAAACAAATTCCATCGGATGGGATTGTTTGATCGAATCTATCAGTTTCAGTGCGATCAATTCAGAAGCACGACGATTTTTGCAATGCCAGATGGAAGAATTGATGAGCGATCGATAATCAACCACCTTGATACCTATATACACTATTTGTCGGCAATTACATGAATA
TTTTTACTCGGAGGTCACTGTTTCGATCCCGATGCCATGTGAATTTCATCGTTCCATCCGCCAACGTTGCTTTTTTATTTCCACGGTCCGTGAATTCACCGTTCCATCCGGCAAATTGCTTTTTATTTCCATGGTCCGTGACTTGCCCGGGACGAGGCCGGGTAGTTAGTATTTCCCTAAATACTGTCGCATTTCATTAA
TTAAACCGCGGATTTATGCGCTTAAGGATGCTTCCATGGCGTTAACCCATAGATATTTATCCACTGAAATCTCTCAGGTCTGTCGGTGCTAAATGCTGTAATTCCTTTAGCCTCTTAGAGTTTGAATTTTATCTCGAAATCTCGAGTTCGAATCTCTGGAACATTTACTATAGTTTTCAGTCCATTTTGAGGCATGGCAG
CCGTTCCCTGTTCAAACTCGCTTGCTCTCGTTGCACAAGAGAAACGACCATTTCAATCAAGCAGGGGAGTTCTTTCAGGTTTTCTCTACAAGAGGAATAGAGCAGCTGCATTCAAGAAGGTGTGGGACAGAGGATTCTCTGTGACAGATTCAAGAAATCGTAAATTAGCAGTTATTTGCTGTACGTCCACGCAGGACGCA
GCGTCTCAGCTCGGAGAGCCTGCGGAATTTACCGTTATGCGAATTCACTACAACAGGAAAGATCGGAAGTATGAAAATTGGGGGCTTCATGCCTGGGGAGATGTAAATGTACATACCTTTTGGGAGAAGCCTTTATATGCCACAGGTTCTGATGGATTTGGCCTATATTGGGATGTTCAACTGAAGCCGAAGGGAGTATT
AAATTTTGTTATTCATAAAGGTGAAATCAAGGATTGTTCTAGATCGATATTGATTGGACATGCTGATGTCTGGGTGATTTCTGAGTGTTCCACAGTATTTACAGAGAAACCAGACCTTGATTCAATGCCTAAGGGTGATCTTTCTTTTTCAAGAGCCTATTGGGTCAGTCAGAACTTACTTGCATGGAACATGGAGATAG
AACATGCTCAGTTCTACATGTTTGCCAGCAAAAATGCTAATTTGACTCTTTCAGCTGGAGGAGTGAAAGGGGAAGATTTGGTAATTCGACTAGAAGAGGAACAAGGCAGACTTCCTACAAAGGTAATTGAAAAGTTCCCTCACATTGCACATTACAAGCCTCTCAAGCTGCCAGTTGGTGTGGATGCAAAGGATTTGGTC
AAATCACAACTTGTGATTGCATGCATTGATGCTGATGGAGTTCCTGTGGACGCAACGGGAATACAGTTACCAGGTGTATTGGATGATATCTTCTCTTACGATGGCCCACTTGGACCCATATTTACTCAGAATTCTGTGATGCTTCATCTTTGGGCCCCAACTGCTCAATGTGTACGTGTCTTGGTTTATTCAAGTCCTTC
AGGTGGATCACCGCTAGAATCTGTTCAAATGAAAGAAGACAATGGTGTTTGGAGTGTTTGTGGACCAAAAACCTGGGAAGGAAAATACTATCTATATGAAGTTACAGTGTTTCATGCTAGCACTCAACATGTTGAAACATGTTTAGTAAATGATCCTTATTCTCGAGGGCTTTCAGCAAATGGAGAAAGATCTTTGTTTG
TTGATTTGAATGATGGGGCATTGAAACCTGAAGGATGGGATAGCTTGGCAGCTGAAAAGCCACTGTTGGAAGCATTTACGGACATAACTATTTATGAGTTACACATCAGGGATTTCAGTGTGGGTGATAAAAGTGTGGAACCAAATCTACGGGGAACATATCTTGCTTTTACATTACCAGATTCTGCAGGTGTGTGCCAT
