sp|P52855|RLA1_MAIZE ----> Large ribosomal subunit protein P1

Intron 1 GTCAGTCTTT ... TGTTCAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.94	163	4	16
A2	18.79	134	4	31
A3	20	200	11	50
A4	13.58	140	8	22
A5	17.19	106	2	22
A6	14.81	2347	24	408
A7	15.82	1256	13	236
A8	13.43	1321	5	205
A9	14.51	1402	8	238
A10	14.65	926	10	159

>TRINITY_DN107442_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CATTGCTAACTCTTAACCCTGATACTGTTATCTGCGAGCCGGCGGTGTTCATCGACATTCGCAGGAGAAGAAATATTGCCGAAGGAGTTTTAAGTTTGTTGCATCAAGATGTCAGTCAGCGAAGTTGCATGCACTTACGCAGCATTGGTTCTGTATGATGACAATATACCTATTACCGCTGAAAAGATTAGCACATTGGT
GAAGGCCGCAAATGTGCAAATAGAATCTTACTGGCCTGGTCTCTTTGCCAAGCTTTTGGAAAAGAGAAACATTGAAGATCTCATTTCGAATGTTGGCTCTGGAGGCGGCGGTGCTTCTGCAGCTGTTGCAGTTGCTCCTTCTGGTGGTGGTGGTGCTCCTGCTGCTGCTGCTGCCCCTGCAGCTGAAGAGAAAAAGGAGG
AACCTAAAGAGGAGAGTGATGATGACATGGGATTCAGCTTATTTGATTAAGCAGCAATCTATATTGGAAAGATGAGTTTTGTAGTTGTAGTACAAATGAGTATTTTTCCCTCTTTCTTCAGTTTCACAATGTGAAGAGGCGGATGATATCAGTGCAAACTGCTGTGATGCATATTTTTTTTTGGGTTGGAGTTATTCTCT
TACAAACTTTAAATCTTAAGGATTGGTCTGTAATATGATCTGATTTTCGGAGGTTCAAAATTATCAATCAATTTAATGGATCTATTAACTTCACTCTGCTTTGTGATTAACATTGTCTGGAGTTTATCTTGAGTTGCTAT

>TRINITY_DN107442_c0_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CATTGCTAACTCTTAACCCTGATACTGTTATCTGCGAGCCGGCGGTGTTCATCGACATTCGCAGGAGAAGTGTTTGCAGAAATATTGCCGAAGGAGTTTTAAGTTTGTTGCATCAAGATGTCAGTCAGCGAAGTTGCATGCACTTACGCAGCATTGGTTCTGTATGATGACAATATACCTATTACCGTATCCTGGAAAAA
TATTAGTGAGCATCATTTGCGTTCCTTTGTAAGGTTATAGATGACTTCATCTATTCCTTCAACCATGAGATTCATTTTCTGAAATATTTTCTCAGTTGATGGGTTTTTAATGTGTTTGATGCGGATCTTAGCACTGTCAATCCCGTTATCATTTTGTTCAGTCCTTTTTTAAACGGCTTATTATATTTTTTGTGTACCTG
CTCATGTTTAATAGCTGTATTTGTACATTTCTAAAACAGTTTCTGGTGGAGAGTTACCGTTGAGCATTGATTTTAGGATCTAGCATTAAGTTAGTGGAGTCCTGTTTTTAGACCAAAATCAGGATTGTTAGGGTTTATGGATGGAAGTTTTAATGTTGAACTGGCCTATTTTGTCTGTTGACTATACAAATTGTACAAAT
ATTGTTTTGAATTGTTGGGAAGGCATGTTACCTTAACATATTGACAGGCTGAAAAGATTAGCACATTGGTGAAGGCCGCAAATGTGCAAATAGAATCTTACTGGCCTGGTCTCTTTGCCAAGCTTTTGGAAAAGAGAAACATTGAAGATCTCATTTCGAATGTTGGCTCTGGTATGCCTATCCCTACTACATCAATTTCC
ACTGTAATTGAATTTTGATGTTTTTGCACAGCACGAGGCTGCGGGGATGTACATTAAGTTGGTAGTTTATTTAAGTAAACTCTAATTTTGATATCTGTGATGCAGGAGGCGGCGGTGCTTCTGCAGCTGTTGCAGTTGCTCCTTCTGGTGGTGGTGGTGCTCCTGCTGCTGCTGCTGCCCCTGCAGCTGAAGAGAAAAAG


