sp|Q9FVG7|METK2_PINCO ----> S-adenosylmethionine synthase 2


Intron 1 GTATTTTTTT ... TTGTTATTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A146.239.39.35
A230.225.116.95.4
A324.0720.18.64
A439.8810.68.16
A54.351101
A634.189.25.24
A732.9523.516.26.4
A846.7710.512.95.6
A939.249.17.74
A1048.8514.816.711.2



>TRINITY_DN48202_c1_g4_i20 from sample A7 / Example spliced isoform
ATAAAATTTGACGTGGAGAACCATAAAATCTAACAAAAAAGCATGGCAGATTTCGCCGTTTTGAGTTTATTCTTCTCAACGTAAAATTCGAATGGAATCGAAAGGCGCGGCTTAACAAAAATCAACCCAACCGTTGCAGACTGCTGGATCATGGATCATGGATATAAAGCGTTTCATCATTTCACTGCTCTCCCTGGTCA
TTCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATA
CATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGGAGGTACATTGACATATAATACCGCTCTATAAACAGTGTGACGGGAGAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACATTTGCAGACCTGG
CTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAGTATGAACCATGATGCAGATAAGCTGTTCAATCGAGAATACCTCTTGGCTCTTACTCTGCCATTTACTATGGTTTTTGGTGCTTTCTGTTTTGTTGTCTTTCTGAATGATTTGGTTTTATTTTACAGGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTCCTT
CTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTCTCCGCTCTATAAACAGGTATATATCTCCGCTCTATAAACAGGTAGTTTTTTCTTTGGGCTTCCATTATCTTTGTACTGTACGCGCTTCGATAACTTTTTAAATATAAGTTTTTCGTGTTTGGTTGCTATCACTATTATTGCACGAATCTCTTCATTTTACTTTCTATTTGCGC
ACTCTCTCACGTACTCTAATTTAGATCTTCACACTGAAGAGTGCTCTGTGTTAAGAAATAGTAATTACTTTGAGTTAACTTAGCTTTTATATTCAGTTCCTATTTAGATGTTTAGTTAATAAATGCAACAGCATGCTTTGCATGCATGCAAAAGCTATGTTAGAGCTGTTATGGTTTTCCATAAGTGTTTAAATACACTT
TAGATTATTGTTTGTATTGCATCAATCCC


>TRINITY_DN48202_c1_g4_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:
ATAAAATTTGACGTGGAGAACCATAAAATCTAACAAAAAAGCATGGCAGATTTCGCCGTTTTGAGTTTATTCTTCTCAACGTAAAATTCGAATGGAATCGAAAGGCGCGGCTTAACAAAAATCAACCCAACCGTTGCAGACTGCTGGATCATGGATCATGGATATAAAGCGTTTCATCATTTCACTGCTCTCCCTGGTCA
TTCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATA
CATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGTTTGTTTCCGTACCTCCTATACTTTTTATGAAGATTTTGTTTGATTCATTAAATTTCGTTTGATGTTTTGATGGGATGGATAGGATTTTAAGGTTTATGAAAAATTTCGTTCAATGATGAAATGGATGAACTGCGGCTGGCTGGTC
TTATGGCGGTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAATGGCTTTTGCATCGCCAGATACCATTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGGGGATTGATGGGTTTTATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGTTTCGCTGTGAATGTTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGG
AGGTACATTGACATATAATACCGCTCTATAAACAGgtatttttttctttgcgcttccattatctttgaacagtgatgtgcctgaagctggatctttagttttgaaaggaaaattgtttctgtgaacccatagttatggctgtctttggctctatgaatgagatgggtttctgtttcgttctttgttattagTGTGACGGG
AGAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACATTTGCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAGTATGAACCATGATGCAGATAAGCTGTTCAATCGAGAATACCTCTTGGCTCTTACTCTGCCATTTACTATGGTTTTTGGTGCTTTCTGTTTTGTTGTCTTTC
TGAATGATTTGGTTTTATTTTACAGGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTCCTTCTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTCTCCGCTCTATAAACAGGTATATATCTCCGCTCTATAAACAGGTAGTTTTTTCTTTGGGCTTCCATTATCTTTGTACTGTACGCGCTTCGATAACTTTTTAAATATAAGTTTTTCGTG
TTTGGTTGCTATCACTATTATTGCACGAATCTCTTCATTTTACTTTCTATTTGCGCACTCTCTCACGTACTCTAATTTAGATCTTCACACTGAAGAGTGCTCTGTGTTAAGAAATAGTAATTACTTTGAGTTAACTTAGCTTTTATATTCAGTTCCTATTTAGATGTTTAGTTAATAAATGCAACAGCATGCTTTGCATG
CATGCAAAAGCTATGTTAGAGCTGTTATGGTTTTCCATAAGTGTTTAAATACACTTTAGATTATTGTTTGTATTGCATCAATCCC




Intron 2 GTTTGTTTCC ... GGATGGATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A174.4762213
A256.36121516
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A755.56142213
A863.33111721
A957.38132411
A1042.53252413



>TRINITY_DN48376_c0_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoform
TCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATAC
ATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGATTTTAAGGTTTATGAAAAATTTCGTTCAATGATGAAATGGATGAACTGCGGCTGGCTGGTCTTATGGCGGTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAATGGCTTTTGCATCGCCAGATACCATTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGG
GGATTGATGGGTTTTATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGTTTCGCTGTGAATGTTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGGAGGTACATTGACATATAATACCGCTCTATAAACAGGTATTTTTTTCTTTGCTCTTCCATTATCTTTGAACAGTGATGTGCCTGAA
GCTGGATCTTTAGTTTTGAAAGGAAAATTGTTTCTGTGAACCCATAGTTATGGCTGTCTTTGGCTCTATGAATGAGATGGGTTTCTGTTTCGTTCTTTGTTATTAGTGTGACGGGAGAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACATTTGCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGC
ATAACCCATGAAAGTATGAACCATGATGCAGATAAGCTGTTCAATCGAGAATACCTCTTGGCTCTTACTCTGCCATTTACTATGGTTTTTGGTGCTTTCTGTTTTGTTGTCTTTCTGAATGATTTGGTTTTATTTTACAGGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTCCTTCTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTCTC
CGCTCTATAAACAGGTATATATCTCCGCTCTATAAACAGGTAGTTTTTTCTTTGGGCTTCCATTATCTTTGTACTGTACGCGCTTCGATAACTTTTTAAATATAAGTTTTTCGTGTTTGGTTGCTATCACTATTATTGCACGAATCTCTTCATTTTACTTTCTATTTGCGCACTCTCTCACGTACTCTAATTTAGATCTT
CACATTGAAGAGTGCTCTGCATGTTTGCTATAATGTCTCTCTGTGCTCTGCTTAGACTCAGATCACCTGCCGAACACATTATTATGCACAAGTATGGCGCC