TTGAAGAAGCTGGTCGAGTCTGGTCTCACACATTTGCACCTGTTACCCAGCTTTCACTTTGCTGCAGTTGATGACAAGAAAGAGAACTGGAAGTTTATTGGTGGGTTAAATTTATTTCTATGTGTGATGTCTAAATAAGAACAAAAAAGAATGAAAGATACTTTTTCCCATCCCTTATTTTCCTCATGTTTATCTCCCTG
TAGTTATCCAAATTTTGGATAGGATCTCAGTCTTAAGAGGAAAATATCAACTGCATCTTGTTTTGTCTTGTACGATAAAGAGAAAATAAGGGTATCGTCTACTTAGTCTTTGACAAATGCTTTCCTATTTGAAAATAAATTGCACAGA
>TRINITY_DN112224_c0_g1_i12 from sample A5 / Example unspliced isoform:GGAGGAGTCTTACAAAGAGTAAAAGTTTACAAACAAACAAATTCCATCGGATGGGATTGTTTGATCGAATCTATCAGTTTCAGTGCGATCAATTCAGAAGCACGACGATTTTTGCAATGCCAGATGGAAGAATTGATGAGCGATCGATAATCAACCACCTTGATACCTATATACACTATTTGTCGGCAATTACATGAATA
TTTTTACTCGGAGGTCACTGTTTCGATCCCGATGCCATGTGAATTTCATCGTTCCATCCGCCAACGTTGCTTTTTTATTTCCACGGTCCGTGAATTCACCGTTCCATCCGGCAAATTGCTTTTTATTTCCATGGTCCGTGACTTGCCCGGGACGAGGCCGGGTAGTTAGTATTTCCCTAAATACTGTCGCATTTCATTAA
TTAAACCGCGGATTTATGCGCTTAAGGATGCTTCCATGGCGTTAACCCATAGATATTTATCCACTGAAATCTCTCAGGTCTGTCGGTGCTAAATGCTGTAATTCCTTTAGCCTCTTAGAGTTTGAATTTTATCTCGAAATCTCGAGTTCGAATCTCTGGAACATTTACTATAGTTTTCAGTCCATTTTGAGGCATGGCAG
CCGTTCCCTGTTCAAACTCGCTTGCTCTCGTTGCACAAGAGAAACGACCATTTCAATCAAGCAGGGGAGTTCTTTCAGGTTTTCTCTACAAGAGGAATAGAGCAGCTGCATTCAAGAAGGTGTGGGACAGAGGATTCTCTGTGACAGATTCAAGAAATCGTAAATTAGCAGTTATTTGCTGTACGTCCACGCAGGACGCA
GCGTCTCAGCTCGGAGAGCCTGCGGAATTTACCGTTATGCGAATTCACTACAACAGGAAAGATCGGAAGTATGAAAATTGGGGGCTTCATGCCTGGGGAGATGTAAATGTACATACCTTTTGGGAGAAGCCTTTATATGCCACAGGTTCTGATGGATTTGGCCTATATTGGGATGTTCAACTGAAGCCGAAGGGAGTATT
AAATTTTGTTATTCATAAAGGTGAAATCAAGGATTGTTCTAGATCGATATTGATTGGACATGCTGATGTCTGGGTGATTTCTGAGTGTTCCACAGTATTTACAGAGAAACCAGACCTTGATTCAATGCCTAAGGGTGATCTTTCTTTTTCAAGAGCCTATTGGGTCAGTCAGAACTTACTTGCATGGAACATGGAGATAG
AACATGCTCAGTTCTACATGTTTGCCAGCAAAAATGCTAATTTGACTCTTTCAGCTGGAGGAGTGAAAGGGGAAGATTTGGTAATTCGACTAGAAGAGGAACAAGGCAGACTTCCTACAAAGGTAATTGAAAAGTTCCCTCACATTGCACATTACAAGCCTCTCAAGCTGCCAGTTGGTGTGGATGCAAAGGATTTGGTC