gtcagtctttagttttaaaatacatgtttataatttttctcagacttttcctttgctctgctttgactgtggattgactcttgcttgcaaaagttgggcagtgctgctggtagttgattgggttgaatgtgtttctgatcccaaccttttgttcaacagGAGGAACCTAAAGAGGAGAGTGATGATGACATGGGATTCAG
CTTATTTGATTAAGCAGCAATCTATATTGGAAAGATGAGTTTTGTAGTTGTAGTACAAATGAGTATTTTTCCCTCTTTCTTCAGTTTCACAATGTGAAGAGGCGGATGATATCAGTGCAAACTGCTGTGATGCATATTTTTTTTTGGGTTGGAGTTATTCTCTTACAAACTTTAAATCTTAAGGATTGGTCTGTAATATG
ATCTGATTTTCGGAGGTTCAAAATTATCAATCAATTTAATGGATCTATTAACTTCACTCTGCTTTGTGATTAACATTGTCTGGAGTTTATCTTGAGTTGCTAT

Intron 2 GTATGCCTAT ... TGTGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.52	177	14.5	41.5
A2	6.31	166	14	35.3
A3	5.43	173	12	40.3
A4	4.89	181	11	47.3
A5	6.99	112	10.3	29.5
A6	4.38	2479.8	131.5	626.5
A7	4.66	1370	78.5	347.8
A8	4.28	1326.8	68.5	302.5
A9	4.24	1562	79.8	384
A10	4.37	968.5	51.3	250.3

>TRINITY_DN126645_c3_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TGATGACAATATACCTATTACCGTATCCTGGAAAAATATTAGTGAGCATCATTTGCGTTCCTTTGTAAGGTTATAAATGACTTAATCTATTCCTTCAACCATGAGATTCATTTTCTGAAATATTTTCTCAGTTGAGGGGTTTTTAATGTGTTTGATGCGGATCTTAGCACTGTCAATCCCGTTATCATTTTGTTCAGTCC
TTTTTTAAACGGCTTATTATATTTTTTGTGTACCTGCTCATGTTTAATAGCTGTATTTTGTACATTTTTAAAACAGTTTCTGGAGGAGAGTTACCGTTGAGCATTGATTTTACGATCTAGCATTAAGTTAGTGGAGTCCTGTTTTTAGACCAAAATCAGGATTGTTAGGGTTTATGGATGGAAGTTTTAATGTTGAACTG
GCCTATTTTGTCTGTTGACTATACAAATTGTACAAATATTGTTTTGAATTGTTGGGAAGGCATGTTACCTTAACATATTGACAGGCTGAAAAGATTAGCACATTGGTGAAGGCCGCAAATGTGCAAATAGAATCTTACTGGCCTGGTCTCTTTGCCAAGCTTTTGGAAAAGAGAAACATTGAAGATCTCATTTCGAATGT
TGGCTCTGGAGGCGGCGGTGCTTCTGCAGCTGTTGCAGTTGCTCCTTCTGGTGGTGGTGGTGCTCCTGCTGCTGCTGCTGCCCCTGCAGCTGAAGAGAAAAAGGAGGAACCTAAAGAGGAGAGTGATGATGACATGGGATTCAGCTTATTTGATTAAGCAGCAATCTATATTGGAAAGATGAGTTTTGTAGTTGTAGTAC
AAATGAGTATTTTTCCCTCTTTCTTCAGTTTCACAATGTGAAGAGGCGGATGATATCAGTGCAAACTGCTGTGATGCATATTTTTTTTTGGGTTGGAGTTATTCTCTTACAAACTTTAAATCTTAAGGATTGGTCTGTAATATGATCTGATTTTCGGAGGTTCAAAATTATCAATCAATTTAATGGATCTATTAACTTCA
CTCTGCTTTGTGATTAACATTGTCTGGAGTTTATCTTGAGTTGCTATAATAGTATGTTGATAATATTTATTTTCTATTTAATTGTATTAATTCTC