>TRINITY_DN48376_c0_g1_i9 from sample A10 / Example unspliced isoform:
TCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATAC
ATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGgtttgtttccgtacctcctatactttttatgaagattttgtttgattcattaaatttcgtttgatgttttgatgggatggatagGATTTTAAGGTTTATGAAAAATTTCGTTCAATGATGAAATGGATGAACTGCGGCTGGCTGGTCT
TATGGCGGTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAATGGCTTTTGCATCGCCAGATACCATTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGGGGATTGATGGGTTTTATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGTTTCGCTGTGAATGTTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGGA
GGTACATTGACATATAATACCGCTCTATAAACAGGTATTTTTTTCTTTGCTCTTCCATTATCTTTGAACAGTGATGTGCCTGAAGCTGGATCTTTAGTTTTGAAAGGAAAATTGTTTCTGTGAACCCATAGTTATGGCTGTCTTTGGCTCTATGAATGAGATGGGTTTCTGTTTCGTTCTTTGTTATTAGTGTGACGGGA
GAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACATTTGCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAGTATGAACCATGATGCAGATAAGCTGTTCAATCGAGAATACCTCTTGGCTCTTACTCTGCCATTTACTATGGTTTTTGGTGCTTTCTGTTTTGTTGTCTTTCT
GAATGATTTGGTTTTATTTTACAGGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTCCTTCTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTCTCCGCTCTATAAACAGGTATATATCTCCGCTCTATAAACAGGTAGTTTTTTCTTTGGGCTTCCATTATCTTTGTACTGTACGCGCTTCGATAACTTTTTAAATATAAGTTTTTCGTGT
TTGGTTGCTATCACTATTATTGCACGAATCTCTTCATTTTACTTTCTATTTGCGCACTCTCTCACGTACTCTAATTTAGATCTTCACATTGAAGAGTGCTCTGCATGTTTGCTATAATGTCTCTCTGTGCTCTGCTTAGACTCAGATCACCTGCCGAACACATTATTATGCACAAGTATGGCGCC




Intron 3 GTGCAGGGGC ... TGTGCAGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A175.472.8710
A242.49.994
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A447.049.57.29
A531.4212.35.45
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A731.623.810.811
A862.684.59.25
A959.084.793
A1059.815.75.811



>TRINITY_DN133350_c3_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
TTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATACATTTGCA
GGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGTTTGTTTCCGTACCTCCTATACTTTTTATGAAGATTTTGTTTGATTCATTAAATTTCGTTTGATGTTTTGATGGGATGGATAGGATTTTAAGGTTTATGAAAAATTTCGTTCAATGATGAAATGGATGAACTGCGGCTGGCTGGTCTTATGGCG
GTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAATGGCTTTTGCATCGCCAGATACCATTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGGGGATTGATGGGTTTTATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGTTTCGCTGTGAATGTTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGGAGGTACAT
TGACATATAATACCGCTCTATAAACAGTGTGACGGGAGAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACATTTGCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAGTATGAACCATGATGCAGAGGGAATGAATGTTGGAAGGGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCA
GGTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGATTCCCAGACTCAGGTATTCTTTTCATTACATGCTTTTAATTATATGCTTTTAATGATTTGAAACATGTATATGCGTTTAATTATTTAAAGAAATTTTTTAATTGTATCTTTATGTTTTGTTACGTAGCCTAGTTATGGTTAGGTTTTACTTTTACCTTCTAGTAC


>TRINITY_DN133350_c3_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATACATTTGCA
GGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGTTTGTTTCCGTACCTCCTATACTTTTTATGAAGATTTTGTTTGATTCATTAAATTTCGTTTGATGTTTTGATGGGATGGATAGGATTTTAAGGTTTATGAAAAATTTCGTTCAATGATGAAATGGATGAACTGCGGCTGGCTGGTCTTATGGCG
GTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAATGGCTTTTGCATCGCCAGATACCATTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGGGGATTGATGGGTTTTATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGTTTCGCTGTGAATGTTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGGAGGTACAT
TGACATATAATACCGCTCTATAAACAGTGTGACGGGAGAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACATTTGCAGgtgcaggggccacccaaatcaaacacgtttcaatgatcagatttggttgtttccgtacctagcccttaattaggtttacatttggtgtatggaatggggttctgatgttcatta
ataatttcctcacggctggtgtgtgcagcag
ACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAGTATGAACCATGATGCAGATAAGCTGTTCAATCGAGAATACCTCTTGGCTCTTACTCTGCCATTTACTATGGTTTTTGGTGCTTTCTGTTTTGTTGTCTTTCTGAATGATTTGGTTTTATT
TTACAGGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTCCTTCTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTCTCCGCTCTATAAACAGGTATATATCTCCGCTCTATAAACAGGTAGTTTTTTCTTTGCGCTTCCATTATCTTTGTACTGTACGCGCTTCGATAACTTTTTAAATATAAGTTTTTCGTGTTTGGTTGCTATCACTATT
ATTGCACGAATCTCTTCATTTTACTTTCTATTTGCGCACTCTCTCACGTACTCTAATTTAGATCTTCACACTGAAGAGTGCTCTGTGTTAAGAAATAGTAATTACTTTGAGTTAACTTAGCTTTTATATTCAGTTCCTATTTAGATGTTTAGTTAATAAATGCAACAGCATGCTTTGCATGCATGCAAAAGCTAGGTTAA
AGCTTTTAGGGTTTTCCATAAGTGTTTAAATACACATTAGATTATTGTTTGTATTGCATCAATCTCCGTTTATGAATAAAGATTGAAGAGCCATAGCTCATTCAGCATTATCTTTGTTTTATTTCTGCCTCCATCCTTCAGTTTGGTATCAGAGCTTAGGAAAAGATCAAATTGGTAGCATCAATTTCAGGAGAAGCCAA
AGCCCTAGCTTTGAAGAATTTTCACAGAAATTGTTTTTAGAGAAATTATTAAAACAAATTTTTTTTTGACACTACTCCCTACACTCCAAAGTGAGGTAGTCAGTGAAGACCCACG