AAATCACAACTTGTGATTGCATGCATTGATGCTGATGGAGTTCCTGTGGACGCAACGGGAATACAGTTACCAGGTGTATTGGATGATATCTTCTCTTACGATGGCCCACTTGGACCCATATTTACTCAGAATTCTGTGATGCTTCATCTTTGGGCCCCAACTGCTCAAgtagttatcttgtttcagttttttcctttgtt
gttactctatatctatgcagcattctttcttattgcaattggaatatcagtttcatttattgttttctctttattttgtcaatgctcctaatgatgtgtcagaaaatagactaacaagttctagaacagTGTGTACGTGTCTTGGTTTATTCAAGTCCTTCAGGTGGATCACCGCTAGAATCTGTTCAAATGAAAGAAGA
CAATGGTGTTTGGAGTGTTTGTGGACCAAAAACCTGGGAAGGAAAATACTATCTATATGAAGTTACAGTGTTTCATGCTAGCACTCAACATGTTGAAACATGTTTAGTAAATGATCCTTATTCTCGAGGGTAATTCTCTGTAACTTTACGATGGATGGAAAAAAATTGTTTTAATTGGGATTTGTAAATTGTCACCTGAA
CTTTATGTCCTAGTTGTTTTTCCTTTACAG
Intron 10 GTTAGTGAGA ... ATGCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.46 | 72.8 | 6 | 11 |
| A2 | 9.38 | 77.7 | 6 | 10 |
| A3 | 9 | 111.2 | 5 | 17 |
| A4 | 3.61 | 66.8 | 1 | 4 |
| A5 | 7.17 | 45.3 | 0 | 7 |
| A6 | 0 | 16.8 | 0 | 0 |
| A7 | 0.75 | 66.2 | 0 | 1 |
| A8 | 0 | 21.8 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 65.7 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 49.8 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN112224_c0_g1_i37 from sample A5 / Example spliced isoformGGAGGAGTCTTACAAAGAGTAAAAGTTTACAAACAAACAAATTCCATCGGATGGGATTGTTTGATCGAATCTATCAGTTTCAGTGCGATCAATTCAGAAGCACGACGATTTTTGCAATGCCAGATGGAAGAATTGATGAGCGATCGATAATCAACCACCTTGATACCTATATACACTATTTGTCGGCAATTACATGAATA
TTTTTACTCGGAGGTCACTGTTTCGATCCCGATGCCATGTGAATTTCATCGTTCCATCCGCCAACGTTGCTTTTTTATTTCCACGGTCCGTGAATTCACCGTTCCATCCGGCAAATTGCTTTTTATTTCCATGGTCCGTGACTTGCCCGGGACGAGGCCGGGTAGTTAGTATTTCCCTAAATACTGTCGCATTTCATTAA
TTAAACCGCGGATTTATGCGCTTAAGGATGCTTCCATGGCGTTAACCCATAGATATTTATCCACTGAAATCTCTCAGGTCTGTCGGTGCTAAATGCTGTAATTCCTTTAGCCTCTTAGAGTTTGAATTTTATCTCGAAATCTCGAGTTCGAATCTCTGGAACATTTACTATAGTTTTCAGTCCATTTTGAGGCATGGCAG
CCGTTCCCTGTTCAAACTCGCTTGCTCTCGTTGCACAAGAGAAACGACCATTTCAATCAAGCAGGGGAGTTCTTTCAGGTTTTCTCTACAAGAGGAATAGAGCAGCTGCATTCAAGAAGGTGTGGGACAGAGGATTCTCTGTGACAGATTCAAGAAATCGTAAATTAGCAGTTATTTGCTGTACGTCCACGCAGGACGCA