>TRINITY_DN126645_c3_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCATTTCGAATGTTGGCTCTGgtatgcctatccctactacatcaatttccactgtaattgaattttgatgtttttgcacagcacgaggctgcggggatgtacattaagttggtagtttatttaagtaaactctaattttgatatctgtgatgcagGAGGCGGCGGTGCTTCTGCAGCTGTTGCAGTTGCTCCTTCTGGT
GGTGGTGGTGCTCCTGCTGCTGCTGCTGCCCCTGCAGCTGAAGAGAAAAAGGAGGAACCTAAAGAGGAGAGTGATGATGACATGGGATTCAGCTTATTTGATTAAGCAGCAATCTATATTGGAAAGATGAGTTTTGTAGTTGTAGTACAAATGAGTATTTTTCCCTCTTTCTTCAGTTTCACAATGTGAAGAGGCGGATG
ATATCAGTGCAAACTGCTGTGATGCATATTTTTTTTTGGGTTGGAGTTATTCTCTTACAAACTTTAAATCTTAAGGATTGGTCTGTAATATGATCTGATTTTCGGAGGTTCAAAATTATCAATCAATTTAATGGATCTATTAACTTCACTCTGCTTTGTGATTAACATTGTCTGGAGTTTATCTTGAGTTGCTATAATAG
TATGTTGATAATATTTATTTTCTATTTAATTGTATTAATTCTC

Intron 3 GTATCCTGGA ... ATATTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.65	339	130.3	65.3
A2	28.49	488.7	195.7	60.3
A3	29.43	476	199	55.7
A4	27.53	374	142.3	43.7
A5	30.76	299.3	135	44.7
A6	30.04	5153	2232	543
A7	29.7	3045.7	1294.7	315.3
A8	28.22	2362.3	932.3	297
A9	30.3	3342.3	1461.3	347
A10	31.31	2672.7	1226.3	211.7

>TRINITY_DN107442_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CATTGCTAACTCTTAACCCTGATACTGTTATCTGCGAGCCGGCGGTGTTCATCGACATTCGCAGGAGAAGAAATATTGCCGAAGGAGTTTTAAGTTTGTTGCATCAAGATGTCAGTCAGCGAAGTTGCATGCACTTACGCAGCATTGGTTCTGTATGATGACAATATACCTATTACCGCTGAAAAGATTAGCACATTGGT
GAAGGCCGCAAATGTGCAAATAGAATCTTACTGGCCTGGTCTCTTTGCCAAGCTTTTGGAAAAGAGAAACATTGAAGATCTCATTTCGAATGTTGGCTCTGGAGGCGGCGGTGCTTCTGCAGCTGTTGCAGTTGCTCCTTCTGGTGGTGGTGGTGCTCCTGCTGCTGCTGCTGCCCCTGCAGCTGAAGAGAAAAAGGAGG
AACCTAAAGAGGAGAGTGATGATGACATGGGATTCAGCTTATTTGATTAAGCAGCAATCTATATTGGAAAGATGAGTTTTGTAGTTGTAGTACAAATGAGTATTTTTCCCTCTTTCTTCAGTTTCACAATGTGAAGAGGCGGATGATATCAGTGCAAACTGCTGTGATGCATATTTTTTTTTGGGTTGGAGTTATTCTCT
TACAAACTTTAAATCTTAAGGATTGGTCTGTAATATGATCTGATTTTCGGAGGTTCAAAATTATCAATCAATTTAATGGATCTATTAACTTCACTCTGCTTTGTGATTAACATTGTCTGGAGTTTATCTTGAGTTGCTAT