Intron 4 GTATGAACCA ... TATTTTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A173.2569.416.8
A2539.56.411.8
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A472.8761414.2
A572.7234.85.6
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A742.8724.516.418.6
A857.64810.211.6
A936.018.51.28.4
A1072.6410.526.625



>TRINITY_DN48202_c1_g4_i10 from sample A7 / Example spliced isoform
ATAAAATTTGACGTGGAGAACCATAAAATCTAACAAAAAAGCATGGCAGATTTCGCCGTTTTGAGTTTATTCTTCTCAACGTAAAATTCGAATGGAATCGAAAGGCGCGGCTTAACAAAAATCAACCCAACCGTTGCAGACTGCTGGATCATGGATCATGGATATAAAGCGTTTCATCATTTCACTGCTCTCCCTGGTCA
TTCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATA
CATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGTTTGTTTCCGTACCTCCTATACTTTTTATGAAGATTTTGTTTGATTCATTAAATTTCGTTTGATGTTTTGATGGGATGGATAGGATTTTAAGGTTTATGAAAAATTTCGTTCAATGATGAAATGGATGAACTGCGGCTGGCTGGTC
TTATGGCGGTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAATGGCTTTTGCATCGCCAGATACCATTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGGGGATTGATGGGTTTTATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGTTTCGCTGTGAATGTTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGG
AGGTACATTGACATATAATACCGCTCTATAAACAGTGTGACGGGAGAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACATTTGCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTCCTTCTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTC
TCCGCTCTATAAACAGGTATATATCTCCGCTCTATAAACAGGTAGTTTTTTCTTTGGGCTTCCATTATCTTTGTACTGTACGCGCTTCGATAACTTTTTAAATATAAGTTTTTCGTGTTTGGTTGCTATCACTATTATTGCACGAATCTCTTCATTTTACTTTCTATTTGCGCACTCTCTCACGTACTCTAATTTAGATC
TTCACACTGAAGAGTGCTCTGTGTTAAGAAATAGTAATTACTTTGAGTTAACTTAGCTTTTATATTCAGTTCCTATTTAGATGTTTAGTTAATAAATGCAACAGCATGCTTTGCATGCATGCAAAAGCTATGTTAGAGCTGTTATGGTTTTCCATAAGTGTTTAAATACACTTTAGATTATTGTTTGTATTGCATCAATC
CC


>TRINITY_DN48202_c1_g4_i13 from sample A7 / Example unspliced isoform:
ATAAAATTTGACGTGGAGAACCATAAAATCTAACAAAAAAGCATGGCAGATTTCGCCGTTTTGAGTTTATTCTTCTCAACGTAAAATTCGAATGGAATCGAAAGGCGCGGCTTAACAAAAATCAACCCAACCGTTGCAGACTGCTGGATCATGGATCATGGATATAAAGCGTTTCATCATTTCACTGCTCTCCCTGGTCA
TTCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATA
CATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGTTTGTTTCCGTACCTCCTATACTTTTTATGAAGATTTTGTTTGATTCATTAAATTTCGTTTGATGTTTTGATGGGATGGATAGGATTTTAAGGTTTATGAAAAATTTCGTTCAATGATGAAATGGATGAACTGCGGCTGGCTGGTC
TTATGGCGGTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAATGGCTTTTGCATCGCCAGATACCATTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGGGGATTGATGGGTTTTATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGTTTCGCTGTGAATGTTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGG
AGGTACATTGACATATAATACCGCTCTATAAACAGGTATTTTTTTCTTTGCGCTTCCATTATCTTTGAACAGTGATGTGCCTGAAGCTGGATCTTTAGTTTTGAAAGGAAAATTGTTTCTGTGAACCCATAGTTATGGCTGTCTTTGGCTCTATGAATGAGATGGGTTTCTGTTTCGTTCTTTGTTATTAGTGTGACGGG
AGAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACATTTGCAGGTGCAGGGGCCACCCAAATCAAACACGTTTCAATGATCAGATTTGGTTGTTTCCGTACCTAGCCCTTAATTAGGTTTACATTTGGTGTATGGAATGGGGTTCTGATGTTCATTAATAATTTCCTCACGGCTGGTGTGTGCAGCAGACCTG
GCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAgtatgaaccatgatgcagataagctgttcaatcgagaatacctcttggctcttactctgccatttactatggtttttggtgctttctgttttgttgtctttctgaatgatttggttttattttacagGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTCCT
TCTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTCTCCGCTCTATAAACAGGTATATATCTCCGCTCTATAAACAGGTAGTTTTTTCTTTGGGCTTCCATTATCTTTGTACTGTACGCGCTTCGATAACTTTTTAAATATAAGTTTTTCGTGTTTGGTTGCTATCACTATTATTGCACGAATCTCTTCATTTTACTTTCTATTTGCG
CACTCTCTCACGTACTCTAATTTAGATCTTCACACTGAAGAGTGCTCTGTGTTAAGAAATAGTAATTACTTTGAGTTAACTTAGCTTTTATATTCAGTTCCTATTTAGATGTTTAGTTAATAAATGCAACAGCATGCTTTGCATGCATGCAAAAGCTATGTTAGAGCTGTTATGGTTTTCCATAAGTGTTTAAATACACT
TTAGATTATTGTTTGTATTGCATCAATCCC




Intron 5 GTACGTGTAC ... CTTATGCAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A1100003
A2100011
A3100010
A4-1000
A5-1000
A620822
A744.58231324
A838.03221215
A935.21231015
A1045.88231029



