NA ----> NA

Intron 1 GTATGATTTG ... ATGTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28	27	10	11
A2	27.27	24	9	9
A3	28.12	23	9	9
A4	42.86	6	6	3
A5	23.08	15	4	5
A6	23.31	51	24	7
A7	18.64	72	20	13
A8	22.02	108	36	25
A9	24.76	79	33	19
A10	21.21	52	15	13

>TRINITY_DN71566_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGGGGTCGAGGTGACAATCATCGCAGGAAAGATCAAGCAATGAAAAAACACTTCAATAGTATAGGTGGATATTAGCATTGGATAAATTTGGGAATCACATGTGCTCTGGAAAAGTGCATAGCACACAAGGGTGAAAGATTGGAACATGGTTGGATAGCTGATGCAGTTTTGTACCACTCAGTGAGATCCTCTCATGAGT
TTGATTTGAAGGAGTATCATAATTTCAGAAGTTCAACTGCAAATGGGGAAAGGCATCAGCTCATATTTAATTTGTCAGAGGACTTAAGGATAGAAAAAATGGACTTACATGGTCTGCCACCTGTCTGATGTGCTTCTCCATTAAGTAGAAAACATCAGATACATATTGCATAGGATAATTGTGAAATAGCTTAAAGAGGA
GTTGGGCAGAAGATTGCAACCCTTATGATTTAAAAGTTAAAAGCGCTGAAAATTCTGGTATTGTGATATATTTTTGACGTCGATTGTTGTATATATCTATGGAAATCTCCACAGGTATGGTGGTTTTGACGAATCCAGTGGATCAGCAATTACAGCTCATCTATAGATTAAATAAGCTTGGAAGCAGAAAATATTCCATT
ATTGGAAATACCGTTTATATTGTTTTAAGCAAGATTAAAAATACATAATGAGCTGAGTCTACATCTTGTTCTATGCAGTACGTCTAGAGCTATAGCTATGGCATTCTTTTGCAAGCAG

>TRINITY_DN71566_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGGGGGTCGAGGTGACAATCATCGCAGGAAAGATCAAGCAATGAAAAAACACTTCAATAGTATAGGTGGATATTAGCATTGGATAAATTTGGGAATCACATGTGCTCTGGAAAAGTGCATAGCACACAAGGGTGAAAGATTGGAACATGGTTGGATAGCTGATGCAGTTTTGTACCACTCAGTGAGATCCTCTCATGAGT
TTGATTTGAAGgtatgatttggctgaattttttctaatggagtattatttactttttccagtgactagatttttatctctgcctcacatggtgagagatgctgtctactttctgaagttagatataatgtttacagGAGTATCATAATTTCAGAAGTTCAACTGCAAATGGGGAAAGGCATCAGCTCATATTTAATTTGT
CAGAGGACTTAAGGATAGAAAAAATGGACTTACATGGTCTGCCACCTGTCTGATGTGCTTCTCCATTAAGTAGAAAACATCAGATACATATTGCATAGGATAATTGTGAAATAGCTTAAAGAGGAGTTGGGCAGAAGATTGCAACCCTTATGATTTAAAAGTTAAAAGCGCTGAAAATTCTGGTATTGTGATATATTTTT
GACGTCGATTGTTGTATATATCTATGGAAATCTCCACAGGTATGGTGGTTTTGACGAATCCAGTGGATCAGCAATTACAGCTCATCTATAGATTAAATAAGCTTGGAAGCAGAAAATATTCCATTATTGGAAATACCGTTTATATTGTTTTAAGCAAGATTAAAAATACATAATGAGCTGAGTCTACATCTTGTTCTATG
CAGTACGTCTAGAGCTATAGCTATGGCATTCTTTTGCAAGCAG