>TRINITY_DN107442_c0_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CATTGCTAACTCTTAACCCTGATACTGTTATCTGCGAGCCGGCGGTGTTCATCGACATTCGCAGGAGAAGTGTTTGCAGAAATATTGCCGAAGGAGTTTTAAGTTTGTTGCATCAAGATGTCAGTCAGCGAAGTTGCATGCACTTACGCAGCATTGGTTCTGTATGATGACAATATACCTATTACCgtatcctggaaaaa
tattagtgagcatcatttgcgttcctttgtaaggttatagatgacttcatctattccttcaaccatgagattcattttctgaaatattttctcagttgatgggtttttaatgtgtttgatgcggatcttagcactgtcaatcccgttatcattttgttcagtccttttttaaacggcttattatattttttgtgtacctg
ctcatgtttaatagctgtatttgtacatttctaaaacagtttctggtggagagttaccgttgagcattgattttaggatctagcattaagttagtggagtcctgtttttagaccaaaatcaggattgttagggtttatggatggaagttttaatgttgaactggcctattttgtctgttgactatacaaattgtacaaat
attgttttgaattgttgggaaggcatgttaccttaacatattgacagGCTGAAAAGATTAGCACATTGGTGAAGGCCGCAAATGTGCAAATAGAATCTTACTGGCCTGGTCTCTTTGCCAAGCTTTTGGAAAAGAGAAACATTGAAGATCTCATTTCGAATGTTGGCTCTGGTATGCCTATCCCTACTACATCAATTTCC
ACTGTAATTGAATTTTGATGTTTTTGCACAGCACGAGGCTGCGGGGATGTACATTAAGTTGGTAGTTTATTTAAGTAAACTCTAATTTTGATATCTGTGATGCAGGAGGCGGCGGTGCTTCTGCAGCTGTTGCAGTTGCTCCTTCTGGTGGTGGTGGTGCTCCTGCTGCTGCTGCTGCCCCTGCAGCTGAAGAGAAAAAG
GTCAGTCTTTAGTTTTAAAATACATGTTTATAATTTTTCTCAGACTTTTCCTTTGCTCTGCTTTGACTGTGGATTGACTCTTGCTTGCAAAAGTTGGGCAGTGCTGCTGGTAGTTGATTGGGTTGAATGTGTTTCTGATCCCAACCTTTTGTTCAACAGGAGGAACCTAAAGAGGAGAGTGATGATGACATGGGATTCAG
CTTATTTGATTAAGCAGCAATCTATATTGGAAAGATGAGTTTTGTAGTTGTAGTACAAATGAGTATTTTTCCCTCTTTCTTCAGTTTCACAATGTGAAGAGGCGGATGATATCAGTGCAAACTGCTGTGATGCATATTTTTTTTTGGGTTGGAGTTATTCTCTTACAAACTTTAAATCTTAAGGATTGGTCTGTAATATG
ATCTGATTTTCGGAGGTTCAAAATTATCAATCAATTTAATGGATCTATTAACTTCACTCTGCTTTGTGATTAACATTGTCTGGAGTTTATCTTGAGTTGCTAT

Intron 4 GTATCCTGGA ... ATATTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.22	341	0	66
A2	10.81	487	0	59
A3	10.7	476	0	57
A4	10.29	375	1	43
A5	12.85	298.5	2	44
A6	9.59	5124.5	1	543
A7	9.37	3029	0	313
A8	10.91	2344.5	0	287
A9	9.51	3314.5	0	348
A10	7.42	2659	2	213