>TRINITY_DN48376_c0_g1_i13 from sample A10 / Example spliced isoform
TCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATAC
ATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGTTTGTTTCCGTACCTCCTATACTTTTTATGAAGATTTTGTTTGATTCATTAAATTTCGTTTGATGTTTTGATGGGATGATGAAATGATGACCTGCGGCTGGCTGGTCTTATGGCGGTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAGTGGCTTTTG
CATCGCCAGATATCACTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGGGGATTGATGGGTTTTATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGGTTCGCTGTGAATGGTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGGAGGTACATTACCATATAATACCGCTCTATAAACAGGTATT
TTTTTCTTTGCGCTTCCGTTATCTTTGAACGGTGATGTGCCTGAAGTTGGATCTTTAGCTTTGAAAGGAAATTTGTTTCTGTGAACCCATAGTTATGGCTGTTTTGAAAGGAAAGGAGATGGGTTTCTGTTTCGTTCTTTGTTATTAGTGTGATGGGAGAGGAAGAGAGCTGGAAGAGACCAACATTCTACATATTACAT
TTGCAGGTGCAGGGGCCACCCAAATCAAACACGTTTCAAAGATCAGATTTGGTTGTTTCCGTACCTGGTCCTTAATTAGGTTTACATTTGGTGTATGGCATGGGGTTCTGATGTTCATTAATAATTTCCTCACGGCTGGTGTGTGCAGCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCCACCCAAATCAAAC
ACGTTTCAAAGATCAGATTTGGTTGTTTCCGTACCTAGCCCTTAATTAGGTTTACATTTGGTGTATGGCATGGGGTTCTGATGTTCATTAATAATTTCCTCACGGCTGGTGTGTGCAGCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAGTATGAACCATGATGCAGATAAGCTGTTCAA
TCGAGAATACCTCTTGGCTCTTACTCTGCCATTTACTATGGTTTTTGGTGCTTTCTGTTTTGTTGTCTTTCTGAATGATTTGGTTTTATTTTACAGGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTCCTTCTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTCTCCGCTCTATAAACAGGGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCAG
GTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGATTCCCAGACTCAGTTATGGTTAGGTTTTACTTTTACCTTCTAGTACGGCCAATGTTTAGTATTCCACCCACCGGTGACCCTCTTCCTTCCCCCCAGCATCTAGTGATGCAATGGTACTTGAAGAGCACCCAATTGATGTTGTTGGTGACCCACCTATCCCCCCCCGCAGGCATC
TAGTGATGCAGTGGTGCTTGAAGAGCACCGAATTGACGTTGTTGGTGACCCACCTATCCTCCCCCCCAGGCATCTAGTGATGCAATGGTGCCTGAAGAGCACCCAATCGAGGTTGTTGGTGACCCACCTCTACCCCCCCTAGGCATCTACTGAGCTAGTGGTGCCTGAAGAGCACCCAATTGGGGCCACTGATGACCCTG
CACGCCCCCCCACCCAAGTACATGCAATTTTAGTGCCGAGGACTTACACACACATCTCTCCGATATTGAGAATGCGTCCTCCTGCGGATTGTTGGGGAATGCCATCGAGAAGCCAAAAAAGAAAGATAGACTTCTCATTAGCCACTCACATTGGCAGTAAAAAGGGGAATAAATAGAAATCATGTATGGGGGGGTACATA
TAGAATCCATGTTTAGGGGAAATACATACATGTACCTTTTTGTTTGTATGTACACACAGATGTAGAGTATGATCCACAATTTTGTATTATGGCCATGGCATGCCATTTTTGAAAACATTATACATGTACATCTATAATATAAAGCAACGTTCAGATTTACC


>TRINITY_DN48376_c0_g1_i11 from sample A10 / Example unspliced isoform:
TAAATACATCTTAAACTCAATACAATATGTTTTATGCAGGGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCAGGTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGATTCCCAGACTCAGGTATTCTTTTCATTACATGCTTTTAATTATATGCTTTTAATGATTTGAAACATGTATATGCGTTTAATTATTTAAAGAAATTTTTTAATTGT
ATCTTTATGTTTTGTTACGTAGCCTAGTTATGGTTAGGTTTTACTTTTACCTTCTAGTACGGCCAATGTTTAGTATTCCACCCACCGGTGACCCTCTTCCTTCCCCCCAGgtacgtgtacatgtcttgctttctttgaaaaaaccattttccatccatgtagtatatatatgtagtcttgttagatctttgtatttgctg
acattgacatatatatgttaccttatgcaag
CATCTAGTGATGCAATGGTACTTGAAGAGCACCCAATTGATGTTGTTGGTGACCCACCTATCCCCCCCCGCAGGCATCTAGTGATGCAGTGGTGCTTGAAGAGCACCGAATTGACGTTGTTGGTGACCCACCTATCCTCCCCCCCAGGCATCTAGTGATGCAATGGTGC
CTGAAGAGCACCCAATCGAGGTTGTTGGTGACCCACCTCTACCCCCCCTAGGCATCTACTGAGCTAGTGGTGCCTGAAGAGCACCCAATTGGGGCCACTGATGACCCTGCACGCCCCCCCACCCAAGTACATGCAATTTTAGTGCCGAGGACTTACACACACATCTCTCCGATATTGAGAATGCGTCCTCCTGCGGATTG
TTGGGGAATGCCATCGAGAAGCCAAAAAAGAAAGATAGACTTCTCATTAGCCACTCACATTGGCAGTAAAAAGGGGAATAAATAGAAATCATGTATGGGGGGGTACATATAGAATCCATGTTTAGGGGAAATACATACATGTACCTTTTTGTTTGTATGTACACACAGATGTAGAGTATGATCCACAATTTTGTATTATG
GCCATGGCATGCCATTTTTGAAAACATTATACATGTACATCTATAATATAAAGCAACGTTCAGATTTACC




Intron 6 GTTTGTTTCC ... ATGTTGCAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A175.526.42216.2
A268.629.71524.8
A361.4312.1926.3
A471.677.11915.4
A549.584.871.6
A661.33.327.4
A754.7117.12218.3
A875.6161719.2
A962.0110.1248.6
A1054.7219.72422.8



>TRINITY_DN133350_c3_g2_i14 from sample A1 / Example spliced isoform
CAAAAATCAACCCAACCGTTGCAGACTGCTGGATCATGGATCATGGATATAAAGCGTTTCATCATTTCACTGCTCTCCCTGGTCATTCTTTGATTTGTGTGAATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTAC
TGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATACATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGAAACCTGACGGCATAGCCGA


>TRINITY_DN133350_c3_g2_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATACATTTGCA
GGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGgtttgtttccgtacctcctatactttttatgaagattttgtttgattcattaaatttcgtttgatgttttgatgggatggataggattttaaggtttatgaaaaatttcgttcaatgatgaaatggatgaactgcggctggctggtcttatggcg
gtgtaagcttctgcggctgtcaatggcttttgcatcgccagataccattcattttcgtgcgttatttgtttttttggggattgatgggttttattgtatttactactggggaatgaatgtttagtttcgctgtgaatgttgcaag
AAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGGAGGTACAT
TGACATATAATACCGCTCTATAAACAGGTATTTTTTTCTTTGCTCTTCCATTATCTTTGAACAGTGATGTGCCTGAAGCTGGATCTTTAGTTTTGAAAGGAAAATTGTTTCTGTGAACCCATAGTTATGGCTGTCTTTGGCTCTATGAATGAGATGGGTTTCTGTTTCGTTCTTTGTTATTAGTGTAACG