GCGTCTCAGCTCGGAGAGCCTGCGGAATTTACCGTTATGCGAATTCACTACAACAGGAAAGATCGGAAGTATGAAAATTGGGGGCTTCATGCCTGGGGAGATGTAAATGTACATACCTTTTGGGAGAAGCCTTTATATGCCACAGGTTCTGATGGATTTGGCCTATATTGGGATGTTCAACTGAAGCCGAAGGGAGTATT
AAATTTTGTTATTCATAAAGGTGAAATCAAGGATTGTTCTAGATCGATATTGATTGGACATGCTGATGTCTGGGTGATTTCTGAGTGTTCCACAGTATTTACAGAGAAACCAGACCTTGATTCAATGCCTAAGGGTGATCTTTCTTTTTCAAGAGCCTATTGGGTCAGTCAGAACTTACTTGCATGGAACATGGAGATAG
AACATGCTCAGTTCTACATGTTTGCCAGCAAAAATGCTAATTTGACTCTTTCAGCTGGAGGAGTGAAAGGGGAAGATTTGGTAATTCGACTAGAAGAGGAACAAGGCAGACTTCCTACAAAGGTAATTGAAAAGTTCCCTCACATTGCACATTACAAGCCTCTCAAGCTGCCAGTTGGTGTGGATGCAAAGGATTTGGTC
AAATCACAACTTGTGATTGCATGCATTGATGCTGATGGAGTTCCTGTGGACGCAACGGGAATACAGTTACCAGGTGTATTGGATGATATCTTCTCTTACGATGGCCCACTTGGACCCATATTTACTCAGAATTCTGTGATGCTTCATCTTTGGGCCCCAACTGCTCAATGTGTACGTGTCTTGGTTTATTCAAGTCCTTC
AGGTGGATCACCGCTAGAATCTGTTCAAATGAAAGAAGACAATGGTGTTTGGAGTGTTTGTGGACCAAAAACCTGGGAAGGAAAATACTATCTATATGAAGTTACAGTGTTTCATGCTAGCACTCAACATGTTGAAACATGTTTAGTAAATGATCCTTATTCTCGAGGGCTTTCAGCAAATGGAGAAAGATCTTTGTTTG
TTGATTTGAATGATGGGGCATTGAAACCTGAAGGATGGGATAGCTTGGCAGCTGAAAAGCCACTGTTGGAAGCATTTACGGACATAACTATTTATGAGTTACACATCAGGGATTTCAGTGTGGGTGATAAAAGTGTGGAACCAAATCTACGGGGAACATATCTTGCTTTTACATTACCAGATTCTGCAGGTGTGTGCCAT
TTGAAGAAGCTGGTCGAGTCTGGTCTCACACATTTGCACCTGTTACCCAGCTTTCACTTTGCTGCAGTTGATGACAAGAAAGAGAACTGGAAGTTTATTGGTGGGTTAAATTTATTTCTATGTGTGATGTCTAAATAAGAACAAAAAAGAATGAAAGATACTTTTTCCCATCCCTTATTTTCCTCATGTTTATCTCCCTG
TAGTTATCCAAATTTTGGATAGGATCTCAGTCTTAAGAGGAAAATATCAACTGCATCTTGTTTTGTCTTGTACGATAAAGAGAAAATAAGGGTATCGTCTACTTAGTCTTTGACAAATGCTTTCCTATTTGAAAATAAATTGCACAGA
>TRINITY_DN112224_c0_g1_i4 from sample A5 / Example unspliced isoform:TATTCATAAAGGTGAAATCAAGgttagtgagagacatctaagttcaaggtcttattgttttaaattttggtaacctaaaggtattcctgttgaaataaaaaaagacaaggagctgtatttactgtaatcatattgatggatattctaatgcttgcagGATTGTTCTAGATCGATATTGATTGGACATGCTGATGTCTGGG
TGATTTCTGAGTGTTCCACAGTATTTACAGAGAAACCAGACCTTGATTCAATGCCTAAGG