>TRINITY_DN126645_c3_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTTTATCCGTCGATTCTTTTTCCTATGTAGCCCTAATTTGACATCGCACTTATATTCCCACCAAAGCCCCCATTGCTAACTCTTAACCCTGATACTGTTATCTGCGAGCCGGCGGTGTTCATCGACATTCGCAGGAGAAGAAATATTGCCGAAGGAGTTTTAAGTTTGTTGCATCAAGATGTCAGTCAGCGAAGTTGCA
TGCACTTACGCAGCATTGGTTCTGTATGATGACAATATACCTATTACCGCTGAAAAGATTAGCACATTGGTGAAGGCCGCAAATGTGCAAATAGAATCTTACTGGCCTGGTCTCTTTGCCAAGCTTTTGGAAAAGAGAAACATTGAAGATCTCATTTCGAATGTTGGCTCTGGAGGCGGCGGTGCTTCTGCAGCTGTTGC
AGTTGCTCCTTCTGGTGGTGGTGGTGCTCCTGCTGCTGCTGCTGCCCCTGCAGCTGAAGAGAAAAAGGAGGAACCTAAAGAGGAGAGTGATGATGACATGGGATTCAGCTTATTTGATTAAGCAGCAATCTATATTGGAAAGATGAGTTTTGTAGTTGTAGTACAAATGAGTATTTTTCCCTCTTTCTTCAGTTTCACAA
TGTGAAGAGGCGGATGATATCAGTGCAAACTGCTGTGATGCATATTTTTTTTTGGGTTGGAGTTATTCTCTTACAAACTTTAAATCTTAAGGATTGGTCTGTAATATGATCTGATTTTCGGAGGTTCAAAATTATCAATCAATTTAATGGATCTATTAACTTCACTCTGCTTTGTGATTAACATTGTCTGGAGTTTATCT
TGAGTTGCTATAATAGTATGTTGATAATATTTATTTTCTATTTAATTGTATTAATTCTC

>TRINITY_DN126645_c3_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGATGACAATATACCTATTACCgtatcctggaaaaatattagtgagcatcatttgcgttcctttgtaaggttataaatgacttaatctattccttcaaccatgagattcattttctgaaatattttctcagttgaggggtttttaatgtgtttgatgcggatcttagcactgtcaatcccgttatcattttgttcagtcc
ttttttaaacggcttattatattttttgtgtacctgctcatgtttaatagctgtattttgtacatttttaaaacagtttctggaggagagttaccgttgagcattgattttacgatctagcattaagttagtggagtcctgtttttagaccaaaatcaggattgttagggtttatggatggaagttttaatgttgaactg
gcctattttgtctgttgactatacaaattgtacaaatattgttttgaattgttgggaaggcatgttaccttaacatattgacagGCTGAAAAGATTAGCACATTGGTGAAGGCCGCAAATGTGCAAATAGAATCTTACTGGCCTGGTCTCTTTGCCAAGCTTTTGGAAAAGAGAAACATTGAAGATCTCATTTCGAATGT
TGGCTCTGGAGGCGGCGGTGCTTCTGCAGCTGTTGCAGTTGCTCCTTCTGGTGGTGGTGGTGCTCCTGCTGCTGCTGCTGCCCCTGCAGCTGAAGAGAAAAAGGAGGAACCTAAAGAGGAGAGTGATGATGACATGGGATTCAGCTTATTTGATTAAGCAGCAATCTATATTGGAAAGATGAGTTTTGTAGTTGTAGTAC
AAATGAGTATTTTTCCCTCTTTCTTCAGTTTCACAATGTGAAGAGGCGGATGATATCAGTGCAAACTGCTGTGATGCATATTTTTTTTTGGGTTGGAGTTATTCTCTTACAAACTTTAAATCTTAAGGATTGGTCTGTAATATGATCTGATTTTCGGAGGTTCAAAATTATCAATCAATTTAATGGATCTATTAACTTCA
CTCTGCTTTGTGATTAACATTGTCTGGAGTTTATCTTGAGTTGCTATAATAGTATGTTGATAATATTTATTTTCTATTTAATTGTATTAATTCTC