Intron 7 GTATTCTTTT ... TGTTACGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A1100052
A2100022
A3100043
A4-1000
A5100020
A625613
A751.43171521
A854.93161821
A923.642158
A1059.42142021



>TRINITY_DN48376_c0_g1_i7 from sample A10 / Example spliced isoform
TAAATACATCTTAAACTCAATACAATATGTTTTATGCAGGGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCAGGTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGATTCCCAGACTCAGCCTAGTTATGGTTAGGTTTTACTTTTACCTTCTAGTACGGCCAATGTTTAGTATTCCACCCACCGGTGACCCTCTTCCTTCCCCCCAGCATC
TAGTGATGCAATGGTACTTGAAGAGCACCCAATTGATGTTGTTGGTGACCCACCTATCCCCCCCCGCAGGCATCTAGTGATGCAGTGGTGCTTGAAGAGCACCGAATTGACGTTGTTGGTGACCCACCTATCCTCCCCCCCAGGCATCTAGTGATGCAATGGTGCCTGAAGAGCACCCAATCGAGGTTGTTGGTGACCCA
CCTCTACCCCCCCTAGGCATCTACTGAGCTAGTGGTGCCTGAAGAGCACCCAATTGGGGCCACTGATGACCCTGCACGCCCCCCCACCCAAGTACATGCAATTTTAGTGCCGAGGACTTACACACACATCTCTCCGATATTGAGAATGCGTCCTCCTGCGGATTGTTGGGGAATGCCATCGAGAAGCCAAAAAAGAAAGA
TAGACTTCTCATTAGCCACTCACATTGGCAGTAAAAAGGGGAATAAATAGAAATCATGTATGGGGGGGTACATATAGAATCCATGTTTAGGGGAAATACATACATGTACCTTTTTGTTTGTATGTACACACAGATGTAGAGTATGATCCACAATTTTGTATTATGGCCATGGCATGCCATTTTTGAAAACATTATACATG
TACATCTATAATATAAAGCAACGTTCAGATTTACC


>TRINITY_DN48376_c0_g1_i11 from sample A10 / Example unspliced isoform:
TAAATACATCTTAAACTCAATACAATATGTTTTATGCAGGGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCAGGTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGATTCCCAGACTCAGgtattcttttcattacatgcttttaattatatgcttttaatgatttgaaacatgtatatgcgtttaattatttaaagaaattttttaattgt
atctttatgttttgttacgtag
CCTAGTTATGGTTAGGTTTTACTTTTACCTTCTAGTACGGCCAATGTTTAGTATTCCACCCACCGGTGACCCTCTTCCTTCCCCCCAGGTACGTGTACATGTCTTGCTTTCTTTGAAAAAACCATTTTCCATCCATGTAGTATATATATGTAGTCTTGTTAGATCTTTGTATTTGCTG
ACATTGACATATATATGTTACCTTATGCAAGCATCTAGTGATGCAATGGTACTTGAAGAGCACCCAATTGATGTTGTTGGTGACCCACCTATCCCCCCCCGCAGGCATCTAGTGATGCAGTGGTGCTTGAAGAGCACCGAATTGACGTTGTTGGTGACCCACCTATCCTCCCCCCCAGGCATCTAGTGATGCAATGGTGC
CTGAAGAGCACCCAATCGAGGTTGTTGGTGACCCACCTCTACCCCCCCTAGGCATCTACTGAGCTAGTGGTGCCTGAAGAGCACCCAATTGGGGCCACTGATGACCCTGCACGCCCCCCCACCCAAGTACATGCAATTTTAGTGCCGAGGACTTACACACACATCTCTCCGATATTGAGAATGCGTCCTCCTGCGGATTG
TTGGGGAATGCCATCGAGAAGCCAAAAAAGAAAGATAGACTTCTCATTAGCCACTCACATTGGCAGTAAAAAGGGGAATAAATAGAAATCATGTATGGGGGGGTACATATAGAATCCATGTTTAGGGGAAATACATACATGTACCTTTTTGTTTGTATGTACACACAGATGTAGAGTATGATCCACAATTTTGTATTATG
GCCATGGCATGCCATTTTTGAAAACATTATACATGTACATCTATAATATAAAGCAACGTTCAGATTTACC




Intron 8 GTTTGTTTCC ... CTATAAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A184.624220
A278.954150
A369.23490
A486.363190
A587.5170
A6100020
A761.1114227
A889.472175
A9758247
A1064.8613242



>TRINITY_DN48202_c1_g4_i16 from sample A7 / Example spliced isoform
ATAAAATTTGACGTGGAGAACCATAAAATCTAACAAAAAAGCATGGCAGATTTCGCCGTTTTGAGTTTATTCTTCTCAACGTAAAATTCGAATGGAATCGAAAGGCGCGGCTTAACAAAAATCAACCCAACCGTTGCAGACTGCTGGATCATGGATCATGGATATAAAGCGTTTCATCATTTCACTGCTCTCCCTGGTCA
TTCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATA
CATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCAGGTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGATTCCCAGACTCAGCCTAGTTATGG


>TRINITY_DN48202_c1_g4_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:
ATAAAATTTGACGTGGAGAACCATAAAATCTAACAAAAAAGCATGGCAGATTTCGCCGTTTTGAGTTTATTCTTCTCAACGTAAAATTCGAATGGAATCGAAAGGCGCGGCTTAACAAAAATCAACCCAACCGTTGCAGACTGCTGGATCATGGATCATGGATATAAAGCGTTTCATCATTTCACTGCTCTCCCTGGTCA
TTCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATA
CATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGgtttgtttccgtacctcctatactttttatgaagattttgtttgattcattaaatttcgtttgatgttttgatgggatggataggattttaaggtttatgaaaaatttcgttcaatgatgaaatggatgaactgcggctggctggtc
ttatggcggtgtaagcttctgcggctgtcaatggcttttgcatcgccagataccattcattttcgtgcgttatttgtttttttggggattgatgggttttattgtatttactactggggaatgaatgtttagtttcgctgtgaatgttgcaagaaacctgacggcatagccgcttttccgtaaaggcataggatgatagg
aggtacattgacatataataccgctctataaacagtgtgacgggagaggaagagagctggatgagaccaacattcatacatattacatttgcagcagacctggcttgttggtcggttagccgtggaagcagcataacccatgaaaggaatgaatgttggaaggtatatatctccttctttaatctttgtactgtgtgttt
ttctccgctctataaacag
GGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCAGGTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGATTCCCAGACTCAGCCTAGTTATGG




Intron 9 GTTTGTTTCC ... CTATAAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A184.624222
A278.954151
A369.23491
A486.363193
A587.5170
A6100021
A761.1114228
A889.472177
A97582410
A1064.8613247



>TRINITY_DN48202_c1_g4_i16 from sample A7 / Example spliced isoform
ATAAAATTTGACGTGGAGAACCATAAAATCTAACAAAAAAGCATGGCAGATTTCGCCGTTTTGAGTTTATTCTTCTCAACGTAAAATTCGAATGGAATCGAAAGGCGCGGCTTAACAAAAATCAACCCAACCGTTGCAGACTGCTGGATCATGGATCATGGATATAAAGCGTTTCATCATTTCACTGCTCTCCCTGGTCA
TTCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATA
CATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCAGGTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGATTCCCAGACTCAGCCTAGTTATGG


>TRINITY_DN48202_c1_g4_i17 from sample A7 / Example unspliced isoform:
ATAAAATTTGACGTGGAGAACCATAAAATCTAACAAAAAAGCATGGCAGATTTCGCCGTTTTGAGTTTATTCTTCTCAACGTAAAATTCGAATGGAATCGAAAGGCGCGGCTTAACAAAAATCAACCCAACCGTTGCAGACTGCTGGATCATGGATCATGGATATAAAGCGTTTCATCATTTCACTGCTCTCCCTGGTCA
TTCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATA
CATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGgtttgtttccgtacctcctatactttttatgaagattttgtttgattcattaaatttcgtttgatgttttgatgggatggataggattttaaggtttatgaaaaatttcgttcaatgatgaaatggatgaactgcggctggctggtc
ttatggcggtgtaagcttctgcggctgtcaatggcttttgcatcgccagataccattcattttcgtgcgttatttgtttttttggggattgatgggttttattgtatttactactggggaatgaatgtttagtttcgctgtgaatgttgcaagaaacctgacggcatagccgcttttccgtaaaggcataggatgatagg
aggtacattgacatataataccgctctataaacagtgtgacgggagaggaagagagctggatgagaccaacattcatacatattacatttgcagacctggcttgttggtcggttagccgtggaagcagcataacccatgaaagtatgaaccatgatgcagataagctgttcaatcgagaatacctcttggctcttactct
gccatttactatggtttttggtgctttctgttttgttgtctttctgaatgatttggttttattttacagggaatgaatgttggaaggtatatatctccttctttaatctttgtactgtgtgtttttctccgctctataaacag
GGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCAGGTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGAT
TCCCAGACTCAGCCTAGTTATGG




Intron 10 ATAAGCTGTT ... TTTATTTTAC

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A180.3639.615
A21000414
A358.0978.911
A485.362.413.414.9
A510004.75
A610000.36
A757.113.613.921
A874.974.310.314
A965.153.31.79
A1090.93.124.338



>TRINITY_DN133350_c3_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
TTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATACATTTGCA
GGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGTTTGTTTCCGTACCTCCTATACTTTTTATGAAGATTTTGTTTGATTCATTAAATTTCGTTTGATGTTTTGATGGGATGGATAGGATTTTAAGGTTTATGAAAAATTTCGTTCAATGATGAAATGGATGAACTGCGGCTGGCTGGTCTTATGGCG
GTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAATGGCTTTTGCATCGCCAGATACCATTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGGGGATTGATGGGTTTTATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGTTTCGCTGTGAATGTTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGGAGGTACAT
TGACATATAATACCGCTCTATAAACAGTGTGACGGGAGAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACATTTGCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAGTATGAACCATGATGCAGAGGGAATGAATGTTGGAAGGGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCA
GGTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGATTCCCAGACTCAGGTATTCTTTTCATTACATGCTTTTAATTATATGCTTTTAATGATTTGAAACATGTATATGCGTTTAATTATTTAAAGAAATTTTTTAATTGTATCTTTATGTTTTGTTACGTAGCCTAGTTATGGTTAGGTTTTACTTTTACCTTCTAGTAC


>TRINITY_DN133350_c3_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATACATTTGCA
GGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGTTTGTTTCCGTACCTCCTATACTTTTTATGAAGATTTTGTTTGATTCATTAAATTTCGTTTGATGTTTTGATGGGATGGATAGGATTTTAAGGTTTATGAAAAATTTCGTTCAATGATGAAATGGATGAACTGCGGCTGGCTGGTCTTATGGCG
GTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAATGGCTTTTGCATCGCCAGATACCATTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGGGGATTGATGGGTTTTATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGTTTCGCTGTGAATGTTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGGAGGTACAT
TGACATATAATACCGCTCTATAAACAGTGTGACGGGAGAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACATTTGCAGGTGCAGGGGCCACCCAAATCAAACACGTTTCAATGATCAGATTTGGTTGTTTCCGTACCTAGCCCTTAATTAGGTTTACATTTGGTGTATGGAATGGGGTTCTGATGTTCATTA
ATAATTTCCTCACGGCTGGTGTGTGCAGCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAGTATGAACCATGATGCAGataagctgttcaatcgagaatacctcttggctcttactctgccatttactatggtttttggtgctttctgttttgttgtctttctgaatgatttggttttatt
ttac
AGGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTCCTTCTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTCTCCGCTCTATAAACAGGTATATATCTCCGCTCTATAAACAGGTAGTTTTTTCTTTGCGCTTCCATTATCTTTGTACTGTACGCGCTTCGATAACTTTTTAAATATAAGTTTTTCGTGTTTGGTTGCTATCACTATT
ATTGCACGAATCTCTTCATTTTACTTTCTATTTGCGCACTCTCTCACGTACTCTAATTTAGATCTTCACACTGAAGAGTGCTCTGTGTTAAGAAATAGTAATTACTTTGAGTTAACTTAGCTTTTATATTCAGTTCCTATTTAGATGTTTAGTTAATAAATGCAACAGCATGCTTTGCATGCATGCAAAAGCTAGGTTAA
AGCTTTTAGGGTTTTCCATAAGTGTTTAAATACACATTAGATTATTGTTTGTATTGCATCAATCTCCGTTTATGAATAAAGATTGAAGAGCCATAGCTCATTCAGCATTATCTTTGTTTTATTTCTGCCTCCATCCTTCAGTTTGGTATCAGAGCTTAGGAAAAGATCAAATTGGTAGCATCAATTTCAGGAGAAGCCAA
AGCCCTAGCTTTGAAGAATTTTCACAGAAATTGTTTTTAGAGAAATTATTAAAACAAATTTTTTTTTGACACTACTCCCTACACTCCAAAGTGAGGTAGTCAGTGAAGACCCACG




Intron 11 GTGCAGGGGC ... GTGTGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A171.83.7710
A235.8111.794
A314.2516.323
A445.649.769
A524.3114.336
A628.57522
A730.1424.71011
A858.635.7105
A943.27893
A1064.95513



>TRINITY_DN122745_c2_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
AACCCATCCGTTACAGACTGCTGGATCATGTATCATGGATATGGATATAAAGCGTTTCATCATTTCACTGCTGCTTCACCATTTCTGCTCTCCCTGGTCATTCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTC
TCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATACATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGTTTGTTTCCGTACCTCCTATACTTTTTATGAAGATTTTGTTTGATT
CATTAAATTTCGTTTGATGTTTTGATGGGATGGATAGGATTTTAAGGTTTATGAAAAATTTCGTTCAATGATGAAATGGATGAACTGCGGCTGGCTGGTCTTATGGCGGTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAATGGCTTTTGCATCGCCAGATACCATTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGGGGATTGATGGGTTTT
ATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGTTTCGCTGTGAATGTTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGGAGGTACATTGACATATAATACCGCTCTATAAACAGTGTGACGGGAGAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACATTTGCAGCAGACC

TGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAGTATGAACCATGATGCAGATAAGCTGTTCAATCGAGAATACCTCTTGGCTCTTACTCTGCCATTTACTATGGTTTTTGGTGCTTTCTGTTTTGTTGTCTTTCTGAATGATTTGGTTTTATTTTACAGGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTC
CTTCTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTCTCCGCTCTATAAACAGGTATATATCTCCGCTCTATAAACAGGTAGTTTTTTCTTTGCGCTTCCATTATCTTTGTACTGTACGCGCTTCGATAACTTTTTAAATATAAGTTTTTCGTGTTTGGTTGCTATCACTATTATTGCACGAATCTCTTCATTTTACTTTCTATTTG
CGCACTCTCTCACGTACTCTAATTTAGATCTTCACACTGAAGAGTGCTCTGTGTTAAGAAATAGTAATTACTTTGAGTTAACTTAGCTTTTATATTCAGTTCCTATTTAGATGTTTAGTTAATAAATGCAACAGCATGCTTTGCATGCATGCAAAAGCTATGTTAGAGCTGTTATGGTTTTCCATAAGTGTTTAAATACA
CATTAGATTATTGTTTGTATTGCATCAATCTCCATTTATGAATAAAGATTGAAGAGCCATAGCTCATTCAGCATTATCTTTGTTTTATTTCTGCCTCCAACCTTCA


>TRINITY_DN122745_c2_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:
TCTTTGCGCTTCCATTATCTTTGAACAGTGATGTGCCTGAAGCTGGATCTTTAGTTTTGAAAGGAAATTTGTTTCTGTGAACCCATAGTTATGGCTGTCTTTGGCTGTATGAATGAGATGGGTTTCTGTTTCGTTCTTTGTTATTAGTGTGACGGGAGAGGAAGAGAGCTGGATGAGACCAACATTCATACATATTACAT

TTGCAG
gtgcaggggccacccaaatcaaacacgtttcaatgatcagatttggttgtttccgtacctagcccttaattaggtttacatttggtgtatggaatggggttctgatgttcattaataatttcctcacggctggtgtgtgcagCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAG
TATGAACCATGATGCAGATAAGCTGTTCAATCGAGAATACCTCTTGGCTCTTACTCTGCCATTTACTATGGTTTTTGGTGCTTTCTGTTTTGTTGTCTTTCTGAATGATTTGGTTTTATTTTACAGGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTCCTTCTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTCTCCGCTCTATAAACAG
GTATATATCTCCGCTCTATAAACAGGTAGTTTTTTCTTTGCGCTTCCATTATCTTTGTACTGTACGCGCTTCGATAACTTTTTAAATATAAGTTTTTCGTGTTTGGTTGCTATCACTATTATTGCACGAATCTCTTCATTTTACTTTCTATTTGCGCACTCTCTCACGTACTCTAATTTAGATCTTCACACTGAAGAGTG
CTCTGTGTTAAGAAATAGTAATTACTTTGAGTTAACTTAGCTTTTATATTCAGTTCCTATTTAGATGTTTAGTTAATAAATGCAACAGCATGCTTTGCATGCATGCAAAAGCTATGTTAGAGCTGTTATGGTTTTCCATAAGTGTTTAAATACACATTAGATTATTGTTTGTATTGCATCAATCTCCATTTATGAATAAA
GATTGAAGAGCCATAGCTCATTCAGCATTATCTTTGTTTTATTTCTGCCTCCAACCTTCA




Intron 12 GTATTCTTTT ... CGTAGCCTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A1100052
A2100022
A3100042
A4-1000
A5100020
A622.22713
A743.9231521
A845.45211817
A9202658
A1054.29162018



>TRINITY_DN48376_c0_g1_i13 from sample A10 / Example spliced isoform
TCTTTGATTTGTGTGAATATGAATGTGAATGCTTGTGTTTGTATGTATGTGGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTTGTGTGGTGTGGTGTGTGGTTTTGTGTCTCTGTAGTGTGGTGTACTGCCATGGTGTGTGGGTTTCTGTGGTGGTCGGTCGTATGTTAGTCGTGTGTGATGGGGGAGAACGCACCAACATTCGTACATAC
ATTTGCAGGTGCACGTTTCGATGATCAGACGGCGGGGCGAAAAATAAGATTGGTTTGTTTCCGTACCTCCTATACTTTTTATGAAGATTTTGTTTGATTCATTAAATTTCGTTTGATGTTTTGATGGGATGATGAAATGATGACCTGCGGCTGGCTGGTCTTATGGCGGTGTAAGCTTCTGCGGCTGTCAGTGGCTTTTG
CATCGCCAGATATCACTCATTTTCGTGCGTTATTTGTTTTTTTGGGGATTGATGGGTTTTATTGTATTTACTACTGGGGAATGAATGTTTAGGTTCGCTGTGAATGGTGCAAGAAACCTGACGGCATAGCCGCTTTTCCGTAAAGGCATAGGATGATAGGAGGTACATTACCATATAATACCGCTCTATAAACAGGTATT
TTTTTCTTTGCGCTTCCGTTATCTTTGAACGGTGATGTGCCTGAAGTTGGATCTTTAGCTTTGAAAGGAAATTTGTTTCTGTGAACCCATAGTTATGGCTGTTTTGAAAGGAAAGGAGATGGGTTTCTGTTTCGTTCTTTGTTATTAGTGTGATGGGAGAGGAAGAGAGCTGGAAGAGACCAACATTCTACATATTACAT
TTGCAGGTGCAGGGGCCACCCAAATCAAACACGTTTCAAAGATCAGATTTGGTTGTTTCCGTACCTGGTCCTTAATTAGGTTTACATTTGGTGTATGGCATGGGGTTCTGATGTTCATTAATAATTTCCTCACGGCTGGTGTGTGCAGCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCCACCCAAATCAAAC
ACGTTTCAAAGATCAGATTTGGTTGTTTCCGTACCTAGCCCTTAATTAGGTTTACATTTGGTGTATGGCATGGGGTTCTGATGTTCATTAATAATTTCCTCACGGCTGGTGTGTGCAGCAGACCTGGCTTGTTGGTCGGTTAGCCGTGGAAGCAGCATAACCCATGAAAGTATGAACCATGATGCAGATAAGCTGTTCAA
TCGAGAATACCTCTTGGCTCTTACTCTGCCATTTACTATGGTTTTTGGTGCTTTCTGTTTTGTTGTCTTTCTGAATGATTTGGTTTTATTTTACAGGGAATGAATGTTGGAAGGTATATATCTCCTTCTTTAATCTTTGTACTGTGTGTTTTTCTCCGCTCTATAAACAGGGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCAG
GTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGATTCCCAGACTCAGTTATGGTTAGGTTTTACTTTTACCTTCTAGTACGGCCAATGTTTAGTATTCCACCCACCGGTGACCCTCTTCCTTCCCCCCAGCATCTAGTGATGCAATGGTACTTGAAGAGCACCCAATTGATGTTGTTGGTGACCCACCTATCCCCCCCCGCAGGCATC
TAGTGATGCAGTGGTGCTTGAAGAGCACCGAATTGACGTTGTTGGTGACCCACCTATCCTCCCCCCCAGGCATCTAGTGATGCAATGGTGCCTGAAGAGCACCCAATCGAGGTTGTTGGTGACCCACCTCTACCCCCCCTAGGCATCTACTGAGCTAGTGGTGCCTGAAGAGCACCCAATTGGGGCCACTGATGACCCTG
CACGCCCCCCCACCCAAGTACATGCAATTTTAGTGCCGAGGACTTACACACACATCTCTCCGATATTGAGAATGCGTCCTCCTGCGGATTGTTGGGGAATGCCATCGAGAAGCCAAAAAAGAAAGATAGACTTCTCATTAGCCACTCACATTGGCAGTAAAAAGGGGAATAAATAGAAATCATGTATGGGGGGGTACATA
TAGAATCCATGTTTAGGGGAAATACATACATGTACCTTTTTGTTTGTATGTACACACAGATGTAGAGTATGATCCACAATTTTGTATTATGGCCATGGCATGCCATTTTTGAAAACATTATACATGTACATCTATAATATAAAGCAACGTTCAGATTTACC


>TRINITY_DN48376_c0_g1_i11 from sample A10 / Example unspliced isoform:
TAAATACATCTTAAACTCAATACAATATGTTTTATGCAGGGTGGGCACGATGAGTTTGTGGAATCCCAGGTCAATCCCTCCCATGTAGAGGAAGATTCCCAGACTCAGgtattcttttcattacatgcttttaattatatgcttttaatgatttgaaacatgtatatgcgtttaattatttaaagaaattttttaattgt
atctttatgttttgttacgtagcctag
TTATGGTTAGGTTTTACTTTTACCTTCTAGTACGGCCAATGTTTAGTATTCCACCCACCGGTGACCCTCTTCCTTCCCCCCAGGTACGTGTACATGTCTTGCTTTCTTTGAAAAAACCATTTTCCATCCATGTAGTATATATATGTAGTCTTGTTAGATCTTTGTATTTGCTG
ACATTGACATATATATGTTACCTTATGCAAGCATCTAGTGATGCAATGGTACTTGAAGAGCACCCAATTGATGTTGTTGGTGACCCACCTATCCCCCCCCGCAGGCATCTAGTGATGCAGTGGTGCTTGAAGAGCACCGAATTGACGTTGTTGGTGACCCACCTATCCTCCCCCCCAGGCATCTAGTGATGCAATGGTGC
CTGAAGAGCACCCAATCGAGGTTGTTGGTGACCCACCTCTACCCCCCCTAGGCATCTACTGAGCTAGTGGTGCCTGAAGAGCACCCAATTGGGGCCACTGATGACCCTGCACGCCCCCCCACCCAAGTACATGCAATTTTAGTGCCGAGGACTTACACACACATCTCTCCGATATTGAGAATGCGTCCTCCTGCGGATTG
TTGGGGAATGCCATCGAGAAGCCAAAAAAGAAAGATAGACTTCTCATTAGCCACTCACATTGGCAGTAAAAAGGGGAATAAATAGAAATCATGTATGGGGGGGTACATATAGAATCCATGTTTAGGGGAAATACATACATGTACCTTTTTGTTTGTATGTACACACAGATGTAGAGTATGATCCACAATTTTGTATTATG
GCCATGGCATGCCATTTTTGAAAACATTATACATGTACATCTATAATATAAAGCAACGTTCAGATTTACC




Intron 13 GTTTGTTTCC ... GAATGTTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A166.0492213
A26881519
A354.7212920
A470.8371915
A547.37572
A647.83629
A748.72202216
A866.0491718
A950.72172411
A1044.68262418



>TRINITY_DN48202_c1_g4_i8 from sample A7 / Example spliced isoform
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>TRINITY_DN48202_c1_g4_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:
ATAAAATTTGACGTGGAGAACCATAAAATCTAACAAAAAAGCATGGCAGATTTCGCCGTTTTGAGTTTATTCTTCTCAACGTAAAATTCGAATGGAATCGAAAGGCGCGGCTTAACAAAAATCAACCCAACCGTTGCAGACTGCTGGATCATGGATCATGGATATAAAGCGTTTCATCATTTCACTGCTCTCCCTGGTCA
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